The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
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sequence length |
102
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structure length |
102
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Chain Sequence |
GSEKRQHSSQDVHVVLKLWKSGFSLDNGELRSYQDPSNAQFLESIRRGEVPAELRRLAHGGQVNLDMEDHRDEDFVKPKGAFKAFTGEGQKLGSTAPQVLST
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The SEP domain of p47 acts as a reversible competitive inhibitor of cathepsin L
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
NSFL1 cofactor p47
|
| total genus |
19
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| structure length |
102
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| sequence length |
102
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-03-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF08059 | SEP | SEP domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1VAZ A; 1SS6 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3CPW M; 4NCA A; 2ZQB A; 4CW7 B; 4H5T A; 4B1Z A; 2UUB K; 2QXF A; 4JKB A; 3WNH A; 4DR4 K; 3QEX A; 4LSN A; 2P9P A; 4DF4 A; 1YUW A; 1S1U A; 3BEX A; 3OYF A; 1BDG A; 4FWR A; 2A5X A; 5AQF A; 2FSN A; 3TSP A; 3DWL A; 3NF7 A; 3SAG A; 3R8E A; 3PSI A; 3DXM B; 4LFA K; 1HRH A; 2QXL A; 5KI6 A; 4JAX A; 1KAY A; 4DQP A; 2V52 B; 2ZF5 O; 3AA2 A; 3DRS A; 4M3Z A; 2P9I B; 5GAD P; 3IRX A; 3OYN A; 2QWR A; 2P9L B; 4Q0B A; 4LH5 A; 1T3V A; 4AHU A; 4BRN A; 3QIN A; 3D45 A; 4I6M A; 3T19 A; 3WT0 A; 3C65 A; 3C6U A; 3M1F A; 2CGJ A; 3LAK A; 4KHS A; 1RBR A; 5AQS A; 1SL1 A; 1LW0 A; 4DR2 K; 4E7J A; 3CM5 A; 2QTD A; 4LC9 B; 3MN7 A; 2UU9 K; 4JKA A; 1EKE A; 1NJX A; 4JYA K; 1HNV A; 4YFU A; 3OYC A; 1NBW A; 4C8L A; 4CD1 A; 2D0O A; 3HP6 A; 1V4S A; 3QML A; 4FWM A; 5JMV A; 3CQX A; 1KXP A; 1IBK K; 3N4P A; 2UXD K; 3DLG A; 1NJI O; 4G1Q A; 4AQY K; 