1RDDA

Crystal structure of escherichia coli rnase hi in complex with mg2+ at 2.8 angstroms resolution: proof for a single mg2+ site
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Hydrolase(endoribonuclease)
source organism Escherichia coli
publication title Crystal structure of Escherichia coli RNase HI in complex with Mg2+ at 2.8 A resolution: proof for a single Mg(2+)-binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE H
total genus 37
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1993-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1rddA00
4DFJA 4DQPA 3WNEA 3TWHA 4PWDA 1S1XA 3RRGA 1X1PA 3G10A 3E01A 3LAKA 3T1AA 4DTSA 2PZSA 4E7JA 4KTWA 4DFMA 1UA0A 2P5OA 3D0PA 4AHUA 2QK9A 3HVRA 4B3OA 3K5LA 1RT7A 1BISA 4NYNA 2KZMA 2HNZA 1S1VA 3NF9A 1U04A 4B8CA 3NH1A 2KTQA 1TL3A 4OKKA 3SQ4A 3KJVA 3HSTB 4OKEA 4CEFA 3KLEA 3ITHA 3U6FA 3MXIA 3IRXA 1LAWA 1IH7A 1RBUA 3AO4A 3OYIA 2HVIA 1NOZA 1VSMA 3LP0A 5CZ2A 5J2MA 4I9LA 3OYLA 4ZTFA 4E7IA 2OZSA 1JXBA 1RBTA 4FJ7A 2FBXA 4CJUA 2XY5A 1NK9A 4KHUA 2XY6A 3QIOA 3RR8A 4B8AB 2FBTA 4CHNA 4AHCA 1VSFA 3VQPA 3RMDA 3RMAA 1U48A 4CIGA 3DMJA 4O0JA 5DMRA 3L2UA 2AJQA 3DYAA 1RDBA 2F8TA 3PV8A 4I2QA 4XIUA 1TKXA 2X6SA 3ZSWA 1Z26A 3AO5A 2HNYA 3AVAA 1C0TA 3ZT1A 1NK4A 1NJWA 1T8EA 5HRRA 4BACA 1GOCA 3V81A 5FRMA 3LZJA 1KFDA 4TSXA 1WN7A 3T3FA 3AA5X 4K8XA 3CFRA 2R7YA 4CJPA 2XRIA 3KD5E 4RG8A 3HK2A 5KGXA 1ZBLA 4B08A 1RT6A 1HYVA 4B9NA 1C1CA 4W5QA 3V1OA 1S1TA 1NK5A 1C6VA 2X78A 3VQEA 4OGCA 4Q5VA 1FKPA 3QESA 3QEVA 3QO9A 4M45A 1TKTA 4PY5A 5K14A 3PX6A 1KLMA 2HW3A 4CK2A 1VSJA 1L3VA 2G8HA 1JL2A 2P51A 3OYDA 4AHTA 4DFKA 4LSLA 4FJ5A 3AA3A 4ICLA 3OYHA 1SL2A 3L8BA 5HRNA 3VQ6A 4J2BA 4E3SA 4DMNA 2ZQBA 1RILA 4Z0UA 3V9ZA 1HNIA 3TAGA 5I3UA 4F3TA 