1KQSM

The haloarcula marismortui 50s complexed with a pretranslocational intermediate in protein synthesis
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A pre-translocational intermediate in protein synthesis observed in crystals of enzymatically active 50S subunits.
pubmed rcsb
molecule keywords 23S RRNA
molecule tags Ribosome
total genus 48
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1kqsM00
3CCLN 1M90O 1N8RO 1VQLN 3CCQN 3J7ZO 3CC4N 3CCJN 2OTLN 1ILYA 4WFNL 1VQKN 3OW2M 1YITN 5DM7L 1YJNN 2QA4N 1YHQN 1KD1O 3CCEN 1NJIO 3CCSN 3PIOL 1VQ8N 3CC2N 1S72N 3CCVN 1Q86O 1VQ7N 2OTJN 1QVGM 1Q7YO 3CMEN 1YJWN 3CMAN 4WF9L 4WFBL 3CCMN 1VQ6N 1Q82O 5H1SQ 3CCUN 4UY8O 1QVFM 1OVYA 5DM6L 3DLLL 1W2BM 1YJ9N 1VQ4N 3PIPL 3I55N 5GAHP 1YI2N 4WFAL 1VQ9N 1KQSM 1KC8O 3CF5L 1K9MO 5MLCQ 2ZJPL 3CC7N 1VQ5N 3CPWM 1YIJN 3CXCM 1M1KO 2ZJQL 1Q81O 1K73O 3CD6N 4IOAL 1JJ2M 3G4SN 1VQPN 4IO9L 1VQON 2ZJRL 5JVGL 4IOCL 2QEXN 3CCRN 3G71N 5JVHL 1K8AO 4U67L 4WCEL 5GAEP 3G6EN 3I56N 5GADP 1VQNN 1VQMN 5GAGP 5HL7L
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TAFA 3QINA 2P1JA 1XHZA 5HBMA 3AVCA 1JXBA 4NXMK 4GV6A 3P4IA 3CCJN 1I39A 3OYAA 1RT5A 4E1JA 4PHTX 4DU1A 4GW6A 1GLDG 1GLCG 1HX1A 5AQRA 4DQ8A 3ATUA 1TV6A 1WSFA 2HNZA 3VEWA 5AQKA 1RDDA 4LSNA 1S22A 1YTAA 5C2DA 4MQ3A 2KTQA 2VCPA 3CC2N 3AVNA 2Q2RA 2BTFA 4J8FA 3WNFA 3MDQA 5AZJA 2A40A 3VQ7A 1SZ2A 3LAKA 4G9ZA 3CM6A 3VEVA 3K5NA 3PY8A 5AZJB 3E9PA 3L2UA 4HCBA 4FWOA 1GLFO 2E20A 4OLBA 2B6AA 3NF8A 4LH4A 1T05A 4JKBA 2FXUA 3VQ5A 4WQ5A 3NF6A 3C94A 4Z94A 1L3TA 1OVQA 4ICLA 3K58A 1SKWA 3LZJA 3VQ8A 1X9WA 2YHWA 2QM1A 3V9UA 4ZTFA 1OVYA 5DM6L 5HOOA 4CF2A 2HOEA 3DLEA 1RBVA 4BRGA 1VQ4N 4ISFA 3A0IX 3UKUA 2BGGA 3U6FA 4BRKA 1J5OA 4I9LA 3V1QA 3UKUB 1NOYA 1ZBUA 3SV4A 1NJXA 3D6RA 3BF3A 3WT0A 3GDQA 2HVIA 4JI6K 1HYZA 3LWMA 3JS6A 2GX9A 1Q9XA 5AQWA 2YHYA 3EEQA 3OYLA 4CJUA 4YDUA 5AQUA 5BPNA 1RTIA 3QBXA 2OZSA 4YOVA 2D0CA 3SAFA 2P9IA 4EP5A 4JHDB 4OKJA 3I56N 3CYMA 4B08A 3KK7A 2P9IB 1ESVA 4DTPA 1EO1A 4GVEA 4FZYA 1LAVA 3OTOK 3NVKA 3VEOA 2AA4A 4GV3A 2VQFK 4O44A 1N6QA 4PA1A 1VQKN 1S9GA 1D9FA 3CERA 2QI2A 4LH5A 1HMVA 3KD5E 