1UAXA

Crystal structure of the ribonuclease h2 from pyrococcus horikoshii ot3
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
211
structure length
211
Chain Sequence
MKVAGVDEAGRGPVIGPLVIGVAVIDEKNIERLRDIGVKDSKQLTPGQREKLFSKLIDILDDYYVLLVTPKEIDERHHSMNELEAEKFVVALNSLRIKPQKIYVDSADVDPKRFASLIKAGLKYEATVIAEHKADAKYEIVSAASIIAKVTRDREIEKLKQKYGEFGSGYPSDPRTKEWLEEYYKQYGDFPPIVRRTWETARKIEERFRKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the ribonuclease H2 from Pyrococcus horikoshii OT3
rcsb
molecule keywords Ribonuclease HII
molecule tags Hydrolase
source organism Pyrococcus horikoshii
total genus 76
structure length 211
sequence length 211
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2003-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1uaxA00
2YHBA 3K57A 4DQQA 1S1UA 5HLFA 3ZCMA 4CIFA 5HRNA 2FC0A 1TV6A 4M3TA 4FJHA 3DLGA 3NGZA 1NK5A 1XC9A 4QOZB 4CCHA 4DTJA 4CEAA 4CEZA 5HRSA 4IFVA 1VK0A 3SQ0A 2YKNA 4HCCA 3TAQA 4FJ7A 4KHYA 4LY7A 1QHTA 4CJFA 2G8WA 4IDKA 4J2EA 4FJ8A 1IKXA 2LSNA 2D0AA 1X9MA 1HQUA 3O4NA 3OS2A 3LANA 4BACA 3LAMA 4I2QA 3PX4A 1SL0A 1KCFA 4KTWA 4CGHA 1RT2A 1BI4B 1SKRA 4O55A 5J2NA 3OYEA 1BIZA 4FM0A 3QEPA 1NKCA 4AHVA 3HO1A 4DTNA 1T05A 2JLEA 1KVBA 4ELVA 2JGUA 1T7PA 4OPKA 4FLWA 1ZYQA 1JLQA 1LW2A 3ISNC 3VA0A 3DLBA 4OLAA 2F96A 5KTQA 3SNNA 4N76A 1RCHA 3SQ4A 4CJRA 4ZHRA 3H08A 4O0JA 1LAVA 2OYQA 3M8SA 1TKXA 4CHZA 3JYTA 3HL8A 3K59A 1BIUA 3AVNA 3UIQA 4Z4FA 2VG7A 3VQ5A 4CJWA 4C8NA 3NHGA 1Q9XA 3VQ7A 2G8KA 4FJKA 2YNIA 1S6PA 3AO2A 4KV8A 4LH4A 2D0CA 1EETA 3AVFA 2WONA 1NOYA 3EZ5A 1BQMA 4W5RA 5T7BA 3DOKA 3OYBA 1RBTA 2PY5A 3KD1E 4DQPA 3B6PA 4FJGA 4FZXC 4KI4A 1REVA 3HJFA 2IAJA 3AO5A 1D9DA 4FZZA 2A1SA 1D8YA 3SZ2A 1NK9A 3QINA 1WSJA 2HHWA 3CM5A 4Y1DA 2QXFA 1FK9A 1RBSA 1WN7A 3TI0A 2KFNA 1ZBFA 3HPHA 4CGGA 3KK1A 4W5TA 4B9MA 1NK8A 1FXXA 2Y1IA 1BGXT 4CK2A 3NH0A 3BDPA 1RNHA 3HYFA 1J9AA 1SUQA 4H8KA 2BANA 1C0UA 5KGWA 2VWJA 3VQDA 3KTQA 4RW4A 3OYJA 3ASMA 1FKOA 4LSLA 2I5JA 3IRXA 