The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
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sequence length |
102
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structure length |
102
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Chain Sequence |
GSEKRQHSSQDVHVVLKLWKSGFSLDNGELRSYQDPSNAQFLESIRRGEVPAELRRLAHGGQVNLDMEDHRDEDFVKPKGAFKAFTGEGQKLGSTAPQVLST
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The SEP domain of p47 acts as a reversible competitive inhibitor of cathepsin L
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
NSFL1 cofactor p47
|
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
19
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| structure length |
102
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| sequence length |
102
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-03-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF08059 | SEP | SEP domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1VAZ A; 1SS6 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2KHO A; 5AQR A; 1ZBH A; 1OVQ A; 3TAG A; 4CJT A; 4R79 A; 3N4Q A; 5TKW A; 5DM6 L; 1O1W A; 5BRD A; 1D9F A; 4JI8 K; 1HPZ A; 4F3T A; 2FXU A; 4ILH A; 3AGK A; 3AAR A; 4DKW A; 3SPZ A; 4IBN A; 3WQU A; 2GWK A; 4FK2 A; 4ILG B; 3DXK A; 3AVA A; 3CC7 N; 3ZX2 A; 3JSM A; 3JS6 A; 5HBM A; 4JI5 K; 4LD0 A; 3P38 A; 4CFC A; 2CGK A; 4CJ7 A; 3LAL A; 3L2U A; 3LP2 A; 4LF6 K; 3FZH A; 4DV0 K; 1XI1 A; 4DQP A; 4C1N I; 1S1U A; 2ITM A; 1S6P A; 5C2D A; 3ATV A; 4F8R A; 2GUI A; 2QWO A; 3OJS A; 1RT1 A; 1N8R O; 1VQO N; 4JK8 A; 2GTD A; 4AF1 A; 1S9G A; 3HL8 A; 1VK0 A; 3CD6 N; 4CIG A; 4KBO A; 3G6E N; 2NRT A; 3H1V X; 2Q3S A; 1VQ9 N; 1D5A A; 4ILJ A; 4CJK A; 1J5E K; 4WQ4 A; 4FK0 A; 4CEC A; 3VEN A; 4YDU A; 3SMS A; 3VET A; 2B6A A; 4K43 A; 3UKR B; 5CYM A; 3VQ9 A; 1XHZ A; 5AFU H; 3L3V A; 1OH5 A; 2A3Z A; 4OO1 J; 4FJ8 