The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
98
|
structure length |
98
|
Chain Sequence |
MRVGALDVGEARIGLAVGEEGVPLASGRGYLVRKTLEEDVEALLDFVRREGLGKLVVGLPLRTDLKESAQAGKVLPLVEALRARGVEVELWDERFTTK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the YqgF-family protein (N-terminal fragment)
rcsb |
| molecule keywords |
hypothetical protein
|
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| source organism |
Thermus thermophilus
|
| total genus |
18
|
| structure length |
98
|
| sequence length |
98
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-03-08 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | YqgF/RNase H-like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3BZK A; 1VHX A; 3PSI A; 3PSF A; 1NMN A; 2OCE A; 1IV0 A; 1OVQ A; 3BZC A; 1NU0 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4FLY A; 3IG1 A; 5AFU H; 2BTF A; 2F8T A; 1YF5 L; 2G8K A; 1Q18 A; 4CZI A; 2NRW A; 4IJN A; 3O9T A; 3I0R A; 4DR3 K; 1BWF O; 1I94 K; 3EL2 A; 1J5E K; 1IBM K; 4C8O A; 3HVT A; 2QWQ A; 3GOI A; 3MEC A; 1A5X A; 4BDY A; 1YHQ N; 4YDU C; 1J6Z A; 1SL2 A; 2YHX A; 1NK8 A; 3MCA B; 1NGA A; 1L3V A; 2NUB A; 1RBV A; 2HMP A; 4NLC A; 5M1K A; 4JRP A; 4DR1 K; 2VQE K; 1YT3 A; 1RT4 A; 3V1O A; 3VMF B; 2CGK A; 3HL8 A; 4DQP A; 1KVC A; 1M90 O; 4B9T A; 3E9L A; 3TR8 A; 1Y64 A; 4NB4 A; 4DSE A; 1T6C A; 3V9Z A; 1U47 A; 4AH9 A; 2YHY A; 3VQ5 A; 4JKD A; 5KI6 A; 3M8R A; 1U6Z A; 3TTC A; 1RT2 A; 1FW6 A; 3BF3 A; 3VN5 A; 1XHX A; 4LFA K; 2UYT A; 3DXM A; 4KH6 A; 3VES A; 3HI0 A; 2Z1G A; 4ILG B; 4IJA A; 1KVB A; 4IFV A; 1VSI A; 3AVM A; 3NHG A; 3B8A X; 4Y1D A; 2HF3 A; 1WSI A; 4IOA L; 1T8E A; 4JAX A; 1BA0 A; 1BDG A; 1WAF A; 4N41 A; 1OH5 A; 4A5A A; 4XH4 A; 4KHU A; 4IZ9 A; 3H08 A; 4DR4 K; 1KAY A; 3EZW A; 3NE6 A; 1HUX A; 3M6G A; 2ASM A; 4YDU A; 4CZH A; 1RBS A; 1N36 K; 3AA5 X; 3OYA A; 2VGN A; 4EP5 A; 1TAU A; 1X3M A; 1X9W A; 1EP4 A; 1BG3 A; 4CF9 A; 4PL8 A; 4CZF A; 5F0X A; 4BE0 A; 1DTT A; 3AVL A; 4C8K A; 4JN4 A; 4F3T A; 3IRX A; 4H0X B; 2FBT A; 1EKE A; 2NRZ A; 1S1X A; 3CER A; 3MMV A; 3PX0 A; 3EKU A; 4BR9 A; 3C0B A; 1HNZ K; 3K59 A; 5SWM A; 2D0B A; 3ALY A; 4HTL A; 3D0P A; 5HRO A; 3WNH A; 1Q86 O; 4PY5 A; 4CFB A; 1YJW N; 4BRA A; 4CF8 A; 3F73 A; 5LY3 A; 3M5R A; 2ZE2 A; 1KFS A; 5E84 A; 1C1C A; 1D4X A; 3LDN A; 1QSL A; 4N76 A; 4JD2 B; 1XUP O; 3A5L C; 4M3U A; 3H3O B; 5AQW A; 3W0L A; 1XHZ A; 3CET A; 3LP2 A; 4ISG A; 4JKA A; 4CJR A; 2BUP A; 3BEX A; 4K8Z A; 4JKG A; 4CD1 A; 3CCQ N; 4E7J A; 3I33 A; 3ID8 A; 3RMA A; 3MXM A; 4KH4 A; 1XMQ K; 3MN5 A; 3NFA A; 3THX B; 4CER A; 1U49 A; 1RDA A; 4B1Z A; 3U3Y A; 4HHT A; 1NBW A; 1C0F A; 4ISF A; 4LH4 A; 1JLF A; 2X74 A; 3KKR A; 4BRI A; 3VTI A; 1HNV A; 1LW2 A; 4FW1 A; 1BHL A; 3AO2 A; 1OH6 A; 3QLH A; 3K5M A; 4QAG A; 1NGD A; 1U04 A; 2JWL A; 4WE1 A; 3SAF A; 3THY B; 4O5F A; 4DTJ A; 4DSJ A; 1VRU A; 3CQX A; 3RMC A; 3VGK A; 3TAR A; 2OA8 A; 2IVN A; 4CJS A; 4CGI A; 4JD2 A; 4W5R A; 3JAM O; 1TKT A; 3NH2 A; 1IG8 A; 4KHS A; 3LDP A; 1RTD A; 3SV3 A; 3OYI A; 4CJV A; 1HLU A; 2W41 A; 1VHX A; 1HQE A; 3IKM A; 1FK9 A; 3CJ1 A; 4CK2 A; 3KHY A; 5C12 A; 4B8C A; 3THX A; 1JLQ A; 4CK3 A; 1J9A A; 1IKX A; 1VAZ A; 3IMX A; 5HRR A; 2HHT A; 4BRE A; 1QS4 A; 1K8A O; 4DR7 K; 1J53 A; 1NG9 A; 2KQ2 A; 4JI2 K; 4KI6 A; 1NKE A; 3F9M A; 1ASU A; 4BDP A; 4CHP A; 1SL0 A; 1NGB A; 2I5J A; 1HJO A; 3LWM A; 4CED A; 2HVI A; 5AQR A; 3VTH A; 1VQL N; 4YOR A; 4LFC K; 4DMN A; 4DLE A; 4B08 A; 4QS7 A; 2ZJR L; 3ZEU B; 1LWE A; 5AQL A; 3VQ8 A; 4X65 K; 2KW4 A; 4JEP A; 4M3Z A; 2ITM A; 4HCB A; 3AVC A; 3W3D A; 3VF2 A; 5AQX A; 1X3N A; 4CGJ A; 2YKM A; 2IC3 A; 4BRC A; 2YKN A; 4FW2 A; 4BAC A; 1NNE A; 2P9K B; 3K9J A; 5T7B A; 5AQT A; 3P39 A; 1T05 A; 4IEI A; 4LF8 K; 1BQN A; 4FK0 A; 5KTQ A; 1QQO A; 3BGR A; 3CI5 A; 2P9U A; 4I2P A; 3U9Z A; 3K9K A; 3LWL A; 1EO1 A; 1W0H A; 4FWR A; 3WNE A; 2QWM A; 5C0Y A; 4NLB A; 3ATV A; 2YNF A; 1FJG K; 3TAF A; 3HBT A; 3O1B A; 2KTQ A; 4KBO A; 3KLH A; 4KHQ A; 5KPR A; 2AJQ A; 3HSC A; 5BR9 A; 3LM9 A; 3ENH A; 1NK4 A; 4GNI A; 3ZEU A; 1RTH A; 2FBV A; 4CEO A; 4ELV A; 4Q5V A; 1BO5 O; 4DV7 K; 4CJ7 A; 3M3Z