1TUUA

Acetate kinase crystallized with atpgs
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
399
structure length
399
Chain Sequence
MKVLVINAGSSSLKYQLIDMTNESALAVGLCERIGIDNSIITQKKFDGKKLEKLTDLPTHKDALEEVVKALTDDEFGVIKDMGEINAVGHRVVHGGEKFTTSALYDEGVEKAIKDCFELAPLHNPPNMMGISACAEIMPGTPMVIVFDTAFHQTMPPYAYMYALPYDLYEKHGVRKYGFHGTSHKYVAERAALMLGKPAEETKIITCHLGNGSSITAVEGGKSVETSMGFTPLEGLAMGTRCGSIDPAIVPFLMEKEGLTTREIDTLMNKKSGVLGVSGLSNDFRDLDEAASKGNRKAELALEIFAYKVKKFIGEYSAVLNGADAVVFTAGIGENSASIRKRILTGLDGIGIKIDDEKNKIRGQEIDISTPDAKVRVFVIPTNEELAIARETKEIVETE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and kinetic analyses of arginine residues in the active site of the acetate kinase from Methanosarcina thermophila.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Acetate kinase
molecule tags Transferase
source organism Methanosarcina thermophila
total genus 135
structure length 399
sequence length 399
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.2.1: Acetate kinase.
pdb deposition date 2004-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1tuuA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1tuuA02
4H0YB 1E4GT 4BQZA 2IVPA 3KVGA 1WUAA 1RFQA 1WOQA 3O8MA 3DAWA 4BR9A 5JICA 3I8BA 1SZ2A 1S3XA 1R59O 3BF3A 4BC3A 2QXLA 4FO0A 4BR7A 4A62A 2FSKA 5AFUH 4EAHD 3QICA 2A3ZA 5AZIB 1YXQA 4EIAA 4Y0WA 1RDWX 4B1VA 2FSJA 3FZKA 4H5RA 1D4XA 2P9PA 4IWVA 4M63C 2HMPA 2YJFA 2WUSA 2P9SA 3H3NO 1BA0A 5FPDA 4CD1A 3WQTA 4O8KA 3QBXA 2D1KA 5JMVA 1NGJA 2YHXA 2Q1NA 4FPBA 1HPMA 2ZWHA 1C0GA 4CZMA 5BRHA 4K43A 1YUWA 2FF6A 4QS7A 3UKUB 5KQ8A 4KBOA 5KPZA 3EN9A 4MLEA 2P9NA 2I7NA 3CHWA 3ENHA 2E1YA 4BRLA 3U8XA 1XQSC 4H0VB 5FPEA 5AQRA 3EZWA 2GWKA 5AQQA 4CZKA 4BR2A 1Z05A 3A5NC 3VOVA 2VWBA 2E2NA 2P9LB 3UE5A 2D4WA 2CGLA 3A8YA 4H0XB 2V7ZA 4JD2B 3CJCA 4WYBA 3UKRA 1MWMA 4FWPA 3DJCA 5FPNA 3VEOA 2Q0UA 1LOTB 1QZ5A 1IJJA 2P9KA 4JNEA 5BRDA 3WXLA 2QW9A 4BVPA 2HF3A 1NGBA 3J8AA 2ASPA 2A6AA 3D2EA 4H5NA 5EOYA 4BRNA 5BN8A 3FZFA 5AQMA 2FXUA 1X9JA 2IVNA 4BGBA 4CZLA 2F9TA 2F9WA 4EHUA 5BPNA 3GBTA 1GLFO 1QZ6A 2UYTA 4IJNA 4AM7A 3AARA 1HUXA 4JN4A 4H0OA 1T6DA 3LDQA 1NGIA 5BREA 1KAXA 1ATNA 5AQKA 1BU6O 4FWQA 3HSCA 5F1XA 