1QVGM

Structure of cca oligonucleotide bound to the trna binding sites of the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of deacylated tRNA mimics bound to the E site of the large ribosomal subunit
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal rna
molecule tags Ribosome
total genus 49
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-08-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1qvgM00
4WCEL 1K8AO 3J7ZO 2ZJPL 1VQLN 1Q86O 3DLLL 5GAGP 1YIJN 1YJ9N 5MLCQ 4U67L 5GAEP 1OVYA 4IOAL 1QVFM 1KC8O 1JJ2M 4IOCL 1VQNN 4WFNL 1Q82O 3CCSN 1YJWN 1K9MO 4WFAL 1QVGM 1YITN 1YI2N 4WF9L 1KD1O 1YJNN 3G71N 3PIPL 1M1KO 5JVGL 4UY8O 3CC2N 1Q7YO 2QEXN 1VQ9N 3G6EN 1M90O 5GAHP 3G4SN 3CC7N 3CXCM 1Q81O 4WFBL 3CCMN 1VQ4N 3CCVN 1N8RO 5GADP 1VQPN 1VQ8N 1VQ5N 1YHQN 3CCLN 3I55N 2OTJN 1W2BM 3CPWM 1K73O 3CD6N 3CCEN 3CC4N 3I56N 3CCUN 5JVHL 1S72N 1VQ6N 3CMAN 5H1SQ 3CMEN 3OW2M 4IO9L 1VQON 2OTLN 5HL7L 3CCJN 2QA4N 3CCQN 2ZJRL 3CCRN 3PIOL 1NJIO 1ILYA 5DM6L 5DM7L 1VQ7N 2ZJQL 3CF5L 1VQKN 1VQMN 1KQSM
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3BZCA 2QXFA 2DFFA 3DLLL 1QZ5A 2XHBA 1IBKK 4DV2K 3OYIA 4IXCA 2FBTA 1U04A 2P9KB 3OYGA 1LWCA 1A5WA 2P9PB 5CYMA 1ASUA 3O9RA 5DMRA 2HBLA 2XY7A 4O4GA 4EFHA 3E9PA 1SV5A 4WF9L 4HUEA 1XMOK 1U45A 2I7PA 4IEEA 5KQDA 3VQAA 1X3NA 4KHNA 4CJVA 3V9SA 3V9XA 1CXUA 1FKOA 2DPNA 2QWNA 4BR7A 2UXDK 3L2VA 4HCBA 4CECA 1NJZA 4DTNA 1SKWA 4KI6A 3MEGA 4JV5K 4LF5K 5J2PA 1WOQA 3P31A 3UKRA 5KTQA 2V7ZA 3FLCO 1XHXA 3O5BA 3P5JA 1TUYA 3ALYA 3ZT3A 2ZGYA 3MK6A 3V1RA 4BROA 3AY9A 1RGIA 4YORA 3OBYA 1YHQN 3D0PA 3ZSOA 4AHCA 2AP1A 3T69A 3LPTA 3ZT0A 1KRPA 3R8EA 3HOSA 2D0OA 2E2OA 4BQZA 3ZSYA 1RDCA 4Q5VA 3AV9A 1E3MA 3O9QA 4FJNA 2PYJA 1YT3A 5EXWA 3CMAN 3K0SA 2Z1HA 4HTUA 2P9UA 4CF0A 3THXB 4LF6K 5AFUH 1ZYQA 2Q97A 1BU6O 3KZBA 3T3FA 4H8KA 1BQMA 2VGNA 4C8NA 1JLGA 1C0UA 3L2RA 2WTUA 1KFSA 4CJFA 4ID1A 3TAEA 3EL2A 4Y1CA 3L3UA 3LDLA 3V81A 4QS7A 4C1NK 4FJXA 4B9NA 1B9FA 4MLEA 3ZSRA 4F3OA 5JLFA 2HBMA 1HKCA 1F21A 1WAJA 1C1AA 1N36K 3K59A 3K58A 4CFBA 1YIJN 4DR4K 4FWNA 3RMAA 2YNHA 4U67L 3M8PA 1I39A 2D4WA 4WFAL 2ZD1A 3OHRA 2QI2A 