1VQ5N

The structure of the transition state analogue "raa" bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
total genus 47
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vq5N00
3CCVN 1Q81O 2ZJPL 3CC7N 3CCQN 1KC8O 1VQ9N 5DM7L 1YI2N 3CC2N 3G4SN 1VQ4N 3CCJN 1VQ6N 5JVGL 3I55N 1ILYA 2ZJRL 4IOCL 5GAEP 3CMEN 1NJIO 3OW2M 3CCRN 4WFBL 3G6EN 1VQLN 5H1SQ 1W2BM 2OTJN 1JJ2M 1QVGM 1YJWN 3CPWM 2QEXN 3CCMN 3J7ZO 5MLCQ 4WCEL 1VQ7N 1Q82O 3I56N 3CC4N 3DLLL 1M90O 2ZJQL 5DM6L 1VQ8N 1YHQN 1QVFM 5JVHL 1K73O 3G71N 4UY8O 1VQNN 1K9MO 4U67L 1KD1O 3PIPL 4IO9L 3CXCM 1KQSM 3CCSN 1VQKN 1VQMN 4WF9L 3CCLN 5HL7L 1VQ5N 1OVYA 1Q86O 1S72N 3PIOL 3CD6N 1Q7YO 5GAHP 1YJNN 3CF5L 3CCEN 4IOAL 1YJ9N 5GAGP 1VQON 1VQPN 5GADP 1YITN 2OTLN 3CMAN 2QA4N 1YIJN 4WFNL 1K8AO 1M1KO 3CCUN 4WFAL 1N8RO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QMLA 1DTTA 1YTAA 1Q18A 2A41A 3HK2A 1ATNA 3MEGA 3SV3A 3N4PA 4K25A 4BREA 1EWQA 1Y64A 3M1FA 3F9KA 2IIRA 1X9JA 1TAUA 2O8EA 1G99A 2Z1IA 1QQOA 3IG1A 1VSEA 1OKJA 1RDBA 1NJIO 1SQKA 3DXKB 5KI6A 2OPRA 3VN5A 4A2AA 1BIZA 1W2BM 3CQ8A 4RWTA 4M41A 4YOTA 3VQ7A 4J2DA 3HVRA 2ZM6K 4M42A 3O4QA 2XY8A 4F9OA 5LJWA 3S3OA 3O3FA 2A42A 1RDWX 4OVLA 1IBMK 4FJJA 5MLCQ 3JYTA 3FZFA 4RW7A 4DV2K 4JK9A 3H6EA 3ENOA 1GLDG 1RT6A 3L4QA 2QWPA 3LAMA 4GVEA 2JWLA 2IAJA 2YHAA 1UOCA 3SAGA 4IO8A 2NLXA 1NGDA 3RTVA 4XH5A 1LW0A 4JI6K 3G71N 3WNFA 3LALA 2VWBA 1RNHA 3A5MC 5AQOA 1XUPO 5BREA 3D2EB 1ITGA 4E7LA 2VYPA 4KAZA 3K57A 3AVIA 1D9FA 1VQMN 1HRHA 4X64K 4FM2A 3ZT3A 4CJ3A 2QK9A 3THWA 3H08A 3KK1A 4DFKA 1HLUA 1WBBA 1SZ2A 3OYEA 3O9SA 3VQ8A 3MEDA 4BG8A 1VQPN 1L3VA 1BISA 3VQPA 4JK8A 1DGKN 2WC9A 4I7FA 3B8AX 4DSLA 1IH7A 4N41A 3HPHA 4BRQA 4NCAA 3OY9A 3V9ZA 1RTHA 1N8RO 4CJTA 3E9OA 4CERA 1LAVA 4DG1A 1Q81O 3CC7N 4KKOA 1CLQA 4H0VB 3ZSQA 3BEXA 1QQCA 1NK8A 3AO5A 3SCXA 2KQ2A 4DSJA 4CHPA 5CYMA 5C12A 1D8YA 1KLMA 3K9KA 4YOWA 