1KC8O

Co-crystal structure of blasticidin s bound to the 50s ribosomal subunit
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of Five Antibiotics Bound at the Peptidyl Transferase Center of the Large Ribosomal Subunit
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S RRNA
molecule tags Ribosome
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-11-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1kc8O00
3CCSN 1YJWN 1Q81O 3DLLL 3CPWM 3G6EN 1YHQN 3CCLN 3CXCM 4IO9L 3OW2M 5H1SQ 1VQ6N 4IOAL 1VQ5N 5JVGL 5GAEP 1YITN 3CF5L 5DM7L 1VQPN 3CC4N 4U67L 5JVHL 1QVFM 3CCUN 5DM6L 3PIPL 3CCRN 5MLCQ 3CCJN 1OVYA 3I56N 1M1KO 1W2BM 1M90O 1VQON 3I55N 2ZJRL 4WFAL 1VQ7N 1N8RO 2OTLN 4WF9L 3CMEN 1Q82O 3CD6N 5GAGP 1K73O 2QA4N 5GAHP 3G4SN 1K9MO 3G71N 4WFBL 1Q7YO 1JJ2M 2ZJPL 1KD1O 1YI2N 1VQKN 2OTJN 3J7ZO 3CCQN 1YJNN 4UY8O 1ILYA 1VQNN 4IOCL 1KC8O 5HL7L 2ZJQL 1YJ9N 5GADP 1QVGM 1VQ8N 3CMAN 1NJIO 3CCEN 1VQMN 4WFNL 2QEXN 3PIOL 3CCMN 3CC2N 1VQ9N 4WCEL 3CCVN 1Q86O 1VQ4N 3CC7N 1YIJN 1KQSM 1VQLN 1S72N 1K8AO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1S1XA 1MA9B 4FJ9A 4FSVA 4F2RA 2Q31A 1Q81O 4CZFA 5C42A 3RMCA 1YHQN 4O0IA 2DFEA 3GE1A 4NXNK 2HHTA 2E8AA 3T1AA 4KHNA 3SBTA 1JCFA 4HHTA 3TAQA 1IG9A 3DRSA 3M8QA 2BGGA 2YNFA 3LP3A 1YAGA 3OYFA 3VF2A 3O3GA 2QI2A 2OCEA 2X78A 3L3UA 1S9GA 3C0BA 2V51B 2YNGA 3Q7CA 4KO0A 4YNQA 4M42A 1EKEA 4LFAK 1O1WA 2YI1A 4X64K 2P5GA 4JK8A 4JLHA 3WNGA 1EX4A 2OTLN 3CETA 5AQZA 1IJJA 1RCHA 4O0JA 2NRXA 4ZTJA 4B1ZA 5IWAK 2G8KA 2VG7A 3EZWA 4KB0A 2VG5A 3WXJA 3RTVA 4FWQA 5JLHA 3VQQA 1NKEA 3MEGA 5E26A 5C0YA 4DSKA 4BGBA 1K9MO 5KI6A 2Z1JA 1IH7A 3DXMB 1TAUA 1YTAA 5C12A 5KQ8A 1HKGA 4PKIA 4JI4K 3LAKA 4BRFA 1U2VB 2OTJN 3AVAA 3VA3A 4C1NK 2E6MA 2IIRA 3OVNA 4NCGA 3KLGA 1NGIA 1NK9A 3QNOA 2PYJA 2BTFA 4IFYA 2ZJQL 1NK8A 4BR2A 3CMAN 4E7KA 4KH5A 3OS2A 1VSHA 1LWEA 3O9SA 3L2WA 1J5OA 2IDOA 1V4TA 1RTIA 4JI2K 4Z4FA 1S1UA 4I6MB 4CECA 4K41A 4KFBA 4IOXA 4FLZA 4DMNA 4LF9K 3SUNA 3WXMB 1C1CA 1VQLN 3V1OA 3QB0A 1OH7A 4OVLA 5GINA 1N33K 3G6EN 4CCHA 1GOBA 1X3MA 5M1FA 4KRFA 4J8FA 4I2PA 3THVA 1TKDA 3QBXA 3WEEB 4J2EA 4CFAA 