1JL2A

Crystal structure of tceo rnase h-a chimera combining the folding core from t. thermophilus rnase h and the remaining region of e. coli rnase h
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
150
structure length
150
Chain Sequence
KQVEIFTDGSALGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELKAAIEGLKALKEPAEVDLYTDSHYLKKAFTEGWLEGWRKRGWRTAEGKPVKNRDLWEALLLAMAPHRVRFHFVKGHAGHPENERADELARAAAMNPTLEDTGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli (strain k12)
publication title Contributions of folding cores to the thermostabilities of two ribonucleases H.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Chimera of Ribonuclease HI, Ribonuclease H
total genus 42
structure length 150
sequence length 150
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2001-07-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1jl2A00
1WSHA 3HPHA 3VQAA 1ZYQA 1JLEA 5K14A 4CFDA 3TAFA 1FKOA 2P1JA 4EZ6A 4KHQA 3C6TA 4IFYA 4CF2A 3QEWA 2HHSA 4CJLA 1RDDA 2E4LA 4B8AB 1NK8A 4Z4IA 4B8CA 1RT5A 1RT6A 1JLCA 4CEZA 2GBZA 2AJQA 1HYZA 1KLMA 2RPIA 4YFUA 4OKJA 4CJVA 2IOCA 1L3SA 4E0DA 3TABA 3P83D 3ZSOA 3QIOA 1JLQA 2OZMA 2F8TA 1LWEA 1VRTA 1TL3A 4O55A 1ZBFA 3CFPA 3RMCA 4NCAA 3OYCA 2YHBA 3OYNA 3PX0A 1EETA 3ZSYA 3PV8A 4F2RA 2IC3A 5KRTA 3AVAA 2YNGA 3AA4A 3ZSVA 1CXUA 1B92A 1JL1A 2FBXA 4E1MA 3QETA 3D45A 1RBRA 2BANA 3UIQA 1ZBIA 1BI4A 3NHGA 2P51A 2G8KA 2YHAA 4CK1A 3TWHA 2P5GA 1SUQA 3VQ4A 1NJZA 1L3UA 2OZSA 3TI0A 4W5QA 3K59A 4JS4A 1UAXA 1KTQA 1VSIA 3LPUA 4C8OA 2GUIA 1U04A 4DMNA 1WSFA 1SKRA 4LD0A 1VSDA 4IG0A 2HHXA 3NE6A 4CK3A 2D0BA 1C0MA 3O4NA 3SZ2A 4DSEA 4UQGA 4DLEA 1TK8A 2P5OA 2HNZA 1GOCA 1X9WA 3IAYA 5KGXA 1NKCA 3V9XA 2B5JA 2B6AA 4E7HA 2VG7A 3LDSA 3JSMA 2XY7A 4DFKA 4DWIA 4CEOA 1KLNA 2HVIA 5HBMA 3ASMA 2VG5A 3ITHA 1KRPA 