1Q81O

Crystal structure of minihelix with 3' puromycin bound to a-site of the 50s ribosomal subunit.
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
Updating...
connected with : NaN
molecule tags Ribosome
publication title Structural Insights into Peptide Bond Formation
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal rna
total genus 48
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-08-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1q81O00
4WFAL 1JJ2M 1VQON 1K8AO 1W2BM 1KQSM 5JVGL 5GAGP 1QVGM 1VQ5N 1VQLN 1M90O 3J7ZO 3I56N 1NJIO 3CC7N 1VQ7N 5JVHL 4WFBL 3CCJN 2ZJRL 1YIJN 1YI2N 3CCVN 1K73O 2OTJN 5HL7L 1YITN 1KC8O 3CCMN 3CCEN 5DM7L 4UY8O 3CC4N 1KD1O 1Q86O 5MLCQ 1M1KO 2QA4N 1VQ8N 3CCLN 1K9MO 5H1SQ 3OW2M 2ZJQL 1OVYA 3CCQN 1Q7YO 1YJ9N 5DM6L 1VQKN 1S72N 4WF9L 1YJNN 4WCEL 3CMAN 4IO9L 3CCUN 4IOCL 4IOAL 1VQPN 3G6EN 3CCSN 3PIOL 5GADP 1YJWN 1Q81O 1Q82O 1QVFM 3PIPL 1YHQN 2ZJPL 3CD6N 3G4SN 2QEXN 5GAHP 3I55N 4U67L 1N8RO 3CCRN 3CF5L 2OTLN 3CXCM 1VQMN 3DLLL 1VQ6N 3CPWM 1VQ9N 4WFNL 1VQ4N 1VQNN 3G71N 1ILYA 3CMEN 5GAEP 3CC2N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5GINA 2X6NA 4GVMA 3M8SA 4K42A 1W2BM 5JVGL 4JHDB 1Q9XA 4F2SA 4NYFA 3RMDA 2GELA 3HO1A 5AZIA 3THWB 4DR3K 5FRMA 3NF9A 3HM9A 1CXUA 4FJIA 4CGDA 3LAMA 3IDHA 2KZMA 3TAMA 4NYNA 3HJFA 3QESA 4CF9A 3AVAA 4I6MB 4YFUA 2F9WA 1X9WA 2HF3A 4BRGA 2X74A 4B9QA 2KW4A 1T44A 2JGUA 3A5OC 3U8XA 3OA9A 3VF2A 3BZKA 4RW4A 3CJBA 1NGHA 1OH5A 2FBXA 1W0HA 5AQOA 4RG8A 1VQ8N 4QS7A 3OW2M 3DM2A 4CZLA 2Q1NA 4JK7A 3VQAA 4DV1K 4CJRA 3SQ1A 3TTCA 4JI6K 4JI8K 4AHVA 2Z1JA 1FXXA 3CPEA 2OA8A 1TYQA 5LJWA 4FOEA 4LFBK 3ZETA 4FJ8A 4BY9C 1KVBA 4F9OA 4IO9L 2UUAK 4CJTA 2HHUA 1NOYA 4M3ZA 5AQZA 3EEQA 3O4NA 4KTZA 3EE9A 5FLXO 1EWRA 1BA1A 1NKCA 4E1NA 3QEVA 3SQ0A 2NRZA 4X64K 1TL1A 3V9UA 1MA9B 2P9SA 1SAZA 4RW6A 2D0OA 5GAHP 4O0IA 3TR8A 4BRMA 2ITGA 3J7YP 3KD5E 3NFAA 5F2RA 2O8DA 1J9AA 3UKUB 4FZXC 4DHYA 