The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
119
|
structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the 30S ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
|
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
29
|
| structure length |
119
|
| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-04-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DV4 K; 4DV3 K; 3T1Y K; 2UUA K; 5BR8 K; 1N36 K; 2UU9 K; 4KHP K; 4DR3 K; 4LF7 K; 1N33 K; 4DR2 K; 4LF9 K; 3OTO K; 3J81 O; 2UXB K; 4LF5 K; 4JV5 K; 5IT9 O; 4JI2 K; 4NXM K; 4DR6 K; 4CVN E; 3T1H K; 1HNZ K; 4LF6 K; 1IBL K; 5FLX O; 4DUZ K; 1J5E K; 4DR5 K; 1I94 K; 5A2Q O; 4DV2 K; 2UXC K; 3J80 O; 4DV1 K; 4LF8 K; 1XNR K; 4LFA K; 1HNW K; 5LL6 Z; 4JYA K; 2E5L K; 3JAM O; 4CW7 B; 4DR7 K; 4DV6 K; 4DV7 K; 4YHH K; 4JI6 K; 4AQY K; 4GKJ K; 2UXD K; 4OX9 K; 2UUC K; 4JI5 K; 4DV0 K; 5LMU K; 4NXN K; 1IBK K; 4JI0 K; 4JI8 K; 4DR4 K; 5AJ3 K; 4LFB K; 1HNX K; 4LF4 K; 3J7A P; 4GKK K; 4X64 K; 4LFC K; 1HR0 K; 4JI4 K; 4B3M K; 2UUB K; 4DR1 K; 5IWA K; 1XMO K; 1N32 K; 1IBM K; 2F4V K; 2HHH K; 1XMQ K; 4X65 K; 4JI3 K; 4DV5 K; 4X62 K; 3J7Y P; 1N34 K; 1XNQ K; 4DUY K; 4JI7 K; 4V19 S; 1FJG K; 4B3T K; 2VQF K; 4B3S K; 4K0K K; 4X66 K; 4B3R K; 5LMN K; 4JI1 K; 2VQE K; 2ZM6 K; 4YY3 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4CIF A; 4DV3 K; 3FFK B; 5AZI B; 1IKY A; 2PY5 A; 2A3Z A; 4A5B A; 3TI0 A; 5I42 A; 4KHW A; 1J54 A; 1RT4 A; 4JKB A; 3AA2 A; 3CPE A; 4N5S A; 3AGK A; 2E6M A; 1ZBH A; 3F9M A; 3WNH A; 1MDU B; 3SJH A; 3AAQ A; 4E7J A; 3ZSV A; 2D0O A; 2G8H A; 2E2Q A; 2JWL A; 2D5R A; 3KK3 A; 1OH6 A; 3SUQ A; 2X78 A; 2KKZ A; 4WQ4 C; 3VF4 A; 1RTH A; 1SL0 A; 4FLU A; 4FK4 A; 4BR4 A; 2IS3 A; 4LH5 A; 1VSL A; 3TWH A; 2V52 B; 3O9T A; 3CER A; 1VQN N; 3U3Y A; 2OPP A; 1Z05 A; 4KH5 A; 4QAG A; 4GVE A; 5LL6 Z; 3WNF A; 3L6Q A; 3DRP A; 3CJ9 A; 3LM2 A; 1CZ9 A; 3ZEU A; 1BA1 A; 1CXU A; 3JAM O; 4FM1 A; 5GAH P; 1OH7 A; 1L3V A; 1WNS A; 1FKP A; 2PFU A; 