1LAVA

Stabilization of escherichia coli ribonuclease hi by cavity-filling mutations within a hydrophobic core
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYLRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Stabilization of Escherichia coli ribonuclease HI by cavity-filling mutations within a hydrophobic core.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE H
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
total genus 52
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1993-05-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1lavA00
3CFPA 3SYZA 4DLEA 4DQRA 1JLGA 3AO4A 3SI6A 1IKVA 1KVAA 2E6LA 3AV9A 1TVRA 3CM6A 2XHBA 2GBZA 1RTHA 1C0MA 4EP5A 1VRUA 1KTQA 3SUPA 1BQMA 2P51A 2YKNA 3K2PA 5KRSA 4DTSA 4DTNA 4KAZA 4PWDA 3IRXA 4N76A 2E6MA 3D45A 3IS9A 4RW4A 3P83D 1REVA 1GOBA 3KKSA 4Z4CA 4OJRA 1RT4A 3JYTA 5K14A 1WSFA 2FBTA 2RF2A 2HHVA 3I0SA 4H4OA 4LSNA 4AH9A 4Z4EA 3V9SA 3V4IA 1VSIA 4AHTA 2YKMA 2D0BA 2VWKA 1SL0A 4MQ3A 3L2VA 3SQ2A 4FLZA 1T05A 4CFCA 4BWMA 2HW3A 4RW8A 1B9FA 2GUIA 2OPRA 4RW6A 4CF2A 5KTQA 3V6DA 1LW2A 3OYAA 1L3TA 1Q9XA 3O3FA 5I42A 4FJLA 4BWJA 4DQIA 2OPSA 4E7LA 3WNFA 4W5RA 3NGZA 4DTOA 1CXUA 4JS4A 4FCYA 5J2PA 5FRMA 1RDCA 5HP1A 4CJSA 1IH7A 1LWFA 3A2FA 4HUEA 1ZBIA 2X6NA 4FK2A 4NCAA 2OYQA 2ETJA 2JGUA 2RKIA 4W5TA 3OJUA 1BIZA 4J2EA 3MEGA 1CZBA 1Z26A 3QESA 1C0TA 4E7IA 4CEOA 3OYHA 4KB1A 4C8KA 1YVUA 3G10A 1JLQA 3ZSZA 4DSLA 4DSFA 1TKXA 2RPIA 1IKWA 3O3HA 2Q3SA 4ELUA 5C25A 4I7FA 3NH2A 1TL1A 3OYEA 3VA0A 4CJRA 3MXIA 2OA8A 3LWMA 3S9HA 3DI6A 4FZZA 2G8VA 2X74A 5I3UA 4CJTA 3ZSVA 1NKCA 3TAMA 1NJXA 4Z4HA 1WSHA 4I9QA 1I39A 3AVCA 1NK6A 3L2WA 3KK1A 1FXXA 1RBUA 2W42A 1QSYA 2HVHA 1J5OA 4CHQA 2O4IA 3RMBA 1HPZA 2HNYA 3HO1A 4Z4FA 3HP9A 4CJVA 