1KQSM

The haloarcula marismortui 50s complexed with a pretranslocational intermediate in protein synthesis
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A pre-translocational intermediate in protein synthesis observed in crystals of enzymatically active 50S subunits.
pubmed rcsb
molecule keywords 23S RRNA
molecule tags Ribosome
total genus 48
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1kqsM00
2OTJN 3CCQN 1VQKN 1VQ7N 2QEXN 1N8RO 5MLCQ 3G4SN 5GAEP 3CD6N 3CCVN 1YITN 1K9MO 1VQ6N 1Q81O 3CCEN 1YI2N 5GAHP 3CCRN 2ZJRL 3OW2M 1Q86O 4IOCL 2ZJQL 1VQLN 3CC7N 3I55N 1ILYA 3CMAN 5JVHL 1KC8O 1M90O 5GADP 1QVFM 4UY8O 3CCJN 3CMEN 1KD1O 4WFNL 5H1SQ 1S72N 1K8AO 1YJ9N 1VQON 1KQSM 1JJ2M 3CCMN 2OTLN 5HL7L 3DLLL 5DM7L 1VQPN 1QVGM 3CF5L 3CCSN 2QA4N 3CPWM 5JVGL 3PIOL 4WFBL 1W2BM 5GAGP 3G71N 1VQ5N 3J7ZO 3CXCM 3CCLN 1VQ4N 3I56N 1VQ8N 3G6EN 1YIJN 1YJNN 3CCUN 1NJIO 1Q82O 1YHQN 4U67L 3CC4N 4WCEL 2ZJPL 4IO9L 5DM6L 4WF9L 1OVYA 4IOAL 3CC2N 3PIPL 1M1KO 1YJWN 1VQMN 1VQ9N 1VQNN 1Q7YO 1K73O 4WFAL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CJRA 3J7AP 4CJWA 4JNEA 1IBLK 1D9DA 1N32K 3CCQN 3AGKA 2A3ZA 3C6TA 3SBGA 2HW3A 1S5JA 1WLJA 2E2OA 3M6GA 3S9HA 1GOBA 4CF0A 1NK8A 3O4QA 1JKHA 2HB5A 4YOWA 1K9MO 3UKUB 3CJ1A 5SWMA 3QEIA 2YX6A 4E7HA 2ZE2A 1VRTA 4Y1DA 4ILGB 4J2BA 3DYAA 3ID6A 4RG8A 4CJFA 3E66A 5ELZA 1BUPA 1W97L 4C1NK 4DF4A 1KXPA 1QHAA 5FPDA 2Y1JA 1SUQA 1TGOA 2FBVA 1VSKA 5M1PA 3IRXA 4IFEA 1YF5L 2X78A 3ULEB 4M45A 2GWKA 3CMEN 3K5NA 3ZETA 4CGJA 4FSVA 2A6AA 4RCHA 4BDYA 1BISA 1DLOA 3FGUA 3OS2A 1VQON 1NBWA 3VQQA 5CYMA 3VF6A 2IAJA 5AQMA 3ZSZA 3I8BA 3A5NC 3KZBA 5AQFA 3CCSN 4DSKA 4GKJK 4NXMK 3UIQA 3AVCA 4CCHA 1HNZK 4TSXA 4CZLA 1ATRA 4IFVA 3LDQA 5B8HA 3I56N 4RW7A 3AARA 2BTFA 3G6EN 4BDPA 2WC9A 2UYTA 4RW8A 3KK7A 5J2PA 3O9TA 1SAZA 3HZ6A 1L5UA 3BDPA 1SZ2A 4Z4HA 3U4LA 5KRSA 4JS5A 4AM7A 4JKGA 3RR8A 4AM6A 3AA2A 1BI4A 1X3NA 4OKKA 1S1VA 2RHKA 5AZIA 4J8FA 4DCHA 2ZQBA 4WFAL 4HUGA 4CF2A 3HBTA 4BR2A 4AHCA 3E9PA 4BRGA 5KPTA 3VQEA 1RBSA 4A2AA 3CG7A 4B3RK 5MLCQ 2P9NA 4DG1A 1XI1A 3EEQA 4KHNA 2WOMA 4JRQA 4RW9A 3HOSA 4L3QA 1KAZA 4L8RB 