1LAVA

Stabilization of escherichia coli ribonuclease hi by cavity-filling mutations within a hydrophobic core
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYLRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Stabilization of Escherichia coli ribonuclease HI by cavity-filling mutations within a hydrophobic core.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE H
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
total genus 52
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1993-05-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1lavA00
2YHBA 5E41A 4CF1A 4CJ4A 3NGZA 1WSIA 1Q9XA 3SNNA 4RG8A 2HMIA 3AA3A 3ZSZA 4CJEA 3PX0A 1ZBHA 1C6VA 4M3XA 4M3WA 2E4LA 4DTRA 4OLAA 3V9UA 1NK8A 4O5BA 4Y1CA 4FJKA 4KHSA 5HP1A 4PQUA 4JRQA 1NJYA 4TSXA 3TAMA 4CK3A 1JLEA 1TKXA 4FM2A 4DTPA 1TKTA 3M8QA 1N6QA 4KPYA 4I9LA 4M45A 4F2RA 2HNYA 4DQIA 1KTQA 4AHCA 4FLUA 1RTIA 1KLNA 1LAVA 4E7HA 4ELTA 3DRPA 1L3VA 1ASVA 1REVA 4EP4A 5KGXA 3L2RA 1RNHA 5KRSA 1RDAA 3DRSA 3HP6A 1O1WA 4N5SA 3C6UA 3T3FA 2OPQA 2YNGA 3ITHA 3OYBA 3K5MA 4FVMA 4JS5A 2BE2A 1D8YA 4KHUA 3OS2A 1JLBA 2X6SA 4FJNA 1G15A 3AVCA 4I2QA 5SZTA 2QKBA 1RT2A 1VSIA 4CEOA 1T05A 3RR8A 3T1AA 4CJFA 2Y1JA 2YNHA 3HSTB 2R7YA 2Q3SA 1CXQA 3CG7A 4R5PA 1XI1A 1NK4A 1Z26A 3HK2A 2PYLA 1RDCA 1CLQA 4CGJA 5K14A 1VSLA 4ICLA 4UQGA 3OYDA 1TK5A 3DLHA 4DFMA 4E0DA 2HHSA 4CJ3A 3OS0A 3LDSA 3QESA 3LALA 3TAQA 3KD1E 4KB0A 4BE1A 1JL2A 2YV0X 3VN5A 4KTWA 4B08A 1LWFA 1YT3A 1NKCA 3PO5A 4DSKA 4RW8A 2G8UA 4DFJA 3NH1A 3AVGA 4W5NA 1BQMA 1RDBA 3L2UA 1RTJA 2F8SA 3OJUA 1TKZA 3AVHA 1TAQA 3AVBA 4OJRA 4BWMA 4FJGA 3NF8A 2Z1GA 1X9SA 2I5JA 2OPPA 2D0CA 4LSLA 2ZQBA 4ELVA 4J2BA 4FW2A 2KTQA 1T8EA 2B5JA 3OYJA 2JLEA 5J2QA 4CECA 1RT4A 4FYDA 3ULDA 2HHWA 