2OA8A 1BIZA 4OVLA 3EYZA 4KB0A 4N41A 1RTJA 1TKZA 3AO2A 4KKOA 2Z1JA 4OPJA 4F2SA 4FJHA 2IAJA 4CEOA 4DU4A 3VN5A 4B9UA 4NCBA 3ZT3A 3EZ5A 4H8KA 4Z4IA 2Z1HA 4Y1DA 5JS1A 4DSIA 2RF2A 3L2RA 1XC9A 2XHBA 3NHGA 1VSLA 4CERA 1NK8A 3AO3A 3MXJA 3DI6A 2OPRA 4E1NA 2E4LA 2G8IA 4QOZB 4FLXA 4HHTA 4I9QA 3VQDA 1YTUA 4M41A 3L2WA 3SUOA 1U49A 1SL0A 1L5UA 4NCGA 4FJLA 4JRQA 2HHVA 3NCIA 4DLGA 4KB1A 1KFSA 2W42A 2QXFA 4KHSA 3K5MA 2G8WA 4KAZA 4DF4A 1KVBA 3DLRA 1RBSA 2B4JA 2ITGA 1LAVA 2P1JA 4CESA 3TAFA 3VQ8A 3ZSYA 1UAXA 1JLAA 1SKRA 3SUNA 3OYJA 3S3NA 2OPSA 4DLEA 1WLJA 1QTMA 1D9FA 4Z4GA 3K57A 5C24A 3HVTA 3PX0A 2HVHA 3DLEA 3TAPA 4DU1A 3HM9A 1RNHA 4KHWA 4CGJA 4C8MA 1FK9A 4CGHA 4CJEA 4GMJB 2BE2A 4CIEA 3AVMA 1JL1A 1WSGA 3V9XA 4DQQA 3IS9A 3NBPA 3HJFA 3KLIA 5HRPA 5E41A 2GBZA 2YV0X 4F4KA 3AA2A 4AILC 1WNSA 4HVJA 3VA3A 3V9UA 3PUFA 3CG7A 1BCOA 3AVFA 5T7BA 4IKFA 1Z25A 1IKYA 3SQ1A 1L3UA 1WSIA 4OKJA 4CF0A 3OS2A 4CF2A 3L3UA 4PA1A 1J9AA 1GOBA 2VWJA 1S6QA 2YNHA 2JLEA 3NF6A 3QIPA 1ASWA 4FJKA 1D5AA 2IDOA 5HP1A 3PY8A 1EETA 1EKEA 4DSFA 2DFFA 3HL8A 3MECA 3OYKA 1QSLA 4CGGA 1TV6A 3F9KA 4CJQA 2FC0A 4JS5A 2VG6A 3OS1A 1RT2A 4W5TA 1HYZA 3L2QA 3ZCMA 3B6PA 4CJ3A 4CJLA 1BI4A 4UQGA 3I0RA 3AVLA 1BQMA 4FCYA 4GVMA 2PY5A 4Z4EA 1Q9XA 4IFYA 3TABA 1VRTA 3AVKA 3MEEA 3ZT0A 3QEIA 2HMIA 5CY4A 1JLEA 2B6AA 4E7KA 2OZMA 4RW9A 1QS4A 3WNHA 3OYEA 4JLHA 3VQQA 1S5JA 1C1BA 3O3HA 1TK0A 4KPYA 3K5NA 3QEWA 1IG9A 5CZ1A 4DFPA 4CEAA 4F2RA 3AV9A 4CEBA 4KREA 1KVAA 4IFVA 4BWMA 3SV4A 4FLYA 3MEDA 4M42A 3AVCA 1JLQA 4QAGA 4MQ3A 4LY7A 2DY4A 3LALA 3M8QA 4C8LA 3QINA 4LD0A 3HXMA 1ZBFA 1QQCA 3U3GA 1JLBA 3ZSZA 3KLHA 3DRPA 4E7HA 4DTRA 3QEXA 1CXUA 1NJXA 1TL1A 2OPQA 1WSFA 1TVRA 4FLZA 2QKKA 1RTHA 4Y1CA 2XY7A 3BDPA 4FW2A 2DTUA 1BI4B 4E89A 2RN2A 3OVNA 