1OKJA

Crystal structure of the essential e. coli yeaz protein by mad method using the gadolinium complex "dotma"
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
GLRILAIDTATEACSVALWNDGTVNAHFELCPREHTQRILPMVQDILTTSGTSLTDINALAYGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGAELPMIGVSTLMTMAQGAWRKNGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDENGIWHGEETEAVLKPEIVHERMQQLSGEWVTVGTGWQAWPDLGKESGLVLRDGEVLLPAAEDMLPIACQMFAEGKTVAVEHAEPVYL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A Complement to the Modern Crystallographer'S Toolbox: Caged Gadolinium Complexes with Versatile Binding Modes.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
molecule keywords TRNA THREONYLCARBAMOYLADENOSINE BIOSYNTHESIS PROTEIN TSAB
total genus 61
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.4.-.-:
pdb deposition date 2003-07-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1okjA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1okjA02
3UB5A 1RDWX 4H5NA 4BC4A 3QMLA 2I7NA 4CBUA 4H5VA 3A8YA 1NGGA 3CQYA 3VENA 4YDUA 1HLUA 2VCPA 3CJ7A 2FSNA 5ELZA 5AFUH 3LM2A 3MN6A 3QFUA 4B9QA 2QM1A 4BRQA 5AFUA 1X3NA 3D7EO 3HBTA 4MLEA 3R6MA 4HTLA 3O1BA 1NWKA 4BRNA 2PBDA 3P4IA 4CZFA 4BQLA 3ATVA 3SLCA 3DXMB 2Q0RA 2CGJA 4XEIA 2NLXA 4ISFA 3DJCA 2QWOA 3L6QA 4CD1A 3VGLA 5ADXH 1BO5O 3U9DA 2GWJA 2P9SA 3EL2A 3BP8A 4PL7A 5KPTA 5AQKA 5AQJA 3VF4A 1SZ2A 3C7NB 3CIPA 3UKUA 1XUPO 3C0BA 1RFQA 1C0GA 4FWOA 5AZIB 1V4TA 4BRKA 1C0FA 2V7ZA 5JLFA 4BRLA 5AQFA 4BR2A 2E2OA 3H45C 2FSJA 3ZX3A 4B1XB 3R8EA 2GUPA 4JNEA 4IJAA 1JCFA 2AA4A 1KAZA 2FXUA 5AQGA 2E1YA 4EFHA 2ASMA 2YHWA 2YCHA 3EO3A 4H0XB 4BR9A 5AZJB 4XH4A 3IMXA 3ULEB 4K41A 3HTVA 1GLCG 1HKCA 1NGFA 4Z94A 1QQOA 3ENHA 1T44A 1P8ZA 3FZKA 4BVOA 1YAGA 3J8AA 3VERA 2E2PA 2PAVA 3MK6A 4ISEA 2IIRA 1HKGA 2P9UA 4CBXA 3R9PA 2P9IA 2V51B 4K25A 3CQXA 2P9LB 1IG8A 3DXMA 1TYQB 3WQTA 3A5LC 2VWBA 3FZHA 4IJNA 1E4FT 1U2VB 3EZWA 3DWLA 3DXKA 4YDUC 5KQDA 5I9EB 4PKHA 3LDQA 3CJBA 3M3ZA 4EHUA 1NLVA 2ZWHA 3KVGA 3C7NA 1YVNA 2ZGZA 2J4RA 3FGUA 2P9KB 3MCPA 5AQHA 5BREA 4CZHA 1NM1A 3EN9A 5AZIA 4WYBA 2W41A 1NBWA 3O1WA 2QWRA 1HKBA 