1JL1A

D10a e. coli ribonuclease hi
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
152
structure length
152
Chain Sequence
KQVEIFTAGSALGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHAEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERADELARAAAMNPTLEDTGYQVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Native-state energetics of a thermostabilized variant of ribonuclease HI.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE HI
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
total genus 49
structure length 152
sequence length 152
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2001-07-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1jl1A00
3U3YA 4KRFA 1BI4A 4B8AB 4L8RB 3THVA 4Y1DA 4AILC 4KHWA 4B3OA 3L2QA 3ZSYA 1LWCA 4OLBA 1B9DA 3AVGA 4CJLA 2FC0A 4OKEA 3AV9A 3UIQA 4M3YA 1BISA 1REVA 4G1QA 4M45A 5K14A 1GOAA 2D0BA 2Z1JA 1RDCA 4LD0A 4CF2A 3NDKA 2QKKA 4F3OA 1B9FA 1CZ9A 3WNHA 3NH2A 4E7LA 5J2QA 3TWHA 1KLNA 4KTZA 4CGJA 1ZBFA 4E7JA 3KKSA 3HJFA 2KW4A 2IAJA 2FBXA 1S1TA 3AVNA 4M3RA 1RCHA 3G0ZA 3LWMA 4OKJA 4HVJA 1S1UA 3OJSA 2OA8A 1RTHA 4FLWA 3FFIA 3LPUA 1BQMA 3QIPA 1J5OA 1ITGA 1S9EA 1S1WA 3C94A 1HYZA 1TKXA 4FW2A 2F8SA 3SI6A 1BI4B 1KLMA 4TSXA 5I3UA 4DTUA 4FM2A 5CYMA 4M3TA 3ZSZA 4PA1A 1U48A 1NK9A 3O3GA 1QSYA 1D9FA 4PUOA 3VQ9A 4HUFA 1C0TA 1JL1A 2YNIA 3LWLA 3S9HA 1WSEA 3OYHA 2G8KA 1TKTA 3SPYA 4I9QA 5CZ2A 1HRHA 2QKBA 3AA3A 3VQ8A 4FZYA 1IKYA 4CERA 3OYDA 4FJ9A 4CF8A 1SL1A 1TKDA 4KREA 3C6UA 1Q9YA 4C8MA 4Z4EA 1D5AA 4HUGA 1A5XA 3VQAA 4IBNA 3LZJA 4KFBA 4F2SA 1KFSA 4IG3A 5J2MA 3L8BA 3S3NA 4K8XA 3I0RA 4DSIA 4W5NA 2PYJA 1FKOA 4B9UA 4DTNA 4FJIA 4FJHA 3OS1A 3V4IA 4FK2A 4AHSA 4FJXA 1KFDA 3AO1A 4CJKA 1C1BA 3SUPA 4Z0UA 1BQNA 1RILA 3L3UA 3HP9A 4O0IA 3MAQA 3QETA 3PY8A 3OYEA 1TKZA 1JLFA 5JS2A 4NYFA 1TK5A 4RG8A 1EP4A 1GOCA 2GBZA 3M8SA 3K5NA 1J53A 5FRNA 3RWUA 2Y1IA 3NGIA 1NK0A 1SKRA 3VN5A 3LAMA 4J2EA 1CZBA 1KVBA 1VSEA 1ASVA 4EZ9A 1NKBA 