A; 3C6H A; 4ICL A; 5JVH L; 2HMI A; 3OA9 A; 1DTQ A; 4EIA A; 5LMN K; 3DYA A; 4CEE A; 2PYJ A; 4B9N A; 4Y1C A; 2NRX A; 1HJR A; 1UA1 A; 1I39 A; 1NGF A; 4O4G A; 1XWL A; 3CM5 A; 2GUP A; 3SJH A; 1IBK K; 1JXE A; 1H1V A; 3SYZ A; 2KFN A; 4I9L A; 1C0U A; 2X78 A; 4F4K A; 4DTS A; 2IVO A; 1WBB A; 1VSJ A; 1WOQ A; 1BIS A; 4I9Q A; 3ZT1 A; 4CGG A; 3CME N; 3NF9 A; 4I6M B; 2XO7 A; 1K8K A; 4WCE L; 4BC4 A; 3WXM B; 3OVN A; 1C1B A; 1KC8 O; 3V81 A; 3M8S A; 4WQ4 C; 3VQA A; 5AJ3 K; 1C1A A; 2BDP A; 3OS1 A; 1NU0 A; 2NZT A; 3TWH A; 4RW4 A; 5HRS A; 1KCF A; 1DT9 A; 5C42 A; 1A5W A; 1VQM N; 5FPD A; 3U8X A; 3A5N C; 2F96 A; 3ZSO A; 1YTU A; 4PUO A; 2P51 A; 4GY2 B; 3JYT A; 4UQG A; 1RBT A; 3S3O A; 1YVN A; 1GLC G; 3HPO A; 3QNO A; 4CZL A; 4JKF A; 1YTA A; 1T3V A; 2O8D B; 3QER A; 1YI2 N; 2GTD A; 2HHV A; 5AQY A; 5EU7 A; 1WBD A; 4JKC A; 2RPI A; 4M3W A; 4JI6 K; 2IAJ A; 3KK1 A; 5H1S Q; 2AP1 A; 3CQ8 A; 1N8R O; 3DLB A; 5C24 A; 3L2Q A; 3RMD A; 2ZJQ L; 1WSE A; 2WON A; 4A2B A; 1RT5 A; 1HYS A; 2RHK A; 1ASW A; 5M1O A; 4FM2 A; 4DHY A; 2IIR A; 1TYQ A; 5BRD A; 1HKB A; 1X9J A; 4B1V A; 1N32 K; 3ZT0 A; 3HOS A; 4DR6 K; 3LDQ A; 1VQN N; 2CGL A; 1ASV A; 1KTQ A; 5GIO A; 3AAQ A; 3ZET A; 3L0Q A; 4Z4F A; 4EHT A; 4XEI A; 4PWD A; 4KI4 A; 4M63 C; 4YY3 K; 1TKX A; 4FPB A; 1OH8 A; 1OKJ A; 4HUG A; 1UWB A; 3RRH A; 2X6N A; 4NCG A; 4X64 K; 1UOC A; 1HPM A; 2ZWH A; 4DU4 A; 3KK3 A; 3J7Z O; 1OVY A; 2VWB A; 3T1H K; 3KK7 A; 3HVR A; 3CQY A; 3DI6 A; 4KV8 A; 3K5L A; 5ADX H; 2V7Y A; 3IDH A; 1QQM A; 5GAE P; 3OJS A; 3L8B A; 2AA4 A; 3EE9 A; 1QZ5 A; 1NMN A; 2KZM A; 2D4W A; 2LSN A; 2YI1 A; 1QHT A; 2H3G X; 4FWL A; 3WT0 A; 1W9H A; 3ULE B; 3J7Y P; 3QEI A; 4QCL A; 2YHB A; 3H1Q A; 4FJG A; 4OGC A; 3KD1 E; 4BRP A; 1W97 L; 1P8Z A; 1NK6 A; 4KB0 A; 5FLX O; 4KH5 A; 3K57 A; 1ZYQ A; 4CJW A; 4CHO A; 4K42 A; 4NXN K; 1HKC A; 5BPL A; 1SKR A; 3P38 A; 4BQL A; 2P9N A; 1G15 A; 4FLT A; 5JIC A; 3JXU A; 3OYK A; 3AVN A; 4CEC A; 2Q31 A; 3KIO A; 1KAX A; 1YUW A; 4F9O A; 5LJW A; 3GBT A; 3GG4 A; 1CXQ A; 3V1Q A; 4QS9 A; 2W42 A; 4B3S K; 4CIE