The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
119
|
structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the 30S ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
|
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
29
|
| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-04-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2ZM6 K; 3T1H K; 4YHH K; 1IBK K; 4CVN E; 5LL6 Z; 4JI5 K; 4LF8 K; 5LMN K; 5IWA K; 2HHH K; 4DV3 K; 4JYA K; 4CW7 B; 3J7Y P; 3J7A P; 2UXC K; 4DR4 K; 2VQE K; 4LFB K; 2F4V K; 3OTO K; 3JAM O; 4K0K K; 1N36 K; 4NXN K; 1IBL K; 4GKJ K; 4DUZ K; 5IT9 O; 4DR2 K; 1XMO K; 4X64 K; 2UUA K; 4DR5 K; 4DV1 K; 4AQY K; 4DUY K; 4B3M K; 3J80 O; 1N33 K; 4GKK K; 2UXD K; 4JI8 K; 4JI2 K; 1N34 K; 4JI1 K; 4DV6 K; 4LF9 K; 1HNZ K; 1HR0 K; 1XMQ K; 4V19 S; 4B3T K; 4JI7 K; 1HNW K; 3J81 O; 5A2Q O; 3T1Y K; 1FJG K; 4B3S K; 4LFC K; 4KHP K; 2E5L K; 1XNQ K; 5FLX O; 4X62 K; 4JI3 K; 4JI6 K; 4DR3 K; 4X66 K; 2UXB K; 2UU9 K; 1I94 K; 5AJ3 K; 5LMU K; 4JI4 K; 4DV0 K; 4DV4 K; 4JI0 K; 4LF4 K; 4DR6 K; 1IBM K; 4B3R K; 1N32 K; 4YY3 K; 4OX9 K; 1J5E K; 4NXM K; 4LFA K; 1XNR K; 4LF5 K; 4DV7 K; 4X65 K; 5BR8 K; 4LF6 K; 4LF7 K; 2UUC K; 4DR7 K; 1HNX K; 4DV2 K; 2UUB K; 4JV5 K; 4DV5 K; 2VQF K; 4DR1 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 1QQC A; 3D7E O; 4IBN A; 1RTJ A; 3M5R A; 3OYB A; 4AH9 A; 1ZBH A; 4EAH D; 5AQI A; 4R5P A; 4C8O A; 1KCF A; 1X3M A; 3M8P A; 4H5R A; 3L3V A; 3IFR A; 4E1J A; 5IWA K; 3NHG A; 3CF5 L; 3O5B A; 1NKC A; 3BEX A; 1NK4 A; 1JXE A; 3OTO K; 3PSF A; 2Q97 A; 1NK0 A; 4UQG A; 4E7I A; 1Y97 A; 4CFA A; 5AQL A; 4CGG A; 3HI0 A; 1GLL O; 2NRZ A; 3ZCM A; 4WQ5 A; 2Q2R A; 2VG5 A; 3T1A A; 3TWH A; 3SUN A; 1D4X A; 2D0B A; 4FOE A; 3C65 A; 3NMU A; 3NAE A; 3VF6 A; 4DQ8 A; 3RRH A; 2PAV A; 3HXM A; 3A5M C; 3J80 O; 4FXD A; 1E4G T; 2P1J A; 4FM0 A; 1RFQ A; 5AQR A; 3THY B; 4CCH A; 2FBV A; 1C0M A; 1RTH A; 3JS6 A; 2QKB A; 1FXX A; 3AVI A; 3ID6 A; 4GNI A; 1KD1 O; 4CJV