1VQ8N

The structure of ccda-phe-cap-bio and the antibiotic sparsomycin bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal rna
total genus 47
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vq8N00
1YHQN 3CCVN 4WF9L 1VQON 2ZJQL 5HL7L 1YJWN 4WCEL 5GAGP 3PIOL 3CCUN 1KQSM 5DM6L 3CF5L 3I56N 3CCJN 1VQLN 1VQKN 1VQPN 5GAEP 1KD1O 3G6EN 3CCSN 3J7ZO 3CXCM 1VQ8N 1Q81O 4WFAL 4IO9L 1W2BM 1S72N 5JVHL 3G4SN 1VQ9N 3OW2M 1Q82O 3CC4N 2ZJRL 4WFBL 5JVGL 5GADP 3CC7N 3CMEN 3DLLL 1YJNN 4IOCL 1VQ7N 1YIJN 2OTJN 1M1KO 3CPWM 1N8RO 3CD6N 3I55N 1YJ9N 1VQ6N 3CCQN 1QVFM 2QA4N 3G71N 1QVGM 1VQNN 1ILYA 5H1SQ 4U67L 3CCRN 1K73O 1OVYA 1K9MO 1YITN 4IOAL 1M90O 1JJ2M 2OTLN 1VQ4N 3PIPL 5GAHP 3CMAN 4WFNL 1K8AO 1Q86O 1NJIO 2ZJPL 1VQ5N 1KC8O 5MLCQ 1VQMN 1Q7YO 3CCEN 3CCMN 3CC2N 4UY8O 2QEXN 3CCLN 5DM7L 1YI2N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4G1QA 4JKAA 5J2NA 4KRFA 3CQ8A 4DQ8A 4CK3A 1YJWN 2GTDA 3CJAA 4OPAA 4M3WA 3EEQA 3PIOL 5CZ2A 3UKUA 1HKBA 1XHZA 1CLQA 3ZSZA 4WQ5C 3FGUA 4WQ5A 4JI8K 4CBXA 1LWCA 4KH4A 3PX6A 2E5LK 5AQSA 4CHPA 4E0DA 3A5LC 3MCAB 2HMPA 2F9TA 2GBZA 4JAXA 3UKRB 2QKBA 5AQPA 2ZF5O 4M7YA 3AY9A 2QK9A 1L3VA 4O5BA 1Q82O 3OW2M 4C1NK 3NDKA 3A8YA 4FJMA 5C10A 3ZSYA 4ELUA 3SQ4A 3AGKA 1S1TA 4FWRA 4DTSA 1JCEA 2EWSA 3P1GA 3LP0A 4HCBA 3QIPA 1NGHA 3HJFA 1YIJN 4GKJK 1NGCA 1TVRA 1WSHA 1KRPA 2WFBA 4IFVA 4ILJA 2HHSA 1UA0A 1HYSA 4IO8A 3OJUA 4B3RK 5I9EB 4CW7B 4IDKA 3HL8A 1HKGA 2NRHA 3GDQA 5KTQA 1QHAA 2YNIA 1VSLA 5J1EA 2V7ZA 2P9UA 3TU5A 1WAFA 2I7PA 1S1WA 1L5UA 2YKMA 2V52B 2VG7A 2H3GX 2HNYA 3KLEA 1BQNA 1KAYA 3S3NA 5C24A 2E20A 5E84A 4LD0A 2OTLN 4FJXA 3FLCO 4QAGA 1HPMA 5F1XA 3OYJA 1U49A 3E9LA 3SBGA 4Q0BA 3QMLA 1Y97A 1EX4A 2W6LA 3WEEB 4EIAA 3S41A 1VSEA 1Q7YO 3ZLJA 3E9OA 3CCEN 3VQ6A 5BPNA 4E7KA 1NKBA 3PO5A 2IS3A 2A1SA 4DR3K 5BRFA 4FW1A 4FOEA 3HK2A 3VGLA 4CF8A 2ZJQL 2P51A 4FK2A 4DUYK 1FJGK 1OH5A 2W40A 3BZKA 5JLHA 4OVLA 2IOCA 1IH7A 1S9EA 2KHOA 2IIRA 1IG8A 3THWB 2W41A 5AQLA 5DM6L 3VESA 3OYKA 3VTHA 2EHGA 1EO1A 1DTQA 4ELTA 1CXQA 4KB0A 1VQPN 4CHYA 3FZHA 3V1RA 4EFHA 3NHGA 3OHRA 4F3OA 