1P90A

The three-dimensional structure of the core domain of nafy from azotobacter vinelandii determined at 1.8 resolution
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
123
structure length
123
Chain Sequence
ERVPEGSIRVAIASNNGEQLDGHFGSCLRFLVYQVSAKDASLVDIRSTLDVALAEDKNAWRVEQIQDCQVLYVVSIGGPAAAKVVRAGIHPLKKPKGCAAQEAIAELQTVMAGSPPPWLAKLV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S2 (117-118)TI1 (121-124)EMPTYTIV1 (114-117)TII1 (102-105)S1 (105-112)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Protein binding
source organism Azotobacter vinelandii
publication title The Three-dimensional Structure of the Core Domain of NafY from Azotobacter vinelandii determined at 1.8 A resolution
pubmed doi rcsb
molecule keywords hypothetical protein
total genus 40
structure length 123
sequence length 123
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-05-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02579 Nitro_FeMo-Co Dinitrogenase iron-molybdenum cofactor
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.130 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1p90A00
2KLAA 1P90A 1RDUA 2RE2A 2WFBA 1EO1A 1O13A 2YX6A 1T3VA 2QTDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BA0A 1SQKA 3HP9A 4CK2A 5E84A 4GY2B 1RDUA 3O9SA 3QFPA 4DQ8A 2E6LA 1MWKA 3HPOA 2P9PB 3O4NA 3NVKA 4CHNA 2FBTA 5SWMA 2HF4A 3VEZA 4CJ3A 1ATSA 5C25A 3VQ5A 3H1QA 1W7AA 1CZAN 1TGOA 1VHXA 3SYZA 4AF1A 2Q97A 4K25A 2ZF5O 4BRIA 4CIFA 5HOOA 4DR1K 1N36K 3OHRA 1C1AA 3O1WA 5HBMA 4H4OA 4IJNA 4BR7A 1VQNN 2VQFK 3O08A 4OGCA 2HBLA 5FDLA 4FWKA 1NKCA 4DFMA 4RW6A 5KQDA 4CE9A 1KC8O 1EX4A 4H5TA 5J2NA 2GUIA 3MN9A 4A59A 3S41A 3QEIA 1U45A 1KFDA 3TABA 2GX9A 4PKGA 2IVOA 1B9DA 3L4QA 4B1WB 4V19S 3FZKA 2W42A 3SK3A 1EETA 5BPLA 2Y1JA 1QZ5A 2DTUA 3KKSA 4NYFA 2XY6A 1EP4A 