1S72N

Refined crystal structure of the haloarcula marismortui large ribosomal subunit at 2.4 angstrom resolution
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The Roles of Ribosomal Proteins in the Structure, Assembly and Evolution of the Large Ribosomal Subunit
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal RNA
molecule tags Ribosome
total genus 52
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1s72N00
1M90O 1VQPN 3CPWM 1YIJN 5JVGL 5DM7L 3CCQN 1Q82O 1KD1O 1VQ8N 1VQ5N 2QEXN 5GAGP 2ZJQL 1KC8O 3CC2N 1NJIO 3CF5L 1YJNN 3CC4N 1YHQN 4UY8O 1VQLN 3G4SN 1N8RO 1Q7YO 3CCLN 3CMAN 3CCUN 1VQON 1VQ9N 5GAHP 3DLLL 3CCSN 3CC7N 1YI2N 1VQ4N 3CD6N 2OTJN 5GAEP 1Q81O 4IO9L 3CCEN 4WFAL 1S72N 1VQ6N 1Q86O 1K8AO 3CCJN 3CCVN 3PIOL 5H1SQ 4IOAL 5HL7L 3CCRN 1VQ7N 2OTLN 4WFNL 1W2BM 3I55N 1YITN 3J7ZO 4WFBL 2QA4N 1KQSM 1VQNN 3I56N 2ZJRL 5GADP 3G6EN 3CCMN 4WF9L 4IOCL 1YJ9N 4U67L 3G71N 1OVYA 1YJWN 3PIPL 1QVGM 4WCEL 1JJ2M 1M1KO 2ZJPL 5JVHL 1K73O 5MLCQ 1VQMN 1VQKN 1QVFM 5DM6L 1ILYA 1K9MO 3CXCM 3CMEN 3OW2M
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VQPN 3ATVA 1BA1A 1HKGA 1RTHA 4BRMA 3UIQA 1MWKA 2FBVA 1ZBHA 2KZMA 4B9MA 4KHYA 4ID1A 4CIGA 5F0XA 5M1PA 2D0AA 5EY4A 1Q82O 3DLBA 3L8BA 1KCFA 5GINA 3VQAA 1C0TA 2UYTA 4FLZA 3EZWA 1N36K 4JK7A 3CF5L 3GG4A 1YJNN 5SWMA 1EKEA 1N8RO 3C95A 3TWHA 1KLMA 3H1VX 4M41A 1CZBA 2BANA 3WXLA 3RMDA 3CCLN 2NRZA 4B9NA 2HNYA 3CERA 4H4MA 2D0OA 2Y1IA 1C0UA 2P1JA 4KAZA 1C0MA 2GUPA 1U48A 2O8FB 1X9MA 3MWPA 4H0YB 3CQ8A 4G1QA 2EHGA 2XY8A 3MECA 3VQCA 4LF7K 5CZ2A 3AY9A 2FF6A 3IKMA 3OYMA 2NRVA 2D5RA 1C1AA 4NCGA 4X62K 4DFPA 4WFBL 2D4WA 1Q9YA 4FJJA 1EWQA 1NJZA 2OCEA 1OH6A 4CGJA 2ZJRL 3P39A 5AQTA 3BUZB 4WQ4C 2JWLA 2UU9K 2CH5A 4FLTA 1SS6A 4LH5A 4DTSA 3TAFA 4AM6A 2FSJA 2P9SB 4CZIA 1NGHA 2ZWHA 4FK0A 4JI4K 1HYZA 3JAMO 1OH8A 3IS9A 3OYEA 4EAHD 1GOBA 4DTXA 3PX4A 3MK6A 1RILA 3FZKA 3O9TA 1SKWA 3C7NA 1X9SA 1LWCA 2V52B 3OJSA 2OZMA 3BEXA 3V9ZA 4E0DA 4MO5A 4HTUA 3HBTA 4DR2K 3THYB 1QTMA 4JV5K 4BR9A 4CJTA 1GOCA 1V4TA 4DTJA 3O80A 1IH7A 2DFHA 3K9JA 3OYNA 3ZSOA 3SJJA 2ZM6K 5LJVA 4EHUA 4I9QA 1RBUA 3I8BA 4FJXA 