1HQUA 3CFOA 3VQDA 4B9TA 1XWLA 1HRHA 4AH9A 4CEZA 4HTUA 3S9HA 1RBUA 4DLGA 2O4IA 4K8ZA 4DTNA 1DTTA 3JYTA 3ISNC 1VSEA 3WNGA 4DFKA 1RT5A 3AA5X 4FJIA 1IKVA 1BCMA 4F3OA 3F9KA 3SV4A 3PX4A 3NE6A 1R0AA 2G8HA 3V9XA 4CCHA 4KI6A 3ZCMA 1UAXA 1NK5A 3SQ4A 4J2DA 3MXIA 1NK6A 3L2WA 4Z4HA 2P51A 3LPTA 1VSHA 4EZ9A 2B6AA 4FJ8A 1D5AA 1S1WA 1KVAA 1VSMA 3AVLA 3LAKA 3U3GA 3OVNA 3PUFA 4KKOA 3LWMA 2DFEA 3L2VA 3V4IA 4I7FA 1TK8A 2FBVA 2ITGA 4IDKA 4B8AB 3KLEA 3SUNA 2WONA 4FJXA 4DWIA 4I2PA 3U3YA 3SZ2A 3U6FA 1C1BA 1U04A 4ID5A 1GOBA 3QO9A 3P5JA 2IGIA 3DI6A 1RT1A 3IS9A 1UWBA 4KI4A 4BDYA 1KFSA 3LANA 1QTMA 2KZZA 4QOZB 4Z4FA 2XY8A 4BE0A 1U4BA 5T7BA 4KTQA 3TAPA 3HM9A 4AHSA 2HNDA 1RT3A 4JLHA 3NAEA 4DQRA 4CHQA 3KD5E 1BI4A 3HJFA 4N47A 1ASUA 1SL1A 3NF7A 2RPIA 1JLAA 3O3FA 3S3NA 3S3OA 4CJLA 3OYHA 1NJWA 1QHTA 1X9WA 1XHZA 3VQPA 3KKRA 4W5TA 4CJUA 1I3AA 3LP1A 4FLXA 2OA8A 2GBZA 3AA2A 4B9NA 4CF9A 5HROA 4C8LA 2E6MA 4DQPA 4M42A 1HYZA 1KRPA 3M8RA 2G8IA 4FLYA 3SCXA 4AHRA 3MEDA 3A2FA 1ITGA 1C0MA 4CFAA 4PWDA 4DS5A 4GMJB 5C24A 2XHBA 3QNOA 5CYQA 3KLFA 1EX4A 4N56A 2DTUA 4DTMA 4CEBA 1J53A 3F73A 2KZMA 3KKSA 3OS1A 4DFPA 5JS2A 1X9MA 5KGWA 3DOKA 4M41A 4B9SA 4CE9A 2X78A 3G10A 2ZD1A 4LH5A 3DLEA 3M8PA 4J2AA 1D9FA 4DTJA 1FKPA 1N5YA 3O4NA 1HQEA 2FC0A 4KV8A 1S1TA 2G8WA 1B9DA 2XY7A 3SPZA 1J5OA 4FM0A 3HO1A 2GV9A 3AO5A 4CJQA 2RN2A 2HNZA 4KO0A 1BL3A 2E6LA 2QXFA 4DMNA 5C25A 1W0HA 4E7JA 4RW4A 4Z4EA 1LW0A 4W5OA 3TR8A 3LWLA 3CYMA 3VQCA 3DMJA 5I42A 3I0RA 3NGIA 1RTHA 5CZ2A 2HHQA 1NOZA 1GOAA 2DY4A 3MEEA 2YNIA 3D0PA 1S6PA 3DM2A 4ZHRA 3FFIA 4F8RA 1KVBA 3AO3A 4FK0A 1WAFA 3AVAA 3M8SA 2D0AA 1DTQA 4OKKA 4B9LA 3AO1A 5FROA 1GOCA 2D0BA 4C8NA 3PY8A 3O4QA 4NYFA 1SL0A 4CIGA 1ASWA 4GVMA 2KW4A 3HT3A 4BACA 3SV3A 4F2SA 1RBRA 1TAUA 4DTXA 