1J9A | Genus

Total Genus 61

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	61
sequence length	184
structure length	184
Chain Sequence	SHMSFDKQNLIWIDLEMTGLDPEKERIIEIATIVTDKNLNILAEGPVLAVHQSDELLNKMNDWCQKTHSENGLIERIKASKLTERAAELQTLDFLKKWVPKGASPICGNSIAQDKRFLVKYMPDLADYFHYRHLDVSTLKELAARWKPEILEGFKKENTHLALDDIRESIKELAYYREHFMKLD

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__8765124889282383__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__8765124889282383__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1J9A/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__8765124889282383__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"8765124889282383","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1J9A/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__8765124889282383__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfaf8327c74734b24997d06/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfaf8327c74734b24997d06/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfaf8327c74734b24997d06/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfaf8327c74734b24997d06/pdb.gz): 1005 ms

reading 184 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

184 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 21 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:183});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	The Crystal Structure of Haemophilus Influenzae HI1715, an Oligoribonuclease rcsb
molecule keywords	OLIGORIBONUCLEASE
total genus	61
structure length	184
sequence length	184
ec nomenclature	ec 3.1.-.-:
pdb deposition date	2001-05-24

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.420.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H	1j9aA00

4CIEA 4BE1A 2RPIA 5FROA 3OYHA 3KIOA 1TK5A 1RTJA 4FK2A 3LP0A 1RDAA 4FW1A 4NCGA 4CF0A 5E41A 4FJIA 1JXEA 1JLFA 4NCAA 4DQSA 2X74A 4DLEA 3DRSA 1KLNA 1L3SA 2P5OA 4C8OA 2P5GA 3K5NA 4JRPA 2Z1JA 4OLBA 3V9UA 3LZJA 4DSKA 1RBSA 2OPPA 3VQEA 3QEPA 1NJYA 1NKBA 4FZYA 4AHUA 2Z1IA 1NKEA 1LV5A 1J9AA 4E7LA 3QEVA 3HO1A 1BIUA 4OGCA 3TAQA 3U3GA 1N5YA 2G8VA 3AO1A 3DLEA 1CXUA 1F21A 1HQEA 3V9ZA 3ZSVA 1I3AA 4DQRA 3KJVA 3DLHA 3VA0A 2HHWA 4AH9A 3NCIA 2P51A 3K58A 3AVGA 3HP9A 5CYMA 4CEZA 3PX4A 4FZZA 4ELVA 4FJXA 3HL8A 3RWUA 2HHQA 5FRMA 4FVMA 4CGDA 4CEOA 3L2UA 3SPZA 3S3MA 3VQAA 1RT7A 3DRPA 2RF2A 3ISNC 3MEEA 3V1RA 4CFDA 1TKTA 1DTQA 4OPKA 1D8YA 3VA3A 1HMVA 4F2RA 1A5VA 2IGIA 3LP1A 4H8KA 4DTJA 2DFHA 4FJLA 3OYNA 1RBUA 4MQ3A 4AHCA 4YFUA 3RRGA 1XC9A 4CF1A 1JL2A 4Q5VA 1RBTA 4GW6A 4CFAA 4IG3A 4KHNA 4FJNA 3TR8A 4CF8A 4DMNA 5T7BA 3AO2A 5KI6A 3M8SA 1HNIA 1ZBFA 2DTUA 2D0BA 2F96A 4CE9A 4FYDA 2X6NA 4CECA 1YT3A 1C1AA 4CEQA 4AHTA 1JLBA 4DQQA 2QKKA 3D0PA 1HYSA 4AHRA 1FKOA 1HJRA 1RTIA 1NK7A 5KRSA 2HHTA 1NK9A 1EKEA 2XY7A 2HNDA 3AVFA 3OYIA 4EZ6A 4CGHA 3ZT3A 1YVUA 3AVAA 3K59A 4DS5A 4KTQA 1UWBA 1RDCA 2D5RA 2YHBA 3O3FA 3F73A 1QTMA 4L8RB 2HHVA 3KLHA 1QS4A 3NF8A 4OKJA 4RW9A 4DTMA 3V6DA 4OVLA 1TGOA 1J54A 4R5PA 1NK4A 1NOZA 4LSLA 2Y1IA 3TAEA 2XY6A 3OS0A 1S6PA 3NH1A 3QIOA 4FJJA 4AHVA 1VSEA 1ZYQA 1A5XA 4HUGA 1C0TA 1ZBIA 1S1XA 4YNQA 4IDKA 4WE1A 3NBPA 5CZ2A 1RT5A 3NF7A 3CM5A 4ICLA 1C0MA 3K57A 1VRTA 4FJHA 3HM9A 2KW4A 1ZBLA 2GV9A 2WOMA 1J5OA 2E4LA 5J2MA 1KTQA 3SV3A 3VQBA 2Q3SA 4DG1A 1RCHA 3NH0A 3HXMA 2QXFA 3VQ5A 1GOBA 5HROA 2PY5A 4NCBA 1ASWA 1JLQA 3LPUA 4N5SA 3QERA 1RBRA 3T19A 3ZCMA 1BQMA 4B9NA 1JKHA 4CF9A 4CHYA 3I0RA 5JS2A 3HJFA 3VQ4A 1Z25A 2EHGA 2E6MA 3WNHA 1DLOA 1BCMA 3IAYA 4W5OA 3QEWA 1I39A 1Y97A 3KKSA 1T8EA 4F4KA 4CJQA 4I9QA 1C6VA 3WNGA 2D0AA 3PUFA 3KK1A 1U47A 1L3VA 2KFZA 4CJEA 2HVIA 1RNHA 2RN2A 3AVNA 3OVNA 5HRNA 2HVHA 4M45A 3OS2A 4CHOA 2G8WA 1QHTA 1B9DA 1VSDA 3QO9A 4CEEA 3ULDA 3ZSQA 4Z4IA 3V81A 4FJ8A 4W5TA 2OZMA 3AVMA 1S6QA 1WSJA 3MEGA 4J2BA 2O4IA 1XWLA 2EX3A 1U48A 1Q9YA 3OS1A 2YV0X 3VN5A 3ZT2A 3C6TA 1O1WA 2OA8A 4FJMA 1A5WA 3LALA 1XHZA 4PWDA 1TL3A 3AV9A 3OYDA 1YTUA 4CGIA 3PO4A 2D0CA 2QK9A 1WAFA 2FBXA 4DLGA 1S1TA 4DSJA 