1KVCA

E. coli ribonuclease hi d134n mutant
Total Genus 53

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCNELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
2040608010012014014012010080604020
01020304050Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS1 (2-13)TIV1 (15-18)S3 (32-42)S2 (18-27)TIV2 (27-30)TI2 (148-151)AH1 (44-58)TII1 (98-101)S5 (114-120)AH4 (128-142)S4 (63-69)TI'1 (88-91)TI1 (92-95)TII2 (124-127)AH3 (101-113)AH2 (72-88)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Endoribonuclease
source organism Escherichia coli
publication title Proposal for new catalytic roles for two invariant residues in Escherichia coli ribonuclease HI.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE H
total genus 53
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1996-10-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1kvcA00
3SQ0A 2XY5A 3QETA 3EZ5A 3LPUA 1D9DA 3QNOA 4FK4A 3I0RA 4RW8A 3K5LA 4FM1A 2OZMA 4PUOA 2HVHA 4CJUA 4KI6A 2OPPA 1J9AA 1ZBUA 5C24A 3TAPA 1LV5A 2QXFA 4CJ4A 3OYDA 1X9MA 4KTQA 1IKVA 3CM5A 3NF7A 1RILA 3ZT2A 1XI1A 1UWBA 3L3VA 1TGOA 3QEIA 2Y1JA 3KD5E 5DK5A 3SNNA 3P5JA 3RTVA 4YNQA 1L3TA 4DU1A 1A5WA 1ITGA 4E1NA 4IFVA 3ULDA 4CGHA 1VSLA 3ASMA 3PX6A 4CF2A 4DS4A 4UQGA 5J2QA 1NJZA 3MECA 2G8IA 1S1WA 4KHUA 2DY4A 5CZ2A 3I0SA 1NK9A 4B3OA 3QIOA 1JLBA 3DLRA 3KK3A 3BGRA 4ID5A 1JLCA 3K58A 3V6DA 4TSXA 4FM2A 5HRNA 1C1BA 1UOCA 3LDSA 4B9MA 3AVFA 5FDLA 3VQDA 3BDPA 4F2SA 4CERA 3AVCA 2O4IA 1JL1A 4CEAA 3HVTA 4FW2A 5K14A 3OS0A 1ZBLA 3RMDA 4FJ9A 4OKJA 4CJLA 2D5RA 3C6UA 2IAJA 3DRSA 1JLQA 3VQ9A 1FK9A 3NAEA 2G8VA 2F8TA 3AV9A 1RTDA 3DYAA 4AHVA 3OYCA 4DQSA 3U6FA 3VN5A 4O0IA 2KTQA 2HNDA 3K57A 1KLNA 4B8CA 3KLGA 4J2AA 4B9VA 1JLEA 1KCFA 4DU3A 1GOCA 1NOZA 2ETJA 4DTOA 4GVMA 4CIGA 3ZSQA 3RRGA 2P5OA 