1KQSM

The haloarcula marismortui 50s complexed with a pretranslocational intermediate in protein synthesis
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A pre-translocational intermediate in protein synthesis observed in crystals of enzymatically active 50S subunits.
pubmed rcsb
molecule keywords 23S RRNA
molecule tags Ribosome
total genus 48
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1kqsM00
1N8RO 2ZJRL 1VQ7N 4WF9L 2QEXN 3CCMN 4IOAL 3CF5L 1ILYA 2OTLN 1QVFM 3I56N 1YJ9N 3G71N 3J7ZO 1VQPN 1W2BM 1Q82O 1Q86O 5GADP 2OTJN 3CC4N 5JVHL 3CPWM 2ZJPL 1KC8O 5H1SQ 3CCSN 5DM7L 1Q7YO 1VQNN 1OVYA 1YHQN 2ZJQL 3G6EN 1S72N 1YITN 1VQON 5GAGP 3CCEN 5DM6L 3CCUN 1YIJN 3CMAN 4UY8O 4U67L 3CCRN 3I55N 1K8AO 3CCLN 1YJWN 1VQ6N 1YI2N 3PIOL 3CC2N 3G4SN 3CMEN 5MLCQ 1K73O 3OW2M 1JJ2M 3PIPL 3CCJN 1YJNN 5GAHP 1KD1O 1KQSM 1VQLN 1K9MO 1M90O 1NJIO 3CCQN 1VQKN 5JVGL 1QVGM 1VQMN 3CD6N 4IO9L 1VQ8N 3CC7N 3CCVN 2QA4N 1VQ9N 1Q81O 4WFAL 4WFNL 4WFBL 4IOCL 1M1KO 5GAEP 3CXCM 1VQ4N 4WCEL 5HL7L 1VQ5N 3DLLL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4AHSA 1T6DA 3NH2A 3AVJA 4LF4K 2QEXN 2KZZA 3CF5L 4OPAA 3FZHA 4FWRA 3I56N 1QE1A 3H08A 1WB9A 1MA9B 1GOCA 1DTQA 1RDDA 1JLEA 1BCMA 1KSPA 2GEMA 4BQLA 1TV6A 4BR4A 4FJKA 3CJ9A 3DRRA 1DKGD 4IFVA 1YVNA 4BRFA 3BF3A 5LMUK 3AGKA 1N34K 4ID1A 5AZIA 4CEBA 1LAVA 1GLJO 1JCGA 4OPHA 4DV4K 4HUEA 3PO5A 5M1FA 1R59O 3VEXA 4EFHA 4NCGA 1VQON 3VF6A 1KCFA 4F4KA 4FLTA 1LWEA 4YORA 1LV5A 4DHYA 4FLXA 2B5JA 3AVBA 4Q5VA 3C6AA 5JS2A 2A3ZA 4DU4A 4QS9A 3AO1A 1E4GT 1WUAA 1KAYA 4DTRA 1LWFA 3DLHA 1NM1A 3RRHA 4V19S 1NJWA 2NRXA 4I6MB 2QM1A 3DXMB 4CJ3A 3MX2A 4CZKA 1IH7A 3ZSOA 4DTJA 2Z1JA 4C23A 1RT2A 4CJFA 3OYJA 4GMJB 1Q8IA 1Q18A 3ZETB 1JLGA 4CFDA 4MO4A 3OS2A 2RPIA 3TSUA 3TAMA 