1Q86O

Crystal structure of cca-phe-cap-biotin bound simultaneously at half occupancy to both the a-site and p-site of the the 50s ribosomal subunit.
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural insights into peptide bond formation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal rna
molecule tags Ribosome
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-08-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1q86O00
1YJNN 5GAGP 5DM7L 1VQPN 4UY8O 3OW2M 5HL7L 5MLCQ 4U67L 4IO9L 1ILYA 5GADP 4WFAL 3CPWM 4WFBL 1M1KO 1VQ9N 1VQ7N 3G71N 1K8AO 1VQMN 1JJ2M 5DM6L 3CC7N 3CCVN 4IOAL 3CCQN 1Q86O 2ZJQL 3CXCM 1Q82O 3J7ZO 3CCUN 4WCEL 1VQON 3CF5L 5GAHP 3CCLN 3I55N 3CCMN 1K73O 1NJIO 1KC8O 1VQ8N 1QVFM 3DLLL 5JVGL 3PIPL 3CCRN 1VQ4N 3CC2N 1OVYA 1Q81O 1N8RO 1YJ9N 1KD1O 1W2BM 1VQLN 3CC4N 1YIJN 1KQSM 1VQKN 3CD6N 1YHQN 1YITN 2ZJRL 3CCSN 3PIOL 1QVGM 3I56N 3G6EN 1YI2N 3CMAN 3CMEN 3G4SN 4IOCL 1VQ5N 1VQNN 5JVHL 4WF9L 1S72N 2QEXN 1Q7YO 1K9MO 2OTJN 2ZJPL 4WFNL 1M90O 3CCEN 5GAEP 2QA4N 2OTLN 5H1SQ 1YJWN 1VQ6N 3CCJN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YOUA 3EYZA 3KJVA 4UY8O 3OW2M 1T7PA 3CFOA 4F8RA 5KPTA 4EZ6A 4BR9A 4FOIA 3PSFA 1BGXT 1BUPA 2IVNA 4KHYA 1Z26A 4CJQA 1G99A 3M8PA 2UXCK 1QZ5A 1RT2A 2VWBA 3LDSA 1R59O 4OLBA 4IJAA 2F8TA 2Q97A 3IDHA 4JLHA 3NH2A 2WONA 4B9TA 4CJ3A 1UA0A 4DV6K 3QIPA 2O8FB 3WEEA 4EZ9A 5GAHP 1RT7A 4CD1A 4I7FA 3CCMN 1VHXA 1RTJA 2BE2A 3AARA 1DTTA 3MECA 5CYQA 4RWTA 3T19A 3NVMA 1LW0A 4KKOA 3TANA 3PIPL 2FLOA 4W5TA 1WAJA 2W42A 4GW6A 2OPRA 3SJHA 3LL3A 4KTZA 2G8HA 1WUAA 3THYB 1KCFA 4AM6A 3ZETB 4BRPA 1NK0A 3BEXA 5LJVA 5JICA 4E7KA 1D9FA 3DWLA 4N47A 3M1FA 2PZSA 4CHQA 1DTQA 4Z4IA 3DYAA 4FK0A 4M63C 4YOVA 3KLIA 1GLCG 1LWEA 3T3FA 1TUYA 4IG0A 2I7PA 3MWTA 4CBXA 2IDOA 1LW2A 3OYLA 3GE1A 1KVCA 4H5RA 1C0GA 3U9ZA 4H0OA 4XH5A 1NGBA 2VG6A 3CCEN 2QW9A 5HBMA 4DLEA 3KLEA 3CJ7A 4CJTA 3BZCA 1NGFA 2FF3B 1QQCA 2VWKA 