1M1KO

Co-crystal structure of azithromycin bound to the 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The structures of four macrolide antibiotics bound to the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S RRNA
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1m1kO00
1KD1O 3CC4N 2ZJQL 1VQON 3CPWM 4UY8O 1W2BM 1N8RO 5JVHL 1Q86O 1Q7YO 3CCVN 1VQ5N 2QEXN 1YITN 3J7ZO 1YHQN 4IOCL 3I55N 1VQ4N 5GADP 3CCEN 5DM6L 3CMEN 1K9MO 3CCRN 4IO9L 3CF5L 5DM7L 1VQNN 5H1SQ 3G6EN 3CD6N 2ZJRL 3CCSN 1M1KO 5JVGL 3CXCM 3CC2N 2OTLN 1YIJN 3CCUN 1VQMN 1QVFM 5GAGP 1K73O 4WCEL 3CC7N 5GAHP 3I56N 3CCQN 1M90O 4IOAL 1KQSM 5GAEP 1YJNN 3G4SN 1NJIO 4WFAL 1VQKN 3OW2M 1VQ8N 1VQ7N 4WF9L 1YJWN 1VQLN 4WFBL 5MLCQ 5HL7L 1YJ9N 1Q81O 3CMAN 1Q82O 1VQ6N 3PIOL 1S72N 4U67L 1K8AO 2OTJN 1VQ9N 4WFNL 1YI2N 3CCJN 1ILYA 1OVYA 2ZJPL 3PIPL 2QA4N 3DLLL 1QVGM 3CCLN 3G71N 1JJ2M 1VQPN 1KC8O 3CCMN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2IIRA 5IT9O 3CC4N 1V4TA 2ZJQL 4FM2A 3IUCA 1N8RO 4Y0WA 2D0PA 1RNHA 3TPQA 4DS4A 2VYPA 4UQGA 4BRHA 1SQKA 3ZETA 1YTAA 3DXKB 1RDWX 2RHKA 5AQKA 2G8KA 4M3ZA 2I7PA 1CZAN 2NRVA 2GWKA 2NZTA 4YOTA 3HP6A 3TAGA 4CESA 3SLCA 4CK1A 3CCSN 3K2PA 3LP3A 1M1KO 3HM9A 3QMLA 4CEFA 3TSPA 3M6GA 4BVOA 1TL1A 1A5XA 3BF3A 1WUAA 4O0JA 1JCFA 3QFPA 4AHVA 4CF8A 5I3UA 1VSMA 3K9JA 4CFBA 1NKBA 3SUPA 2AJQA 3WXIA 1CLQA 4Z4IA 4BROA 3AVBA 3P83D 5I42A 3NH2A 3V9XA 4IOAL 3S9HA 5J2MA 2FLOA 3C0BA 1U49A 1YJNN 2KLAA 3SUQA 4A62A 4E1MA 5E26A 3TI0A 4OO1J 1ESVA 2KTQA 3MXMA 4FZZA 1GLBG 1YJWN 3D0PA 5KRSA 5HL7L 4E7HA 1GLDG 3RRHA 1C0FA 3VEXA 2R7YA 4HTUA 1TGOA 2QK9A 3ZEUB 4HCBA 1Q9XA 4FZXC 3ITHA 5FRMA 3LDQA 4I6MB 4JS4A 3U9DA 3OBWA 4RW8A 3SQ1A 3VQQA 2P9SA 5LY3A 2P9UA 3AVKA 4M3XA 4BRNA 4CCHA 4F2RA 4C8NA 