The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
119
|
structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Selection of tRNA by the Ribosome Requires a Transition from an Open to a Closed Form
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
|
| total genus |
28
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-10-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4X62 K; 4DV2 K; 4CW7 B; 5LL6 Z; 4JI4 K; 4LFC K; 5A2Q O; 3JAM O; 4CVN E; 5LMN K; 2VQF K; 2HHH K; 4DR2 K; 2UUA K; 1N36 K; 2ZM6 K; 4KHP K; 2UXD K; 2UU9 K; 5FLX O; 4DR5 K; 4JYA K; 1FJG K; 5IT9 O; 1N34 K; 5BR8 K; 2UXC K; 4B3S K; 3J80 O; 4YY3 K; 2UUB K; 5AJ3 K; 4LF5 K; 4GKK K; 4YHH K; 4LFA K; 2E5L K; 1XMO K; 4B3T K; 2F4V K; 4JV5 K; 4LF7 K; 3T1Y K; 4DR7 K; 1N32 K; 4LF6 K; 4JI3 K; 4DV3 K; 4DUY K; 4B3M K; 4JI8 K; 1HNX K; 2UUC K; 4LF8 K; 4JI7 K; 4DUZ K; 4JI1 K; 1XMQ K; 1HNZ K; 4AQY K; 1XNR K; 4DV0 K; 1I94 K; 4JI0 K; 4K0K K; 4DV6 K; 4OX9 K; 4DR4 K; 4B3R K; 2VQE K; 4DR3 K; 4X66 K; 1IBL K; 4DV4 K; 4JI2 K; 4X64 K; 4GKJ K; 1HR0 K; 4DV7 K; 4LF4 K; 4DR6 K; 3J81 O; 3J7Y P; 4NXN K; 4X65 K; 1J5E K; 5LMU K; 2UXB K; 1IBM K; 4DV5 K; 4V19 S; 1HNW K; 1IBK K; 5IWA K; 1N33 K; 4DV1 K; 4LFB K; 3J7A P; 4DR1 K; 4JI5 K; 4LF9 K; 4NXM K; 1XNQ K; 3OTO K; 4JI6 K; 3T1H K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4NCB A; 3P39 A; 3HP6 A; 1BA1 A; 1MWK A; 3UKR B; 3K5O A; 1M90 O; 2FBX A; 2B5J A; 1XWL A; 4ZTF A; 1CZ9 A; 4M3R A; 3TAB A; 1N36 K; 3O1B A; 1VQ8 N; 3C6U A; 3M5R A; 2B4J A; 4NYF A; 1GOB A; 3ZET A; 1O13 A; 4FM1 A; 4DMN A; 3TTC A; 3CER A; 4O0I A; 3TAG A; 1QQO A; 3G71 N; 4BRF A; 4IEI A; 5M1K A; 4JK7 A; 5CR4 A; 4A5A A; 5J1E A; 4CBX A; 4YHH K; 3DM2 A; 1HYS A; 1BA0 A; 4M3U A; 3AA3 A; 3VQD A; 2Z1G A; 3TR8 A; 3THX B; 4U67 L; 2VGN A; 4LF6 K; 4BQL A; 4DV3 K; 2RKI A; 4H8K A; 5GAG P; 4FJH A; 2NRH A; 3SQ1 A; 3VES A; 5J2Q A; 5HRO A; 4FJK A; 2Q3S A; 4PY5 A; 4M3W A; 4DV6 K; 1NLV A; 5AQG A; 1NKE A; 4PWD A; 4HUG