1Q86O

Crystal structure of cca-phe-cap-biotin bound simultaneously at half occupancy to both the a-site and p-site of the the 50s ribosomal subunit.
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural insights into peptide bond formation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal rna
molecule tags Ribosome
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-08-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1q86O00
1M1KO 1KQSM 1K9MO 4IOAL 3CF5L 1Q82O 2ZJQL 1YITN 1KD1O 1Q86O 2QEXN 1K8AO 3J7ZO 1VQ8N 3G4SN 1YJNN 1M90O 5HL7L 2ZJRL 5DM7L 1VQMN 1YI2N 3CD6N 3CCVN 4U67L 5DM6L 1ILYA 3CC4N 3G71N 3CCRN 5GAGP 3I56N 3CCSN 1W2BM 2OTJN 4UY8O 3CCJN 1YJWN 3CPWM 2ZJPL 1VQKN 3I55N 1JJ2M 4WF9L 1QVGM 3PIOL 1QVFM 1N8RO 1S72N 1VQNN 3OW2M 1NJIO 1YHQN 3PIPL 1YJ9N 1VQPN 5GADP 3CCQN 3CCMN 4IO9L 4IOCL 4WFNL 3DLLL 1VQON 3CCLN 1VQ6N 4WCEL 5JVGL 1OVYA 2OTLN 1Q81O 5GAHP 1VQ5N 5GAEP 1VQ7N 1VQLN 4WFBL 3CMEN 1VQ9N 3CCEN 3CMAN 5JVHL 4WFAL 3CC7N 3G6EN 5H1SQ 1K73O 3CC2N 3CCUN 2QA4N 5MLCQ 1Q7YO 3CXCM 1KC8O 1VQ4N 1YIJN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ID8A 2O8BB 4FOIA 1ATNA 3DLBA 4BRDA 4FZYA 3TAPA 2O8CB 2ZJQL 4ILJA 4W5QA 3QNOA 4IXCA 3C7NB 5BRHA 4FXDA 1CXQA 2FBXA 3CJCA 3RSEA 2I5JA 2W6LA 4H0OA 3SBTA 1RDDA 1BCOA 3EO3A 3K9KA 5C2FA 3OVNA 4JKBA 3P4IA 4DR5K 1HNIA 3SQ0A 3AO5A 4OKKA 3VQEA 3O80A 4ILHA 1WUAA 2Z1GA 5AQZA 3M8PA 4JKDA 1YI2N 3CCVN 3NAEA 3U3YA 4CF8A 5AZIB 3H08A 3EL2A 2ATQA 3VF2A 3ZETB 1JLFA 3P38A 4E1JA 1T6CA 3H6EA 3CPWM 4XH5A 4DFPA 1HLUA 2R7YA 3QETA 1JXEA 1TYQA 1GOCA 4ZTJA 4W5TA 5HRRA 4QAGA 1TKTA 1HNZK 2Q97A 3QFUA 1N34K 3R3LA 1NK8A 2A5XA 4CJ3A 1QZ6A 5AQNA 3TSPA 1S9GA 4XH4A 3PO4A 1MA9B 2HVIA 1LOTB 1KLNA 3DLKA 4DS5A 1QZ5A 4JRQA 2OANA 1VQNN 1VSJA 3B6PA 2X74A 4M7YA 5GADP 3CCQN 3KD1E 5F1XA 3LZIA 4DCHA 1NNEA 4BRFA 3CG7A 4CZEA 4DR7K 4CJQA 3BY5A 1JCFA 5AQLA 1F21A 3KZBA 4RWTA 4QS7A 1T7PA 4FPAA 3ZX2A 3QERA 1VQ5N 4IWVA 4H5WA 2UU9K 1Z05A 4AHSA 5KTQA 4FCYA 2QW9A 4AHUA 1CZAN 4Q5VA 3VQ6A 1S6QA 5AFUH 3ZT2A 3WNFA 3JS6A 3DXKA 3DXMA 5DMRA 3KK3A 4NYNA 3S3OA 4EHTA 4Z0UA 4FJMA 4BRGA 1VHXA 2NUBA 1RDCA 1X9WA 4KRFA 4DQ8A 