1VQ5N

The structure of the transition state analogue "raa" bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal rna
total genus 47
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vq5N00
4WCEL 5MLCQ 5HL7L 3CCJN 4IOAL 3G4SN 1M90O 3G71N 1VQMN 3I55N 4UY8O 5GAEP 4WF9L 3CCVN 5GAHP 3CF5L 1VQ7N 3PIOL 2ZJRL 1QVGM 2ZJPL 1YIJN 1VQ4N 1QVFM 1JJ2M 1VQLN 1VQ5N 3J7ZO 1Q82O 1VQNN 3CC7N 1S72N 3PIPL 3CMAN 2QEXN 3CC2N 4IOCL 4U67L 1Q86O 3CCSN 1YJ9N 1YHQN 1ILYA 5DM6L 5JVGL 3CCQN 1YI2N 1VQ6N 1K8AO 1VQKN 1NJIO 3DLLL 3CCLN 2QA4N 5GAGP 3G6EN 1YJNN 2OTLN 1YJWN 1Q7YO 1KD1O 1KC8O 1KQSM 5DM7L 3OW2M 1YITN 1W2BM 4WFNL 2ZJQL 1OVYA 1M1KO 1VQ8N 4IO9L 3CD6N 4WFBL 4WFAL 1VQPN 2OTJN 1N8RO 5GADP 5H1SQ 3CPWM 3CCEN 1Q81O 3CCUN 1VQ9N 3I56N 1K73O 5JVHL 3CXCM 3CCMN 3CC4N 1K9MO 1VQON 3CCRN 3CMEN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3RMBA 4FJGA 1QS4A 3K5NA 2E20A 5FRMA 2HHVA 3TAQA 3D6RA 3RWUA 1KVBA 4CIGA 3L2VA 1JL1A 1RNHA 3FE1A 3THYB 4YY3K 4C23A 3O9RA 3O6WA 4GW6A 3MXMA 3MX5A 3V9WA 2YNGA 2UXDK 5KTQA 4YOYA 3QIOA 1RT2A 3VPZA 5FPMA 1ZXOA 4RWTA 1T8EA 2F9WA 4CGDA 4FO0A 3BGRA 3FR0A 2Q36A 1BQMA 4BDYA 1JXBA 3H46O 2VG7A 3DOLA 3DRSA 3SQ1A 4CEAA 2ZD1A 4I7FA 3CFRA 3E9LA 2VG6A 3GBTA 4KB0A 4KHWA 1N5YA 1ZBSA 4OLAA 4OLBA 4AILC 4H0PA 3ZSXA 1VQKN 4M63C 1KSPA 1XWLA 4W5NA 4O8UA 3SMSA 1YVNA 5GAGP 4ILJA 4A5BA 3KLEA 2WFBA 4F3TA 1TK0A 5I9EB 4BWJA 2B6AA 3IFRA 3VOVA 5SWMA 1HKGA 2G8KA 4DLGA 1U49A 3OS0A 5TKYA 1E4FT 5HLFA 2HMPA 3I33A 1MU2A 3O1BA 4HWIA 2P9SA 5HP1A 4W5RA 3VEOA 4CBWA 2KHOA 4B3MK 2KTQA 5CY4A 5D3GA 3CQXA 3OYIA 1WB9A 1NG9A 4C8KA 4PKHA 4BRLA 4M3YA 2Q2RA 3T3FA 4RTFD 3VQEA 1NK6A 1RT5A 2QWLA 2FF6A 2P9NB 2A6AA 4M3XA 3N4QA 4DFJA 3PLAA 3MN7A 2G8VA 1VSFA 1GLLO 5AQNA 1NMNA 1KTQA 3KK7A 2YHAA 3R1XA 1DT9A 3H1VX 3MMVA 1L3SA 3AO1A 4H5RA 1QQCA 3MECA 4CFBA 4BRHA 2XHBA 1NK0A 5I42A 2HW3A 