5AQNA 3WNFA 1EQYA 5CZ2A 4M42A 1M90O 1NKEA 3SQ1A 3G0ZA 1Q9YA 3LL3A 3F9MA 3Q7CA 5EX5A 3CFRA 4Z4IA 3LANA 1G15A 4WFBL 4IOCL 1WSHA 3L3UA 4BDPA 1C0MA 1Z6RA 4AH9A 3SV3A 4M3XA 3LAMA 4JV5K 5AQIA 1RTJA 2E1YA 4LH5A 5AZIB 3MN6A 1L3UA 4BRAA 1TYQA 3OBYA 1IG8A 3ZSZA 4CJ4A 4DSKA 3AGRA 3CQXA 4RW7A 4DFMA 3AVCA 1NGEA 2D0AA 3HBTA 3E9PA 3VQCA 3VPZA 1UA0A 4A61A 4GVMA 3MX5A 2I7PA 3G10A 5AQHA 3E1YA 5AFUH 3DRPA 1FJGK 3MCAB 1T3VA 1BIUA 4I2PA 4CEDA 2PBDA 4FLYA 1W9HA 3QETA 3SZ2A 5FPNA 4FW1A 4F3OA 1YITN 5EXWA 3HO1A 3CCEN 4JI6K 2IS3A 4JRQA 4DV3K 2HHHK 3HL8A 3ZEUB 3GDQA 2P9SB 4I9LA 4XH4A 2Q0RA 4FK2A 1RILA 3MXJA 3FFIA 4EP4A 4B1XB 2P9NA 2KHOA 3T1YK 5CY4A 4OO1J 3PSFA 1CZ9A 1JXEA 3SMSA 1T03A 1LAWA 2P1JA 4KKOA 2G8HA 4BC2A 5FRMA 2QWMA 4A2BA 1LW0A 3CYMA 2Q97A 3LDSA 1NBWA 3IDHA 4M3ZA 3EYZA 1KRPA 2CGLA 4CEAA 4MFBA 4BR5A 4WQ4C 4PUOA 5C0YA 1BG3A 1LW2A 4DV1K 2V7ZA 5BN9A 3FLCO 1NU0A 3Q7BA 2CH6A 3PSIA 1LOTB 5BR8K 4N41A 2E2QA 2WONA 4C1NK 1N36K 2PYJA 5C10A 2VG7A 4CHYA 3E9LA 4QCLA 4CK3A 3AVHA 3ZYYX 3QERA 1GLLO 1I39A 4M63C 1QTMA 2ZE2A 4HHTA 2IVNA 4JKHA 3OTOK 3G25A 2ZWHA 4FW2A 4JK7A 2BH1A 4FJLA 4CBUA 1EP4A 3O9TA 4CD3A 1HKBA 4IOAL 4W5QA 3CJ7A 2ITGA 1RBSA 4LF5K 1A5WA 4E89A 3D7EO 3N4QA 5CYQA 1IG9A 3I0SA 3NGIA 2YNHA 1W2BM 3RMCA 2OTJN 4BRNA 4FWSA 1YUWA 2IGIA 5JVHL 5C2FA 2UU9K 4JI1K 4JI4K 3T1AA 4FJMA 4FPBA 3HOTA 4CK1A 3CCSN 5AQMA 1KVAA 1TK8A 1RT7A 2ZJQL 1ESVA 2P9PA 3JYTA 1X9WA 3MCPA 5DK5A 5HBMA 4BRMA 3O8MA 3IS9A 2E1ZA 2VGNA 4CGFA 4NO7A 3D2EA 4O44A 3S41A 2E5LK 5E84A 2YHWA 2XY7A 4AHUA 1K8AO 2FSKA 4FWKA 5AQXA 4FYDA 1S6QA 3CERA 4B9LA 3CPEA 2BUPA 3KKSA 1NGJA 4B3OA 3RR8A 1Z26A 1RT1A 2OPPA 3C6HA 2ZQBA 4CBXA 4OKJA 4Z4EA 2HOEA 4GKKK 1U04A 3VQ4A 3MXMA 5SZTA 5TKWA 3PIPL 3ATVA 1BISA 1QSLA 2O8DB 3O9QA 1BGXT 3OYNA 5B8HA 