1VQ5N

The structure of the transition state analogue "raa" bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal rna
molecule tags Ribosome
total genus 47
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vq5N00
5MLCQ 4WFAL 2OTJN 1VQ8N 4U67L 1KQSM 4UY8O 3G4SN 1K73O 5DM6L 5GAGP 1K8AO 4WCEL 2ZJRL 1VQMN 2ZJPL 1Q81O 1YHQN 3CF5L 1YIJN 1KD1O 1VQ5N 1NJIO 5GAEP 1QVGM 1KC8O 3CCUN 5HL7L 3CMAN 3CCMN 1YJ9N 1Q86O 4WFNL 3CXCM 1M90O 1YI2N 3CD6N 3CCEN 1S72N 5JVGL 5H1SQ 1K9MO 5JVHL 3CPWM 3I55N 5DM7L 1Q7YO 4WFBL 4IO9L 2OTLN 3CMEN 1VQON 1ILYA 3CCLN 1YJWN 2ZJQL 3CCQN 3CCSN 3DLLL 3CCRN 4IOCL 1VQNN 1VQ9N 1OVYA 2QA4N 3OW2M 5GAHP 3PIPL 3CC4N 1JJ2M 1VQLN 3CC7N 3CCJN 3I56N 3CC2N 1VQKN 3CCVN 2QEXN 1N8RO 3PIOL 5GADP 1QVFM 1VQ4N 4IOAL 1Q82O 1VQ6N 1YITN 3J7ZO 3G71N 1YJNN 1M1KO 1W2BM 3G6EN 4WF9L 1VQPN 1VQ7N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AVGA 3ZX0A 2AP1A 1U2VB 5GINA 5C42A 3IG1A 2OZSA 4CBWA 1TKXA 1FKOA 3C95A 3O3FA 2UYTA 3SAHA 3VA0A 3T19A 5FPMA 3NDKA 4FJNA 4YY3K 5LJWA 1BDGA 3L2RA 3SAGA 3ID6A 3HL8A 4IDHA 3KLFA 4KAZA 5JMVA 4OPJA 3WNFA 4QS7A 2NRHA 3PO5A 2E4LA 3EEQA 4O0IA 4B3SK 3ITHA 2IS3A 4B9UA 4FK2A 3QERA 1S22A 3BGRA 2Y1JA 3QINA 2HVIA 1D4XA 2A3ZA 2P51A 5GAEP 1LV5A 3RSEB 4Z0UA 4BDZA 2V52B 4JK9A 1VSFA 3ZT1A 1YJ9N 1UA0A 2YCHA 4JK7A 3ZT3A 2OPSA 1M90O 4NB4A 1EWRA 4CZGA 1C0MA 3D0PA 1KAXA 5K14A 1S72N 3PLAA 1FW6A 2VWKA 1JCFA 3T1AA 5J2MA 3FZKA 3KD1E 4AH9A 2B6AA 3VQEA 2ETJA 4B9QA 2A40A 1HQEA 1OKJA 2F7TA 1Q8IA 1E4FT 3DJCA 3KK7A 4IJNA 3FE1A 4CECA 2XY6A 1RT1A 5JLHA 1RDWX 3LDNA 4XIUA 2HHXA 3A5OC 2P5OA 3CYMA 4E7IA 2ATQA 4JD2B 3EL2A 3NCIA 4PKGA 1CZBA 2YHBA 3LDPA 3R3LA 4BC3A 3SUQA 1IKYA 3AVKA 3S3OA 4DLEA 1BI4B 1S5JA 5EOYA 1Z05A 1Q82O 5KTQA 4FOEA 1W2BM 3SLCA 1IKVA 4JKGA 3P31A 4CE9A 3SCXA 1LW2A 4WFAL 3VERA 3KK3A 2Z1HA 4PQUA 3SMSA 4R79A 4OX9K 3DLEA 3HM8A 2E6MA 3A8YA 4IOXA 1BIUA 3HT3A 3TAEA 4FK4A 1HR0K 3THWA 2KKZA 2D0OA 1N32K 4JKBA 5DMRA 3VGKA 2G8IA 4NYNA 3FLCO 3H3NO 3K5MA 2OYQA 1DTQA 1EQYA 3RRGA 1DT9A 5EY4A 4JEPA 4H5NA 4WQ4C 4CK2A 1DKGD 3VQPA 1VQ5N 1P8ZA 2GV9A 2NUBA 4X65K 