4CJ5A 4DLGA 2BDPA 3QEWA 5KRTA 4FLZA 3VA0A 2DFHA 3T1AA 4AHTA 1JLFA 1TK5A 4K8XA 4FJIA 4Y1CA 4M3XA 3OYBA 3ITHA 2IGIA 4CHQA 4N5SA 4IG3A 4AHRA 4CJSA 1Q9XA 4DF4A 4OLAA 4CHNA 3V81A 3CG7A 3VQPA 4CJFA 2HMIA 4IKFA 1EKEA 4F2RA 1BCMA 1HQEA 3ZSVA 4CGIA 4E7JA 3KLFA 1TL1A 4NCGA 5I3UA 5C25A 1HJRA 4FJGA 3V4IA 4AH9A 1W9HA 1TKXA 1QQCA 4I7FA 1WSGA 2FBTA 1Y97A 4DU4A 4B9SA 4B9UA 2KZMA 4O44A 4CHZA 4IG0A 3O3HA 4KI4A 4OVLA 3RMBA 3AA2A 4FVMA 4LH5A 3ZSWA 1X1PA 2P1JA 2NUBA 2HHWA 4CF8A 2JGUA 4OPKA 1NOYA 1KVCA 2PZSA 4DTUA 3L2UA 4ZHRA 4M3UA 4KRFA 1CZBA 4F8RA 4J2DA 1A5XA 2X6NA 1RBVA 1X9WA 5HRRA 1C1AA 3O3GA 2F8SA 3KJVA 2DFEA 1TL3A 3IG1A 3D45A 2G8KA 4FK2A 4Z4GA 1RBSA 3OYIA 1VSDA 4CJPA 1L5UA 4DSIA 3LP1A 3TAMA 3PO5A 4DS5A 4KKOA 4PA1A 2XY7A 3OYFA 2ZE2A 3H08A 3MXMA 4CFAA 2RF2A 3M8QA 4E7LA 1JKHA 3AVHA 4FZYA 1KFSA 3AVNA 3THVA 4FJ7A 5JS1A 5HP1A 3B6OA 4BWJA 3V9WA 1I3AA 3LANA 5FRMA 4F4KA 1KFDA 4DTJA 2X6SA 3VQCA 4FLWA 5J2PA 1NK5A 4CFCA 3C95A 1RDAA 5J1EA 1S1UA 1VK0A 1U4BA 1SL2A 4C8LA 4PWDA 1RT4A 4QAGA 2BE2A 4RW4A 3K5MA 4DSKA 1RNHA 1IKYA 4CHOA 1JLAA 1S1TA 4FLUA 1WSHA 2D0AA 3WNGA 1KRPA 3ZT0A 1S1VA 4Z0UA 1UAXA 4JS5A 1WAJA 5EU7A 1NK7A 2YNFA 4J2EA 2Q3SA 4CEEA 3OS2A 2X78A 3WNFA 3SYZA 5KI6A 1HNIA 3ZSYA 3HYFA 3CFPA 4DQPA 1LAVA 1RDDA 4RG8A 4HTUA 1UA0A 3KKRA 4FK0A 1TK8A 2IDOA 2Z1JA 5FROA 3OYKA 3VQQA 4JS4A 2DTUA 3VQEA 3QERA 2HHSA 1XHXA 4CEBA 3T19A 3TR8A 5KGXA 3DLKA 3SCXA 3WNHA 1YVUA 1KSPA 4QOZB 2FBYA 3TAEA 3NH2A 2G8HA 5HBMA 4KTZA 3LWLA 3EY1A 4RW9A 2HNZA 1WLJA 3UIQA 1U48A 2WONA 4KB1A 2ITGA 4NCBA 1WSFA 2YV0X 1XHZA 1C0UA 1JXEA 2KW4A 2B6AA 2EHGA 2HHVA 4FXDA 4BE2A 3TANA 4DSLA 4FJMA 3CYMA 2LSNA 2B5JA 4OPJA 1QS4A 1RBTA 3SV4A 4KO0A 3DLEA 2OZSA 4EP4A 2HNYA 2YHAA 1HQUA 2KFNA 1GOAA 3OYGA 2X74A 4O4GA 4OJRA 2FBVA 1D9FA 3RR8A 4CK2A 2IC3A 4I2QA 1RT2A 3M8SA 3DLHA 4M3YA 