3CJ1A 5AQXA 4H0PA 2QWNA 3KHYA 2E2PA 3CJAA 3ULEB 2QWMA 4CBUA 4K42A 2A40A 5F0XA 3WEEA 3VEYA 2E20A 4BROA 3MK6A 2Q36A 4A2AA 2VYPA 1U2VB 2HF4A 3IUCA 1KXPA 3SMPA 1DKGD 1GLBG 4H5WA 4EFHA 5I9EB 3P4IA 4QS9A 5AQIA 4BG9A 3G25A 3ATVA 3WXJA 4BC5A 3LM9A 3BUZB 2E2OA 4BR4A 4DCHA 2YI1A 2DPNA 2Q97A 5ELZA 3IMXA 1BO5O 3TPQA 1TUYA 1TYQB 3VGLA 2CH6A 1IG8A 4BVOA 1ZC6A 3DXMA 3O80A 3M1FA 5AQOA 1ATRA 5AQGA 2FSNA 4K25A 4B9QA 1T44A 3D7EO 2V7YA 4FOEA 1EQYA 2P9PB 1H1VA 4Z94A 1DGKN 3VERA 3VENA 1SQKA 3HI0A 2FF3B 3O1WA 4BRMA 1KAYA 4H0TB 4CZJA 4JAXA 2E88A 5AQFA 3M6GA 5LJVA 1QQNA 4XH5A 5AQHA 4A61A 5AR0A 4BG8A 2ZGYA 4YDUC 3IDHA 3CJ9A 4B1WB 3WXIA 4XH1A 3O08A 1YVNA 3EKSA 1GLAG 3QFUA 4H03B 3MN9A 5AQVA 4BQLA 3GL1A 2P9NB 3CJBA 2A5XA 4PKGA 1NGGA 4F9OA 4MLHA 3LDNA 4XEIA 2KHOA 1NGDA 3JS6A 4CZHA 3MN6A 4B1UB 4PL7A 4RTFD 2YJEA 3DXKA 5TKYA 2J4RA 1Q18A 3VETA 1HKGA 4BC4A 3U4LA 1GLCG 1MDUB 2ASMA 4BR0A 3B8AX 4FPAA 4CZFA 4GY2B 2P9IB 3WQUA 4L3QA 4FWKA 4JHDA 3AY9A 2QWLA 2HOEA 2E2QA 2GEMA 5KPTA 3VEWA 3ZX2A 2P9KB 5EX5A 2QWOA 2EWSA 4BRKA 4DHYA 2Q2RA 4BC2A 1ZXOA 2A42A 2P9UA 3SLCA 1NGCA 3UKUA 1ESVA 3O4WA 4H5VA 4BRPA 5AQZA 1LCUA 3VF2A 1NBWA 2QWRA 1ZBSA 3QDKA 5AZJA 5BPLA 3CIPA 1NWKA 3EL2A 3MN5A 2NLXA 5AQNA 1HX1A 3VF4A 5F2RA 2D0OA 2ZGZA 5JLFA 3R9PA 5AQTA 5EY4A 1E4FT 4BRAA 1NM1A 3SJHA 2V52B 1V4SA 3C7NA 3EO3A 4DB3A 4ISFA 5E84A 4BRHA 4NO7A 3D2FA 3VEXA 3FZMA 3HM8A 4B1ZA 5AQLA 4J8FA 3WEEB 4WQ4A 1GLLO 2PAVA 4BGAA 1BDGA 1V4TA 3GE1A 3FGUA 1T6CA 3BEXA 3H45C 2ASOA 1HLUA 3VESA 4CZGA 2YCHA 4QS8A 5AQJA 3A5MC 1S22A 1DEJA 4FWLA 3R6MA 1GLEG 3CJ7A 3HZ6A 3ENOA 3R8EA 1KAZA 2IIRA 4CBXA 2H3GX 4I6MA 3VF6A 2E1ZA 3CI5A 2NRHA 3AAPA 5AQUA 3H3OB 5E26A 4YDUA 1HKBA 1G99A 3ZETA 4CZIA 3O6WA 1HJOA 3DXMB 3L4IA 5BR9A 1CZAN 3C0BA 4RWTA 3KZBA 5ADXH 4B1YB 1Y64A 2QM1A 4NB4A 4IJAA 4WQ4C 5ADXA 4A2BA 3VPZA 5LY3A 2A41A 1K8KA 4FWRA 4DQ8A 1QQMA 2IVOA 3M3ZA 4K41A 3SMSA 5BN9A 3LDLA 3W3DA 2BTFA 1QQOA 2OANA 3IFRA 3ZEUA 3CERA 3MMVA 5EVZA 2P9SB 3A5LC 4BRIA 5JLHA 1X3MA 1BWFO 3SK3A 4B1XB 1X3NA 4PL8A 4MO5A 5B8HA 5AQPA 1ATSA 2V51B 1TYQA 3A0IX 4WQ5C 3WT0A 3A5OC 3RSEA 3QB0A 4H5TA 4BRDA 5AQWA 3L6QA 3FFKB 4MO4A 3S41A 2E8AA 4E1JA 4CBWA 1BUPA 4XH4A 2AP1A 3O5BA 3DXKB 5AFUA 