1UAXA

Crystal structure of the ribonuclease h2 from pyrococcus horikoshii ot3
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
211
structure length
211
Chain Sequence
MKVAGVDEAGRGPVIGPLVIGVAVIDEKNIERLRDIGVKDSKQLTPGQREKLFSKLIDILDDYYVLLVTPKEIDERHHSMNELEAEKFVVALNSLRIKPQKIYVDSADVDPKRFASLIKAGLKYEATVIAEHKADAKYEIVSAASIIAKVTRDREIEKLKQKYGEFGSGYPSDPRTKEWLEEYYKQYGDFPPIVRRTWETARKIEERFRKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of the ribonuclease H2 from Pyrococcus horikoshii OT3
rcsb
molecule keywords Ribonuclease HII
molecule tags Hydrolase
source organism Pyrococcus horikoshii
total genus 76
structure length 211
sequence length 211
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2003-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1uaxA00
3DRSA 4YFUA 4CGFA 5J2MA 2HMIA 1TKTA 3LP3A 3AVCA 4I2QA 3ZSRA 1IG9A 3QIOA 5K14A 3K58A 2KZZA 4HTUA 3VQ4A 5FRMA 2Z1IA 3OYGA 4FLUA 3A2FA 1EP4A 1VSDA 1VRTA 2VG7A 4KV8A 3TAFA 4YNQA 2PYLA 3OJSA 4FJMA 1SL0A 2NUBA 2Y1IA 3K57A 4J2AA 2YNIA 3ZSYA 1XWLA 3AVAA 4Z4CA 2RN2A 4N76A 1ZBFA 4PA1A 3V9ZA 5J2QA 1RTIA 1DTTA 1WAFA 2Z1HA 4IG3A 4H8KA 3D45A 2OPPA 4E7HA 4DSIA 1TK0A 3O4NA 5KRSA 3WNHA 3U6FA 3PX0A 1I3AA 3AVFA 1GOBA 4JRQA 1NK9A 4B9UA 3AA2A 1LAVA 3AO1A 4BACA 4B3OA 2DFHA 1RDAA 1VK0A 4I2PA 4Z4HA 2XY6A 4DF8A 4OVLA 3MXMA 2PZSA 3AVGA 4AH9A 3L2VA 1IKWA 1RDBA 2D0CA 3KLEA 1YTUA 1XHZA 3NHGA 4CGGA 4E0DA 1T05A 5D3GA 1W9HA 1A5WA 4OGCA 4N56A 4KKOA 4DQIA 4F3OA 4KHUA 2KTQA 1BGXT 2R7YA 1VSEA 3P1GA 4KRFA 1L3TA 3ZSVA 4CJ5A 4CJKA 2XY7A 1DTQA 4QCLA 3AA3A 3KLFA 1ASWA 1R0AA 1IKYA 4BE2A 1RBTA 1TK8A 1QSYA 4AHVA 1U4BA 1KSPA 4I9LA 1RT2A 3IRXA 1ZYQA 4J2BA 4FJLA 3ISNC 4FJGA 3NH1A 4ZHRA 4W5RA 1BIUA 1VSFA 4DFKA 3MXJA 4F3TA 5HP1A 1SKSA 4FCYA 3QERA 3ZSOA 2I5JA 2X6NA 1VSLA 4LSNA 