1QVGM

Structure of cca oligonucleotide bound to the trna binding sites of the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of deacylated tRNA mimics bound to the E site of the large ribosomal subunit
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal rna
molecule tags Ribosome
total genus 49
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-08-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1qvgM00
3G6EN 1M90O 1QVGM 4WF9L 1VQMN 3OW2M 3CMAN 3CCJN 1Q86O 3PIOL 1Q7YO 1YITN 3CC4N 1ILYA 2ZJQL 5DM6L 1VQNN 4IOCL 1JJ2M 3CCSN 1K73O 1KD1O 1Q81O 2QA4N 1N8RO 4WFBL 1VQ5N 3DLLL 1VQ9N 1S72N 5H1SQ 3J7ZO 1YJNN 3CCQN 1KC8O 1QVFM 3I55N 5HL7L 5GADP 1YJ9N 3CXCM 1YJWN 3CMEN 4U67L 4WCEL 3PIPL 5DM7L 1VQLN 1VQ6N 2ZJPL 1VQ8N 1VQPN 1W2BM 1NJIO 1YIJN 3CCVN 3CCEN 1VQON 1K9MO 5JVGL 3CPWM 1K8AO 3G4SN 1VQ7N 5GAGP 3I56N 3CF5L 3CCRN 3CCUN 2OTJN 4WFNL 1M1KO 5GAEP 2OTLN 1VQKN 3CD6N 3G71N 1KQSM 3CCLN 4IO9L 1OVYA 4WFAL 4UY8O 3CCMN 1VQ4N 1YI2N 1Q82O 5GAHP 5MLCQ 1YHQN 3CC2N 3CC7N 4IOAL 2QEXN 5JVHL 2ZJRL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3C65A 3ITHA 2X6SA 4C8MA 3QIOA 3O9RA 2A42A 3S9HA 1U49A 4C8LA 4K0KK 3VQAA 4YOYA 2YHAA 1BGXT 2OCEA 1YUWA 4HVJA 2G8FA 1CZAN 2Z1JA 3CMAN 4GKKK 4DSIA 4DU4A 4CEAA 4FLWA 4I7FA 5ADXH 3EKUA 4CIGA 4B9UA 4RW7A 4M7XA 3D2FA 4BRHA 4FLXA 1NJWA 5AQJA 3CQXA 1F21A 3WXIA 1S72N 1K8KA 4J2EA 3HSCA 3ULDA 3TABA 1TL3A 4EZ9A 2ZQBA 4Z4GA 4FLVA 4RW8A 3CIPA 3DLBA 4BDYA 4DFPA 4PUOA 3TAGA 3ZETB 4E19A 3F5TA 4BRDA 3NH0A 2IDOA 4M3TA 4N47A 2VG5A 4FM0A 1YIJN 3O5BA 4DTRA 1JCGA 1B9DA 5BR9A 4CD3A 4CHYA 2E6LA 3VQCA 1WLJA 3P83D 1NK5A 1EXQA 3ID8A 2IIRA 3SAHA 1WSGA 1KVAA 4FOIA 3O9TA 4DV1K 5DK5A 3VQQA 4E7LA 2HHTA 3OJUA 1VSLA 1NMDA 1Q9XA 3RR7A 1LV5A 3RMAA 1WOQA 1T6DA 1KAZA 5FPNA 4CZIA 3VQBA 3V9SA 1C0FA 3CC7N 1VSMA 4ILGB 5BN8A 4FWOA 1OH5A 5AQWA 2P9NA 2W6LA 2ZE2A 2OPQA 4IEEA 1NOZA 1WN7A 3F9MA 3M8QA 3V9WA 4DQSA 