3CF5 L; 3RVC A; 2P9U A; 4FJX A; 4JKD A; 1RDA A; 3V1R A; 4YOY A; 3DXK A; 4JI5 K; 2IVO A; 3E66 A; 4PL8 A; 3H6E A; 4B3O A; 4QOZ B; 3TAE A; 2RE2 A; 1RDU A; 4JD2 A; 1X9S A; 1Q9Y A; 3O9U A; 4F3O A; 1O1W A; 2V51 B; 3ZT3 A; 3DJC A; 3TU5 A; 3HOT A; 3U4L A; 2P9P A; 4DWI A; 1N32 K; 1IKV A; 2DFE A; 3THX A; 5CHI A; 4DFJ A; 1ZC6 A; 3RSE A; 4Z4E A; 5AQH A; 1DTT A; 4AM6 A; 3VGL A; 1SQK A; 2XY8 A; 2J4R A; 3AA4 A; 5ELZ A; 4B3T K; 3HPO A; 1L3U A; 3B6O A; 1UAX A; 3ZX0 A; 4IO9 L; 4EP5 A; 3RMA A; 4DV4 K; 2QTD A; 2ASO A; 4BRC A; 1NGJ A; 4RW6 A; 4C1N I; 5AQX A; 1GOB A; 1S5J A; 3CIP A; 3RR8 A; 4CCH A; 4OO1 J; 1BGX T; 4LSN A; 1HJR A; 2HNY A; 3KK2 A; 1IKX A; 1TK8 A; 1MWK A; 3L4I A; 3IFR A; 5M1Q A; 4JAX A; 3TAR A; 2GV9 A; 1A5W A; 3LWM A; 1Q82 O; 1RBT A; 4CGF A; 2HW3 A; 2GWK A; 2NRZ A; 3VQ4 A; 1IBL K; 3MX2 A; 3BZK A; 4BG9 A; 5C2D A; 1GLF O; 2ETJ A; 1NOZ A; 4B9L A; 1KLN A; 4DQ8 A; 4CZL A; 4W5N A; 4W5O A; 4MLE A; 1R59 O; 3O4Q A; 5A2Q O; 4KI4 A; 4K42 A; 1QQM A; 1U04 A; 3O5B A; 1RT3 A; 3K5N A; 4Z4G A; 3HK2 A; 1BL3 A; 4PUO A; 2KQ2 A; 3ATU A; 1QHA A; 4ZTF A; 5J2N A; 3VTH A; 3KLF A; 1JCF A; 3QBX A; 1C0G A; 1QQO A; 5E84 A; 1YIT N; 4WFA L; 4B1U B; 4YDU A; 1NK9 A; 3DOK A; 4L8R B; 5GAD P; 2UXD K; 3LZJ A; 2LSN A; 1VQ4 N; 1C0U A; 3MXI A; 3AGR A; 2XY6 A; 1BG3 A; 1Q9X A; 2F96 A; 3EE8 A; 4RW4 A; 4ELT A; 2YNF A; 3I56 N; 1RTI A; 4BDZ A; 1KFS A; 3VQ8 A; 3SPZ A; 3VER A; 1D9D A; 4CEE A; 1QSY A; 4NB4 A; 4XEI A; 2G8W A; 4AHV A; 1K8K A; 5AQK A; 2WUS A; 4EZ9 A; 4MDA A; 2OTJ N; 2P5O A; 1DTQ A; 4N56 A; 5GAE P; 1KSP A; 1RT5 A; 2Q3S A; 1YAG A; 3KJV A; 4CJT A; 4X65 K; 2VG7 A; 3MN9 A; 1BQM A; 3LDL A; 4FLX A; 3DLG A; 2CH6 A; 4Z4F A; 4RTF D; 3SV4 A; 5FRO A; 1BHL A; 3PSI A; 4CGD A; 1D5A A; 4W5T A; 3PX0 A; 4YY3 K; 3TAP A; 4R79 A; 2ZJR L; 2ZGZ A; 4N76 A; 1QZ6 A; 5EU7 A; 3RRG A; 2UU9 K; 4BGB A; 2HST A; 5KRT A; 3NH2 A; 4DQQ A; 4Z4I A; 3OYL A; 2OTL N; 3J81 O; 1QTM A; 3HPH A; 3QBW A; 5AR0 A; 1KAZ A; 1SKS A; 4IBN A; 4FVU