The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
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sequence length |
102
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structure length |
102
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Chain Sequence |
GSEKRQHSSQDVHVVLKLWKSGFSLDNGELRSYQDPSNAQFLESIRRGEVPAELRRLAHGGQVNLDMEDHRDEDFVKPKGAFKAFTGEGQKLGSTAPQVLST
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The SEP domain of p47 acts as a reversible competitive inhibitor of cathepsin L
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
NSFL1 cofactor p47
|
| total genus |
19
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| structure length |
102
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| sequence length |
102
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-03-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF08059 | SEP | SEP domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1SS6 A; 1VAZ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3LZJ A; 5I42 A; 3ZSR A; 5FRM A; 4JHD A; 3M8S A; 1MWM A; 4CES A; 4LSL A; 3UE5 A; 1KFS A; 2P9I B; 1CZB A; 2XHB A; 3DMJ A; 4CF2 A; 4GKJ K; 3NGY A; 1YXQ A; 3ENH A; 1C1B A; 2HBL A; 1QQN A; 2NRW A; 1D9F A; 3SQ4 A; 1TYQ B; 4JN4 A; 3I0S A; 2DFE A; 3BF1 A; 3S3O A; 4I6M A; 4CHP A; 4IOX A; 3E9P A; 2QXL A; 3EKU A; 2VCP A; 4JD2 A; 4OPH A; 3HO1 A; 4CGD A; 2DFF A; 4Z94 A; 4FLZ A; 3SI6 A; 4Y0W A; 4B1X B; 1NGF A; 1XI1 A; 3L4I A; 3NF8 A; 4FM0 A; 3ZX0 A; 1ASW A; 3HPG A; 2RE2 A; 4B9M A; 4OPK A; 1YJW N; 1NJZ A; 3EO3 A; 3LWL A; 3IG1 A; 4FK4 A; 1W9H A; 2O8D B; 5AQN A; 2IC3 A; 5FPM A; 2YJE A; 1BI4 A; 3C7N A; 1P8Z A; 3DLK A; 1J5E K; 1Z25 A; 3H1Q A; 3SUO A; 5ELZ A; 3V9U A; 2E1Z A; 4CJE A; 3VA3 A; 1QSY A; 2Q36 A; 2HW3 A; 3NDK A; 3KKR A; 1HR0 K; 4J2B A; 4DV1 K; 2YKM A; 2KW4 A; 4CD1 A; 1NG9 A; 5FRO A; 4HUG A; 5LJV A; 3G4S N; 3KVG