1NJIO

Structure of chloramphenicol bound to the 50s ribosomal subunit
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of Five Antibiotics Bound at the Peptidyl Transferase Center of the Large Ribosomal Subunit
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal RNA
molecule tags Ribosome
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-12-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1njiO00
1ILYA 3DLLL 5GAHP 3CCQN 3CCLN 1M90O 1VQ8N 2ZJPL 1VQKN 5JVGL 1KC8O 1VQLN 5DM6L 1YI2N 1M1KO 5MLCQ 5H1SQ 3CC7N 5GAGP 3PIPL 1VQ4N 1VQNN 1YIJN 1JJ2M 1VQPN 4WF9L 3CF5L 1K9MO 4WFAL 3CMAN 1K8AO 1QVFM 1VQ5N 3I56N 1QVGM 1Q81O 3CCMN 4IO9L 1VQ9N 1YJNN 4IOCL 3CCSN 3CCJN 2OTLN 3CC2N 3I55N 5JVHL 2QEXN 4UY8O 1VQ7N 3CCVN 3CXCM 5GAEP 3G6EN 4IOAL 5GADP 1Q7YO 1S72N 1N8RO 3CPWM 4WCEL 4WFBL 3CCEN 2ZJQL 1VQ6N 5DM7L 1VQON 3G4SN 3CCUN 1YITN 1K73O 3CCRN 2ZJRL 2OTJN 1OVYA 3OW2M 1KD1O 3G71N 1YHQN 3CC4N 1NJIO 3CMEN 3CD6N 4WFNL 1W2BM 1YJ9N 5HL7L 3PIOL 1Q86O 1Q82O 2QA4N 1YJWN 1KQSM 1VQMN 4U67L 3J7ZO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5BR8K 3CCLN 2DPNA 1QSSA 3IAYA 2QWMA 4KB1A 2RN2A 4G1QA 4JI2K 1S1VA 1RCHA 4BWJA 2G8FA 3C7NA 3ULDA 4CBUA 4I2PA 3SNNA 2IC3A 4KHWA 4DTNA 1B9DA 4H0VB 1TK8A 1VSDA 5C0YA 4DUZK 4B9MA 3JXUA 4GMJB 3L6QA 5HP1A 4BDPA 3ZX3A 4K8XA 5LMNK 4CERA 4JK8A 3BZKA 2O8BB 4YOXA 4CJ4A 5AQHA 3ZETB 4DTOA 4KKOA 3KKRA 1BIZA 3F9KA 1RGIA 4LSLA 1SKRA 2NNWA 4DV0K 3O9QA 1TK5A 3EKSA 1EQYA 3ISNC 4GVMA 3VOVA 3OTOK 2NZTA 1YJNN 4N76A 4C8OA 1RBSA 2VGNA 1HLUA 4DR6K 4KV8A 2Q3SA 4DQ8A 3CCVN 4UQGA 5J1EA 4IJNA 4XEIA 3LP0A 4GW6A 3AO4A 4KH6A 5BRFA 1GLDG 5EVZA 3LAKA 4A5AA 1FJGK 4IG0A 2E2PA 2E6LA 1YF5L 3K58A 1RDUA 1EETA 4BREA 3CM6A 4LF7K 1GLEG 4FLZA 1HQUA 3V9ZA 5IWAK 1BISA 1QQOA 3C6TA 4K43A 2QW9A 3D45A 4F8RA 4DV6K 1VSHA 1L3SA 1BCOA 5AQIA 4DR3K 3TSQA 3M3ZA 3EEQA 4BE2A 4WQ5C 1VRUA 5M1KA 1DTTA 2QKKA 2VYPA 3CCQN 4K25A 1NJXA 2OZSA 4ISGA 4FM0A 5M1QA 1A5XA 1RT2A 5HLFA 2O8EA 4FJ9A 4CF1A 3OJUA 4FJIA 3NGYA 2KFZA 3SCXA 4RWTA 2HNYA 3U3YA 2GELA 1VQNN 3IKMA 3KWIA 5KRTA 2FBTA 1WSFA 5I3UA 3E1YA 4I9LA 1QZ5A 5BRHA 1L3TA 3RR8A 5AQYA 1GOBA 