1KVBA

E. coli ribonuclease hi d134h mutant
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCHELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Proposal for new catalytic roles for two invariant residues in Escherichia coli ribonuclease HI.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE H
molecule tags Endoribonuclease
source organism Escherichia coli
total genus 54
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1996-10-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1kvbA00
2PZSA 3K2PA 3NH0A 2YV0X 1RT5A 3DLRA 3TAMA 1JXEA 3QIPA 3NF8A 3TAFA 4DTUA 1QHTA 5EU7A 4M3TA 2XY6A 1S9GA 3UIQA 1JLAA 3LWLA 3V9XA 5HLFA 3HPOA 4PQUA 3AO4A 3DRRA 3T19A 3NDKA 4R5PA 4FLVA 4FJJA 3V4IA 4Q0BA 4JS4A 3DLEA 5KRSA 4W5RA 3RMAA 1WN7A 3QNNA 3KKSA 3OJUA 2ZD1A 3A2FA 3NHGA 4FM1A 4I9QA 4M3XA 3VQ5A 3PY8A 4QOZB 3LANA 3MXJA 4OVLA 5DMRA 1ZYQA 2YHBA 4ZHRA 3QEWA 2EX3A 1TV6A 1X9MA 3KIOA 2B5JA 4M42A 1VSHA 4CHNA 4B9SA 2RF2A 4OJRA 1JLGA 4CJTA 1X1PA 4FJMA 4FJGA 3IS9A 4RW4A 4C8KA 1BQMA 1S1WA 3QETA 5HRPA 4DSEA 1LAWA 1JLFA 3S3NA 4C8MA 4BWJA 1UA1A 4OGEA 3OS0A 1BHLA 3TANA 1HRHA 1RT7A 2IC3A 4FJLA 4CF9A 3CG7A 1B9FA 1C0UA 4CF8A 1KSPA 1YVUA 4CEDA 3HM9A 2G8IA 3M8PA 2FBVA 4CEEA 2PYJA 4EP4A 3AVFA 3KLGA 4NYFA 4LSLA 4TSXA 1JKHA 1YTUA 5C24A 1S9EA 3SQ1A 1UOCA 1SL2A 1RT6A 1DTQA 1RNHA 2X74A 3AVBA 5HRRA 1S1UA 4CEAA 3D0PA 3IG1A 4FJIA 3KLEA 3RWUA 2VG6A 1O1WA 3V1QA 3K58A 4FLZA 2HHXA 1SUQA 3KK1A 3TABA 1IKXA 3LPTA 4DMNA 1T05A 4KFBA 2DFHA 1VRTA 3M8RA 2HVHA 1IKYA 4CEBA 3KKRA 3P1GA 4CGHA 4CEFA 3AVHA 4NCGA 3O3FA 1NJWA 3VQDA 3QLHA 4AHCA 2EHGA 1UWBA 2IGIA 1T8EA 4B9LA 4FCYA 3HP9A 1NJXA 2G8VA 3I0RA 4RW6A 1SKRA 4CJSA 2HVIA 2IAJA 1EP4A 3C6UA 4DFKA 2OZSA 2YNHA 3VQ8A 2AJQA 1TKXA 