1VQ4N

The structure of the transition state analogue "daa" bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal rna
molecule tags Ribosome
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vq4N00
5GAEP 1K8AO 2ZJRL 3CC7N 5GADP 2ZJQL 1YHQN 1KQSM 1VQLN 1M90O 2ZJPL 5JVGL 1VQON 1VQ6N 1KC8O 5JVHL 3CCLN 3CCQN 3G71N 1OVYA 3G4SN 1VQ9N 1N8RO 3CF5L 1Q82O 4WF9L 1ILYA 5DM7L 3I56N 3J7ZO 1VQKN 1VQNN 1VQ5N 3CC4N 1Q81O 1JJ2M 3CCVN 1NJIO 3CCJN 1VQPN 5H1SQ 3CXCM 1QVGM 5DM6L 3CPWM 3PIOL 1QVFM 3G6EN 5GAGP 3DLLL 1YITN 3PIPL 1YIJN 1YI2N 1YJ9N 1K73O 2QEXN 2OTLN 4U67L 3CC2N 3CCRN 3CCMN 3CMEN 1VQ8N 4IO9L 5GAHP 1K9MO 3CD6N 1YJNN 3CCUN 4WFAL 1YJWN 3CMAN 1M1KO 4UY8O 5MLCQ 1Q7YO 1VQ7N 5HL7L 1S72N 1KD1O 4WCEL 1Q86O 3I55N 3CCSN 4WFBL 4IOCL 4WFNL 3CCEN 2OTJN 1VQMN 4IOAL 1VQ4N 2QA4N 3OW2M 1W2BM
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TSQA 1T44A 1WAJA 4JI4K 3QEXA 3OYCA 3TWHA 4DHYA 4IO8A 4FWPA 4F2RA 1KXPA 4BDZA 1EO1A 4ISFA 1OVYA 1RDWX 3AY9A 3G4SN 3TAEA 2FLOA 4DSKA 2Q0UA 3AVFA 1SL0A 1K6YA 4XEIA 5C25A 2QWLA 1NOZA 3QBXA 2HBJA 4FLTA 3DLGA 3LDNA 4YOXA 1U47A 3TSUA 1VQKN 3CFOA 4N76A 4CZIA 2NRTA 4M3XA 4A2AA 1HNVA 3DLEA 2UUCK 4IBNA 4FWRA 4WQ5C 1GOAA 3RWUA 1ASVA 1QVGM 1WSJA 2QI2A 4LH5A 5GAGP 1TUUA 3V9SA 2F4VK 3O9UA 1YITN 4DR3K 1LAWA 4CBUA 2AP1A 1SUQA 5F2RA 1C6VA 5FPEA 3VQBA 2GUPA 2GEMA 1QZ5A 3MCAB 2IS3A 3ZSWA 1JLFA 5AZIA 5KQDA 1WB9A 1F21A 1YUWA 2DPNA 3M1FA 4C1NI 4G1QA 3HJFA 4IO9L 4ILJA 2ITMA 4BGBA 4FLZA 1JXEA 3T69A 3OBWA 4E3SA 3RMCA 2OZMA 3EO3A 3CCUN 4H0VB 3JS6A 5AQJA 1OH8A 5J2PA 2OZSA 4JKHA 3U3GA 2IIRA 2NRRA 1QQMA 4KAZA 3AARA 3I0RA 4H5NA 1NGEA 4DV3K 4CD3A 2E8AA 1OKJA 2Z1IA 1NG9A 4IOCL 5FPNA 4K8ZA 3IS9A 4A61A 2HBLA 1SL2A 3DYAA 3VQDA 3H45C 1A5VA 5M1PA 4CZEA 4DS5A 2Y1JA 4WE1A 1K8AO 3NH0A 4FJGA 3QEPA 4BRCA 3O6WA 1X3NA 5JVGL 4EZ9A 3ZETA 4BG8A 5KQ8A 3QETA 1ITGA 1IKXA 3T1AA 2Z1GA 3RR8A 3AAQA 2Q97A 3KK1A 2V7YA 4CVNE 3MEEA 1TVRA 2P9UB 4B9NA 4PKHA 1NGHA 1VQNN 1EX4A 1GLCG 2IDOA 2GX9A 3MWTA 5CYMA 3FLCO 2GWKA 2I7PA 1HKGA 4FOEA 4JI2K 3C6TA 1VQPN 5KRSA 1JLBA 4LF6K 2YJEA 3SZ2A 4FJKA 