5SWMA 4JYAK 1XUPO 1FKPA 1H1VA 4FW1A 4BRFA 3NGZA 4F4KA 3AA4A 4K42A 1TUYA 4BWMA 1LOTB 2QW9A 4J2AA 1QZ6A 1RBVA 2E6MA 3VF2A 4DV1K 4FLZA 3A5MC 3SAHA 2KFZA 3M5RA 3J7ZO 1T6CA 4Z0UA 3NH1A 1E4GT 1RBTA 4KPYA 4NXMK 4IFVA 4IFEA 3WNHA 1T03A 1ATNA 4DQIA 1S1UA 1K9MO 3UKUB 2IVOA 2P9NB 4BDZA 3ZSWA 4K8XA 1NJWA 4MDBA 1ATRA 2D4WA 5GIPA 1KTQA 4XIUA 3DYAA 2GBZA 3OA9A 3ASMA 3C6HA 3PO4A 4DV7K 5FPDA 4DSJA 4FJ7A 3MXJA 3I56N 1BCMA 4CJTA 4FLVA 1XC9A 3ZETB 5AQRA 4FSVA 5HBMA 3ZLJA 4JV5K 2O8FB 3MDQA 2RPIA 1HPZA 3K5OA 5AQHA 3ID8A 2V7YA 4LY7A 5M1QA 3J80O 4A57A 1K6YA 1KVAA 1J54A 3H3OB 4HUFA 4QS8A 2QWMA 3CFOA 3SBGA 4GKJK 3KJVA 1W97L 4QOZB 3KKRA 2UXBK 5FROA 3QINA 3TSUA 1L3SA 4M3UA 3AVNA 4OGCA 3PSFA 5JMVA 3NBPA 3M8QA 4CGGA 3V9ZA 5BRDA 4CF1A 1N32K 3HOSA 4NCAA 3QDKA 3CJ1A 4Z4CA 3KD5E 4CBWA 4BE1A 1BI4A 4X66K 4WQ4C 1VQON 4A59A 4CGJA 4H0PA 4UY8O 4O44A 4CGDA 5LL6Z 1S22A 4OKKA 3C6TA 1WNSA 3FZLA 4GV9A 3FFKB 5C2DA 2OZSA 4FLWA 1TK5A 1N5YA 1JXEA 2HBLA 4CEQA 4BRDA 2P9UB 4JKEA 4IWVA 1YAGA 4DFKA 3PUFA 1NGCA 4OPAA 4BWJA 3ULEB 3NE6A 1FKOA 2NRRA 2UXDK 4O55A 3KK2A 4FW2A 3VGLA 1VHXA 4LC9B 4B1WB 4FOEA 3AO3A 4E7KA 4BGBA 5M1KA 3OYGA 2P5OA 1KXPA 5TKWA 2E8AA 1IKWA 2AP1A 2B5JA 1XHXA 4DFPA 2X6NA 1SUQA 4B3MK 3V4IA 1T6DA 2IOCA 4DQ8A 3Q7CA 4CJLA 1HNIA 4RTFD 3FGUA 3QO9A 2O4IA 5C0YA 2XY6A 1TV6A 2IVPA 3SPYA 5AFUH 5AQYA 3LZIA 3ZT2A 4AH9A 2Q97A 1IKYA 2QKBA 5AZIA 3NAEA 1VSEA 4DQPA 3SMSA 3NCIA 1Z25A 3JYTA 3OYMA 4KHSA 1S72N 3DM2A 3UIQA 5CYQA 1VQ9N 1ASVA 1TAQA 2KZMA 4C8MA 4YOVA 4KB1A 3NDKA 3NGYA 1OH8A 3RMBA 4W5TA 2UUBK 1WSHA 2ZWHA 3SQ4A 2AA4A 2DFEA 3M3ZA 3PV8A 4H0TB 2W6KA 4JKAA 3VA3A 3SAGA 1C0GA 2RE2A 2B4JA 3L6QA 4N41A 1NK6A 4JK7A 3DXMB 4CK2A 1KCFA 4KB0A 3CPWM 4C8LA 1K8KA 3THVA 1P8ZA 3QICA 3EKSA 4CBXA 1B9DA 1YUWA 2GUPA 