1RDCA

Crystal structures of ribonuclease hi active site mutants from escherichia coli
Total Genus 42
204060801001201400510152025303540
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTNSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (6-13)EMPTYS3 (31-42)AH4 (128-141)TIV8 (148-151)AH1 (44-57)TII1 (98-101)S4 (66-69)TIV5 (121-124)AH2 (72-87)TIV3 (88-91)S5 (91-92)S6 (96-97)AH3 (101-111)S2 (18-28)TI1 (92-95)TIV4 (111-114)TIV7 (141-144)S7 (117-120)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase(endoribonuclease)
source organism Escherichia coli
publication title Crystal structures of ribonuclease HI active site mutants from Escherichia coli.
pubmed rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE H
total genus 42
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1993-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1rdcA00
1RDCA 1KSPA 3RR8A 1IKWA 4KREA 2F8TA 3V81A 4R5PA 4FM1A 4BDZA 3TAGA 5HRPA 3HXMA 2VG7A 1FK9A 2YKNA 3L2WA 3IS9A 4HUEA 3MEEA 4F8RA 3ZT1A 4XIUA 4FJKA 4CK2A 4CJUA 4CECA 4CFBA 2BDPA 1Q9YA 2HMIA 3QEVA 4ZTFA 1X9WA 3RRGA 1FXXA 1XHZA 4NCBA 1ASVA 3M8SA 4FZXC 3O3FA 1KFSA 1I39A 3G0ZA 4Z4CA 1LWCA 1QTMA 2P1JA 4E7JA 3RMDA 4B9TA 2F96A 1L3VA 2KZMA 5HBMA 4FJMA 2O4GA 4YNQA 3CYMA 4BWMA 4CEOA 4DTRA 3HPOA 1GOCA 4DLEA 2P5GA 2HB5A 4M42A 3AVCA 4CEAA 5I42A 4F3OA 4N56A 2QXFA 3O3GA 4B9MA 4N76A 2RN2A 1DTQA 3QEWA 4FK2A 2YNFA 1JLEA 3DOLA 3TAQA 4O0JA 2G8KA 3ALYA 2HVHA 4FM0A 1D5AA 3RR7A 3U3GA 3AVIA 2Y1JA 3PO5A 1RT1A 4K8XA 4E3SA 1KVBA 4E7IA 3L2VA 4J2EA 3DLRA 1ITGA 4BE0A 4FZYA 4Z4FA 1NK6A 4CGHA 1Z26A 1DLOA 2OA8A 2HW3A 2OPQA 2YHAA 3OJSA 3SQ0A 4KHQA 1RBSA 3HPGA 1WSFA 5HRSA 4N5SA 3L2RA 4JRQA 4DQIA 4KPYA 1T03A 3OS0A 4CF2A 1BI4B 2X6NA 1JLBA 3K59A 2PYLA 2FBYA 2KW4A 3KLHA 5CZ1A 3IRXA 5SZTA 2O4IA 