1T6CA

Structural characterization of the ppx/gppa protein family: crystal structure of the aquifex aeolicus family member
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
306
structure length
306
Chain Sequence
PIMRVASIDIGSYSVRLTIAQIKDGKLSIILERGRITSLGTKVKETGRLQEDRIEETIQVLKEYKKLIDEFKVERVKAVATEAIRRAKNAEEFLERVKREVGLVVEVITPEQEGRYAYLAVAYSLKPEGEVCVVDQGGGSTEYVFGKGYKVREVISLPIGIVNLTETFFKQDPPTEEEVKRFFEFLEKELSKVKKPVDTIVGLGGTITTLAALEYNVYPYDPQKVHGKVLTYGQIKKWFDTFKEIPSEERSKRFRQVEDRRAKVILAGIGIFLKTLEIFEKDCLIVSDWGLREGVLVSEVLKENHS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural characterization of the stringent response related exopolyphosphatase/guanosine pentaphosphate phosphohydrolase protein family
pubmed doi rcsb
molecule keywords exopolyphosphatase
molecule tags Hydrolase
source organism Aquifex aeolicus
total genus 112
structure length 306
sequence length 306
ec nomenclature ec 3.6.1.11: Exopolyphosphatase.
pdb deposition date 2004-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02541 Ppx-GppA Ppx/GppA phosphatase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1t6cA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 1t6cA02
3M6GA 1T6CA 3SMSA 1X3NA 2E2PA 3QFPA 3QBXA 2CGLA 2P9KB 3SJHA 3IDHA 4BRAA 3EL2A 3DWLA 2FF6A 3VEXA 1GLLO 2CH6A 2P9SB 5AQKA 4XH5A 2YI1A 5LJVA 5BN9A 3IMXA 3WUHA 4QS8A 3W3DA 3ULEA 3SMPA 3BF3A 1ATNA 3WXJA 1NGBA 4B1UB 4JD2B 4PKIA 2Q97A 3H3NO 1HJOA 4H0YB 3VF6A 5AQVA 3DXKB 1MWKA 3GOIA 2PAVA 3MN9A 4K41A 4BC5A 4BRHA 2W40A 4CZFA 1WUAA 3RSEB 3ZETB 3H1QA 3D2EB 3VETA 4M7XA 2E20A 2EWSA 5F0XA 2Q2RA 3A5MC 4BG8A 3B8AX 1BA0A 2W41A 3ZX0A 4FWLA 2ZGZA 3EZWA 1BO5O 4BC4A 2QWLA 3BP8A 2YHWA 5LJWA 2V7ZA 4FWSA 5ELZA 2WUSA 3IFRA 4IJNA 4H5VA 1ZBSA 1BWFO 3O1WA 2P9IB 4BRGA 3HBTA 5KPZA 4ISFA 3DAWA 4A61A 2F9WA 2P9UB 4IWVA 1LCUA 4Y0WA 2GUPA 4DQ8A 1XC3A 4FWPA 3CJCA 5FPEA 3MN5A 3O80A 5KPRA 4NO7A 4H0XB 4WQ4C 3UB5A 2A40A 4JAXA 5EY4A 2GTDA 3VENA 4QS7A 5AQHA 1TYQB 3VGKA 4YDUA 4DHYA 2QWNA 3ID8A 4O8KA 3CJBA 3M3ZA 4B1VA 2F9TA 3WQTA 2P9LB 3LM9A 1KXPA 5JLFA 4B1YB 1BU6O 5AQJA 5CE3A 1DEJA 2ZGYA 1QZ5A 4FWMA 1EQYA 3VEVA 4H0PA 5AQTA 4RWTA 5LY3A 4AM6A 1D4XA 2P9KA 3I8BA 4EHTA 2ASPA 