A; 4H0X B; 1TV6 A; 4JI7 K; 4JI5 K; 3VQ5 A; 4FWQ A; 3LP1 A; 1LCU A; 1XWL A; 5AQK A; 3THW A; 4HTL A; 2YCH A; 3RMD A; 3T1H K; 4KHU A; 1V4T A; 4DFP A; 4FWN A; 3UKR B; 3NGZ A; 4V19 S; 2WBN A; 2F9T A; 1IO2 A; 1T7P A; 1U48 A; 4FZZ A; 5LJW A; 3V9S A; 4JHD B; 3DLB A; 2O8C B; 3JS6 A; 4DTM A; 2D1K A; 2ASP A; 4WE1 A; 4W5Q A; 4CJT A; 3S3N A; 3RWU A; 3TSU A; 5KPT A; 1X9J A; 2FF3 B; 3NF9 A; 5AQO A; 3WEE A; 5CE3 A; 1QQC A; 3OYF A; 3IDH A; 1N33 K; 1DKG D; 4Y1D A; 1S1U A; 4AHC A; 3OYC A; 4KI6 A; 5BPL A; 3AVF A; 4KH5 A; 4E7H A; 3VQC A; 3LP0 A; 4LSN A; 3ZSQ A; 5JIC A; 4JS5 A; 3FFK B; 3EL2 A; 4BDY A; 4H0P A; 4CZL A; 5MLC Q; 5TKY A; 4AF1 A; 3FZF A; 3VQ8 A; 4F3T A; 4CHY A; 1ZBF A; 1VSH A; 4JD2 B; 2Z1I A; 2KQ2 A; 2D0B A; 4IDH A; 4EFH A; 4BWJ A; 1UWB A; 4O5B A; 1WAJ A; 1YUW A; 1LW0 A; 1RIL A; 1CXU A; 5ADX A; 1SL0 A; 3OS0 A; 1VRU A; 3PX4 A; 3QES A; 2DY4 A; 4CJ4 A; 3FZM A; 3AGR A; 3AVJ A; 4FWL A; 1HKB A; 4EHU A; 1NK6 A; 4A61 A; 1JXB A; 5JS1 A; 3WQT A; 4JKA A; 3CD6 N; 1FKO A; 1Q86 O; 3ULE B; 3E9O A; 3HOS A; 4ISF A; 3KLG A; 4CGG A; 4M3X A; 2E4L A; 5C0Y A; 4DV7 K; 2EX3 A; 3O9S A; 5GAH P; 4OLB A; 4CJR A; 2HHU A; 4B3M K; 3NCI A; 1ZBU A; 4KHS A; 1KVB A; 3CJB A; 1WN7 A; 1GOB A; 4K42 A; 4EIA A; 1BI4 B; 4H5V A; 3C0B A; 5CZ1 A; 1TUU A; 3C7N B; 3AA5 X; 3OYJ A; 1SKW A; 3VEO A; 2UUA K; 5J1E A; 4CJV A; 3LPT A; 3OY9 A; 4DMN A; 2Z1G A; 4X65 K; 1SKR A; 3EEQ A; 3T1A A; 4YDU C; 2PZS A; 2FSK A; 5KPZ A; 4JRP A; 4JKB A; 1YF5 L; 4DLE A; 1RDW X; 2YHY A; 4E1N A; 3GL1 A; 1KCF A; 1EO1 A; 3OYB A; 3CG7 A; 3A5O C; 3H1V X; 2GWJ A; 5BRH A; 3PIO L; 2IAJ A; 1Q81 O; 4C23 A; 2QWM A; 3DLL L; 4DLG A; 1QVG M; 4WFN L; 2DTU A; 4CIG A; 5KGX A; 4CEE A; 4CBU A; 2QW9 A; 1RT4 A; 4KBO A; 4BE1 A; 1KVC A; 1TVR A; 3VEY A; 3D0P A; 2HBK A; 4KPY A; 5B8H A; 4EHT A; 5DM6 L; 1HNW K; 1BU6 O; 4DS4 A; 4KRE A; 4E89 A; 4B9S A; 2YHB A; 3CJC A; 3OVN A; 4JNE A; 4O44 A; 5AQV A; 3LAK