1KD1O

Co-crystal structure of spiramycin bound to the 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The structures of four macrolide antibiotics bound to the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S RRNA
molecule tags Ribosome
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-11-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1kd1O00
1Q86O 3CCQN 1JJ2M 5GAHP 3I56N 2ZJPL 5DM6L 1KD1O 3CD6N 1YJWN 4IOAL 3DLLL 4WCEL 1YITN 1K73O 5DM7L 3CXCM 2OTLN 1Q82O 2ZJRL 1Q7YO 3CMAN 2QA4N 3CCSN 3CCUN 3J7ZO 1VQ8N 2ZJQL 3G71N 4U67L 1N8RO 4UY8O 1QVGM 3CMEN 5GAEP 3CCLN 1YJ9N 1KQSM 1OVYA 3CCVN 2QEXN 3CCJN 3CCRN 5JVHL 1W2BM 1VQ7N 3G6EN 1VQLN 1VQ6N 5H1SQ 2OTJN 5JVGL 1KC8O 1VQ4N 1VQMN 3PIOL 1M90O 1YJNN 1K9MO 3G4SN 1YI2N 4WFBL 3I55N 3CF5L 3PIPL 4WFAL 3CC4N 1S72N 5MLCQ 3CC7N 1VQ9N 1VQ5N 1YIJN 1K8AO 3CPWM 3CCEN 3OW2M 5HL7L 4WF9L 1M1KO 4IOCL 5GADP 3CC2N 1QVFM 3CCMN 1Q81O 1VQPN 4IO9L 1VQNN 5GAGP 4WFNL 1VQON 1YHQN 1NJIO 1ILYA 1VQKN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DSIA 4CIGA 3GG4A 4ELUA 4LH4A 3NHGA 3O9SA 4JK8A 3WEEB 3KJVA 2XRIA 2YNHA 4FPAA 5BPLA 3LDOA 3P38A 4QAGA 1BHLA 3NVKA 4H5NA 1S9GA 1TYQA 4K42A 4DV7K 1GLCG 2ZJRL 3LP3A 4GNIA 3FZMA 3PX4A 1TYQB 2FBYA 3AO2A 4NXMK 4BDPA 3KLFA 1RT3A 3LM9A 1K6YA 3AAPA 3VQ7A 1VSIA 3O9RA 5M1QA 4DQIA 1NMNA 3AA4A 4EZ6A 1QZ5A 3V1QA 3PX6A 4FWSA 1WB9A 2HHXA 3M8SA 2HF4A 2FXUA 5A2QO 4YOVA 3K2PA 3CCVN 4E0DA 3Q7CA 3TTCA 5LJWA 4FWOA 2O8FB 3CJBA 2QKBA 3C6UA 4V19S 1NGHA 4MFBA 4I9QA 4LD0A 4QOZB 4FXDA 3LAMA 2G8KA 3V9SA 1SS6A 4YNQA 3J80O 5J2MA 3C6TA 1HLUA 4IEIA 4DV3K 1EWQA 4TSXA 2HF3A 3OY9A 2FLOA 3RSEB 5CHIA 3P1GA 3ENOA 1BWFO 1RNHA 4CFBA 3MEDA 4Q5VA 1NK6A 1HYSA 4FLXA 1UA1A 2BH1A 3F9MA 2VWBA 4F4KA 2FF3B 3DMJA 3RWUA 4EHTA 3CPWM 1HX1A 3HPGA 2KFZA 3AVJA 2HVHA 2UXCK 4BRLA 4BRGA 4FK4A 1HKBA 3NVMA 4RW9A 1XHXA 4DKWA 2B4JA 3TTFA 4M3YA 1U48A 4BC4A 1SKRA 1NMDA 4W5TA 4JRPA 1HKCA 5JMVA 3RRHA 4FWPA 5KTQA 5BN9A 1RTHA 4FK2A 3ZSZA 2P9KA 4BRCA 5TKWA 4M3ZA 1EO1A 1UOCA 4CZMA 2G8VA 2P9KB 3OYKA 4KPYA 4IDKA 3LPTA 2RF2A 3HI0A 3CJCA 1S1VA 3VN5A 1W97L 1TL1A 5CY4A 5BR8K 