2ZD1A 1N32K 1B9FA 4FPBA 4YOUA 3CM6A 1T05A 1JLFA 3PSFA 4LFCK 4CJ7A 2ZJRL 2ITMA 4XH4A 1RBVA 1QQNA 3ID8A 3I8DA 1TK0A 4JYAK 4LF6K 4BRCA 3E9OA 3CXCM 3OYMA 1UA1A 4WQ5A 5EU7A 1J5OA 5GADP 4K42A 4JHDA 3SLCA 3VQPA 4DLGA 3V1OA 4HUEA 2P9NB 4ZTJA 3OA9A 2G8FA 2HHQA 4RW9A 2G8HA 4EZ6A 4YOTA 1L3TA 1U6ZA 3IAYA 4DSFA 1LW2A 4AHUA 4ZTFA 2P1JA 2A41A 2KFNA 4K8XA 3CCSN 3TANA 4IFYA 1QHAA 3EL2A 1BWFO 4HTLA 4BR5A 3H45C 3HRGA 3OYAA 3H46O 2QTDA 3V9UA 4CZGA 1T7PA 2QKKA 1U47A 4B1ZA 2FSKA 3MCPA 4EIAA 2YHYA 4EP4A 1WSEA 5AQLA 4H0YB 3CJ1A 5HP1A 4BG9A 4KPYA 1HNZK 2IIRA 1NGBA 5JLFA 4M3UA 1BISA 3PSIA 3IKMA 5E26A 4AHVA 5LY3A 3BP8A 4FJHA 2ASOA 3AVJA 3A5LC 3IFRA 2OYQA 5AQPA 4FPAA 4ID5A 3EZ5A 2EWSA 3KLIA 3MX5A 2NRRA 4KO0A 4ICLA 2HSTA 2P9IA 3BZKA 3CC7N 3ZX2A 3KLEA 3N4PA 4JK7A 4ELTA 4FJXA 1Y97A 5BR9A 1S9GA 3C7NB 4CZKA 1IKVA 4EP5A 4F8RA 2BDPA 1KCFA 4IFVA 3UIQA 1NNEA 1QHTA 1TK5A 3KJVA 2VG6A 3TAFA 4XH1A 4H03B 1NK5A 1JCEA 5BRHA 4DUZK 5BR8K 4FW2A 1T44A 4CESA 1VSHA 4NCAA 5LJVA 3EKUA 3GDQA 4GV9A 2IAJA 3DLGA 3VQ6A 4ILGB 3M5RA 2CGLA 3L2QA 3LWMA 2OZMA 4IFEA 4KHSA 5IWAK 3OS1A 2HBJA 5FPNA 3IMXA 3RR7A 4JKAA 5BPNA 4I6MA 2EX3A 1VQKN 4PKHA 3DRSA 2O8BA 4JI0K 1BA1A 2E2QA 5C2FA 4FLTA 3RRHA 1O1WA 2Q0UA 3ULDA 4RW8A 4CEBA 1NGIA 1X9SA 1WN7A 1LW0A 4FK4A 3FZLA 1YJ9N 1REVA 5HL7L 3KLGA 2ZJQL 4YFUA 2I7PA 3CPEA 4FXDA 4DQPA 1VSKA 4ID1A 4H0OA 2D0CA 1S1VA 1XHZA 4FVUA 2PAVA 1KLNA 1P8ZA 2RKIA 1HKGA 4DSLA 3OJSA 1TKXA 1RDBA 4CBUA 3VQAA 4CEEA 1GLAG 3CJAA 3CCLN 2I7NA 3DLLL 3ZEUB 2B5JA 2IVPA 1TUYA 5C12A 3DLRA 1W0HA 3L0QA 5LJWA 4RCHA 4U7BA 4H0PA 4KB0A 4ILHA 2ASMA 3JYTA 5JICA 4CIGA 5CZ1A 5T7BA 3TPQA 4JI5K 1WSIA 4K8ZA 3IRXA 1HUXA 2CGJA 4W5TA 3NBPA 5AQGA 4DSIA 1ZBSA 4DG1A 1W97L 1IKWA 2GUPA 3VQBA 3VQ9A 4B8CA 3VEXA 4DKWA 1VSLA 4HTUA 3NFAA 4Z4CA 1SL2A 3M3ZA 4BWMA 4DTMA 3KWGA 3DYAA 1QTMA 2IOCA 1DLOA 1HX1A 2CH6A 3PUFA 