4DV0K 1HQUA 3VEYA 2E6MA 4UY8O 4W5NA 4F8RA 4CZHA 1R0AA 4QOZB 4M7XA 1C0GA 3MN9A 3MN7A 4CZMA 4OPAA 1FK9A 1WSFA 3CMAN 3WQTA 3JSMA 1BHLA 3EZ5A 4Z4IA 2VWBA 2BUPA 2A40A 2F8SA 1U2VB 3DRRA 1BI4B 1IG9A 3SNNA 4LF4K 1IKWA 1WAFA 3ZSVA 5JICA 2PAVA 3HSCA 2H3GX 2WONA 1D5AA 3E01A 3VEVA 1HPZA 5A2QO 4IOAL 5EU7A 3H08A 3JXUA 3THXB 5CY4A 5BPMA 3OS1A 3LPUA 3I55N 2G8FA 4OGCA 2P9IA 3QFPA 2A41A 2VQFK 4E7IA 3THWA 4CFBA 4CJUA 2UXCK 3WXJA 3D2EB 1KXPA 1L3UA 3KK7A 4DCHA 3LM9A 4CE9A 3O1BA 1XMOK 4LF8K 2JLEA 4FPAA 4FM0A 1NK0A 3NMUA 4JAXA 4BR0A 4N47A 4WF9L 4IOCL 4IFEA 1TAQA 1T6DA 4Y0WA 3WXMB 1NWKA 5LMNK 3S3MA 4JKBA 2V7YA 3LZIA 1E3MA 5BPLA 4Q5VA 3ATUA 2IS3A 4M63C 4K43A 1K73O 3KTQA 1NGEA 3KLEA 3VA3A 4B1ZA 3R6MA 4K8XA 3C6HA 3QEVA 2OPRA 3ENHA 3DYAA 2OA8A 3MEEA 5BR9A 2O8DA 3ZYYX 1IKXA 4HWIA 4M3TA 3ZT2A 3ASMA 4CHOA 1S6PA 1YIJN 3T3FA 1D9DA 3T7ZA 1VK0A 3EN9A 4YHHK 4CJ5A 5GAGP 4PKIA 4OGEA 5FPDA 5C0YA 1HNZK 4ICLA 4IWVA 4CECA 3GL1A 4LFCK 4I2PA 1SL1A 1DT9A 2VG7A 3WT0A 3DLRA 3IDHA 5I3UA 3QB0A 4PUOA 4CJ7A 1T44A 3CJCA 1XQSC 3V9WA 2RE2A 2P51A 4CEDA 3FZMA 2AJQA 2YX6A 1JLQA 1UAXA 2I5JA 4IJNA 1EO1A 4YOXA 1QZ6A 1RT5A 2JGUA 5HRRA 4C1NI 4Z4GA 1RTIA 4HUEA 1YTUA 4FW1A 4DR7K 3OYJA 3NF8A 4Z4CA 5E41A 1JLGA 4B8CA 1IBKK 2X78A 3VOVA 4DKWA 1C6VA 4DTNA 1Q86O 4CZKA 1P8ZA 3VQQA 4B9UA 1MU2A 2NZTA 2IVPA 5GIPA 1WBBA 1GLBG 3SAFA 3VETA 3I33A 3VEOA 3KLIA 4F9OA 3CETA 4K25A 3TARA 1WAJA 1SQKA 4DV6K 3PX0A 4H8KA 1IV0A 4X64K 1C1BA 3VQ8A 5KPZA 3NHGA 1YAGA 2BTFA 3NF6A 3U9ZA 2QWRA 4F4KA 1M1KO 1ZBIA 4BWMA 4JI1K 1UA1A 3HSTB 3J7YP 4CFAA 4B3OA 4DSIA 3ZSZA 3AO4A 4Z4FA 4FJGA 1K9MO 4N5SA 2QKBA 2G8UA 4GW6A 1TUYA 5ELZA 3OW2M 3RRGA 3LALA 1GLEG 1HKCA 4JLHA 3AAPA 1QQMA 1A5VA 2GELA 2WUSA 3CM5A 4W5QA 4BRNA 4J2AA 3KIOA 4OKJA 3ID6A 4KTWA 3L2VA 1SV5A 3LDLA 2KFNA 4CJKA 3SUQA 1W7AA 3MEDA 1D4XA 5LL6Z 1BU6O 1TV6A 3L2WA 5C10A 4O8UA 4B9VA 3O9RA 4FJ9A 3W3DA 3ZCMA 1TYQB 2GUIA 5KGWA 4K41A 4HCBA 5HRNA 1UWBA 3OYIA 3VA0A 3H6EA 4KKOA 2RHKA 2UUCK 2HBKA 3RVCA 5KGXA 2O8FA 4QCLA 2F9TA 4CW7B 4IG0A 5AQJA 1XMQK 2HHXA 1RT6A 4F3OA 5GAHP 3EO3A 5M1FA 3FFIA 3VPZA 2QKKA 2YJEA 3VQ4A 2E1ZA 2F96A 4W5RA 5HP1A 3AVAA 