A; 1SZ2 A; 5LY3 A; 3OYA A; 4IEI A; 3VQE A; 1RDU A; 1JLE A; 3O3G A; 1NJY A; 1QZ6 A; 4I7F A; 2QA4 N; 3AA4 A; 1QE1 A; 2GUP A; 2OPP A; 2W6L A; 3TAB A; 2PY5 A; 4IFE A; 4LF5 K; 3TI0 A; 4CEZ A; 4UY8 O; 1FXX A; 4PA1 A; 3WNE A; 5HL7 L; 4FPB A; 5BPN A; 3NH0 A; 1I3A A; 2W6K A; 4B1Z A; 4JKC A; 4CIF A; 2YNF A; 4ILJ A; 2YI1 A; 2O4G A; 3FZK A; 1RTD A; 2YNH A; 4R79 A; 3P1G A; 4YDU A; 4ELV A; 1JLB A; 3E9L A; 3RMA A; 1XMQ K; 4K8Z A; 3O9Q A; 4KHP K; 4GV3 A; 1NGE A; 1LWC A; 5AR0 A; 3G6E N; 3FFI A; 3HP6 A; 2HHQ A; 3P5J A; 1BQM A; 1W0H A; 1WSF A; 3MWP A; 3I8D A; 1NOY A; 4BGA A; 2ZF5 O; 4CZJ A; 1LAW A; 1YT3 A; 5JMV A; 3E1Y A; 1JKH A; 3A0I X; 3OA9 A; 3QFP A; 3VQ9 A; 4RWT A; 3OS1 A; 4CF9 A; 1D9D A; 5GIP A; 1N6Q A; 3OJS A; 5KQ8 A; 3RRG A; 4DF4 A; 2UXB K; 3T7Z A; 4B9U A; 2UXC K; 2VWB A; 1XQS C; 3DOK A; 3K5O A; 3VQ6 A; 4LD0 A; 1QZ5 A; 5CR4 A; 5DM7 L; 3QNO A; 3J7Z O; 4N47 A; 4CZI A; 4L3Q A; 1JCF A; 3LDQ A; 3TAG A; 1NGC A; 4HCC A; 5JLH A; 4H0O A; 2VG6 A; 1RCH A; 2KZM A; 3C94 A; 1ZBS A; 5J2M A; 2YKN A; 2OTJ N; 3Q7B A; 3R6M A; 1K8K A; 1QSS A; 3LAL A; 3WNG A; 1YJ9 N; 4CFD A; 1OKJ A; 3L2R A; 4B1V A; 2OZS A; 1O13 A; 3SZ2 A; 3MXJ A; 2H3G X; 3THY B; 3SQ2 A; 2GBZ A; 3CQX A; 2YHW A; 4DR6 K; 3AAR A; 3VQ7 A; 1VQ9 N; 1TKX A; 4E7J A; 4CFB A; 3KK7 A; 2D0A A; 1YIT N; 3U9D A; 2HST A; 5M1K A; 3GE1 A; 3ATV A; 4FSV A; 3T1Y K; 1ITG A; 1BGX T; 2B6A A; 4DTP A; 5M1O A; 2GEM A; 4W5N A; 2IS3 A; 1KVA A; 4CHN A; 1BIZ A; 3NH1 A; 4K0K K; 3DRP A; 4FOE A; 4A59 A; 4F8R A; 4DFM A; 3VOV A; 1YJN N; 1HNZ K; 4MDB A; 3PIP L; 3LPU A; 3NAE A; 4ZTJ A; 1J6Z A; 4IZ9 A; 2O8F A; 1C0T A; 2VG7 A; 3FLC O; 4B9Q A; 1IBK K; 3V81 A; 3ATU A; 3OW2 M; 3LAN A; 4OKJ A; 2WOM A; 3THX A; 3SJH A; 3AY9 A; 2Q0U A; 4PKG A; 1HQU A; 3HVT A; 4H0T B; 4Z4G A; 2X6N A; 4FZX C; 4B3S K; 3SAH A; 3I55 N; 4FVM A; 4HWI A; 5F1X A; 4HUE A; 4ID1 A; 4LFC K; 3AGK A; 4DWI A; 2ZD1 A; 1JCG A; 3CJ9 A; 3PSI