2FBVA 4CHQA 4F4KA 4K8XA 3K57A 3KK1A 1RT7A 1Q9YA 4H4OA 3CFRA 5J2NA 1HQUA 1ZBUA 2X6SA 2EHGA 1TVRA 3TAGA 1N5YA 3OYDA 3SV3A 4RW8A 4CF1A 4PY5A 1WN7A 3HL8A 4CF0A 5KRSA 3AO5A 4CHPA 3ZSRA 1WSIA 4M41A 4Q5VA 3K5NA 1QQCA 3DRSA 1XHZA 3DM2A 4FM0A 4Z4CA 4F8RA 3IS9A 3P5JA 3IG1A 3V9ZA 4FLUA 2WONA 2IS3A 2OPRA 3K5LA 3TAEA 4FJ8A 4N47A 3V9WA 3V81A 1RT3A 1J5OA 2EX3A 1VSEA 4E1NA 1LAVA 4C8NA 3SCXA 3KD1E 3U6FA 4F2SA 4FJ9A 1HRHA 1F21A 4CFAA 1HNIA 3S3MA 4KAZA 4CJ5A 3OYGA 2QK9A 4HUGA 5J2PA 4N41A 3ZSQA 3ULDA 4N5SA 1U47A 4CGIA 4CGJA 4CJKA 4FZZA 1SV5A 4QAGA 2G8FA 1DTQA 4KHSA 1XWLA 4OLBA 3WNFA 1ASUA 3RR7A 4I2PA 4CERA 3BGRA 1UOCA 2HB5A 4OPJA 4DSFA 2KFNA 1KVBA 1TV6A 4DSLA 3VA0A 4DTMA 4Z4EA 4PA1A 4FJLA 4FJ7A 1CXQA 4N56A 3OYFA 2IAJA 5EU7A 4M3WA 4M3RA 1HMVA 4KHYA 3HP9A 3VQQA 4RW4A 2XY8A 4E7LA 1QTMA 1VSLA 1S9GA 4FLXA 1WSEA 4CGGA 3G10A 5CYMA 1T7PA 4DTRA 3QNOA 3AA3A 4DTOA 1SL0A 1NK7A 1BQMA 2YNHA 4ELUA 3AO3A 2HNDA 2FC0A 1O1WA 3NGYA 3S3OA 1L5UA 3HVTA 2Q3SA 3AVBA 1FKPA 1EKEA 3P1GA 1C0UA 3VQ9A 3HT3A 3LZJA 3AO2A 4DQSA 2R7YA 1RBUA 2ZQBA 1BQNA 4BE0A 3SUNA 1NOYA 3SYZA 2PYLA 3F9KA 3ISNC 3LP2A 4B9MA 4CGFA 2ZE2A 3VQBA 4CJTA 1BL3A 3KLEA 1TL1A 4HHTA 2XY5A 3TAPA 3AVKA 1G15A 4CFCA 3M8QA 3I8DA 4HCCA 2B4JA 4ZHRA 3OYEA 5FDLA 3EZ5A 3L8BA 4HUFA 2G8UA 3AV9A 1KFDA 3OYKA 3B6PA 2G8VA 4DU1A 4ID5A 1VSKA 2JGUA 3D0PA 3NH1A 1R0AA 1T05A 2QKBA 4G1QA 4TSXA 4QCLA 1TAUA 3TAMA 3MECA 3NBPA 4PQUA 4M45A 3CQ8A 1RTJA 3AVNA 1IKXA 1BISA 1LW2A 3DRPA 3KK3A 2YNFA 1FK9A 3C94A 3ZT1A 3V9UA 3FFIA 2BDPA 3ZSWA 3L2VA 1HPZA 4CEDA 1JLBA 1RCHA 3KLIA 3M8RA 1U48A 4J2DA 4Z4HA 5CZ2A 3AVGA 5CY4A 5FROA 4CJUA 1WNSA 3NF9A 3VQPA 4Z4GA 4O4GA 4W5RA 4O0JA 4OJRA 4DFPA 1I39A 3VQ5A 3KK2A 5CYQA 4KB0A 4DG1A 5KGWA 4FLTA 1BCOA 3DMJA 2XHBA 4DLGA 3AA2A 3S9HA 3L3UA 3NDKA 3HJFA 4HCBA 2HW3A 3HK2A 4CHYA 3HYFA 3CYMA 