1RDBA 3DLBA 5CY4A 4JKHA 2EWSA 3AAPA 1QVGM 3QNOA 4A61A 4H0YB 2W40A 2E1ZA 2OANA 4CJUA 1ASVA 2BANA 2GWJA 1HLUA 3DLKA 4CESA 2O4GA 3HXMA 2FC0A 4AHSA 3DI6A 1Q86O 1KRPA 3I0RA 4RW6A 3M5RA 1S1VA 3A5NC 3SQ2A 5DK5A 1NJZA 3BEXA 4Z94A 5SWMA 4BRHA 1E3MA 3HYFA 1Z26A 2IVOA 5KPTA 2G8KA 3TTFA 3P83D 3QETA 4E7KA 4ELUA 4BRDA 3GG4A 1JL2A 2I7NA 2NRVA 2ZJQL 1TGOA 3CCQN 4FWOA 1FXXA 3H46O 5IT9O 4CJPA 2NRTA 1HNIA 2DFFA 4M7XA 5EU7A 2EHGA 3CHWA 4N41A 2A42A 3AA2A 2VQEK 4H0XB 1NMDA 4IWVA 3MN6A 1RTDA 4DTRA 1NNEA 3O6WA 3KWIA 1XNQK 1L3TA 2HW3A 3K2PA 4B1XB 4DKWA 2H3GX 3MWPA 4MLHA 4CGDA 4NCAA 1YUWA 1YITN 3NFAA 1NK4A 3K59A 4XH1A 4DUYK 4BR0A 1ZBHA 4NLCA 4C8LA 3QLHA 3O3GA 3NF9A 1NGDA 3NH0A 1K6YA 1ASUA 1JLBA 3IDHA 1BOTO 2D0BA 5EXWA 4DV5K 3AVHA 2HNYA 2OCEA 3SBTA 2Z1JA 1BO5O 1LW0A 3PUFA 1YVNA 3F5TA 5AQIA 5J2PA 1NM1A 1WSIA 3CFOA 2PFUA 2NRWA 4FVUA 4JI5K 4BGBA 4OKEA 1C0UA 1IH7A 1EX4A 5LJVA 4LF4K 1YIJN 4GV6A 5FPEA 4JHDA 1S9EA 4JS5A 1NLVA 5AQZA 3MX2A 3SUPA 1GOAA 2HHTA 3AO4A 1YAGA 3U9ZA 4YNQA 3ATUA 5LL6Z 2QWQA 3OYEA 1RGIA 3QEVA 3MCAB 3D2EA 2HVHA 3FZLA 1J5OA 5F1XA 5A2QO 5M1FA 4BR7A 1U6ZA 4WQ4A 5JVHL 2P9IA 1IKWA 4KBOA 4XH5A 4CBUA 4FK0A 4E3SA 4O0JA 3OVNA 3MEGA 4RW8A 3HI0A 3DOLA 4M3WA 2Q97A 2KHOA 4K8ZA 1GLEG 2HBLA 1YJWN 1W9HA 3ZSVA 1T44A 2E1YA 3LPTA 3CETA 1N33K 3J7AP 5AQJA 2D0PA 3B8AX 4KRFA 2FLOA 4LY7A 2HHSA 2G8UA 2YHXA 3KKRA 2D1KA 4GY2B 2UUBK 4CEEA 1BUPA 1QQNA 1VQ4N 3RMAA 3V9XA 2P9NA 1HMVA 1VSKA 3H1VX 3JS6A 4WF9L 2VWJA 2QWPA 3EYZA 2P9UA 3K58A 3EZWA 5AZJA 1NGHA 1O1WA 4BC4A 4KTWA 4I9LA 2Q2RA 2W6LA 1YVUA 4DQQA 3QDKA 5HRPA 1TUYA 2X74A 4CF9A 3H3OB 3THYB 1BL3A 1XMOK 1HPZA 3ZT4A 2FF6A 5AQUA 5DM6L 3O5BA 4B3MK 3QFPA 3WXLA 3SYZA 1U2VA 4BRIA 3SK3A 1HNXK 1VQMN 3K9KA 5FRNA 1GLBG 4CJTA 3THWB 3ZSOA 1S1UA 3JYTA 4IG3A 2WBNA 1TK0A 1KVCA 1CLQA 3ZSQA 1W97L 3B6PA 5AQMA 1KC8O 4FJKA 5AFUA 3PX4A 1WN7A 1RT6A 5AQHA 1HNVA 4JI3K 3GOIA 2PY5A 3VGMA 3EN9A 4W5TA 3IS9A 5HRRA 4LF9K 4FLVA 4FZYA 4DV0K 1U49A 2D4WA 5AQSA 3GDQA 3K57A 1HKCA 4AHRA 3S3NA 1R59O 1TV6A 2QXFA 3LM9A 2F96A 2E8AA 1LWCA 4G1QA 4AM6A 4CGFA 3PX0A 2AJQA 4DG1A 4JN4A 