1VSMA 3KZBA 3O1BA 1DTQA 3RSEB 3ZT2A 1GOCA 3CJ9A 3SQ2A 4MDAA 3T1AA 4DCHA 3HSTB 4FSVA 1D5AA 3VGKA 4X64K 2D5RA 1S72N 1EKEA 3KLFA 2KTQA 4AHCA 4TSXA 4C8LA 3OTOK 3VMFB 3WXIA 1J53A 2A1SA 4JEPA 3NH1A 4OLAA 4RTFD 4MQ3A 2JLEA 3SUOA 4M3WA 3CJ7A 1YITN 3J7ZO 4FZYA 5EOYA 3NF8A 3LP2A 2QW9A 4JI1K 2OTJN 1GOBA 3FZFA 4GVEA 3HBTA 1FK9A 5DK5A 3SMSA 4E19A 3PX4A 3QIOA 4BDPA 3O3GA 4JI6K 4CGFA 4CFBA 5AJ3K 3L2UA 1X9WA 4B3TK 2Z1GA 1C0MA 1S9EA 2P9SB 4OX9K 4JS4A 4B1XB 1BI4A 5GIPA 4KHYA 4LF5K 5M1FA 3OYJA 4EHUA 2QWLA 5EX5A 2CH5A 3HVTA 4WQ5C 3ULEB 4IXCA 4FLWA 1YIJN 1RTIA 3ATVA 3M8SA 4F3TA 3QNOA 1NKBA 4FK0A 3TSUA 1VSDA 5HRSA 3OYFA 2EHGA 1GLFO 3MMVA 5B8HA 3ENHA 4DQRA 4FWPA 4BREA 1KFSA 2NZTA 2ZGZA 3DLBA 2FF6A 5ADXA 3NF7A 4H5VA 3VQEA 1HQUA 4IOCL 5AQRA 5TKYA 5ELZA 3LP0A 1ASWA 1OVYA 2QWRA 4B3OA 3CCJN 3F5TA 3CCQN 1ILYA 1IBKK 1D8YA 3PIPL 3M6GA 4YOYA 5J2MA 3GOIA 4DSJA 1FKPA 4DB3A 2PYLA 2OPRA 2BGGA 4JLHA 3MN5A 3TAQA 1ESVA 4JKBA 1OKJA 5KRTA 4Z4HA 4GKJK 4W5RA 4CF1A 2GBZA 4CGIA 3R9PA 5DM6L 2FSJA 1VRTA 1IH7A 2P9KB 3NDKA 3SBTA 2E8AA 3GL1A 2D0BA 2NRTA 3LALA 1VSFA 4B9LA 3H6EA 4WF9L 1NJIO 1K6YA 2FLOA 1UWBA 3AV9A 3AAQA 5FRMA 3ZSQA 3SV3A 2FXUA 3ZT4A 4AILC 2FBYA 3AO5A 3ZSXA 1NLVA 1S6PA 3DWLA 4OKKA 1ASVA 4WQ4A 3HYFA 5AQXA 4CEDA 2DFHA 4F9OA 1JL1A 2Z1JA 3MX2A 1YVNA 4K0KK 1E4FT 3EYZA 4YDUC 1NK4A 4M7YA 4BC5A 2PZSA 3ZETB 3MDQA 2QWQA 4B9UA 3QEXA 3KK1A 2VWBA 1WBDA 2VWKA 4RW4A 4FOIA 3AVGA 4F3OA 1NK7A 1UAXA 3DXKB 2IS3A 3E1YA 3K57A 1S1XA 1RBUA 4HCCA 4JD2B 1T03A 2FC0A 4W5OA 3LL3A 1RT1A 3LWLA 1TAQA 4B3SK 4KH4A 2F9TA 3Q7BA 3NMUA 4QOZB 1IO2A 4H5WA 3CFPA 2Z1IA 3FLCO 1K9MO 1LCUA 4M3TA 3OBWA 3UKRA 1FW6A 2OA8A 3THWB 4GV3A 3V4IA 4KV8A 4HVJA 2Q0RA 2OPSA 3DLHA 3MWPA 3WQUA 4M42A 3M8PA 5ADXH 1MA9B 5H1SQ 1WSGA 2P9LA 4CJWA 2D1KA 1OH5A 2KLAA 3OYBA 3SPZA 1VRUA 3AA5X 3M8RA 3AY9A 1QQOA 1TYQA 5BN9A 2E20A 