1VQ7N

The structure of the transition state analogue "dca" bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title An induced-fit mechanism to promote peptide bond formation and exclude hydrolysis of peptidyl-tRNA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal rna
molecule tags Ribosome
total genus 46
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vq7N00
3CCEN 1S72N 3CMAN 3CPWM 1M90O 1JJ2M 3G6EN 1QVFM 4WCEL 1QVGM 1VQPN 4IOCL 1K8AO 5GAGP 2OTLN 4UY8O 3DLLL 1VQLN 3CMEN 2QEXN 2ZJRL 4IOAL 4WF9L 3G71N 1YIJN 1YJNN 1YJWN 3I55N 1KC8O 5H1SQ 5HL7L 3I56N 3CCRN 3CCJN 4IO9L 4WFAL 3CC7N 5DM6L 5DM7L 2ZJQL 3CF5L 3J7ZO 5GAEP 1Q81O 1VQ4N 3CCUN 3OW2M 1Q86O 1KD1O 1NJIO 1VQMN 1YHQN 1VQON 1Q7YO 3CD6N 3CCVN 1VQ6N 3CC4N 1N8RO 3PIPL 1K73O 1KQSM 3CCQN 1VQNN 1M1KO 4WFNL 5JVHL 5GAHP 2QA4N 5GADP 1K9MO 2ZJPL 3CC2N 3CXCM 5MLCQ 3CCLN 3PIOL 1VQ9N 1VQ8N 1OVYA 4WFBL 3CCSN 2OTJN 3CCMN 1ILYA 1VQ7N 4U67L 1YITN 5JVGL 1VQ5N 1YJ9N 1VQKN 1Q82O 3G4SN 1YI2N 1W2BM
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4IDKA 3VEVA 4FLWA 1U04A 1E3MA 1A5WA 5LMUK 3G6EN 1S1XA 2VWKA 1VQPN 3KVGA 3WXJA 2QWOA 2IVPA 2FF3B 3VQ7A 4GVMA 3OYFA 2XY5A 1X3NA 3V1QA 4CGDA 2F8TA 3RMBA 5HP1A 2HHHK 4FJJA 2ASMA 4BDPA 3BUZB 1VSMA 1RTIA 2OPSA 4BRDA 3ZSWA 2OYQA 4CJFA 3E9LA 3H46O 3KLGA 4W5RA 2CH6A 3I56N 4NB4A 2QTDA 1E4FT 3NH0A 3WXLA 3VGLA 3PSIA 4GKJK 3THYB 3I0RA 4JAXA 2A40A 4M3TA 4B8CA 4FW1A 3QIOA 3TAGA 3N4PA 4CZIA 2HOEA 4M45A 4J2AA 3U9DA 4ICLA 3O3FA 3BDPA 4OGEA 1LV5A 1JCGA 2QK9A 4E7IA 1S1WA 2J4RA 3CERA 1NOZA 1ZBIA 1KLNA 4HTUA 4LC9B 4CJRA 1FK9A 1LCUA 1BA0A 4KO0A 2HNZA 3CCQN 3J7AP 4CJTA 1VQNN 4FL9A 3RMCA 1WN7A 3SV4A 3PUFA 1D4XA 3K5OA 1JLFA 2E2OA 1HNWK 3GL1A 1WUAA 1HNIA 4DB3A 1BL3A 3HL8A 4FWSA 4H5VA 2R7YA 4FWRA 5BPMA 1QTMA 3AVNA 3BF1A 3PIOL 4FK4A 2X78A 2X74A 4EAHD 1GLDG 1UA0A 1SKSA 4CD3A 4JKAA 1FKOA 3EEQA 1L3SA 5AZIA 1NK5A 3B6OA 2OCEA 4O5BA 5M1FA 3QMLA 3DOLA 1YITN 1ASWA 5BPLA 2P9IB 5C24A 4NCGA 3S3NA 3LDQA 2JLEA 4Z4EA 3OA9A 3VERA 1U4BA 3CCEN 4B1XB 1BQMA 3HVRA 4CJ7A 4YDUC 4WCEL 1K8AO 1LOTB 2A42A 3KD1E 4W5NA 3VF2A 2YNFA 5M1NA 3O9QA 3OVNA 3VQ5A 