4DB3A 4CJVA 1IO2A 2IOCA 1OVQA 2I7PA 4J2DA 4Z4HA 5BPNA 5C12A 4AILC 3OYJA 4EFHA 1ASWA 3E66A 4KB1A 1QZ5A 4HCBA 1RBRA 3T7ZA 4BROA 5BREA 3VTIA 3A2FA 2R7YA 4JD2A 3BY5A 3ALYA 5HROA 3OYFA 2HF3A 1VQPN 2A6AA 1RT7A 1BI4A 4JRPA 4OLAA 4LF8K 1EXQA 4RW4A 1NG9A 1RBSA 1NJWA 1VQ8N 2XY5A 3CJ9A 2G8WA 1DTTA 3O4WA 1YXQA 1NU0A 4KI4A 5ELZA 3G4SN 4NXNK 1C1AA 3QICA 3S41A 4F4KA 1S6PA 4CJLA 1C0TA 1FJGK 1C0GA 3DMJA 3RMCA 3KHYA 2CGKA 4C1NI 4BGAA 4DS4A 3SJJA 3VENA 4CFDA 3V6DA 4FM0A 1VHXA 3BF1A 3THVA 2YHYA 1YTUA 4OPHA 3ZETA 4Q5VA 1ATSA 3QB0A 3IAYA 3IFRA 1DLOA 5HRSA 4K43A 4QAGA 4JHDB 5KQ8A 5C10A 3JSMA 3AARA 2O8BB 4OPKA 4DQSA 3ZT0A 4YFUA 3AO2A 4B1ZA 4OVLA 4X66K 1JCGA 3SV3A 4FSVA 2BH1A 3AA5X 4Z4IA 3LAMA 4CZFA 5HP1A 4H5WA 1K9MO 1X1PA 3OA9A 3DRSA 3TAFA 4FWLA 5J1EA 4FLTA 2B4JA 3G10A 1XC3A 3V9WA 4A2AA 4IFEA 4IKFA 2QWLA 3TABA 4CHPA 4IOCL 4H5RA 4B1YB 4W5QA 1U45A 2NNWA 1P90A 3NF7A 2E2QA 3WEEB 3DAWA 4ID1A 3K9JA 2Q0RA 4CD3A 3KJVA 2HOEA 4FJ8A 5SZTA 1NOZA 4HUEA 2YX6A 2FSJA 1RDAA 1IBLK 2ASOA 3QNNA 1VSIA 4JRQA 3RMDA 4K0KK 2HF4A 4KREA 3LPUA 4H5VA 4MDBA 4PKIA 1RTHA 2PZSA 3O1WA 4PUOA 3LP2A 1S1WA 4Y1DA 1JLEA 4BDYA 3FGUA 1S1XA 5AZJB 2HB5A 3L4IA 4LH5A 2WOMA 3RMBA 4CJEA 3LAKA 3KTQA 1QHTA 1VSDA 1SL1A 4JLHA 3FZMA 2BGGA 1MA9B 4FCYA 5E41A 2VGNA 4PHTX 1KAYA 5HLFA 3ISNC 1A5WA 3MDQA 2WTUA 2FSNA 1Q18A 4MFBA 4CJ7A 3LDLA 4FW2A 3AY9A 3Q7CA 1TL3A 4DTMA 5C15A 3PX6A 3EE8A 3G0ZA 4CJFA 1IV0A 4E1NA 5BR8K 4M3YA 3UKUA 3J80O 3OJSA 1HX1A 4JKFA 2ZD1A 1HJRA 3TR8A 1HJOA 1MWKA 4K8XA 3CJAA 5AQPA 3AVMA 1S1TA 1TK8A 1V4SA 4K42A 4FJLA 4BE0A 3CPWM 3TI0A 1S9GA 3QESA 4FJ7A 1T3VA 4ISGA 1RT2A 1Z6RA 3I0SA 3HK2A 1WOQA 1HUXA 3OYDA 2YKMA 1ZBSA 4IXCA 1HQUA 3R9PA 3BZKA 4DTJA 1N36K 3W0LA 5AQYA 2QA4N 3OW2M 1RTJA 2VG7A 3QIPA 3AA3A 4KHYA 4BR5A 1VQLN 2A1RA 3BDPA 5J2QA 4H5TA 5ADXA 3UB5A 3TWHA 4B8AB 4FWMA 4QS8A 1ATNA 2YNHA 1XI1A 1BQNA 2GWKA 4M63C 4DR7K 3TSPA 3VMFB 2ASPA 1QVFM 3HVTA 4CIEA 2YJEA 3DLHA 2VWBA 2O4IA 3VPZA 4I7FA 2YI1A 5BN9A 4HWIA 1RNHA 4DSIA 2ITMA 4QCLA 4BRQA 5HBMA 2ASMA 3OYAA 2KFZA 2HNDA 1N6QA 2FBTA 4O55A 4YDUA 4E19A 4HTLA 4J2BA 