2IS3A 3VQAA 1RILA 3I0RA 1TKTA 4M3YA 4GW6A 4K8ZA 3DMJA 5SWMA 3NH2A 3D45A 3LP1A 4M41A 4JLHA 2RKIA 3ZSWA 1ZBUA 3MEDA 5K14A 3WNEA 4FM2A 1J5OA 3AO2A 1NKBA 1KLNA 4NCGA 3V9WA 4DTXA 2DFEA 1HYSA 4CJVA 1JLCA 3SQ1A 4OKKA 1VSEA 3HPHA 4DSEA 1NOYA 3IAYA 4CJ3A 3PO4A 1RBRA 4AHSA 4KI6A 4PUOA 3OYJA 3O4NA 4JRPA 2XY8A 3AO1A 1SL1A 4KHSA 3TR8A 4CEFA 2IC3A 2BANA 4CHNA 2E4LA 3F9KA 3NGYA 4CEEA 3LZJA 4B9LA 1IKYA 3VA3A 3ZSOA 1ASUA 2QKKA 4OPKA 1WSEA 4IDKA 4DMNA 4AILC 4DF8A 1WLJA 2FC0A 4OVLA 1JKHA 3OYHA 1CZ9A 1TVRA 3DRSA 3VQ7A 3RTVA 4E0DA 4CJFA 4OLBA 3SPYA 3QERA 4KHWA 3AVLA 2YHBA 1WAJA 3HM9A 1B92A 4EZ9A 4DU4A 1S6PA 3TABA 3LPTA 1QQCA 4CJLA 4LY7A 1JLFA 2HNZA 3OYLA 5DK5A 1G15A 4G1QA 3AO3A 3L3UA 3ZSRA 4JS5A 3TAFA 5D3GA 2HHVA 4O0IA 5DMRA 1U04A 2EX3A 4F2SA 1WSIA 3QIOA 3V9UA 2PYJA 3AA3A 1RTJA 3LALA 1VSDA 4BACA 1NK8A 3C6UA 3LDSA 1BQMA 5FROA 4IFVA 3VQEA 4CGJA 1U48A 1LAWA 1UAXA 2X6SA 2OPSA 4TSXA 3ZT0A 2VWJA 1BISA 4CGIA 5HRNA 4CCHA 4CFAA 1S1UA 3ASMA 1UA1A 2HVIA 3OYBA 3K58A 2OYQA 4CJRA 1IKVA 2DFHA 2BE2A 2IDOA 1XC9A 1Q8IA 3DOKA 4CJWA 4F2RA 3AO4A 4FJXA 4OLAA 3SCXA 2DY4A 3TI0A 1X9SA 1L3UA 2KTQA 4EP4A 4B9UA 3ZSVA 1EX4A 1NJXA 3DLHA 3MXJA 3VN5A 4Y1DA 3L2UA 1BCMA 1VSFA 3AVAA 3KLIA 1TKXA 4BE1A 4FJHA 4L8RB 4CK3A 4FLUA 4O5BA 2EHGA 1A5VA 2GUIA 2OPRA 2Z1JA 3SYZA 4JS4A 4KI4A 4CEDA 1JL2A 1RDBA 3ZT3A 4FJIA 4IFYA 3M8QA 4C8KA 4CESA 3OYMA 3ZCMA 1SKWA 3NF6A 4I2PA 2B6AA 4PA1A 1TKZA 4Q0BA 2HHQA 4CFDA 1UOCA 3HVTA 2GV9A 3B6PA 3ZT4A 3SPZA 4KTWA 2X74A 4RG8A 4FJGA 1CLQA 1BIUA 3NDKA 2XY5A 3KJVA 1C1BA 3TWHA 2G8HA 4UQGA 1SL2A 5HROA 3LP2A 4DF4A 3K5LA 1VRUA 4HTUA 4I9LA 1S1WA 1REVA 4Y1CA 1NK5A 4B9SA 2HHWA 4CEQA 3K2PA 4B08A 2Z1IA 3D0PA 1J9AA 1NK7A 4EP5A 4E7KA 1VSJA 4FJ9A 3DYAA 5CYMA 1RT5A 3K5NA 2PZSA 3KTQA 5FRNA 3SUOA 1L3SA 3AVGA 1HQUA 1RCHA 3KLFA 2R7YA 1MU2A 3LANA 3CG7A 