1JL1A

D10a e. coli ribonuclease hi
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
152
structure length
152
Chain Sequence
KQVEIFTAGSALGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHAEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERADELARAAAMNPTLEDTGYQVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Native-state energetics of a thermostabilized variant of ribonuclease HI.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
molecule keywords RIBONUCLEASE HI
total genus 49
structure length 152
sequence length 152
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2001-07-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1jl1A00
4DG1A 4DTRA 5CZ1A 4I2PA 3OY9A 4PQUA 3NBPA 2G8IA 4CERA 3SPYA 4FK0A 2D0CA 3P5JA 2XY8A 1DLOA 1KTQA 4DTSA 3OYJA 1VSHA 2EHGA 3KLIA 3P1GA 4DSKA 4AHRA 1ASUA 2OPQA 3JYTA 4IDKA 5CYQA 3O3FA 1ZBFA 4J2EA 4FLVA 2BDPA 1WAFA 1QTMA 4DTOA 3C6UA 3DLHA 4ZHRA 5HRNA 1LAVA 3U3YA 3TAFA 5KTQA 1KVCA 1GOBA 2FBTA 3NF9A 4M3ZA 3CYMA 3AVJA 3VQAA 4FYDA 4C8LA 3LWMA 1NKBA 4IFYA 1KFSA 4DTUA 3MXMA 2YKMA 3PX4A 1NK7A 2D5RA 1SL0A 1B92A 3HK2A 2DFEA 2JLEA 4DFJA 3NH1A 1VRUA 4RW4A 4CK1A 4LD0A 3HVRA 4C8NA 3HP9A 1HRHA 2VWJA 1RDCA 4DU3A 1NK9A 1YTUA 3KD1E 1S9GA 2P1JA 3ISNC 2DFHA 4K8XA 2WONA 4OJRA 1RT1A 5J1EA 1A5XA 4F8RA 5C42A 1WAJA 4QCLA 3T1AA 3CFOA 1NK0A 5FDLA 3OYIA 2Y1IA 1LW2A 1IKVA 4CHOA 3VQPA 4IFVA 3SI6A 2OPSA 2G8HA 1T8EA 3OYKA 4NCBA 2HB5A 3FFIA 3VQ8A 1WSHA 4CF9A 3QEVA 2KFZA 1U04A 4FXDA 4CGJA 4C8KA 1EXQA 1LWFA 1S1VA 2HNYA 4LH4A 3SUPA 4DWIA 4LH5A 3CG7A 3WNFA 4EZ9A 3LP2A 3TR8A 4GVMA 1U45A 1F21A 4O44A 4CEEA 3OS0A 3DM2A 3HXMA 1S1UA 1JKHA 4I2QA 1Z26A 4RW8A 4HUFA 2HHQA 1HNIA 3AA3A 4ID5A 1C1BA 1NK6A 4NCAA 3KJVA 4Q0BA 1HYSA 4N41A 4MQ3A 3AO2A 5HRPA 4KHSA 