1KC8O

Co-crystal structure of blasticidin s bound to the 50s ribosomal subunit
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of Five Antibiotics Bound at the Peptidyl Transferase Center of the Large Ribosomal Subunit
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S RRNA
molecule tags Ribosome
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-11-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1kc8O00
3J7ZO 3G6EN 3CCEN 5MLCQ 1QVGM 1JJ2M 1OVYA 3CCRN 1K73O 3CF5L 5H1SQ 1KC8O 1YJNN 1QVFM 2ZJRL 1Q81O 5DM7L 3CCSN 1KQSM 4IOCL 2OTJN 1VQLN 1NJIO 4UY8O 5HL7L 3CC7N 3CXCM 3DLLL 5GAGP 1K9MO 1VQMN 4IO9L 4WFBL 3PIOL 2OTLN 3CCJN 1VQ6N 1KD1O 5GADP 3CCUN 5GAEP 3CMEN 3CMAN 5DM6L 2ZJQL 4WF9L 1YI2N 4U67L 1YJWN 3OW2M 3CC4N 3CC2N 3I56N 2QA4N 3CD6N 1M90O 1Q82O 1VQ9N 3PIPL 1VQON 1VQ5N 3CCLN 3CCQN 2QEXN 1VQKN 1W2BM 1Q7YO 3G4SN 1YHQN 1Q86O 4WFAL 1YJ9N 4WCEL 1VQ8N 3CCMN 3CPWM 3CCVN 1VQ4N 1N8RO 1VQ7N 5GAHP 1K8AO 4WFNL 5JVGL 1YIJN 3G71N 1S72N 1VQNN 1YITN 2ZJPL 1ILYA 5JVHL 3I55N 1VQPN 4IOAL 1M1KO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4M3YA 1QSYA 1J9AA 4B9VA 3AGKA 5AQPA 3SYZA 4AH9A 2UYTA 5EVZA 2X6SA 1GLJO 1U04A 3IUCA 4H0VB 3CFRA 3JAMO 2ZJRL 3QEWA 1HKGA 2AA4A 3THYA 4C8NA 5LJVA 3DXMB 4JK9A 3SMPA 1NJIO 1ATNA 4J2AA 4DSEA 4FK4A 3THWB 4B9MA 4Z94A 4BVPA 3GDQA 3DLKA 1EWQA 2E6LA 2IAJA 3P38A 1RBRA 4CJVA 3KIOA 4DUYK 5AQIA 1KD1O 5E84A 2YHBA 5GAEP 3W0LA 1NLVA 1TKZA 4PKHA 4TSXA 4HWIA 4CF2A 3R6MA 1T8EA 2DFEA 3OYEA 2O8DB 1QQCA 3LDLA 3ZEUA 1T05A 5FRMA 3JSMA 3QEXA 1NK5A 4H0XB 2GEMA 4CBWA 4FJ7A 3SQ2A 2P9SB 1KLMA 3R3LA 1EETA 3CG7A 5AZIB 5C10A 5KPRA 3OYGA 3MAQA 3CCLN 1YVUA 3SMSA 3AA3A 4CHNA 4FJHA 4EHUA 1Q7YO 1QTMA 4IFVA 3UE5A 3V9WA 4AHTA 3Q7CA 1TGOA 1FW6A 3THXB 1BQMA 1BHLA 1JL2A 4IFYA 1TK8A 3K5LA 3CCVN 2QWMA 2KZMA 1WB9A 4FJ9A 1N8RO 1E4FT 1VQ7N 3O4WA 2OANA 3DJCA 4IO8A 1D5AA 1D9FA 1HX1A 5AQMA 3KD5E 4M63C 3LPTA 3EKSA 1IBKK 4LF7K 1NK6A 1EP4A 4KI6A 3P1GA 4DTXA 5BN8A 3CYMA 3CQXA 3E1YA 4CZHA 2JWKA 3BDPA 2HBKA 4K0KK 2BUPA 2HSTA 1NK0A 3OS1A 4I9QA 1TYQB 3C6TA 2E4LA 5M1PA 1HYVA 4OVLA 3VQ5A 3BUZB 3A5OC 4ILJA 1Q9XA 4CJRA 2KFNA 