1BISA 2Z1HA 1NJXA 4E7LA 2HVIA 3LPUA 3VA3A 3TAEA 5HBMA 1S1VA 2VG5A 3EYZA 2IS3A 2HW3A 4AHUA 4DTUA 4IG0A 4AHVA 3MECA 1ZBUA 4CJPA 4E1NA 4EP5A 3OYKA 3RMBA 3SQ1A 1NKEA 5D3GA 4B9UA 5JS1A 3CQ8A 1QSYA 1QQCA 1L5UA 3KTQA 3DLKA 3L3UA 3ZT0A 4HUGA 4KREA 4O44A 3SQ2A 4CESA 1KSPA 3PO4A 1KLMA 4ELUA 1L3SA 4QCLA 5HRNA 2F8TA 3ZT4A 1TKDA 1WSGA 1BGXT 4LY7A 4BE2A 3PV8A 1C1AA 3B6OA 2EX3A 4CERA 3AVNA 4CGGA 4OGCA 1K6YA 3SJJA 3TI0A 4GW6A 5HRPA 3OJSA 4E7KA 4LD0A 2VG7A 1S1UA 3V1RA 2VWJA 1NK0A 2QKKA 5I3UA 4I9QA 2KFNA 3QLHA 4CEAA 1EETA 5J2MA 4FJ7A 4CGDA 4HUEA 4IKFA 4CHZA 1HJRA 4IG3A 2FBTA 3ZSVA 3JSMA 3K57A 4RW6A 2IC3A 4H4MA 3I8DA 1QSLA 4CF0A 1VRUA 3G0ZA 1LWCA 3ZSQA 4OKJA 4OPKA 1ZBFA 4DSJA 3RWUA 2G8VA 1KVCA 4FLTA 2VWKA 1YTAA 3SUPA 1Q8IA 1WAJA 1J9AA 1NK7A 1VRTA 1RBSA 4B9MA 3LP2A 3RMCA 3SQ0A 3HL8A 3QEXA 4M3TA 2AJQA 1RILA 3MXJA 2FBYA 3KK2A 4Z4GA 3RMDA 1S9EA 3AO2A 4Z4CA 1JXBA 4KTZA 2OZMA 1CZBA 1Q9YA 4N41A 4AILC 1QSSA 3IRXA 4ID1A 3O3GA 2YNFA 4IFYA 3KLGA 2P5GA 3AVFA 3KIOA 4DS4A 1U45A 1U49A 1NOYA 4B3OA 2HHUA 3D45A 3LZIA 1SKRA 4CJTA 3DYAA 3SYZA 4PUOA 4Q0BA 1B9FA 4CHPA 3ZSRA 4FZXC 3RTVA 2DFFA 3NH2A 2XY6A 5HRRA 2HHXA 1BIUA 4M3YA 1RT6A 3V9SA 2IDOA 3V1QA 3VQ9A 1IO2A 4CHYA 1LV5A 3ZT3A 1X1PA 1L3TA 1WN7A 3ZSXA 4KHWA 4PA1A 3VQAA 3K5LA 3KK1A 4M3ZA 2GUIA 3RMAA 3P1GA 3MXMA 4CGIA 4CF2A 4CGHA 3NDKA 4G1QA 4FJ9A 2PYJA 1CXUA 1Y97A 5KTQA 3EY1A 4MQ3A 3PX6A 3HPGA 1LAWA 1U48A 1IG9A 2YKNA 4KFBA 1VSJA 3ALYA 4L8RB 2YKMA 4E89A 3RRHA 1DLOA 1KCFA 3QEPA 4DU3A 3H08A 3DLGA 3AVIA 2XY5A 4KAZA 3CM5A 3CM6A 5FRMA 4Z4IA 3B6PA 1UA0A 3V1OA 4CFBA 4MFBA 1U47A 3QERA 1IKYA 4OVLA 4CHOA 3K2PA 3QETA 4BDPA 4FK4A 4HHTA 2ATQA 2W42A 2IAJA 3NFAA 4CEQA 4M3RA 3MEGA 3QIOA 4BWJA 3C94A 1BQNA 3ZSWA 3OYFA 4KHYA 1QE1A 4CK2A 3V9ZA 5C42A 