4QOZB 3AA2A 4E1MA 3CYMA 3OJUA 1RDBA 3PX0A 4B8AB 4CJWA 1RT1A 3HPOA 3G10A 4KHYA 4HHTA 1SL2A 4M3YA 4BDPA 2JLEA 4J2DA 1XHXA 4DFKA 2KTQA 3H08A 4KKOA 1EX4A 4O0JA 3PV8A 4FJGA 3DRRA 5HRRA 3TAMA 1RTDA 1DTTA 3SQ1A 2F8SA 2PYLA 1TK8A 3RR7A 5EU7A 3ZSYA 1NOYA 4FLZA 3V1OA 3RMDA 3F9KA 3QEXA 5D3GA 4CIGA 4AHSA 4FK4A 2YKMA 4CK1A 1VSJA 2LSNA 5HRPA 3SUQA 2IC3A 2BE2A 4I9LA 4TSXA 4BWMA 4B3OA 4M3WA 4CEAA 4KAZA 2ZQBA 4DSIA 4O0IA 1SKSA 5SWMA 1VRUA 2XO7A 1CZ9A 2GBZA 3NE6A 4B9VA 5CZ1A 3VQDA 3KLFA 1C0UA 1NKCA 3QIPA 4H4OA 4IFVA 3L2VA 3QEIA 4CK3A 4BDZA 4C8MA 5HBMA 1G15A 3BDPA 3OYMA 3C95A 3S3OA 1QSLA 4M42A 5KGWA 3E01A 4DWIA 3NDKA 4M3RA 3LDSA 4PUOA 1IG9A 4W5QA 4OKEA 3ZSOA 4FLVA 3AVHA 1QQCA 4CJ3A 4CGJA 4F3TA 4HUEA 4HTUA 3LWLA 2R7YA 3O4NA 3RRHA 4CJSA 4FM0A 3AVKA 3QETA 4Z4FA 2IAJA 1JLEA 3EZ5A 2YNFA 3TAFA 4DU3A 2B5JA 4E7HA 3KK3A 4CK2A 4JS5A 2FC0A 3ZT1A 1HYZA 1LW2A 4DTSA 1EETA 2KQ2A 4Z4HA 3MXJA 1S9GA 1KVBA 5K14A 3V9XA 3TARA 2KFNA 3VQQA 4MFBA 1RT4A 4W5NA 3L2WA 5J2QA 2P1JA 3WNEA 2ITGA 4E1NA 4Z4CA 3I0SA 2YHAA 1C1BA 2HNYA 4DF4A 3IS9A 3C6UA 4E0DA 4C8KA 3SZ2A 4ZTFA 5KTQA 1FK9A 1WN7A 3TWHA 4AILC 1BIZA 5HLFA 4O5BA 2B4JA 1BQNA 2KZZA 3DOKA 3U3YA 3DLBA 4KREA 1RILA 2G8HA 4CJVA 3LWMA 3AA4A 2YNHA 2O4GA 4J2AA 4HCCA 2W42A 4CJFA 3VQ9A 3MXMA 1JL1A 1KVAA 2I5JA 1UA0A 1LWEA 4FM2A 2B6AA 3SJJA 1U4BA 4ELTA 4FJ9A 4KI4A 4CJ5A 1HRHA 1WAJA 3O3HA 4LSNA 2BANA 5J2PA 4Y1DA 2QKBA 5J1EA 4BACA 1X9MA 1D9DA 3KK2A 1KSPA 5CYQA 2BDPA 1CZBA 4FLYA 3A2FA 3D45A 3OJSA 1D9FA 3OYKA 3PO5A 5JS1A 3LAMA 1QSYA 4C8LA 3DLGA 3AVIA 1T7PA 4FJKA 3NF6A 1IKVA 2Z1GA 3ZSXA 4KRFA 3T3FA 5CY4A 4HUFA 1W9HA 3NGZA 3SPYA 3HPHA 3TI0A 4RW7A 4HCBA 1T03A 3TANA 4EP5A 1FKPA 2VWJA 3SYZA 4CIFA 3HT3A 4KHUA 3OYLA 2YKNA 3KLEA 3QNOA 1IKXA 1ZBHA 4OLAA 1UAXA 1BL3A 1FXXA 1T05A 3MECA 3NH2A 4ELUA 1SKWA 1TKZA 3K5OA 1WSIA 4O4GA 1X1PA 4DTRA 4DTOA 3SUOA 1L3UA 3KD1E 3SI6A 1IKWA 1TAQA 3P83D 4BE0A 4CEBA 4E7IA 4M3TA 1U04A 4O55A 1S9EA 3I8DA 1WLJA 4FLUA 4DTUA 4NYNA 4IFYA 1HYVA 1JXBA 3ASMA 3ITHA 4FCYA 1XI1A 1SL0A 