1P8ZA 1NKEA 3MN9A 4XH1A 4HUGA 3TAGA 4KHPK 4JI8K 3QBXA 1YTUA 4DTJA 4CFAA 4QCLA 3VA3A 1Y97A 2QWNA 2YHAA 3ZX2A 4GVEA 4JN4A 4FWLA 4CGFA 5FRNA 4BR9A 3QFUA 4OPJA 3VQ9A 4FK2A 4DR6K 4BE1A 3KWGA 3OBWA 2BTFA 5M1OA 4K42A 3TPQA 4BRGA 2NZTA 3DLRA 4B9UA 1X9MA 4C23A 1M90O 3VEYA 3VMFB 3AO2A 1NGHA 2KW4A 4CIGA 4IJAA 5ADXA 1KVBA 4YOUA 4NXMK 3S3NA 1VQ5N 1EX4A 1W7AA 3DXKA 1J5OA 1RFQA 3DLGA 4LF9K 2NRTA 4NYNA 4JLHA 2G8UA 3CJ1A 1U2VA 4BRPA 4F2RA 4EHTA 1HRHA 1TAQA 1XMQK 4GKJK 4FZXC 1SL0A 1Q8IA 3SQ1A 3SQ4A 4B1YB 3CCMN 1NJXA 2E6MA 2XY5A 1JLAA 4DS4A 2OPSA 4FZZA 3LL3A 3AY9A 5AQZA 1NGJA 5CYMA 1CXQA 3QIPA 2VYPA 4BG9A 4R5PA 4OGCA 3ZCMA 4Z4FA 5KQ8A 4LSLA 1Z25A 1QZ5A 4LSNA 4JHDB 4LY7A 4RW6A 2QWRA 1VSDA 3OS0A 2BDPA 3VTIA 4ELTA 4CE9A 3J81O 3RSEA 4JI0K 3FZHA 3J80O 3NCIA 2CH5A 3HP6A 1KRPA 2OTJN 2P9IA 3C7NB 4B8AB 4LF5K 1T7PA 2B5JA 2Z1IA 3VF6A 4LC9B 3DLLL 1K9MO 1BG3A 4B3OA 1BI4B 1Z6RA 1E4GT 2OTLN 3AVFA 1EWRA 1X9SA 4HCBA 5AQRA 4DR2K 3IRXA 4FVMA 5CZ1A 3O4NA 1NMDA 1MWKA 2ETJA 3TAEA 1IH7A 2YHXA 3I0RA 4FLVA 2PYJA 5CZ2A 4GMJB 4BRNA 2F8TA 2D0PA 4ID5A 3ISNC 5AR0A 4BR0A 4K8XA 4LFBK 2W6LA 3OVNA 4JKBA 3QERA 2JWLA 2WONA 3AARA 1ATSA 1HYSA 2AP1A 3RMDA 1LWEA 1GOBA 2JLEA 1SKWA 1RT1A 3M8RA 1L3UA 4BG8A 4CD1A 4IZ9A 4CEAA 4Y1CA 1SKRA 2FBVA 3S3OA 4BRQA 1IV0A 1ZBSA 1RGIA 2GTDA 1YTAA 3O08A 2HNYA 3VF2A 1G15A 4I9LA 2HHVA 4YDUC 3ZSZA 1O1WA 1NKBA 3VEXA 5I3UA 4CGDA 3VA0A 2E2PA 4DFPA 1W0HA 1UAXA 3NGYA 4B3SK 5AQOA 3IDHA 4Z4IA 4ZHRA 5AQKA 1EQYA 4DTRA 4KHUA 2Q0RA 4KHSA 4OJRA 5C2DA 1LWCA 3CCRN 2P9UB 4B9QA 3K9KA 1GLCG 5M1QA 3A5LC 3WNEA 3SUOA 4CGGA 4BR2A 2QI2A 4Q0BA 4H0OA 2GWKA 4C1NK 2F4VK 3AVMA 4GY2B 3PSIA 4EIAA 4H5WA 1N5YA 3JS6A 1FKPA 4ILGB 3AO4A 2YHYA 1VQ6N 5J2MA 3PUFA 1D8YA 3AO1A 3CJ7A 3HO1A 2VWKA 2RE2A 2P9KA 4B8CA 1QQMA 3TAQA 3THYB 5KPZA 1IJJA 2G8HA 2BGGA 1T3VA 3ZSXA 1T6DA 5EX5A 3NF6A 1HJOA 3MDQA 2NNWA 3VEZA 5F0XA 3AAQA 4IWVA 1JCFA 1KFDA 2O4GA 3KLFA 4E0DA 3N4PA 1N36K 2VQFK 4FJGA 1CXUA 1HLUA 3E9PA 1GLLO 1HR0K 4AHRA 4BQZA 3SNNA 3BF1A 3ULEA 3R9PA 4EFHA 1KSPA 1K8KA 1S5JA 4GKKK 3ZEUB 1RTHA 1NJZA 3JYTA 5KQDA 5AQYA 1QSLA 4FWRA 4BRAA 3U3YA 2ZQBA 1LCUA 2DFFA 3DOLA 3G71N 4YOXA 