1JL1A

D10a e. coli ribonuclease hi
Total Genus 49

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
152
structure length
152
Chain Sequence
KQVEIFTAGSALGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHAEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERADELARAAAMNPTLEDTGYQVE

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS4 (64-69)S2 (18-28)S1 (5-13)TIV1 (15-18)S3 (31-42)TII2 (124-127)AH4 (128-142)TIV2 (27-30)AH1 (44-58)AH3 (101-111)S5 (115-120)AH2 (72-88)TI1 (92-95)TII'1 (111-114)TI2 (148-151)TII1 (98-101)TIV3 (88-91)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
publication title Native-state energetics of a thermostabilized variant of ribonuclease HI.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE HI
total genus 49
structure length 152
sequence length 152
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2001-07-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1jl1A00
1WSFA 3BGRA 5KGXA 4DTOA 3QNOA 1BL3A 4CJVA 4R5PA 4CHOA 3AO2A 3KLIA 4UQGA 2HMIA 4FXDA 4FZZA 4CJFA 5J2QA 4CE9A 2EX3A 2KFNA 3ALYA 5HRPA 1TL1A 2HHUA 3LANA 4DTUA 3K2PA 2HHVA 4DFKA 3NE6A 1X9SA 1NK6A 1RT5A 3OYNA 4CEDA 4DTSA 1BISA 3RMCA 1SV5A 1HYVA 2Y1IA 2P1JA 4KHUA 4Q5VA 3QEIA 2JLEA 1TL3A 2QXFA 1Q8IA 3ISNC 3JSMA 2KFZA 1IKWA 3L3VA 3V4IA 2OZSA 1DTTA 4IG0A 1SKRA 1I3AA 4CEAA 4NCAA 4FLWA 3AVIA 1U48A 4FJKA 4F3TA 4NYFA 3SQ4A 4CHYA 4CK2A 1EETA 3KJVA 4DQQA 2A1RA 4C8KA 2QK9A 3DLKA 2DFHA 2O4IA 4KHNA 3LP1A 5HRSA 2HHQA 2ITGA 1A5WA 3TAMA 1CXUA 1VRTA 2Z1HA 1RTJA 3ZSOA 4M3YA 3OY9A 3G0ZA 2KZMA 5C24A 3F73A 4FM2A 3L3UA 4GMJB 2HB5A 3QIOA 1JLGA 3VQDA 3AV9A 4I9LA 3WNHA 2IC3A 4GW6A 3HVRA 3SUQA 1NJXA 2XRIA 1U45A 3AVAA 2P5OA 3ZT2A 1LWEA 4LSNA 3L2VA 3VQ8A 4CHZA 3K5NA 4DU4A 4DF4A 4KFBA 1QS4A 3QETA 2D0AA 2B6AA 1JXEA 4DWIA 1JL1A 4FM0A 