5GAGP 1HNZK 3MEDA 4DSJA 2A1RA 2YHBA 3MXIA 3MN5A 4JI0K 5EY4A 1I94K 4C8LA 4CECA 3OYAA 1VSLA 4JRPA 3AA5X 4DV7K 3SZ2A 1P8ZA 4AHTA 2P9LA 3W0LA 3L6QA 1JXEA 3IS9A 4CHNA 4JD2B 3V6DA 4FJ8A 3I0RA 3VENA 4KTQA 3I33A 3SJJA 5AZIA 1VQ9N 4ID5A 1NGDA 5AQXA 4CJFA 3CERA 4OPHA 4JI8K 1YTAA 2KFZA 3QNOA 4E1MA 3O3GA 3UKUB 4B9LA 1RCHA 3G10A 3J7ZO 4E7HA 1VQON 4DTRA 1N36K 1XWLA 3MXJA 2F8SA 3AVCA 3WXKA 2X78A 1XI1A 1NWKA 4PKIA 3G25A 4YY3K 4BDZA 2QWRA 3SAHA 4KH5A 1S1WA 4LD0A 1W0HA 2YKMA 3CCRN 1I3AA 1TVRA 2HSTA 4OX9K 1XHXA 3O6WA 4ILHA 5AQSA 3VQ5A 1W2BM 4CZHA 1Y97A 4BQZA 1XHZA 5AQUA 3FE1A 3BF1A 1S1XA 4TSXA 4DUYK 4DQ8A 4LF6K 3VQPA 2AJQA 1WSHA 3AGRA 3PX4A 4ELTA 4NYFA 2XO7A 3S41A 2D0PA 4A2BA 4FWRA 3A5LC 1QVGM 5BRFA 1DGKN 1NLVA 2O8FA 1VQ5N 3RMAA 4C23A 4CF8A 4LSLA 1U48A 3CJ9A 3OYNA 1HYSA 1SKRA 5BN9A 4B9NA 2Z1JA 3VQ7A 1X3NA 2OTJN 3R9PA 2HB5A 3RSEB 4GNIA 2UUCK 2D1KA 1L3VA 3NF6A 4YDUA 4N5SA 1XMQK 1ZYQA 2OPPA 3OYMA 1T6DA 4JI6K 3M8QA 5E41A 3KHYA 4HHTA 3THYA 1YXQA 4CF0A 4IDKA 3ZETA 1NJYA 1HQEA 4JRQA 3DM2A 2QWMA 4CZEA 4CHYA 4DFPA 3L2VA 4OPKA 1XQSC 1JJ2M 3DRSA 4CD3A 3L8BA 1H1VA 2A3ZA 3SQ0A 1BOTO 2ITGA 3TAFA 2QWLA 4X66K 4F4KA 2P9KB 2O4IA 3P39A 2PYLA 2GX9A 4OO1J 4FJHA 4FM2A 2F96A 3D0PA 1JLCA 4PA1A 4QS7A 2HBMA 2Q3SA 1TKDA 1D9DA 1XMOK 4NB4A 3VF4A 5HP1A 3HT3A 3OYIA 1NK6A 1N8RO 4A61A 3ZX2A 4YOTA 3O1BA 3R1XA 4JD2A 5BRDA 5M1FA 2OZSA 4KAZA 4NXNK 4M3UA 3EKSA 2ASOA 5A2QO 1NK8A 4FPAA 1YIJN 4DV0K 3NMUA 4CERA 1OH8A 5AQPA 3AO3A 4BC5A 4FWPA 4H5WA 5GINA 2HMPA 1X3MA 3VQ8A 3CCSN 3LM9A 2NRHA 3FR0A 3UKUA 3LAKA 3VF6A 4R79A 2O8CB 4Z4FA 4WQ5A 5J1EA 3D2FB 3ZEUB 1HR0K 3DJCA 1T44A 4RTFD 4RW8A 1HJOA 3HSTB 5JVHL 3LANA 3TTFA 3WT0A 5AQVA 3OVNA 1IKVA 2QA4N 4NCGA 2IAJA 4IFYA 3V4IA 1J53A 4IG3A 4BRAA 3L4IA 1VQPN 1B9DA 5KRSA 3GDQA 2WTUA 3EKUA 3J8AA 1ATRA 1RDAA 4FJXA 2FSKA 4JKHA 4IO9L 1ILYA 2XY7A 4A62A 3O3FA 2ETJA 1ITGA 3NHGA 2YHXA 4IBNA 3ZSQA 2W6KA 4OPAA 4EIAA 3NH1A 5HLFA 4BGBA 4JKCA 