5AFUA 2Q36A 3KZBA 2A42A 2A6AA 2FLOA 2HF4A 3FZMA 2P9SA 4BREA 1ATSA 1HUXA 1SAZA 2AP1A 1Y64A 1C0GA 4L3QA 3VF2A 5JMVA 1E4FT 5AR0A 4BQLA 4H5WA 4I6MA 3MN6A 3HM8A 1H1VA 2GEMA 2QWMA 1CZAN 3CHWA 4JD2A 4EAHD 3O1BA 5AQUA 5ADXH 5AQFA 3VEYA 1NWKA 3CQYA 2V7YA 4HWIA 3DXKA 3UE5A 5EXWA 4C23A 3LDOA 4H0VB 4K43A 3FE1A 3DXMB 5B8HA 4GY2B 4JNEA 5E84A 3RSEA 2A41A 3ZETA 4BC2A 2E1ZA 3D2EA 3GBTA 1WOQA 4BRQA 4F9OA 3IUCA 2GWKA 3CQXA 1KAYA 5AQRA 4BGAA 1NGFA 2Q0RA 5AQMA 4BR9A 5TKYA 3DJCA 3GG4A 2BUPA 4I6MB 5F1XA 5AQQA 3KHYA 1BUPA 3WXLA 4CZHA 1Z05A 1RDWX 5AQYA 3VPZA 4MLHA 2E88A 2VYPA 4CZIA 3CJ1A 2P9IA 3G25A 3WXIA 2D1KA 4CZLA 4CD3A 5AQPA 2P9UA 4ISEA 2I7PA 3ATUA 4BR4A 4CZKA 5AQGA 5KPTA 2E2QA 4CBXA 1S3XA 4FWQA 4B9QA 3UKRB 3U4LA 3ATVA 3CIPA 4J8FA 1YUWA 1XUPO 3TU5A 4WQ5C 1ZXOA 1HX1A 1TYQA 1ZC6A 2CH5A 3FGUA 4B1XB 3WEEB 1LOTB 2E1YA 1SZ2A 4CZEA 2D4WA 5BRFA 2P9LA 4XEIA 3VERA 4A2AA 3FZFA 5AZJA 5AQIA 4PKGA 2P9NB 5KQ8A 2ASMA 3D2FB 4K25A 1R59O 4MLEA 5BN8A 3AY9A 4JHDB 4EHUA 4B1ZA 3MDQA 5FPMA 4BC3A 2HMPA 4XH4A 2YHYA 3FLCO 4BVOA 1SQKA 4BQZA 4H5NA 4FL9A 2IVPA 3A5LC 3C7NB 1GLCG 3QFUA 2QWPA 3VEOA 1QQMA 3ZX3A 4IJAA 3ENOA 3JS6A 3HTVA 2IVOA 2CGJA 1J6ZA 1Q18A 4ISGA 3O5BA 2V51B 3LDQA 3QDKA 1T6DA 1MWMA 2IIRA 1S22A 2E8AA 1GLDG 5BREA 2QM1A 1MDUB 1HKBA 4FOIA 5AZJB 4BRCA 2QWRA 1NGAA 3A8YA 5BPNA 3S41A 4H0TB 4K42A 4BR0A 3DXMA 4PL7A 3EN9A 2D0PA 3CETA 3GL1A 2FF3B 3U9DA 5BR9A 1NGEA 1TUYA 3SK3A 1P8ZA 3L6QA 4B1WB 3UKUA 4BR2A 2YHXA 1KAXA 1MA9B 3AAQA 4BG9A 2QWQA 1QZ6A 1YVNA 4XH1A 4EFHA 2J4RA 1JCFA 3W0LA 1GLJO 1HPMA 3EO3A 2QWOA 3BF1A 1NGJA 3O6WA 3VF4A 2QXLA 4E1JA 1QQOA 4CI6A 3L4IA 4HTLA 2NZTA 3O4WA 2VCPA 1E4GT 2KHOA 3I33A 3OHRA 4M63C 1Z6RA 1BOTO 3MMVA 2NRHA 3P4IA 4JN4A 4YDUC 2CGKA 4KBOA 3H46O 4WYBA 3UKRA 5I9EB 2OANA 4FO0A 4MO5A 2D0OA 3VGMA 3UKUB 3CJ9A 2E2NA 4BRLA 5AQLA 3FZLA 4FWRA 1C0FA 1NMDA 1G99A 4NB4A 3AARA 1ATRA 3WEEA 3QB0A 1K8KB 5BPLA 3VOVA 3U9ZA 3F9MA 2ASOA 1HKCA 3FZKA 3VEWA 3A0IX 3CERA 3WT0A 1U2VB 1JCGA 3SLCA 1GLEG 3H1VX 5AZIB 2P9NA 4H5RA 3D2FA 3JXUA 4H5TA 1NGDA 1QHAA 3GDQA 3HI0A 3TPQA 4JHDA 2FXUA 3LL3A 5ADXA 3WXKA 2P9PB 2I7NA 3QICA 5BRHA 1GLFO 4IXCA 3D7EO 3ENHA 4BR5A 4CZGA 3C7NA 3H45C 5JLHA 5KQDA 3FR0A 4WQ4A 2HOEA 3CJ7A 