1K8AO

Co-crystal structure of carbomycin a bound to the 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The structures of four macrolide antibiotics bound to the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S RRNA
molecule tags Ribosome
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1k8aO00
2OTLN 2ZJPL 3J7ZO 4IO9L 3G4SN 4WFBL 5DM7L 1VQ5N 5JVHL 1VQ9N 3CD6N 3DLLL 1S72N 5JVGL 1VQ8N 1VQKN 1YHQN 1QVFM 3CF5L 3CCUN 3CCQN 4WFAL 3CCVN 3OW2M 1KQSM 5MLCQ 1Q82O 3CCLN 3CCSN 5GAGP 5H1SQ 1YJWN 3CPWM 1VQ6N 1VQMN 4U67L 1N8RO 1K9MO 3CCEN 5HL7L 1VQNN 3CC7N 1JJ2M 1W2BM 1Q7YO 5GAEP 1M1KO 3I55N 3CCJN 1OVYA 2QA4N 1M90O 1VQPN 3CC2N 4IOCL 3CXCM 1VQ4N 3G71N 4IOAL 1YIJN 2QEXN 2ZJQL 1KC8O 1VQ7N 5GAHP 2OTJN 3PIOL 3CMEN 2ZJRL 4WCEL 1KD1O 3I56N 4UY8O 1NJIO 1K73O 1VQLN 5GADP 3G6EN 3CCMN 3CC4N 3CCRN 1YI2N 1K8AO 1YITN 1VQON 5DM6L 3CMAN 1YJNN 1Q86O 4WF9L 4WFNL 1ILYA 1QVGM 3PIPL 1YJ9N 1Q81O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KPTA 1GLLO 4I7FA 3ZSRA 5I3UA 2OANA 3HPHA 2Y1IA 5AQXA 1U48A 1ATSA 3KTQA 4DMNA 4GVMA 4CZKA 4DTJA 4OLBA 4FJ8A 3MWTA 3ZX2A 5JLHA 1XC9A 1VQ9N 4DFJA 4LD0A 4ISGA 1S72N 3OYEA 4B3OA 2O8BA 3CF5L 4CEQA 1IG9A 4JKAA 4DKWA 4CGIA 2ASMA 3HVRA 3R9PA 2D0CA 5I9EB 3SJHA 4BACA 1D5AA 1NGBA 1JL1A 1V4TA 2QK9A 4BRNA 1NK7A 1YTUA 3VF2A 1QZ6A 3OS0A 2FLOA 3OYCA 3SK3A 4BRQA 4RTFD 1WBDA 2F96A 1REVA 1L3UA 5CR4A 4JKGA 4GKJK 1YTAA 1IV0A 3AVIA 3KD1E 4J8FA 4OKJA 5C10A 4HTUA 3QNOA 4CK3A 1SAZA 1XUPO 3CFPA 1J6ZA 1QHAA 3R8EA 1NMNA 4B9LA 1VQPN 1RDUA 4JRQA 1U4BA 4ELTA 4I6MA 2FF3B 4B3SK 1JXBA 2OTJN 2Q3SA 4JHDA 1BO5O 2V7YA 4CBUA 1KD1O 2HHVA 3O9UA 1RDAA 1K73O 3F9MA 4M7XA 1RILA 2ATQA 4YHHK 3P5JA 2A1RA 1LOTB 1D9FA 3VEWA 3OTOK 4JEPA 4AHRA 3H45C 4YOWA 4H8KA 4E7KA 4JI8K 4C1NK 3C6UA 5DM6L 3CMAN 3L6QA 1HPZA 3KJVA 4DUZK 1NOYA 3UKRB 2BDPA 1WSFA 3SAHA 4DFKA 2NRRA 4KHNA 2ZE2A 1NGDA 3NH0A 4E7JA 3CETA 5A2QO 4K8ZA 4IJNA 4BR7A 4JYAK 4FLWA 1BGXT 5CYQA 3O9RA 3WXKA 3CJAA 1U2VB 4BRHA 3GBTA 2QKKA 1IO2A 3SPYA 5AQUA 3EO3A 4M42A 3IS9A 3SPZA 1EWQA 4A61A 1ASWA 1BQNA 5FPNA 5JVGL 4K8XA 1QVFM 3DM2A 2ZM6K 2IS3A 3E01A 1WNSA 