3O3FA 4IFEA 5BPLA 3LP0A 5FPNA 3CJCA 4WF9L 3O1WA 3VF2A 1TKTA 5AZIA 1QTMA 1Z25A 4O55A 2DFFA 1FK9A 4C8LA 1L3VA 3SJJA 3E9OA 2HHSA 3VQ4A 3KWIA 3VGMA 3CMAN 1N36K 1BQNA 2P9KB 3F9MA 4DR6K 3L4IA 1WSIA 4YNQA 1TVRA 3THVA 3OVNA 1GLAG 4NCAA 1C0MA 3SV4A 3VTHA 2FBTA 4CW7B 1BWFO 2VGMA 3D2EA 1HLUA 3QETA 1P8ZA 2PY5A 3HP9A 2HB5A 2DY4A 2KKZA 1J53A 2BDPA 2OPPA 4GVEA 4E7HA 2OA8A 3ZLJA 1NGGA 1JLAA 1RDAA 3O3HA 4XH1A 1Y64A 3CG7A 2HNZA 4BG8A 2EHGA 4O8KA 3THXA 3KD5E 3IMXA 3AVCA 4MFBA 3SLCA 2NRTA 1DKGD 3NDKA 4DQRA 2HHUA 1BHLA 1C6VA 4M7XA 1B9DA 3OBWA 4JEPA 2OTJN 2Y1IA 4KHSA 4AH9A 2OPSA 4N56A 4FK2A 4BDZA 4PKGA 3NE6A 4BC3A 3ZYYX 4CZJA 4JI8K 2YI1A 4B8AB 4LH4A 2O8CB 3I56N 5J2PA 1GLBG 1C0TA 4BRQA 3D45A 2V51B 1ASVA 5J2MA 3T1HK 1T3VA 2ITGA 3K9JA 4DSFA 5EY4A 3HRGA 5ELZA 2A41A 3C6AA 4CEBA 5M1FA 3EE9A 3TAEA 2PZSA 5M1NA 2QWRA 3ZX0A 5AQYA 3ZT3A 3NGYA 4NYFA 4HCCA 2P9PA 4BGAA 1NK9A 2O8BB 1C1BA 2P9KA 4NLCA 2BTFA 3I8DA 1NGDA 4NYNA 4DLEA 3MN5A 1RBVA 4J2DA 1TUYA 4F2SA 3NAEA 4HTUA 4FWMA 5FPDA 2HBJA 1Q82O 4X64K 2P9LB 4DV7K 3QEXA 4LC9B 3LDLA 4KH5A 4XEIA 3CQYA 4F4KA 3J8AA 3GL1A 3AVKA 4ILHA 4KTWA 5BRFA 4JKAA 3OBYA 4KHYA 4CFCA 2HF4A 1QE1A 4FWQA 1VQ6N 1XC9A 4FJLA 4FWPA 1N32K 3ZETB 3E1YA 1J6ZA 2VCPA 3I0RA 1HMVA 3KIOA 3QEIA 1YF5L 3G6EN 2FSJA 3V9XA 4GV9A 3H3NO 3VQPA 1NJXA 2OTLN 1LCUA 2GX9A 4B8CA 4B3TK 3MXJA 3L3VA 4CJ7A 1ZBIA 5KI6A 4CJVA 2P9UB 4MDBA 4CZMA 3FFIA 3C95A 3ASMA 1TK8A 4OPJA 4JNEA 4C8OA 3M8RA 4JI7K 1IJJA 5E84A 4PKIA 4Z0UA 3SUOA 4MLEA 1XNQK 5AQWA 4BC5A 2HHWA 3DRPA 4A59A 5HRNA 4ELUA 4F2RA 4FJKA 4DR5K 1SAZA 4BY9C 3OYMA 1NGAA 1X9SA 1Q9YA 2O8BA 1KCFA 4I9LA 1X3NA 3WNEA 4KHNA 4DV5K 3S3OA 2J4RA 2VWKA 3NH2A 4BREA 3HL8A 3S3MA 4CJUA 2B5JA 4WQ4C 3CF5L 4IG3A 2W6LA 4JI1K 5TKWA 2ZJRL 4RG8A 4JD2B 1JJ2M 1VQLN 4BRCA 4KREA 1XMQK 2E1YA 2B4JA 1UAXA 3TR8A 1LAVA 4OPHA 2I5JA 1SKWA 5B8HA 4JK9A 4KH4A 2QEXN 