1KVA | Genus

Total Genus 51

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	51
sequence length	155
structure length	155
Chain Sequence	MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCAELARAAAMNPTLEDTGYQVEV

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__891592383089184__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__891592383089184__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1KVA/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__891592383089184__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"891592383089184","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1KVA/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__891592383089184__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Endoribonuclease
source organism	Escherichia coli
publication title	Proposal for new catalytic roles for two invariant residues in Escherichia coli ribonuclease HI. pubmed doi rcsb
molecule keywords	RIBONUCLEASE H
total genus	51
structure length	155
sequence length	155
ec nomenclature	ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date	1996-10-04

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00075	RNase_H	RNase H

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.420.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H	1kvaA00

4BWJA 1S1TA 3RRHA 4KI4A 3ZSYA 3AVGA 4CE9A 3WNGA 5J2PA 3C6UA 4F8RA 3SQ0A 3RMCA 3OYCA 3I0RA 1D9DA 4CHOA 4B9LA 1Y97A 2PYJA 4NCAA 2XY5A 3DLBA 1S6QA 3RTVA 3PX6A 1DLOA 3DMJA 4M3TA 4AHCA 1RT4A 4LH5A 1T05A 4FJ5A 2EHGA 1S1VA 4CHNA 3LZIA 5HP1A 3AO4A 4DQIA 1X9MA 1TAUA 3SUQA 4W5NA 1TKXA 2VWJA 1HQEA 3NHGA 3K57A 1DTTA 2OPPA 4DU3A 3QINA 1VSLA 1WSFA 1KTQA 3QEPA 1NJXA 1A5VA 1JLGA 1IH7A 4IFVA 2KZZA 1CXUA 2ZE2A 1VSMA 2GBZA 4L8RB 3SPYA 4CJQA 4J2EA 1HYSA 1SKRA 1EP4A 1LV5A 2DTUA 4KO0A 4FJLA 3SNNA 4KHUA 4M3YA 4OVLA 1VK0A 4CJUA 2X6NA 1C0UA 3O3HA 5HROA 3PUFA 3LP1A 3AO2A 4CEQA 4DSKA 3UIQA 4BE2A 2BANA 1WSGA 4HUFA 4DFJA 2YNFA 2FBYA 2IGIA 3KKSA 3VN5A 1C1AA 3M8SA 4FK0A 3HK2A 3V81A 1NK6A 4FVMA 2P51A 4WE1A 1VSDA 3JSMA 1ASVA 4E0DA 1CZBA 4N47A 