3DM2A 4B9TA 1LAVA 2Z1HA 3VQAA 3IRXA 1RDBA 1UAXA 4I9LA 3AO1A 2Y1JA 1LWEA 1A5VA 4CJPA 2BDPA 4HTUA 4GMJB 2P1JA 4CFDA 3TAQA 4YNQA 1HJRA 3RMDA 4CCHA 4BE1A 2D0BA 1WSJA 4AHTA 1HQUA 3OYEA 2DFFA 4LY7A 4FJ5A 3K59A 4J2DA 4FYDA 3O4QA 4AHRA 1QSYA 2BGGA 1CLQA 4DTXA 4CGDA 4KHWA 3CM6A 4I7FA 1BCMA 4M3UA 3PUFA 3AVJA 5HBMA 3CYMA 3LZIA 3SCXA 3TI0A 1JL1A 3F9KA 1A5WA 4FVMA 2D0AA 3JSMA 1X9SA 3K5LA 1YTAA 1J5OA 4WE1A 2RPIA 1ZBIA 4LH4A 3B6OA 2KW4A 3TR8A 4DQIA 4CHQA 4W5OA 2ITGA 4ZTFA 3QO9A 3VQCA 2HMIA 5C25A 3PO5A 5FRNA 1NK7A 1KCFA 3NF7A 1D8YA 4M45A 4FZYA 4DTJA 5KTQA 2Z1IA 3QERA 4E0DA 1WLJA 4I2QA 4CJLA 4CEOA 3ZT0A 1RDAA 4KHUA 3I0SA 1SL1A 3VQQA 2OPRA 4ZTJA 2P51A 3NFAA 4E7LA 3HXMA 3L3UA 1WSFA 3SUOA 4BDPA 3LWMA 4FK4A 3NE6A 1Q8IA 2ETJA 3QESA 4ID5A 3RMBA 3SPYA 1S1TA 2OA8A 4F3OA 3L2WA 4G1QA 2ATQA 2NUBA 4PUOA 3V81A 1C0TA 1XHZA 3HO1A 4KI6A 4CF2A 1IO2A 4F2SA 1Z25A 2YKNA 4CIEA 1U45A 4DU3A 1J54A 3MEDA 3V9SA 3ITHA 2RN2A 1QSLA 1KFSA 3SQ4A 1TGOA 1RTHA 1BIUA 1NK5A 4IKFA 2HNYA 4DQSA 3THVA 1N5YA 1WAFA 1HYSA 1LW0A 4B3OA 4O5BA 1QSSA 3DYAA 2VG5A 4KTZA 4M41A 4CGIA 3QEPA 4KV8A 3PO4A 1C0MA 1L3VA 3SI6A 1FK9A 3T1AA 1RBUA 2F96A 5J2PA 1JLCA 1KFDA 4IFVA 4B9VA 4O44A 4LSNA 4C8NA 4DSKA 1RTDA 2JGUA 3HT3A 5KGXA 3ZSZA 2X6SA 3OYNA 3RRHA 1DTTA 2G8UA 4N56A 2OPQA 3DOLA 3VN5A 4DFMA 2P5OA 4N76A 1BL3A 4FLWA 2HHTA 1KTQA 2E6LA 3S3OA 4OKKA 5J1EA 2KZZA 2XY5A 2YNGA 4N5SA 5KI6A 2HHSA 4CJFA 4C8LA 4W5NA 4CJVA 1C6VA 4KO0A 3U3GA 3HL8A 3L8BA 2VWKA 4Q5VA 4EZ9A 1JXBA 1NJYA 2HHQA 2QKBA 1NJZA 1VSMA 4DLEA 4E89A 3O4NA 3VQPA 4FLUA 3LPUA 4FLTA 3SJJA 3TAPA 2W42A 1WSGA 1TAQA 4CJWA 3AVAA 1S5JA 4CHOA 3OS2A 4OPKA 1XC9A 3ZCMA 4DTNA 3PX0A 2GV9A 4AHUA 4O0IA 1I39A 2FBXA 3V6DA 3OYAA 1RT2A 4AILC 1TKZA 3TAEA 1VSKA 4KHNA 3AO5A 4FM2A 