2VWJA 4BG9A 1IBMK 4CJEA 2WONA 3MECA 2XRIA 3OYKA 3PX0A 3QB0A 3LWMA 4ISGA 3OYFA 1Z26A 3PLAA 4DLGA 1TAQA 4YHHK 4C8LA 3D2FB 4LH4A 4LF9K 3FE1A 4IG0A 3RMBA 1LWFA 4B8CA 3VQ6A 4EAHD 3EYZA 2HBMA 1KFSA 1BG3A 4C8KA 4Y1CA 4J2AA 4H0YB 3VOVA 1YJNN 1NKEA 2WC9A 5BRHA 1RBSA 1HNXK 5FLXO 3MN6A 4DLEA 1HNIA 3CMAN 1M1KO 4OGCA 4YDUA 2B5JA 2GUIA 2J4RA 4E7KA 3G10A 4MFBA 3EN9A 4A5BA 1CZ9A 1ZYQA 1J53A 4B9LA 3TANA 4F2SA 1KFDA 2G8HA 4FK2A 3LAMA 4CIGA 4LF5K 1MWMA 1NWKA 4JKEA 4CEEA 4FLXA 4IJAA 3CJAA 3AVIA 3U6FA 2PZSA 3FZHA 4JKCA 4OLAA 1OH5A 5E41A 1FJGK 3V9XA 3LDSA 2AA4A 2OPSA 3HPHA 4BVOA 1Y64A 4IFYA 5C24A 1LWCA 4L8RB 3DI6A 3VF2A 2O8FB 2JLEA 2YKMA 3R3LA 4PKGA 4CE9A 5BRDA 5DM7L 5HLFA 4K41A 4B1XB 2VQFK 1KVAA 4I9QA 2FBTA 3N4QA 1Z25A 3VTIA 1E4FT 2H3GX 4FZXC 1X3MA 1B9DA 4CF0A 2HHUA 1IKVA 1O13A 4NYFA 3RRGA 1HPZA 2QXLA 4CW7B 3L2UA 1NGGA 1A5XA 4M3RA 2JWKA 4YOUA 3VQPA 3V4IA 3AO1A 2HHWA 2OANA 1NBWA 3THWB 1OH7A 2QM1A 3OJSA 3SUOA 2FSNA 2O8BA 2A40A 4CGJA 3L2QA 2YHBA 1QS4A 5F0XA 2XO7A 4EZ6A 1BQNA 1CLQA 4JK7A 3K2PA 4N56A 3TPQA 2PYJA 4JKGA 4O44A 4DR1K 2JGUA 1RTHA 3LDOA 3K57A 2V7ZA 3KJVA 4DSEA 1X1PA 2AJQA 1S9EA 4XH1A 3FZFA 1GOBA 1Q7YO 4DTNA 4AQYK 4A57A 1D4XA 1JCEA 2B6AA 3J80O 2E20A 4X66K 2W6LA 1GLEG 3CI5A 5AR0A 2YNFA 3WXLA 3S3OA 4PY5A 1HX1A 3ID6A 4M3WA 4LC9B 4CJTA 3TAGA 2P9SA 4DFMA 1NJYA 2Q36A 2VQEK 3VPZA 3PSFA 1U04A 4JKBA 4JV5K 3FFIA 5KPTA 4AHSA 4WQ4C 2GELA 4JEPA 2PY5A 5GIPA 4GKJK 4IEIA 2NNWA 3CYMA 3KLEA 2DTUA 2NRXA 1VQ9N 5AQKA 5HRNA 1RDAA 4HCCA 3HO1A 3U8XA 5C10A 1DTQA 3HSCA 1T6DA 3J7ZO 3MN5A 1IJJA 1R59O 3PX4A 1ASUA 4C1NK 3QFPA 3CC4N 1KVBA 5FDLA 2PFUA 5LMUK 3K5LA 4IEEA 2G8UA 2IVNA 2YHAA 2ZF5O 1XQSC 3K9KA 3VGLA 3L4QA 2QKBA 3FZMA 3L3UA 4BDPA 4C23A 3I0SA 2YNHA 2ATQA 4E1NA 3M3ZA 1IH7A 3NF6A 4DV2K 3B8AX 3UIQA 3DLLL 1TUYA 2HHVA 2KQ2A 4TSXA 3KD5E 2E2PA 1EKEA 1YI2N 1E4GT 3NH2A 4H5WA 4IKFA 3MXJA 1J54A 3KHYA 3DLHA 4E1JA 1TL1A 4OPHA 1LV5A 4BE0A 1S9GA 4RTFD 5EU7A 3BEXA 1BA0A 3TARA 3ZT1A 4Z4IA 1RT2A 3QEIA 4CIFA 1BISA 2W41A 1QQCA 1XNRK 4I2QA 4AHRA 3O8MA 4B1VA 3OS1A 4IDKA 5EY4A 2Y1IA 3V6DA 3WT0A 5HL7L 