4B3OA 1QQOA 3TAPA 1B92A 1ZBUA 1GLCG 1LAWA 2IVNA 3ZSWA 3EKUA 4NCBA 4JKDA 3KLIA 1L3SA 4OKJA 1Q81O 1KLMA 3O80A 1NK6A 3HRGA 1U4BA 4A2BA 5CZ2A 2UUCK 2VG5A 2EX3A 3THYA 5FDLA 4ZHRA 5JLFA 5AQNA 3L4QA 1E4GT 4B1VA 4GV3A 3TAGA 1J54A 1WSJA 3WNGA 1IG9A 4OGCA 3ZETB 3OY9A 3HOSA 4N5SA 3NGZA 3UKRB 3VQ5A 4BRCA 1D5AA 5H1SQ 1VSHA 3OYCA 4FLXA 1BCMA 1Q7YO 2BDPA 3WXIA 4GKJK 1B9DA 3GE1A 4CW7B 4GW6A 3PV8A 1SZ2A 1C1CA 5AQGA 1XQSC 3F2KA 1L3VA 5AQLA 1X9JA 4JKAA 4O8KA 4O44A 2F8TA 4AHVA 4AM7A 5AQWA 3DLLL 1N34K 4DS5A 1C1BA 3PIPL 2QWMA 1S3XA 4YOUA 3OS1A 3DWLA 4E1MA 3MN7A 3CCJN 1BHLA 3M3ZA 1S6QA 1QS4A 4FM1A 2QEXN 1N8RO 4CEZA 3VESA 3WUHA 3RWUA 3H1QA 2ZF5O 4DR3K 3R1XA 1RBUA 4PL7A 4DTNA 4LH4A 4B08A 1VQ7N 1TAUA 4FLYA 1NGGA 2CGLA 2HBMA 3LP3A 4BRNA 4FZZA 1WUAA 4KPYA 4FOIA 3M8RA 4AF1A 2ZM6K 3OYKA 4C23A 3TSQA 2FBXA 1V4TA 3OYMA 4KHUA 3F9MA 3MXJA 3J81O 1KLNA 2Y1IA 2HBJA 1KCFA 3VETA 4PWDA 4FJJA 4WCEL 3K5OA 3O8MA 1SL0A 1VSMA 3HTVA 3V4IA 3ZSYA 1X9SA 4IDKA 4YOVA 5KRTA 1ESVA 1SUQA 3V1QA 1RDDA 3LALA 4BR2A 2IGIA 4RW7A 1X3MA 3E9LA 4OO1J 4JK8A 1SAZA 4M3XA 1X3NA 4JI2K 4A5BA 3UKUB 1NGAA 3KLGA 5FLXO 2Q1NA 3A0IX 2DPNA 1WSEA 3AVBA 4PKHA 3TSUA 4EIAA 1SL2A 1OH6A 3FFIA 2PYLA 5C0YA 4WFBL 2O8BA 2YHWA 4BC2A 1UAXA 4BRGA 3NBPA 4MO5A 3ULDA 2G8FA 4OPAA 4I2QA 3ULEB 3UIQA 3LZIA 4DU3A 4B9NA 3U3GA 2FSKA 1HPMA 1QTMA 3SJHA 2GBZA 3EKSA 4A57A 3M8SA 1G15A 3CC2N 2FF3B 3WXKA 3CCVN 4BACA 4KI6A 3SPZA 2GUPA 2W42A 1TVRA 1B9FA 3A5LC 5D3GA 4AHTA 2KTQA 2P9SB 1FKPA 1TYQA 3VEYA 3O9QA 5I9EB 1BISA 2P1JA 4IZ9A 2UXBK 3WEEA 2VQFK 3GBTA 3PO4A 3RR8A 3WQUA 4RW9A 2W41A 4CJSA 5C2FA 3G25A 4DV2K 1A5XA 2F4VK 4EP4A 3CPEA 4CHOA 2XY8A 2GELA 4CIFA 3E01A 1LOTB 1NOYA 1K73O 2FXUA 4H4MA 4AHCA 3PSIA 4B3RK 3I8DA 5E84A 3VEOA 1NK7A 3OYLA 4BWMA 4CK1A 3ENHA 3CM5A 2ZJPL 3DXKB 2B5JA 4KHWA 3OYBA 3H6EA 2NZTA 4BQLA 1SQKA 5CYMA 3CQ8A 3QEXA 1KD1O 1GLFO 1NMNA 3EO3A 4GMJB 4N56A 1RBVA 4LFAK 2RN2A 3OYNA 4Y1CA 3CCUN 3T3FA 1GOBA 2WUSA 3CJ7A 4KH4A 2PBDA 4LSNA 4FJ9A 3I33A 4WQ5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5MLC Q;  4WFA L;  2OTJ N;  1VQ8 N;  4U67 L;  