2CH6A 1T3VA 2B5JA 3A0IX 3KLFA 1ILYA 1RBRA 3SV4A 1FW6A 3VPZA 3WUHA 1W7AA 3VQCA 2FBTA 3CHWA 4LH4A 3PX4A 1RT5A 2YHXA 1VSLA 3VEWA 4B1YB 3VESA 5EOYA 4FLZA 4JKCA 4KTQA 3DAWA 3CJ9A 4NCGA 3A5LC 1HKBA 1JCGA 3MK6A 2AA4A 4M3YA 3CERA 3SZ2A 4BQZA 1ATRA 3QFPA 2KLAA 2HHWA 4CJ4A 3OYKA 4CJQA 2IVNA 1WSJA 4BVOA 4M3ZA 4JKGA 4H0PA 1X9WA 4FJIA 3NVKA 2QW9A 3MCAB 4JKBA 1QTMA 5AFUH 3G0ZA 4PL7A 5EXWA 2HVIA 4CJSA 3KK7A 4HHTA 3ZEUB 3NH1A 2P1JA 1A5XA 3M3ZA 4CESA 3PX0A 2XRIA 3PIOL 4FWQA 5GAHP 3Q7CA 4C1NI 1YJNN 3O1BA 4FLWA 4FJMA 1JL2A 2YHWA 2FBXA 3EY1A 3U3GA 5KTQA 3O4WA 3AGRA 3QBXA 5AQXA 3FZKA 4NB4A 4CJLA 1REVA 4KFBA 1M1KO 3UE5A 5KPZA 3EE9A 3QB0A 3KJVA 3F5TA 1RBVA 3LDNA 3T3FA 1BQMA 3AY9A 5ELZA 4DS4A 3QEWA 1SL0A 1HKGA 1XNQK 1R0AA 4XH4A 2E88A 2NZTA 4DU1A 2A1SA 2QTDA 3TTFA 1GLLO 4LD0A 4BC3A 2QWOA 5LMUK 4NYFA 3T69A 4DSEA 5KQ8A 4TSXA 3OVNA 4J2EA 3OYJA 1S1XA 2PAVA 2PZSA 1VQ4N 5AQRA 1YXQA 4CGJA 1N6QA 1VQ6N 4L3QA 1NOZA 4CFCA 1NLVA 4HCCA 3SBGA 3T7ZA 4F2RA 3A8YA 2QXFA 3CCRN 1NGFA 2R7YA 3PUFA 2QWNA 4WFBL 3CJ7A 4E1NA 2P9SA 3LP1A 3TR8A 5KGWA 4AHTA 3HM9A 3O9TA 3AVKA 4H03B 5HOOA 3H45C 1NJYA 4OPKA 2HNDA 1KCFA 5E26A 4N47A 3EL2A 3TU5A 1JLFA 3VOVA 4B9NA 5CYQA 3HP9A 3OYMA 2DFHA 1JLEA 3DOLA 3WQTA 2V7YA 4E89A 4MDAA 3S41A 3IFRA 4H4MA 4LFCK 1E4GT 4E0DA 3DI6A 1VSMA 4CJPA 5AQFA 5AQPA 4K8ZA 2WUSA 4FJGA 2FC0A 1NJXA 5GIOA 4FO0A 1NMNA 4ZHRA 3CCSN 5IT9O 1RT3A 2KFZA 4MLHA 2Q36A 3AVFA 3UIQA 4AM7A 2W42A 3VERA 3J8AA 3VENA 4LFBK 3TSQA 2D0AA 3V4IA 4GNIA 3LM9A 5A2QO 4FZZA 3MDQA 4ILHA 1NOYA 2E4LA 3SAHA 1NK4A 2PY5A 3O1WA 4B1XB 2FBYA 2BTFA 4C23A 1YTUA 4JI8K 3AA2A 4CJRA 1J6ZA 4H5NA 4KB0A 3V9UA 3PV8A 2FF3B 3C6AA 5M1QA 4YDUC 2VCPA 4NLCA 4I2QA 2P9KA 5FRMA 2DFFA 4J2BA 5J2QA 3VQBA 5DM7L 4X66K 1RILA 3AVLA 4CF9A 3MWTA 2Y1JA 5J1EA 3CC2N 3OYBA 4FYDA 3VEVA 4C8NA 3AA3A 1N5YA 5AZIA 4OGEA 4LC9B 2NUBA 3IS9A 4W5OA 4BR0A 2D1KA 1S1VA 1BDGA 3R1XA 