A; 4PQU A; 2OA8 A; 4B1V A; 1VQ5 N; 3DLR A; 4LF9 K; 4W5Q A; 1JJ2 M; 4H0V B; 4L3Q A; 5AQK A; 4CIF A; 4EHU A; 4CD1 A; 1VQ6 N; 3A8Y A; 4E1N A; 2FSK A; 1RGI A; 1IO2 A; 4BRF A; 3TAM A; 4IDH A; 3SK3 A; 2HMI A; 4CIE A; 1X9S A; 1F21 A; 3BF3 A; 1HPM A; 4FL9 A; 5AQG A; 4H5T A; 2HVH A; 1T6C A; 4JI0 K; 1IKX A; 4DR6 K; 3AVA A; 4B3R K; 1N32 K; 1NGH A; 3AO4 A; 2HHQ A; 1QZ5 A; 3O6W A; 3MEE A; 4NXM K; 4LFA K; 4CEO A; 1XNR K; 2HBL A; 4XH4 A; 1LV5 A; 1REV A; 3IS9 A; 3SQ4 A; 3WNF A; 1IJJ A; 1XWL A; 2E2O A; 4PKI A; 1RBS A; 2KFN A; 3RVC A; 1JCG A; 2YNI A; 2P9U B; 5GIN A; 3CCV N; 1ZBU A; 4OPK A; 5HRP A; 1QSL A; 4JI5 K; 1NGE A; 1ATN A; 4CGF A; 4DSF A; 3S41 A; 1J6Z A; 1N6Q A; 4M7X A; 2GTD A; 2X74 A; 5AQN A; 4FJI A; 4PKH A; 4K0K K; 3VQ4 A; 1ATR A; 3THW B; 2JGU A; 5E26 A; 2JWL A; 4CZE A; 1L3U A; 4E1M A; 2O8F B; 4M3T A; 3VQQ A; 2HOE A; 4DR2 K; 3MX5 A; 1BI4 A; 3TAN A; 1TAU A; 4DS5 A; 5EY4 A; 3VGK A; 4DUY K; 1SV5 A; 4DU1 A; 4DLG A; 2D0P A; 4ID5 A; 3H08 A; 5DM7 L; 3CER A; 4GKK K; 1RT4 A; 3F73 A; 1DGK N; 2BE2 A; 3VQE A; 4B1X B; 1XUP O; 1IKV A; 2FSN A; 3MWP A; 4NCA A; 3OYC A; 3QFU A; 2P9N A; 3C6T A; 4Q0B A; 3LP2 A; 5BPM A; 2HHX A; 4H0O A; 4B3T K; 4JI7 K; 2O8C B; 3JYT A; 2Y1J A; 4BDP A; 2NRW A; 2VWB A; 3ULD A; 5KRS A; 4OVL A; 4IFE A; 3T69 A; 1G99 A; 2I5J A; 1Z26 A; 1DT9 A; 3ENH A; 2VG7 A; 3QLH A; 2VWJ A; 4H4O A; 3OBY A; 4JI6 K; 2FBX A; 3QEW A; 4JHD A; 1BA0 A; 3P1G A; 1I94 K; 1YVU A; 4N47 A; 2P51 A; 3FZF A; 4AM6 A; 4E7H A; 1VQO N; 3KLH A; 1NK6 A; 3D0P A; 3B8A X; 5AQF A; 5BR9 A; 3U3G A; 3AVH A; 4FK4 A; 3CJ9 A; 3SUP A; 3UKR A; 3BY5 A; 3KIO A; 3LP0 A; 3V9Z A; 2KZZ A; 1WSE A; 3OVN A; 1QHA A; 3F2K A; 4BWJ A; 3CQ8 A; 3U3Y A; 4FJN A; 5T7B A; 5JMV A; 5HLF A; 3L0Q A; 3OA9 A; 4U67 L; 5SWM A; 4DB3 A; 1C0G A; 2YJF A; 3LPU A; 3QNN A; 2DFE A; 3TTF A; 4JNE A; 4OLB A; 2A1R A; 1GOC A; 3DM2 A; 4IDK A; 1L3S A; 2KKZ A; 3ZET B; 1RT2 A; 2ZJQ L; 1QQO A; 2E6M A; 4O5F A; 3FLC O; 2W6L A; 1HYS A; 4ZTJ A; 5AQZ A; 2BTF A; 2FLO A; 4KFB A; 2PZS A; 3NF8 A; 5I9E B; 2B6A A; 3AVB A; 4BRP A; 4C1N K; 3WNG A; 1O13 A; 3CJ7 A; 5F2R A; 1A5X A; 5HRO A; 4JS5 A; 2W40 A; 4DG1 A; 2ZF5 O; 4CF8 A; 2KFZ A; 3DLG A; 1ILY A; 4MLH A; 3QIN A; 1GLC G; 3D2F B; 4QS9 A; 1WAJ A; 3VA3 A; 4GV3 A; 3ASM A; 3MCA B; 3CMA N; 2OZS A; 1IV0 A; 1HNZ K; 3PV8 A; 4H5W A; 3OYM A; 1XMQ K; 4BRC A; 4BE0 A; 3ATV A; 4DKW A; 5AQP A; 1MWM A; 3SI6 A; 1YIT N; 1BO5 O; 1NGG A; 3O9Q A; 5A2Q O; 4DF4 A; 4OPH A; 1U47 A; 1ZC6 A; 4OPJ A; 3H46 O; 2E5L K; 3BZK A; 1HKG A; 2FSJ A; 3V1R A; 2G8U A; 4FK0 A; 2FF3 B; 4M3Z A; 5AZI A; 4Z4I A; 1YJN N; 5CY4 A; 4DR3 K; 1VSL A; 4X66 K; 3OYJ A; 3TAG A; 3NH1 A; 1NGD A; 3HSC A; 3K58 A; 4G1Q A; 3CET A; 3L2W A; 3QNO A; 1EXQ A; 1ATS A; 3THV A; 2QWL A; 4JK9 A; 4KV8 A; 5I42 A; 1L5U A; 4F2R A; 5C0Y A; 3L4Q A; 1VSE A; 4DTU A; 3SMS A; 3GL1 A; 4I9L A; 5CZ2 A; 4KI6 A; 5AQV A; 3R6M A; 2UUB K; 4K43 A; 1VQ4 N; 4KHW A; 3I33 A; 3K5N A; 4DR1 K; 1P90 A; 2Z1G A; 2E1Z A; 4QS7 A; 3HP6 A; 3E66 A; 1TK5 A; 4KH5 A; 2AA4 A; 1YTA A; 5KGX A; 1NG9 A; 4YOW A; 1LAW A; 3LP1 A; 2VQE K; 2DFF A; 3HM9 A; 4H5V A; 1RT1 A; 4BC2 A; 4FLW A; 1RDB A; 5HOO A; 5KRT A; 2G8F A; 3FZH A; 2XHB A; 4O8U A; 1XMO K; 4DQS A; 2O8E A; 3K59 A; 1XQS C; 3VN5 A; 3IRX A; 5M1O A; 4B3M K; 3LDN A; 3DAW A; 1RNH A; 3MX2 A; 3QDK A; 5BRE A; 4EZ9 A; 4FCY A; 3KK3 A; 3N4P A; 5HL7 L; 1B92 A; 2FC0 A; 4FLZ A; 4C8K A; 4HTL A; 4KB1 A; 2VGN A; 4O5B A; 1JLQ A; 1RDC A; 3CFP A; 2QW9 A; 1KXP A; 4BE2 A; 4BDY A; 1QVG M; 4AHU A; 3K0S A; 3FE1 A; 3RMB A; 2Q31 A; 3VQ6 A; 2EHG A; 3T1Y K; 1NGB A; 2DTU A; 3WNH A; 5AR0 A; 5HRN A; 5JS2 A; 3VER A; 1NMN A; 4IZ9 A; 3L2R A; 2O4I A; 3CPW M; 2IAJ A; 2P9P A; 2IS3 A; 4JKD A; 3VQ7 A; 4NLC A; 2DFH A; 2YNG A; 4BR5 A; 3VQ8 A; 1BI4 B; 2IVO A; 3RWU A; 1BQN A; 2D0O A; 1H1V A; 1KAY A; 1YAG A; 3HVR A; 4OX9 K; 2P9U A; 3ZX3 A; 3CM5 A; 1JL1 A; 1HJO A; 1DEJ A; 1VSI A; 5KI6 A; 1UOC A; 3E9L A; 1MDU B; 4JV5 K; 1T05 A; 2P9N B; 2VCP A; 3SPZ A; 4I2Q