4RG8A 4BRIA 2ATQA 1NGJA 4CVNE 3SUNA 3O4QA 2VWBA 3LDQA 2D0OA 3AVMA 4DF8A 2YI1A 5AQNA 2E2OA 4HTLA 1A5WA 2YKNA 3SK3A 3SMPA 3G4SN 4BRAA 4K41A 5AQVA 4FPBA 5C0YA 4MFBA 2BANA 1MWMA 2NNWA 4CEDA 1RBTA 1NK5A 3R9PA 4FWLA 2QWNA 3VMFB 4DFPA 1ZBUA 4GKKK 4BWJA 3QNOA 2O8EB 4YORA 5AQGA 3KZBA 3ULEA 3K5MA 3EE8A 3QBWA 4JKGB 4M3XA 2X74A 4J2AA 1X9SA 2Q0UA 3QEIA 4A62A 4FJGA 4CD1A 1MU2A 4B9SA 2RHKA 4LSNA 1YUWA 1W9HA 2XRIA 1BUPA 3VEWA 4DR4K 4YOXA 4KKOA 3KK1A 3M5RA 4BWMA 5J2QA 4IOAL 1GLJO 3LALA 1R0AA 4DS4A 3CMAN 4CE9A 1VSDA 3VA3A 2JWLA 1VSIA 5AZIA 5BREA 1KC8O 1VQMN 4RW8A 4B3SK 1DEJA 3CIPA 3CC2N 4JS5A 1S6PA 1VRTA 2FC0A 3L4IA 1YI2N 1GOBA 5KRSA 3VQ8A 4JI7K 1C1CA 1NGBA 2F8SA 1YAGA 2ZD1A 3OYFA 1KLMA 3T69A 3HXMA 3ZEUA 1ZYQA 3U3GA 3OVNA 2VYPA 1KVCA 3VPZA 4HTUA 4O5FA 4K8XA 3C7NB 4PKHA 2X78A 4DV7K 3V9UA 4PHTX 4HVJA 4FZZA 2W6KA 1EWQA 2P9PA 4LH4A 4UQGA 2IGIA 1XMQK 1KCFA 1TYQA 4J2DA 3I8BA 4Y1CA 4CZFA 2P5OA 2YHBA 1ATNA 4MQ3A 3D6RA 3U9ZA 4H0TB 3OS0A 3T1HK 1RT1A 1YVUA 3PY8A 1C6VA 3RSEB 4EAHD 3L2QA 3VEOA 3QO9A 2D0PA 4IOCL 1HJOA 4M3RA 4HUGA 3FFKB 3W3DA 2I5JA 4IBNA 2Q1NA 5HROA 4LF5K 2B5JA 1K6YA 3V1OA 3MN5A 2ZGZA 4DLGA 4BVPA 1BA0A 3TANA 3RRGA 4GW6A 4PKIA 1YTAA 4JKEA 4BRQA 3GE1A 2P5GA 3E01A 1VQNN 3AA2A 3ALYA 3KVGA 4DV6K 3HOTA 5LJVA 3MAQA 1BHLA 4A5BA 1ZBHA 3HPHA 4FOIA 4OLAA 4O44A 1K8AO 3VQCA 3KWIA 1CZBA 3PX0A 3MEGA 1W7AA 3LPTA 2HBKA 2B4JA 3CCMN 4FLZA 5AZJA 1TAUA 1X9WA 4JYAK 4DS5A 1EP4A 4JRPA 4KTZA 4H8KA 4DHYA 4WCEL 3SPYA 3QBXA 5ADXH 3AVGA 4H0YB 4HHTA 4KH6A 3NF6A 5CE3A 4FK4A 3WXMB 2O8CB 5AQQA 1JLAA 4CEAA 2WBNA 3OYHA 3I8DA 2WTUA 1D5AA 3CJBA 4CJUA 3RMAA 4CZKA 3TSQA 1TKXA 3WNEA 2KKZA 4YHHK 3HVRA 4JKBA 5JS1A 3GBTA 3O9TA 2E8AA 4IO9L 1S72N 2OPRA 1J6ZA 4QOZB 1KFDA 3AGRA 1TK0A 2R7YA 3WXKA 3KK3A 4C8OA 2KZZA 4B3TK 4FM2A 5GIOA 2XY5A 3BF3A 1CXUA 3AVJA 3RRHA 2OZMA 3O9SA 2W42A 3UKRA 4NYNA 5EXWA 4FJNA 3CG7A 4DMNA 1BQMA 2F8TA 3IUCA 4F2SA 3R3LA 4BR9A 3HYFA 3RWUA 5HRNA 4ICLA 4IG0A 2JWKA 1UA1A 2FBVA 3SNNA 4JKCA 3LPUA 4MLEA 1OVYA 3ZT2A 1K9MO 3O6WA 3T3FA 1OKJA 1EKEA 4LFAK 3AVNA 4DSLA 5T7BA 5ELZA 4B08A 3ZSRA 4J2BA 