3HK2A 1JLGA 1C0TA 1VSMA 1TK0A 3MEGA 2E6LA 1SL1A 4DLEA 2FC0A 1F21A 3PV8A 4JLHA 4O55A 2PYLA 1DTTA 5KGWA 3DRRA 3V1OA 4CEFA 4CHYA 4FW1A 3VQ4A 3AVAA 1S9GA 4HUGA 3RMAA 4KTWA 1NK6A 3KD1E 4EP5A 4EZ9A 4IFYA 3OYHA 4ICLA 3PO4A 4OGCA 3TABA 4DSJA 4FCYA 5J2NA 1B9DA 1VRTA 1RCHA 3K59A 3LAMA 1W0HA 4DTNA 3TARA 4DWIA 3AO3A 3HT3A 4W5NA 2GUIA 2YHBA 2Z1GA 1ASVA 5I42A 3ZSZA 1NJXA 4E1MA 2RPIA 4CJTA 5E41A 1J5OA 1Q9YA 4Q0BA 3KKSA 3DI6A 2B4JA 4L8RB 1BQMA 4M3ZA 4BWMA 4BDPA 1WSIA 3NHGA 1JXBA 1VSJA 4AHCA 3LZIA 4DFKA 4CEQA 4ELVA 1S5JA 3CM6A 4BE1A 1G15A 1NKBA 1RDCA 2Z1IA 4DFMA 4KAZA 2G8WA 1BIUA 2ZQBA 5HRPA 1C0MA 1ZBIA 4FJXA 4I2PA 2XY6A 1TKDA 4B9LA 3K5OA 3HPGA 4M41A 4KHYA 3AA4A 3M8PA 4N47A 4H8KA 4DG1A 4B08A 3OJSA 5JS2A 3NCIA 4FLVA 4DMNA 3LP0A 3OYNA 4JRQA 4BACA 2YNIA 1RT5A 3V9UA 1MU2A 3A2FA 3G10A 3ZT3A 4HVJA 2Y1IA 3TI0A 3O3FA 1J54A 1WN7A 3HPHA 3SPYA 3C6TA 3F73A 4CJKA 4Z4HA 3DOKA 4KB0A 1D8YA 2G8FA 4ELUA 2AJQA 3KTQA 3OVNA 4CEDA 3VQ8A 1RT7A 3VQAA 2YKNA 1LW2A 2E4LA 2RKIA 2WOMA 1DTQA 5HRSA 4Q5VA 3LP2A 4JRPA 4NYNA 1CXQA 4W5RA 3RMCA 3MEDA 1J53A 1S9EA 3LAKA 3QO9A 3HJFA 2KZZA 1L3SA 3NGYA 1B9FA 3G0ZA 4KHNA 4CF0A 3HM9A 3SQ4A 4CGDA 4ELTA 3LWMA 2OPSA 3NE6A 4G1QA 4DQIA 4E7HA 3PX0A 1U45A 3HVRA 4HCBA 4KHSA 4HUEA 2A1SA 3S9HA 4F3TA 1SV5A 4HCCA 3OY9A 1NK0A 3T3FA 4C8OA 2IOCA 1VSIA 1LW0A 4CESA 4PQUA 3QEPA 1YT3A 3LPTA 4LH4A 4N76A 1YTAA 3L2RA 1T8EA 3OS1A 3DMJA 1XC9A 2JLEA 1NKEA 1L3VA 4CK3A 3E01A 2Z1HA 4YFUA 1QSLA 3LP3A 4NCAA 2YNHA 2GV9A 4DQQA 4R5PA 4OKEA 3HP6A 1XWLA 1N5YA 3HSTB 4O5BA 4FJ8A 1S6QA 1IG9A 3TAGA 4ZTFA 3OYAA 3V1RA 1VSKA 4FLYA 5CZ1A 2OA8A 3M8RA 2XY8A 4CFBA 3V9ZA 3QEVA 1U49A 2QKBA 1IO2A 1RBRA 1TVRA 3K5NA 3PX4A 4CCHA 1RDBA 1LWFA 4CIFA 3L3UA 4DTXA 1KTQA 3VQ7A 3SUOA 2ZD1A 3S3OA 4CF9A 3AA3A 4N41A 4M3RA 1S1XA 3OYJA 3CFOA 2HHXA 1TKTA 3OYMA 1C1CA 4C8KA 