1VQ7N

The structure of the transition state analogue "dca" bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title An induced-fit mechanism to promote peptide bond formation and exclude hydrolysis of peptidyl-tRNA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal rna
molecule tags Ribosome
total genus 46
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vq7N00
3CCMN 5GAHP 3DLLL 5GAEP 4WF9L 2ZJRL 1VQ6N 3OW2M 3CCSN 1YIJN 1VQMN 4WFAL 1YJWN 1VQ8N 1VQ5N 3G71N 3CCQN 3CCLN 3CF5L 3I55N 3CXCM 5JVHL 1M90O 2ZJPL 3CC2N 1Q81O 1JJ2M 5H1SQ 3CCEN 1VQ7N 1ILYA 1VQON 3PIOL 4WFBL 4IOAL 3CC4N 1Q86O 3CD6N 2ZJQL 1KC8O 1KD1O 1YI2N 1YJNN 1YHQN 1S72N 5MLCQ 3CMEN 3I56N 3J7ZO 5DM7L 2OTJN 1M1KO 1Q7YO 1Q82O 2QA4N 3CCJN 1VQ4N 1VQKN 5GAGP 4IO9L 4WFNL 3CCVN 5JVGL 1K8AO 3G4SN 1VQLN 1QVFM 4WCEL 1N8RO 4IOCL 3CCRN 1NJIO 5GADP 1YITN 1YJ9N 5DM6L 3CCUN 1QVGM 1K9MO 4U67L 3CC7N 5HL7L 1W2BM 1K73O 2OTLN 1VQPN 3PIPL 4UY8O 1VQNN 3CMAN 3CPWM 1KQSM 3G6EN 2QEXN 1VQ9N 1OVYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3PUFA 4CEZA 2B4JA 3H3OB 1SL1A 4DLEA 1CXUA 1D4XA 1S1WA 5AQVA 5KRTA 1HRHA 1RDWX 3MDQA 3ZSOA 3NHGA 3KK1A 3MN9A 4BVPA 1X9WA 1SKWA 2P9LB 2P1JA 3O8MA 3PSFA 1BI4A 5JLHA 3C7NB 3CXCM 4H0XB 1TAQA 4A62A 2IVPA 1BCOA 4CZHA 3ULDA 1B9DA 2YKNA 1S5JA 2HNZA 4H5NA 4FK4A 4FXDA 4DF4A 4XEIA 4YORA 5AQHA 4BRNA 2G8HA 1QQOA 4DQRA 3ZEUB 1LCUA 1HNIA 2XY5A 1TUUA 4FWPA 4BRMA 4YOUA 3S41A 2DY4A 5M1PA 2HF4A 1FXXA 1YHQN 4RWTA 1ASWA 4K42A 3DI6A 1YUWA 1IJJA 1TKZA 2GBZA 4AHUA 5FPDA 4B9TA 2P9IA 1JLQA 3J8AA 2HMPA 3ZETA 1BGXT 5M1KA 3S9HA 3D6RA 4LH4A 2UXDK 1VQ4N 1U49A 4NB4A 5GAGP 3QBXA 4OX9K 4J2AA 4A5AA 2X6SA 2NZTA 1I94K 1YITN 3O9QA 3ZX3A 4CHYA 4YOYA 1RDAA 1HNWK 2YKMA 1YF5L 3CM6A 3LP0A 5HL7L 3HOSA 3OYFA 1W2BM 2B6AA 2BH1A 4KO0A 1G15A 1NGJA 3D2FA 2HSTA 4ILJA 4IDKA 1U45A 4O5BA 3AVFA 4GVEA 4BY9C 4WQ5A 3ZSXA 4YY3K 4LSNA 4JKAA 4LF7K 3DXMA 4BVOA 3OS1A 5LY3A 4CZIA 1CXQA 4KRFA 3DM2A 3I8DA 4EHTA 4M3UA 5GIPA 3UKUA 3VQ5A 3C94A 1ZXOA 3OYAA 5F0XA 3CQ8A 3CCSN 4A2BA 4CHOA 3K5OA 2B5JA 2D4WA 4NXMK 1WAJA 5AQWA 3HL8A 3LDOA 4MFBA 3EL2A 4EZ6A 3ENHA 1D9FA 5SZTA 