3THXA 4GV9A 1YT3A 4O0IA 3ZLJA 1NJXA 3GOIA 4CGIA 4B9UA 4H5VA 4JI4K 1TAUA 3DLRA 5EVZA 1XC9A 3DOLA 2GUPA 1HPMA 3IMXA 2P9UA 2EX3A 5DM7L 3KLEA 4KPYA 3WEEB 4IJAA 2ZF5O 2GBZA 1U2VA 5AQMA 1XHZA 1IKYA 3CC4N 3MEDA 5J1EA 1TL1A 3OYCA 4B3MK 1RBSA 2OTJN 2W6KA 3ZT4A 3HOTA 3LDPA 1S3XA 1KAZA 2EWSA 1E4FT 3WXJA 1GLCG 1IKXA 2IAJA 4E1MA 3LM9A 3WXLA 1BUPA 4A5BA 1QVGM 4DTUA 4DV3K 5BR8K 4GY2B 4KKOA 2B6AA 4YNQA 3PIOL 4FVUA 5A2QO 4C23A 2P9NA 2YKNA 3V9SA 3TTFA 3VEZA 4C8KA 4WE1A 1YHQN 3OS0A 2BANA 4DR6K 1HNWK 4DLEA 1C1BA 1W0HA 2ASOA 3DLLL 1GLEG 1VQ6N 2OPRA 3ZT0A 1GLLO 4DTXA 3ZSWA 4E7IA 4ELUA 3GE1A 1VQLN 3M8RA 4LH5A 4DV7K 4I6MA 4EZ6A 1NGAA 2BTFA 3AO2A 3QICA 4M63C 4CF9A 3U9ZA 1KCFA 3C94A 3M6GA 3HP9A 4CHYA 1VSFA 1J9AA 1QQNA 4CHPA 4B08A 1GLBG 3D45A 1R0AA 1L3VA 1TK0A 1JCEA 4DF4A 1A5WA 4U7BA 1SAZA 4H0TB 4FVMA 4CBWA 5HRNA 2HHTA 5FPMA 3ATUA 4DFJA 5ELZA 4GKJK 4Y1CA 3OYJA 1JXBA 3VENA 4CVNE 1D9DA 3O4QA 1FKOA 2D0AA 3A8YA 3GDQA 1T6DA 4DV0K 5FROA 1LCUA 4CERA 4OGEA 2FBYA 1KFDA 1BCMA 4J2AA 3EKUA 2IVNA 3RMDA 4BRKA 2G8VA 3O1BA 1N6QA 4CCHA 3VTIA 1U47A 4YOVA 3AVIA 3NF7A 3LWLA 4BVPA 1I94K 1MWKA 2GTDA 2IIRA 4AHCA 4CK2A 3L2VA 1SV5A 1KVBA 4LFCK 5CE3A 1C1CA 1LW0A 1VSHA 4U67L 5JLHA 3TAFA 3CERA 3RMBA 4KH6A 3CCRN 1Q9YA 4FK4A 4AQYK 3QB0A 1S1VA 3CCJN 1YJWN 1JKHA 4DB3A 3QIOA 2KHOA 4DQRA 4E89A 3MX2A 4KTQA 4LD0A 5AQFA 3ZSXA 3OYEA 1RDWX 1SKRA 4BC3A 4EAHD 5C10A 1XUPO 4FJ8A 5HROA 4GMJB 5TKWA 3J7AP 1EWQA 3H45C 4YHHK 1S72N 4DV2K 3LP0A 4FWPA 4PL8A 3VEWA 2FLOA 4DFKA 3DLGA 3DRRA 1N33K 4N47A 1C0TA 4YDUA 3SYZA 2XY6A 3ALYA 3CCLN 5FPEA 4BRQA 3SJJA 3AA3A 3R6MA 4M3UA 3FZMA 2QWNA 2AJQA 1BGXT 4WQ4C 4YOXA 4BROA 3LAMA 5AQJA 4FJLA 4QS8A 4LF8K 4CIGA 1KRPA 4CGDA 2ZWHA 1G99A 1HKBA 4BC5A 1QQCA 1LAVA 1XQSC 3CC7N 1X9MA 3TARA 2GUIA 3TU5A 5BRFA 2QWMA 4CD3A 3CI5A 2HB5A 3KKSA 4IFEA 1NKEA 2P9KB 3C7NA 4KHPK 2RPIA 1YIJN 3MX5A 1M1KO 2QXLA 4BG8A 3VESA 3L0QA 5AQHA 4K8ZA 5SWMA 3SCXA 3U3GA 2A1RA 3RMAA 3QEPA 4X65K 2D0BA 4JAXA 3F73A 1WB9A 4BC2A 4A2BA 3VA3A 3RRGA 4CFDA 4E3SA 5AZIA 2D1KA 4B1WB 3WXMB 5DK5A 5M1OA 4CGJA 3VOVA 4F3OA 1W97L 3AGRA 1QHTA 3ZETA 4PQUA 3MECA 4AM6A 4FLWA 1KXPA 3A5MC 3G71N 4JNEA 