A; 1V4T A; 3G10 A; 4DSF A; 3V6D A; 4EP5 A; 1JL2 A; 3W0L A; 4B3T K; 1WSG A; 3M8R A; 1NNE A; 4DTN A; 1YHQ N; 1QQM A; 3QNO A; 3MX5 A; 3O3G A; 4DTU A; 3JYT A; 1E4G T; 3OHR A; 5LJW A; 4FWN A; 3O8M A; 4CIF A; 2VCP A; 5LJV A; 1QVF M; 4ZTF A; 3E01 A; 4EIA A; 2YX6 A; 4CJU A; 3LDL A; 3A8Y A; 2OYQ A; 3SPY A; 3NFA A; 5GIP A; 4PA1 A; 4B9S A; 3BZK A; 1C0F A; 3FLC O; 3AO4 A; 3GBT A; 3CET A; 3MED A; 1YAG A; 4CD1 A; 2FC0 A; 5BR9 A; 2G8V A; 5AQT A; 2ZQB A; 1NK4 A; 3FZF A; 3THY A; 1T05 A; 4DTS A; 1Z6R A; 3L2V A; 1W0H A; 4WE1 A; 3OYK A; 3O1B A; 2OZS A; 4KPY A; 1Q7Y O; 4IFE A; 5AZI B; 5KPZ A; 3VQC A; 4FLT A; 2O8C B; 4DR7 K; 4DUY K; 3IAY A; 3K5L A; 3U9D A; 3RRG A; 4CJ4 A; 5M1K A; 3U9Z A; 3BDP A; 1RT6 A; 1DLO A; 3SBT A; 1DKG D; 5BPL A; 4BC4 A; 3OJU A; 2OZM A; 3DXM B; 3ZYY X; 1VSM A; 3TPQ A; 4NXN K; 1XC9 A; 2P5G A; 4CBX A; 4KHN A; 2X6S A; 4BWM A; 3R1X A; 3H6E A; 1I3A A; 1VSE A; 1TVR A; 1VQ4 N; 3OY9 A; 4FZY A; 4JI6 K; 2ZD1 A; 1RCH A; 4CK3 A; 3KWI A; 3HVR A; 3MK6 A; 1RTH A; 5LMU K; 4DQI A; 3MN7 A; 5AZJ B; 3D2F B; 1YVU A; 3JAM O; 3ASM A; 3T3F A; 1IG8 A; 2HF3 A; 4GVM A; 3EO3 A; 3OVN A; 2E88 A; 3VQ7 A; 5EY4 A; 2A1R A; 1JLG A; 4YOV A; 3MDQ A; 3DLG A; 4CI6 A; 3PO5 A; 4LY7 A; 2IIR A; 4WFA L; 1NWK A; 5C42 A; 4FLY A; 3CCL N; 5JLF A; 5HLF A; 2F9W A; 4NYF A; 5FLX O; 1TYQ B; 3CM6 A; 3NAE A; 4NCG A; 5FRO A; 1U47 A; 5H1S Q; 1KD1 O; 4B1Y B; 3G0Z A; 1KAY A; 1MWM A; 1RDU A; 4B8C A; 2LSN A; 1YJW N; 4DF8 A; 4KV8 A; 3CJC A; 2UXD K; 4N76 A; 1QQO A; 1WSH A; 3AY9 A; 4BRN A; 3QBX A; 4KTQ A; 4EHU A; 3K57 A; 4BGA A; 1RNH A; 3KD1 E; 3H08 A; 1NKB A; 2QTD A; 1YI2 N; 1NGC A; 2UYT A; 3EZW A; 5C2F A; 3DXK B; 1Z05 A; 1DGK N; 1NJW A; 1SUQ A; 4CJL A; 4O0I A; 1HJO A; 4E0D A; 2F8T A; 3BZC A; 5FDL A; 2QXF A; 5C15 A; 3DLE A; 4WF9 L; 3M1F A; 4DUZ K; 4RW6 A; 2E6L A; 4BG8 A; 5SWM A; 1KSP A; 2RF2 A; 1XQS C; 5EVZ A; 3PV8 A; 2BAN A; 2D5R A; 2Z1H A; 2YHY A; 2OTL N; 