3SJJA 3RRHA 1W0HA 4NYNA 1ASWA 2HHWA 4KRFA 1YT3A 4DS5A 2E6LA 1RTHA 4MQ3A 3WNEA 3NF8A 4FJHA 4M3YA 2G8WA 4CEFA 4KI4A 3ZT2A 1TKDA 1U49A 4N76A 4OPKA 1S5JA 4KV8A 3PO4A 4IG3A 4O5BA 1S6QA 1TKZA 3QEVA 1RBTA 1RILA 3VQCA 2PYJA 1WSJA 4NCGA 1D9FA 5KI6A 1VSMA 3THVA 4DSJA 4AHUA 3RWUA 4AHCA 2HNYA 3V1QA 1RT1A 4I9LA 1REVA 1BCMA 1EXQA 4GW6A 4FLWA 1Q9XA 1TAQA 5C24A 1RT4A 1S1VA 1WAFA 4C8KA 1UA1A 1CZ9A 4M3TA 3SQ0A 4DQPA 4FJKA 1J9AA 1EP4A 4LY7A 2YKNA 4F3TA 4GVMA 3KKRA 1QE1A 3AVCA 3HXMA 1VRUA 4NYFA 1ZBHA 2BGGA 1XHXA 4DSIA 4F3OA 1U45A 2Z1GA 3LP0A 1JLAA 3EYZA 3DLHA 3AVLA 1VK0A 1JXEA 5HROA 1IO2A 4E3SA 1CZBA 2D0CA 3LANA 2GV9A 4DU4A 1YTUA 3DYAA 3AVFA 3B6OA 1S6PA 4AHTA 1HYVA 4CE9A 4CJFA 4AILC 3KTQA 3QO9A 1YVUA 1QS4A 3SUOA 4L8RB 3DRRA 3TANA 3C6UA 2ATQA 3LP1A 4DTXA 3H08A 3O3FA 2HHTA 4CJ3A 3HPGA 1ZBLA 1IKVA 3O4QA 3NAEA 4DTJA 1X1PA 4DTNA 3HPOA 3LAMA 3MEDA 4M3XA 1NK0A 4CJ4A 4FJ5A 4FJIA 3SQ2A 1S1TA 1XC9A 4DSKA 4W5NA 2HVHA 3LP3A 3NFAA 3CM6A 2DFHA 4B9SA 4FK0A 1IG9A 4R5PA 1HJRA 4C8MA 2LSNA 4Q0BA 4KHWA 4O0IA 4CF9A 1C6VA 3LAKA 2OPQA 3F73A 3SPZA 1D8YA 3ZSZA 4WE1A 1JXBA 1S1UA 1TGOA 1RT2A 1J53A 4DF8A 4OKKA 3TR8A 3V1RA 4KPYA 1NK4A 5T7BA 1KVAA 2QXFA 2O4GA 4B9LA 2O4IA 3VN5A 4MFBA 4M3UA 1I3AA 1VSHA 1UWBA 3RTVA 3SQ4A 1ASVA 1RBVA 2Z1IA 3O3GA 1DLOA 4RW6A 4BE2A 4CEQA 1QSLA 3KLFA 3HO1A 3AA5X 4B9VA 1VSFA 1N6QA 2RKIA 2X78A 3A2FA 1BIUA 2YNIA 4OGEA 4CHOA 5D3GA 1S1XA 3OVNA 1JLFA 5JS2A 4FYDA 1KCFA 5J2QA 2Z1JA 1JKHA 1W9HA 1TK0A 4KHUA 1RDBA 4CECA 1LW0A 3OJUA 3MEEA 4BACA 4FJNA 3U3GA 1IKYA 3C95A 3SV4A 3AO4A 4B9UA 2YKMA 4LH5A 3MXJA 4DS4A 3PO5A 4KI6A 2F96A 1C1AA 1EX4A 4FZYA 3O3HA 2XO7A 3EY1A 3ZT3A 1IKWA 4CIEA 1WLJA 4FW2A 3QEPA 5J1EA 4RW7A 1IH7A 4DQQA 2E6MA 1L3TA 3CG7A 3ALYA 1QHTA 1WAJA 2OPPA 3M8SA 3OS0A 4DU3A 5HRPA 3OY9A 4CGDA 1S1WA 2A1RA 2HHQA 3DLRA 4KB1A 