4CJVA 1JLQA 2HBJA 3L3UA 3EZ5A 3K59A 3PV8A 3HO1A 1S1TA 3CCVN 5FPDA 4Q0BA 4DV3K 4GVEA 2W41A 3E01A 4RCHA 4DTXA 1ATNA 4J2BA 4CIEA 3ID6A 2A1SA 3RSEA 4U7BA 1Q18A 4O55A 1RGIA 3SUOA 3T1YK 1ZBIA 2GWKA 3ZSXA 2D5RA 1LAWA 4GKKK 4IWVA 4KBOA 4CIGA 4BE2A 1NGCA 1OVQA 2NRVA 2NUBA 2DPNA 1Q81O 4CK2A 3ASMA 4B3MK 3BY5A 1C1BA 4NXMK 1VQLN 3UIQA 3SYZA 5AQLA 2IS3A 3J80O 1QS4A 1RFQA 4FJIA 3GOIA 1ZXOA 2DTUA 2OA8A 1JLGA 3EY1A 1FJGK 1RT6A 3QFUA 5TKYA 3HZ6A 3MN6A 2P9KA 2HHTA 3G6EN 4DWIA 4Z0UA 3CMAN 2YV0X 3O9SA 1WBBA 4B1XB 4C8KA 2P51A 4M41A 3VN5A 3ENOA 4BWMA 3S3OA 4QS8A 5C24A 4BACA 2QEXN 4WF9L 3QEIA 1IBKK 4DUZK 4WFNL 3ZT4A 2Q31A 2RF2A 3C65A 3MX5A 1RBRA 3AO1A 1RILA 1RBSA 4KHWA 4FWMA 1RTDA 1WSEA 2YJEA 3C95A 3NF8A 4E1NA 2Z1HA 4ICLA 1TKXA 3TTDA 3EN9A 3O9UA 3LPTA 3RMCA 3FZHA 1WN7A 1B92A 2P9IB 4FK2A 4CJ7A 4AF1A 2O8CA 3NGZA 1ZC6A 3S3MA 4CHOA 3RTVA 1JKHA 4R5PA 4OGEA 1X9MA 3D2FA 3ZEUA 2D0OA 3I0SA 3VEVA 4ISEA 4X65K 3OBYA 5M1OA 4CHPA 4WYBA 4JK9A 4DR6K 4FWOA 4CJWA 1RTIA 3CCUN 1WSIA 2VQEK 4FJLA 3I55N 3WXJA 3LPUA 5BPLA 4E0DA 4Y0WA 2VGNA 4JKBA 1ZBSA 2HNYA 4HVJA 1VQ8N 1NMDA 1RBTA 4JKFA 1G15A 4DF8A 3ISNC 1CXUA 4IJNA 4DR7K 4IOXA 5BR9A 2FBVA 1RNHA 3A8YA 4FJKA 1RDWX 3IUCA 4ISGA 3DOKA 3FZLA 4MO5A 3K5LA 4BDPA 1KVBA 4NLBA 1QE1A 3H1VX 2ATQA 4FO0A 5BPMA 4NLCA 3CM6A 1KFDA 4M3XA 1ASWA 3VQEA 1OH7A 3J81O 5BREA 1WSGA 1RDBA 4CGIA 4FJJA 3CMEN 1E3MA 2HNDA 3EEQA 3LDLA 3VGMA 3CPEA 3QERA 4F9OA 2P1JA 1Z6RA 4J8FA 2UUAK 4HTLA 3VPZA 2YNFA 3LALA 4FJ5A 5HRNA 3VGKA 1S72N 4MQ3A 3OYJA 1M90O 4DTJA 2P5GA 1VQ6N 2ZGZA 4YOXA 2NNWA 5C10A 4NCBA 4PKGA 5FRNA 4AM7A 2GELA 4A5BA 4K8ZA 3K5OA 3AAPA 4CESA 2HHVA 4JK7A 3MWPA 5AQQA 3KK2A 1NGGA 2GUPA 1P90A 2P9PB 3SAGA 1C0TA 3TWHA 4FLYA 1L5UA 4BROA 1D4XA 4XIUA 3KKSA 4BDYA 3DMJA 5F2RA 3HP6A 4JN4A 4DLGA 4OKKA 1NK9A 5AQJA 1K73O 2DY4A 4Y1CA 1ASVA 1EP4A 3QIOA 1IKXA 3M5RA 4LFAK 3LP2A 2FBYA 3T1AA 2FSNA 4KO0A 3OA9A 1E4FT 3V9ZA 5KPZA 2E2NA 3OY9A 1WB9A 2WFBA 3C6AA 