1NWKA 4XH5A 5C10A 3S9HA 1K8KB 3MXJA 4IOAL 1E4GT 1HX1A 2CH5A 3U9ZA 2QWPA 3AVMA 4H0YB 4C1NK 2YKNA 1T44A 3CCRN 2KKZA 2XY7A 2NRRA 1N32K 2IOCA 4JHDA 3VEWA 3PO4A 2O8BA 4FCYA 1XWLA 1ZBHA 4PKGA 4BRIA 3WNHA 4A62A 4KH4A 4Z4CA 2DFFA 5CE3A 1VSIA 5LY3A 4YOVA 4DTJA 3VPZA 5LMNK 3GE1A 4QCLA 3PLAA 3KHYA 2FLOA 1EKEA 1D9DA 4NYNA 4DV0K 3M1FA 3MX5A 4KV8A 1K73O 4CJ3A 4RTFD 3O4QA 1DKGD 1BCOA 3LM2A 4FK2A 4CZGA 3M5RA 4A5AA 3V1OA 1NGHA 2D0CA 5E26A 3LZJA 2A3ZA 3CG7A 5JVHL 3QNNA 4BR0A 5AQWA 3TAMA 4LH5A 2ZJPL 3CFOA 4C8OA 5J2NA 4ELUA 1HMVA 5BPNA 3PV8A 2O8DB 2WBNA 1KAZA 1GOAA 2JWLA 5BN9A 3J7YP 4CJLA 3O4WA 2E1ZA 1VHXA 4Z0UA 4H0PA 4GV6A 3VENA 1NJYA 2ZGYA 1NKCA 3IAYA 1EO1A 1ATRA 3FE1A 1VQ7N 1J53A 2O4IA 1T6CA 4CHNA 2XRIA 3SPZA 3WXIA 3QIPA 4BRGA 3R1XA 4RCHA 1T03A 3LDSA 3FGUA 5FRNA 3SQ2A 3ZSOA 3M3ZA 1QSSA 4B9NA 2IGIA 3O5BA 4LH4A 3M8QA 2W6KA 5JLHA 1UAXA 4IEEA 4IFVA 4PL8A 2ASPA 4WE1A 5F2RA 3L4QA 4B3SK 3OS0A 1V4SA 3ZSRA 3AGRA 4FJXA 3ZYYX 4PKIA 3BP8A 2V51B 4IOXA 4BR5A 1IG9A 5J1EA 4MO4A 4DTRA 1QSLA 4CZKA 3RR8A 3K9KA 3NGIA 1LAVA 1KC8O 3WEEB 2E88A 3O08A 2GWJA 1NKBA 2I7NA 3P1GA 1XMOK 3C6TA 4DQIA 3BEXA 1LW2A 5DM6L 1NK0A 4BR9A 3FZHA 4OPKA 3B6PA 2ZJQL 5HBMA 3HM8A 4CK3A 3HP6A 1K6YA 2Z1GA 3NF6A 2VQFK 4R5PA 4CZJA 3SYZA 3RSEA 4O8KA 1VQMN 2IVOA 3GOIA 5GINA 3T1YK 4BDYA 2QXFA 3ATVA 1ASVA 2HHSA 5BRDA 5HLFA 1RDBA 3SMSA 3UE5A 3C6AA 3O9TA 3OHRA 3LAMA 2ZM6K 5FROA 1SUQA 1BWFO 3K2PA 3ZT4A 1VSJA 3SJHA 3CJ1A 5CZ1A 3UKRA 3ENBA 2GBZA 4IXCA 1XMQK 4EZ9A 3QBXA 2Q0UA 1RDCA 4M3ZA 3V9SA 3OYIA 3KK7A 2CGLA 3THXA 3P4IA 4CGGA 4ELTA 5J2MA 2D5RA 2E2NA 1BUPA 4I9LA 3O4NA 3SQ0A 3MCPA 1ZBUA 3TAEA 1LAWA 4H8KA 1OH5A 1B9FA 1C0GA 2JWKA 4MO5A 4H5WA 4KPYA 4A59A 4OKJA 4IDHA 4CK2A 3JYTA 3NCIA 3MN9A 1VQKN 2F8SA 3SK3A 1RDUA 1Q82O 2YHBA 3TTDA 4L3QA 3QFPA 4LF7K 3Q7BA 1N6QA 4DTPA 1U48A 2WFBA 2HHVA 1RTDA 3WQUA 1HNZK 4JV5K 2RE2A 3EE8A 3ZSYA 2UYTA 4KHNA 2P9LB 4U7BA 3THYA 4BC2A 4BC4A 4CGHA 4JI5K 4I7FA 3AVGA 2B4JA 1GLBG 3KK3A 2HHXA 5IWAK 2Y1IA 3NMUA 4KB1A 4GY2B 5AQFA 4DR4K 5CYMA 4C1NI 3VQAA 4ISEA 3OYHA 4EP4A 1OVQA 1JKHA 3AVHA 1VQ4N 3KLHA 4C23A 1QHAA 5AQHA 5AQIA 3MN7A 3F9KA 1N5YA 5KRSA 