A; 4XIU A; 2F8T A; 4N47 A; 1RBR A; 3KWI A; 5AZJ A; 2CH5 A; 3P38 A; 3ZSY A; 2O8E B; 3WT0 A; 3OYJ A; 5E41 A; 1I39 A; 2ASP A; 4FWO A; 1JCG A; 4JKG A; 5AQS A; 1NBW A; 4FWS A; 1K8A O; 1I94 K; 4NYN A; 4FLV A; 3HJF A; 4BRH A; 4CHN A; 4NCG A; 4DTX A; 2BDP A; 3CC7 N; 4CEQ A; 1TAU A; 4LF8 K; 5TKW A; 1Q81 O; 4C8N A; 1OH8 A; 2YHB A; 1A5X A; 1VQ7 N; 1OKJ A; 1RDD A; 2QWN A; 3CJC A; 3PLA A; 4CD1 A; 3H1Q A; 1NGC A; 1GLC G; 3HSC A; 2XY5 A; 4R5P A; 3OYC A; 1NGE A; 3ZLJ A; 3CHW A; 2OA8 A; 3L2W A; 5HRR A; 3CME N; 4YNQ A; 4DSJ A; 5LMU K; 1TAQ A; 4JI0 K; 4DR4 K; 4BRK A; 3QNO A; 2O4I A; 3DXM B; 3LDS A; 1HNX K; 2V7Z A; 1YTU A; 1RFQ A; 3C6T A; 4H5T A; 4OKE A; 1VQM N; 4HTU A; 3LPU A; 1KAY A; 2EWS A; 3EE9 A; 4H4O A; 2VG6 A; 4KRE A; 2GBZ A; 4JKH A; 1J6Z A; 1IBM K; 1HYZ A; 1SS6 A; 1VQO N; 4PHT X; 4B1W B; 1HRH A; 1RTJ A; 3T19 A; 3QNN A; 4OKK A; 1NNE A; 3LP1 A; 4Y0W A; 3HT3 A; 1NGI A; 3QES A; 2Z1I A; 4KHQ A; 1E4F T; 2X6S A; 3AVK A; 4ID5 A; 3AVJ A; 1LW2 A; 5F2R A; 5KI6 A; 1BUP A; 2O8B A; 1REV A; 3EEQ A; 4JEP A; 3FZH A; 4A2A A; 2GX9 A; 3CQ8 A; 4FJH A; 4KI6 A; 4I9L A; 4IG3 A; 4BRQ A; 4LF5 K; 3V1Q A; 5AQO A; 3JS6 A; 3BUZ B; 3V4I A; 2YJF A; 2HBL A; 4CGH A; 1TL3 A; 1KTQ A; 5TKY A; 4KFB A; 1Y64 A; 4DU3 A; 4A59 A; 1HNZ K; 1LWC A; 1U49 A; 4LF6 K; 2P1J A; 2FBV A; 4CJR A; 1RBS A; 4DFK A; 5ADX H; 2HMI A; 5H1S Q; 4JRP A; 3OW2 M; 3VA0 A; 2YHA A; 3O1B A; 1EWQ A; 1IH7 A; 3IUC A; 2YKN A; 4UQG A; 4CEO A; 1HKC A; 1WN7 A; 3HZ6 A; 4FOE A; 5GIP A; 3SQ1 A; 1ZYQ A; 4FZY A; 2PBD A; 3A5N C; 1M1K O; 4DSL A; 1S9E A; 5SWM A; 1A5V A; 3DYA A; 3J8A A; 4I9Q A; 3KVG A; 4RW8 A; 3A5O C; 5FPM A; 4DV6 K; 4E1J A; 2E6L A; 1CLQ A; 1WLJ A; 2QWL A; 4IFY A; 3T3F A; 4GKJ K; 1TUY A; 2GWJ A; 3IRX A; 5KQD A; 2GUP A; 4NXN K; 2KFN A; 1WAJ A; 4PL7 A; 1VRT A; 4FLW A; 4LFB K; 3H3O B; 3IDH A; 1RDW X; 1BQN A; 5AQL A; 1HLU A; 3SV3 A; 4YOX A; 4DFP A; 5JS1 A; 1VQK N; 1NJX A; 1ASW A; 1U47 A; 4LFC K; 2Q0R A; 4MLH A; 3SNN A; 3WXI A; 4A62 A; 3V9S