3LDNA 2V52B 1JCEA 3QBWA 2BTFA 5AQWA 4CBUA 3MCPA 4FPAA 1XQSC 5AQZA 4Z94A 3O8MA 2YJEA 3EKSA 1RFQA 1U6ZA 1V4TA 1QQNA 2Q1NA 2YCHA 3M1FA 2NLXA 3J8AA 3HSCA 3O08A 1OKJA 3CI5A 4CJ7A 5AQSA 5EOYA 1IG8A 4RTFD 3A5OC 3LM2A 4BRKA 2H3GX 1BG3A 3FZHA 3R9PA 4FWNA 2IVNA 3FFKB 4H03B 5EVZA 1TUUA 3ULEB 2DPNA 3QMLA 3R6MA 2HF3A 4PKHA 4GNIA 2E2OA 3VGLA 1NBWA 3HZ6A 1YAGA 2FSNA 5AFUH 5FPNA 3BEXA 4BRDA 3LDPA 3MK6A 3WQUA 1DGKN 5EX5A 5JICA 1NM1A 4FOEA 4RCHA 4AM7A 4BROA 4BRIA 3CJAA 3GE1A 1T44A 5FPDA 4FWKA 4BRPA 1ESVA 1RGIA 2FSKA 4BR7A 1NGHA 4QS9A 4PL8A 4FPBA 3VESA 2FSJA 1HKGA 4EIAA 2YJFA 2ZWHA 4MO4A 1V4SA 3ZEUA 4M7YA 4A62A 3R8EA 3C0BA 3BUZB 4BRFA 1K8KA 1NGIA 3MN7A 4DCHA 1NLVA 2Q0UA 1BA1A 1U2VA 2ZF5O 1HLUA 1NGCA 3U8XA 1GLBG 4CZJA 4FSVA 5AZIA 5BPMA 3H3OB 3AAPA 2ITMA 1X9JA 5AQXA 2PBDA 1BDGA 4H0OA 4A2BA 4BRNA 4BRMA 3EKUA 3LDLA 4BVPA 3H6EA 3L0QA 4O5FA 5E26A 2A5XA 4BGBA 4CBWA 4FWOA 2P9PA 1GLAG 5AQNA 3A5NC 1DKGD 5F2RA 4IO8A 1IJJA 2GWJA 4IZ9A 1YXQA 4CZMA 4CD1A 4LC9B 2A3ZA 3ZX2A 2GELA 3VEZA 3ZEUB 2AA4A 1X3MA 1KAZA 2Q31A 2UYTA 2QW9A 4WQ5A 5AQOA 1NGGA 3KVGA 4DB3A 5BRDA 2VWBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3M6GA 4DSJA 4OPJA 2BE2A 2Y1JA 2CGLA 3IDHA 4BRAA 1JLGA 4YOWA 1KSPA 3RTVA 2P9SB 1YJWN 2XO7A 5LL6Z 3WUHA 4I9LA 2RHKA 3ZSWA 4FJGA 4HTUA 1A5XA 3M8RA 3F9KA 3ZT4A 4CJQA 4DV2K 1NK4A 1VQKN 2UXBK 4PKIA 1YTAA 1C6VA 2JLEA 4H0YB 5AQVA 4KRFA 3L2VA 5GAHP 1C0TA 3GOIA 3WNGA 4CF0A 4BC5A 1IKXA 4K41A 5HRSA 4DSEA 2W40A 3QEIA 1JXEA 1NKCA 4CZFA 3QETA 3H1QA 3U3YA 1RBTA 3DLHA 4M7XA 2E20A 2UUCK 2Q2RA 3A5MC 3E01A 4BG8A 2HMIA 1BA0A 4KFBA 4CJ5A 4CHQA 3OYIA 4KV8A 2ZGZA 3AVAA 3JYTA 4BC4A 4BDZA 3PX0A 3VQAA 2YHWA 3KK3A 5LJWA 2V7ZA 1KQSM 3OS1A 1WSIA 2WUSA 4DR2K 2FBVA 4JKCA 1VSDA 1DT9A 2O8FB 1IO2A 3DAWA 3AGKA 3DYAA 2P9UB 2QTDA 1EKEA 2GUPA 3TANA 1RTIA 4Z4IA 1XC3A 1VQON 5FPEA 4XIUA 3O80A 2QXFA 4NO7A 1DLOA 4H0XB 3UB5A 3TABA 5M1PA 3RR8A 3AVKA 4CF2A 1C1CA 2VQFK 2XY6A 2GTDA 3VENA 4QS7A 2QWNA 2WBNA 4CHPA 3CJBA 3AVNA 3H08A 3VQ7A 2P9LB 1BU6O 4C1NK 5CE3A 4A59A 4RW4A 4CJUA 1B9DA 2F96A 4H0PA 3PX6A 3ZSOA 5DK5A 1YI2N 4N5SA 4BWJA 4CE9A 4FJ9A 2HHWA 3T19A 1D4XA 2P9KA 2QKKA 3K2PA 4EHTA 2ASPA 3EEQA 2Q36A 4X66K 1OH8A 4E7JA 3KZBA 3CCEN 