4FWOA 2FBXA 3DLKA 3SAFA 4PKGA 4W5OA 3J7AP 3J80O 1CZ9A 4AHVA 1J53A 3UIQA 3H46O 4Z4CA 2HBMA 3LM9A 4BQLA 2G8WA 2UUAK 3IMXA 1NK9A 3EY1A 3P39A 2CGLA 3DYAA 3BEXA 5HP1A 4YOVA 2HHTA 2HOEA 4BREA 3MWTA 1A5XA 5KI6A 3LDSA 3B6PA 4CF1A 1X9JA 5AQJA 5KPTA 1VQKN 4K43A 5EOYA 5GAEP 1QQCA 1EETA 1GLCG 3VQDA 3GOIA 5KPRA 5E41A 4OPKA 1TAQA 3KHYA 1LW2A 1SV5A 2P9IB 2DFHA 3SMSA 3OYIA 3C94A 2Z1IA 1RNHA 4JI0K 5JICA 1LWFA 4CIFA 5GINA 4B1VA 3K5OA 3THWA 3IG1A 3CI5A 2UUCK 2PFUA 3WQTA 4Z94A 5GADP 5BR9A 1NOYA 3DLGA 2YX6A 4YOUA 4BRKA 4H0VB 4PA1A 2QTDA 3C6UA 4CGHA 4ID1A 1BGXT 4QCLA 2G8VA 1O1WA 1W97L 5KQDA 3IAYA 5A2QO 1M1KO 3HI0A 3SI6A 1HYVA 3VQEA 3L4QA 4XH5A 4C8NA 3ZT3A 2E2NA 1D9DA 4L8RB 1U2VB 3KKRA 5AQUA 4OGCA 1BCMA 3JAMO 3ATUA 3AA4A 2Q0RA 4AF1A 4BRLA 1BA1A 4AH9A 1WUAA 5AQIA 4AM6A 3NBPA 3VEZA 4M45A 2PYLA 5DK5A 4N47A 3SUPA 2O8EA 3LANA 2ZJPL 3E1YA 2FSJA 4JKGA 1OH6A 3ZT1A 1IBLK 1VSFA 2G8FA 1TKTA 3ZCMA 3ZSOA 1BI4B 3AVLA 1HR0K 1Z26A 2QEXN 1WAJA 4LF7K 4KPYA 4O0JA 3CCLN 5DM7L 2WONA 4CF9A 3DXMB 3QLHA 4DF4A 4FL9A 2DY4A 3KLGA 1ZBIA 1N36K 1ZBFA 3LM2A 4CEFA 4ZTJA 3KIOA 3SLCA 2KQ2A 1TK5A 2A1RA 1HX1A 4DTPA 3L8BA 4BY9C 1LOTB 4O8KA 3VF6A 3T1YK 1Q8IA 4GVEA 3RTVA 5CZ1A 4FZYA 2RF2A 1CZAN 4JI2K 4LF6K 3HOSA 3MECA 4B1WB 3CFRA 1VSMA 4X64K 3V9ZA 3KJVA 4IKFA 1MWKA 5EX5A 3GG4A 4DQIA 3SUQA 3A2FA 2V51B 4BG9A 5F0XA 1RGIA 4J8FA 1GOAA 4CJEA 5AQWA 4LFCK 3DLLL 3SQ0A 1N5YA 2G8HA 3C7NA 1IO2A 4BG8A 4CK1A 3QEVA 3AVKA 3KD1E 2F9WA 3LP1A 4KTQA 4B9MA 4FLXA 4LF4K 4DFKA 4I6MB 4PUOA 1XMOK 3AO3A 3LP3A 3C0BA 4DR2K 3LAMA 2NRXA 1NKCA 1HNXK 2GV9A 4BRGA 4ELVA 4DV4K 4M42A 3RSEA 5CYQA 4HUFA 3OA9A 5H1SQ 4XH4A 4CJ7A 3M8RA 1D4XA 4CEOA 3ZT0A 1QHTA 3EKUA 2DTUA 3O9RA 3N4PA 5HRRA 1JLGA 4DCHA 3ZSVA 1WBDA 4WFNL 1WN7A 3ZETB 4FWKA 3W0LA 3OYLA 3V1QA 2P9KB 3VQAA 2NRRA 1RT7A 2VG6A 4CZIA 4JS4A 1FKPA 4K0KK 1EWRA 3ITHA 3O3GA 2I7NA 3LZIA 3SQ2A 1YF5L 4NXMK 1WSIA 3NE6A 3ATVA 3FR0A 1LAWA 1JXBA 4WF9L 5SWMA 2HSTA 4ISGA 2D0CA 5CY4A 1C0MA 3LWMA 1VQON 5CYMA 4FLVA 4DSJA 4FWPA 4DU3A 1FK9A 3J81O 4AHSA 2Q31A 5AQZA 2KFZA 4ZTFA 4H4OA 4FJJA 3VQBA 2QI2A 4BRDA 