3AVIA 5FROA 3F9KA 4DFMA 1BCOA 1FK9A 5J2QA 1QE1A 1C1AA 3DRRA 1HQUA 1HJRA 4NCGA 4KTQA 1TKZA 3K58A 4DFKA 1Y97A 5CYMA 3ZT4A 1RBTA 3C95A 3CFRA 3SQ4A 3PX0A 1KVCA 1XHZA 3QEPA 4Z4IA 3F73A 1U47A 2WOMA 4LSLA 3PO5A 1K6YA 3VQAA 5J2MA 1VSLA 2HHUA 1SL1A 1BI4B 3S3NA 1WLJA 3SUOA 2VWJA 1NK0A 4KTZA 3NH0A 4DTRA 1NK7A 1QSSA 3AO5A 5D3GA 3NF7A 3VQ7A 3NHGA 4ID5A 1XWLA 3PO4A 4CE9A 3VQ9A 3VQBA 3OYJA 3U3GA 4B9UA 4FLUA 3LAKA 2IC3A 3SUNA 3WNGA 4IFVA 2E4LA 3OYGA 1LWCA 4LY7A 3V9UA 1W9HA 4FM1A 3AA4A 4CJ3A 4PY5A 4CJEA 3LZJA 4KREA 1Q8IA 4BACA 1RILA 1ZBUA 3B6PA 2OPQA 1B9DA 4DS4A 1NJWA 1QQCA 5CZ2A 4CJUA 1O1WA 4IBNA 2DY4A 2BE2A 3VQCA 4MFBA 4B08A 1C1CA 2XRIA 4RG8A 4FLWA 4EZ9A 2QK9A 1BQNA 3RRGA 4FJKA 2Z1HA 4FYDA 3AO1A 2Z1IA 3DOKA 3NF6A 3AVJA 3ULDA 3K5MA 5C24A 2KFNA 4FLYA 2XY5A 3L3UA 2LSNA 2G8WA 1BISA 2FC0A 4CJ4A 3NFAA 5HBMA 3DOLA 3C6TA 1MU2A 4K8XA 1HYSA 2KQ2A 2D0CA 1Q9YA 3CG7A 1T03A 3RMCA 2DTUA 3K5NA 4FJIA 4J2DA 4O0IA 3VQDA 2QKKA 4FJGA 2JLEA 4IG3A 3SQ1A 4N56A 3NH1A 1RBVA 3VQ6A 3QIPA 1L3SA 2FBYA 3NAEA 4JS5A 3QO9A 3ZSQA 4DTMA 3SJJA 4FM2A 2P5GA 3KK2A 3L2UA 4FLXA 4YNQA 4CGGA 1HYVA 4E3SA 3SPYA 1TK8A 1S9EA 4CJLA 5KGXA 3SV4A 2PY5A 3L3VA 3AVGA 3M8SA 2HHQA 3WNEA 4M3UA 2X6SA 1TAQA 4C8NA 4KV8A 1BGXT 2FBXA 4F3OA 3NGYA 3KKRA 1NK5A 3RMAA 1VSMA 3OYCA 3U6FA 4J2AA 4BDYA 2VG6A 3LPTA 4O55A 4F4KA 1S5JA 5CY4A 4DFJA 1EXQA 4CK3A 4DQQA 3OYKA 3TAQA 1SL2A 1WSEA 1LWEA 3DMJA 1RT3A 3MEEA 1U48A 1FKPA 4KI6A 4E0DA 4M3XA 4CGHA 4DF8A 3LAMA 4CECA 4JRPA 4FJ7A 4FJ8A 4LH4A 3AVFA 3ZSXA 3RTVA 3WNHA 5HLFA 5SWMA 3ZT2A 1U4BA 1SKWA 2YHAA 1EX4A 4CEDA 1KFDA 3OYBA 4CHPA 1NJZA 1DLOA 4PQUA 4DSKA 5FRNA 4CEEA 2ZD1A 2EX3A 3LP3A 1GOCA 4DWIA 2HHSA 4BDZA 3I0RA 1D8YA 3OS1A 1IG9A 4Y1DA 4ID1A 3OYLA 2YNGA 1X9SA 4DSJA 1JLFA 2DFEA 2F96A 