1NK7A 3DI6A 2BE2A 3V6DA 4CF1A 4OPJA 3RMAA 2HMIA 5KRTA 1U45A 4EZ9A 3SCXA 3NF9A 1HYZA 2B4JA 1VSFA 2DFEA 1HNIA 2KFZA 3LPUA 2PZSA 1A5WA 4IG0A 3ZT2A 1YT3A 3C6UA 4Z4CA 1NKBA 3P5JA 1TL3A 4EZ6A 1S9EA 3NH2A 3THVA 4KHUA 1U4BA 4FVMA 4B9SA 4Z4IA 4GW6A 4CEQA 4CFDA 1S1TA 2VG6A 3OYNA 1RT5A 1G15A 1BI4A 3AA3A 4F3OA 3V9ZA 2YKMA 2G8IA 3T1AA 2HNZA 4ICLA 1SL2A 2ZD1A 3V81A 3MEEA 4FM1A 1L3VA 1T03A 4PWDA 4FJ5A 3DOLA 1U04A 4CFAA 1VSKA 3NFAA 4KAZA 3D45A 2OZMA 2FBTA 1CZBA 3AVHA 5KI6A 1TK5A 2DTUA 4Q5VA 1NK6A 1RBUA 1RT4A 3MXIA 2RPIA 3NCIA 2QK9A 4FLYA 4CJLA 3TANA 1LAWA 2B5JA 2OPPA 3LP1A 4Z0UA 2XHBA 3T19A 3RMCA 1VRTA 4FJ9A 3LP2A 1NKEA 4HUEA 2IS3A 3OY9A 3AVJA 1RTHA 1B9DA 1CZ9A 2XY6A 5EU7A 4DQRA 1B92A 4I7FA 1Q9YA 1D9FA 3DLEA 1UWBA 3LWMA 1TKDA 1N6QA 3F73A 4UQGA 3KLEA 4F4KA 3PX6A 4RW6A 3AA2A 3ZSVA 4CJ4A 3NH1A 3KK2A 3SI6A 4N5SA 4DFMA 3CFRA 5HP1A 5FDLA 3SPZA 1IKYA 1CXQA 1HRHA 3L8BA 1DTTA 1KVCA 1KFSA 2DY4A 4ZTFA 4B3OA 4B9NA 3WNHA 3RTVA 4E7JA 4E0DA 2NUBA 4CE9A 1O1WA 4F2RA 1I3AA 1TVRA 3KIOA 1IO2A 1VSIA 1D5AA 3MECA 3WNGA 4AHRA 3HT3A 3DMJA 5CZ2A 1XI1A 2HHSA 1C1BA 3VQ9A 3K2PA 3B6OA 4OKJA 1GOCA 4WE1A 1S9GA 1X1PA 3V9WA 4M3XA 4AH9A 1QSSA 3AO3A 3O3FA 2HNDA 4O44A 3VA3A 4DF8A 3HP6A 3LALA 3QESA 2X78A 3AVGA 3TR8A 3HM9A 2FBXA 1U48A 4ELUA 4F2SA 4DSEA 2OPQA 2IDOA 4AHSA 4E1MA 1XWLA 2Z1HA 4KTQA 4ID1A 2BGGA 3P83D 3K5MA 1UA1A 5DMRA 1VSLA 3QNOA 2OPSA 3L2RA 2E6LA 4KRFA 2AJQA 4BWJA 3NBPA 3QIPA 3KLGA 3RR7A 3VQBA 4HHTA 1U49A 4DU4A 4B8CA 4CJTA 4E7LA 4CHPA 4CJUA 3LDSA 3TWHA 1NJZA 3QEIA 2Z1JA 1X9WA 3VN5A 4DTUA 3QEWA 2EX3A 5JS2A 3HPOA 3U6FA 1LWEA 2OPRA 1U47A 4LD0A 2F8SA 4FJJA 4CJ3A 4Q0BA 5FROA 4CGDA 1B9FA 2YNHA 3QETA 1J5OA 3MXJA 4HCBA 1LW0A 3V9XA 1UOCA 1VSMA 3VQ6A 1Z26A 4JRQA 3VQPA 3K5LA 4FM2A 2EHGA 3AVMA 3LAKA 3SUOA 3TAPA 1XHZA 4ID5A 4KTZA 3ZSOA 4FLVA 3QNNA 1C0TA 2GBZA 2YHAA 1ASWA 3A2FA 3SQ1A 3QO9A 3SV4A 2P5GA 4CEOA 4DWIA 3SUNA 4O5BA 4NCAA 3ITHA 2E6MA 3RRHA 4E89A 3AVIA 3V4IA 4KB0A 4OGEA 1ZBHA 1KFDA 1TL1A 1RT7A 1EX4A 4KPYA 