3NGYA 4N56A 3MAQA 1RBRA 4B9MA 4KHUA 1X1PA 4JLHA 3SNNA 3VQ7A 4FCYA 2FBVA 3QEIA 3HJFA 5T7BA 4M42A 4CJ5A 1MU2A 3MEGA 1ZBUA 4KTZA 2E4LA 2D0AA 3H08A 4ELUA 3C95A 1VSDA 2KW4A 2YNFA 3AVBA 3HT3A 1U49A 4KO0A 3CQ8A 1TKXA 1A5WA 3SV3A 4CGDA 1S6QA 4ICLA 2RN2A 1RBTA 3LANA 4GW6A 3LAKA 4LSLA 3WNEA 4BE0A 4W5NA 4DTMA 3SZ2A 3TAEA 2OZMA 4DU1A 3ZSXA 4TSXA 1RBSA 3ZCMA 3AVMA 4FJ7A 2F8TA 3HYFA 3RR8A 1RILA 3AVLA 3ZSVA 1DTQA 2IC3A 4O4GA 1SL2A 2Z1JA 4KAZA 1VRTA 1WSEA 4B08A 3WNGA 2PYLA 3L2VA 2G8VA 4FM1A 4CJPA 3VQQA 4CEAA 1TVRA 4CFCA 3OYBA 4F3TA 1VSFA 4FK2A 4CGHA 3OYNA 4FZZA 3SQ4A 3DRSA 1QE1A 5JS2A 4DLGA 3NCIA 2IGIA 4RW7A 4ZTJA 3AVAA 5D3GA 5HROA 4J2AA 4CJKA 4N76A 1DTTA 2XRIA 4CJEA 4F3OA 2FBYA 1K6YA 3L2UA 1BL3A 4L8RB 2O4GA 2ITGA 4OVLA 1N5YA 4ELVA 1RTHA 2F96A 4I9LA 2HMIA 2RPIA 1B9FA 3ZT3A 2B6AA 1BHLA 3F9KA 1FKOA 5KI6A 4DMNA 1TAUA 4FK4A 1A5VA 4B8AB 3DMJA 3AV9A 3K5OA 1TGOA 2YNHA 4KFBA 4WE1A 3OYLA 4XIUA 4AILC 3SQ1A 1UOCA 3SUNA 2G8UA 1L3UA 1RNHA 2P5GA 3TI0A 1TK0A 1HQEA 4FM2A 3NF8A 1C1AA 3OVNA 4BDPA 4W5QA 1VK0A 3PO5A 3VQCA 3RTVA 1X9SA 3SQ0A 4RW6A 1YVUA 4CE9A 2XY5A 1EP4A 4K8ZA 4KPYA 4OKEA 4BDZA 1XHZA 1WN7A 4FJ9A 2KZZA 1JLEA 3AA5X 3I0RA 5CY4A 4BWMA 4DSIA 2X78A 4CJ4A 3T3FA 2HHTA 2DFFA 4CIEA 4F2SA 2YNGA 3KIOA 4E89A 1REVA 2X6NA 4W5RA 3VA3A 4B9LA 3ZSRA 4PWDA 3TWHA 4CCHA 4CFAA 1TK5A 1KLNA 4PUOA 4E19A 3PY8A 4E1MA 4KHWA 4FM0A 1BI4B 1G15A 1SKRA 2G8KA 3HM9A 3NF6A 5DK5A 3LZJA 1ASVA 3AVHA 3RMAA 1EX4A 4CIFA 1FXXA 2PZSA 4DLEA 1IKWA 3LPUA 3K59A 3DLRA 1KSPA 2QKBA 3NGZA 4KRFA 3SUOA 1HMVA 5I3UA 3V9UA 5CYMA 1U47A 1S1TA 1FKPA 4H8KA 2VG6A 4DQRA 1X9WA 4I9QA 3RMDA 4B3OA 3I8DA 4DTPA 3ZT1A 5DMRA 4M3WA 1JL2A 3TARA 4CJFA 3V4IA 4DTXA 1QHTA 1RCHA 3OS1A 5I42A 3VA0A 2BGGA 4Z4HA 1GOCA 1JLCA 2HHSA 4AHUA 4CF0A 4E1NA 3K5NA 3QIOA 3ZT4A 