1NJIO

Structure of chloramphenicol bound to the 50s ribosomal subunit
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of Five Antibiotics Bound at the Peptidyl Transferase Center of the Large Ribosomal Subunit
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal RNA
molecule tags Ribosome
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-12-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1njiO00
4WF9L 3CCLN 5JVGL 3G71N 1YJWN 3CCJN 3CCVN 5GAHP 3PIPL 3CCMN 4U67L 1VQKN 1Q81O 5GAGP 3G4SN 1K73O 1VQNN 3CC7N 4IO9L 1W2BM 1YIJN 4WFAL 1VQ7N 4UY8O 3CMAN 1K9MO 3CCSN 5HL7L 3G6EN 1K8AO 3CPWM 1OVYA 3CF5L 3OW2M 2OTLN 1Q7YO 4IOCL 3J7ZO 1VQLN 1VQON 1KC8O 1VQ5N 1YHQN 1S72N 5GAEP 2ZJQL 1YJNN 1YITN 5H1SQ 3I56N 1YI2N 2QEXN 1VQ9N 3CXCM 3CMEN 1VQ4N 3CD6N 5JVHL 5DM6L 1VQ8N 1M90O 3PIOL 3CC4N 1KQSM 1Q82O 5GADP 1Q86O 1VQ6N 1QVFM 2ZJPL 2ZJRL 3CCQN 4WFBL 3DLLL 3CC2N 1M1KO 2QA4N 1JJ2M 5DM7L 5MLCQ 4WCEL 1VQMN 1QVGM 4IOAL 3CCEN 1YJ9N 1NJIO 1ILYA 4WFNL 3CCUN 3CCRN 3I55N 2OTJN 1N8RO 1KD1O 1VQPN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2IC3A 4FM0A 2AJQA 1NG9A 3THYB 1QQOA 1TL3A 4CJ7A 3CCJN 2V7ZA 1ASVA 4C8NA 2OPRA 1BCMA 4M41A 4IOXA 1S1TA 3J8AA 4BE0A 5JMVA 3K5MA 4CBXA 4KHSA 2F7TA 4FWSA 4Y1DA 2IVPA 3VQPA 4N76A 2YHBA 3ZSOA 3HXMA 4FJ7A 1C0MA 4PHTX 1DTQA 1VSHA 4CW7B 1O13A 2W6LA 4B1ZA 4FO0A 1S6PA 2VWBA 4IFYA 1BGXT 4WQ5A 1NGCA 3L0QA 4NO7A 1BOTO 3AGRA 1T6DA 3K5NA 3ZLJA 2HHQA 3E9PA 1C0TA 4DUZK 3NGIA 5KQ8A 2HBLA 1BIZA 4Y0WA 3DLRA 3OTOK 3CF5L 2ASOA 3VEXA 3K59A 2F9TA 5M1QA 2KFNA 3O8MA 1RBSA 4CGFA 4Z4GA 3LP1A 3OVNA 2JWLA 3VQCA 3CQYA 2VWJA 2VQFK 1H1VA 1BU6O 4PKHA 1U48A 1OH5A 1U4BA 3R9PA 4FZXC 2IOCA 3DOKA 1T44A 1ITGA 1X9WA 5FDLA 1VSEA 3A5OC 3ZSWA 4YOVA 1ESVA 4FSVA 3DJCA 5LMUK 3DI6A 4BC3A 2NLXA 3CJ9A 3MX2A 3J7AP 3A5NC 4F2RA 3I0RA 3WEEA 4JRPA 4LD0A 4DFJA 3VGMA 3EZ5A 5KPTA 3HSTB 1TKTA 3ENHA 2BANA 4G9ZA 3AO4A 2A3ZA 1QVGM 1Y64A 4CCHA 