1MWKA 3RSEA 2D0OA 3F9MA 1E4GT 3WXIA 2EWSA 3SK3A 4BC3A 1ESVA 3VGKA 1ATSA 3S41A 1Q18A 1K8KB 3ZETB 4HWIA 2ZF5O 3BF1A 2Q97A 2AP1A 2QWQA 4H0TB 3SMSA 1KAYA 5AZJA 4IO8A 3LDPA 2D4WA 4MLHA 3FZLA 1X9JA 1Y64A 3U9ZA 4NB4A 1YXQA 3IUCA 5B8HA 3GDQA 1GLEG 2QW9A 3AARA 2IVNA 4H0VB 2P9LA 2FSKA 5JICA 5JLHA 1TYQA 4MO5A 1GLAG 2CGKA 1BDGA 3GG4A 3TU5A 3QDKA 5AQXA 1U2VA 2ZGYA 1S3XA 5BRFA 5AQPA 1DEJA 4C23A 4JHDB 2GEMA 1WUAA 3ZEUA 3BF3A 5E84A 1T6CA 3WUHA 4CZMA 3MMVA 5AQSA 2P9KA 2YJFA 5F1XA 3MN9A 1NGAA 1ATRA 1G99A 1NGEA 2QXLA 4MO4A 5FPMA 3U8XA 4BRDA 5KQ8A 3MN7A 4A2AA 1XC3A 3VEZA 1S22A 5BN9A 2D0PA 5FPEA 2A41A 2DPNA 4K42A 4RCHA 2ITMA 1QQMA 3UE5A 4BREA 4NO7A 3JS6A 1CZAN 4H5TA 3LL3A 3HZ6A 3ZETA 4BRPA 5FPDA 1SQKA 3QICA 5AQOA 4WQ4A 1GLDG 5ADXA 2KHOA 3UKRA 4QS7A 3BEXA 3IFRA 3BUZB 4GY2B 5BR9A 3M6GA 4BC2A 3JXUA 3FZFA 4CZIA 3O4WA 5EX5A 1WOQA 1QQNA 3VEOA 4B1UB 3O6WA 2QWNA 3WQUA 4BG9A 3MN5A 1TUYA 1EQYA 5BN8A 4B1VA 1GLBG 2VYPA 2FF3B 3VESA 3IDHA 2BUPA 4DHYA 4M7XA 4JHDA 4XH1A 4BR4A 3AAQA 2P9PB 4CZEA 4CZJA 1ZXOA 2ASPA 3OHRA 3SMPA 4IZ9A 2E2QA 3CERA 2Q1NA 4FL9A 4RWTA 4J8FA 5F2RA 4FWMA 2Q36A 5EOYA 5AQNA 5LJWA 2HMPA 4FO0A 3WXJA 1MWMA 3SJHA 3VEWA 3H3NO 1V4SA 1GLJO 3O08A 1HJOA 3VPZA 4M7YA 4CJ7A 4BQZA 2IVPA 4A61A 4BGAA 3B8AX 2Q31A 4H0PA 1YUWA 2CGLA 1SAZA 1DKGD 3H46O 3A5OC 3LM9A 3H6EA 4XH5A 4BGBA 1BG3A 2HOEA 5AQRA 5BPNA 2HF3A 5AQUA 4ISGA 2CH6A 3QBXA 5BPMA 3GL1A 1J6ZA 4BR7A 3AAPA 2UYTA 2I7PA 4QS8A 4EAHD 1LOTB 4FSVA 3FLCO 3FZMA 4DB3A 1ATNA 2E88A 4Y0WA 4BC5A 5AQVA 2P9NB 5E26A 2FLOA 1BWFO 5TKYA 4WQ4C 1NGJA 4BRHA 3L0QA 3D2EB 4I6MB 4H03B 3LDLA 2P9PA 1BA0A 1H1VA 2GELA 3VGMA 3LDOA 3ULEA 4B1YB 3G25A 4BR0A 4KBOA 4FOEA 4FWRA 4K43A 1NGBA 5EY4A 2YI1A 3WEEB 4LC9B 1ZBSA 1X3MA 1HPMA 2YHYA 2E2NA 3KZBA 3CHWA 4FOIA 1MDUB 3LDNA 1TUUA 3FR0A 4FWSA 2F9TA 1BOTO 3WT0A 3UKUB 4BR5A 3H3OB 5EXWA 2V52B 2A5XA 5AQQA 3H1QA 1T6DA 2E8AA 2QWPA 3D2FB 3VEXA 4CBWA 3CI5A 4EHTA 3VETA 5KPZA 3CJCA 3M1FA 3CETA 4BRIA 5BRDA 4IXCA 3W0LA 4FWPA 4CD3A 2FF6A 3L4IA 3GOIA 2P9NA 4H0YB 1GLFO 1BUPA 2ASOA 3D2EA 4I6MA 1K8KA 3HM8A 4JD2B 2Q0UA 3I33A 2HF4A 3H1VX 3QB0A 1Z05A 1QZ6A 5AR0A 3ZX2A 2Q2RA 4PKGA 1NGHA 3W3DA 4CZGA 2V7YA 