2F7TA 3HT3A 4CFBA 1XQSC 4KI6A 2P9UB 4B9LA 4MQ3A 2UXCK 2HW3A 2ATQA 1EP4A 4HUGA 1VK0A 4KTWA 5CZ2A 5BRHA 3G0ZA 2Z1IA 3TI0A 2YX6A 4O8UA 2XO7A 2Q1NA 3UKUB 4CZMA 4E0DA 1FW6A 2WTUA 4CBUA 2O8FB 1KFDA 1KRPA 2NRXA 4XH1A 4CEZA 3J80O 3NDKA 4B9SA 4GW6A 1BOTO 2P9IA 3M8SA 1BIZA 1RNHA 4DV5K 3C6HA 3N4QA 4N76A 2O8BB 4AHVA 3IMXA 1NGGA 1GLAG 4PQUA 3A5NC 4KREA 4A2BA 4K25A 1IH7A 4U67L 3ALYA 4CJUA 3HOTA 5AQQA 1Q9YA 3ZSVA 1YJ9N 4DR3K 2FC0A 1K8KA 4OX9K 3O8MA 3KTQA 3CMAN 4K43A 3CFRA 2HBKA 5A2QO 4PA1A 3CFPA 1KFSA 4ZTJA 3NF9A 3QB0A 1VRUA 3V9XA 4Z4HA 3CMEN 3C0BA 4JRQA 4IG0A 1RBSA 4DLGA 2HF4A 4WF9L 3ZX3A 4E7LA 4PWDA 1FXXA 1N36K 4B1UB 2UUBK 2HMPA 2IS3A 3KD5E 1VSKA 5AQNA 2YNIA 4RW6A 2PZSA 3DLGA 4DLEA 3ZCMA 2A6AA 1D9FA 4AM7A 3LP1A 1I39A 1C0TA 4L8RB 3HOSA 3LDOA 1SS6A 3O80A 4LF6K 3QICA 3R8EA 4GV9A 3I0SA 3HPOA 1VQON 4E1NA 1RT4A 4C8MA 4M42A 3EY1A 2DFEA 3VMFB 1G15A 1VRTA 3C65A 4FXDA 3TU5A 1VSLA 4KTQA 1BIUA 1KCFA 1C0FA 2NNWA 4CD1A 1GLLO 4JKGA 1EETA 5KQ8A 4K0KK 5GAHP 2A1RA 4O55A 3MK6A 5GADP 4F4KA 4HVJA 2Q36A 1ZXOA 4BRMA 1BDGA 1JLQA 1J54A 2P9NB 3CCLN 3CM5A 1KAYA 5BRFA 1VQ8N 3KLEA 4N56A 3M8RA 1NLVA 4CESA 3HM9A 2DY4A 2G8IA 4JN4A 2B5JA 2UU9K 4K42A 2NRHA 4A2AA 3VQPA 2FXUA 3NFAA 4UQGA 4CFDA 2QKKA 3TAPA 1VQ5N 1QQMA 4CZEA 2Z1JA 3TANA 1CZAN 1HJRA 4DTMA 4F8RA 5J2PA 4DF4A 4I6MB 1YXQA 3VEZA 2HVHA 3CPWM 1M90O 4BC3A 3O3HA 4Y1CA 3S3MA 4HCCA 1QE1A 4FPBA 5B8HA 3KIOA 3WEEA 1S5JA 3WQTA 1S22A 1WAJA 4UY8O 2D0PA 2Q97A 2KZMA 1CLQA 2DFHA 2D0BA 2ASOA 3THXB 4KHSA 4FOEA 3LDPA 1WSHA 5SZTA 4DS4A 1Z05A 2LSNA 5AQTA 1JCEA 4YHHK 1BO5O 1NG9A 2HF3A 1W0HA 1L5UA 4OPAA 1NGJA 3ZETB 4EP5A 1KVCA 4DTUA 2V7YA 4HTLA 5HRRA 1WSGA 2YNHA 2O8CA 3VQ6A 3LAKA 4BRHA 3ZT0A 1Z6RA 4FWPA 3ASMA 3NF8A 4RW8A 5CYQA 1KD1O 1BU6O 4A57A 4ILJA 4CF0A 4E3SA 4KFBA 1NGCA 2HHQA 1IKWA 4O44A 3ZX0A 2HB5A 4BR2A 1U49A 4B9VA 3KJVA 2NUBA 5JS1A 3H45C 1BA1A 4NYFA 3DLHA 4CI6A 1BCMA 3VQDA 1IV0A 1NJZA 1WBBA 4KHUA 1K9MO 1C0UA 4HUEA 4M3XA 4Q5VA 4FJ9A 3A0IX 4IFYA 3E01A 4WFBL 1W97L 2G8VA 2Q2RA 3EE9A 3T1AA 4FJGA 2P5OA 1IJJA 1HR0K 2E5LK 1S1VA 5BREA 2DPNA 3AVAA 3R9PA 5AQRA 1X9SA 5FPNA 3MX2A 4M7YA 4DR7K 3QLHA 4QS8A 