3I0RA 1BDGA 2KZZA 4CBXA 1VQ7N 1HYVA 3O3FA 4C23A 3VEWA 1I39A 3P39A 2JWLA 4DFPA 3AO4A 1NK6A 2HHWA 1DGKN 4KTWA 2VWJA 1K8KA 4I2PA 3C6AA 4FZXC 1NGDA 3PX6A 1MDUB 3TU5A 4BGBA 3L3VA 1A5VA 1IKYA 4JHDB 1G15A 5AQOA 3SAHA 4FWMA 3ZT1A 3D2EB 1O13A 4DTPA 1YT3A 4DLEA 4Z4EA 2G8KA 4JI8K 2RN2A 2QM1A 3HVRA 2O8DA 1RDWX 2NRHA 1KRPA 4BRLA 3EE9A 3FZMA 3AVFA 4NXNK 1IJJA 3E01A 2HB5A 3HP6A 3JXUA 2Q36A 3IDHA 4CEZA 3DRPA 3LDSA 3DLKA 4HUFA 1L3UA 1GLDG 4L3QA 2NRZA 4BRKA 3S9HA 1VQLN 3DMJA 1NMDA 4BVPA 4CJPA 3ALYA 3V9ZA 4BDYA 4AHTA 2F8SA 3LDQA 3OJUA 3VQQA 2UUBK 4JV5K 3VEOA 3CG7A 1R59O 4UQGA 4JK9A 4H8KA 2E1ZA 4H5RA 4WCEL 1Q18A 2OANA 2G8IA 3AGRA 3Q7CA 5HRRA 4DV5K 4Z4IA 4DFKA 4QAGA 3O80A 2P9IB 1JLGA 3DOLA 5J1EA 5DM7L 3OYLA 5GAHP 3HM9A 2R7YA 1SKRA 3VTHA 2XY5A 5FROA 5KPZA 4Q0BA 3OYDA 1QSYA 3VENA 3SUQA 1YJWN 1D4XA 4A5BA 1WLJA 4Z4GA 3V1QA 1IBMK 1B92A 3LANA 5HRPA 3JS6A 1QSLA 4J2DA 1BGXT 4IWVA 3VEYA 3PV8A 3V9XA 2QXFA 3PLAA 4JRQA 4Z94A 4PUOA 1Z26A 4IDKA 2QWNA 4A2AA 3D0PA 4CZLA 3BZCA 2O8CA 3I55N 4MDBA 3H1VX 1HLUA 4C1NI 5FPMA 1QZ6A 4JAXA 4NO7A 4H5NA 4OPKA 4CJEA 3F2KA 3R6MA 4DQSA 4I6MB 2Q1NA 5JMVA 3JAMO 4BG8A 2O8BB 3U9DA 4KH5A 1XWLA 4BE2A 3KTQA 3M8QA 3MAQA 4B9MA 3QINA 2XHBA 5C2DA 4O44A 5CYMA 2OZSA 4KHPK 3V9WA 1OVQA 1DEJA 2A1RA 2Q2RA 3K2PA 4BR9A 1GOAA 3DRRA 3MXMA 5AZJB 2YX6A 3CIPA 4OLBA 2HOEA 4CZIA 1Q86O 1NWKA 1JLQA 4FWNA 1A5WA 4BRFA 3AVLA 4KHNA 3QICA 1DT9A 3BF3A 3K5NA 3FE1A 4FJ9A 4NLBA 4CJ5A 2W41A 1QVFM 3NGIA 4CJQA 4IZ9A 3R8EA 4E89A 4DTXA 1Q81O 2DFEA 2QKBA 4M3RA 5CYQA 4LH5A 3HJFA 3THYB 1JXBA 1U04A 2E2NA 4H0VB 4B08A 4LF7K 3SJHA 4JI3K 5AQMA 4QS8A 3FGUA 4FJKA 1RTJA 4JI2K 4WQ4C 3V81A 3IG1A 4CEOA 4WFBL 3OYIA 1RTHA 1VQ9N 2E2OA 4B1VA 1L3SA 2V51B 5AQUA 3H08A 3P38A 3F73A 2E4LA 2ZQBA 2V7YA 4Y1CA 3V1RA 4YNQA 3ITHA 1KD1O 4BRMA 1LWEA 1Q9XA 1HNVA 4CJSA 1XUPO 3CCEN 4BWJA 4LC9B 5D3GA 2YNGA 