The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
|
sequence length |
119
|
structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Selection of tRNA by the Ribosome Requires a Transition from an Open to a Closed Form
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
|
| total genus |
24
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| structure length |
119
|
| sequence length |
119
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-10-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2VQF K; 2UUB K; 1HNZ K; 4JI8 K; 4OX9 K; 5LMU K; 4B3S K; 4DR4 K; 4YY3 K; 2UU9 K; 4CVN E; 1IBL K; 3J81 O; 4LF9 K; 4X66 K; 5FLX O; 4NXM K; 4DR1 K; 4DV0 K; 1XMQ K; 4LF5 K; 1N32 K; 4X64 K; 2F4V K; 4DR3 K; 4GKK K; 4JI3 K; 4JI7 K; 4DR5 K; 4DR7 K; 4B3M K; 4JI5 K; 2UUA K; 3J7Y P; 1XNR K; 3T1H K; 2UUC K; 4KHP K; 1HR0 K; 4CW7 B; 3J80 O; 4DV3 K; 1IBK K; 5BR8 K; 4JYA K; 4DV7 K; 4JI4 K; 2UXC K; 3OTO K; 2ZM6 K; 4DV5 K; 4JV5 K; 4DV6 K; 1HNW K; 5LL6 Z; 4K0K K; 4DV1 K; 4LFC K; 4JI0 K; 4DUY K; 1XMO K; 2E5L K; 1N34 K; 4V19 S; 4X65 K; 4DUZ K; 2UXD K; 4JI6 K; 1N36 K; 4NXN K; 4B3R K; 4DV2 K; 2HHH K; 1HNX K; 5LMN K; 4LF8 K; 1XNQ K; 4LFB K; 5IWA K; 5AJ3 K; 1I94 K; 1J5E K; 3J7A P; 4DR6 K; 1FJG K; 3T1Y K; 4B3T K; 4GKJ K; 1IBM K; 3JAM O; 4X62 K; 4LFA K; 4YHH K; 4LF6 K; 2UXB K; 5IT9 O; 1N33 K; 4DV4 K; 4LF7 K; 4JI2 K; 4JI1 K; 2VQE K; 4DR2 K; 4AQY K; 5A2Q O; 4LF4 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4CEF A; 4O0I A; 2IVN A; 4B9V A; 1NOZ A; 1DLO A; 4BR7 A; 5M1Q A; 3L2U A; 2D5R A; 2O4I A; 4PKI A; 3IMX A; 4JRP A; 3DI6 A; 3MDQ A; 4PKG A; 3H1V X; 4IZ9 A; 3DXK B; 1HQU A; 3GDQ A; 4BE0 A; 4K8X A; 5TKY A; 2W42 A; 4M42 A; 3HM8 A; 4JLH A; 1U49 A; 4FVU A; 4YFU A; 1T03 A; 4IG3 A; 4OO1 J; 4H0P A; 1WN7 A; 4OPJ A; 1Z05 A; 2V52 B; 3A5L C; 2BGG A; 1N32 K; 3QIC A; 3RVC A; 2OPQ A; 1NJZ A; 4KHW A; 2RPI A; 5FPE A; 3V9S A; 1SAZ A; 2E4L A; 1S3X A; 3A5M C; 4B9Q A; 4FWM A; 3RSE A; 5AQX A; 4FLU A; 3WNG A; 3J8A A; 4FLY