1M90O

Co-crystal structure of cca-phe-caproic acid-biotin and sparsomycin bound to the 50s ribosomal subunit
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural insights into peptide bond formation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S RRNA
molecule tags Ribosome
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-07-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1m90O00
3CCUN 3CCVN 2QA4N 2QEXN 3CCSN 3CC2N 1YI2N 3G4SN 3I55N 1VQ7N 1QVGM 1W2BM 5GAHP 2ZJPL 2ZJRL 5DM7L 3CCMN 1N8RO 5JVHL 3CD6N 3CPWM 1JJ2M 5MLCQ 1VQNN 1YJNN 5H1SQ 4WFNL 1VQ4N 3PIPL 2OTLN 1VQ9N 3CF5L 3CCJN 1VQLN 1VQPN 1K9MO 1S72N 4WCEL 1Q7YO 1QVFM 3CCRN 1YJ9N 1Q82O 4WFAL 1VQMN 1YIJN 1OVYA 2ZJQL 1KD1O 4WFBL 3CCEN 3CC4N 1K73O 1VQ8N 3PIOL 3CCQN 1M90O 1YHQN 1Q81O 5HL7L 3CMAN 3I56N 1KC8O 5JVGL 4UY8O 2OTJN 4U67L 3DLLL 1M1KO 1VQ6N 4IOCL 1VQ5N 5GAGP 3G6EN 3OW2M 1KQSM 3CC7N 4IOAL 3CMEN 5GAEP 4WF9L 1VQON 5DM6L 3J7ZO 1YITN 1VQKN 3CXCM 1ILYA 1YJWN 3CCLN 1Q86O 5GADP 4IO9L 3G71N 1NJIO 1K8AO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5CZ2A 1TKTA 3D45A 3L2QA 2HOEA 3M8PA 2Q0UA 3L3VA 4CGFA 4Z94A 4OGCA 1YI2N 4DQPA 4CJQA 4NYFA 4WQ5A 5BRDA 5JLFA 2E20A 3VQPA 3O4WA 2FF6A 3NCIA 4FW1A 4NLBA 3CM5A 1IO2A 3WNFA 3KVGA 3HL8A 4JKFA 4BDZA 4CD1A 2XY5A 4FJIA 4KRFA 4NB4A 4CHOA 2V52B 1TVRA 1IBKK 4OO1J 3LALA 2G8IA 4A2AA 2P9PB 2RN2A 2P9UA 4F9OA 3KJVA 4JKEA 5M1OA 5KPTA 2BH1A 4DV3K 3MK6A 4FWPA 4DR4K 1OH6A 4PA1A 3QESA 4LFAK 4YORA 1VQMN 2DFEA 4CIEA 3LPUA 4KV8A 2HHXA 1GLEG 4CZJA 3EE8A 4BGBA 3AVIA 5KQDA 3DAWA 4DTNA 3VGMA 4KPYA 4JK7A 1L3VA 4FL9A 2GELA 3OYFA 3WUHA 3KK2A 1T03A 4EZ6A 1JKHA 4E7JA 1TKDA 3AO1A 4IDHA 4MO5A 4OPKA 3TAQA 4JAXA 3D0PA 5I42A 1I3AA 3UE5A 1Z25A 3LAMA 3T1AA 3TAGA 1DGKN 3KLEA 1XC9A 3GE1A 2O8EB 4LY7A 4KAZA 3L2WA 4YOYA 4BR9A 2FC0A 4IFYA 1BCMA 2X6SA 4LF6K 1IG9A 2FSKA 4IZ9A 4DTMA 3SJJA 4Y0WA 4CJLA 1Q86O 3QEIA 1HX1A 4YOUA 2ITMA 4HTUA 4CFAA 4WQ5C 1E3MA 1SKWA 1QSYA 2GTDA 2QEXN 4KREA 3WEEA 3TAPA 1SKRA 2D4WA 1NGDA 2HBKA 3WNEA 3R8EA 4XH4A 4BRAA 2P9KB 3SAFA 3HSTB 5HROA 3PUFA 1WSEA 3DXMA 2F8SA 3PV8A 3R6MA 2CGKA 4OPJA 3E9OA 