4FPA A; 5ADX A; 3VQD A; 4E3S A; 3SI6 A; 4IZ9 A; 4AH9 A; 2KW4 A; 5FLX O; 2ZJP L; 4GW6 A; 3NF6 A; 1JLG A; 3WXK A; 5BPM A; 4DQQ A; 3AY9 A; 4EP5 A; 3IMX A; 2HST A; 3O1B A; 4CEB A; 4JHD B; 4B1X B; 3TAQ A; 2IC3 A; 1FKP A; 2F96 A; 2CGL A; 1S6P A; 2O8D A; 5F2R A; 5TKW A; 1TKX A; 5AQM A; 2RPI A; 3CG7 A; 4KV8 A; 2HHV A; 4BDY A; 4B3S K; 2OTL N; 4QAG A; 4J2A A; 5DMR A; 4E1M A; 4IEI A; 5CYM A; 3NH0 A; 3ALY A; 4JNE A; 4H0Y B; 3TAB A; 4CJ7 A; 1BOT O; 3TU5 A; 1W97 L; 3AVA A; 2Q31 A; 1IO2 A; 5AQX A; 2E2N A; 4NLC A; 3K9K A; 1L5U A; 1JLC A; 3EKU A; 4MDA A; 1GOB A; 4NLB A; 4H5R A; 4MO5 A; 2F9W A; 1MDU B; 3PIO L; 4DS4 A; 4CEQ A; 3AO3 A; 2G8W A; 5LJV A; 4Z4C A; 1VQ5 N; 2P51 A; 2XY8 A; 4KAZ A; 1LCU A; 4A62 A; 2JGU A; 3OTO K; 1MWM A; 3V9S A; 1CZB A; 4OGE A; 1ASW A; 3VES A; 2P9P B; 3KWI A; 2VWJ A; 2GWJ A; 3H46 O; 3IUC A; 1YF5 L; 1L3T A; 3RR8 A; 1HLU A; 4CZI A; 3EEQ A; 3KJV A; 4KH6 A; 3BZK A; 3I0S A; 4JKC A; 5FPM A; 4CEZ A; 2G8I A; 2D5R A; 3O9R A; 3K5L A; 3FE1 A; 5AQN A; 4BR9 A; 4CJV A; 1S22 A; 1QS4 A; 3TAF A; 1SZ2 A; 4H5V A; 3SNN A; 2IVP A; 4BE2 A; 2IVO A; 3WUH A; 4A5A A; 3NE6 A; 4I6M B; 4CJ4 A; 3TAE A; 3HZ6 A; 1CZ9 A; 3EE9 A; 1RT5 A; 4YOY A; 2I7N A; 5GAG P; 4PA1 A; 4FOE A; 3K58 A; 2YHW A; 3SK3 A; 1HYS A; 4XH4 A; 4H8K A; 4KPY A; 4NXN K; 4PHT X; 2OA8 A; 2FBT A; 4B1Y B; 3UKU A; 5FRN A; 4FJK A; 3HBT A; 5TKY A; 3R9P A; 4BDP A; 4IBN A; 3QET A; 3CCR N; 3ULE A; 1WSJ A; 2O4G A; 2NRH A; 3KVG A; 4DHY A; 5AQZ A; 2VWK A; 3LAL A; 4CF8 A; 4BVP A; 1KD1 O; 3S9H A; 1VQ8 N; 4ZTF A; 5GIP A; 4OGC A; 2AJQ A; 3TWH A; 4E7I A; 4WFA L; 2UUA K; 1LW2 A; 5AFU A; 4DF8 A; 3ZSO A; 1VRU A; 3H45 C; 5ADX H; 1HMV A; 4KTQ A; 4HUG A; 1Q18 A; 1WSG A; 4CIF A; 1C1A A; 3A2F A; 4M3W A; 2O8D B; 1XHX A; 4AHR A; 3OW2 M; 3L2V A; 2YI1 A; 1BUP A; 3RMC A; 1ZBL A; 1TYQ A; 2HB5 A; 4B9L A; 2D4W A; 2CH5 A; 3AVM A; 1I39 A; 1ATR A; 2HBL A; 2E6M A; 5JS1 A; 3S41 A; 3ZSZ A; 3SAH