1KC8O

Co-crystal structure of blasticidin s bound to the 50s ribosomal subunit
Total Genus 51
2040608010012014016018001020304050
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
TI1 (3-6)AH1 (11-15)EMPTYS4 (101-103)S1 (33-38)TI2 (39-42)3H1 (63-69)S2 (43-49)TI3 (51-54)AH3 (78-95)S3 (56-62)AH4 (114-125)TII'1 (104-107)O1 (108-110)TII1 (110-113)3H2 (133-135)AH5 (140-143)AH6 (145-153)AH7 (169-180)TVIII1 (157-160)TIV2 (159-162)O2 (138-140)AH2 (20-29)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Ribosome
publication title Structures of Five Antibiotics Bound at the Peptidyl Transferase Center of the Large Ribosomal Subunit
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S RRNA
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-11-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1kc8O00
3PIOL 1OVYA 3CCEN 5GAHP 3CC7N 1Q81O 4WFAL 1YI2N 1K73O 1VQ6N 5H1SQ 1YJNN 1M1KO 4WCEL 2ZJQL 1YITN 3G4SN 4IOAL 3DLLL 1VQ9N 2QA4N 3PIPL 1NJIO 3CCQN 1S72N 1VQ8N 2OTLN 4UY8O 3CMAN 5JVHL 1JJ2M 3CCSN 3OW2M 3CCVN 4U67L 2ZJPL 1YJWN 1YJ9N 3I56N 3G71N 3CCMN 5DM6L 3CMEN 1VQPN 2QEXN 1Q7YO 1K9MO 1VQ7N 3J7ZO 1W2BM 5GAGP 1VQMN 5GAEP 3CC4N 5GADP 4IO9L 5MLCQ 1KQSM 5HL7L 1YIJN 5JVGL 1M90O 4WF9L 3CCRN 1VQON 1VQLN 1Q86O 1KC8O 3CF5L 4IOCL 4WFNL 3G6EN 3CCUN 3I55N 1VQNN 5DM7L 1YHQN 1VQ4N 1QVGM 4WFBL 3CCLN 1VQ5N 3CC2N 3CCJN 1ILYA 1K8AO 3CPWM 3CD6N 2OTJN 1KD1O 1N8RO 3CXCM 1Q82O 1QVFM 2ZJRL 1VQKN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2O8EA 1U2VA 4I2PA 4GVMA 1HQEA 2FLOA 3EE9A 3NFAA 2B4JA 4B8AB 4PWDA 5AZJA 3LM2A 1U49A 4CBWA 1RT2A 4GVEA 4JK8A 4M3WA 4KREA 4FZYA 3QEXA 2O4GA 4W5OA 3FZHA 4B9TA 4W5NA 3PUFA 2F9TA 3L3VA 2YJEA 4H0YB 4DFJA 3OW2M 2OYQA 1JLBA 4FZXC 4FWPA 2HF4A 2D0PA 2HBLA 2Y1IA 1EKEA 1N6QA 4I2QA 4CHYA 5AQTA 4IJNA 3S3MA 2O8BA 4W5TA 4RCHA 5KPTA 4IBNA 4JS4A 1Z6RA 2ATQA 1T3VA 1T6CA 1VSMA 1ZBUA 3FZMA 3VF2A 1FKPA 4ELVA 1J5OA 4DG1A 4DR3K 4FJ7A 1BIUA 4CJWA 4H5WA 4E1JA 1D5AA 4I9LA 2P9NB 3ZX3A 4OKKA 4IO8A 