1YVN A; 1Y64 A; 4FSV A; 1X3N A; 3LP1 A; 4RW7 A; 4QS8 A; 3RWU A; 2HND A; 2OA8 A; 4K41 A; 3LDQ A; 1U04 A; 1WUA A; 4QCL A; 1ZXO A; 4IXC A; 1BCM A; 3CF5 L; 2PBD A; 3R6M A; 2EX3 A; 1UA1 A; 1M1K O; 4C23 A; 3DMJ A; 3QML A; 5CZ2 A; 4K8Z A; 4FWR A; 2KFZ A; 2HHW A; 4E89 A; 1VQ5 N; 3LPT A; 3L3U A; 1TK8 A; 4FVU A; 4QOZ B; 3VF4 A; 3VEY A; 1BI4 A; 4C8O A; 4F4K A; 1DTQ A; 2A6A A; 4LC9 B; 2QKB A; 5AQO A; 4BR5 A; 3NH2 A; 2Y1I A; 1WLJ A; 1C1A A; 1BA1 A; 4BR9 A; 3CCU N; 3NF7 A; 2P9L A; 2ZGY A; 5AQS A; 4H5R A; 1Q9X A; 4CW7 B; 4CEQ A; 4GW6 A; 5E84 A; 3VQE A; 4YOT A; 1NK9 A; 3VEW A; 3RVC A; 4Y1D A; 5KPR A; 3ULE A; 2KZM A; 2J4R A; 4DQ8 A; 4FLW A; 3RSE A; 2QA4 N; 3A5M C; 5LL6 Z; 4DLG A; 5M1Q A; 1VQP N; 5CHI A; 4Z94 A; 4FWK A; 2GX9 A; 1HX1 A; 2VWB A; 3DRS A; 4DSJ A; 3O4Q A; 2Q1N A; 3A2F A; 4UY8 O; 3QLH A; 4FWS A; 5JVH L; 4FM0 A; 4CGD A; 1OH7 A; 1KVB A; 4LH5 A; 5CYQ A; 1L5U A; 1CZB A; 4O55 A; 3VTH A; 4CEE A; 3KK1 A; 3H46 O; 1S1X A; 3Q7B A; 3TTF A; 4DR3 K; 3OYJ A; 4Z4H A; 3EN9 A; 4BRP A; 1L3S A; 2OPQ A; 3ZX0 A; 4CZM A; 1VSF A; 2O4G A; 4FJJ A; 1W2B M; 3SQ2 A; 5AQW A; 2P9K B; 3I0R A; 1Q81 O; 3O9S A; 3ZSZ A; 3BP8 A; 1RBS A; 4KHP K; 4L3Q A; 5KQ8 A; 3C6T A; 3BUZ B; 1C1B A; 1SS6 A; 2KLA A; 3O9R A; 1REV A; 2BDP A; 4JKC A; 4BRE A; 4CEF A; 1QZ5 A; 4DB3 A; 2QWR A; 3NGI A; 3V1O A; 4FLX A; 4IFV A; 3K58 A; 1C0T A; 1BA0 A; 4WFB L; 3HSC A; 2VG5 A; 1NKC A; 2QWP A; 4BGB A; 3O6W A; 2KFN A; 1BG3 A; 2FBX A; 3CQY A; 4H0P A; 3VA3 A; 4B3O A; 4W5N A; 1M90 O; 5GAE P; 1OH6 A; 3S3O A; 4FWP A; 4B9U A; 1ESV A; 3T1H K; 4DV1 K; 4Q0B A; 2YNF A; 4JHD B; 5B8H A; 3M8P A; 2E2Q A; 3HVT A; 4BVP A; 1NKE A; 3ZT4 A; 1ZYQ A; 3EL2 A; 2AA4 A; 4CFD A; 2AP1 A; 4AHU A; 1OVY A; 4FLV A; 3CI5 A; 4B1Z A; 4DHY A; 4GVE A; 1D8Y A; 3TU5 A; 3CFR A; 2HHS A; 1BCO A; 3AAP A; 3KWG A; 4YOY A; 2YJF A; 3QB0 A; 1QSY A; 4LF4 K; 5JVG L; 3VOV A; 2KQ2 A; 3ZEU A; 3O1W A; 3VPZ A; 4BRL A; 2CGL A; 