1M90O

Co-crystal structure of cca-phe-caproic acid-biotin and sparsomycin bound to the 50s ribosomal subunit
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural insights into peptide bond formation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S RRNA
molecule tags Ribosome
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-07-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1m90O00
3CXCM 1K8AO 5JVHL 5GAGP 4U67L 3I55N 1VQ5N 2QA4N 1QVFM 1VQNN 2ZJQL 1VQMN 5DM7L 1VQ9N 3I56N 1VQ7N 1YHQN 1YJNN 3CCMN 1KQSM 1OVYA 1JJ2M 5H1SQ 4IOCL 3CC7N 1YI2N 1Q82O 1VQLN 3CCVN 3CMEN 4WFBL 1W2BM 2OTLN 4WF9L 1YJWN 3CF5L 4IO9L 5JVGL 4WCEL 1VQ4N 1K9MO 3J7ZO 3OW2M 4UY8O 3G71N 1YIJN 3CCRN 3DLLL 5GAEP 3CMAN 3CCLN 1YITN 3CCEN 3CC4N 1ILYA 3CCSN 1VQPN 5DM6L 3CD6N 1K73O 4WFAL 3CPWM 5MLCQ 1KD1O 3CCUN 4IOAL 3CC2N 1VQON 1N8RO 5GADP 1Q81O 3CCJN 5GAHP 3G6EN 5HL7L 3PIOL 1KC8O 1VQ8N 3CCQN 1Q86O 2OTJN 1QVGM 1M90O 2ZJPL 1NJIO 4WFNL 1Q7YO 1S72N 2QEXN 3G4SN 2ZJRL 1M1KO 1YJ9N 1VQKN 3PIPL 1VQ6N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OO1J 4W5NA 3HPHA 1H1VA 2W6KA 4CF1A 4U67L 4AHCA 3SBGA 1NJYA 4K0KK 4F8RA 1QVFM 3ZSYA 1TK8A 1RBUA 3HSTB 4BDYA 1KQSM 1L5UA 2P9LB 5CHIA 4F2SA 4FWPA 4KTZA 4DV5K 3HPGA 5EOYA 2GBZA 4MFBA 5CY4A 4BRHA 3V1RA 4JI8K 3C7NB 4LF5K 5BN9A 2D0OA 1KAZA 1CZBA 4AH9A 5AQTA 4OX9K 1TKTA 2QM1A 1UA1A 1MA9B 4B9NA 5JVGL 3MN6A 4FM2A 3LL3A 3SYZA 1NGAA 4Z4HA 4BC2A 3TU5A 3ZT2A 4IBNA 4DSFA 1XC9A 4CGGA 1YITN 4CHNA 4FJKA 2EX3A 3QB0A 3HI0A 2HVIA 4GNIA 1DT9A 3L4IA 4ICLA 5KRTA 4LH4A 3SLCA 4DTJA 1I94K 1LOTB 4DG1A 2E4LA 2RKIA 4CJ4A 3KLEA 4DFJA 1NGBA 4I6MB 2DTUA 3AA4A 2HHWA 5C0YA 4E89A 4F4KA 5GADP 3RRGA 1YVNA 4H0VB 5HL7L 5HRSA 4DLGA 3TANA 3LAMA 1Q86O 4OLBA 4CJVA 4BE2A 4LF9K 2ASOA 2P9PA 4FVUA 3O3GA 1Q7YO 1R59O 4PKHA 4CJ7A 4LFBK 4DKWA 4B9MA 2ZF5O 3G0ZA 3JYTA 1RT6A 4H0YB 1LW2A 3MXJA 3CJ7A 4G1QA 3MMVA 4JAXA 4O0JA 3KLFA 3BZKA 1TAQA 4CD3A 