4B9VA 1HPZA 3QINA 5CYMA 1NK9A 1C0UA 3BGRA 3WNEA 4E7IA 4EZ6A 4IBNA 1RBVA 1S5JA 1JKHA 1HNIA 2VG6A 1HMVA 2JGUA 3L8BA 2X6NA 3LZJA 1BI4B 1ZYQA 4HCBA 1BCOA 1WSFA 5KI6A 2RF2A 4C8KA 2F96A 4K8XA 2XRIA 4FLVA 4F3TA 4FJMA 3C95A 5EU7A 4LSNA 4FJHA 3HPHA 1XHXA 3QIPA 3WNFA 3OYGA 3KJVA 4CGFA 3V6DA 4FM1A 5HLFA 1SKSA 4NCBA 1RDDA 4ZTJA 3SUOA 3L3VA 2LSNA 2QK9A 1HYSA 4DF4A 4OGEA 1TGOA 3OYMA 1S1XA 3K5OA 4CEEA 3VQ8A 3ZT1A 1WSEA 2ZE2A 3QEIA 4NCAA 3ZSOA 4J2EA 3HPOA 3LAMA 2BDPA 1WLJA 3NHGA 3HXMA 3DLRA 4CJVA 1FXXA 1JLQA 4HCCA 5FDLA 4KHNA 3AV9A 3NBPA 3NF6A 2PZSA 1L3UA 2O4GA 5J2NA 3OYNA 3OYCA 1VK0A 1B92A 1HNVA 1RT7A 1YVUA 4E19A 5J2PA 4KB1A 1LWEA 1SUQA 4DLEA 2HHTA 2RKIA 2FBXA 3VQBA 3CFPA 4DSFA 3HVRA 3BDPA 2A1RA 3C6TA 4HUFA 3OYAA 3AA4A 4CEDA 4AHTA 3LP3A 3TANA 1EP4A 3EZ5A 3SI6A 4FCYA 3UIQA 4Z0UA 1D9DA 1JL1A 4HVJA 1F21A 4Q5VA 2KFZA 5FRNA 1RBTA 3HP9A 1JXEA 4W5QA 4FJJA 2P5OA 3ZT2A 4DSIA 1IH7A 3I0SA 4DTOA 1ZBLA 4JS4A 4DG1A 2G8FA 3VQ7A 2Z1IA 3S3MA 4ZTFA 2G8KA 3TABA 1WSJA 1FK9A 4CIFA 4WE1A 2HVHA 1SL2A 4FLWA 2OYQA 2A1SA 4C8MA 1VSFA 1TL3A 1FKOA 2OPRA 4CEFA 4DF8A 4PY5A 4NYNA 2Y1IA 1A5XA 1QS4A 3HVTA 3WNHA 4O4GA 3VQEA 3ZSYA 4E1MA 4B8CA 2HHVA 1ZBIA 1IKXA 4JRPA 4BDZA 3IAYA 1S9GA 3QNNA 4FJLA 3VA0A 4C8OA 4RW9A 3VQ5A 3K5NA 4RW7A 3ASMA 4FLZA 1BHLA 5CZ1A 1YTUA 3IG1A 3OYIA 1NJZA 3TARA 3CFRA 3K58A 4CFDA 4NCGA 3KLHA 4O0IA 3MAQA 2PY5A 4CJWA 4E3SA 1SKWA 4DSEA 3P83D 1BIZA 1UOCA 3NGYA 2ETJA 3T19A 3RRGA 4H8KA 1W9HA 3THVA 1J54A 4O55A 3AO4A 4M3UA 4CJ5A 1A5WA 1TV6A 3O3HA 1JLCA 1VSDA 3DOLA 2NUBA 4QAGA 4CJSA 4DQSA 2BANA 2D5RA 3AVKA 3AVMA 2BGGA 2P1JA 5J1EA 3L2QA 1HYVA 4O0JA 3OYLA 4FZZA 1T03A 4CJRA 4KHQA 2B4JA 4FZYA 2XO7A 5SWMA 2Z1JA 3LP0A 4FK2A 4CF8A 3OY9A 3NH0A 4YFUA 4FXDA 1A5VA 1LW2A 1WSHA 2X74A 4LH4A 4YNQA 