A; 3AVL A; 3O9R A; 3ITH A; 5AZI A; 3L4I A; 5KGW A; 3VMF B; 2AJQ A; 1WAJ A; 2V7Z A; 4H0X B; 3NF6 A; 3OJS A; 3AAQ A; 5BR8 K; 3O4N A; 3KTQ A; 3CYM A; 3VQ5 A; 4DTJ A; 4KHY A; 4BGA A; 5C25 A; 3CCJ N; 2UXC K; 1C0U A; 2WBN A; 3HO1 A; 2KZM A; 4DV6 K; 4MDA A; 2JWL A; 4DUY K; 4DLE A; 4A2B A; 4BRP A; 3DM2 A; 3P1G A; 3ZSZ A; 4CK3 A; 5AQH A; 3THY A; 3B6O A; 4B1Z A; 2G8K A; 4BRN A; 3O4W A; 4M3Z A; 2YNF A; 2OAN A; 1Q82 O; 1W9H A; 4CBW A; 2XHB A; 1NJI O; 1MA9 B; 1HQE A; 3K58 A; 3VQB A; 2CGL A; 3MED A; 3UKR B; 3CC7 N; 2YHW A; 4Z4E A; 3LDL A; 3NH0 A; 4LFA K; 1WSJ A; 3CMA N; 3MEE A; 1ITG A; 4B9U A; 3EEQ A; 3MX5 A; 3C6A A; 2BE2 A; 3DYA A; 4CZH A; 5HLF A; 4ELT A; 3VN5 A; 4DR2 K; 3ZEU A; 3O80 A; 4GVM A; 1HNZ K; 1F21 A; 5AQW A; 1YVN A; 3HOT A; 3QFP A; 3MX2 A; 2IS3 A; 1L3S A; 3C6T A; 1NBW A; 2UU9 K; 3SZ2 A; 3TI0 A; 5KPT A; 1HUX A; 3WQU A; 2GWK A; 1MU2 A; 5BR9 A; 4DR1 K; 3ZSR A; 3DXK A; 4DF8 A; 1QSS A; 1NGE A; 3JS6 A; 4JKC A; 3CCS N; 4DSL A; 1WSH A; 1S1W A; 3BP8 A; 4ID1 A; 2HHV A; 3B8A X; 3FZF A; 1KCF A; 4DFM A; 1NGB A; 3WXL A; 3NHG A; 4FWS A; 2RF2 A; 3T1H K; 4OLB A; 4CBX A; 2G8I A; 5TKW A; 3PIO L; 1RDC A; 2YJF A; 1R0A A; 3NH2 A; 4BRH A; 4CJF A; 3V9U A; 2D0B A; 1HLU A; 4EAH D; 1RDB A; 3FZM A; 3EL2 A; 5C42 A; 1TYQ B; 4CJE A; 2VWJ A; 3KK1 A; 4CZL A; 1J6Z A; 5BN8 A; 4DU3 A; 2E5L K; 3HPH A; 4FPA A; 5AQZ A; 3SQ4 A; 1KTQ A; 5M1F A; 3AAP A; 2XY6 A; 5ADX A; 2A41 A; 4JD2 B; 5C2F A; 3QES A; 2D0A A; 4B1V A; 1KC8 O; 4PHT X; 1RT1 A; 1VQ7 N; 1ZBS A; 4Z4I A; 5KRT A; 2CH6 A; 3L3U A; 4B3T K; 3E9L A; 1YVU A; 1E4F T; 4RW4 A; 3SQ1 A; 2ETJ A; 2PYL A; 3DLL L; 1ILY A; 1TK0 A; 1C1A A; 3VTI A; 4N76 A; 4OPA A; 1S1X A; 3Q7B A; 4BRC A; 5AQQ A; 4DV4 K; 3UKR A; 3PIP L; 3LDN A; 5M1N A; 2D4W A; 3CJA A; 3PX6 A; 2O8D B; 4LY7 A; 4OGE A; 3H6E A; 2IVP A; 4KFB A; 3ENH A; 1S1U A; 4AHU A; 4Q5V A; 1JXB A; 4IOA L; 2HVI A; 4KHN A; 2FBX A; 4FVM A; 1B92 A; 4CK2 A; 2YHY A; 4BRO A; 4CHO A; 5C2D A; 4KV8 A; 4WFA L; 2GX9 A; 3G4S N; 2P9U A; 3RR7 A; 1WUA