1IG8A 3ULEB 1T05A 3WQTA 1RTJA 4KTWA 1YTUA 3HOSA 3O08A 4A5AA 3LWMA 2JWKA 3GOIA 4NLBA 2ETJA 2RPIA 3CC4N 4HCBA 2PAVA 1BI4B 5C24A 4CEOA 4OKKA 4B3MK 3VQ9A 4C1NI 1WSFA 3S3MA 1QS4A 3U4LA 3PX4A 4KH4A 3LZJA 4FLYA 4DQ8A 1MU2A 2V52B 1NGBA 3OA9A 1X9SA 4FWSA 2P9UA 4ISEA 4HWIA 2E88A 3NVMA 4J2BA 2D1KA 1LW0A 4NLCA 4G9ZA 2FLOA 4W5QA 3CM5A 4E89A 1WSJA 4WQ5C 4B9SA 1BIZA 3C6TA 4I6MA 1YJWN 5C10A 4OX9K 4JEPA 3NBPA 3W0LA 3PIPL 3DMJA 1EO1A 2HBLA 2NRXA 4JKGB 5HP1A 1P90A 1ATNA 4BG8A 3WNFA 4CHZA 3D6RA 4CBXA 4A57A 4BROA 5B8HA 3E01A 4QOZB 3CCEN 4B8AB 1VSKA 4B1WB 4AHCA 1D9DA 1ATRA 4JV5K 4XEIA 4F8RA 2P9KA 4CIFA 4Z4CA 1KCFA 5I42A 4HCCA 3CJAA 1MA9B 4LF9K 3QBXA 4KHNA 2QKBA 4PQUA 3DXMB 4FJIA 4CHPA 2YNGA 1FK9A 1RDAA 1GLCG 4DHYA 3HP9A 3CM6A 4FYDA 3G25A 4FM1A 1T8EA 1KAXA 5E41A 1T7PA 4N56A 1D4XA 3IS9A 3CJBA 4CGHA 2O8BB 2WONA 3C7NA 3CI5A 4NXMK 1RT5A 4LD0A 4FL9A 1TAUA 4KTZA 3LZIA 1NOYA 2DFEA 4A59A 4HUFA 3FFIA 3KHYA 4DTSA 1M90O 3D45A 3L2QA 3RMBA 1QVGM 2HHUA 1XWLA 4PY5A 3EY1A 1Y97A 3FGUA 5AFUH 1YITN 5HLFA 3KK1A 3VQDA 3TARA 4IOCL 4FWKA 4IFEA 4M3WA 1L3UA 3THWA 3THYB 3P1GA 1TUYA 4YOWA 3J81O 1RTHA 3JYTA 4EHTA 1WBBA 3ISNC 1NK6A 4YDUA 4BC5A 3DWLA 4DTUA 4IDHA 2AA4A 5AZIB 3ZSYA 1CZBA 3JAMO 2NRZA 4O0JA 4AM6A 4KAZA 1IJJA 3D7EO 1KRPA 2BH1A 1OH8A 2G8IA 3VGMA 2A1SA 1C6VA 2G8UA 3I55N 3RRHA 5C15A 4C1NK 5JLHA 3CXCM 1FW6A 1HNZK 3QO9A 2XY6A 5AQOA 3MWTA 5FROA 1YT3A 4R5PA 2O8EA 3K5MA 3MN6A 4MO4A 3WXLA 3HPHA 3V9XA 3BZCA 3NF7A 2B5JA 4AHVA 2EWSA 2DFHA 4IJAA 4M3XA 1HNIA 1VSIA 4KBOA 1KSPA 4CECA 3AAQA 3ZX0A 3ZSVA 3OYLA 1QSSA 1JL2A 4AH9A 3CCRN 2J4RA 4E1MA 2LSNA 3CFRA 1V4SA 3SQ4A 1C1CA 2P9LA 1U47A 4EP4A 1IO2A 2IS3A 4DR6K 3SUQA 2YHBA 1ZC6A 5GAHP 5MLCQ 3TANA 3VQ7A 3K58A 2FSNA 4BG9A 3T19A 1EQYA 4DSFA 4BRCA 4I9QA 1NM1A 1WBDA 4BR0A 3CQ8A 2IC3A 1QTMA 1S22A 5T7BA 4FZZA 1XNQK 3D0PA 1N32K 5AQHA 2X78A 1Q7YO 4CFDA 4FXDA 3EN9A 3Q7BA 1NBWA 2KHOA 4MDAA 3U9ZA 4OGEA 4DG1A 1HYZA 