1KVCA

E. coli ribonuclease hi d134n mutant
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCNELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Proposal for new catalytic roles for two invariant residues in Escherichia coli ribonuclease HI.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE H
molecule tags Endoribonuclease
source organism Escherichia coli
total genus 53
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1996-10-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1kvcA00
1DLOA 3AVLA 3QNOA 4DTRA 3QINA 4WE1A 3V1RA 5C25A 3O3FA 3NCIA 3U6FA 4CFAA 1VRUA 4DSKA 1RBRA 3MXIA 2GUIA 3DYAA 3CM6A 4M41A 4DS5A 3O4QA 1YTUA 1EXQA 3ZT0A 1JXEA 3AVFA 4CJEA 4B9LA 4FJJA 2OZMA 3K57A 5KRSA 2OPPA 1Y97A 5SZTA 3HM9A 1VSIA 3SQ4A 4N41A 3QNNA 3PX6A 5C24A 4DSIA 1RTIA 4M3TA 2ATQA 2HW3A 2G8HA 1VK0A 3O3HA 3TAFA 3TANA 1LWCA 4Z4CA 1ZYQA 4DSLA 3NH0A 1C6VA 4DG1A 2KFZA 4DFPA 3ZSVA 5CZ2A 4RW7A 4JS5A 1DTQA 1NK4A 4W5RA 4DFKA 4CF9A 3K5MA 4R5PA 4HUGA 1RT5A 4CJ4A 3LAKA 3CFPA 4E19A 4IFYA 1JL1A 3OS2A 2VG7A 3KLFA 1J9AA 4FJ9A 1WSJA 5HP1A 4KHYA 2OZSA 4RW9A 1LW0A 3QESA 4FK4A 4OPKA 1ZBHA 3RMBA 1JLFA 3VQCA 4KI4A 2DFFA 3KK2A 4B9VA 2HHUA 2BE2A 5KI6A 2D0CA 3LP3A 4I2QA 4CIGA 4CE9A 4C8KA 3OYBA 1XWLA 2Z1HA 4OGEA 4Y1CA 2ETJA 3IS9A 5K14A 1F21A 2YNFA 1RTHA 3V9ZA 1BIZA 2F96A 3ITHA 4KFBA 1NJXA 2D0AA 3OYNA 3SQ0A 4CGDA 1HYVA 3IAYA 4HUEA 3TAQA 3VQ5A 2E6MA 5DMRA 5HBMA 4N76A 1D8YA 1RT6A 2HHQA 3U3YA 4ZTJA 4O0JA 4FK2A 1UOCA 1VSJA 1L5UA 3OYDA 3OYHA 5C42A 4AILC 4DQQA 2O4IA 2XO7A 3ZSZA 1T8EA 1O1WA 4MFBA 3TAEA 4FJXA 1ZBUA 1IH7A 4QOZB 3OVNA 4DWIA 3KLGA 4CEZA 4I2PA 1C1BA 3QLHA 4DTUA 1J5OA 1L3UA 1N5YA 3V1QA 4H4MA 2OYQA 1U04A 3QIPA 4E3SA 3K5OA 4C8NA 4AHCA 4E1NA 1ASVA 1VSDA 