1NGGA 4LSLA 1NWKA 3F73A 1ZC6A 5M1PA 1T05A 4BQLA 1KAZA 3KLIA 3JXUA 4CZIA 2BGGA 3L2WA 3MECA 2HNZA 2VCPA 3RTVA 4BR7A 4B3RK 3R1XA 3B6PA 1FXXA 4Z4EA 4JKDA 4Q5VA 2HHXA 3AVFA 2NLXA 1BI4B 2VGNA 1RGIA 5C24A 3ZX3A 1UA0A 1KLMA 3L2QA 2KW4A 3HTVA 3QBXA 1TVRA 3OYBA 3E9PA 2E2NA 2P9KB 1QQOA 3KWGA 3F9MA 4CJ3A 1C1BA 3DLBA 4YOYA 4FO0A 4LSNA 4B9QA 2XY8A 3TR8A 2CH6A 2QXLA 3P4IA 4A2AA 3OS1A 3CJ7A 4KH5A 1GOCA 4I9LA 2QTDA 3AVIA 4B9VA 1L3TA 1YXQA 1YJ9N 4FWOA 3QEPA 4FLXA 3UE5A 3DLGA 3A2FA 3PIOL 4DTXA 4FJKA 2QWRA 3DMJA 3SI6A 3NF6A 2E4LA 4OVLA 3R9PA 1MWKA 5EU7A 4N47A 2HVHA 2XY5A 4JKGA 3H3NO 5HRPA 2G8VA 5BPMA 4C8KA 4FPBA 3K5NA 5KQDA 1RFQA 3VEWA 3THWB 3SJHA 3F2KA 4YFUA 1SS6A 1JJ2M 3VA0A 1TK0A 1KC8O 3SBTA 4DSFA 1JLQA 2ZD1A 4BREA 1NGBA 4YNQA 2FSKA 1KAYA 4JI2K 2FF6A 5AZIB 1CZ9A 2ETJA 2I7NA 1Q86O 1EQYA 4X64K 3VQBA 3CM5A 2ASPA 1QQMA 4LD0A 5BREA 2QI2A 5AR0A 4C8OA 1DEJA 1BQNA 4NLBA 4BRLA 5GADP 4BRQA 4CF9A 4RW9A 1UAXA 3J7YP 1U04A 3MEEA 3IFRA 1VK0A 4PL7A 3CD6N 3F5TA 3AA5X 1JLGA 1NK7A 4B8AB 4KO0A 2A40A 4C1NK 4DFJA 5JVGL 3O3FA 4DU1A 1BQMA 2GV9A 3D2EA 3CM6A 4ILGB 1K8KB 5GINA 3BY5A 1QVFM 4PUOA 4CJPA 3LWLA 3H1VX 1JLEA 2NRHA 4CD3A 4FL9A 4NYFA 3MN9A 2OA8A 4F8RA 4CHOA 5F2RA 2YNHA 1UOCA 2FBVA 2HHQA 1NJIO 1RDDA 2PYLA 5FPMA 4KHPK 2O8CA 4LH5A 4JI1K 2VGMA 3QETA 1WBDA 4WF9L 1NGHA 3AVMA 3RMCA 4B9SA 3CJAA 4WFBL 4M41A 5AQTA 4FJLA 3VQCA 1LWCA 2J4RA 4R79A 3SQ2A 4I6MA 5AQFA 1FK9A 1D8YA 2I5JA 2YHYA 2O8EA 1NGIA 4WQ5C 4CZLA 1BDGA 1Q9YA 2NRTA 3TAQA 5HP1A 1O1WA 1HX1A 2JWKA 3BEXA 4FWQA 3H08A 2YHBA 5D3GA 4BC3A 5F0XA 1ZBLA 1TYQA 1U47A 2CGJA 1HYZA 3WNEA 1RT7A 1S6QA 5KQ8A 3O1WA 4BR4A 4EP5A 3SYZA 4CD1A 1KD1O 2YKNA 4CZKA 1C6VA 2F9TA 3VGKA 4EAHD 1T7PA 1B92A 1GOAA 3OYIA 4OLAA 1MWMA 4YHHK 3QNNA 3O9RA 1BIZA 3VERA 2QEXN 