3HT3A 1VSJA 5DMRA 4M3YA 5JS2A 2AJQA 4OKEA 4CF8A 4HUFA 4FM0A 2DFHA 2YNFA 4HUGA 1UWBA 2OPPA 4CHNA 3K5OA 2XY8A 4GMJB 3ZSRA 3ZSWA 4R5PA 2B4JA 1EKEA 3DYAA 3V9ZA 1QS4A 2EHGA 3TI0A 2G8UA 4M3WA 3DRPA 4AHUA 3KLEA 3E01A 1IO2A 3KTQA 4NYNA 2BGGA 1RTIA 4CJWA 1KVBA 4W5QA 4C8OA 3NGIA 3SPZA 4Z0UA 3RR7A 1BI4A 1JLBA 1RDAA 4FJMA 2I5JA 1X1PA 2DFFA 1TGOA 4DU1A 4DF4A 3RWUA 1VK0A 2D5RA 2GV9A 3BGRA 3QEIA 1YTAA 3TARA 1UA1A 1NK9A 1NKEA 4B9MA 2BDPA 4B9SA 3KLFA 2G8IA 1NOZA 4M45A 3LP2A 4CIGA 5CYQA 4OKKA 1DTTA 4CK1A 4Q5VA 1SKRA 5FDLA 1SV5A 4HTUA 4AHCA 3MXMA 1UA0A 3JSMA 1NKBA 4E89A 3LP0A 1A5WA 4DQPA 3S3MA 4CHOA 4ICLA 4DSEA 3DLBA 4N41A 4CJ5A 4DLGA 1ASWA 4EZ6A 2ZQBA 4FZXC 1WNSA 1Z25A 3AO3A 2WONA 4BE0A 1LW0A 1RT1A 4C8MA 2FBVA 3ALYA 3CQ8A 2D0AA 3QERA 4M3ZA 3OVNA 3QEXA 4HCBA 5HRPA 3HPOA 1JL1A 3BDPA 1ASVA 2O4GA 2IAJA 2IGIA 5EU7A 1TL3A 2ITGA 3V1QA 4DFPA 3D0PA 4DQSA 4I9LA 4KFBA 3HP6A 4KHWA 4O5BA 4KHNA 4CEZA 4BE2A 3HK2A 3LANA 3M8RA 1S1TA 4AHSA 3KK3A 1TK0A 1U04A 3VQPA 4FW1A 3RRHA 4F8RA 4KPYA 4DU4A 2HNDA 4IG0A 1ITGA 5DK5A 2KTQA 4AILC 3OYDA 3T19A 3TWHA 4O44A 3MAQA 3V9WA 4CF9A 3EYZA 1JLAA 2Y1JA 1YTUA 1ZBFA 4FVMA 4FXDA 1KLMA 3TR8A 3CFOA 3LALA 4CGJA 4KO0A 4TSXA 1L5UA 1U45A 1CLQA 3NDKA 1W0HA 4DTJA 4KHYA 3PV8A 1WN7A 3PX6A 1UOCA 4QAGA 3C94A 5HRSA 3AVAA 1A5VA 3HL8A 3QIOA 4FK0A 2A1SA 4QCLA 1TKDA 1JKHA 4YFUA 3I8DA 4B8CA 4HHTA 3OY9A 3OJSA 4CCHA 1TV6A 4JLHA 3U3YA 1TKTA 2PYJA 4OLBA 3CM5A 2YNIA 4DTPA 1VSEA 3VQ8A 4F3TA 4CEQA 3NCIA 5KGWA 4AHVA 1ZBHA 4J2BA 1F21A 2G8HA 3B6OA 3SV3A 4B9LA 4FJ5A 3NF8A 1VSDA 1WSJA 3SZ2A 3OYFA 1NK4A 4B8AB 2P1JA 3MECA 5J1EA 1TK5A 4ZTFA 4FJHA 1IKYA 4H8KA 4K8ZA 1JXEA 3HM9A 1X9WA 4O4GA 4NCBA 1JLCA 2IDOA 4G1QA 4CGIA 4E1NA 2PYLA 3AVHA 1LAWA 3LZIA 4FZYA 4CHZA 1YT3A 3QEVA 3V1RA 