5M1OA 3ZSZA 2ZJQL 4JNEA 1K73O 4B08A 1VAZA 4CJTA 3AARA 1W97L 3AVNA 3H45C 1HNVA 2HVIA 1TL1A 4JAXA 1BQMA 3R1XA 4DTMA 3AA5X 1NJZA 1LAWA 1W0HA 2HF4A 3SCXA 1IBLK 4CZGA 2QK9A 3MXIA 3B6OA 2F8SA 4CGIA 4KHYA 5EOYA 1GOBA 3MN7A 2RE2A 3KLFA 5LL6Z 1BU6O 3S3NA 4OPJA 3LM9A 5TKYA 4E3SA 4QS8A 5C12A 3G0ZA 3O1WA 4BDZA 1VQLN 1HQEA 2FF3B 3NGZA 4BACA 3O9SA 3PO4A 1JKHA 4JYAK 4K43A 2P9PA 1S5JA 5EXWA 5HRSA 5M1FA 1B92A 3ENOA 4Z4EA 3IUCA 5KRTA 1VQON 2VCPA 4BDPA 3E9LA 5JICA 1K8AO 1TKZA 2PYJA 4F2SA 3V9ZA 4BRKA 2YNIA 4GKJK 2QXLA 2PBDA 4WQ5A 3T3FA 2UUCK 4CEZA 4DSLA 3O3GA 4MLEA 3AVLA 1KVCA 2I5JA 3GL1A 3L4QA 4JI0K 3UKUB 1YTAA 3GE1A 3VN5A 4F2RA 3TTCA 1LCUA 2DFFA 5M1PA 3CHWA 1HNWK 3HYFA 3FZFA 3CCMN 3S41A 3HOTA 4DLGA 4F9OA 1RT3A 2Z1HA 1A5XA 3QIPA 2YJEA 4OGCA 4HUGA 4KHSA 1T3VA 1ZBUA 3QB0A 1L3VA 3TAMA 1BCMA 2QWRA 4LH4A 4E7JA 3NFAA 3O4NA 3F9KA 3LPUA 2HHQA 3IFRA 1RT4A 4KHWA 3LP3A 4B9MA 4CHNA 1NJXA 3B6PA 5M1KA 4BE2A 2ZD1A 4ELTA 4K25A 3Q7CA 4CJ7A 1BQNA 3MXJA 3SYZA 4I6MB 3NDKA 4DR1K 3LP0A 3MK6A 1VQ9N 4FJMA 5KQ8A 4WQ4C 3C94A 4ICLA 3CQYA 4CJPA 3CJCA 5IWAK 1VRUA 1RDBA 3GDQA 2P9IB 3ZSOA 3OY9A 1NK8A 3CETA 1XI1A 3THVA 2OA8A 3RSEB 1TK0A 2NRWA 3SPYA 1YJ9N 4QCLA 1BISA 3C0BA 2O8FA 5F0XA 2E2PA 3HRGA 1JCFA 3AGKA 3P39A 1HRHA 2A5XA 1GLBG 1OKJA 4QAGA 4CJ3A 5BRHA 1LWFA 4M7YA 4PKGA 4A61A 2CGJA 2E6MA 4KV8A 1J53A 1NJIO 4BRIA 4B1VA 2F4VK 1NNEA 4JI6K 1FKPA 3T7ZA 1U04A 2YKNA 4CF8A 1RDCA 1EWQA 1HKCA 1X3NA 3BY5A 4BE0A 2E1ZA 4MO5A 4KKOA 1J9AA 3HJFA 2IVOA 2HHHK 3K9JA 5ADXA 2YV0X 3F2KA 1WAFA 1LAVA 3CD6N 1U2VB 3TPQA 3MN5A 3V4IA 3D2EA 3IKMA 2HMPA 1KFDA 4CJFA 2UXBK 3M6GA 2D0PA 4I2QA 4A62A 4MQ3A 2I7PA 1S1XA 2Y1JA 3NHGA 1VK0A 3W3DA 1I3AA 4K41A 1BA1A 1JLQA 3OHRA 4Z94A 5AQGA 1JLCA 2BUPA 2OANA 2OZSA 3QICA 4JI2K 4FK0A 1ZBSA 3L2UA 3L6QA 4XH1A 4JKAA 2Q97A 2QA4N 3ATUA 1YF5L 3KK2A 5KPZA 3CPEA 4WFBL 3ZEUA 4OPAA 2E8AA 1Q18A 5F1XA 4IFYA 4DKWA 3K5LA 4FPAA 3SAGA 3HZ6A 3ZYYX 4H5TA 