A; 4IDH A; 4DQR A; 3LP2 A; 4E7L A; 3H3N O; 3VQA A; 4FK2 A; 1N8R O; 4YDU C; 3TR8 A; 3WQT A; 2PAV A; 1HUX A; 4ILG B; 3WEE B; 1XNQ K; 1B92 A; 1T03 A; 3KTQ A; 2Q31 A; 2QWR A; 5AQF A; 2E8A A; 3QLH A; 4B3S K; 4X66 K; 4OKJ A; 4CER A; 4RG8 A; 5SZT A; 3K5O A; 3D2F A; 4BE0 A; 3R6M A; 4KV8 A; 3FFI A; 2WBN A; 1U45 A; 3L3U A; 1LOT B; 3QEP A; 3QFP A; 4GMJ B; 4WYB A; 3IKM A; 5AQP A; 4OLA A; 4B8C A; 1O13 A; 3AO1 A; 3HPG A; 3LP0 A; 3O9R A; 4IEE A; 5AQN A; 5J2Q A; 4YFU A; 4CZM A; 3TSU A; 4WFB L; 4KAZ A; 4CZG A; 3K57 A; 4B1V A; 2IDO A; 2ZD1 A; 4DUZ K; 1W97 L; 5KPR A; 3AVN A; 4BQZ A; 2FC0 A; 1S3X A; 4DF8 A; 3CJB A; 3L4Q A; 1JLC A; 4I2Q A; 4ISG A; 3VES A; 1ASV A; 4WCE L; 4PQU A; 1ESV A; 4DV2 K; 2ITG A; 4FLZ A; 2HHU A; 4IG0 A; 2PYJ A; 2HBK A; 4DSE A; 3OA9 A; 1NJI O; 1ASU A; 5CZ2 A; 4O44 A; 3THW A; 3VQD A; 3MX5 A; 4DTM A; 3B6P A; 5HOO A; 1NK4 A; 4FW1 A; 2Z1J A; 3ITH A; 4H0O A; 1TYQ B; 4XH5 A; 4CEB A; 3HO1 A; 2IOC A; 4HWI A; 2PZS A; 4EZ6 A; 3MN7 A; 3V1O A; 1EXQ A; 3O9S A; 3K5M A; 5CYM A; 2V7Y A; 3VQ6 A; 4Z94 A; 3S3N A; 2ZJP L; 4FJ7 A; 2FBX A; 4HVJ A; 1S1V A; 4GNI A; 3PV8 A; 4CF0 A; 1VRU A; 3LDQ A; 3IAY A; 4ISE A; 4WF9 L; 2QWP A; 3VQB A; 4IZ9 A; 3NF9 A; 3O6W A; 3QB0 A; 4EAH D; 5BPM A; 1KD1 O; 4BC4 A; 3CFO A; 1JCE A; 3M6G A; 2O8D A; 4X62 K; 4FPA A; 5BPN A; 1IKW A; 2W42 A; 1RGI A; 1DGK N; 5CY4 A; 5DK5 A; 4FO0 A; 1K6Y A; 4CFB A; 3FZM A; 2IVN A; 2BTF A; 4LY7 A; 2KZZ A; 4PKG A; 2HND A; 2F7T A; 3UKR B; 4B8A B; 1KQS M; 2QXL A; 1B9F A; 1BIZ A; 4BR0 A; 1GLE G; 1YJW N; 3G10 A; 5BN9 A; 4EIA A; 1ATN A; 2VWK A; 3DLR A; 4PKI A; 3CM5 A; 1IG8 A; 3HP6 A; 2A5X A; 3D2E A; 5HP1 A; 4FWM A; 4NXM K; 3VF2 A; 3EN9 A; 1Y97 A; 4CI6 A; 1SZ2 A; 3H1V X; 4HUG A; 1W9H A; 3DLB A; 3CYM A; 3L2U A; 4FWP A; 4QS9 A; 1V4T A; 4CZF A; 2OAN A; 4ICL A; 1LV5 A; 3QDK A; 5BPL A; 4FWN A; 3THY A; 3TAG A; 4JNE A; 3CQY A; 4AH9 A; 4CK1 A; 4DSK A; 1JLE A; 2E2P A; 5AZI A; 1TV6 A; 4CF2 A; 1JLQ A; 5BR9 A; 2D0P A; 2OZM A; 3HVR A; 2F8S