3RWUA 4UQGA 2NNWA 3NF7A 4CGJA 3EE8A 3SQ4A 3C7NB 3DJCA 1HKCA 2E6LA 4IZ9A 5AQZA 3MDQA 4CF8A 3A5MC 2Y1JA 4CJEA 3HSCA 3MN7A 4MLHA 5LJVA 4KH5A 5CR4A 4IO8A 1IBMK 1J54A 2F9WA 1P8ZA 3RMAA 1TKXA 3TAEA 2ASMA 5GAEP 4FWMA 3U9DA 1J6ZA 5HRPA 1IO2A 5AQFA 3V9XA 1SZ2A 1V4TA 3I0RA 3O3GA 4W5OA 4CEOA 1J5OA 5AQOA 5FRNA 1CLQA 2OTLN 3TSQA 4CJTA 1RNHA 1VSEA 4BRLA 4C1NI 2HHWA 1HYVA 3CFPA 1RDUA 5BRDA 3CC4N 4CZJA 3QMLA 4OKEA 2WBNA 1KC8O 5H1SQ 2NLXA 4WQ4A 4A59A 4LF6K 1JLAA 4DF4A 1XC9A 1HUXA 4XEIA 2KFNA 2HHXA 3G6EN 2HF3A 1IKXA 4BC4A 1NGCA 3ID8A 4FWQA 1TK5A 5C15A 4DSLA 1YIJN 3W0LA 2GUIA 1S3XA 3LM2A 3ZX2A 3CCRN 4BE0A 2D0CA 1KXPA 4JKCA 4E19A 3I55N 3U3YA 5HRRA 2YJEA 2YNFA 1WN7A 1UOCA 3EZ5A 1YI2N 1MWKA 2BE2A 3SPYA 4YOTA 4YFUA 3DAWA 1K8KB 4RTFD 2YV0X 4FJNA 4YDUC 5AQLA 5AZJB 4ZTJA 3A8YA 4ILGB 3W3DA 3QESA 1C1BA 3HOSA 4H0YB 3EE9A 2QKKA 2ZGYA 1BA1A 2V7YA 4O4GA 1U48A 3DLBA 1WSGA 1N6QA 4FLWA 3CCJN 1KVBA 2KKZA 3HP6A 1BA0A 3NMUA 4DLEA 4H5RA 3K5OA 1BI4A 2UXDK 1B9DA 2OANA 5J2MA 1NOYA 3AO3A 3LDNA 1VAZA 3LDOA 2ZM6K 3ENHA 1S5JA 3VERA 4GW6A 4JKAA 3VEZA 4WE1A 4WFNL 3ATUA 2A6AA 1Y64A 1N33K 2P9KB 2EHGA 1VQ4N 3VEOA 3TTDA 2YI1A 3LDLA 2YHAA 1D4XA 3F5TA 4LH4A 2F96A 5C12A 1VSIA 3V1QA 4DKWA 5C42A 1RBTA 1MDUB 4A2AA 3KIOA 1X9SA 1DTTA 2IAJA 3SBTA 4FJIA 1YJ9N 5CYMA 2H3GX 3THXA 3MEDA 3NF8A 3SAGA 4H0TB 3TSPA 3LP3A 1NLVA 1BWFO 3ID6A 4PWDA 3AVIA 4FZYA 1IKVA 2KW4A 1NKBA 1X3NA 2O8CA 3OVNA 1SQKA 5KGWA 1KFDA 1B9FA 4NB4A 3QEWA 1NJXA 1TUUA 4OLBA 4E3SA 3UKRA 1XHZA 4JI0K 4YOUA 3VESA 1IKWA 3TU5A 2NRTA 4AHRA 2YHYA 4JI7K 4I9QA 4FM0A 3VQ7A 1VSJA 4BR9A 5KTQA 2X6SA 3E01A 4DWIA 5ADXH 1VSHA 2OZSA 4GV3A 4NXMK 2ITMA 3LZIA 1V4SA 1ZXOA 1K73O 1HRHA 2B4JA 3C6TA 3FZMA 2W42A 3CJ1A 1FK9A 4OLAA 3MMVA 3BP8A 5AFUA 3A0IX 3P1GA 1NK4A 2F8TA 1HNIA 