4E3SA 5EU7A 1JXBA 3WXKA 4J2DA 1NNEA 3K5LA 4OLAA 3T3FA 3BY5A 1C0MA 4A5BA 3RRGA 2E8AA 3BZCA 3VQ9A 1BWFO 3VQBA 4JKDA 4FLVA 1NGAA 3H3OB 3QEPA 5K14A 3QNOA 3H46O 1HR0K 3QB0A 4FLTA 5I9EB 2FXUA 3BEXA 4KBOA 4IOAL 2V51B 5LL6Z 4B9QA 3CPWM 3O3FA 3KJVA 3C7NB 3H3NO 3NF9A 1TKZA 3SUNA 2NRHA 1KLMA 1GLFO 1WLJA 1NJZA 1E4FT 2ZM6K 3J81O 4CEZA 3CFOA 1OVYA 2VCPA 3L2VA 1ZBHA 2B6AA 4DSKA 4DSLA 5HRNA 3UKRA 2QWOA 1WSIA 2FSNA 3AA4A 5FPEA 1ASVA 3KLEA 3QINA 3HSCA 2D1KA 4B1YB 3LM2A 4B3RK 1Z05A 1S22A 1FXXA 2A3ZA 4NXMK 3HSTB 2H3GX 2E1YA 1ITGA 3R1XA 4F2RA 2RPIA 3SZ2A 3TTFA 1ATNA 1RT7A 3EO3A 3MWTA 3OYDA 1ESVA 2W41A 3A8YA 4FWPA 5EX5A 2DFFA 4BRCA 1RTDA 3MK6A 2KKZA 1OH7A 1A5WA 4O44A 4CHOA 2GUIA 1KFSA 3MEEA 4BRKA 4WE1A 4FWMA 2CGKA 2PFUA 1NLVA 1HPMA 3DMJA 1RDBA 1BDGA 4FZYA 4M45A 1IG9A 4FVMA 2OPPA 1LCUA 4MFBA 1OKJA 1SV5A 4BGAA 5LJVA 3JYTA 3U8XA 3AVIA 4QS8A 1RDDA 4JS5A 2UXBK 4ICLA 3OYBA 1WUAA 2P9NA 2VG7A 1J54A 1SQKA 4CGFA 1NBWA 4FCYA 2GWKA 4CZGA 5GAEP 3G6EN 4FJMA 2W42A 3H1VX 4LF9K 4KB0A 2FF6A 3NVMA 4QCLA 4JNEA 3LAMA 4JKAA 3NGZA 4NB4A 4WQ4A 1VQ6N 3P39A 5BRDA 5KI6A 3ZYYX 4NLBA 3O4WA 3SK3A 1BO5O 1NJYA 3HVRA 3U6FA 3CQYA 4Z4IA 1S6QA 5HRPA 3PY8A 1U48A 2OYQA 3FZMA 1IKWA 3SBGA 1W2BM 1BHLA 4BG8A 3CJ1A 3K9KA 1EWQA 5DK5A 2YHAA 3OBYA 4DTSA 3SMPA 4E7HA 1HRHA 4OVLA 5AQOA 3AVMA 4DV4K 4FM2A 3NF8A 5AQVA 3RWUA 5FRMA 3ZX2A 2HF4A 1LAVA 3LP2A 1MWKA 3OYFA 1J53A 2Z1IA 3QEVA 1ZBFA 1R59O 1W7AA 4FJKA 4O4GA 4CHQA 4AHUA 5HOOA 3ZX0A 2ASPA 5C2DA 2VG6A 4KFBA 4W5NA 1JL2A 1DKGD 2P9PA 1NJWA 3VQAA 2UUCK 2NRTA 4B3OA 3CERA 4JKGB 3AAPA 3GBTA 2XY5A 1HPZA 1ASWA 2E2QA 3VEOA 2D0OA 2ATQA 2YKNA 3VENA 4DQSA 2UU9K 3THWB 3VN5A 1TGOA 3FFKB 1T6CA 3NH0A 4LD0A 3K0SA 3CCMN 4GKJK 1NK5A 5LMUK 4RW8A 1GLCG 3UKRB 4DSEA 3B6PA 3F9MA 1S6PA 1RTJA 3SAGA 1LWEA 3SYZA 2D5RA 4W5RA 2HW3A 4BC2A 4O8KA 1G99A 3CXCM 4O0IA 4B9VA 4AILC 4FJXA 2XY8A 2F8TA 2KHOA 3KK7A 2YKMA 4WFBL 3ASMA 1U2VA 4CGGA 1WNSA 4DB3A 1DT9A 2A6AA 4FWKA 1JXEA 1ATRA 2QKBA 5FRNA 4FWSA 4AHSA 4FJ8A 1FK9A 1H1VA 3O9RA 4CGHA 4CVNE 4BR9A 4C8LA 1GLBG 3MECA 4DR1K 3D6RA 4AM7A 1R0AA 3PV8A 4CEEA 4CZJA 3H6EA 4J2EA 3QDKA 1EKEA 3CFPA 2P9KA 1XQSC 1U49A 4C1NK 