1RDAA

Crystal structures of ribonuclease hi active site mutants from escherichia coli
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTNGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of ribonuclease HI active site mutants from Escherichia coli.
pubmed rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE H
molecule tags Hydrolase(endoribonuclease)
source organism Escherichia coli
total genus 50
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1993-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1rdaA00
3SQ0A 3AV9A 1KRPA 1T8EA 1S9EA 4DF8A 4O0JA 1IKYA 1TK0A 2BDPA 4DQPA 1HRHA 4ELTA 3KLIA 2XY6A 3O4QA 4FJJA 1J54A 3QEWA 5I42A 1JLQA 3L2QA 3L2WA 1VSJA 3K5MA 4CCHA 5DMRA 1WAJA 4E7LA 1NK5A 5KTQA 4FZYA 3H08A 3K57A 3LP1A 4B9MA 4L8RB 3WNHA 4EZ9A 5SWMA 2ZE2A 2VWKA 2YHAA 3SPYA 2ZQBA 4OJRA 3NH1A 3VQBA 4E7IA 1SL0A 4DSJA 2HW3A 3RWUA 2ITGA 1KVBA 2G8WA 2XY7A 3HL8A 2Z1JA 1HYZA 4DFKA 1BGXT 4WE1A 4JRPA 2HHVA 4NCGA 3K59A 3CFOA 4B08A 4CJ4A 2XO7A 2OPSA 3HSTB 1GOCA 1TVRA 1VSDA 4CGFA 1XI1A 3VQAA 1L3SA 3QESA 4KHNA 3NF7A 4TSXA 2GUIA 3DMJA 3OYMA 1TK8A 1ZYQA 1W0HA 3ZSOA 1L3TA 1QQCA 2KZZA 1REVA 4CEEA 1BQMA 3OYEA 2FBVA 1RT2A 1X9WA 5FRNA 3K2PA 4KREA 4CK1A 4KO0A 1RTIA 1VSKA 2HMIA 1RBUA 1HNVA 5EU7A 2XRIA 4DQRA 2HVHA 1CXUA 4DG1A 4KPYA 4O5BA 3LAKA 3QNNA 3TR8A 3CM6A 4FJ9A 1WSHA 4FLVA 1RTDA 1VSMA 3QIOA 3O3HA 4Z4IA 1TK5A 3F73A 5J2PA 4K8ZA 1JLEA 2KQ2A 2BANA 3RMBA 2XHBA 2LSNA 3QO9A 1C0UA 4DS5A 3PY8A 4CEDA 3RTVA 1SV5A 4DSKA 2Z1IA 2KFZA 2DFEA 4CHQA 4E19A 4F2SA 3BGRA 3AVJA 4KFBA 4CF0A 1X9SA 4KHUA 4B8AB 2D5RA 4LSNA 4KI6A 3HXMA 3AA5X 4N47A 3T3FA 5K14A 3T1AA 4CEAA 3E01A 3NH2A 3SPZA 3DRPA 1BISA 1LWFA 3DI6A 1S9GA 4IFYA 5HRNA 4H8KA 4DFJA 4DQSA 4FZZA 3K5NA 5J2MA 