2YKMA 3VQAA 1LWFA 4E7KA 1HYZA 2G8WA 1Z25A 4KTQA 1VSJA 1TK0A 5KI6A 3G10A 3S3OA 1RT2A 4CEEA 4BDYA 2QKBA 3IAYA 4KB0A 1Q9XA 3OYDA 1ZBHA 1HMVA 3I8DA 2DFEA 1KFSA 1D9FA 4KHYA 4OLAA 2ATQA 2OZSA 1RDAA 4B9TA 2DY4A 2X74A 1TAQA 1RT7A 1KLNA 1C0MA 4CIEA 5KRSA 2D0AA 1QSSA 1Z26A 3LZJA 2P5GA 1WAJA 2XO7A 3VQEA 4DFMA 4CGJA 3NF9A 3LP2A 4JRPA 3NFAA 3KLIA 1BI4B 4DTXA 3RMAA 1N5YA 1L3TA 1ITGA 1WN7A 5T7BA 2BGGA 3KLFA 1TL1A 4DTOA 1JLBA 4Q0BA 1BQMA 2RN2A 3P83D 1CXQA 1JLAA 3LDSA 1J5OA 2F8TA 4Z4IA 4Q5VA 3V9UA 5J2NA 3CFOA 3OS0A 3QNOA 1UOCA 3KD5E 1XI1A 3ZT2A 2PZSA 3KK3A 3AVIA 5J1EA 4DG1A 4DSIA 3SUNA 4KTZA 4FJHA 4Z4EA 3AVNA 4NYNA 4KHWA 4G1QA 4CJKA 3V9WA 3O4QA 3V9XA 4CJ5A 1ZYQA 3VA0A 2A1SA 5CY4A 2KQ2A 3PX0A 1LW0A 2ETJA 3ITHA 4FLVA 2HW3A 1NKBA 4N5SA 3QIOA 4DLEA 1HYVA 3V9SA 1IKXA 4B08A 4CJSA 3C95A 3VA3A 3NH1A 1ASUA 1IG9A 3PX4A 1QS4A 3TAMA 3QETA 1S1WA 4I9LA 2ZQBA 1A5WA 3K59A 3C94A 3I0SA 4FLWA 3L2VA 3AA2A 3K5OA 3OYMA 3MXJA 1L3SA 4MFBA 3VQCA 3OVNA 5K14A 4OKEA 2XY7A 1JLQA 1C1BA 1O1WA 4CF0A 4O44A 3L3VA 4Z4CA 1DTQA 4IG0A 3OYGA 3NAEA 3QLHA 4BE1A 3THVA 4KB1A 4ELVA 1I3AA 1ZBUA 3FFIA 4F2SA 4CJRA 1RBTA 4FJ9A 4CF2A 4MQ3A 4TSXA 4HHTA 4DF8A 3K2PA 4JRQA 3OS2A 4BWMA 4CEAA 4J2DA 1X1PA 4QAGA 3TAGA 2IAJA 3HP9A 1SKWA 1TKZA 1TGOA 4Z4FA 4Z4HA 3SV4A 1RBVA 1LW2A 2YHAA 1GOAA 2HNYA 4B9NA 1L3UA 4BDZA 4DF4A 1GOBA 1B92A 4XIUA 4KI6A 3AO3A 3MXIA 4NCBA 1LAVA 4OGCA 5C25A 3HT3A 2VG5A 4M3WA 1RT1A 1WSHA 2KW4A 1HNVA 3E01A 5CYMA 4CCHA 2KTQA 3VQ9A 1L3VA 3WNHA 4DFPA 4C8MA 2RF2A 1ZBLA 3OJSA 4M3XA 1FXXA 4AHVA 2B5JA 1X9WA 3PY8A 3OYEA 3RWUA 5FROA 4I9QA 1IKVA 3NGYA 4E1NA 4QOZB 4BDPA 4FYDA 4H8KA 4CHZA 3CFRA 4CGGA 3B6OA 3P1GA 4EP5A 1QSYA 1NK4A 4DQPA 3HPGA 4NCGA 4N56A 4FLZA 5I3UA 3QERA 4M41A 4IFYA 2GUIA 1KVCA 1TKDA 4CJWA 4O0IA 4DSEA 4B8AB 2FBTA 4CK3A 1SL2A 3WNFA 2RPIA 1NJZA 4FJMA 2NUBA 3S3NA 5J2QA 3NE6A 4BACA 2HB5A 4CHYA 4OPKA 3L2RA 3NCIA 5D3GA 3TAEA 4C8OA 4GVMA 1JXEA 2GV9A 4W5RA 4DQRA 4FXDA 4CFCA 4KFBA 1JL2A 4E1MA 2HHQA 1KVAA 1VSIA 3M8RA 3ZSWA 2D0CA 1KRPA 1QQCA 3S9HA 3HPOA 4OJRA 4K8ZA 1W0HA 4AH9A 3P5JA 3VQPA 1QE1A 4LY7A 3QEVA 3HYFA 1UA1A 2G8IA 4FZXC 1FKPA 2OPRA 4GMJB 