4OVLA 3H1VX 4DR6K 1VAZA 1HJRA 2X6SA 1TKTA 4BRGA 2WUSA 1JLCA 2WBNA 1S6QA 1N34K 4B08A 3DLKA 4DV4K 1NLVA 2VG6A 3L2VA 1YT3A 4H4MA 3CC7N 4DUZK 1C1CA 3QDKA 3HTVA 4EP5A 1BOTO 2OA8A 2ITGA 3ENBA 4CFBA 4I6MB 1VQON 2KTQA 4FJHA 1EXQA 4K0KK 4K43A 3CCLN 1Z6RA 2DFHA 1KSPA 4KH5A 3O4WA 3KK2A 3J7AP 3TAPA 2HF3A 5AQRA 1U4BA 3LP2A 2FSKA 2P9NB 3WQTA 3SQ2A 2E5LK 1NJIO 1Q9YA 3LM2A 3SBTA 4ILHA 1EWRA 1NGBA 2WFBA 3CXCM 3JAMO 1RT4A 2VG7A 4FJ5A 3KD1E 1NJWA 5BN8A 3KVGA 1MA9B 4CJLA 3C7NB 4YOWA 2F96A 4CJVA 1T03A 4CFAA 1DT9A 1XUPO 4FCYA 1IO2A 3IG1A 4CEFA 4M45A 1BIZA 1S3XA 3CMEN 5LJVA 3SBGA 4DG1A 3PV8A 1KVCA 3RSEB 4ZHRA 1HR0K 4NLBA 1ZBSA 4B8AB 4Z4GA 4GMJB 1ZBFA 4LFAK 3QICA 2VCPA 3SMPA 2UXBK 1YJWN 1NGDA 4B3RK 2O8CB 1KLMA 3K5NA 1BHLA 3OS0A 2IAJA 1HMVA 4LSLA 4GW6A 2G8IA 1IG8A 3ALYA 3RMDA 1NK0A 1Q86O 2UUBK 4DV0K 1VSEA 2HNZA 4GV6A 3CM6A 4AHVA 4NLCA 5GINA 3O3GA 1GLFO 1VQ6N 3R1XA 3QEVA 1B92A 3TAFA 1C1BA 4MO5A 4KB1A 5HRPA 3ULDA 2E4LA 3L4IA 3PX6A 1ZXOA 4OPAA 2FSJA 4KHNA 4RW9A 5KTQA 1HNZK 1BCOA 1QQOA 1S1XA 4KTZA 3D2FA 1NK7A 2CH6A 3THYB 2P9PB 3GDQA 1RT1A 3HPGA 4YOVA 1J5OA 1Q81O 1QSYA 3ZSRA 4BRIA 1VSDA 1VK0A 3O5BA 4FW1A 3C6HA 3T19A 3WNFA 4FL9A 4AHCA 5FRNA 1N32K 1I3AA 3O1WA 2GWJA 3M5RA 4CFDA 3H46O 4CF1A 3ZLJA 4DTSA 2QWPA 4KV8A 3SAFA 3ISNC 1QE1A 4DCHA 2KW4A 3MDQA 3CETA 4CESA 4FM0A 4WQ4A 4KKOA 2HHHK 5E26A 1IBLK 4CJQA 2A1RA 1HNWK 4FK0A 3B6PA 3VQ5A 4N47A 3CD6N 3O9RA 4RG8A 5HROA 2HOEA 4BRQA 3JYTA 3KWIA 3HBTA 1SL1A 1MU2A 4ILGB 3TTDA 4NO7A 2XHBA 2HMPA 2P1JA 3BY5A 3TTFA 4GNIA 4CJ3A 1RT5A 3LAKA 3LWLA 2YNIA 4DTRA 1EWQA 3O08A 2O8FA 3P83D 1CZAN 2X74A 4KI6A 5K14A 3IDHA 4HVJA 2G8VA 1KLNA 3DXKB 3EZ5A 4Q0BA 3OA9A 1R0AA 4BR9A 3VF4A 4JKAA 4H0OA 3NE6A 2OTJN 2QTDA 2HHQA 1VQ4N 3IMXA 3AA4A 4H8KA 3MXIA 2F8SA 4E19A 2BANA 1RTIA 3SPYA 4CF8A 3V1OA 1RT7A 3SJJA 3ATVA 3VN5A 4FO0A 4B3OA 3PO5A 3TU5A 4CD1A 3OTOK 3VETA 1XWLA 4EIAA 3THWA 1T8EA 1QTMA 2D4WA 4MLHA 4OGEA 1Z05A 3AVAA 1T7PA 1N8RO 3AO2A 4HHTA 3AVJA 4QS7A 1NJZA 2CH5A 3VEXA 4OKKA 2YCHA 1WN7A 4BDYA 1LOTB 5D3GA 3P39A 3CCJN 4DTMA 3AO4A 4FLYA 4DU1A 3S3NA 1GLJO 3RR7A 1RDUA 