4FVUA 3CCUN 3J7ZO 1J5OA 2ZJQL 4KTZA 3AO4A 3JXUA 1FKOA 3NF6A 2AP1A 3O5BA 3F2KA 1RILA 4K0KK 1S1XA 3AVFA 1KQSM 4JI1K 5JS1A 1LCUA 1J6ZA 2FSJA 2Z1HA 4B3RK 2RPIA 3ZX2A 1S6QA 4B9TA 5H1SQ 4H0OA 3HSCA 2ZGZA 2HB5A 1X1PA 4A2BA 3FZFA 5FPMA 3OYDA 1QHAA 2F9TA 4AHUA 4BR2A 3V1OA 4JD2B 5ADXA 4IO8A 4BRAA 3N4PA 2XY8A 3CJ1A 4C8LA 4AQYK 5C2DA 3MWPA 1CZAN 1DEJA 3SAHA 1ZBUA 5JICA 5AQWA 4DTNA 2CH5A 3W0LA 3O4WA 3TAPA 4H8KA 1WAJA 1TUUA 4BRNA 3S3MA 4MLEA 4FWQA 3VQQA 1VQ9N 3FGUA 3P39A 5HOOA 1RBRA 4CJFA 3BDPA 4CZLA 2YNGA 3VF2A 3OW2M 3R6MA 3CCEN 3DRPA 2HBLA 2WOMA 4PKIA 3KLIA 3M8RA 1L5UA 5SZTA 3P4IA 1MDUB 4DCHA 5F1XA 3HVRA 4J2BA 5E26A 3VF6A 5C12A 2Q0UA 3LZJA 1BCOA 2F8TA 3HYFA 3V1RA 1Z25A 4DLGA 1LAVA 1XQSC 2ZF5O 4KHUA 1NKBA 4DUZK 2W6LA 2ZE2A 1J53A 2HSTA 4XIUA 4B3SK 3V9WA 3M8PA 4FLWA 1Z26A 4H03B 4CI6A 1MWKA 2QWQA 3GL1A 1DTQA 4BGBA 3TWHA 4JHDA 3KKRA 4KHSA 5AQOA 1KXPA 4JK7A 4JI0K 4FVMA 3QDKA 4FWNA 4DR4K 3V6DA 4FZYA 3CJ9A 3R9PA 2Q31A 1HNIA 4DS5A 5AFUA 4FJ5A 2E6LA 2DPNA 3BZCA 1HQUA 2ETJA 4HCBA 4CJ5A 1VSMA 1KLNA 3ZETB 5LMUK 3QEIA 1I39A 1RDWX 2ITMA 4FJKA 4A5BA 4DSKA 1VQMN 2FSKA 1EP4A 4WYBA 2KQ2A 3KZBA 4N76A 4E89A 1T6CA 3AVCA 1EETA 3QFPA 1IG8A 1JL2A 1D8YA 2GTDA 4CJRA 3S3NA 4PY5A 3D45A 4ZHRA 2HOEA 1TAQA 4HHTA 2CGKA 4EAHD 2HHHK 4KV8A 3M1FA 5AQNA 3ZSWA 1RT2A 3VQ5A 4DTMA 1L3SA 3L2QA 3G25A 4HTUA 5HRNA 1OH7A 3MEGA 3NDKA 3SMSA 2NRWA 1JLBA 1NM1A 4B3MK 4M7YA 4IZ9A 5C15A 1YTAA 4DU4A 5AQRA 3ALYA 2CGLA 4DU1A 3DI6A 2Y1IA 1HYZA 1OH5A 1VSDA 5M1PA 2Q1NA 1C0TA 3CQ8A 2ZJPL 4JS5A 1RT5A 2YCHA 3B6OA 4IOAL 3T1AA 4L3QA 4WCEL 3L0QA 4A61A 3DLGA 1RDBA 2W6KA 4CBUA 4JI6K 2HNDA 4DR7K 4AHCA 3MN9A 4FJHA 3DJCA 3AVAA 1VSJA 5BPNA 4H5VA 4CIFA 4H5RA 3HSTB 3TAQA 4K43A 4W5RA 3HOSA 4IKFA 4DR6K 3PSFA 3CFPA 4M41A 4CEFA 2RE2A 3AGRA 1I3AA 3VMFB 2OPQA 3CCJN 3T3FA 3V81A 1NGAA 4YOWA 1IO2A 3G6EN 5FPNA 3TPQA 1UWBA 2B5JA 1O1WA 2W42A 4OX9K 4CJQA 1A5VA 4KRFA 1SQKA 3HT3A 4GKKK 3NAEA 1A5XA 4PKHA 3J81O 4DTJA 3KD5E 4H0XB 4CJPA 1QZ6A 2HBJA 3NF9A 1U4BA 3QEWA 1KRPA 4XEIA 4K8XA 1LAWA 1K9MO 3G4SN 3LWMA 3DLHA 4FJ9A 3MCPA 4DSJA 4KAZA 4OLBA 2P9NA 3CFRA 1R0AA 3DYAA 5C42A 4MQ3A 