3KLFA 3OJUA 2ATQA 1RDDA 1HYVA 1RT4A 1IH7A 3HP9A 4O0IA 5HBMA 4DTOA 2OYQA 3L3VA 4KHQA 4BWJA 2P1JA 1UOCA 1TL1A 4LH4A 4E7KA 4M45A 4B9SA 4CEQA 4FJGA 4M3ZA 1QSSA 1YTAA 4DS4A 4DTRA 4BDPA 2I5JA 3I8DA 5C42A 4BE0A 1EX4A 3T19A 4NCAA 3NFAA 3OYJA 3KK2A 3OYNA 3G0ZA 4RW4A 3VA0A 1TV6A 3AVGA 3DOKA 1NK9A 3MECA 1QHTA 2E4LA 3TAEA 1T03A 3O3FA 4FK4A 1CZBA 2FC0A 2HNZA 3AO4A 3IRXA 4HCCA 2G8IA 2HB5A 4BE1A 4DTMA 4C8NA 4K8XA 4AHSA 1LAWA 1BCMA 3AVHA 3LAMA 4DTNA 3VN5A 3QEIA 3S3MA 1U48A 1L5UA 1NK8A 4IBNA 2Z1GA 4MFBA 3D45A 5CYQA 3NHGA 1L3VA 2NUBA 2BE2A 1IO2A 4CF9A 3KLHA 3NGZA 3V9UA 1DTQA 1QSLA 2YNHA 5E41A 4FJIA 3DLHA 4I2QA 4IFVA 4CJSA 1MU2A 2QKBA 1K6YA 3ASMA 2YKNA 3VQ9A 1XHZA 2PYJA 4DMNA 1UA1A 3AO5A 3HM9A 1F21A 4KB0A 3QINA 4CIFA 1CXQA 4H4MA 4HHTA 3ALYA 3RR7A 4DU1A 4FJXA 4CEBA 3ZCMA 1NOYA 3M8RA 3RR8A 1VRTA 4O4GA 3CFPA 3TAGA 3OYBA 1UA0A 4PUOA 1WNSA 4H4OA 3ZT0A 3OYFA 1ZBHA 4F3TA 4OPJA 3EYZA 3PO5A 4FXDA 1RT3A 3C94A 1SKSA 4JLHA 1SL1A 1HMVA 1UAXA 3LDSA 4AILC 4KB1A 2HHXA 3VQDA 1L3UA 2OPQA 1EKEA 1JL2A 4RW7A 3V6DA 3NF6A 2VG6A 1BIUA 1B9FA 1B92A 2F96A 3OYIA 3QETA 4PY5A 3PUFA 1NKBA 1FKOA 3DOLA 1GOBA 2RN2A 4LD0A 3QNOA 4DTXA 1LWCA 1RDAA 3RMDA 4F8RA 4CJVA 4B9UA 1BL3A 1FKPA 4PWDA 1BI4B 3AVNA 1KTQA 3EY1A 2QXFA 3V9WA 4AHRA 2HHQA 3KD1E 1WN7A 3KKSA 2A1SA 2JGUA 3SZ2A 3V4IA 1KLNA 2IDOA 2YHBA 3C95A 4M41A 1BQNA 3OYKA 3PX6A 1NK7A 1JLGA 1S1TA 2WOMA 3OVNA 4GVMA 5J2QA 2P5OA 2HHWA 2GBZA 2YNIA 4ICLA 4CGIA 2IS3A 4FJKA 3DLGA 4MQ3A 2IOCA 4LY7A 3QEVA 2D0AA 3ZT2A 5T7BA 3KK1A 1CZ9A 4O44A 4XIUA 4FW2A 2YNGA 1KCFA 4NYNA 3JYTA 3PX4A 2HHSA 3ULDA 3CM5A 2F8TA 3DYAA 3HPHA 3S3NA 2RF2A 3DRRA 3DRSA 3SCXA 4IG3A 5HRPA 2XY8A 2XY5A 1KVAA 4CJQA 3B6PA 2YNFA 4CESA 1R0AA 1Q9YA 4LSLA 1S1XA 4I9QA 4OLBA 3VQ8A 4GW6A 3HJFA 