A; 1FW6 A; 4BG8 A; 3OYD A; 4F9O A; 5AFU H; 3SQ1 A; 2HBM A; 2HBJ A; 3HTV A; 4HHT A; 1HX1 A; 3TAQ A; 4M3U A; 3CXC M; 5C2F A; 4W5T A; 1IJJ A; 3CCQ N; 4FWR A; 5KTQ A; 3LP3 A; 3K5N A; 3JSM A; 5KPR A; 5E26 A; 3UKU A; 1LV5 A; 2WC9 A; 4JK8 A; 4DG1 A; 3DM2 A; 2FBT A; 1UAX A; 1VK0 A; 5SZT A; 3L4Q A; 3BGR A; 4BR7 A; 1RT6 A; 1W97 L; 4Q5V A; 2BUP A; 4X64 K; 1S6Q A; 1Y97 A; 1HYS A; 3EE9 A; 4B1Y B; 4RW8 A; 2QWL A; 4CZM A; 1J5O A; 2PBD A; 2GTD A; 4FYD A; 1C6V A; 3AO4 A; 4HCB A; 3I33 A; 4FJX A; 2HHH K; 1U2V A; 3HM8 A; 4B1W B; 1K8K B; 3MN5 A; 3ZT4 A; 5HLF A; 3KD5 E; 3LDO A; 2GV9 A; 3A8Y A; 4PHT X; 3HPO A; 3FR0 A; 4ZTF A; 1DT9 A; 3NE6 A; 1TKD A; 1NOZ A; 4WCE L; 1EQY A; 3IS9 A; 3KJV A; 2E6L A; 5JVG L; 1KC8 O; 1RDB A; 2BE2 A; 1JXE A; 3IFR A; 1K73 O; 4CZG A; 1Q9X A; 5C15 A; 1S9E A; 3QEW A; 5JLF A; 4DV5 K; 5AQX A; 3L2V A; 1VSI A; 3L2U A; 4KH6 A; 5KRT A; 2D5R A; 2HF4 A; 3F2K A; 2ZQB A; 2YNG A; 1TK5 A; 1BO5 O; 4NB4 A; 3AVA A; 3BF3 A; 3ZET B; 2V7Y A; 2W41 A; 2Y1J A; 1KAX A; 1NJX A; 1JL1 A; 4OGE A; 1HNX K; 5GIO A; 1VHX A; 2O8F B; 2UU9 K; 1GLC G; 5AQW A; 3S41 A; 5F2R A; 3IMX A; 4CGF A; 3VQB A; 3THX B; 4LFA K; 1RDA A; 3FE1 A; 3K0S A; 3CC2 N; 4MLE A; 5JS2 A; 4E7K A; 2FSJ A; 1NLV A; 4H4O A; 4JKG A; 4FK2 A; 4CZF A; 1BIU A; 4JI8 K; 3F73 A; 3LZI A; 2XRI A; 3VGK A; 3HL8 A; 4F2R A; 2OA8 A; 1O1W A; 3QDK A; 5M1P A; 4IWV A; 4ELU A; 2WON A; 1VSE A; 4OJR A; 1WBB A; 2OPQ A; 5KI6 A; 3OJU A; 2W42 A; 4F3O A; 3VTI A; 4DTX A; 2KFZ A; 1TKZ A; 4JI6 K; 4IJN A; 1VSJ A; 4IO9 L; 3DYA A; 3A5M C; 3KIO A; 3K58 A; 1HKC A; 3CPE A; 1KRP A; 4LF6 K; 4GV9 A; 2HVH A; 1DLO A; 3BUZ B; 1NGJ A; 3M5R A; 4IFV A; 3ZT2 A; 1VQ8 N; 3VF4 A; 5BPM A; 5A2Q O; 2FF6 A; 1OH6 A; 4CFC A; 3HPH A; 2FBX A; 4YOT A; 3AV9 A; 4WF9 L; 3CCM N; 3CQY A; 3QBX A; 1NKC A; 3RTV A; 3G10 A; 2XO7 A; 4O8K A; 1UOC A; 1T44 A; 1GLF O; 3BP8 A; 1EWR A; 1RTJ A; 3C6T A; 3OYK A; 2AP1 A; 4CJS A; 1BG3 