1Q7YO

Crystal structure of ccdap-puromycin bound at the peptidyl transferase center of the 50s ribosomal subunit
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Insights Into Peptide Bond Formation
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal rna
molecule tags Ribosome
total genus 52
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-08-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1q7yO00
5H1SQ 2ZJQL 1VQMN 3CCSN 1JJ2M 3CXCM 1VQ7N 2QA4N 1Q7YO 1YI2N 4WF9L 1VQ8N 3G4SN 4WCEL 5JVGL 5HL7L 1KD1O 4IOCL 3CMEN 3I55N 1YITN 3CCJN 1VQNN 3I56N 5JVHL 1YJ9N 1N8RO 2ZJPL 3CPWM 5GAEP 1VQPN 1VQ6N 1QVFM 3PIOL 4U67L 1ILYA 1M90O 1M1KO 1VQ4N 3G71N 2QEXN 2OTLN 1KC8O 1K9MO 3CMAN 3PIPL 1YIJN 3DLLL 3CCEN 2ZJRL 1VQ5N 1W2BM 5GADP 3CF5L 1YJWN 1Q86O 3CC2N 5GAHP 1K73O 4WFNL 3CCQN 4WFBL 3J7ZO 1K8AO 4WFAL 1YHQN 4IOAL 1Q82O 3CCLN 1KQSM 4UY8O 1Q81O 3CCVN 3CCUN 3OW2M 1VQKN 1VQLN 1QVGM 3CCMN 1YJNN 1VQON 3CC7N 5MLCQ 3G6EN 5DM7L 5DM6L 1NJIO 3CC4N 1S72N 3CCRN 4IO9L 3CD6N 1VQ9N 5GAGP 2OTJN 1OVYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5HRNA 3P39A 4HUGA 5C2FA 2ZJQL 3GBTA 5AQSA 3WNHA 1ZBIA 4CJEA 3TSUA 3J81O 4I6MA 3IRXA 3ID8A 2IOCA 3VEYA 2F8SA 1RTJA 3DLHA 1WSIA 1SZ2A 3TAGA 4E1NA 4CF8A 2HF3A 4DWIA 3N4PA 4KI6A 1KVAA 4C1NI 4OKJA 4BRQA 1J5OA 2W6KA 5CYQA 4A2BA 1JL2A 4BC5A 4B1ZA 4BREA 4W5QA 4A5BA 1MDUB 1GLCG 4ICLA 1KSPA 1WAJA 1NGHA 4FO0A 3R9PA 4BVPA 2NRTA 4CZJA 4E3SA 1Q9YA 4CHQA 4KHPK 4NYFA 4KBOA 2HW3A 3O8MA 1IKVA 2Q1NA 3QMLA 3CETA 2XY5A 4J2EA 3RMDA 1W0HA 4OKKA 4H5WA 3QFPA 1CLQA 2BH1A 4FJ5A 2F9TA 3GG4A 3K5NA 5CHIA 1HKBA 1VSFA 2P9UB 3AV9A 2ASOA 1JLBA 1KRPA 1SUQA 3KLIA 5IT9O 2QWLA 3THYB 2G8WA 3P83D 2ITMA 3SAGA 1YHQN 1SKWA 1VSIA 2VG7A 2HBMA 3O1BA 4B9UA 4CESA 3DMJA 3OYCA 4BE2A 2AA4A 4OPHA 5J2NA 5M1PA 4W5OA 4JKEA 2P9IA 1BL3A 1IO2A 3FFKB 2WOMA 3H08A 3FR0A 3UKUA 5AQMA 4CW7B 3BF1A 4BE0A 4CFDA 4FJKA 4CZLA 5BPLA 4B3TK 4YOWA 2G8UA 3SV3A 2GEMA 3F9KA 4A2AA 2XO7A 1S6PA 1SQKA 4CJVA 2KZMA 3U6FA 1SL1A 3S41A 5HOOA 1JL1A 4H03B 3WEEB 1O13A 4IWVA 2EHGA 4WYBA 4FJ8A 3THWA 1YTUA 4FW1A 1J6ZA 3NH2A 2F7TA 2GUPA 4BGAA 1XWLA 