4ID5A 1A5XA 4M45A 3RMBA 1GOCA 3TI0A 2O4GA 2D0BA 3OYAA 3DLEA 2HNZA 3KLHA 3VQ4A 2OA8A 4FW1A 3O3GA 1K6YA 1RBSA 4KHSA 4I7FA 1BISA 3OYKA 3MAQA 2D5RA 1EETA 2VWKA 2VG7A 2EX3A 5JS2A 3KD1E 1NK9A 5HRPA 1BL3A 1QTMA 3SUOA 3DLHA 4FJGA 2HHWA 2HHVA 2G8KA 1JLCA 4HTUA 3ZSZA 3KJVA 1RBRA 3EY1A 1U4BA 3SJJA 1JLEA 4DTSA 3DLGA 2FC0A 4H4MA 2DFHA 2JGUA 3AVMA 5EU7A 3L8BA 4CJ4A 3A2FA 1WAFA 3QEXA 1C6VA 3B6PA 1YTAA 1HPZA 1VRTA 2YV0X 5FDLA 4CFBA 5C42A 4M42A 4M3UA 1TL3A 2YHBA 3AVKA 4Z4GA 4FJIA 4E7JA 4IKFA 2G8UA 4QCLA 4JS5A 5C24A 4FK2A 3HP6A 1TK5A 2PY5A 5CZ1A 1RCHA 4ZHRA 3VQDA 1YT3A 4DLGA 4CIFA 4BE0A 3TAPA 3QO9A 4FW2A 4F3OA 3DYAA 3VQ7A 5HRSA 4Y1CA 1XC9A 4O0JA 3DRRA 3CM6A 4F4KA 2YKNA 1RTDA 3F73A 1BGXT 2Y1JA 3M8PA 4AHTA 1XWLA 4CIGA 4CEDA 3OS1A 1NJWA 3V1RA 4CJPA 1KFDA 1EKEA 1TKTA 2Z1IA 3PV8A 1NOYA 3ZSRA 5KRTA 2Z1GA 3VQQA 1NOZA 4B9UA 3DM2A 3K5MA 5HBMA 4W5OA 1D8YA 2IDOA 5HLFA 2E4LA 5E41A 1ZBIA 2OPQA 2X6SA 4DTJA 4CEZA 3TAQA 1JL1A 1FKOA 4DTPA 1NK7A 4IDKA 2WONA 4CF9A 1RDDA 4DTUA 1NK5A 1NJYA 3U6FA 3AV9A 1U47A 2A1RA 1JXBA 1RT6A 1EX4A 4OKKA 5DK5A 3CG7A 5SZTA 2XY6A 4CGFA 3CYMA 3MXMA 4AHRA 1NKEA 2WOMA 4CJVA 4DMNA 4W5TA 3AO1A 4FM2A 3AVCA 4CF8A 1SKSA 1Q8IA 3ASMA 2BDPA 4CK1A 2HHUA 4B9MA 1VSKA 4CK2A 3OYBA 4RW4A 3HO1A 3LAMA 4PUOA 4CJ3A 4CF1A 2KFNA 3JYTA 3OYIA 4E19A 1X9SA 3MECA 4I2QA 1T8EA 2XHBA 2P5OA 2JLEA 4KRFA 1RILA 2F8SA 1WSJA 3O3FA 4OLBA 3VQ8A 1QSLA 1JKHA 4RW6A 3HVTA 4OGEA 3TWHA 5I42A 3LPUA 4FLYA 3QIPA 3L2WA 4ELTA 3KKRA 3AVLA 3KK2A 1KVBA 3ZSVA 1RT5A 4DTNA 3V4IA 1RTHA 3NDKA 1B9DA 3KTQA 1WSIA 3L3UA 2YNGA 3H08A 3NF6A 1R0AA 2OYQA 4LSNA 4FJXA 4H4OA 4CGIA 2XRIA 1BQNA 1CLQA 4DWIA 3LANA 3AVBA 2E6MA 4FLTA 2RKIA 2X78A 4C8LA 3LP3A 1RDCA 3VQBA 2ZD1A 3T3FA 1BI4A 1S9GA 3K5NA 3KIOA 3TABA 2AJQA 3OYJA 4YFUA 4B8CA 4PA1A 4NYFA 4CFDA 3IG1A 1IKWA 4HUEA 1RTJA 4DU4A 2IS3A 3RR7A 4FJNA 1UWBA 3HJFA 1HRHA 4RW7A 4FJ8A 3QNNA 4KAZA 3VQ6A 1RT3A 3ZT4A 1UAXA 1S1XA 5KGWA 3DOKA 3DRPA 5KGXA 2P1JA 3KLEA 4CHQA 2R7YA 4DTRA 2QKKA 4O5BA 3ALYA 2HHXA 4CEFA 4E3SA 3L2UA 3TARA 4I2PA 3HXMA 4KTWA 1FK9A 1WLJA 1VSEA 3AVJA 4CESA 3VQ5A 4PY5A 1B9FA 1U49A 3QESA 1S5JA 3D45A 3KK1A 4K8XA 