The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
119
|
structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the 30S ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
29
|
| structure length |
119
|
| sequence length |
119
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-04-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4B3S K; 4DR5 K; 2VQE K; 4KHP K; 4JYA K; 1XNR K; 1HNX K; 4YHH K; 3JAM O; 4DV7 K; 1HR0 K; 4LF5 K; 4LFA K; 4DUZ K; 1XMQ K; 2UXB K; 4B3T K; 4CVN E; 1N33 K; 4V19 S; 5IWA K; 4DR2 K; 1IBL K; 3OTO K; 5A2Q O; 3J80 O; 4DV1 K; 4JI4 K; 1HNW K; 4JI7 K; 4DUY K; 4DV3 K; 4DR6 K; 2UUB K; 1J5E K; 4YY3 K; 4NXM K; 4JI6 K; 5LMU K; 3T1H K; 5LL6 Z; 4X64 K; 1N32 K; 2UXC K; 2HHH K; 4LF7 K; 3J81 O; 4LF8 K; 2UUA K; 4B3M K; 4LF4 K; 4DR3 K; 5BR8 K; 4LFB K; 4LFC K; 4JV5 K; 4B3R K; 4JI0 K; 4JI1 K; 4OX9 K; 1N34 K; 2VQF K; 4JI3 K; 4JI2 K; 1XNQ K; 4CW7 B; 4K0K K; 2UXD K; 3T1Y K; 4X62 K; 4X66 K; 5IT9 O; 1HNZ K; 1XMO K; 4NXN K; 4DR4 K; 5LMN K; 1N36 K; 5AJ3 K; 4LF6 K; 2F4V K; 4DV2 K; 1I94 K; 4JI5 K; 4DV6 K; 4DV4 K; 2UUC K; 1IBM K; 2UU9 K; 3J7A P; 5FLX O; 4DR7 K; 3J7Y P; 4GKK K; 4X65 K; 4DR1 K; 4GKJ K; 2ZM6 K; 2E5L K; 4JI8 K; 4AQY K; 1FJG K; 4DV0 K; 4LF9 K; 1IBK K; 4DV5 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4CIG A; 1S3X A; 4E7I A; 4ILG B; 4DU1 A; 2ETJ A; 4CZJ A; 2HHT A; 1YVN A; 2Q36 A; 3PX6 A; 5AZJ B; 1WNS A; 4B9T A; 4K8X A; 2YJE A; 3EKU A; 1K6Y A; 1CXQ A; 1WSJ A; 1N33 K; 4DSK A; 4IDK A; 3DJC A; 1ZBS A; 3HBT A; 4IOX A; 2RF2 A; 1HMV A; 3PO5 A; 1TUY A; 5IWA K; 4KI4 A; 3AVI A; 2O8D A; 4C1N I; 3D7E O; 3L2W A; 1Z26 A; 3DRR A; 1QVG M; 3LZJ A; 4HCC A; 1EQY A; 1VRU A; 1W9H A; 4XH4 A; 3AVM A; 5HRR A; 1HNW K; 3L2R A; 1NBW A; 1BQN A; 3VQ5 A; 4HTL A; 5LJW A; 4I6M A; 3TI0 A; 3CQX A; 5EVZ A; 5JVG L; 3VQA A; 1DGK N; 2RE2 A; 2E88 A; 5HBM A; 3MEC A; 2O8D B; 2V51 B; 4WFB L; 3I8D A; 4E0D A; 2JLE A; 3BZC A; 4CE9 A; 4FYD A; 3VEW A; 2P9S A; 1ASW A; 