1CXQA 3KD5E 1VRUA 4DSKA 4DTOA 3OYAA 4PQUA 3K5OA 3M8PA 2GUIA 3OYEA 3TAPA 2A1RA 4MQ3A 4ELTA 3O3GA 3RMAA 4CERA 4CJ3A 1UAXA 3NDKA 4LSLA 4OKKA 3SQ1A 3PO5A 3SUQA 3VQCA 1JLFA 3JSMA 3V1RA 1WSEA 4CEAA 4FM1A 4DFMA 5KGXA 5HLFA 3AA4A 3PV8A 1XI1A 3B6OA 3V9WA 3SQ4A 4Z4IA 3QETA 1S9GA 2YNGA 5CZ2A 1NOYA 3MEEA 3OJUA 4GMJB 1FKOA 3OYJA 4HUFA 4CESA 1WNSA 2VG5A 3SPZA 3AV9A 1KVBA 5FDLA 2OYQA 4FW2A 4CF1A 1NK5A 2BDPA 2ETJA 1S6QA 3AO4A 4W5OA 4DU1A 3PY8A 2D0AA 3VQQA 1C0UA 1FK9A 3DLRA 3OYNA 3NCIA 4O0IA 4M41A 3KTQA 3HO1A 1Y97A 4OKEA 1QS4A 1RBSA 3RTVA 4ELVA 5CYMA 3DLBA 2BGGA 3V1OA 1LW2A 3AVMA 5JS2A 1JLQA 3RMBA 1TGOA 1UA0A 2X6SA 4KHQA 3LP0A 4CCHA 2HHUA 1LW0A 1X1PA 4N41A 1NJXA 1YT3A 1HYSA 2O4GA 4CJWA 3QNNA 3ASMA 1VSKA 3K5NA 1TL1A 4FK4A 4FYDA 2YV0X 3AO2A 1VSJA 3ZT2A 3NH2A 1J54A 1BI4A 2YKNA 1CXUA 3SZ2A 4FJIA 4IFVA 3OYIA 4KREA 3B6PA 1HQEA 3DLGA 4FLZA 1KLNA 4DTPA 4W5QA 4M3TA 5JS1A 3AVKA 4IG0A 1NJZA 1L3UA 4E1MA 2B5JA 1WN7A 3KJVA 1T03A 4NCAA 3OS2A 1BHLA 4NCGA 5HBMA 4NYFA 4CFBA 4FZYA 4B9MA 1KLMA 3ZSZA 5E41A 4E7JA 3DRPA 1B9FA 2KFNA 3C6TA 2Y1JA 3LWMA 1A5VA 1HPZA 1TKXA 2HHXA 3TANA 1NJYA 3G0ZA 3KK3A 3E01A 2HB5A 1EX4A 4FLYA 1SL2A 1TVRA 3MEDA 4I9QA 2F96A 2HHTA 3LWLA 1EETA 2WONA 1JL2A 2XY8A 3AO3A 1I39A 3NGZA 3OYFA 3L2UA 1U45A 1QSSA 4B9SA 1C1AA 4DF4A 4NCBA 1C0MA 4HCCA 4GW6A 3NF6A 1S1VA 5KI6A 1Q9XA 3LZIA 1QHTA 4DMNA 4DQRA 3SI6A 3MAQA 3NBPA 1NKCA 3LZJA 3TR8A 3OYLA 2AJQA 3HPHA 1X9MA 1KCFA 4DTUA 2VWKA 1U04A 1BISA 1RCHA 2IS3A 3IS9A 4CEFA 3S3NA 4CHYA 4M3YA 5SWMA 3RRHA 1Z25A 3MEGA 3WNGA 4CF2A 4FLVA 1RDDA 1HNIA 1YTAA 4Y1CA 4Z4FA 2E6LA 4Q0BA 3ZSQA 3V9UA 3RR7A 2P5GA 4CGDA 1XC9A 2Z1GA 2GV9A 3M8QA 4DQQA 3C95A 3DI6A 4CFCA 4CHZA 4B9VA 4EZ6A 1WLJA 4FJJA 4J2EA 3KIOA 3CM6A 1ASVA 4M45A 2BE2A 3QEIA 3CQ8A 3KLIA 3M8SA 3U3GA 3AO5A 4RW6A 4CF8A 4BE1A 