4RW6A 3ZETA 3SI6A 1BISA 3C7NB 4EFHA 4JS4A 4FJNA 5M1PA 4DV6K 4B9LA 4CJ3A 3HI0A 2GEMA 4CF9A 3FZKA 4JRQA 3EYZA 4CD3A 3FLCO 4IO8A 2YJEA 3VQ5A 2OZSA 1YXQA 4BR9A 2YKMA 3CJAA 1HUXA 2E4LA 1BGXT 2IS3A 1Z6RA 2E6MA 3KLIA 4I6MA 3A2FA 3LWLA 4DFKA 1YITN 1C0GA 4DTSA 2QWQA 3QEVA 3HYFA 1ZC6A 1BU6O 3K2PA 1G99A 2G8IA 1S1WA 5F0XA 3TPQA 2ATQA 4WFBL 4DQSA 4ISGA 2O4GA 1UOCA 4J8FA 4RW7A 5C15A 3O9SA 2XY7A 1W97L 3CPWM 4IEIA 3NGZA 4U7BA 2QK9A 5IT9O 2DTUA 5BR8K 2JLEA 1QZ6A 3E01A 4FLTA 1RBRA 5C12A 4W5TA 1TK5A 4JYAK 4M45A 5LJVA 2FLOA 3DXKB 4DR2K 4C8NA 2W42A 2D0BA 4PL7A 1OH8A 1GOCA 4Y1DA 3ZSVA 4A61A 1GOAA 3ITHA 3M1FA 4KAZA 1ATSA 5BN8A 1C0FA 4FJIA 2OPRA 4E89A 4F9OA 3RTVA 4KH6A 4FL9A 4FJ9A 1QHTA 1ZBFA 4DTJA 2ZF5O 4DS4A 3LWMA 2HNYA 4JI6K 4OPAA 3C65A 1F21A 4OPKA 1RGIA 1U47A 3C7NA 4RW9A 3R3LA 1QVFM 4FVMA 4LFCK 3PO5A 2GBZA 1KFDA 3L2RA 5HRSA 1UA0A 2UXCK 2P1JA 2Q31A 5I3UA 1SL2A 5AQFA 3WXLA 2CGKA 2IDOA 3TAPA 2O8FB 3T19A 4ILGB 1KVCA 4BE1A 2YNHA 3AVGA 4FJ8A 4IWVA 5JVGL 4B9TA 3OYHA 2NRZA 3BEXA 3GE1A 2WONA 1BCOA 3H1QA 4WE1A 4O5BA 4OX9K 4ZHRA 2HBKA 1NJIO 3LP3A 1VK0A 4B9QA 2HNDA 1RTHA 4CF0A 3KHYA 4A57A 1CLQA 3ZX2A 3P39A 4DG1A 3AAPA 2QW9A 3RR8A 3DLHA 1HQEA 4L3QA 4J2BA 5HRPA 4Y1CA 4EP4A 4W5QA 3L2WA 4DUZK 3QFPA 3WXKA 4OVLA 4DF4A 1JCEA 3MWPA 3V6DA 1TL3A 5AZJB 4NLBA 5EX5A 1FXXA 4JHDB 3VQ7A 3DXKA 4YDUA 5J2NA 2Q3SA 4CJLA 1U48A 1TUUA 2WTUA 5M1KA 3CCUN 1I94K 1CZ9A 2I7NA 4LF6K 1XNRK 4GY2B 1VSLA 4G1QA 3ZEUB 1SZ2A 1K8KA 3IS9A 4HUEA 4RW8A 1XMOK 2DFEA 5BREA 2YHYA 4WCEL 3A5OC 4DQIA 4NXMK 2BH1A 4K41A 1HQUA 3L2UA 5AR0A 1YT3A 3ENHA 4YORA 1WSFA 1ZBUA 4BRAA 4CE9A 3M5RA 3QMLA 2ZQBA 3TU5A 3WNFA 5AQIA 1VQ7N 4GKKK 3WEEB 4CGFA 4Z4GA 4Z94A 2O8FA 1EWRA 4ISEA 4FM2A 1WNSA 1A5XA 3NHGA 1S9EA 4CZFA 4H0OA 1RT1A 4JLHA 3QNOA 5LMUK 5BPMA 3DM2A 4B9UA 4DR3K 2W41A 4IOCL 2PYLA 4HUFA 4OKEA 4M7YA 1D5AA 4BQZA 3ZSOA 2XRIA 