3NF9A 3OYFA 2GV9A 1YVUA 1MU2A 3TARA 1S9GA 1TK0A 4N5SA 4KHSA 1RT2A 4DTMA 4FZZA 4B9NA 2AJQA 4CGDA 4Q5VA 2G8WA 3C6TA 1XHXA 4B8CA 1GOBA 4CJ4A 1ZBHA 4ZTJA 4C8OA 1FK9A 2KQ2A 1JLBA 4J2BA 4J2AA 4CJTA 5FDLA 4CFBA 1Q9XA 4IFYA 1BHLA 1NK7A 3KLHA 3KK3A 4KI4A 1A5VA 3RMAA 4KKOA 1NJWA 4M3ZA 4I2QA 1B92A 3HM9A 1ZBUA 4DQRA 4DSEA 1LW0A 1EXQA 1WSGA 1IH7A 4DLGA 4RW8A 2HNDA 3LP3A 4E19A 4NYNA 5CYQA 4CJRA 3OJUA 3HPOA 3SV4A 4B9MA 4K8ZA 1O1WA 5KI6A 3RTVA 1RT1A 2XO7A 1FKPA 2XRIA 4KTWA 3SPZA 5J2NA 3ZT3A 3V81A 2A1RA 3EYZA 1TAUA 2F96A 3M8QA 4EZ6A 4CJUA 3QEXA 2KFNA 3E01A 4F2RA 3NE6A 1QTMA 1SUQA 5T7BA 3U6FA 1X9WA 5EU7A 2O4IA 3LP0A 3QNOA 1C0UA 4AHVA 4M42A 3OYLA 4BE0A 4B08A 3ZT0A 4JS4A 3VA0A 3SQ2A 3K2PA 3K58A 4CCHA 1HQEA 3B6PA 1N5YA 3QNNA 1HJRA 4N47A 4IFVA 3HPHA 1WSHA 3ZSQA 3OYIA 2ATQA 4OLAA 3AA4A 2HVHA 1CXQA 4KHNA 4PY5A 2O4GA 3VQ7A 2ITGA 3AA2A 4Z4HA 1BIUA 3C95A 5DMRA 3VQQA 2G8FA 5C24A 3ASMA 3LALA 3V1RA 5KTQA 3WNFA 1K6YA 3P5JA 3O4NA 4E1NA 2IDOA 4FLUA 2DFHA 2VWKA 4DQSA 3DLEA 4Z4CA 3HP6A 4O0JA 3NGZA 2GUIA 4CJWA 4J2DA 1CLQA 1VSMA 4DSLA 1IO2A 4W5QA 4DQQA 2HHXA 4UQGA 1NOZA 4CEEA 1ASWA 3ZSXA 3WNGA 4KI6A 2FBYA 4GW6A 2Y1JA 4DU4A 1QSSA 4AHCA 4FJLA 4CIFA 2YNGA 1KVAA 3V9UA 2XY5A 3KD1E 3MXIA 4CJPA 4LSLA 4CJ5A 5D3GA 3I8DA 1S5JA 4CF1A 4LY7A 5E41A 3KK1A 1U45A 2WOMA 4ID1A 1JLCA 2E6MA 1IG9A 3AO3A 5DK5A 4B9TA 3KTQA 3K5OA 4DG1A 5CZ1A 5HRPA 4CEQA 2RKIA 2VG5A 1QQCA 2ZE2A 1F21A 3PO5A 4QAGA 1TK8A 4Q0BA 4CEZA 5CY4A 4O44A 2OPPA 4H4OA 1UA0A 4N41A 1WAJA 3KIOA 4O4GA 1WNSA 5I42A 1EX4A 3AVMA 4FLTA 3SV3A 3TANA 3BGRA 1ZBLA 3DLHA 3AVIA 1VSIA 2BGGA 4NCBA 4OPKA 2P1JA 2YNFA 2Z1IA 4RW6A 4FLXA 2F8TA 1VSFA 2BANA 3OS0A 3AO2A 3RMDA 3RR8A 3DLRA 1YTUA 1IKXA 1VSHA 1LAVA 3CFPA 2D0CA 2YHBA 3PUFA 1HNIA 3LPTA 4EP4A 1VRUA 2Q3SA 4JRPA 1NKEA 4DQIA 4HCCA 1UA1A 2YNHA 3VQDA 3V6DA 4Z4IA 4KO0A 3H08A 4MQ3A 4OVLA 4CK1A 4M3WA 3SQ0A 4OJRA 5FROA 5HRSA 3NF6A 3B6OA 3T19A 3VQEA 3PX4A 4O55A 2OPQA 4AHTA 3CM6A 4BWJA 3QEIA 2Z1GA 3ZT2A 1IKWA 3IS9A 