1QVFM

Structure of a deacylated trna minihelix bound to the e site of the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of deacylated tRNA mimics bound to the E site of the large ribosomal subunit
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal rna
molecule tags Ribosome
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-08-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1qvfM00
3CC4N 1K8AO 3CCUN 3I56N 3CC2N 1ILYA 1S72N 1KC8O 1VQ9N 2OTLN 4WFBL 1Q86O 1YJWN 1VQPN 4WFNL 2QEXN 3CD6N 3CCRN 5GAHP 1VQNN 2ZJPL 1YHQN 3CCEN 3CC7N 1N8RO 3CCLN 3G4SN 3CMAN 4WCEL 1YIJN 1VQ8N 1VQON 1VQ4N 4IOAL 5HL7L 3DLLL 4UY8O 4IOCL 5GAGP 3CCMN 5DM6L 1Q7YO 4WFAL 1YJNN 1Q82O 4IO9L 3OW2M 1YJ9N 1YI2N 1KD1O 1JJ2M 1VQLN 3I55N 1YITN 3G6EN 5JVHL 1M90O 1K73O 1VQ6N 1VQ7N 3CCJN 5MLCQ 3CCVN 4U67L 1QVFM 1VQKN 1NJIO 4WF9L 1K9MO 5GAEP 3CF5L 1Q81O 1OVYA 1QVGM 5H1SQ 2OTJN 3CCQN 3PIPL 1KQSM 1VQMN 3PIOL 5GADP 3CXCM 2QA4N 5JVGL 2ZJRL 2ZJQL 1M1KO 3CPWM 5DM7L 1VQ5N 1W2BM 3J7ZO 3G71N 3CCSN 3CMEN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3I8DA 3KVGA 1X3NA 3MAQA 2FBXA 4B9QA 3ALYA 4BGBA 4E89A 1K8AO 2E2QA 3SV3A 1NG9A 4ZTJA 4YOVA 3RMDA 4W5QA 3KLFA 4O0JA 2UXBK 3F5TA 3ZT1A 3CG7A 1FKPA 3TARA 3NVMA 1NKEA 3KLGA 3DI6A 2KKZA 1YTAA 4E7HA 5CZ2A 1KFSA 4JHDB 1T7PA 4FWLA 4RCHA 4ISGA 3I8BA 4DTJA 1LOTB 3OYMA 3K59A 4BREA 3QERA 4ELUA 1UA1A 5HRNA 1ZBUA 3A5LC 3FZFA 4FWNA 5JLHA 1RILA 2ETJA 3O08A 1XQSC 1X9WA 5AQSA 1RBUA 1YI2N 2RKIA 2NRXA 1SAZA 1T3VA 2UXDK 3ZEUB 1IBLK 1BCOA 2P5GA 2P9SA 4FLTA 1NK8A 4B9SA 3CCJN 3QETA 4JD2A 5MLCQ 1IH7A 3LDLA 4U67L 4CEAA 3N4QA 5J1EA 4DFKA 3IMXA 3P39A 3C6AA 1HQEA 1XC3A 3B6OA 2R7YA 3NF8A 3EYZA 1TV6A 1HJRA 4M41A 3ASMA 4FWRA 2HF3A 1U49A 4RTFD 3FR0A 3O4WA 2I7NA 3RTVA 1SKSA 4M3TA 4DSFA 3SAHA 2WUSA 1HYSA 1W97L 4KI4A 5AR0A 2D4WA 4K8XA 2WTUA 1HNZK 5KRTA 5CZ1A 4HUGA 1EP4A 4HTLA 4O4GA 1P90A 2YX6A 3FE1A 1HLUA 4K25A 2FSJA 4N5SA 3VEXA 4DQSA 4DR4K 4H5VA 3MN5A 4E1JA 5FPDA 1VQ5N 2P9LB 3C6HA 1SQKA 1W2BM 1NJZA 4JI7K 3WXIA 1LWFA 1Y64A 3U9DA 2O8DB 2YNGA 4CF2A 4CZEA 2QWQA 3UKUB 5AJ3K 3FFIA 1YUWA 1ATRA 1TK0A 4OX9K 2OPSA 