3J81 O; 3D0P A; 4X65 K; 4C8N A; 3A5N C; 5FPN A; 1P90 A; 1BIS A; 4W5O A; 2XY6 A; 2RN2 A; 2XY7 A; 4IOA L; 3QIC A; 4NB4 A; 2OCE A; 4DV5 K; 1XWL A; 3LZI A; 4BAC A; 5T7B A; 1GOC A; 4IO9 L; 4AQY K; 2GV9 A; 1CXU A; 4H0V B; 4C8L A; 3SI6 A; 3QET A; 1QHA A; 4CZG A; 5ELZ A; 4H0X B; 4QAG A; 3THV A; 4XH1 A; 1NOZ A; 1RFQ A; 2FF3 B; 4Z4I A; 5AQI A; 5DM7 L; 4H0O A; 3CCV N; 1XMO K; 3UKR A; 2Q2R A; 1EP4 A; 3C65 A; 2Q97 A; 2CH5 A; 3ZLJ A; 4EZ6 A; 3I0S A; 4CE9 A; 3GDQ A; 4ZHR A; 1J54 A; 2WC9 A; 3FZM A; 1Z26 A; 3HO1 A; 4CCH A; 4RW4 A; 3ISN C; 1JKH A; 3ZT1 A; 5FPM A; 3LDO A; 1NM1 A; 4W5R A; 4BDP A; 1QZ6 A; 2XRI A; 5HOO A; 4A2B A; 1S72 N; 4H0Y B; 1HKG A; 1ZBL A; 4DSE A; 4KHQ A; 1LWC A; 1BI4 B; 3CG7 A; 2X74 A; 3TAP A; 4BRC A; 3IUC A; 4BG9 A; 3D6R A; 3AA4 A; 3ZSY A; 2P9P A; 4HTL A; 4AHR A; 1Q9Y A; 3AA5 X; 2P9L B; 4CER A; 2FSK A; 1W9H A; 4FPA A; 4O8U A; 4MDA A; 5C24 A; 3QEW A; 3ULE B; 2HHT A; 1A5V A; 3OYB A; 2UUA K; 4RG8 A; 3LAM A; 3RSE B; 2D0O A; 4JLH A; 3K9K A; 4YFU A; 4RTF D; 1IH7 A; 4AIL C; 3C6U A; 3CJA A; 4FJL A; 3UKU A; 4CBW A; 5JS1 A; 3CHW A; 4DV4 K; 1IV0 A; 5JS2 A; 3I8B A; 3BY5 A; 4UQG A; 4IKF A; 2DFF A; 3T19 A; 1T44 A; 3ZSW A; 1NGJ A; 2W6L A; 1CZA N; 3TAM A; 4JK9 A; 3K2P A; 1P8Z A; 5HRN A; 1TKD A; 2QW9 A; 4OLA A; 2HHU A; 5EU7 A; 4OKJ A; 3LP0 A; 4IDK A; 2P9I A; 2JLE A; 3E9O A; 2E4L A; 1Q18 A; 3D2F A; 1C6V A; 3O80 A; 3S3N A; 1JXB A; 2A5X A; 4B9N A; 2A1S A; 2ZF5 O; 3VQP A; 3RMB A; 1UWB A; 2E2N A; 1NK6 A; 4GV6 A; 2XHB A; 3H1Q A; 4ELV A; 4FK4 A; 4Z4C A; 5BN8 A; 3SK3 A; 2Q0U A; 4C1N K; 2F4V K; 3TTC A; 1YIJ N; 2BTF A; 4JRP A; 3P39 A; 3ZX3 A; 3HT3 A; 1WSE A; 3VQ6 A; 1C0G A; 5CZ1 A; 5HP1 A; 4IEI A; 4DFP A; 4BRQ A; 4MO5 A; 2W41 A; 3E9P A; 2ETJ A; 4YNQ A; 2YKN A; 3AAQ A; 3MN5 A; 4GV9 A; 4NYN A; 4KKO A; 3CJ9 A; 4O8K A; 3KIO A; 3BF1 A; 2P9U A; 4CGH A; 3NVK A; 4KI6 A; 4CGF A; 3UIQ A; 3F73 A; 5GAD P; 1SZ2 A; 3SAF A; 5EOY A; 4E7J A; 