4MLHA 3IG1A 3L6QA 3VQAA 1IKWA 2XRIA 3CQ8A 2OPPA 1XNRK 3DLHA 2NRXA 3M5RA 1YHQN 3R3LA 1RBRA 4CEAA 2WTUA 5DK5A 4CGDA 4IOCL 2Q31A 3O9TA 4Z4CA 3TAFA 1WUAA 4CEOA 4DSEA 1Q82O 4NCBA 1JKHA 4DTUA 2A6AA 2IAJA 5M1OA 3T1YK 4YHHK 3FZMA 3P5JA 4BE1A 3DXMB 2LSNA 3L2RA 2P9KA 4RTFD 3RMBA 4DB3A 1ZBHA 2VQFK 3VQPA 4KHSA 1BGXT 2P5OA 3ID8A 2GX9A 1Z25A 1ZBFA 1IJJA 1WSFA 3T7ZA 1OH6A 4JI7K 4CK1A 4IOXA 2QK9A 3J8AA 3MN9A 1A5VA 3JSMA 3AA2A 3S41A 3AVBA 4Y1CA 1NKEA 1NMDA 2HBKA 5IWAK 4O55A 3CFOA 3CQYA 5AQZA 5MLCQ 2O8EA 5IT9O 1LWFA 4B9UA 3CC2N 4PL8A 4DHYA 1HKBA 3H6EA 3QLHA 3HO1A 4X62K 1BI4A 4M3TA 4Q0BA 1WBBA 2X6SA 2D0BA 1TVRA 3LWMA 4JHDB 3SUOA 1Z26A 1OH8A 2P9LA 2E2OA 3OYHA 3MX5A 2O8DA 3GBTA 4CF2A 4XH4A 3WNFA 4C8MA 3QEXA 4BQZA 4KHYA 4CE9A 3NH2A 5C42A 3KHYA 3LM2A 3C7NA 3UKUB 4X66K 2A1SA 2NRVA 2A5XA 2G8UA 4B3RK 4BY9C 3DOLA 2YHBA 3FR0A 3WXMB 1JXEA 2YNHA 4HCBA 4E1NA 2FSKA 5E41A 3V1OA 1VSMA 1ZBLA 4CHQA 3B8AX 4Z4IA 3P31A 1U49A 2VGMA 3NHGA 4EHUA 3I56N 2HMIA 3TSPA 5GIOA 2UU9K 3ZX3A 4CGHA 4EAHD 2Q97A 5HOOA 1HPMA 2G8HA 4ISFA 3T1HK 4CFAA 3OYLA 4B1UB 5C12A 4DTSA 2E2PA 4DQRA 1ZBUA 1ZBIA 1QE1A 1EWRA 1VRTA 1NK8A 2XY7A 4B9SA 3THWA 1XI1A 1ZBSA 5FPDA 3KK2A 3QIOA 3Q7BA 4OPJA 1JCFA 1Y64A 3DRRA 3NE6A 4GW6A 3MECA 1OH5A 2OA8A 3MK6A 5AR0A 1JLAA 2P9SB 5HROA 4HTLA 1JLCA 4CIGA 2PYLA 2QKKA 2QWPA 1HQEA 2ASPA 4A57A 1ILYA 3L2VA 4BRKA 4JLHA 3LDSA 1VQPN 4BG9A 2UXCK 5KGXA 5FRNA 2QWMA 1EP4A 2F7TA 2VG5A 4H5NA 3NGIA 2V7YA 5K14A 3AVFA 4KKOA 1VSDA 4RW6A 3D0PA 3LZIA 3U9ZA 4EZ6A 3LALA 1BA0A 1WB9A 3NDKA 5SWMA 1RT7A 2GEMA 3VERA 1T05A 3LZJA 3ZLJA 3OYJA 3LWLA 4M63C 3S3NA 4CD1A 2GTDA 1XQSC 3ZSRA 4F3TA 4CEEA 1IV0A 1X9JA 1X3NA 3AO5A 1NGCA 4CBUA 4CIEA 5HRPA 3LP2A 5JMVA 3GDQA 3EL2A 4IEEA 2QWQA 3A0IX 4JI0K 4GKKK 2HNYA 1JLBA 4AHSA 5J2PA 1NGHA 1E4FT 2HBJA 3K2PA 3VQ5A 1VK0A 1ATNA 4IWVA 5AJ3K 1Q18A 4H4OA 4OPKA 2GV9A 4CJEA 4FYDA 2KKZA 1WAJA 1BQNA 1Z05A 1GLFO 1NGDA 3LPUA 4JNEA 4L3QA 5AFUA 