1O1WA

Solution structure of the rnase h domain of the hiv-1 reverse transcriptase in the presence of magnesium
Total Genus 26

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
26
sequence length
138
structure length
138
Chain Sequence
MNELYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDQSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIRKVL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTI2 (83-86)S7 (108-112)S1 (16-21)TI1 (37-40)S2 (30-31)TIV4 (47-50)S5 (47-48)AH1 (52-66)S4 (41-44)TIV5 (67-70)AH2 (78-83)TIV6 (84-87)TIV7 (88-91)AH3 (94-105)S3 (34-37)TIV8 (116-119)3H1 (26-28)S6 (70-75)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Solution Structure of the Rnase H Domain of the HIV-1 Reverse Transcriptase in the Presence of Magnesium
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE H
total genus 26
structure length 138
sequence length 138
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2003-02-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1o1wA00
2IAJA 3V1OA 4K8XA 3SYZA 3KLEA 3G0ZA 4DU4A 3U6FA 3TR8A 2YHBA 3DI6A 4FLXA 3AVBA 2HB5A 3QERA 3PX0A 3RR7A 4YNQA 4FJ8A 3O3HA 3HT3A 3NCIA 4CJSA 3KD5E 3TABA 3U3YA 1XWLA 3ZSYA 3AV9A 1CZBA 1JLBA 3SPYA 3NH1A 3PUFA 5KGWA 3ZT0A 1J54A 4RW6A 1NJXA 1Q9XA 3V9WA 2ITGA 3TAEA 2D0BA 4IBNA 1HJRA 1NK8A 3AVNA 4J2BA 1TKDA 4CFDA 2G8UA 3L2RA 1TV6A 5D3GA 4FJXA 4FLYA 1NJZA 4L8RB 4J2AA 2KFNA 3AVCA 1KVBA 3AA3A 3ZT3A 4UQGA 1TVRA 4GVMA 1JLGA 1RDAA 1HYSA 1NOZA 4ICLA 1TK8A 3NF6A 4DQIA 1JL2A 4KHYA 5FRNA 1WAFA 5KTQA 4DTJA 3HP9A 2FC0A 1S1VA 1HYVA 2G8FA 2XY6A 2FBTA 3S3NA 3ZSWA 1VSIA 4CGFA 4CGIA 2Z1IA 4DLEA 1L3UA 3SZ2A 4M3RA 4B08A 1X9SA 1IKWA 4QOZB 3HM9A 1CXQA 2RF2A 5SWMA 1U45A 1N5YA 3KIOA 2PYLA 3L2VA 2R7YA 1D9FA 4CEEA 4NYNA 1WSIA 4CIGA 1JLFA 1S1WA 2YV0X 3CFOA 3K5MA 4FCYA 4LH4A 