1ZBFA 1HJRA 1GOBA 3SZ2A 2ETJA 1C0GA 5JMVA 3IS9A 3PSFA 4BQLA 1VHXA 3PUFA 3M5RA 2GEMA 4Z4HA 4FXDA 3O1BA 3KLHA 5M1OA 5AQFA 3CCLN 1NWKA 2HHTA 2V7YA 1RDUA 2IGIA 3CC7N 4ILGB 4CEAA 1SUQA 3LDOA 1M90O 3QEVA 4H0VB 3QINA 5B8HA 3HOSA 2OPSA 4JNEA 3RMBA 2X6NA 4HVJA 2E1ZA 3GBTA 3MCAB 4E89A 2Z1GA 1J9AA 1XHXA 4BGAA 4CJPA 5AQMA 4BR9A 5TKYA 1KLMA 3CD6N 3KHYA 1BUPA 1TVRA 1RDWX 4MLHA 2E88A 3CJ1A 4JI3K 2P9IA 4E7LA 1OH6A 4WCEL 1NG9A 2D1KA 2HBKA 4CZLA 5AQPA 1RCHA 4CJWA 2I7PA 1FXXA 3ATUA 3ZSRA 1NK0A 4ZHRA 2E2QA 4MDBA 3MX5A 4B9TA 5MLCQ 4YOXA 2HHVA 3ATVA 3Q7CA 3C6HA 3ISNC 1EO1A 1YUWA 1HR0K 5DMRA 5EU7A 3RWUA 2CH5A 3FGUA 4AQYK 3TAMA 3KLFA 4IG3A 4U7BA 2D4WA 4JKGB 5KRSA 2DY4A 3VERA 3SQ2A 4KREA 3D2FB 2JWLA 4N56A 1U4BA 1R59O 4CJVA 2PY5A 1RDCA 3MEEA 5KRTA 4DR5K 5BN8A 3OYGA 1BISA 3CFRA 1TAUA 4FJLA 1ASWA 2O8BA 1IH7A 3HK2A 1FK9A 1QQMA 2OPQA 1K9MO 4IJAA 4CGHA 2W6KA 2CGJA 1Q7YO 3LDQA 3SPZA 3DLGA 2E8AA 2O8CB 1MDUB 4Y1CA 3LP2A 3TAQA 4NLBA 3NH0A 4DU3A 3A8YA 5BPNA 1QSSA 3HPGA 4NXNK 4K42A 3VQPA 4BR0A 3GL1A 3G4SN 2G8HA 1NGEA 4FJNA 1RBRA 3L6QA 4KH4A 1NJYA 3UKUA 1XI1A 4H4OA 4WE1A 4DS4A 4IDHA 1YVNA 2DFEA 3THVA 4K8XA 4EFHA 3W0LA 4KHYA 3O4NA 1UAXA 1QQOA 4KB1A 2KZMA 4JS5A 4HCCA 3L4IA 1F21A 1YVUA 4HTLA 2NZTA 2VCPA 4CFBA 1L3TA 2RF2A 4CF9A 3DM2A 5FROA 4JN4A 2JGUA 4N47A 4YDUC 1C1AA 2CGKA 5SWMA 3OVNA 5I9EB 4M45A 1KFSA 2D0OA 4BRLA 1QSYA 4AH9A 3DOLA 4CGIA 1QSLA 3VQ9A 1G99A 3AARA 4YORA 3M8QA 4OX9K 2WONA 1VQ7N 1JJ2M 4CFAA 3FFIA 4FK2A 2B6AA 1GOCA 1HKCA 1J53A 3TTCA 3TAFA 1K73O 1VQ5N 3LWLA 1KD1O 1GLEG 3VQ8A 1JLEA 3H1VX 5AZIB 3CM5A 4H5RA 3K0SA 3LP1A 3V81A 3SI6A 2QK9A 1QVFM 1A5VA 3SJJA 1NJIO 3DRRA 3TPQA 4CEOA 1ZBHA 4JKHA 2ITGA 5JLHA 3THWB 1JL1A 3TSQA 3FR0A 3RVCA 3ZSQA 3CJ7A 2V52B 3D45A 3PIPL 2KFNA 5AQWA 1EWQA 4ILHA 1T03A 4Z94A 2YJEA 1Z26A 3ENBA 5TKWA 4IBNA 2Q1NA 2HHXA 3T7ZA 3O08A 3M8SA 3CI5A 3SPYA 1VSIA 5EOYA 3NAEA 4O5BA 1HNZK 3LM2A 4FZZA 3FZHA 4X64K 3ZT0A 3FFKB 4DU1A 4FYDA 4ZTFA 3IKMA 2HNZA 4HCBA 1NBWA 1HQEA 4J2AA 2FSNA 5AFUH 3OYNA 4YOYA 4DQQA 4QOZB 1U45A 2RE2A 5KGXA 1NM1A 1IV0A 4AM7A 4CK1A 4RW7A 3OYHA 3CJAA 3KTQA 1T44A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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