1NK6A 2JWLA 1K8KB 3LP3A 1S6PA 3CFRA 3SLCA 5HRRA 3VERA 2OTLN 3MXMA 5E26A 5J2NA 4LSLA 2F8SA 4IJAA 3ZYYX 2DFFA 2YNFA 4AILC 4CIEA 4BVPA 3JYTA 1JLQA 1BL3A 2PAVA 4EP5A 3K58A 4MFBA 2PZSA 1ZBSA 2NUBA 5AZJB 1GLLO 5FROA 3EKUA 5AFUH 1YHQN 4FO0A 1SZ2A 2QM1A 4YNQA 2XY5A 1BGXT 4CZKA 4O44A 3QEIA 2YJEA 5HL7L 2W42A 1U45A 3IAYA 3O9SA 3E9LA 3A5OC 1VSIA 4CHNA 2HHXA 3NH2A 3ZSQA 3HPGA 5HBMA 2G8VA 3VQCA 3H45C 4CF8A 3LZJA 2FBVA 4JI8K 3G25A 3SK3A 3V9XA 4B1YB 4GMJB 2HMPA 3PV8A 5LMUK 4DR2K 1NK4A 1ZBLA 4AHCA 3NF6A 1EETA 3P4IA 5F2RA 4ZTFA 2O8EB 2YHAA 4JRPA 3HBTA 1X9JA 2Q31A 1S1UA 3AVGA 5E84A 4CJEA 4FJLA 1KLMA 5HRPA 1XI1A 4JKGA 4FVUA 3PO4A 4M63C 3BY5A 4AH9A 4AM7A 1HKGA 3TAGA 1NGBA 1ASVA 3V9SA 2X78A 2YJFA 4M45A 4GV6A 4IDHA 5BN9A 3NVKA 1BQNA 4F2SA 3CXCM 4QOZB 4FJXA 3HK2A 1N34K 4BE0A 3WEEA 2G8KA 3LANA 3VGKA 4CJRA 5CHIA 3CHWA 2O8BB 4A5AA 1KVBA 5KTQA 1VAZA 2VGNA 3DRSA 1ZBHA 4JI0K 2Q0RA 3M8RA 1CXUA 3VQ4A 3EE9A 1EQYA 3EZ5A 4DTRA 3K5MA 5M1NA 1WLJA 1S72N 4CCHA 3O5BA 3SQ2A 4FJ8A 3E9OA 3WQUA 3H6EA 3MEDA 3DM2A 3OJSA 4DTMA 2ZM6K 4CK2A 1C6VA 4KPYA 5BRFA 2G8FA 1T8EA 5I3UA 3CQXA 1OH7A 2F9TA 2KFNA 3QMLA 4CGHA 4MO5A 4PY5A 1NJWA 2G8IA 3M1FA 4C8OA 1RT3A 1NK7A 1X9SA 4C8NA 1TAQA 2QK9A 3THXB 1KAZA 4CZJA 3QDKA 2E6MA 3TAPA 4PL7A 1IKVA 1HMVA 1DTTA 3D2EB 4BR9A 4EP4A 4B3OA 4EHUA 1NGIA 4MDBA 3TAQA 3BUZB 2FC0A 4MQ3A 2RPIA 4F3TA 1GOCA 1M90O 1WB9A 2QXLA 3WT0A 2FSKA 4JI2K 3DLRA 2DY4A 4CHYA 4FWSA 3JAMO 1HKBA 2P1JA 1CZAN 4A61A 3ID8A 4FM0A 4A57A 1JXEA 1RBVA 3V1OA 4GKJK 3OVNA 4F3OA 4NCGA 4K41A 1RTDA 1B92A 4NXNK 2XY6A 3QFUA 2IC3A 1L3SA 1IKXA 4DTXA 3VTHA 4DR3K 5C10A 4JS5A 1EKEA 1NK9A 3A2FA 2OTJN 3MN7A 4BVOA 3SPYA 2Z1IA 3N4PA 2HNZA 4JI5K 4B8CA 4DQQA 4LY7A 5F1XA 3BEXA 4IWVA 4BROA 2E8AA 1DGKN 5C25A 4K8ZA 2UUBK 3M6GA 4BQZA 1T05A 3MWPA 1C0MA 1BG3A 2E5LK 4CF1A 4I7FA 1HKCA 2ITGA 2KTQA 2HBMA 1TK5A 4LF6K 4X65K 2NNWA 3VQBA 4CECA 4B3TK 3IG1A 3VQEA 4E7JA 4CVNE 1RT5A 4NYFA 4CJLA 4DFJA 1LWCA 4BR5A 4CEZA 1VSKA 4AHRA 5LJVA 4M3RA 5KGXA 1J54A 5SZTA 3BZKA 4CZFA 2PFUA 3QEPA 3AVNA 1MA9B 4DTUA 4K43A 4KKOA 1VSHA 2XY7A 1VQON 1E4GT 4IBNA 1NJXA 3K5OA 4E1MA 4PKGA 3DLKA 1NNEA 