1S9GA 3DOLA 4CEBA 2VG6A 3IG1A 1LWCA 4CK1A 1IKXA 1NOZA 2LSNA 2YHBA 3AO3A 2DFFA 4IG3A 3C95A 4CHPA 3O3FA 4DU1A 2D0BA 5KI6A 4ID5A 4FCYA 1QE1A 3MXMA 1U49A 1DTQA 4B3OA 2R7YA 4CF2A 3L2UA 4CHQA 4DFMA 4DLGA 3VN5A 2P51A 4AHUA 3MEEA 2Y1JA 4DU3A 4F2SA 4EZ6A 1NK0A 4ID1A 4YFUA 1BHLA 1ASUA 1TKXA 4EP4A 3O3HA 3RRHA 4PUOA 2VG5A 3MECA 4IBNA 2QKKA 4CJQA 1SL0A 2YV0X 3AVNA 3M8QA 3AVLA 1RT3A 4FJ5A 4BE1A 4BE0A 1KVAA 3OYGA 2F8TA 4FLUA 4FVMA 4DLEA 2ATQA 4E89A 2XY6A 1VSMA 3TAQA 1S1WA 4KRFA 3F9KA 1TAQA 2OPSA 4M45A 3CFPA 4LH5A 3K5OA 1QTMA 4WE1A 3EYZA 2HHWA 4FYDA 2VWJA 2YNGA 1BQNA 1JL2A 4TSXA 3HPOA 4E7IA 1XI1A 1A5VA 3TWHA 1ZBLA 2YNIA 3OYDA 1WAJA 3P83D 3QEPA 4PY5A 2E6LA 3C6TA 4M3WA 3SJJA 1RT7A 3CFOA 1B9DA 3OYIA 3OS2A 4OLBA 1UAXA 3P5JA 3G10A 1MU2A 4L8RB 3ZSXA 3AVHA 2Z1JA 4Q0BA 1CZ9A 5FRNA 1VSLA 2X6NA 3DM2A 1TKZA 3SZ2A 1HQUA 2E6MA 1KRPA 4KI6A 1JKHA 4LD0A 4FJLA 2EHGA 4H4MA 2ETJA 1WSGA 1Z25A 3KLFA 4CJ5A 4KHWA 5D3GA 1Q9YA 4KTWA 2HNDA 2D0CA 4CJKA 3SQ2A 1LAWA 1FKPA 1KVBA 4B9NA 3K58A 3KLHA 4F8RA 1U04A 2IGIA 4AHCA 1T05A 4DQIA 4DSIA 3DLGA 2OPRA 4DSEA 4E7LA 3DLRA 4C8OA 4FJJA 1IKVA 3KLEA 3AVGA 3V9UA 1KVCA 3V1QA 3V9WA 1HJRA 3CM6A 4ZTFA 4N5SA 1W9HA 3OYEA 2RPIA 4BDPA 2XY5A 5KTQA 1JLAA 3DLBA 2HHTA 4CGJA 3LWLA 4CFCA 5CYMA 3O3GA 4CJLA 3HM9A 2OZMA 4F2RA 1WSEA 4KV8A 1RTIA 1F21A 3T3FA 1XWLA 1NKBA 3HK2A 4ZTJA 4B9LA 4KREA 4CFDA 1RT4A 5KRSA 3QESA 3HYFA 4AHVA 3D0PA 4FJHA 1ASWA 3KK2A 3VQ7A 3VQ4A 3ZSQA 1RBUA 4ZHRA 2D5RA 4FK2A 1S5JA 4KKOA 2HVHA 3HJFA 1QSYA 1EKEA 4JS5A 2JGUA 1VSFA 3L2WA 1G15A 4KAZA 1BCOA 1LW2A 3HVTA 3LP2A 3QEVA 4AHSA 2P5GA 1N6QA 4KHSA 1FK9A 4M3XA 1Q9XA 4B9SA 4J2EA 2B5JA 1RDDA 3AVCA 3O4NA 4FW1A 3AA3A 3LP3A 4N47A 4CEEA 1XHZA 1I39A 2OPQA 3RTVA 4DTJA 4FLYA 3SV3A 3OJSA 2FBTA 3DRPA 4H4OA 1TK8A 1L3SA 1L3UA 1VSIA 4OGEA 3ZCMA 4IDKA 1C0TA 1RDAA 4IFVA 1X1PA 3VQAA 