2YHXA 3CCJN 2A3ZA 4B1XB 5JMVA 3VEVA 4RW7A 4FM1A 2JGUA 4B3OA 3ASMA 4O4GA 1OH7A 4DQRA 1XQSC 2Q97A 3QFUA 1S3XA 3LDLA 3S3MA 5ADXA 3OBWA 4CJKA 2VCPA 2A5XA 3NCIA 4CESA 5HOOA 4EZ9A 4OPHA 1REVA 4A5AA 1NGFA 3S3OA 3B6OA 3DM2A 1Q9YA 5JVGL 4KHYA 1U6ZA 3TTDA 1TL3A 2E4LA 4DQPA 1YJNN 4H0PA 5LMNK 2O8CA 4CERA 4NB4A 4KAZA 3SYZA 4AQYK 4LY7A 1SUQA 4CIGA 5AQYA 4FLYA 1EQYA 3TI0A 1O13A 2WC9A 4KHSA 3TAFA 1N8RO 3AA3A 4K8ZA 3R8EA 3UB5A 1LAVA 4IEIA 5KGXA 1IKXA 2A6AA 3V9XA 2IDOA 3MEDA 3SUOA 3H45C 2VGNA 2YHAA 2KLAA 3L2UA 4U67L 3MDQA 4XH1A 4IJNA 4IDHA 2ETJA 2OPQA 5JLFA 1JLEA 4Z4IA 1BOTO 2QW9A 4FPAA 2NRZA 3PIPL 3CERA 4BRCA 5GAHP 4C1NI 5HRPA 5B8HA 4M41A 1LW0A 1FKOA 3KK2A 5MLCQ 4U7BA 4GV3A 1A5VA 4FYDA 1XNRK 3NVKA 4KHPK 4UY8O 3G25A 2PZSA 2E1ZA 2FBYA 1NJZA 2OANA 1JXEA 3DAWA 1SL1A 1NJXA 3NGYA 4M3TA 1GOCA 4GMJB 3KLIA 4ID5A 5BRDA 4CFBA 5CHIA 4I2QA 4IFEA 2A42A 3H1QA 3ID6A 1QTMA 3TARA 3LL3A 3H08A 1NJWA 2GWJA 2HHXA 3MX2A 4NLCA 3IKMA 2F4VK 1JCGA 3EE9A 1RDCA 1DTTA 4H5WA 5AJ3K 4FJ7A 2G8IA 4DR6K 1VSHA 4YOYA 2KTQA 1ASVA 3S9HA 1VHXA 4I2PA 1VQ8N 4FXDA 3O4WA 3HP9A 4I9QA 1N33K 1NLVA 2IVPA 1Q81O 2X6NA 4IWVA 3CQYA 1VRUA 3TAMA 4DR7K 4BC5A 2PAVA 2YNGA 5GIPA 1L3SA 4CF2A 3VEXA 2HF4A 4YOWA 1YVNA 4G9ZA 1ZBLA 1UAXA 3TAGA 3NAEA 1D8YA 3DXKB 2AA4A 2P9IA 3FZKA 4E19A 2O4GA 1IG9A 3HZ6A 3JSMA 4B9QA 1C0GA 4QS7A 3O8MA 1X9MA 4O0IA 4LC9B 3VQ9A 4FJIA 3I55N 4F3TA 3SAHA 3CJ1A 4LSLA 4YOTA 3WXJA 3LDPA 3VEYA 4KHQA 1QVFM 2QA4N 1K8KB 3OYMA 1KFSA 1KLNA 1K73O 3SJHA 1RDWX 4CFAA 2RE2A 3F5TA 4N5SA 2F96A 1DLOA 4CFCA 3HTVA 3L2VA 3L3VA 4DQQA 2VQFK 2IVOA 1LWEA 5F2RA 4W5NA 1U2VA 3P83D 4M7XA 4ISEA 3F73A 3K9JA 4FK0A 3AV9A 5M1KA 4GVMA 3TTFA 4OGEA 2AP1A 5FLXO 3BDPA 4AHTA 5BN8A 4FSVA 5HL7L 4BRNA 2O8BA 4NLBA 4NYFA 5EY4A 3VQPA 3K5NA 4E1JA 3OY9A 1VQLN 3IRXA 3TR8A 5FRMA 2HW3A 1S6QA 3VF2A 1VK0A 3SBTA 1Z05A 5M1NA 2J4RA 5IT9O 3OYBA 4DLEA 3J7ZO 3T1AA 3VF4A 5I3UA 4EZ6A 4M63C 4MLHA 3DXMA 3H3NO 4M3ZA 1RT4A 3WT0A 1S9GA 1L3TA 4BACA 4Y0WA 4CJPA 4M3YA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YHQ N;  3CCV N;  4WF9 L;  1VQO N;  2ZJQ L;  5HL7 