3SQ0A 3B6PA 2JLEA 4HHTA 3ZSOA 3NDKA 3NAEA 3CM6A 4WYBA 4YDUC 4CE9A 1FK9A 3SUNA 1BWFO 1N36K 3O9RA 4FWQA 5JMVA 3F9KA 3U4LA 5JVHL 3O4QA 1SL0A 1T6CA 1JCFA 1J6ZA 1GLAG 5I9EB 1GLEG 2HHQA 5LMNK 2XO7A 3SI6A 4K0KK 4CBXA 1DT9A 1W9HA 3OYIA 2E2NA 1J5OA 4GNIA 3AAQA 3BF1A 3VQ7A 1HYZA 1QSLA 3FZLA 1A5XA 4FJIA 3D2FB 3RSEA 3VA3A 3O9UA 1R0AA 2A41A 3ITHA 2GEMA 3VEOA 3ATVA 4RW9A 3U3GA 5KI6A 4YOUA 2PYJA 4ELVA 1S3XA 2D0OA 4KHYA 4BR0A 3CIPA 3CFPA 2PBDA 4JLHA 5HP1A 3CPWM 1BCMA 2OPPA 5AQWA 4H8KA 3EO3A 3J7ZO 4FOEA 1NGAA 4DQIA 3RR8A 2OCEA 2HBLA 4GV9A 4GY2B 3VEWA 3VQ6A 4A2AA 5AQJA 4FJMA 1HX1A 2CGKA 4XH1A 2YHYA 2G8WA 3PSIA 5C0YA 2BDPA 2NRZA 3M8SA 1VRUA 2HHHK 1X9MA 3U8XA 4CZHA 1C0FA 4B9NA 2P9UB 1LV5A 1BHLA 2F4VK 3CD6N 2YHBA 3DAWA 1HRHA 1D5AA 4LSNA 3QB0A 2ZJPL 4CEBA 2QWPA 2KFZA 5J2PA 1WSIA 5T7BA 4CGIA 1SL2A 1HNVA 3NGYA 4B1XB 1TKDA 1C0TA 3U3YA 4AF1A 1QQCA 1H1VA 1VSDA 1EO1A 1G99A 4DTPA 4KHSA 3E66A 4TSXA 1LAWA 3DRRA 4PA1A 2QWRA 5BN8A 3OW2M 1YJ9N 5AQNA 3OS1A 3ZSZA 2V51B 4EZ9A 3VQPA 4BRQA 4RW4A 1SUQA 2GX9A 1JLCA 4WQ4A 4FWOA 1YT3A 2E20A 3Q7BA 2ASOA 3VQAA 3E01A 4CF0A 2A1SA 4PQUA 4HTUA 1NJIO 4DQPA 2FLOA 4IEEA 4KO0A 3J80O 1IO2A 4H0OA 3DLEA 3KD5E 3M5RA 4B1VA 4F2RA 3QLHA 5GAEP 4NB4A 1Y97A 5M1OA 3SBTA 4KHNA 3ZETA 1J53A 4E3SA 4Z94A 2Q36A 3IDHA 3CFOA 3CCQN 3THYA 4NLBA 3PIOL 2G8HA 1RT2A 4GKKK 4CZMA 1M1KO 1WSGA 2GWJA 1ZC6A 4BDZA 4DMNA 4FJHA 3HT3A 3S9HA 1BI4B 2HF4A 1RCHA 4OPAA 1C0UA 3M8PA 4N47A 4JK7A 4WQ5A 2VCPA 4IEIA 4F8RA 3EY1A 3P5JA 4FK4A 4DG1A 1MWMA 3LDOA 4CJUA 5BR8K 1Q9XA 3SUQA 4BRLA 1FKOA 1VSMA 1RTHA 1BU6O 3DLHA 4OKKA 1U2VB 3OYHA 4NCAA 3KLHA 4CJKA 1XC9A 1BQMA 1WAFA 1IJJA 2OPRA 3VQQA 3ULEB 2E2PA 3V9WA 3OYNA 2RE2A 3SAGA 3HRGA 5AQUA 1QE1A 5EOYA 2Z1HA 1RT7A 4QS9A 1NKCA 5AQGA 1XHZA 2HVIA 2HMIA 2UUAK 5AQXA 4I6MB 3V6DA 4DV3K 1FJGK 1D8YA 1GLFO 1Q7YO 4FOIA 4FYDA 2O8CB 3CJ7A 3C0BA 4XEIA 4G1QA 3G0ZA 5GINA 4DLEA 4YY3K 3ZSWA 4DV0K 1JJ2M 1CZBA 5AQMA 1EXQA 3O9QA 1TKTA 1NLVA 1OKJA 2KHOA 2QXFA 2HHUA 1VQ6N 2Y1JA 4FPBA 3QIOA 1WUAA 1A5WA 3MECA 1K6YA 5HRSA 1B9FA 4WF9L 1TUYA 4R79A 1TUUA 2ZQBA 3HYFA 4FW1A 3ZLJA 2D0PA 4Q0BA 3MWTA 3H3OB 3BZCA 4B1WB 4DSIA 1HQUA 2GUIA 1RDBA 5FDLA 3RR7A 2ZGYA 3UKRB 3R1XA 3ZSYA 3CJBA 1N32K 2D5RA 2NRTA 4EHTA 4MDAA 4YHHK 2QA4N 5JVGL 4FLUA 2CH5A 3QBWA 2B6AA 5AFUA 3NGIA 1TAUA 4JYAK 3SPZA 1S1WA 3LZIA 2YHXA 1TYQA 3VF6A 4CF9A 4FM1A 2P9IA 4CZLA 2GTDA 5TKWA 4LD0A 3AO4A 3HP6A 4BRPA 4H5RA 2VG6A 3KHYA 4B3RK 3QNOA 4LH5A 1YTUA 3OYGA 4CERA 3ZSRA 1WSEA 3O80A 3HM8A 4N41A 2A6AA 2A5XA 1NM1A 4DR5K 1F21A 4R5PA 4HUEA 4OGCA 1ZBFA 4JI4K 4B9MA 1NGCA 4Z4GA 4Z4EA 2EX3A 1SS6A 2P9PB 4IZ9A 5LL6Z 1VQ4N 3L3UA 4M3UA 3LAKA 1YJNN 2BTFA 4FSVA 5J2MA 2HNDA 2AP1A 4LH4A 2F7TA 1WAJA 4NXMK 3ZX3A 1S1VA 3AA2A 3LALA 1LWEA 3AO1A 3KKSA 3LM2A 5KQ8A 3SQ1A 1NGGA 3DXMB 1S9GA 1QVFM 1TKZA 4DV2K 1C0GA 3VF4A 2H3GX 3S41A 4EIAA 2FF3B 2YKNA 4JRQA 4FW2A 3OS0A 5AQOA 4OKJA 2ATQA 4LF4K 3ENOA 3PIPL 3C7NA 4RW7A 2WONA 2W41A 4PKHA 4WE1A 5JLFA 4JKHA 2KLAA 4OLAA 4OPJA 3PO5A 2P9NB 5DM7L 2IVOA 1VSFA 4KREA 4M3ZA 3NE6A 3D7EO 3GOIA 5BPMA 2WOMA 1Z05A 3A5MC 4FL9A 3DXKB 3TTCA 4DR7K 3EZWA 3OYEA 2B4JA 1J5EK 1NK0A 4C8LA 2XRIA 3QEVA 3FZMA 3VTIA 4C1NK 4CEFA 1HYVA 4JV5K 4DU3A 2FSNA 4CGJA 1YJWN 4DSJA 2AJQA 2KZZA 4CD1A 4LFBK 4YFUA 4GW6A 2JWKA 3KK1A 3P83D 1GOBA 4J2DA 3PX0A 1TKXA 3CC7N 5HLFA 2ZD1A 1YIJN 3R6MA 4XH4A 4FCYA 4IO8A 3H1QA 4CI6A 4BRDA 3J7AP 3DLLL 4KRFA 4DUZK 1Q82O 4KBOA 4MLHA 3VQ9A 4HUFA 4KB0A 1SKWA 3KK7A 1ITGA 2A42A 3DRPA 2P9KB 2WC9A 5FRMA 2HBKA 5AQVA 4HWIA 2O4GA 4L8RB 3FLCO 3HZ6A 2ASMA 2Z1GA 3Q7CA 3PY8A 3D0PA 4IOXA 3T19A 2W6KA 1S1XA 1JXBA 3F9MA 3QFPA 4CHPA 4W5NA 5IT9O 2BUPA 2V7ZA 3FGUA 5K14A 1V4SA 2ZF5O 4RW6A 1QVGM 3PX6A 2QTDA 3TU5A 4PKIA 3IS9A 4IDKA 1NJYA 4E19A 3NCIA 1OVQA 3NGZA 3HVRA 5HROA 3OTOK 4B3SK 3SNNA 1ASUA 2Q2RA 2YCHA 3MCPA 1TK8A 1XNRK 2OZMA 3S3OA 4CJWA 4AQYK 4JK8A 5ADXH 4BR2A 2P9SB 3CC4N 3K5LA 2V52B 4Z4HA 1BDGA 3SZ2A 2E88A 1JCEA 1E3MA 4JD2B 4C8KA 1WNSA 1NOZA 3DMJA 1VK0A 4E7LA 4WQ4C 1HUXA 5AZIA 4J2AA 3CQYA 1JLGA 1KSPA 2O8FA 1VQPN 1QSSA 3AA3A 1EWRA 1VQNN 5LY3A 1DKGD 3KZBA 2D0BA 4CFAA 4JI6K 5C24A 1ASWA 3R3LA 3U6FA 4FJKA 1VRTA 4ILGB 1SL1A 4CIGA 2JGUA 4E1NA 1S6QA 3SMSA 3AVCA 4JEPA 4UY8O 3P1GA 3OYAA 4BC3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CC4 N;  