3TAQA 3SNNA 2Y1JA 4B9TA 2OYQA 1D5AA 4G1QA 3P83D 3QIOA 3OYIA 3NE6A 4KHWA 2D5RA 3DM2A 3G10A 2YNIA 4ELVA 4I2QA 3SQ4A 4WE1A 4FZZA 4LH5A 4EZ6A 4F3TA 5I42A 2PYJA 5C25A 3C6UA 1L3VA 2HHWA 1FK9A 4M3ZA 3RR8A 4CEFA 1ASWA 3OS1A 1BIUA 1O1WA 2HVHA 3AVMA 4I9LA 1FKOA 2VWKA 3QLHA 4B9VA 3AVHA 3V9UA 2XO7A 4OLBA 2RPIA 4BWMA 5JS1A 4FLUA 1W0HA 1JLQA 4HUFA 4CEAA 5KRTA 4CFCA 4CJ5A 4FJJA 4E3SA 4IFVA 3M8RA 1VSHA 4AHCA 4EP4A 4M3UA 1QQCA 3VQ6A 2IS3A 2B5JA 3O3FA 3LZIA 3OYCA 1BCMA 2P1JA 4DQPA 4FW1A 5E41A 4CHYA 4LSNA 3LP1A 3OYKA 4CJQA 4CJRA 1NKEA 1RBUA 1BI4A 1KRPA 1C0UA 3DLBA 3LWLA 3AVLA 3WNHA 2HNZA 3CFRA 4FZXC 4JS5A 4PQUA 3CG7A 4R5PA 4E7HA 1BQNA 4AHVA 4CK2A 3UIQA 1RBTA 2IDOA 3LANA 2HNDA 4DS4A 4C8NA 4YFUA 3RMBA 3IG1A 1LWEA 3C6TA 2W42A 3P5JA 2BGGA 4DTPA 1J5OA 3SUQA 4F2RA 1TGOA 4O0IA 4E89A 2A1SA 4CEOA 3SPZA 3OYLA 4B9LA 3NH2A 1Z26A 3NF8A 4CJ3A 2VG6A 4Q0BA 1LWCA 3KKSA 4I2PA 4B8AB 4M41A 4Z0UA 4Z4CA 2KZZA 3TI0A 4M3XA 1KTQA 4CEDA 3RTVA 4W5RA 2G8HA 2HHQA 2ZD1A 3NF7A 4KTWA 4BE2A 3L2WA 3QEWA 4JS4A 4F4KA 4FJ9A 3AO4A 4DF4A 1VK0A 4C8KA 4DSEA 3TANA 2HHTA 1TKZA 4K8ZA 1HPZA 4DF8A 2HHVA 5J2PA 4DTOA 3RMAA 2XRIA 3WNGA 1LWFA 3QNNA 4DSLA 3PV8A 1XI1A 3NGZA 4FJIA 3MECA 1TK5A 4FM0A 1DTTA 1UOCA 2BANA 3TWHA 3V9XA 5HRNA 2F8SA 1S5JA 2VG7A 1S6QA 1QE1A 3HPOA 2P5GA 2KTQA 4CIEA 4OGEA 5HRSA 4ZHRA 4KAZA 3DOLA 2QKKA 3DLRA 3NBPA 4CJTA 2VWJA 1XC9A 1YTUA 2F8TA 1ASVA 4N47A 4N41A 4IG0A 1L3TA 3OY9A 1LW2A 3OYNA 3PY8A 1VSJA 2QKBA 2ZE2A 2Z1GA 4ID1A 3L3VA 1TKXA 4DG1A 3JYTA 1WSFA 4DTNA 1JLCA 1S9GA 1HYZA 3TAFA 3BDPA 4RW9A 3VQCA 1VSFA 2OPPA 1HNVA 1C1AA 4KRFA 1RDBA 1LAVA 3QIPA 4ID5A 4FLWA 3T3FA 4C8LA 4CK1A 4CF9A 3OYBA 4RW7A 3KLGA 3VQ8A 3ZSZA 3LZJA 4ZTJA 1WSEA 2I5JA 4CCHA 1KCFA 3ZT1A 3SQ0A 3AA5X 3OYAA 4DU3A 3DLEA 3NGIA 4CHNA 5T7BA 4E1MA 4DFKA 1VSKA 4KB1A 4ELUA 3S9HA 2YKNA 3DMJA 3FFIA 4O55A 5CY4A 1TK0A 4CEZA 