1BO5O 1IV0A 4BDZA 2RF2A 4QS9A 4FWKA 4BRIA 3BZCA 3TTFA 3MX5A 3KK2A 1QQNA 4DSLA 3I0RA 2FLOA 2QWRA 3GG4A 4LSLA 4OJRA 1BCOA 1J6ZA 3AVFA 1P8ZA 2KZZA 1ATSA 5BR8K 4FK4A 4KBOA 3NE6A 4BE1A 3GL1A 3K2PA 2XO7A 1CZ9A 3HP9A 3OYAA 1RDBA 4IZ9A 4HTUA 4DWIA 4CVNE 2YX6A 1RDDA 2Q0UA 4DR1K 1R0AA 4K42A 5M1KA 4YOXA 3VQPA 4CGGA 1RT6A 4ELUA 4LF5K 2Y1JA 4Z4GA 2D0AA 4CBWA 4CEOA 4DTNA 1XC3A 4OKKA 4FOEA 4LC9B 1L5UA 5LL6Z 4B3SK 1VQNN 1EETA 1NJWA 1VSMA 1KLMA 3DJCA 5M1PA 4JKGB 4Q0BA 1NJIO 3JSMA 3AO4A 2WOMA 2P5OA 1NGJA 5FPMA 4CEFA 3LWMA 2FF6A 4AH9A 4W5TA 1HNWK 2WFBA 3H3NO 3RSEB 1RT7A 2A5XA 5C10A 4GVEA 3FLCO 5AQKA 1BA0A 5CE3A 1QE1A 3QEVA 4Y1DA 4FJIA 3QO9A 3TANA 2BH1A 1I39A 1NK5A 1T8EA 5BR9A 3J7YP 4BG8A 3L4QA 2UUAK 4DLGA 3K59A 4NCAA 1QQMA 1HNXK 3QIOA 4WQ4A 2GEMA 3NCIA 1TAQA 3D0PA 3AVGA 3HT3A 3RRGA 2HMPA 1HX1A 4OPJA 1KVBA 3L0QA 4C8KA 3VETA 1S1WA 2E2PA 4DSIA 2NRHA 2ZWHA 2NRZA 4CK3A 4CGJA 3OYKA 3MN6A 3O9RA 3KKRA 4C1NI 2A42A 4UQGA 5DM7L 1BQMA 3O6WA 4ID5A 2GUPA 2Z1HA 4K25A 1EXQA 2IVNA 2KHOA 3LZJA 1NJXA 3DYAA 4CFCA 3ISNC 5GIPA 1WBBA 4E1JA 2FSNA 3VTHA 4EHTA 3GOIA 2IGIA 3AVNA 3CQ8A 1N8RO 3HPHA 2V7ZA 3ID6A 4DV3K 4A5BA 3WXIA 1KFSA 3FE1A 2CH6A 3ZT4A 1NOYA 1VK0A 3T19A 4W5NA 4KB1A 3OYMA 1K8KB 3DXMA 4BRMA 3THWB 4Z4EA 3VF6A 4BR9A 5KRSA 4DR4K 1U2VA 3DMJA 1YXQA 4F4KA 3LM2A 5JS2A 2HHUA 3ALYA 4GNIA 3O3FA 3DAWA 4CJEA 4BWMA 4OKJA 2RHKA 1HKBA 3E66A 3DLGA 1YF5L 3B6OA 4A2AA 1HNVA 3P5JA 3MXIA 2W42A 4BR7A 3AAQA 3CCEN 2Q3SA 4GVMA 4BVPA 3VQ5A 1GLFO 1NGGA 3OYLA 3SBGA 4N47A 3EYZA 1NK4A 4I6MA 2FBXA 3HPOA 3UE5A 2GWJA 3P83D 4JI0K 1L3TA 4DTSA 4XH4A 4O4GA 3ZSWA 4CJLA 4BGAA 1KFDA 4LF8K 5HLFA 4IG3A 2E6LA 4OKEA 4MO4A 2XY7A 1Q9XA 3ZT3A 3J80O 3K5OA 3ZT2A 1U48A 1KAXA 3K9KA 5ADXA 4YOWA 2AJQA 4NYFA 3WEEA 1TK5A 4DTUA 2UXDK 1TKXA 1Q8IA 5FPEA 3O9TA 4X66K 3S3OA 1Z6RA 3C65A 3J8AA 1QHTA 2QWQA 3VQBA 4X65K 3NGIA 4KREA 5CR4A 1JXEA 3HM8A 4EHUA 5D3GA 5BPMA 4IWVA 1C0FA 4RG8A 2O4IA 1WLJA 3IFRA 3ULEB 3VOVA 1C0TA 3CIPA 1M1KO 2VCPA 1W2BM 5EX5A 4DQPA 1M90O 2YNIA 4DG1A 2PAVA 3BF3A 2PY5A 1GLJO 5AFUH 1T44A 4CJ4A 1NGFA 3TAGA 1DT9A 4CZKA 5J2MA 1X1PA 1LAVA 5ADXH 1VSJA 3EE9A 4CD1A 1WBDA 