A; 5FPE A; 1NM1 A; 4DHY A; 1QE1 A; 3H08 A; 3TTD A; 2E2Q A; 4K25 A; 2QWR A; 2GEL A; 3LAM A; 5C25 A; 2GTD A; 4PKG A; 4I9L A; 5AQS A; 5EY4 A; 1ATN A; 1VRT A; 4LF4 K; 5JVG L; 3CD6 N; 2FXU A; 1VQ4 N; 4WYB A; 2OZS A; 4CD1 A; 3OYM A; 1U2V B; 4DQQ A; 2YHX A; 2YNF A; 1Y64 A; 3SK3 A; 4JNE A; 2BAN A; 4GV6 A; 1CXQ A; 5AQU A; 1S9E A; 4YOY A; 3OBY A; 4O4G A; 4DG1 A; 3RMD A; 2NRW A; 4ZHR A; 3CCR N; 2YHB A; 3KHY A; 1HLU A; 3QNO A; 3LZJ A; 4FJG A; 4DU3 A; 3KTQ A; 3ZX3 A; 1TKX A; 3I8D A; 3G6E N; 4LFC K; 2GV9 A; 5EU7 A; 1RT3 A; 4PL7 A; 2J4R A; 4CJ3 A; 3AO3 A; 4B9L A; 4ISF A; 4ILG B; 1XC9 A; 3B6O A; 2E2O A; 4FVM A; 3ATV A; 2E2N A; 1YTA A; 3F73 A; 1OVY A; 2IVN A; 1WB9 A; 4J2B A; 2A3Z A; 1MWM A; 4DQR A; 2GBZ A; 2PFU A; 1JXE A; 3HTV A; 4JKB A; 2WUS A; 4CHP A; 3CJC A; 1N6Q A; 2O8F A; 1BDG A; 1JLQ A; 1TK5 A; 4MDA A; 1CZA N; 1NJY A; 4K8Z A; 3SPZ A; 2P9N B; 4AM6 A; 4B3T K; 4M7X A; 3VQ6 A; 2HVH A; 4FWO A; 3TSU A; 4H5W A; 5JS1 A; 4JD2 B; 3QEW A; 4CK1 A; 4H0Y B; 3JXU A; 3ZCM A; 4JI8 K; 3CME N; 3I0S A; 4F2R A; 2YHA A; 1JKH A; 3BY5 A; 3IS9 A; 4GW6 A; 3QES A; 1VK0 A; 1I94 K; 2EWS A; 4BRE A; 1ZXO A; 4O5B A; 4DQI A; 2VWK A; 5AQM A; 2OAN A; 4DR3 K; 1VAZ A; 4E7J A; 3CCJ N; 3QFU A; 3VF6 A; 4IFV A; 2QI2 A; 1NJI O; 5BN8 A; 1LOT B; 3F5T A; 2HF3 A; 3EZW A; 4JK8 A; 3LL3 A; 1QHT A; 3FZL A; 5F1X A; 3WEE A; 3SQ0 A; 2GX9 A; 2PBD A; 4FJ7 A; 2O8D B; 4JEP A; 4B08 A; 1J5E K; 3O3H A; 1MDU B; 3ZSQ A; 5AQV A; 3QIN A; 1BOT O; 1VQ9 N; 4DV1 K; 3KJV A; 2KQ2 A; 4CGH A; 1JCF A; 3S9H A; 2O8B A; 2O8E B; 2A1S A; 4CES A; 3KWI A; 3CJ9 A; 3K2P A; 2WBN A; 5HOO A; 2PYJ A; 2JWK A; 3M8R A; 1J54 A; 5GAH P; 4BRL A; 1QZ5 A; 5KTQ A; 1KD1 O; 2JGU A; 4CEA A; 3C65 A; 4DFP A; 3KKR A; 3IKM A; 3HP9 A; 1SQK A; 3LPU A; 4JK9 A; 3VF2 A; 2UU9 K; 3T7Z A; 5IT9 O; 1XC3 A; 1HPM A; 3Q7B A; 4OLB A; 5GIO A; 5J2P A; 2QTD A; 3OW2 M; 3O4N A; 4ILJ A; 4Z94 A; 3WNH A; 5CZ2 A; 2OTJ N; 2Z1I A; 4DSK A; 4FW2 A; 1QQC A; 5AZI A; 4NB4 A; 5FRO A; 1GLJ O; 3LP3 