2P9UB 3WEEA 3O5BA 2P9IB 3HSCA 5AQWA 2NRHA 3TPQA 3FFKB 3WXKA 4QS9A 3DXKB 4DCHA 4FWLA 4BRMA 4BRAA 5CE3A 2D1KA 3ENOA 3CJ9A 4FPAA 4FPBA 4DQ8A 4M63C 2W40A 3D2FA 2NZTA 5KPRA 2GTDA 1NGIA 4GNIA 3VEYA 2E20A 3EKSA 5AQIA 3WXLA 3RSEB 1JCGA 4CI6A 1U6ZA 5AQZA 3CJAA 2IVOA 4WQ5A 5BRHA 1R59O 3U4LA 1JCEA 5JMVA 5BPLA 1DGKN 5AQYA 4JD2A 4PKIA 5AQMA 4JN4A 1MA9B 4RTFD 2F9WA 3A5MC 4BVPA 3I8BA 3ATUA 5FPNA 2QWLA 2GWKA 1LCUA 3ID8A 1D4XA 1QZ5A 1XQSC 1BU6O 3HI0A 1BA1A 3A5NC 2OANA 4A62A 3QFPA 4BRCA 2H3GX 2A3ZA 4IWVA 4AM6A 3ZX0A 4H5RA 3VF2A 1KAXA 3ZEUB 3FE1A 4O5FA 3DAWA 1RGIA 4BG8A 4BROA 4H5WA 4L3QA 3KHYA 4O8KA 2CH5A 1IJJA 1QHAA 3QBWA 4E1JA 1HUXA 3AY9A 3MDQA 1NMDA 4PL8A 5LY3A 5AQTA 3O8MA 3VEVA 3A0IX 2E1ZA 2A6AA 4H0OA 4JAXA 2A40A 4EIAA 2QWMA 2BTFA 3CJ1A 2YJEA 2A42A 1NGCA 2P9SB 4FWQA 4FWKA 3UKRB 1GLLO 4B1WB 4BRGA 4BRFA 4A2BA 4AM7A 1HX1A 3VOVA 4CZKA 5F0XA 3GBTA 1OKJA 5AQLA 2WUSA 3GE1A 4FWNA 3VF6A 4B1ZA 5LJVA 3EKUA 4CZLA 4F9OA 1ZC6A 5EVZA 4WQ5C 1KXPA 3O80A 1Z6RA 1NGDA 2YHXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3T1YK 3QIPA 3ZSRA 4OLAA 1RDWX 3F73A 5J2MA 2OYQA 4H5VA 4FZYA 1ASWA 4DTXA 3HP6A 4KHWA 3LM2A 3QFUA 4B9QA 4J2DA 4O55A 3CCQN 4DR1K 1RT3A 4MLEA 4BRNA 4HTLA 3O1BA 1NWKA 2JLEA 2A1SA 4HUEA 4F2RA 4CF1A 4BQLA 3ATVA 4C8KA 4M3YA 4KO0A 4ISFA 4FLUA 2KZMA 3CCJN 2D0CA 1T3VA 5KPTA 1HYZA 3O9TA 3CCLN 1SZ2A 1XUPO 1HJRA 4CHQA 3RMAA 4FJIA 3AVCA 2OTJN 4CGFA 2QEXN 2E2OA 3CPWM 4KTWA 3RMCA 3ZX3A 4B1XB 3DI6A 2HBLA 4DSKA 4ILHA 4YHHK 4KHPK 1KAZA 5T7BA 5M1NA 2P5GA 1CLQA 4EFHA 1C1BA 3EO3A 1KCFA 3OW2M 4LF7K 4K41A 3SPZA 3S3OA 1HKCA 1S9GA 1S6PA 1Q82O 1NGFA 1VQMN 3ENHA 1UA1A 4AHTA 3FZKA 4YFUA 1YAGA 2HB5A 3KTQA 4B9LA 2E2PA 2IIRA 1HKGA 1GOAA 1VSFA 3R9PA 2V51B 1J5OA 3DXMA 4NLBA 3WQTA 3LZJA 1E4FT 1WSGA 3DXKA 4NCAA 1TAUA 5I9EB 3SI6A 3VTIA 1NLVA 4CGGA 2ZGZA 1D5AA 3TAPA 2O8BB 2P9KB 3AVAA 2YNHA 3CCEN 4DQPA 3AVFA 5AZIA 5K14A 3SNNA 1CZ9A 2AJQA 1ZYQA 1ESVA 2OCEA 3AV9A 4HWIA 4JKFA 4M3TA 2QWQA 3SMSA 5AZJA 3LDPA 4KH4A 1X9WA 1M1KO 4M3ZA 3FZLA 2NRRA 4JK7A 5C0YA 3KKSA 3ZSZA 2O8FB 4QAGA 3QLHA 4IFYA 2P9LA 5JICA 3U6FA 4R79A 1TYQA 4MDAA 3ZT3A 1GLAG 1C1AA 4DV7K 3QDKA 5AQXA 4AILC 1DEJA 