1BCMA 2G8WA 3KD1E 4O44A 1TKZA 1A5XA 3PUFA 1HYVA 4CGHA 4DTSA 1N6QA 3ZCMA 4DTRA 1NK4A 1NKBA 3MXIA 3VQBA 5SZTA 4C8OA 4PUOA 4DSFA 4LH4A 1TL3A 3OYKA 3O3HA 1RBUA 1S1XA 2KW4A 3L3VA 1QQCA 4CJRA 1WSFA 4AILC 4CF0A 1TK5A 3K2PA 3U3YA 1J53A 4CIEA 5CYQA 4H4MA 2DY4A 4E7IA 4FK2A 4CEOA 1JLCA 3TAQA 4WE1A 5T7BA 4K8ZA 3TARA 4OGEA 4LD0A 4B8AB 3QESA 3P83D 1FKPA 3EY1A 1IH7A 4B8CA 3S3MA 3QEPA 4CJ4A 2X74A 3HT3A 4CHNA 4M3UA 1MU2A 4OLBA 1BQNA 4HCBA 1RNHA 3NF8A 1UWBA 2XO7A 4ZTFA 4FJ5A 4HUGA 3SNNA 1D8YA 1K6YA 4KHSA 1KFDA 1EKEA 4CEZA 2RKIA 2ATQA 3QINA 4CEDA 2IGIA 3H08A 3RMCA 3DM2A 2Q3SA 4FLXA 3RWUA 1ZBIA 4I7FA 1S1UA 4OLAA 1B9DA 4Z4GA 2BANA 4CJUA 4KB0A 1BI4B 1RT4A 1BL3A 1FXXA 1S5JA 5KRTA 3V81A 1HNVA 4CJQA 3OYHA 2RF2A 2B6AA 3VQEA 3HK2A 1W0HA 4CE9A 4DFJA 3JYTA 1X9SA 2YNHA 3HP6A 1RDCA 1C6VA 3HXMA 1X9WA 1JLAA 4OJRA 3QNOA 3TI0A 1B92A 3LAKA 1Q8IA 2A1SA 2DFEA 3C94A 3EZ5A 4BDYA 4IDKA 5I42A 3AVBA 1U49A 1L3VA 2HVIA 4NYNA 3VQPA 5DMRA 3LALA 2KZMA 1RTHA 4KHNA 3VQ6A 1BCOA 4FJ8A 3AVIA 3O4QA 1N5YA 1D9FA 3SV4A 2G8FA 2IAJA 2EHGA 1S9EA 3LPTA 1IKVA 5C42A 4KHYA 2OZSA 1NJWA 2O4IA 1NK8A 2YNFA 3K5LA 3ZT1A 3CFRA 5CY4A 4DQPA 1LWFA 4UQGA 5HROA 5HRSA 1KVAA 3HVRA 3EYZA 1U48A 4C8MA 4JLHA 3CFPA 1JLBA 4FW1A 3SQ2A 4KPYA 1ITGA 3CFOA 3ITHA 4KI4A 1NK6A 3VA0A 5J1EA 4F2SA 2W42A 3SPYA 4CK2A 1LAWA 4KB1A 2P51A 4CGIA 4E19A 4Y1DA 5C25A 2HVHA 3VQ5A 3DRRA 5J2NA 4ICLA 1LWEA 3ZSWA 3NE6A 3F73A 2OPSA 4HVJA 1LV5A 4KTWA 3KLGA 1RT3A 4EZ9A 4RW8A 1UOCA 1SKRA 1JKHA 4KHWA 1RILA 4RW4A 4AHSA 4CIFA 4LH5A 3M8RA 1NKEA 1L5UA 3RR8A 3AVHA 3PX6A 1ZBLA 3HP9A 1EXQA 1Q9YA 3AVLA 3HJFA 4KI6A 4XIUA 5C24A 3AVNA 2HHSA 1KFSA 4FM2A 3DLEA 4OPKA 3TAMA 3LP2A 4CGJA 4B9LA 1O1WA 4M3XA 2YHAA 4FVMA 3CYMA 1S1WA 1C1CA 2X78A 2FBYA 3HL8A 3HSTB 1RT6A 3LPUA 4CEBA 2VG6A 4CEQA 3S3OA 3SUNA 2G8VA 