1RTIA 4JS5A 2JLEA 3DI6A 4AH9A 5HRNA 1B9FA 1LV5A 3OYIA 2ITGA 2XY6A 4E89A 1C1CA 2VG6A 2RF2A 3VQ8A 4K8ZA 4IDKA 4FK2A 3SQ1A 2VWKA 4KTZA 3SPYA 2KZMA 3PY8A 1BIZA 2DFFA 4GMJB 3DLBA 3KKSA 3ZT0A 2PY5A 3E01A 4HVJA 3WNGA 4J2EA 2ZD1A 2Z1HA 3SUPA 4W5TA 2KZZA 5SWMA 2HHUA 3KJVA 1CLQA 3RRGA 4IKFA 4CESA 4CJPA 1GOAA 4PWDA 3ZT4A 2DFEA 4FW1A 2D5RA 4IFVA 4EP5A 3NGIA 1XI1A 1K6YA 1LWFA 4AHVA 1WSGA 3QIPA 3KLHA 4KHNA 4CF8A 2DY4A 3NH0A 2F8SA 3K2PA 4BDZA 3OS1A 1BI4B 3DOLA 4DTPA 1SL1A 4CCHA 4FM2A 1GOBA 3L3VA 4CJSA 4XIUA 3K5OA 4I7FA 2D0AA 2XRIA 4BWJA 4CHNA 1SKSA 1L3VA 2HMIA 3NH2A 4B08A 4BDYA 4CFBA 3RR8A 1C0TA 3S3NA 2G8HA 3JYTA 4QOZB 3QNNA 4FM1A 2IDOA 4JLHA 1HYSA 1TKXA 4FJMA 4E19A 4FLZA 1JLGA 3PX4A 1JL2A 1FXXA 5FRMA 1Q8IA 3AVMA 3QEXA 4J2BA 3T1AA 3DOKA 3ZSXA 1ITGA 4LSNA 3QESA 4LH4A 2QKKA 3TARA 4O44A 4B3OA 3V9SA 1LWCA 3PUFA 5KTQA 3NF6A 5HRSA 1NKBA 4I9QA 5I3UA 1NJYA 3CFOA 4H4MA 4W5OA 4KKOA 3MEGA 4IBNA 4CJRA 5HLFA 1NK6A 2OPSA 3KLGA 4FJXA 2W42A 3HSTB 1RNHA 4B9NA 3PX6A 4ZTJA 4Y1CA 4CIGA 3AO1A 2ETJA 2OYQA 3QEIA 1UA0A 3RMAA 4LSLA 3M8PA 3MAQA 2KQ2A 3DLGA 3SNNA 3I0RA 4CIFA 2WOMA 4DTUA 1DTTA 2A1SA 3U3YA 1KVCA 4CEEA 2OA8A 3DLKA 1NK5A 1J54A 3QERA 4OGCA 1X9SA 4FXDA 4OLAA 3OS2A 4ZTFA 1HNVA 2HHVA 4CHZA 1SL2A 1A5VA 1NOZA 3RMBA 3OYHA 1RDCA 4Z4FA 4Y1DA 3T19A 3AVHA 4DQIA 3VQ6A 1VSJA 5JS1A 4CK2A 3NF7A 4CJWA 1QSYA 4C8LA 3HVRA 2KW4A 3ZCMA 3KIOA 4DTSA 1NK9A 5C42A 2NUBA 4ELVA 2BE2A 1RTDA 4RG8A 4ELTA 2Y1IA 3LALA 2RN2A 3IRXA 1D9DA 3KD5E 1SKWA 3CM5A 4CJQA 3L2WA 3LWLA 3V4IA 2Y1JA 3VQEA 4JRPA 4KREA 3L2QA 1BGXT 3NGZA 3SI6A 2X6NA 3QLHA 4FVMA 4HUEA 4FLVA 1A5XA 1T03A 4E7IA 1BHLA 2YV0X 1U4BA 2G8IA 4EP4A 3L2UA 1D5AA 3HP6A 4DQRA 3V1OA 5C25A 4AHSA 3K5MA 2FBTA 5HRRA 4CEBA 1Y97A 3LZIA 1KSPA 1KFSA 4JRQA 4E7JA 1TKTA 4CEAA 3I0SA 3SUQA 4BE1A 4DF4A 4FJGA 5FRNA 1C1BA 4Z0UA 