1NJIO

Structure of chloramphenicol bound to the 50s ribosomal subunit
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of Five Antibiotics Bound at the Peptidyl Transferase Center of the Large Ribosomal Subunit
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal RNA
molecule tags Ribosome
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-12-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1njiO00
5HL7L 1VQKN 5DM7L 3CC4N 5H1SQ 3DLLL 1YITN 3PIPL 1QVFM 3CCRN 1QVGM 2ZJPL 1VQ8N 5JVHL 2QEXN 4WFNL 5MLCQ 1M1KO 1Q81O 1K73O 1W2BM 2QA4N 4WF9L 1JJ2M 1YJNN 1K9MO 5DM6L 3I55N 1ILYA 3I56N 1K8AO 5GAEP 1VQ6N 2ZJQL 3OW2M 4UY8O 3CCLN 3CCQN 4WCEL 3CCUN 1YHQN 3CCSN 3CXCM 1KQSM 2OTLN 3CCEN 1YJWN 4WFBL 1VQ4N 4U67L 4IO9L 3J7ZO 3CD6N 1Q86O 3CF5L 4IOAL 5GAGP 3G71N 1VQ5N 1OVYA 3G6EN 1VQMN 1VQLN 1YIJN 3CMAN 5GAHP 1NJIO 1KD1O 1VQ7N 1YI2N 2ZJRL 5JVGL 3PIOL 3CCVN 2OTJN 4WFAL 3CC7N 3CPWM 5GADP 1Q7YO 3CCMN 1VQON 1VQPN 3G4SN 1VQ9N 1VQNN 1N8RO 1Q82O 1M90O 4IOCL 1S72N 3CMEN 1YJ9N 3CC2N 3CCJN 1KC8O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4AHRA 4DR1K 3DLHA 2UYTA 5AFUH 4CJ3A 3SCXA 3KD1E 1ZYQA 3SJHA 4F4KA 3KKRA 2NLXA 4ISEA 3V9SA 1C1CA 1NGGA 4K43A 4CHZA 5HRPA 3LP2A 3LPTA 4XIUA 1WB9A 4B3TK 2DPNA 5JS1A 4B9VA 1NGAA 2Q1NA 2P5OA 5BR8K 1NMDA 1X9SA 4GV9A 3KKSA 2E1YA 4JI0K 4FJMA 2O8BB 3ZEUA 2E2NA 4BVOA 1W2BM 1IKVA 4WF9L 1JJ2M 3R6MA 1V4TA 5KPRA 4C8MA 4XH1A 1KTQA 4B8CA 3DWLA 4KHYA 4EP4A 1YVUA 4FLYA 4KTWA 4DQ8A 4B3MK 4DS5A 3VGKA 4JYAK 3DXKB 2ATQA 3OYHA 1DKGD 3ENHA 3SQ1A 1KQSM 1WUAA 1NK9A 3MX5A 2DFFA 2JWKA 4OVLA 2UUCK 1N36K 3TWHA 1NOZA 3D2EB 4FWQA 4BC5A 4AHCA 3MECA 1QHAA 1Q86O 1BOTO 3EEQA 5GAGP 2YV0X 5GINA 1B9FA 4CGIA 2E2QA 1QQNA 2QWNA 2UUAK 1SZ2A 4IOXA 1D8YA 2VYPA 2UUBK 4DWIA 1RBRA 3VGMA 2A1SA 5J1EA 2E8AA 1EETA 2F96A 4JV5K 2V51B 3MEDA 2YNIA 4A57A 1RCHA 3ZT3A 4PA1A 3DXKA 5AQNA 5M1FA 3TSQA 4WFAL 2P1JA 3EZWA 2KHOA 2KQ2A 3DRSA 4GW6A 2OYQA 4KTQA 2BGGA 3D2EA 4CEOA 3SAHA 1Q82O 3ZT2A 3U3YA 5AQFA 3MCPA 4IXCA 4LSLA 3WNFA 2NRVA 1I39A 2Q97A 4FW1A 3T1AA 3ZT4A 2P5GA 2HVHA 1TUYA 4NO7A 4H4MA 4E7IA 1U49A 4FJ5A 1UWBA 1NWKA 3JS6A 3AA2A 