4I7FA 3RWUA 5FRNA 1RT2A 1XWLA 2HNDA 3EZ5A 1Q9YA 4KHQA 1XHXA 3VQEA 1TL1A 5FRMA 1GOAA 4MFBA 4RG8A 1L5UA 1JLBA 2VG7A 4ELTA 2E6MA 1ITGA 3VQ4A 2I5JA 1BIUA 3SQ2A 3G10A 4CIGA 4M3UA 4JS4A 1HNVA 4E7KA 4FJGA 4CJRA 4CK2A 3KKRA 3SJJA 2PY5A 4CGIA 2HW3A 4UQGA 3ASMA 2IS3A 3KD5E 3DOLA 4FLYA 3QNOA 4E7LA 3ZSYA 3AVCA 4RW9A 4CF1A 3CFRA 2G8WA 4G1QA 2OA8A 4CJQA 1QSYA 2ZE2A 3ZSWA 1NKEA 4FVMA 3VQBA 3ZSZA 3LP1A 4M41A 5SWMA 1BI4A 2ZQBA 4IBNA 3OYEA 5J2QA 3HSTB 3LPTA 3KK1A 4BE1A 4Z4FA 4KHNA 1NK4A 3EY1A 3NE6A 1NK8A 4KHYA 4OLAA 4DSLA 4YFUA 3MEDA 2XO7A 2IAJA 2YV0X 4JRPA 1LWCA 4CEOA 5KGXA 2VWKA 4CJTA 3LWLA 4DF8A 1T7PA 5J2PA 1ZYQA 1RDAA 2ATQA 3QLHA 1RTJA 4FJ8A 2OPPA 3KTQA 2HHUA 4E7JA 4QOZB 3K5MA 3TAPA 4Y1CA 3ZSQA 4FZXC 1Z25A 3RMBA 3L2QA 3VQ5A 4KI6A 3A2FA 3MEEA 3L2WA 3SUQA 2XHBA 4O5BA 4KB1A 1TK8A 3VN5A 3KK2A 2P5OA 3PX6A 4CGGA 1HPZA 1YT3A 1I39A 4DS4A 2A1SA 1C0TA 1EETA 3DLEA 1RT6A 4Q5VA 1WSJA 4M3RA 4EZ6A 3NDKA 3ULDA 1CXQA 3AO3A 4CK3A 3HP6A 5KRTA 2RF2A 4CHNA 1KCFA 1B9DA 1UA0A 2BANA 1CZ9A 4Z4EA 3BDPA 3QEXA 2KQ2A 3SPZA 4O55A 1D9DA 1WSFA 1C0MA 3C6TA 3TANA 4DTNA 1Q8IA 3D45A 4KV8A 4CEBA 4B9TA 2YKNA 2X6SA 3AA4A 3AO1A 3DI6A 4HVJA 2O4IA 1TKTA 1CZBA 1JL1A 4FLUA 3PV8A 4OLBA 4CFDA 4DF4A 1NJZA 4AHSA 2G8FA 3L3VA 3L3UA 2IDOA 4DFPA 1ZBLA 1UAXA 4M45A 4CJ3A 4N5SA 3OJUA 4E0DA 5J2NA 2WOMA 3M8PA 3OYAA 4E7HA 1CLQA 3LDSA 2HHWA 5CZ2A 1S6PA 3P83D 1QSLA 5FROA 1LW0A 4Z4IA 3B6OA 2ETJA 3NGIA 2X74A 4FW2A 4E3SA 1WNSA 3VQ9A 1JLAA 1KVBA 1S1XA 1YTAA 3DRRA 4CHYA 4OKJA 3ALYA 3AVGA 3LP0A 4JS5A 4FJNA 3U3GA 1JLQA 4ID1A 5HBMA 3AVNA 4EP5A 5SZTA 4E7IA 3OYDA 5HRSA 2DTUA 4EP4A 3DLKA 1U4BA 4B9VA 3KLFA 4OPKA 4CJLA 3SV4A 2A1RA 3NHGA 2FBXA 4FLZA 4FJLA 3IS9A 3VQDA 3OYMA 1XC9A 4DSEA 4BWJA 3HPOA 3QNNA 2HNZA 4OKKA 4FJXA 4Z4GA 1RT4A 3M8RA 3O3HA 