3OYGA 4FVMA 4DU4A 3AVIA 4I9LA 2YHBA 3ULDA 1RT7A 3KKSA 1S3XA 3S3OA 3OJUA 4A5BA 4FWQA 4UQGA 3T1YK 3O08A 4IBNA 2AP1A 2W40A 5F2RA 4JD2B 1E4FT 4WFNL 3SPYA 1GLDG 1HUXA 1YITN 3BZCA 1TKTA 4I2QA 4KV8A 2QA4N 3LDSA 5BN9A 2UUBK 5CHIA 5GADP 3HP6A 1Q9XA 4PY5A 2CGJA 4YDUA 5DMRA 3TPQA 4G9ZA 2P9KB 3KK2A 1HLUA 4FJHA 2NLXA 4HVJA 4LD0A 1V4SA 4CK3A 5HRPA 1ATRA 4CVNE 4YOYA 1JL1A 1S1TA 3D45A 2A5XA 3P83D 3LDNA 3THYA 2G8WA 2ETJA 4BR7A 5J2NA 4AHRA 4O0IA 5C12A 3LPTA 3CHWA 1UOCA 3GE1A 5BREA 3VF4A 1ZBUA 2DFEA 1J6ZA 3NF7A 4IFYA 4DF4A 2VQEK 1KTQA 3V1OA 3MXMA 3VF6A 3CCQN 2HOEA 3KK1A 1X3NA 4DU1A 1S9GA 3U8XA 4HUFA 4JNEA 4FLUA 1WNSA 4CBUA 1JLAA 2CGKA 4M3WA 3NCIA 3G4SN 4U7BA 1RBSA 1NM1A 4CFCA 4CEFA 4DV4K 4FWMA 2XHBA 3E9OA 4NO7A 1U2VA 3VTIA 1Z6RA 1DKGD 1BI4A 4JKDA 4BC4A 1MWMA 2P9NB 2O8CB 4M7YA 1VQ4N 3ZX2A 3FFKB 4NB4A 4IEIA 3THXA 1JCGA 1WUAA 3VEXA 2OPQA 3TSUA 3IMXA 3K5NA 3AAQA 3D2EA 3OS2A 3QNNA 4EP5A 4E1NA 2P9PB 4YORA 4H4OA 4H5WA 4JI0K 3O3FA 5JS2A 4AH9A 3SYZA 3TABA 1KQSM 4BY9C 3C6UA 4ELUA 2VWKA 3AGRA 3MDQA 3V81A 3NH0A 1GLAG 2NRXA 2LSNA 5BN8A 3SAHA 5FRMA 4BQZA 4FJIA 5E84A 4PA1A 3VQ7A 4PQUA 1JXEA 3LDQA 4WE1A 4C23A 3CI5A 2UXBK 3HPHA 3C6TA 4OLAA 3M5RA 3E66A 4DTRA 5EXWA 2OPPA 3ULEB 3MN6A 4RW9A 5AQNA 3K59A 1RDDA 1NGJA 4CD1A 1U45A 3MWTA 4KREA 1NJYA 3DMJA 3DM2A 2W6LA 3F9MA 4KH6A 1LOTB 5AQGA 3B8AX 2I7NA 1Y64A 1LWEA 2IGIA 4H5RA 1XNRK 2ASOA 3KZBA 3CC4N 3SV4A 4PKGA 4FZZA 5ADXA 2YKNA 4W5TA 3ENBA 4JKGB 3J81O 3NVKA 2O8BB 1ATNA 3SUPA 3A2FA 3K9KA 1RTJA 3P31A 4LFBK 2KTQA 4MO4A 3NGYA 4PL8A 3O9SA 5AZJB 2IIRA 3OYFA 4BRKA 1YXQA 4DR3K 3SAGA 4OPJA 2XY5A 2IC3A 2E2OA 3LP0A 4E89A 5BPNA 3D0PA 2HMIA 2QXLA 1LAVA 3AA4A 3BF3A 4FK2A 2YKMA 2VWJA 1UA0A 4KHPK 1I3AA 3V9UA 2UXDK 3WEEB 1NGIA 1XWLA 4JHDA 4ISFA 1NGDA 2GEMA 1R59O 4AHCA 1DTQA 4C8NA 4BRCA 4CBWA 4FJMA 4O44A 1QSLA 4FYDA 3THVA 5AR0A 3RMCA 2E2QA 2RKIA 3QO9A 5JS1A 5C24A 4FWOA 2FLOA 1U47A 1WSHA 4FSVA 3M1FA 3CPEA 4DR4K 3TSQA 4ILHA 1BG3A 3NGIA 3PSFA 5AQIA 4U67L 3HOTA 2OANA 1OVYA 4BQLA 4WCEL 4L8RB 2ZJPL 4JI5K 3L4QA 5JLFA 3OTOK 3MCPA 2F8TA 5AZIB 3A5NC 4I7FA 3MN5A 4CZGA 3ZT0A 1VSLA 4EIAA 1U49A 3J8AA 3H1QA 4BGAA 