A; 4QS7 A; 4I9Q A; 5BPN A; 4CER A; 4B3M K; 4FPB A; 1ZBF A; 2HND A; 3D45 A; 5C15 A; 4CEQ A; 1TV6 A; 4HCB A; 2B5J A; 4B9M A; 4NYF A; 4YNQ A; 4B8A B; 4QS8 A; 4ZHR A; 2ASM A; 4Z4H A; 5GIN A; 2XO7 A; 4FLZ A; 3M8Q A; 5JIC A; 3BF1 A; 3LAM A; 2O8F B; 3QML A; 4FK2 A; 1GOB A; 4AIL C; 4Z4G A; 1WSI A; 2PY5 A; 4ELU A; 3A5N C; 3KLH A; 1TYQ A; 1TAU A; 3SK3 A; 4DUZ K; 2UXD K; 3C7N B; 4CBU A; 3IRX A; 2KFN A; 4JI6 K; 5SZT A; 3CD6 N; 3SUQ A; 4I2P A; 1DT9 A; 4C8N A; 1QSY A; 3A2F A; 4B9N A; 1DTT A; 3TTD A; 1FXX A; 4CE9 A; 4FJX A; 3LPT A; 1OH8 A; 3K5M A; 2YHA A; 3GE1 A; 1NMD A; 1QSL A; 3PUF A; 3E9O A; 2HBJ A; 5EXW A; 3VTH A; 4CHY A; 3SI6 A; 4X62 K; 4IKF A; 4FJN A; 4JK9 A; 3AO3 A; 4NYN A; 1RDU A; 1Q86 O; 3BDP A; 1YXQ A; 5FDL A; 4XEI A; 4LF4 K; 2W6L A; 4KHS A; 1KVB A; 3KLI A; 4PKH A; 4B3O A; 3K0S A; 1FK9 A; 3HJF A; 1J54 A; 4BG8 A; 5LMU K; 1WSF A; 4YY3 K; 2HHS A; 4J8F A; 1E4G T; 1ZBI A; 3J7Z O; 2O8D A; 5JS2 A; 4M3Y A; 3VQ8 A; 3V9X A; 3VQ9 A; 2OZM A; 1HYV A; 3BF3 A; 1QVG M; 4A61 A; 1BIZ A; 4M63 C; 3VQ4 A; 4DS4 A; 2HMP A; 3U9D A; 3PSI A; 3ZSW A; 2F4V K; 4GV3 A; 5KPR A; 3ZX2 A; 1NGH A; 4B1X B; 2F9T A; 4N47 A; 3BZK A; 5I42 A; 3AGK A; 3LP2 A; 2D0O A; 5EX5 A; 2VWB A; 3TWH A; 1Z25 A; 5B8H A; 1S9G A; 2QWO A; 4K42 A; 5GAG P; 1K73 O; 5AQI A; 3EYZ A; 3H1Q A; 1S5J A; 1K9M O; 3DLG A; 4L3Q A; 4JK8 A; 1ZXO A; 1N5Y A; 4DQS A; 4FXD A; 4CHQ A; 1G15 A; 4AHR A; 3V9W A; 1XC3 A; 3U3Y A; 3KHY A; 5EVZ A; 1UA1 A; 4Y1D A; 4WCE L; 2JGU A; 2OPP A; 1T6C A; 2G8V A; 2O8F A; 4F9O A; 4ILH A; 1JLC A; 2VWK A; 4AM7 A; 3F2K A; 1YJW N; 1EXQ A; 3K9J A; 3I56 N; 3VQ6 A; 1VQO N; 4HTL A; 4JEP A; 4IDK A; 1P90 A; 3CPE A; 2DFH A; 4IOC L; 3TAP A; 1ZYQ A; 4E7K A; 3OYM A; 4B08 A; 4PUO A; 3C7N A; 5JLF A; 1QTM A; 3CF5 L; 1TUY A; 4W5O A; 3OVN A; 3G0Z A; 4MFB A; 4BWM A; 1VQL N; 2P9I B; 1NKC A; 3F5T A; 2WOM A; 3I33 A; 1NK7 A; 4HTU A; 3AY9 A; 1HNV A; 4H5V A; 4JRQ A; 3RMD A; 4CCH A; 1BCO A; 4M3X A; 1EO1 A; 1VSH A; 4FW1 A; 1KLM A; 1T6D A; 3THX A; 4KRF A; 3GBT