1VQ6N

The structure of c-hpmn and cca-phe-cap-bio bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
publication title An induced-fit mechanism to promote peptide bond formation and exclude hydrolysis of peptidyl-tRNA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal rna
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vq6N00
1YI2N 1VQLN 5DM6L 5HL7L 5H1SQ 3G71N 4IOCL 3CCEN 3G6EN 4WF9L 1VQPN 1VQNN 5JVGL 3CD6N 3CMAN 1Q86O 1QVGM 1KQSM 2OTJN 3CCMN 1VQ4N 3CMEN 4WFBL 3PIPL 3J7ZO 1YHQN 3CCUN 5JVHL 3I55N 2ZJQL 5GAEP 1VQ9N 1YJ9N 3CCQN 1VQKN 3CF5L 1YIJN 3CPWM 5MLCQ 3CCLN 1NJIO 2ZJPL 3CCSN 1YJWN 3PIOL 2ZJRL 1JJ2M 4UY8O 1VQON 3CXCM 5GAHP 1ILYA 1K9MO 3DLLL 1M1KO 1Q7YO 4WFAL 1KD1O 3CCRN 4IO9L 1YITN 4WFNL 3G4SN 3I56N 3CCJN 1M90O 1VQ5N 2OTLN 5GAGP 1YJNN 1W2BM 4IOAL 1VQMN 5DM7L 2QA4N 3CC7N 1VQ8N 3CC4N 1K8AO 1OVYA 1K73O 1S72N 2QEXN 1Q82O 1VQ6N 3OW2M 5GADP 3CC2N 1QVFM 1N8RO 1Q81O 4U67L 4WCEL 1VQ7N 3CCVN 1KC8O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KPYA 3ZSWA 3ID6A 3VPZA 1YTUA 4DF8A 3SQ4A 1IKWA 4MLEA 5KPRA 1EX4A 2YJEA 2P5GA 4LH4A 3SUOA 1B92A 3MN5A 2OZSA 2IVPA 4A57A 3BGRA 4WE1A 3FZLA 2QKBA 2ZQBA 3O9QA 3KLHA 1S9GA 3UE5A 5FLXO 1GLBG 3VETA 4Z0UA 2A41A 4E1NA 4BC5A 4IEIA 2RHKA 3LPUA 4GW6A 4FWMA 1NGDA 4BR4A 2ASOA 2O8DB 2QWLA 3OS2A 3SV3A 1MA9B 4LSLA 2P9LA 1QZ6A 5EU7A 3IKMA 3RMDA 1VSEA 5J2NA 3CCLN 3AY9A 1ESVA 2F9TA 4WYBA 3C6HA 3QO9A 1HLUA 2ZGYA 2AP1A 3VA3A 4CK1A 1VQON 4AHUA 1JLGA 5JS2A 2HBJA 3TWHA 2LSNA 2E8AA 3EKSA 4BRIA 4JI2K 3MX2A 4CJ5A 5AQTA 4FOEA 2VQEK 4I2QA 5HBMA 1GOAA 5BRHA 3RSEA 3WQTA 3T7ZA 1W7AA 2E2NA 4IO8A 3ZLJA 4N47A 4B1YB 4OPKA 2XRIA 4Y0WA 1XI1A 5CZ1A 2HBKA 1Q18A 1RDBA 3EE9A 4IOAL 3T1YK 1HPMA 3OYJA 1XMQK 3EL2A 4LFCK 3CJ7A 2HHHK 3KWGA 3VENA 5KI6A 4RTFD 4CGHA 3SQ0A 2D0AA 2YI1A 1Q82O 3ASMA 3S3MA 4C1NK 1BWFO 1C6VA 1KXPA 2NZTA 3OYCA 1L3UA 3TI0A 4FWLA 2HHVA 3AO2A 4CJPA 3NVKA 4JKCA 4KTWA 4AM6A 4B3OA 1JCGA 3FE1A 4MLHA 3SJHA 4DCHA 3FR0A 4H4OA 4ILGB 3I8BA 5BR9A 5F1XA 4FJ5A 3ZETA 3QLHA 2OCEA 4MDBA 3LDSA 1SQKA 2KHOA 3K5MA 4KHYA 3KWIA 4E19A 2Z1HA 4QOZB 5GINA 1ITGA 3HPOA 3QIOA 2XHBA 