L;  1YJW N;  4WCE L;  5GAG P;  3PIO L;  3CCU N;  1KQS M;  5DM6 L;  3CF5 L;  3I56 N;  3CCJ N;  1VQL N;  1VQK N;  1VQP N;  5GAE P;  1KD1 O;  3G6E N;  3CCS N;  3J7Z O;  3CXC M;  1VQ8 N;  1Q81 O;  4WFA L;  4IO9 L;  1W2B M;  1S72 N;  5JVH L;  3G4S N;  1VQ9 N;  3OW2 M;  1Q82 O;  3CC4 N;  2ZJR L;  4WFB L;  5JVG L;  5GAD P;  3CC7 N;  3CME N;  3DLL L;  1YJN N;  4IOC L;  1VQ7 N;  1YIJ N;  2OTJ N;  1M1K O;  3CPW M;  1N8R O;  3CD6 N;  3I55 N;  1YJ9 N;  1VQ6 N;  3CCQ N;  1QVF M;  2QA4 N;  3G71 N;  1QVG M;  1VQN N;  1ILY A;  5H1S Q;  4U67 L;  3CCR N;  1K73 O;  1OVY A;  1K9M O;  1YIT N;  4IOA L;  1M90 O;  1JJ2 M;  2OTL N;  1VQ4 N;  3PIP L;  5GAH P;  3CMA N;  4WFN L;  1K8A O;  1Q86 O;  1NJI O;  2ZJP L;  1VQ5 N;  1KC8 O;  5MLC Q;  1VQM N;  1Q7Y O;  3CCE N;  3CCM N;  3CC2 N;  4UY8 O;  2QEX N;  3CCL N;  5DM7 L;  1YI2 N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4G1Q A;  4JKA A;  5J2N A;  4KRF A;  3CQ8 A;  4DQ8 A;  4CK3 A;  1YJW N;  2GTD A;  3CJA A;  4OPA A;  4M3W A;  3EEQ A;  3PIO L;  5CZ2 A;  3UKU A;  1HKB A;  1XHZ A;  1CLQ A;  3ZSZ A;  4WQ5 C;  3FGU A;  4WQ5 A;  4JI8 K;  4CBX A;  1LWC A;  4KH4 A;  3PX6 A;  2E5L K;  5AQS A;  4CHP A;  4E0D A;  3A5L C;  3MCA B;  2HMP A;  2F9T A;  2GBZ A;  4JAX A;  3UKR B;  2QKB A;  5AQP A;  2ZF5 O;  4M7Y A;  3AY9 A;  2QK9 A;  1L3V A;  4O5B A;  1Q82 O;  3OW2 M;  4C1N K;  3NDK A;  3A8Y A;  4FJM A;  5C10 A;  3ZSY A;  4ELU A;  3SQ4 A;  3AGK A;  1S1T A;  4FWR A;  4DTS A;  1JCE A;  2EWS A;  3P1G A;  3LP0 A;  4HCB A;  3QIP A;  1NGH A;  3HJF A;  1YIJ N;  4GKJ K;  1NGC A;  1TVR A;  1WSH A;  1KRP A;  2WFB A;  4IFV A;  4ILJ A;  2HHS A;  1UA0 A;  1HYS A;  4IO8 A;  3OJU A;  4B3R K;  5I9E B;  4CW7 B;  4IDK A;  3HL8 A;  1HKG A;  2NRH A;  3GDQ A;  5KTQ A;  1QHA A;  2YNI A;  1VSL A;  5J1E A;  2V7Z A;  2P9U A;  3TU5 A;  1WAF A;  2I7P A;  1S1W A;  1L5U A;  2YKM A;  2V52 B;  2VG7 A;  2H3G X;  2HNY A;  3KLE A;  1BQN A;  1KAY A;  3S3N A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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