1NOZA

T4 dna polymerase fragment (residues 1-388) at 110k
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
369
structure length
346
Chain Sequence
DEFYISIETVGNNIVERYIDENGKERTREVEYLPTMFRHCKEGKNCAPQKFPSMKDARDWMKRGMNDFKLAYISDTYGSEIVYDRKFVRVANCDIEVTGDKFPDPMKAEYEIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSMYGSVSKWDAKLAAKLDCEGGDEVPQEILDRVIYMPFDNERDMLMEYINLWEQKRPAIFTGWNIEGFDVPYIMNRVKMILGERSMKRFSPIGRVKSKLSKEIYSIDGVSILDYLDLYKKFAFTNLPSFSLESVAQHETKKGKLPYDGPINKLRETNHQRYISYNIIDVESVQAIDKIRGFIDLVLSMSYYAKMPFSGVMSPIKTWDAIIFNSL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of an NH2-terminal fragment of T4 DNA polymerase and its complexes with single-stranded DNA and with divalent metal ions.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA POLYMERASE
molecule tags Nucleotidyltransferase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 113
structure length 346
sequence length 369
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-02-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 1nozA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1nozA02
4BWMA 1Q8IA 4FM1A 3TAFA 3M8PA 4DTJA 3MEGA 3OS2A 3HP6A 4LH5A 4F4KA 3RRGA 4G1QA 5FRMA 4N5SA 3VQCA 2B5JA 4NCGA 1QE1A 1FKPA 3ZT0A 1CLQA 1QSLA 4KHYA 2YNGA 1HQUA 3L2VA 3AVAA 1HYSA 1IKXA 4BDYA 3HSTB 3HM9A 2EHGA 1JXBA 2LSNA 3IRXA 1LAWA 2G8WA 3V6DA 1TV6A 1TK5A 3QEVA 3V1OA 4QOZB 3TAGA 4O0JA 4K8ZA 4DSFA 3KLFA 4DSJA 3OVNA 1UA0A 2XO7A 4FW1A 2YNFA 5D3GA 2Z1GA 4N47A 1S6QA 3K5OA 4E19A 2IS3A 4E0DA 1S6PA 4YNQA 3SZ2A 1JLEA 3TAMA 3VQ9A 4CJUA 1XC9A 1ZBHA 2HHTA 4KREA 4QCLA 4KB0A 3M8SA 2G8HA 5HROA 4FLVA 4DFPA 1TK0A 1DLOA 1QHTA 1SKRA 4M3RA 3QIOA 4W5QA 3TARA 1L3TA 3OS1A 3ZSWA 4F3OA 3VQDA 3LPTA 3KK3A 2G8UA 4B9TA 4EP5A 4N76A 3DLHA 3C94A 5SZTA 2OPRA 4J2DA 2X74A 4CEDA 4M3TA 3KLIA 3NF8A 4CFAA 3S3OA 3O3HA 2KZMA 