1KVBA

E. coli ribonuclease hi d134h mutant
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCHELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Proposal for new catalytic roles for two invariant residues in Escherichia coli ribonuclease HI.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE H
molecule tags Endoribonuclease
source organism Escherichia coli
total genus 54
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1996-10-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1kvbA00
2BGGA 3V81A 2PYLA 2IDOA 3V9XA 1HYVA 2IC3A 2QXFA 3AA5X 3AO5A 4FJ8A 1HYSA 1B9FA 2RF2A 4DMNA 1RNHA 3RWUA 3QIPA 1RT5A 5J1EA 3T1AA 4CFDA 3OYFA 1EX4A 1TKZA 4CEAA 4MQ3A 4Y1DA 1QQCA 3LALA 4O0JA 4CJ3A 4CK3A 3V9SA 2ZE2A 1QE1A 4DU1A 4FJ5A 3HJFA 3TI0A 1WAFA 2IOCA 4CEZA 1QSYA 3IAYA 4CHQA 3OJSA 4PUOA 3DM2A 3DYAA 5FROA 4N56A 4E7IA 1WSJA 3QNOA 3SPZA 3VQQA 1NJZA 4PY5A 3SUOA 1FKOA 1IO2A 1R0AA 5KTQA 1ZBUA 1TV6A 4GVMA 2O4IA 1X1PA 4FM2A 1ZBFA 3KTQA 2P5GA 4DQIA 4HCCA 1HYZA 1HQEA 4BWJA 4W5QA 3MEEA 4FW1A 4LSNA 4CJKA 3QESA 2IAJA 4AHSA 2BE2A 1U4BA 4RW9A 4DG1A 2XY6A 3P5JA 4AHVA 3V9ZA 4C8MA 3L3UA 4N5SA 1NJXA 1JLQA 3VQCA 1J9AA 4MFBA 3ZSQA 3NE6A 1C1BA 1L5UA 1U48A 3MEGA 3VQ8A 3QINA 4I2QA 4CGHA 1IG9A 1LWCA 5SZTA 1KVCA 4RG8A 1WNSA 1RBTA 3K5OA 4DF4A 2Z1GA 1TK8A 4OLBA 3AVFA 3AVIA 2FC0A 4AHUA 4B8CA 2VG5A 3HPHA 2A1RA 3B6PA 3C94A 4IG3A 1L3TA 2FBYA 4LY7A 3OYIA 1JXEA 4CCHA 4AHTA 4EZ9A 4FJMA 2DFEA 4G1QA 3KLHA 4FZYA 3VQDA 3SJJA 3I0RA 1L3UA 4KPYA 3MXMA 1W9HA 3PO5A 1TAUA 5HBMA 4CECA 3OJUA 4IFYA 3VA3A 2KZZA 1KCFA 2HHXA 4DTUA 4TSXA 4LSLA 5CZ1A 3L2RA 1NK7A 4HUEA 4FCYA 3PX4A 2X74A 4CESA 4OPKA 3M8SA 3HVRA 3S3NA 3AVGA 4CHOA 1QSSA 4Z4FA 2OPPA 4M3RA 1RDBA 4KTZA 3TAGA 4CEQA 3PX6A 1NJYA 1T03A 4QAGA 2X78A 4KHYA 4FK4A 2ATQA 4CHZA 1L3SA 4PWDA 1D8YA 1KTQA 3TR8A 3ZSZA 4CJEA 3A2FA 1BL3A 3HVTA 4CJTA 3KK3A 1JL1A 2XY8A 4H4MA 4JRQA 2E4LA 1RDAA 3DOLA 3LPUA 3LAKA 4OKJA 5CYQA 4E0DA 1BQNA 4OKKA 4CF8A 3QEPA 