1P8ZA 3WNFA 2NNWA 3CCEN 4F3TA 3GBTA 1KLMA 5AQKA 1K8KA 3VQDA 3KKSA 5BN8A 1S1UA 1SS6A 4W5NA 3P38A 1UWBA 5M1NA 3PUFA 3SJHA 3D0PA 1MWKA 4DR3K 3O9RA 2X6NA 3LDLA 5GAHP 2QWQA 1B92A 3DLKA 2FSNA 3ZETA 4W5RA 4YDUA 1CXUA 1NNEA 5KQDA 3ZETB 3T19A 1SQKA 4MLHA 1W97L 4M3UA 4E3SA 4ZHRA 3OYCA 4CE9A 2ASPA 3KD5E 4DV0K 5M1OA 3KTQA 1S3XA 5AQVA 5BPMA 1JLQA 4CEEA 1ASUA 1RBTA 2E88A 1RDDA 1VRUA 4BROA 4PL7A 3O4WA 2KFZA 4CK3A 4IJNA 4JS4A 4JNEA 2FLOA 3ITHA 5C10A 4YOYA 3QETA 1WN7A 3OW2M 4FWQA 5I9EB 4BACA 3SBTA 3NHGA 1OH8A 4U7BA 3ZSRA 1BQMA 1SAZA 3KK7A 1TAQA 3AO3A 1KAXA 5JS2A 2XRIA 1J6ZA 1BO5O 1HQEA 3WXJA 1A5VA 3OYLA 4AHSA 1YI2N 4IBNA 4J2DA 2HVIA 3RRHA 4DTRA 3ZT0A 1TAUA 5HP1A 2BH1A 3CJBA 5EXWA 2BTFA 4OVLA 1WAFA 4IEEA 4EZ6A 1YTUA 4OGEA 3LDQA 2QI2A 1XQSC 4C8OA 1S1WA 4JHDB 5KRTA 4KFBA 4M7YA 3O4QA 4C8KA 5HRPA 2JLEA 5AQOA 4DTXA 3HVTA 3QFUA 1VQMN 2JWKA 2RF2A 3AVCA 3V9UA 5IT9O 4AHVA 2RHKA 2QK9A 4X65K 4IG0A 4CFCA 3DLBA 3H08A 5HRNA 1VQPN 4KB1A 4H0XB 4N56A 3NH2A 3PY8A 4KH4A 1IKVA 4JYAK 3BZCA 5HRSA 3EZWA 4DR5K 4NB4A 3O9UA 3GOIA 3VTIA 2E2NA 4JKFA 4PL8A 2HBMA 2E2QA 1N34K 4YOWA 2GEMA 3KWGA 2GX9A 3VESA 1SKSA 4FVUA 3NE6A 3AV9A 5C2FA 5EY4A 4O0JA 5HBMA 1K9MO 2HHWA 3D2EA 3FZHA 1S9GA 4ELTA 1RT3A 1NK9A 4FLUA 1RT2A 1XMOK 4GV6A 4RG8A 1U04A 3ZX3A 3HPOA 3CFPA 4FWKA 1DT9A 2PBDA 2QWPA 2P9LB 2HHUA 3K5LA 4BRAA 1WSFA 4CHQA 4Y1CA 3SUOA 3M8QA 4DWIA 4GV3A 1RDUA 1I39A 2A6AA 1S72N 3TTCA 1HYZA 4BRLA 1YVNA 1N5YA 2DY4A 1XC9A 2NRHA 4DQQA 2E2OA 2QEXN 3VQ6A 3HT3A 3DXKA 3IUCA 1BA0A 4OLAA 3QDKA 3OYKA 5AQQA 1SUQA 3ENBA 4B9SA 4LH5A 1HNIA 2VG7A 2Y1JA 4NYNA 4FJNA 2NRWA 4I2PA 1D9DA 1NWKA 1DTTA 2ZQBA 3VF2A 1BI4B 3R6MA 3HL8A 3VF6A 3CCQN 4WFBL 5CYMA 1JL2A 3OYGA 3WQUA 3JSMA 2OANA 4BR5A 1XC3A 3A0IX 3I33A 3QIOA 4BGAA 3OYJA 3HSCA 5J2NA 1ZC6A 4W5OA 3D6RA 2P9SB 3ZEUA 4CF8A 1KD1O 3VOVA 1HYSA 3ZEUB 4AILC 4B9MA 1U2VB 3PSIA 4JKEA 4BGBA 3K9JA 3DM2A 3CCMN 4FJHA 4BRHA 4GVMA 4B3TK 1VQKN 4EZ9A 3V1RA 