1RDAA

Crystal structures of ribonuclease hi active site mutants from escherichia coli
Total Genus 50

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTNGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
2040608010012014014012010080604020
01020304050Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH4 (128-142)S1 (5-13)EMPTYTIV1 (15-18)S3 (31-42)S2 (18-28)TIV4 (148-151)AH1 (44-57)TII1 (98-101)S4 (64-69)AH2 (72-88)TI'1 (88-91)S5 (91-92)S6 (96-97)TI2 (122-125)S7 (115-120)AH3 (101-112)TI1 (92-95)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase(endoribonuclease)
source organism Escherichia coli
publication title Crystal structures of ribonuclease HI active site mutants from Escherichia coli.
pubmed rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE H
total genus 50
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1993-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1rdaA00
4GMJB 4E7KA 3AVKA 4FJKA 1RDAA 1C1AA 4AHSA 3TAPA 4F3TA 1SKSA 4IBNA 3G10A 2ETJA 4CJLA 4RW6A 4HHTA 3F9KA 4DLEA 3SV4A 4RW8A 3K5OA 4DQIA 1TKXA 2EX3A 2YNGA 4M3ZA 5KI6A 4FK2A 3KJVA 4YNQA 4DTUA 4CEZA 4KTWA 4JS5A 5C24A 4M45A 2OZSA 4CK2A 3RMCA 1LV5A 4PY5A 1Q9YA 2KFZA 1C0TA 2YHAA 4LH4A 1D9FA 3AA2A 5DMRA 1SV5A 1KLMA 5T7BA 4E7JA 1RT7A 2ATQA 2QXFA 2YNIA 3HVTA 3VA0A 4DQPA 4B9MA 3TI0A 2FBVA 2A1SA 4CF2A 4JRQA 1X9WA 1QE1A 4DTSA 4KTQA 1XWLA 3VQCA 3TWHA 5HRPA 1T7PA 4DTMA 2OYQA 3HPHA 5J2MA 4CJQA 1JLQA 4QCLA 4HVJA 3VQEA 3DI6A 3SUNA 3NGIA 1U47A 1RBUA 2Q3SA 3AVHA 3PUFA 1KCFA 3DLRA 3AVBA 1IKYA 1ITGA 1ZYQA 2XY8A 4E1MA 5KGXA 1TL1A 4DSFA 1NKCA 4E3SA 2Z1JA 4Q0BA 2YHBA 4BE2A 4CF9A 3QLHA 3ZT2A 1S9EA 1S6PA 2NUBA 4FLWA 2VG7A 2JGUA 1ASUA 1CXQA 3AVFA 3CYMA 4CEEA 3OYLA 3LZJA 2ITGA 4DFMA 2EHGA 1JLGA 1O1WA 4BE0A 4FJNA 1QS4A 3C95A 4R5PA 4DSLA 3K5NA 