2P51A 4NCGA 1JKHA 3VQ6A 2VWJA 4BE1A 1RBTA 4LD0A 1NK7A 4M3UA 1HQEA 3UIQA 1U49A 3LALA 4JLHA 1QTMA 2G8FA 4DLGA 3PUFA 4CF8A 4ELTA 4FJLA 1C1AA 3HPGA 2NUBA 1WN7A 2FBVA 3OYKA 4NYNA 3OYGA 3DLBA 4FCYA 1HRHA 5FROA 4BDYA 1J53A 5HRNA 3AVKA 4DF4A 4FJGA 4LY7A 4DTPA 1NOYA 4MQ3A 3LP2A 3RMCA 1JLCA 1RT7A 1FXXA 2IGIA 3OS1A 3L2RA 3TI0A 5CY4A 4FZZA 2QK9A 2QXFA 1SKSA 1RTJA 3LP1A 2Y1JA 1LWFA 3HPHA 3I0SA 5JS2A 1D5AA 2XRIA 4CFBA 1HPZA 1EX4A 3NH2A 2IOCA 1NK9A 1X1PA 2HNZA 4LH4A 3OY9A 1NKEA 4IBNA 5HROA 3ASMA 1TK8A 3AO1A 1LW2A 5J2PA 1YTAA 3AVHA 1NKBA 4FLWA 3BDPA 3L3UA 1S6QA 3NHGA 1WAJA 1NK6A 3L2UA 2HHXA 3OYFA 2B4JA 2HHWA 2ZE2A 1WSFA 5EU7A 1KVCA 3V4IA 5JS1A 4FLXA 5KGWA 1UWBA 4O44A 1TKDA 4RG8A 2P5OA 4CGFA 3KIOA 1ASUA 1REVA 3NF9A 4CF0A 4FM2A 1TKZA 4IG0A 4CJKA 4FZXC 3DLKA 4DTJA 3NFAA 4OLAA 3QIOA 1YVUA 1N6QA 2HNYA 1JLBA 2EX3A 2Z1JA 3SYZA 2D5RA 3AO3A 4E7HA 2HB5A 3V6DA 2O4GA 4FXDA 1Z26A 3DLGA 5J2NA 3FFIA 4OJRA 5FRMA 3AVJA 3K58A 4FM1A 3SV4A 1VRTA 3LZJA 4FLYA 3L2QA 4M3YA 2G8VA 1S6PA 1S9GA 1QS4A 3EZ5A 2XY5A 1X9WA 4DU1A 4CK2A 3O3GA 1X9SA 1QSLA 4BDPA 4FJKA 3TAPA 3MEGA 4OKKA 2PY5A 2HHTA 3M8PA 1BQMA 3SUPA 3MEEA 1KTQA 3S3MA 4YFUA 4IG3A 1CLQA 5CYMA 1TL3A 3VQDA 3HL8A 4Z4IA 3ZCMA 3VQ7A 4DTXA 1L3SA 2OPQA 4CJQA 3OYMA 1DTTA 2KQ2A 4HUFA 4B9NA 3EY1A 3RRGA 3KD1E 3D45A 4CEDA 3KKRA 2PYJA 4NCAA 1LAWA 4CFCA 2HHSA 3SCXA 3EYZA 1XI1A 2BDPA 4CHYA 4ICLA 4FJ7A 4FZYA 3NF7A 4FJHA 1WSEA 3KLEA 3DLRA 4CJSA 1TK0A 1RTDA 4OKJA 3DMJA 4E0DA 4KAZA 3TABA 2Y1IA 1L3TA 1VSHA 4FW1A 4HVJA 4Z4HA 3DOLA 3OYAA 4J2DA 1QHTA 1RDAA 2HVHA 4PY5A 4E7KA 1JLGA 2Q3SA 1RILA 1R0AA 2X74A 4F8RA 3HPOA 4I7FA 2FC0A 5KTQA 3QEVA 1WSHA 4FVMA 3PX4A 4PWDA 5D3GA 1TVRA 4CHQA 5HRRA 3U3GA 4ZTFA 1WSIA 4XIUA 4DTNA 1ZBFA 4DFMA 2DFHA 3RMAA 3L3VA 