1K6YA 1C6VA 3NDKA 2P9IB 5FPEA 3QLHA 4IO9L 5I42A 1OH6A 2P9UB 4M63C 4FJMA 2O8DB 1IH7A 2HHVA 4C23A 4BRIA 3PV8A 2H3GX 1SKWA 1W9HA 1T05A 2DFHA 1JLAA 4A57A 1KRPA 3MN9A 4M45A 1HNVA 3THXB 5T7BA 1GLBG 4LF9K 1ZBUA 3AA3A 3O4NA 2KLAA 4BRQA 1LV5A 1NGDA 2I7NA 4H03B 1HNWK 3HTVA 3P4IA 4WQ4A 1EWRA 4HUGA 2PZSA 3F9KA 1VQON 4DTOA 3QB0A 3MN6A 4CFDA 1YHQN 2E20A 4RW7A 2XY6A 3CM6A 4DSJA 3P1GA 1TK0A 4H4MA 4O4GA 4NCAA 3UIQA 1SV5A 2UXCK 1GLEG 4BG8A 3J7YP 1BCOA 4F8RA 3ZX2A 1ATRA 1NGEA 2YV0X 4B3MK 3KD1E 4KHYA 2D1KA 3SK3A 3CC4N 3KK1A 3QFPA 2G8UA 1IKYA 2Z1HA 1HX1A 4I7FA 3TARA 4C8LA 2HBJA 3EE9A 3M3ZA 1WSGA 4E89A 3VA3A 4KTQA 1QQNA 3DLHA 5J1EA 2YNHA 5ADXA 4KHWA 3T69A 4MDAA 4IXCA 1NBWA 3T1HK 2AA4A 3VPZA 2RN2A 4CEAA 3QBWA 3SCXA 4IWVA 2HHTA 3CM5A 3VQEA 3OYFA 3CCLN 3K9KA 4DUYK 1ATNA 3CCVN 4DU3A 1NJZA 3CG7A 4FPBA 5SWMA 4DV4K 2P9KB 4LFCK 3P31A 4F9OA 4FVMA 4M3RA 1K73O 3MN5A 4E1MA 2VWKA 1SKRA 1HNXK 3DLGA 4Q5VA 4DR6K 3Q7CA 3RMAA 2FSKA 2GUPA 3QESA 2PAVA 4GVEA 3ZT3A 3O9TA 4A61A 3S3OA 1C0GA 4FWLA 3BDPA 3TSUA 3QNOA 1D5AA 3TAGA 3T3FA 1YXQA 4CEFA 3OYIA 3CPWM 3V1QA 4Q0BA 5AQTA 3WNEA 1E4GT 3SQ1A 1ATSA 4LY7A 3B6PA 1WNSA 5C12A 3GL1A 1TK5A 4IFEA 3V6DA 2D5RA 2O8FB 2HMPA 3H1QA 3OS1A 3FFKB 1RT5A 1HR0K 4F2SA 3JXUA 2HHSA 3ASMA 4DTNA 1YTAA 3JYTA 3LAMA 4CEOA 4DS5A 3BZKA 2ASMA 1RGIA 1Y97A 3HBTA 1XHZA 2FF6A 2HBKA 1KQSM 4DU1A 4DSIA 5GADP 1NGGA 1QQCA 1HYVA 3EKSA 1QZ6A 3RSEB 4A2AA 3SLCA 4JLHA 2CGLA 2ZJRL 1XWLA 1LWEA 3AVIA 1FK9A 3WNGA 4B8CA 1L3UA 3AVMA 4WQ5C 2DFFA 2NRTA 3CHWA 3LALA 2GELA 4CJPA 4CGHA 4KREA 3CIPA 3CCUN 2D0PA 2X78A 1RDCA 3C6TA 3I55N 4O44A 3CMEN 3AVHA 1RTJA 3H6EA 2BDPA 2PFUA 4CEZA 4J2AA 1J54A 3LZJA 3EY1A 4KH5A 3KK2A 1LAWA 2IGIA 4OPAA 1FXXA 2ETJA 3C94A 4DB3A 1QTMA 4JAXA 1X1PA 1QSYA 4JI2K 3LWLA 3IKMA 4OKKA 4H0PA 1I94K 3O3FA 4E0DA 1N33K 4H5VA 1JKHA 1VSKA 3D7EO 3AARA 2Z1JA 3NBPA 2VCPA 5KTQA 4CJTA 5A2QO 2OCEA 3V9ZA 1NGHA 3VQ7A 3CCSN 5HL7L 2D0CA 3C6AA 2O8EA 3C7NA 