3A5LC 4A57A 2F7TA 5DK5A 4WE1A 1RCHA 3ITHA 4FWRA 1SL0A 2DTUA 5AFUA 1YJWN 1G15A 1HKGA 4CGDA 1N36K 1QZ5A 1N8RO 3KLFA 2UUBK 4Z94A 3VGMA 1HMVA 5E26A 3C0BA 4ISFA 2PBDA 1X9WA 4JN4A 1NGEA 3ZT4A 2A5XA 4NCBA 4FWLA 4B9TA 2O4IA 5BRHA 3I8BA 4CI6A 4IKFA 2QWLA 3SUOA 3Q7BA 3K58A 4EZ6A 3NFAA 2NUBA 2OZMA 1IG8A 2PZSA 1NMDA 4OGEA 3AV9A 1D9DA 2NZTA 1FJGK 3M3ZA 4E3SA 2VQEK 2G8IA 4CJTA 2OPQA 1NK9A 3OVNA 2A6AA 3AVJA 2P9SA 3SBGA 5GADP 1O1WA 3OYKA 5LMUK 4DLEA 1VSJA 4M41A 4U7BA 3ZCMA 1YF5L 3NGIA 3MX2A 2DFFA 3EKSA 4JKCA 2ETJA 5CHIA 3BF1A 1GLCG 4F4KA 2F4VK 1QTMA 3C7NA 1WSEA 1VK0A 3GG4A 3TAQA 1BWFO 4NB4A 1LW0A 1WSGA 1KTQA 1Q81O 4DV0K 3QIPA 2Y1JA 4O44A 1WUAA 1E4GT 2E4LA 4FJ5A 5HRPA 1N6QA 4CK1A 5F0XA 3KK1A 5J2QA 3JS6A 1UWBA 3TAGA 4BR4A 1TVRA 3OYHA 3LP3A 4JRPA 4R5PA 2D1KA 3GOIA 3KLEA 1V4SA 4LH5A 1UOCA 4NLCA 3WXLA 2YNFA 5J2PA 3CCQN 3H3OB 1TAUA 4DFMA 3KKSA 4JLHA 1SS6A 5M1FA 5CYMA 2WFBA 4HUGA 4KPYA 4C8MA 1HKBA 3FLCO 1BI4A 3ZEUA 3FZFA 2PYLA 2NRXA 1NK6A 1RT1A 3CCEN 1UA1A 3SQ4A 3NH1A 3CC7N 1HQUA 2VYPA 4JI2K 3A0IX 2A41A 3ZETA 4RW8A 3I55N 4L3QA 3VTIA 3DRPA 2QTDA 4LF7K 3UE5A 3CPEA 4BR5A 3TAPA 1T6DA 1VSFA 3CXCM 2VWBA 4CHYA 5FRNA 1YIJN 2WOMA 3S3NA 2QWQA 3IAYA 3WEEA 4DV3K 3FZMA 3VPZA 5TKYA 3IG1A 2F8SA 3LDNA 3NH2A 2O8EB 4UQGA 2IDOA 2UXBK 4JS5A 2UYTA 2UU9K 1TKXA 4E7HA 1VQON 2BTFA 4F8RA 4PY5A 1YVUA 3ASMA 1DTTA 3EL2A 4X65K 3UIQA 2V7ZA 2E2OA 4H0OA 1XI1A 1W0HA 2LSNA 3LPTA 4Y0WA 2G8WA 4BRKA 4CGHA 4CJ5A 1C6VA 1BISA 4YOYA 4FVUA 1O13A 3FFIA 3HRGA 3MEDA 3AAPA 1FK9A 3QBXA 1JCFA 3WNHA 3Q7CA 2P5GA 4PA1A 5D3GA 3VQEA 3UKUA 4CJUA 2HBMA 4DV4K 1SUQA 2E2NA 4ILGB 3T1AA 2AP1A 1ZC6A 5GIPA 3T1HK 4FM2A 4NXNK 1VSIA 1RBTA 4DTOA 3H6EA 1GLJO 3QDKA 3SMPA 4CBWA 4AILC 4JKDA 5AZIA 1SKWA 4YOVA 3M8PA 1VQ6N 5M1OA 5GINA 2B6AA 1KFSA 1S22A 5KGXA 4EHTA 2BANA 4CZHA 1T05A 1X1PA 2A42A 3VQQA 1YVNA 2FSKA 2GX9A 4FK0A 1W2BM 1XNQK 1NGHA 4EZ9A 1RT6A 1C0TA 4BR9A 1LWCA 3LWMA 2YKNA 3DLKA 3HL8A 4DTNA 1H1VA 5HLFA 1S3XA 2ZWHA 5AQRA 3A5NC 2JLEA 3NBPA 1YXQA 1CZ9A 3G71N 1KAXA 2HHWA 4NCGA 4FSVA 3THXB 3RMDA 2BH1A 2ZJRL 3P4IA 2XHBA 2UXCK 3WXJA 4KHPK 4KHWA 2I5JA 3AA3A 3T7ZA 