4CHQA 1RDBA 3O1WA 1RDUA 4BRAA 3NVKA 4NCAA 1NOZA 3VQ4A 3FE1A 5C10A 5HRPA 3WQTA 2NRRA 4BRPA 4DQSA 4C1NI 1LWCA 4FO0A 3S41A 1HX1A 4IXCA 4EP5A 3I55N 2UUBK 4B3SK 3CETA 3K5OA 3OA9A 3P1GA 1JCGA 1QVFM 1D5AA 1HKGA 3ZSWA 2PYJA 3WEEA 5AR0A 4HCBA 1V4SA 1D4XA 4CZKA 2E2PA 5C42A 1YJ9N 2Z1IA 3TI0A 4Z4GA 1VSHA 3A5OC 4E1NA 3DLLL 5AQUA 4DKWA 5ADXH 2YI1A 1CLQA 2DY4A 3EY1A 3IFRA 5LJVA 4E7JA 1I3AA 3CJCA 1X3MA 4CD1A 5EX5A 3ZETB 1XQSC 1RNHA 3B8AX 3HSCA 3K5MA 4BACA 2D0BA 4Z4EA 1NJIO 1MWMA 1U2VA 1UOCA 4U67L 3P38A 3G0ZA 4KHQA 5T7BA 4FZYA 4B1UB 1NG9A 4LD0A 2P9IB 1ZBFA 4WF9L 1O1WA 4JK8A 1M1KO 1YJWN 5AZJA 1GOAA 1TK5A 2GV9A 2QWQA 2CH5A 3EZWA 4CJSA 3MEEA 3RMDA 3J81O 1BCOA 5FRMA 2YHAA 3RVCA 1JL1A 2CGJA 3HPHA 3WXMB 4R79A 4M3YA 1GLJO 1QTMA 2YV0X 4M7YA 5BR8K 4C8LA 1B9DA 1BL3A 1QQNA 3V1OA 1J5EK 2LSNA 4JKGB 5CHIA 3SUQA 3AY9A 4UQGA 1YITN 2Z1JA 4JK7A 1XNQK 3OS0A 1KTQA 4FPAA 1Z25A 2GELA 4N47A 4FLVA 1QQOA 1ZXOA 1S6QA 3E1YA 4YDUA 5AZIB 2W42A 4DR4K 4FJ5A 1WAFA 3KK1A 1LWEA 3IDHA 2ATQA 3AVFA 3OW2M 1NK4A 1U04A 4AHVA 2G8FA 5KQ8A 4YHHK 1LAVA 1NGBA 3LDOA 2FLOA 4EFHA 3QINA 3VGMA 1GLAG 2P9NB 3VQCA 5JLFA 1VQLN 3G10A 4H4OA 4X64K 5M1NA 1JXEA 2RF2A 2YHBA 4CGGA 3CMAN 1GOCA 3U9DA 4B3MK 4LF4K 4AHTA 1K8KA 3OBWA 4X66K 3AVNA 4UY8O 1S22A 3TAFA 1HJOA 3ENOA 4BR0A 2P51A 4CHPA 3AO2A 4IKFA 3HJFA 1DKGD 1S72N 1K8AO 3KWGA 5AQJA 3LP0A 4IDHA 5HBMA 1J9AA 5C12A 3D6RA 3THXA 4J2DA 3OYKA 4DV7K 3V9XA 3KVGA 5ADXA 2Q31A 1BIZA 3TR8A 2P9LB 2ZF5O 3G71N 3H1VX 2P9KA 5EVZA 4DU3A 2F96A 3O4NA 4YOYA 1T6DA 4JKBA 1JLBA 2P9SB 4CI6A 4H0PA 4G1QA 3LZIA 2E1ZA 2Q0RA 4CJ7A 5AFUH 4CJ3A 1ZBLA 3FZKA 1Q82O 1VSJA 2UUCK 3LAKA 3ZEUB 3I8DA 4A5AA 4IO9L 4DUYK 1JLGA 4H0VB 2PZSA 3NF7A 4N41A 4I9LA 2E4LA 3OJUA 1XNRK 3C7NA 4OJRA 4JI5K 2Q1NA 4FWSA 4AILC 1I94K 3O9SA 3WNFA 3QMLA 4CEQA 2O8BA 2JLEA 3VQPA 3LP3A 3S3MA 4OPAA 3H3NO 4FJIA 3ZLJA 3QESA 3K5LA 5AQNA 3TABA 5AZJB 4F3OA 3OHRA 3VMFB 4GV3A 3FZFA 4K0KK 1IKXA 3AO5A 3U9ZA 1ZBUA 5EXWA 1T03A 3H1QA 4CJUA 4ILHA 1J53A 4BR7A 4CVNE 1IJJA 1KLMA 1BGXT 5HOOA 4BY9C 3LM9A 4KHUA 4H4MA 3RTVA 3HL8A 3F5TA 1Q9XA 3U8XA 2G8UA 4LY7A 1GLDG 4GW6A 1JLQA 1BOTO 3S3OA 1UWBA 