1IH7A 4KTQA 1UA1A 1BCOA 3NAEA 1VSKA 1HJRA 4CHZA 4W5OA 3OYCA 3T19A 3K2PA 3CM6A 3K57A 5HP1A 1S1WA 3PO4A 1KRPA 4Z0UA 4NCGA 1W9HA 1RT5A 2GUIA 1UWBA 3LALA 4CEFA 1KVAA 4FLWA 1NK5A 1TKDA 1NJXA 1Q9XA 1JXEA 3LP3A 3F73A 1IG9A 3ZT2A 3OYFA 3B6PA 3AA2A 3RRHA 4FZYA 4B9NA 1LAWA 4CEZA 3SYZA 3TAQA 5JS1A 3THVA 1QSSA 4B8CA 2YNIA 2RKIA 1ZBHA 1HQUA 5J2MA 1RDBA 2HVIA 4Z4CA 2KZMA 3QESA 2ZD1A 1SUQA 3NH0A 3CFPA 3QINA 4DFKA 1VSLA 1S5JA 4FJIA 3DLGA 3MXIA 4KI4A 3V1OA 1O1WA 2OPRA 3QO9A 1RBUA 4CESA 1NJYA 1ZBIA 4CF8A 1RTIA 3OJSA 1RT3A 5EU7A 1NOZA 1RTDA 1BISA 1W0HA 4CJWA 3V9XA 1XI1A 2YHBA 3LAMA 2Y1JA 4HCCA 4IG0A 4CF2A 3L2RA 1IKXA 3BGRA 1WSIA 3HVTA 4O0IA 1IKYA 3TABA 3ZT0A 4KREA 1BQNA 3OYHA 4IG3A 4JRQA 1VSEA 4CEDA 4M3YA 3V9SA 4CFBA 3S3OA 2JGUA 4FJMA 1U48A 3IAYA 4CJSA 4W5TA 1FK9A 4DSFA 1C1CA 1TAQA 3MXJA 4CGFA 4DU4A 1SKSA 1NKCA 1JLFA 2QXFA 1L3TA 3V1RA 4KB0A 1RDDA 1TL3A 1Y97A 4N47A 3PX0A 4PA1A 5HLFA 4BE2A 2B5JA 1C0UA 4FJJA 3KKSA 2LSNA 3V1QA 2QK9A 1KFDA 3I0SA 3WNHA 3V6DA 5KRSA 4QAGA 4CHPA 3NH2A 4OGEA 3VQ6A 3M8SA 4DFMA 3TAGA 1L3SA 3QIPA 2NUBA 1VSMA 3OYGA 2XY6A 2HVHA 2GBZA 3SCXA 3DYAA 1C6VA 2R7YA 3ITHA 4PY5A 1NJWA 1WLJA 3CM5A 1LWEA 3JSMA 3PUFA 3AO4A 3V9WA 4DQQA 2Z1GA 3HL8A 3O4NA 5HRRA 4HTUA 3RMCA 3HPHA 3D0PA 4DQIA 1CXUA 3E01A 4Y1DA 3QETA 1RBVA 3V81A 4FW1A 4AHCA 1TKZA 3NFAA 4CHQA 4R5PA 3C94A 3L8BA 4BDYA 4FLTA 4F2RA 4AHTA 4CECA 2FC0A 4M3XA 3V9ZA 3AO5A 3HO1A 2HHXA 4LSNA 4DS5A 1VSJA 2EX3A 4YNQA 2BE2A 1JLGA 4DTJA 1D8YA 5C24A 3K5LA 1KLMA 3RR7A 1BIZA 4H4MA 1BQMA 1S9EA 3OS2A 3DRPA 3DLBA 4J2BA 2OYQA 3KLEA 2HHVA 1HYVA 4FLXA 3S9HA 1TV6A 3DOKA 4FJHA 4J2DA 2PYJA 3LZIA 1J5OA 2E6LA 4HUGA 3O4QA 1ASWA 1D9FA 2XY7A 3QERA 4B9SA 2Z1HA 3AVFA 1HYZA 1L3VA 4IKFA 4LY7A 4HCBA 2IOCA 4NYNA 1T05A 1IO2A 2AJQA 4OGCA 2OZSA 2F8SA 