3H08A 1QQCA 3PO5A 1NMNA 1RDDA 5CR4A 1BU6O 3VESA 3ZSQA 4FWQA 1IBKK 3KJVA 3CC7N 2W42A 4CGIA 4J2BA 4A62A 1QS4A 3O08A 4DV7K 3V9UA 3WNEA 4A2AA 4Q5VA 2O8BA 4FJMA 1FJGK 3VEYA 2KZZA 3C95A 1S6PA 2OTLN 5BPNA 5FPMA 1VSFA 4ZTFA 5AFUH 3AVIA 1GLEG 3U6FA 4JK8A 2AJQA 3RVCA 2B4JA 3HP9A 2D0PA 4DQIA 4KO0A 3V9SA 1JLQA 3TTDA 1QSLA 3WEEB 3K5LA 4A5AA 1YIJN 2FF3B 3CCRN 4LSNA 2P1JA 1DTTA 1VHXA 2XO7A 4GV6A 1RGIA 4C8OA 3LDPA 2Q0RA 1ZYQA 4NXMK 3TAEA 4B9VA 3OA9A 2X78A 1WLJA 5FROA 3UKUA 1KAYA 1K73O 4OVLA 2E1ZA 4FJHA 1S3XA 1J6ZA 5CZ2A 3H46O 4BE0A 5JLHA 1EETA 4ELTA 4JK9A 3PLAA 1NK4A 5BR9A 3ATVA 3G25A 4O4GA 2QXFA 3CCQN 4GY2B 3O4QA 3N4QA 5F0XA 5KPTA 1S6QA 5KQDA 4JYAK 1Q9XA 4HVJA 2IIRA 3T69A 3G4SN 3K5OA 4XH1A 3ULDA 4LD0A 1UA0A 3PY8A 2DY4A 3OJSA 3WXKA 2VQEK 4CCHA 2BANA 3M3ZA 5KTQA 3VQ8A 3FFKB 3E01A 3J80O 4V19S 4BACA 2E20A 2GUPA 2EWSA 1NBWA 4FW2A 1VQNN 2BDPA 1KLMA 5BPLA 4FWSA 5T7BA 4FO0A 1BO5O 4YDUC 4HUFA 3NF8A 4BQLA 1BIUA 5AQGA 4FCYA 4DTMA 2P9SA 1RDBA 1BISA 1TKXA 2O4GA 4UQGA 4CF8A 3TPQA 1Z6RA 3KKRA 1S1WA 3W0LA 4K41A 4J2AA 3P4IA 4LF4K 4KH5A 2GELA 2GUIA 3SAHA 2I5JA 3MAQA 1XMQK 4RW7A 4M3YA 5HLFA 4KB0A 2BUPA 4GV3A 1N36K 4FJJA 5KGWA 4BC3A 4JKGA 2YJFA 3VQBA 4JI3K 4H5VA 4M3WA 4CHPA 4PUOA 4DF8A 4DFMA 1EO1A 1NLVA 3LANA 2Y1IA 3CCSN 3D2FB 2IDOA 2FBXA 3ZSWA 1RDAA 1GLDG 2VG6A 4CJTA 4OKJA 2VGNA 1HNIA 2VCPA 2WC9A 1DTQA 3NGZA 2WBNA 3BEXA 3L2UA 1N8RO 4R5PA 3SMPA 3U3GA 3CJAA 4E19A 5GAHP 2HHUA 2P9IB 4IZ9A 4CW7B 3ENHA 1KC8O 3R8EA 3F2KA 3DLKA 3KK3A 2QI2A 4GVEA 2XHBA 1VRUA 4BRNA 3K9KA 4CJ5A 3THVA 5M1PA 1M90O 3ZT4A 3QO9A 4C23A 2UXDK 1T03A 4JI2K 1QSSA 4K8XA 2BGGA 1WN7A 4ID5A 1HX1A 3DLGA 2YJEA 4RWTA 3EO3A 4DR7K 3RMCA 1IO2A 1YJ9N 4DSKA 2DFFA 2HBMA 2O8FA 1VQ6N 4DV6K 2X74A 4A5BA 1BHLA 1UWBA 3KKSA 5ELZA 4YOYA 4B3MK 4DR4K 3OYIA 2HHVA 4PA1A 1VQ5N 4FZYA 1U6ZA 1CXUA 3WEEA 1C0UA 3V1QA 4FM0A 2ZQBA 3SUNA 5DM7L 1XMOK 3UIQA 2V51B 3CCMN 1EKEA 3VTIA 5HRNA 3AVGA 3K58A 5AZIB 2HB5A 