1VQ7N

The structure of the transition state analogue "dca" bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title An induced-fit mechanism to promote peptide bond formation and exclude hydrolysis of peptidyl-tRNA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal rna
molecule tags Ribosome
total genus 46
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vq7N00
1Q81O 1VQ5N 1VQ7N 5GADP 1VQNN 1VQPN 4WFNL 3DLLL 1QVFM 3CMEN 3CXCM 1S72N 5HL7L 1Q7YO 2ZJPL 4IOCL 1K8AO 1Q82O 1N8RO 1QVGM 3G6EN 3CMAN 3CCQN 1KC8O 3CCMN 1ILYA 3CC2N 5DM7L 3I56N 2QEXN 3CCUN 2QA4N 1VQON 3J7ZO 1OVYA 1JJ2M 1YITN 1VQMN 3G4SN 5H1SQ 1VQKN 1VQ4N 4WCEL 3PIPL 4WFAL 1KD1O 3CC7N 1VQ9N 3OW2M 1M1KO 4WF9L 4WFBL 5GAGP 3PIOL 3I55N 1YJ9N 1YI2N 3CCVN 1YIJN 3CF5L 1K73O 5MLCQ 1YJWN 3CCEN 5GAEP 3G71N 5JVHL 5DM6L 1YJNN 1YHQN 5GAHP 1Q86O 2ZJRL 4U67L 3CD6N 2ZJQL 2OTJN 4IOAL 3CCRN 1M90O 3CC4N 5JVGL 1K9MO 1W2BM 1VQ8N 1VQ6N 3CCJN 2OTLN 1NJIO 3CCLN 1VQLN 3CPWM 4UY8O 1KQSM 4IO9L 3CCSN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5C0YA 5AFUH 3DLLL 4F2SA 5A2QO 3CJCA 3QDKA 1HYVA 4HUFA 4ISEA 1NK9A 3TANA 2GV9A 1DT9A 3ENOA 1OH8A 1RTIA 2YX6A 3GE1A 3OYHA 3HP6A 4JKGB 3C94A 3HL8A 2HHXA 3I56N 1X9WA 1XNQK 3MCPA 4JLHA 4FJNA 4QOZB 1JJ2M 1G15A 4CW7B 4L8RB 5J2PA 2W6LA 3ZSZA 3G4SN 1ATNA 4KHUA 3MN5A 1J6ZA 3MWPA 3SLCA 4DLEA 1NJXA 3OY9A 4UQGA 4CGIA 4IXCA 3H6EA 1TYQB 3FZKA 4KHQA 4WFAL 1T6DA 2FBTA 4FVMA 1QSSA 3VEXA 5EOYA 3DI6A 4B9VA 3DLHA 3OBWA 3E1YA 3H3OB 3SJJA 4HUEA 1DKGD 3EYZA 3AY9A 1NKCA 1LW2A 3VQ8A 1B9FA 4CJUA 3NBPA 4H0OA 4DQRA 1NGIA 4PKHA 1YJWN 1YXQA 3D2EA 3T1YK 1G99A 1KFDA 2FC0A 4CJFA 5LY3A 3KKSA 3VQ6A 3BP8A 1X3MA 4PQUA 3TR8A 4HHTA 1NG9A 4CZJA 1HLUA 2A6AA 1C0TA 4DLGA 2XO7A 2A40A 5AQFA 4B8AB 4M63C 4M3WA 3THVA 3CCJN 4DSFA 4H0VB 5AZIA 4LF6K 4AHCA 1OH7A 4ILHA 3TPQA 3U3YA 4B1YB 4FM1A 3DLBA 1QQOA 4FOEA 1BCOA 3D6RA 2P9PB 4O0IA 3MX5A 4CJ5A 1UOCA 3L2UA 3J7AP 1HQUA 2YHWA 5FPNA 1C1AA 3A8YA 4Z94A 5EU7A 4E3SA 1Q7YO 1TL1A 3NMUA 4FJGA 4KBOA 5B8HA 3OYJA 3MN7A 3OYMA 3F5TA 1QS4A 1RDBA 3MX2A 3VEZA 4FWLA 3RMDA 1Q9YA 4DSJA 1VSEA 1GLBG 4B9LA 4ILGB 3HM8A 4KHWA 