4XIUA 1JL1A 1HMVA 4N5SA 4CHPA 5HOOA 2I5JA 1KVAA 4E1MA 5BPMA 4E1JA 2E20A 1LAVA 3KKRA 3LP1A 1WUAA 2FSJA 3J7ZO 3TSUA 1HKCA 4A2AA 1TUUA 4DU1A 4YNQA 4MLHA 3VF4A 4FM1A 4IJNA 1K73O 3CF5L 2YNFA 1N34K 3J7AP 3AVAA 4JKGB 3M8QA 4AHVA 4IDKA 4WQ5A 4CESA 4PWDA 3OYCA 3V9ZA 1RDBA 3O1WA 1RTIA 4CF0A 1JCGA 2HMPA 1MA9B 5AQXA 3ZYYX 4BQLA 2ZE2A 2Q31A 3SAHA 2HB5A 4JI3K 4CEFA 4M3RA 1U49A 3EL2A 1RDAA 3OYKA 4KAZA 1QHAA 2HBLA 4NB4A 4JRQA 1S1UA 4FCYA 3EZWA 3OYFA 3Q7BA 1NMNA 1UWBA 2W6KA 4DQSA 1ESVA 5KRTA 3MECA 1MDUB 4CZIA 4OPAA 4DR4K 2YNIA 4FXDA 3GE1A 4IXCA 4CD3A 4KHNA 1TV6A 4JKAA 3HM9A 3SK3A 4M3TA 4DV5K 4M45A 5F1XA 5C2FA 4DV3K 3MXJA 2FBYA 3D2EA 2P51A 3RWUA 4C8MA 4GV3A 2WC9A 1NGIA 1VQKN 5CE3A 4CW7B 4RCHA 1Y64A 1QQOA 5FPMA 1DTTA 4F3TA 4CEBA 2OA8A 3U9DA 4BREA 4X64K 3CJBA 4KFBA 4DTPA 4B1WB 3LM9A 1X3NA 1KLNA 3WQTA 3QB0A 3DMJA 1YAGA 1ZBLA 1RTDA 4E7JA 3O5BA 1DLOA 4RW9A 3HRGA 3NFAA 3DXKB 3IMXA 1GOAA 3HVRA 2IVNA 5AQTA 2IS3A 3VN5A 1U2VB 3NH0A 4BACA 3U9ZA 5ADXH 1I39A 3V1OA 4DR1K 1QQNA 3K58A 4DU4A 4A2BA 3GBTA 2HHUA 1LW2A 1EKEA 3HL8A 4FM0A 2VGNA 1YJNN 2ATQA 5SWMA 4MO4A 4E19A 2V51B 1IKXA 5JLFA 4NCAA 4IOCL 2HOEA 1GLDG 4F2SA 4CIFA 3TWHA 1NK8A 1JXEA 4FSVA 4Z4EA 2NRVA 1BCOA 2PAVA 2NLXA 5GIOA 4FWPA 2E2OA 4IO9L 3CHWA 4M3WA 4CCHA 3SBGA 4KRFA 3E9OA 4JEPA 4I7FA 1VSHA 1C0TA 1XNQK 4O5FA 3RSEB 4BRFA 3LWMA 2CGKA 4WF9L 1YI2N 1VK0A 5KPTA 4KH6A 5TKYA 3OS2A 1OH7A 2P9IB 2YKNA 3CC4N 1GLAG 3DRRA 1XNRK 5LY3A 4J2BA 2Y1IA 4KH4A 1OH8A 3WXLA 4B1VA 3VETA 4BRDA 4BRHA 3KWIA 1TAUA 4N76A 2VWBA 3BGRA 2DPNA 3D7EO 4DV6K 3EYZA 1ZBUA 3LZJA 2D4WA 2EWSA 5M1NA 1W2BM 4CZLA 3O80A 3P31A 4CHQA 3EZ5A 3FFKB 5BRFA 3ZETA 4U7BA 1O13A 2E88A 3HM8A 2QM1A 4JNEA 4BE2A 3O9UA 4E3SA 2IC3A 4FW1A 2QWLA 3L6QA 1IKVA 3RMCA 4OPHA 5JLHA 4DQPA 4W5OA 5K14A 4DSIA 2QW9A 4YDUA 4KHQA 3RRGA 4FLWA 5CHIA 1YITN 5JVHL 1U6ZA 3EEQA 4EAHD 1ASUA 2ITGA 3F73A 1WSJA 1QSSA 4KBOA 2WUSA 5HBMA 3LDOA 4H0PA 4JD2A 3KLIA 4CZJA 2UUAK 3ZSYA 2A40A 4AHUA 1KAYA 1QHTA 4E7HA 4FJIA 1KC8O 1D4XA 5FDLA 2A1SA 3HSCA 1VSJA 5BPLA 3O3FA 4JKHA 4DMNA 2WTUA 4EZ9A 3C6UA 1KQSM 3VQEA 1DTQA 4I2PA 3VGMA 4OKJA 1REVA 3B6OA 1BA0A 3OYDA 2HVHA 3H6EA 1LV5A 