3WQUA 4C23A 3S9HA 5JVHL 1L5UA 1ZXOA 2V7ZA 3SAGA 1P8ZA 2QKBA 1JLBA 4CHOA 4CZIA 4DQIA 4MO5A 4KRFA 1ZBIA 3TANA 1XQSC 3VQ6A 3QBXA 1WSGA 3UB5A 4R5PA 1ILYA 3F9KA 4YOUA 1NNEA 4KPYA 4QCLA 3P39A 1JLCA 3I0SA 4UY8O 4IG0A 4FWSA 1LWEA 2E2PA 4CEDA 4MO4A 4CJKA 4DSKA 1FKPA 3EKSA 4DR2K 2PY5A 4IFYA 1ZBFA 4DR3K 2UU9K 2YJEA 4KI4A 4U67L 3C6HA 2Z1IA 5AQQA 4F9OA 4FVUA 1RTHA 3U6FA 4MFBA 4IEIA 2E6MA 1QQMA 1JKHA 4YFUA 2FXUA 3C94A 2GX9A 4FWRA 4Y1CA 1J5OA 1LW0A 3SUOA 2AJQA 4JLHA 4H5WA 2V52B 4B3OA 1WSJA 4G1QA 3SUNA 4CCHA 2ZF5O 1WSEA 3AVIA 3WEEB 3E01A 3HP9A 3AVCA 3M8QA 4O55A 4BRFA 4RW7A 4NCGA 4B9TA 3HJFA 1ESVA 3UKRB 1KLNA 5JS2A 2GWJA 2D4WA 1WOQA 3HPHA 3F73A 1L3TA 4N41A 4H0TB 2ASMA 4M7XA 4DV5K 3L2VA 4KKOA 3I8BA 3OYIA 2PZSA 5B8HA 5M1PA 4DV0K 1HJRA 4CEAA 1OH7A 1VSLA 3HXMA 1KFDA 3UE5A 1W9HA 3DLLL 3SQ0A 4CJ4A 3H3OB 3A5MC 4DTNA 1TAUA 3JYTA 1J6ZA 1KAZA 3L2RA 1NJZA 3L2WA 5D3GA 3VN5A 5C2DA 5EU7A 3VQ5A 3JXUA 3B8AX 3T69A 3UKRA 3ZSXA 4JK9A 1E4FT 5J2PA 4E7LA 4CF2A 2A6AA 4YNQA 4CD3A 3BY5A 1N5YA 5AQYA 3D2FB 3GL1A 1YJNN 4LFCK 3CERA 1GLBG 4M3YA 3DLGA 2VWKA 3LAMA 4PL7A 1LAVA 3FZMA 1VSKA 3MXJA 3OW2M 4J2AA 4FK0A 1NM1A 5M1OA 5HBMA 4FYDA 5GIPA 4DU4A 3CCSN 2QW9A 2D0PA 3MN5A 5AQTA 2O8EB 3AVMA 4ISFA 1YJWN 1IG8A 3O1BA 3O5BA 1DTQA 3ENBA 3SQ2A 5CYMA 4BACA 3SLCA 4CJUA 3H6EA 3KIOA 5FPNA 3M1FA 4F2SA 2F9WA 2XY7A 4N5SA 3D2FA 4RG8A 2E4LA 4BRPA 3H1VX 4E89A 3C7NB 5EOYA 4B9SA 2ZWHA 1KD1O 2HHUA 4BRCA 3U4LA 3LDOA 1HNXK 1OVQA 3PIOL 1JXBA 2P9KB 1YF5L 5AQZA 1XC9A 3CM5A 3ITHA 3OY9A 4PKHA 3CETA 4JI1K 3O8MA 2O8EA 5GADP 1NK0A 4I2PA 4CZGA 2A41A 3E9OA 3NGIA 4CGJA 3M8SA 3D0PA 5J2NA 4LF7K 3CMEN 1TKTA 2VGMA 2HHTA 3CCJN 4NLCA 4CHQA 1DTTA 3C7NA 3K9KA 1BIZA 1MU2A 4O5FA 4CFDA 3G0ZA 3V1OA 4NXNK 5BRFA 2CGJA 2P9KA 2O8CB 3KLEA 1JXEA 2NRHA 4IEEA 2KZMA 1XI1A 3CQYA 3O9UA 4DSJA 3LANA 3VQAA 1W0HA 1NK6A 1S22A 4X62K 2Q3SA 4N56A 3QNOA 3HI0A 1C6VA 2NZTA 2NRTA 4Z4EA 3ZSZA 3ZSRA 5CY4A 3K9JA 4DTMA 5KGXA 5AQWA 3OYEA 4M3WA 3RSEB 3VEWA 3WXKA 3P4IA 4WQ5C 2ZJQL 4AM6A 4AHSA 3SUQA 1EKEA 3U9ZA 3QEVA 1XMQK 1G99A 3SUPA 1SV5A 1NKCA 2O8CA 1RBSA 1WLJA 3OYLA 4CFCA 2X74A 3LDLA 4AQYK 3ZX0A 3NF9A 2FLOA 1RDCA 2YX6A 