3DM2A 5AZIA 5FPMA 4KB1A 4FWNA 3A5LC 4DV4K 3D0PA 1NGBA 4B9SA 3KWIA 4FVMA 3T7ZA 3JYTA 5J2MA 3DLBA 3OYGA 1ZBFA 2YJEA 3ULEB 5JVHL 3SV4A 3K5LA 3DOLA 4M7XA 3GDQA 1X9WA 3RRGA 1T05A 4NYNA 4CK2A 3TAMA 3PV8A 1KXPA 4CZIA 1ILYA 1QZ5A 4OPJA 3SZ2A 1X1PA 2O8EA 3TTFA 1ATRA 2EWSA 2OTLN 3NGZA 4IBNA 1NK5A 3TARA 1HNXK 4XEIA 1MWKA 3V9SA 3DLLL 4CCHA 3ZT1A 2G8VA 4JRPA 3OY9A 3ALYA 3VEOA 1GOAA 3TTCA 2HSTA 5GADP 1ESVA 4IDKA 4NB4A 3DXMA 1WSGA 1WB9A 4DMNA 3MWTA 3QIPA 3OBYA 2HNDA 4U7BA 4F2SA 4DFKA 3P4IA 1E4FT 2VCPA 1RTIA 3P5JA 4YDUA 5EX5A 1Q82O 4DQSA 3OYAA 3VPZA 3CCVN 4K0KK 1H1VA 4ELUA 3LWMA 5FPNA 1QVGM 1HJOA 3A5MC 4C1NK 4RW6A 4JKAA 4FLZA 3HZ6A 5E41A 2E6MA 3E1YA 2KKZA 4BRHA 3CERA 4DV0K 1U49A 1VQ9N 3SUOA 2F8TA 3THXA 3PSFA 4LF9K 3VESA 5GAGP 3LL3A 1QQNA 1D8YA 3EKUA 5H1SQ 3LDNA 4CZKA 5BN9A 2Z1GA 4FJLA 3QERA 1KLMA 2GV9A 3B8AX 1RNHA 4DTOA 3PY8A 1LAWA 4BRIA 3C6AA 3LP1A 3WQTA 4N5SA 3QEWA 3VF2A 1YVNA 5CY4A 3AO3A 2ZQBA 3VQBA 3OYKA 3J7YP 1DT9A 2NNWA 3D6RA 1QVFM 4FLWA 1JLGA 4CJ7A 3HPOA 3C6HA 3I0SA 4E7HA 2UUCK 4RG8A 3ASMA 1KC8O 3QETA 2PFUA 1VSJA 2FBXA 5ELZA 4B9TA 2AJQA 2FXUA 4IO8A 4JI1K 1VQ5N 4ILGB 1TV6A 3AA4A 3TU5A 2QWQA 2YNFA 4DTUA 4LH4A 1T6CA 3WNEA 1MWMA 1TK8A 2I5JA 2YHYA 3SBTA 4FPBA 1C1CA 5AQFA 1DTQA 4FL9A 2O4IA 1TYQA 1UOCA 2BDPA 3SQ4A 3VA3A 1MA9B 3OW2M 1BOTO 2D4WA 1GLBG 3OS2A 3O3FA 3CQYA 1YJNN 3VQEA 4EZ6A 2A1SA 3CHWA 1TL1A 2WUSA 4WE1A 4BC3A 4YOTA 5DM6L 3OYNA 3C7NB 4KHNA 3CQXA 1XMOK 3U9DA 2IIRA 1SL0A 1VK0A 1NJXA 1C6VA 3T1YK 3TAFA 3CJBA 1NGEA 4CD3A 4UQGA 3V9XA 4N47A 4B8CA 4DU1A 5BR8K 3L3UA 2O8FA 3OJUA 4H0PA 1MU2A 5C15A 2WBNA 4CZHA 5HRPA 1BCOA 5C0YA 3WXJA 2G8FA 1NOZA 3VQ6A 4LFAK 1WN7A 2CGKA 2YX6A 4AF1A 4BR5A 1Q7YO 4B1YB 5HP1A 3MXIA 2W40A 3AVGA 3ZSVA 5LJVA 3QEPA 4FWOA 3EZ5A 3JAMO 4JKFA 3QLHA 4Z0UA 2ZJPL 4J2BA 2YV0X 3KHYA 1XC9A 2E20A 4FJIA 3F5TA 3NCIA 4DTPA 4B08A 3O4QA 4CJPA 3HP6A 3OYFA 2HNZA 3CJ9A 1Q18A 1BI4B 4B1VA 5F2RA 4AH9A 4KTZA 1CZAN 4CZFA 1NGJA 4JKBA 5FRNA 1RCHA 3C95A 3SMPA 4DTJA 3CF5L 3E9LA 3O9UA 4MQ3A 5CE3A 1YAGA 3I8BA 1T3VA 2FSNA 3HOSA 2WONA 5KQ8A 4WFNL 1QHTA 1HUXA 1T44A 3TR8A 5JICA 5LMNK 1G15A 2F96A 1RDBA 2D5RA 1CXUA 