4CFBA 1HJRA 3HL8A 4PA1A 4DF4A 3O3FA 1NK0A 1LWEA 3RRHA 3ZT1A 1WSEA 4KTWA 4CJVA 4B8CA 1Y97A 4Q5VA 3U3GA 3OYEA 3K2PA 1S9GA 3AVJA 1TKDA 3JSMA 3VQ5A 4LSLA 3THVA 1U45A 4DQIA 3QEPA 1UA1A 1C6VA 4PUOA 1JKHA 1HPZA 1HYVA 3AV9A 1HYZA 1RDCA 4KHWA 4DQPA 3VQEA 2G8VA 2B6AA 1J53A 3ZCMA 2KZZA 3M8QA 2HHSA 3SYZA 1L3UA 1XHZA 4FZYA 3NGYA 4EP4A 4CEAA 5DMRA 1UWBA 3RWUA 1TAQA 2OYQA 2Y1JA 3LAMA 1D8YA 4OGCA 3KIOA 1NJZA 4DTXA 4M3WA 2OPSA 3DM2A 4JRQA 4PY5A 4M45A 3DOKA 4DTUA 4KRFA 4LY7A 3RR7A 4I9LA 2HHUA 3MAQA 4F3TA 3OJSA 1KLMA 3NF9A 4DTSA 3WNGA 4E7LA 4DFKA 3ZSVA 3OYNA 1S9EA 4NCAA 5HLFA 4ELTA 3QLHA 2BGGA 1BHLA 4N56A 2XY5A 1NK7A 4K8XA 3MXJA 4Q0BA 4Z4HA 1LWFA 3ZSQA 4OPJA 3SQ0A 5HBMA 3JYTA 4M41A 3SUPA 3TAQA 1TVRA 3ZSYA 4ZHRA 1NK8A 3DYAA 2KTQA 4CIEA 4CF0A 1G15A 4CJSA 1JLBA 1W0HA 3S3MA 1XWLA 4LSNA 2DFEA 1RT4A 5CY4A 1CZBA 4CHOA 1BGXT 4DQSA 4CE9A 1EKEA 5JS2A 1S1VA 4IDKA 4KB1A 4OVLA 1IG9A 4CJQA 4E7KA 1QTMA 3ALYA 1TKXA 4PQUA 1HRHA 1FXXA 4KHQA 4B9UA 1K6YA 2RF2A 3TABA 4M3ZA 4W5RA 4FLWA 2YV0X 3AO2A 3WNHA 2PY5A 4CECA 4B9VA 1HQEA 3ULDA 3BGRA 3AVNA 2RN2A 4CJWA 5C25A 4KV8A 3KKSA 3K57A 3VQPA 3V1RA 2W42A 3HO1A 1KLNA 1JLQA 2F96A 3RMBA 3AVLA 4HUFA 4Z4IA 2YNIA 3DLKA 1SUQA 3ZT4A 3IAYA 3O3GA 3KJVA 1NK4A 1U49A 4KI4A 1U4BA 4YFUA 3SQ1A 1HNIA 4HCCA 1O1WA 1ZBUA 2GBZA 2BDPA 3L2QA 4IFVA 2YKNA 2KFZA 3CQ8A 2D0CA 1NKCA 3E01A 3SJJA 4C8OA 4KTZA 4HHTA 1W9HA 4ZTJA 5K14A 4CF2A 3PX0A 3L3VA 1VSFA 3OYJA 4BDPA 1RBTA 4JRPA 1LWCA 4BDZA 1NKBA 1SKWA 3KD1E 3T3FA 1CZ9A 1NOYA 3KD5E 1S5JA 3L2UA 4DWIA 4I9QA 4CGHA 4FK4A 4XIUA 1TGOA 3TR8A 3K59A 1NKEA 4FLTA 3G10A 1RT1A 2IC3A 3SV3A 3ZT2A 5HP1A 4B9NA 4OLAA 4CGDA 1X9WA 1QSSA 1ZBIA 4RW7A 4FJ8A 1F21A 5HRNA 4CJEA 3D0PA 3O4NA 1JL2A 4OJRA 1JLFA 4CEEA 3FFIA 1GOBA 4E1NA 2ATQA 1KVBA 2JLEA 4N41A 4C8NA 3TWHA 3KKRA 2AJQA 3HYFA 1ASVA 4CJFA 3VQ8A 3AVCA 1WAFA 4OPKA 1T7PA 3DLEA 4CGFA 3V1QA 