4W5NA 3P83D 4J2DA 4BDYA 2PY5A 4CJFA 3AVKA 4FJLA 1TAUA 1RDBA 1S1UA 4FYDA 4DF4A 3TABA 3SUOA 1T05A 1QSYA 3ZSQA 3LWMA 1C0MA 3VA3A 3SUPA 3NAEA 2O4IA 1S5JA 4OKKA 4FLYA 4QCLA 3SJJA 1VSIA 3NF9A 3KK3A 3L8BA 4C8MA 1XWLA 1J9AA 3RRHA 1IG9A 4CERA 3AVFA 3CYMA 4Y1DA 2DTUA 1RBTA 3C6TA 1BIZA 5KRTA 2X6SA 2ETJA 4KTQA 4OVLA 1RTJA 3O4NA 4I7FA 3AO3A 4FLTA 2G8KA 5DK5A 2HHUA 1WAFA 3RMCA 2W42A 4Z4CA 4FJ8A 1BCOA 4R5PA 1W9HA 2IAJA 3P1GA 2R7YA 3NE6A 2Y1IA 5KGWA 3OYAA 4CK3A 3OJSA 4FM2A 5FROA 4CFDA 2P5GA 3C6UA 1HPZA 4DSIA 4E1NA 2KW4A 1LWEA 3AVIA 1EP4A 4DLGA 1U45A 3QEPA 4CF1A 3RRGA 1VRUA 2B5JA 3TAPA 2KZMA 1RT6A 3AVLA 1U47A 3TARA 4AH9A 1RDCA 3VQQA 3VQ4A 1NKCA 2P51A 1C1AA 1VSHA 4FLWA 3L2UA 1RBVA 3ZSWA 2VWJA 4HTUA 3NDKA 2HHTA 1JKHA 1CLQA 3LPUA 2EX3A 4N76A 2B6AA 4E1MA 3QLHA 3CG7A 4DTSA 3F9KA 3HK2A 1NJZA 4B8CA 3TWHA 4CIEA 3AA3A 3LPTA 3S3OA 3SNNA 4FK0A 4B9LA 3I0RA 1C1BA 3VQ5A 3CQ8A 3V81A 2X74A 3DLKA 3KTQA 5J2NA 1SKRA 3ZSRA 3TAMA 1JLCA 3SQ2A 4IG0A 4FJNA 3ISNC 4AHVA 4OPKA 4E0DA 2G8VA 1S1VA 4E89A 2FBTA 2QK9A 1A5VA 2Q3SA 3LANA 4B3OA 4B9VA 1GOAA 1JL1A 3HT3A 3SV4A 1KSPA 4KI4A 2G8HA 4NYFA 3AVMA 1ZBLA 1N5YA 3NCIA 3THVA 4ID1A 1IKXA 3OYHA 3LZJA 3TAFA 2OZMA 1JLAA 4BE2A 3SQ4A 4FJMA 3AVCA 3SUQA 4M3RA 4FK2A 4OGEA 3TANA 1RTHA 1KVCA 4C8OA 4Z4GA 3QERA 4I9LA 4CJEA 5J1EA 2DFFA 4HUEA 4ZTJA 2RPIA 4KTWA 1RILA 5KGXA 4HUGA 4OGCA 4AHCA 3M8QA 3QIPA 3MXIA 3V1QA 4CHYA 2WONA 1BI4A 2RKIA 5CY4A 3AVAA 3MEEA 3AO2A 4FM1A 4FLXA 1G15A 3OS0A 3DLRA 1SKWA 4F4KA 4IDKA 1TKTA 4Z4FA 2JLEA 4DU4A 4CFAA 4W5OA 4C8KA 1J5OA 1RNHA 1A5WA 4F2RA 2IC3A 3ZT3A 2YKMA 5HRSA 4B9NA 4DWIA 1RCHA 4YNQA 3OY9A 3HO1A 4HCBA 3BDPA 1SL2A 1IKVA 1C0TA 4G1QA 5JS2A 1NK0A 1JXEA 1TL3A 2G8FA 1DTTA 4OLAA 4OKJA 4CFCA 3LWLA 4CHPA 4FCYA 4ELUA 4DU3A 