2G8FA 1SUQA 4DSEA 1IH7A 3L3VA 4QAGA 3P1GA 3EY1A 3V9WA 4N41A 3SQ2A 2OPSA 4G1QA 1C1CA 2DFFA 4K8XA 3HPGA 2IOCA 2FBYA 1BGXT 1BI4A 1VSIA 3CFOA 2WONA 3S9HA 3SQ0A 2IDOA 4JRQA 1GOCA 2ZD1A 3OYGA 4DS4A 5I42A 3CG7A 2PYJA 2VG7A 3SNNA 2IS3A 4FLWA 4JLHA 3ALYA 3HK2A 3O4QA 1RBVA 1SL1A 3V9SA 1X9WA 4ID1A 4F3OA 3OYEA 3QINA 3UIQA 3T1AA 2OPQA 1TKXA 2FBTA 3VQ6A 4CEFA 3K2PA 5C24A 3VQ8A 3RMAA 3OYCA 1NK8A 3HSTB 1NK5A 2KZMA 4CF2A 1K6YA 1EXQA 4BWJA 1YTAA 1BCOA 2YNGA 3QNNA 4Z4EA 3B6OA 1WSHA 4IG0A 2XHBA 1VSFA 4K8ZA 3P5JA 4DFJA 3SV4A 2HHUA 4H4MA 4DTNA 2ETJA 4CESA 4DU1A 2RKIA 3M8PA 3U6FA 3DLRA 1ASVA 3JYTA 4LH5A 4FLTA 4Y1CA 4RG8A 3RR8A 3ZT4A 4E89A 4W5RA 3MXIA 1Q9XA 3THVA 5KGXA 2XRIA 4FM1A 4M3XA 3AA3A 4B8CA 4Z0UA 3LZIA 1W0HA 4RW6A 4N47A 4EP4A 4M3ZA 1BISA 4GMJB 1LW0A 3C94A 1JLAA 3SCXA 3FFIA 3NFAA 2OYQA 1KFDA 4Q0BA 1KCFA 2Y1JA 2GUIA 3DLKA 4BE2A 3AVJA 4DQPA 3NF9A 4CJTA 3SUNA 4KB1A 1LWFA 1QSSA 4XIUA 3PY8A 2X78A 3K5MA 2HMIA 4DTPA 1NJXA 4B9MA 1TAUA 1UA1A 4OGEA 1ITGA 1TVRA 2OPRA 4DQIA 4FW2A 1KVCA 3DM2A 3AVBA 4QCLA 1RDDA 1ZBUA 3LANA 4ZHRA 1KRPA 2A1SA 2DFEA 3SUPA 1ASUA 1TK0A 4I7FA 1RT6A 1Z26A 3KD5E 3DYAA 1SKRA 3VQ7A 4B9UA 3IRXA 3O3GA 1WSEA 3L2QA 3NHGA 2G8KA 4PY5A 2HHSA 3B6PA 4OJRA 4CHPA 3QLHA 1TL1A 2VWKA 1HPZA 3HP6A 4KB0A 4FJ7A 4KI6A 4N76A 3K5LA 4KHQA 3AO3A 1WSFA 2G8IA 4IBNA 3LPTA 3RTVA 2E6LA 4M41A 4Z4GA 4I2PA 4DSFA 4F2SA 1JLGA 2Z1HA 1VSMA 4HVJA 4JS4A 3HVTA 4EZ9A 3HYFA 3KTQA 4CGFA 3WNFA 2HNZA 1GOAA 2PZSA 3G0ZA 5FDLA 1KFSA 1NK6A 4DTXA 4E7KA 5I3UA 3RMBA 4LD0A 1D5AA 1VSLA 4ID5A 1EP4A 3RMCA 1NK0A 3OYFA 2YNIA 3AVLA 3OYBA 4LY7A 1N6QA 3IG1A 3DI6A 4KTWA 3CM6A 1JLCA 4CFCA 4I2QA 5C25A 3NGIA 2A1RA 4CCHA 1UOCA 4KPYA 4CJPA 4PQUA 1VK0A 3M8RA 4OPJA 4E7JA 1R0AA 1LWCA 2G8UA 5HRSA 4FJ5A 4C8NA 3AA5X 2F8TA 4N56A 2XY8A 1LAVA 4LH4A 1QE1A 1CXQA 3NGYA 4NYFA 1Q8IA 4CFBA 1L3TA 1TKDA 3HVRA 4CHZA 1LAWA 3AO5A 4CHNA 1U49A 1CLQA 5KRTA 5SZTA 3ZT0A 4BDYA 4IKFA 1HNVA 1B9FA 1S1UA 2ATQA 3KKRA 4UQGA 1HQUA 4CEDA 3CFRA 1X9SA 2XY5A 4DF8A 5FRNA 1WNSA 3LAKA 3CQ8A 