4IWVA 2P9NB 1QSSA 2HHVA 1C0MA 3TSPA 5C10A 1T05A 4RWTA 4BRDA 3EE9A 1CZ9A 1T6DA 4IG0A 3OYFA 1SKSA 1C1CA 1ESVA 3PY8A 1ZBFA 3SZ2A 4IOCL 4CJWA 3VGMA 4DFJA 2IVOA 3THVA 1DGKN 1VK0A 1ITGA 3AVHA 3H6EA 4DUYK 1YHQN 4DQSA 1NNEA 5AQPA 2KHOA 3SUNA 3BY5A 5LJVA 4BRQA 1RDDA 1XNQK 1RTIA 4FL9A 3VQPA 5AJ3K 1KD1O 1NK8A 1IH7A 4Z94A 4JI7K 1MWMA 3D2EA 3DLEA 5BRFA 4QCLA 2P9UA 1ASVA 3U8XA 4DTOA 4MO4A 1LWFA 3D2EB 4OVLA 2P9UB 2GBZA 3LALA 3QIPA 5AQMA 3QEXA 4CZJA 5HROA 3THWA 3RMDA 3CCSN 4DTPA 1HKGA 2FBVA 3KWIA 2RHKA 2G8FA 5DMRA 4CESA 4B1UB 3THWB 1SKWA 3O9QA 3NF8A 3AA2A 3AVBA 3P5JA 3T19A 5C0YA 4CJEA 1NGGA 2QM1A 3U9ZA 3WNEA 5T7BA 2UYTA 4C8KA 3NF7A 4CJKA 4JAXA 4PA1A 3AARA 2PY5A 4AHVA 5C2FA 3DXKB 3LP1A 2GV9A 4R5PA 1MA9B 3M8QA 3TANA 2KZMA 3CETA 1NK0A 5J2QA 1XC9A 3TR8A 1IBKK 1YXQA 3I8DA 2P9SA 1YI2N 1S1UA 3QINA 3OYHA 2G8HA 2BE2A 5ADXH 4FW1A 2P9SB 4BRFA 4ZTFA 3GBTA 4BE2A 1Z05A 4BC5A 4BE1A 3K0SA 3IFRA 1OH8A 4DS4A 3E1YA 4B3OA 1Y97A 3VQ6A 1LWEA 3HRGA 4N5SA 1JCEA 1N32K 4FJLA 2E2QA 5IT9O 2HHUA 2HHQA 3HO1A 1YTUA 3OJSA 1VQPN 3TTDA 3ZEUA 4JYAK 5D3GA 2G8IA 4DTUA 1XWLA 5J2NA 1ZBIA 1S9EA 1EKEA 4CBWA 1NK9A 3FZHA 4O4GA 1WSIA 1VQKN 4MDAA 1T3VA 1HMVA 3VEXA 2ZGYA 5KGWA 4JKFA 2UXDK 2WUSA 2QWNA 3LDSA 1S5JA 4J2DA 5AQYA 1LWCA 1DT9A 3DLKA 3ASMA 3DLLL 3U6FA 3A2FA 3CM5A 4CZIA 4DV1K 4LF9K 1OVQA 3IKMA 4KTQA 3CMAN 4CE9A 4DR2K 1HJOA 2JLEA 3AAQA 4H4MA 2OANA 1IKYA 1R59O 2ASPA 3PV8A 3UE5A 4KFBA 3IG1A 1BGXT 1S1TA 4H0PA 4CHQA 2VCPA 1KVAA 4CEEA 4CD3A 2UU9K 2NUBA 5AFUH 4RTFD 4E7HA 2GELA 4B1YB 3ENHA 3AVGA 1JLAA 1SAZA 2E2OA 1GLBG 3RTVA 4CW7B 3RMCA 2F9WA 3AVLA 5BRDA 1C0UA 4AM7A 4LY7A 3ZX3A 3L3VA 1XMOK 1YJNN 1S22A 3MDQA 4O0IA 4CF0A 3J8AA 4H5WA 4OJRA 2ZM6K 1JXBA 3PIPL 2O8FA 5EU7A 4WFAL 4KBOA 1EX4A 3ZSVA 4DSLA 2AJQA 4W5NA 2VWJA 3BEXA 3CC7N 2P9PB 3D2FB 1K8AO 3C95A 5AQFA 4FJ8A 4GVEA 4O5FA 4ILHA 4CJSA 3OS0A 5DK5A 2NLXA 1D5AA 4DV6K 4A57A 1Y64A 3RSEA 4YHHK 2ZD1A 2UUCK 4NLCA 4IO9L 1KAZA 1FKPA 3B8AX 2YV0X 1NGFA 3TI0A 1NU0A 3ULEB 3VTIA 4B9VA 1GOCA 3ID8A 4BR5A 3WNHA 1WSEA 3L2VA 2DFEA 2XY7A 4X64K 1WSGA 3ZLJA 5F0XA 1NJZA 5EVZA 4KREA 5B8HA 2V52B 4NXNK 2LSNA 