2KZMA 2Q0RA 3MAQA 5BPMA 1RT6A 4KHWA 1QHAA 3V9ZA 3CF5L 5CZ1A 4CJKA 2OPSA 2IS3A 2O8CA 1ASUA 4QCLA 3M8QA 1NKEA 4XH4A 1TL1A 4JI5K 1TUYA 2X74A 3KLHA 2E6MA 3LP1A 4E7LA 1UA0A 1S1WA 5CY4A 3U6FA 2VWBA 3VESA 4ICLA 5FPEA 2QWQA 4FXDA 5JS1A 3SPZA 1BWFO 1YVNA 3OYLA 1KD1O 4J2AA 2V51B 1HNWK 4LY7A 3DMJA 3D45A 3NF6A 2A42A 1JCEA 5D3GA 1JL2A 3QBWA 5GAHP 1T7PA 5AQYA 4JS5A 1ZBIA 4CZEA 3JS6A 4CJFA 4KH6A 4B9MA 1G99A 3OVNA 2P9KB 2O8FB 4JD2A 4NCAA 3LPUA 1B92A 2OPQA 3VENA 2KQ2A 3G25A 1U45A 1IH7A 3A5OC 2ZGZA 4H0TB 3CCQN 3H1VX 3UKUB 4X66K 3CCSN 4FJNA 4FW1A 5SWMA 1GLCG 3K9KA 3BEXA 5C10A 1UWBA 5M1QA 2CGJA 4B9LA 5C2DA 3AVNA 3KK7A 3HZ6A 3O08A 4AILC 4KHYA 3VQ4A 5C42A 4BACA 4YDUC 2FSNA 1GOCA 3AVJA 3R3LA 4CEQA 1W2BM 3TPQA 4MLEA 3EO3A 5FLXO 3IMXA 1N33K 2UU9K 1KTQA 3U9DA 1YIJN 3KWIA 4F4KA 3O4NA 3UB5A 1NOYA 4BWMA 1S22A 3SNNA 3VMFB 1EETA 5M1NA 5GINA 3BZKA 3IS9A 4LH5A 5BR9A 2G8UA 4H0PA 3NDKA 3CERA 1GLFO 2A1SA 1BA0A 4LF7K 4FK4A 2HOEA 3VTIA 3CC2N 1FW6A 3F73A 4Q0BA 4PL7A 3L2RA 3WXMB 4K25A 5E26A 2PBDA 3G10A 1CZ9A 3HSCA 1XMOK 3TAQA 1IG8A 4K42A 3QNOA 3WNHA 1CXUA 4XEIA 4BC4A 1VSDA 2Q31A 4DQIA 4EZ9A 1YVUA 3NF7A 4JKGA 4OKJA 1R59O 5LMNK 3OYFA 4JK7A 3L2VA 4CGGA 3LDOA 3JXUA 3LALA 4GY2B 1T6DA 1N34K 4MDAA 1DTTA 1XHZA 4H5NA 4DU1A 3O6WA 3ZX0A 3NVMA 3SQ0A 1TL3A 4MLHA 2NRWA 4IOAL 4FPAA 4DR2K 3ZSZA 4CEZA 4AHSA 2QA4N 2YNHA 4IDHA 1C6VA 1G15A 3D2EB 3H6EA 3TANA 3KZBA 3O1WA 1CXQA 5AR0A 1SL0A 4F2RA 1D9FA 1U48A 4C1NK 4H0VB 4CJUA 5KTQA 4JKEA 2QW9A 4JKBA 3O9RA 4FM1A 1HYZA 3L2WA 3NGYA 2HSTA 2FBVA 4BQZA 3WXJA 3NMUA 1Z25A 1EP4A 3CM5A 4CF9A 3L4QA 1I94K 2PY5A 4CIEA 3MCPA 4CHZA 1VSJA 4BG8A 4DSLA 3P83D 4GNIA 4CBUA 5TKYA 1Q8IA 3JAMO 3FE1A 3MN7A 4OPHA 1NKCA 3H1QA 5KRTA 1SKSA 3ZCMA 3V4IA 3HO1A 4DTPA 3B8AX 4O5BA 4IFVA 1HKCA 5EY4A 4YOXA 4B3SK 4XH1A 3DJCA 3LWLA 1NJZA 1QVGM 1A5XA 1QE1A 3LAMA 1QQOA 1RT1A 1X9SA 2Q2RA 1HX1A 4B9SA 3UE5A 3ZETA 4J2EA 3P1GA 2GX9A 2YHBA 4RG8A 3ENBA 4BRPA 1QQMA 1J53A 3MXIA 4MQ3A 4NYFA 1LOTB 1NKBA 4B1VA 4IEEA 4OLAA 3SLCA 1JLQA 3AV9A 4Z4HA 