4CI6A 2Q0RA 3RR8A 4NCAA 3D2FB 2O8EB 3AO3A 4CJPA 1E4GT 4RW8A 5FRNA 3SK3A 4NCBA 3SQ2A 4CGIA 1RT4A 3AA2A 1RDBA 3CJBA 3SQ4A 1TYQA 4O55A 1EQYA 3SBTA 4NXNK 2HBLA 1J5EK 1KVAA 3PSIA 4DUYK 4JI6K 2ZE2A 3EY1A 1P90A 5TKWA 5FDLA 3N4QA 3AVLA 2IVOA 4O8KA 4M42A 5AQLA 3VQEA 3V9SA 4CK2A 4AF1A 4FM2A 2GWKA 3HVRA 5AQMA 5JMVA 2Q36A 3P1GA 3QERA 4KBOA 4KTZA 3ZETB 1N32K 1LW0A 1WN7A 4JD2A 1T6CA 1NMNA 3WNEA 3LAMA 4CF8A 4YOWA 3AVNA 3FGUA 1D9FA 4KB0A 3JS6A 4Y1CA 2OTLN 2HHQA 4ELTA 3MXJA 4Z4EA 3SMPA 5AQOA 4K0KK 1SUQA 5KQDA 4K42A 1RDCA 4AHVA 1RNHA 3O4WA 4N56A 4FLXA 3AGKA 2FXUA 3V6DA 2Q97A 4RW7A 2P9KA 5KI6A 4DTPA 1QE1A 1G15A 4B3MK 1B9DA 3F5TA 3VEZA 2YI1A 3CIPA 2KZZA 3DOLA 1QHAA 5HBMA 3QFUA 3CFRA 3CFPA 1HNVA 3H3OB 2WTUA 3DXMB 1VQMN 3AVMA 3VESA 1W9HA 2P5OA 5CYQA 3LL3A 4OPKA 3DLKA 3RRHA 2X74A 3O9UA 4MLEA 4B3SK 1HMVA 3IRXA 4CJLA 4IKFA 1GLCG 4B9QA 4DB3A 4DQQA 4RW4A 4CZEA 4GVMA 3QINA 4DFMA 4O4GA 5JVGL 1K8KB 2ITMA 1KD1O 4XH5A 5J1EA 4W5OA 4CZJA 1KC8O 1JXBA 4BGBA 4DSFA 2P9UB 3O3HA 1XI1A 4WYBA 5I9EB 2QWMA 1RT2A 4A5AA 3KK3A 3K5LA 5M1QA 4GVEA 4DSKA 4YOTA 1TKXA 3MX2A 3SI6A 2P9NA 2O8CA 1BCOA 5J2QA 3CQXA 3R3LA 1C1CA 4MLHA 3QEWA 4RCHA 1HYVA 2JWKA 5AQSA 4DHYA 4CHPA 3M6GA 3IG1A 4JK9A 2HVHA 1N33K 3W0LA 4CF1A 1KSPA 2Q1NA 3CFOA 3OHRA 2YNGA 3QDKA 1Q81O 4ISGA 2QI2A 5AQHA 4JKCA 4CJ4A 3KD5E 1EP4A 2P9PA 3VGLA 4DQPA 3TSPA 4N41A 4PHTX 5CE3A 4CEAA 1RBRA 2YCHA 1XUPO 2NRHA 2ZQBA 4DLGA 4BVOA 2QWPA 3AV9A 4BACA 4OPHA 4BRQA 1BQNA 3U6FA 3VENA 4OO1J 1WSIA 1FJGK 4GY2B 3B6PA 4AILC 1HYSA 2E1YA 3DLGA 3O4NA 1IJJA 4CBXA 4B1WB 4FO0A 1NGAA 2HSTA 3ULEA 3SCXA 3TAPA 1LCUA 3RTVA 3HT3A 3HJFA 3L3VA 3SMSA 1YUWA 1EX4A 4V19S 5M1NA 1ILYA 3GDQA 3ITHA 4N76A 1CXQA 1S5JA 2FBYA 1ZBFA 1NLVA 3AVKA 3OYAA 4E19A 4H0PA 1RTDA 4ZTFA 5DM7L 4HUGA 3UKRB 3HPOA 3PO5A 3VGKA 4B9LA 2DFFA 2KHOA 4JKGA 1VRUA 4DQSA 2BGGA 4DR5K 4FXDA 3VQPA 1CXUA 2O8BA 3WUHA 4QS8A 4M3RA 4DUZK 2VGNA 2NNWA 3C0BA 4KHUA 3SV3A 3C94A 4DTMA 5D3GA 3FZHA 2ATQA 3OYBA 4XH4A 3ZSXA 4QS7A 1D8YA 2GBZA 4PWDA 1YVNA 1T03A 2HHVA 3TI0A 4E1MA 1KAZA 2WOMA 2O4IA 4K8ZA 1VSHA 2NUBA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1M90 