3F2KA 5DM6L 4IFYA 5F2RA 4EHUA 3J80O 4EZ9A 2O8EA 2UUAK 4G9ZA 3O9UA 4E1MA 3NF9A 1K8AO 4DQQA 1CXUA 1S1UA 1SL1A 3CCLN 1A5VA 3HVTA 4M3UA 3OYFA 3ZSZA 3ZT0A 3ID6A 5AZJA 3SV3A 4KBOA 5KQ8A 3M8SA 1WSJA 4JHDA 3O4WA 1GLJO 3AO5A 1WSEA 4KI6A 1W2BM 2JWKA 3MDQA 5AZIB 3Q7CA 3DMJA 1Z26A 1HJOA 2VQEK 1CZAN 4FM1A 3TAMA 1S9GA 3CD6N 1I3AA 1BDGA 1JXEA 5M1OA 1NK4A 2WUSA 5FLXO 3ZEUA 5GADP 5H1SQ 1YTAA 1QQOA 2E2OA 3D2EB 1QHAA 3W0LA 3TAFA 2IVNA 3ALYA 4YHHK 4WQ5C 4GVMA 3QEWA 1TV6A 4H0VB 5AJ3K 1KAYA 1BUPA 3SAFA 3J7YP 2AP1A 2XO7A 2NZTA 5EU7A 3RRGA 3HM9A 3WEEA 4MQ3A 4E1JA 3CCJN 3THXB 4CZEA 5AQLA 5KPZA 3G71N 1MDUB 4O0JA 4CIFA 3SAGA 3VQ6A 1ASUA 3TI0A 3R6MA 2QM1A 1BCMA 4DV0K 1EETA 1N33K 2KFNA 1TAUA 4LSNA 3HVRA 1ZBLA 3BF1A 3QDKA 1U2VB 3NF6A 1WAJA 3KVGA 1YIJN 4FWNA 1EXQA 4FWOA 3O08A 3CJ7A 4DTUA 4FJ7A 3AVHA 4KB1A 4QS8A 3PIPL 1LWFA 3VGKA 2OYQA 4J2AA 4FYDA 4U67L 4JI0K 3CIPA 4IXCA 1KLNA 1MWMA 4B3SK 4QS9A 5GINA 3AARA 5KRTA 3TARA 4PQUA 1ZYQA 3SUPA 3VN5A 1UWBA 4B9VA 2HHXA 3NF8A 4GMJB 3V1RA 2P9PB 5E26A 1LAWA 4H5NA 2GWKA 4CGHA 2RPIA 3NFAA 4PA1A 1IKYA 2RN2A 5DM7L 2QXLA 4CJFA 1G15A 1H1VA 4JKCA 5C42A 2KLAA 1VQ8N 3OTOK 3UE5A 4M41A 1W9HA 5JS2A 4X66K 2YNIA 1L5UA 4FJHA 1EQYA 5F1XA 2WC9A 3EO3A 2GTDA 1OH5A 2E8AA 4DV3K 1S1TA 4KHQA 3KLGA 3M6GA 5AFUA 4PHTX 1KLMA 3CJ9A 2Q97A 4E7JA 1RDCA 3L6QA 4MO4A 2E1ZA 2YHWA 3RVCA 2P9IA 1T6CA 1WSHA 3MN6A 3M3ZA 1J9AA 3CCMN 3MEEA 1K9MO 4ELVA 3BZCA 4CJRA 3DWLA 3ZCMA 3K5OA 3VESA 2HF3A 1NGFA 3KK1A 3AO3A 3PX6A 4JKBA 2EX3A 4PWDA 1BI4B 2V52B 4DR4K 1U2VA 3MCAB 1NKCA 4HCBA 3JSMA 4V19S 2IIRA 5SZTA 4H0TB 3I55N 3OYBA 3H3OB 3P5JA 4FOEA 1S22A 1S5JA 1Z05A 5E41A 3FZLA 1D9DA 1NLVA 3SBGA 3PSIA 1NK7A 4OKKA 4DTNA 4EAHD 3SK3A 4XIUA 1NGIA 3AVLA 1VQ4N 1NJWA 1HNVA 4HUGA 3AA3A 4CFAA 3T1AA 3JYTA 3WNGA 2KQ2A 3G25A 2KZZA 3SMPA 5AQGA 2YHXA 1OVQA 5KRSA 3RMCA 3EZWA 3V1OA 1NKEA 2IVPA 1RDWX 