4N41A 4W5OA 4O55A 3OY9A 2WOMA 3CYMA 4CIFA 4FLZA 4DLEA 3VN5A 1S1WA 3AVHA 3AO3A 2GV9A 3DRPA 2HHUA 3SQ4A 2HVHA 3NH2A 4DTSA 2HNDA 3KK1A 2Y1JA 3IRXA 3OYGA 1C6VA 4HHTA 1YT3A 4R5PA 3I0SA 1KVAA 3NCIA 3MXJA 1DTTA 2HNZA 3DMJA 4FZZA 1VSEA 4JS5A 3P1GA 4KHSA 5J2PA 2VG7A 4M45A 4DSKA 1SKRA 1VSMA 3LAMA 3V1OA 3EZ5A 4BDPA 1ZBHA 3CG7A 5CZ2A 2IGIA 4HUGA 4DQSA 2VWKA 2QKKA 2KZMA 4DTOA 2YHAA 3K57A 4E7JA 4CJRA 4DS4A 2KQ2A 1T7PA 1FK9A 3NDKA 4J2DA 1BCMA 4CGFA 4CERA 4L8RB 4FJLA 1BI4B 1NOZA 4RW6A 2DFFA 1U47A 4B9TA 1VSDA 4E7KA 3V9UA 1U45A 4BDYA 3PO4A 1YTAA 1ASUA 1S9EA 1S6PA 2VG6A 1EXQA 2Z1JA 1X9WA 1Z25A 3EY1A 4C8OA 4Z4GA 4BACA 3VQ9A 2GUIA 3F73A 5J2MA 1WN7A 3VA0A 3AO2A 1BCOA 1RT7A 2XRIA 3KIOA 4CF1A 4O44A 4N47A 5E41A 3CFPA 3S9HA 4ELTA 1JLFA 1XWLA 1UA0A 1IH7A 1D5AA 1KRPA 1T05A 3MXIA 3LP3A 4OLAA 2D0CA 4B8AB 4KB1A 2BANA 3HYFA 2KTQA 4OGCA 4IDKA 4DTJA 1LW0A 3PV8A 1J54A 3ZSRA 4DFJA 3RR7A 3K59A 5DMRA 4O5BA 4DTNA 1YVUA 4I2PA 3OYEA 1NK8A 3OVNA 4CEOA 1IKXA 1Z26A 1QS4A 3TAQA 2HHSA 3AVMA 4F2RA 2ZQBA 4M3UA 3K5MA 4FK2A 4FJKA 1A5VA 3LP1A 2ZD1A 4CJWA 2G8UA 1WSEA 2HHQA 1LV5A 2E6LA 3OYHA 4CIEA 3S3OA 1RTIA 4WE1A 4CK1A 2E6MA 4DF8A 3PY8A 3D0PA 3E01A 4DU4A 1VSFA 4B9VA 2JLEA 4EZ6A 1J5OA 2W42A 4DLGA 1XI1A 4DU3A 3OS2A 3ZT1A 4DSIA 1KLMA 4HTUA 4KB0A 1B9DA 1JLEA 1GOAA 3AVNA 1ZBLA 1KLNA 3L2WA 2PY5A 1N5YA 3CM6A 1HRHA 4DFPA 2OPSA 3QO9A 2JGUA 4FJHA 2HNYA 3SV3A 1D9DA 4CEEA 4KFBA 1RT4A 3I8DA 4F2SA 5D3GA 3V9WA 4FVMA 4M3ZA 2D0AA 2BDPA 1RDDA 3KD1E 3NGZA 3RMCA 4RW8A 2G8FA 4K8XA 3DI6A 4ELVA 4NCBA 1JLCA 3HK2A 1S9GA 3AVBA 3OYLA 3JYTA 3T3FA 3RMAA 1TVRA 5C25A 2OPQA 4CK2A 3AV9A 2XHBA 3SQ1A 4FJ7A 3HT3A 3SYZA 2YNIA 1JKHA 4AHRA 4N76A 1S1TA 1F21A 1TKDA 4NCGA 1UWBA 1NK6A 4KI4A 3ZT4A 4OKEA 4F8RA 4QOZB 1C1AA 3ZSWA 1TKTA 3VQ4A 3OYNA 2I5JA 2LSNA 3OYAA 3CQ8A 2HHWA 1UAXA 2B4JA 3K5LA 3L2UA 4BE2A 3LP2A 1RBVA 1YTUA 2VWJA 1BIUA 4I9LA 2OZMA 2KFZA 4B9NA 2P1JA 3SV4A 1I39A 4BE0A 3AVAA 4CF2A 4KHWA 2DY4A 3LANA 4C8LA 1RTDA 4ZHRA 