4DSIA 4FM0A 1RT1A 3AO3A 4CEZA 3K5NA 2G8WA 3NAEA 4KAZA 1RTIA 3LP2A 3OJSA 4HCBA 2A1RA 2KQ2A 3ZSRA 3HYFA 3M8QA 3JYTA 4IBNA 3C6TA 1HNIA 3EYZA 4KTQA 5CZ2A 4M3YA 4KREA 4O0JA 3NGIA 1J53A 4PY5A 1HPZA 4B8AB 4DTSA 4Y1CA 4YFUA 1L3UA 4QAGA 4B9MA 1RBRA 4GW6A 3KLIA 1LW2A 2B4JA 3MXMA 2HB5A 4H8KA 3SYZA 1RILA 2WONA 4N47A 3CQ8A 3CFRA 3TARA 1Q9XA 2BE2A 3O3GA 4CHZA 1SL0A 2HHVA 1JLQA 2HHUA 1T03A 4Z4FA 1ASVA 5C42A 4CFBA 3HK2A 4CEQA 3D45A 1TK5A 3MEGA 2XO7A 1SKSA 1WSHA 1YT3A 3RRGA 3E01A 4Z4IA 3SV4A 4F3TA 3IAYA 3ZT3A 4FJKA 1CXUA 4W5QA 4DS4A 3G10A 1JLEA 1GOBA 5CYQA 2G8FA 1GOCA 2YNFA 4KHSA 4W5TA 1TKTA 2F8SA 4KRFA 1KVBA 4ELVA 3KLFA 2RKIA 3ZSOA 3KK2A 4DU1A 2Z1GA 3AVGA 5KRTA 4E1MA 1U48A 1JL2A 1QTMA 4F2RA 3SUPA 3L2QA 3ZSYA 3S9HA 3QEVA 1VSFA 3HPGA 4JLHA 2JLEA 3F73A 1L5UA 1LWFA 5CZ1A 3ZT1A 3LP0A 2QK9A 1NKBA 2O4GA 4CIFA 2F8TA 3RR7A 1U47A 2OYQA 4CECA 1HYVA 4CJKA 3PX6A 3DI6A 5SZTA 1I3AA 4IFYA 3OYHA 3M8SA 3SNNA 1JLBA 3P5JA 4O4GA 4Y1DA 5HP1A 1TK8A 1KLNA 4DF4A 4FK2A 5T7BA 3AA3A 3TAGA 5FROA 4B08A 4FJXA 1C1BA 4DQPA 1HQEA 3AO2A 3QEXA 5JS2A 1EXQA 1U49A 1NK8A 1RT3A 3PX4A 1VK0A 2YKMA 3SZ2A 4L8RB 3ZSXA 4CF0A 4Z4GA 3ULDA 2D0CA 4FLYA 1KLMA 4ELTA 2KZMA 3ASMA 3QINA 4CHPA 4FJNA 1SV5A 3LALA 3LP3A 3OYGA 4OGCA 4AHSA 1F21A 4E1NA 1ZBFA 4HHTA 5J2NA 4CJUA 3DRPA 1NK0A 3L2UA 3NH2A 4NCAA 3VQ4A 4DFPA 1Q9YA 4JRPA 4CIGA 3KK3A 1ASUA 4FZXC 4J2EA 1VSJA 3B6PA 3T3FA 4RW7A 4CFAA 4F4KA 1K6YA 3V9UA 1NKEA 1NK6A 1QQCA 3VA0A 4CJ5A 5HROA 4BDZA 4KHQA 1C1AA 4CK1A 1KVAA 3VQ6A 3NGYA 2O4IA 2KFZA 2ZQBA 4DFJA 4PA1A 2IOCA 3C94A 2GUIA 2X78A 3L2RA 4B9NA 4QCLA 3SQ0A 1QS4A 1KVCA 2E4LA 4FJ8A 2VG7A 4LD0A 3KTQA 3EZ5A 5I42A 3CM5A 3ISNC 4CHYA 1BQNA 1U4BA 3KD5E 1EKEA 3K5OA 3DLBA 3C95A 4FXDA 2OZMA 1SKWA 1MU2A 5JS1A 1B92A 