2G8VA 2QA4N 4FWOA 2O8EB 1HNIA 4B8CA 4BRPA 3AVJA 1E3MA 4CJWA 3LDOA 4KPYA 4CERA 2YV0X 2RPIA 1HJRA 3OTOK 1YTUA 4FWPA 2WBNA 4B9QA 1XI1A 1IKWA 1YJNN 2ASOA 5KTQA 4JKGA 3MXMA 2ZGYA 4Z0UA 4YORA 1HLUA 3HBTA 3DLBA 2CGJA 5CY4A 3ZETB 3ZT1A 4C8LA 2IAJA 3KTQA 4FVUA 5K14A 1EP4A 1JLQA 1U49A 1NOZA 2AA4A 3RSEA 3CFRA 4FZXC 1BI4B 3OJSA 3F73A 3SUPA 1XC9A 4YDUC 1WSGA 4QOZB 4F2SA 1SQKA 1X9MA 3KJVA 2QK9A 3FZHA 4BWJA 3DLHA 3C7NB 3T7ZA 2WONA 1RGIA 4FM1A 2QXLA 3V9ZA 3AGRA 3HJFA 1NWKA 3TI0A 2HF4A 1XMQK 5E41A 3BEXA 4BC3A 1SS6A 4YDUA 3VGLA 3EE8A 1NNEA 2QWNA 2PZSA 4CEZA 4BRCA 4FWLA 4BY9C 5H1SQ 1KAYA 4JI7K 4W5QA 1RT4A 3K5NA 1VQ6N 5TKWA 4M41A 1DGKN 2UXCK 1S1VA 2O8BB 3AARA 4JN4A 3CF5L 4CFDA 1XWLA 3NF9A 1S6PA 2W6LA 3VQ9A 1ASVA 4DS5A 3UKUB 2PBDA 2NRTA 3SQ4A 1QTMA 2B6AA 1W7AA 2RKIA 2VWJA 2X6NA 2OYQA 3VQEA 4LD0A 1BIZA 4CE9A 4PKHA 1RDCA 5KPRA 1TL1A 1K8KA 2H3GX 5AQSA 3AVMA 4BC2A 5M1NA 3CMEN 3TWHA 3K9JA 4BR4A 4FLTA 3THWA 4DR3K 5GAGP 4V19S 5GAHP 4AF1A 1RT2A 4DV5K 4GY2B 4H5TA 4H4MA 2VWKA 1JJ2M 2G8UA 3B6PA 4LF6K 2BDPA 1IBLK 3MN9A 1NKBA 4ZHRA 2DFHA 3LDNA 4DKWA 1DKGD 4RW9A 1X9WA 1IG8A 4NB4A 5AQQA 3IS9A 2YJEA 5AQXA 4KKOA 1YVNA 4EFHA 1KRPA 1UWBA 3HOSA 4CZGA 3U3YA 4QS8A 3D45A 3P31A 3PIOL 3TTDA 1RTHA 3KHYA 4QAGA 2YHBA 3VENA 4L3QA 1YT3A 2F9WA 4A61A 3MMVA 3E1YA 4E19A 4JI3K 4FJHA 1NGCA 3ENBA 4ISGA 4LFCK 2F4VK 1FKOA 3THYB 3L2UA 3QLHA 4DV6K 4B9VA 3SUOA 4LF7K 2ITMA 4AHUA 2IOCA 4PA1A 4RTFD 3FZMA 3CCLN 1VAZA 1QQCA 4BACA 4E7IA 5SZTA 3ZSXA 4CHYA 3VTIA 3AY9A 1X9SA 1YITN 1D8YA 4B1UB 3ZSZA 4H5RA 3ULEA 2QKBA 3CCUN 3HYFA 3VEXA 1J9AA 3BDPA 3L2QA 5AQYA 2HHQA 1WSJA 1T03A 4CHPA 2QWPA 5DK5A 1RNHA 2IVPA 3QEXA 3VQ6A 4FLUA 2HVHA 1BCMA 4BQLA 2D0CA 2O8EA 5HRSA 1YUWA 3TAFA 1IBMK 4NO7A 4CIFA 1VSEA 4H0XB 4DV0K 1R59O 1QHAA 4DSJA 3RMBA 1QSYA 1NU0A 4H0TB 3O3HA 4BRGA 1Z26A 4FWMA 2O4GA 4ID1A 1HKCA 1P90A 3ZETA 3CCQN 2A1RA 2LSNA 3O1BA 3LP1A 3QEPA 4CZLA 1JXBA 1BI4A 2A6AA 3SCXA 4IKFA 1HQEA 4CJ5A 5C2DA 2Y1IA 1J54A 4M63C 4B8AB 4FO0A 1D4XA 1WSEA 2O8FB 3VQ7A 1JCEA 3ZSYA 3C7NA 3HK2A 2D0BA 3ITHA 4IJAA 4AM7A 3AA2A 1OKJA 2HHWA 1XNQK 4H0OA 1BDGA 3KD5E 2E1ZA 1KVAA 3CJ9A 2HHVA 1RT3A 