4JI1 K; 4FJH A; 1ASV A; 4CGF A; 2GWJ A; 4BC3 A; 2F9W A; 2YHX A; 3PUF A; 1SS6 A; 4BRG A; 4ICL A; 4DWI A; 4I6M B; 4JI2 K; 3S3N A; 3AA2 A; 1W7A A; 2UXD K; 3T1Y K; 3KIO A; 5IT9 O; 1OH8 A; 1T6D A; 2YKM A; 4BGB A; 4O8U A; 3HPH A; 3PX0 A; 3ATV A; 1VQK N; 3RRG A; 4WE1 A; 5ADX H; 3MN9 A; 1CZA N; 4BR5 A; 3DWL A; 4CJ4 A; 2A1S A; 4DV4 K; 2QWM A; 4CES A; 4DTM A; 5DM6 L; 4BR4 A; 2P9S B; 4YFU A; 3HJF A; 3M8S A; 3CCM N; 3ZX3 A; 3CI5 A; 4FM2 A; 4CJ3 A; 3OS0 A; 4AIL C; 1U47 A; 4KKO A; 2E2O A; 4DV5 K; 3FZM A; 3DLK A; 1YJN N; 3CFR A; 4FM0 A; 3O4N A; 1HKG A; 4OLA A; 5TKW A; 4JAX A; 1YVU A; 1ZBF A; 3OBW A; 1SV5 A; 3ASM A; 5CE3 A; 3O4Q A; 5GAH P; 4WQ5 C; 3RVC A; 3QEX A; 2G8F A; 4CGH A; 2HW3 A; 5BN8 A; 5JLH A; 4B3T K; 5KGW A; 2O8B A; 2HHQ A; 3ZSY A; 3EE8 A; 3VQB A; 4KTW A; 3AVA A; 3SQ2 A; 1YF5 L; 4RG8 A; 2WFB A; 3C6H A; 4LH5 A; 1D5A A; 4EZ6 A; 4CFB A; 1X9M A; 3LDP A; 3KK2 A; 5JMV A; 3DLB A; 4BRD A; 3OYK A; 2O4I A; 5KGX A; 2VWJ A; 4DUY K; 5GIP A; 3VEY A; 3FZH A; 1OH7 A; 3KD5 E; 4DR6 K; 3SJJ A; 1BWF O; 3AVN A; 4KH6 A; 3DLL L; 3V81 A; 4KHU A; 4NXM K; 2O8B B; 1L3T A; 5LMU K; 3OYI A; 1U04 A; 3DRS A; 4H5V A; 4F4K A; 3AV9 A; 3P83 D; 2RHK A; 4B3M K; 3MDQ A; 3O80 A; 4LFB K; 4I7F A; 4FLV A; 4J2A A; 3GBT A; 2I7N A; 5HP1 A; 1D9D A; 1REV A; 1S22 A; 4C8K A; 5KPR A; 3QIN A; 2HBK A; 1VQM N; 1U2V A; 1IKX A; 5FPN A; 2HBJ A; 4PKG A; 5HRS A; 3DXK A; 3CMA N; 3CCQ N; 4H4M A; 3THV A; 3V9S A; 2G8V A; 1GOB A; 1IBM K; 5CZ1 A; 1LAW A; 3OYD A; 1BG3 A; 1JLC A; 3J7Y P; 2DY4 A; 4FWR A; 2KZZ A; 1BA1 A; 3U9D A; 3BDP A; 2YHW A; 4RW6 A; 4FK4 A; 2G8H A; 1ZBH A; 1NK9 A; 1U2V B; 4CZF A; 2F8T A; 3WQT A; 1IBK K; 4CFA A; 3L6Q A; 2GTD A; 2H3G X; 3VA3 A; 4JK8 A; 4FPA A; 3DXK B; 2G8U A; 3WNH A; 3VGL A; 4JRQ A; 4YHH K; 1L3S A; 3JXU A; 1RDA A; 1QHA A; 4JKC A; 3K0S A; 3ZLJ A; 4C1N K; 4BE1 A; 4FJG A; 4FJ7 A; 4OLB A; 4U67 L; 1Y64 A; 4DTR A; 3W3D A; 5AQK A; 3V9U A; 3PO4 A; 1HNI A; 4PY5 A; 2YCH A; 3P1G A; 5DMR A; 3ZT3 A; 