2Y1IA 5HRNA 3SV3A 3SQ4A 1RTIA 3SI6A 2G8HA 4CGDA 2G8VA 4J2BA 1F21A 2OPSA 4HVJA 2LSNA 3DLKA 3M8QA 2YNIA 4IG3A 3OYFA 4E7LA 3D0PA 4DFKA 1D5AA 4ZTFA 4B9SA 4FZZA 4J2AA 3T1AA 2G8FA 1I39A 4KV8A 4DTMA 4PWDA 5HRRA 1NK0A 2VG6A 3EYZA 1YTUA 4OKJA 3ZSXA 4CHPA 5CZ2A 4EP4A 3RRGA 1TVRA 3CFPA 1T03A 4CJFA 4CJLA 1KCFA 2HMIA 2DFFA 3IRXA 5J2MA 2QK9A 4ELUA 2PYLA 4B3OA 4CEOA 1U45A 4RW8A 3LWMA 1TK8A 5JS1A 2E6LA 3HSTB 3LPTA 3EZ5A 4HCBA 4PQUA 3S3MA 4JLHA 1KSPA 4DSLA 4FLUA 5DMRA 4ID1A 4RG8A 1TV6A 2QXFA 1LWEA 4GW6A 4DS4A 1MU2A 3AA4A 4W5QA 4DSFA 5FRMA 1BCMA 3U3GA 4C8KA 4CGHA 1BIZA 2FBXA 3G0ZA 4OPJA 3LWLA 1SV5A 4FJKA 1VRUA 4DU1A 4FJ7A 1S9EA 2Z1HA 3PO4A 3CQ8A 1SUQA 4UQGA 4O4GA 3OYHA 1RDBA 3U3YA 1N6QA 3OJUA 3TANA 1U48A 3RMDA 1J53A 4FLXA 3HPHA 1WSEA 4KREA 4AHSA 2O4IA 4F3TA 3AVAA 1VSFA 1J54A 3DLRA 4LH4A 4E89A 2B4JA 3AA3A 3LALA 4FCYA 3SQ2A 1T7PA 3WNEA 1L5UA 4F2RA 3DOLA 3OY9A 4FZYA 4Y1DA 4LSLA 1C1CA 3LAKA 1RBUA 2HNDA 4CJEA 3KLGA 3HM9A 1BCOA 2I5JA 1CZ9A 4KKOA 4CERA 1QHTA 4YNQA 4CECA 1NKCA 5CYQA 1KLMA 4Z0UA 3LP0A 3MEDA 1G15A 3L2QA 3V1OA 3SZ2A 4E7IA 3NGZA 3RR8A 1UA0A 2IC3A 2Z1JA 4DQQA 3QEIA 3AO5A 5SWMA 2YNHA 3ZT3A 1SL1A 3PO5A 1LWCA 4HCCA 4KHQA 2HVIA 2BE2A 1HJRA 3ZT1A 3AVFA 4N76A 4R5PA 3OYNA 3ULDA 2KZMA 3OYLA 4AILC 4CJTA 5KTQA 4FJJA 4DS5A 3HVRA 4B9VA 2FBVA 3T19A 1XHZA 3AVHA 3BDPA 4CEBA 1C0TA 1BIUA 3SUPA 3K5LA 1HNIA 1IKYA 3QEWA 2OZMA 1WNSA 3F9KA 3NF7A 4EZ9A 4KHNA 4DQSA 3NH2A 1YVUA 1RNHA 4E7HA 2HVHA 1IO2A 1SL0A 2XY8A 3MEEA 3ZSOA 3BGRA 1S6PA 3MEGA 4LD0A 4ICLA 4EZ6A 3NBPA 4FM0A 3SPZA 1ZBFA 3K58A 1S1UA 3O4NA 4O55A 4M3RA 2KFZA 5FRNA 1LAWA 1ASWA 3V6DA 3IS9A 4KPYA 1HQUA 3TR8A 2W42A 3CM5A 1JLFA 2HHTA 3ISNC 3TAFA 3NF8A 1U04A 3AA5X 3DRSA 2B6AA 2F96A 3HL8A 1VSHA 4IBNA 3ZCMA 3ZSQA 4AHUA 1BHLA 3NH0A 1REVA 3DI6A 4HUGA 3SYZA 3SCXA 4C8NA 4ZTJA 4JS4A 1NK8A 3V9ZA 1J9AA 1EXQA 1Q9YA 3NGIA 2IOCA 4N41A 4CFAA 3C6TA 2ITGA 2Q3SA 2HHSA 1W9HA 4RW9A 3V1QA 4FK4A 3SQ1A 4DSJA 1XHXA 3ZT0A 4FM1A 4M3ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1KVAA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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