1VQNN 5JS1A 4YOUA 4K41A 1KAXA 3G71N 3L6QA 2QWRA 4A62A 1REVA 3KKSA 3LDSA 4PQUA 1S1TA 4YDUA 4Y0WA 3LPUA 3A5LC 1D8YA 3R6MA 4B9TA 4AHTA 2O8FB 2WONA 4BRQA 3F5TA 2ZD1A 3VF4A 3DXKA 4B1WB 4W5QA 4DWIA 4LD0A 1WBBA 4H5WA 3MWPA 3A8YA 3WEEB 5HP1A 4FWPA 4R79A 3AVNA 4DTPA 5AQRA 4N41A 1HPZA 3D2EB 3KJVA 4B08A 4B3RK 3SPZA 3MWTA 4FJ5A 3QNNA 3CFPA 1EETA 3H45C 4Z4CA 4YOTA 4DR6K 2H3GX 1VSIA 4CZMA 1IJJA 4CEEA 4FJ7A 4FJGA 4CIGA 1IKWA 3OYHA 3B8AX 2HSTA 2DY4A 3VEOA 3I8DA 1NJWA 5BRDA 1GLJO 2NRXA 4KFBA 1KAZA 4CZGA 2UXDK 3VGMA 3SAHA 3SZ2A 1NM1A 5KPZA 4M3YA 4DFKA 2YHYA 5CE3A 2PFUA 4ISEA 3NGZA 2XHBA 3JS6A 4ELTA 2P51A 3WNGA 3CMAN 3V9ZA 1HNIA 4DR7K 1WSHA 3KLFA 2X78A 5J2QA 4HCBA 5AQQA 3KK1A 1C1BA 3S3MA 3P39A 3SPYA 1NJYA 2RKIA 4H0VB 1JKHA 4Z4FA 3HZ6A 3V1QA 1JLFA 1SL0A 3GDQA 3I0SA 4FXDA 4ELVA 3MMVA 1X9SA 4CJLA 1HKCA 1NMDA 1NGGA 1OVQA 4CJFA 3HI0A 4CHOA 3R8EA 1JXBA 4ILJA 4OVLA 2E5LK 3BDPA 2O8BA 3ZEUB 5AQHA 1QQMA 3NF8A 1WOQA 4BREA 4YOVA 3M5RA 1XC9A 3LWMA 1KAYA 4IJAA 2E2NA 3VEVA 1NKEA 3EZ5A 2O8EB 2DTUA 5IT9O 1NGFA 1HQEA 2ZGZA 4A2AA 3CM6A 4WFBL 3RR8A 4CERA 4BC3A 2ZJRL 2ATQA 4OKJA 3HP9A 3AAQA 4CEDA 1N5YA 4B9UA 4CGJA 1GLLO 4JI0K 1L3SA 4DTMA 5DM7L 3L0QA 4UY8O 3T19A 3VQ9A 3VEWA 4K8XA 1B9DA 5KGWA 3AVGA 4KH4A 5AQTA 1BDGA 3WXMB 4OX9K 3HOTA 1H1VA 4GKJK 1RDDA 2YNGA 4QOZB 4BRKA 4KHPK 4I9LA 1T03A 4ID5A 1DTQA 2E1YA 3DRPA 3SCXA 3TAQA 5BPMA 4BGAA 3EO3A 4CZJA 3QERA 3AO1A 3RSEB 3ZCMA 4BACA 4DR5K 3AVJA 4F3OA 2HVIA 1K8KA 4CK1A 1RDBA 2KQ2A 4U7BA 3ZT3A 1FJGK 3OYCA 3SAFA 1BIUA 4CIEA 1VSEA 1JLGA 2IC3A 2NRWA 3OJUA 4F2RA 4W5RA 1O13A 3L2VA 3EL2A 4DV5K 4FJLA 2XY7A 4LC9B 2Q2RA 1NKBA 1WAFA 4A5AA 1S22A 4CF1A 3L2WA 1A5VA 3G4SN 4J2AA 4KTQA 3TABA 3KK7A 3QB0A 3TI0A 3QINA 3DLLL 2F8TA 4LF5K 4FCYA 4QS8A 3GBTA 2IIRA 4BR2A 1MDUB 5HRPA 4LSLA 1ZBIA 2QWPA 4GW6A 4FSVA 1HNZK 2F96A 5AQGA 2WC9A 3O6WA 1A5WA 3LDPA 1HRHA 3GG4A 4B8AB 1N32K 3EKUA 4OLBA 5C2FA 2D0CA 1RT7A 3NVKA 4YDUC 3BP8A 3LANA 2G8KA 