1JL2A

Crystal structure of tceo rnase h-a chimera combining the folding core from t. thermophilus rnase h and the remaining region of e. coli rnase h
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
150
structure length
150
Chain Sequence
KQVEIFTDGSALGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELKAAIEGLKALKEPAEVDLYTDSHYLKKAFTEGWLEGWRKRGWRTAEGKPVKNRDLWEALLLAMAPHRVRFHFVKGHAGHPENERADELARAAAMNPTLEDTGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Contributions of folding cores to the thermostabilities of two ribonucleases H.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Chimera of Ribonuclease HI, Ribonuclease H
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli (strain k12)
total genus 42
structure length 150
sequence length 150
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2001-07-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1jl2A00
2DFEA 2YNHA 4M3RA 1VSKA 1LAVA 1S1TA 2WOMA 2KFZA 4CF9A 1KFSA 1KFDA 1JL1A 3VQ5A 3V6DA 3PO4A 1UOCA 1I39A 1X9SA 2KZZA 3V9ZA 1BCOA 3EYZA 4G1QA 4FJ8A 3DLRA 2HNZA 3TABA 3MXIA 1R0AA 1HPZA 1HYVA 4FLTA 4CJTA 4CFBA 3T19A 2B4JA 1ASWA 1KVCA 4JLHA 5C42A 1GOAA 3TR8A 2XY7A 4NYNA 2G8HA 2HHSA 1VSLA 3DMJA 4ID1A 3V1RA 1VSIA 3PUFA 3DLHA 3L2VA 5FRNA 4CHQA 4Z4IA 3L3VA 3WNHA 3VQBA 4B9LA 3KLFA 5CZ1A 4FM1A 3LP2A 3ZSQA 1NJZA 1BIZA 2HHUA 4N41A 3LALA 5I42A 4HUGA 2KZMA 2D0CA 4CK3A 1L3VA 3O3HA 4R5PA 1LWCA 3QIOA 4OVLA 2P5OA 1JL2A 4I7FA 2Y1IA 4OPJA 2O4IA 3AVMA 3OY9A 1NK9A 4KTZA 1WSHA 3ZSVA 1QSLA 3E01A 1L5UA 4FJIA 1L3SA 4FJLA 2QXFA 2GUIA 3NH2A 3MAQA 3ALYA 4PQUA 4KFBA 1W9HA 3K58A 4DSJA 1KSPA 4E7JA 2B5JA 2FBXA 3RRHA 2GV9A 4I9LA 3OS2A 4M41A 3QINA 1RDDA 1NJXA 4F3OA 4Z0UA 3DOKA 4KRFA 4FW2A 4ZHRA 2IOCA 3LP1A 3VQQA 4ELUA 3SV3A 4FZXC 1KRPA 2QK9A 4FK0A 1YVUA 4CK2A 2XY5A 