A; 1C0T A; 4ZTJ A; 4OKK A; 3OBW A; 2E2O A; 5HLF A; 1UAX A; 1J54 A; 4B3T K; 3F5T A; 2NLX A; 5J2N A; 1YT3 A; 2NRV A; 3I0R A; 4ELV A; 4HCC A; 1SAZ A; 4R5P A; 3ISN C; 3ENH A; 3O3G A; 4CER A; 1RCH A; 2V7Z A; 1HJR A; 4BGB A; 4CGI A; 3HVR A; 3CMA N; 1WB9 A; 4RG8 A; 1F21 A; 3CQY A; 4PQU A; 1I94 K; 3MEG A; 2ETJ A; 2WC9 A; 3HK2 A; 3EL2 A; 4CEE A; 1S72 N; 5EX5 A; 1U47 A; 1HNZ K; 1NK8 A; 1IH7 A; 3TAP A; 4BC5 A; 1KVB A; 3HT3 A; 3AVK A; 3THX A; 2IOC A; 3LP2 A; 3CJ1 A; 3VGM A; 3VMF B; 2KLA A; 3EN9 A; 1FKO A; 1J9A A; 4YOU A; 2D1K A; 2KZZ A; 5LMU K; 5I3U A; 3ZLJ A; 3QLH A; 3THV A; 3T3F A; 4ICL A; 1QSS A; 1J5E K; 3QFP A; 1VAZ A; 4RTF D; 4IXC A; 3J7Y P; 1S1X A; 3RSE A; 2OPQ A; 3DRR A; 4BY9 C; 1CXU A; 3LDN A; 4WE1 A; 3OYK A; 4FWQ A; 3H3N O; 4CGJ A; 4N47 A; 3J7A P; 1BQN A; 4B3R K; 1JLE A; 1WN7 A; 4F3T A; 1SV5 A; 1HNX K; 1VHX A; 2VWB A; 1QSL A; 3AO5 A; 1LWE A; 4B9V A; 3HYF A; 2VQE K; 3ZEU A; 1KFD A; 4IG3 A; 1X9S A; 1W0H A; 4MLE A; 2XY5 A; 1HX1 A; 3VER A; 3DAW A; 4BRE A; 4CJT A; 2HW3 A; 3A5L C; 4DU1 A; 3LWM A; 3SAF A; 1XQS C; 4FJI A; 3G25 A; 3UKU B; 2KQ2 A; 4YNQ A; 1G15 A; 3L4I A; 4NO7 A; 3BY5 A; 1TV6 A; 3ULE B; 1NMD A; 4CJR A; 3VQ4 A; 3PV8 A; 4K8Z A; 1C0U A; 2GBZ A; 4IOX A; 3KLI A; 5HRS A; 4FW1 A; 2E1Y A; 1GLA G; 2OZM A; 3O1W A; 4ISE A; 4OLA A; 1NGG A; 1ESV A; 2ASM A; 1IV0 A; 1UA0 A; 1GLD G; 2X74 A; 3AA3 A; 3C95 A; 3CJB A; 4CJU A; 5KTQ A; 3QIP A; 5EOY A; 3MWP A; 1U04 A; 4HWI A; 1U2V A; 1GLJ O; 3O6W A; 4DSJ A; 5AQG A; 1YXQ A; 3THY A; 3WXL A; 1NWK A; 1Y97 A; 3SBG A; 5BRE A; 3KKR A; 1BG3 A; 5LY3 A; 4DR5 K; 1GLF O; 5FRM A; 3M8P A; 1VQO N; 4CJ5 A; 1NGE A; 1EQY A; 2IGI A; 1TYQ B; 1HKB A; 5GIN A; 5M1Q A; 3CJC A; 4JD2 A; 3TI0 A; 2CGK A; 4XIU A; 1XC9 A; 1E4F T; 4GMJ B; 4FPB A; 1C0M A; 3SMS A; 3IDH A; 2ZGY A; 2IDO A; 3OYD A; 3EZW A; 4BRL A; 5M1O A; 3L2Q A; 1VSK A; 3SQ4 A; 5AQP A; 3JAM O; 4JI3 K; 2NRR A; 3RVC A; 2QKK A; 1YIT