3SI6A 1WLJA 1NJWA 3QINA 4HVJA 4BDYA 4C8MA 2IS3A 4J2BA 3PUFA 4IFYA 3VQQA 4XIUA 1HYZA 2FBYA 4DQSA 1RDBA 4RG8A 1RT2A 1JLBA 3SV4A 4DSJA 3AVFA 4O44A 5KGWA 1TK5A 1IKYA 4PWDA 1WAFA 4LY7A 4ELVA 1HMVA 1J54A 1TK0A 1GOBA 2WOMA 4JRQA 2YNFA 3HXMA 4M41A 2DFEA 4KPYA 3OYFA 1ZBUA 4RW9A 5FDLA 4CJ3A 3NF9A 5CY4A 4DG1A 4W5RA 4E3SA 5J2MA 2X78A 3ZSRA 1EP4A 4O5BA 4BWJA 3KK1A 3QO9A 1JLFA 4DTXA 3PX6A 3SPYA 4CEFA 3AO1A 1XHXA 4HCBA 4FLZA 2BGGA 2FBXA 1VSHA 5EU7A 4AHTA 4MFBA 4B9MA 1C6VA 3VQ6A 4JRPA 2IDOA 3C94A 1BI4A 4DTRA 4OGCA 2KTQA 3VQBA 3RMDA 4Z4CA 2RN2A 1SUQA 3S3OA 3DRRA 3LDSA 3MXIA 1KSPA 4FLXA 3DOKA 2G8HA 2HVIA 3C6UA 4Y1CA 2KQ2A 1GOAA 4E19A 3IRXA 4OKJA 3V9XA 1REVA 4DQRA 4FLTA 2HW3A 4QAGA 3HP6A 5HLFA 3QLHA 3SYZA 1RTDA 3TI0A 1C1BA 3SNNA 1O1WA 3DMJA 1S9EA 4CJRA 2QKBA 4CF1A 3SUNA 4B08A 3THVA 4E7KA 2G8VA 3NGZA 1N5YA 1S1XA 1YTAA 4CECA 4CGIA 4OVLA 3KKSA 1C1CA 1NKCA 4C8LA 1VSJA 3DI6A 2FC0A 4JLHA 1UWBA 4YNQA 3SUPA 3TAPA 1D9FA 1BCMA 4KTZA 5HRRA 3NCIA 4DTMA 1NJYA 3PX0A 4HUFA 4O0JA 2BDPA 1LW0A 4AILC 3OYKA 1EXQA 1RILA 3OVNA 3OYMA 4CK3A 3JYTA 3HPGA 4M42A 4KHYA 2F96A 1JXBA 3NGIA 2O4GA 1RBVA 1SKSA 4DSLA 4HUEA 3V9ZA 4CJEA 3NF7A 4LSLA 1ZBFA 3CYMA 3HT3A 3OYBA 5FROA 3KK3A 2HHXA 4Z4GA 4W5NA 4CJWA 3A2FA 2YKMA 5CZ2A 3EY1A 2G8WA 4C8NA 1QSLA 1RBSA 2KW4A 5KRTA 3M8SA 4CF8A 4FW2A 3KD5E 3NHGA 4Z0UA 4CJPA 1TAUA 1FKOA 1NOYA 3OJUA 1UOCA 4M3ZA 1C0MA 1D8YA 4RW7A 4FJ8A 1S1VA 4NCGA 4B9UA 4N76A 1VSEA 3NBPA 3NF8A 1HYSA 4BWMA 1C0UA 4FJIA 3L2RA 4FLVA 5HBMA 3HO1A 3DLEA 1L3TA 4AHRA 2HNZA 2IAJA 1A5XA 1VSKA 4LH4A 5J2NA 3HSTB 1VRUA 3RR8A 4BACA 3AO5A 1LWFA 3VQPA 3ZT3A 1NJZA 1Y97A 4CJTA 4E7HA 3V81A 1ITGA 4M3TA 3VQ5A 1BI4B 1RDCA 2GV9A 4CESA 4OPJA 3ULDA 3TARA 1KFSA 2PYLA 2GBZA 3UIQA 1ASVA 1VK0A 3HL8A 1IO2A 1U4BA 3T19A 2YKNA 2G8IA 2KZZA 4QOZB 4OKEA 1KCFA 3M8RA 3ITHA 1J5OA 2OA8A 3CM5A 