3H3NO 1U47A 2PYJA 2YX6A 2P9IA 4O4GA 1HUXA 2YNGA 4JS4A 3AO2A 4H4OA 3OYEA 4M3RA 3I8DA 4KHQA 3L3VA 4B9UA 3O9QA 3CD6N 4ZHRA 4OLAA 1QQNA 1J5OA 4W5NA 3JYTA 3R3LA 1MWMA 1ZBHA 1IJJA 2ZM6K 4MO4A 4BRQA 5AZJB 3SV4A 1RDUA 3ZSYA 2P9SB 2UYTA 3T7ZA 1T05A 4Q5VA 3IMXA 3PUFA 3KK3A 2XRIA 3OTOK 4EP5A 4YDUC 3AVIA 2B6AA 3VEWA 5AQTA 4CHZA 5C12A 2G8UA 4PWDA 3U8XA 2H3GX 3VERA 1HPZA 5FROA 1NMNA 4OPJA 1Q9YA 3SNNA 4A2AA 3KWGA 1N5YA 5J2PA 4BE0A 1HKGA 5I42A 2DFFA 1SAZA 4BC3A 3TTCA 1NOYA 1FK9A 4F2SA 1C0FA 1GOAA 1WSJA 4DU4A 3IRXA 3K5MA 1RT4A 1J6ZA 1IH7A 1BWFO 3LP3A 4BR7A 5HROA 3LWMA 3OBWA 5DM6L 2I5JA 2GWJA 3WNEA 4BWJA 4CEEA 3D6RA 1SL0A 4B8AB 4FLWA 3QEPA 3BP8A 4K43A 4JKDA 3TPQA 3AVGA 3AVAA 5JLHA 4M3WA 5AQWA 4CJUA 3UKRB 5LMUK 4AILC 3NDKA 4AHSA 3WXMB 3PX0A 3L2WA 2V51B 3O4WA 3O08A 3QO9A 4E1JA 2G8VA 3VETA 2WUSA 1YVUA 5AQNA 2CGLA 2Q2RA 4CI6A 4CFAA 2P9NB 1TL3A 4G1QA 4BR0A 5KQDA 5SZTA 3PO4A 3O5BA 4JK8A 3NE6A 2OPQA 4BG9A 2BDPA 2P9PA 1NK4A 3J7YP 3DLBA 2PFUA 1KQSM 2FXUA 4HWIA 3CI5A 4XH1A 5M1QA 3CFRA 4DTUA 1C1AA 1BO5O 1NJZA 5FDLA 3A0IX 2HVHA 1FXXA 4WQ5C 3G4SN 4RG8A 4AH9A 1SL2A 2BANA 3P1GA 3L4QA 3PY8A 3M3ZA 3ATVA 3QETA 1N6QA 4DV1K 2Q0RA 3HRGA 4I6MB 3LM2A 3VQ6A 3CQ8A 4FCYA 2OTLN 2HHWA 4H8KA 4JHDA 1KAXA 2DFEA 1GLJO 2EX3A 1J9AA 2XY6A 4JI2K 3Q7CA 3RVCA 4O8UA 1YUWA 1CXQA 3AO5A 3HL8A 3HTVA 3LDOA 2FC0A 3CJCA 2IC3A 1S3XA 1JL2A 2OCEA 4C1NK 2BUPA 3TSPA 1IG9A 1VQMN 5AZJA 4M7XA 4CW7B 2HHXA 3DLEA 2P9SA 5AQHA 4EP4A 2YI1A 4IOAL 4ID1A 2E20A 1KRPA 1VSEA 3AVJA 3VQ9A 4CF9A 4V19S 1TUUA 1TL1A 1BI4B 3O4QA 5HRSA 1D8YA 1FW6A 4IXCA 1JL1A 2RE2A 3NAEA 5AQIA 2W6LA 1NM1A 1UA1A 5JS2A 4B9SA 4DR4K 3DXKB 3CFPA 5CZ2A 2E6LA 4FZXC 4O8KA 3VGLA 4FLVA 1K8KB 1VSKA 5AJ3K 1VQ4N 3AA4A 2JWKA 5KRTA 1KFSA 5CE3A 1KD1O 5KTQA 1FKOA 2X6SA 3K58A 2F9WA 5JS1A 1NGAA 1W9HA 5FPMA 3H45C 1X1PA 3D2EB 1HLUA 3AVNA 2ZJRL 3SMSA 4BY9C 1HMVA 4FWQA 4FWNA 4CGHA 1W7AA 2O8DB 2A40A 2HNZA 4W5OA 4ZTFA 4FW1A 2YNIA 3EE8A 3NGIA 