1HMVA 1T7PA 5C25A 3T1HK 3VOVA 4DS4A 4FJXA 4FZZA 2IVPA 3H08A 1CZ9A 3ALYA 4HCCA 3H1QA 4DSFA 3HTVA 1J5OA 3AVGA 4CEDA 1S1VA 4WFAL 2KZMA 3SLCA 4IEIA 3SZ2A 4DV1K 4ELVA 1WSFA 4M7XA 3F5TA 5FPDA 4Q0BA 5E41A 3VMFB 1UA0A 2OPRA 3WNHA 3V1OA 4FYDA 1TL3A 2BTFA 4EFHA 4RCHA 4NCAA 4E1NA 1NK0A 3CMAN 1Y97A 4O44A 1S9EA 1TGOA 3OVNA 4IJAA 2HNDA 4BE0A 5AQMA 3HBTA 1RBVA 3VQ8A 1EX4A 4J8FA 4BGAA 2RKIA 3DI6A 3HOTA 3H3OB 1BWFO 2YI1A 4YDUA 2JGUA 2D0CA 1KQSM 3AV9A 5GAEP 1RT6A 1ZXOA 3BEXA 3CXCM 4EZ9A 1EQYA 4L3QA 5BREA 2ATQA 4K0KK 5AQQA 3SUNA 5T7BA 2YNIA 3MN9A 3V6DA 4YOVA 3EN9A 4DUZK 1LWCA 1QE1A 2I5JA 1W2BM 4YFUA 2ZJPL 1NGJA 2YHYA 2P9NB 1QS4A 3RTVA 3OYDA 5CHIA 1CZBA 4B1UB 4DV2K 4N41A 1ATNA 1A5VA 3RWUA 3MXJA 2RF2A 1JCEA 1KVAA 4KH6A 1D4XA 4FJHA 3NVMA 5GIPA 5H1SQ 3JAMO 4WFNL 3QEXA 4CJTA 2FBYA 4DFMA 5AQPA 1HNZK 1Q8IA 2PY5A 2ZD1A 3TSPA 3WNGA 5AFUA 1S72N 5KPRA 2O8BB 5EX5A 1QQCA 3ID6A 1Q7YO 1R59O 5LJVA 1QVFM 2BDPA 3AVCA 3OHRA 3QEWA 3O9QA 3AA4A 4WFBL 3S3NA 3I8BA 3J80O 1VSHA 3LDSA 3OBYA 1FW6A 1JXBA 5EU7A 4IEEA 4CF8A 3NH0A 4CBUA 4DG1A 4B9VA 5FRMA 4NCBA 3O80A 1T8EA 4JI1K 1ZBLA 3AVKA 3VQ6A 1UOCA 2HHWA 4BDYA 2QKBA 3CHWA 4C8NA 1S1XA 1KAZA 1S1TA 1C6VA 3R3LA 4EHTA 4KHQA 3C6UA 1UAXA 4YDUC 4CZIA 3SUQA 5AQIA 4KFBA 1YUWA 1GLLO 3WXJA 3K5MA 1XUPO 4O8KA 3JYTA 4CGHA 3E9PA 3VQ5A 1D9FA 1X3MA 3UKUA 5J2PA 3A5NC 3OW2M 1YVUA 5M1KA 1WBDA 4BWJA 3EE9A 3H6EA 3ZETA 3THWA 3HK2A 3QBXA 5HRPA 1LV5A 3VA3A 1MA9B 3HRGA 2R7YA 3G0ZA 1YXQA 4GVEA 4I9QA 1Q9XA 1N33K 5LMUK 4DFKA 4FZXC 4M3RA 2ZM6K 2HF3A 5AQKA 5JMVA 4OKEA 1TK5A 4FWQA 3ZT3A 3DRPA 1NMNA 3CCUN 2Q2RA 2NUBA 4KTQA 4Z4HA 3P4IA 4M7YA 3EZ5A 3MEGA 3D2FA 4FJNA 3OYCA 2OZMA 2HNYA 3UKRA 4LF8K 4DU3A 3ZEUA 4X65K 4B9SA 5GAHP 2QXLA 3CCMN 3SCXA 1OVQA 1V4TA 4FWNA 2QWMA 2A6AA 5J2MA 4DQSA 1JJ2M 2O8DB 2ZE2A 3K5NA 3MN5A 1NOZA 1EETA 4E0DA 2NRVA 1YJNN 1NGIA 1GLAG 4OLBA 5JS2A 1VQ9N 3KHYA 3M5RA 3ZX2A 4KH5A 2YJFA 5C24A 5ADXH 1B9FA 3LDPA 4DTJA 4N76A 1YJ9N 1RNHA 3BF3A 3L4QA 1KLNA 4C8OA 4M3XA 3E01A 1NOYA 4PKHA 2O4IA 4DU4A 1KFSA 3OJUA 5BPMA 4GV9A 2QM1A 4E7HA 5HLFA 1KCFA 5KGWA 4R5PA 1U4BA 3DXKB 1ASWA 1C1AA 2Y1JA 4CD3A 4DR6K 5HRNA 