3K0SA 1BA0A 2EHGA 3C0BA 3QDKA 4O8UA 5HRNA 1RT4A 4DV6K 3NVMA 2OZSA 3NCIA 4QAGA 2O4IA 5CYMA 4HVJA 3V9SA 2QWQA 1YTAA 4PL7A 4YOYA 4HUGA 4BR4A 3JAMO 3IAYA 4QCLA 1HJOA 3ZSQA 2BH1A 5GIOA 1IKVA 1G15A 1XMQK 2QM1A 4NO7A 4CEAA 4L8RB 1QSSA 2YJEA 2HOEA 5AQPA 3L2QA 1WSIA 3KKRA 3FLCO 4O55A 4BGBA 3MEDA 2VWBA 3Q7BA 3AO4A 3KIOA 3MX2A 1RDAA 4JI1K 2A1RA 1N36K 2UUBK 5KQDA 3H6EA 3P5JA 4IWVA 5BPNA 1JLAA 1NGEA 3S9HA 1QE1A 2V51B 3CQ8A 4O0JA 4CZEA 5TKWA 4IZ9A 4B9NA 1HR0K 4FL9A 4AM6A 4DLGA 3ZT0A 4K0KK 1RCHA 3UKRB 1XNQK 3VERA 4BDZA 4DUYK 2E8AA 4DSFA 1XI1A 1S1VA 3MK6A 4JKGA 3AO5A 1D9DA 1VSFA 3T1HK 2ZGYA 4M3RA 1X1PA 2HW3A 1EO1A 1ZYQA 4CEZA 3SLCA 2B5JA 3P4IA 1RNHA 2QWOA 3FZMA 3O9TA 2FSNA 5AFUA 1KVAA 4GV6A 5KTQA 1LW0A 1ESVA 3MN6A 4KBOA 3DLBA 2QI2A 4IBNA 2PYJA 3EKSA 3OBYA 4IFEA 1WB9A 1YVNA 4CHZA 3T1AA 4BWMA 1VQMN 4BRFA 3T1YK 5BPLA 2GUIA 2G8UA 3H3OB 1VQ4N 5BN9A 3OHRA 1JCFA 3O9SA 4OGEA 2Z1HA 4H0YB 4FLZA 5I3UA 1A5XA 4CEQA 1VRUA 3HRGA 3ISNC 3AVCA 4HUEA 3O8MA 3LP0A 4PKGA 4BRLA 2HVHA 2XY6A 4DQQA 4H03B 2P9KA 3CFRA 1QVGM 2A42A 5E84A 3ATUA 1BI4B 3OYMA 4E1MA 4E19A 4RW9A 3THXA 1VQ5N 1BQMA 2Q31A 3J7ZO 1IBLK 3D0PA 2I7NA 4PUOA 1VAZA 4BG9A 3AVKA 4CGIA 3HSCA 5J2PA 1XWLA 3PSIA 1NU0A 3QLHA 4L3QA 3H3NO 1FKPA 3O80A 3U3GA 1C0UA 5AR0A 3RTVA 3F9KA 1OKJA 5SWMA 2VWJA 4C23A 1T6CA 4CF2A 3OYFA 1CXQA 1ATSA 3MXMA 4JYAK 1TKTA 1TV6A 4DV3K 1Q86O 3ZSXA 1SL2A 5CYQA 3N4QA 3M8RA 4M41A 3CJ9A 4LF6K 4Q0BA 4BR7A 4KI6A 5BRFA 4KTWA 2G8WA 5AZJB 1LOTB 3CCQN 2HNYA 5KRSA 1Q7YO 4DSIA 1BWFO 1NOZA 4IJNA 5J2NA 3PUFA 4W5TA 3ZSWA 3EE8A 4B9SA 1BG3A 1X9JA 4IO8A 2I7PA 4Y1CA 4CHNA 4FOIA 3ENHA 5AQFA 2VG6A 3DMJA 4DFMA 4CI6A 2O8CB 2YHBA 4JNEA 5LMUK 4KB0A 3EZWA 3DAWA 1NK6A 3ZETB 1N8RO 2F8SA 3C94A 1MWMA 3DYAA 3CCRN 3V9WA 4JD2A 1C0GA 1RDUA 4CJ3A 4EHUA 2QWLA 1KFDA 4H4OA 2GX9A 3D2FB 5FPEA 3SNNA 4DF4A 3V4IA 3L2UA 4OKKA 5AQLA 2VYPA 3DLKA 5AQWA 1NGDA 1TKZA 3V6DA 2HHHK 4KHWA 5AQJA 5C0YA 4CEBA 2CGJA 3OYDA 4BDYA 1QZ6A 