3O1WA 5KI6A 4B9UA 4RW4A 4Y1DA 2Y1JA 3ZT2A 4B1ZA 3QNNA 4MDBA 4AHSA 3THXB 3LDNA 3HM9A 5I42A 3RMBA 4HUEA 3A5LC 2R7YA 1T44A 1TKDA 4CEDA 5FPEA 4ID1A 3AO5A 1YVUA 1QSYA 1HNZK 1J54A 4BWJA 4M3WA 1Z6RA 4IFYA 1ZC6A 1GLEG 1X9JA 2H3GX 1P90A 4EHUA 4LC9B 2QWOA 3K57A 5JLFA 3THYA 3HXMA 2HBKA 4M45A 4IFVA 5AQJA 1SUQA 3ENBA 3OJUA 1M90O 3THYB 1BQNA 3M5RA 4CEZA 1JLGA 4CEOA 2IIRA 2P1JA 1U45A 3VQ9A 4WFBL 1RFQA 4BC2A 1D9DA 3QERA 4C8MA 3VQBA 3WUHA 1ZBSA 3CC4N 5HRSA 3CERA 1C0GA 4JD2A 3TU5A 1RT1A 2G8WA 3PLAA 2KW4A 4BR9A 3R3LA 4WF9L 1U6ZA 3NFAA 3R1XA 2I7NA 1FJGK 4E1JA 4I9LA 1IKVA 3MAQA 4K25A 3MECA 5HBMA 3NH0A 4ID5A 3C6HA 3WXIA 1QQMA 2XY5A 4CJ7A 3VA3A 2QI2A 4BRKA 4DU3A 1RTJA 4PL8A 1NJIO 3WXJA 4U7BA 4F3OA 3VQDA 4DHYA 3UKRB 1KFDA 4G1QA 5M1FA 3LAKA 2O8EB 5I9EB 4H4OA 4CHPA 3ZSQA 4M3RA 2BTFA 5AQQA 3WXLA 3DWLA 2X74A 3SQ0A 2VG7A 3SBGA 1YJWN 4F9OA 4KHNA 3MN6A 2VGMA 1VSLA 3HL8A 5JS2A 4JS4A 2UXBK 3NGYA 4KH4A 1VHXA 3U3GA 3K58A 3VEYA 1IJJA 3NGZA 2UUBK 2VWKA 3KK2A 3BF3A 3MX2A 4YDUC 2YHWA 2GEMA 1NBWA 4BR0A 3NH2A 4GVMA 3O80A 3DAWA 1OVYA 1ZXOA 1RT7A 2NRRA 4FK0A 2D0BA 4RW8A 3PO4A 1CZBA 1JLEA 4AF1A 4ZTJA 4JKHA 2OTJN 2QWRA 2VG5A 5JVGL 3UB5A 1VSKA 1X9MA 4FZXC 4OLAA 4NYFA 5M1NA 1YUWA 2IAJA 4L8RB 4ISGA 3OYLA 1L3UA 2KFNA 3KWGA 3MK6A 1RBSA 1RBUA 1E3MA 3PX0A 1LW2A 2A6AA 3MMVA 3OBYA 3K5OA 4O0JA 1IBMK 3CFOA 2O4GA 4JN4A 4C8NA 3ZETA 4FOIA 3WQTA 4CEBA 3G10A 3LDLA 4FPBA 4C23A 2VYPA 5CZ2A 3IS9A 5AQHA 4HCCA 3JAMO 2EWSA 3EKUA 1NGBA 3NGIA 3MN5A 4OPAA 4YOTA 1KAXA 4CEQA 1X3MA 3DRRA 2P5GA 1N34K 3FFKB 2O4IA 1M1KO 2KLAA 5JLHA 3F9KA 2WBNA 2NZTA 3V9UA 5K14A 2IVPA 3SUQA 2DY4A 4LF4K 3C7NB 3MXJA 4EFHA 1KFSA 1C0FA 5FLXO 4WFNL 4QS7A 4C1NI 1X9SA 1FXXA 4KH5A 4DTXA 1Q86O 3LP2A 4BY9C 2RKIA 3RRGA 5GINA 1JJ2M 4CF1A 2X6SA 5KRTA 5AQKA 2GWJA 1QTMA 1JLQA 1YT3A 1DLOA 2IGIA 3MX5A 5GAHP 3SJHA 1V4TA 3A5OC 1MU2A 3ATUA 3UKUA 4N41A 3OA9A 2P9LA 4O5BA 1KSPA 3IRXA 4E7IA 3AVKA 4B1VA 4X66K 3QESA 3IAYA 3UKUB 3O3FA 1KTQA 2QWMA 2P9LB 3L4IA 1BA1A 1JLFA 3QBWA 1VQ8N 4FLTA 3VQ8A 4OPJA 1SL2A 4JI5K 3AA3A 3WT0A 4B1XB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1Q86 O;  3CCQ N;  1JJ2 M;  5GAH P;  3I56 N;  2ZJP L;  5DM6 L;  1KD1 O;  3CD6 N;  1YJW N;  4IOA L;  3DLL L;  4WCE L;  1YIT N;  1K73 O;  5DM7 L;  3CXC M;  2OTL N;  1Q82 O;  2ZJR L;  1Q7Y O;  3CMA N;  2QA4 N;  3CCS N;  3CCU N;  3J7Z O;  1VQ8 N;  2ZJQ L;  3G71 N;  4U67 L;  1N8R O;  4UY8 O;  1QVG M;  3CME N;  5GAE P;  3CCL N;  1YJ9 N;  1KQS M;  1OVY A;  3CCV N;  2QEX N;  3CCJ N;  3CCR N;  5JVH L;  1W2B M;  1VQ7 N;  3G6E N;  1VQL N;  1VQ6 N;  5H1S Q;  2OTJ N;  5JVG L;  1KC8 O;  1VQ4 N;  1VQM N;  3PIO L;  1M90 O;  1YJN N;  1K9M O;  3G4S N;  1YI2 N;  4WFB L;  3I55 N;  3CF5 L;  3PIP L;  4WFA L;  3CC4 N;  1S72 N;  5MLC Q;  3CC7 N;  1VQ9 N;  1VQ5 N;  1YIJ N;  1K8A O;  3CPW M;  3CCE N;  3OW2 M;  5HL7 L;  4WF9 L;  1M1K O;  4IOC L;  5GAD P;  3CC2 N;  1QVF M;  3CCM N;  1Q81 O;  1VQP N;  4IO9 L;  1VQN N;  5GAG P;  4WFN L;  1VQO N;  1YHQ N;  1NJI O;  1ILY A;  1VQK N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4DSI A;  4CIG A;  3GG4 A;  4ELU A;  4LH4 A;  3NHG A;  3O9S A;  4JK8 A;  3WEE B;  3KJV A;  2XRI A;  2YNH A;  4FPA A;  5BPL A;  3LDO A;  3P38 A;  4QAG A;  1BHL A;  3NVK A;  4H5N A;  1S9G A;  1TYQ A;  4K42 A;  4DV7 K;  1GLC G;  2ZJR L;  3LP3 A;  4GNI A;  3FZM A;  3PX4 A;  1TYQ B;  2FBY A;  3AO2 A;  4NXM K;  4BDP A;  3KLF A;  1RT3 A;  3LM9 A;  1K6Y A;  3AAP A;  3VQ7 A;  1VSI A;  3O9R A;  5M1Q A;  4DQI A;  1NMN A;  3AA4 A;  4EZ6 A;  1QZ5 A;  3V1Q A;  3PX6 A;  4FWS A;  1WB9 A;  2HHX A;  3M8S A;  2HF4 A;  2FXU A;  5A2Q O;  4YOV A;  3K2P A;  3CCV N;  4E0D A;  3Q7C A;  3TTC A;  5LJW A;  4FWO A;  2O8F B;  3CJB A;  2QKB A;  3C6U A;  4V19 S;  1NGH A;  4MFB A;  4I9Q A;  4LD0 A;  4QOZ B;  4FXD A;  3LAM A;  2G8K A;  3V9S A;  1SS6 A;  4YNQ A;  3J80 O;  5J2M A;  3C6T A;  1HLU A;  4IEI A;  4DV3 K;  1EWQ A;  4TSX A;  2HF3 A;  3OY9 A;  2FLO A;  3RSE B;  5CHI A;  3P1G A;  3ENO A;  1BWF O;  1RNH A;  4CFB A;  3MED A;  4Q5V A;  1NK6 A;  1HYS A;  4FLX A;  1UA1 A;  2BH1 A;  3F9M A;  2VWB A;  4F4K A;  2FF3 B;  3DMJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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