3AA5X 4O0JA 1LWEA 3SZ2A 2BGGA 3DRPA 2VG6A 4B8AB 1VRUA 4CJ3A 3DLGA 3QNNA 4CJRA 3MXIA 1X9SA 1YTUA 1B92A 5CYQA 1IKXA 4I9LA 4CFDA 4RW6A 1QHTA 1BGXT 3KLIA 3NF8A 1WSJA 3TAFA 1D5AA 1NKCA 1VSEA 2VG7A 4N56A 1VSHA 2G8UA 2HVIA 3S3NA 5CYMA 5FRNA 4CK1A 1LWCA 1U04A 3ZSRA 4CE9A 4CJWA 1TV6A 2KFZA 1U47A 3U3YA 4C8NA 3AO1A 1C6VA 2RN2A 4E7IA 1CXUA 3JSMA 3NFAA 1BIZA 5CY4A 4KFBA 4DFJA 3EYZA 3CQ8A 1T03A 3QEXA 4Y1DA 1EETA 3SUQA 4QCLA 4DTRA 3DLBA 3KLHA 4CHPA 4FJHA 4FYDA 1L3UA 1RT1A 2XHBA 2HHTA 3QLHA 2VWKA 1HMVA 3KK1A 2PY5A 1RTIA 4CF1A 3SV3A 4IBNA 3OYEA 4DFPA 1Z25A 3NF6A 4AHSA 1SKRA 4E7KA 1N6QA 2GBZA 3NBPA 3L2WA 3MEEA 3NH1A 1REVA 1TAUA 2W42A 1NJYA 4HHTA 5SWMA 1RT6A 4BDZA 4I9QA 3ZSXA 3ISNC 2ATQA 4FLTA 4HUFA 3NF9A 5KRSA 4XIUA 1BL3A 3LALA 4H4OA 4LSNA 1VSFA 3KIOA 4GMJB 4CECA 4CEZA 3LZJA 3ALYA 3SUPA 2A1RA 4LSLA 2YNGA 3AVGA 4E3SA 4E89A 3ZCMA 4FLXA 3HP9A 4CGJA 3NH0A 3P83D 3V9XA 1CZ9A 4GW6A 3SQ1A 2QKKA 4K8ZA 3AVIA 1TAQA 2P5GA 2E6MA 4B9NA 3KK2A 2O4GA 3OJUA 1QSYA 3MAQA 1QSSA 1S6PA 1I39A 1FKPA 4DTPA 4W5OA 3KLEA 4CGFA 2HW3A 4FJNA 1Q8IA 1A5VA 4OGEA 5HLFA 3B6PA 1ASUA 4IDKA 3PY8A 4M3TA 2HHQA 1RBUA 4E0DA 1LAWA 1ZBFA 4FJLA 1ZYQA 2VG5A 3QINA 3TAQA 3O4NA 3U3GA 4RW7A 2VWJA 2EX3A 1BCOA 4DSEA 3SPZA 1HPZA 1QTMA 4ID1A 4KPYA 3IS9A 1SKSA 3RRHA 3JYTA 4J2BA 5D3GA 3MXJA 1BI4A 4ZTJA 1HRHA 1HNVA 1WAFA 3AVKA 4FM0A 3VQBA 2F96A 3HPOA 3P1GA 1ZBHA 1BISA 3V1QA 1EP4A 1EXQA 1Z26A 4KHWA 1SL0A 5HROA 4FJ5A 4CIEA 1T7PA 4C8MA 4KHQA 2OYQA 3ZT1A 5KTQA 4Z4EA 4DTSA 3AVLA 3NGIA 3L8BA 2FBXA 3AVJA 3AVMA 4CEOA 1IH7A 1T05A 1RTHA 4Z4CA 1FXXA 3ZSOA 4DQRA 4FJJA 1BQNA 1KLMA 5J2MA 5T7BA 2PYJA 1KVAA 1HYVA 1SUQA 5C42A 1WSEA 3D0PA 3C94A 3QESA 2IS3A 3DM2A 4CJVA 3AO5A 1BI4B 4KV8A 4CJEA 1JL2A 4DTMA 3V9SA 2DFFA 3S3MA 4BE0A 4NYFA 3HXMA 4AHUA 4F3OA 2I5JA 4MQ3A 1HYSA 3L2QA 3VQ5A 4CJQA 4DF8A 