4CIFA 2HOEA 3ZT0A 1KFSA 2QKKA 3AV9A 4RTFD 4W5TA 4JKHA 4OPHA 4JI2K 5FRNA 3CCMN 5AQHA 2E20A 1BG3A 4FZXC 3ZT1A 3C0BA 4ZTJA 4KTZA 1TK8A 1YAGA 5JMVA 2XY8A 1L3TA 2UXBK 1VQ5N 3CXCM 3CCLN 5BRFA 3VEWA 1Q18A 4M7XA 4CJ5A 5GINA 3QEWA 1HR0K 3P31A 3QFUA 4BC3A 2QKBA 2V51B 1NKCA 1UA1A 3L3VA 4FWMA 5KGWA 3THXB 4Z4IA 3TARA 2GTDA 1DTTA 4F8RA 5AFUA 4K8ZA 3PO5A 1SL2A 4B9TA 3M8RA 2P9KB 1FJGK 2UUAK 3SLCA 1XMQK 3HVTA 4CIGA 1NGGA 2VYPA 3PY8A 2QWRA 4M3ZA 5LL6Z 3AVLA 4CJQA 3OS1A 4CJ4A 4DSFA 4BWMA 3S3NA 3C6AA 1IG8A 4BRDA 3PV8A 2F9TA 3NF9A 1BCMA 1HNIA 4E1MA 3SCXA 1ATNA 3GG4A 1NK0A 4PY5A 2O8BB 3K2PA 4IWVA 3UKUA 5FDLA 3CFOA 4DSLA 3LDSA 3N4QA 1N33K 3CM5A 2G8IA 1L3UA 2Q2RA 3H08A 3R6MA 3DAWA 3CC7N 4CJTA 1NGDA 1XHXA 1WN7A 4X65K 3W0LA 4BC5A 2ZD1A 2HSTA 3SK3A 1N5YA 1YVNA 2RN2A 4BRCA 4KTQA 3A5LC 4OO1J 3PX4A 2VG7A 1NGIA 2OZSA 2GUPA 2PYLA 1KVCA 1A5XA 4FJKA 2F8TA 1TL3A 3DLHA 3NBPA 3WXKA 2JGUA 3M8SA 1EO1A 3SAGA 4DQQA 3M8PA 2A1SA 2CGKA 3NF6A 3VGLA 3O3HA 1E4FT 2P9UB 2W41A 3JS6A 4O5FA 3A5MC 3VOVA 3HSTB 4BRMA 2ASPA 4Q0BA 3ZSXA 3JXUA 3P39A 3THWB 3AVIA 3O9QA 3VENA 4E7KA 3AVBA 4RW4A 3RSEB 4A62A 3TAEA 1T05A 4Y0WA 2HNZA 2NRXA 3NVMA 3ZSQA 4ZTFA 4FJ9A 2PFUA 1KLNA 1BU6O 3KKSA 4KBOA 4J2AA 3O3FA 4CESA 4HVJA 1TUYA 3V1RA 3PIPL 4F4KA 3TTDA 1IBKK 1NJXA 2V52B 3MN5A 1RT1A 4NLBA 2VCPA 2YNGA 4MFBA 3AVGA 4BGAA 4DR5K 1DT9A 2XY7A 2Q0UA 4ICLA 3TSUA 1QE1A 3MXIA 2P9PB 1Q7YO 5BPNA 1K73O 5BRHA 3PX6A 4M3WA 4M42A 4ISEA 2A1RA 1EXQA 2OPSA 4JI8K 4DR1K 4QS9A 3NGIA 3O08A 2QEXN 4B9UA 3KLIA 5FPMA 4CJPA 1IH7A 3M8QA 4BVPA 1HQEA 4CBWA 2X74A 2Z1HA 4DQRA 3K0SA 2ZJRL 4E89A 2GBZA 3AA5X 1RBUA 1TV6A 2B6AA 4IOCL 1N6QA 2I7NA 2HHUA 4JI4K 2O8FA 4PQUA 3MECA 2IDOA 3QO9A 2VWKA 4LFAK 3QETA 5KGXA 3LWLA 4DSIA 4FK2A 1D8YA 4LF7K 2WONA 2QXLA 2YNHA 1EWRA 3KKRA 3RRHA 3O4WA 5F2RA 5HRNA 1GLEG 1W0HA 3MDQA 4BRHA 2OA8A 5AQRA 2X6NA 4BREA 2ETJA 2O4GA 4BR4A 1IG9A 1MWKA 1CXUA 5GIPA 2OPQA 2FF3B 4F9OA 1NU0A 1FK9A 2I7PA 5CR4A 1WBDA 2EX3A 4GVEA 2OPPA 5HRSA 4GNIA 4DFPA 4WFBL 4OPJA 1VSLA 3D45A 4AHSA 4CGFA 3VEZA 4JD2B 3NFAA 4FK4A 5FROA 1RTDA 1YJNN 1HUXA 3LAMA 2HHSA 3SYZA 3GE1A 3QNNA 3T1AA 2VWBA 2ZWHA 