4V19 S; 4CEQ A; 3HP9 A; 1NGJ A; 2P9K A; 1QSS A; 1IKV A; 4N5S A; 1EXQ A; 1RDW X; 5AFU H; 3HT3 A; 5AQP A; 4CEZ A; 3K58 A; 4IKF A; 2CH6 A; 1BUP A; 1VSL A; 3VQP A; 1B9D A; 4H0O A; 2AA4 A; 1C0T A; 3ZT0 A; 1NJX A; 4FK2 A; 3WT0 A; 2W6K A; 5KTQ A; 3SAG A; 3QER A; 1JLB A; 2D4W A; 2BGG A; 3SQ4 A; 2UUB K; 3SPZ A; 1QQO A; 1K9M O; 5ADX A; 3P39 A; 2KFZ A; 2JWL A; 3ZT1 A; 4LC9 B; 5I9E B; 3NH0 A; 1YTA A; 1BI4 A; 4CFD A; 2P9K B; 4PWD A; 2A6A A; 2NRZ A; 1YUW A; 4FJM A; 5M1Q A; 3L0Q A; 1MA9 B; 1JJ2 M; 3I56 N; 3GOI A; 3MN5 A; 5C24 A; 4KTQ A; 4FWK A; 5J2N A; 2YV0 X; 1NGC A; 4DSJ A; 2YNH A; 4KRE A; 1NJW A; 2FF6 A; 4DFP A; 3HO1 A; 1VSJ A; 4NYN A; 3C0B A; 1CZB A; 4X62 K; 4CF9 A; 4DG1 A; 4KB0 A; 1HJO A; 3ZET A; 3V9Z A; 1BI4 B; 3O9Q A; 1ATN A; 1BDG A; 4Z4C A; 1GLJ O; 5T7B A; 1E4F T; 4PHT X; 4ISF A; 3M5R A; 3SCX A; 4MLE A; 4DR7 K; 1CXU A; 1NK0 A; 2CGJ A; 3EN9 A; 4CD1 A; 3RSE A; 2VG7 A; 3H6E A; 3CM6 A; 4BDY A; 1KD1 O; 4BRQ A; 1IV0 A; 1S1T A; 3VTH A; 1TKZ A; 5M1F A; 3LDN A; 1U45 A; 5JVH L; 3VA0 A; 1J6Z A; 1I3A A; 4F3T A; 2RN2 A; 3ZSX A; 2P9L A; 2QWP A; 1VQ5 N; 4ZTJ A; 3SLC A; 5JS1 A; 4N76 A; 3C95 A; 4LH4 A; 2BH1 A; 1U49 A; 3RSE B; 4AHV A; 4BDP A; 4B1U B; 4LSL A; 4MQ3 A; 1T03 A; 3NE6 A; 4CF2 A; 4DQQ A; 1NMD A; 4CJ7 A; 3G71 N; 3ZSO A; 5GAE P; 3HVR A; 5AQW A; 2QXL A; 5A2Q O; 3SK3 A; 5C2F A; 3DOK A; 5HLF A; 5AQQ A; 1E3M A; 4DTO A; 2GEM A; 3SQ0 A; 1VSH A; 3PX4 A; 2P9L B; 5KRT A; 1RTJ A; 3JSM A; 3H08 A; 4HWI A; 3QDK A; 4K25 A; 4IOC L; 2DFF A; 4RW4 A; 1Y97 A; 2A3Z A; 4F8R A; 4GVM A; 3T3F A; 3ULD A; 1SZ2 A; 2PYL A; 4LF8 K; 3THX B; 4B9N A; 1D9F A; 1VRT A; 3SAF A; 4UY8 O; 3F9K A; 1X9J A; 3RRH A; 1TK8 A; 4B9Q A; 4E1J A; 3L4Q A; 1O13 A; 2QM1 A; 3HZ6 A; 5EOY A; 3NHG A; 5SZT A; 4H0T B; 1JXB A; 3SPY A; 2OZS A; 4BR9 A; 4B8C A; 2IDO A; 3MK6 A; 4C23 A; 1Q82 O; 4J2D A; 5KRS A; 4CK2 A; 3B8A X; 5F0X A; 3LAM A; 4FLZ A; 3KTQ A; 3VF6 A; 1KXP A; 2Q1N A; 5AQJ A; 2HNY A; 4QS9 A; 4NLB A; 3UB5 A; 2RKI A; 