1H1VA 4EZ6A 2NLXA 3VTHA 1XQSC 4OVLA 5CY4A 5M1PA 3NE6A 4FZXC 3VTIA 5FPNA 3T1AA 4KTWA 3CHWA 3OJUA 1HPZA 2ITGA 2Z1IA 3FZLA 2YJEA 4DQSA 4IG3A 2YHAA 4CEQA 4LY7A 4M3RA 1REVA 4LFBK 3CFPA 1U2VA 3LDSA 1NGEA 2IIRA 4JK8A 4CFAA 1XMOK 1SKRA 1U2VB 4YOXA 2W42A 4CEEA 3CG7A 3ZETA 2QK9A 4FW1A 1NKEA 4CJEA 4J2BA 3TI0A 3EO3A 4YNQA 3L6QA 1J53A 3L4IA 3ZETB 1NK4A 3M1FA 2RE2A 3QO9A 5BPLA 1G99A 4O4GA 3PIPL 4FK2A 3B6PA 4CGIA 4E1NA 1YI2N 1EP4A 1U49A 4DV2K 3BZKA 1KXPA 2O8FA 5BN8A 3HYFA 1VQ5N 3SBTA 4DTMA 1RBTA 5LL6Z 3D45A 5LY3A 4BR5A 1K6YA 4CD1A 1NJYA 5AQHA 1NGDA 2YNIA 3PUFA 1YVUA 2KFNA 1UOCA 3J80O 1JLAA 3C65A 3BUZB 4IO9L 1VQON 4OPKA 1RT6A 4N56A 2ZJRL 4BRAA 4DMNA 3CFOA 3OJSA 4I9QA 1QE1A 4CZJA 3I8BA 2P51A 4EP4A 4FXDA 3T7ZA 2PYJA 5LMNK 3MWTA 1C0TA 2NRHA 1T6CA 3U9DA 4X65K 3LWLA 4GVMA 3CCLN 3NH0A 3CCQN 3TAEA 4PL8A 2E4LA 3CC4N 2D1KA 3BGRA 4E3SA 4F2RA 3LP3A 4QS7A 4FL9A 3VF4A 3HM8A 2KLAA 3O9QA 3BF1A 4MO5A 3QEWA 1TKTA 2GELA 4RW6A 1KFDA 1RT7A 2X74A 4CK1A 2D0BA 4YY3K 1U45A 5C24A 4BDYA 4ILJA 2WUSA 4O0IA 3KKSA 1WAJA 4DHYA 3JXUA 3SQ2A 3QEXA 4DQIA 4A5AA 1R0AA 4K25A 5IWAK 4JS4A 1QVGM 4B9NA 2FSJA 5AFUA 3SUPA 2VWKA 4LFCK 4FJ8A 1S5JA 4H0YB 1WAFA 4M3UA 1VQ6N 4PQUA 2F7TA 2OYQA 4BRDA 4CZGA 4OGCA 2XRIA 1S3XA 2O4GA 1J5EK 4Z4FA 1JCFA 3ZSOA 2FBVA 5AQSA 3HZ6A 1A5XA 4OPJA 1FXXA 1EXQA 3THYA 4CZMA 3KLEA 3OYGA 5J1EA 4EHUA 4DTOA 3V9ZA 4CVNE 3THYB 3NGIA 5F1XA 4BACA 3M5RA 4FJ9A 1M1KO 3UKRB 1T3VA 5SZTA 3VQQA 4JAXA 4C8OA 4FM0A 4DV4K 1QZ6A 3TTCA 2P5GA 5EU7A 1HQUA 3DLGA 4H4OA 5E26A 2AP1A 3SLCA 1RTHA 3PX0A 4GKKK 3O8MA 4FYDA 3O9UA 3HPGA 3E01A 3IFRA 3F9KA 3V1OA 5BR9A 3G6EN 3IG1A 3V6DA 5J2PA 4BRLA 1BA1A 1T6DA 3KHYA 1ZYQA 3DMJA 3OYJA 3C7NA 5HL7L 4OKKA 1J6ZA 2D0OA 2XY6A 5HROA 3THXA 3C7NB 4IWVA 3PO4A 4CZKA 1ITGA 3CJ1A 5GIOA 3THXB 5AQIA 1ZBHA 3OYMA 3K59A 4OPAA 1RBSA 2BANA 2D5RA 1DLOA 1NNEA 1TKXA 4ZTJA 1KAZA 2LSNA 2P9PA 3AO5A 2YNGA 4DLEA 4CJQA 3MN7A 3NGZA 3DLRA 3LDPA 2P9PB 2E2OA 2YJFA 4O8KA 1IO2A 4B9MA 5C2FA 3A5OC 1V4SA 3K9KA 3H45C 4CBXA 4CF9A 3QNNA 3WUHA 3DXMA 4E7IA 4K8XA 3DXMB 1O1WA 1U04A 3ZCMA 1L3SA 5AR0A 3HP9A 1HUXA 4BVOA 1VSJA 3R3LA 1T03A 3SZ2A 3Q7CA 4CEBA 2V52B 