1FK9A 1NLVA 1X1PA 1M90O 3DAWA 5FRMA 3H46O 4M3XA 4YFUA 5FLXO 1BISA 4KI6A 4E7LA 2JWKA 2OPRA 3PLAA 2W41A 3ZSVA 4DTNA 5EVZA 1WNSA 4I6MA 2ATQA 2IGIA 2Q0UA 2NRXA 1EWQA 4AQYK 3TI0A 3CJ7A 4XH5A 1QHTA 3I56N 2YHWA 5EOYA 3CERA 4CJEA 1M1KO 5JMVA 2V52B 4G1QA 3K9JA 2E8AA 3SUQA 5TKWA 1LW2A 3CCJN 3LDSA 3MEEA 4BR2A 4FJ8A 1TV6A 4DFPA 1GLBG 1Z05A 2DFEA 3VGKA 4CVNE 3OHRA 4WE1A 2A1RA 1RTJA 3Q7BA 3T7ZA 3GE1A 4O55A 4FWOA 4CFBA 1WB9A 2A40A 1NNEA 1HKCA 1T6DA 1NOYA 4JNEA 4DG1A 5AQNA 5BR8K 4DR7K 3PSIA 4CJKA 4H0TB 4IZ9A 3W0LA 4Z4IA 2X74A 3QFPA 5LMUK 4FOIA 1W9HA 1KTQA 2HB5A 1NJZA 1NM1A 1VQ9N 4K8ZA 3O80A 4H5WA 3MCPA 4W5OA 1HLUA 1KAZA 4NCAA 4DTOA 1FKPA 4KHQA 1GLFO 4Z4GA 2W42A 4EP4A 3HXMA 4QCLA 2WUSA 3OS0A 5CY4A 1XI1A 2PYLA 4WFAL 5M1NA 3AVKA 3D0PA 3O9TA 3IUCA 2GUIA 3MXMA 5TKYA 2E2NA 4YDUC 3DXKA 4JHDB 1IKYA 4CD3A 3MEGA 4XIUA 4BDZA 1QQMA 1YTAA 2HW3A 5E41A 3I55N 4FZXC 1KVBA 4MDBA 1XC9A 3HM9A 3CFRA 1N6QA 1LAWA 2ZJPL 5T7BA 4DMNA 1ASVA 1U48A 1LAVA 1RBRA 3CETA 2O8DB 1JLCA 1LOTB 4PHTX 3V1OA 3VQPA 4E0DA 1CZBA 5AZIB 4J2EA 1HUXA 1X9JA 2QKKA 3CQYA 3R3LA 3LL3A 4RG8A 3HJFA 4JV5K 1RCHA 3CD6N 4C8MA 3SAFA 4NO7A 3NMUA 2NNWA 4B9LA 2P9KB 4E1JA 5LJWA 1O1WA 4PA1A 1NJWA 3JYTA 3K5NA 1S72N 5MLCQ 4CE9A 2BE2A 4M63C 2YV0X 3QERA 2OZMA 3SI6A 2YNGA 2FBVA 1S1TA 4N41A 1QQCA 3DRSA 3HTVA 1L3TA 3FFKB 3HYFA 4XH1A 1EP4A 4FJ7A 2UYTA 3R9PA 4JK9A 3VA3A 1OVQA 3QNNA 2ZGYA 3P38A 1GLJO 2VWJA 3CJ9A 1XUPO 4B8AB 5ADXA 4DTUA 3L8BA 3H1VX 3ULEB 4FCYA 3PX6A 3O3HA 2Z1IA 1J5OA 3CFPA 1MWKA 4DR6K 5FDLA 4FJLA 1HQUA 4UY8O 1KXPA 1VHXA 1MWMA 1RDBA 3P1GA 1C0MA 5IWAK 4EIAA 1YTUA 2RPIA 3SBTA 1SL0A 3RWUA 3DJCA 2Y1JA 1NK5A 5GAHP 3AO3A 1HX1A 3F73A 2GV9A 4PL7A 1IKXA 3FZLA 4CZFA 1KVAA 2RE2A 3DWLA 1NOZA 4C1NI 4B8CA 1TK8A 3EZ5A 2OPSA 1W0HA 2D0CA 3IRXA 5AQRA 3OYLA 1UOCA 2OZSA 3NDKA 1VQ8N 4J2BA 1VQ5N 3VF4A 1EKEA 1RT6A 4FLWA 3CCLN 5AQSA 2JGUA 3NH2A 3KD1E 3SQ1A 4NCBA 1FKOA 3CC2N 3EY1A 2KTQA 5BN8A 2P51A 5FPNA 1HYZA 2P9PA 3ISNC 3OJSA 2HHWA 3HBTA 4F3OA 3SUOA 4DV4K 1TGOA 4F3TA 3SMSA 3ZSRA 3VERA 4DFJA 4H4MA 1L3VA 5AFUA 1KC8O 4DB3A 3VQDA 4JKCA 4JI7K 5SWMA 2ASOA 1HPMA 1KAYA 2R7YA 4PY5A 1ZBIA 4HUEA 