3K5MA 3TAGA 1WNSA 2PYJA 1D9DA 1RDAA 2X74A 3HYFA 3ISNC 1FKPA 3T1AA 3ZT4A 3L2QA 4AHCA 4BACA 1NKCA 4CEAA 3K5LA 3I8DA 1XWLA 4CERA 4NCBA 4IFVA 3F73A 4KB0A 3DRSA 4DU1A 3ZT0A 2YNFA 4NCAA 2HHTA 2DTUA 1BGXT 3AVNA 2E6MA 4FM0A 4FLUA 2P5GA 1J5OA 2QKBA 4CFAA 3M8PA 3KD1E 2YHBA 3VQDA 4JS4A 4CEFA 3AVLA 1RILA 5FRMA 3A2FA 2BANA 3S9HA 1HQUA 2YNIA 4IKFA 4LSLA 3TAEA 4F8RA 4DFKA 1HYZA 3UIQA 1QHTA 3HK2A 1JLFA 1U04A 4LH5A 3RR7A 4AHUA 3M8QA 2A1RA 3NH0A 3TWHA 3SZ2A 4CFCA 2X6SA 2G8VA 4LSNA 1CXUA 4DSKA 1BISA 1ZBHA 1RTJA 4HVJA 2BGGA 1X1PA 3AVIA 1LV5A 3ASMA 3AO1A 3HSTB 4E0DA 1UWBA 3KLGA 1JXBA 4BE1A 3WNEA 4HUFA 2ZD1A 4I2PA 4BWMA 3P1GA 4CGDA 1SV5A 5I3UA 1TKXA 1JLAA 3V81A 3M8RA 4DLEA 3HVRA 1S6PA 3B6OA 3ZSWA 3TAQA 4QCLA 2P1JA 4QAGA 4Z4CA 1LWFA 4NCGA 4CF0A 4BDZA 1S1UA 2EHGA 4E7IA 4QOZB 3OYKA 1IKXA 1RDCA 4DTSA 4O0JA 4OKEA 3VQ9A 1N5YA 1QTMA 4J2AA 1CZ9A 2OPRA 3DLEA 4KHYA 3OYAA 2HHXA 4DFMA 1LAWA 1VRTA 4AHTA 4H4OA 3OYLA 1RNHA 1TV6A 3KK1A 4FJNA 1YTUA 3O3GA 2VG7A 4PA1A 1YTAA 3IG1A 4CECA 5KRTA 2BDPA 3O3FA 3VA3A 2FBYA 2RPIA 1WSEA 4CHZA 1RT7A 4AHSA 2B6AA 1LW0A 3SUPA 1TL1A 4OJRA 4HCBA 4B8CA 4ZTFA 1JLQA 3HPGA 3K2PA 3MEDA 4AH9A 1DLOA 2YHAA 1ZBUA 3MECA 3WNFA 4K8XA 4FJGA 1SL0A 3LP0A 1KLNA 1VSMA 3LZJA 2AJQA 4CF8A 1GOBA 2JGUA 4CIGA 1EETA 4M3TA 3VQEA 4J2BA 3ITHA 1BI4B 1I3AA 1D5AA 4M3YA 4DU4A 3AVCA 1NK8A 3AA5X 1TKTA 2Z1HA 3AO3A 1T8EA 3QIPA 3VQ6A 2IAJA 4B08A 3VQ8A 2HHVA 2Y1JA 1NOYA 5EU7A 2HNDA 4ZTJA 3OYFA 2ZE2A 3NHGA 3AVBA 4AHRA 3OJUA 4DQRA 4B9UA 1HJRA 3IRXA 4RW6A 3K5NA 3NGYA 3AO4A 4CFDA 4EP4A 1J9AA 1Q9YA 1VSJA 1ZYQA 2XHBA 1UA1A 1SKSA 3U3YA 1Z26A 1RTHA 4IFYA 5HRRA 3SQ4A 4WE1A 3NF8A 4Z4FA 3QEPA 4FYDA 3H08A 3QO9A 2KQ2A 5KGWA 4KHUA 4M42A 4KHSA 1RBUA 1BIUA 2HNYA 2OA8A 3NBPA 3OS0A 5HBMA 3BDPA 1FK9A 2XRIA 5C24A 4W5QA 2ATQA 4DTXA 3RR8A 3SQ2A 4FJHA 4DQPA 3L2RA 1U45A 