1SKWA 4B9LA 1QVGM 2GWJA 3NGZA 1Z05A 4OO1J 3KK3A 4C8NA 2Q2RA 3AVAA 3L3VA 1RT6A 3HBTA 3HXMA 1NGIA 2Q0RA 5KQ8A 4E7IA 5JVHL 3I55N 1JCFA 4FJ8A 5CE3A 2ZF5O 4DQSA 1VQKN 5C42A 3VA0A 4F3OA 3MN6A 4B8AB 2YCHA 2HOEA 4YOWA 4JRQA 2IAJA 3THXB 4YOVA 1NGAA 4EIAA 3QB0A 4IKFA 4JI8K 4JK9A 1N32K 2HMPA 3SQ1A 3RRHA 4ILJA 4EP5A 3JSMA 3H3OB 3M8PA 1RDUA 1MDUB 1TV6A 4JN4A 4F9OA 4BE1A 3MXIA 1DKGD 4DU1A 1N5YA 4LH5A 3NH0A 3OS0A 2VQFK 1ZBUA 3SUPA 3ITHA 3O1BA 3M6GA 3ZT0A 4IJAA 4CHOA 4K8XA 1I3AA 3M3ZA 3FFKB 4CESA 3K5OA 5AQMA 1IV0A 2A42A 1DT9A 1WSIA 4CF0A 1F21A 1HRHA 4GV3A 4FVUA 3B6PA 3A5NC 4M42A 4CBXA 5C12A 1EWRA 1SL1A 3CFRA 1X9MA 5CY4A 4CZJA 5BPNA 3WXIA 3J7AP 1GLLO 2ASMA 4IG0A 1EXQA 1LWEA 1VQ6N 4FJ7A 3K2PA 5BREA 3EN9A 5GADP 1SV5A 4FLTA 1E4FT 3A5OC 4E1JA 4E7KA 1Q81O 3HL8A 3NF7A 4DFMA 4FWKA 4I9QA 1S9EA 5LMUK 4CJ3A 3ZEUB 2ATQA 2RKIA 1SL2A 1IBMK 3IRXA 5EOYA 3G71N 1XWLA 2BUPA 5F2RA 4FJMA 4OGCA 3OBYA 1R59O 3DYAA 1JLAA 3H3NO 1NJXA 2UU9K 3QDKA 3AA3A 2VG5A 1GLAG 5KRTA 4Z4EA 3MK6A 4FW2A 5E41A 4LF6K 3MWPA 3O5BA 1RDAA 4FJIA 2FBTA 5FROA 4KI4A 3TAPA 4W5TA 2ZM6K 4IFEA 3MECA 1IKVA 3KK2A 3HPGA 4O8UA 4DB3A 4PA1A 4HCCA 4DQIA 1RTHA 1EKEA 4KH4A 1QZ5A 4B9TA 4KI6A 3KD1E 1NK4A 4LF8K 1LOTB 2YHYA 2UXCK 4GY2B 1U2VB 3NF9A 4ELVA 3H45C 4N56A 5ELZA 2HSTA 3HO1A 2XY5A 4CJSA 3QINA 5CZ2A 3FGUA 4JAXA 1MWKA 4F3TA 2Q1NA 1REVA 1A5XA 3M5RA 1KSPA 4O8KA 3TPQA 3LDOA 4OPJA 5CR4A 3SUNA 2QM1A 2X6SA 5BR8K 1LV5A 5AZIA 3HTVA 2VYPA 5AQOA 4LC9B 4NLBA 3RTVA 5ADXH 4CJVA 1SL0A 4AILC 2FC0A 1OH7A 4J2DA 3AO5A 4BR2A 4CBUA 3RWUA 4B1ZA 4JD2B 4JI6K 3TU5A 5FPNA 4DTUA 2Y1IA 5AQPA 2XO7A 2P9IA 2Q97A 1NGHA 4NYFA 4CZHA 3GDQA 1QHTA 4IWVA 3I0SA 4DMNA 4J8FA 3ZX2A 1VK0A 1VSMA 3T1HK 2UXDK 3KK1A 2AJQA 1RBUA 4BRHA 2E4LA 3CFOA 1C1CA 4K0KK 3EZ5A 4BQLA 4BGBA 4Q5VA 3SAFA 3CJBA 4FSVA 1XC9A 1A5VA 3DOLA 3HOTA 2CH6A 4J2BA 5IT9O 3BUZB 4FLZA 1LW2A 3QFUA 2GV9A 4JKBA 4PL7A 4DQQA 1KFDA 1KAYA 4FXDA 4IXCA 1YXQA 3TTDA 4A5BA 4DLGA 2HBLA 2YJFA 5GAHP 3MEDA 1RTJA 3VGMA 3AGKA 4DSJA 3DXKA 4EHTA 4M3TA 2PY5A 3C7NB 3OTOK 1EQYA 2E20A 5DMRA 4RW7A 5GAGP 2E2OA 4N76A 2GUIA 4FWPA 3W0LA 4HTLA 2VG7A 3HP9A 4OLAA 