1S72N 1ZBFA 1ZYQA 4FW2A 4FYDA 1S1TA 5AQVA 2QWLA 3ZSVA 1CLQA 1TKTA 2YKMA 3VEWA 1QSLA 4F3OA 2O8BA 3L2RA 2VQEK 1J5EK 4BR5A 4PQUA 4CI6A 3M5RA 3QNNA 4DQIA 3UKUA 1VQPN 2A40A 3E9OA 4FLXA 1SKRA 3ZEUB 3EKSA 2JLEA 3OS1A 4ELTA 4HVJA 4B9MA 3CJCA 4XEIA 3C6TA 1WNSA 4BREA 4CBXA 4DV7K 2FBYA 1W97L 5M1OA 4H8KA 2P51A 1NJYA 1HRHA 4WF9L 3U9DA 3NMUA 2I5JA 4BC4A 2QXFA 2IS3A 5EXWA 2NNWA 3MN7A 4IDKA 3SJJA 3DLEA 2WTUA 4GV3A 4DTJA 5AQUA 3DI6A 4JHDB 4QCLA 3VGKA 1ESVA 1WAFA 1LV5A 3U6FA 1RBTA 4LF4K 4GV6A 1TKZA 3QBWA 2ZJPL 3THXB 4KH6A 2YHXA 1Q18A 5FRNA 5F0XA 1TK0A 4UY8O 3CI5A 3MWPA 2HB5A 2Q2RA 5AQMA 5F1XA 2XY5A 1NM1A 3H1VX 3NH2A 1VQ8N 3H08A 2KLAA 1RDAA 3OYCA 3FZKA 3FFKB 4GMJB 3SV3A 4CJFA 5BN8A 4M3ZA 5AQTA 2KFNA 5M1QA 2B4JA 5J2NA 4CZHA 5SWMA 4B3MK 4BRQA 3THYA 4JAXA 3TAPA 4DLEA 3A2FA 3T69A 5FPNA 3TAEA 4DTPA 3EY1A 3O80A 3CPWM 1F21A 4OLAA 4ILJA 4B1YB 4KV8A 4DTMA 1LW0A 5TKYA 3V81A 3RMDA 4FJLA 1GOAA 1Q9YA 4WQ4C 4H0YB 1T6DA 4E3SA 3UKRA 4JKBA 5AQFA 5JVGL 5GAEP 2DTUA 4CW7B 2GBZA 3KLHA 3V6DA 1JLFA 2NRRA 2NLXA 4U67L 4G9ZA 2O8CB 4DQSA 3WNHA 1ZC6A 5JVHL 1RBSA 3H45C 2XHBA 1A5WA 4F3TA 1JLAA 1JLEA 4CF8A 4DSEA 3BP8A 1REVA 1OVYA 5JMVA 2HSTA 2KKZA 2XRIA 4IFVA 3VPZA 3O4WA 4FM0A 1TK8A 3IUCA 1VRUA 3E01A 4Y1CA 1JLBA 3H46O 1OH6A 4B9TA 4CHZA 3QFPA 5CHIA 4R5PA 1XHXA 4CGDA 4YOYA 1WB9A 4O5FA 4B1VA 3OBWA 5KPZA 3BUZB 1NBWA 5HRRA 3V9XA 3I8DA 4GW6A 2RE2A 4WFBL 4HCCA 3C6UA 3SJHA 3E9LA 3PSFA 4YHHK 4H5VA 4A2BA 1GLEG 4CIGA 4O55A 3DWLA 3V1QA 5KGXA 5CYMA 4PUOA 4IOCL 4OX9K 3BZKA 2ZD1A 2WC9A 5GADP 2O8FA 1QVGM 2F96A 2EWSA 4KI4A 1CXUA 4JK7A 5BRDA 1RDWX 3DRRA 4CK1A 1N6QA 3AAPA 1WSHA 4ZTFA 2QTDA 4ILGB 2W6KA 4A62A 4JKAA 4BDPA 3MEDA 3F9KA 3EN9A 1X9JA 5CZ2A 3G25A 3AVHA 3VN5A 1NK0A 3U8XA 4E7JA 1YIJN 3AVCA 3M8PA 1RDUA 2W41A 4WQ5A 1Z05A 1IBKK 2VGNA 3QIPA 2GX9A 1RT1A 4HUEA 1FJGK 1UA0A 4KH4A 3CCSN 2E88A 3AVBA 3HPGA 3AO3A 3ZYYX 2FF3B 2D1KA 3EEQA 3MAQA 4HUFA 3IRXA 4WYBA 5HRNA 1E4GT 1N34K 1BUPA 3ZEUA 2D0OA 4KI6A 1TV6A 4N5SA 3L6QA 5LY3A 1QVFM 5AFUA 3LPTA 2XY8A 4PWDA 3W0LA 4CIEA 4DS4A 4B9LA 1VRTA 3AVIA 3NGZA 3CCJN 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CCS