A; 3DJC A; 3CME N; 4JI2 K; 1VQ4 N; 4NO7 A; 5T7B A; 3I0S A; 5E84 A; 4DTO A; 3CCE N; 1JCE A; 3L0Q A; 4FYD A; 4MO5 A; 1VQ8 N; 2RKI A; 2V51 B; 1JLQ A; 5HP1 A; 1BG3 A; 5EOY A; 3JSM A; 2ZF5 O; 1CLQ A; 1NM1 A; 3QNO A; 3UKU B; 3IFR A; 1XMQ K; 4BAC A; 4EHT A; 2JLE A; 4C8K A; 4FJK A; 1SV5 A; 4DR3 K; 2HBK A; 1N6Q A; 3ZT0 A; 5LJW A; 5BRF A; 3DXM B; 1LAV A; 1XHZ A; 1HRH A; 2Q36 A; 2IAJ A; 1WBD A; 3VGK A; 1WOQ A; 5GAH P; 4DU1 A; 3QDK A; 2Y1I A; 1Q9X A; 3AVJ A; 3WNE A; 3SNN A; 4FM1 A; 1CZA N; 4QAG A; 3CG7 A; 4M7X A; 4MLE A; 4B1U B; 4XH4 A; 4WF9 L; 3G6E N; 1VQ9 N; 2VG5 A; 3TAR A; 2FSK A; 4DLG A; 3KKR A; 4B9S A; 3PO4 A; 1C6V A; 2HST A; 4F3T A; 5LL6 Z; 3ULE B; 2FXU A; 3WXM B; 1JLG A; 1YUW A; 2FSN A; 3MCP A; 2VGM A; 1OVY A; 4X65 K; 4HWI A; 3OYH A; 4BVP A; 1IKX A; 3FLC O; 1N36 K; 4QS9 A; 4BR5 A; 3KLF A; 2PBD A; 3PX4 A; 3HM9 A; 4FLX A; 3U9Z A; 1KLN A; 1J9A A; 1HX1 A; 2BUP A; 2IGI A; 4OPH A; 4FJ5 A; 3SQ2 A; 1UA0 A; 1XNQ K; 3KWG A; 4C1N K; 4F2R A; 3ZSX A; 4DSF A; 5IWA K; 5AJ3 K; 1I94 K; 1J5E K; 1GOA A; 2CGJ A; 4MQ3 A; 1QE1 A; 4FZY A; 2ZGZ A; 1WSG A; 4B1Y B; 5GAD P; 1YJ9 N; 3AO2 A; 4CJV A; 3THV A; 4CJT A; 1I39 A; 4KRE A; 1BUP A; 4C23 A; 3VEV A; 2P9I A; 1YT3 A; 4KTZ A; 4EP5 A; 1VSE A; 3FFI A; 1KAY A; 1LWE A; 1VSK A; 4LSN A; 5LY3 A; 3S3O A; 1WSE A; 3O08 A; 2P51 A; 3LDP A; 5HRN A; 3KIO A; 1RCH A; 3A0I X; 4W5N A; 1CXU A; 5AQS A; 4DCH A; 3D0P A; 4IEE A; 1QQN A; 3OYD A; 2DTU A; 4LD0 A; 3NVK A; 2GV9 A; 4BWJ A; 2UYT A; 3IDH A; 1EQY A; 2W6K A; 4DQQ A; 2I7P A; 4BRD A; 4JKH A; 3SBG A; 4RCH A; 2YNI A; 2V7Y A; 4Z94 A; 3KD1 E; 5AR0 A; 4CHZ A; 1MWK A; 2WUS A; 4HUE A; 4CED A; 5EU7 A; 1KAX A; 2FBT A; 5AQR A; 5AFU H; 1OH6 A; 3U3G A; 5HRP A; 3H08 A; 4FL9 A; 3DXM A; 3RTV A; 2OPS A; 4K41 A; 4CW7 B; 4FJG A; 1VRU A; 1REV A; 2P5O A; 1BDG A; 4KI4 A; 5CY4 A; 1EP4 A; 1NWK A; 4NLB A; 1DGK N; 1RT7 A; 4FW2 A; 1QQC A; 5E26 A; 1HNW K; 3OYE A; 2QEX N; 5HRR A; 3CFR A; 4WFN L; 1T44 A; 1BI4 B; 4W5R A; 3NGZ A; 1JLB A; 3ULE A; 3TSU A; 5ELZ A; 