A; 3CMA N; 4JI8 K; 3F5T A; 4BGA A; 4E1M A; 1RT7 A; 4HWI A; 3VEV A; 4AM6 A; 4H0Y B; 3J7A P; 1JCG A; 1S6P A; 3AAP A; 3PSI A; 2D0P A; 3AVB A; 4XH1 A; 3ULE A; 5AQG A; 2G8W A; 2OTJ N; 3KVG A; 1S22 A; 4DQQ A; 4AIL C; 2YCH A; 1TK8 A; 3EE8 A; 3SLC A; 2O8E A; 2A6A A; 4B9L A; 5KPZ A; 5BPM A; 3AVA A; 1C0G A; 5TKY A; 4TSX A; 3SMS A; 3TPQ A; 2O8B B; 2FC0 A; 2VQF K; 4B9S A; 4WQ5 C; 3QBX A; 1QQC A; 3TAQ A; 4F3O A; 4LSL A; 4CEQ A; 3ENB A; 3THW B; 4BRQ A; 1RCH A; 2RKI A; 4BRK A; 5GAH P; 2EX3 A; 4ILH A; 1T03 A; 1FKO A; 3T1A A; 4PKI A; 1JLG A; 1GLD G; 2YJE A; 3QEW A; 3DMJ A; 3K5O A; 3L2R A; 3OYB A; 4FWO A; 3VPZ A; 1TK5 A; 3CCE N; 2V7Z A; 5AZI A; 3S9H A; 3ZT3 A; 2WBN A; 3SUQ A; 3EN9 A; 3L6Q A; 2P9P A; 3CJ9 A; 1C0T A; 2CGJ A; 3LZJ A; 1C6V A; 1ESV A; 4OKK A; 5EOY A; 3RR7 A; 4H0O A; 5C2D A; 3E1Y A; 3DLG A; 3LZI A; 3OJU A; 2OPR A; 5CE3 A; 1EX4 A; 4C23 A; 4RW9 A; 4A5B A; 2O8B A; 4LF6 K; 2GWJ A; 4AHR A; 1S1W A; 1VSD A; 4LD0 A; 2Z1H A; 3RSE A; 3THV A; 3THW A; 4JKE A; 3NMU A; 4IFE A; 1NM1 A; 1V4T A; 4OLB A; 4GVE A; 2J4R A; 3CJC A; 3VER A; 2F9T A; 4KTW A; 3ZCM A; 1XNQ K; 1S1U A; 2F9W A; 4FWK A; 4ID1 A; 3DLR A; 5J2N A; 4B9U A; 3D6R A; 2DPN A; 4R79 A; 3LP3 A; 4C8L A; 4B3R K; 3CCR N; 3OYJ A; 3FFI A; 4BVO A; 2Q97 A; 4WQ5 A; 2HOE A; 3JSM A; 4H0V B; 2ASP A; 5F2R A; 3QET A; 3OYL A; 2OTL N; 3DXM B; 5AQF A; 1T44 A; 3G6E N; 3LDO A; 2D0A A; 1C0M A; 3QFP A; 3A0I X; 4BE2 A; 3CC7 N; 4J2E A; 3SAH A; 4KKO A; 4DTN A; 2HST A; 5HP1 A; 4W5N A; 4L8R B; 4WFB L; 4FWM A; 3T19 A; 4KTQ A; 4BC5 A; 3AVK A; 3PIO L; 3BP8 A; 1ZBH A; 3EEQ A; 3OBY A; 4R5P A; 3SCX A; 4CZE A; 1WSJ A; 1YJN N; 2ZM6 K; 1D5A A; 3VQ9 A; 3DLE A; 3AVH A; 1RIL A; 1Z05 A; 5EXW A; 1K73 O; 1TL3 A; 2XHB A; 1YIJ N; 2WFB A; 3R9P A; 3HTV A; 3CPW M; 4FJL A; 4J2D A; 4HTU A; 3HRG A; 3K58 A; 4BWJ A; 5HBM A; 4O5B A; 3HO1 A; 3TI0 A; 4RCH A; 5JLH A; 2E20 A; 2HW3 A; 4FLZ A; 3O5B A; 3TSQ A; 4OPH A; 1U48 A; 4CFC A; 3L2V A; 3SQ2 A; 3AGK A; 4FJ8 A; 3HPG A; 4BC2 A; 4CK1 A; 1TGO A; 1QVF M; 4QOZ B; 2ETJ A; 5M1P A; 2G8U A; 3NBP