4OLBA 3L2VA 3NGZA 4B9TA 1KVBA 4EZ6A 4FJKA 1RT3A 3F9KA 1RTJA 2XRIA 4KREA 1ASWA 3WNEA 3I8DA 3VQ6A 2P51A 2HHUA 3AO4A 4E19A 2D0BA 4M45A 3PUFA 1WNSA 4PY5A 4FZXC 4H4MA 4OKKA 3O4QA 3TWHA 3AO2A 2YKMA 4M3WA 4Z4FA 1NK8A 3AVBA 1QE1A 3RR7A 4W5TA 3ZT4A 3NDKA 1HYZA 1SKWA 3DOLA 1NK4A 1CLQA 3SUNA 3RWUA 3FFIA 3HL8A 4BDYA 4LD0A 4CGGA 1DLOA 1FKOA 1NJWA 2XO7A 4W5QA 2QK9A 5SZTA 1R0AA 3K2PA 4FZZA 2R7YA 2OPQA 4M42A 3IRXA 4WE1A 1GOBA 4DSFA 2OPRA 1IKWA 1UA1A 3SQ2A 3QIPA 3VA3A 4MFBA 5DMRA 3OYLA 2D0CA 3HO1A 4LY7A 4AILC 2BANA 2KQ2A 3SI6A 1O1WA 3SJJA 4Z4IA 1K6YA 1BHLA 1EX4A 1TKZA 2HB5A 3IAYA 3CFRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XY5A 3KWGA 3LPUA 1KXPA 5GAEP 3O6WA 4CJUA 1LV5A 2QXFA 1X9MA 4KTQA 1OH8A 3ZT2A 4JI8K 4JV5K 1A5WA 3VEVA 4E1NA 4GVEA 4CF2A 3O8MA 5J2QA 2DY4A 3MECA 4BRGA 4Q0BA 3KK3A 4ID5A 1JLCA 4FM2A 1UOCA 4CVNE 3D2EA 3AVFA 5AZIA 4JHDA 4CEAA 5K14A 4FW2A 3OS0A 1ZBLA 4BQZA 1YJNN 2D5RA 3C6UA 2G8VA 1JLQA 3THWA 5AQHA 3IDHA 3AV9A 1Z6RA 3OYCA 4DQSA 4O0IA 1N33K 1KLNA 4FWMA 4B9VA 1JLEA 5AJ3K 3CCRN 1CZAN 4OPHA 4DLGA 3VA0A 2YI1A 5AFUH 1JLFA 3CC2N 1XNRK 1Q9XA 3JXUA 3CIPA 3M5RA 3V81A 5AZJB 5AQYA 4CJFA 2HMIA 4CGIA 3GE1A 3KLFA 1TL1A 1U6ZA 3VF4A 3THYB 1W9HA 1TKXA 1QQCA 1SAZA 1QQMA 1WSGA 2E2PA 2FBTA 4B9SA 5BPLA 5DM7L 3RMBA 2BH1A 3AA2A 3RVCA 1KQSM 1X1PA 1ESVA 4K41A 4CJ7A 1QZ5A 4KH5A 4M3UA 1K8KB 2DFEA 3D45A 2G8KA 5E84A 5LMUK 4Z4GA 3MDQA 5GIOA 2NRVA 4DHYA 5C2DA 5AQFA 3RSEA 5HP1A 3B6OA 3V9WA 4GKJK 3LANA 4JKFA 3E9LA 5FRMA 4DTJA 3VGLA 2X6SA 5J1EA 1SL2A 4PWDA 4QAGA 4DSKA 3IKMA 1IKYA 4H0VB 4FLUA 2CH5A 1KRPA 1S1VA 1HX1A 4CEEA 3ZSYA 5C12A 1RDDA 3G71N 4HTUA 4ISEA 3VQEA 1GLCG 2VYPA 3TAEA 5BPNA 5HBMA 4LF8K 1WLJA 3R6MA 1U48A 3AGKA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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