4BVOA 5C2FA 4KHQA 2P5OA 3CG7A 4LF6K 1G99A 3OYAA 2HW3A 4RW4A 1SV5A 1ASWA 4CF2A 2GTDA 3SV3A 3C6HA 3LP2A 4U67L 4M3RA 1MWMA 3SJJA 3AVHA 2FSKA 3NVKA 4RW9A 1NGIA 3DM2A 4FJLA 4X64K 2P51A 1VSJA 2GELA 4CI6A 1A5VA 3SQ2A 3V81A 5AJ3K 4YOXA 4DTPA 3QFUA 3EO3A 2NRRA 3TU5A 4CJLA 3LL3A 1BIUA 2P9LB 1C0TA 4GNIA 1B9FA 2ITMA 1N34K 4BGAA 1N33K 2WC9A 4KO0A 4C23A 1VSDA 3SK3A 2Y1IA 3T1YK 1EETA 3AVGA 2NLXA 4KH5A 2OTLN 3AO1A 4FJ8A 3HT3A 4CJKA 3CJ9A 1E4GT 3CCLN 3HXMA 3TWHA 3QMLA 3SQ0A 3M5RA 4CZLA 4CBUA 1DKGD 4XH4A 3PY8A 2V7YA 4FZXC 1X9WA 3KLGA 3SZ2A 4FO0A 4JI5K 4JRQA 4CJSA 5J1EA 4WF9L 1SKRA 2Q36A 4B1ZA 4H0PA 4JD2B 3BDPA 1NGEA 2YNFA 1Q86O 1DTQA 5C2DA 3RRGA 2HB5A 3KKSA 4A2BA 1ITGA 3TR8A 1GLFO 1JLAA 4ILJA 4CEFA 3VTHA 3R8EA 3H1QA 1RDDA 1CLQA 4EFHA 3ZSQA 3MN9A 3KWGA 2FBVA 5C25A 2A40A 2YHWA 5H1SQ 3HI0A 3BF1A 3ENBA 1YJNN 3WUHA 5JS2A 4B3RK 1RDWX 2B4JA 3T1AA 2YHXA 4H5NA 4CEBA 3FZMA 2O8CA 4DV4K 4DR2K 4DTNA 3SBTA 4AHSA 5C42A 4H0OA 1ZXOA 4O44A 1QQCA 3QEIA 3CMEN 3IG1A 3PSFA 4O55A 4I9LA 1XUPO 3ZSXA 4ISFA 3CFPA 5C0YA 4YOTA 1C1BA 5AZJA 4JHDA 3A5OC 4MLHA 1TYQA 4IXCA 2ASOA 1WSIA 4CZEA 4DV3K 2EHGA 4B3SK 3QBWA 3P31A 5BPMA 2RHKA 1SAZA 4BGBA 4W5NA 3ZT4A 5FPMA 4CF1A 1NGHA 3AVCA 5JMVA 4DR5K 4FZYA 2AP1A 4GVEA 5AFUA 4E7HA 1SS6A 4H4MA 3MEDA 4IDKA 1KQSM 4QS7A 3WNEA 1RTDA 2HOEA 1YHQN 3NGIA 4FOEA 4BRLA 1D8YA 1RGIA 4A5BA 3OYMA 2V51B 3WEEA 3HPOA 3O1BA 1WAJA 3QESA 3LAMA 4CVNE 4DFMA 4OVLA 2B6AA 4KPYA 2VG6A 3K2PA 3VENA 4DU1A 3DI6A 3DXKB 1KTQA 2VQEK 1V4TA 3PV8A 4CZHA 3DRSA 1DEJA 3MEGA 1GOCA 2AJQA 5FPDA 1VQNN 1JJ2M 5ELZA 3K0SA 3SMPA 4DB3A 1E3MA 4CJ4A 4DFJA 1KD1O 1IKYA 4RCHA 5KQDA 3VTIA 2O8DA 5F2RA 4XH5A 3EEQA 2QWMA 5HOOA 4DSKA 1SKSA 2Q0UA 2P1JA 3V9UA 1SZ2A 2GEMA 4OPKA 5EU7A 1T44A 2QM1A 4GY2B 1JLBA 4FVUA 4FWPA 4JI4K 3VQ4A 4CGJA 1HPZA 4H4OA 2X6NA 1QQMA 3HTVA 4JI3K 4CZMA 3U3YA 2PFUA 1JLEA 3THXB 3VQ8A 1JLGA 3FZKA 1NK4A 1SUQA 3H1VX 3LPTA 3M1FA 2RN2A 2W6KA 3KK7A 