3MEDA 4HCBA 4CHZA 1VRTA 4BDYA 3B6PA 3LP3A 3IS9A 3O3GA 5DK5A 2B6AA 1RTDA 2HNYA 1ASUA 1VSLA 2EX3A 3KJVA 4E7KA 4J2EA 2Q3SA 3VQDA 3RMCA 1N6QA 3OJSA 3RRHA 4XIUA 1GOAA 4F2SA 4FJ7A 4CHQA 1CZ9A 2ATQA 2X6SA 3K57A 4CJVA 1NKCA 4B9UA 2HW3A 5C24A 2HVIA 1X1PA 1JXBA 4CGHA 3SV3A 4FJLA 2HHSA 1JL1A 1WSHA 2FBVA 3LALA 1K6YA 1RT4A 1J9AA 3OYFA 3S3OA 1KFDA 3ISNC 1NK6A 4CGJA 3ZSVA 4BDPA 3MAQA 3WNFA 5KI6A 2OPQA 4FVMA 2XHBA 2DFHA 1EP4A 4W5TA 2JGUA 3VQPA 1I39A 1W9HA 2B4JA 3VQAA 3QEXA 3BGRA 3LAKA 4CFBA 4FM2A 4HVJA 1VSEA 2KFZA 4C8MA 3VN5A 3ZSXA 3OVNA 4CJUA 4LY7A 4N56A 1Z25A 4FJMA 3SI6A 1S1UA 2PY5A 4I7FA 2EHGA 1EKEA 1HQEA 1FKPA 4CEQA 3M8QA 1C1CA 2LSNA 3NH0A 3H08A 3VA0A 1RNHA 2GUIA 1RCHA 2PZSA 2IGIA 1KFSA 1TL1A 4CJ4A 5HROA 1X9WA 3DLGA 4B9NA 4KFBA 1D9DA 4KTZA 3HVTA 4KHUA 4Y1DA 4M3WA 4E19A 3OYMA 4B3OA 4E0DA 4CIFA 3AA4A 1TL3A 3V9SA 3V4IA 3RMDA 4EP5A 1XHZA 3CQ8A 3HP6A 3TAPA 3O4NA 1DLOA 1BCOA 5I3UA 3D45A 3NHGA 4DSIA 3HO1A 4KREA 3O4QA 1BHLA 4KB0A 1ZYQA 3AO1A 4DFPA 4NCGA 4PUOA 3V81A 3S3MA 3CYMA 3AO3A 1SKSA 1RTJA 4KHSA 2Z1HA 3T19A 1YT3A 1UWBA 2X78A 4Z4IA 5K14A 1NJYA 1RBVA 4CGGA 2QK9A 3AVGA 3HPGA 3VQ7A 1MU2A 3ZSOA 5SZTA 1NK4A 3T1AA 1NOYA 3SQ1A 2GBZA 1BI4B 2AJQA 4DFMA 2Z1JA 3THVA 4BACA 1T8EA 1ZBIA 1VSDA 3PX4A 3K2PA 4OKEA 4DTRA 1U04A 1X9MA 1LW0A 1RTIA 2OA8A 1KVAA 1JXEA 3DLKA 1QSLA 1NK9A 4B9MA 5FRMA 3HJFA 4DSFA 1TAUA 1B92A 3U3GA 5DMRA 3KK2A 4CECA 1JKHA 3OYJA 4O44A 1ZBFA 3QESA 2G8VA 1RBSA 3VQQA 2DY4A 4CJEA 3LDSA 4CFAA 3LPTA 3DRRA 4AHUA 1BIZA 1SUQA 4AH9A 1QS4A 4LSLA 5CZ1A 3EY1A 2XY7A 4OKJA 5HP1A 4FM1A 1T7PA 2NUBA 3SUNA 1A5XA 4AHTA 4W5NA 2JLEA 2O4IA 4HTUA 2E6MA 4RW8A 1U48A 2HHUA 2P5OA 4IKFA 1JLEA 1RDCA 1BQMA 4CJFA 3ZSRA 1NK7A 1QSSA 4DSJA 4CGDA 2KQ2A 1TKTA 4RG8A 4GMJB 4DTXA 3OYGA 4OJRA 1D8YA 3KD1E 4E7IA 1RT1A 4HHTA 4DMNA 1A5WA 4FK0A 4AHSA 3C94A 4OKKA 4O4GA 4CF2A 4FK2A 