1XC9A 1EETA 3M8PA 1NOZA 1TGOA 3OYCA 2KTQA 4BWMA 2PZSA 4LH5A 2OPRA 4CJ3A 2Z1HA 4M42A 4AHTA 3SUNA 3EZ5A 4DLEA 3U3GA 1JXBA 1C6VA 1JLBA 4DFPA 3V1RA 4EP4A 3VQEA 1HYSA 2DFHA 3K5OA 3HPGA 4RW6A 3NH0A 4KKOA 3OYGA 4QAGA 3DLBA 2D0BA 4CF2A 1SUQA 3WNGA 1B9DA 4DTPA 4BDZA 3V9ZA 2DY4A 5I3UA 4AHUA 2EHGA 1TKDA 3K5LA 5SZTA 2B4JA 4ZHRA 1C1CA 1J53A 4FJHA 4NCBA 1FK9A 3PO4A 1TKZA 3WNFA 3A2FA 4GMJB 3FFIA 4ELVA 3AO1A 3TAQA 4FW1A 2X6NA 1XHXA 3MEGA 1RBRA 5HRRA 3WNEA 3SYZA 3RMAA 4FLZA 4Z4EA 2KFNA 1O1WA 1T7PA 4KHWA 4FLUA 5JS1A 3P5JA 3VQPA 4J2EA 4CJPA 4N41A 4CJ5A 4CJRA 1NJYA 3VQCA 1JLFA 4CHOA 4KRFA 2PYLA 4CK2A 4FZXC 1LW2A 3TI0A 2F8SA 2D0CA 1I39A 5HP1A 2OZSA 1U49A 1VK0A 3HVTA 3B6OA 2E6LA 4DTJA 3U6FA 1S6QA 1Z25A 4HUFA 1WSGA 4EP5A 1N6QA 4DQIA 1QS4A 4C8LA 3IAYA 1WSIA 3O3GA 1KFDA 4JRQA 4M3YA 4Z4HA 3HPOA 1IKWA 1S1WA 4CECA 5HLFA 1WSFA 3UIQA 1ITGA 2FBXA 4UQGA 1NK4A 4CGJA 1ZBUA 3KIOA 4Q5VA 3DM2A 2O4GA 3I0SA 4Q0BA 4FJ5A 4M3WA 4DSFA 3U3YA 1D9DA 4KAZA 4DQQA 4F3OA 4KTZA 2FBYA 4I2PA 3OYLA 2GV9A 4RW8A 4E7JA 4EZ6A 1RT1A 1X9MA 2BGGA 4QOZB 4KHSA 2HNYA 1Q8IA 1NKEA 3PV8A 2Y1JA 1YTUA 4ZTFA 1NJXA 3L3UA 1RT5A 4M3XA 4Y1CA 1VSLA 5CZ2A 1VSEA 2ZD1A 1KLMA 3DLEA 2OA8A 1FXXA 5FRMA 3S9HA 1Z26A 2AJQA 1WLJA 3SI6A 4O55A 2VG7A 4DSEA 3ZSZA 1LW0A 4CEZA 3AA4A 4M3TA 4ID5A 4JS4A 3NBPA 3KKRA 1ZBFA 3KLEA 4CGDA 2HVIA 4Z0UA 3ZSXA 3MEDA 3QEXA 4B9TA 3L2RA 1BHLA 2E6MA 3ZSYA 1U04A 4N56A 5HROA 4KV8A 4E3SA 3PX0A 1YVUA 1HJRA 1QE1A 4CEOA 4RW9A 4CFBA 4PA1A 2G8UA 3IS9A 4RG8A 1U4BA 3SQ1A 3NF8A 3V9SA 5FDLA 4J2AA 1ZBIA 4CJUA 1X1PA 3KLGA 4CF8A 1D5AA 1WSEA 3ZSVA 1I3AA 3CFRA 1S6PA 1A5XA 4CJKA 2IGIA 4CGHA 1ASWA 1HQEA 1VSFA 1WSJA 2QKKA 4M3UA 3SV3A 1KFSA 4CIGA 3HYFA 3IG1A 3LP0A 5C24A 3OYDA 4HVJA 1ASUA 1LAVA 3VQ7A 4CHZA 4CJLA 