4AHVA 4CK1A 1VSDA 3HL8A 3LP0A 3E01A 4Z4EA 4FZZA 1DLOA 3ZT3A 1RT5A 3DRRA 1RILA 4AHUA 1BI4A 1HJRA 1S5JA 3ZSVA 2IS3A 3VQ6A 4CEQA 4DTOA 2BANA 2E6MA 1BQNA 4B9UA 3OYDA 3THVA 3NF6A 1ASVA 1NJXA 1I39A 1VK0A 3PX0A 4KB0A 3OS0A 2HW3A 3CG7A 1N6QA 1IG9A 1BGXT 4B8CA 4N76A 3IG1A 4MQ3A 1CXUA 1JLAA 5CZ2A 3BGRA 3TAEA 4ID5A 4B9SA 1RT2A 3OS1A 3A2FA 2GUIA 4FLYA 4E7LA 1S9GA 4AHRA 1QTMA 1T03A 2BDPA 1ZBIA 1J54A 2HHXA 4KI4A 4OKKA 5CYQA 2OPRA 3QERA 4FJHA 3LPUA 4PQUA 3CFOA 3FFIA 1D8YA 1SL0A 3AVIA 2VWJA 4N5SA 4CHNA 4FJ8A 1HQUA 5FDLA 3VQ8A 4CEOA 5FRMA 3P83D 2HNYA 3SZ2A 3TAGA 4AILC 4FJXA 3AO1A 4CHOA 1VSHA 1DTTA 4O44A 4RW7A 4NCBA 3K57A 1VSFA 1JL2A 4NYFA 4OGCA 2D5RA 4M3UA 3AVJA 3RTVA 3DLEA 4KKOA 4CJFA 1S1XA 1TV6A 4M3TA 3F73A 2DTUA 1BIZA 3IAYA 4DSKA 4FJMA 4DTPA 4DFJA 1TK8A 1WNSA 1HPZA 4DLGA 1W0HA 2G8KA 2HHQA 2P5GA 3AA5X 4C8OA 3OYBA 4CJKA 1TK0A 3TANA 3NDKA 2AJQA 4YFUA 4DS4A 1BL3A 2VG6A 3LALA 1IH7A 1VSLA 4BE1A 4M3WA 2PY5A 4O55A 2B4JA 4CESA 3HP9A 3TAQA 4EP5A 3WNHA 1NJZA 3TAFA 3IRXA 1NKBA 1TGOA 3MECA 3QO9A 3I0SA 2P1JA 4Z0UA 2Y1IA 1JL1A 1U48A 4C8MA 3RMDA 1UA1A 1YTAA 3TAMA 5DK5A 5C42A 1NK0A 3D0PA 3C6TA 3LAMA 1L3UA 3AO2A 1UWBA 3O3HA 2XO7A 2G8UA 3SUPA 1J53A 4G1QA 1VRTA 3V9WA 3HO1A 1RTJA 1TAUA 4QOZB 5I3UA 4E7HA 3O4NA 5C25A 3L2UA 5KRTA 4FLXA 3L2WA 4FJ9A 2XY5A 4ZHRA 4LY7A 4N41A 1FKPA 3MXMA 3ZSZA 4M42A 1UAXA 2HHTA 5KTQA 3KLIA 3SI6A 1RT3A 4HCCA 2HHVA 2Y1JA 1XC9A 1N5YA 4TSXA 4AH9A 4N56A 3V9XA 3NCIA 1CZ9A 3L8BA 4KHWA 3AVAA 3AVMA 3S3MA 4CJ3A 4DQSA 1NJYA 1B9DA 4KTZA 3WNGA 4CEFA 2QKKA 4DG1A 3SUOA 4KHNA 3B6OA 4ELTA 1YTUA 3JYTA 3NF7A 1RDDA 4CJ5A 4CJWA 1XI1A 1C1BA 4DTRA 4OLBA 3AO5A 3MEEA 3M8PA 4CCHA 1BIUA 2GBZA 3QEVA 4OPKA 2FC0A 3V6DA 1FKOA 2B5JA 3KLEA 3V81A 1Z25A 3UIQA 3SQ2A 1RBSA 4DF8A 1NOZA 1GOBA 1RTHA 1BQMA 1TKZA 3NF8A 1A5WA 3VQBA 4CFCA 3NF9A 4CJEA 1KFDA 4N47A 