1VQLN 2V52B 2FBXA 4N47A 4YNQA 1YF5L 2YCHA 1IV0A 4BDYA 5EOYA 1QHAA 1VSMA 3WEEB 3TARA 3CETA 3PX4A 1T8EA 3VMFB 2ASOA 3E66A 3MN9A 1DT9A 4DSJA 2I5JA 3MK6A 4OVLA 2FBYA 4NYFA 3MN5A 4I6MA 2ZJRL 5AQGA 3BZCA 3SPZA 4B1WB 2Q31A 3IFRA 2G8IA 4ILHA 5EVZA 2DY4A 3TABA 4PL8A 4IDKA 4FLUA 5AQJA 5HOOA 2GELA 1ZBSA 3BGRA 4YDUA 3ZT4A 3AVNA 3ZETA 3AO4A 3MECA 4H03B 3SK3A 2HNYA 3AVFA 1NGDA 4ISGA 3LDQA 5GIPA 1QS4A 2JLEA 3KLFA 3EO3A 2W6LA 5SWMA 3OS0A 4IBNA 4IDHA 3P38A 3KVGA 5KRTA 5HLFA 4YOVA 5AQPA 2BTFA 4JKEA 5AQKA 3JAMO 3SCXA 3ISNC 2D4WA 5KGXA 2RE2A 4B8AB 5ELZA 3UIQA 1HLUA 1YJWN 4PHTX 4H5TA 3THYA 4B1YB 1UAXA 3GL1A 4BRGA 3J7YP 4FSVA 2F7TA 3H6EA 3DXKB 2HMPA 3L2VA 3IG1A 1RCHA 3ZT2A 3V1RA 4IFEA 1HNZK 5C24A 3OYLA 3HM9A 1YTAA 4K8ZA 1RT4A 4FWOA 1NMNA 1L5UA 5F2RA 3HT3A 1ASUA 3TAPA 2E2PA 3L2WA 1SKSA 3F73A 4DQPA 4K41A 3ZX3A 4LFCK 3O80A 1I94K 4CHQA 3VF2A 2O4GA 1S6PA 2HNDA 4BC5A 2OPSA 3DYAA 3SAFA 3P5JA 4A5AA 1VQKN 2HBMA 4OPKA 3CD6N 1XNRK 3OJUA 3LAKA 4EZ6A 1E4FT 1VRUA 3ZEUA 4KI6A 3CM5A 5F1XA 2P9SA 4PQUA 3D6RA 4CZFA 3ALYA 2A1SA 1HR0K 4BRKA 3QEXA 1D9DA 3B6PA 1W7AA 2CGJA 2HBLA 3QEVA 1ATSA 1UA1A 1C1CA 3EKUA 5JS1A 3KWGA 3V1OA 3QFPA 1QVFM 2GBZA 4FJHA 1U2VA 1K6YA 2YKNA 5AR0A 4CW7B 4JHDB 3AVAA 4DTSA 4DTPA 2HW3A 1HMVA 3DOKA 3HRGA 3VOVA 3THYB 3VQBA 4CF1A 2FBVA 1S1XA 1NG9A 1RBRA 2VG6A 3VGMA 4CEZA 3KD1E 1RDWX 4PY5A 3HJFA 4RW4A 2QXLA 1REVA 4UY8O 4R5PA 4F2SA 3VQ6A 3MEGA 2YHBA 4F2RA 3FGUA 4O8KA 5BPMA 3I8BA 2VYPA 3DI6A 5JMVA 3LALA 3AA3A 3O9RA 1QQOA 3TANA 2HHQA 3B6OA 4PKHA 4KH6A 1J5EK 1UWBA 3CJAA 3H3OB 4BRIA 3KK3A 3ITHA 3KKRA 2O4IA 5KI6A 4CEFA 3BF1A 3AA5X 3QNOA 1RTHA 3J80O 4CECA 3TWHA 1GLCG 4FM1A 3NGZA 3J81O 1CZBA 4DV7K 1KQSM 3KZBA 1U49A 5E41A 4GV6A 1WSEA 3WUHA 1C0FA 1JL2A 3O9SA 4CZHA 1CXQA 3M8QA 5JVGL 1SKRA 4DR3K 