1LW2 A; 2HNY A; 4E1J A; 1NGA A; 1RBU A; 3RMA A; 4FJI A; 2QEX N; 3N4P A; 1EXQ A; 5KGW A; 2DTU A; 3EKS A; 3VQB A; 1SKW A; 3V81 A; 1TV6 A; 2H3G X; 4AHS A; 3ZEU B; 1E3M A; 4YOW A; 2HBM A; 4JI1 K; 1KLM A; 4JAX A; 4JS4 A; 4BR4 A; 1QTM A; 2HBK A; 2YHX A; 4JI4 K; 3NGZ A; 4A57 A; 3MEG A; 5AQN A; 5M1P A; 1A5W A; 4I2P A; 1R0A A; 1IBM K; 1NK8 A; 3OS2 A; 2YNI A; 1RIL A; 4JD2 A; 4FM1 A; 4CF9 A; 4FWO A; 3RR7 A; 4CFB A; 3QIP A; 2NZT A; 1NU0 A; 3FGU A; 2VG7 A; 4FWQ A; 3SCX A; 3DLR A; 3TAN A; 3HM9 A; 4M3W A; 4DQS A; 3HTV A; 3WXJ A; 3TSP A; 4I6M B; 4U7B A; 3OYH A; 3SQ0 A; 4HVJ A; 3OYM A; 1CZ9 A; 3AO2 A; 5IWA K; 1JLC A; 1NGI A; 3ZT3 A; 1NGD A; 4DV3 K; 3V9W A; 2OAN A; 4IOC L; 2GBZ A; 3OYC A; 4B3S K; 4BRO A; 4WQ5 C; 5I3U A; 3CPE A; 4G1Q A; 4CHP A; 2NUB A; 3V1R A; 2QKK A; 1NJX A; 4QS7 A; 4N41 A; 4BRH A; 4HCC A; 2O8F A; 3ENH A; 5JIC A; 4BE0 A; 1YT3 A; 1YF5 L; 4KRE A; 1ATS A; 2G8F A; 4KH5 A; 2NRR A; 5KPT A; 4BC3 A; 4WCE L; 1KFD A; 3C6H A; 1QS4 A; 4OPK A; 3EE9 A; 3CFO A; 3R8E A; 1VQM N; 1EO1 A; 3P31 A; 3TAB A; 3LM9 A; 5M1F A; 2D0P A; 1XNR K; 1LAW A; 3VMF B; 4CJF A; 1F21 A; 1TKT A; 2HB5 A; 3NDK A; 2P9P B; 5BPM A; 2ITG A; 3SV3 A; 1NK7 A; 2QWM A; 4OPJ A; 1N36 K; 4EFH A; 3QES A; 4CGI A; 3O9T A; 1X9S A; 3KKS A; 3OW2 M; 3MWP A; 2ZJP L; 5M1N A; 1T6D A; 2P9K A; 2P51 A; 1G99 A; 4O5B A; 4IZ9 A; 1QE1 A; 3TAQ A; 3SUQ A; 3UKU B; 4E1N A; 1MA9 B; 2D0C A; 2WFB A; 1RDB A; 4FLZ A; 2XY8 A; 2RKI A; 2VWJ A; 2P5O A; 1J6Z A; 3PLA A; 2IVP A; 2IOC A; 4F3O A; 4DMN A; 1HQU A; 2Z1J A; 3QBW A; 1NJZ A; 4M3R A; 3L0Q A; 2P9I B; 3ENO A; 3PX6 A; 3B8A X; 3FFK B; 3A5O C; 4H8K A; 4FLU A; 3ID8 A; 3DRP A; 1GLE G; 2RPI A; 1GLL O; 3AVJ A; 4GY2 B; 5CR4 A; 4FZX C; 2NRV A; 4JHD A; 2ASM A; 4AM6 A; 1TKZ A; 3OYA A; 1T6C A; 1L3V A; 3KJV A; 3DLL L; 4KAZ A; 1D4X A; 1LW0 A; 4FPB A; 3RTV A; 3PIP L; 3LWM A; 1S1V A; 1U6Z A; 3J7A P; 3TSQ A; 4FW1 A; 5AQG A; 4DFJ A; 4DFM A; 1LCU