5BR8K 3ZEUA 5J2NA 4JK8A 3OYAA 3C6TA 4TSXA 3HK2A 3C95A 5AQSA 4CIEA 2F96A 4N76A 2HHHK 1ATRA 2HW3A 5FPMA 2QXLA 4BRDA 4FJHA 3THWA 4DR5K 4A2AA 4Z4GA 1X1PA 5FPEA 3KWIA 3KD1E 1QQMA 1BL3A 3C94A 1NJIO 3K5OA 3JS6A 1CZAN 4H5TA 3ZETA 4BRPA 5FPDA 2PZSA 4BY9C 1JJ2M 4WQ4A 3UKRA 3BEXA 1BQNA 2G8KA 4CJPA 3BUZB 5HP1A 4JKAA 1NK6A 4DQRA 2QKBA 3VEOA 2OZSA 4B9VA 3OYLA 3HYFA 2W42A 4B1VA 1GLBG 2FF3B 3EE9A 4DSEA 2I5JA 2HBKA 3LPUA 1B9DA 1WSJA 3AAQA 4CZJA 3DRRA 1X9MA 4OKJA 2OA8A 3OHRA 3SMPA 4FK0A 2E2QA 4DTPA 3CERA 5F2RA 4FWMA 1YI2N 5LJWA 4CEDA 2GV9A 2Z1IA 4E7JA 1MWMA 1U48A 2YHAA 3H3NO 1XMOK 3O08A 4WE1A 4DTUA 5I42A 1HJOA 3VPZA 4LY7A 3OBWA 4CJ7A 3V9XA 4BGAA 1IKWA 3OBYA 1YHQN 4HHTA 2F8TA 4H0PA 4CJ4A 4DV1K 1T7PA 4Z4HA 3H46O 4CJ5A 4YY3K 3G10A 3LM9A 3V4IA 4CJSA 4KHQA 3OYJA 4HUGA 3NVMA 3V9WA 3H6EA 1BG3A 4IFEA 2HF3A 2HHTA 2WTUA 5BPMA 3GL1A 2I7PA 3LZIA 1WSFA 4KPYA 3FZMA 5AQVA 2P9NB 1BWFO 1REVA 3SPYA 4IDHA 4B8CA 3AO3A 3ZSXA 4KB0A 4H03B 3LDLA 2P9PA 1I94K 1VRTA 1H1VA 2YHBA 3LDOA 4B1YB 4OO1J 4IEEA 3KIOA 4OGCA 2D5RA 4CEFA 3AA3A 4E7IA 2D0AA 3LAMA 1NKBA 1FXXA 3I55N 1LAVA 4FJ5A 2LSNA 3CMAN 3PSFA 1S1UA 1HNVA 3E1YA 1TGOA 3O9SA 3LDNA 5GIOA 4FWSA 1QS4A 4JI0K 1W9HA 2E6LA 4BR5A 3H3OB 4CF8A 5AQQA 3KD5E 3SUQA 2RHKA 3H1QA 1LW2A 2E8AA 4DR4K 3VETA 4IEIA 4ZTJA 2ETJA 4BRIA 4BWJA 3W0LA 4AH9A 3SJJA 3LAKA 3HPOA 1DTTA 4GVMA 3SUNA 1BIUA 3QEWA 2JWKA 3L4IA 4CJRA 4B9MA 4H0YB 3THYA 3CG7A 4I6MA 4JD2B 1J54A 5AR0A 1QE1A 4E1NA 3TANA 3W3DA 3WEEA 4N41A 3O5BA 4FJMA 1K8AO 5AQWA 2UXBK 4F3TA 3BY5A 3TPQA 3WXKA 4NCGA 2HMIA 3PO4A 3DXKB 3IRXA 4CVNE 4X62K 4BRAA 5FDLA 4DV0K 3OYDA 2KZZA 2NRVA 1TK5A 4F8RA 4FPAA 3QEIA 1IKVA 3MECA 2WONA 2NZTA 3KK7A 4DTNA 3VN5A 2HBMA 3QNNA 3AGKA 3LP1A 3Q7CA 3EKSA 5AQIA 2QTDA 4WCEL 4FXDA 1JCGA 3CJAA 3OS0A 4GMJB 3U4LA 4QOZB 5BPLA 4DR3K 1O13A 5C2FA 1E3MA 5AQYA 3S3MA 3I8BA 3VA0A 3ATUA 1HPZA 4DR2K 3SCXA 1D4XA 1XQSC 5IT9O 3HT3A 5JS2A 5GAHP 5CR4A 3PIOL 3A5NC 4JI2K 4DFPA 5DK5A 4JLHA 4CHYA 5MLCQ 2A3ZA 1HYVA 4M3UA 1CXQA 3OYBA 2WFBA 2P51A 1KAXA 1Q86O 3TTCA 3ZEUB 4O5FA 3T19A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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