4I9L A; 4E1M A; 1XHX A; 5GIO A; 1RTI A; 4QS7 A; 3J7A P; 4CZL A; 4GKK K; 1W2B M; 2JWK A; 5FRM A; 2ZF5 O; 4A5B A; 3VF2 A; 1KFD A; 3GG4 A; 4IDH A; 4BWJ A; 3V4I A; 5AZI B; 5AQT A; 4DV0 K; 3HL8 A; 4KTZ A; 3DOL A; 1LOT B; 4FLT A; 4E19 A; 4J8F A; 3HI0 A; 1HNX K; 2I5J A; 3G10 A; 4BRH A; 3HYF A; 2YI1 A; 1SKR A; 2HHW A; 2ZGY A; 4B8A B; 4G9Z A; 4F2R A; 3L3U A; 2Z1J A; 4JRP A; 3IKM A; 3H45 C; 1YI2 N; 3LM2 A; 3ZCM A; 4FK0 A; 4AHR A; 2ZJQ L; 2FXU A; 3VQC A; 3EEQ A; 4NLC A; 3HPO A; 4LD0 A; 5AQS A; 2BDP A; 3V1R A; 4KHN A; 2BUP A; 2YJF A; 1S1U A; 3LPT A; 1XC9 A; 1EP4 A; 3CQY A; 1VQN N; 4CEA A; 2DFH A; 3L2V A; 4BRC A; 5AQZ A; 2R7Y A; 4B1X B; 2X78 A; 1RCH A; 2FBX A; 1VQ4 N; 1ZBU A; 1J5E K; 4EP4 A; 4O44 A; 5FDL A; 1WSI A; 4CJS A; 2HOE A; 4OGC A; 2NLX A; 4DF8 A; 1X3M A; 4ILH A; 3K2P A; 3OYJ A; 2NRV A; 2P5G A; 3O6W A; 1BGX T; 3MX5 A; 3EZ5 A; 1HPM A; 1MWK A; 3WXM B; 4JV5 K; 4DTU A; 5CR4 A; 3CPW M; 5H1S Q; 2YX6 A; 1RT7 A; 3LDL A; 3V9W A; 1XNQ K; 4CW7 B; 3CHW A; 4X66 K; 1OH5 A; 2IIR A; 3L2U A; 3K5L A; 4IEI A; 5J2M A; 4FVU A; 5CHI A; 1GLE G; 1L3V A; 2HVH A; 4IG0 A; 1U6Z A; 4AF1 A; 3OHR A; 4ELT A; 4LF6 K; 4CJQ A; 1IG8 A; 1BCO A; 3MWT A; 5GAD P; 4DV6 K; 3LDO A; 1LV5 A; 4IOA L; 4DTJ A; 3ZSW A; 4E89 A; 2O4G A; 4JI8 K; 5FPD A; 1VQP N; 1JKH A; 4CHP A; 2VG6 A; 3K57 A; 3U4L A; 3CCJ N; 1UA1 A; 5DK5 A; 1KVB A; 4CJU A; 4O8K A; 2YHB A; 3AVJ A; 3NGY A; 1C1C A; 3CC2 N; 2V7Y A; 3V1O A; 3C6A A; 1U4B A; 3VPZ A; 1JCF A; 4BRL A; 2P9P A; 3ALY A; 2V7Z A; 1VQO N; 2ASM A; 2I7P A; 2BTF A; 3AGK A; 2ITM A; 4KH5 A; 2QXF A; 1JLQ A; 3SMP A; 3QBX A; 3VER A; 4OKK A; 4CK1 A; 4CEO A; 4B9U A; 1NGF A; 1DTT A; 1NNE A; 4YDU A; 4HVJ A; 3DLE A; 5C25 A; 4HUF A; 1M90 O; 4ZTF A; 2EHG A; 4BR7 A; 3CF5 L; 3A5O C; 5AQX A; 4YOW A; 1RT4 A; 5AQG A; 3D45 A; 4JI6 K; 1ATR A; 3VQ7 A; 2JGU A; 2P9P B; 3WEE A; 1C0G A; 3G25 A; 2UXC K; 4JKD A; 3DRP A; 5AQM A; 2QW9 A; 3G4S N; 3P5J A; 3QML A; 3MAQ A; 1P90 A; 3L8B A; 1N8R O; 3NH2 A; 