1KQS M;  4UY8 O;  3G4S N;  1K73 O;  5DM6 L;  5GAG P;  1K8A O;  4WCE L;  2ZJR L;  1VQM N;  2ZJP L;  1Q81 O;  1YHQ N;  3CF5 L;  1YIJ N;  1KD1 O;  1VQ5 N;  1NJI O;  5GAE P;  1QVG M;  1KC8 O;  3CCU N;  5HL7 L;  3CMA N;  3CCM N;  1YJ9 N;  1Q86 O;  4WFN L;  3CXC M;  1M90 O;  1YI2 N;  3CD6 N;  3CCE N;  1S72 N;  5JVG L;  5H1S Q;  1K9M O;  5JVH L;  3CPW M;  3I55 N;  5DM7 L;  1Q7Y O;  4WFB L;  4IO9 L;  2OTL N;  3CME N;  1VQO N;  1ILY A;  3CCL N;  1YJW N;  2ZJQ L;  3CCQ N;  3CCS N;  3DLL L;  3CCR N;  4IOC L;  1VQN N;  1VQ9 N;  1OVY A;  2QA4 N;  3OW2 M;  5GAH P;  3PIP L;  3CC4 N;  1JJ2 M;  1VQL N;  3CC7 N;  3CCJ N;  3I56 N;  3CC2 N;  1VQK N;  3CCV N;  2QEX N;  1N8R O;  3PIO L;  5GAD P;  1QVF M;  1VQ4 N;  4IOA L;  1Q82 O;  1VQ6 N;  1YIT N;  3J7Z O;  3G71 N;  1YJN N;  1M1K O;  1W2B M;  3G6E N;  4WF9 L;  1VQP N;  1VQ7 N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3AVG A;  3ZX0 A;  2AP1 A;  1U2V B;  5GIN A;  5C42 A;  3IG1 A;  2OZS A;  4CBW A;  1TKX A;  1FKO A;  3C95 A;  3O3F A;  2UYT A;  3SAH A;  3VA0 A;  3T19 A;  5FPM A;  3NDK A;  4FJN A;  4YY3 K;  5LJW A;  1BDG A;  3L2R A;  3SAG A;  3ID6 A;  3HL8 A;  4IDH A;  3KLF A;  4KAZ A;  5JMV A;  4OPJ A;  3WNF A;  4QS7 A;  2NRH A;  3PO5 A;  2E4L A;  3EEQ A;  4O0I A;  4B3S K;  3ITH A;  2IS3 A;  4B9U A;  4FK2 A;  3QER A;  1S22 A;  3BGR A;  2Y1J A;  3QIN A;  2HVI A;  1D4X A;  2A3Z A;  2P51 A;  5GAE P;  1LV5 A;  3RSE B;  4Z0U A;  4BDZ A;  2V52 B;  4JK9 A;  1VSF A;  3ZT1 A;  1YJ9 N;  1UA0 A;  2YCH A;  4JK7 A;  3ZT3 A;  2OPS A;  1M90 O;  4NB4 A;  1EWR A;  4CZG A;  1C0M A;  3D0P A;  1KAX A;  5K14 A;  1S72 N;  3PLA A;  1FW6 A;  2VWK A;  1JCF A;  3T1A A;  5J2M A;  3FZK A;  3KD1 E;  4AH9 A;  2B6A A;  3VQE A;  2ETJ A;  4B9Q A;  2A40 A;  1HQE A;  1OKJ A;  2F7T A;  1Q8I A;  1E4F T;  3DJC A;  3KK7 A;  4IJN A;  3FE1 A;  4CEC A;  2XY6 A;  1RT1 A;  5JLH A;  1RDW X;  3LDN A;  4XIU A;  2HHX A;  3A5O C;  2P5O A;  3CYM A;  4E7I A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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