4GW6A 1KAZA 4XH5A 4DWIA 2HNYA 1NK8A 1XC9A 3MWTA 5KPTA 3CETA 2D4WA 1GLCG 4JKCA 4HUGA 4DV4K 2YJFA 4M7XA 5I3UA 3ENBA 4FM2A 1BHLA 3MXIA 2ASPA 1KVAA 1NBWA 4CJUA 1IV0A 4FM1A 1KSPA 4Z4FA 3GBTA 4YDUA 1TKDA 3TAEA 2P9PA 1A5XA 1J5EK 1D9FA 3HPGA 1EWQA 1WAJA 3CCRN 3QB0A 2HMIA 1S22A 2P9UA 4IO8A 4E7LA 2WFBA 4M3XA 1XI1A 3THXA 2KZMA 3P31A 4G1QA 3O4QA 4CZJA 3HXMA 1RBSA 1KAXA 3HTVA 5K14A 2P5GA 3I56N 3NGZA 4M3YA 4YOXA 5JS2A 1RBTA 3K9KA 2WOMA 1SUQA 4O55A 2VQEK 4KAZA 2BE2A 4FO0A 4U67L 4EFHA 4DTRA 1VQ4N 4FLXA 1FKOA 4CHPA 1ASUA 3I33A 1HPMA 1BI4B 2DY4A 1RFQA 3KK7A 1Q9YA 4JRPA 4FLUA 1BCMA 4BRPA 5FPEA 5LMNK 3CMAN 3S3NA 3U9ZA 4YOVA 3HL8A 3C95A 2A42A 5F1XA 2O4GA 1RILA 3FR0A 3OYCA 1CXUA 2P5OA 2E88A 1HYSA 2G8VA 2UUAK 4HHTA 5BRDA 2AJQA 5CY4A 4FJLA 3E9PA 3B6OA 4NB4A 2YHXA 4IJAA 4FOEA 3D7EO 4O5FA 4J2BA 1X9JA 3PO5A 4F4KA 4CIEA 4CEFA 5F0XA 3L6QA 1Z25A 4LFAK 3CI5A 4E7HA 4KTZA 1ZBLA 1NGFA 4OPAA 3C94A 4MFBA 3LDPA 1NJYA 4B8AB 2FSNA 4LSLA 4B1YB 4DV0K 2HVHA 3MN7A 1IBLK 1YTAA 3MEDA 4DV7K 5FPDA 3SNNA 3D2FB 1C0TA 2HHUA 1X1PA 1VAZA 1R0AA 5HLFA 4M63C 4LH4A 3P83D 3WEEB 3K59A 4A5AA 3U3GA 1N33K 4E1NA 2E1YA 3WNGA 1JLEA 2FBXA 4CF2A 3TI0A 2YI1A 4PWDA 1GLBG 3A0IX 3GG4A 4O5BA 4E0DA 1BO5O 3VPZA 3RR8A 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2UXDK 2ZM6K 2QA4N 1XHXA 1EO1A 2HHXA 3J7YP 3AVHA 1OH7A 4MLEA 1U4BA 2LSNA 1ZC6A 2O8FA 2QI2A 4GNIA 4PY5A 1J6ZA 4Q5VA 3LP1A 5KPRA 2IVNA 4FCYA 3TTCA 1SKWA 3AO3A 3OYKA 1XNQK 4DU1A 4CGDA 3DXMA 1V4SA 1SL0A 1IG9A 3B6PA 3MEEA 1TKZA 3V9SA 4CJLA 3VF6A 4BROA 2RHKA 4A62A 4DS4A 2XY7A 1HJRA 3QDKA 1RT6A 4DR3K 1HNXK 2O8CB 3HO1A 3AVAA 1HMVA 4KHWA 3RVCA 5JLHA 4BQLA 3WT0A 2G8UA 1RNHA 2X6SA 4C8MA 3TR8A 1M90O 5JVHL 3F9KA 4CEQA 1YJNN 5AQHA 5M1NA 3HM8A 4O8UA 3TSPA 2QEXN 3HI0A 4I2QA 3MEGA 2ZGYA 2HNZA 2OPQA 1KAYA 4KH6A 2UUCK 5M1QA 3VQDA 5EXWA 4DU4A 3SQ0A 1VQON 