4B9SA 4E1NA 3PO5A 4W5QA 3DLHA 1BL3A 1GOCA 2P51A 3V1QA 4AILC 3CFPA 1VSMA 3B6OA 4CF8A 3MXIA 1SKRA 1RT2A 1SV5A 4JRPA 2WOMA 4DTUA 4Z4HA 4F3OA 4FK4A 2FBYA 3F9KA 1UA1A 1TAQA 3ITHA 4H4MA 4BWJA 4CE9A 3KLHA 1IKVA 1HNIA 1RT7A 4M3TA 4RW4A 4CF0A 1J53A 2D0CA 5HRPA 2OZMA 4NCAA 2WONA 3PX6A 3CM6A 1WAJA 4IDKA 5C42A 1REVA 3KTQA 4N76A 3WNEA 1NK0A 1LAWA 1L5UA 4O0JA 3AA2A 3I8DA 4KI4A 3TARA 2IC3A 3DRPA 4CESA 3V1RA 4HUGA 3OYEA 1C6VA 3AVJA 4B8CA 4W5OA 4PWDA 4FYDA 1F21A 1QHTA 1NJWA 3SJJA 5JS2A 4M45A 3KLFA 1UA0A 4NYFA 1RILA 1Y97A 1WLJA 2E4LA 2GV9A 1RBRA 3QINA 4MQ3A 4ZTFA 3RRGA 1C0TA 3OS2A 5HLFA 2G8KA 2KZMA 4DTSA 4CJWA 4DU1A 4BE1A 3OYHA 3KK3A 4DWIA 3SUPA 5CYQA 4LD0A 2O4GA 5FDLA 2HMIA 3SCXA 4CK3A 4H8KA 3K5LA 1UAXA 1HRHA 1SL2A 4KHNA 2G8WA 1YTAA 1DTQA 4E7LA 2A1RA 1I3AA 2DFEA 3NFAA 5FROA 4CERA 2BE2A 4N5SA 3OYDA 4DQRA 5CZ2A 3AVIA 3QO9A 3ZT2A 3HL8A 2D0AA 3TAMA 3ZT4A 4FLTA 2KW4A 2YNHA 5KGXA 1Q9YA 3K5OA 4KTQA 1JLAA 4FJ5A 1HMVA 3HPHA 3HXMA 4FJKA 4H4OA 3QETA 1U49A 1C0MA 3DRSA 1VRUA 1LV5A 4JLHA 1A5VA 4HUEA 1ZBHA 4C8OA 3KKRA 3QEIA 1T03A 2RN2A 3M8PA 1CXUA 4KV8A 3ALYA 4CJKA 2BDPA 4FXDA 1G15A 4E7JA 3CM5A 4Q5VA 1YVUA 3LP0A 1WSJA 1U4BA 1ZBUA 2VG5A 4KPYA 3C95A 1IKYA 4OPKA 4DQQA 3OS0A 4KO0A 3LPUA 1BGXT 4DLGA 2IOCA 1QTMA 5EU7A 3MEGA 3V6DA 1KLNA 4Z4FA 2Y1IA 4KI6A 3AO2A 3AO5A 3AVKA 4FJNA 3NAEA 1RT6A 4NCBA 2DFFA 1RTHA 1S9EA 3HVRA 4DFJA 3A2FA 3K5NA 4FLVA 2OPRA 5J2NA 3VA3A 3PO4A 4CHPA 3HYFA 3MXMA 1IG9A 1EXQA 1R0AA 4JRQA 4ELTA 4TSXA 2OPSA 4DQSA 3AVAA 4MFBA 3LAMA 2FBXA 2YNFA 1S1TA 4OPJA 1SL0A 2OZSA 4CJLA 4EZ9A 3KLIA 4Y1CA 2YKMA 4M3YA 4QCLA 3EYZA 4FW2A 4OVLA 3VQBA 1ZBLA 2E6LA 1IO2A 3K58A 4PA1A 1QSYA 3HSTB 2DTUA 5J1EA 1WNSA 3NGYA 3IRXA 3VQ5A 3L2QA 3NF9A 1B9DA 4I9QA 4KHQA 1GOBA 4BE0A 1U47A 1B9FA 2X6NA 4Z4GA 5HRRA 4FJGA 3V9ZA 3P1GA 1T05A 4OLAA 1FXXA 5HBMA 1C1BA 3VQ4A 3LWMA 1BISA 2YHAA 