1T7PA 3ULEB 5AJ3K 2UU9K 4E7IA 2BGGA 4FZZA 4JKHA 3K57A 3THYA 2W6KA 1BOTO 4FWNA 3SUQA 3QNOA 3CC7N 2QW9A 3OTOK 2IOCA 4GV3A 1P90A 1ZBSA 4H5VA 4DTNA 4H0OA 1S6PA 4JN4A 4EHTA 4ILHA 4LF4K 3VQ4A 4JS4A 4CJSA 1NK0A 1WAJA 1NMNA 1C0MA 2G8HA 4I9QA 2PBDA 5HLFA 5HRRA 4CFCA 3SI6A 4FK0A 3PV8A 3SMSA 4IFYA 4CK2A 3TAFA 1J5OA 1KLMA 2NLXA 3T7ZA 4DUZK 5E41A 2QKKA 1IH7A 3NBPA 3PY8A 1ZBHA 2ZJQL 3J81O 3SQ4A 4BC5A 4DR4K 2D5RA 4FWOA 3HPOA 3LDOA 4CJPA 3DRSA 4EP5A 2FLOA 3JSMA 1LWEA 1NJZA 3LALA 4Z4IA 3VENA 3SAGA 2HHSA 3I0RA 2FBTA 4NB4A 4KI4A 5AQIA 4MDBA 3TPQA 3P38A 4F3TA 2ZJPL 3V81A 3HPGA 1IO2A 3TSUA 2WUSA 1QTMA 3OYAA 1W9HA 4N5SA 3FZHA 2ZF5O 3PX6A 2KHOA 1VQ6N 3VQ5A 4HWIA 5HROA 1Q9YA 2BDPA 2KLAA 1R0AA 2IVNA 4FPBA 4B1VA 5FPDA 4B1YB 1VQON 1XC3A 4JI7K 3F2KA 3RRHA 4FWLA 4IEIA 4O4GA 1SV5A 4CIFA 5M1KA 4CBUA 1MU2A 3SUOA 1M90O 3FFKB 3O9RA 4YHHK 2VGNA 4Z4HA 4DS4A 3H1VX 2O8BB 3RR7A 1GLFO 4EZ6A 1NGBA 2DFFA 1ZBFA 3HVRA 1RTIA 4CJUA 1BIZA 3K9KA 1CZ9A 2WTUA 1XHZA 3W3DA 2AP1A 3C7NB 3TU5A 4BE1A 1S1WA 2P9UA 5M1PA 3UE5A 1SQKA 3DXMB 4NXMK 4HHTA 3K2PA 3VTHA 1WSGA 4DS5A 1K9MO 2XY8A 1EX4A 1JL1A 1D4XA 4RTFD 1BO5O 2ETJA 3O3FA 1Z6RA 1L3VA 2E88A 4IDKA 4FVMA 5I9EB 3TANA 3KK2A 4JHDA 5DM6L 1FK9A 1RFQA 2E4LA 4XH1A 4LH4A 3FR0A 3THWA 1RBTA 4BRNA 5KQ8A 3M8QA 3FZKA 5A2QO 1Q82O 3QEXA 5LL6Z 4CJVA 1HKGA 2BANA 2RPIA 3QICA 1WNSA 3K9JA 3L3VA 4FVUA 1RBUA 2ASOA 3VMFB 4FM2A 3QEWA 1TKDA 4CE9A 3A5MC 2W42A 3ZT2A 3KZBA 3CM5A 5BRHA 4AHUA 2W6LA 3AO3A 4X65K 3HVTA 1E4GT 3CIPA 4PHTX 4GV9A 5GIPA 4EIAA 3P1GA 1K8AO 4CHPA 1U2VB 4N76A 1X3NA 1TUYA 5HOOA 3PLAA 4M3UA 2YHWA 4BRAA 5D3GA 1JLCA 1JLBA 3O9UA 4OPJA 4ZTJA 4A59A 2A6AA 5EY4A 4PWDA 5LMNK 3AA4A 2V52B 3MCAB 3OYEA 5IWAK 3B6OA 4FLTA 3NAEA 4FLVA 4JKFA 3D45A 1SZ2A 2PYLA 4OJRA 5AQVA 3OY9A 3DWLA 3AVIA 3LM2A 3NMUA 1S1UA 1LAVA 1YITN 2YI1A 3BGRA 1GOBA 4O5BA 1KXPA 4FK4A 3KWIA 3KLGA 3RRGA 3TAGA 3VQQA 2YKNA 4XH5A 4CZFA 1BL3A 2QA4N 3CJ7A 4CEFA 1N6QA 1JLEA 4ID1A 3L4IA 