3MCPA 3DJCA 3RSEB 3HZ6A 4EHTA 3KZBA 3OY9A 4CJKA 4FWRA 3HOSA 3HK2A 3C6HA 2QI2A 5AQPA 1FKPA 3OYCA 3U4LA 2A3ZA 5BRDA 1NKBA 3HSTB 4A2AA 3HT3A 3OYEA 2YNFA 5LL6Z 4FVUA 2R7YA 3V81A 2QKKA 4Z4CA 1K6YA 3TSUA 3EY1A 1BIUA 5AFUH 2OANA 3R9PA 1SS6A 3PV8A 4XH5A 3ZT2A 4AHSA 1IKXA 3QESA 1RBUA 5LMNK 1RT4A 1X9MA 1VSEA 3AA4A 2IOCA 4W5OA 3L4QA 3LM2A 3O9TA 3WXMB 3K59A 4X62K 3RRHA 3AVBA 4CHOA 1S6QA 1WBBA 1LV5A 3P83D 4CGJA 1T03A 3LAKA 1BI4A 4IKFA 2NRRA 3TTFA 1K73O 5JVHL 3EEQA 3VF6A 3OYKA 4YOTA 3LDSA 4AHRA 5HBMA 2PAVA 3V9SA 3VQDA 3CJ1A 5HRRA 1D4XA 4LF4K 2D4WA 4DWIA 2HOEA 4FW2A 1SV5A 4I6MB 4IOAL 3HSCA 4I2QA 3G4SN 3A5MC 3S3NA 1NOZA 3EKUA 1RDDA 2ASPA 3V9UA 3MWTA 5C2DA 5DMRA 3KK2A 4QCLA 1VSMA 4B1VA 3RMAA 4AHTA 4FLUA 1NK5A 3NH1A 1JLEA 4I2PA 2CH5A 3U3YA 4BG9A 4E19A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4WCE L;  5MLC Q;  5HL7 L;  3CCJ N;  4IOA L;  3G4S N;  1M90 O;  3G71 N;  1VQM N;  3I55 N;  4UY8 O;  5GAE P;  4WF9 L;  3CCV N;  5GAH P;  3CF5 L;  1VQ7 N;  3PIO L;  2ZJR L;  1QVG M;  2ZJP L;  1YIJ N;  1VQ4 N;  1QVF M;  1JJ2 M;  1VQL N;  1VQ5 N;  3J7Z O;  1Q82 O;  1VQN N;  3CC7 N;  1S72 N;  3PIP L;  3CMA N;  2QEX N;  3CC2 N;  4IOC L;  4U67 L;  1Q86 O;  3CCS N;  1YJ9 N;  1YHQ N;  1ILY A;  5DM6 L;  5JVG L;  3CCQ N;  1YI2 N;  1VQ6 N;  1K8A O;  1VQK N;  1NJI O;  3DLL L;  3CCL N;  2QA4 N;  5GAG P;  3G6E N;  1YJN N;  2OTL N;  1YJW N;  1Q7Y O;  1KD1 O;  1KC8 O;  1KQS M;  5DM7 L;  3OW2 M;  1YIT N;  1W2B M;  4WFN L;  2ZJQ L;  1OVY A;  1M1K O;  1VQ8 N;  4IO9 L;  3CD6 N;  4WFB L;  4WFA L;  1VQP N;  2OTJ N;  1N8R O;  5GAD P;  5H1S Q;  3CPW M;  3CCE N;  1Q81 O;  3CCU N;  1VQ9 N;  3I56 N;  1K73 O;  5JVH L;  3CXC M;  3CCM N;  3CC4 N;  1K9M O;  1VQO N;  3CCR N;  3CME N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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