4CEBA 1VQKN 3PIOL 5HROA 3CCEN 3FFKB 3PO4A 2Z1IA 3SV3A 4LF6K 2G8FA 1NOZA 1K8KB 1LV5A 2A5XA 3QEPA 3K5NA 1YI2N 4CEEA 3V6DA 4A2AA 2GWJA 2GV9A 3KKSA 1E4GT 3PIPL 1HKGA 4EHTA 4ISEA 1ESVA 2KHOA 2ZJPL 2Q36A 4L3QA 4A2BA 3RWUA 3LAKA 1D4XA 4CHNA 4JNEA 4BRKA 4CZGA 1FXXA 1SAZA 5DM6L 3CM6A 2F7TA 2GEMA 3THWA 4OX9K 1VQ7N 3M3ZA 3QMLA 3QDKA 1NLVA 4E19A 4H5TA 3SJHA 3IUCA 4IEIA 2P9NA 3RMCA 2YKNA 1C0FA 4FWQA 1KQSM 4YDUA 3O3HA 3F2KA 5AQFA 4M3TA 2DPNA 4CK2A 3O3GA 5HRSA 3BF1A 3W0LA 4RTFD 3WXLA 1NU0A 2XY5A 4FJJA 2FSKA 4PKHA 4O5FA 2QXFA 2QKBA 4H03B 4WFBL 2GUPA 3CJ1A 2HHWA 3PX4A 4E7IA 3QEWA 1WB9A 1FKOA 1VQ5N 4HVJA 3KTQA 4LF5K 2OZMA 4MO5A 3CJ9A 3VEYA 1BQMA 5KI6A 1JLAA 5AJ3K 3F5TA 3J7AP 4FOIA 3O80A 3C95A 3H46O 2W40A 3VEOA 1HNVA 4RW9A 3S9HA 3OBWA 1BHLA 4CJSA 5AZIA 1XNRK 3KK1A 1JXBA 3EN9A 2O8FA 5EVZA 1GLDG 2E1ZA 1WAFA 4M41A 3EL2A 3OY9A 4J8FA 3VQ5A 2PYJA 3MDQA 2ASPA 1LAVA 4IG3A 1Z05A 2JWKA 1NJIO 1TK0A 2DY4A 4FCYA 4DFPA 2HBKA 2QK9A 1JKHA 2Q3SA 5TKWA 3AA3A 1EX4A 3AVLA 3MWPA 2YHWA 4OPJA 3P4IA 2G8HA 5C0YA 1WNSA 4JHDB 4F3OA 4FSVA 1JLFA 1YXQA 4H5RA 4CJ4A 4A59A 2QWPA 5EXWA 4BVOA 1DT9A 4E7HA 1RT7A 1VQMN 3ENHA 2UUBK 1YAGA 1RCHA 3VGLA 1NBWA 4FPBA 2ETJA 4AF1A 1SS6A 2I7PA 1LWEA 3AVMA 4CEAA 3D0PA 2HMIA 4M3YA 2UYTA 3FGUA 3O4QA 3JYTA 1GOBA 4BQLA 4N5SA 3CCRN 3U3YA 2QWLA 4KH5A 4J2BA 4CF0A 5BN8A 4YOUA 1WN7A 4V19S 2HNDA 1WSJA 3CCUN 3I55N 1NJYA 3E66A 4I6MB 4OPAA 4BR0A 1REVA 5E41A 2P9PB 1SKWA 4NLBA 5ADXH 2Q0UA 3QINA 2DTUA 4FJ8A 4M3XA 1JL1A 4F2SA 3CFPA 4DS5A 1OH6A 1C1BA 2OTJN 3CETA 4O8UA 3MEGA 2Z1HA 3VQ9A 3EYZA 1L3VA 4FJGA 3AVHA 4FZZA 4O44A 4BRFA 1OH5A 3VQ8A 1WAJA 2QWRA 3DOKA 3E9LA 5CE3A 3VEWA 4JRQA 1YUWA 1RDDA 1N32K 4CZFA 2P51A 4FWKA 4DTUA 4BE1A 4B3RK 3PLAA 5HRPA 3I0RA 5J2MA 1XHXA 3QEIA 4H0OA 4CF8A 4DFKA 4KRFA 2YI1A 5FDLA 1H1VA 1JCFA 5KGWA 4RWTA 3HSTB 3U9ZA 1N36K 4BE2A 2E2PA 3I0SA 4KHUA 1QS4A 4DSIA 3VEXA 3W3DA 4I9QA 4Y1CA 2FF3B 4B3TK 3DI6A 4HUEA 3NF9A 1JLEA 3N4PA 4DV4K 3LWMA 1MWKA 4DTNA 1ZC6A 2P9UB 4FK0A 3OYDA 2QXLA 2YKMA 5AQWA 4FLYA 