1VQ8N

The structure of ccda-phe-cap-bio and the antibiotic sparsomycin bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal rna
molecule tags Ribosome
total genus 47
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vq8N00
2ZJQL 3CC4N 1JJ2M 3G6EN 4WCEL 3CPWM 3CCVN 2OTJN 5JVGL 3CC2N 1K73O 1VQMN 1KQSM 2QEXN 3J7ZO 3CD6N 4IO9L 4U67L 1VQPN 5MLCQ 1KC8O 1VQ5N 2ZJRL 3I55N 1YITN 1Q7YO 3I56N 3CCQN 4WFAL 1VQKN 3CMEN 5H1SQ 3PIPL 3CMAN 5GADP 1M90O 5GAEP 2ZJPL 2QA4N 3CCMN 1Q86O 3CCEN 1ILYA 1YI2N 1QVFM 1M1KO 1VQ9N 1Q81O 3CCSN 2OTLN 3CC7N 5DM6L 3CCLN 1K8AO 5GAHP 4IOAL 3DLLL 1K9MO 3CF5L 1N8RO 4WFNL 4UY8O 5JVHL 1S72N 3CCUN 1NJIO 1VQON 1QVGM 3G71N 1W2BM 1VQ4N 1VQ7N 1YJNN 3CCJN 1YIJN 1YJWN 4WFBL 1KD1O 5HL7L 1YJ9N 3OW2M 4WF9L 1YHQN 3PIOL 1Q82O 3G4SN 1VQ8N 1OVYA 1VQLN 5GAGP 1VQNN 1VQ6N 3CXCM 5DM7L 4IOCL 3CCRN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ULEB 5CZ2A 4NCAA 2O8BB 4CEEA 3G6EN 3HO1A 3O1WA 1HYVA 3RWUA 2YHBA 3TAQA 3UKRA 1Q8IA 3AVHA 3A8YA 1XWLA 3PO4A 1KQSM 1HMVA 3C6AA 5KI6A 3DXMA 1BA1A 5AQNA 1EWQA 5IT9O 1IBLK 4IFYA 3QETA 4XEIA 4FJ8A 3OJUA 4KHUA 5EY4A 3QERA 2O8EB 4AHSA 3SUNA 3HP9A 4A59A 1BCOA 2F96A 3HK2A 4H0XB 3H6EA 1T8EA 3K5OA 3DLGA 3EO3A 1QQOA 3OYJA 5J2QA 3SQ0A 3KTQA 1ZYQA 3KWIA 3K5MA 1NKCA 3ZX0A 3VQDA 2HBMA 3C0BA 4ID1A 3HPGA 3VQPA 1TK0A 4I6MB 3VQ4A 2YKMA 3FZLA 3O9QA 3KKSA 1BCMA 4XH1A 3OBYA 3GOIA 4WQ5C 3VQEA 3AA2A 3VPZA 2OPRA 1KSPA 4CGGA 1MWKA 3I0RA 4E1MA 4DR2K 3ZT3A 3G71N 4M45A 4CK1A 2P9UA 3LZJA 2P9SA 3AO3A 4KAZA 4W5OA 2QI2A 5AZIB 1XNRK 3HL8A 4WFBL 4CHYA 3L2UA 1GOBA 4DSLA 3OHRA 3MN6A 3IS9A 3T3FA 1JLFA 3U4LA 1XI1A 3AVFA 1Q82O 4JEPA 3C6TA 5CYMA 3HSTB 2HHVA 3LDLA 3QIOA 3ATVA 4U7BA 4K25A 3HJFA 2HHTA 4BRDA 4Z4HA 3HOSA 3AVKA 4YOWA 4KHWA 1ZBIA 2QWQA 4BRAA 1D5AA 1TAUA 4DQRA 1U45A 2B4JA 3KK1A 3SLCA 3VQ5A 3AARA 2HHWA 3TAMA 4BE2A 4B3SK 5HRNA 3RMDA 2FLOA 3DAWA 3WT0A 1FXXA 1H1VA 3RMBA 1SZ2A 3ISNC 1RT6A 5AZJB 1L5UA 4K8XA 4JD2A 3VQ7A 2Y1IA 3QLHA 4MQ3A 4BWJA 1YITN 1S6PA 4CJKA 2Q31A 4B1YB 