N; 3D7E O; 2A6A A; 4DV6 K; 2GV9 A; 4FVU A; 3P31 A; 2HHS A; 1BIU A; 3L2U A; 3HSC A; 3BP8 A; 2OAN A; 5IT9 O; 3ATV A; 3O4Q A; 3VEW A; 3A5O C; 3KLF A; 2Z1H A; 2F9T A; 3LL3 A; 4A59 A; 3HTV A; 4OKJ A; 3C6A A; 3E9L A; 3E9P A; 4WCE L; 3QNO A; 1X3M A; 1NM1 A; 3A8Y A; 3E01 A; 4CZL A; 3THX B; 3DMJ A; 3PX6 A; 1VK0 A; 4KHQ A; 3ENO A; 4KO0 A; 3CJ7 A; 1NK4 A; 1X3N A; 2YNH A; 2HHQ A; 2PY5 A; 1CLQ A; 1Z26 A; 4NXM K; 1QQM A; 4Z4G A; 3RSE B; 1C0F A; 3AA5 X; 1QSY A; 4CBX A; 4WFN L; 4FWO A; 1IJJ A; 5E26 A; 3M8S A; 3ENB A; 5B8H A; 4DUY K; 3TAN A; 4JS5 A; 2XY7 A; 1W9H A; 3MXM A; 2BGG A; 1Q82 O; 3O8M A; 4K8X A; 3ZEU B; 4BRD A; 1I3A A; 3CCU N; 2W6L A; 3VA0 A; 1DTQ A; 5HBM A; 1JLQ A; 3V6D A; 3D2E A; 3SJH A; 4CI6 A; 2YX6 A; 4BQL A; 4BE1 A; 3SMP A; 4DS5 A; 4PUO A; 3VA3 A; 1U45 A; 1S1W A; 1NJW A; 2B4J A; 2E5L K; 4DV0 K; 1XNR K; 2Q36 A; 1TGO A; 1LWF A; 4WFB L; 2WBN A; 2QA4 N; 2OPS A; 1ILY A; 3HVT A; 3TPQ A; 1J6Z A; 3EZ5 A; 1GLB G; 2KFZ A; 4ZHR A; 3VQ8 A; 3BF1 A; 1U2V B; 4OO1 J; 4BVO A; 3CM6 A; 2Y1I A; 1HPM A; 3SBT A; 3DLK A; 3K5N A; 3THY B; 4J2D A; 3U9D A; 3I8D A; 1T03 A; 1LWC A; 4GV9 A; 1BIZ A; 4O44 A; 3QIC A; 2ASO A; 3KTQ A; 2D0A A; 4WF9 L; 1KRP A; 5AQK A; 4H4M A; 3WNF A; 2YCH A; 3J81 O; 4E7L A; 5IWA K; 4JD2 B; 3QBX A; 3OVN A; 3TTC A; 4YOV A; 1BA1 A; 3FZH A; 4C8O A; 3ZT0 A; 3ZX3 A; 3ZT3 A; 3GDQ A; 1SKR A; 3OYG A; 2QWP A; 4L8R B; 1TL1 A; 1Q81 O; 4JEP A; 1KCF A; 4I9Q A; 1KFS A; 1JL2 A; 3U3G A; 3VQ5 A; 1P90 A; 1OH6 A; 5M1F A; 3AGR A; 3LDO A; 3CYM A; 3OS2 A; 1W7A A; 3O80 A; 3NMU A; 1TKT A; 2IAJ A; 3H6E A; 3LP0 A; 1T6C A; 1MA9 B; 2OZS A; 1NKC A; 1EX4 A; 3MAQ A; 3CCQ N; 1OH8 A; 3VF4 A; 3VQ7 A; 1NGB A; 1RT1 A; 1RT7 A; 1SS6 A; 4O5B A; 1QVG M; 1XHZ A; 1JXE A; 1SKW A; 4L3Q A; 5H1S Q; 3CJA A; 4XH5 A; 3K9J A; 4CGF A; 3K57 A; 1H1V A; 3AVC A; 1S1T A; 1M90 O; 4CHY A; 4PKH A; 3F73 A; 4CZJ A; 4GV6 A; 3CCM N; 1RTJ A; 4RWT A; 3MDQ A; 2WON