A; 1BG3 A; 5BPN A; 5CR4 A; 2ZM6 K; 3VA0 A; 1NK8 A; 2CH6 A; 2KLA A; 2W6K A; 5GIO A; 2A6A A; 3NVM A; 4YNQ A; 4DTP A; 3LDS A; 1KRP A; 1T3V A; 3C6A A; 2HHH K; 3T7Z A; 4CEE A; 4CF2 A; 3VQA A; 4BAC A; 4JHD B; 1EWR A; 4DSI A; 3THX A; 2CH5 A; 2FF6 A; 1JLF A; 2CGL A; 4WQ4 C; 3BZC A; 3MEG A; 5EOY A; 4BQZ A; 5J2N A; 3UKR B; 4C23 A; 2PYJ A; 4GKJ K; 4IEI A; 4WCE L; 4JK8 A; 4CZH A; 3CC2 N; 1ZBF A; 2PBD A; 4BR7 A; 1NGC A; 5MLC Q; 4F3T A; 3SV3 A; 3ENB A; 1FKP A; 3HPO A; 1OH6 A; 1TK0 A; 4JI8 K; 2KQ2 A; 1ZXO A; 1C0T A; 2Q1N A; 2F7T A; 5H1S Q; 4F3O A; 1YIJ N; 1ZBI A; 2YX6 A; 5GAE P; 4CHN A; 3LZI A; 3VEV A; 1GOB A; 2QKK A; 3CFR A; 1CXU A; 1HPZ A; 3OYF A; 1JLG A; 3WEE A; 3KKS A; 2ATQ A; 1MWK A; 4CK2 A; 4BG8 A; 4H5N A; 4L8R B; 2I7N A; 5I3U A; 4DSJ A; 2WFB A; 2P9I A; 3V9U A; 1GLD G; 3KK2 A; 5FRO A; 3FGU A; 4JK7 A; 1BHL A; 5AJ3 K; 4DTM A; 1NWK A; 4CHP A; 4JKH A; 4K8X A; 2BDP A; 3TSU A; 4GY2 B; 2YNF A; 1WOQ A; 3OYD A; 2F9T A; 3ZEU A; 3VQD A; 3VEZ A; 4YY3 K; 1YVN A; 1J5E K; 3U6F A; 2PYL A; 3VEO A; 3O08 A; 4JLH A; 4J2A A; 4OPA A; 3ZET A; 3MK6 A; 3BF1 A; 4FK2 A; 5AFU H; 4CK3 A; 1S6Q A; 1QQN A; 4FZZ A; 3H3O B; 1HNV A; 2IDO A; 1NK5 A; 4FVU A; 4Z4E A; 2WOM A; 4IFV A; 4DF8 A; 3QB0 A; 4MO5 A; 4LF8 K; 4CJR A; 5TKW A; 2YJE A; 4ELV A; 3LDQ A; 2F8S A; 5AZI B; 4DTO A; 3ISN C; 3ALY A; 1RDA A; 1VK0 A; 4TSX A; 3CM6 A; 4LSL A; 1VQN N; 2D5R A; 2QA4 N; 4H0P A; 1S1V A; 4HUE A; 3O4W A; 2QWQ A; 1NKB A; 4MLE A; 1T03 A; 5FPD A; 4FOI A; 3IMX A; 3AVC A; 1K73 O; 5IT9 O; 1X9M A; 2E2P A; 4AQY K; 4E89 A; 3VQC A; 1E4F T; 4GV6 A; 2UXD K; 2KHO A; 4ILH A; 1RT6 A; 4DTR A; 4JI2 K; 4KTW A; 2E2N A; 3M1F A; 3EE8 A; 4IEE A; 3G71 N; 3QER A; 3HL8 A; 3BGR A; 3KK7 A; 3CIP A; 2NRR A; 1BUP A; 4KRF A; 4V19 S; 2A5X A; 3NCI A; 1EET A; 3U9D A; 1BIS A; 1SQK A; 1UAX A; 1MA9 B; 3O8M A; 3TAB A; 4B3S K; 2HF3 A; 2GBZ A; 3LWM A; 2VG6 A; 3DRP A; 1VAZ A; 4BR0 A; 4M3Y A; 3EN9 A; 4CEF A; 4WFN L; 4DQQ A; 1NJZ A; 4FLU A; 4KTZ A; 2O8E B; 