4BACA 4KFBA 1BCOA 3CYMA 3K58A 4Y1DA 3BDPA 1RTIA 2Q3SA 3AVBA 4OKKA 1RNHA 3KLHA 4LH4A 4WE1A 3AA2A 4FJNA 1D9FA 1C0UA 5FDLA 1CXQA 2X6NA 4W5NA 4GW6A 3EY1A 2PZSA 1NOZA 1RTHA 2HVIA 1QS4A 4AHCA 2Z1IA 4M3UA 2HB5A 3DRPA 3HPHA 1IKVA 3B6OA 4FK2A 2XRIA 2FBVA 4E7JA 4CHNA 2P5GA 1SL2A 3KK1A 4DSLA 3KLGA 3P1GA 4CHQA 2OA8A 3H08A 4Y1CA 4CJ3A 4MFBA 2KQ2A 1LW2A 3HT3A 2IGIA 4RW4A 1ZBFA 3PV8A 3CG7A 4AHUA 3RR8A 1FKOA 1S1TA 2BANA 1ASUA 1C1AA 1YT3A 4FJ9A 1X1PA 3LANA 4C8MA 3OS0A 1TL3A 1HNVA 4IG3A 4UQGA 4FJHA 2RPIA 1EETA 3F73A 1RBSA 3M8RA 1KFSA 2XY8A 5CYMA 4CK3A 3SNNA 4W5TA 1WSGA 2X78A 3RMCA 3ZSRA 2OPPA 4KO0A 5KI6A 1JLGA 4E1MA 5HRPA 3K5NA 3CFRA 2F8SA 2IDOA 3LZIA 4Z4FA 3LP1A 1S1UA 2HMIA 4DF8A 3U3YA 2O4IA 3S3NA 4C8LA 4E7IA 3ISNC 5J2QA 2G8IA 3LDSA 3ITHA 2HHQA 4CEBA 3MEDA 3PUFA 3DLBA 5EU7A 4NYFA 3HJFA 4OGEA 1X9MA 4FZZA 5FROA 3SUNA 2ETJA 4M3XA 3MEEA 4H4MA 1U47A 3C6TA 1RDBA 3QESA 1RT7A 4CHYA 1DTTA 4ID5A 3KTQA 2OZSA 2GUIA 4O5BA 4FLZA 3AO1A 4FJMA 3AA3A 4KKOA 5J2PA 1NK5A 4B08A 5T7BA 3OYKA 1U04A 4F8RA 4PWDA 1C1BA 3B6PA 3PY8A 3AO4A 1KVCA 1Q9XA 4NYNA 1WLJA 1NK6A 3MECA 1WAJA 4B3OA 1XI1A 3I8DA 5J2NA 3LP3A 3WNFA 2OPQA 4L8RB 1XHXA 1GOAA 1BL3A 3RMDA 1ASWA 1BI4A 1EX4A 1RBRA 3DLGA 1VSKA 3DOLA 3QO9A 4J2BA 4I2QA 4ICLA 4B8AB 1WSFA 1N5YA 1VSMA 1MU2A 3ZSXA 2Z1JA 1ZYQA 1BIUA 4DSIA 4DS5A 4HCBA 4RG8A 4FJGA 4CJLA 4JS4A 1RT2A 1UOCA 1C0MA 4F2RA 4O4GA 4DTNA 3LALA 3T1AA 4CESA 3NGIA 4FJ7A 3F9KA 3NF6A 3K5LA 4CF9A 2HNZA 4B9MA 1TAUA 3AVHA 3NF7A 3QEWA 2KW4A 3HVTA 1JLCA 2R7YA 1WSHA 3DMJA 5KGXA 4CJRA 2ITGA 4B9SA 3V9XA 1YTUA 4KHSA 1BQMA 1GOCA 3AVIA 1D5AA 3L3UA 3V9SA 3IS9A 2HHWA 1I39A 3TAEA 1JL1A 1A5XA 4CJ4A 2JGUA 1VRTA 4OKEA 4DLEA 3I0SA 2P51A 2DTUA 3PX6A 1SV5A 2D0AA 3HP9A 3V9WA 2P1JA 5KTQA 2RKIA 2A1SA 3SPYA 3D45A 3HPGA 2YKMA 2YHBA 4QAGA 2FBXA 5CZ1A 3P83D 4BE0A 3NHGA 3NH0A 1RDAA 4FW2A 1TK8A 1VK0A 4CJKA 1JLAA 