1S6PA 4B1VA 3EEQA 4BG8A 1T3VA 2E8AA 4K0KK 2P9UA 1EP4A 3NVKA 3BEXA 1KXPA 3CERA 4FWSA 2YX6A 5BPMA 3HOTA 1IBKK 4DSJA 1LWEA 4LF5K 3F2KA 4FM1A 3D7EO 2RPIA 3IUCA 1YJNN 4FOIA 1SQKA 5CZ1A 4CHOA 3EZWA 4WFNL 1IBMK 3AA2A 5AR0A 2ZGYA 2VCPA 3E9LA 5TKWA 3O6WA 3AO5A 4DV1K 4H0PA 1BL3A 2P9KA 5BREA 1NGCA 4WFBL 4M3ZA 1VQ5N 5C42A 5AQMA 4DTXA 2XO7A 2P9LA 4B1YB 1WLJA 1HPMA 5BN9A 3SUNA 3V6DA 3PX4A 5LY3A 3VQBA 3HOSA 3C65A 4BRDA 5AZJA 4CJQA 4DCHA 4CD1A 4DQIA 3D2FB 3CPWM 4W5QA 4CZIA 1JLAA 2X6NA 4QS9A 2VQFK 3VETA 1K9MO 1DKGD 5FDLA 2P1JA 4CEDA 4XIUA 1WOQA 4E0DA 3TAEA 1NGIA 1QS4A 5EX5A 1OVQA 4E89A 1QQNA 3L2VA 4CZGA 1KVBA 3QINA 3F5TA 1M90O 3V1QA 4KTWA 4DF4A 3L2RA 3D0PA 1BU6O 4J2AA 1I3AA 4ZHRA 3EN9A 4IBNA 3LP0A 2KFNA 3VEZA 1J9AA 2HNYA 1HUXA 5LMNK 3QEXA 3VQ9A 3B6OA 1RBRA 3LL3A 3O4QA 3ENHA 4GV9A 2FF6A 3AVNA 3DI6A 4KH4A 3D6RA 1L3SA 4B9UA 4OGCA 2KTQA 1XWLA 1YI2N 1YUWA 1QHTA 4Z4FA 4DQ8A 2O8DA 3A5MC 2X78A 3O3FA 2KKZA 5C25A 1OH6A 4W5OA 3ATVA 3O80A 2O8FA 2R7YA 2W40A 3PIPL 1BIZA 2B4JA 3BY5A 3DJCA 4O8UA 1C0UA 1HKCA 2GUPA 4C8KA 4CJEA 3DYAA 1TK5A 2ZJPL 3J7ZO 1N33K 5LJWA 4E1NA 1BA0A 4CHQA 2G8KA 1JKHA 3I0RA 3T69A 4OKEA 3OHRA 5KQ8A 2Q2RA 3ULDA 1HYSA 1OH5A 1NKEA 2VG5A 2XY8A 1A5XA 2YHWA 4IWVA 2GTDA 4JI5K 3VEYA 2A1SA 1IKXA 2FSJA 4FPBA 1MDUB 4CFDA 4KBOA 4FPAA 4F2RA 3F9KA 2O8CB 3BF3A 1QQCA 3S3MA 1DEJA 1S9GA 4IFYA 5HBMA 3CYMA 1QSLA 2ITMA 4B9SA 2P9PB 4TSXA 3MN5A 4W5TA 3EE8A 2QXLA 3NF7A 2HOEA 4IJAA 3LDSA 3QNNA 4FK2A 2HMPA 3DXKA 3VF4A 3VENA 2IVPA 4AM7A 2PYJA 2FXUA 4YY3K 5GAEP 2OZSA 4H0VB 3H46O 3CG7A 2V51B 4B08A 2QKBA 3ZSQA 3OYFA 3MXJA 4IOCL 5AQSA 1BUPA 1C1BA 2I7NA 4B1WB 4R79A 4DU1A 4RW6A 1ATNA 3SQ2A 4B3MK 1VQ7N 2GBZA 4KTZA 3QB0A 1FKPA 3I56N 2KFZA 1IJJA 3DOLA 3MCAB 4W5NA 2I7PA 3ULEA 4BRCA 4CZJA 1L3TA 2DPNA 3WQTA 1K8AO 4KI4A 3H1QA 4N47A 4PQUA 4OPKA 4BC3A 3V1OA 3ISNC 1E4FT 4KHSA 3OA9A 3PSIA 3O3HA 4CHNA 5FRMA 4A5AA 4DTUA 2IOCA 3OY9A 3MX5A 1TK0A 4DSLA 3D2EB 1NLVA 2D0AA 4K42A 3J81O 1VSHA 3HPOA 3QESA 4PKHA 4KH6A 3SNNA 3R3LA 1RDCA 1EX4A 2DFHA 3IMXA 2X6SA 1Q9XA 4CHZA 4GV6A 3H08A 3LZIA 3LAMA 4BQLA 1TL3A 4MQ3A 4A5BA 1KQSM 1YAGA 1Q8IA 