5M1KA 4MO4A 1OVYA 4DHYA 2KQ2A 4H5VA 4BQLA 4H03B 2P9IA 2FF6A 3QLHA 4FLTA 3VEVA 3VPZA 3WNHA 3ZYYX 5FLXO 4F2SA 1NJWA 3K59A 4JKAA 2O8DA 2VGNA 3DWLA 4K42A 1SV5A 3D2EB 1SS6A 2VG6A 3L2QA 1KFDA 5DK5A 1SKRA 1VQKN 3P83D 3TSPA 1IV0A 2IVPA 3OYBA 3V9SA 2IIRA 3KD1E 5JICA 2WTUA 4JKEA 3T69A 3VA0A 4KO0A 4GV9A 5KTQA 3IUCA 1RT5A 1NMDA 3VN5A 4RWTA 1BO5O 4QS8A 1LCUA 2QTDA 4CJEA 4FOEA 3I33A 5BPMA 3VTHA 2BH1A 3THYB 4B08A 4KAZA 2PY5A 3HXMA 4DV0K 2ZJQL 1NJYA 1C1BA 4CBXA 3MN7A 3TAGA 1NLVA 4O8KA 5EOYA 1RILA 3MK6A 1KRPA 1OH7A 4FK0A 4PL7A 1TAQA 2HHTA 4B8CA 2QI2A 1LWFA 1IBMK 4YFUA 3K9KA 1NM1A 4K25A 1YXQA 1VSFA 1QZ6A 3IS9A 3SI6A 4FLWA 3OYMA 4B9SA 1QQMA 4OKJA 5DMRA 3DLGA 2O8FB 1JJ2M 1LW0A 4JKFA 5DM7L 4KH4A 3C94A 4IEEA 3NH2A 4AF1A 2E6MA 1HPMA 3CPWM 1SQKA 1RTJA 3JAMO 3PIOL 5AQIA 4DB3A 3LDPA 4FYDA 4B3TK 4E19A 1CZAN 3VETA 2P9LA 2ITMA 2G8VA 3CI5A 2KFNA 1T3VA 4KB0A 3AVJA 4DLEA 3HP6A 4XH4A 4OKEA 2P9SA 4CEFA 2IC3A 3KLFA 3D0PA 2YHYA 1NK5A 3HP9A 5AQSA 3ZEUA 3L6QA 3M5RA 3OYCA 2WFBA 4JV5K 4KREA 4HUEA 2BDPA 1TK0A 3LPUA 4CK1A 3VQ9A 4W5QA 2ITGA 4KHWA 3L2VA 2G8HA 4LC9B 2JWKA 4U7BA 3L2UA 3SMPA 4LSNA 3IAYA 4M3TA 1JCEA 3SV4A 2A41A 3ISNC 4WQ4C 2XY6A 4XH1A 4FJMA 4W5RA 2GUIA 4PKGA 1WNSA 2NRTA 1NGEA 3VEXA 3CCVN 4V19S 3AVKA 2UU9K 3MX5A 5CZ1A 2KLAA 2D5RA 2O8DB 4QOZB 3A0IX 1RCHA 3TAMA 5LMNK 3DI6A 2GWJA 4HWIA 1LW2A 3WUHA 3ITHA 4JRPA 5IWAK 3BP8A 4FXDA 5C15A 3TPQA 4DS5A 1BA1A 3O9RA 4CEBA 2B5JA 3D7EO 3VQDA 1VSMA 4DR7K 5GADP 2DFFA 4BDZA 1K6YA 3ZX3A 4KPYA 3TAPA 3FFKB 3NF8A 1XWLA 3FZLA 3SNNA 1DTQA 4FJGA 4MDAA 3NCIA 1S1WA 4I6MA 4CZMA 5HL7L 4LF8K 1VQPN 3MN6A 3R8EA 3M1FA 4AH9A 3PSFA 1S1XA 3ZSVA 4BR9A 4H8KA 4DTOA 3RMCA 1BWFO 1VHXA 1OH5A 1GLBG 4GMJB 3T19A 4N76A 2QWMA 4DTPA 2P5GA 3BGRA 4QAGA 2JWLA 3SQ0A 3F9KA 3CC4N 4KHSA 3LPTA 4O5BA 1VSIA 4DTMA 3EO3A 4XIUA 4AHRA 5E41A 4CHOA 1KCFA 2V7YA 3CQ8A 5HP1A 2E2NA 1VSDA 3QBXA 4KH5A 3JSMA 4FLXA 1NK7A 5AQKA 4O4GA 1CZBA 2NRWA 1RT6A 1WSIA 1UAXA 5KRTA 1Y64A 3HT3A 3OJSA 4JI7K 3AVAA 4DTSA 5FPNA 2KZMA 5AQPA 2NLXA 4H0TB 1GLFO 1EP4A 1GLLO 4W5NA 4CK3A 3HM9A 1VQ6N 3ATVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2OTJ N;  