3CFPA 1QHAA 4E7IA 3EKUA 3RVCA 4LF5K 1RCHA 2QWLA 4K41A 3OS0A 1XNQK 5CYMA 3TABA 1M1KO 4PKGA 4CZMA 3NH2A 4IOCL 4JD2A 1VSDA 3QNOA 4PL8A 2VWJA 3T1YK 1TK0A 4J2DA 1J9AA 1IKVA 1NK8A 3ISNC 4R79A 4CK2A 5M1PA 4CJ7A 1C0GA 1A5WA 1YITN 5FDLA 4JHDB 3VQCA 4JI4K 4FJ7A 2E2QA 1Z6RA 3M3ZA 4W5RA 2ZWHA 2ZGZA 3ZSOA 2V7YA 5IT9O 3M6GA 4UQGA 3WQTA 5GINA 3AY9A 3LP2A 3VQEA 2IDOA 2P1JA 2AA4A 2HHTA 4WYBA 4IBNA 3KK3A 3Q7BA 2GV9A 2IAJA 4B9LA 1DEJA 2I7PA 4N47A 3BF1A 1S22A 2WFBA 1HKCA 2NRTA 3C65A 4K43A 4DSEA 1OH5A 4ZTFA 4KKOA 4BRCA 4BC4A 5FPEA 4X66K 3PO4A 5HRRA 5EOYA 1YVNA 3CF5L 3MMVA 1K9MO 1TKXA 2QXFA 3QICA 1ESVA 5LY3A 2EHGA 2KQ2A 4CFCA 3CJAA 3AVBA 2OCEA 4ILGB 4KBOA 2E6MA 5AQNA 4JS4A 4Z4EA 2VG5A 3L8BA 3FZLA 4OKJA 4KH4A 1X9JA 3P1GA 3CC4N 3K59A 3OYIA 3A5LC 4AQYK 1VQ8N 3TSUA 4CGJA 4OGEA 4HWIA 3K58A 1T44A 4FLYA 1BISA 1U2VB 1WAJA 3QEVA 1Q81O 4FLTA 2P9PA 2PAVA 3U8XA 2A3ZA 3AVNA 1KRPA 3L3UA 4RW7A 4CIGA 1WUAA 3DLRA 1BOTO 4A2BA 4C1NI 1QZ6A 3DLHA 2QTDA 1SAZA 1VQ5N 4I2PA 2KZZA 3SK3A 3RSEB 1N34K 4DLEA 4AILC 3TSQA 4IOAL 1NG9A 1E4FT 1VQON 4GVMA 2HMPA 1RDDA 3S41A 2OA8A 3T7ZA 4CCHA 1JLCA 1BA1A 2F96A 4I6MB 3NBPA 3QBWA 4IKFA 1ASUA 4CHPA 3SPYA 1XWLA 3VN5A 1O1WA 3HP6A 4JYAK 4HUGA 3NE6A 5IWAK 1H1VA 3OYJA 3RR7A 5FPMA 1IBMK 2HBJA 4BVOA 2O8EA 3GDQA 5C0YA 2ASMA 1YTUA 4DSLA 4MFBA 4M41A 2Q31A 1EWQA 4BRHA 3OYLA 2ZGYA 2ETJA 2O8FB 4BR0A 4A57A 4N56A 4W5NA 5C42A 2P51A 1MDUB 4B8AB 1NJZA 2GWJA 3S3MA 1GLDG 2YV0X 4H0TB 3FZMA 1IBLK 1TL1A 2KW4A 1FK9A 1B92A 1RBUA 1WOQA 3F9KA 2P9KA 4BRLA 3NMUA 1EP4A 2CGLA 4FJ9A 2QWRA 2KFZA 5JICA 1RDBA 3MDQA 3N4PA 3NF7A 3V9XA 1NK7A 3THXB 1QQMA 1L3UA 4KTWA 4FLXA 3NAEA 3BP8A 3ZSVA 3IKMA 4CEEA 3SQ0A 2EX3A 3MX5A 4CBWA 2X6NA 4H0XB 1LAWA 3MCPA 3O6WA 3CIPA 3GOIA 1BI4B 2YNFA 3EL2A 3A5MC 4CEQA 3WQUA 5CE3A 4C8LA 4OLAA 2P5OA 1C1BA 2OTJN 1K8KB 2P5GA 4M3WA 2O8CB 3H45C 1SQKA 4FWMA 3JSMA 2F4VK 3IDHA 4CW7B 2YJEA 4IO8A 3ZX3A 1VK0A 4FJMA 4JK9A 4JRQA 4M3TA 2VCPA 5CR4A 3RMCA 3CMEN 2J4RA 3HPGA 5A2QO 3QEPA 2VGMA 2BANA 3V1QA 1X9WA 4B3MK 2UYTA 3SUOA 3RR8A 3SAGA 3ID8A 2VQFK 4DTUA 3D7EO 2I7NA 3HOSA 2RE2A 4BY9C 1HKBA 2KTQA 3MX2A 4DV5K 3ULDA 1LWEA 