4M41A 2RF2A 3QEXA 4DUYK 4BR0A 1WOQA 3ASMA 1WLJA 3R8EA 3THWA 3CCVN 1KLNA 1GLCG 4B9UA 4CJWA 1I3AA 1C0FA 2AP1A 3CCRN 3C6AA 1NK6A 4QS8A 4B1XB 3CM5A 4FLVA 4DWIA 4LF6K 3TPQA 4J2DA 3DOLA 1T44A 3O4WA 2ZE2A 3L2RA 2KZZA 4BE0A 4MDAA 1Q18A 3EKSA 1Z6RA 2FBYA 5J2MA 4LF9K 3CMAN 4KREA 4KTQA 2F4VK 2FSJA 1YVNA 1HNXK 3HT3A 2HNDA 1NJXA 1RTIA 4ICLA 1I39A 5HP1A 4O0JA 3SV4A 5AQUA 3QESA 2XY8A 1VQ6N 4CI6A 3VQQA 4W5RA 4DU4A 2OPPA 4IWVA 4RW8A 3K59A 3I0SA 3OTOK 3BUZB 4YOXA 4CJTA 3CQXA 4A59A 3I33A 4DV2K 3U3YA 4FJIA 3NGZA 1RDDA 3OYCA 3CF5L 4CJPA 4CEEA 3C6TA 3MN5A 3OYJA 5AJ3K 4CBWA 4CZMA 4JYAK 4FM2A 3MN7A 3K0SA 4CF0A 2WC9A 5A2QO 2OPQA 3AGRA 3THXB 4E1NA 5C2DA 3ZT2A 4CZEA 2DFFA 3HP6A 1U4BA 3ZX2A 4DQ8A 4DCHA 4GV3A 2YHXA 1GLDG 3BY5A 1RT4A 3VEYA 3FZMA 4CEOA 5AQLA 2HVHA 4ID1A 2O4GA 1OH8A 4M3ZA 3RR8A 3VQ4A 4DTRA 4KB0A 4DLGA 3VQAA 4BWMA 3A2FA 3KJVA 3ATUA 5J2NA 1ZBLA 4IG0A 4CGDA 3LDQA 4CJ3A 3H08A 1P90A 5M1OA 3EE8A 4RW9A 5EXWA 3M6GA 3P31A 4KHWA 4YDUA 2HBMA 2QA4N 4Y1DA 1D8YA 1JXBA 4FJGA 3G4SN 4JKGA 4LFBK 3GDQA 3OVNA 2QM1A 4Z94A 3DRRA 2D0PA 3N4PA 3CCUN 4OGCA 3ZLJA 2W40A 2RN2A 2Z1JA 4U67L 1DTTA 2E1ZA 4DV7K 2QW9A 4U7BA 2VWBA 3RR7A 2P9UB 3AO5A 5AQPA 3SQ2A 4FJ9A 4CF9A 3NH1A 1JLEA 4B9SA 1VQNN 4CF2A 1MA9B 1L5UA 3OY9A 2FXUA 3NGIA 4ISEA 1VSLA 5AZJA 4C8NA 3RSEB 3OYBA 1WSIA 3CCMN 3S3OA 4FJMA 1RTHA 4LY7A 4ILHA 5E26A 3SAGA 3P83D 4IJAA 4FYDA 3GL1A 1V4SA 4AHCA 2HBKA 3OYEA 2Q3SA 1RT2A 1ZBUA 3QNOA 4KBOA 4LH5A 3WQTA 1TAUA 3D7EO 1NWKA 4HUGA 2KLAA 1SS6A 2NRTA 1DTQA 1BU6O 4X66K 3OYNA 2YJFA 2QWNA 2O8CA 1BIUA 1XMQK 4GV6A 3CCEN 3ZX0A 4JRPA 3DMJA 4NYNA 2ITGA 2UXCK 3CYMA 3V9ZA 1G99A 3PIOL 3A0IX 4CZLA 4OPAA 3MAQA 2A6AA 1WSJA 1JLGA 4BDPA 4X65K 4KHSA 3IDHA 3ZETB 3WXIA 4NCGA 4QS7A 1YJNN 1LV5A 1C0UA 4CEQA 3K5LA 4BG9A 3E9LA 4LSLA 1JL2A 3DLHA 2P5GA 3SNNA 2XO7A 1N34K 1U47A 2XRIA 3F2KA 3AA4A 3EEQA 2E5LK 3BP8A 5GIOA 3EE9A 3HOTA 4O0IA 1ZC6A 1RBVA 1QSLA 3WNHA 5HROA 4CJ7A 3NE6A 3HPHA 4HHTA 1N8RO 4LF5K 3MCAB 3V81A 4DR4K 1ZBSA 3LALA 3D2FB 3V4IA 4EAHD 1SZ2A 4BROA 1VK0A 4FPAA 3LM9A 1K9MO 4BR9A 3FE1A 2ASPA 1N36K 4NYFA 4YOTA 1RBSA 3WXMB 3OBYA 4H4OA 3RMBA 1EWRA 4FSVA 2WOMA 4A5BA 3DXMB 1CZAN 3HSCA 4WQ4C 2IIRA 4JEPA 1KQSM 3QEIA 4NXNK 4MO5A 3UKUB 3SQ4A 3O5BA 3R1XA 5FRNA 3THYB 2I7PA 2DPNA 1OVYA 1Q8IA 2RHKA 2DFHA 2P9LA 2Y1IA 3V9WA 2A1SA 2HHUA 1N32K 1TKXA 1X3MA 1YT3A 3JAMO 2HHVA 3C7NA 1NGFA 1HPZA 3LDPA 2IC3A 4EP5A 5DMRA 5KRSA 1NMDA 2O8FB 1EX4A 5BPLA 3LAKA 4CEAA 1WSEA 5AQZA 3FFIA 2F96A 3MMVA 2GWJA 4BRFA 3CCQN 4LF4K 2Q36A 4DQQA 4BGAA 3TANA 4LC9B 3E01A 1Q9XA 3BF1A 4B3OA 2UU9K 3CHWA 4DR2K 5AQKA 4M7XA 3PY8A 4M7YA 4DU1A 5AQXA 2WTUA 1NK8A 2ZGZA 4BRIA 4CHQA 4AHSA 3DLEA 4DR3K 3B6PA 1SV5A 4K41A 4O5FA 4F9OA 5BREA 3WXLA 4FLTA 4CESA 3O9RA 3SJHA 5LMNK 4M3WA 4C8OA 3KLFA 2W6KA 1QQNA 1Q7YO 3DOKA 4DSFA 3E66A 3NF7A 3KKSA 5KGXA 4DTJA 2D0AA 3CJAA 3BZCA 1QVFM 3L3VA 3D2EB 3EN9A 3RMAA 5CR4A 4JK7A 4H5VA 3C65A 4OGEA 3O4QA 4DV0K 4M3TA 4B3RK 4G9ZA 1E4FT 3SLCA 4CFCA 3ZYYX 5GINA 2D0BA 3RTVA 1JLFA 4CF1A 2IDOA 1RFQA 2OTLN 1DEJA 1C6VA 4I9QA 3VQBA 4DUZK 3Q7CA 1A5VA 3A5LC 2EWSA 3RVCA 4AM6A 3SUNA 1RT7A 1J53A 4KHUA 1NBWA 4JD2B 2WONA 4DSJA 3TSUA 3SJJA 3O3FA 1V4TA 1VSFA 3OYHA 3DLLL 3KZBA 4X64K 3T69A 3DXKB 4DU3A 5GAEP 2HF3A 3AY9A 2O8BA 4K43A 3SAHA 3VETA 4DS4A 1IG9A 2O4IA 1TUYA 3J7AP 4TSXA 3V9UA 2G8UA 5JS2A 2NRVA 3E9OA 2QWPA 3O1WA 2JLEA 2FSNA 1TKDA 4KI4A 2WFBA 2EHGA 3HRGA 3VTIA 5C2FA 1BIZA 4CK2A 4BRKA 4J8FA 3VQCA 4O4GA 4BG8A 1VRTA 3QINA 3KKRA 5JLFA 3LZJA 1D5AA 1UWBA 2P9NB 2G8IA 1XHZA 2GX9A 2QI2A 4W5NA 4B1VA 1W7AA 3PX4A 5AQJA 3KVGA 2HHQA 3ZCMA 3K9KA 2YJEA 5J2PA 2OYQA 2I7NA 3WUHA 3AARA 3HPOA 3ENOA 4E3SA 4DKWA 2NRZA 2IAJA 1T3VA 4MO4A 3VEZA 2BGGA 1BHLA 1JCEA 1TKTA 1U04A 3M3ZA 1WBDA 1J9AA 3FZFA 3CFOA 1VQKN 1IKVA 1XMOK 3HO1A 1BO5O 4JS5A 2X6NA 1BA1A 4BC4A 2FC0A 2D1KA 1IG8A 4HVJA 3NBPA 5DM6L 4K8XA 3T3FA 1QVGM 4HCBA 2P9SA 2NRHA 4NLCA 4OPHA 4BE1A 4DFKA 3PV8A 1ZYQA 1HYSA 3IKMA 2VG5A 3TARA 3NF9A 1VQPN 3H45C 1YXQA 3WXKA 1E3MA 4BRQA 4BE2A 3QBWA 1Z25A 3M8RA 1NK0A 2E1YA 2Q31A 3O9UA 3HPGA 1IKWA 4KAZA 4Z0UA 1L3UA 4FPBA 2E20A 4CHPA 3QETA 1HKGA 3VGLA 4WF9L 4ELTA 4DF8A 1TK0A 5E84A 4BRCA 3VENA 1JLBA 1ASUA 2WBNA 2O8DA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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