1U4BA 1TKXA 3LWLA 1CZ9A 4M3WA 1IKWA 4O0IA 1BIUA 3KLIA 2BGGA 4H4OA 5KGXA 1NK0A 1EETA 3HVRA 4J2EA 4F3TA 2KW4A 5I3UA 1RT1A 1NK8A 1KCFA 4KRFA 2AJQA 1IKVA 2RF2A 4CK1A 3M8SA 1D9DA 1BHLA 1SV5A 2P1JA 1CXQA 1HYSA 1JLQA 2OPSA 3TR8A 1UA0A 1NJYA 1A5VA 3KTQA 1B9DA 4B8AB 3SPZA 4CGIA 4C8LA 4K8XA 4ZHRA 3VQ4A 4CJPA 1MU2A 3QO9A 1TKTA 4BDZA 1S5JA 3ZSRA 3V81A 3PX0A 4KV8A 4F2SA 4KHSA 2QKBA 4CESA 3LZIA 4W5QA 1SL0A 4CHPA 3AO4A 4B8CA 2G8IA 4HHTA 3E01A 4IKFA 4FLVA 2X78A 4CHOA 3RR7A 2G8WA 4I9QA 1WLJA 3LANA 1RBVA 3NGZA 1HJRA 1QE1A 3TAMA 3VQ8A 4Q0BA 3G10A 4AHTA 5HRSA 3OS0A 1HNVA 4HCBA 2DTUA 4CERA 5T7BA 1LAVA 3T1AA 4Q5VA 3HXMA 4GW6A 3RTVA 4C8OA 1LWEA 4FJNA 3AA3A 3NH1A 4CHZA 1RT2A 1K6YA 2HNDA 3O4NA 1BI4A 2JLEA 4DSJA 1A5WA 4CGHA 3LPUA 4DQSA 4I9LA 2VG6A 4O5BA 3HT3A 3V9UA 3HO1A 4DSFA 4KTZA 1KLNA 4OPJA 1GOBA 2XY6A 3HYFA 4O55A 3OYLA 3S3NA 4CJUA 1LV5A 2IC3A 3DI6A 5CYQA 3WNFA 1NKCA 3AVAA 4B9TA 1Q9XA 4M3XA 2DFEA 4DU4A 4DTMA 3K59A 3L8BA 3RMDA 1KRPA 2KZMA 2W42A 3DRRA 3MECA 4DLEA 4FJ8A 3QEPA 3AVNA 1J54A 3SUQA 4FM0A 4NCBA 4E89A 5HRPA 1BGXT 4TSXA 4J2BA 4FLZA 4N56A 4Z4GA 1RDBA 2FBYA 1S1TA 4NYFA 4CJLA 2RPIA 1UAXA 1BI4B 3OYJA 3MAQA 4E7JA 4DF8A 3SI6A 1NJWA 3JYTA 1FK9A 4N5SA 4B08A 2RKIA 1KVBA 2R7YA 1ZBIA 3MXMA 3LPTA 3L2WA 3NDKA 3CM5A 4KPYA 1KFDA 1BCOA 3LWMA 3SJJA 3V9SA 3THVA 3G0ZA 2KTQA 2G8KA 4CJTA 4DMNA 2IAJA 3T3FA 3NGYA 3WNHA 3SUOA 4KTQA 3ISNC 4KREA 1VSEA 2FBXA 1S1UA 2Z1GA 3KJVA 3TARA 3HP6A 3DRSA 1ASWA 3KD5E 1ITGA 4CEQA 3I8DA 1XHZA 4M45A 4KB1A 3ZSOA 1QSYA 1YT3A 5KRTA 4BE0A 2WOMA 3ALYA 1FKOA 4AHUA 2KFNA 4CGJA 3QERA 2DY4A 4E7LA 2X6NA 3PV8A 2YV0X 3L2VA 4W5OA 5J2MA 3DLHA 2ZQBA 4AHSA 3NF6A 4E1MA 3OYIA 2RN2A 4UQGA 3LP0A 2VWKA 4CIFA 3HVTA 1T03A 2YKMA 1RNHA 3ZT4A 4LSNA 4QAGA 1L3VA 