2P51A 1QHTA 3NF6A 4KO0A 4Z4HA 4FLYA 5JS2A 3QIOA 3DLEA 5J2NA 3NBPA 1Q9XA 2PYJA 4KREA 4IFVA 1CZBA 2ETJA 1VSHA 1C0TA 3CM5A 3VQPA 4E3SA 1GOBA 3KLFA 4CGGA 1KSPA 4IKFA 2Z1HA 4ELUA 1S1VA 1RT6A 3WNGA 2R7YA 1X9MA 4QCLA 4IBNA 2WONA 4KTWA 3OYBA 3OYMA 2ITGA 1BI4A 1TGOA 3AVKA 5KGXA 3SCXA 1RBUA 4HUFA 3PX0A 1XC9A 2AJQA 3ZSOA 3OYJA 2XO7A 3RTVA 1SL0A 3OYDA 4DWIA 3DLRA 4CHNA 3G0ZA 1RTJA 3AA4A 3KKRA 4NYNA 4RW4A 5CY4A 3VQ6A 4Z4CA 3JSMA 1UOCA 5J2QA 3MEDA 1U04A 4CIGA 1CLQA 1S1XA 4XIUA 2G8IA 3LZJA 3RRGA 4FLUA 4CGDA 1VRUA 4DTMA 4OPJA 1IKYA 3QEWA 4AHCA 4B9UA 1A5WA 1DLOA 2KFNA 4JLHA 1HNVA 3AO1A 4AH9A 4CJLA 1NK0A 1Q9YA 4M3YA 4B3OA 3O4NA 1FKPA 4AILC 1GOCA 3HPGA 1G15A 3AA3A 4FJ9A 2G8WA 3ASMA 3LZIA 1Q8IA 4IG0A 1NK9A 1IKVA 5KI6A 4KRFA 3TABA 1C1CA 2QKBA 3SQ2A 1RBRA 1TKXA 4H4OA 4CFBA 3SI6A 4DS5A 3S3MA 4FZXC 4I7FA 1CZ9A 3ZCMA 3QEVA 3SPYA 1HNIA 2X6SA 4DSEA 2OYQA 4M42A 2RPIA 1ASVA 3MECA 1X9SA 1NOYA 4KAZA 2OZSA 3KK2A 2HVIA 4Y1CA 3AA2A 4YNQA 2HB5A 3NGYA 3ZT0A 3TAFA 1TK0A 3F9KA 3VQ7A 3VQBA 3CFRA 4CF9A 5HP1A 4I9QA 3NF9A 2F96A 5HRSA 4PQUA 3UIQA 3NFAA 1KVBA 1CXUA 3QEIA 3TARA 2F8SA 4H8KA 3PUFA 1EETA 4NCAA 4DQPA 3DOKA 3C6UA 4CJUA 3WNFA 1RT3A 4CGIA 4CJ5A 1RT1A 3V4IA 1O1WA 3VQAA 4CHYA 2FBVA 5CYMA 3ZSVA 1RT2A 5K14A 4B9SA 3LWLA 4J2AA 3NAEA 3QERA 4E89A 4FLTA 1S6QA 4B9MA 1BIZA 1WLJA 4KKOA 5HRRA 3SUNA 2Q3SA 3AO4A 3K58A 4BE1A 4Z4IA 4FXDA 2RN2A 1RDCA 3NF8A 1W0HA 5HRNA 2FBTA 4M41A 1ASWA 1RTHA 3NH1A 4JS4A 5I3UA 4GW6A 4EP5A 2YV0X 3DLGA 1SV5A 3ZT3A 4ZTFA 1QTMA 3EYZA 4C8KA 4DQQA 4CFAA 5I42A 3SZ2A 4ZTJA 4DTPA 3U3GA 3OYCA 3G10A 3BDPA 1MU2A 4FJJA 1ITGA 4GMJB 3KLIA 1KFDA 3KKSA 1IKWA 3NF7A 4C8NA 3VQEA 1TAQA 3ZSXA 4F4KA 5C42A 1EKEA 1TL3A 3NHGA 4E7LA 4RW7A 1NKBA 4DSLA 3T19A 1DTQA 3TANA 1T8EA 1XHXA 4M3XA 3P83D 2YNHA 1JLAA 2D5RA 1LWFA 3HP6A 4DQRA 3OS1A 4OJRA 1S5JA 2GBZA 1CXQA 5KRTA 1NKEA 2XY5A 3ZT2A 4FLWA 2IS3A 4DSJA 4M3TA 5SWMA 4LH5A 1VSIA 3LWMA 5HLFA 2G8KA 4DTXA 4KI6A 4CEFA 5KRSA 3U6FA 2F8TA 4Q0BA 4F3TA 3M8PA 1HJRA 5HROA 4CHPA 4FM1A 1U49A 3V6DA 1J53A 1REVA 4FYDA 4J2BA 3THVA 4FK0A 4FW2A 1RBSA 1LW2A 1K6YA 2D0BA 3DLBA 3RRHA 3SUPA 1BGXT 1VK0A 4NYFA 1WSHA 3RMDA 4CJPA 4BWMA 4M3WA 3KLEA 3L8BA 3KJVA 3ALYA 3D45A 1LWEA 4CFCA 4FJGA 3K2PA 4CGJA 3O3FA 4W5NA 1VRTA 2NUBA 3WNHA 1VSKA 3K5NA 3OYKA 1I3AA 5FRMA 4Z0UA 2KW4A 3HL8A 1TL1A 3H08A 4ICLA 1SKWA 2HHVA 1NK4A 4CJQA 3QETA 3MAQA 1N6QA 4K8ZA 4Z4EA 1C0UA 4W5RA 3HXMA 4CJSA 3OS0A 1TK5A 2P5OA 2QK9A 3L2QA 1C0MA 2YNFA 4E19A 2Y1IA 4B9LA 3LPTA 1L3VA 1ZBIA 2RKIA 3AVLA 5FRNA 3C95A 4CE9A 3IG1A 2O4GA 2B6AA 3ITHA 1XHZA 4DTRA 1BISA 2DTUA 3FFIA 3TAPA 1JL2A 4FM0A 1SL2A 4FJNA 1VSLA 1HMVA 4KV8A 3SUQA 3DRRA 2FBXA 1S1UA 4CF0A 1D9FA 5JS1A 3LP0A 5KGWA 1VSJA 3ULDA 1ZYQA 3CFOA 3C6TA 5DK5A 4FJXA 3HPOA 1RCHA 3M8QA 4CEBA 3RR8A 4KHQA 4HVJA 4DFMA 3B6OA 1JXBA 4F3OA 1QSLA 4KHNA 3IS9A 1SL1A 2HW3A 4J2EA 1WSFA 1SUQA 5T7BA 3DRSA 1EP4A 2HHTA 1HPZA 3QLHA 4OVLA 3WNEA 2OPRA 4PA1A 3O3GA 3HO1A 1SKSA 4LH4A 3QEXA 3AVJA 3ISNC 2G8HA 2DFHA 4O0IA 3KD5E 2YKNA 4DSFA 1LAVA 4B08A 2Z1IA 4E1MA 1UA1A 1NJWA 4YFUA 3L3VA 4BDZA 1FXXA 3TWHA 1NKCA 4UQGA 3NH0A 3RMBA 2EX3A 4OGEA 1JLBA 1WSGA 3TAMA 4W5TA 4DFKA 2B5JA 1BQMA 2PZSA 3M8RA 4LD0A 5HRPA 5C24A 3U3YA 4ID1A 2YNGA 2A1SA 3V1RA 2OA8A 4E1NA 4FLXA 3SQ0A 3ZSYA 1BHLA 4KTQA 4JRPA 3SNNA 2G8VA 4E7HA 3VQ5A 1LAWA 4FJIA 2YKMA 1RILA 4KHUA 1B92A 3L2VA 2HMIA 3DLHA 3NGIA 1WAJA 4FLVA 5EU7A 2XY7A 4EP4A 4HCBA 3BGRA 1KFSA 1HQUA 1Y97A 3O3HA 1NK5A 3TAEA 2X6NA 1JLGA 3HP9A 3AVCA 5FDLA 3V1QA 4CJVA 4O4GA 1WSIA 3KLGA 3HM9A 3HSTB 1A5XA 3LDSA 4CEDA 2YHBA 3QNNA 4ID5A 2EHGA 4Q5VA 4CJ4A 3O4QA 3DLKA 4CJFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2WBNA 2IDOA 2QXFA 1HYSA 1B9FA 2RF2A 1RNHA 2V7ZA 1RT5A 5J1EA 5AQXA 3OYFA 1ILYA 3WXKA 1TKZA 4CEAA 4MQ3A 1VQ6N 2ZE2A 1QE1A 3CD6N 3HJFA 2VQFK 1E4FT 3IAYA 4CEZA 4CHQA 2IVPA 5FROA 3KHYA 4BRPA 4E7IA 3VQQA 3SUOA 3WEEB 5KTQA 4JKEA 1ZBUA 2O8DB 4FM2A 1ZBFA 3FLCO 3L6QA 3KTQA 4DQIA 3MEEA 1LOTB 4LSNA 