3KK3A 1TYQA 2UU9K 2DY4A 4KTQA 4CIGA 3AA3A 1TYQB 5E84A 1RTJA 1NKCA 5LJVA 1UA0A 4KREA 4H5VA 2JLEA 4IKFA 3C0BA 3ZSWA 4YOWA 3LDQA 1SQKA 5CZ2A 4H5WA 2X6SA 1NWKA 3OYDA 3EY1A 3ZX0A 2ZJQL 5LMUK 4ELVA 3DRPA 4CGFA 2XY7A 2HNYA 3TU5A 3SV3A 4M3TA 1VHXA 4IJAA 4DR4K 4EFHA 4JEPA 2YNFA 1QQNA 1HRHA 5JVGL 2KFZA 1LWCA 4OO1J 1BO5O 1VSDA 3PSFA 3AAQA 1LW2A 1NG9A 4WQ5C 3D0PA 3ENOA 1NBWA 3ENHA 3GE1A 5KQ8A 1X1PA 4LF5K 5CE3A 4ID5A 4KKOA 1BIUA 5JLFA 4JK7A 1LW0A 4RW7A 3TSQA 4NCGA 3MEEA 3ATVA 4B9QA 3MAQA 3IUCA 3G25A 1NU0A 4CZIA 4H8KA 3HVTA 1Q8IA 4EAHD 3ZSVA 1S9EA 2HNDA 1U4BA 2D0PA 4FLVA 2GBZA 2UXBK 1GLJO 1LCUA 5CZ1A 3KJVA 1VQ7N 2IAJA 4RWTA 2E6MA 3ZT4A 1NK0A 3QB0A 4DKWA 1KAYA 2CGLA 3QFPA 4YDUC 3NF7A 3MXJA 1T44A 1N32K 4WF9L 2OPRA 1ZBFA 1NJZA 4G1QA 3ID6A 3MCPA 3OYIA 4AM7A 3CCUN 1SS6A 3QETA 4DTJA 3AGKA 2A5XA 2B4JA 1NGJA 4JNEA 2HBMA 3ZSZA 3O3GA 4B9TA 3THVA 2QWRA 4CESA 1U6ZA 4DTNA 3BDPA 3L4QA 3VA3A 3D2EA 3EZ5A 3D2EB 3CF5L 1JKHA 3M8RA 2ZJPL 3CC7N 3DLHA 2DFEA 3VA0A 4JN4A 3WNGA 2DFFA 2JGUA 3C95A 4KHWA 1VSFA 1IBKK 1MWKA 3QIOA 3M8PA 4OGEA 3TAMA 2HW3A 4ISGA 3CQYA 1JLBA 4DQRA 1TGOA 4FLUA 1CXUA 1IJJA 3IRXA 3VESA 2P9UA 3K5LA 3VQDA 4Z4EA 4RG8A 1ASVA 4LF9K 4E89A 5SWMA 1JCEA 2E2QA 4CFCA 2P9SA 2P9UB 3ZSYA 5GADP 4F3OA 1XUPO 1WSGA 4CF1A 3H46O 1Z26A 5ADXH 5C10A 3J8AA 2RPIA 3RMDA 3LDLA 3LZIA 4DSKA 3NFAA 1NGBA 2GEMA 3CJCA 3O5BA 3SMPA 4F3TA 5DM7L 5M1OA 3TABA 2YCHA 2QA4N 5AFUH 3MXMA 3WXLA 5C25A 1WOQA 4BRNA 3CCSN 5A2QO 4H5RA 3DM2A 2V7ZA 3C6AA 4O0JA 3LL3A 4PWDA 2OTJN 1YVNA 1IH7A 2ZM6K 3QEPA 5DMRA 3QESA 4CBWA 4DSIA 2GWJA 2I5JA 4Z4CA 4HHTA 1EWQA 4K0KK 4CECA 4DFMA 1TUUA 1Z05A 3J81O 4FJLA 1CZ9A 1C0MA 2I7NA 2A3ZA 2NRWA 3NH1A 2V7YA 5I9EB 4BE2A 2G8HA 5BRHA 3HSCA 5BPMA 1W97L 2G8WA 2QWNA 2IOCA 4B1ZA 1VQ9N 2IS3A 1C0GA 1R59O 3L0QA 1VRTA 4BGAA 4H0PA 1ASWA 4FCYA 3VMFB 4W5TA 3HBTA 4MLHA 2QTDA 4FPBA 1TVRA 4FVMA 2UXDK 3SQ4A 1JXEA 5JS1A 4OX9K 4BRIA 3AVFA 2Z1HA 1UWBA 1VQPN 4JKAA 3PLAA 1BL3A 3O9SA 3UIQA 3MN9A 1GLEG 1RT1A 1MA9B 1HKBA 4I2QA 3H08A 3T3FA 4FWLA 1JLCA 4C23A 5AQJA 4L8RB 3F9MA 3AVHA 4CGDA 3GOIA 4UQGA 3AO1A 2P9KA 2CGKA 4J2AA 4U67L 4R5PA 4O5FA 1QSLA 1VQNN 5GAGP 