4BDZA 1HQUA 4O8KA 2AP1A 1HNWK 4FJXA 3L3UA 3J7AP 4EFHA 4KI6A 3LP0A 3EE9A 4KB1A 2FSJA 4W5RA 1DGKN 1YAGA 4AHRA 1JLFA 1JLEA 1BI4B 3QERA 4KTQA 4M45A 3CG7A 3EY1A 3QICA 3BF3A 1RNHA 4IDKA 1N33K 1TUYA 1K9MO 2ASMA 1KVCA 4AHTA 2O8DB 1QQOA 1HRHA 4Y1DA 2ZGZA 3MCPA 2F9WA 4FLVA 3O4NA 1ITGA 3ENOA 5M1NA 3L2WA 1IKYA 4B1XB 1SZ2A 4YOUA 4LF6K 3I8BA 1KAXA 5DM6L 3ZSZA 3CIPA 4ZHRA 4BGBA 4CHYA 3IMXA 1S5JA 4FLUA 3TTFA 3NGYA 4IJAA 2Q0UA 3DAWA 3KTQA 2D4WA 3I0SA 1U2VB 3U8XA 1BCMA 3DWLA 4BRLA 2OPSA 4FWRA 4MO5A 4JKDA 1NGEA 4X64K 4B3TK 2QXLA 2KFZA 2QWLA 4FWKA 2ZJPL 4DFKA 3TSUA 4N41A 1TK0A 3AAPA 3SUPA 3H1QA 4B1VA 3CJ9A 3MEDA 3THWB 2QKBA 1N34K 2CGKA 3VA0A 3BUZB 1NKCA 1ASUA 3U3YA 5BN8A 4FJ7A 3EZWA 4DUZK 5AQIA 3I55N 5A2QO 3ZSVA 4FJIA 4BRPA 2ZJQL 3PV8A 3PSIA 4JKFA 3AO4A 4M7YA 4KREA 1OVYA 4E0DA 2P9UB 1YI2N 4H03B 2HBLA 4YOWA 4JI5K 4B9LA 1TAUA 4BRFA 5BREA 4BREA 4CJSA 3D2FA 1HYSA 1HKGA 3CFRA 2DPNA 4AQYK 1YJWN 4L8RB 4IEIA 3R1XA 1REVA 2ZWHA 4IO9L 3R9PA 4PL7A 1A5XA 2P9IA 2NUBA 4KFBA 1OKJA 5C2DA 5C10A 3RMDA 3VQCA 4BVOA 3MWTA 4J2EA 4DU4A 3J81O 3EYZA 3DLLL 5LJVA 3SPZA 3AVAA 2A3ZA 1FW6A 4KI4A 4YDUA 3ZEUA 1SKRA 2UXBK 4K25A 5SZTA 1GOBA 4JRPA 5LMNK 1D5AA 1TL3A 5BRDA 4BRGA 4NYNA 2JGUA 1NGFA 4N5SA 3CPWM 1NK6A 5FDLA 3TTCA 1KD1O 4N76A 4W5OA 4E7JA 1JXBA 5TKWA 1EQYA 5I42A 2KW4A 2UYTA 5C24A 4QS9A 4CJRA 5HRRA 4H0TB 1V4TA 4OPHA 3HZ6A 3WXLA 5LJWA 4QAGA 3NMUA 1QVGM 1CZAN 3TAQA 4BROA 2O8BB 3AVCA 5C15A 4CZKA 1ZXOA 1WSIA 5AZIA 3WNGA 4FJ8A 2HHSA 1LAVA 4Z94A 3B6OA 4EP5A 2RF2A 2HHXA 5AQSA 2F9TA 3HXMA 2QWRA 4OPAA 1BQMA 1HJRA 1CLQA 2E6LA 1T6DA 1RDWX 4B1ZA 4Z4FA 2ZM6K 1D9DA 4IFYA 1YJNN 4DWIA 3SBTA 4DR2K 2DFEA 3QEPA 3SV4A 3HTVA 1RDCA 2P9NB 2YHAA 5ADXA 1LAWA 3OYMA 4H0OA 3QBWA 5AZJA 4CEBA 1T44A 5CYQA 4CEQA 1KVAA 3ZT3A 4WFBL 1A5WA 1IG8A 5AQYA 1NNEA 4LFAK 1ATRA 4IDHA 1IKVA 1GLCG 1QHAA 2CGJA 3ZSXA 4CZIA 3DLBA 2HVHA 5ADXH 3TI0A 3L3VA 3VETA 1U2VA 3J7ZO 2V7ZA 4KPYA 1TKDA 3F5TA 