1TKDA 2NNWA 2HSTA 4CJ4A 4GMJB 1NJYA 1N36K 4GV6A 3WNFA 3MX2A 2QWOA 4DHYA 1VRTA 4FJHA 3DLRA 3LAKA 1HR0K 4G9ZA 5JS1A 2QKKA 4JKGB 4PA1A 1EKEA 4IKFA 3HP9A 1KVBA 4NB4A 3T1HK 2FXUA 3CF5L 1IBKK 4DTOA 5H1SQ 3SCXA 4IOXA 2D0OA 2NRXA 3VTHA 4ILJA 3BDPA 1HNXK 4BRGA 3THXB 2E88A 1U45A 2HNYA 1X9SA 2KQ2A 2W40A 3WXKA 4ZTFA 1O13A 4I7FA 3DLHA 3VOVA 4FWRA 1W9HA 1XHZA 5EOYA 4PY5A 3M8SA 4JI8K 2O8FA 2HHWA 1QSSA 2O8BA 4BRPA 4FK0A 4LFBK 2VG6A 3O4QA 4CIFA 4WFAL 4CJFA 4E7IA 3OYDA 1FJGK 2HMPA 3BUZB 4B1ZA 2B6AA 3WQTA 4JRQA 5AFUA 3TU5A 2Z1GA 3RVCA 2HHHK 4DR1K 3DLKA 2OZMA 4DWIA 1Q81O 1TKTA 1N6QA 4BRKA 1Z05A 4CEZA 5ADXH 3D2EB 2QWPA 3OYJA 4B1XB 3NHGA 4Q0BA 3RWUA 4CIGA 4BG9A 3HL8A 3S3MA 1HYVA 2YI1A 2Q1NA 4M3YA 2UXCK 1KFDA 3QB0A 1HJOA 3MEDA 4KV8A 1RDUA 4CJVA 3ZSOA 4W5OA 3KWIA 4DU4A 1Z26A 4JN4A 5BPNA 5JS2A 3HXMA 1HNZK 4DTRA 1BGXT 1UWBA 4FLTA 1QVGM 2O8CB 3QESA 3HYFA 1X9WA 3L0QA 3UB5A 3WXMB 3FZFA 3QLHA 1D9DA 2E2OA 4W5NA 2O8EB 1S1WA 1VQ5N 4MO4A 3O6WA 3WUHA 2UUAK 4J2EA 3GG4A 4Z4HA 4ISFA 3T1YK 3ULEA 1XMOK 1MU2A 4ELVA 5HRSA 2YKMA 4M3TA 1IBMK 3MXIA 4AHTA 4KAZA 1J5EK 5E41A 3CCRN 1RILA 4E1NA 1TYQB 3THYA 4OGEA 3VQ5A 1EX4A 1RT3A 4CHNA 2GEMA 1SKSA 5C10A 1VQNN 3PX6A 5LMNK 3O3HA 4JS5A 4EIAA 4K25A 4CJEA 2G8UA 1YIJN 1ZBUA 3SUNA 4H0OA 5CYMA 2VQFK 3LALA 4EHUA 2KFNA 3CCUN 1ZBIA 1HKGA 1Q18A 2X74A 2IC3A 3B8AX 5T7BA 4N56A 4DKWA 4CFCA 3O4WA 3TSQA 4HUEA 4OPHA 3OYFA 5GAHP 4JKCA 1SKWA 3AO1A 3EKUA 2GWJA 1VSIA 4YDUC 2QWLA 2QWQA 3NF8A 3VEZA 3SV3A 3DOLA 2WFBA 5C42A 3ZCMA 2CH5A 2ATQA 4CBUA 1MDUB 4JHDA 4CZFA 4J2DA 4LF9K 3OW2M 2X6SA 3GE1A 3QFUA 2HBJA 3L8BA 5TKYA 4B9LA 3MCPA 2E5LK 5AQMA 1EETA 4AHCA 5BN8A 1TK8A 4R5PA 4CERA 2GX9A 3GL1A 4LF4K 3CMAN 4B8CA 4H4MA 1DGKN 3AO5A 5KGWA 1QHAA 1T3VA 3AVJA 3O9TA 3CETA 3ALYA 3LM9A 