3TAFA 3F5TA 3AA5X 3DM2A 2DTUA 3H1QA 2Q31A 4C8LA 2VQEK 4BGBA 1J53A 3SNNA 2G8KA 2B4JA 4FLWA 2G8IA 4CK1A 4Z0UA 2CH6A 3DXMB 1N33K 1VK0A 1Q8IA 2KKZA 5HLFA 4PUOA 3VEYA 5LY3A 2GTDA 3RSEA 2KW4A 3DLEA 3GBTA 4M3XA 4K41A 4L3QA 3DRPA 2D0CA 4KFBA 3VQDA 2HF3A 2UXDK 3QEIA 2P9NB 4H03B 3O08A 1VSFA 3O6WA 3CPWM 2Q0RA 2Q36A 3SV4A 1VQON 3TTFA 1H1VA 3G4SN 2VG7A 1LCUA 2P9LB 1Q18A 3QLHA 4PKIA 1M90O 4HUEA 1XNQK 3D6RA 1HKCA 2W41A 3F2KA 2FBXA 1IJJA 1HYVA 1QQCA 2FSKA 4H5VA 2YHAA 3VQQA 4LSNA 1KXPA 2HSTA 3H45C 1BQMA 3TABA 3RR8A 2CH5A 3LALA 3PIPL 4I6MB 4BRMA 1TKDA 3L3VA 4BR0A 2G8HA 4OPAA 4BGAA 3AVGA 2P9NA 3TAGA 4BR2A 4XH4A 1JL2A 4AHUA 3VEVA 3CIPA 1TGOA 4FLXA 2P9LA 3E9PA 4E0DA 1RDUA 4YDUA 4JI6K 3ATUA 3C95A 3H08A 4O44A 3SMPA 4CHPA 4IO8A 2E88A 2O8DB 2OCEA 4CZFA 4WCEL 1JLEA 3TI0A 2QXFA 3EO3A 5C2FA 1XC3A 3AY9A 3GDQA 4I6MA 5CYQA 3O4WA 3ZSWA 1REVA 4CBWA 3K5LA 4DLEA 2LSNA 3O3GA 3KK2A 3TTCA 3N4PA 5FPEA 5AQOA 1BO5O 2ZGYA 4N76A 4OKEA 2CGKA 5TKWA 4ILHA 4DU3A 3G71N 4KHNA 3QERA 1ATNA 5C10A 1GLDG 4C8KA 1IBLK 3IDHA 2B5JA 4CGHA 3GE1A 1T05A 1YTUA 3FFIA 4CJ5A 4DSFA 3C6TA 3M6GA 5ADXH 5EX5A 2ZJRL 5JVGL 1NGHA 4H0VB 4A2AA 5K14A 3VQ8A 1JL1A 2FBTA 4KI6A 3M8PA 1NK5A 3GOIA 5AZJB 3R3LA 3KK3A 3LZJA 3V81A 3THYA 4OJRA 4YY3K 4EHTA 4WQ4A 1X9JA 1QZ5A 3R1XA 4IDHA 4KH6A 3VQCA 2KZZA 1DLOA 1Z05A 1VQPN 1S3XA 1RDDA 4LF5K 2HBJA 1LV5A 1Z25A 1ZBSA 2HF4A 3KK1A 3THXB 2E2OA 3RMCA 1YJ9N 5C25A 4I9QA 1NGDA 4FWLA 2ETJA 3VOVA 3CJ9A 3S41A 4CHNA 4LC9B 1VQKN 1SL1A 1YAGA 3AVKA 1WSIA 3SK3A 5M1KA 3A0IX 4CZEA 2D1KA 1NGJA 3KVGA 3M8RA 3L6QA 2WBNA 3C6AA 4HTLA 2HBLA 1RDAA 5KQDA 5AZJA 3F9MA 3DLKA 3L8BA 4DR5K 5FLXO 2O4IA 5TKYA 4JI4K 5HP1A 1I3AA 4WFNL 3OYAA 4NB4A 4GV6A 4BDZA 4BY9C 1C0UA 1HNVA 1Q9YA 3VMFB 4NCAA 3QIPA 3CFRA 2RF2A 2P9PA 4QS9A 4H5NA 3NF7A 3NBPA 1IBMK 3RRHA 4OLAA 3ULEA 1YVNA 3KJVA 1VSDA 1QTMA 5C15A 4DCHA 2ASPA 1NGCA 4IWVA 1IO2A 2Z1HA 1T7PA 1S9EA 5HOOA 2XY6A 4FXDA 3CCUN 3K5MA 3QICA 1TL3A 3A5LC 3EN9A 4PKGA 4KB1A 4CJEA 5CE3A 1BUPA 3Q7CA 5CHIA 4A5BA 4ICLA 3J7ZO 4B9MA 4CESA 4JD2B 3VEZA 3QB0A 3MXMA 1QQOA 4JAXA 1Z6RA 3DI6A 3HL8A 2EHGA 3BEXA 3MWTA 3U3GA 1CXQA 3KWGA 4JRPA 3E66A 1NGIA 