4IG3A 5JICA 1IKYA 4NO7A 3PO5A 2Z1GA 2IVPA 3ULEA 2CGJA 1VHXA 4FO0A 3LDPA 4CFDA 4LFAK 2O8DA 5BPLA 3RSEB 2GWKA 4KHUA 4F2RA 3NCIA 3FFKB 4CIGA 1TAUA 1GLBG 4KTWA 1QQCA 4C8MA 3HVRA 3VGMA 4FWPA 1QQOA 1TKTA 1S1VA 3ZX3A 2H3GX 1BQNA 1T8EA 4LH4A 3OS1A 4CESA 5HRRA 4CZMA 3A5MC 1Q18A 3PX0A 3SAFA 3A0IX 4FWRA 4FM0A 4DV6K 1T7PA 3CCLN 2BE2A 5LMUK 3C6UA 3CJCA 1L5UA 2WBNA 3BEXA 4LY7A 4GY2B 1OKJA 1EKEA 2GELA 1NK7A 1NLVA 3LDQA 5AQKA 5KGWA 3WNFA 3I56N 3CCUN 4G1QA 1L3UA 3W0LA 2B5JA 3H1VX 4LF7K 4OX9K 3QEIA 4IJNA 4B9SA 4CHZA 4DV3K 3OYKA 3L0QA 2A42A 3O3GA 2JWKA 2OANA 3DLKA 1ILYA 3K5MA 4JI0K 3NF9A 3TAPA 4DKWA 5FPDA 2GX9A 3L3VA 4BRHA 4DS5A 1SKSA 1J53A 3P83D 3WQTA 3JXUA 2RE2A 4YFUA 4IBNA 4O0JA 4JD2A 3O4WA 1VRTA 4HWIA 3HSTB 4FSVA 4CD3A 4BR5A 4CGJA 1JJ2M 1Q82O 2FXUA 3VEZA 1FW6A 1H1VA 4HTLA 4X62K 4WE1A 4O5BA 2G8VA 3SQ1A 4CGHA 4BDZA 3AGKA 2ASMA 4JEPA 1BA0A 2E2NA 1EX4A 5M1QA 4ELTA 2EWSA 2FBXA 4ISFA 4DV1K 3UIQA 1S1TA 1JLFA 1WAFA 2P5OA 3H3NO 4ELUA 1TGOA 3CC2N 1HYZA 3GOIA 3QETA 4IKFA 3HP6A 2O4IA 3G6EN 5SZTA 1JKHA 5AQOA 4BC3A 2ZQBA 5BRFA 3DLBA 1BHLA 3ASMA 1RTJA 4BR2A 2O8FB 1VSIA 2HHQA 1VSEA 1HR0K 4DWIA 4LSLA 3MWTA 2P9NA 3AVFA 1C0FA 3IRXA 4H5RA 4KH4A 3AVMA 1JCGA 2FF6A 2HMIA 3S3MA 3KWIA 4FLVA 1UA1A 3OYLA 1XHZA 4E7JA 5AQNA 4IFVA 4DQQA 1W2BM 2GEMA 1X9JA 3NGYA 2O8EA 2QW9A 3DMJA 4O44A 4DV4K 4FK4A 2YJEA 1R59O 5AQLA 2P9IA 3ULDA 4W5TA 4CEQA 3AO4A 5I3UA 4FLZA 4XH1A 3HTVA 3V9WA 3PX6A 1VSKA 4CIFA 4Y0WA 3C6HA 4N76A 4NCGA 3V9ZA 4EZ9A 4OKEA 4KB1A 4PKGA 4DV7K 3LZIA 4K8ZA 2DY4A 3GG4A 3LWMA 1SL1A 5M1PA 4CFAA 1NU0A 2WONA 5BPMA 1IKWA 4DTRA 4YOXA 3AA2A 4QOZB 1NKEA 3QIPA 5GINA 3MDQA 5HBMA 3KLIA 2DTUA 1RBTA 1OH8A 1KC8O 1S22A 4B9VA 4DQIA 1HLUA 2A41A 4CF2A 2UYTA 4CJWA 4DSFA 1S1WA 3O3FA 4JK8A 2RF2A 3DXKB 3L4IA 5IT9O 1BL3A 4H5TA 1YITN 1W7AA 1HJOA 3SQ0A 3I8BA 3LAKA 2OYQA 1JLEA 2F8SA 1BOTO 4B1UB 4KH5A 4PL8A 3H45C 3HPHA 2OCEA 4HHTA 1QSSA 2O8BB 1OVQA 4BREA 3V4IA 5M1OA 2UU9K 1RT4A 1XC9A 1IV0A 3L4QA 3HOTA 1TVRA 1Z05A 3CYMA 1NMDA 1LW0A 3ZSVA 1RTIA 4GV6A 2P9SA 3S3NA 3DXMB 4CHPA 4YY3K 2CH5A 4N41A 4YHHK 3RTVA 4C8KA 2X78A 4B9QA 1DGKN 3E01A 1LCUA 5FROA 3K5LA 5AQFA 4GNIA 1NK0A 