2G8UA 4FJIA 3WNGA 4L8RB 1XHXA 4K8ZA 4CEAA 1VSFA 1SUQA 4KKOA 4CJ5A 1I3AA 1RT3A 5E41A 3RRHA 1BCMA 4KO0A 1T7PA 1S1WA 3V9XA 1G15A 2GV9A 3CYMA 2P5GA 4KI6A 2B5JA 5J2QA 4H8KA 1NK5A 1KSPA 3B6OA 3OJUA 1BISA 2OPRA 1C0UA 3ZT3A 3P83D 1XC9A 4DS4A 3AVGA 4RW4A 3DOKA 3JSMA 1GOAA 1X9MA 4HCCA 4F4KA 2I5JA 2E4LA 3BGRA 2PZSA 4GMJB 4DQIA 3ZSYA 1U45A 3KK1A 1D9FA 4BE2A 4W5NA 1JLEA 4CEOA 1U48A 1SL1A 1A5XA 1BL3A 3SZ2A 3PO4A 3VQBA 4ID5A 2JGUA 3D0PA 4FLTA 1QQCA 2B6AA 1IG9A 1RDCA 4M3RA 3QEWA 3IG1A 1B92A 5I42A 4M42A 1EP4A 1C0MA 3V1OA 5CZ1A 3AO2A 4Z0UA 4FK0A 3AVIA 3C95A 4FJ5A 4PUOA 3S3OA 2PYLA 2GBZA 2EHGA 3SUNA 2HVIA 3B6PA 3WNEA 4C8MA 3QEXA 2F8SA 4FW2A 4PQUA 2HMIA 3NF8A 2VG5A 2Z1IA 5FDLA 3K2PA 3IRXA 4AH9A 1CZBA 4CJWA 3SQ1A 3OYEA 1U47A 1RBUA 3VQAA 4E7IA 4N47A 3SQ2A 1S1XA 2YNHA 4ID1A 1IKYA 3MEDA 4CEFA 3NAEA 1CXUA 3AA4A 4CEEA 3AV9A 3AVMA 3CFRA 5HLFA 4F3OA 4FLUA 3SV3A 2XY8A 2YNGA 4LH5A 4DU3A 3AA2A 3V9WA 1NOZA 2A1SA 1JXBA 4OVLA 1JL2A 4AHRA 4KHUA 1TK5A 4JS4A 4DSEA 2IDOA 3HSTB 1Q9YA 1Z25A 4OGCA 4RW8A 4BWJA 4CJVA 3OJSA 2XHBA 1W9HA 1S1VA 3TAGA 1NJZA 1KFSA 3F9KA 3VQQA 3OYCA 3RWUA 2F8TA 4JRQA 1S9EA 3ZT2A 1WSGA 3CFOA 2WONA 1RT4A 4G1QA 4CJFA 1RBSA 1TGOA 3VA0A 3KK3A 3ULDA 1TAUA 3ZSXA 3M8QA 3VQPA 4CGGA 1C1CA 2X6SA 3NBPA 4CJRA 1GOCA 1UA1A 2XY7A 3AA5X 3ZSWA 1WAFA 4EZ9A 4BACA 4B9SA 3AVCA 4DQPA 1RDDA 4KHNA 1KVAA 2A1RA 4J2AA 3C94A 2HHVA 1ZBLA 4CF1A 1BQNA 2YNIA 4CIEA 1B9FA 4CF2A 4O4GA 4CEBA 4CECA 1JLAA 4Z4FA 1FKPA 3QETA 5FRNA 2KZZA 4AHVA 2D0BA 4HTUA 3ZT1A 4IDKA 4W5TA 3C6TA 1C0TA 1TAQA 5J1EA 3M8RA 4DTSA 5DK5A 4CJ3A 4JRPA 1IO2A 1IKXA 1HMVA 4DTOA 1VSKA 4Y1DA 2YHAA 1RCHA 3P5JA 3K5NA 3DRPA 4CK3A 3HJFA 3PY8A 3VQ9A 3RR8A 2YHBA 2YKNA 3VQEA 3K5LA 3QEIA 4FYDA 1HNIA 3AO5A 3DLEA 3SNNA 4FJMA 