5EY4A 1FW6A 1RT7A 4CK3A 1T6DA 3MN6A 1NU0A 2BE2A 1U47A 4JKAA 3V1RA 4BDPA 4H5TA 3QINA 3KHYA 5AZIB 3U9DA 1EXQA 4NXMK 3E9LA 3RRGA 1S1WA 3AO4A 1VSMA 3W3DA 3VF6A 2ZQBA 2O8BA 4MDAA 1I94K 4JD2A 2YNGA 1NKBA 2XO7A 4MLHA 3KK7A 4CJTA 4FPAA 4FJIA 4CERA 1HPZA 4E19A 3AVFA 2E1ZA 3BF1A 3OS1A 5HL7L 4JRQA 4FOEA 4DF8A 3ULDA 4ZTJA 1TYQB 3KLGA 4YORA 2DFHA 5KTQA 3NH2A 4H4OA 5C0YA 2PYJA 4B9UA 4M3ZA 1GLLO 5M1QA 4BWMA 5KPZA 2GV9A 4JK7A 4FK2A 3A5NC 2W40A 4BREA 4ILGB 1BISA 1HNIA 4FWNA 3SBTA 1FXXA 2EX3A 5AQPA 2A40A 3O3HA 4E3SA 3TARA 4CGFA 3LDNA 4GNIA 3LDQA 1HKGA 4RW8A 3PSFA 3NDKA 1GLEG 3SJJA 3DOLA 4J8FA 4CW7B 3TAMA 3NAEA 2YHYA 3MAQA 3NE6A 4J2EA 5HRRA 2A1RA 2UXBK 3VQ9A 1T03A 4Z4CA 5AQJA 3ASMA 3CXCM 1GOAA 3PO4A 3I8DA 4CF0A 4EHUA 3IAYA 2QWLA 2GWKA 3CD6N 3KLFA 1HPMA 2WTUA 3P1GA 1SL2A 4JNEA 4AH9A 3TR8A 3PUFA 4DU1A 1SKSA 5ADXA 3PX4A 3CQXA 4AILC 1NKEA 3V9ZA 1TKXA 3LAKA 4CE9A 4DTXA 1Y64A 4DV6K 1VAZA 3S3NA 4K42A 1BGXT 2PFUA 4ELTA 3LM2A 3L4IA 3UKUB 4BRGA 1HYZA 4CI6A 4HUGA 1MWKA 4NYFA 4M7YA 5AQIA 3IRXA 4PQUA 1QSLA 4M63C 4BVPA 4E7KA 4E7HA 3AO2A 3CCMN 4HCBA 1EWRA 5LMUK 3AVBA 2QWOA 4MLEA 4B9NA 3MN7A 3MCAB 1HUXA 3DJCA 3CC2N 1XWLA 4IFEA 3LP0A 3WQTA 3B6PA 3HOSA 4CEBA 5BPNA 1A5VA 4CGDA 1VSJA 4I9LA 1QE1A 1TAQA 1R59O 1X3MA 5H1SQ 2VQFK 3DYAA 3S3OA 3UKUA 3CCRN 2J4RA 4CJQA 1VQ8N 1QZ6A 4CJSA 3CJ1A 4X65K 4YOVA 4LFAK 3PSIA 5AFUA 4DS4A 3KD5E 1IG9A 2D0BA 3NHGA 4DFPA 3WNGA 3DLRA 4ISGA 4EFHA 1RT1A 4JKDA 3QFPA 2AA4A 3RR7A 1BU6O 4C8NA 4FVMA 1RGIA 1CXUA 4FK4A 2VWBA 1VRUA 4FCYA 3WEEA 4OGEA 1U2VB 3OVNA 1E3MA 1EP4A 2IVOA 3VEOA 3CCQN 2OANA 1SKWA 1TL1A 2OTLN 1RT3A 4Q5VA 1VQ4N 1YXQA 4HUFA 1T3VA 1UA1A 4RW6A 1RTDA 1SS6A 1XUPO 1LOTB 2QWRA 2OPRA 3AA3A 4A62A 3CF5L 5KGWA 3VA3A 5EVZA 3NGZA 1J54A 4CJWA 4JKFA 4BR7A 1MDUB 2IGIA 4DUZK 2PBDA 3AVLA 4K8ZA 2Z1GA 3CMAN 4A59A 1W7AA 3QEPA 5GAHP 1NJIO 4KB0A 4Z4HA 3AAQA 3TAEA 3MEGA 5ELZA 2HHHK 1FJGK 2QM1A 1VSEA 4CFBA 3P38A 1U2VA 3AVHA 4F8RA 1RBVA 2D5RA 4GVEA 3HPOA 4EP5A 4LFBK 2IS3A 3PX0A 1WBDA 3PV8A 4OPHA 1U48A 1JLGA 4HHTA 4KHWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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