A; 3DYA A; 3NCI A; 2FBT A; 1UA0 A; 2ZGZ A; 1NOY A; 1RT5 A; 4CES A; 4CHO A; 3TTD A; 4LSN A; 4QS9 A; 1OKJ A; 1SQK A; 2F96 A; 4BC2 A; 3IDH A; 3ALY A; 3VER A; 1BHL A; 4B1W B; 4JKB A; 4CGJ A; 4V19 S; 4O44 A; 4DTJ A; 1N34 K; 2P9U B; 1GLB G; 3MCP A; 1XC3 A; 5BR8 K; 2IS3 A; 2WUS A; 3WXK A; 2PFU A; 3L2Q A; 1EET A; 3LDS A; 3MXI A; 4EZ9 A; 4CEB A; 4FCY A; 5F1X A; 4FWL A; 1WSJ A; 2R7Y A; 2QXL A; 1XUP O; 1ATN A; 4CHQ A; 1KCF A; 3EY1 A; 1GLF O; 4X64 K; 1JLF A; 1ITG A; 5AFU A; 4DU4 A; 1G15 A; 5EXW A; 2P9N A; 1TKX A; 5GIN A; 3MN6 A; 4DTO A; 1ASU A; 1HKC A; 5FRM A; 3KVG A; 1BDG A; 3GG4 A; 5C25 A; 4JD2 B; 5GIO A; 5BRH A; 1TK0 A; 3ITH A; 5E26 A; 4E3S A; 4XH4 A; 4CJV A; 3CFP A; 3HP9 A; 4CED A; 4A62 A; 3SZ2 A; 3KLG A; 5CE3 A; 4CF1 A; 1BUP A; 4MQ3 A; 1K8K A; 1FKP A; 5JLH A; 3MN9 A; 3WNF A; 4XEI A; 1WNS A; 2IC3 A; 5IT9 O; 1CLQ A; 4G9Z A; 3E1Y A; 4Q5V A; 1J9A A; 4BDY A; 3AVK A; 2O8F B; 3AVH A; 2F9T A; 5GAG P; 3M6G A; 3KD5 E; 1SAZ A; 1VAZ A; 3THX A; 3LAN A; 3MEE A; 3OYL A; 4MLH A; 4JKD A; 4O0J A; 3P4I A; 3SAH A; 5I42 A; 1S9E A; 3AO1 A; 1VQK N; 1VRT A; 1T03 A; 1VSD A; 5MLC Q; 1SL1 A; 2QWN A; 3MMV A; 4JKE A; 2UUC K; 3QO9 A; 4JKH A; 3O4W A; 3ZCM A; 4FJ7 A; 1HMV A; 1WBB A; 2WTU A; 1VRU A; 4KTW A; 1ZBI A; 1UAX A; 3V1Q A; 3WNE A; 4FW2 A; 3E9L A; 3ZT2 A; 3GOI A; 4OLB A; 1U45 A; 3EZ5 A; 1S3X A; 1TUU A; 3WUH A; 3VQQ A; 3B6O A; 5FPD A; 3V9U A; 4BY9 C; 1HYZ A; 1VQ8 N; 1YTA A; 3ZT0 A; 1BL3 A; 4K25 A; 2YCH A; 3IMX A; 4CEZ A; 3IKM A; 3VQD A; 3NH1 A; 1X1P A; 3HI0 A; 5SZT A; 3NF9 A; 4NCB A; 4EP4 A; 1K6Y A; 3CCM N; 5ADX H; 3NVM A; 2E1Y A; 2NRH A; 4BQL A; 3H3O B; 1WOQ A; 3M5R A; 4FOI A; 4IG0 A; 4DV2 K; 2G8K A; 3CER A; 3H3N O; 3PUF A; 2O4I A; 4FL9 A; 1GOA A; 3TAE A; 4PUO A; 1NG9 A; 5A2Q O; 2G8H A; 1B92 A; 3J8A A; 2VQF K; 4HWI A; 1ATR A; 1BWF O; 5AQU A; 4JEP A; 3TWH A; 4PHT X; 2UU9 K; 3IRX A; 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