5DM7L 1RT1A 2VWJA 3KLFA 4B1WB 4E7JA 3QBWA 3SAGA 4FCYA 5ADXA 4KREA 1BOTO 4KKOA 1GOCA 4BACA 3LAMA 4FZYA 3EKUA 1BGXT 1WUAA 4BRCA 1XNRK 2W6KA 3CCVN 4CFCA 3VQBA 3KLIA 2VCPA 4LFAK 1TYQB 1NU0A 3THWB 4KFBA 3OS1A 5LY3A 3U6FA 1X3MA 4B3TK 5K14A 4JRPA 3AO4A 4FLWA 4B3MK 3M8SA 1VQPN 1V4SA 3UB5A 5DK5A 5CHIA 3EZWA 3NGIA 5AQIA 1NK7A 1EETA 3LWMA 2BH1A 1HNZK 1U6ZA 2ZD1A 3L4IA 4FJXA 2D0OA 4L8RB 4KH5A 5T7BA 5HROA 1BI4B 2HVHA 3RRGA 2V7ZA 3O1WA 1QS4A 2EHGA 1KRPA 3CCQN 2JLEA 4JI7K 2G8IA 4CIFA 2NRZA 3CPWM 1RBRA 2E6LA 3SBGA 2P9UA 1YJWN 4BWMA 1BISA 4YOXA 4OPHA 2O8BB 1Q9XA 3MN9A 2CGJA 3L2RA 3W3DA 1NJWA 3CFPA 1RT2A 4QS8A 2DY4A 3AVCA 3C6TA 1X1PA 1T8EA 1BCMA 3THYA 5AQJA 2NRXA 1TKTA 4BVOA 3LPTA 3O4QA 4WFAL 3V9UA 2O8EA 4CEAA 4XIUA 3D45A 3OYNA 3SZ2A 3CIPA 3I56N 4F2RA 4E7HA 2GBZA 3O3HA 3VQEA 3QBXA 2F8SA 4JI3K 1HUXA 4CJ4A 1HNWK 3AVFA 2HHXA 4DS5A 4PHTX 3WEEA 4DV3K 4BE0A 3LALA 1C0MA 4H4MA 3C6UA 4AH9A 4DQ8A 1MU2A 2KQ2A 3HVTA 1YTAA 2RPIA 4DR4K 3L2VA 1NKCA 3OYIA 4DR6K 3F2KA 4HUGA 1NKBA 4JYAK 3M1FA 3CJAA 5AJ3K 1QSYA 3D2FB 4CFDA 4FM0A 3HJFA 3SI6A 1C1AA 1JLEA 3VQ6A 5FDLA 1J5OA 4CJEA 3SYZA 2HB5A 4L3QA 3CCEN 3P1GA 4B8CA 4M3WA 4XH5A 3ZX3A 4DU3A 3VQ9A 2HVIA 4BR5A 4BRLA 4KHUA 1KQSM 4ELUA 4V19S 1RT5A 1LWFA 3LDPA 2QWOA 1KVBA 1WSFA 5EX5A 3ATUA 5I3UA 4CHNA 2AA4A 3F5TA 3NF8A 3VQ4A 1VQ9N 4GKJK 1FW6A 2DTUA 4ZTJA 4CEFA 2O8CB 4OKEA 3UKUA 3LM9A 5SZTA 4PKHA 4IBNA 1D4XA 1TL3A 4KHPK 2CGKA 3O8MA 1NGBA 4YFUA 1SAZA 3FFIA 3VQDA 4NLCA 3D0PA 4CZGA 4LY7A 5EY4A 2GEMA 5F0XA 2QTDA 4X62K 1TKXA 3KLEA 3CCJN 1TL1A 4DV6K 3SLCA 5AZJB 5KRSA 4FJHA 3DLHA 5HRNA 2O4GA 5LJVA 4CERA 4HCBA 2HHTA 4FLUA 4CBWA 1VQ8N 1T3VA 1TK5A 3J81O 3HOSA 4LF7K 5M1KA 1RDDA 1LWCA 1D5AA 3SAHA 2OZMA 5C2FA 5CYQA 1L3VA 4FZZA 4B9SA 1RILA 2GTDA 1RT4A 1B9FA 4JNEA 3K9KA 2I5JA 4H5WA 1BA1A 3WNGA 5CYMA 5J2QA 2JWKA 4DTMA 3EO3A 4DTOA 1FKPA 1GLDG 3I8DA 4BR7A 4DTJA 4BWJA 3L2WA 4KH6A 3HPHA 4DR1K 3AVLA 2HNYA 1NBWA 1C0GA 4CVNE 4FLXA 1OVQA 5BPMA 3CMAN 2W40A 2PYLA 4DFKA 3MDQA 1IO2A 3NGYA 2BGGA 3THXA 2KTQA 2VWKA 3AAQA 4JK7A 3FLCO 4Y1CA 3MXMA 3L8BA 3GBTA 4BRKA 2ZJQL 4IFYA 1VSHA 5GAEP 5AQGA 2Q31A 4YHHK 