3CCQ N;  1VQK N;  1VQ7 N;  2QEX N;  1N8R O;  5MLC Q;  3G4S N;  5GAE P;  3CD6 N;  3CCV N;  1YIT N;  1K9M O;  1VQ6 N;  1Q81 O;  3CCE N;  1YI2 N;  5GAH P;  3CCR N;  2ZJR L;  3OW2 M;  1Q86 O;  4IOC L;  2ZJQ L;  1VQL N;  3CC7 N;  3I55 N;  1ILY A;  3CMA N;  5JVH L;  1KC8 O;  1M90 O;  5GAD P;  1QVF M;  4UY8 O;  3CCJ N;  3CME N;  1KD1 O;  4WFN L;  5H1S Q;  1S72 N;  1K8A O;  1YJ9 N;  1VQO N;  1KQS M;  1JJ2 M;  3CCM N;  2OTL N;  5HL7 L;  3DLL L;  5DM7 L;  1VQP N;  1QVG M;  3CF5 L;  3CCS N;  2QA4 N;  3CPW M;  5JVG L;  3PIO L;  4WFB L;  1W2B M;  5GAG P;  3G71 N;  1VQ5 N;  3J7Z O;  3CXC M;  3CCL N;  1VQ4 N;  3I56 N;  1VQ8 N;  3G6E N;  1YIJ N;  1YJN N;  3CCU N;  1NJI O;  1Q82 O;  1YHQ N;  4U67 L;  3CC4 N;  4WCE L;  2ZJP L;  4IO9 L;  5DM6 L;  4WF9 L;  1OVY A;  4IOA L;  3CC2 N;  3PIP L;  1M1K O;  1YJW N;  1VQM N;  1VQ9 N;  1VQN N;  1Q7Y O;  1K73 O;  4WFA L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4CJR A;  3J7A P;  4CJW A;  4JNE A;  1IBL K;  1D9D A;  1N32 K;  3CCQ N;  3AGK A;  2A3Z A;  3C6T A;  3SBG A;  2HW3 A;  1S5J A;  1WLJ A;  2E2O A;  3M6G A;  3S9H A;  1GOB A;  4CF0 A;  1NK8 A;  3O4Q A;  1JKH A;  2HB5 A;  4YOW A;  1K9M O;  3UKU B;  3CJ1 A;  5SWM A;  3QEI A;  2YX6 A;  4E7H A;  2ZE2 A;  1VRT A;  4Y1D A;  4ILG B;  4J2B A;  3DYA A;  3ID6 A;  4RG8 A;  4CJF A;  3E66 A;  5ELZ A;  1BUP A;  1W97 L;  4C1N K;  4DF4 A;  1KXP A;  1QHA A;  5FPD A;  2Y1J A;  1SUQ A;  1TGO A;  2FBV A;  1VSK A;  5M1P A;  3IRX A;  4IFE A;  1YF5 L;  2X78 A;  3ULE B;  4M45 A;  2GWK A;  3CME N;  3K5N A;  3ZET A;  4CGJ A;  4FSV A;  2A6A A;  4RCH A;  4BDY A;  1BIS A;  1DLO A;  3FGU A;  3OS2 A;  1VQO N;  1NBW A;  3VQQ A;  5CYM A;  3VF6 A;  2IAJ A;  5AQM A;  3ZSZ A;  3I8B A;  3A5N C;  3KZB A;  5AQF A;  3CCS N;  4DSK A;  4GKJ K;  4NXM K;  3UIQ A;  3AVC A;  4CCH A;  1HNZ K;  4TSX A;  4CZL A;  1ATR A;  4IFV A;  3LDQ A;  5B8H A;  3I56 N;  4RW7 A;  3AAR A;  2BTF A;  3G6E N;  4BDP A;  2WC9 A;  2UYT A;  4RW8 A;  3KK7 A;  5J2P A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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