4BE2A 4KHUA 4CEAA 1JLEA 4Y1CA 4E7HA 4DSFA 2OYQA 1NJYA 2IOCA 3HSTB 4I9LA 1XHZA 4Z4GA 3NF8A 2RN2A 1VSLA 3KLIA 4CJVA 3DLBA 3HPGA 3ZCMA 3OYKA 2D0AA 1EKEA 3OY9A 4KHQA 4CK2A 4FJJA 3ZT4A 3HYFA 3O3FA 3QLHA 2WONA 3KKRA 5KGWA 2IC3A 1D9DA 4QCLA 3K59A 1TGOA 2OPRA 1NK5A 3RMCA 2EX3A 2G8HA 1W0HA 4KAZA 1TVRA 2DFFA 2G8UA 1WSJA 1BCMA 1TL3A 1W9HA 2YV0X 4DLEA 2LSNA 1QHTA 1JXBA 4CJQA 3DI6A 4FLZA 4CK3A 4BWMA 4YNQA 4KPYA 4FLVA 4E7IA 1HMVA 1I39A 3V1QA 2HW3A 4FJ7A 3TAPA 5HLFA 3TR8A 1YT3A 4H8KA 2FBVA 3MEDA 3V9SA 4AHUA 4FW1A 5HRRA 4FM0A 1NJZA 1D8YA 4HCBA 1ZYQA 1Y97A 1SV5A 5J2PA 3TAQA 3IAYA 3DMJA 3SQ1A 3P83D 1NK6A 1LWFA 4WE1A 4B9SA 2JLEA 4DTRA 2HB5A 3OYGA 4FLYA 4E7KA 5KGXA 1DTTA 3ZSRA 1L3VA 1ZBIA 4R5PA 3U3GA 3HK2A 3QERA 3TI0A 2B5JA 3KJVA 3RRGA 3SUOA 4KB0A 2R7YA 2PY5A 4FJ5A 3QESA 3OS2A 1X1PA 1FXXA 4BACA 2I5JA 3I0SA 3NCIA 4DQPA 2XY6A 1X9SA 4E1MA 2DFEA 3V9XA 4ELVA 1WAFA 4IKFA 4CIEA 2DY4A 3S3MA 4OPJA 4DFPA 3CQ8A 3CYMA 4DTJA 3AVFA 1DTQA 2Z1HA 4DMNA 1KRPA 4CE9A 1C1CA 3F73A 1LAWA 3NBPA 4GMJB 1NOYA 2DTUA 1HNVA 2G8IA 4HHTA 4F3TA 4FXDA 4RW9A 4CECA 4C8NA 5SWMA 4JS5A 3ALYA 4LH4A 3RR7A 4KHYA 2E4LA 5HBMA 2XHBA 4W5RA 4KB1A 4Z4FA 3NH0A 1X9MA 3KLEA 3TAMA 3HO1A 2A1SA 2HHTA 4CJ3A 3DLKA 5C25A 2G8VA 4DWIA 3T1AA 3D45A 1JLAA 1VSDA 2BE2A 1KSPA 5KRTA 4KV8A 4MFBA 3QEVA 1XC9A 3TAEA 3AVKA 3KLFA 1S6QA 2ZQBA 5HP1A 2QK9A 3TAFA 2VG7A 3SQ4A 1HYSA 1S6PA 4I7FA 1ASUA 2FBTA 4DS5A 3VQ6A 3ZT1A 3A2FA 3DM2A 3O4QA 1LWEA 3OYJA 2VWJA 1RT7A 4DSJA 4QOZB 3ISNC 4CEOA 3VQ5A 3AVJA 4CF9A 1U49A 4B9LA 2ETJA 1RT4A 1DLOA 1RT5A 3O3HA 4LSNA 3WNEA 3CM5A 3G10A 5J1EA 3IG1A 4CFAA 2P5GA 1VSKA 3SNNA 1SL2A 1UWBA 2X6NA 1WSIA 5SZTA 4RW7A 1TAQA 4BDZA 3VA3A 3RMBA 4CFDA 3ZSOA 3HVRA 4E0DA 1BCOA 4O5BA 1KTQA 3IRXA 1RNHA 2E6LA 3SYZA 3TABA 1L5UA 3L3VA 3MEEA 1A5WA 2W42A 3SUNA 4M3XA 3QO9A 1JL2A 2KTQA 3MXMA 1L3SA 1SL0A 3VQ4A 4M41A 4JLHA 3VQPA 3L2WA 4FCYA 2OZMA 3AO4A 4W5OA 4DSKA 4BDPA 4M3UA 4DTSA 3RRHA 1VSJA 3JYTA 2IS3A 4YFUA 4DTPA 3PX6A 1HPZA 4ICLA 