3P31A 3VF2A 4AILC 4JD2B 5AFUA 3U6FA 2RKIA 2HBMA 1YUWA 3FZLA 3O9UA 2OTJN 1JLGA 5JMVA 4FCYA 2VG5A 4B3TK 4WYBA 2WFBA 3J7ZO 4KRFA 2ZE2A 3SUPA 3U9ZA 3SJJA 1E3MA 1N33K 3DLLL 3ULEA 3RR8A 1U2VA 2D5RA 3EE8A 3GL1A 1BIUA 4JLHA 1TL1A 5C10A 1TK8A 3ZSOA 4X62K 1OH6A 3KKSA 4FLXA 1BI4A 3CXCM 4DTNA 1BA1A 4Y1CA 4K42A 3RSEA 4DTPA 4F4KA 2RPIA 4CZLA 2NNWA 2DY4A 3ID8A 1W97L 4O44A 3U8XA 2P9PB 3DLBA 1DLOA 1HNWK 3PSFA 4DB3A 1VQ5N 3K2PA 3CQYA 3THVA 2UUCK 2UUBK 4AM6A 4EHTA 2IDOA 1YITN 4DTOA 4NXMK 3AVBA 5J2NA 2XHBA 4WFNL 4Q0BA 4R5PA 1VRTA 1V4TA 4AHVA 4N76A 4DUZK 3K0SA 2RF2A 3H46O 4JAXA 4MFBA 3DJCA 4LF8K 3FZHA 4JRQA 1L5UA 3PX6A 3LDLA 4JS5A 3KLEA 3CCVN 4LF6K 4BRIA 4ZTFA 3SUQA 4BRGA 4WE1A 3ZYYX 1BU6O 4JKGB 2KZZA 4ELTA 4LH5A 2PBDA 4JEPA 1I39A 4KHYA 2CH5A 3LWMA 1MU2A 4FJ7A 2ZQBA 4KPYA 1DKGD 2HBLA 3L8BA 4RG8A 5BRDA 1HMVA 5AQJA 4IFEA 3WXKA 1CXQA 4DV4K 1YJWN 5HRRA 3BF3A 1WN7A 5BN8A 1U45A 4DTUA 3PO4A 4OJRA 4WCEL 3EKSA 2JLEA 4XH1A 3J7YP 4DSFA 2YX6A 1NK9A 2E2QA 4CJWA 1WNSA 1TAQA 4CEAA 2D0OA 3AGKA 4WQ4A 3CM6A 3ZT4A 3SNNA 4XEIA 4OLBA 4DFJA 4DR5K 1J54A 3EZ5A 4FJXA 3KZBA 1HJOA 1G15A 1QE1A 4CIGA 2O8BA 3C6UA 5M1NA 5I3UA 5KQDA 4KTWA 1LWCA 4AHSA 2OANA 3UKUA 3OS0A 3L2WA 4QOZB 2J4RA 3I33A 1SL2A 1GLAG 3NF6A 3VGKA 3OYHA 3TAQA 3QIOA 4AQYK 5CZ2A 3FLCO 3MX5A 3U3YA 3K5NA 3RRGA 2GWJA 5GADP 2P9SB 3D0PA 5C2FA 3ZSXA 4NO7A 1YIJN 5B8HA 3IKMA 5EU7A 1K8AO 2WOMA 3VQDA 1D5AA 2UUAK 1HX1A 2V51B 3FE1A 3ALYA 4BE1A 3MXMA 3DLKA 1BOTO 3O8MA 2I5JA 4FL9A 2XY6A 2HVHA 1NG9A 1U6ZA 1WAJA 4GVMA 1YVUA 5AQTA 1OH8A 3HPGA 4FLTA 4FJLA 1VHXA 4J8FA 4GKKK 5CHIA 2X6SA 4FK4A 2P5GA 1JXEA 4CF0A 1J5EK 2G8WA 3M8PA 3TPQA 3K59A 4KV8A 5JVGL 3ATUA 4PKIA 3VQQA 4GV3A 4BRMA 4M63C 4G9ZA 3LPTA 4LY7A 5C0YA 3K5MA 3DRPA 2OYQA 2VGMA 3CI5A 4K41A 1Q9YA 3KK3A 3C95A 1S1WA 1T7PA 1KXPA 4FLYA 2PYJA 2X6NA 1XNRK 3NF9A 4B8CA 3UKRA 3CG7A 2GUIA 2YV0X 4OPJA 1Q8IA 4DTMA 3SK3A 5KGXA 