3HP6A 4Z4FA 1L5UA 1D9DA 3L2VA 1DTQA 1J5OA 4ICLA 2A1RA 1IKXA 2FBYA 4J2EA 4NCGA 2G8FA 3NH2A 3L2QA 1W9HA 3QEIA 2ZE2A 1S1WA 1BI4B 2D0AA 2P51A 3NGYA 3VQ5A 5CY4A 1QQCA 3OYEA 4W5NA 1A5XA 4M41A 3AVCA 1CZBA 4IFYA 4CHYA 4FK4A 1CLQA 4CECA 3QIPA 3V1RA 4RG8A 4CIFA 3KD1E 4PUOA 4M3XA 4FM0A 4F4KA 4CGJA 4CGHA 4LSNA 4CJVA 3CQ8A 1WAJA 3MXJA 1D5AA 2KZZA 1S1TA 4HUFA 1KLNA 5K14A 2G8HA 4I7FA 4L8RB 2FBXA 3H08A 5HLFA 1BCMA 2E6LA 1JLCA 4I9LA 4OVLA 3TR8A 4FCYA 1NJWA 4B3OA 3NGZA 3KKSA 2Z1GA 4I2QA 1ASWA 3KLFA 1BHLA 2G8VA 1HYVA 2LSNA 4KHYA 3O3GA 4Z4GA 2HHWA 1NKEA 4OGEA 1ZBHA 1JXBA 1JLFA 4CGIA 1G15A 1S1UA 1Z26A 4KRFA 1WSIA 1IKWA 4KFBA 3WNFA 3NH1A 3O3FA 3OJSA 3DRSA 3M8QA 3LAKA 1T8EA 3MXIA 1HQEA 3IS9A 4CEDA 3KK1A 3HXMA 1JXEA 4CGDA 4HTUA 2F96A 4DS5A 2YNFA 2RPIA 2IC3A 1BCOA 4CIEA 3PX6A 4F2SA 3EY1A 4O0JA 1EXQA 4E0DA 4HUEA 3SNNA 5HRRA 1QSYA 1C0UA 1GOCA 1UOCA 4FJ5A 1S1VA 5KRSA 2RN2A 4OJRA 4FW2A 3PO5A 2I5JA 1VSJA 3DMJA 2OPQA 4CF1A 3KKRA 3LP2A 3V9UA 2HNZA 3AO4A 4CEAA 3SQ1A 3SQ0A 1LW2A 3SYZA 3RWUA 3V4IA 4CHQA 4DU4A 5I42A 5HRNA 4HCBA 3VA3A 2OA8A 1LAVA 4CFAA 4CK3A 4B9LA 4JRPA 3ISNC 3RRGA 2WONA 3QETA 2XY7A 2OZMA 4JS4A 4E19A 1HYZA 4WE1A 4ELVA 3KK3A 2YNHA 5CYMA 2B6AA 4KAZA 3KLGA 4FJ7A 3JSMA 3DM2A 3AA3A 2ZQBA 1FXXA 3O4QA 3HT3A 1LW0A 4OPJA 2Z1HA 3CM6A 1RBVA 1B9FA 2D0CA 3QIOA 4DSEA 3VQ7A 4CJTA 4W5TA 1NK6A 1SL2A 1HMVA 2RKIA 1Q8IA 1WSJA 3V1OA 3OYMA 3K59A 2KZMA 2DFHA 1SKRA 1TAQA 3TABA 4H4OA 4CJSA 3OYIA 3SCXA 5JS1A 4DQRA 1MU2A 5HROA 1L3TA 3LZIA 3P1GA 1JKHA 3KLHA 2WOMA 1X1PA 3DOLA 3T3FA 4Q5VA 4BDZA 1EETA 3KIOA 4FK0A 3OYAA 4DTJA 2F8TA 2RF2A 5HRSA 2YKMA 3ULDA 4OLAA 1NK9A 1C0MA 3D45A 3OY9A 3ZT0A 2GV9A 1SKWA 3MAQA 1WSGA 2HHSA 3NBPA 3ZT1A 2XY6A 3DLBA 1VSEA 4OKJA 4IFVA 3KK2A 5HBMA 2YV0X 4RW9A 4FLVA 1KVCA 2DY4A 4F3OA 3PO4A 4KREA 1A5VA 4E7IA 3VQQA 1NK8A 1VSIA 4KHUA 