1Z25A 4RW9A 3S9HA 4LD0A 4FLXA 1KVAA 1ZBLA 2HW3A 1IKYA 1VSJA 2VWJA 3LP2A 4DG1A 4DMNA 2G8FA 3NH1A 3OYAA 1KCFA 3MXIA 1WNSA 3LP0A 3VQ6A 3CM5A 5E41A 3OYGA 1DTQA 2PYLA 3VQ7A 5JS1A 1RBVA 4DSKA 5CZ2A 1C1CA 2XY7A 3C6UA 4I2PA 3T19A 4CK1A 2FBYA 2VG5A 1EXQA 3CM6A 4FLYA 4DLGA 4AHVA 4DU1A 1IO2A 2F8TA 2VWKA 2DY4A 1Z26A 3I0RA 3VQ4A 4CFCA 2WOMA 5SWMA 4CGIA 4CJPA 1NJYA 4J2EA 4W5OA 3V4IA 4EZ6A 1C0TA 1RCHA 4DQQA 3OYIA 4IKFA 4FXDA 1T8EA 4DQRA 4KHNA 4DTRA 3HPOA 2P5OA 2ZQBA 4H8KA 3QETA 3SUOA 1J9AA 3SV4A 1I3AA 4MQ3A 3OYCA 4FK0A 3P5JA 5I3UA 3RTVA 1R0AA 4ELUA 4DSEA 2VG6A 4FCYA 2HVHA 3CFOA 3L8BA 2VG7A 3AA4A 2BE2A 2XHBA 2FBTA 2FC0A 3OY9A 3OYFA 4FYDA 1LAVA 3LPUA 1SKSA 3AVFA 1IH7A 3LZJA 2ZD1A 5KRTA 3SI6A 1BI4B 3KK2A 4B9LA 3NDKA 1VSDA 3NCIA 4CF1A 3TAPA 4EZ9A 3LWMA 2D5RA 4IFYA 3V9UA 3DLRA 3AA5X 2IAJA 4FVMA 3LWLA 4OLBA 2HHXA 1SL0A 4CCHA 4FJ5A 3V9ZA 1QSYA 3VQAA 4O44A 1L3VA 4FJXA 4RW8A 4M42A 1NJWA 4FLUA 4CEFA 1WSIA 4CEOA 4RW6A 3WNEA 5C42A 4HUEA 1J5OA 3QNOA 1VSEA 3IG1A 1U48A 1L3SA 3PO4A 5KGWA 3OYMA 3UIQA 1S1XA 2PYJA 3MXMA 2OZMA 1YVUA 2YHAA 2B4JA 5I42A 2WONA 4FJIA 4KHUA 5C24A 4FJKA 3NFAA 1TL1A 2NUBA 1REVA 4CFDA 3DRSA 4Z4EA 4NCBA 1BISA 4FJJA 4BE2A 4KI6A 3HXMA 5J2MA 3PX4A 3C95A 1SL1A 1RILA 3AO3A 3G0ZA 3A2FA 4FM2A 1RTDA 3QERA 4FZXC 1RBUA 4BE1A 2HNYA 1L5UA 1LV5A 4IBNA 3DRRA 1BQNA 1IKWA 4C8KA 3RMAA 4DU4A 3LAKA 2E4LA 5DK5A 2I5JA 1N6QA 3CFPA 2QKBA 1BIZA 1B9FA 2E6LA 4CGJA 2A1RA 3VQQA 3QEIA 2Y1IA 1T03A 4IG0A 1NJXA 4CF8A 1T05A 1ITGA 1TKZA 3NH2A 3KLEA 3O4QA 4I7FA 3U6FA 4Z4CA 3OYBA 3SCXA 3AVGA 3ASMA 1QQCA 2YNHA 1WSJA 4DFMA 4GMJB 4OKJA 1X9SA 1J54A 3NGZA 1TKTA 3VA0A 3ZT3A 3VQBA 3L2RA 1RTJA 1RT6A 5FRNA 5HRRA 4M3YA 1WN7A 2XY6A 5CYQA 1VSLA 3ZSOA 4AHTA 1JXEA 4CGGA 4JS5A 1D9DA 4KPYA 5KRSA 1FK9A 4E7HA 4CK2A 3V81A 4CHZA 2X6SA 4CEQA 4Z4GA 2KFNA 3NBPA 3OYLA 3SQ2A 1VRUA 4CJTA 4CJ5A 4HTUA 4E3SA 4FM0A 2DFHA 