2HF4A 2Z1JA 1RT1A 4O0JA 5EOYA 4CI6A 2VYPA 3SQ2A 4KHWA 2HHWA 4DV1K 1S1TA 1IKXA 1SKSA 3SQ1A 2B6AA 2DFEA 5I42A 4DG1A 3ZSZA 1G99A 1S6QA 4HTLA 4JHDB 4LC9B 2Q97A 3VEVA 3L2QA 1TVRA 3SYZA 4Z4IA 4BRMA 3K2PA 4LF8K 4RW9A 1P8ZA 4JI5K 4ZTFA 2OPRA 1ZBLA 3LM9A 1HYZA 3OBWA 2W41A 2ZM6K 1TUUA 4CZEA 3ENHA 1OVYA 2O8DB 2QM1A 3G0ZA 1RBUA 3K58A 1A5VA 1S1UA 4IFEA 1VSLA 2YCHA 4DV6K 3CPEA 2YI1A 1DLOA 1NK4A 3QBXA 2GELA 1ASUA 1FXXA 1XHXA 4FK2A 1RTHA 1VSKA 2DTUA 1KAZA 3O80A 2DFHA 1XNQK 3H45C 1TKXA 3CMEN 5AR0A 3K59A 1S1VA 3NBPA 1GLJO 4BRGA 4DLGA 3AO1A 4B1UB 2P9UA 3P38A 1RBRA 1VSDA 4BG9A 5C25A 3ZYYX 4GW6A 4BRNA 4RW4A 3THYA 3MN7A 4JRQA 1EXQA 5TKWA 1NK8A 3WXLA 1L3TA 4ELTA 1F21A 4XH4A 3TPQA 2HB5A 1BQMA 2QXFA 4B3SK 3AVCA 3H3NO 2O8BA 1KCFA 1EQYA 3T69A 2YKMA 5AQUA 3VQ7A 3BUZB 3SAHA 2UUAK 3UE5A 1HQEA 4Y0WA 3TAPA 2BUPA 4CFBA 5KI6A 4CJTA 3IDHA 2YNGA 3QDKA 3KLGA 1N33K 3MCAB 3ISNC 3WUHA 4CGFA 5JS1A 1TUYA 1V4TA 3UKRB 2HHTA 4XH1A 4JI7K 4H0XB 1NGFA 1LWEA 4N41A 4H0OA 5C10A 3BGRA 4CK1A 1U48A 3OJSA 4MDBA 3LPTA 4F3OA 2PBDA 2E88A 3ZT4A 5M1NA 5ADXH 3BZCA 5E26A 1EO1A 2VQEK 4KO0A 4WQ4A 2J4RA 1Q8IA 3NGYA 1HQUA 3P1GA 5M1QA 2E5LK 1ATNA 4DSEA 3ULEA 4O8KA 2QI2A 3ENBA 4DQQA 2A5XA 4B3MK 1RBTA 3BY5A 4X65K 1NK9A 5J1EA 3QESA 3EEQA 3O9SA 3QB0A 4I9QA 3HOTA 1EWRA 3M5RA 2NRXA 3HRGA 1TKDA 4M7YA 3ZSWA 3NF6A 3AAPA 3PX0A 3QBWA 4CGDA 3K9JA 3LAKA 3QO9A 4IOCL 4FJJA 5EU7A 3THVA 3HYFA 1KLNA 4BWJA 4BR4A 1WOQA 4YY3K 3CCJN 4B8AB 1J54A 4M63C 3VQ9A 3CM5A 3JXUA 4FOEA 1VRTA 1N8RO 1WNSA 4CJQA 4AHRA 5AQXA 4O44A 3UIQA 1B9FA 4CGGA 3J8AA 4OPKA 4GKJK 3MMVA 5C24A 4E1MA 2P5OA 3AGKA 4I2PA 4KHUA 5AFUH 4F3TA 3CCEN 1YT3A 3D2EB 3K0SA 3ZEUA 2P9SA 4DV7K 4PKIA 4J8FA 3U4LA 3OYLA 5EY4A 3VOVA 2VG5A 3O4NA 1R0AA 4FM0A 3CYMA 3LM2A 1V4SA 3EE8A 1BHLA 2XY8A 1CZ9A 3CFRA 2IVNA 1KVBA 2PYJA 4JLHA 2NRWA 2Q31A 5J2PA 4O4GA 5AQIA 5D3GA 3QNNA 1S3XA 4BRLA 4MO5A 3RVCA 1LOTB 4N76A 1J9AA 3VGMA 4CJ5A 3PO5A 5BREA 1C1BA 3DWLA 1X3MA 4CGJA 4PHTX 3DOKA 4LSNA 1L3SA 4LFBK 4DHYA 3RMCA 2OZMA 4I2QA 3KLFA 5DMRA 4EAHD 4H8KA 2IC3A 3VN5A 5EXWA 4WQ5A 3CXCM 5AQHA 2NRHA 4DS4A 1FKPA 4O5BA 4FJ9A 2OYQA 4O5FA 5JVGL 4M42A 