3PLAA 1J5EK 3MEGA 4YFUA 2V52B 5GAGP 3NE6A 5AQIA 5HOOA 2YV0X 1FW6A 4AHTA 4U67L 1I94K 4F3TA 1SZ2A 3NAEA 3DXMB 1KVCA 3UB5A 5FPMA 3J8AA 5KPZA 4RW4A 4DU3A 4FJNA 1IKYA 3KIOA 4H5NA 3CFRA 2GUIA 4H0TB 2Q97A 3RSEB 5C12A 1JLEA 3LDOA 3LM9A 3MK6A 1DGKN 4DG1A 5EOYA 3AO4A 4BWMA 5AFUH 1MU2A 4ID1A 5HRSA 1UAXA 4XH5A 3THYB 2YJEA 3HPGA 3TAMA 1JLFA 1Z6RA 2ZJQL 3MN9A 4OPJA 1KC8O 3BZCA 5BRDA 2AJQA 1RT5A 2VG6A 3PIOL 2ZQBA 3WNGA 4O55A 3QEWA 3MXMA 3CJ9A 5ADXA 1N5YA 1HNVA 2EWSA 1T8EA 3HK2A 4O5BA 1J54A 4FWOA 1KVAA 4X64K 1U04A 3L8BA 5T7BA 2AA4A 5IWAK 1HRHA 4B1ZA 4F2SA 3C6TA 2HNZA 5AQPA 4RW7A 1B9DA 4I2PA 3JSMA 3E9OA 3TTDA 4EP5A 1HR0K 3VMFB 1T44A 4Z4HA 3THWB 4I9LA 4IOXA 2P9NB 3OS1A 1J53A 3NF8A 2YHYA 4O0IA 3AARA 3KVGA 2HB5A 5EVZA 4LFCK 1UA0A 4EHUA 3QERA 1BDGA 4FW2A 3J80O 4Z4IA 1JCEA 3A2FA 4EAHD 4CESA 1WN7A 4JK7A 1FXXA 3G4SN 1RT2A 5LJVA 2D0OA 1S5JA 3MWPA 3FGUA 4YDUC 4N5SA 4FK4A 4FM0A 1EETA 1U6ZA 4MDBA 4CJVA 4FJ7A 4LF6K 4H5WA 1C0FA 5KI6A 1Y97A 3O8MA 4GKKK 3RMBA 4YDUA 3WNEA 5AQZA 1X9JA 4AHVA 1NK0A 3OW2M 1A5VA 3SUPA 3ZSWA 3DAWA 1HNWK 2NRTA 4DR2K 1X3MA 3HSCA 5HRNA 4JV5K 2FC0A 4JD2B 3SV4A 2HHXA 4CEEA 4CW7B 3ENBA 3KWGA 4J2EA 2D0BA 4CE9A 3CI5A 3BDPA 1B9FA 4GV3A 4B9NA 3TANA 1J5OA 2KW4A 1ZBUA 3IKMA 4Q5VA 3AVKA 1X3NA 1C1CA 1VQNN 4CFAA 5M1KA 1OVYA 4JNEA 3O1BA 4DUYK 3QLHA 4B3TK 4IFVA 2VGMA 3IFRA 3V9UA 2RHKA 3DLGA 4JKHA 4CJ7A 1VSKA 4GY2B 4OPAA 2GELA 5EU7A 4FZZA 4M3RA 4FWPA 4BE1A 2UUCK 3CMEN 1HQEA 3SYZA 3VQ6A 2QW9A 1TUUA 4B9QA 4PHTX 1DLOA 3NGYA 1MA9B 3BZKA 1K8KB 1QQMA 5C2DA 4BRIA 4JS4A 3C95A 3U9DA 3EZ5A 4M3UA 1HNXK 4KAZA 4AQYK 3ZSZA 3NVMA 3MN6A 4DR6K 3ZSXA 4DF8A 2W6LA 3MDQA 4MLHA 5KRSA 3PV8A 1W7AA 3FZKA 4O8KA 1S6QA 3QFUA 4K25A 3THVA 1NK5A 3A5OC 2QWRA 4XEIA 4H5VA 2OTLN 2HHTA 4BVPA 4RWTA 1WSJA 3LALA 3ZSOA 3HO1A 4JI0K 1NJWA 2X74A 5C0YA 1KFDA 3SAGA 4NLBA 1Q18A 2J4RA 5JVHL 4H5TA 3AVFA 4J2BA 2QI2A 4BVOA 4PL8A 1RDBA 4LF9K 1E3MA 1GLEG 4BGBA 2P9IB 3UKRA 3PY8A 2JWLA 1TAQA 3SI6A 3K2PA 1ESVA 4WFAL 4FJKA 4NYFA 1NJYA 3C6AA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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