A; 4JRP A; 3AAR A; 3CFP A; 3J7Z O; 3HPG A; 3IDH A; 1FW6 A; 4CFA A; 3W0L A; 4BC3 A; 2QXF A; 2RN2 A; 1EWQ A; 4CZH A; 4CF0 A; 1WBD A; 3D2F B; 3M1F A; 4JKG B; 3CFR A; 1NGH A; 3M8S A; 5AQR A; 1Z25 A; 2D1K A; 2IVP A; 2YNH A; 4WQ5 C; 2NZT A; 4R5P A; 4YOR A; 5JS2 A; 3U6F A; 1TKZ A; 1OH8 A; 4F8R A; 2QXL A; 1C1A A; 2YJF A; 2ZGY A; 5DM7 L; 1VQ5 N; 3VQE A; 3VEO A; 3OHR A; 4AF1 A; 1GOC A; 1KSP A; 1SKR A; 4FWP A; 1HR0 K; 3ZSV A; 1KAY A; 1S22 A; 3FZH A; 3ZET B; 3BP8 A; 2CGK A; 4KHQ A; 2LSN A; 3CC7 N; 3T69 A; 3ZX0 A; 4DLE A; 3P31 A; 2UXB K; 3NGZ A; 3TAP A; 3CG7 A; 2A41 A; 3KKS A; 3DXK A; 3U4L A; 3OYI A; 3AVG A; 4FJ9 A; 1FXX A; 3OS2 A; 1D8Y A; 2ITG A; 4B1Z A; 3V9Z A; 1TAQ A; 3MN9 A; 2FSJ A; 4CBW A; 2I5J A; 3OS1 A; 1LW0 A; 5JMV A; 2VWJ A; 1QS4 A; 4W5N A; 4E1M A; 1A5X A; 1VSF A; 4FLY A; 2OTL N; 4CZM A; 2HF4 A; 1UA1 A; 1X9J A; 3R3L A; 3SBG A; 5AR0 A; 4HUF A; 5A2Q O; 5C2D A; 4EHT A; 4YOU A; 1W0H A; 4CJQ A; 4RW8 A; 3NH2 A; 1WSE A; 1NGC A; 1VQL N; 4CJ5 A; 1KXP A; 1IKY A; 1KLN A; 4PKH A; 4E19 A; 2UXD K; 3THW A; 5LJW A; 1Q9Y A; 2W40 A; 2OA8 A; 1M1K O; 1N8R O; 4C1N I; 4M45 A; 3C95 A; 4BC5 A; 1XI1 A; 3JYT A; 1U49 A; 3S41 A; 4OPJ A; 4LH5 A; 2HW3 A; 1VQK N; 1JLF A; 4I6M A; 2AJQ A; 3LDN A; 3FFK B; 2HHW A; 4G1Q A; 1N32 K; 2GWK A; 4JI3 K; 2HHS A; 2QA4 N; 4IDH A; 2QWO A; 4WQ4 A; 2HOE A; 5ADX H; 1A5W A; 1OH5 A; 1T05 A; 4F9O A; 1P8Z A; 4ISG A; 2QW9 A; 4A62 A; 4JI7 K; 3MEC A; 3R8E A; 3HVT A; 3IAY A; 3O3G A; 1QQM A; 1IKW A; 3A5L C; 4K0K K; 3TAM A; 3OJU A; 3OYG A; 2F9W A; 3MWT A; 1HNI A; 4BG9 A; 3PIO L; 4JI2 K; 4JKH A; 2D0P A; 4FXD A; 1KFS A; 1K6Y A; 2O8F B; 2DTU A; 4EIA A; 4DV5 K; 3L2Q A; 2A42 A; 2OPR A; 5HL7 L; 1YHQ N; 1NJW A; 4F2S A; 4HWI A; 3S3O A; 3SLC A; 3K5N A; 2E1Y A; 3LPT A; 3FGU A; 4BC2 A; 1F21 A; 5FPN A; 1VQM N; 1KVA A; 2ASO A; 4PL8 A; 4IFE A; 3K5M A; 3WNG A; 4DV2 K; 2XY8 A; 3VEZ A; 1RTH A; 3DAW A; 4W5R A; 1X3M A; 2ZJR L; 4JI4 K; 1D5A A; 1NWK A; 1ASV A; 3MXI A; 3SJJ A; 3PV8 A; 5HRN A; 