1GOAA 3ALYA 3DLKA 4B9UA 4IDKA 1S6QA 3NCIA 3LDSA 1Z26A 3HSTB 4FZZA 1VSLA 3BGRA 3U6FA 4FJ9A 3DOKA 4DTPA 4BE2A 3QNOA 4FW1A 4J2AA 4OLAA 4DLGA 3OYBA 1DLOA 3WNEA 1REVA 3KLHA 1RTJA 2I5JA 2ZE2A 3MEEA 5K14A 3O3HA 1XWLA 3K57A 4KTWA 1B9DA 4O55A 2Z1JA 3V1RA 4MFBA 3OYLA 1FKPA 4IG3A 4Z4CA 3NBPA 5KGWA 1S1XA 3VQEA 4CERA 1NK4A 2KFNA 4I2PA 4HUGA 3LZJA 4GVMA 1A5XA 3AV9A 3TWHA 4C8OA 2HW3A 1QE1A 2FC0A 3OS1A 1RBVA 4CJEA 4XIUA 4OLBA 2VWJA 4FJ7A 3LAMA 4CJ3A 4DTMA 3SUQA 1IKWA 4DSLA 3OYIA 2D5RA 4HUFA 5DK5A 4DSJA 1CXQA 4RW9A 2HNDA 4EZ6A 1Y97A 4CK2A 4RG8A 1WSEA 2KTQA 1RCHA 1RT4A 3OYDA 4E3SA 5HRSA 4CF1A 2XY8A 2QXFA 4KPYA 4KKOA 4E19A 3AA2A 3EY1A 1CZ9A 3NH1A 4J2BA 1XI1A 4DTRA 4MQ3A 4DQRA 1VSIA 1RDCA 4NCBA 1D9FA 4KB0A 4H4MA 3OYJA 3L2VA 4M3WA 4Z0UA 3ZSQA 1CZBA 3WNHA 3ZSWA 3MAQA 3HPHA 3DLHA 1TL3A 3L3VA 4ICLA 4DSFA 1TL1A 5CY4A 4CFCA 4KI4A 1TAUA 3KD1E 1BGXT 4AHVA 3RMCA 1ASWA 4DWIA 1X9WA 3AA4A 4LH5A 1HYZA 3AVMA 1BISA 1EETA 3ZT2A 3QIOA 4EP5A 5SWMA 1FKOA 4CJQA 3OYFA 3CFPA 4OKEA 4JS5A 4E7HA 4DS5A 1NK9A 3I8DA 4E7JA 1UA0A 4OKJA 2P5GA 4BE0A 2OPSA 4AH9A 4FLXA 2BANA 4JRQA 3V9WA 1TK0A 1IG9A 1ZBLA 3VQBA 3WNFA 3RTVA 3VA3A 3SPZA 1BI4B 1FXXA 3NF6A 2E6MA 2Y1IA 2HNZA 1NOZA 4HCCA 3FFIA 1HMVA 1LV5A 4CGGA 4E7KA 3SUNA 1R0AA 4N41A 1EX4A 1HNVA 3WNGA 3S3MA 5I3UA 1ZBHA 2PY5A 1S6PA 2GBZA 4K8ZA 4M3RA 3LP1A 3OYKA 4KB1A 1WAJA 3QEIA 3OYMA 1RBTA 4ID1A 3CFOA 1RDDA 4UQGA 3OY9A 3HP6A 5J2QA 1VSDA 1L3TA 3U3YA 5D3GA 1WSIA 1RBSA 4CK3A 2A1SA 4OPJA 1D5AA 3LAKA 3ZSVA 4BDYA 1G15A 4BACA 4HVJA 5J2MA 4DTOA 1L3SA 4FK0A 5FRMA 2FBYA 2R7YA 4HUEA 1VSEA 4Z4EA 3SV3A 3MECA 4FJHA 1BCOA 4FW2A 1IKVA 3SQ2A 4PWDA 4DG1A 4ELUA 3OYCA 4RW8A 1VRUA 3H08A 4E7IA 3AVCA 1BIZA 2YNIA 3DRSA 4BWMA 5HRNA 1ITGA 4DF8A 3MXIA 3AVLA 1TKDA 