4QOZB 1ASWA 1XMOK 4Z4EA 3I55N 1HRHA 1DTTA 3JYTA 5JMVA 3VEVA 1T03A 4DTJA 3BZCA 1QVFM 1XI1A 4KREA 2UXCK 1RDBA 1UA1A 4OPHA 3S3NA 5AJ3K 5AQVA 1WAJA 3S41A 1NJIO 4J2DA 3OYMA 3VPZA 2QI2A 4ICLA 5JICA 4BG9A 2F4VK 4IO9L 3VEXA 4CZHA 4Y0WA 3DJCA 3DOKA 4FJ5A 3C6AA 4RTFD 3LALA 4IOXA 1NGHA 3VQQA 4WCEL 4DUZK 3TSUA 3SMSA 3D0PA 5GINA 4DU1A 5GAEP 1W9HA 3QEIA 2OZSA 4L3QA 4I9QA 1QE1A 4EZ9A 3UKUB 4F2SA 2GWJA 1SQKA 3DRPA 3CCEN 3AVLA 4NLCA 1WLJA 4KAZA 5ADXH 4DUYK 5EY4A 1R59O 1YTUA 3K5LA 4WFAL 1V4TA 3ZCMA 1OH7A 4CEDA 4CJWA 1S1UA 1NWKA 3CQYA 2HBLA 4BRIA 4IKFA 5HRSA 3LWMA 3KJVA 4N5SA 3CXCM 2F8SA 1DEJA 4FJXA 1IJJA 1K9MO 2QWRA 4CE9A 3T7ZA 1NM1A 3A0IX 4GV3A 2CGLA 2IGIA 2OYQA 3WXIA 3B8AX 1TL3A 4MQ3A 3AGKA 3QBWA 4QS9A 1RDAA 1B9FA 3QO9A 4FSVA 1ZBIA 4B1UB 2ITGA 5E26A 4LF9K 3TAGA 1XHXA 1T44A 2HHHK 4CEEA 4W5RA 3T1AA 3HVTA 3ZX3A 3KWIA 1HYZA 4ZTFA 1XNRK 1X3NA 3EE9A 1RTHA 3I56N 1D8YA 2CH6A 1NU0A 3S3MA 3NVKA 1YAGA 3L2WA 5KPZA 2P9IB 1IH7A 3MN9A 4G1QA 4Z4FA 4FO0A 3MN7A 4CEQA 1QSYA 3VEOA 5M1PA 4JHDA 4CEZA 4JI8K 4A2AA 4B8CA 3TTDA 5CHIA 4GKKK 2GWKA 3UE5A 4CFAA 1JCGA 4JEPA 4JI1K 1EQYA 4H5TA 4DSLA 2W41A 1JLQA 4FOEA 3LP2A 4DQIA 5KGWA 1WSHA 3AVJA 1LWFA 4MO4A 4BDYA 2LSNA 1LWCA 4BRLA 1VQON 3WNGA 1WOQA 4DQPA 1O13A 3VQ7A 3V9ZA 2HHXA 3SPZA 4FW1A 1OVYA 3E9PA 4JKCA 4F2RA 1NGEA 2KZZA 3VEYA 4LFAK 2F8TA 2Q31A 4WFBL 3O9RA 3DLHA 4B9LA 1U4BA 4O5BA 3S9HA 1LAWA 3UIQA 3CYMA 4CK3A 4LF6K 1C1AA 1KLMA 2KFNA 2G8UA 4ID5A 3SUOA 3AA4A 2I7NA 5JS1A 3MDQA 1SS6A 5LY3A 4JKAA 2ASMA 3WNHA 3UB5A 4FLUA 1NMDA 3KD5E 2UUBK 2NNWA 2IC3A 4JKGA 3OBYA 3ISNC 3BZKA 1NKBA 3THWB 4PWDA 3ZEUA 3CF5L 5AZJA 1Q86O 4H4MA 3J7ZO 3EN9A 1U45A 3TSQA 5KRSA 1GOAA 4LC9B 1DLOA 4AHRA 3SUPA 4FJNA 4CJKA 3QESA 3LDQA 1K6YA 3QDKA 4BE2A 3ZX0A 3EKSA 5DM6L 1S5JA 2Z1JA 2O4GA 5KPTA 4KFBA 1X9SA 4CZJA 2ASPA 1GLDG 3P5JA 4MDAA 2O8EB 4B9QA 3WXKA 1O1WA 5HRPA 1J5OA 4WF9L 1FXXA 2IVOA 1D9FA 4JKHA 2E8AA 4JLHA 1DT9A 4EIAA 5HBMA 3HTVA 2G8HA 3C65A 3LM2A 2DPNA 1KFSA 4KI6A 2RHKA 4NCAA 1BQNA 3CFRA 4DSFA 3AVHA 1YJ9N 4FJGA 1T05A 3SK3A 1KAYA 5LJWA 1RGIA 2QXFA 1S1TA 4ISGA 3FFKB 4JK8A 3RVCA 4RCHA 3T1YK 1EP4A 5JVGL 4PUOA 3R8EA 3HOSA 4AILC 1EWRA 