2OTJN 3RR8A 4Y1CA 4O0IA 1JL1A 2QWNA 1XNRK 1EWRA 3O80A 4XH4A 2O8BB 4GY2B 1RDCA 3CCJN 4ICLA 5AQLA 4NO7A 4IBNA 1NMDA 3TWHA 2QA4N 3L3UA 1HJRA 1WSEA 2KKZA 3DXMA 3VPZA 4CE9A 4BY9C 1HPMA 3I33A 5EXWA 3EN9A 3LDOA 4LF7K 3MWTA 4E3SA 2EX3A 4CEOA 3PO5A 5FRNA 1HYSA 1REVA 2ZF5O 5K14A 1HKCA 3VN5A 1OVQA 1WB9A 2Y1IA 5J2PA 3CQYA 3U6FA 4J8FA 4DB3A 1YVNA 1IG8A 3HPGA 3ENHA 2PY5A 4KFBA 4B3TK 4JLHA 3LWMA 1WSIA 4JI7K 1L3VA 4OKEA 2XO7A 3ATVA 1Z6RA 3MAQA 1XMQK 3LANA 4ELTA 4CHZA 5AQNA 1J53A 4BC2A 4IO9L 3GBTA 4FYDA 4FWMA 3KKSA 2PBDA 4IJAA 5B8HA 1WSJA 1CXQA 3QERA 2P1JA 1NMNA 3O3GA 2BANA 1JKHA 3AO4A 1LW0A 3ZSXA 4FK2A 2P9KA 3RMAA 3DOKA 2HVIA 5DK5A 4AM6A 4WQ4A 4FVMA 3VENA 1EP4A 4FWSA 1JLAA 2W6LA 2YNFA 2E1YA 4JI6K 3PX0A 2OPQA 3THYB 3NGIA 1F21A 3CFRA 5AQPA 5BR9A 3O1BA 4A5AA 2WOMA 1VSFA 4YOUA 4IJNA 1KAXA 4DQRA 3SMPA 3P5JA 3LL3A 2A42A 4H8KA 1NGFA 3ZYYX 4KHNA 1R0AA 1U4BA 4C23A 3R8EA 4CZJA 1XI1A 4N76A 3V1QA 4FJ9A 3THWA 5KTQA 1IBLK 1Y97A 2ZM6K 3UKRA 4I9QA 2O8DA 3H45C 4CGHA 3DLLL 4A2BA 4BRIA 3WXLA 2EHGA 4JHDB 4XEIA 2VWKA 4G1QA 3T3FA 2P9LB 3TAFA 4KHQA 5CZ1A 5LJVA 1KVCA 3K59A 4B9UA 1ZBFA 4AHSA 2Q0RA 1KSPA 1E3MA 1WAFA 3OYKA 4ISEA 5CR4A 3D6RA 3KK3A 4CJ5A 3HBTA 3LDSA 4Y1DA 3D7EO 1N33K 3DWLA 3FZMA 2HW3A 3ZSQA 4N5SA 3K9KA 2FSJA 3KK1A 1IV0A 1NGDA 2CGKA 2IAJA 4HCCA 4DLEA 4KH4A 3NF7A 3J7AP 3C7NA 3C94A 3KLFA 4M45A 4EFHA 2ZJRL 5EVZA 1DT9A 5EY4A 4OKJA 1QQNA 3HK2A 3LP2A 4KTQA 4GNIA 2ASMA 4ID5A 1VSDA 4KTZA 2QXFA 1IO2A 5BRFA 2F9WA 1WOQA 5J2NA 3VQPA 2DTUA 3H46O 5A2QO 4CJQA 1JCGA 4CZMA 1SKRA 5HROA 4JAXA 3MWPA 4FJIA 1L5UA 4KH6A 1EXQA 4DV4K 1W7AA 1WLJA 3V1RA 4B08A 2V51B 1WN7A 1S1VA 4Z94A 2FSNA 3NFAA 4XH1A 3MN7A 3I8DA 4B1YB 2OANA 4JI5K 2ITMA 5ADXA 4ID1A 4Z4GA 4FJJA 1D4XA 3TTCA 3SV4A 3ZT0A 2G8WA 4BVPA 4MFBA 