4FJ9A 1BHLA 2KLAA 4H4MA 5AQUA 4IG0A 2Q2RA 4QAGA 2RN2A 1U2VB 3MXIA 4DCHA 3S3MA 4KHQA 3KWIA 1EKEA 1WSFA 1NNEA 4CJUA 1M1KO 2P9UA 3H45C 3HTVA 3WT0A 3AAPA 5C25A 4ZTFA 4CHPA 1JXBA 1WBBA 3O5BA 5HRSA 1VQ5N 3AA2A 1WSIA 2JWKA 4BGBA 2XO7A 5EY4A 3NBPA 4B9UA 1N8RO 4U7BA 3HPOA 1QQNA 4JI3K 4O55A 1HJOA 4Y1DA 2WFBA 2VGMA 3BZKA 2XRIA 1RGIA 2O8DA 3C94A 3O1BA 1A5XA 4F9OA 4KV8A 1KVCA 4CJSA 3T3FA 1NK5A 1T05A 1GLDG 3H1QA 4YOYA 3OY9A 3C7NA 1YVUA 4E7HA 4FVMA 3VENA 4DV5K 5I3UA 3WXMB 2UUBK 3O4WA 4BRDA 2NUBA 4A62A 4FL9A 3WNHA 2Z1HA 2FSNA 2X74A 2HHVA 3V9ZA 3SUNA 4BWJA 4XH5A 3M3ZA 3A5LC 4IJNA 2PYLA 4N76A 2PZSA 4CJLA 4W5RA 5I42A 2DFFA 2IVOA 4HCBA 2GUPA 2P51A 4KB1A 1XNQK 4IG3A 1EETA 3O4NA 1S9EA 4M41A 2NRHA 3NH0A 2A40A 2RKIA 4DTNA 1L3TA 3OYCA 3WQUA 3FZFA 2QK9A 5MLCQ 2FF3B 4PA1A 3BDPA 4Z4GA 4DQSA 3OW2M 4GNIA 1IBKK 3ZSVA 4Z4CA 1YJNN 4Y1CA 1WSJA 2P9UB 4DQ8A 4N56A 3ZSWA 4OJRA 4KTZA 3KLEA 3HYFA 1S1VA 3ZT0A 3JS6A 4AHVA 4E1MA 3OYIA 3TAGA 4M3RA 3BY5A 2R7YA 1GLBG 4DTXA 2E2NA 2E6MA 1QSSA 3VQ9A 3SQ0A 4J2AA 1VQ9N 2QWOA 4DUYK 1D8YA 3DLGA 4MO5A 2QI2A 3R8EA 4JRPA 5EU7A 3TI0A 4M7XA 4WCEL 5BR9A 2KFZA 5FPEA 4H0OA 5BPNA 4EIAA 2O8EB 1K8KA 4JKGB 3DLLL 4CJ5A 4DV0K 1KFSA 5ADXA 3ZT3A 3T19A 2FC0A 5AZJA 3VA3A 3HPGA 1NJZA 3ZX0A 2AA4A 1VK0A 5GIOA 1KLMA 4KH4A 1TGOA 4CZMA 3DLKA 3D2FB 1O13A 4O5BA 4J2BA 3L8BA 2CH5A 4MLEA 5GADP 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1N8R O;  2ZJR L;  1VQ7 N;  4WF9 L;  2QEX N;  3CCM N;  4IOA L;  3CF5 L;  1ILY A;  2OTL N;  1QVF M;  3I56 N;  1YJ9 N;  3G71 N;  3J7Z O;  1VQP N;  1W2B M;  1Q82 O;  1Q86 O;  5GAD P;  2OTJ N;  3CC4 N;  5JVH L;  3CPW M;  2ZJP L;  1KC8 O;  5H1S Q;  3CCS N;  5DM7 L;  1Q7Y O;  1VQN N;  1OVY A;  1YHQ N;  2ZJQ L;  3G6E N;  1S72 N;  1YIT N;  1VQO N;  