2P51A 4B8AB 4DSLA 4HUFA 3ZT0A 1BCMA 4C8OA 1KSPA 3DLKA 3TAMA 4KHWA 3MEGA 1EXQA 4MQ3A 2HHXA 4CF2A 3LWLA 5J2MA 4FJMA 2P5OA 3ULDA 2YV0X 3HK2A 3DYAA 3U3YA 3QEXA 2IOCA 5KRSA 2ATQA 4BE1A 3ZT1A 1ZBLA 4KI6A 3KK3A 3VQAA 3BGRA 4C8MA 1L3SA 5JS1A 4E19A 1X9SA 1IKVA 1WNSA 2X74A 5J2PA 1Q8IA 3L2QA 3FFIA 1S5JA 4JRPA 2HVIA 3MEDA 1QTMA 5CZ1A 5CYMA 1JLGA 4N56A 2Z1IA 4IG3A 2A1RA 2PYLA 3ZSZA 1TAUA 4J2AA 5J2QA 1TGOA 4KB1A 2OA8A 3AA5X 2KZMA 4C8KA 4DTXA 1QSLA 4I9QA 4KHQA 3S9HA 3NDKA 3MXMA 3LZIA 4B9UA 3M8QA 4DFPA 1JLAA 3S3MA 1RTIA 4J2DA 2KZZA 2XY5A 3LP0A 3VQEA 3JSMA 1QS4A 3OYIA 3OYGA 1NJYA 3RMDA 4E1NA 4DQSA 2RF2A 3TAFA 1WSFA 3OYCA 3I0SA 3IS9A 4M3RA 4Z4HA 3OYAA 1ITGA 3PUFA 3PX0A 3LZJA 4CEBA 2KW4A 4CJQA 4FLUA 1QQCA 4QCLA 3P1GA 3SYZA 4LSNA 4W5QA 4DLGA 1NJWA 1Z25A 4KKOA 4OJRA 4CFCA 1JXEA 3QERA 4CGIA 2FBVA 3O4QA 3DM2A 1TKZA 4NYFA 3VQ8A 4CJEA 1WAFA 3DRSA 3OVNA 3OS0A 1NK0A 4DTRA 1JL1A 4CF9A 3RMBA 4F8RA 4M3YA 2HHTA 1VSJA 4E7HA 4DTOA 4DS4A 3O3HA 5E41A 3O3GA 4M42A 1IH7A 1S6QA 1YVUA 4EP4A 1BL3A 1RILA 4EP5A 1HYSA 3NGIA 1BCOA 5C42A 1CXUA 1L3UA 3VQQA 4DFJA 3KLIA 3VQ4A 2VG5A 1VRUA 4DSFA 3OS1A 1QE1A 2KQ2A 1TK8A 4CGFA 3SUQA 4FJNA 1LWFA 4OGCA 5HRRA 4B9VA 4ELTA 4CHQA 1LWCA 4CHYA 1NJXA 2XRIA 2B6AA 4FXDA 1RT3A 2RN2A 4DF4A 2P1JA 4L8RB 4M3WA 4DTMA 4OLBA 4DSKA 4W5NA 1I39A 3K5OA 3OYHA 3LPTA 3KJVA 1JLFA 3C94A 4BE2A 3ZSWA 4CEFA 3L2WA 4FLXA 3S3NA 1RDAA 4H4MA 5I3UA 1WSIA 4CEEA 4CEDA 1W0HA 3L2VA 3AV9A 1NOZA 5CY4A 2RKIA 3DLHA 4FZYA 3HVTA 3PO4A 2HHUA 3SJJA 1BHLA 4I9LA 2HW3A 3DRPA 3RR8A 4M41A 5SZTA 3KD5E 4CECA 1ZBUA 4CFBA 1DTQA 2GUIA 1WAJA 1SKSA 1LV5A 2G8FA 4CHOA 2DFHA 4CF8A 3OJSA 4E7KA 2ETJA 4CJ5A 1HJRA 4CJPA 4OVLA 2ITGA 4DG1A 4BE0A 4DU3A 4NCBA 3L3VA 5FRMA 2ZE2A 1BQNA 4W5OA 4HVJA 3IG1A 3AVAA 3S3OA 2YNFA 4CHNA 1YTUA 1SV5A 1Y97A 4DTPA 1HNVA 3HPGA 3CYMA 4PQUA 2E4LA 4AHTA 1RDCA 4B08A 1VSHA 4BDPA 1BISA 1C6VA 1VSEA 3M8RA 3EYZA 2OZSA 2IC3A 4RW9A 5FRNA 4F3TA 3QEVA 4HTUA 2O4IA 2HHQA 5I42A 1S1WA 1NK4A 2XY8A 4FJLA 1SKWA 4N47A 