4ZTJA 3HT3A 3VQ8A 3NGIA 3KLGA 3I8DA 4DTOA 1TK8A 3VA0A 3DM2A 3BDPA 1UA0A 2ATQA 4HCBA 4M3TA 4HVJA 4FZZA 1DTTA 4FLWA 3TAPA 3NE6A 1U4BA 4J2DA 5JS2A 1VSHA 4CJPA 2A1RA 2OPPA 1QHTA 2D5RA 1RT3A 2HNDA 4LSNA 3VQ4A 1C1CA 4DFMA 4FVMA 4M45A 1WSJA 1C1AA 1LW0A 3MXIA 1SV5A 2E6LA 3AVKA 2VG6A 2XY6A 1D8YA 1RNHA 1VSIA 1VK0A 1S6QA 3OYCA 1ZBFA 4CJSA 3RWUA 2LSNA 3CQ8A 1KLMA 3NHGA 4AHCA 4J2AA 3LAKA 2YNHA 5KI6A 1IG9A 4DWIA 1EP4A 3CM5A 3ZSYA 4DQQA 3EZ5A 4FW2A 4Z4IA 3V1OA 3QINA 1ZBLA 1JLAA 3KIOA 4OGEA 3NH1A 3OYDA 1C0UA 4CIFA 1CZBA 4FLZA 1EKEA 3QO9A 3U3YA 4BDPA 2P5OA 3ISNC 4ID1A 5J1EA 1BIZA 4GMJB 3KKSA 5C42A 4RW6A 1Y97A 4QOZB 4HUGA 2KZZA 4F4KA 3RMCA 4E7HA 4Z4EA 3ZSQA 3BGRA 1EXQA 2FBTA 4DQSA 1RT4A 4CHQA 4M3UA 3VQBA 3B6OA 4YFUA 1KTQA 3OYFA 3S3OA 3HJFA 2OZMA 3NF8A 5HLFA 3TARA 3S3NA 4RW7A 3V6DA 4PY5A 4N41A 2Q3SA 4DFPA 4H8KA 4KHNA 5T7BA 4DU1A 1X9MA 1QSLA 2XO7A 5KGWA 3NCIA 3AA4A 4ZHRA 3V9SA 4O4GA 4EZ6A 1NK0A 3OS2A 4DTJA 3VQ9A 4AHRA 3L2QA 2G8UA 3P83D 2QK9A 3I0SA 3QEIA 1VSKA 2F8SA 3THVA 3AVMA 3PUFA 1JXEA 1C0TA 4CE9A 4M3XA 2G8IA 4F3TA 3ZSXA 4CHOA 4FLVA 1JXBA 1N6QA 1QS4A 1RBTA 3TAEA 2BGGA 3NBPA 1BI4A 2D0BA 3AVHA 4FLTA 3KK3A 1S5JA 3QNOA 1SKSA 4Z4GA 4C8NA 1TL1A 1U47A 1BGXT 3SI6A 3LAMA 3H08A 2Z1GA 4RW9A 3A2FA 4DTUA 2XRIA 1R0AA 1S9GA 4KB0A 2ETJA 4FJ5A 4O44A 4BE2A 1FKOA 5HRRA 3O3HA 1RBVA 5KRTA 3F73A 3QIPA 4RW8A 4Z4HA 3SQ4A 1XI1A 3HO1A 3SNNA 1T7PA 3KLEA 4KB1A 3CFPA 4DSIA 4FJ8A 3KKRA 4MFBA 1B9DA 4M3WA 3HK2A 2JLEA 1RTIA 2WONA 1SUQA 3P5JA 4FK4A 3OYGA 1KFDA 1QSYA 4IG3A 4I7FA 1WSHA 1B9FA 4OGCA 3TAMA 1KRPA 4J2BA 4FJNA 4H4MA 1RBUA 1VSLA 5CY4A 4HHTA 3AA2A 3JSMA 1L5UA 4LH5A 3V1QA 1TAUA 3QLHA 1JL1A 4MQ3A 3VQQA 4KHUA 3LZIA 1NK9A 4Z0UA 4AHVA 4HCCA 4CF8A 3QEXA 2VG5A 4W5OA 1J53A 1JLQA 1HMVA 3O4QA 1C0MA 5I3UA 2B5JA 3VQ5A 3AVFA 1LW2A 3DRPA 4CK1A 1TL3A 2JGUA 