1A5XA 3AVAA 3O4QA 4HUEA 4CIFA 1QS4A 3JYTA 1NKBA 4CEZA 1RT2A 2E6LA 4DFJA 2G8UA 1C0TA 2OPPA 3AVGA 4E19A 1L3UA 4KI6A 4FJMA 1SL2A 4E89A 1S1VA 1RT4A 3KK3A 1SKRA 3OYMA 4FK2A 4OPKA 4DTJA 2PY5A 4FJXA 4CEOA 1RT6A 3CFRA 2RF2A 3CG7A 4J2EA 1VRUA 2ZQBA 4E7KA 2HHQA 3HP9A 1RBSA 3V9UA 3TAMA 4O44A 3C94A 2XO7A 1FKOA 4FVMA 4F2SA 1VSEA 3KJVA 2RKIA 3MEEA 4CGHA 1WSFA 3L3UA 3TAPA 4KAZA 3SPYA 1N6QA 1S6QA 4FJ9A 4E1NA 4B3OA 2OZSA 4FCYA 1NK7A 4E7LA 3ZT2A 1NOZA 4IG3A 4CE9A 1WSIA 4PUOA 4O4GA 3NF6A 5JS2A 4DS5A 3NF9A 2VWKA 1JLGA 3V9WA 4XIUA 3TAFA 1NJWA 4KV8A 4HTUA 1U48A 1C0UA 4CHPA 4LH4A 2I5JA 2IC3A 3VQ4A 2DFFA 1C1AA 4LD0A 2OPSA 4FLWA 2OYQA 4I9QA 4CGJA 3CM5A 1WSGA 4I2QA 2G8FA 4JRQA 1B92A 1IKWA 1QSYA 4IG0A 3LWLA 4CCHA 3PX6A 3D0PA 4KB1A 4Q0BA 4CGIA 4E7HA 3SV4A 2OZMA 3AA3A 4W5OA 1IKVA 4KTWA 4CHYA 3V9XA 4DTUA 1ZBLA 1T03A 1QQCA 5HRNA 2WONA 1J54A 4RW8A 3CM6A 1DTQA 4CESA 4BE0A 2QKKA 4Z4GA 1ZBFA 3MXJA 5J2PA 4M3ZA 3AVKA 2GBZA 3ZT3A 1BL3A 5CYMA 1A5VA 1REVA 1TL3A 4YFUA 3QETA 3KLEA 4MFBA 3LPTA 3AO2A 1EX4A 4DQSA 3OYEA 3RRGA 3KLIA 3SUNA 1RTDA 4CGFA 5J1EA 4DFPA 4B9TA 1J53A 4CJWA 3PO5A 1VSHA 3I0RA 4F3TA 4C8MA 5FDLA 4DF8A 2FC0A 4DSLA 3SYZA 4CJPA 4ELVA 4JS5A 1JKHA 4KHWA 1EXQA 1W0HA 4CGGA 4HHTA 1FXXA 1KVBA 2D0AA 2FBVA 4O5BA 5DMRA 1U47A 4DSIA 4ICLA 4N47A 3ULDA 1HNVA 4OKKA 2NUBA 4FLYA 1TAUA 1DTTA 3KTQA 2HVHA 1LW2A 4FLVA 3IAYA 1JLCA 1RBRA 3VQ7A 4B9NA 4UQGA 1WLJA 3VQPA 1ZBIA 4DLGA 3OS1A 4B9VA 1BQNA 3TANA 1SL1A 3F9KA 3ZSXA 4C8NA 4FK4A 3CQ8A 3KLHA 3OVNA 4PWDA 3NDKA 4M45A 3QEIA 4BE2A 3S3NA 4DSFA 1IKYA 2F8TA 5KRSA 4DTPA 1KLMA 3DI6A 2XY6A 3HM9A 1RCHA 4CJEA 3THVA 4KHQA 3AV9A 2DY4A 3V1QA 2OPQA 4Y1CA 3L8BA 3OYHA 1JXEA 2A1SA 3VQAA 4DG1A 3OYCA 3TI0A 1SKWA 1Z25A 2IGIA 4CK1A 1SUQA 3DRPA 1RT5A 5J2MA 4K8ZA 3ZSOA 3KKRA 2D5RA 3U3GA 4AHVA 1C0MA 4ID5A 4YNQA 3RMCA 3HXMA 2PYLA 