3H3NO 2QK9A 1YUWA 1JLCA 2VG5A 3SPYA 3HOSA 3CC2N 1UA0A 2P9SA 3CM5A 3SQ4A 3TARA 5CE3A 2J4RA 1LOTB 1LWCA 3ZSZA 1NK9A 1RT5A 2F8TA 1K8AO 1BQNA 3QLHA 3WNFA 4BC2A 4J2EA 5JVGL 4BRNA 1LAVA 2D0PA 2VG7A 4O0JA 3QEPA 1C1CA 1JJ2M 3ULEA 1XC3A 3CJBA 1JCGA 4WFNL 3D6RA 3E9LA 5M1OA 4I9LA 2XO7A 4IOXA 4KFBA 4JN4A 2KW4A 1QE1A 4WFAL 3H3OB 4KRFA 2FF3B 5KGXA 5GIOA 1CZ9A 2HW3A 1RDAA 1EXQA 3LM9A 4PQUA 1S3XA 4K41A 3LPUA 4NYNA 2B4JA 1X3MA 2A40A 5GAEP 5CHIA 4E1JA 4CERA 4BC4A 4KBOA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2KLA A;  1P90 A;  1RDU A;  2RE2 A;  2WFB A;  1EO1 A;  1O13 A;  2YX6 A;  1T3V A;  2QTD A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1BA0 A;  1SQK A;  3HP9 A;  4CK2 A;  5E84 A;  4GY2 B;  1RDU A;  3O9S A;  3QFP A;  4DQ8 A;  2E6L A;  1MWK A;  3HPO A;  2P9P B;  3O4N A;  3NVK A;  4CHN A;  2FBT A;  5SWM A;  2HF4 A;  3VEZ A;  4CJ3 A;  1ATS A;  5C25 A;  3VQ5 A;  3H1Q A;  1W7A A;  1CZA N;  1TGO A;  1VHX A;  3SYZ A;  4AF1 A;  2Q97 A;  4K25 A;  2ZF5 O;  4BRI A;  4CIF A;  5HOO A;  4DR1 K;  1N36 K;  3OHR A;  1C1A A;  3O1W A;  5HBM A;  4H4O A;  4IJN A;  4BR7 A;  1VQN N;  2VQF K;  3O08 A;  4OGC A;  2HBL A;  5FDL A;  4FWK A;  1NKC A;  4DFM A;  4RW6 A;  5KQD A;  4CE9 A;  1KC8 O;  1EX4 A;  4H5T A;  5J2N A;  2GUI A;  3MN9 A;  4A59 A;  3S41 A;  3QEI A;  1U45 A;  1KFD A;  3TAB A;  2GX9 A;  4PKG A;  2IVO A;  1B9D A;  3L4Q A;  4B1W B;  4V19 S;  3FZK A;  2W42 A;  3SK3 A;  1EET A;  5BPL A;  2Y1J A;  1QZ5 A;  2DTU A;  3KKS A;  4NYF A;  2XY6 A;  1EP4 A;  2ZD1 A;  1N32 K;  1B9F A;  4FPB A;  4YOU A;  3CM6 A;  1T05 A;  1JLF A;  3PSF A;  4LFC K;  4CJ7 A;  2ZJR L;  2ITM A;  4XH4 A;  1RBV A;  1QQN A;  3ID8 A;  3I8D A;  1TK0 A;  4JYA K;  4LF6 K;  4BRC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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