2RPIA 1O1WA 3LP3A 1ASWA 2Y1IA 3V1RA 1RTHA 3ZT2A 3AA5X 3HL8A 1NKEA 3PY8A 1BCOA 4QCLA 3ITHA 4FLXA 3C95A 3ULDA 1BQNA 3SJJA 1L3TA 4NYFA 4KAZA 4PQUA 3QNNA 3MXMA 2DFFA 4AHTA 3OS1A 3OYIA 3CFOA 3LP0A 4BDYA 4DFKA 4CEZA 2YV0X 4M3ZA 1KCFA 4KTQA 4H4OA 1F21A 2YKMA 3C6TA 3HP9A 3IG1A 3NGZA 1WN7A 1HYZA 1ZYQA 4DFJA 3CFRA 4DU3A 4FJ7A 4CJTA 5FRMA 3TANA 4DTNA 3SUPA 3KD1E 1XHXA 1YTUA 3SUNA 4OKEA 4KFBA 1IKXA 1WAFA 1Q9XA 4PWDA 1IH7A 1HPZA 4DTMA 5J2PA 4C8LA 4CGGA 4GVMA 4E7LA 1TK0A 3NFAA 4B8CA 4W5QA 1RT6A 3LPUA 4ELTA 4CJ4A 3M8RA 1N5YA 3DLBA 2ZE2A 1EETA 3V4IA 4DSKA 3M8PA 1NJZA 1BHLA 3OVNA 3PX0A 4CGDA 1RT7A 4W5TA 1U49A 5E41A 3T19A 1RDAA 2IGIA 2KQ2A 3OY9A 1JLGA 1S1XA 4W5RA 4CIGA 4B9NA 2OZSA 5J2QA 4CJEA 4KO0A 1LWFA 3SZ2A 4FK0A 1TAQA 3V9ZA 4C8MA 2IOCA 4M3RA 3AO5A 2IAJA 3NH0A 3G10A 4DLGA 1I3AA 4CHZA 3QEPA 1HJRA 4FJJA 1HRHA 5EU7A 1WNSA 1QE1A 4CF0A 1QSSA 1S1TA 1KVCA 4WE1A 5KRSA 4W5NA 2NUBA 3PX4A 5CZ2A 4CERA 1GOAA 3HP6A 1TKDA 2YNIA 4CJQA 4E1MA 1VSMA 4LSLA 2W42A 1HYVA 2G8WA 1CXQA 1YVUA 3OYEA 4RW4A 3S9HA 4IKFA 4OPJA 4DTSA 2AJQA 2QKBA 1W0HA 1Z25A 3P1GA 1HQEA 1LWEA 1XWLA 1X1PA 1HNVA 2FBVA 3K5OA 1GOBA 3DLKA 4IG0A 1T8EA 4CIEA 2G8VA 4FYDA 3SV4A 4NCAA 4NYNA 4CGFA 1BL3A 3K57A 3RRHA 4DSLA 1TV6A 5C25A 3EYZA 2ITGA 2YNGA 3AV9A 2KFZA 3LWLA 5JS1A 1C6VA 2KFNA 4AH9A 3JYTA 3VQCA 1RT2A 1WSGA 3NF9A 4DTPA 1SKRA 4B3OA 1IO2A 4CF9A 4KRFA 2E6MA 5KGXA 1NJYA 1A5WA 1VRTA 2GBZA 2DTUA 2ZQBA 3PX6A 1KVAA 4QAGA 2XHBA 1K6YA 2HNYA 2RF2A 4Q5VA 3OYKA 3LWMA 2B4JA 3AVBA 1LAVA 3AVNA 3L8BA 3WNHA 4DS4A 3AVJA 2P51A 3KK1A 4DG1A 2Z1HA 3DLGA 2I5JA 2PY5A 3C94A 4ELUA 1A5XA 4HUFA 3OJUA 3T1AA 4I9QA 2HHUA 2X78A 1TGOA 3OYNA 3HSTB 4KTZA 2WOMA 4BWJA 3K5MA 4LH4A 4CF1A 3T3FA 3MAQA 2D0AA 1NKCA 3KK2A 3NF7A 3VQDA 1TK5A 2HHSA 4DS5A 4I2QA 5J2NA 3VQ6A 1RDDA 4KHYA 4E19A 3U6FA 4DQPA 2ZD1A 1UWBA 