4CJPA 2VQEK 3MMVA 3M5RA 1XNQK 4Z4GA 4MO4A 3HT3A 4CJRA 3CIPA 4DSFA 4BG9A 3M8RA 5BRHA 3THXB 2CGKA 1X3NA 2VQFK 4CGJA 3AO3A 4H4OA 1TGOA 2F8SA 2E2OA 3WQTA 1HNIA 2HHSA 4CEFA 1X1PA 4BDZA 2IC3A 1NJXA 3UKRB 3TTCA 3CQYA 2G8IA 1R0AA 2NUBA 4LH4A 5IWAK 1S9EA 2HB5A 4CJQA 4DV2K 2P1JA 4DLGA 4U7BA 4HHTA 5AQZA 3OYKA 4IXCA 4CFCA 4DTRA 3PSIA 3MX2A 1TYQB 4FO0A 2A6AA 4R5PA 5AQGA 4KHQA 1IBLK 3C65A 4CK1A 3PX6A 4DR7K 4KAZA 2OZSA 1C0UA 1S1TA 4BRQA 3ZLJA 3MK6A 3OYGA 4K8ZA 3SAHA 3SUOA 3K5OA 4G9ZA 1SZ2A 3RTVA 1TK8A 2D0AA 1Q82O 2QKKA 1K8KA 4GV9A 1VSFA 1RDAA 3RRGA 3PV8A 4DHYA 3DLRA 2VWJA 3C94A 3KKRA 5KPZA 2WFBA 1NNEA 1KRPA 3TI0A 3O9SA 4FW2A 4PL8A 1QSSA 3VGMA 5M1PA 5C12A 1BO5O 3L0QA 1NJWA 4F3TA 5DMRA 1VQ8N 5FPNA 2CH6A 3ZSWA 3QLHA 3VTHA 4U67L 3NF8A 1JXEA 4JKHA 2KZZA 1S6PA 4GV3A 1YJ9N 4GKJK 4PQUA 1TKXA 3ID6A 4FWSA 1IKVA 1Y97A 3A5LC 3OYIA 3M8PA 1WSIA 3CCMN 1U4BA 5IT9O 1NK0A 3CMEN 1Q9YA 2AP1A 1HR0K 5J2NA 3THVA 3DRRA 4A5AA 2D0BA 3O9TA 2O4IA 3AO1A 3O1BA 5SZTA 2NRHA 5FRNA 4YOVA 4C8KA 3S3NA 4M7XA 2IIRA 5J1EA 4BR5A 3DLBA 4N41A 4E89A 4IO9L 4DTXA 5MLCQ 4DU3A 5AFUH 1MA9B 2HHXA 3O4WA 3OS1A 3IG1A 1N5YA 3ID8A 4KTWA 4E3SA 3OJSA 2QWOA 5HOOA 5JVGL 2HHHK 5BPNA 1C1CA 5AQPA 3SK3A 1HNXK 3AVIA 3HPGA 3NVKA 1OH8A 1NK6A 1VSLA 3OA9A 1HMVA 1YHQN 4M3ZA 1TKDA 4LF4K 3KHYA 3MN5A 1NK4A 1GOAA 3D2FB 3DRPA 4Z4CA 2Z1GA 5A2QO 4CZMA 3AO4A 4BRLA 3VA3A 4C23A 3CJ7A 3CCJN 1LW0A 3RRHA 2P9LA 1GLEG 1E3MA 4DS4A 5ADXA 3CI5A 1K8AO 3CD6N 5GIPA 4XH5A 5AQQA 3DM2A 4FM0A 3SQ1A 4PA1A 4DUZK 1NK5A 2QWNA 4Z4EA 4CHOA 1D8YA 5CYMA 3KK2A 4IWVA 5FPMA 2WBNA 1VQ6N 4FJHA 4CZIA 1L3TA 1M1KO 3LZIA 4B9QA 4E0DA 2YCHA 4OKEA 1J54A 4EP5A 4O55A 4IFEA 3C6AA 3NAEA 4CFAA 3LDPA 1WSGA 4B9UA 5I3UA 1JJ2M 4TSXA 3RSEB 5AQUA 3HRGA 1F21A 2OCEA 3SBTA 3AVBA 4IOXA 3S41A 1WOQA 1BA1A 2A41A 3SUNA 4NXNK 2J4RA 3ULEB 2F4VK 1W0HA 2IGIA 2P9IA 4DU4A 1J6ZA 4YNQA 3DXMA 3CJCA 3EY1A 1HRHA 1NGIA 5C15A 4FWMA 1NK9A 3MEEA 3TU5A 1RILA 4GV6A 2RPIA 3AAPA 1IKXA 1VSHA 2YX6A 5BRDA 3SMPA 3SYZA 1A5VA 1Q9XA 4NXMK 4PKIA 5HBMA 