4IJNA 1WSGA 3OYNA 3LALA 4Z4CA 4W5TA 3PIOL 3CJCA 2FC0A 4AF1A 2QK9A 1TK8A 5KRTA 2QWOA 2E6LA 2P9IB 4B1UB 3OHRA 3CM5A 4DFKA 2FBYA 3L8BA 1W9HA 2NRWA 3GBTA 3V9WA 1YIJN 3MK6A 3MXMA 3WQUA 1C0GA 3O4NA 5AQMA 3RRHA 1GLLO 2JWLA 3CC2N 4JI5K 3NF8A 4M42A 5F1XA 5EX5A 1UA1A 2HBKA 5HOOA 1U49A 3DJCA 3OYDA 2V52B 3HRGA 1TK5A 3VA0A 3VA3A 3U4LA 4YOTA 3TAQA 3U3YA 4F4KA 4DV7K 1G99A 2QXFA 2RHKA 4CJPA 1N36K 4M7YA 4KI4A 3LANA 4DU3A 2KFZA 4B3MK 5AQZA 1TV6A 1Q18A 4BE1A 1VSJA 3ASMA 5JICA 3F9MA 3KKRA 2NZTA 4LD0A 3HM9A 4O8UA 3VQ7A 5AQWA 3OYIA 2YHYA 1ESVA 4LFCK 5EOYA 4BR2A 4H03B 4O4GA 2E2NA 4FW2A 2BUPA 4HWIA 1RGIA 4CF2A 4CJRA 5JS1A 3SQ0A 2UYTA 1JLQA 4CEOA 4Z4EA 4JI0K 1IBKK 3EE9A 3LPTA 3L3VA 3MN7A 3AVCA 3HSTB 5BPNA 1ZBIA 5I3UA 2W40A 4BR4A 4AILC 2UU9K 4DR7K 2BH1A 2OCEA 4CGGA 2HHSA 2ZWHA 3P38A 4FJ7A 4OPJA 4CZHA 4F3OA 4PKIA 5AQOA 4BRPA 3MX2A 3NHGA 3I56N 2G8KA 4CK2A 1ZBUA 5SZTA 3DMJA 3N4PA 1C0MA 3SI6A 3DRRA 1BQMA 3FGUA 1H1VA 1CXQA 1NKCA 4BE2A 3DOKA 3SJHA 4CBXA 4DU4A 3EEQA 3MN9A 1DLOA 3BZCA 1C0TA 3OJUA 5ADXH 3OYJA 2NLXA 2D5RA 4B1ZA 4AHTA 4LY7A 3AGRA 2XY6A 4CJKA 3E66A 4KTWA 3KLIA 1JLEA 5AQHA 5GIOA 1SV5A 4H0TB 4DTOA 2F9TA 3O3HA 3HK2A 5BPLA 5AQVA 2FF6A 2YHXA 3KZBA 3D7EO 4FPBA 4DKWA 1BWFO 4CBWA 4BR5A 3E9LA 2E2QA 4I6MA 2G8FA 4CJ7A 4DR4K 1RTDA 4DTUA 4JLHA 5HRSA 3AA3A 1D9FA 1ATNA 5CR4A 4J2DA 4XH4A 4CEBA 4WCEL 1N5YA 5AQGA 1XMQK 4B9UA 3WNHA 4NCBA 2P9NA 3BDPA 4A5AA 1V4SA 5C12A 1QHTA 3TABA 4CZKA 4JI6K 2I5JA 1YTUA 3HP6A 5LMNK 1YHQN 2CGJA 2P5GA 2HMIA 2P5OA 4CJ5A 3KLHA 3OYEA 5C0YA 1QSSA 4I7FA 1J5EK 1KC8O 1L3TA 5HP1A 4B9QA 3NGZA 3C7NA 4E7JA 2A1SA 4FWQA 4WQ5A 2NRHA 5JLFA 3O80A 1NU0A 2VGNA 2IVOA 3GOIA 1NK4A 1ILYA 1A5WA 5AJ3K 1ZC6A 1X9SA 3NAEA 1VSIA 4N5SA 5J1EA 4FM2A 1RTJA 4CJWA 4ID1A 4JKDA 2D0CA 3RSEA 5CZ2A 2D0OA 2PBDA 3VEWA 1WNSA 1SKSA 4CEAA 3IRXA 1EP4A 4DB3A 1IV0A 4CZJA 2O8CA 4FWOA 3VQEA 3QINA 4KB0A 3PIPL 3LDLA 3VGMA 2P9KB 3A5MC 5IWAK 5E84A 4U67L 2OYQA 3SUQA 1BUPA 4FJ9A 1T05A 4JI3K 1XNQK 2O8EA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5GAE P;  1K8A O;  2ZJR L;  3CC7 N;  5GAD P;  2ZJQ L;  1YHQ N;  1KQS M;  1VQL N;  1M90 O;  2ZJP L;  5JVG L;  1VQO N;  1VQ6 N;  1KC8 O;  5JVH L;  3CCL N;  3CCQ N;  3G71 N;  1OVY A;  3G4S N;  1VQ9 N;  1N8R O;  3CF5 L;  1Q82 O;  4WF9 L;  1ILY A;  5DM7 L;  3I56 N;  3J7Z O;  1VQK N;  1VQN N;  1VQ5 N;  3CC4 N;  1Q81 O;  1JJ2 M;  3CCV N;  1NJI O;  3CCJ N;  1VQP N;  5H1S Q;  3CXC M;  1QVG M;  5DM6 L;  3CPW M;  3PIO L;  1QVF M;  3G6E N;  5GAG P;  3DLL L;  1YIT N;  3PIP L;  1YIJ N;  1YI2 N;  1YJ9 N;  1K73 O;  2QEX N;  2OTL N;  4U67 L;  3CC2 N;  3CCR N;  3CCM N;  3CME N;  1VQ8 N;  4IO9 L;  5GAH P;  1K9M O;  3CD6 N;  1YJN N;  3CCU N;  4WFA L;  1YJW N;  3CMA N;  1M1K O;  4UY8 O;  5MLC Q;  1Q7Y O;  1VQ7 N;  5HL7 L;  1S72 N;  1KD1 O;  4WCE L;  1Q86 O;  3I55 N;  3CCS N;  4WFB L;  4IOC L;  4WFN L;  3CCE N;  2OTJ N;  1VQM N;  4IOA L;  1VQ4 N;  2QA4 N;  3OW2 M;  1W2B M; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3TSQ A;  1T44 A;  1WAJ A;  4JI4 K;  3QEX A;  3OYC A;  3TWH A;  4DHY A;  4IO8 A;  4FWP A;  4F2R A;  1KXP A;  4BDZ A;  1EO1 A;  4ISF A;  1OVY A;  1RDW X;  3AY9 A;  3G4S N;  3TAE A;  2FLO A;  4DSK A;  2Q0U A;  3AVF A;  1SL0 A;  1K6Y A;  4XEI A;  5C25 A;  2QWL A;  1NOZ A;  3QBX A;  2HBJ A;  4FLT A;  3DLG A;  3LDN A;  4YOX A;  1U47 A;  3TSU A;  1VQK N;  3CFO A;  4N76 A;  4CZI A;  2NRT A;  4M3X A;  4A2A A;  1HNV A;  3DLE A;  2UUC K;  4IBN A;  4FWR A;  4WQ5 C;  1GOA A;  3RWU A;  1ASV A;  1QVG M;  1WSJ A;  2QI2 A;  4LH5 A;  5GAG P;  1TUU A;  3V9S A;  2F4V K;  3O9U A;  1YIT N;  4DR3 K;  1LAW A;  4CBU A;  2AP1 A;  1SUQ A;  5F2R A;  1C6V A;  5FPE A;  3VQB A;  2GUP A;  2GEM A;  1QZ5 A;  3MCA B;  2IS3 A;  3ZSW A;  1JLF A;  5AZI A;  5KQD A;  1WB9 A;  1F21 A;  1YUW A;  2DPN A;  3M1F A;  4C1N I;  4G1Q A;  3HJF A;  4IO9 L;  4ILJ A;  2ITM A;  4BGB A;  4FLZ A;  1JXE A;  3T69 A;  3OBW A;  4E3S A;  3RMC A;  2OZM A;  3EO3 A;  3CCU N;  4H0V B;  3JS6 A;  5AQJ A;  1OH8 A;  5J2P A;  2OZS A;  4JKH A;  3U3G A;  2IIR A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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