4Z4FA 3I33A 3CFOA 1KFSA 3NAEA 3NF6A 3O4WA 4B1UB 5A2QO 4K8XA 4L8RB 3L3UA 3U6FA 1TKTA 3RMDA 2F8TA 3KK3A 4DSJA 1G15A 3WT0A 3HM9A 1HUXA 2P9SA 2A6AA 1QZ6A 2G8WA 3E9OA 3QNNA 1Q8IA 1MWKA 1RNHA 2FXUA 2UYTA 1YVUA 2YNHA 3LDLA 5GAEP 3QEVA 5JS1A 4FJHA 3OYKA 1Q82O 2BDPA 3OYJA 4DR3K 3M8RA 4IOAL 3VGLA 1RBRA 3U9DA 4M3UA 2E5LK 3KZBA 4DTXA 1BUPA 1JXEA 1Z26A 4BRFA 1U6ZA 3TAEA 2PY5A 2UU9K 3KJVA 3GG4A 4W5OA 1I39A 3WXMB 5SWMA 1S9GA 4BREA 4FJ5A 1VSHA 4YOVA 3SI6A 1N6QA 4FWMA 4WE1A 2WTUA 4CHOA 5KPRA 1RBUA 5HRPA 3JXUA 3V1OA 4LF8K 1Q9YA 4BR9A 4CK3A 4BRMA 4OLBA 1ESVA 4CFBA 2GWJA 3D2FB 1YXQA 5I9EB 1VSFA 4A2AA 1QVFM 3ZETA 4B8CA 1JLFA 4BR5A 4B9TA 1K8KB 4LF7K 1TKDA 2KTQA 4WCEL 1X3MA 3FLCO 2D0CA 2VGNA 5D3GA 1TV6A 1SL1A 3I8BA 1HMVA 5LJVA 1HX1A 3EKSA 4PKHA 4K42A 1SKWA 3PO5A 1ZYQA 2IVPA 5AQNA 3HPGA 3PUFA 1BHLA 4KRFA 5CE3A 4HTUA 3QEWA 1LWCA 5GAGP 1DT9A 3AO4A 3O3FA 1NGJA 4DV6K 4FLUA 3NGYA 3CCUN 4O8UA 2OTJN 4F4KA 5LY3A 1HNXK 1S1VA 1O1WA 1WNSA 4CJEA 4FWNA 4CGGA 2WBNA 4UQGA 1ASUA 1RILA 4B1XB 2HBKA 2HBMA 4K8ZA 4IG3A 1OVYA 4ID5A 1QSLA 1CZ9A 4BRPA 3E9PA 3ULEA 3OTOK 3KTQA 3EYZA 4KTQA 1JL1A 2BE2A 3MCAB 2BANA 3FZHA 5AQYA 3U8XA 2ASMA 3AVBA 3HO1A 3IDHA 4Z4HA 3G6EN 4ZTJA 3ZT1A 1XNRK 3DAWA 3AA2A 4IO8A 1NG9A 2A1RA 3I8DA 5LMNK 2P9NB 4CJQA 3CCJN 1IKWA 2HNDA 1TK5A 2NZTA 4U7BA 5FRMA 5DM6L 2E2OA 3HP6A 1S1WA 4EHUA 4FK4A 2BGGA 3QINA 5CR4A 5J2QA 2CGKA 3FR0A 1QSYA 1XC3A 2O8CB 3WNGA 4LFAK 2A3ZA 4B9NA 1RT2A 3AA4A 3UKRA 3UE5A 2DY4A 5GIOA 3TI0A 3IMXA 2HSTA 5K14A 1Y64A 4DS5A 1IBKK 3TSQA 2ZM6K 4YNQA 1ZBLA 4FWRA 3EE8A 1NKBA 4YY3K 4BRQA 4E1NA 1IBMK 1RBTA 1GOAA 4WYBA 3PLAA 4JKGA 2P9UB 3HM8A 2HVHA 1R0AA 1NJYA 1NK9A 3SLCA 3M8SA 4KI6A 3VEVA 2Q31A 1BO5O 3DLKA 3A5MC 4Q5VA 2GWKA 1X9MA 1CXUA 1U4BA 2XY5A 2G8VA 3TAFA 4LF4K 4HTLA 4KB0A 3L8BA 4BR7A 3CCVN 3RVCA 2VYPA 5BRFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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