4AM7A 4FJ9A 1TKTA 4YOWA 4CEOA 3VEVA 1BUPA 1VRUA 3SV4A 3B6OA 1RDBA 3NH0A 1NG9A 3FLCO 3DLEA 4IOCL 1DGKN 1NGGA 3EEQA 4HWIA 3G6EN 5I9EB 1WSEA 1RBTA 3ZSRA 2P9PA 1VQ4N 2E2QA 2V7ZA 4DV0K 1X9WA 1S1UA 4ID5A 4DR4K 3MXMA 4O0IA 2O8EB 3I8BA 1MDUB 3GOIA 1BIZA 3K57A 1NGFA 1NM1A 3TSQA 3THYB 3TAGA 4KI4A 3CFRA 2NZTA 4KO0A 2P9SB 4RW7A 5JMVA 2XHBA 1XC9A 3SBGA 2W41A 4NYNA 3CYMA 5AQRA 1NGBA 4OGCA 3VEZA 3O3FA 3CXCM 4N47A 1RDWX 3AA4A 2PYLA 4LF8K 2HVIA 1ITGA 2ZJRL 4DQPA 3BUZB 5B8HA 2UUAK 4CD3A 3HVTA 3TAEA 4HTLA 3LDQA 3P31A 3ZSQA 5HRNA 5FPDA 1D9DA 2JLEA 5AQJA 4LFAK 4Q5VA 2ZJQL 1YITN 2NRTA 1NK8A 3K58A 3IAYA 4JAXA 4B1WB 4JI1K 2V7YA 2PAVA 3ZSXA 4FJXA 4NB4A 4I7FA 5M1OA 1IO2A 3CMAN 1WLJA 1U6ZA 3CCVN 1WSHA 1B9FA 4WE1A 2BTFA 3K5MA 3WXKA 3M8SA 1XWLA 3E9OA 3KD1E 1S1XA 3OYAA 3QIOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2O8E A;  1U2V A;  4I2P A;  4GVM A;  1HQE A;  2FLO A;  3EE9 A;  3NFA A;  2B4J A;  4B8A B;  4PWD A;  5AZJ A;  3LM2 A;  1U49 A;  4CBW A;  1RT2 A;  4GVE A;  4JK8 A;  4M3W A;  4KRE A;  4FZY A;  3QEX A;  2O4G A;  4W5O A;  3FZH A;  4B9T A;  4W5N A;  3PUF A;  2F9T A;  3L3V A;  2YJE A;  4H0Y B;  4DFJ A;  3OW2 M;  2OYQ A;  1JLB A;  4FZX C;  4FWP A;  2HF4 A;  2D0P A;  2HBL A;  2Y1I A;  1EKE A;  1N6Q A;  4I2Q A;  4CHY A;  5AQT A;  4IJN A;  3S3M A;  2O8B A;  4W5T A;  4RCH A;  5KPT A;  4IBN A;  4JS4 A;  1Z6R A;  2ATQ A;  1T3V A;  1T6C A;  1VSM A;  1ZBU A;  3FZM A;  3VF2 A;  1FKP A;  4ELV A;  1J5O A;  4DG1 A;  4DR3 K;  4FJ7 A;  1BIU A;  4CJW A;  4H5W A;  4E1J A;  1D5A A;  4I9L A;  2P9N B;  3ZX3 A;  4OKK A;  4IO8 A;  2KZM A;  2Q0R A;  3MAQ A;  5BPM A;  1RT6 A;  4KHW A;  1QHA A;  3V9Z A;  3CF5 L;  5CZ1 A;  4CJK A;  2OPS A;  2IS3 A;  2O8C A;  1ASU A;  4QCL A;  3M8Q A;  1NKE A;  4XH4 A;  1TL1 A;  4JI5 K;  1TUY A;  2X74 A;  3KLH A;  2E6M A;  3LP1 A;  4E7L A;  1UA0 A;  1S1W A;  5CY4 A;  3U6F A;  2VWB A;  3VES A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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