3CQ8A 4KB0A 3U3YA 3LZIA 1SL1A 3NAEA 1YTUA 4DSKA 1RTHA 1TV6A 4OKKA 4CGFA 4FK0A 4GVMA 3ZT0A 4I2PA 4O55A 3ASMA 1D5AA 4QCLA 4FZXC 4IKFA 1TVRA 1TKTA 3TR8A 1JLQA 3OYCA 3QNNA 2PYJA 4F3OA 1YVUA 4OLAA 2RF2A 2A1SA 2VWKA 3OYLA 5HP1A 3HPHA 3SCXA 3K59A 3L8BA 1FXXA 1HNIA 4Z4EA 1L3VA 5SZTA 5SWMA 1NK9A 4AH9A 4CHNA 1WSJA 4J2DA 4FK4A 2F8SA 3MXJA 1IG9A 3KTQA 1RBRA 5CZ1A 4BE2A 3TAGA 2HHSA 1RT1A 1HRHA 4B8CA 4NCBA 2E4LA 3LPUA 1KLNA 3CFRA 3OS0A 1CXQA 4KI4A 1DLOA 1KFDA 3NH0A 1EX4A 4I2QA 4HTUA 2G8KA 1WNSA 1XC9A 3OYJA 2NUBA 1QSSA 4F4KA 2X6SA 5CYQA 4CERA 3V9SA 1J9AA 1CLQA 1T8EA 4OPKA 4O0IA 1GOCA 1BIZA 4B8AB 4DFPA 1TGOA 3V1OA 5DMRA 5HRNA 3SQ1A 1T7PA 3WNFA 4DMNA 3AVBA 4FZYA 3OS1A 1NK7A 4N41A 2AJQA 4RW4A 4Y1DA 1JLEA 2HNYA 3ZSZA 3SQ0A 3U6FA 4EP5A 4K8ZA 4PA1A 3I0SA 3RMBA 1HPZA 1RCHA 3M8PA 4M3RA 3L2QA 1S1TA 3D45A 3ZT4A 4DTNA 1ZYQA 4CJUA 4W5QA 2OPPA 4E7JA 4CGGA 3IS9A 4I7FA 1CZBA 3LPTA 5C25A 1B92A 1SKWA 4B9VA 3QERA 5I42A 1WSHA 3PO5A 4ELUA 4KTQA 5E41A 1ZBHA 2XY8A 1LAVA 1WSIA 2RKIA 2X74A 3NFAA 4CIEA 3NH1A 3VQEA 3OYHA 2PY5A 3FFIA 4KO0A 3TABA 4M3UA 1QHTA 5J1EA 3EZ5A 4HHTA 2YHAA 5HROA 4PQUA 3HP9A 4J2AA 1B9FA 4E1NA 3WNGA 4E1MA 1L5UA 2ZQBA 3DYAA 4G1QA 2B4JA 4CEQA 4CIFA 3AVMA 3LAKA 3I0RA 4CF0A 3AA4A 5J2PA 3AO4A 4DFJA 3AVKA 1SL2A 2OYQA 2G8UA 3I8DA 1WN7A 4CGDA 2ZE2A 4ICLA 1S6PA 1QQCA 3B6PA 4DQPA 3RMAA 1UA0A 3SUOA 4CGHA 1S1UA 3PO4A 2ZD1A 3VQCA 4CEZA 3KD1E 4HCCA 4KB1A 4CCHA 1TKDA 1NKEA 3ZSYA 5JS2A 3ZT1A 3K57A 3ZSWA 4W5OA 1X9WA 1T03A 4ELTA 2BE2A 3TAEA 1UA1A 2I5JA 1NK8A 3AVJA 4E0DA 1J53A 1YT3A 4KHQA 2G8FA 2Z1IA 3WNEA 3RR7A 1U47A 3S9HA 3DLHA 3MEGA 4FJGA 1C1AA 1HNVA 4MQ3A 3LWMA 3O4QA 4W5TA 1KTQA 3AA2A 1BIUA 3MEDA 3VA0A 3E01A 3QIPA 4JS4A 1LV5A 2XY7A 1D9DA 1ZBIA 3NGYA 3VA3A 4B9TA 3H08A 3SPZA 3B6OA 4CEOA 4DS5A 2PZSA 4DS4A 1KLMA 5I3UA 2FBVA 1HQEA 1Z26A 4CJ4A 2YNHA 4OJRA 