1T7PA 1UAXA 3M8PA 3O4QA 3EY1A 2P5OA 2Z1JA 3DLKA 2R7YA 4FW2A 4B3OA 2KZMA 4B9VA 3VQ5A 3ZCMA 1VSHA 1JXBA 1QHTA 1WAFA 4RW9A 3DRSA 2X78A 4OVLA 1X9MA 2HB5A 3QEWA 4AHRA 2IS3A 4DTXA 1EETA 3DLRA 4CIEA 1VRTA 3QINA 3QNOA 4UQGA 3TABA 4DSIA 2PZSA 3HVTA 3MEDA 1RDDA 5HROA 3K57A 3SCXA 1JLEA 1S1UA 3IAYA 1I3AA 4BE1A 3SUQA 2HHWA 5E41A 3ASMA 3LPUA 4CJPA 3RMDA 4E19A 1S1WA 4O0JA 4OGEA 4M42A 3QNNA 3IG1A 3NBPA 3VN5A 3OYIA 4KHUA 1KSPA 1XI1A 3VA3A 4XIUA 3P1GA 4KKOA 4CEBA 3TAFA 1LV5A 4CGFA 4JRQA 3HPGA 2XY6A 1S6PA 4IFYA 1LAVA 4ZTJA 4H4MA 3HPHA 4CJFA 2ATQA 2NUBA 3DLHA 4HVJA 2XY7A 1XC9A 2YNHA 3ZSOA 1A5XA 3KIOA 4PA1A 1RBSA 3K5LA 3NE6A 4OPJA 2YHBA 4Y1CA 3QLHA 4IKFA 2XO7A 1J53A 4KRFA 1S1XA 3PY8A 1BL3A 3O4NA 1ZYQA 3FFIA 3TAPA 4I2QA 3TAGA 1S6QA 1J54A 1N6QA 4CIFA 3G0ZA 1RTDA 2B5JA 1HQEA 3ITHA 1ZBLA 3CYMA 3LP1A 4OPKA 4CFBA 4M3TA 1WSIA 2HVIA 2HNZA 1BHLA 3AVMA 2VG5A 1SUQA 2BANA 4B9TA 2OZSA 4W5NA 4DU3A 4OGCA 1VSFA 1HRHA 1RNHA 4ZHRA 3DLEA 3S3OA 3MXJA 2RN2A 1XHXA 1RTJA 3AVNA 1RDBA 3LWLA 5JS1A 4LD0A 2F8SA 4PUOA 4ELTA 3L8BA 1G15A 3AO2A 2KFZA 4FJ9A 3AA3A 3THVA 3AVBA 3VQEA 3ZT3A 1RT2A 4CF0A 4CF1A 3SQ0A 3RR8A 5J2NA 1ASUA 2KW4A 2QKBA 1C6VA 4CJQA 1C1BA 3HVRA 4NYFA 3DLGA 1NK8A 3KLHA 1NOYA 4RW7A 2Y1IA 4QOZB 3O3GA 1T8EA 2G8KA 3ZT0A 2HHXA 5SZTA 4W5OA 1VSKA 3KD5E 3OS2A 3HYFA 1KLNA 4CFAA 3TAEA 3C6UA 3H08A 3LDSA 1FKOA 1BCMA 1JL2A 1HYZA 3HSTB 5KRTA 3PX4A 1TAUA 3M8QA 4DTUA 1U49A 3OYMA 4KHSA 4BDPA 4M3RA 3DM2A 2IOCA 3T1AA 4KB0A 3P5JA 3KLGA 4HCCA 3ZT1A 1CXQA 1S9GA 4GW6A 1HNVA 3AVLA 1C0UA 2Z1GA 2VG7A 5T7BA 1L3UA 4WE1A 3EZ5A 4L8RB 3TANA 4CJKA 1HMVA 5C42A 3ZSYA 3OS0A 4FLTA 5KI6A 1N5YA 3L2RA 1HNIA 4Z4GA 2ZE2A 1S1VA 4N5SA 4CESA 2OZMA 1D5AA 3PUFA 3QETA 4EP4A 2A1RA 5CZ1A 4IDKA 5HRNA 3VQ4A 3UIQA 3KLIA 4LH5A 4FK4A 