3SUPA 4K8XA 1RDBA 3AVBA 3E01A 4RG8A 1GOAA 3CFPA 4DSIA 3OYKA 3AO4A 3AVLA 3D0PA 1KVAA 2O4GA 1RDDA 3HSTB 4FCYA 4CK1A 1MU2A 3TABA 2G8HA 4DU1A 1KLNA 4PUOA 4KHSA 3I8DA 3KLFA 4CF0A 1C0MA 4CJSA 4B9LA 1L3TA 1WSHA 3NF8A 1RT6A 3AA4A 2PYJA 1N5YA 1HMVA 1UAXA 3V9SA 4IFYA 3IAYA 1JXBA 4FW1A 3HP9A 2QKKA 4KO0A 1VSDA 3V1OA 2KTQA 2XY7A 1F21A 4JS5A 2Y1JA 4PY5A 1JLBA 1DLOA 4CGJA 2F8TA 4DSJA 3K5NA 3SQ2A 1IKWA 1JLCA 5CYQA 3G10A 3K58A 4KREA 4XIUA 4JS4A 4O4GA 3ZSYA 4CK3A 2ZQBA 3F9KA 3ZSQA 4DS5A 4FJIA 4DFKA 1J53A 1RT1A 3EY1A 3CG7A 1WSEA 1ASVA 4BDZA 4H4OA 3V9UA 1QSYA 3NF7A 5J1EA 4M45A 3SPYA 3TAEA 1J54A 4HUGA 2W42A 4E7IA 1SL1A 1IG9A 2HVHA 1R0AA 4CJVA 3ALYA 4GMJB 3OYFA 1C1AA 4OKEA 4BWMA 2IGIA 3PO5A 3OYMA 4DMNA 4FK2A 1K6YA 3KLHA 3I0RA 3CFOA 2HB5A 4CIEA 1W9HA 2HHVA 3RRGA 4RW7A 5KGXA 3LP3A 4RW8A 4E3SA 1TKTA 1RTDA 1ZBIA 3HXMA 3SV3A 3OJUA 4GVMA 2GV9A 5C25A 4DLEA 4CIGA 2FBYA 3KKRA 1EP4A 3TARA 4BDYA 1ASUA 4Y1CA 2D5RA 2G8VA 1JL2A 1TK0A 5C24A 5SWMA 3AO1A 5K14A 4I2PA 5DK5A 4AILC 3G0ZA 4IBNA 1XHXA 4YFUA 5HROA 1A5VA 1KLMA 3DRRA 4DTSA 4M3ZA 2R7YA 4K8ZA 2Q3SA 3U3GA 3CQ8A 3DLRA 1JLEA 2WOMA 3ZT3A 4KFBA 3ZSRA 3OYLA 3TAGA 1UA0A 4B9TA 3C6TA 1HYVA 4YNQA 4O0IA 2YNGA 3C95A 3NAEA 3L3UA 3PY8A 4PA1A 4DQIA 4AHCA 3AVKA 1WLJA 4FLZA 3V1RA 4M3UA 3WNEA 1EKEA 4FK0A 3PV8A 1TAQA 1YTAA 3QIOA 2XO7A 4NCGA 3VQCA 4Z4EA 4TSXA 3NF6A 2G8UA 1T8EA 2X6SA 2Z1GA 4G1QA 3V1QA 1GOBA 4Z4GA 4FK4A 2HNYA 1HPZA 4QAGA 3M8PA 4N41A 1KTQA 1WSGA 3ZT4A 4C8LA 1RTJA 3RWUA 2X6NA 1HQEA 2QKBA 3HVRA 2DFFA 4FJXA 1S1XA 4OKKA 1L5UA 2D0BA 4J2BA 5HBMA 4AHUA 1KRPA 1CLQA 1RBRA 3WNFA 3ZSXA 4IKFA 1RBVA 4FW2A 2BDPA 4R5PA 4FYDA 4JLHA 3QLHA 1S1VA 4LH5A 3AVCA 1JKHA 3KKSA 3NE6A 1C1CA 4CJKA 4CESA 4MFBA 3OYDA 5HRPA 4KHNA 3NGYA 1A5XA 1FKPA 3MAQA 3CM6A 4ZTJA 5D3GA 2VWKA 4CERA 4NYNA 3L2UA 4FLTA 3T3FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2YHBA 2V52B 2GTDA 5B8HA 3L4QA 4QOZB 3ZX2A 1ZC6A 5HRSA 3SQ0A 2CGKA 4HCCA 2P9IB 3TAQA 3QBWA 2D0AA 1X9MA 3LAMA 3ENBA 1SKRA 4O55A 