2IVNA 3CQ8A 2GUPA 3D2EA 2A40A 1S72N 3PSIA 3ZEUB 4R79A 3ZETA 3CFPA 2JGUA 4H0XB 4AHTA 3VQ7A 3THYA 4JAXA 4J8FA 3TTCA 1NKBA 4DU3A 3ZSWA 3KLEA 4YOVA 3M5RA 1W0HA 3LM2A 1LW2A 4E19A 3M8QA 5F1XA 2HHSA 1K8KA 4OGEA 3K2PA 5AZJA 4DLEA 1NBWA 2QM1A 1JL1A 4CJ4A 3J7ZO 1VRUA 4X65K 3MN5A 2FSNA 4A5AA 4CERA 3ZX2A 1WB9A 4KAZA 2FC0A 4GMJB 4A5BA 3WEEB 3E9LA 3L2QA 4IOCL 4CJSA 1U2VA 3AVJA 3DI6A 3F5TA 1IG9A 2B4JA 3VQCA 4J2BA 2BH1A 2NRZA 5FDLA 3ZT1A 2VG5A 4H5VA 1J5OA 1WSEA 4MFBA 1XUPO 1RT5A 1Q7YO 3BUZB 2NRWA 3SK3A 3FZFA 4BRCA 3OTOK 2P51A 2NUBA 4BRAA 3TAFA 5FPNA 3U6FA 1VSLA 3CG7A 3NGIA 3K5OA 4HUFA 3OA9A 3SUOA 2EHGA 4I7FA 3CQXA 3LP2A 5K14A 2HOEA 3QMLA 4LFBK 3BDPA 4NXMK 3FZKA 1ZC6A 3G10A 3ZSQA 2YHAA 1XNQK 3RMDA 4DSLA 4JI6K 3DM2A 3FE1A 4RW7A 2ATQA 3NAEA 3DRRA 4CJRA 5H1SQ 3U9ZA 4M41A 3VQ4A 4DTMA 4IO9L 1TK5A 3WXJA 3F9MA 1VSDA 4KHYA 3PIOL 4DU1A 3MCPA 2O4GA 5EVZA 3IKMA 4FOEA 3JS6A 5TKWA 4O8KA 2FBVA 3DOLA 4AHRA 1VQMN 5JMVA 2WUSA 2BANA 3CJBA 5AQWA 4K42A 4M3YA 1S1XA 1VAZA 1RBRA 4YNQA 3CJ9A 1R0AA 3IG1A 3HXMA 4B9MA 2VGMA 3KWGA 1HNVA 5LJVA 4FLXA 2HNYA 3E1YA 4WFNL 5KQ8A 5E26A 2PFUA 4CHYA 1T03A 5AQGA 1FKPA 2IVOA 4DTSA 4JI5K 1BCOA 3GL1A 3SBTA 1J54A 3J81O 3O3HA 4B1WB 3G71N 1S9EA 4YOYA 4M7XA 4ZTJA 4FZXC 1MWMA 2X6NA 4Z4CA 3AO5A 4K25A 4ICLA 3K5NA 4YOWA 3C7NA 1FK9A 3AAQA 4KV8A 1EWQA 2E2PA 3LZJA 4K43A 3A8YA 5HRNA 4DF4A 4AILC 4ID5A 3MWPA 1RBSA 3MX2A 1QZ6A 2E1YA 4JKGB 4A62A 2DFHA 3KLHA 2NRXA 4CJ7A 4FWQA 1D9FA 5AQMA 3P4IA 4B8AB 3CCVN 4BRPA 4B1VA 1X9WA 4AHVA 2HHVA 2PBDA 2QWRA 2P9LA 4CHQA 3OY9A 5I9EB 1RDDA 2D0PA 4E7IA 3IMXA 2QKKA 4LH5A 1XI1A 2AA4A 3I55N 3L2UA 4B1ZA 1T3VA 3B8AX 5AZIA 3CPWM 3V9UA 4AM7A 2PY5A 3CD6N 4LC9B 3R6MA 2NRVA 1HPZA 2QXLA 2YHWA 4OKJA 3JSMA 4Z4EA 4IJAA 4BQLA 3QEPA 3RWUA 1BA1A 4DR2K 4KTQA 2UXBK 3P38A 3L2WA 1CZ9A 1NJYA 1HNXK 3HPGA 2RHKA 2G8UA 3C6TA 1X9MA 1N33K 3R9PA 1RT7A 2A3ZA 4F2SA 3CI5A 5AFUA 4JHDB 4H0TB 1MWKA 4BC5A 1QE1A 2KTQA 3W3DA 5AQHA 3OYNA 4CZEA 4K8XA 1J6ZA 3SV3A 3BF3A 4KREA 4BY9C 4CJTA 1Y97A 3HI0A 2V7YA 3AVHA 4M3ZA 5AQRA 1LAVA 1VSHA 3ID8A 4IOAL 4FVMA 4CGIA 4JK9A 2YV0X 3EE9A 5FRNA 4DR7K 1JLAA 4BGBA 1JXBA 1X3MA 3CCSN 1YJWN 1NGHA 