A; 3T69 A; 4EZ9 A; 1M1K O; 1LWF A; 4ZTF A; 5E26 A; 4CCH A; 4DR5 K; 1LWC A; 5CZ2 A; 1U2V B; 3BZK A; 5BR8 K; 1YAG A; 5BRF A; 2IS3 A; 2E88 A; 1BU6 O; 1MWM A; 3SV4 A; 2E4L A; 2Q0U A; 4FVM A; 4DV2 K; 1NGH A; 1WNS A; 4JKG B; 2QI2 A; 4X62 K; 4JS5 A; 3LL3 A; 3O1W A; 4Z4E A; 4CHY A; 2YX6 A; 4OKJ A; 1ZBF A; 2NNW A; 4H5W A; 1NLV A; 3ZSY A; 4LH5 A; 4BG9 A; 4DU3 A; 4BRN A; 2D1K A; 1RBR A; 3RVC A; 2QXF A; 4PA1 A; 4FJI A; 3ZSW A; 3GL1 A; 3PIP L; 3B6O A; 2D0O A; 4E7H A; 3O80 A; 4DFP A; 4LF5 K; 3SUN A; 4IXC A; 3R3L A; 3E01 A; 4CFA A; 2I7P A; 2E1Y A; 2QKK A; 4KFB A; 1BIZ A; 3I8D A; 2E2O A; 2P5G A; 2Q3S A; 1TUU A; 1JCE A; 3ZLJ A; 5BPN A; 4JYA K; 1U2V A; 4B9V A; 1KLM A; 3VGL A; 5J1E A; 4BRH A; 3VET A; 1TAQ A; 3A5M C; 3CCJ N; 3VQ4 A; 4DSF A; 4CJ5 A; 3HP9 A; 3HST B; 3CJ7 A; 1WAJ A; 4FJH A; 2HB5 A; 3FZK A; 4OJR A; 1RT1 A; 2GEM A; 2QWR A; 4PQU A; 3G0Z A; 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4N47 A; 2V51 B; 1KFD A; 4FO0 A; 4K25 A; 1IG9 A; 5KGW A; 1O1W A; 3ASM A; 1BIU A; 4Z4G A; 3O4W A; 3NGI A; 2HBM A; 3NCI A; 3RMB A; 1RDC A; 4NXM K; 5DM7 L; 2HND A; 3UKR A; 3G4S N; 4W5Q A; 2BGG A; 3VA3 A; 1RBU A; 2YHW A; 2PBD A; 5BRH A; 3ZSV A; 2E6L A; 2O8F B; 1YIT N; 2KHO A; 3O9R A; 3UIQ A; 5JS1 A; 2A5X A; 5AQQ A; 3D2F A; 1VSE A; 3U9D A; 4CBW A; 1E4G T; 4ILJ A; 1HYV A; 3AV9 A; 4OO1 J; 4EHU A; 4CZJ A; 1IKV A; 4EFH A; 1NOZ A; 3L2W A; 1BI4 A; 3AY9 A; 3OS2 A; 4IFY A; 4FK2 A; 2G8V A; 3PO4 A; 3QEX A; 3KD5 E; 4DUZ K; 3CF5 L; 4CVN E; 1XQS C; 2QWN A; 3ZX3 A; 2F4V K; 1DGK N; 2X6S A; 3ZSX A; 4M7X A; 2EWS A; 2RE2 A; 1TYQ B; 3MCP A; 3DWL A; 3MK6 A; 2A3Z A; 4KO0 A; 4CFD A; 4F8R A; 1FKP A; 5J2Q A; 1G99 A; 4KHY A; 4HUE A; 2EHG A; 1GLE G; 4CE9 A; 4DSK A; 3S3N A; 4FXD A; 4B9M A; 5JS2 A; 1KRP A; 2GX9 A; 3ZET B; 2DFF A; 4PHT X; 2O8F A; 1LAW A; 1NGJ A; 2OYQ A; 3UKU B; 3M8P A; 4H5V A; 4IKF A; 2VCP A; 2PYL A; 4LF9 K; 1BCM A; 4IO8 A; 2DFH A; 1QHA A; 1TV6 A; 3VOV A; 3I55 N; 2YNH A; 2D0C A; 4BRO A; 3PUF A; 1KAZ A; 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