N;  1YJW N;  1Q81 O;  3DLL L;  3CPW M;  3G6E N;  1YHQ N;  3CCL N;  3CXC M;  4IO9 L;  3OW2 M;  5H1S Q;  1VQ6 N;  4IOA L;  1VQ5 N;  5JVG L;  5GAE P;  1YIT N;  3CF5 L;  5DM7 L;  1VQP N;  3CC4 N;  4U67 L;  5JVH L;  1QVF M;  3CCU N;  5DM6 L;  3PIP L;  3CCR N;  5MLC Q;  3CCJ N;  1OVY A;  3I56 N;  1M1K O;  1W2B M;  1M90 O;  1VQO N;  3I55 N;  2ZJR L;  4WFA L;  1VQ7 N;  1N8R O;  2OTL N;  4WF9 L;  3CME N;  1Q82 O;  3CD6 N;  5GAG P;  1K73 O;  2QA4 N;  5GAH P;  3G4S N;  1K9M O;  3G71 N;  4WFB L;  1Q7Y O;  1JJ2 M;  2ZJP L;  1KD1 O;  1YI2 N;  1VQK N;  2OTJ N;  3J7Z O;  3CCQ N;  1YJN N;  4UY8 O;  1ILY A;  1VQN N;  4IOC L;  1KC8 O;  5HL7 L;  2ZJQ L;  1YJ9 N;  5GAD P;  1QVG M;  1VQ8 N;  3CMA N;  1NJI O;  3CCE N;  1VQM N;  4WFN L;  2QEX N;  3PIO L;  3CCM N;  3CC2 N;  1VQ9 N;  4WCE L;  3CCV N;  1Q86 O;  1VQ4 N;  3CC7 N;  1YIJ N;  1KQS M;  1VQL N;  1S72 N;  1K8A O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1S1X A;  1MA9 B;  4FJ9 A;  4FSV A;  4F2R A;  2Q31 A;  1Q81 O;  4CZF A;  5C42 A;  3RMC A;  1YHQ N;  4O0I A;  2DFE A;  3GE1 A;  4NXN K;  2HHT A;  2E8A A;  3T1A A;  4KHN A;  3SBT A;  1JCF A;  4HHT A;  3TAQ A;  1IG9 A;  3DRS A;  3M8Q A;  2BGG A;  2YNF A;  3LP3 A;  1YAG A;  3OYF A;  3VF2 A;  3O3G A;  2QI2 A;  2OCE A;  2X78 A;  3L3U A;  1S9G A;  3C0B A;  2V51 B;  2YNG A;  3Q7C A;  4KO0 A;  4YNQ A;  4M42 A;  1EKE A;  4LFA K;  1O1W A;  2YI1 A;  4X64 K;  2P5G A;  4JK8 A;  4JLH A;  3WNG A;  1EX4 A;  2OTL N;  3CET A;  5AQZ A;  1IJJ A;  1RCH A;  4O0J A;  2NRX A;  4ZTJ A;  4B1Z A;  5IWA K;  2G8K A;  2VG7 A;  3EZW A;  4KB0 A;  2VG5 A;  3WXJ A;  3RTV A;  4FWQ A;  5JLH A;  3VQQ A;  1NKE A;  3MEG A;  5E26 A;  5C0Y A;  4DSK A;  4BGB A;  1K9M O;  5KI6 A;  2Z1J A;  1IH7 A;  3DXM B;  1TAU A;  1YTA A;  5C12 A;  5KQ8 A;  1HKG A;  4PKI A;  4JI4 K;  3LAK A;  4BRF A;  1U2V B;  2OTJ N;  3AVA A;  3VA3 A;  4C1N K;  2E6M A;  2IIR A;  3OVN A;  4NCG A;  3KLG A;  1NGI A;  1NK9 A;  3QNO A;  2PYJ A;  2BTF A;  4IFY A;  2ZJQ L; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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