4W5TA 3LZIA 3KJVA 1D8YA 3V1OA 5CYMA 4YFUA 3M8SA 4FVMA 3OS1A 1NK6A 4DSLA 2X78A 3ZT4A 1RT7A 3MXMA 4DTUA 3JSMA 1NJWA 1HNIA 2A1RA 1RBSA 1TKXA 1YT3A 4CJWA 5KRSA 2HNDA 1HQUA 5C25A 3HVRA 3AVBA 1Q9XA 4CJTA 3KD5E 3LALA 3D0PA 4FM0A 3OS2A 3VQ6A 1TAQA 3LP2A 3ZT1A 1Y97A 5D3GA 4PQUA 1DLOA 5CZ1A 1QTMA 1UWBA 4JS5A 3NGIA 3AA2A 3L2VA 3HP6A 3G10A 4BACA 4CE9A 4N5SA 4W5RA 4IKFA 4CHNA 3MXJA 4OKEA 1ASVA 4CEFA 3V9XA 3ITHA 4DFMA 2OPPA 5KI6A 1EXQA 4E7HA 3NGYA 3K58A 4CGGA 4W5QA 1LV5A 4J2BA 4KHYA 1D9FA 3MAQA 3LP3A 4FJ7A 2VG5A 2YV0X
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SQ0A 3AV9A 1W7AA 1N34K 1IKYA 1HRHA 3QEWA 4LF5K 1DT9A 5CHIA 4WFAL 1VSJA 3L2WA 3K5MA 1YIJN 5DMRA 4E7LA 4NB4A 4FZYA 2ZGZA 4V19S 3K57A 3O9QA 4B9QA 5AQNA 2GWKA 1SL0A 2BH1A 2ITGA 2G8WA 3CCJN 1HYZA 2Z1JA 3DLLL 1MDUB 4DFKA 3CFOA 3L4IA 4B08A 4CJ4A 2HHXA 1GOCA 4DR7K 3NF7A 3PSIA 3OYMA 3ZSOA 1L3TA 1XNQK 1REVA 4CEEA 2OTLN 1BWFO 4JKGA 4H5VA 1VQ4N 5CR4A 3K2PA 4KO0A 1RBUA 5LMNK 2PAVA 1VQ7N 1NMNA 4O5BA 3CM6A 2ZF5O 4FLVA 3O3HA 2V7ZA 3F73A 4CBUA 5LMUK 5GAHP 2LSNA 3PY8A 4CEDA 2W6KA 2GWJA 3HZ6A 4E19A 1RGIA 2E20A 3AVJA 4CF0A 1X9SA 3AA5X 4IO9L 2D0PA 3NH2A 1S9GA 4IFYA 3PIPL 4CD3A 4XH5A 1VQPN 3B8AX 3K5NA 3HP9A 4DTOA 1IJJA 5LL6Z 2UYTA 1TL1A 4LH4A 4E7KA 4M45A 1QSSA 2IIRA 4DS4A 3C6AA 3I8DA 2W40A 4BRFA 1EX4A 3OYJA 4I6MA 2YX6A 3G0ZA 3H45C 4RW4A 3AVGA 2D0OA 4H0XB 3TAEA 1T6CA 3UKUB 1T03A 2E2NA 3IRXA 4BRNA 1FW6A 4DTMA 4AHSA 5GINA 2Q0UA 4H0OA 4A2AA 2NUBA 5ADXH 1EQYA 3V9UA 1D4XA 5E41A 3ZX3A 1Q82O 4I2QA 1MU2A 3O9SA 4BRQA 3ASMA 3VQ9A 2HBJA 3JS6A 1OVQA 2ASPA 4DR6K 3WXIA 3QINA 3VMFB 1CXQA 2E8AA 4DU1A 4O4GA 1WNSA 4IFEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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