5KTQA 3S3MA 2FBTA 2X6NA 1KCFA 3HPHA 1F21A 4MQ3A 5D3GA 3O4NA 3P5JA 1EKEA 4CJSA 4B9SA 4RW9A 3SJJA 4BDYA 4O0IA 5SWMA 3C6UA 4KO0A 1RTIA 1WAFA 1U4BA 3SPZA 1TK5A 3ZT1A 4C8LA 4CJKA 1TKDA 2ITGA 4CF2A 3LZIA 2DFHA 1CZBA 3LPUA 4E3SA 4IBNA 4F2RA 1HRHA 2YV0X 3MEGA 3EZ5A 4RW4A 3QERA 3RMBA 1K6YA 3AVFA 5E41A 3KD5E 1CLQA 1TK8A 1C1BA 1IH7A 5DK5A 3QLHA 4CHOA 3I0SA 5HRPA 4FXDA 3OYGA 4JRPA 4GW6A 2HB5A 1LWEA 4KKOA 4DU3A 2VWJA 3K59A 3DYAA 1XC9A 4CJFA 1QSSA 4Q5VA 3SQ1A 2HVIA 3G10A 5JS1A 4DTMA 3PX0A 3SNNA 1GOCA 4CJUA 3DLBA 1HYSA 4DF4A 4OLAA 3KIOA 2HMIA 3VN5A 3CFOA 1ASUA 2JLEA 3LAMA 4EP5A 1EP4A 1VK0A 3P83D 4OGEA 2ETJA 2O4GA 2YKNA 3NGZA 3V9SA 3QESA 2KTQA 3HVTA 4DQQA 3PX4A 3JSMA 4DTRA 3RMAA 4FLZA 3PY8A 4W5RA 3DRRA 3IS9A 2IDOA 1NJYA 2KFNA 3ZSZA 1B9FA 3NF7A 4GMJB 3LAKA 3OYDA 2HHWA 4Z4EA 3EY1A 1S9EA 1D8YA 4EZ9A 3B6PA 4CJQA 3DLGA 5KI6A 3LDSA 4B8AB 4ELTA 2P51A 1CXQA 4NYFA 2R7YA 3QNOA 4OLBA 4CF1A 3RTVA 4FW1A 5KGXA 3U6FA 1BCMA 4RW7A 3NH1A 2W42A 1Q9XA 4W5TA 3NFAA 2KW4A 3LWMA 5J2NA 4CJRA 1L3TA 4L8RB 3AA2A 3TARA 2LSNA 2PZSA 3ZCMA 4FJJA 4M3UA 3M8SA 3SCXA 3K57A 5FROA 4CEEA 1NK6A 3BGRA 2G8IA 5HLFA 1XHXA 4CHNA 4FJ5A 2YNGA 3G0ZA 3KK2A 3OYJA 4DS4A 1UAXA 2F8SA 4CEDA 5CY4A 4DSEA 4CEQA 1Y97A 1BI4A 5T7BA 4HCCA 4Y1DA 5CYQA 1WAJA 4CJ5A 1S1WA 2HW3A 1BHLA 4PY5A 1D9FA 4TSXA 3V1OA 4CJ3A 4KHNA 4CJLA 1HQEA 4AILC 2VG6A 1KTQA 1YT3A 3NGIA 1TVRA 1NKEA 4CIEA 2YKMA 2Z1JA 3SUOA 4BDPA 4FJKA 3AA4A 4KPYA 4C8OA 4BWJA 3S3OA 1RBTA 4H8KA 2G8WA 5CZ2A 2IS3A 1S9GA 4B9MA 1TK0A 3SQ0A 4N76A 2XY8A 3DLKA 1KVAA 3PV8A 1O1WA 4E1MA 3QEWA 2Z1GA 1WN7A 4F4KA 1RDBA 3HP6A 3DOLA 3HL8A 1G15A 4CJ4A 1C6VA 3NCIA 1Q8IA 1U49A 4M3WA 1HNIA 1C1CA 2X78A 2E4LA 5SZTA 3T3FA 1B9DA 3V4IA 3HJFA 3L2UA 4CJVA 2F96A 1NK0A 5HROA 3VA0A 1ITGA 3SI6A 4W5NA 2VG5A 3LP3A 5HP1A 4KTQA 3D45A 4EZ6A 3DM2A 3FFIA 1ASVA 1RBVA 