A; 1N36 K; 4Z4I A; 4CJK A; 1CXQ A; 3HJF A; 1QVF M; 4GKK K; 1TK8 A; 3MN9 A; 3QB0 A; 4A2B A; 4KB1 A; 5J2N A; 1E4F T; 3SPZ A; 2Q1N A; 2E88 A; 4LF4 K; 4BDZ A; 4C8N A; 3UB5 A; 2F96 A; 4GNI A; 3CM6 A; 4BQL A; 2HVI A; 1U45 A; 3T69 A; 1C1C A; 1WNS A; 3VEV A; 4B8C A; 4NYN A; 1WSI A; 4RW6 A; 4CJ7 A; 5HRO A; 4H8K A; 4CJL A; 4R5P A; 2QWN A; 2IVN A; 1VQ7 N; 4XEI A; 1BIS A; 4DU4 A; 4RTF D; 4FLY A; 3DLG A; 3V9W A; 1C0M A; 4KRF A; 3PSF A; 3SAF A; 3AVI A; 3ALY A; 4NO7 A; 4CHZ A; 4BC3 A; 1E3M A; 1OH8 A; 4DSK A; 1IKV A; 3L2W A; 2HHV A; 2ZE2 A; 1OH5 A; 1V4S A; 2D0C A; 3BZK A; 3ZX3 A; 3O6W A; 4JKG B; 3CQ8 A; 2NRZ A; 3CF5 L; 5AQF A; 3CM5 A; 2HMI A; 3CJA A; 4U67 L; 4H0Y B; 1RT2 A; 4FJI A; 5CZ2 A; 3L6Q A; 3BY5 A; 3NMU A; 3LDN A; 3NVM A; 4GW6 A; 1JL2 A; 3AO5 A; 3EZW A; 1NU0 A; 1DGK N; 1JLC A; 1NM1 A; 3QER A; 4FJG A; 4FJH A; 2QWO A; 4LH5 A; 1WBD A; 3JAM O; 4BRD A; 1ATN A; 4BRM A; 2P9K A; 4FCY A; 5GIN A; 5AZJ A; 3O4N A; 3CC4 N; 4QOZ B; 2BDP A; 4E1M A; 4DV3 K; 1N34 K; 3BEX A; 3RMC A; 3KHY A; 1ZC6 A; 2UXD K; 3CPW M; 4AH9 A; 4I6M B; 4FJJ A; 2KZZ A; 1N32 K; 4BR9 A; 1CZ9 A; 1KAY A; 2IDO A; 2P9U A; 1T3V A; 4DTJ A; 3OYN A; 2NUB A; 1KFD A; 4DQP A; 4QCL A; 1ZBL A; 1NK4 A; 3CCU N; 2ATQ A; 1MU2 A; 1EKE A; 2HMP A; 3OBY A; 3TSQ A; 2YX6 A; 1VQL N; 3HK2 A; 4BRC A; 3TTC A; 3KK1 A; 3ZT3 A; 4FJ7 A; 1KD1 O; 4FJM A; 1C0F A; 3DRR A; 3ASM A; 4A62 A; 2I7N A; 2F8S A; 1HNI A; 1HMV A; 2HHS A; 3CYM A; 4AM7 A; 4N41 A; 3OBW A; 4YOV A; 2Q31 A; 1KSP A; 4FPA A; 1UA0 A; 1X9M A; 1QHA A; 4GV6 A; 1S72 N; 5AQH A; 3OYL A; 4B08 A; 4AIL C; 4QAG A; 2F7T A; 4M3Y A; 4C8L A; 4N76 A; 3TPQ A; 4BC4 A; 1NMN A; 4U7B A; 1IBM K; 2E2O A; 2P9N A; 3ID8 A; 4GVM A; 2A5X A; 4JRQ A; 4HUF A; 3VQ4 A; 3JYT A; 1S9G A; 1YVN A; 5HRN A; 4CK3 A; 1RNH A; 2F8T A; 3PX0 A; 3ZT0 A; 4FK0 A; 4CEA A; 3GDQ A; 1R59 O; 3OYG A; 1BQN A; 3MX5 A; 3AVC A; 3TAP A; 2OAN A; 4MO5 A; 3EY1 A; 2P1J A; 1WUA