4B9VA 4FJGA 1WN7A 1RTJA 5HROA 3V9ZA 2P51A 4ID5A 1U47A 3V9WA 1HQUA 5C42A 4HTUA 4RW4A 4CHYA 3K5LA 3NGYA 1RTDA 3ZSVA 1S1XA 1Z26A 1RBSA 4FJNA 3CFOA 3SUQA 1T7PA 2X74A 2VG6A 1CXUA 3EZ5A 4FJMA 4FK4A 3QEWA 4KTQA 2BDPA 3M8PA 2HHVA 4CGHA 1NK4A 4CFCA 1KCFA 1BGXT 3P1GA 1BL3A 4I2PA 3OYAA 4CESA 3AA5X 3L2VA 3K57A 4HUEA 4DU3A 2HMIA 4CEDA 1T03A 3K5MA 4ZTFA 1RTIA 4CGFA 3MXJA 4ZHRA 3MEGA 5HRNA 2P5OA 2X78A 2KZMA 1RT6A 4CJFA 4C8LA 3OVNA 4AHRA 2XY7A 3OYCA 3OYMA 1TL1A 4ELUA 3ZSWA 1U04A 2HNYA 3SZ2A 1YTAA 2HHUA 2KZZA 3DYAA 3DRSA 2ZD1A 3NHGA 1RBTA 1KVCA 4CHOA 2EHGA 2PYLA 4NCAA 3AVAA 4DTOA 4N56A 2HNZA 3OYNA 3KK2A 2OZSA 5KRSA 4ELTA 3PX0A 3AVCA 2HHSA 4PWDA 3HT3A 2QXFA 3HVTA 4BE1A 3S3OA 1JLQA 1C6VA 3CFRA 2HHQA 2OPSA 4CHZA 1JLGA 1N6QA 1VRTA 1UAXA 2B6AA 1BIZA 1L3UA 4CJEA 1WLJA 1JXEA 3AVBA 3NF7A 3QINA 1G15A 4F8RA 2RPIA 4DFMA 1R0AA 4CJSA 5JS1A 4AH9A 4FJ8A 4F4KA 2XY8A 1JKHA 3HXMA 1XWLA 3JSMA 1XI1A 3F9KA 3ITHA 3TAGA 1Z25A 3L2UA 1U4BA 3DOKA 3LANA 3NH1A 3L2RA 2KFZA 1RT3A 4CGIA 3LZIA 4XIUA 2RF2A 4BDYA 4CHPA 1C1AA 1T8EA 2HHWA 1HYVA 4FJKA 4GVMA 3AVHA 4OGEA 1S1VA 3LAKA 4CHQA 1LW2A 3QEPA 3BDPA 1L3TA 1C0MA 4CIGA 1QSLA 3SCXA 4DF8A 2HVIA 4IDKA 3DLGA 4DFJA 3NFAA 4CF0A 1RDAA 2YKNA 1NJXA 1EETA 4CEFA 4W5TA 4EP5A 1VK0A 3KLGA 1LV5A 4H4MA 3D0PA 4PQUA 1Q8IA 3LP2A 3HL8A 4CGGA 2D5RA 1NK8A 1NKCA 2YHAA 4NCGA 3PO4A 3EY1A 3M8RA 3AVLA 1QE1A 2NUBA 4JRQA 1SKSA 1SKWA 1RDDA 4CEBA 4FZXC 4C8KA 3T3FA 4N76A 3MECA 3LP1A 1RBVA 1WSFA 4LH5A 4OGCA 1T05A 1J9AA 1RBRA 1J54A 1TV6A 3PV8A 3DRRA 2IGIA 3DRPA 4CHNA 4OKKA 3NAEA 3VQCA 1I3AA 3AO5A 2B4JA 3LDSA 1RDBA 4DU1A 2X6SA 1QS4A 3KD5E 5FRMA 1IKVA 1UOCA 3OYBA 3VQBA 4E3SA 3QIOA 1RBUA 4DF4A 4E89A 3SJJA 4FVMA 3DOLA 2JGUA 4DTXA 4FM1A 3V1OA 4FYDA 3CG7A 4DFKA 4FK0A 4IG0A 4DS4A 3ULDA 2PZSA 2YKMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BR9A 3O5BA 1LWCA 3M6GA 4CJLA 1REVA 3AAPA 5K14A 1RDCA 4DR2K 2VGMA 4FWMA 4CGJA 1ZBFA 2IAJA 1S1TA 3AVNA 3G0ZA 4PL7A 3JAMO 2CGLA 4IOAL 1S1UA 