1VSFA 2Z1IA 4IDKA 4J2DA 4FZZA 3C95A 3HO1A 4OKJA 2G8KA 3MXMA 4LY7A 1A5WA 1HMVA 3OJSA 4H4MA 1MU2A 1WSJA 1T05A 3HT3A 4GVMA 3OYBA 3AO5A 3CFPA 2D0BA 1RT3A 4DMNA 5K14A 3AVJA 1XI1A 2RN2A 1JLBA 1T7PA 1BQMA 3CYMA 1X9MA 3AVHA 3LANA 4M3XA 1TAQA 1X9WA 3NE6A 5HRSA 3ZSYA 3C6TA 1IO2A 2EX3A 1S1XA 3RWUA 4KREA 1VSDA 1RT1A 3OYIA 3VQCA 4N56A 3KKSA 1TGOA 3HPOA 3L2WA 4OGCA 4FM2A 4DTOA 1XHZA 1TKZA 4O55A 1NK4A 1QE1A 1NK5A 4C8KA 4FZYA 1S5JA 4DTNA 5C25A 3ZSRA 4N5SA 3QEVA 3SUQA 3QNNA 1JLEA 3RMDA 4KI4A 4RG8A 4DQIA 4DWIA 2BE2A 4FJ7A 4CEBA 1IG9A 5J2QA 3K5OA 4FLXA 3OYNA 3WNGA 3QEXA 2Q3SA 1UA0A 3NAEA 4Z4HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JKEA 1LAVA 2Q97A 3V6DA 4CZIA 2E2QA 3MXIA 3VETA 4CJTA 4JV5K 4CFBA 3T19A 2B4JA 4JLHA 3WXIA 1VQON 2G8HA 2HHSA 3DMJA 1VSIA 1S22A 3G71N 1NJZA 3LP2A 1EWQA 1BIZA 3E9OA 1FW6A 5I42A 4HUGA 2KZMA 3MMVA 4CK3A 1YJWN 1LWCA 4YY3K 1GLAG 2O4IA 1DKGD 3AVMA 1NK9A 4DCHA 3DXMA 3ZSVA 1L5UA 1L3SA 1BDGA 4BR0A 2QXFA 2NRZA 1W9HA 2FBXA 3LDPA 4AF1A 2GV9A 4I9LA 2ZJRL 4F3OA 4FW2A 3LP1A 4ELUA 2QK9A 1DEJA 2E2PA 5BRHA 3TAGA 4IO9L 1RDAA 3T1AA 4CEAA 4NCBA 3I8DA 4FO0A 1Q7YO 4BR4A 3F73A 4JK9A 1N34K 1S3XA 4NCAA 4OO1J 1BGXT 3GBTA 4CFAA 3M8PA 5JLHA 3VQDA 3IUCA 3AVLA 4K42A 2NRVA 1XNRK 3R6MA 4JKFA 1JLFA 1ESVA 5MLCQ 3AVIA 1JCFA 1RDUA 4O8KA 5HL7L 3KLGA 4I2PA 3DJCA 4BWMA 4IWVA 2VWBA 1ATSA 3TAQA 1WUAA 3B6OA 4EHTA 2P1JA 4Z4CA 1LWFA 1W97L 3KHYA 4JI2K 1IKXA 3KZBA 4KHYA 4KBOA 2V7YA 3FFKB 1TV6A 4JI7K 4FJNA 3O3GA 4PA1A 1YTAA 3IG1A 3VEOA 3O3FA 1XNQK 1RT7A 2B6AA 3HPGA 3MEDA 4WF9L 4CZEA 5GIPA 4ILJA 2ZWHA 4FJGA 3GG4A 3LZJA 1GOBA 4M3TA 1EETA 5EVZA 3VQEA 4JI8K 3ITHA 3CC4N 1I3AA 4M3YA 4DU4A 4CVNE 1BO5O 1TKTA 5C15A 3E9LA 3CC2N 4LF7K 2Y1JA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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