1KVCA 3K59A 1NK5A 1NKBA 4M42A 3SQ2A 1HQUA 1XHXA 2XY8A 3VQEA 4BDZA 4IG3A 2F96A 1EX4A 4CEBA 2ETJA 2RKIA 3ZCMA 3OJUA 4QAGA 3VQ9A 3EZ5A 5CYMA 4CHOA 4AHRA 1CLQA 3IAYA 4CF1A 2HHXA 3ZSQA 3M8SA 1RT3A 2QXFA 3I0SA 3QEPA 4Z4EA 3L2UA 4FLZA 3NDKA 3HK2A 4IFYA 4PY5A 1Q8IA 3SV4A 1WN7A 1IH7A 2ZQBA 4DS5A 3ULDA 3L8BA 2G8IA 4KKOA 2XY5A 3QNOA 2YNGA 3DOKA 1SKWA 3TAGA 1KSPA 1S1XA 3SUOA 3MEEA 4O5BA 3KK1A 1KLMA 3JSMA 4HCCA 4FZYA 1EETA 4F8RA 3MXJA 3ASMA 1WSGA 3D0PA 1RDDA 1S6PA 4DSKA 3LP2A 3QEVA 4FJHA 3RWUA 1RT5A 3DYAA 3E01A 5J2MA 4J2DA 2X74A 1IKXA 3L3UA 4GW6A 3I0RA 5J2QA 4OGCA 5KRSA 1L3SA 3F73A 1ITGA 4CJPA 4DTMA 1SL1A 3AVFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2IAJA 4U67L 3KLEA 3SYZA 3G0ZA 4DU4A 3CF5L 4YNQA 4WYBA 3U3YA 1CZBA 3L4IA 3NH1A 3PUFA 5KGWA 3ZT0A 1ESVA 3TAEA 2ITGA 3FR0A 4CFDA 1H1VA 5D3GA 4FJXA 4FLYA 1NJZA 4L8RB 3AVCA 5AQLA 1NOZA 1NG9A 4CBWA 2FC0A 3D6RA 1Q82O 3VTIA 4CGFA 3SZ2A 2UXCK 4B08A 1X9SA 1BO5O 4FPBA 3HM9A 1CXQA 3CPEA 3SBGA 2YV0X 4B9TA 1D5AA 2GWKA 3JS6A 3NE6A 4JI0K 2YNIA 4I2QA 3C6UA 2P9NA 1VQMN 4DR6K 2NRRA 3R1XA 4JNEA 3AVMA 2PFUA 2VWKA 4CZEA 5BRDA 5JS1A 1W0HA 1JLQA 1ATNA 3TU5A 4BC5A 4FJJA 5TKWA 1D4XA 2E2NA 4M3UA 3VQ6A 4MLHA 2P9NB 3OYCA 4FW1A 4NXMK 2HHHK 4CHYA 3T69A 1XNRK 3OYKA 1KRPA 1C0UA 3ID8A 2P9UA 3CFRA 2HNZA 3CG7A 4LFBK 1BOTO 4JKCA 3N4QA 4C8NA 4DTPA 1J5OA 3SUQA 1TGOA 4KH4A 4CEOA 5CE3A 3SPZA 3OYLA 3FGUA 3NH2A 2P9UB 4B8AB 4M41A 3TI0A 2HHQA 3WXJA 4A62A 1EWRA 1GLAG 3SAFA 3M3ZA 2Q31A 4C8KA 3TANA 1TKZA 1HPZA 3GDQA 2OTJN 4DTOA 4DSLA 4H03B 3R6MA 1TK5A 1DTTA 2BANA 3UB5A 4JYAK 4JKDA 2F8SA 2VG7A 1S6QA 1U2VA 3HPOA 4OGEA 5HRSA 3DOLA 2QKKA 1XC9A 1YTUA 3T1YK 4N41A 3SMSA 1VQPN 4FL9A 4A61A 4ISGA 2Q36A 3JYTA 4DV1K 3MN6A 1T6DA 4DTNA 3EKUA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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