3QESA 3A0IX 1U4BA 2YCHA 4C8MA 4N5SA 2Q0RA 4BG8A 3ZSQA 5AQQA 3EN9A 1C1BA 3VQ8A 5KQDA 2UUCK 1GLBG 3J81O 1WNSA 3CJCA 4AHUA 3D2EB 5AR0A 4CCHA 4FWRA 4IG3A 2FBYA 3BZCA 4PL7A 4EZ9A 4FJMA 1OVQA 3DXKA 2NRVA 4CBWA 1W9HA 4IO8A 4IZ9A 3TSQA 4BGBA 4LFAK 3F9MA 2QWQA 3G6EN 3S3NA 2UUBK 4FWMA 1RDBA 3TAGA 4BRDA 1K8KB 3CXCM 4YORA 1YHQN 5AQZA 3EE8A 4IOAL 3S41A 1Q7YO 2HBJA 3LPUA 5AQVA 1QZ6A 1OKJA 3OY9A 2WOMA 3W0LA 3D2FA 4IWVA 4JK9A 3VF2A 2ASMA 3AVHA 3AO3A 3DRPA 5AQTA 3E9LA 4WQ4C 1JCEA 3CMAN 1YT3A 1KVAA 2NNWA 4FPBA 5LJVA 3OBWA 5AQGA 5KPZA 1VSEA 2HBKA 5BPMA 3LM9A 5J2PA 3C7NB 5KPTA 4DSKA 3SBGA 3AAPA 4BDPA 4DR7K 4BRIA 2P9LA 5CZ2A 2IGIA 2QKKA 2YHAA 3ULEA 4M7XA 4DS4A 4J2DA 1BCMA 5LY3A 3GOIA 3H1VX 3DAWA 3Q7BA 1BI4B 4RW6A 4B9TA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2WOM A;  3W0L A;  3D2F A;  4IWV A;  4JK9 A;  3VF2 A;  2ASM A;  3AVH A;  3AO3 A;  3DRP A;  5AQT A;  3E9L A;  4WQ4 C;  1JCE A;  3CMA N;  1YT3 A;  1KVA A;  2NNW A;  4FPB A;  5LJV A;  3OBW A;  5AQG A;  5KPZ A;  1VSE A;  2HBK A;  5BPM A;  3LM9 A;  5J2P A;  3C7N B;  5KPT A;  4DSK A;  3SBG A;  3AAP A;  4BDP A;  4DR7 K;  4BRI A;  2P9L A;  5CZ2 A;  2IGI A;  2QKK A;  2YHA A;  3ULE A;  4M7X A;  4DS4 A;  4J2D A;  1BCM A;  5LY3 A;  3GOI A;  3H1V X;  3DAW A;  3Q7B A;  1BI4 B;  4RW6 A;  4B9T A;  1VSD A;  1TUY A;  4DV0 K;  3V9U A;  4B1V A;  5F0X A;  2CH5 A;  1YTA A;  1S72 N;  4IJN A;  3VQ9 A;  4JK7 A;  2P9S A;  3F73 A;  2XRI A;  4KH5 A;  4CF1 A;  4O44 A;  4N47 A;  4BC4 A;  4ELT A;  3KWI A;  1KRP A;  2PBD A;  2BAN A;  4IDK A;  4X64 K;  1JCG A;  4DTJ A;  3IUC A;  3PV8 A;  3E1Y A;  4GKK K;  1YVU A;  2RE2 A;  4H0X B;  1IKX A;  1Z26 A;  2VYP A;  3AVM A;  3U9Z A;  4M3U A;  3LP1 A;  2ZD1 A;  2G8U A;  4WQ5 A;  3ZX0 A;  3QBW A;  2F9T A;  3GE1 A;  4MDB A;  4A5A A;  3PY8 A;  2D4W A;  2JLE A;  1IBK K;  4DLG A;  3CJ7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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