3SPYA 2LSNA 4OLBA 2QKKA 4GVMA 4RW6A 3P1GA 3KLHA 2IS3A 4ELUA 4CCHA 4EZ6A 2ZD1A 3S9HA 4F2RA 4KHQA 1HQUA 1SKWA 4YNQA 3PO5A 3HP9A 2FBTA 1T05A 3KKSA 1SKRA 2ITGA 4IFVA 3CG7A 1QSSA 1TV6A 4CHNA 1SL2A 3LAMA 2OA8A 4QCLA 1Q8IA 3MXJA 3VN5A 1KLMA 4KHWA 3AVBA 3I0RA 5SWMA 3LDSA 3TWHA 1EKEA 4LSLA 4B9MA 1VSLA 3ZSQA 3NGIA 3NE6A 1WNSA 3C6UA 4EP4A 4EP5A 4B3OA 3VA3A 4PA1A 4DFJA 2E6LA 4CFDA 1TL1A 3T19A 1I39A 3DM2A 1W0HA 4B9UA 1HYZA 3F73A 4KB0A 4DQRA 1VSMA 4Z4EA 3H08A 4ELVA 2BANA 4M3ZA 4KTWA 4OKEA 4BWMA 3HK2A 3A2FA 3CQ8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AVLA 2HF4A 1VRUA 4DSKA 4BRKA 2NRVA 3CM6A 1EQYA 3O4QA 4FWNA 3MN9A 4B9LA 2NNWA 1MWKA 4BROA 2NRXA 1RTIA 4M3TA 2HW3A 1NG9A 4JI7K 5AQHA 3CJ9A 5C10A 2E2NA 3NH0A 3MN5A 4DG1A 2KFZA 3F5TA 4CF9A 4R5PA 1NGJA 1SZ2A 4CJ4A 4PHTX 3KLFA 2VG7A 4GY2B 1TYQA 5HP1A 3VGLA 2JWKA 2OZSA 4RW9A 3QESA 1K8AO 5IWAK 5AQFA 1HKGA 2DFFA 3KK2A 2HHUA 4H0VB 1IG8A 3FLCO 2Q1NA 1YXQA 1YJ9N 1XWLA 4Y1CA 5K14A 4PL7A 5AQJA 3CD6N 2YJFA 4CGDA 3FGUA 5HBMA 4N76A 4C1NI 2A5XA 2H3GX 4DV3K 3OYDA 4FSVA 1GLBG 5C42A 3E9PA 2P9PA 2WTUA 4DQQA 1T8EA 1O1WA 4FWLA 4MFBA 5EX5A 2E2QA 3EN9A 3OVNA 4DWIA 5GAGP 1J5OA 3JS6A 1SAZA 4C8NA 4AHCA 4UY8O 1ASVA 3VQ6A 4LD0A 4B1XB 1NK7A 3ATUA 1HQEA 3DWLA 5AQLA 2QWPA 3GG4A 1U49A 3TPQA 5DM6L 4ELTA 2QWLA 2HBJA 2FBVA 5BR8K 2CH6A 3ENBA 3OYGA 4B9QA 4FCYA 1Q81O 3DLBA 3ZETB 1J53A 5CHIA 3EKSA 3DXMA 4K25A 3BP8A 3MN6A 3A8YA 3O9UA 4LY7A 4OPAA 4FZZA 1FXXA 2KLAA 2QK9A 3GE1A 4MLHA 3I0SA 5JS2A 2P9NB 3OW2M 2IOCA 2HNZA 3UE5A 4KH5A 3AO1A 1LW2A 4BR2A 3AVHA 5KPZA 4FLWA 5M1KA 2HHXA 3LDNA 2HHWA 1KVCA 4FLXA 4CZKA 4JI2K 1ASUA 3NF9A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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