3DRSA 4NB4A 4Z4HA 4DU4A 1B92A 3AA2A 3CMEN 2A40A 3DMJA 3J80O 1BI4B 1TKDA 1FW6A 5I42A 4CJEA 2P9SA 4PHTX 4CBUA 3DYAA 3VQ8A 2ZQBA 4KB0A 4Z4GA 3OYBA 3E01A 3QFPA 3HBTA 5JLFA 3T19A 1BU6O 3G0ZA 5H1SQ 1BA1A 2Q0UA 3PUFA 3IAYA 5AQXA 3OYKA 2G8IA 4B3SK 4AM7A 3TAMA 4IOAL 5GIPA 3HP6A 3H1QA 1BQMA 1KTQA 4CJRA 5LL6Z 3LL3A 1YITN 3TTCA 1K8AO 3NBPA 3ENHA 4CIEA 3KLFA 3VQ9A 1VQ8N 1YJNN 2P51A 3TPQA 3SAFA 2ZGZA 2A3ZA 3QLHA 1LV5A 2F7TA 2QWQA 4B1YB 3OYIA 4C8OA 3SQ4A 1TAQA 1NJWA 1HKGA 1IG8A 4FWOA 2FXUA 4FW2A 1BIZA 4HCBA 2OPSA 4CF0A 4UY8O 5ADXA 4DTOA 4G9ZA 5FPDA 1FJGK 2FC0A 1HNVA 2QWPA 2HSTA 4ZHRA 1BG3A 4LH4A 4F4KA 5J2PA 4GVEA 3ULEB 1LWEA 5C24A 4JS5A 1HYSA 4FL9A 2XY7A 3LDSA 4Y1DA 2WFBA 4JD2B 4ELTA 1TK8A 1VSIA 4DSKA 3LP1A 1NK4A 3LDNA 3RWUA 4OKJA 5JS2A 1HKCA 1X1PA 3O9TA 4A62A 4AHVA 3U8XA 4B3RK 1VSKA 3AVNA 4CJLA 1S9EA 4NXNK 1P8ZA 1JLCA 4CZGA 5AQPA 4BGBA 4FWRA 2O8FB 1JLEA 3AA5X 2IS3A 2G8FA 1BISA 4E0DA 4I7FA 1WBBA 3CCUN 3I8BA 3L4IA 2HHWA 4X64K 3LAKA 2F9TA 4FJ9A 2GELA 1NK9A 2D0CA 3U9DA 4KHQA 2HNZA 3CJBA 3NGYA 1XWLA 4KBOA 4JYAK 3AVCA 3CFOA 3I0RA 1MU2A 4YOTA 3PV8A 1NOYA 2HHSA 1ZYQA 1CZ9A 1ATRA 3OTOK 1ZC6A 3ZSZA 5FPNA 4LY7A 3O5BA 4CGHA 4K41A 3CD6N 4BR5A 3D2FA 4PKGA 3ZSOA 3MEGA 4DG1A 1WSIA 2VQEK 1ILYA 5GAGP 5IWAK 2KW4A 2X78A 2G8KA 1JLBA 4CFBA 5AQRA 3V1OA 4XEIA 3K59A 4FLZA 3HM9A 4CZFA 1RT5A 3MXIA 3HPGA 3E66A 2P9PA 3VF6A 5C0YA 4Z4IA 1J6ZA 4FJJA 3QIPA 4FPBA 4OPKA 3O9UA 1JL2A 3CM5A 3NHGA 3PX4A 1XMQK 3VGMA 1HJRA 3AAQA 3H46O 2HBKA 3NMUA 3O8MA 3THVA 1K8KB 4FJ7A 2KFZA 4IFVA 2UYTA 3RR7A 4CJ4A 4R79A 1RILA 3VQ4A 1RDUA 4CF1A 3IUCA 3L3UA 1IBMK 4H03B 4RW9A 3QEWA 2YNGA 1CXUA 1HJOA 5AQTA 2V7YA 4O5FA 3NE6A 1RTDA 3C95A 1SL1A 2JGUA 2A42A 3THWA 4K42A 3RSEB 2P9LA 4CESA 1VSLA 2KKZA 3AVKA 3L4QA 4IO8A 1K73O 1Z26A 2YHWA 4W5NA 3OY9A 2YHBA 5AQUA 4FZZA 4OPAA 3V1RA 1DGKN 3FR0A 2NZTA 1EKEA 2WC9A 3K5OA 3PSIA 1KD1O 1J53A 2DFFA 1FK9A 4AHTA 4FWSA 1Z6RA 4IG0A 3BP8A 1QS4A 3HZ6A 1TYQB 1NGGA 2O8BA 4GW6A 3ZT1A 2O8CA 3WUHA 1VQMN 1VRTA 3HM8A 3L6QA 1RT6A 4JI0K 4J2EA 1NGIA 1KSPA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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