4H8KA 3KIOA 1R0AA 2Z1GA 2W42A 1X9MA 3S3NA 4K8XA 1IH7A 3IAYA 3P1GA 2Q3SA 4DF8A 4O4GA 1RNHA 4I9QA 3AA5X 1BGXT 1JLCA 4EZ9A 4DSFA 2XO7A 4CF9A 3T1AA 3NDKA 2IOCA 2BANA 3QEWA 1S6QA 3PY8A 5K14A 3PV8A 5DK5A 5JS1A 3ZSVA 1RT6A 2DY4A 4HUGA 3DRSA 3K5MA 3RRGA 4Z4IA 5T7BA 3PX4A 2DTUA 3OYAA 3TANA 4FM1A 3NH2A 3U3GA 4N56A 4DTPA 4RW8A 5C42A 3QEXA 3KKRA 4FJ7A 3K5LA 3LALA 4CJSA 1K6YA 2WONA 3LZJA 3CG7A 3KLGA 4BDZA 3S3MA 4CFBA 1NK5A 2XHBA 3LP0A 4FJ9A 3MAQA 3VQ9A 1VSDA 3LAMA 1NK4A 4FJMA 4RW6A 4CFAA 4Z4HA 2GUIA 3NF6A 2VG7A 4FJNA 5FRMA 4Z4FA 3RWUA 3V6DA 1RBTA 3TAFA 3BDPA 4NYNA 3V1RA 4CIGA 1BQMA 1W0HA 4FJXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KGXA 4CHOA 2P9LB 1XNQK 3ZEUA 1ATNA 1EO1A 4RCHA 1NK6A 4DTSA 4XEIA 4CEDA 1BISA 3RMCA 3WQUA 1SV5A 3ID8A 1GLJO 3QICA 3VERA 4Q5VA 1SQKA 3KWIA 1VQNN 1Q8IA 3ISNC 3V4IA 5C10A 1SKRA 5AQTA 4FLWA 3NVKA 1U48A 2E88A 3CCSN 4CHYA 3KJVA 1W97L 4DQQA 2O4IA 4KHNA 1NLVA 4H5WA 1A5WA 4BQLA 1CXUA 1VRTA 1RDUA 3SK3A 3OY9A 3EKSA 4GMJB 3THWB 3QIOA 3EE8A 1VQ9N 3AVAA 3ZT2A 4GNIA 4LSNA 3L4IA 1IJJA 4DF4A 4KFBA 1QS4A 3QETA 2UXDK 4DWIA 1JL1A 1LWCA 5LL6Z 4IG3A 3O3FA 4DU1A 3OW2M 4DSJA 4H0VB 1NGGA 1WB9A 3ATUA 3NMUA 5IWAK 4PL7A 4DFMA 4B3SK 2P51A 4K25A 1ASUA 1XUPO 4IOCL 4CJQA 1SL0A 2YV0X 3AVNA 3AVLA 1QVFM 4FJ5A 4BE1A 4BE0A 3OYGA 2VCPA 4FLUA 2ATQA 1S1WA 5H1SQ 1TAQA 2OPSA 1QTMA 4LH5A 3K5OA 2O8EB 2BH1A 4WE1A 3G25A 2HHWA 1YUWA 3VTHA 3HPOA 1A5VA 5B8HA 2JWKA 3C6TA 1B9DA 2NRWA 3G10A 4L8RB 4Q0BA 5FRNA 1TKZA 5AQXA 4DV4K 3GG4A 4KI6A 3TTDA 3P4IA 4LF5K 3SJHA 4B9NA 3KLHA 4F8RA 1HKGA 2IGIA 4DSIA 3AAPA 2J4RA 2YHWA 3GDQA 4C8OA 1IKVA 3KLEA 3C7NB 5AZJB 4DV1K 4BDPA 4L3QA 4BRAA 3ENOA 1JLAA 5JLHA 4CGJA 2OZMA 4CJLA 4A5AA 3HK2A 4HTLA 4ZTJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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