O;  1VQP N;  3CPW M;  1YIJ N;  5JVG L;  5DM7 L;  3CCQ N;  1Q82 O;  1KD1 O;  1VQ8 N;  1VQ5 N;  2QEX N;  5GAG P;  2ZJQ L;  1KC8 O;  3CC2 N;  1NJI O;  3CF5 L;  1YJN N;  3CC4 N;  1YHQ N;  4UY8 O;  1VQL N;  3G4S N;  1N8R O;  1Q7Y O;  3CCL N;  3CMA N;  3CCU N;  1VQO N;  1VQ9 N;  5GAH P;  3DLL L;  3CCS N;  3CC7 N;  1YI2 N;  1VQ4 N;  3CD6 N;  2OTJ N;  5GAE P;  1Q81 O;  4IO9 L;  3CCE N;  4WFA L;  1S72 N;  1VQ6 N;  1Q86 O;  1K8A O;  3CCJ N;  3CCV N;  3PIO L;  5H1S Q;  4IOA L;  5HL7 L;  3CCR N;  1VQ7 N;  2OTL N;  4WFN L;  1W2B M;  3I55 N;  1YIT N;  3J7Z O;  4WFB L;  2QA4 N;  1KQS M;  1VQN N;  3I56 N;  2ZJR L;  5GAD P;  3G6E N;  3CCM N;  4WF9 L;  4IOC L;  1YJ9 N;  4U67 L;  3G71 N;  1OVY A;  1YJW N;  3PIP L;  1QVG M;  4WCE L;  1JJ2 M;  1M1K O;  2ZJP L;  5JVH L;  1K73 O;  5MLC Q;  1VQM N;  1VQK N;  1QVF M;  5DM6 L;  1ILY A;  1K9M O;  3CXC M;  3CME N;  3OW2 M; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1VQP N;  3ATV A;  1BA1 A;  1HKG A;  1RTH A;  4BRM A;  3UIQ A;  1MWK A;  2FBV A;  1ZBH A;  2KZM A;  4B9M A;  4KHY A;  4ID1 A;  4CIG A;  5F0X A;  5M1P A;  2D0A A;  5EY4 A;  1Q82 O;  3DLB A;  3L8B A;  1KCF A;  5GIN A;  3VQA A;  1C0T A;  2UYT A;  4FLZ A;  3EZW A;  1N36 K;  4JK7 A;  3CF5 L;  3GG4 A;  1YJN N;  5SWM A;  1EKE A;  1N8R O;  3C95 A;  3TWH A;  1KLM A;  3H1V X;  4M41 A;  1CZB A;  2BAN A;  3WXL A;  3RMD A;  3CCL N;  2NRZ A;  4B9N A;  2HNY A;  3CER A;  4H4M A;  2D0O A;  2Y1I A;  1C0U A;  2P1J A;  4KAZ A;  1C0M A;  2GUP A;  1U48 A;  2O8F B;  1X9M A;  3MWP A;  4H0Y B;  3CQ8 A;  4G1Q A;  2EHG A;  2XY8 A;  3MEC A;  3VQC A;  4LF7 K;  5CZ2 A;  3AY9 A;  2FF6 A;  3IKM A;  3OYM A;  2NRV A;  2D5R A;  1C1A A;  4NCG A;  4X62 K;  4DFP A;  4WFB L;  2D4W A;  1Q9Y A;  4FJJ A;  1EWQ A;  1NJZ A;  2OCE A;  1OH6 A;  4CGJ A;  2ZJR L;  3P39 A;  5AQT A;  3BUZ B;  4WQ4 C;  2JWL A;  2UU9 K;  2CH5 A;  4FLT A;  1SS6 A;  4LH5 A;  4DTS A;  3TAF A;  4AM6 A;  2FSJ A;  2P9S B;  4CZI A;  1NGH A;  2ZWH A;  4FK0 A;  4JI4 K; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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