1OVQA 3HOSA 3V9SA 4H5VA 1QVFM 1VSDA 3FGUA 3OYCA 4B3MK 3LDSA 1IKYA 3PO5A 4FPAA 4BQLA 3C0BA 3H1QA 4CZFA 5HRNA 4FJ5A 3V81A 1YAGA 3CIPA 1YF5L 4NXNK 5AQYA 5C24A 4H4OA 4DV3K 1KVAA 4WF9L 2HNZA 1WSIA 1IKVA 2DFEA 1TUUA 3G10A 5AZIB 5AQGA 3PLAA 1Q7YO 4DMNA 4BR2A 3WXIA 3CCEN 2AJQA 3ENBA 1XI1A 1VSKA 4DQRA 1OH7A 3I8BA 3P4IA 2QWMA 3IRXA 4CIEA 3NGIA 3NH2A 2ASOA 3KHYA 4HUFA 3H1VX 3AAQA 3NH0A 1S3XA 1BCOA 2IVOA 4OLAA 4PY5A 2O8FA 2RE2A 3SAFA 4B9VA 2FSJA 4M3RA 3D7EO 5LY3A 4IKFA 4FWMA 1U2VB 3S3MA 4AF1A 1T6CA 4CJVA 2P9NA 4HVJA 4OO1J 1NGCA 1QS4A 3L3UA 4QAGA 3CETA 3OYDA 5F1XA 4FK0A 3CJ1A 1WLJA 4DQQA 4O4GA 4CK2A 2BUPA 2RHKA 4FJNA 1Z25A 3CFPA 4BWMA 2Z1JA 1C0TA 4E7JA 1U4BA 4PKHA 1T03A 4FPBA 1A5WA 1JCFA 3PY8A 3LAKA 1KFSA 2FSNA 4N56A 4Z0UA 4FOEA 2P9UA 3O3HA 3L2QA 3THXB 4YOXA 1X9SA 1RGIA 3HJFA 2DTUA 2YNIA 4CEFA 5KPTA 1EETA 4G1QA 4MO5A 4JV5K 2O4IA 3DRSA 4IXCA 4CJUA 1TK0A 4KH6A 3ATVA 1TK5A 3MN7A 5ADXH 3QICA 3S3NA 5FPDA 4CGFA 2E20A 2P9IB 3SQ0A 1ATSA 3LP0A 1NMDA 2BGGA 4YOUA 3C7NB 1S72N 1E4FT 3CD6N 4CJ5A 3J81O 3KTQA 2ITGA 1WAFA 3ASMA 4CK3A 4OKKA 4JNEA 5AQUA 4B9UA 1XHXA 1ZYQA 4B9LA 1MWMA 5DMRA 3DMJA 1HPMA 3CPEA 4DV1K 4FWSA 4K0KK 3CJAA 4LF4K 4IJNA 4H0XB 4KO0A 2YI1A 3LZIA 3QESA 1C1AA 4PL8A 3G25A 4BE2A 2ITMA 2G8UA 2IS3A 4BWJA 4DTXA 4QCLA 4E1JA 2I7PA 4PKGA 1TYQB 4BRLA 4W5TA 1C0MA 3E1YA 5M1OA 1K8KB 2OZMA 3NMUA 2O8CA 4JKEA 2O8BB 2A40A 3I0RA 1VK0A 3QO9A 2QKBA 4FWOA 3R3LA 3L2RA 3IMXA 3UKUB 1FKOA 1RTJA 3OW2M 1KLNA 1P90A 5KRSA 4CEDA 4EZ9A 4HUGA 1RCHA 4DV0K 2O8DB 4EIAA 5EY4A 3L4IA 4FZYA 4GV9A 4Z4CA 2QEXN 1N32K 2EWSA 3AVMA 3EZWA 4RW6A 3QEIA 2OPPA 4DLEA 1NM1A 4A5AA 4DV7K 4DQSA 2E1ZA 4MLEA 1C1BA 4BG9A 1BWFO 3GBTA 3ZT0A 3IUCA 1LWFA 4FWLA 5CR4A 4BRAA 3PSIA 2EHGA 2P9LA 1ZBHA 1NKEA 3MXJA 1RDAA 3PIPL 3BZCA 3OYIA 5C42A 3EEQA 3QEPA 2IGIA 4BC4A 4JHDA 5BRFA 4DV5K 3MMVA 2G8FA 1UWBA 3J80O 3TAFA 3SI6A 1HR0K 4KTZA 4KHPK 