1NJZA 4J2EA 3LP3A 4M3UA 2HHXA 4B9LA 4B9SA 5DMRA 3OYJA 3CFPA 1S5JA 4OKKA 4RW8A 5DK5A 4RW4A 4CJLA 1S1WA 4FLXA 1L5UA 4ZTJA 1IKYA 4CJUA 3PX6A 4KV8A 2FBVA 1WSGA 3BGRA 3VQCA 4CGGA 1BHLA 3L3UA 4DFPA 1REVA 4FK0A 1B92A 1S1VA 3TAPA 3ZSRA 3TAGA 4DU4A 5J2NA 3ZSZA 4FXDA 1MU2A 4KHSA 3DMJA 4CJRA 4CJKA 1KLMA 2HW3A 3M8QA 2AJQA 1RT3A 3EYZA 1NJWA 4FZXC 2DY4A 3MAQA 4GVMA 4DFMA 2X6SA 2BGGA 2VG6A 4PA1A 4E3SA 1J53A 3V1QA 3NAEA 4B08A 3AO4A 4KFBA 4O44A 4KO0A 2VG5A 3KLIA 1VSHA 2HB5A 1SV5A 1BI4B 2JGUA 3L2RA 3VQPA 1IO2A 4KTZA 3V4IA 3SQ4A 1TV6A 3LP2A 3OY9A 3S3NA 4B9TA 5HP1A 3MEDA 3ZSWA 4E19A 2NUBA 3KLGA 3QESA 1VSKA 1RTHA 3DOLA 3L8BA 3TABA 1U45A 2OZSA 4F8RA 4KHWA 3JSMA 4CERA 1RT2A 3AVCA 4CHQA 3OYAA 4CJ4A 2ZE2A 4DSLA 5C42A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

3KHYA 5AZJB 1TK5A 4OX9K 3C7NA 1JXEA 1JLFA 3CC4N 3CD6N 3K5NA 2Z1JA 3V9UA 3A0IX 4A2AA 1NKBA 3GDQA 4AHUA 3BZCA 3QEVA 3HO1A 1BIUA 4RTFD 3TAQA 3CCQN 3HOTA 3AO1A 5EY4A 4H0OA 2FXUA 1I3AA 4AH9A 3NCIA 2J4RA 4FJXA 3HL8A 3SBGA 4U7BA 3SPZA 3FGUA 2Q31A 3OYGA 4KI4A 2P9KB 2HVHA 4OPKA 4R79A 2D0PA 4DTJA 3QFPA 1G99A 4CF1A 1JL2A 4Q5VA 1RBTA 4GW6A 1WBBA 2OANA 4DMNA 2HF3A 3HTVA 1N8RO 1ZBFA 1VQ6N 3JS6A 3A5OC 1P90A 2F96A 5TKWA 3U9DA 4JKAA 1JLBA 3MK6A 3QICA 3OYIA 5M1QA 3ZT3A 3K59A 1XMQK 4KTQA 2D5RA 3O3FA 2D4WA 4OKJA 3V6DA 4H5TA 2PAVA 2JWKA 3JAMO 4R5PA 1NK4A 1NOZA 2XY6A 1S6PA 3IMXA 3CJBA 1VSEA 4FWMA 1ZYQA 4YNQA 2FSJA 3NBPA 3W0LA 4DV0K 3NVMA 4BR5A 4EHTA 3NF7A 4ICLA 1VRTA 4GNIA 2CGKA 3CETA 1J5OA 2NNWA 2UYTA 5J2MA 2Q3SA 4DG1A 4X62K 2NLXA 3HXMA 1OH6A 1GOBA 3EEQA 1T6CA 5GADP 4B9NA 1VQNN 3M1FA 5AQTA 3VQ4A 4YOTA 1JCGA 3O9UA 1I39A 4I9QA 4CJQA 3A5MC 3U4LA 1C6VA 3WNGA 3THYB 3KK1A 1L3VA 4CJEA 2HVIA 4M7YA 3AVNA 2RN2A 5HRNA 2W6KA 2G8WA 2ZF5O 4CI6A 1B9DA 3HZ6A 2OZMA 2PBDA 2O4IA 1XWLA 3VN5A 2AA4A 3C6TA 1O1WA 5AQMA 3LALA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1J9AA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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