4BACA 2BTFA 4BR7A 2E2NA 4EHTA 4PQUA 4MLHA 4A61A 4YOYA 4NXNK 2Y1JA 3L4QA 4MO5A 1M90O 2P9NB 2OPSA 3TSPA 1N33K 1S9EA 3M8PA 1LWCA 4CECA 3VA0A 1LWFA 3DLHA 5MLCQ 2NRZA 2YHYA 3CM5A 5EOYA 1NGGA 1IO2A 3MX5A 5T7BA 1XMOK 1XNRK 4ID5A 3WT0A 1X3MA 3NAEA 4JKEA 1BA0A 2I7NA 5J2NA 4K41A 2HVIA 3CPEA 1KXPA 1N34K 3KK3A 1CZAN 3CI5A 4JK9A 4IO9L 1KLNA 4AHVA 3J7YP 5GIPA 4YFUA 5C12A 2EHGA 3FR0A 4E0DA 3WNGA 4CIEA 4A2AA 2W40A 4FJGA 3ZT0A 4FJNA 1TVRA 3ENHA 3EL2A 5KGWA 3VEZA 4UY8O 1NKBA 5M1OA 4YOWA 5AQMA 4H0PA 4FYDA 4CJTA 4CJPA 2I7PA 3RR7A 3H45C 4Z4CA 3LWLA 2VQEK 4IBNA 4H5VA 4PKHA 3R8EA 4CZEA 1NGCA 2P9PB 5KRSA 5C15A 4EZ6A 2HNDA 1T7PA 2YV0X 3M8RA 5I42A 3O08A 5AFUH 1FW6A 4KHUA 4OPKA 4OKKA 2HHUA 3G71N 4H0TB 4BRQA 2QM1A 3CMEN 3HP9A 4FSVA 2ITMA 3TTCA 4FL9A 1J5EK 3K57A 2F9WA 4HUEA 5J2PA 1YXQA 3TI0A 5AZJA 4E19A 4OX9K 1KVAA 1KQSM 1GLJO 2P1JA 1RT1A 3V1QA 3ZT4A 2P9LA 3V9XA 1E4GT 3LANA 3FZLA 4YORA 2ZJPL 2F9TA 4AH9A 1BCMA 1LW0A 3LP3A 3ZSOA 2XO7A 5C10A 3VF4A 3IFRA 1WBBA 2KLAA 4KO0A 1YI2N 1S1XA 4PUOA 5AQZA 4PHTX 3SMSA 1L5UA 1U2VB 2Q0UA 2W6LA 4CCHA 4Z4FA 4M7YA 4LF6K 3PIPL 3SQ1A 1JJ2M 1I94K 2XY6A 1T8EA 4CI6A 2IOCA 2ZQBA 1K9MO 3CQ8A 1S1TA 1IKYA 1KCFA 1RBTA 2ZGZA 3GG4A 4HCCA 1C0GA 4DU3A 3E9LA 4GY2B 4E89A 4O5BA 1XI1A 2GEMA 5AQRA 3O1WA 2YX6A 4FOIA 3ID8A 2P9KB 4GV3A 3MEGA 4HVJA 1N6QA 3OYNA 3O9TA 3C65A 3V9SA 4LH4A 4WQ4C 3O4NA 2A41A 1NGFA 3SPYA 3N4PA 5AQWA 5AQTA 1SS6A 1VSJA 2A42A 3CC2N 4DU4A 1UA1A 4IKFA 5ADXA 3OS2A 4OGCA 4CJEA 3O9SA 2FBYA 2FLOA 3QEWA 3THYB 3CCEN 3D2EA 4DF4A 4KRFA 4CJ7A 4C8MA 1ZBLA 2KFNA 1IKVA 5KPRA 2OZMA 4JRPA 3L3UA 1VSFA 4KAZA 1JKHA 1K73O 2ZJRL 3TARA 1J9AA 2HVHA 4M3WA 4K8ZA 2ASOA 3DOLA 1KSPA 5F2RA 3A5MC 3IRXA 2OCEA 1CXUA 4ISEA 1ATSA 2GV9A 1C1CA 1WB9A 2HMIA 2QTDA 4JI3K 1NK9A 2O4IA 4YY3K 4ELVA 4LF4K 4FLWA 2WONA 4KTZA 4ILJA 2ZGYA 5KGXA 4FJLA 1BOTO 5TKWA 2AP1A 4NLCA 4CJRA 4N5SA 1Q82O 3OYHA 1VK0A 4XH5A 3QEXA 3RTVA 1QHTA 1YVNA 2D0BA 3DRSA 5JLHA 1W97L 4DLGA 4ELUA 5GAHP 3KLIA 4HWIA 1NGHA 1BQMA 1TL1A 3IDHA 2X78A 5AQFA 1EO1A 2O8DB 4OPAA 2E6MA 2HB5A 2IS3A 3AVAA 1UAXA 2ZWHA 4M3UA 4CHZA 3CC7N 3E9OA 1HQEA 5AQNA 5GAGP 4B9NA 2YCHA 4JEPA 4M7XA 