4GKJK 4MO4A 3DXMA 2RPIA 3OHRA 5M1FA 4R79A 3TPQA 3OY9A 3CFOA 4KO0A 4JD2A 5KPRA 1TKZA 1FJGK 4DSKA 1C1CA 1JCGA 1X9SA 4BY9C 3VGLA 3FZMA 5J2QA 1WSEA 3QO9A 5SZTA 4E7HA 3HOTA 3VEOA 2ZM6K 3J7ZO 3VF4A 4CJRA 4AF1A 3R8EA 4JEPA 3HI0A 4BREA 3L2WA 3TABA 4CJVA 3KZBA 4B08A 3DOLA 4LFAK 1XNQK 1VSDA 4LFBK 1MDUB 4FJKA 5CZ1A 4CBUA 4YNQA 3IAYA 1RT1A 3LP0A 5AZIA 4LF8K 3MXMA 1NGJA 5CE3A 2DPNA 4QOZB 4EHUA 5LJVA 4GKKK 1YVUA 3AO5A 2FBTA 3KLGA 1BIUA 5FROA 4CIGA 4CJSA 3D2FA 3SYZA 4CJLA 4I6MA 2YJEA 2ZJPL 3TANA 3BEXA 4CECA 3VENA 2XHBA 5FPNA 4CESA 4DF4A 1IKWA 4PKGA 3L8BA 1RBVA 1Z25A 4BR0A 2PY5A 1V4TA 4CJ5A 1KXPA 3OA9A 4HUFA 5AQPA 1NK5A 3RMDA 1NGFA 4NXMK 3UKUA 4R5PA 1N6QA 1NJIO 2NRZA 3QBXA 1REVA 3ULDA 2OTJN 4B8AB 1N8RO 1R59O 2V51B 4K41A 2VQEK 4DV1K 3PLAA 4H0VB 3FGUA 3WEEB 3NVKA 4FLWA 4CZFA 4CIEA 4OO1J 3T1AA 1WSIA 4FK2A 4CHPA 3ZT4A 3AVAA 4FZYA 4MQ3A 5F0XA 4CZLA 1W2BM 2XO7A 4CZJA 1X3MA 1NK0A 4RW8A 3H3NO 2YNFA 4UY8O 5AZJA 3NF8A 1K8KB 5M1KA 3TU5A 4BQLA 4QS8A 1L3TA 4B9NA 3ZSVA 4JKDA 3VN5A 3HVRA 5CZ2A 2UU9K 1WOQA 4K8XA 3EYZA 1J9AA 3M8PA 5CR4A 2P1JA 3HK2A 1WUAA 1IG9A 3AVBA 2WTUA 4L8RB 3WXLA 3OYDA 2P9PA 4WYBA 4JI4K 3QEVA 3KLEA 3LL3A 1VSFA 1LWFA 3E01A 3IG1A 3QNNA 5AFUH 3CFRA 5AQJA 3K2PA 1HNZK 1EX4A 3IMXA 3L2QA 1ZBFA 4DQPA 3TAFA 3PIOL 2FXUA 4H0TB 3R3LA 4M3ZA 1XNRK 3EL2A 1HMVA 3NGYA 3O80A 3BF3A 4OGCA 4W5QA 3CI5A 4IJAA 3J80O 1GLLO 4K0KK 3MK6A 4DCHA 3LAKA 1QHTA 2F9WA 1TYQA 3IFRA 1HQUA 2QA4N 3LDNA 1U45A 4FJ5A 3DRPA 4MO5A 3W3DA 4CJ4A 4CZKA 1HPMA 4BRPA 3R1XA 4J2EA 1TUYA 1ILYA 3CETA 3O6WA 1VSIA 3DLEA 4BG9A 4EP4A 4K42A 2W42A 2KZZA 4C8MA 4B9UA 3NVMA 3RMCA 3H3OB 3V4IA 3CJ7A 2ZGYA 1KAYA 3PIPL 3SJJA 4CJWA 2PYJA 3LP3A 3VEWA 1KAZA 2IVNA 3HPHA 3G4SN 1TK8A 5JS1A 2D4WA 2OPPA 3VQ9A 1NKBA 2HF4A 4K8ZA 1RTDA 2Q36A 4QAGA 4E1NA 4LC9B 4EFHA 4RW9A 5J2MA 4XH1A 3LM9A 1BWFO 3OYAA 1S1XA 3ULEA 4E19A 2W6KA 1KVAA 3L4QA 1P90A 4DU4A 2W41A 4BDZA 3KWIA 3TSQA 1BDGA 4FWMA 3V9WA 1XI1A 