3DXMA 2F9TA 4CCHA 2WONA 3NFAA 1HJRA 1XC3A 3AAPA 3RMCA 3K5OA 4M45A 4C1NK 4KB1A 2A1RA 2D0PA 3KKRA 1N36K 1S22A 4JI2K 1WSFA 3DLRA 1LWEA 1NGEA 1YVNA 3VEXA 1TKXA 3BZKA 4LFAK 3UKRB 3KVGA 5E84A 1SL1A 4B9SA 2O8EB 3AO1A 1IG9A 5AZJA 5EX5A 3VGLA 3OYAA 3DYAA 1C0GA 2HF3A 1U47A 3VTIA 5FDLA 3MAQA 2HHQA 1CZAN 1SUQA 4FLUA 4DTRA 4B1WB 2E6LA 4JI7K 3G4SN 3HXMA 3SQ1A 3MN6A 4BC2A 4E7KA 4KBOA 3TARA 4O0IA 2VG7A 3V1OA 3HYFA 1WSHA 1L3TA 3O4NA 5I9EB 4BVPA 2OZSA 2KZMA 2QI2A 3GG4A 3QLHA 4FWRA 1ZBLA 4FZXC 4B3OA 4B08A 1IKXA 3SYZA 1BO5O 4X65K 4I6MA 1WSEA 3DOKA 4PQUA 4BROA 4DR7K 1DEJA 4A59A 2KKZA 3O3GA 5BPLA 1UA1A 1LV5A 3V9XA 1JLCA 3DXKA 3ZSYA 3LP3A 3CJCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3QML A;  1DTT A;  1YTA A;  1Q18 A;  2A41 A;  3HK2 A;  1ATN A;  3MEG A;  3SV3 A;  3N4P A;  4K25 A;  4BRE A;  1EWQ A;  1Y64 A;  3M1F A;  3F9K A;  2IIR A;  1X9J A;  1TAU A;  2O8E A;  1G99 A;  2Z1I A;  1QQO A;  3IG1 A;  1VSE A;  1OKJ A;  1RDB A;  1NJI O;  1SQK A;  3DXK B;  5KI6 A;  2OPR A;  3VN5 A;  4A2A A;  1BIZ A;  1W2B M;  3CQ8 A;  4RWT A;  4M41 A;  4YOT A;  3VQ7 A;  4J2D A;  3HVR A;  2ZM6 K;  4M42 A;  3O4Q A;  2XY8 A;  4F9O A;  5LJW A;  3S3O A;  3O3F A;  2A42 A;  1RDW X;  4OVL A;  1IBM K;  4FJJ A;  5MLC Q;  3JYT A;  3FZF A;  4RW7 A;  4DV2 K;  4JK9 A;  3H6E A;  3ENO A;  1GLD G;  1RT6 A;  3L4Q A;  2QWP A;  3LAM A;  4GVE A;  2JWL A;  2IAJ A;  2YHA A;  1UOC A;  3SAG A;  4IO8 A;  2NLX A;  1NGD A;  3RTV A;  4XH5 A;  1LW0 A;  4JI6 K;  3G71 N;  3WNF A;  3LAL A;  2VWB A;  1RNH A;  3A5M C;  5AQO A;  1XUP O;  5BRE A;  3D2E B;  1ITG A;  4E7L A;  2VYP A;  4KAZ A;  3K57 A;  3AVI A;  1D9F A;  1VQM N;  1HRH A;  4X64 K;  4FM2 A;  3ZT3 A;  4CJ3 A;  2QK9 A;  3THW A;  3H08 A;  3KK1 A;  4DFK A;  1HLU A;  1WBB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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