3K59A 4JS4A 1TK5A 3WNGA 4CHZA 5I42A 3KKSA 3LWLA 4ELVA 1KCFA 2G8KA 1SKSA 1C0UA 4CECA 2DFHA 3EY1A 4OLAA 1DLOA 2PYLA 2O4IA 1YVUA 3CFOA 1WSEA 2BANA 4PQUA 4DTUA 3OYGA 4AHRA 3PX4A 2HHUA 3HPHA 1KTQA 4J2AA 1XI1A 1RDAA 2HHSA 4H4MA 1J54A 1VK0A 1NK7A 1SL1A 3P5JA 3MXMA 1QSSA 1VRUA 4CK3A 1VSHA 4DTJA 3PO4A 3NGYA 1UA1A 2G8FA 4DSLA 3DOLA 3DLGA 4CHPA 4O55A 3RRHA 4Z4HA 3IG1A 3LPUA 1ASVA 1IKVA 3ZSQA 3NH2A 3OYCA 3OJSA 5FROA 3SQ2A 1CZBA 1NKEA 4FJGA 2F8SA 5SWMA 2EHGA 3NGIA 4DF8A 1RCHA 2E6MA 1DTQA 3KKRA 2IGIA 2VG7A 3DRSA 3SV3A 3VQAA 5HLFA 1L3TA 3PO5A 3JSMA 4F8RA 4HCBA 4FYDA 1BHLA 5HROA 1D8YA 2KFNA 3HPOA 4YNQA 2WONA 3U3YA 4J2EA 4FLTA 3DOKA 4OJRA 2GV9A 4CGIA 1T05A 3VQCA 3M8RA 4PUOA 3LP1A 2ETJA 5CYQA 3AVBA 5DK5A 4CF8A 3NAEA 2YKNA 4FK2A 1UWBA 1JLCA 2VG5A 1U47A 4E1MA 3KK1A 2VWKA 4DTOA 4CFCA 1KLNA 3KK3A 4RW7A 2YNIA 1REVA 3CM6A 2O4GA 4CJVA 4BE2A 2X74A 1FXXA 2A1SA 2XY8A 4NYFA 3UIQA 1VSIA 4IBNA 4Q0BA 4DTNA 4CCHA 1N5YA 1ZBUA 1NKCA 4NCAA 3O4QA 4C8OA 3QERA 4DG1A 1CLQA 4FVMA 4FK0A 5FRNA 4ID5A 1TK8A 3A2FA 4ELUA 1ZBHA 4CJWA 3SQ0A 4FLWA 4C8NA 4N47A 4IDKA 1W9HA 4CIFA 1MU2A 1Y97A 3AA4A 4CHOA 4BE1A 5FDLA 1T7PA 2P5GA 3LPTA 1A5VA 1TAQA 5HBMA 2OYQA 3SUPA 2FBYA 4E7LA 4M3XA 2Q3SA 5SZTA 5J2PA 4B9MA 3O4NA 4I2PA 3HO1A 1HRHA 1RBRA 1ASUA 4KTZA 1G15A 2KQ2A 3LAMA 3SI6A 1NJZA 4K8ZA 4DWIA 4BDPA 4FJJA 2NUBA 3CM5A 4BWJA 3ULDA 5HRSA 4DS5A 1S6PA 4DTPA 3HPGA 4M3ZA 3AVJA 4FJNA 3SCXA 4HCCA 4KFBA 3OYMA 4FW1A 3SUQA 1KSPA 1DTTA 4AHSA 3T19A 2OPPA 3B6OA 3MEGA 3VQ4A 1BGXT 1ITGA 3HYFA 3V1RA 3BGRA 4DU3A 4FM0A 4DTMA 4KRFA 3VQ9A 1X9MA 4YFUA 1I3AA 3V9WA 2HHXA 3C94A 2HHQA 3TANA 4FZXC 1LW2A 4CHYA 4R5PA 3AVNA 3OY9A 1Q8IA 1QE1A 3SPZA 4ID1A 1RDCA 1WSJA 1HPZA 4LSNA 3SZ2A 3S3OA 2HHTA 4HUGA 2D5RA 5KRTA 4FJMA 1JXEA 3LWMA 