4OJRA 4H5RA 4IFVA 3FZMA 4M3ZA 4Z4GA 1BG3A 1JKHA 3JSMA 1J5EK 2UYTA 4Y1CA 5GIOA 1BA0A 1VQ6N 1DKGD 4H5VA 4U67L 1NGAA 1T6DA 1HMVA 4H0YB 4A57A 2HHHK 3HM9A 3CQ8A 1X3NA 3CIPA 5AQYA 3KWGA 4CEDA 3MN6A 1FW6A 2P1JA 1YIJN 4DR4K 2D0AA 2QWMA 3T1HK 2ETJA 2ZJRL 3CJ1A 1YJWN 3S3NA 2BANA 4OGCA 3SMSA 1Q86O 4LF4K 4DSKA 3LPUA 1LWCA 3PX6A 4QS9A 3C7NA 4WFAL 1BQNA 1GOCA 1S1WA 1XQSC 2IVOA 3O9TA 4YOYA 2P9KB 2P9PA 1DTTA 4JAXA 5HROA 4C8KA 1FK9A 2PY5A 3VQQA 2Q0UA 1A5WA 3O3GA 5AQJA 3P31A 3V1QA 3VEWA 4LF7K 2Y1IA 3G6EN 4DSIA 2OZSA 3FLCO 1O1WA 3FFIA 1QSYA 4Z4EA 3OYMA 4O55A 1ZC6A 3QINA 5KQDA 1YTAA 4CK3A 3QFUA 3O5BA 5AZJB 4JI4K 4CHZA 4BDZA 3MN5A 4LSLA 2KW4A 3HP9A 4IJAA 3IUCA 5BR9A 2Q3SA 3LAMA 4O8UA 3LDLA 4F8RA 2HBKA 1HNIA 3LDSA 4I7FA 1JJ2M 4FOIA 3HPGA 3EE9A 4HVJA 4X62K 3BDPA 3LANA 1BCMA 4IDHA 2OANA 1E3MA 2DFFA 3RMAA 2A42A 4FWLA 4NCBA 1NMDA 4ID5A 4ILHA 4I9LA 4L3QA 4C8NA 3D7EO 4DUZK 3DXKB 4OLBA 4HWIA 4DR3K 1RFQA 2KLAA 3ZX0A 2A3ZA 4KPYA 5KGXA 2P9LB 1LW2A 4FJGA 3I56N 4PL7A 3DLRA 4FWKA 2UU9K 1QTMA 4AHCA 3BZKA 4IEEA 1NGDA 3ZX3A 1UWBA 1RDUA 5BN8A 5KPTA 3O3HA 3PIOL 1UA1A 4M3RA 4CGHA 3TANA 5JS2A 1KFDA 1D9FA 3IMXA 1M1KO 3ZT2A 4EP4A 4BR9A 3HSCA 1C0FA 4BR7A 4DQ8A 1GLFO 1JXBA 1C0UA 5C12A 4CJWA 1BU6O 4CF2A 4BDPA 4E7KA 2FF3B 2AP1A 1B9DA 4DFJA 2YNHA 5B8HA 3WQUA 4YFUA 3R1XA 4IG3A 2QWRA 3SUPA 4DR2K 4JHDA 3DI6A 1ZBSA 4GV9A 2DY4A 4M3XA 4BWMA 1NJYA 4WFBL 3VF6A 4DF8A 3I8DA 1L3UA 2CGJA 2YHBA 4IOAL 3W3DA 4DQPA 5T7BA 3CCLN 1X9MA 2O8DA 1JCGA 1JLCA 4EFHA 3NE6A 2VG6A 4BQLA 1VQKN 2RPIA 4QCLA 3EL2A 1VQLN 4F9OA 4CJKA 1BO5O 2Y1JA 1SL2A 3V1RA 1HRHA 2NZTA 2A41A 2VGMA 4CJSA 4BVOA 5AQRA 4DTNA 4MLHA 2HHXA 5CZ2A 4MLEA 4K8XA 2NLXA 3MECA 3FE1A 1BUPA 3CJCA 4KV8A 4LF5K 1JLFA 3SBGA 3B6PA 2V51B 3IS9A 3WNGA 4CECA 3R6MA 2G8KA 2WFBA 2X6NA 2VWBA 2IS3A 3S3MA 3VTHA 1RT3A 2BE2A 1VQ7N 3H3OB 3BF3A 3E9PA 5LY3A 3THWB 1SS6A 1Y64A 3ZSRA 3VQPA 4KKOA 2QWOA 4WCEL 3HM8A 1Q9XA 3WXIA 3ZETB 3I55N 3E01A 1ASVA 1T7PA 1RDAA 3UB5A 4DS5A 4HCBA 4MO4A 4GKKK 3WXKA 3KIOA 4JYAK 4GMJB 3IKMA 1M90O 3CG7A 3CM6A 4E7IA 4IKFA 1IJJA 3G10A 3LWLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5H1S