1FKPA 4CJ5A 4DQRA 3QETA 4B9VA 4CFCA 3UIQA 1S1VA 1D9DA 3MECA 4IBNA 3SUQA 4DSJA 4ICLA 1D9FA 4B8AB 2HHTA 4KV8A 1ZBIA 1YT3A 3DRRA 3WNGA 3EY1A 4DSFA 3CM6A 4LD0A 5FDLA 4E89A 3DI6A 3OYAA 5CYQA 1RTDA 1CXUA 3FFIA 1T05A 3RMBA 5J2MA 4FW1A 3SV3A 4KKOA 2A1SA 4ID5A 1U45A 3L3VA 3HVRA 2VWKA 3VQPA 3WNFA 5HP1A 1YTAA 1ZBHA 3NAEA 4FXDA 1NJWA 4OJRA 4ELVA 2D0CA 2XY7A 3RMAA 1W9HA 4E1NA 4OKJA 4CHPA 1HNIA 3HYFA 4CHYA 2G8FA 5KTQA 1NK4A 1NOZA 5C24A 2FBXA 4O55A 4AHUA 3V9XA 3QESA 3ZSZA 3MEGA 4C8OA 4FJLA 3E01A 4CEBA 3SQ2A 4CJKA 4FCYA 1LV5A 3S3MA 2HHXA 3PV8A 1J54A 1SL0A 4FLYA 3KD5E 4N47A 3DLEA 1S9EA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RDCA 4JD2B 1BO5O 3WT0A 3ZX0A 2YHWA 5HRPA 3HXMA 3MEEA 2PBDA 4CJUA 1Q81O 3QICA 2QWQA 3LL3A 2HMIA 3QEVA 5E84A 5AZJA 4ZTFA 1X9WA 4PUOA 3EKSA 1ASVA 4H0PA 4FZXC 1KFSA 1I39A 3G0ZA 1LWCA 1QTMA 2O8EB 3GL1A 3GBTA 5HBMA 4KH6A 2O4GA 4DTRA 4PKGA 2HB5A 4DR5K 2HF4A 3AAQA 3U4LA 5LMNK 5I42A 4N56A 2RN2A 3VMFB 2YNFA 4O0JA 4JAXA 4FM0A 1OH5A 1HLUA 3AVIA 3Q7CA 3TTDA 4E7IA 4J2EA 1ITGA 2FF6A 4YDUA 2OANA 1Z26A 4AM7A 1RBSA 3HPGA 2GEMA 1NGGA 4BRIA 1NGEA 1YJ9N 4CF2A 4MO5A 2O4IA 5CZ1A 3THXA 2IS3A 1OH7A 3I0RA 4GW6A 3NH2A 4JI7K 4JKAA 3SBTA 1GLJO 2RE2A 2RHKA 4FWOA 5K14A 4FM2A 1KLNA 1HYSA 4CJVA 1JLCA 3SQ1A 4OKKA 4Y0WA 3MN7A 3IAYA 2DPNA 4AHSA 4KI6A 5AZIB 3ZEUB 2VGMA 4JI2K 2ZJRL 3AO1A 4MLHA 3TR8A 5LJWA 4GNIA 3QBXA 3ZETA 3ZSOA 2QKKA 2ZF5O 3OHRA 1WLJA 4K42A 4YOTA 2F9TA 4OVLA 4BRMA 1CZ9A 1TVRA 1XNRK 3VEOA 1IV0A 4EZ9A 4DU4A 3TABA 4FPAA 3LPTA 1J6ZA 1DT9A 4G1QA 3AO3A 3TAFA 5DMRA 4F2SA 3QIOA 2PYJA 3AA3A 3VETA 3C6UA 4J8FA 3LDSA 5FROA 4V19S 3CQXA 5FPMA 2QEXN 2X6SA 1BISA 1NU0A 4CFAA 1S1UA 1V4TA 1UA1A 3OYBA 1SS6A 1IKVA 2DFHA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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