4FZZ A; 1QZ6 A; 3EE9 A; 3VQC A; 3K57 A; 3ENH A; 3O9U A; 5BN9 A; 4KI6 A; 2W6K A; 5HRR A; 4KH5 A; 2F8T A; 1ASU A; 3QLH A; 2CH5 A; 4JD2 A; 1EX4 A; 1VQ6 N; 3AVJ A; 1NK8 A; 3TAF A; 1E4F T; 4MLE A; 2AP1 A; 5CE3 A; 3NCI A; 3DWL A; 4KH4 A; 1JLG A; 3KLE A; 3WEE B; 2NNW A; 3RVC A; 4K8X A; 3EO3 A; 4BAC A; 1SKW A; 2PYL A; 4CE9 A; 1QSY A; 2ZWH A; 3KWG A; 4LFA K; 3U9Z A; 3QIP A; 2XY7 A; 5I3U A; 4A2B A; 3OYL A; 5AQW A; 3HBT A; 4BDY A; 1NK5 A; 2Q0U A; 1NGI A; 4WCE L; 3OYH A; 2HMI A; 3H6E A; 1BG3 A; 2A6A A; 5HP1 A; 2O8B B; 3CQY A; 1TYQ A; 3PY8 A; 1TL1 A; 5AQN A; 3IRX A; 3MEE A; 4DTR A; 4DTM A; 1FKP A; 4DUZ K; 4C8K A; 4Z4I A; 1SUQ A; 2DY4 A; 4B1V A; 5GIN A; 4B9T A; 3F9M A; 4Z4C A; 3ASM A; 3C6A A; 1Q18 A; 1WSG A; 3CCE N; 3WQU A; 1GOA A; 1WOQ A; 1G15 A; 1IBL K; 5EVZ A; 4I9Q A; 2O8E A; 3ZEU B; 2VWB A; 3VGK A; 5FRM A; 1J6Z A; 1EP4 A; 4B1W B; 4FK4 A; 4DR6 K; 4DSJ A; 4CZE A; 3H1V X; 3J81 O; 3MWP A; 1QVF M; 1ZBS A; 1YVN A; 1EET A; 3ZYY X; 2FF6 A; 5LMU K; 5AZI B; 1QHA A; 1RBU A; 5DMR A; 5E41 A; 3NF7 A; 1N33 K; 3MXJ A; 2P9U A; 3QFP A; 4K41 A; 3VN5 A; 2DPN A; 4BRO A; 5TKY A; 2BUP A; 1TGO A; 4GY2 B; 1ILY A; 4ISE A; 2YV0 X; 3ATU A; 4CW7 B; 3C7N A; 3EY1 A; 1KAZ A; 4OGC A; 5LL6 Z; 1JLE A; 1TL3 A; 4HTL A; 3UKU A; 1J53 A; 3V9S A; 4BRI A; 1KCF A; 1RFQ A; 5BPN A; 3L8B A; 4WQ5 A; 4AHS A; 1VSJ A; 4WE1 A; 1NOZ A; 2QM1 A; 1Z05 A; 2ZE2 A; 4IG3 A; 5M1Q A; 4Y1C A; 3E66 A; 1KVB A; 2HB5 A; 4CJS A; 3R9P A; 4MDB A; 1T7P A; 5GAD P; 1T44 A; 4OVL A; 1HKG A; 1VSL A; 3LM2 A; 2W42 A; 4FK2 A; 4YY3 K; 2WOM A; 1D9D A; 3L2V A; 4AM7 A; 4CEO A; 5BRE A; 1SAZ A; 1EKE A; 1HYV A; 1Q86 O; 3DXK B; 4FM2 A; 3LWL A; 4BE0 A; 3E01 A; 3E9P A; 5BRF A; 2F4V K; 3NBP A; 3QEX A; 1YJW N; 4FOI A; 3QNN A; 4ICL A; 1OH6 A; 3U3Y A; 3O8M A; 4HCB A; 1WLJ A; 4N47 A; 1K8K A; 3N4Q A; 3OJS A; 3DLL L; 4H03 B; 2ASM A; 4Z4G A; 4BRH A; 4H0V B; 3CM6 A; 2VQE K; 4FWN A; 1L3T A; 4A61 A; 4AHR A; 4DQS A; 4CEF A; 3BZC A; 1NK0 A; 3AVN A; 3THW B; 4L3Q A; 