3KKRA 3L8BA 1W97L 4BG8A 1JL2A 1C0MA 3AARA 3ZETB 4XH5A 2P5GA 3PX6A 1BG3A 4X66K 1KAZA 2A1RA 1VQKN 1KAYA 2UU9K 1SL2A 4CJKA 4NXMK 3EEQA 2BH1A 4KTQA 2ZGZA 5KQ8A 5C2DA 2W41A 3OYLA 1M1KO 4IJNA 4RW8A 3W3DA 4E1JA 2QKBA 3AO3A 4O55A 3K5OA 4DFJA 3THYA 3OJSA 1YI2N 3QNNA 3THXA 2W42A 4KFBA 3SQ0A 3CJ9A 3LZJA 3VF6A 3J80O 3BUZB 3GG4A 1LW0A 4KH5A 2RHKA 3CFOA 4CIFA 3DLKA 5KQDA 1RT6A 2ZJRL 1S22A 4B9NA 3AVAA 4CEOA 1GLLO 4FWKA 3SUNA 3VOVA 1Z6RA 4M3YA 1JLCA 4BRGA 3HO1A 2OYQA 4GNIA 5JVGL 4J2EA 4JKGA 4HUGA 4FO0A 4ZTJA 1JL1A 2Z1IA 4CF9A 2O8EA 2Z1GA 4BVPA 1NBWA 3KIOA 4M7XA 3VENA 5AQPA 3T69A 2WFBA 3O4NA 4ZTFA 2DFHA 3AO5A 2RN2A 3BGRA 4Y0WA 3UIQA 3FFKB 3TAPA 1NWKA 1HKGA 3DLGA 2XY5A 3ZT1A 2KQ2A 4CFDA 1H1VA 3MN9A 4MLEA 1TYQA 4WQ4C 3WT0A 3VA0A 4E7KA 3L2VA 3MAQA 2FBYA 3DRSA 3NDKA 1Q82O 4KREA 4NB4A 2CH6A 5CY4A 2O8DB 3ENBA 4HTLA 4DV2K 4LY7A 4CEDA 3EO3A 4LF8K 3QICA 1EX4A 2YHXA 3CCUN 3FFIA 3O08A 1V4SA 5M1FA 1CZAN 4BY9C 4DQPA 1S1XA 4DUYK 5EY4A 4Z4FA 1RDCA 3KLHA 3ID8A 1Y97A 5M1QA 2B4JA 3PSFA 1N6QA 5AZJA 4X62K 4PKGA 1S1WA 3SI6A 3VQQA 3U6FA 3ULDA 1I39A 3CJAA 2P9LB 1NK7A 4CJPA 3G25A 1YUWA 1XUPO 5MLCQ 2J4RA 4A2AA 3OJUA 2WTUA 1EETA 3SV3A 1S5JA 3KHYA 1Q86O 3U4LA 1NGAA 4CK3A 3NE6A 2X74A 4DSEA 2OTJN 4M42A 4BRDA 2VWBA 3A5MC 4CJ4A 1BL3A 5AQYA 5AQIA 1BA0A 2HHTA 4HCBA 1L3TA 4BR4A 4IO8A 3EY1A 3B6PA 1NK5A 2P51A 2E4LA 2O8BB 2A1SA 2NNWA 2OTLN 2OPSA 2HNDA 3NFAA 4CECA 3CPWM 4IG3A 1TAQA 3AAPA 3G10A 1NJYA 5JMVA 3ZETA 2IGIA 1VQ7N 1YAGA 4DTUA 2BANA 3H1VX 3QMLA 4RG8A 2GWKA 3DLRA 5E84A 4CHZA 1QSLA 4C8KA 1K6YA 3O1BA 1U4BA 1NGHA 4WE1A 3VQAA 1WAJA 5LL6Z 4BC5A 4FW1A 3VQ4A 4DUZK 2P9NB 1JCGA 4NYNA 4BRLA 2CGJA 3K5NA 5BRHA 3NF9A 1RBTA 2HF3A 2Q3SA 3O9QA 2RKIA 1CZBA 3QIPA 4DHYA 5ADXA 3TSUA 3PO4A 1RDUA 5E41A 3RVCA 4H0TB 5EXWA 1OVYA 4K41A 2EWSA 4A59A 1XI1A 1WSFA 4CGFA 4MLHA 5LMNK 3VGMA 4EP5A 4CEZA 4IWVA 2AP1A 1EP4A 1U04A 2GTDA 2HHVA 2DFFA 2E8AA 3CC7N 3MXJA 5C42A 4QCLA 2WC9A 3KLGA 2GBZA 4CGJA 3L6QA 2O8FA 2BTFA 3I55N 3AVGA 3ULEB 4FJHA 4FJMA 2V7ZA 3OYKA 5HLFA 4BREA 2HBJA 2UUAK 2I7PA 5ADXH 2P9SB 2YKNA 3CF5L 4EIAA 2NRXA 4NCAA 1IBLK 3F9MA 5JVHL 4CESA 1IBKK 4DTOA 1KLNA 