4OPKA 2Z1IA 3P83D 3THVA 3KIOA 1S9EA 3K5OA 2D0BA 3AO1A 1T03A 4KI4A 2E6LA 1LW0A 2D0CA 3NFAA 4CEZA 5J2NA 4AH9A 4KV8A 1ZBIA 2WOMA 1X9WA 1KRPA 3NGZA 4CFBA 4DQRA 4M3TA 4QCLA 1B92A 4CE9A 4FLUA 4DSEA 4FJ8A 2A1RA 1TAUA 4RW8A 3FFIA 3CFPA 3JYTA 3LZIA 3SNNA 3LANA 1NKBA 4OGEA 1U45A 3K58A 2Y1IA 1J53A 1BL3A 4CJFA 1HMVA 3S9HA 4M3UA 3ISNC 3KD1E 1HYSA 1EXQA 3NE6A 2HNDA 3QLHA 1S1WA 1TKDA 4HTUA 3RMBA 2BGGA 2YNGA 1XHXA 2ZD1A 3ZSXA 5J1EA 1JLFA 1ZYQA 3TI0A 1CZ9A 1HQUA 5KGWA 3KLGA 1VSEA 1R0AA 2JGUA 2YKMA 3C6TA 4W5NA 3V4IA 3ZT4A 4CGFA 4DQSA 4E0DA 1BIUA 3AVIA 3MAQA 4N5SA 4B9SA 2Y1JA 2I5JA 1EX4A 1Q9YA 3VQ7A 1U4BA 4J2DA 4BDYA 3VQ5A 1X9SA 5JS2A 1JKHA 1YTAA 5J2QA 3G0ZA 4CGDA 1NK6A 4RW4A 4KHNA 1VSKA 2YHBA 1A5WA 3DLHA 4ZTJA 2YNFA 4GW6A 2HHWA 1LWCA 1B9FA 5KRSA 1C1AA 4O0IA 4FM1A 1BQNA 4EZ6A 1LWEA 3HP6A 4FZYA 3KTQA 2GUIA 4JRPA 2BDPA 3RMCA 1LWFA 3DLKA 4KTQA 3OS0A 1TGOA 3WNFA 3VQBA 4Z4FA 1SUQA 1QHTA 1RT3A 4FJXA 4N76A 4DQIA 2EX3A 1XHZA 1RT1A 3ZSOA 4FM2A 3NH0A 1UOCA 1CXQA 4AHVA 2G8UA 4W5OA 5D3GA 4EP5A 1RBVA 4CFDA 1SKWA 1RDDA 4FXDA 3S3MA 1N6QA 2G8VA 3L2VA 4CFAA 2XO7A 4FK4A 1XWLA 2KFZA 1B9DA 4DSKA 1NOYA 3HP9A 4O5BA 3ZSRA 4CJSA 3O3FA 3V9SA 4O4GA 3KK2A 2IOCA 3KLFA 3QNOA 3V6DA 3TAQA 3D45A 2RKIA 1K6YA 3P1GA 3IAYA 1FKOA 1O1WA 4H4OA 3ZT2A 3CQ8A 4O44A 4EZ9A 3SPYA 1RTDA 1WSHA 4I7FA 4CEDA 3NDKA 1HJRA 4EP4A 5KI6A 4CJ4A 2KZZA 4KHYA 4CJ5A 3OYAA 1LV5A 2D0AA 3LP2A 3TAEA 4E19A 2X6NA 1IKWA 3OYFA 3TARA 4FZZA 3ZSVA 3RTVA 2ZE2A 4RW6A 4CEQA 1HQEA 5KTQA 4KHQA 5EU7A 2YHAA 1NJYA 4FJ9A 3DM2A 4DS4A 1GOAA 4IG3A 3CYMA 4F3OA 1C0MA 4FLVA 2KW4A 3AVHA 1QSYA 1JLGA 1I39A 2F96A 4N56A 4B9TA 4L8RB 4OLBA 3TAMA 3ASMA 4C8KA 2IC3A 3C6UA 3AVGA 3NF7A 1VSDA 4LH5A 1W0HA 5C42A 3I0SA 3OJUA 2PYJA 4KI6A 4MFBA 2LSNA 2FBVA 4B9VA 1SV5A 