1K8AO 1ZBSA 3A5OC 3AAQA 1MWMA 3CPEA 1BUPA 2IOCA 4IFEA 3CCSN 3QMLA 1S5JA 4JV5K 1ZYQA 2WUSA 3T69A 2P9LB 3SV4A 2A1RA 3U4LA 4BRKA 3C6HA 2UUBK 1JXEA 4CJ5A 3ASMA 3I0SA 1VQNN 2HHQA 2PBDA 3U3GA 3VEVA 3VENA 1NK6A 4BDPA 1G99A 1U6ZA 1RTJA 4CFBA 3BZCA 2KKZA 2XRIA 2IS3A 2P9NA 3S9HA 4WCEL 4C1NK 4O5BA 1NBWA 4QOZB 3J7YP 3VEXA 3O3HA 1KSPA 3A0IX 1LCUA 1RBSA 3LL3A 4CI6A 4CECA 2QW9A 3KTQA 1C0TA 3O4QA 3ZT2A 1LAVA 3PY8A 1C1CA 1BHLA 1RT3A 1BO5O 5AQLA 2HVHA 3AGRA 4YNQA 3NGZA 2O8BA 4FLZA 2HHUA 1KC8O 3M8RA 2D5RA 3SV3A 3UB5A 1KXPA 3IS9A 4C8MA 1U45A 3NDKA 1T05A 4HUFA 3L0QA 4KI6A 5LMNK 3HZ6A 5GAGP 1RBRA 3V9ZA 1WN7A 2QI2A 4RTFD 3VEZA 3J7AP 4H0OA 4DQRA 3B6PA 3G6EN 1W97L 3O9SA 4GV3A 4FOEA 3AO4A 4JKDA 1TKZA 2NZTA 3LP0A 1ZBFA 2DFHA 1VSIA 1VQKN 4CZLA 3T3FA 4OPHA 1QQOA 4YOWA 3OYAA 4BROA 4B08A 1R0AA 3C7NB 2H3GX 4CZKA 2YNGA 4BQLA 4O8UA 4DR3K 1J5EK 3OY9A 2OPPA 3TU5A 1XHZA 2GEMA 4IDKA 4IWVA 4A61A 3NH1A 5LL6Z 4K8XA 4BVPA 4MQ3A 1FXXA 4FPBA 5DM7L 3SNNA 3EYZA 4B3TK 1RTDA 1ATSA 4Z4IA 3CPWM 3OYNA 4DR2K 3HYFA 3L6QA 4J2EA 5AQOA 4N5SA 5AQYA 1JCFA 4NXNK 4EP4A 3VF4A 1S6QA 3VTIA 2Q97A 3CI5A 2OTLN 4LF7K 1ZC6A 3K9KA 1C0MA 3SI6A 3U3YA 2PYLA 3D2EB 3J8AA 1RDUA 5F0XA 4DR7K 3LP1A 3FZHA 2GWKA 4IFVA 3S3OA 4BRFA 1OVYA 4ICLA 2Z1GA 1KD1O 2O8DA 2IGIA 3WXKA 3NVKA 1X9SA 3VQDA 4BRPA 3M8SA 2WC9A 1RGIA 3AVFA 5JS1A 3PX4A 3VQ7A 2HNZA 4CBXA 3G25A 4JKCA 4V19S 3U9DA 1HJRA 1HPMA 1WB9A 2HHVA 3AA5X 1BL3A 2HW3A 3P5JA 2UXCK 4OPAA 1SZ2A 3D6RA 4WQ4A 2A42A 3DLLL 3LDQA 4ISFA 3OYGA 4CGGA 4NCGA 4GNIA 5C2FA 1LOTB 4CGIA 1D8YA 1VSEA 1W7AA 1QZ5A 3AVJA 1BU6O 3DM2A 5HP1A 3DXKA 3KWIA 2DTUA 4I7FA 1WSGA 4KI4A 2OPQA 3WXMB 1YJWN 3FLCO 3CCLN 4MDAA 1QSLA 1GOAA 3TR8A 3CJ7A 1Z05A 2V7ZA 1NLVA 1ASVA 1DKGD 3OYMA 3B6OA 2UXDK 4B1YB 1ZBIA 3SBTA 5LJWA 2NRXA 4CZHA 3TWHA 1QHTA 3HSCA 3RMBA 1RDAA 5M1QA 5ADXA 4J2AA 4I2QA 3QETA 3I33A 1D9DA 1TV6A 1NGBA 3O08A 3ZT1A 3KD5E 4DQIA 5F1XA 4FSVA 4JHDA 3TI0A 1HRHA 3GBTA 3O9RA 2DPNA 3IUCA 2G8HA 1EWRA 2P9IB 2HMIA 3HJFA 1RBTA 5TKYA 2E5LK 3MWTA 3V9SA 2PFUA 5FLXO 1S9GA 1L5UA 3E66A 1JL1A 1RFQA 5KGXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CCU N;  