4OLAA 3ISNC 4FJJA 1IKXA 3NF9A 4E7KA 4KI4A 3V9XA 4KHQA 1EP4A 5HRRA 4CEAA 4FJNA 1RT7A 3VQQA 2KZZA 1D9FA 4DS5A 4E1MA 4E7HA 1DTQA 4CK2A 4GVMA 4CFDA 3K59A 1QTMA 1RCHA 3HJFA 1J9AA 1B92A 4CGDA 1RT6A 3T3FA 1R0AA 2F8TA 1L3VA 1KCFA 4M41A 4DMNA 3L2QA 3AA5X 3AA2A 3OYNA 2G8FA 4ELVA 4F2SA 1D9DA 4OKJA 3HXMA 1SKSA 1BIUA 3V1OA 2HMIA 3AVKA 3KD1E 1WSGA 4CHYA 3V81A 4B9NA 4FJXA 4KTWA 1RBRA 2QXFA 1KFSA 1KRPA 1GOAA 4FLVA 2HHTA 2B6AA 1RT5A 1NJYA 4N47A 2YV0X 4DG1A 3KJVA 4C8LA 4Q0BA 1QSLA 4E7JA 4CERA 1WAJA 4CEFA 4F2RA 3SNNA 4I2PA 1CZ9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CFPA 3SYZA 5AQRA 3LM2A 1EQYA 1JLGA 3SI6A 1TVRA 4OLAA 2XHBA 2GBZA 4BRPA 1W7AA 4EP5A 4Z4IA 5KRSA 2P9IB 1GLLO 1GOBA 4Z4CA 4OJRA 2FBTA 4ILJA 3V4IA 1ATRA 4JK7A 1VSIA 4LC9B 2D0BA 4B1YB 4BRIA 1SL0A 3SQ2A 1R59O 4CF2A 5KTQA 3T1HK 2WBNA 5I42A 4FJLA 3H3OB 2UYTA 4E7LA 3WNFA 4LF9K 1CXUA 3N4QA 5J2PA 4LF8K 1RDWX 1IH7A 3H3NO 2Q31A 3O9SA 4HUEA 4W5TA 2JGUA 1BIZA 1Z26A 2FSNA 4U67L 2YI1A 4AM7A 1C0TA 1YHQN 4CEOA 1ATSA 3C0BA 4K41A 1YVUA 3G10A 3ZSZA 4UY8O 3E66A 4DSFA 4DSLA 1XQSC 1EWQA 3VA0A 1HLUA 4DR5K 1KAYA 3CCEN 3LWMA 3MDQA 3DI6A 2ZGZA 5F2RA 1NKCA 4LF7K 1NJXA 1IJJA 3KK1A 1QSYA 1J5OA 2O4IA 4BRHA 2ASOA 4BRCA 5KPZA 4CVNE 5FROA 3F9KA 5AJ3K 1C1AA 3NVMA 4NCGA 1TKZA 4CZLA 4BQZA 4YDUA 4DFKA 1Y97A 3ZT4A 1RBTA 3C95A 3IUCA 3SQ4A 1IBMK 3S3NA 1WLJA 3SUOA 2FF6A 5M1KA 5AQQA 4OPAA 4CE9A 3VQ9A 3OYJA 4FLUA 5AQSA 1QVFM 2E4LA 1D4XA 5M1QA 3V9UA 3VF4A 1W9HA 5GIOA 4LF6K 5F0XA 4CJ3A 5C2FA 2E2OA 4PY5A 4CJEA 3MCAB 1Q8IA 1RILA 1ZBUA 3LDPA 1B9DA 2DY4A 4CJUA 5AFUH 4RG8A 1ESVA 2XRIA 1VQON 3TPQA 3RRGA 4Y0WA 5JVGL 3K5MA 5C24A 2ZJQL 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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