Q;  2ZJQ L;  1VQM N;  3CCS N;  1JJ2 M;  3CXC M;  1VQ7 N;  2QA4 N;  1Q7Y O;  1YI2 N;  4WF9 L;  1VQ8 N;  3G4S N;  4WCE L;  5JVG L;  5HL7 L;  1KD1 O;  4IOC L;  3CME N;  3I55 N;  1YIT N;  3CCJ N;  1VQN N;  3I56 N;  5JVH L;  1YJ9 N;  1N8R O;  2ZJP L;  3CPW M;  5GAE P;  1VQP N;  1VQ6 N;  1QVF M;  3PIO L;  4U67 L;  1ILY A;  1M90 O;  1M1K O;  1VQ4 N;  3G71 N;  2QEX N;  2OTL N;  1KC8 O;  1K9M O;  3CMA N;  3PIP L;  1YIJ N;  3DLL L;  3CCE N;  2ZJR L;  1VQ5 N;  1W2B M;  5GAD P;  3CF5 L;  1YJW N;  1Q86 O;  3CC2 N;  5GAH P;  1K73 O;  4WFN L;  3CCQ N;  4WFB L;  3J7Z O;  1K8A O;  4WFA L;  1YHQ N;  4IOA L;  1Q82 O;  3CCL N;  1KQS M;  4UY8 O;  1Q81 O;  3CCV N;  3CCU N;  3OW2 M;  1VQK N;  1VQL N;  1QVG M;  3CCM N;  1YJN N;  1VQO N;  3CC7 N;  5MLC Q;  3G6E N;  5DM7 L;  5DM6 L;  1NJI O;  3CC4 N;  1S72 N;  3CCR N;  4IO9 L;  3CD6 N;  1VQ9 N;  5GAG P;  2OTJ N;  1OVY A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 5HRN A;  3P39 A;  4HUG A;  5C2F A;  2ZJQ L;  3GBT A;  5AQS A;  3WNH A;  1ZBI A;  4CJE A;  3TSU A;  3J81 O;  4I6M A;  3IRX A;  3ID8 A;  2IOC A;  3VEY A;  2F8S A;  1RTJ A;  3DLH A;  1WSI A;  1SZ2 A;  3TAG A;  4E1N A;  4CF8 A;  2HF3 A;  4DWI A;  3N4P A;  4KI6 A;  1KVA A;  4C1N I;  4OKJ A;  4BRQ A;  1J5O A;  2W6K A;  5CYQ A;  4A2B A;  1JL2 A;  4BC5 A;  4B1Z A;  4BRE A;  4W5Q A;  4A5B A;  1MDU B;  1GLC G;  4ICL A;  1KSP A;  1WAJ A;  1NGH A;  4FO0 A;  3R9P A;  4BVP A;  2NRT A;  4CZJ A;  4E3S A;  1Q9Y A;  4CHQ A;  4KHP K;  4NYF A;  4KBO A;  2HW3 A;  3O8M A;  1IKV A;  2Q1N A;  3QML A;  3CET A;  2XY5 A;  4J2E A;  3RMD A;  1W0H A;  4OKK A;  4H5W A;  3QFP A;  1CLQ A;  2BH1 A;  4FJ5 A;  2F9T A;  3GG4 A;  3K5N A;  5CHI A;  1HKB A;  1VSF A;  2P9U B;  3AV9 A;  2ASO A;  1JLB A;  1KRP A;  1SUQ A;  3KLI A;  5IT9 O;  2QWL A;  3THY B;  2G8W A;  3P83 D;  2ITM A;  3SAG A;  1YHQ N;  1SKW A;  1VSI A;  2VG7 A;  2HBM A;  3O1B A;  4B9U A;  4CES A;  3DMJ A;  3OYC A;  4BE2 A;  2AA4 A;  4OPH A;  5J2N A;  5M1P A;  4W5O A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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