3CCV N;  2QA4 N;  2QEX N;  3CCS N;  3CC2 N;  1YI2 N;  3G4S N;  3I55 N;  1VQ7 N;  1QVG M;  1W2B M;  5GAH P;  2ZJP L;  2ZJR L;  5DM7 L;  3CCM N;  1N8R O;  5JVH L;  3CD6 N;  3CPW M;  1JJ2 M;  5MLC Q;  1VQN N;  1YJN N;  5H1S Q;  4WFN L;  1VQ4 N;  3PIP L;  2OTL N;  1VQ9 N;  3CF5 L;  3CCJ N;  1VQL N;  1VQP N;  1K9M O;  1S72 N;  4WCE L;  1Q7Y O;  1QVF M;  3CCR N;  1YJ9 N;  1Q82 O;  4WFA L;  1VQM N;  1YIJ N;  1OVY A;  2ZJQ L;  1KD1 O;  4WFB L;  3CCE N;  3CC4 N;  1K73 O;  1VQ8 N;  3PIO L;  3CCQ N;  1M90 O;  1YHQ N;  1Q81 O;  5HL7 L;  3CMA N;  3I56 N;  1KC8 O;  5JVG L;  4UY8 O;  2OTJ N;  4U67 L;  3DLL L;  1M1K O;  1VQ6 N;  4IOC L;  1VQ5 N;  5GAG P;  3G6E N;  3OW2 M;  1KQS M;  3CC7 N;  4IOA L;  3CME N;  5GAE P;  4WF9 L;  1VQO N;  5DM6 L;  3J7Z O;  1YIT N;  1VQK N;  3CXC M;  1ILY A;  1YJW N;  3CCL N;  1Q86 O;  5GAD P;  4IO9 L;  3G71 N;  1NJI O;  1K8A O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 5CZ2 A;  1TKT A;  3D45 A;  3L2Q A;  2HOE A;  3M8P A;  2Q0U A;  3L3V A;  4CGF A;  4Z94 A;  4OGC A;  1YI2 N;  4DQP A;  4CJQ A;  4NYF A;  4WQ5 A;  5BRD A;  5JLF A;  2E20 A;  3VQP A;  3O4W A;  2FF6 A;  3NCI A;  4FW1 A;  4NLB A;  3CM5 A;  1IO2 A;  3WNF A;  3KVG A;  3HL8 A;  4JKF A;  4BDZ A;  4CD1 A;  2XY5 A;  4FJI A;  4KRF A;  4NB4 A;  4CHO A;  2V52 B;  1TVR A;  1IBK K;  4OO1 J;  3LAL A;  2G8I A;  4A2A A;  2P9P B;  2RN2 A;  2P9U A;  4F9O A;  3KJV A;  4JKE A;  5M1O A;  5KPT A;  2BH1 A;  4DV3 K;  3MK6 A;  4FWP A;  4DR4 K;  1OH6 A;  4PA1 A;  3QES A;  4LFA K;  4YOR A;  1VQM N;  2DFE A;  4CIE A;  3LPU A;  4KV8 A;  2HHX A;  1GLE G;  4CZJ A;  3EE8 A;  4BGB A;  3AVI A;  5KQD A;  3DAW A;  4DTN A;  3VGM A;  4KPY A;  4JK7 A;  1L3V A;  4FL9 A;  2GEL A;  3OYF A;  3WUH A;  3KK2 A;  1T03 A;  4EZ6 A;  1JKH A;  4E7J A;  1TKD A;  3AO1 A;  4IDH A;  4MO5 A;  4OPK A;  3TAQ A;  4JAX A;  3D0P A;  5I42 A;  1I3A A;  3UE5 A;  1Z25 A;  3LAM A;  3T1A A;  3TAG A;  1DGK N;  3KLE A;  1XC9 A;  3GE1 A;  2O8E B;  4LY7 A;  4KAZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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