2DTUA 4ID1A 3WNHA 1B9DA 3BDPA 4J2AA 3MXIA 4YNQA 4OKEA 3VQ7A 1X9MA 2KFZA 1RBSA 3QINA 3LWMA 5E41A 1YTAA 3LPTA 3VA3A 4KTWA 4KO0A 4FLYA 4FJJA 4M42A 3OJSA 4ICLA 2PZSA 1LAWA 1Z26A 2VWJA 1NJWA 4PUOA 4RW9A 1RDAA 5CZ1A 3OYJA 4DFJA 3V6DA 4FZXC 3L2RA 3OYBA 1TK5A 4E7KA 3MXMA 2FBYA 4BDPA 3OYMA 5DK5A 4HTUA 4CGHA 5J2MA 1NKEA 4EZ9A 4H8KA 1S9EA 2I5JA 4B9TA 2X74A 1NJXA 1QSSA 4NCBA 4M3ZA 4KFBA 4AHRA 4FCYA 4CJEA 3DLEA 4I2QA 3OYLA 4DFMA 2KTQA 3T3FA 3G0ZA 3TAQA 5HP1A 3K58A 5I42A 5DMRA 4KTQA 3VQDA 3OYAA 1HQEA 5SZTA 4OVLA 4BWMA 3AVJA 1MU2A 1T8EA 3HM9A 1A5WA 4FK4A 2IGIA 3RMDA 3AVIA 3NCIA 1Z25A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KH4A 1JLEA 3VGLA 3TAFA 1FKOA 2FF3B 2P1JA 4EZ6A 3CJBA 2RE2A 4IFYA 4BRAA 4IZ9A 2GTDA 3QEWA 2HHSA 5EX5A 4DR4K 4Z4IA 4JKDA 1RT6A 4CEZA 4OKJA 3ZSOA 4CZKA 2Q36A 2HF3A 2QTDA 2F8TA 3M6GA 2OCEA 3CHWA 5EOYA 3ZSYA 2QA4N 4F2RA 2P9UA 5KRTA 4A5AA 1KD1O 3ZSVA 2FBXA 1GLCG 3QETA 2BANA 1BI4A 2G8KA 1NJIO 3TWHA 1SUQA 3TI0A 4W5QA 4YOVA 1VSIA 3DXKB 1U04A 1WSFA 4IG0A 2YI1A 2D0BA 3SZ2A 3G25A 5BRHA 1TK8A 1GOCA 3SAHA 3J7YP 3IAYA 1NKCA 2VG7A 3LDSA 2NRXA 3MDQA 4KBOA 5HBMA 4CZIA 5DM6L 2VG5A 2FBVA 4F4KA 4FWLA 4QS9A 2X6SA 2EHGA 3MK6A 1SQKA 5LMNK 1WN7A 4CF0A 1BA0A 1WSIA 4M41A 3K5NA 4FM0A 4Z4CA 3P5JA 2YHYA 4OO1J 3V9ZA 2FXUA 3G6EN 3K5LA 4CZFA 3TAEA 2EX3A 4E1NA 4C8NA 2A41A 4F2SA 4LF6K 3S3MA 1W2BM 4CJ5A 4HUGA 1OVYA 4FZZA 4IO9L 1DTQA 4KHSA 4OLBA 1ASUA 5KPZA 3RR7A 4I2PA 4CERA 1X9JA 4NLCA 3IFRA 3VA0A 4JI0K 4PA1A 2IAJA 2O8FB 4M3RA 4RW4A 4H5NA 1S9GA 4CGGA 1T7PA 3QNOA 4H0VB 3ULEB 3ENBA 2YNHA 3EN9A 2CH5A 1Y64A 2FC0A 2HNDA 2VWBA 3L0QA 3AVBA 4DQSA 2GUPA 3AO2A 3LZJA 2R7YA 2ZQBA 4BE0A 3ISNC 3LP2A 3VQBA 4CJTA 5KQ8A 1OH8A 2JWKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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