4FVUA 3NDKA 3RMAA 4KTWA 4CJSA 1GLEG 1TKDA 3VQBA 4O0IA 4CF9A 3AO5A 2FF6A 5HRNA 3CCUN 4B9TA 1FKOA 1RT2A 4GVMA 1NOZA 4IG3A 3ZT0A 4X66K 2XO7A 2O8BA 4H03B 2FSNA 3B8AX 1SQKA 4RWTA 3OJUA 5C25A 2D0CA 4FJ5A 1T6CA 4CK2A 1U48A 3OW2M 1UA1A 3SQ0A 2GWJA 1RDUA 3AV9A 3F5TA 5AQWA 4A57A 2W41A 4FWQA 5KI6A 2G8WA 2HW3A 3AVNA 4RW7A 5AQLA 1NBWA 4AHSA 3M8PA 1DT9A 4YHHK 2E5LK 4CJWA 3KK7A 4B9LA 1NM1A 5HRRA 5BR8K 3QINA 2E1ZA 4DHYA 3RR8A 3A5MC 1SV5A 4LF4K 3CI5A 5AQJA 3V9UA 1J5EK 4DTUA 4FLXA 3AVHA 4PUOA 4ICLA 4J2EA 4CBXA 4BR7A 4LFAK 2FBXA 3QMLA 2OZSA 3NH1A 3A8YA 3TU5A 1ZXOA 3T19A 2QKKA 2J4RA 5AQNA 5I42A 1DEJA 3QNOA 4MFBA 2QXFA 4WFNL 3R1XA 3AGRA 3M1FA 4CZEA 5CR4A 4DF4A 3P4IA 1NNEA 4H0TB 3L8BA 3ULEB 2HHXA 2P5GA 1ATRA 3VEWA 1HNWK 1RT5A 3MEGA 3P83D 1K8KB 1NK9A 2VCPA 4RTFD 4IOXA 3LANA 3VQQA 2UUCK 2IGIA 1UOCA 4DQRA 2FC0A 1J54A 1NG9A 3HI0A 1QVFM 4CEEA 1N33K 3KVGA 3MXMA 3KLGA 5DM7L 3WXMB 5AZJA 3FFIA 4I6MA 1WAJA 1XC9A 4UY8O 4OLAA 4CJPA 3V1RA 4OKKA 5HL7L 3SAFA 4JI1K 3OJSA 1C6VA 3TAPA 4H5TA 4WFBL 4BDPA 4NCBA 1MWMA 3ENBA 3ZSOA 2G8VA 2ZGZA 3FZMA 1JLGA 4CK3A 4KPYA 1BDGA 1VHXA 1HPZA 2VGMA 1LAWA 1WSIA 2F7TA 4Y1DA 4BC5A 3LDQA 1BIZA 2YNHA 4CFCA 4F8RA 1VRUA 3LWLA 3CIPA 4WYBA 4CF8A 1GLBG 5AFUH 3CPEA 3ATVA 1NK4A 3VGLA 5JS1A 5BN9A 1NWKA 1CZ9A 1H1VA 4Z0UA 2ZGYA 3HXMA 4O8KA 1K6YA 4RW8A 3VQ6A 4K8ZA 3KLEA 3OBYA 3SUPA 4IFEA 4BRKA 1VQON 4DFMA 1A5WA 1X9JA 3MK6A 5FROA 4JI7K 3ZT3A 2A5XA 3U3GA 4BRIA 3AVCA 4FLYA 1Q86O 1J6ZA 3HP9A 4OX9K 4M3XA 4WFAL 5AQSA 3ALYA 2HHQA 1RNHA 1IBLK 2PZSA 1TVRA 1WLJA 3AA4A 4BE0A 4JKDA 4DQIA 2G8FA 2NRZA 4DTOA 1BIUA 3VQCA 4Z4HA 1K8AO 3D2EB 3VQ4A 3ZSWA 3TAMA 1NK7A 4LH5A 2YNGA 4DR5K 3C94A 4FOIA 1ILYA 1YVNA 1LOTB 2RN2A 5JS2A 3ZT4A 2HHHK 3O9SA 1U4BA 3C65A 3G6EN 4X65K 1OH5A 3VQ7A 2DFHA 2Q1NA 4FO0A 4CIEA 3K59A 5HRPA 4AF1A 4KH5A 4N41A 4FJKA 2FSKA 4B3MK 5AQQA 1RDCA 1RT3A 4YY3K 3QFPA 3ENHA 5BRDA 4DLGA 3H3OB 3QEIA 3AVBA 1T03A 2UU9K 4CEZA 4PL7A 2QK9A 3PIOL 2B4JA 4DKWA 4DCHA 2E2NA 4RG8A 3V9SA 1SKSA 3CMEN 3ID6A 4H5VA 2V52B 4GV6A 4NYFA 1BUPA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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