2HNZA 3HM9A 3T3FA 1S1TA 3TABA 1VSHA 2QKKA 1HRHA 1D9DA 3RRGA 4W5NA 4KO0A 4E3SA 3PO4A 3KLHA 4LY7A 4CHOA 1RBRA 3VQ9A 1S6PA 2HNYA 3QO9A 3HPOA 3ULDA 1HQUA 4OKJA 4CFAA 4W5TA 4JS4A 4FJXA 2LSNA 4CHQA 4IKFA 4FK0A 4DSEA 4B9TA 4DG1A 1RTJA 2D5RA 4AHRA 3P5JA 4CJLA 4CHPA 3VA3A 1L3SA 3V9XA 2JLEA 4DSJA 2F8SA 4F2RA 4CFDA 2IDOA 3HYFA 4CEEA 3OYCA 3KKRA 4KAZA 4RW9A 1KVCA 1NOZA 1KRPA 4DTMA 4Z0UA 3QEXA 4DWIA 1KTQA 4O55A 1QTMA 3TAEA 4E7LA 3SYZA 4DLGA 4FJ7A 3S9HA 3KK2A 2QXFA 4E1NA 3F9KA 1J5OA 4E89A 1IKXA 3VN5A 4R5PA 4CJEA 4FJNA 4EP5A 2YHBA 4M42A 1CZ9A 2B4JA 3HPGA 3OYBA 4QAGA 1RT5A 4B9NA 2QKBA 3NGYA 1IO2A 4Q5VA 1XHXA 4DFPA 4PY5A 4HHTA 3T19A 3V9SA 4PWDA 4N47A 2IOCA 2OPRA 1HYZA 3FFIA 1RT1A 5HRNA 4DTNA 1QSLA 2XRIA 3VQDA 3QEVA 2JGUA 4M3RA 2PY5A 3SCXA 1VSMA 2IC3A 3NAEA 1VSIA 2D0BA 2FBVA 3VQ8A 2RPIA 2HW3A 3UIQA 1TKDA 1DLOA 3TWHA 5HRPA 4FJ9A 4ID5A 5J2PA 4KTQA 2VWJA 1JXEA 3L2QA 4DU4A 2OPQA 4DTXA 4BWJA 2KQ2A 3OY9A 1JXBA 3CG7A 4DS4A 4CECA 5KTQA 4FM0A 4FLWA 1ZBHA 1D5AA 4J2DA 4L8RB 2OZMA 1WSIA 3DLKA 4K8XA 3TAGA 4FZXC 3LDSA 3V4IA 3D0PA 3IAYA 4JS5A 3V6DA 1SL1A 1C1BA 2FC0A 3KKSA 3ZSXA 4CIGA 2XHBA 4CJSA 3LAMA 4DSLA 5KGWA 5HRRA 5FRNA 4QOZB 4CF9A 4FJKA 4CJPA 2FBTA 5DK5A 1BQMA 3ZT4A 3SJJA 3QLHA 4B08A 1RTDA 1CLQA 3IG1A 1JL1A 1TAQA 1C0TA 2HHVA 2Z1JA 4OPJA 4KFBA 3OS0A 3BDPA 3SQ0A 1SKWA 3QEWA 1WAJA 3NF9A 1LWCA 1WSJA 2E4LA 4AHUA 1GOAA 3ZT3A 3L8BA 1U47A 2F8TA 4BE0A 4IFYA 4FXDA 4KTZA 3DOLA 1Z26A 3OYDA 3NGIA 3AA5X 3K5MA 2ZE2A 4H4OA 4JRPA 4FLTA 4F4KA 1ZBUA 4CJTA 4ID1A 2FBXA 2P1JA 2HHWA 3ALYA 3K59A 4M3ZA 4DLEA 2DTUA 1QE1A 2G8HA 1ASUA 3QIPA 3AVJA 3BGRA 2GBZA 3G10A 2KFZA 2ITGA 3NF7A 1TAUA 3I0SA 2P5OA 4O0JA 3ZT0A 2ZD1A 3NH0A 1REVA 3KK1A 1G15A 3L2WA 3I8DA 3SV3A 4DTJA 3OYMA 1RT7A 4BWMA 1JLEA 3MECA 1TV6A 3V1QA 1UA1A 2HNDA 2YKMA 3C6UA 2E6MA 