A; 3F2K A; 1C1C A; 5CR4 A; 5CE3 A; 1JLG A; 1XWL A; 4JS5 A; 2W41 A; 3ULE B; 3SUN A; 4CE9 A; 5KTQ A; 2P9S B; 3NH1 A; 1I3A A; 1Q86 O; 4BRI A; 3KK7 A; 3PO5 A; 2CGL A; 4M7X A; 2P9I B; 2ZE2 A; 4CEA A; 5FDL A; 3DLE A; 2NUB A; 1W2B M; 2O8C B; 4CFA A; 2BGG A; 1SUQ A; 4BDY A; 5HRN A; 3I0S A; 1WSE A; 3MCA B; 4G1Q A; 2VYP A; 4CIE A; 3C95 A; 2ZF5 O; 2P9U B; 5HRO A; 3QIN A; 3DLH A; 3P31 A; 3ZSZ A; 3BY5 A; 1FKO A; 4IOC L; 3QEI A; 4RCH A; 5ADX A; 5F1X A; 3O8M A; 4NO7 A; 2A40 A; 3SJJ A; 1TGO A; 4BRN A; 3M8Q A; 1EET A; 1TK0 A; 1KC8 O; 2ZM6 K; 4DKW A; 3ATV A; 5FRM A; 3NF8 A; 4JD2 B; 1VSK A; 3TAF A; 3VQE A; 3MXM A; 2GTD A; 3EKS A; 5B8H A; 1GOC A; 3LP3 A; 3AVF A; 1VHX A; 1S1U A; 4GW6 A; 1YTA A; 3BF3 A; 3CET A; 2RKI A; 3DRS A; 2I7N A; 1T7P A; 2IVP A; 3RSE B; 4FCY A; 4E1M A; 4DTP A; 3PO4 A; 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1KAX A; 2E2N A; 3FGU A; 3AVH A; 3E9O A; 1G99 A; 4J2B A; 2NRV A; 4FWK A; 3WXJ A; 1HMV A; 5FLX O; 1J5E K; 4OGE A; 1FK9 A; 4H5V A; 3O3G A; 4O8K A; 1IV0 A; 3R1X A; 4FJ8 A; 1YT3 A; 3AVB A; 4BRA A; 1L5U A; 4DHY A; 4EFH A; 3J7Z O; 4NCB A; 3RTV A; 1LWE A; 4K8X A; 1GLB G; 4DQP A; 4EHU A; 1NG9 A; 2CGJ A; 1HNW K; 4OPA A; 3HOS A; 5KPT A; 4EP4 A; 3H08 A; 3OYB A; 3TAB A; 3HVT A; 3MCP A; 4DR7 K; 3L0Q A; 4DV7 K; 2G8U A; 4CHZ A; 5I3U A; 5JIC A; 1GLL O; 5T7B A; 2QWM A; 2QM1 A; 3C6A A; 3M8S A; 2FSK A; 3A0I X; 4A2B A; 1UOC A; 2ATQ A; 4M3X A; 3HL8 A; 4DF4 A; 5FPN A; 4A5A A; 3MEC A; 4KHN A; 2O8E A; 2IIR A; 3HP9 A; 2Z1G A; 3VQP A; 2WTU A; 4CJ7 A; 5AJ3 K; 4JKG B; 5DM6 L; 3TSQ A; 3K0S A; 3WXK A; 3QEV A; 3ZT4 A; 1BA0 A; 4X64 K; 3VQ9 A; 3O3F A; 3U8X A; 4CJ3 A; 3VPZ A; 1NK0 A; 1TUU A; 1NGB A; 1RCH A; 2YX6 A; 1HR0 K; 2QEX N; 3LAK A; 3MEE A; 1EQY A; 2WOM A; 5AQV A; 3LAN A; 4A57 A; 4E1N A; 4CF8 A; 1JLB A; 4JKF A; 1CXQ A; 1RIL A; 5EY4 A; 3SAG A; 4JI3 K; 3CM6 A; 4GY2 B; 1N34 K; 3BZC A; 3ID8 A; 1S72 N; 4DUY K; 3PX4 A; 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