3AO1A 4BVOA 1JLFA 4DWIA 4CJEA 3ZSRA 4RTFD 3M8RA 3LDNA 2W6KA 3ZSQA 2O8DA 4M45A 1JLQA 2LSNA 2V52B 3PX0A 4J8FA 3HXMA 4M3RA 4DQQA 5K14A 4K8ZA 3HPHA 1HJRA 4CHNA 4IKFA 5KRTA 3V6DA 2XY6A 2VWKA 3RSEB 4DTMA 4DFPA 4WQ4A 4XH4A 4FJKA 5AQQA 4IO9L 4AQYK 4I6MB 3MCAB 1KVBA 2IVOA 3L4IA 1KRPA 1N33K 1S72N 1VSIA 3KD5E 3MEEA 4K8XA 2WOMA 4OLAA 2BUPA 3LP3A 1T8EA 4RW7A 4H0YB 1HPMA 4YORA 2RE2A 2UYTA 5AQVA 4NXNK 3MN6A 4JI4K 4GV3A 3F2KA 2IIRA 4W5NA 2QTDA 2EX3A 1HYZA 1Z05A 1Y64A 1JXBA 3KK1A 4DU4A 3RRHA 5HOOA 4B9UA 1UA0A 4BR2A 1WSJA 3DXKB 4DF4A 3CJ7A 4FJ5A 3BZCA 1ESVA 1QE1A 3NHGA 3D45A 4FK0A 2XRIA 4CFAA 3NAEA 2OZMA 5BPNA 1X3NA 5KGWA 3F9KA 2A41A 5BN8A 5CHIA 3ZCMA 1BI4B 1S1VA 1VK0A 1NNEA 4BRNA 1N32K 2DPNA 3EN9A 2ZM6K 2VG5A 1HUXA 1SQKA 3D2FB 4JK9A 2WUSA 3MK6A 1KVCA 3KLIA 4FJ8A 5M1NA 2O8BA 4KB0A 1HNXK 3WEEB 1X9SA 1ZBUA 2HSTA 4DU3A 1A5VA 1V4TA 3M8QA 4RCHA 4DTPA 4FLVA 3CCEN 4BE1A 4KRFA 4YHHK 3S9HA 2Q31A 1WSEA 4ICLA 3H46O 1KLMA 3GOIA 4B9MA 2IVNA 4OO1J 1QQNA 3MXMA 2JLEA 3ID6A 3CG7A 3TWHA 1CZ9A 2D1KA 4AHRA 3KD1E 1TAUA 5FLXO 2P9NA 2YJEA 4FXDA 4M3TA 3M3ZA 3VERA 3EL2A 4FCYA 2X6NA 1IH7A 1W2BM 1VQ6N 5HRNA 4DV5K 2D0AA 1RT3A 3C6AA 1XMQK 3KTQA 1T05A 2GWJA 2KFNA 4BDYA 1XC3A 2YNHA 1IKVA 1LWCA 2HBLA 4XH1A 3TSQA 2G8HA 4FL9A 3PX4A 2NRTA 2YV0X 3DJCA 4FSVA 3VQCA 4LF4K 1GLJO 4KTZA 1ATRA 3VF2A 2ASPA 2RF2A 5AQHA 1RDWX 3CMEN 3C6TA 1JXEA 2NRVA 4JKCA 4DR7K 3P4IA 2H3GX 2ZJPL 1I3AA 1U48A 4HVJA 3QB0A 4MDBA 3PY8A 2VCPA 1D4XA 3WXKA 1KC8O 1FK9A 4JI7K 4O0JA 4M41A 1GLEG 3ULEA 4DMNA 3NH2A 1D9FA 3FZHA 4MQ3A 1TUYA 1MWMA 3R3LA 1JLAA 4JHDB 3QEXA 5H1SQ 1ZBLA 3BDPA 2HHUA 3ATVA 4JKAA 4M3UA 1Q9XA 3VQEA 3QLHA 1SL1A 3EE8A 4E7IA 5EVZA 4BROA 4DR6K 3S3OA 4AM6A 3Q7BA 1SZ2A 3DWLA 2DY4A 3UKUA 4KV8A 4B3SK 4XIUA 3IKMA 1W0HA 4R79A 2YHYA 2FF3B 4BQLA 3NH1A 1RDAA 3VQDA 4ID1A 1YJ9N 4DV4K 1RTHA 3ATUA 3PV8A 3I0SA 3AVHA 4OX9K 3CYMA 2G8UA 1OH5A 4PWDA 1LWFA 3IMXA 5F2RA 4CCHA 2ZD1A 1RFQA 4CJRA 2ZJQL 1NK6A 4C1NI 4IOAL 5KPRA 1RT7A 4FZXC 2E2PA 5HP1A 2A42A 2CGLA 1K9MO 2PYLA 1GLFO 4CJTA 3E9PA 3H1QA 3TAGA 4BRPA 2HNZA 1R0AA 1L5UA 4ELTA 1WBDA 3L0QA 5LJVA 3KZBA 4CJ7A 3SMSA 3QBWA 3V9SA 4FJ7A 