2H3GX 2ZQBA 2P9SB 3V4IA 3G4SN 4LSNA 1JL1A 2ZGZA 2P9LA 1U6ZA 3CETA 3H08A 4F3OA 3ZSZA 4H0OA 2KTQA 3QINA 1IO2A 4KRFA 3J81O 5AQSA 4GKKK 4DUYK 2JGUA 1WSJA 4CZFA 3ID8A 2GTDA 4FWKA 4B1ZA 4DFPA 1WSIA 3AVFA 5FLXO 3D7EO 4AH9A 3OYJA 4IO8A 2ITMA 5JLFA 1H1VA 3TR8A 3TAFA 4DV1K 4Y1DA 2AP1A 3HP9A 3TABA 1Y64A 3CCJN 2P9UA 1O13A 1RT6A 2D1KA 3ATUA 4JLHA 1JXEA 2CGKA 4B1WB 3NH1A 4Y0WA 4F3TA 4FZXC 5AZJB 4B3TK 1U2VB 3UKUA 4DV4K 2O8FA 3I8DA 1B9DA 4CF2A 1WAFA 1FKPA 3OJSA 3PY8A 3WNFA 1VSHA 1KXPA 2IVNA 1S9EA 5EY4A 2ETJA 1T3VA 1RT5A 1RBRA 1T05A 3L0QA 2QA4N 3FLCO 4O4GA 3IFRA 3T3FA 1TL3A 3H3OB 3TSUA 4DTOA 5CHIA 4EFHA 4IZ9A 4JKBA 2UXDK 3L4IA 3WT0A 3O1BA 4E19A 1NNEA 1REVA 1RFQA 1XHZA 4JKHA 5AQOA 4LF5K 2E4LA 4B08A 2XY8A 1VAZA 1D5AA 1T6DA 3U4LA 5BR9A 1JCFA 5EU7A 1MU2A 2ZWHA 3NF7A 4BWMA 3J8AA 2QKBA 1HLUA 5FPDA 3K5NA 3NE6A 3OY9A 5BR8K 3AV9A 4EHTA 5GAGP 1JLBA 4JKGB 4X64K 3OBYA 3LM9A 2OPQA 3DRPA 4CIEA 1VQLN 2F9WA 2GUIA 3HSTB 1TKZA 4BRLA 5E41A 4CJKA 2HHWA 3VQEA 2FSNA 5EVZA 3CIPA 1LWCA 3SQ1A 3IRXA 5H1SQ 4K8ZA 4DSEA 4BROA 2GEMA 4FLTA 4FJ8A 3OYLA 4BE2A 4DFJA 4HCBA 2OPRA 4AHRA 1XHXA 3L6QA 4PHTX 2PY5A 3K0SA 5AJ3K 2P9PB 5KPRA 4XEIA 3OS2A 3LDLA 4CE9A 1YI2N 2DTUA 2BE2A 1NJIO 1S3XA 2YI1A 4EHUA 4CEEA 3ITHA 3TPQA 4E7HA 4FWOA 1EXQA 1KVAA 4CFCA 3KLFA 5AFUA 1NGDA 3EKSA 4IJNA 5AQGA 3OYEA 1SL0A 3QDKA 2KFZA 4CEDA 2P9NA 1TK0A 3SV3A 4JNEA 4DQ8A 3PSFA 1NOYA 1M1KO 2VCPA 3RRHA 4Z94A 4OPHA 3AVJA 3AARA 4IG3A 4MDBA 4K8XA 5EXWA 3GG4A 4BE0A 3SBGA 4FW2A 4G1QA 4O0JA 1VQ9N 2F96A 1OVYA 2RHKA 1RTJA 4ID5A 1SL2A 4I6MA 3BZKA 2O8CB 2FSKA 1TK8A 2YCHA 2D0AA 4CF9A 5C0YA 1HPZA 3F5TA 4YOWA 1QQCA 2KZZA 2I5JA 3E9PA 1CZBA 1LW0A 3CM6A 4JI2K 1HKCA 3ZSQA 3WUHA 2VG7A 1S72N 5AQMA 3U6FA 2HHTA 1JJ2M 5KPZA 3AVIA 2P9KA 4AQYK 4E1MA 4FJKA 3EKUA 3ENHA 4KH5A 1NK7A 4DR6K 2PAVA 1NJWA 2VYPA 2HBMA 4WQ4A 3K59A 1JLAA 3ZETA 4DV3K 2BTFA 4OGCA 4MFBA 2I7PA 3SZ2A 3CJCA 2QM1A 3SUNA 3CHWA 3I55N 3A5MC 1HNVA 3VQ9A 4XH4A 3HO1A 3TAQA 2O8EB 1NU0A 2E6MA 3RWUA 3FZKA 4WFAL 4WQ5A 5C12A 3K9JA 2QI2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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