1QQNA 4KHQA 4DU3A 3AO2A 3HSCA 5JLFA 4X65K 2HHQA 5LY3A 1X9SA 1RT5A 3THXB 4I9QA 2UUCK 4EIAA 4ELUA 1JCEA 1WAFA 3LDLA 3OY9A 2B6AA 2W41A 2X6NA 2OYQA 4FOEA 3CCUN 2HW3A 1GOAA 2FBVA 1GLJO 4KTWA 4PHTX 3P1GA 2KFNA 1B9FA 3G10A 1RTDA 4O5FA 1X1PA 3S3MA 3WNHA 4CZHA 3W3DA 1MWMA 4BVPA 3PX4A 3QNNA 4IO8A 2YNIA 3K59A 5LMUK 3KK1A 3KD1E 3PX0A 1GLLO 2NNWA 4MLEA 3H3OB 2VWBA 4BG8A 1N32K 3CJ1A 3U9DA 3QFPA 3OHRA 4CK3A 3O3FA 2A40A 4DS5A 2IVNA 1S72N 2P9UA 1XHZA 2UUAK 3QFUA 4DR3K 3VEOA 4JKCA 2YKMA 3HP6A 2Q2RA 3PIPL 4H5WA 1E4GT 4AF1A 4DV4K 2NRHA 3AAQA 3IUCA 3I8DA 3CXCM 4NLCA 5JVHL 1P90A 3MWPA 3ZCMA 1IBMK 3AVNA 3KVGA 4FJNA 1KFSA 3AGKA 4JKGB 4MQ3A 3VF6A 4FM1A 1KRPA 3HYFA 4ISGA 4IJNA 3C0BA 1UAXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4OO1 J;  4W5N A;  3HPH A;  1H1V A;  2W6K A;  4CF1 A;  4U67 L;  4AHC A;  3SBG A;  1NJY A;  4K0K K;  4F8R A;  1QVF M;  3ZSY A;  1TK8 A;  1RBU A;  3HST B;  4BDY A;  1KQS M;  1L5U A;  2P9L B;  5CHI A;  4F2S A;  4FWP A;  4KTZ A;  4DV5 K;  3HPG A;  5EOY A;  2GBZ A;  4MFB A;  5CY4 A;  4BRH A;  3V1R A;  4JI8 K;  3C7N B;  4LF5 K;  5BN9 A;  2D0O A;  1KAZ A;  1CZB A;  4AH9 A;  5AQT A;  4OX9 K;  1TKT A;  2QM1 A;  1UA1 A;  1MA9 B;  4B9N A;  5JVG L;  3MN6 A;  4FM2 A;  3LL3 A;  3SYZ A;  1NGA A;  4Z4H A;  4BC2 A;  3TU5 A;  3ZT2 A;  4IBN A;  4DSF A;  1XC9 A;  4CGG A;  1YIT N;  4CHN A;  4FJK A;  2EX3 A;  3QB0 A;  3HI0 A;  2HVI A;  4GNI A;  1DT9 A;  3L4I A;  4ICL A;  5KRT A;  4LH4 A;  3SLC A;  4DTJ A;  1I94 K;  1LOT B;  4DG1 A;  2E4L A;  2RKI A;  4CJ4 A;  3KLE A;  4DFJ A;  1NGB A;  4I6M B;  2DTU A;  3AA4 A;  2HHW A;  5C0Y A;  4E89 A;  4F4K A;  5GAD P;  3RRG A;  1YVN A;  4H0V B;  5HL7 L;  5HRS A;  4DLG A;  3TAN A;  3LAM A;  1Q86 O;  4OLB A;  4CJV A;  4BE2 A;  4LF9 K;  2ASO A;  2P9P A;  4FVU A;  3O3G A;  1Q7Y O; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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