4DG1A 4BRFA 4KB0A 1I3AA 3ENBA 1W7AA 4B3TK 3J7ZO 4CEZA 1ILYA 1KCFA 2E5LK 3TTDA 4EZ9A 3NAEA 3R1XA 3TTFA 1BISA 2BE2A 1C1AA 4IJNA 5J2NA 3HL8A 2CH5A 4CZLA 3DOKA 2B5JA 3MMVA 4BR7A 4N5SA 1Y97A 2FC0A 2UUCK 3KWGA 4K8ZA 1LWEA 2Q97A 5AQFA 2KHOA 4BC2A 4W5NA 3FE1A 4V19S 2RN2A 5AQZA 2VG7A 4MFBA 2IDOA 2IVOA 1XMQK 3CMEN 4ZHRA 3AO4A 2HBKA 3QICA 4BVPA 1E3MA 3NGYA 5KGXA 4O8UA 3AA5X 4DR1K 4E7LA 1RNHA 3A5LC 5FLXO 1OH7A 2QKKA 4KPYA 2KZMA 2Q0UA 2KZZA 4JKHA 2P9NA 3JYTA 4AQYK 3E66A 4JRPA 1QSYA 3RR8A 2P9NB 2PFUA 4A62A 1HLUA 3PX4A 1GLBG 5KPTA 1D5AA 5EXWA 1WBDA 4C8LA 4DU4A 4JLHA 3MCAB 2Z1GA 4Q0BA 1XWLA 3VQAA 3RRGA 2GWKA 4ILGB 3OYCA 1SV5A 4M63C 1RDCA 3CD6N 4ILHA 2NRVA 3H1QA 4PKIA 2AJQA 3ZYYX 4PKGA 2NZTA 1N34K 4DUYK 4H4MA 4DB3A 4FVUA 1NK7A 1GLAG 2E8AA 1OH6A 3AV9A 4BC5A 3HK2A 4F9OA 1YXQA 1BQNA 2O8FB 3KLFA 3HTVA 4M3WA 1BG3A 4QCLA 3KWIA 3VQ6A 4AM6A 3ZLJA 4B3OA 1WSEA 2O8EA 4I2PA 3RR7A 2OTLN 1UA1A 4KHQA 4IFYA 2G8VA 4B3SK 1HPMA 4B9SA 2O8EB 2ETJA 4Z4GA 1RGIA 1C6VA 4R79A 3RMCA 5ELZA 3LANA 3F73A 4JI3K 1DTQA 3GL1A 4JD2A 3SPZA 4BRQA 1EX4A 3PIOL 1HKGA 3OYFA 2A1RA 5KQDA 4DFPA 1DEJA 3O9TA 3RWUA 4JD2B 4FWPA 3DRRA 2FSKA 4GY2B 3OHRA 1UAXA 4CE9A 4FWRA 1W0HA 4KH4A 4CGHA 3SBGA 4BDZA 4A57A 2UUBK 5T7BA 4Z0UA 3SJJA 1QHTA 2W6LA 4FJHA 5TKWA 4BG8A 3NBPA 4DF8A 5H1SQ 1N5YA 4BRHA 1S1TA 4J2EA 3O08A 1LAWA 3VEZA 2HHSA 3NCIA 4IDHA 4IEIA 1XNQK 1D9DA 3N4QA 4AHSA 3O3FA 1YTUA 2PYLA 3ZT3A 2OPPA 1E4FT 4CJLA 4N76A 1X9JA 5AQQA 3AGRA 4DR2K 3IMXA 1D8YA 4DSJA 3GG4A 3AVMA 1C0UA 3MK6A 4DUZK 3OBYA 4CJKA 1WSJA 4FWMA 1IKWA 3DOLA 1RDAA 3VF2A 3BP8A 3SQ0A 1ZXOA 3EN9A 4FJIA 4FJMA 3SNNA 3HOSA 3CFRA 4FSVA 2Q36A 2QEXN 5DK5A 5JVHL 4DS4A 4DV6K 4B3MK 4H0XB 4LSLA 4F2SA 4DWIA 1X3MA 4BGBA 2YV0X 3KTQA 2Q3SA 4DV0K 1MWMA 2V51B 2CGJA 1HQEA 1A5VA 5KPRA 4W5RA 4WE1A 1N8RO 4NXNK 5EVZA 4IDKA 3SPYA 2FBYA 4ISEA 1VSKA 2NRXA 1LWFA 1RT2A 2YKMA 3C6TA 4CFDA 1U48A 3TARA 3I8DA 1HJOA 5HLFA 3DLBA 1IV0A 3AA4A 3I0SA 5M1NA 4IG0A 1BI4A 3CETA 3HP6A 3VETA 1S1VA 2UUAK 4K42A 3VF6A 1S72N 1BI4B 3ZSXA 3NVMA 5EX5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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