1REVA 2F8SA 2YKNA 3VQAA 2QK9A 4FXDA 2O4IA 3U3GA 3ZSOA 3DLHA 3QEPA 4O5BA 5J1EA 4GW6A 5JS2A 3LDSA 4IG3A 4CHPA 3VQPA 3AVGA 4KV8A 4CIGA 2HVHA 4LSLA 3U6FA 1WSHA 2X6NA 3RMBA 3LANA 1NOYA 1QHTA 2G8IA 4C8KA 3CFRA 4DTNA 1IKVA 1KFSA 1WLJA 5HP1A 2HNDA 5FRNA 4FLUA 3T19A 4DTXA 3S3OA 1XHZA 1QSSA 4DSIA 3ASMA 1F21A 4CJRA 2OPSA 4E1NA 1JLBA 4NCAA 1HNIA 2IAJA 4AHTA 1Y97A 3OYGA 4MFBA 3QESA 3RR7A 2DFFA 4B9TA 4FLZA 4XIUA 2KFNA 1EX4A 1TKTA 4QAGA 5FROA 3AVLA 1GOAA 2X6SA 3NFAA 3B6PA 4CGFA 4KHSA 3PV8A 2G8WA 3CM5A 3SV3A 4DFKA 3VQ9A 2FBTA 4KO0A 3RMAA 3RR8A 3S3NA 1U49A 3S9HA 2PYLA 3CFPA 3V9ZA 1KVBA 4IG0A 3SUQA 4DWIA 4LD0A 4FJGA 4FZXC 4M3RA 4E89A 4FJIA 4K8ZA 3SPZA 3HJFA 3VQDA 3OYKA 4CFDA 3M8RA 3OYCA 3EZ5A 5E41A 1FK9A 3LP1A 1QSLA 2W42A 4OKEA 4FLTA 4B9VA 2O4GA 3ZSQA 2R7YA 2IDOA 3ZCMA 3KTQA 2IGIA 3ZSWA 4CEBA 4BDPA 4H8KA 2JLEA 3DRPA 3HK2A 2XRIA 4CGGA 1LWCA 4J2AA 4FW1A 4GVMA 3ZSXA 4ZTJA 1RBRA 1RDBA 3ZSYA 2QKBA 1NK5A 2HMIA 3BDPA 4DQQA 1LAWA 3OYHA 2VWKA 3SQ4A 1IO2A 1T05A 3VN5A 4BWJA 4CJUA 4HUGA 4DFPA 1TL3A 3OYJA 4C8NA 3HYFA 2PZSA 3RRHA 3AA4A 2HB5A 3L2RA 3OJUA 3LWMA 4J2BA 4DF4A 4FVMA 3DOKA 5SWMA 4IDKA 3VQ4A 3EYZA 4W5OA 1X9MA 4B9NA 3C94A 4B08A 4H4MA 1LWFA 1YT3A 1HRHA 1JLEA 1K6YA 1NK7A 1RTIA 1I3AA 1C1CA 4EZ6A 3NE6A 1UA0A 1BISA 1RCHA 3V9SA 4CJ4A 4KI6A 4KHQA 1EKEA 1VRUA 1RT6A 1YVUA 2KW4A 4DU1A 4F8RA 1L3SA 1ZBLA 1KSPA 3HVRA 2OPPA 3KD5E 4F2RA 4W5RA 2VG5A 1RT4A 1S6QA 3L3UA 3T1AA 5CZ1A 4DSJA 4FJLA 4KB1A 1SUQA 3ZSRA 4B8AB 2IOCA 1U45A 2HVIA 3G0ZA 2E4LA 3DLKA 4LH5A 3WNEA 4RW4A 3OYFA 1RTDA 3HPGA 2XHBA 4IKFA 3ITHA 3LP3A 3ALYA 3NHGA 3QEWA 2D0BA 3NH0A 2KTQA 4M3YA 4ZTFA 1NK4A 1ZBFA 3V1QA 1RNHA 2PYJA 3AV9A 4UQGA 2X78A 3PY8A 4CE9A 3QNNA 4FM2A 3ZT4A 1KVAA 4BWMA 4CHZA 2P5OA 3SJJA 3DYAA 3M8SA 2ZD1A 1SL1A 4DMNA 3AO3A 1L3VA 4KPYA 1WSFA 3NAEA 4Y1DA 1TKDA 3HM9A 3HSTB 1LWEA 