3MCAB 3LL3A 2HNDA 5KPZA 3ENOA 2NLXA 1QVGM 3CETA 3TABA 1WSGA 3MEEA 5HOOA 4BVOA 1NKCA 2HBJA 3GE1A 4BRQA 3AVIA 1GOBA 3QBXA 3QICA 3SCXA 1TV6A 4CEBA 3I8DA 2YI1A 2P9IB 2A1SA 2F9TA 3MN6A 2HHHK 3HPOA 3CJ7A 3K9KA 4CE9A 4ISEA 1UOCA 4W5NA 4PL7A 4FM2A 3CHWA 5KRSA 1ESVA 3AVCA 2J4RA 2BUPA 3IAYA 3HYFA 1WNSA 1OH5A 3SLCA 2HHTA 1N8RO 2NRRA 4FW2A 5HROA 4BR0A 3P1GA 2F8TA 1RBUA 1BI4A 3ISNC 3M8SA 3JAMO 1TYQA 1V4TA 3KKRA 1XMQK 3R3LA 2G8WA 1SQKA 4B9UA 4JS5A 3AVAA 3MXIA 1T6DA 1GLLO 3KKSA 3IUCA 2E1ZA 4BR4A 2KZZA 4CVNE 4I9QA 4NXNK 1ZXOA 1HYSA 1C0TA 4M45A 3PLAA 1TK0A 2IC3A 3T1HK 5D3GA 1GOAA 3I0RA 2EX3A 4CJ3A 4B9TA 4Z94A 4DG1A 4OKKA 2QA4N 4KKOA 3OYDA 4ILHA 1FJGK 3NVKA 3CCRN 3EEQA 1RT2A 3O1BA 2VWBA 3WNGA 1NGJA 1WUAA 3VQDA 5DM7L 2D0AA 4IG0A 3D2FB 4BDYA 1N6QA 2Z1JA 1DLOA 3VTHA 4DTUA 2ASPA 5JLHA 4RW4A 1Q86O 3OYBA 3TSUA 3AARA 3BP8A 1BIZA 3WUHA 3AO1A 1IBLK 4W5RA 4A59A 4CGDA 4JS4A 4BRLA 3NH0A 3B6OA 1CZBA 2E6LA 5DK5A 3NF6A 3D6RA 2QKBA 1KAZA 4DUYK 1KVCA 4CJUA 5C0YA 5AQTA 4FLTA 2UUAK 4B3OA 2P9KA 2YJFA 5BRDA 2VWKA 3CERA 2P9PA 2KFNA 4IO8A 4KHQA 1YF5L 2QEXN 3EKSA 1XC3A 3LP1A 4DQRA 3RRHA 3HO1A 1IH7A 1A5VA 1D5AA 5GAHP 2WC9A 1NGGA 4IEIA 3OYHA 4BE2A 1ZBIA 3THYB 2ETJA 4KHPK 1NK5A 1GOCA 5CZ1A 3OYMA 3KTQA 3SJJA 2FBYA 4CK3A 2Q31A 3VEVA 4OJRA 1VQPN 1VQ8N 3H08A 2W41A 3D45A 4WYBA 2VWJA 1WBDA 5BPNA 3TSPA 4CEFA 3TU5A 2BTFA 4WQ5C 4HVJA 5KPTA 4CK1A 4E1JA 2OTJN 4CHNA 2ZM6K 4FJGA 1BIUA 3VQQA 4I6MB 1BCMA 3GDQA 4H5NA 3O1WA 3M6GA 4BG9A 4HCCA 3NFAA 4DFPA 1NOZA 1NGIA 1YVUA 3U4LA 3MECA 1JLCA 4V19S 3SMPA 2PAVA 1ATSA 4F4KA 4CIEA 4EHTA 3NMUA 4OO1J 3EE8A 4JI7K 3AA5X 1JLBA 4M63C 3AA3A 5M1KA 4CI6A 5JS2A 1NJIO 3TANA 1ZBSA 4IZ9A 1VQ7N 3THXA 3UKUB 4H0OA 3QB0A 4FM1A 3ENHA 2G8KA 3QESA 1KQSM 4H0YB 3ATVA 4Y1DA 1JCEA 3BGRA 1WLJA 3R1XA 3WXKA 3PX4A 1UAXA 2JLEA 3EN9A 4EIAA 1YJ9N 5AQVA 5GIOA 5AQZA 3C65A 4FJMA 4JYAK 3VEXA 4E89A 3VF4A 4FPAA 4DR6K 1S9GA 4JRQA 2AJQA 3S41A 4FK2A 3H46O 3HVTA 1NG9A 4PWDA 1HX1A 1XQSC 2PZSA 2I5JA 2XY5A 1CXQA 1IKVA 3NDKA 4DFJA 4QS9A 4AF1A 4CJ5A 4CEZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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