5AQVA 1GLAG 1ITGA 3C94A 1TKXA 3ZSZA 4PA1A 1N32K 4DHYA 3LWLA 1N33K 1WSEA 1G99A 3DXMA 3OYHA 1TKTA 5LY3A 3SPYA 1HRHA 1IKYA 4CF8A 2QA4N 1MWKA 4OPHA 3ULEA 2GWJA 3LZJA 2E5LK 4WFAL 1VQMN 4IG3A 2VCPA 4DV5K 3I0RA 3U9DA 2WBNA 4FK2A 1NGFA 3AO1A 3AGKA 1C1BA 3SUPA 4Z0UA 3MAQA 1JLFA 4NYFA 3EEQA 5BPNA 1TK5A 3BZCA 4PKIA 3K5NA 3CERA 3VOVA 3RWUA 4CBXA 1YIJN 3VENA 1OH8A 4JHDA 4J2EA 1KVBA 1VSEA 3DJCA 3S41A 4C1NK 1S9GA 1TK0A 4N5SA 1K8KA 1GOBA 4C8OA 2BUPA 1JLBA 4YORA 2P9IB 4CJTA 5FDLA 4DR4K 4CZLA 1P8ZA 3KK3A 1VQPN 1IBLK 3QBXA 1Q81O 4LF4K 4M3ZA 3HM9A 1ZBUA 3C7NB 4DSEA 1IH7A 1XNRK 3HPOA 3LP3A 2D0OA 4E19A 4CJRA 4K8ZA 1NM1A 1O1WA 2XO7A 1FKPA 3SPZA 1SQKA 1TAUA 1S22A 2KFNA 2W40A 4IWVA 1SUQA 3LP0A 3QNOA 4FWPA 4FWRA 5BR8K 1HQEA 3B6PA 1N5YA 4N47A 4DKWA 3HPHA 4B3TK 3R3LA 1U2VB 4PY5A 2O4GA 2P9KA 5C24A 3LALA 2EWSA 3WNFA 1K6YA 3PLAA 1NJIO 3O4NA 4FLUA 2DFHA 4FL9A 1FJGK 1N34K 1CLQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1KVC A;  2EHG A;  4JKD A;  4DTO A;  2HNZ A;  3DXM B;  2GTD A;  2OZS A;  5KRS A;  3PX0 A;  3AVC A;  1C6V A;  5FPM A;  1JLG A;  1O13 A;  3DXK B;  1VRT A;  3BEX A;  3ULE B;  1OH6 A;  4DFM A;  3CJC A;  4CJS A;  4DV4 K;  1KAX A;  4AH9 A;  1K73 O;  1W97 L;  1V4T A;  1XWL A;  3F9K A;  3ITH A;  3TAG A;  1Z25 A;  3QFP A;  3L2U A;  1Q82 O;  3VMF B;  2KFZ A;  4XIU A;  1W2B M;  4BR4 A;  1DT9 A;  2F7T A;  4OGE A;  3UB5 A;  3BDP A;  3VEV A;  4ISF A;  3SCX A;  2UUA K;  2YKN A;  3MCP A;  3D2F B;  3TSP A;  1OVY A;  3BF3 A;  1QZ5 A;  2D5R A;  4FSV A;  1NKC A;  5JLF A;  1HKC A;  1KC8 O;  1QE1 A;  1SKW A;  4JRQ A;  5F2R A;  1T6C A;  2E20 A;  4YDU C;  4FZX C;  3P4I A;  4IEI A;  5M1K A;  5M1N A;  1TV6 A;  3HRG A;  3DRR A;  4LFB K;  1I3A A;  2BH1 A;  5ADX A;  3KD5 E;  1UOC A;  2YX6 A;  5I9E B;  1C0G A;  4DF4 A;  1NNE A;  4CZG A;  3O80 A;  3VEW A;  4YOT A;  3ENH A;  2PZS A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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