2Z1HA 3CCLN 4DR2K 3CI5A 1HR0K 2HVHA 3CPEA 3HRGA 2YNGA 4CZKA 1BQNA 2G8WA 1K8KB 3MEGA 1VQNN 4DKWA 1XWLA 3TAQA 4DQSA 2OZSA 1BI4A 5HL7L 2Q97A 3D2FA 5JLFA 1BHLA 4F4KA 4A62A 1T3VA 4IG0A 3O4QA 1DLOA 3QERA 3DLEA 3CQ8A 3WXIA 2FBVA 3V1QA 5M1OA 4C8LA 1VQON 4DR5K 3HBTA 1ASVA 3P38A 4JS5A 2JGUA 1T03A 4BR0A 4FJLA 1LAWA 1HPZA 4H5WA 4QAGA 2Q0RA 3QNOA 1TV6A 4FYDA 1HQEA 1UAXA 1E3MA 4AHVA 1WBBA 4OKEA 1HX1A 3QETA 5AQMA 2JWLA 3N4QA 5AQGA 3PIPL 3O3FA 1SS6A 3BF3A 5BRFA 3GDQA 4DR3K 4DSIA 5C15A 3PIOL 5J2NA 3HK2A 3A5LC 4JN4A 1EO1A 3VQPA 4IEIA 4TSXA 3CETA 1W7AA 2BE2A 4BWJA 5E26A 4BRAA 5GINA 1NMDA 1VAZA 3CFPA 4O5FA 2ETJA 1TK8A 3SV4A 3ZT2A 5AQTA 5GAHP 1QSYA 5FDLA 4DR4K 1GLDG 3QBXA 3LALA 2CGKA 5EX5A 3V9XA 3CCRN 2E1ZA 5HROA 1VHXA 3CHWA 4GVMA 4CBXA 3A2FA 4NCGA 1TKZA 1L3SA 5CZ2A 2G8FA 1DTQA 4E1MA 1IG9A 2PAVA 4QS7A 3O80A 4FJIA 5KRSA 3EE9A 3Q7CA 4DTNA 4JHDA 1BWFO 1KQSM 4OPAA 4B3TK 3HSTB 2QM1A 1Q81O 1VQ5N 3AGKA 1S9EA 2D0CA 4KHYA 4KI4A 5SZTA 3DMJA 4CD1A 2XY8A 3OA9A 5LMUK 1N5YA 3OS1A 1N8RO 2WBNA 4N47A 1JCEA 3VESA 2F4VK 5AQZA 4IFEA 4FJ9A 3NF7A 4BRHA 2A5XA 3S3NA 1NKEA 3R8EA 4CF2A 4FPAA 1WUAA 1SKWA 3K9JA 1FJGK 4PL8A 3TARA 1YTAA 2P9KB 4AHSA 4R5PA 4U7BA 2O4GA 5ELZA 2HMIA 5AQRA 3JS6A 2W40A 3AA3A 1NGJA 3FE1A 4Z4CA 3U8XA 4FLZA 4V19S 3QIOA 4M7YA 3WUHA 1MWKA 4JKHA 2E2QA 2EHGA 1KD1O 4CJVA 1BQMA 2YCHA 3AA2A 2E20A 2V51B 3OYCA 1MU2A 2HHWA 4EHTA 1C1BA 1U45A 4DV0K 5FPDA 4GVEA 4CERA 5BPMA 3LDLA 4CZHA 2E2NA 2FSNA 4N76A 2F7TA 5C10A 3ZX3A 4CJLA 1HRHA 3OS0A 4ELVA 2HHSA 5GAEP 1NJZA 1K8KA 2D4WA 2JWKA 3ZSYA 3SBTA 3EKUA 2D0BA 2KLAA 3ISNC 2QWQA 3E9OA 4CHPA 4LF9K 4N56A 2KTQA 3I33A 2VG6A 1NK0A 1TGOA 4YOUA 1IBMK 3ZYYX 3ZEUB 3ZSXA 4F9OA 3FZFA 4DS5A 4IEEA 3SYZA 4FPBA 2P9PA 1U49A 3QEIA 4CGHA 2KZZA 1RTDA 5C2FA 4DB3A 4FVUA 3V9WA 4YFUA 1IG8A 2HMPA 1RBUA 4O5BA 5SWMA 1P90A 2CH5A 1ZBIA 1X9JA 3VN5A 2NLXA 3DYAA 2VGNA 3M5RA 3HVTA 4L3QA 3HOTA 3VEVA 5M1KA 1QHAA 4K0KK 1CXUA 4KKOA 4H5TA 4W5TA 3TTCA 3QEVA 4KHPK 4A2BA 1BCMA 4DTSA 3SK3A 3QFPA 1SAZA 4FWPA 1DTTA 3CCMN 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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