A; 3WXJ A; 3O4N A; 2A41 A; 2YHY A; 2XO7 A; 1TUY A; 4CGD A; 1U4B A; 3GG4 A; 3U3Y A; 4ILH A; 3UE5 A; 4BRA A; 3C6H A; 3F9K A; 4ILG B; 4X62 K; 4HTL A; 1P8Z A; 1MU2 A; 3Q7B A; 1YJW N; 1RBU A; 2FF6 A; 1OVY A; 2ZJR L; 4F2R A; 4JKD A; 4ILJ A; 3VQ6 A; 1U48 A; 3L3V A; 3IG1 A; 3KHY A; 3PX4 A; 1XUP O; 2VYP A; 4GVE A; 1VQM N; 1HYV A; 4FZY A; 4K42 A; 3CFR A; 4DFJ A; 5KRT A; 2O4I A; 4KHY A; 3THW A; 1RDA A; 4FWK A; 1N8R O; 2E4L A; 1S5J A; 4CHZ A; 1SL0 A; 1WBB A; 3D2E B; 2GUI A; 2PFU A; 4B9S A; 4JI1 K; 1X1P A; 4DSL A; 1NGC A; 3WXI A; 5C0Y A; 2ZGZ A; 2QK9 A; 4YOR A; 5BPN A; 1DEJ A; 4AM6 A; 3KK7 A; 4DV3 K; 4B9U A; 3M5R A; 1O1W A; 4ID5 A; 3DLB A; 3HJF A; 4CGG A; 4BR4 A; 3AGK A; 3O5B A; 2VQF K; 1B92 A; 1Q9X A; 1T6D A; 3FFK B; 2FBX A; 4FOI A; 4CF1 A; 3MCA B; 2OCE A; 4BC3 A; 4E19 A; 2AP1 A; 3H1Q A; 1HNI A; 2BE2 A; 4C8K A; 4CFB A; 1C0G A; 4JLH A; 3QER A; 5DM6 L; 1N34 K; 3G0Z A; 4JKH A; 1E4G T; 3L3U A; 4FJ5 A; 1QQC A; 5AQQ A; 3AVF A; 4KTZ A; 3NGZ A; 3M3Z A; 3N4Q A; 4DB3 A; 3ZX0 A; 2FBV A; 2NRW A; 1K73 O; 1K6Y A; 3SV3 A; 5HRP A; 5CZ2 A; 4LH4 A; 3ZSV A; 3JXU A; 5KQ8 A; 2UUC K; 2VGN A; 3CCV N; 3JSM A; 4BG8 A; 5JVH L; 3TAG A; 2ZJQ L; 4YOT A; 1NJY A; 2HNZ A; 5EU7 A; 2BAN A; 3LM9 A; 1VSD A; 4M3T A; 4F2S A; 2EHG A; 4BRG A; 4W5Q A; 4KRF A; 3KKS A; 2QKB A; 3TR8 A; 4CBW A; 1KSP A; 5KPR A; 3PO5 A; 1RTH A; 4CFA A; 5JLF A; 4QOZ B; 5CE3 A; 2DFF A; 5BRH A; 1BU6 O; 1QZ6 A; 2XRI A; 4CJK A; 1WBD A; 4E0D A; 4I2Q A; 1V4T A; 1RIL A; 1E3M A; 1RTD A; 3NF9 A; 3L2W A; 2KHO A; 3W0L A; 4W5R A; 4BAC A; 4YDU A; 3CI5 A; 1VQ4 N; 3AAQ A; 2YJF A; 3R6M A; 2G8V A; 3LDP A; 4CEA A; 3V4I A; 5JS2 A; 1R59 O; 1IKY A; 1WNS A; 2QWQ A; 5J2P A; 4DTN A; 4PWD A; 5HL7 L; 3FFI A; 5M1P A; 4DV7 K; 1XI1 A; 4CCH A; 5FPE A; 1B9D A; 3VQA A; 2E2P A; 5BN8 A; 4O0I A; 3HI0 A; 1IBM K; 4BGA A; 3TSQ A; 4CHP A; 5AQT A; 3UIQ A; 2HHW A; 3FGU A; 4MLH A; 5BRF A; 2B5J A; 4FSV A; 4LSL