2CH5A 4DS5A 2IIRA 3UKRA 4CIFA 4IOCL 3PX6A 5D3GA 1VQNN 2KLAA 4BRNA 3N4QA 4XEIA 3P5JA 3TAPA 4LH5A 2QXFA 2AA4A 4DKWA 1NGJA 3UE5A 3FZFA 2LSNA 2WC9A 2RKIA 4KI6A 1S6QA 3DXMB 3HVTA 5K14A 3DRRA 2ZQBA 1JCGA 3GBTA 4CJKA 1IV0A 1X9WA 4PL8A 2OPSA 1BA0A 4QAGA 3THVA 3FFIA 2P9NA 4DR5K 1YJNN 4HTUA 1I39A 1REVA 4FW2A 1EETA 1HKCA 3L2RA 4ELUA 3IKMA 4U67L 3THWB 2HBKA 3DI6A 4LY7A 3HP9A 3K57A 1HQUA 1EXQA 1ASUA 1V4SA 3EZWA 2CH6A 2A42A 1NGIA 4ILGB 3D45A 2F4VK 5AFUA 3DLRA 3G71N 4GKJK 1SKSA 4Z94A 2WOMA 1HX1A 4DFKA 2O8BB 3UB5A 2A6AA 1VSHA 1T8EA 3KLFA 3TAGA 1S6PA 3FGUA 4DR3K 4DG1A 4I6MA 3THXB 1ESVA 2ZGYA 3CCLN 2V7YA 5B8HA 2I7NA 4N56A 3VA3A 1HKBA 4I2PA 3SUNA 3KVGA 2YHYA 2FF6A 1WOQA 3HJFA 3MMVA 3NVKA 4B3OA 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3P83D 5CHIA 3ULEB 3A5NC 3OYKA 3PO5A 3KD1E 3VF2A 4JKAA 2QXLA 1BCMA 3ZSWA 3U3YA 4M3YA 3MK6A 3QBXA 4H03B 5EVZA 4A59A 3CIPA 3CJ1A 2O8BA 4DHYA 1BG3A 4DCHA 3SBTA 2VG5A 4LH4A 5CY4A 3JXUA 5J2NA 1MWKA 1U45A 5FPEA 1JLEA 3JSMA 1LWFA 3THXA 4BE1A 3IG1A 2O8EB 1ZBLA 3TAQA 1C1CA 3SBGA 3ZSRA 3WUHA 1EO1A 4FZZA 3HPGA 3O80A 4JYAK 4FYDA 1Q7YO 1K6YA 4KH6A 4CZLA 4E7LA 3PLAA 2OANA 3GL1A 3T69A 2QWPA 1CZAN 4DU3A 1YJWN 4LSNA 1BA1A 1L3UA 1KLNA 1XNRK 1EWQA 1RT5A 4BRKA 1RTHA 2GTDA 4BRMA 2DFHA 1NKEA 3M8SA 1QZ6A 4FWSA 2EHGA 5DK5A 4WFAL 2B4JA 4CVNE 3F9KA 4FZYA 3ENHA 3C7NB 3EO3A 2OZMA 1IBLK 1QQOA 2QWNA 4CK1A 1JLAA 1RT1A 4JS5A 2NRZA 3IFRA 2ZJQL 3AGKA 4BVOA 2G8KA 2QI2A 2HBLA 5JLFA 4X62K 5AFUH 2ZD1A 5KI6A 1TYQB 3K5NA 1VSJA 4KHNA 2NRWA 3OJUA 3J7AP 1IO2A 4MLEA 3TAMA 2D0CA 1X9JA 3O9RA 1KC8O 1GLDG 3BGRA 1ATSA 2A41A 2VQFK 4GVMA 5CYMA 3VQBA 4KREA 3HOTA 3WNGA 1N33K 3VQCA 1HNWK 4CBWA 4J2DA 3CC2N 1C0UA 2HW3A 3SQ1A 5EXWA 1TK0A 1S1UA 4MFBA 3OYBA 3K9KA 2IVPA 4YFUA 3QNNA 3KK1A 1YAGA 2Q1NA 4PHTX 4W5RA 4B9MA 3P4IA 4JKEA 4M3TA 3VEXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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