5GAG P;  3CCE N;  5DM6 L;  3CCU N;  1YIJ N;  3CMA N;  4UY8 O;  4U67 L;  3CCR N;  3I55 N;  1K8A O;  3CCL N;  1YJW N;  1VQ6 N;  1YI2 N;  3PIO L;  3CC2 N;  3G4S N;  3CME N;  5MLC Q;  1K73 O;  3OW2 M;  1JJ2 M;  3PIP L;  3CCJ N;  1YJN N;  5GAH P;  1KD1 O;  1KQS M;  1VQL N;  1K9M O;  1M90 O;  1NJI O;  3CCQ N;  1VQK N;  5JVG L;  1QVG M;  1VQM N;  3CD6 N;  4IO9 L;  1VQ8 N;  3CC7 N;  3CCV N;  2QA4 N;  1VQ9 N;  1Q81 O;  4WFA L;  4WFN L;  4WFB L;  4IOC L;  1M1K O;  5GAE P;  3CXC M;  1VQ4 N;  4WCE L;  5HL7 L;  1VQ5 N;  3DLL L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4AHS A;  1T6D A;  3NH2 A;  3AVJ A;  4LF4 K;  2QEX N;  2KZZ A;  3CF5 L;  4OPA A;  3FZH A;  4FWR A;  3I56 N;  1QE1 A;  3H08 A;  1WB9 A;  1MA9 B;  1GOC A;  1DTQ A;  1RDD A;  1JLE A;  1BCM A;  1KSP A;  2GEM A;  4BQL A;  1TV6 A;  4BR4 A;  4FJK A;  3CJ9 A;  3DRR A;  1DKG D;  4IFV A;  1YVN A;  4BRF A;  3BF3 A;  5LMU K;  3AGK A;  1N34 K;  4ID1 A;  5AZI A;  4CEB A;  1LAV A;  1GLJ O;  1JCG A;  4OPH A;  4DV4 K;  4HUE A;  3PO5 A;  5M1F A;  1R59 O;  3VEX A;  4EFH A;  4NCG A;  1VQO N;  3VF6 A;  1KCF A;  4F4K A;  4FLT A;  1LWE A;  4YOR A;  1LV5 A;  4DHY A;  4FLX A;  2B5J A;  3AVB A;  4Q5V A;  3C6A A;  5JS2 A;  2A3Z A;  4DU4 A;  4QS9 A;  3AO1 A;  1E4G T;  1WUA A;  1KAY A;  4DTR A;  1LWF A;  3DLH A;  1NM1 A;  3RRH A;  4V19 S;  1NJW A;  2NRX A;  4I6M B;  2QM1 A;  3DXM B;  4CJ3 A;  3MX2 A;  4CZK A;  1IH7 A;  3ZSO A;  4DTJ A;  2Z1J A;  4C23 A;  1RT2 A;  4CJF A;  3OYJ A;  4GMJ B;  1Q8I A;  1Q18 A;  3ZET B;  1JLG A;  4CFD A;  4MO4 A;  3OS2 A;  2RPI A;  3TSU A;  3TAM A;  5AQN A;  3WNF A;  1EQY A;  5CZ2 A;  4M42 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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