2BGGA 1RDAA 1WBBA 3F2KA 3H46O 4KTWA 4OLBA 3P39A 4FL9A 1UOCA 3F9MA 1S6QA 2CH6A 3D2EB 4UQGA 3I56N 2GV9A 4B1VA 4LF5K 3KK3A 4CGJA 2QKKA 1IG8A 1RTIA 4CZMA 4FLZA 4IDKA 1M90O 2HHXA 3GDQA 2A41A 3AVGA 1NJXA 4CEQA 1F21A 4A5BA 2QM1A 3ALYA 2HOEA 2A1RA 4V19S 1TKDA 4B1UB 4DF8A 3G10A 5F1XA 4BR2A 4M42A 1DGKN 4DV3K 4DSLA 1Z05A 1HKCA 1JJ2M 4DR2K 1NGIA 4HHTA 2FBVA 2XY5A 1RBUA 3DXKB 3OJUA 4HCCA 3E9LA 4PWDA 3HZ6A 3QEIA 3UB5A 3NAEA 2Z1GA 4ID1A 2E6LA 4BR4A 1NK4A 3LPUA 1L5UA 3E9OA 3CQXA 1JXEA 2B6AA 3G71N 1IO2A 2OZSA 2UYTA 1D4XA 1GLJO 4DV7K 4Z94A 3AA5X 4DSFA 4BRCA 4CD1A 2E2PA 1DLOA 3LZIA 3RR7A 1RBRA 4B3RK 1RT6A 1XUPO 4HTUA 4B1XB 5AQWA 2WOMA 3AGKA 4K25A 4JKBA 4F4KA 3HM9A 1RTHA 3ZT2A 1TVRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2IC3 A;  4FM0 A;  2AJQ A;  1NG9 A;  3THY B;  1QQO A;  1TL3 A;  4CJ7 A;  3CCJ N;  2V7Z A;  1ASV A;  4C8N A;  2OPR A;  1BCM A;  4M41 A;  4IOX A;  1S1T A;  3J8A A;  4BE0 A;  5JMV A;  3K5M A;  4CBX A;  4KHS A;  2F7T A;  4FWS A;  4Y1D A;  2IVP A;  3VQP A;  4N76 A;  2YHB A;  3ZSO A;  3HXM A;  4FJ7 A;  1C0M A;  4PHT X;  1DTQ A;  1VSH A;  4CW7 B;  1O13 A;  2W6L A;  4B1Z A;  4FO0 A;  1S6P A;  2VWB A;  4IFY A;  1BGX T;  4WQ5 A;  1NGC A;  3L0Q A;  4NO7 A;  1BOT O;  3AGR A;  1T6D A;  3K5N A;  3ZLJ A;  2HHQ A;  3E9P A;  1C0T A;  4DUZ K;  3NGI A;  5KQ8 A;  2HBL A;  1BIZ A;  4Y0W A;  3DLR A;  3OTO K;  3CF5 L;  2ASO A;  3VEX A;  3K59 A;  2F9T A;  5M1Q A;  2KFN A;  3O8M A;  1RBS A;  4CGF A;  4Z4G A;  3LP1 A;  3OVN A;  2JWL A;  3VQC A;  3CQY A;  2VWJ A;  2VQF K;  1H1V A;  1BU6 O;  4PKH A;  1U48 A;  1OH5 A;  1U4B A;  3R9P A;  4FZX C;  2IOC A;  3DOK A;  1T44 A;  1ITG A;  1X9W A;  5FDL A;  1VSE A;  3A5O C;  3ZSW A;  4YOV A;  1ESV A;  4FSV A;  3DJC A;  5LMU K;  3DI6 A;  4BC3 A;  2NLX A;  3CJ9 A;  3MX2 A;  3J7A P; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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