1YT3A 1LV5A 5FRNA 3NDKA 3QIPA 5CR4A 4E7KA 4I2PA 4MO4A 2O8FA 4FWSA 4N47A 1WUAA 3RMAA 5F1XA 1QQCA 3QFUA 3OYNA 5I42A 1SS6A 2UYTA 3HPHA 4IG3A 3TTDA 4WF9L 3O1BA 4WCEL 3WNEA 3LDQA 3QFPA 3G6EN 1CZAN 3ZX3A 4WQ4A 3D2EA 3PIOL 4YORA 1Q81O 4JK9A 4JKEA 4CJEA 4Z94A 4E7JA 4BWJA 4KH5A 3E1YA 4AHSA 2V7ZA 3GE1A 4DR2K 4KRFA 3C65A 3A5NC 3CXCM 2IAJA 2FF6A 2LSNA 1IKXA 2VQEK 4CW7B 3CPWM 4WFNL 2YHXA 2UUCK 1T6DA 3ZSOA 4E7LA 3SMPA 3S3OA 3ZT1A 3I8BA 4BR9A 5TKYA 5FPMA 1U49A 2OYQA 2YNHA 3ZX2A 3U6FA 1GOCA 1IBMK 4E1JA 1JJ2M 4FZYA 2D0PA 1KQSM 3E9PA 2F9TA 5B8HA 1L3UA 1HKBA 1JCEA 1SKRA 1Z26A 1S3XA 1GLAG 3CJCA 4X62K 4KPYA 4JLHA 3FFIA 3LPTA 4F4KA 3T3FA 4FJJA 1TL3A 1UWBA 3H46O 4H5TA 4NCBA 1XHXA 3VEXA 1DTTA 2F7TA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5GIN A;  2X6N A;  4GVM A;  3M8S A;  4K42 A;  1W2B M;  5JVG L;  4JHD B;  1Q9X A;  4F2S A;  4NYF A;  3RMD A;  2GEL A;  3HO1 A;  5AZI A;  3THW B;  4DR3 K;  5FRM A;  3NF9 A;  3HM9 A;  1CXU A;  4FJI A;  4CGD A;  3LAM A;  3IDH A;  2KZM A;  3TAM A;  4NYN A;  3HJF A;  3QES A;  4CF9 A;  3AVA A;  4I6M B;  4YFU A;  2F9W A;  1X9W A;  2HF3 A;  4BRG A;  2X74 A;  4B9Q A;  2KW4 A;  1T44 A;  2JGU A;  3A5O C;  3U8X A;  3OA9 A;  3VF2 A;  3BZK A;  4RW4 A;  3CJB A;  1NGH A;  1OH5 A;  2FBX A;  1W0H A;  5AQO A;  4RG8 A;  1VQ8 N;  4QS7 A;  3OW2 M;  3DM2 A;  4CZL A;  2Q1N A;  4JK7 A;  3VQA A;  4DV1 K;  4CJR A;  3SQ1 A;  3TTC A;  4JI6 K;  4JI8 K;  4AHV A;  2Z1J A;  1FXX A;  3CPE A;  2OA8 A;  1TYQ A;  5LJW A;  4FOE A;  4LFB K;  3ZET A;  4FJ8 A;  4BY9 C;  1KVB A;  4F9O A;  4IO9 L;  2UUA K;  4CJT A;  2HHU A;  1NOY A;  4M3Z A;  5AQZ A;  3EEQ A;  3O4N A;  4KTZ A;  3EE9 A;  5FLX O;  1EWR A;  1BA1 A;  1NKC A;  4E1N A;  3QEV A;  3SQ0 A;  2NRZ A;  4X64 K;  1TL1 A;  3V9U A;  1MA9 B;  2P9S A;  1SAZ A;  4RW6 A;  2D0O A;  5GAH P; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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