3OHRA 3H1QA 4FL9A 2W40A 3H46O 1TUUA 2W41A 4M7XA 5AZIA 4JHDB 4BRQA 5KQDA 1U6ZA 4IO8A 1BG3A 3UKRB 4O5FA 3H6EA 5AQYA 1J6ZA 5BRFA 1OKJA 3LL3A 2P9UB 3CQYA 2CGKA 3BF1A 1RGIA 2CGJA 3D2EB 5AZJB 4M7YA 4HWIA 2I7PA 4PKIA 2Q31A 2BUPA 3UB5A 3CQXA 3CETA 3WXKA 3FE1A 4LC9B 4BREA 1P8ZA 3GG4A 3U9ZA 1NGHA 4ISGA 4FWOA 2QWQA 1BOTO 1JCGA 3C7NB 4HTLA 4IXCA 3ZX0A 2P9IA 3AAQA 2GWJA 3FZLA 3QBWA 4CJ7A 2P9LA 4BR5A 3D2FB 2YHWA 4JD2A 3I33A 4BRCA 4FSVA 3EKUA 4FWSA 1GLDG 1GLJO 5CE3A 3DWLA 1SAZA 4EHTA 1BA1A 4FWMA 3LM2A 4CD3A 3ID8A 4CZEA 2ITMA 2CH5A 2NZTA 5AQSA 2QWPA 3HTVA 3U9DA 2PBDA 3VEZA 3MCPA 1Z6RA 5KPRA 1MWKA 4FOIA 2YHYA 3O1BA 1JCFA 5FPMA 4I6MB 4BRGA 3GDQA 3W0LA 3ZETB 3MDQA 3LDPA 4RCHA 3VEVA 3QFPA 1NGFA 3QMLA 4PKHA 3GOIA 3ATUA 1MA9B 4WQ5A 3MN7A 1JCEA 3JXUA 2FLOA 1C0FA 5LJWA 3TU5A 2ZF5O 3BP8A 4C23A 3FLCO 1HKCA 4FWNA 2AA4A 3LDOA 3ULEA 3FR0A 1K8KB 3F9MA 1NMDA 3ZX3A 1NGAA 3FZHA 4CI6A 5BPMA 3ZEUB 1NGEA 1XUPO 4BRFA 2GTDA 1U2VA 3VGKA 4AM6A 4ISEA 4IZ9A 2GELA 5EXWA 1NLVA 2D0PA 2GUPA 3H1VX 3L0QA 3WUHA 1QHAA 3VGMA 2VCPA 1XC3A 3HBTA 1YAGA 4GNIA 2Q0RA 3RSEB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H0YB 1E4GT 1Q7YO 5E41A 4JKCA 4CGFA 2IVPA 4UY8O 3CD6N 3CFPA 3VQ8A 3DAWA 3LWMA 5JICA 4FJNA 4MDAA 4IOAL 1S3XA 3WNEA 1R59O 4K8XA 1KC8O 3O9UA 3AVMA 3LP2A 5AZIB 4Z4CA 4EIAA 2W42A 2YKNA 4B1VA 4BE1A 1OH8A 2P9PA 3AO4A 4OPHA 2O8BB 4CFAA 3BY5A 4NLCA 3AGKA 3QO9A 1K9MO 2PZSA 3F2KA 2D1KA 5DM7L 1NGJA 4FPBA 2LSNA 4DV2K 4GKJK 4JI3K 2ZWHA 5GIOA 1C0GA 4DSIA 1VQPN 3ULDA 1RDAA 3SV4A 4FZZA 3EN9A 1OH6A 4MLEA 3ENHA 2I7NA 1S1WA 4CJEA 1RTIA 2E1YA 4BRLA 3QEVA 3U8XA 2JLEA 1ZBLA 1X9SA 1RBRA 3L2QA 3EZWA 1N36K 2G8HA 1FXXA 1IBLK 4JI5K 3HP6A 2PYLA 2D0CA 2QEXN 2KQ2A 1VHXA 4EP5A 4CESA 3THVA 2OTLN 2HMIA 1C1AA 1BI4A 2P9KA 4JNEA 4CJVA 1XHXA 4HCCA 3LWLA 4BVPA 4FJXA 2HF3A 1NGBA 3EY1A 3J8AA 4DR1K 5EOYA 5BN8A 4BRNA 4H5NA 5BR8K 2IVNA 2HVHA 4CZLA 1KSPA 3THYB 2F9WA 1C1BA 5BPNA 2B5JA 3GBTA 4M3XA 4IJNA 1EP4A 4FJ5A 4JN4A 1T6DA 3LDQA 3OYHA 1NGIA 5BREA 3QIOA 3HSCA 4M3ZA 3PV8A 4H0PA 3KHYA 2E2PA 3OYDA 2YNGA 3ULEB 5J2NA 3F73A 4KHNA 3CPEA 1WSIA 3EE8A 4CK3A 4DR5K 1S5JA 3SUQA 4GV3A 3THWA 5HBMA 2Q36A 4JK8A 2YHAA 4W5OA 1RDCA 4A5BA 3QESA 1GLBG 3MEDA 