3M8S A; 4E7L A; 3RRH A; 4OPK A; 1Q8I A; 2Z1G A; 2HHH K; 2QKK A; 3LDQ A; 3VEO A; 3GL1 A; 4FJI A; 4FWP A; 5C0Y A; 5FPM A; 4WQ4 A; 3AO5 A; 4GVE A; 3M8R A; 2X6S A; 3ZT3 A; 2ITG A; 3CM6 A; 4JKB A; 2JWK A; 3IAY A; 1SL2 A; 5AQK A; 3MN5 A; 1JLA A; 3S9H A; 1JL2 A; 3HBT A; 1BGX T; 1LOT B; 2HF4 A; 5AQU A; 4FWK A; 4BC5 A; 4CZG A; 4CJ5 A; 3CIP A; 3WUH A; 1NKB A; 3EY1 A; 5DM6 L; 3K5O A; 1VHX A; 1JXE A; 4JS4 A; 1EWR A; 5CE3 A; 3AGR A; 2KFZ A; 3WXJ A; 3V81 A; 3O8M A; 2P9S B; 1RT4 A; 3T1A A; 4CVN E; 4CGG A; 2DFE A; 1V4S A; 3AA5 X; 3KJV A; 1KAZ A; 3CQ8 A; 4DB3 A; 1G99 A; 1YTU A; 1NGF A; 3KK3 A; 5FPN A; 4NXM K; 2NRW A; 4KO0 A; 4ILJ A; 4RTF D; 1NGD A; 4CHN A; 1BIS A; 4N56 A; 4IJN A; 2YCH A; 2YHB A; 1BL3 A; 2PZS A; 1W0H A; 3C6U A; 3CQY A; 3NF7 A; 1HJO A; 3H3N O; 4CK1 A; 3SMP A; 3I55 N; 1VQK N; 1J53 A; 1IG8 A; 4IDH A; 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2OYQ A; 2E2Q A; 4CIE A; 4I6M B; 4LH5 A; 1ESV A; 4CHP A; 1M1K O; 3W3D A; 2YI1 A; 5BRE A; 3LAK A; 2UUA K; 1M90 O; 4DHY A; 1VQM N; 3TSQ A; 3C94 A; 5SWM A; 2ASO A; 1VSF A; 1CZB A; 2ZJR L; 2KZZ A; 3W0L A; 1X9J A; 3G25 A; 3SPY A; 2YKN A; 4BR0 A; 1NGI A; 1RTH A; 3HSC A; 3K59 A; 4JI4 K; 3OYL A; 4FK0 A; 2A1S A; 3MAQ A; 4M41 A; 3AV9 A; 4DSE A; 2O8E A; 1NK6 A; 3CJB A; 4DTX A; 4IJA A; 3C0B A; 3O3G A; 4FOE A; 4V19 S; 4Z4C A; 1P8Z A; 2ZD1 A; 3EN9 A; 5JLH A; 3QET A; 4GMJ B; 3VPZ A; 3F73 A; 5FRN A; 2D1K A; 2NRT A; 4AH9 A; 4BDZ A; 1HPM A; 3QER A; 3TAF A; 4LF8 K; 4KH5 A; 4QCL A; 2X6N A; 2I7N A; 3PLA A; 1BQN A; 2P9N A; 2QWN A; 3H45 C; 3CCL N; 2G8H A; 1QHA A; 2HMI A; 1HJR A; 3SUP A; 5AQT A; 4OLA A; 4JKD A; 5GAE P; 5JMV A; 3AVN A; 3LP3 A; 4DTN A; 2QWQ A; 2G8U A; 4FZZ A; 2UXB K; 3M3Z A; 2A3Z A; 4OKK A; 4PWD A; 3U8X A; 4CZE A; 5GIO A; 4DG1 A; 3O9S A; 1TK8 A; 2VQE K; 4FM0 A; 1BQM A; 5DM7 L; 4CEE A; 5M1P A; 4OX9 K; 3CM5 A; 4O8K A; 2KQ2 A; 1LWF A; 2P9L A; 3MEC A; 1Z26 A; 3ZT1 A; 4E1N A; 3A8Y A; 1TKT A; 3E01 A; 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