1EXQA 2IOCA 3V81A 2OZSA 3TWHA 1KFDA 5CY4A 1SV5A 3KLIA 1IKWA 1Z25A 1XC9A 5KRTA 1WNSA 3NF9A 1T7PA 1CZ9A 3VQ4A 3HYFA 2HB5A 1JLFA 1RTDA 1EKEA 2KQ2A 3KK3A 4H4OA 3SPYA 4XIUA 3DLBA 3RR7A 1JLGA 2YHAA 1C1CA 4CFCA 5HRSA 2WOMA 3OYEA 3TAGA 4KRFA 5DMRA 4DTSA 3TAFA 4CK1A 4IFVA 1S6QA 4DU1A 5DK5A 2DFHA 4FW1A 4OPJA 3SUQA 1C0TA 1TVRA 3V9WA 4F4KA 4FJ5A 4Y1DA 3VQ6A 4DSLA 2EHGA 2OPSA 3K59A 4N76A 4DQQA 4OLBA 4OKEA 3DRRA 3NCIA 1VSKA 4CJKA 1TK0A 1I39A 1MU2A 1NKBA 3QEWA 1RCHA 3E01A 4W5RA 4DU4A 3AVJA 4CIEA 1UA1A 4CHNA 3QEVA 1TL1A 3VQQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2YHBA 4B1VA 1JCEA 4CJ4A 2HMIA 4RG8A 3CF5L 3AA3A 3ZSZA 4CJEA 3PX0A 1ZBHA 4M3WA 4CZGA 4M7XA 4Y1CA 4PQUA 5AQXA 2HBKA 1VQMN 4XEIA 4FWSA 1MDUB 4DTPA 4FM2A 2GTDA 3O9UA 4BRPA 4M45A 4DQIA 1KTQA 5AZJA 4FLUA 1LAVA 4CJ7A 3DRPA 4A62A 4FL9A 4B1YB 1QZ5A 1RDAA 3NVMA 4CBWA 4N5SA 5AZIB 3ITHA 4FVMA 2BE2A 1JLBA 3OTOK 3AVCA 4DV1K 4I2QA 1RT2A 1VSIA 2KLAA 1T05A 3RR8A 5GIOA 4R5PA 1NK4A 1Z26A 5AQHA 2PYLA 1CLQA 5K14A 1TK5A 3AGRA 4BG8A 3UKUA 3LDSA 2O8EA 1NMDA 3LALA 1HNZK 3O9RA 4DV5K 4CBUA 5MLCQ 4B08A 1LWFA 1NKCA 4MO5A 4RW8A 2QTDA 1W97L 4WFAL 4DFJA 4W5NA 1BQMA 2F8SA 3E9LA 1VAZA 3AVHA 3ZX2A 3R9PA 3GG4A 2D0CA 2ZQBA 4ELVA 2KTQA 1T8EA 4MDBA 4CECA 1HQUA 3CQYA 3VQDA 1HRHA 3O1BA 5FPEA 4K8ZA 3SJHA 1VSEA 3WNGA 3AA5X 3TTCA 3PX4A 4OPAA 1R0AA 2G8HA 4CCHA 3VEYA 3SQ4A 2P51A 1N8RO 4FJ8A 1D5AA 2YHXA 4JEPA 4LF6K 5CR4A 3OVNA 3PUFA 3QFPA 4KKOA 1BUPA 3V4IA 2ITGA 4IDKA 4DWIA 5GADP 4DCHA 2P9UA 3U3YA 4LF8K 1VQNN 3SZ2A 3LDPA 1U04A 3DI6A 5M1QA 3QB0A 2KZZA 4Z4FA 2XY8A 4A61A 2CGKA 5AQNA 3HM9A 3J7YP 2GWKA 4DQRA 5EOYA 3KD5E 1BI4A 1SL1A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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