1K8A O;  3CCU N;  3I56 N;  3CC2 N;  1ILY A;  1S72 N;  1KC8 O;  1VQ9 N;  2OTL N;  4WFB L;  1Q86 O;  1YJW N;  1VQP N;  4WFN L;  2QEX N;  3CD6 N;  3CCR N;  5GAH P;  1VQN N;  2ZJP L;  1YHQ N;  3CCE N;  3CC7 N;  1N8R O;  3CCL N;  3G4S N;  3CMA N;  4WCE L;  1YIJ N;  1VQ8 N;  1VQO N;  1VQ4 N;  4IOA L;  5HL7 L;  3DLL L;  4UY8 O;  4IOC L;  5GAG P;  3CCM N;  5DM6 L;  1Q7Y O;  4WFA L;  1YJN N;  1Q82 O;  4IO9 L;  3OW2 M;  1YJ9 N;  1YI2 N;  1KD1 O;  1JJ2 M;  1VQL N;  3I55 N;  1YIT N;  3G6E N;  5JVH L;  1M90 O;  1K73 O;  1VQ6 N;  1VQ7 N;  3CCJ N;  5MLC Q;  3CCV N;  4U67 L;  1QVF M;  1VQK N;  1NJI O;  4WF9 L;  1K9M O;  5GAE P;  3CF5 L;  1Q81 O;  1OVY A;  1QVG M;  5H1S Q;  2OTJ N;  3CCQ N;  3PIP L;  1KQS M;  1VQM N;  3PIO L;  5GAD P;  3CXC M;  2QA4 N;  5JVG L;  2ZJR L;  2ZJQ L;  1M1K O;  3CPW M;  5DM7 L;  1VQ5 N;  1W2B M;  3J7Z O;  3G71 N;  3CCS N;  3CME N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3I8D A;  3KVG A;  1X3N A;  3MAQ A;  2FBX A;  4B9Q A;  3ALY A;  4BGB A;  4E89 A;  1K8A O;  2E2Q A;  3SV3 A;  1NG9 A;  4ZTJ A;  4YOV A;  3RMD A;  4W5Q A;  3KLF A;  4O0J A;  2UXB K;  3F5T A;  3ZT1 A;  3CG7 A;  1FKP A;  3TAR A;  3NVM A;  1NKE A;  3KLG A;  3DI6 A;  2KKZ A;  1YTA A;  4E7H A;  5CZ2 A;  1KFS A;  4JHD B;  1T7P A;  4FWL A;  4RCH A;  4ISG A;  3I8B A;  4DTJ A;  1LOT B;  3OYM A;  3K59 A;  4BRE A;  3QER A;  4ELU A;  1UA1 A;  5HRN A;  1ZBU A;  3A5L C;  3FZF A;  4FWN A;  5JLH A;  1RIL A;  2ETJ A;  3O08 A;  1XQS C;  1X9W A;  5AQS A;  1RBU A;  1YI2 N;  2RKI A;  2NRX A;  1SAZ A;  1T3V A;  2UXD K;  3ZEU B;  1IBL K;  1BCO A;  2P5G A;  2P9S A;  4FLT A;  1NK8 A;  4B9S A;  3CCJ N;  3QET A;  4JD2 A;  5MLC Q;  1IH7 A;  3LDL A;  4U67 L;  4CEA A;  3N4Q A;  5J1E A;  4DFK A;  3IMX A;  3P39 A;  3C6A A;  1HQE A;  1XC3 A;  3B6O A;  2R7Y A;  3NF8 A;  3EYZ A;  1TV6 A;  1HJR A;  4M41 A;  3ASM A;  4FWR A;  2HF3 A;  1U49 A;  4RTF D;  3FR0 A;  3O4W A;  2I7N A;  3RTV A;  1SKS A;  4M3T A;  4DSF A;  3SAH A;  2WUS A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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