3DLGA 1NOYA 1D9DA 2WOMA 1NKCA 1KRPA 3BDPA 3OVNA 3PV8A 4CGFA 2XHBA 1IH7A 2LSNA 5FDLA 3V9ZA 1ZBUA 2B6AA 4DQQA 1BI4A 3AA5X 3HVTA 3P83D 1T7PA 4NYNA 2HHWA 1U04A 2X6NA 2YHAA 2Q3SA 3HVRA 1XHXA 4DU4A 5E41A 2DFEA 3NGZA 4M3ZA 3G0ZA 1S1VA 4CE9A 4CGJA 3DMJA 2G8HA 2IDOA 4KHYA 3HJFA 2IS3A 2OPPA 3AVKA 4H4OA 1W0HA 3VQ9A 4K8XA 4CJRA 4IG0A 4Z4HA 3K5MA 2G8KA 3AVNA 2DTUA 2XY7A 3ZT4A 2XRIA 2DY4A 1J9AA 1W9HA 1N6QA 4CJ4A 3VQ7A 4B8CA 3V1OA 2QKKA 2PYLA 3KJVA 3RR8A 4F8RA 1TVRA 5CYMA 4CESA 2FBTA 3AVIA 3NF9A 1C1CA 1WNSA 1LWCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5M1NA 1JXEA 3QIPA 4DTUA 2P9KB 4U67L 1JLAA 1LCUA 4R5PA 1KD1O 3V4IA 4JS4A 3MCAB 3CJ9A 3VF4A 2ZD1A 4I9QA 5DMRA 1ZYQA 2YHBA 4ZHRA 1XUPO 2EX3A 1X9MA 2P9SA 4B9SA 4FJMA 4OJRA 2P9IB 4FJGA 1S1WA 3QETA 5HRPA 2ZJPL 4EFHA 3T1YK 1LAWA 1JLFA 1UA1A 4OGEA 1GLFO 1RT7A 4FJLA 5FPNA 1KSPA 4CEDA 4CEEA 2PYJA 3BY5A 3ID8A 4A5AA 1EWQA 3CQXA 2E2PA 4JD2B 3JAMO 4FLZA 4QS9A 3TSQA 1NWKA 3TABA 4DMNA 4DV5K 2HOEA 3KKRA 3P1GA 3LL3A 2CGKA 4B3MK 1NJWA 1HNXK 3VQDA 3BF1A 4B1WB 2EHGA 1T8EA 2KKZA 2HVIA 4RW6A 4CJSA 2AJQA 3DXKA 3VQAA 3VETA 1RDBA 4I9LA 3WXLA 3AO1A 1KXPA 1LWEA 5C15A 3QDKA 2ZGZA 4IEIA 1YJNN 2P1JA 4CFDA 2A3ZA 1HJRA 4NLCA 3QB0A 4QS7A 2D0BA 4AHTA 1HQUA 4MDAA 1OVQA 3K59A 5JLHA 4AHRA 2BGGA 2JWKA 5ADXA 3CM6A 3HBTA 4O8UA 4M3UA 3PUFA 3CYMA 3TI0A 2GELA 4O8KA 3JSMA 1YTAA 4H5RA 1ESVA 3B6OA 3EO3A 1M1KO 4JI5K 3C6HA 4RTFD 2ITGA 4BRHA 3PO5A 3TPQA 3O5BA 1NK7A 4M45A 5KTQA 4E0DA 1WLJA 4CJLA 5JLFA 1RDAA 3H1VX 2UUBK 3VQQA 5M1FA 3NFAA 4BDPA 3KHYA 3HXMA 3QESA 3TTFA 3MX5A 4F3OA 2OA8A 2QW9A 4G1QA 5AJ3K 1XHZA 3ZEUB 1TYQB 5BPLA 1U45A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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