1TL3A 4A61A 3HVTA 3DAWA 1U48A 3HO1A 1OKJA 3J8AA 4AQYK 3AA2A 2YHXA 3GOIA 1J6ZA 3A5LC 2YX6A 1S5JA 3BZCA 3G10A 3CCLN 5HRNA 2IDOA 3K57A 4B9MA 1X3NA 4CW7B 3U3GA 3B6OA 2VQEK 2HB5A 1SL0A 3A8YA 3AGKA 4QAGA 1VRUA 5JVHL 3WT0A 4CZHA 4FWLA 4NCGA 2BUPA 3ZT1A 5ELZA 4EHTA 2DFHA 3LDPA 1BWFO 3DJCA 4CJUA 3AGRA 3LDLA 3O5BA 3EL2A 2OPRA 3UKRB 2O8DB 5HRRA 5AZJA 3THXA 1BIUA 5AQSA 3T19A 4DTUA 1DTTA 4LFCK 2F8SA 3PSIA 1RTJA 4RW7A 5AQXA 4BC5A 3MN5A 4CEDA 3EY1A 3EE9A 3T69A 1X3MA 3LM2A 3SNNA 1NBWA 3CIPA 2OTLN 3R6MA 4CZEA 1RT4A 3U9ZA 4FJNA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4GVM A;  4JK9 A;  1NLV A;  3CC7 N;  4RG8 A;  4PWD A;  3L4I A;  3ZX0 A;  4X65 K;  1BA0 A;  3KLH A;  1UA1 A;  3LP0 A;  4ILH A;  4KKO A;  4FWK A;  2D0A A;  3L3V A;  5FPN A;  1NK8 A;  1QE1 A;  4BRA A;  3P38 A;  2PZS A;  2P5G A;  4LF6 K;  4JEP A;  4F3T A;  2YNG A;  4B1V A;  4DTM A;  2RF2 A;  1LWE A;  2Q3S A;  5FDL A;  4E7L A;  5DMR A;  4MDA A;  1VQ6 N;  1RTH A;  4V19 S;  1IKV A;  4L8R B;  3HI0 A;  4BDY A;  1K8A O;  2ZE2 A;  2OYQ A;  3O08 A;  4FJX A;  1BA1 A;  4FJM A;  3DXK A;  2JGU A;  3O9Q A;  4DQS A;  3I8B A;  2WBN A;  3SK3 A;  3HM8 A;  1NG9 A;  3MN6 A;  4CFA A;  4DF4 A;  1QS4 A;  3GDQ A;  1HQE A;  3CJC A;  3OS0 A;  2W41 A;  3P39 A;  3WEE A;  4AHR A;  4DUY K;  4B9T A;  3ATU A;  4ZTJ A;  3E9O A;  4H03 B;  3DI6 A;  4E7J A;  2PFU A;  3AVC A;  5JLF A;  4J2B A;  2KZZ A;  1Q7Y O;  3AVA A;  4IDH A;  4CEA A;  1YIT N;  3EEQ A;  4JK8 A;  3I55 N;  3HZ6 A;  2HHS A;  4LF5 K;  2RKI A;  1IJJ A;  3AAP A;  1RTI A;  4YY3 K;  5AQJ A;  4F2S A;  4CJW A;  1BU6 O;  1BUP A;  3CYM A;  3I0S A;  4DV2 K;  3VQ8 A;  2QM1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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