1IKXA 1WAJA 2RPIA 3O3GA 3QETA 4W5RA 3SJJA 1RT4A 1RT5A 3OYBA 4ELTA 4IG0A 4M3YA 2IS3A 1KVCA 1YT3A 3L3VA 3QEPA 4CF1A 2DFEA 4FJIA 3DRRA 3TR8A 1J5OA 4CHQA 2ATQA 5CYMA 1EP4A 4ZHRA 1RTIA 4M3RA 4HUFA 4B9LA 4CJRA 3RWUA 4CK1A 3RR7A 5C25A 3LDSA 3OYNA 2B5JA 4BE0A 4DTXA 3V1QA 4BDZA 3DLBA 1NK0A 1L3SA 3H08A 1IO2A 3I8DA 1D9DA 2QKBA 4M3WA 3M8SA 1WAFA 3K2PA 2Z1GA 4CJKA 1S1UA 1A5XA 4Z4CA 1F21A 1HNVA 3F73A 3LP3A 4G1QA 3NF8A 4CF9A 1S9GA 3HT3A 2HB5A 3SYZA 4CJTA 3ALYA 3C95A 4WE1A 3M8PA 4DSJA 4LH4A 4CEEA 4KO0A 4HUEA 3QNNA 3VA0A 1BCMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DQPA 1JCFA 2HF3A 5BPLA 4IO9L 2ASOA 2W41A 3TTCA 2ITMA 4DTSA 2PZSA 1NGGA 5H1SQ 4B3OA 3K5LA 1BISA 3EKSA 1S1VA 1U04A 3NH1A 3KJVA 4OKEA 3O08A 3ITHA 3KLEA 3IRXA 1LAWA 1IH7A 3AO4A 3ULEA 4EAHD 1NOZA 3LP0A 4I9LA 4ZTFA 3KHYA 3LDOA 1RBTA 3Q7CA 2XY5A 2PFUA 2XY6A 4CHNA 3A8YA 5I9EB 1U48A 4IJAA 3MWPA 3DMJA 5AQUA 1XQSC 1P90A 1C0TA 4KH5A 3O9TA 3VGMA 5HRRA 3P31A 1D4XA 5C12A 1KFDA 3E9PA 1WN7A 3T3FA 3AA5X 4BRFA 4AM6A 4CJPA 3W0LA 5A2QO 4UY8O 4W5QA 3V1OA 3T7ZA 3VQEA 1FKPA 5K14A 3PX6A 2O8DA 4DV2K 3THXA 3JAMO 1NGCA 2QWNA 5M1NA 2ZQBA 2NRWA 3WXIA 5I3UA 3CCLN 1BIZA 3CJBA 1TKZA 4H5WA 4RTFD 3FZHA 4ISFA 4BR5A 2P9PA 4DU4A 4IDHA 4NCBA 3ZT3A 5E26A 4DSIA 1XC9A 2XHBA 1S22A 1SS6A 3AAQA 3FZMA 3MXJA 2OPRA 4WF9L 4QOZB 4NXNK 4I9QA 3SUOA 1SL0A 3NCIA 5AQKA 4KHSA 4KAZA 2WUSA 3K9JA 2B4JA 4GKKK 3J81O 1VQPN 1UAXA 4DLEA 4WQ4C 3K57A 3TAPA 4DU1A 1HNWK 4CGJA 2ZJQL 4GMJB 1WSGA 5AZIB 3NBPA 1OH6A 4K41A 3AA2A 1MA9B 3V9UA 3CG7A 1BCOA 5EXWA 5BN8A 1Z25A 3SQ1A 4CF0A 3A5NC 3R6MA 5KPZA 4A5AA 4FWLA 2YJFA 4FWPA 2IDOA 4FWMA 2F8SA 2Q1NA 3MECA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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