3DLGA 4ELUA 1KRPA 1R0AA 3I0RA 2BGGA 3HPOA 4DU3A 4J2DA 4C8LA 4PWDA 1RBTA 1X9SA 1VSKA 4O4GA 1WAFA 5SZTA 4O0IA 4EZ9A 1ZBUA 4FM1A 1TK5A 4Z4IA 1RT1A 1B92A 2HHUA 5EU7A 2BE2A 2KQ2A 4AHCA 3MEDA 4CF8A 5J2NA 4EP4A 4PA1A 3OYNA 4FJJA 1RDCA 3C6UA 3QNOA 3SPYA 3P5JA 5J2PA 1Q9XA 1J9AA 1VSMA 4CJPA 4FYDA 3K2PA 3TARA 3AVNA 3OVNA 4K8XA 3LPTA 3K5MA 2X74A 5D3GA 3OS2A 1HYSA 4NYNA 4Z4HA 4I2PA 1U04A 4CFBA 4Y1CA 3I8DA 3L3VA 3QINA 4I9QA 5KGWA 4CF0A 3K5LA 1WN7A 3LWLA 1U4BA 5J2QA 1WSEA 4JLHA 4ID1A 4FZYA 1EP4A 4CERA 1C6VA 3U3YA 2Z1IA 4BDYA 1KTQA 3PX4A 4Z4CA 1XHXA 3QEXA 2DFEA 3K58A 1HNVA 4W5QA 3MEGA 4BACA 1TVRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FJKA 1C1AA 2A3ZA 1XQSC 5H1SQ 3G10A 5AQRA 3F9KA 2ASOA 2EX3A 2NZTA 5KI6A 4I6MA 4YNQA 4DTUA 4CEZA 4KTWA 4JS5A 5AQIA 2OZSA 1Q9YA 1C0TA 1NWKA 5T7BA 3DJCA 2QXFA 4DQPA 2YNIA 3VA0A 2NRRA 4CF2A 1X9WA 4KTQA 1QHAA 3F2KA 2O8BB 1NNEA 1C0GA 1RBUA 4GKKK 3H1VX 4BQZA 3AVBA 1WUAA 4E1MA 4E3SA 4Q0BA 3QLHA 3ZT2A 1S6PA 2NUBA 5GIOA 3AVFA 4CEEA 2ITGA 4DFMA 1JLGA 3EEQA 1QS4A 4FSVA 3K5NA 3I56N 2HF4A 3E01A 3DXKB 3K9JA 3QFUA 3ZT3A 4AHUA 3VQ6A 4CEQA 4BC3A 3O8MA 2QEXN 4JI2K 4B9UA 3OYDA 2HSTA 3NF6A 1EWQA 3J80O 1I39A 3W0LA 3PX0A 4BRFA 2HW3A 4H5VA 1BGXT 4N76A 3IG1A 4MQ3A 3H3NO 5CZ2A 3VEXA 3BGRA 2ZJRL 5JVGL 3VGLA 4DR6K 1ESVA 3H46O 4B9SA 5M1QA 3A2FA 2E2NA 2HF3A 2YI1A 4W5NA 1ZBIA 3THXB 3QERA 4DV1K 3T1HK 4FJHA 4PQUA 3CFOA 2GELA 4YOYA 3LM2A 5HOOA 4CHNA 4JKBA 1VQ5N 5FDLA 3TAGA 3SZ2A 3A5LC 3O6WA 3K57A 4IXCA 2QW9A 4CZEA 4M3UA 3RTVA 1BIZA 3EKUA 4DSKA 4FJMA 4DTPA 5AZIB 1HPZA 4DLGA 3WT0A 2CH6A 2NRTA 4LFCK 2HHQA 3AA5X 4C8OA 4MLHA 1TK0A 3H45C 4YFUA 4DS4A 2VG6A 4BE1A 2F9TA 4O55A 3MN5A 2BTFA 3FLCO 3TAQA 3F5TA 3N4QA 4FWOA 4WYBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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