5AFU A; 4FYD A; 2WUS A; 4OKJ A; 2YCH A; 3K9J A; 3VOV A; 3CCM N; 1RBV A; 1WAF A; 3IG1 A; 4Z4G A; 2YHY A; 4OKE A; 3LDO A; 1YXQ A; 4RW9 A; 4B8C A; 4FJX A; 1HJR A; 1GLB G; 1GOA A; 4OGC A; 2Y1I A; 1ASU A; 5KTQ A; 2NNW A; 3N4Q A; 3V1Q A; 2HVI A; 3HT3 A; 4CBU A; 4CI6 A; 3AAP A; 3AV9 A; 2RN2 A; 5KQ8 A; 3MAQ A; 1KFS A; 3G25 A; 4FW1 A; 4BR9 A; 4IJN A; 4JRQ A; 4LD0 A; 4YHH K; 2BUP A; 3VEN A; 3SBT A; 2O8B A; 4LH4 A; 2B5J A; 3OYA A; 3A0I X; 1ZBL A; 5BRH A; 4DTJ A; 1RCH A; 2P9P B; 4OJR A; 2EWS A; 4FZY A; 4JKG A; 3CI5 A; 4J2B A; 1CZA N; 2CGJ A; 2RF2 A; 4DTS A; 1VQP N; 2GEL A; 3O4Q A; 4B1U B; 3NGI A; 2W41 A; 4CGI A; 3DLE A; 2P9S B; 3FZK A; 2HHT A; 2E8A A; 5KPR A; 4MO4 A; 1VSJ A; 2V52 B; 1TK8 A; 3FFI A; 1KAX A; 1NLV A; 1JLB A; 4BG9 A; 4M45 A; 4IO9 L; 3RR7 A; 4DFJ A; 1S1X A; 4O8K A; 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3ZEU B; 4AHV A; 4NXN K; 3QIC A; 4KH4 A; 4BRK A; 4A57 A; 1QQM A; 1SKR A; 4X64 K; 3SPY A; 1W7A A; 3H6E A; 4FVM A; 5LJV A; 3RRG A; 4K42 A; 3MN7 A; 1Z05 A; 4FWO A; 1N33 K; 3OYN A; 1ZBS A; 4HHT A; 3CME N; 3DRS A; 4RCH A; 1SKS A; 1KC8 O; 2HST A; 4DFK A; 4A5B A; 2X78 A; 4CJT A; 1XC9 A; 4FWS A; 4A59 A; 3W3D A; 5CYM A; 4OO1 J; 4NYF A; 4B9Q A; 3J81 O; 4KBO A; 4YOT A; 4BGA A; 3PX6 A; 3M3Z A; 3HOS A; 3OY9 A; 2Q36 A; 1HYZ A; 1XNQ K; 5CE3 A; 4FPB A; 1YUW A; 5AQH A; 1D9F A; 3KLG A; 3VTI A; 2VWK A; 4J2D A; 4JI3 K; 1IG9 A; 3H3N O; 4C8M A; 1YI2 N; 5M1N A; 4RTF D; 3WXL A; 1Z25 A; 3DLH A; 4CEA A; 3OYK A; 3M8R A; 3CCS N; 1K9M O; 4QS8 A; 3MN5 A; 4FWM A; 4M3R A; 1IBM K; 2ZJP L; 4WQ4 A; 4BRG A; 3QEV A; 1U4B A; 3EKS A; 1BGX T; 3LAN A; 3GOI A; 3VEX A; 1S1T A; 1RT5 A; 2H3G X; 3OYH A; 2HNY A; 1OH5 A; 1S1W A; 1SUQ A; 4YOY A; 4U7B A; 4B9T A; 4KHQ A; 4GW6 A; 1WSI A; 3MMV A; 4BY9 C; 1RIL A; 3OJU A; 3CCQ N; 5M1P A; 1JCF A; 1K6Y A; 3K5M A; 4WF9 L; 4BRQ A; 4CBX A; 5LJW A; 1SL0 A; 3CFO A; 2LSN A; 3HOT A; 1LCU A; 2HBJ A; 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