1QQCA 3KK3A 4F4KA 3AVKA 1BGXT 1J53A 4GMJB 1EKEA 4HUEA 1BCMA 4CEQA 1NOYA 3NF7A 2Q3SA 4OPJA 4AH9A 3S3NA 3EYZA 1X9MA 3IRXA 4DQSA 2YHAA 4CJVA 1SV5A 1SKWA 4KTWA 4NYFA 3K58A 4O0JA 3ZSOA 4FJKA 3O3GA 5KGWA 3QEWA 3MECA 3U6FA 1LV5A 3TAMA 1RT7A 3KLHA 4KKOA 1N6QA 3UIQA 4ZTFA 4M3TA 1D5AA 2KFNA 3IG1A 1QS4A 2GV9A 1I3AA 2Z1IA 5E41A 2QKKA 3RRGA 4DQPA 4DSJA 2B4JA 2KTQA 2DY4A 2P51A 4C8OA 4CJUA 1SL1A 4B9UA 3AVIA 3M8QA 1JXBA 1WSGA 4BACA 5K14A 3G0ZA 1T03A 4HHTA 3S3MA 4H4OA 4C8MA 2D0BA 2VG5A 4AHVA 1J9AA 1J54A 3QEPA 1R0AA 3HPGA 4FJ5A 5C25A 3KLGA 2W42A 1VSIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DG1A 4I2PA 3NBPA 1X9JA 4K25A 2G8IA 3P5JA 1DLOA 2DPNA 1VSHA 3P1GA 3KLIA 4H5VA 1HNWK 4AHRA 2OPQA 4B1VA 4J2EA 2QW9A 3P31A 2VGMA 1WAFA 5M1PA 3DLHA 5KTQA 2FBTA 1GOBA 3ZX2A 2P9NB 3CYMA 4LFBK 4BG8A 1GLCG 4FYDA 3SMPA 2GX9A 1K8KA 1NKBA 3H1VX 1IBKK 4DTUA 1KFSA 3HK2A 3NMUA 4IEIA 3NH1A 4RW4A 4CK1A 4DU3A 2VWJA 3HP9A 1NK9A 1NGIA 1KQSM 2I7NA 2WONA 1KC8O 4XEIA 5J1EA 2HHHK 5C42A 2QWQA 1NMDA 3OYIA 2Y1IA 1IKVA 4CHOA 5F0XA 4NCBA 2HB5A 3P4IA 4YOXA 3VQ8A 4MLEA 3CCSN 3O08A 4CF9A 2KFZA 4FXDA 4CGJA 1OVYA 4AQYK 1EXQA 1S1VA 4LH4A 3VPZA 3SUPA 2A6AA 3WQTA 4EZ9A 3TR8A 4GVMA 3OS0A 1YXQA 4I2QA 4XH1A 3SAHA 1Q81O 4ID5A 3EZWA 1C1BA 3QDKA 4MQ3A 1SAZA 1XNQK 1RBRA 4KHUA 4BROA 3TSQA 4CJ5A 1MU2A 3K9JA 3FE1A 3GL1A 3SV3A 4CGDA 4GV9A 4GW6A 3LAKA 4DTMA 1HJOA 3ZCMA 3AVLA 1DTQA 2ZF5O 5AQMA 4DV0K 4KH5A 3VQQA 1TVRA 2WC9A 5IWAK 3MX5A 4FK2A 4CGHA 4DLGA 2E2PA 4N76A 4WQ5A 1DTTA 2GUPA 4H0VB 1K6YA 4L8RB 4EFHA 2O4GA 4K41A 5BR9A 4X64K 4ELVA 1RTHA 2F96A 2HMIA 3KHYA 3LDPA 1OH6A 4H5WA 3HRGA 4LF9K 1A5VA 2FSKA 2G8UA 1RNHA 3L4IA 3MX2A 3IFRA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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