5EOYA 3OYEA 1ZBSA 4DTNA 1TYQA 3A5OC 4BRQA 4ELVA 1T7PA 1QHAA 3ISNC 4BGBA 4OLAA 3SNNA 4N76A 3D7EO 4JD2A 3E1YA 3C65A 4GV6A 3VQ5A 4CJWA 4C8NA 1BWFO 4KV8A 5GAGP 3R8EA 1NOYA 3EZ5A 1BQMA 4W5RA 1RBTA 3KD1E 1REVA 3AO5A 4FZZA 1D8YA 4FPBA 3EN9A 3CM5A 2QXFA 4DV2K 1WN7A 4YOUA 5AQTA 2NZTA 4W5TA 4H8KA 4DR2K 2BANA 3VQDA 4RW4A 3OYJA 3IRXA 3Q7CA 3V6DA 4CF1A 3CCJN 4FOEA 2VWBA 4B1UB 4BC2A 2P9IA 3HTVA 1NGIA 4JI7K 4Z4IA 1S9EA 5AFUA 3NH2A 4CEQA 4WCEL 4FPAA 2GEMA 3AA3A 4H5TA 4F3OA 2YKMA 2G8IA 2CH6A 3T1AA 2A6AA 3HM8A 2ZD1A 3DWLA 3MWPA 4FM1A 3IFRA 4IJNA 4CFAA 3NFAA 3KWIA 3D45A 1TK5A 1NGCA 5KI6A 1Q82O 1NK6A 3R9PA 4FVUA 1BA0A 2RPIA 1JCFA 3E9PA 1RDUA 1OH5A 3RMCA 4LFCK 1NKEA 4HUEA 3CJBA 3AVJA 1RTHA 2NRZA 1CZ9A 2XY6A 2E1YA 3F73A 2RE2A 3LDLA 3KLEA 3CJCA 2QWPA 2W6LA 1HRHA 3LDNA 4ZTFA 2HBMA 4AF1A 2NUBA 4DV4K 5GIPA 4CE9A 1O1WA 2ZGYA 1I3AA 4AHRA 1NBWA 1XI1A 3B6OA 3SMPA 4WE1A 1S9GA 3O3FA 1ZBIA 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 3SQ2 A;  1IKW A;  2WUS A;  3K58 A;  4LF7 K;  4KRE A;  1IV0 A;  1FJG K;  4CK3 A;  3F9K A;  3CG7 A;  1ASV A;  1HKB A;  3VOV A;  3ALY A;  4CJV A;  3OYF A;  4BWM A;  3H46 O;  4OKE A;  4JI3 K;  1KC8 O;  1K6Y A;  2HHV A;  3MCP A;  4FWQ A;  4RW7 A;  4RW8 A;  3LL3 A;  4X64 K;  3HXM A;  3CJA A;  4KH4 A;  3O9Q A;  3OJU A;  5C25 A;  2GV9 A;  2FBY A;  1RGI A;  4BDY A;  1JL2 A;  5SWM A;  3G0Z A;  5HRO A;  4R79 A;  2R7Y A;  2Q3S A;  4B9Q A;  3DLR A;  4IJA A;  5HOO A;  4B9T A;  3TAG A;  2F4V K;  3C6T A;  1NGB A;  5BRE A;  3VMF B;  2QXL A;  4FLZ A;  4M3U A;  3WNE A;  4FK0 A;  1TAQ A;  4PKG A;  2XO7 A;  4BRO A;  4PL7 A;  4JD2 B;  1WUA A;  2G8U A;  3HSC A;  3TSP A;  4FK4 A;  2HNY A;  3LDO A;  3RWU A;  1RTJ A;  2QKB A;  1L5U A;  2QWL A;  1CLQ A;  1RBR A;  3WNF A;  1RBV A;  4FW2 A;  4FWM A;  1QVF M;  4MFB A;  3ID6 A;  4B1W B;  1YHQ N;  4KHN A;  5D3G A;  3CM6 A;  1KAX A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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