1CZBA 3LANA 3RMDA 4Z4EA 3LP1A 4CK1A 4CJVA 4ELUA 1SV5A 3CM5A 4EP4A 4RG8A 4TSXA 4BDPA 5CZ1A 2G8UA 3HVTA 2OA8A 4O4GA 3WNEA 3DOKA 2XY5A 3SUPA 3SUOA 4C8NA 3DLHA 4CJFA 4DU3A 4N5SA 1GOCA 2PYJA 4C8LA 1WSGA 3DMJA 4RW7A 3VQ7A 3L2RA 3L3UA 5I3UA 2DFFA 4C8KA 3T1AA 5FROA 2WOMA 5EU7A 4MFBA 1HJRA 4AHTA 4AHCA 1NK0A 1NK7A 4FZZA 1T7PA 4FJHA 4M3WA 4GVMA 2G8IA 4DS5A 4G1QA 2ZQBA 3DYAA 1HMVA 4E7KA 2HHQA 3WNFA 1BIZA 4ZTJA 2QK9A 4BDZA 1J9AA 1JLGA 4IBNA 2EX3A 3PX4A 3OVNA 1SUQA 4CK3A 3NFAA 2G8KA 1RBVA 1WSHA 3VQAA 1F21A 3THVA 3O3FA 1T8EA 4HUEA 4O5BA 4DQSA 1YVUA 3I0RA 4F8RA 3OS1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HMIA 1TKTA 4BQZA 3AVCA 3UKRB 2CH6A 3SAGA 5K14A 1SAZA 3K58A 4HTUA 3M5RA 4CBXA 2HBMA 1BO5O 3CI5A 4FLUA 2BH1A 1VRTA 4KV8A 4CI6A 4FJMA 3OJSA 5AQFA 3K57A 3ZSYA 2P9IA 4DR6K 5J2QA 4IG3A 4H8KA 1K8KB 3D45A 3ZEUB 5AZIB 1MWKA 4DR4K 3WEEA 3CJAA 4BR4A 4B9UA 3L6QA 1RDAA 3MN9A 2XY6A 4DF8A 4KBOA 5BREA 1IKWA 2P9UB 3I33A 3HOSA 2PAVA 3RVCA 3HI0A 4E0DA 1T05A 5D3GA 4OGCA 1A5WA 4DQIA 3TSQA 4F3OA 4BRQA 2F9TA 4FL9A 1L3TA 2XY7A 2HSTA 4PL7A 2IVOA 1RBTA 1QSYA 4AHVA 4NLBA 2P9SA 3CPEA 1KSPA 1S3XA 1RT2A 1ZYQA 1OH6A 5C2FA 4ZHRA 1BIUA 4B1XB 1E3MA 5BRFA 1SKSA 3ENOA 4FCYA 3EZWA 1NU0A 5LJWA 4DSKA 3M8PA 3TAPA 1XC3A 3CF5L 1BOTO 4JEPA 1GLJO 4PKGA 4A5BA 4LF6K 3VEXA 1JLFA 1O13A 1Q86O 4FM1A 1XI1A 3V9WA 3R1XA 2Q36A 4Z4IA 1VQ4N 1NOYA 3MEEA 1FKOA 1WNSA 2VG5A 3IKMA 3DXKA 5BN8A 2OYQA 2BDPA 2ETJA 1S6QA 2NRHA 3LDPA 1Z05A 4W5OA 2D0OA 4JKHA 3OYNA 1FK9A 3DLRA 2NNWA 3THXA 3PY8A 3MCAB 3QMLA 4ELVA 2BGGA 1LW2A 3AVMA 1UA0A 2A5XA 3T1HK 1X1PA 5C0YA 1U6ZA 4I6MA 3JS6A 3QNNA 2P9LA 1VSJA 3AO2A 2YKNA 1CXUA 3J7AP 2ASPA 3OYIA 4KREA 5KQ8A 5JS1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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