A; 3AVL A; 4CD3 A; 4HTU A; 3G6E N; 3T69 A; 4MDB A; 5T7B A; 1KLN A; 4F3O A; 2D0C A; 2FBY A; 4DV4 K; 4FJN A; 4FK0 A; 4CFC A; 4I7F A; 5K14 A; 4CHO A; 2HF4 A; 4H03 B; 1RT3 A; 3ZSX A; 4CIE A; 1TUU A; 1BIS A; 3A5M C; 4KBO A; 3L2R A; 2A1S A; 3KK1 A; 4U67 L; 3HPG A; 1Z25 A; 3THW B; 1VQ7 N; 3DXK A; 4FJ8 A; 1SQK A; 3CCS N; 2HND A; 1L3U A; 1B9F A; 3VQ9 A; 3SJJ A; 4CJL A; 2O8C A; 1G99 A; 4RCH A; 1R0A A; 4A2A A; 3CD6 N; 3LPU A; 3OHR A; 1GOA A; 5AJ3 K; 2RF2 A; 4IJN A; 1DKG D; 4M41 A; 4EZ6 A; 5KPT A; 5EY4 A; 1BHL A; 4UY8 O; 1HQE A; 4Y0W A; 4AIL C; 1RDB A; 4KKO A; 1UOC A; 4CJE A; 3SZ2 A; 3W3D A; 5BPL A; 4DFK A; 3TAM A; 4LD0 A; 4KI4 A; 1X9W A; 4O8K A; 2P9K A; 4E7H A; 4JV5 K; 3WNG A; 3MN5 A; 1HKG A; 3PLA A; 4AHS A; 1YJ9 N; 1N32 K; 4Z4F A; 3VF6 A; 4BQZ A; 3MXJ A; 2ZM6 K; 1ZC6 A; 4EHT A; 3KK3 A; 5FPD A; 2YKN A; 1XWL A; 4C8M A; 4MO4 A; 5JIC A; 4K43 A; 4B3M K; 4FLZ A; 4FM0 A; 2P9U B; 1N33 K; 4JI4 K; 2EWS A; 1FXX A; 4O0J A; 3EYZ A; 4FJH A; 1L3V A; 3EKS A; 1RDU A; 4JRP A; 4DR7 K; 3MCP A; 1RGI A; 1M1K O; 2GEL A; 2LSN A; 4YOW A; 3S3M A; 1NGD A; 5KRS A; 4OVL A; 4B9Q A; 3SPY A; 4M3R A; 1QHA A; 3D2F B; 3T7Z A; 3DYA A; 3AVB A; 1OVQ A; 1RT4 A; 4YDU C; 1YVU A; 4CIG A; 1X9M A; 4ELU A; 4J2B A; 3LDS A; 4DR6 K; 2F7T A; 4FWL A; 4MFB A; 3MED A; 4CF9 A; 3FZM A; 4PY5 A; 1YTA A; 2A42 A; 4N56 A; 3E9O A; 1HUX A; 5LJW A; 1NK6 A; 4JI7 K; 3SLC A; 1N5Y A; 4DTX A; 4CJS A; 3U4L A; 3K59 A; 3V1R A; 3QB0 A; 4KTW A; 5BN9 A; 2ITM A; 4RW8 A; 3CPE A; 5C2D A; 3OJU A; 4EFH A; 3NAE A; 4WQ5 A; 4BRF A; 3ID8 A; 1BI4 A; 3D6R A; 3V1Q A; 4DLE A; 2VG5 A; 1N36 K; 1VSF A; 4CJW A; 1GLC G; 3U6F A; 2FC0 A; 1NGH A; 3U9Z A; 4RW4 A; 1QTM A; 2QI2 A; 3LAN A; 4FW2 A; 3EE8 A; 1DTT A; 5AQI A; 3O9T A; 2YNF A; 4V19 S; 3CCE N; 3SUP A; 4KHW A; 4CF2 A; 3SYZ A; 5AFU H; 5GIO A; 3DXK B; 1TVR A; 4DQR A; 3ZT2 A; 3A5N C; 4F4K A; 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