4CFBA 1SZ2A 1X9MA 3E01A 4XIUA 3M8QA 2HHQA 4JLHA 3VF2A 1OH5A 1HKCA 3SJHA 2HBJA 3HPGA 2VWJA 2UXCK 5GIOA 4O0JA 3R9PA 4FK2A 3CJBA 3DI6A 3MEDA 4BY9C 1QHAA 3VEWA 1C1BA 1T3VA 3LDQA 4RW4A 2FSKA 3L4IA 3MAQA 4CFAA 4LY7A 1NM1A 3LDPA 4DQRA 3NBPA 5BPLA 3DYAA 3TU5A 3CIPA 2HHXA 4G9ZA 1JLAA 2VQFK 3ZSYA 1Q8IA 3ENOA 5GINA 1XUPO 4FLUA 4ID1A 1KTQA 3G4SN 2V52B 3C6UA 1U45A 3LWMA 2F7TA 4FVUA 1QSYA 1TKDA 3OYMA 1YITN 2DTUA 4E1MA 5HRSA 2VWBA 3OW2M 4CF0A 4B1UB 2X6SA 2V7YA 1GLLO 2E88A 4CBXA 1P8ZA 1KVCA 2WFBA 3EY1A 1Y64A 4PY5A 2BUPA 3UKUA 3SQ4A 3TANA 2ZE2A 4DF8A 4CK3A 3UB5A 4BC4A 3K5OA 4WYBA 5IT9O 3AA5X 1BL3A 5FLXO 5HROA 4DG1A 3ZSZA 3AGRA 4ZTJA 1VRTA 3VQQA 3PX4A 3TR8A 5CE3A 5AQGA 3P38A 1OH8A 4F2SA 3S9HA 2IIRA 2Q97A 3CQXA 3SV4A 1VAZA 4Y1CA 3ZSQA 4Q0BA 4IG3A 3AO1A 3IMXA 1VSEA 3OBWA 1VQ4N 4M42A 3OVNA 1NKCA 2WOMA 1S1WA 5D3GA 2Y1IA 4KHYA 1YTUA 2FSJA 1RTIA 3AVFA 4BG9A 4Z4GA 4W5OA 1QVGM 4DV3K 4BR5A 1DLOA 4CEAA 3QBXA 5CY4A 1VQ9N 3AO3A 2YHWA 4OJRA 2YJFA 3ITHA 3KLFA 3HO1A 4KTQA 3VF6A 5C24A 4H0YB 4CGIA 1B9FA 3VGLA 1QQNA 3DM2A 4LFCK 4CJLA 3VERA 4FWLA 3VPZA 1RNHA 3HZ6A 3HI0A 4OPJA 2A1RA 3RMDA 3MCAB 3A2FA 3MX2A 4LSNA 1JCFA 2IVOA 5M1PA 1WSGA 4F9OA 2ZJQL 3WXJA 1N5YA 1W0HA 3L2RA 4DTMA 3NF6A 1TKTA 3ID6A 5KQ8A 3CCRN 2OTJN 1RBUA 4JI4K 3SQ2A 3WXMB 1KVBA 4H5TA 4NYNA 3ATVA 4LH5A 3T69A 3OA9A 3CD6N 4B1WB 4CZMA 3VQ5A 4WFNL 3TAPA 5JS2A 1UWBA 1YJ9N 4LFBK 2P5GA 1DGKN 3V6DA 2O8EB 1WAFA 4FM1A 2GUPA 4XH1A 4CD1A 3KTQA 3PSFA 2D0PA 1KAZA 3CG7A 3B8AX 4IOXA 2B4JA 4M63C 1NKEA 1JL1A 3WNEA 1VQ8N 1YAGA 3H08A 4J2AA 4L8RB 2ETJA 5ELZA 3VGKA 5FPMA 2JGUA 1L3VA 4LF8K 3DJCA 4DWIA 5FPNA 1NMDA 3ENBA 4JI1K 1J6ZA 1JLEA 1NK7A 4DS4A 3U9DA 3NGIA 1SKWA 2FC0A 4CW7B 2G8UA 2P9IA 3SAHA 3AARA 4IZ9A 4H03B 3DXMA 3R6MA 4CIGA 2NRRA 4C1NI 1RFQA 1T44A 4RG8A 1VSLA 1RBRA 2QK9A 2CGLA 3OYCA 4KH4A 1CZ9A 3OYGA 3PO4A 3OYKA 2Q36A 5BPMA 3R3LA 4GV6A 4JKBA 3PX0A 4KPYA 3K59A 1RDCA 3E9PA 2Z1HA 2RKIA 1ZBUA 1C1AA 3VQEA 2OPQA 2X6NA 3MN7A 1HYSA 4F4KA 3HP6A 1UA0A 3VQ4A 3SPZA 5E41A 3QEIA 2O8FA 3ULEA 3DLGA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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