A; 1BHL A; 4EZ6 A; 5GAD P; 3MXM A; 4CGI A; 2ASM A; 3THW B; 3R9P A; 1VQN N; 2PAV A; 3RSE A; 1ZBI A; 1CZA N; 2OTL N; 4O0I A; 4E7L A; 1JLQ A; 3O4Q A; 3O1W A; 1KLN A; 5TKW A; 1K8A O; 4JKD A; 3P4I A; 2Q97 A; 4WYB A; 4FJK A; 1QSL A; 4F2S A; 4CBX A; 2G8W A; 3KLF A; 4O0J A; 3MMV A; 1RT3 A; 4FO0 A; 1NGI A; 4NCA A; 4J2A A; 3WEE B; 4FJ8 A; 2P9K B; 1YI2 N; 4IOC L; 1T8E A; 3ENO A; 4CEO A; 3QIP A; 5AZJ B; 5CY4 A; 3QO9 A; 3WT0 A; 2I7P A; 4EP5 A; 2NRH A; 4OPJ A; 2BGG A; 3L0Q A; 1B9D A; 2KKZ A; 2ZM6 K; 4BRP A; 3HVR A; 2UYT A; 4CJQ A; 2QK9 A; 3TAN A; 5C2D A; 4BE2 A; 4KKO A; 4DR5 K; 1U04 A; 3V1R A; 3QNN A; 1HQE A; 2P9U B; 1RFQ A; 4BRO A; 4BQZ A; 1REV A; 4DUY K; 1RT5 A; 4PL8 A; 4M42 A; 2NRR A; 4LC9 B; 3D7E O; 1NKB A; 4BRQ A; 1KLM A; 5K14 A; 3MDQ A; 1S5J A; 5M1F A; 3C95 A; 1RBR A; 5J2Q A; 1BL3 A; 4NCG A; 3DWL A; 4FVU A; 4H5N A; 4DSE A; 1XNQ K; 2Z1J A; 3LL3 A; 5ADX H; 1LOT B; 2CGL A; 1KQS M; 1WAF A; 3CMA N; 1S1X A; 3S9H A; 4CFA A; 2QEX N; 3CHW A; 4MDA A; 4DKW A; 4EAH D; 4MFB A; 1XMO K; 4CHO A; 5HP1 A; 1GLJ O; 4CEC A; 3D2E A; 1LAV A; 2B5J A; 2JGU A; 2BAN A; 3F9M A; 3O1B A; 1X9S A; 3E66 A; 3ZSZ A; 5BRF A; 2GX9 A; 3ZSW A; 3T3F A; 3CFR A; 4CJP A; 5AQG A; 1VQ6 N; 4HVJ A; 4DTR A; 1RTH A; 4LH4 A; 3VMF B; 4ID5 A; 4H0V B; 2AJQ A; 1MWK A; 4N56 A; 1VSL A; 1VSF A; 3ZT1 A; 3VES A; 4K8X A; 1BUP A; 4ILG B; 2Y1I A; 2ITM A; 4ELT A; 1WSE A; 1RDC A; 3SMS A; 1HPM A; 3ITH A; 2RPI A; 4H5R A; 3QEP A; 4DSF A; 3RSE B; 4KI4 A; 2XY8 A; 3EE8 A; 4CHQ A; 4BRF A; 4J2E A; 2JWL A; 3O8M A; 1XC3 A; 4KH4 A; 2A3Z A; 4ISG A; 5FPE A; 1NK0 A; 2G8I A; 4LF8 K; 1SUQ A; 5EX5 A; 1C0G A; 1NGA A; 3T19 A; 2FC0 A; 4FWS A; 4DV4 K; 5HRR A; 1U49 A; 3P39 A; 4KO0 A; 4BRG A; 3DAW A; 1S1T A; 2A6A A; 3M3Z A; 1NGD A; 2FXU A; 4A57 A; 5EXW A; 4BRE A; 4DR2 K; 4YOU A; 4MLH A; 3DLH A; 3D2F A; 2D0O A; 4W5R A; 4K25 A; 3DJC A; 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