1WOQA 3CF5L 4B1UB 4I6MA 3JXUA 5BN8A 3VTHA 2FF6A 3C6AA 4JV5K 2B5JA 2YNIA 4KTZA 3V1QA 3CXCM 1TGOA 2DFFA 1K9MO 3T19A 4EAHD 4CK3A 2P9PA 4ZTFA 4H0YB 3PLAA 3IG1A 3SPZA 5M1NA 2A40A 4J2EA 5KGXA 1ZBFA 1U4BA 4ICLA 2E5LK 1NJZA 5M1FA 3DRSA 4DR5K 3IUCA 5AQLA 3VQ8A 1OVYA 3HM8A 3TAQA 5HRRA 1S72N 1UOCA 3LP2A 1O1WA 2WONA 3HT3A 4C8LA 5KTQA 4JKDA 3OW2M 4KV8A 2I7PA 2D1KA 3CETA 1X9JA 4JI1K 4JS5A 1VQ7N 1ZC6A 4CJFA 4CZMA 1IKYA 4Z4IA 1KAXA 4HTUA 5DM6L 5C0YA 3V81A 3TANA 3BZCA 1N34K 4E89A 4WQ5C 3VEZA 2O8FB 4WQ5A 1DTQA 2KW4A 4IEEA 2E6MA 4BRNA 1QQOA 3G6EN 1JLCA 1NGCA 1HMVA 4CF8A 2HNZA 4BG8A 4IFVA 5AFUA 1HPZA 3MEEA 3TSQA 5M1PA 1TAUA 4IJNA 4KAZA 3ID8A 4KHQA 4DHYA 5FRMA 2D4WA 4CEZA 3H1VX 4JKGB 2GWKA 2QXFA 1U2VA 3G0ZA 3SNNA 5IWAK 1R0AA 3LDLA 2ITGA 3ENBA 3CCUN 3MN7A 1NMDA 1YIJN 4CF2A 3ULDA 3KD5E 2KKZA 3CCSN 2HHSA 3QIPA 4JEPA 4Z4GA 3M8QA 2HMIA 5BPLA 4DTXA 5B8HA 1JLBA 4OPAA 2UUAK 4FK4A 3HYFA 2YNHA 1WBDA 4KHNA 3LP0A 5D3GA 1WAJA 1IBLK 4O0IA 4WQ4C 5HOOA 1HQEA 4HUFA 4QS7A 1M1KO 4ID5A 4FPBA 3TARA 3U9DA 2Z1GA 1QQNA 1T44A 3KK7A 4DTRA 5C2DA 5KQDA 4KRFA 4ISFA 1WNSA 4EHUA 4H5TA 5I42A 1QSSA 4J2AA 1VSFA 3VF4A 1QQMA 4RG8A 4RCHA 1SZ2A 3WXLA 3SPYA 1SUQA 3VEXA 4DSIA 1G99A 3LDNA 5TKYA 3NDKA 3VERA 5C25A 4B08A 2QEXN 4BRDA 2WTUA 4FJ9A 1S6PA 4Z4CA 5I9EB 2FXUA 3PSIA 3CI5A 4CD1A 4DUZK 4FK0A 1N8RO 3KVGA 4YOUA 3VQAA 1ASUA 3EEQA 1Q9YA 2QWMA 4H0VB 4AHCA 3J80O 3P38A 3V6DA 2ZWHA 5E26A 1IH7A 3ZT4A 3OYKA 3IAYA 3N4QA 4CHZA 3ZSQA 2ZE2A 1L5UA 1JLFA 3T69A 4FZXC 3VN5A 4YOTA 4FO0A 5C10A 1HNVA 5JVGL 3LM2A 5KGWA 3CD6N 4YORA 3D6RA 1VQ4N 1HQUA 2P5OA 2P51A 5C24A 4B1VA 3IFRA 4GV9A 1IKXA 4M3RA 3J7YP 3VQ5A 4BC4A 3GL1A 2ETJA 1WB9A 3NBPA 3NAEA 2P9KA 1Z6RA 4DSKA 3NF6A 3K9JA 4U7BA 2G8WA 3GOIA 4CJLA 1T03A 4DV7K 2HHUA 1NOZA 2W41A 3C7NA 3DOKA 2CGLA 2IS3A 3MEGA 2YHXA 4BRGA 1ATRA 2ZJRL 3VOVA 1BHLA 4PKGA 1IBKK 2NLXA 4JHDB 3SCXA 3RMCA 4AHRA 1ZBSA 3ZSOA 2UUCK 3E66A 2Z1IA 2GELA 3TSUA 1VAZA 3HI0A 1O13A 3WNEA 4LF5K 2UYTA 4K8ZA 4LD0A 5AZIB 1CZBA 1N6QA 4FWSA 1HNXK 4NCGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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