4JV5K 3P4IA 1A5XA 4BDZA 3DLGA 2B6AA 4I2PA 5C24A 2HHVA 3T69A 4BR4A 2YI1A 2Q97A 3AVAA 3QEWA 1S1VA 2VG7A 4CK2A 1NJWA 3P39A 1IG8A 5C2FA 4BVOA 5HRPA 2BH1A 3DXMA 3AVBA 2QK9A 4K25A 3K2PA 3G6EN 5A2QO 4JKGA 4OPKA 2PY5A 3OW2M 1EQYA 4LY7A 4Z94A 2VGNA 4L8RB 2E88A 5AQFA 3M6GA 5LJVA 4XH5A 5AQHA 5M1FA 3O9SA 2GBZA 3OJUA 5AR0A 4BG8A 2ZD1A 1YHQN 4YDUC 3IDHA 4B1WB 2ZJPL 3O08A 1GLAG 3NH1A 3MN9A 5AQVA 5M1OA 2XO7A 3ITHA 2P9NB 2A5XA 4KAZA 2KHOA 3LAKA 1QVGM 3QLHA 1WN7A 5TKYA 4FZXC 2KZZA 2J4RA 4FVUA 2OPQA 1HQEA 5MLCQ 4ICLA 3VQ6A 4BR0A 5DK5A 4CZFA 4GY2B 3CC2N 2G8FA 4AQYK 3WNFA 3AY9A 4CCHA 2Z1IA 2QWLA 3AVFA 1RTHA 2E2QA 5M1QA 1VSDA 3VQ7A 3ZX2A 4DMNA 3HO1A 3E01A 4FJ9A 4BRKA 4E19A 1M1KO 2ZJRL 3SLCA 4FJIA 3UKUA 1YF5L 1LCUA 4E1NA 2IOCA 1NBWA 4JI6K 5AZJA 3HL8A 4YNQA 4DQQA 5AQNA 5F2RA 1X9MA 4MQ3A 3C65A 3VQ9A 5EY4A 1WSGA 4G1QA 4F3TA 1YTAA 1QE1A 4JLHA 5KRSA 3LP0A 3TI0A 4C8KA 1V4SA 3EO3A 4B9LA 1VQ7N 2OPSA 4AHUA 4CEOA 2HHUA 1FKOA 3SAGA 3D2FA 3VEXA 3P38A 3HM8A 1HQUA 1CZ9A 4BACA 4J8FA 4O44A 1I39A 1RT3A 1BDGA 1JJ2M 1V4TA 1T6CA 3BEXA 4YOVA 3THXB 3MX2A 3DMJA 5AQJA 3PO5A 3HZ6A 3R8EA 1K8AO 1KAZA 2IIRA 2Z1GA 3TAPA 3T19A 2H3GX 4KHQA 4DFMA 3KTQA 5AQUA 4KREA 3H3OB 1HKBA 3TAEA 1C0TA 4PQUA 1S1XA 3ASMA 3MXMA 4NCAA 3TWHA 1IBMK 3S3NA 3N4QA 1CZAN 4HTUA 3KZBA 5ADXH 4B1YB 2QM1A 4IJAA 3F5TA 4FWRA 1GOAA 2IVOA 5BN9A 3ZLJA 4IDHA 4B3TK 3ZEUA 3R3LA 1UA0A 3MMVA 1RT7A 3A5LC 3VMFB 3M8PA 4E0DA 2HNZA 4BRIA 1X3MA 1XWLA 1UA1A 4B1XB 3S3MA 5AQPA 4LF4K 5LL6Z 4NXNK 4NCGA 4U67L 3QB0A 4BDPA 3QIPA 3SJJA 5AQWA 4O0JA 4CFCA 2KLAA 3L6QA 4NYNA 4M45A 3ZSYA 3V4IA 2AP1A 2RF2A 5CYMA 3LZJA 2ZJQL 2HVIA 2HHTA 5KTQA 5DM6L 5AZIA 5KQDA 1RDBA 2D5RA 2ZQBA 4C8MA 4IO8A 4FJGA 4CK1A 2D0AA 1KVAA 4ZHRA 4AHSA 1HNXK 4C8OA 1BG3A 2ATQA 3OJSA 2O8BA 1ASUA 1VQ4N 1J9AA 4LFBK 3CQYA 2CGKA 1KFDA 3LDSA 3BF1A 1RGIA 1EETA 1JL2A 4PA1A 1WB9A 4CEZA 1ZBHA 3CPWM 4GW6A 4EZ9A 3J81O 3CQXA 4J2AA 3FE1A 1SS6A 5C25A 1VRUA 1W0HA 3HT3A 5I42A 4JI1K 4HTLA 3NHGA 2P9IA 3AAQA 3MWPA 2YHWA 4DTXA 2ZE2A 4JI7K 4I9LA 5CE3A 1SAZA 2RPIA 3DWLA 4J2EA 3TABA 4FWMA 1U4BA 2NZTA 1IO2A 4Q5VA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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