5HRS A; 3SMP A; 3I55 N; 3C6T A; 1TAU A; 4CK2 A; 4DS5 A; 3G25 A; 1RDD A; 3LP1 A; 3LWM A; 3DLK A; 1XQS C; 3HK2 A; 4E0D A; 2HND A; 3FZM A; 4X65 K; 4FLT A; 4DF8 A; 1YJ9 N; 2P9S A; 2QWQ A; 4I6M B; 5JIC A; 4DFK A; 1S72 N; 5CHI A; 2O4I A; 2O4G A; 4M63 C; 4H0X B; 4A2A A; 1LWC A; 4CER A; 4GMJ B; 5BRH A; 1NJZ A; 1REV A; 3SBT A; 4DLG A; 3RR7 A; 3A8Y A; 2PZS A; 4W5Q A; 3CCQ N; 3PSF A; 1BIU A; 1DGK N; 4JKA A; 4K43 A; 3T19 A; 2RF2 A; 5F0X A; 3MDQ A; 5EXW A; 3V1O A; 2IAJ A; 4FWS A; 3QML A; 5JLH A; 4QS8 A; 3MN6 A; 5GAE P; 4I2Q A; 2GWJ A; 4HVJ A; 4ID5 A; 4N5S A; 4DR5 K; 3AO5 A; 2E88 A; 3L2R A; 1U4B A; 1X3N A; 1QQN A; 1W7A A; 4MLH A; 2HMP A; 2OYQ A; 4CJE A; 1TK8 A; 2RPI A; 1KAX A; 4CJT A; 4GVE A; 1W9H A; 3AVK A; 4CJK A; 4DSE A; 5AQY A; 1U48 A; 4M3X A; 1NGJ A; 2FLO A; 3K5L A; 4BR7 A; 3O9T A; 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2ATQ A; 2EHG A; 4CHO A; 2HHU A; 4C8O A; 3FFI A; 5E84 A; 3G4S N; 3VTI A; 4KI4 A; 3TI0 A; 1V4S A; 4IOA L; 1L3U A; 2ZGZ A; 2PAV A; 4Z4E A; 1JL1 A; 1V4T A; 5ADX A; 2X6N A; 3MN5 A; 4O55 A; 3D7E O; 5DM6 L; 3DLG A; 4Q5V A; 5JVH L; 4RW4 A; 5AQQ A; 3LZI A; 4YDU A; 2P9U B; 3JS6 A; 3ZEU A; 1ZYQ A; 2GUI A; 3OYN A; 3QEI A; 1YTU A; 3TPQ A; 5AQT A; 3SYZ A; 1Q81 O; 3MK6 A; 3U3G A; 3C7N B; 1JJ2 M; 4MO5 A; 1ZBI A; 4FJM A; 4CEB A; 2P9L A; 2P1J A; 4DTS A; 1HRH A; 3EKU A; 3UKU B; 3QO9 A; 4H0O A; 1I3A A; 3ZT0 A; 5I42 A; 3PIP L; 2YKN A; 1WUA A; 4BR4 A; 1VRU A; 2YJE A; 3SZ2 A; 4KHY A; 2HNY A; 4C1N K; 3L2U A; 1HQU A; 3AVC A; 4CIG A; 1ZBL A; 3L2W A; 4KRE A; 4CJF A; 1IO2 A; 3LDP A; 1RT6 A; 4DSL A; 2NRX A; 2QWN A; 2FSN A; 3AVH A; 4CJ4 A; 3CCM N; 4BRN A; 2NRZ A; 2NRV A; 3CXC M; 1HKB A; 1L5U A; 2E4L A; 1S1V A; 4BVO A; 4KH6 A; 1DEJ A; 3SAF A; 3SV3 A; 4KHN A; 4EP5 A; 5KGW A; 4WF9 L; 3CC4 N; 3SUN A; 4LF9 K; 3VER A; 2HBM A; 2E1Z A; 3R6M A; 3GE1 A; 2I7P A; 3VA0 A; 2E8A A; 2O8C A; 4OGE A; 3VEX A; 3TAR A; 1A5V A; 1VSK A; 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