4N41 A; 3K9K A; 1KTQ A; 3WXI A; 1N34 K; 4M3Y A; 3LL3 A; 4IJA A; 2LSN A; 4ELU A; 2NNW A; 2OTL N; 1HKB A; 4CEE A; 3CM5 A; 1Z05 A; 4FJ8 A; 4JKG A; 1MDU B; 3WEE B; 4FJK A; 4A61 A; 4A59 A; 3CJ9 A; 2DPN A; 3UKR A; 1XMO K; 3CME N; 3VEN A; 4DB3 A; 3OS1 A; 3PV8 A; 5GAG P; 5FRO A; 2ZQB A; 4I2P A; 2KKZ A; 3AVB A; 4WQ4 A; 3RMC A; 3THY A; 4OVL A; 4Y1D A; 3FGU A; 3DM2 A; 3S3O A; 4B9M A; 2OPR A; 4DR1 K; 3KLI A; 3BP8 A; 3WNG A; 2P1J A; 2X6S A; 2WUS A; 5BRD A; 2ATQ A; 4JKG B; 1BCM A; 4FWM A; 4KHW A; 4B3S K; 3SBG A; 4FW1 A; 4KHP K; 1KAX A; 1X1P A; 5KPT A; 2XHB A; 3E9L A; 3THY B; 4DFK A; 1C6V A; 4DUZ K; 3HOT A; 3T1A A; 3HOS A; 3ISN C; 1V4T A; 4AH9 A; 3VET A; 4WFA L; 3CJ7 A; 4HUE A; 1WAJ A; 4BRK A; 3DI6 A; 2A5X A; 3N4P A; 2P9N A; 4KAZ A; 3P38 A; 1WAF A; 2ITG A; 2PFU A; 1NKC A; 1EX4 A; 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3KKR A; 2NRR A; 3IAY A; 3AVC A; 3CCL N; 2FBV A; 2HBL A; 4PKI A; 3VMF B; 4EFH A; 1NGE A; 3SAH A; 4DR2 K; 4CF0 A; 1G15 A; 1IBL K; 1TKT A; 2D1K A; 3IFR A; 4NO7 A; 2O8F B; 3VEZ A; 2QK9 A; 3DAW A; 3KLH A; 3J8A A; 4N47 A; 4Z4G A; 1S1W A; 1QS4 A; 3AAQ A; 1KAZ A; 5HRO A; 4JS4 A; 4QCL A; 2P9I A; 3E9O A; 2ZE2 A; 1NKB A; 1CLQ A; 2FSN A; 4ISG A; 4CBX A; 3CPE A; 2Q0R A; 3I0R A; 4H4O A; 3TSU A; 4WCE L; 4YOT A; 4E7L A; 4CJE A; 1TUU A; 4I9Q A; 1RBV A; 4B9L A; 4ZHR A; 1SAZ A; 2FSK A; 4PA1 A; 1NGD A; 4KFB A; 5EX5 A; 5AQI A; 1TYQ A; 1YIJ N; 4ID5 A; 2P9I B; 4A2B A; 2QA4 N; 3ZYY X; 3AO4 A; 3ULE A; 2GUI A; 3AGR A; 1BQM A; 4ID1 A; 4DR4 K; 2WTU A; 3EYZ A; 1S9G A; 3QB0 A; 4CJK A; 3D2E A; 1UOC A; 4Z4I A; 2OA8 A; 3M6G A; 3VQ6 A; 3SV4 A; 1GOC A; 1BO5 O; 3D0P A; 2ZJR L; 1KFS A; 2IVO A; 2OCE A; 4FJI A; 3EKS A; 4L8R B; 5EU7 A; 4FCY A; 5BRH A; 4EP5 A; 5AQU A; 2O8C A; 3U3Y A; 1OVQ A; 2FLO A; 2HHX A; 3F5T A; 1TYQ B; 4E1N A; 1T3V A; 3NAE A; 3ULE B; 1FXX A; 4DR5 K; 3AVG A; 4FWQ A; 4JKE A; 4BRI A; 3D2E B; 4JYA K; 1GLB G; 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