2IOCA 4ID1A 4BWJA 4AHSA 2EX3A 2HNDA 3HVRA 1VSIA 2QXFA 4F2SA 4H4OA 4O55A 3ZSZA 4CEZA 5J1EA 3K5MA 3AO5A 4KTQA 3SUQA 4TSXA 4FJLA 2D0BA 1KTQA 3QINA 1NK9A 1B9DA 4AILC 3VN5A 3EZ5A 1Q9YA 4JLHA 3DI6A 1HMVA 4CIFA 4DTOA 3QNNA 4DS4A 1KRPA 4J2AA 3TANA 1BCMA 1A5VA 3OJUA 3HK2A 4CIGA 3NE6A 2QKKA 1EP4A 2DFFA 4AH9A 4O0IA 1YTAA 3NAEA 2ZE2A 4Z0UA 1VSHA 3TI0A 2GV9A 4R5PA 4DFJA 3AVMA 2Z1HA 4GVMA 4E89A 4CERA 5HRSA 1LW0A 4CHPA 3PO5A 1A5WA 4DTMA 4KAZA 1S1WA 4DTPA 3OYDA 2QK9A 4DU3A 1KFDA 2HHVA 4HVJA 4ZTFA 4ELVA 1CXUA 4HUGA 3SPZA 3QEXA 3VA3A 1RT5A 3EYZA 2E6MA 3AVKA 3OYHA 2G8KA 3SQ4A 1KSPA 1RDDA 1RT3A 4AHRA 3L2WA 1UAXA 3QIPA 2O4GA 1B92A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BWMA 1Q8IA 3C6AA 3MEGA 4G1QA 1M90O 5FRMA 4N5SA 2B5JA 3ZT0A 3T1HK 3FZKA 2YJFA 3VEXA 4BDYA 2EHGA 2LSNA 3AGKA 2D4WA 3QEVA 3V1OA 5AQMA 4C1NK 3JAMO 1ATRA 4Y0WA 4N47A 2GWKA 4E0DA 2O8CB 1JLEA 3TAMA 2HHTA 4CJUA 3VEOA 1ZBHA 3JXUA 4BR7A 1DLOA 1SKRA 3TARA 1Z6RA 3O9TA 1OH6A 3OBWA 1YI2N 3KK3A 4BREA 4N76A 3C94A 3C7NB 4CEDA 4CFBA 1HJRA 4Z94A 2HF4A 4CW7B 1NK0A 1Y64A 3RRHA 3OYEA 2UU9K 1S9GA 3AVJA 3JSMA 4DQIA 1UA1A 4PUOA 2P9PB 4DQPA 4DR3K 4PHTX 3F2KA 2JWKA 3MN7A 5JMVA 3RWUA 5AJ3K 3N4PA 1KXPA 3DM2A 4JRQA 2HSTA 3RR7A 2HHUA 3OJSA 4E7LA 5AFUH 5AZJB 2P9KB 5HLFA 4IZ9A 1HPMA 4A2AA 4N56A 4CZGA 3WEEA 1LWFA 3ZSQA 1OH8A 3EKSA 3F5TA 1NK8A 3WXLA 5A2QO 3S3MA 1W0HA 1QQOA 4XEIA 5GAGP 1CZBA 1BGXT 1ATNA 4IDKA 4YOUA 1IG9A 2RHKA 5BRHA 3D7EO 4H0TB 4PQUA 4B9UA 2RF2A 3SJHA 3MWPA 4W5RA 4B9VA 2YV0X 3WNHA 1T6DA 3BGRA 1YJWN 3GOIA 3IAYA 3O3GA 1U4BA 4DB3A 3CCEN 3SQ1A 4BVPA 2GBZA 2QWNA 2YKNA 1H1VA 2KFZA 2QWRA 3P31A 5K14A 3CC4N 4H5RA 4BG8A 3PX0A 3OW2M 3OYJA 4BDZA 3KD5E 1NGDA 1TGOA 4JI5K 3K59A 3HI0A 2IC3A 4BRPA 5AQIA 1X9WA 3ID8A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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