4OGEA 3BZCA 2V51B 4HWIA 1JLGA 3S41A 1CZAN 4GVMA 2I7NA 4G9ZA 2YV0X 3VTIA 1YVNA 2ITGA 5GAEP 4OPJA 2IAJA 1NK5A 3LWLA 1LWEA 2Z1JA 3L4QA 2OZSA 2PBDA 1VSIA 1KXPA 5C10A 4CVNE 3MN9A 2NUBA 3KWGA 1X1PA 3DM2A 5CHIA 1KAZA 4YFUA 3OBWA 3E9PA 1C0FA 3RR8A 3KD5E 4M3XA 3GE1A 1JLQA 4XH5A 5KRTA 4FLZA 3GBTA 4KH5A 1RDWX 4FWNA 4HUFA 3AA4A 1SKWA 4B3MK 1XC9A 1S1UA 3AO4A 4DSIA 5LL6Z 5C2DA 2JGUA 4CIGA 4B8CA 4B08A 4CHZA 4CFBA 4JNEA 5K14A 1IKVA 2PAVA 4IEIA 2XY6A 4Z4FA 2VG5A 4DV1K 3PX6A 3EY1A 3AO1A 4O4GA 1NU0A 4PQUA 3OW2M 4M3TA 3EZWA 4M3YA 2NRTA 2NZTA 4B9NA 1CLQA 1NOZA 1X3MA 3O3FA 4JKEA 1VQ6N 1BO5O 1A5VA 1VSDA 1QTMA 4CJLA 4CECA 5DM7L 4FPAA 5FPEA 3C7NB 2P5GA 1S22A 2XO7A 3WXMB 2CGKA 4CE9A 5AJ3K 1JXEA 3CJCA 4I2PA 5BR8K 1RT7A 3T1AA 3ZSWA 2ZQBA 3OYBA 3VERA 4JKFA 1Z25A 4EZ6A 4DR4K 4B9SA 3SV3A 2CGJA 3SMPA 4A2BA 4JI3K 3MWTA 3IG1A 3O5BA 3DMJA 1WUAA 5AFUA 3THYA 2O8DB 1EETA 1K8KA 4LFAK 2HBLA 4M41A 1ASUA 3AGRA 3EKSA 3SV4A 1XMOK 4KTWA 1XHXA 3O80A 3A5OC 3MDQA 4MDAA 3U8XA 1WSFA 3HTVA 2FC0A 4BE1A 2QWOA 1DTTA 3P1GA 3W0LA 3P83D 4FW2A 3OVNA 4ELVA 2E2OA 2F8SA 1Y64A 3QNNA 4OPKA 2ASPA 4CJFA 2KFNA 1S72N 4DFMA 3M1FA 4CJSA 4ID5A 1D8YA 1HUXA 4DU3A 1QVGM 4UQGA 2A1RA 1NMDA 3SAHA 4EZ9A 4AM6A 2G8VA 4NCGA 3VF2A 3GG4A 4CF8A 4CJ5A 4IJNA 1Z6RA 3FZHA 3H1QA 1WSJA 1S5JA 1KRPA 4JI2K 5KGXA 3ZSYA 4BRKA 1JLCA 2W42A 2QWMA 5AQIA 4DV0K 4LF9K 3DLBA 2IOCA 3LDSA 2O8BA 1VQ8N 4O8KA 4IOXA 3LAMA 5KPZA 3UIQA 4RTFD 4BQZA 1S1WA 5AFUH 4X62K 1FW6A 4CZLA 4BRLA 1S9GA 4CFDA 4LSNA 3V1OA 2UUAK 2J4RA 4WCEL 5EX5A 1X9SA 3WXJA 4CEQA 4JHDA 2GTDA 4WQ4A 3L4IA 5FPNA 2O8EA 3JAMO 5HBMA 2V52B 1QSLA 4JI0K 3IDHA 2PYLA 1SV5A 2E6MA 5MLCQ 3QEIA 4C8LA 4KI4A 2KFZA 1HR0K 2YNIA 3KLIA 4H03B 3F2KA 1TYQB 3AVBA 3D2FB 1VSMA 3A5NC 1RFQA 3R6MA 4K41A 5M1NA 2RN2A 1RT5A 4B3OA 4DLGA 4CFCA 3WQTA 3E1YA 1WBDA 3KZBA 3QINA 5DK5A 4BRHA 4IFVA 1V4TA 1YI2N 4MO5A 3OA9A 3B6OA 3CCSN 4BRQA 4KREA 1Z26A 4DMNA 5DM6L 1K8AO 2F9WA 5GAHP 4JI7K 4ELTA 3VN5A 3T1YK 2HF4A 4BWMA 1UOCA 2P9IB 5F0XA 4AHRA 4BDZA 3M3ZA 4NLBA 1XMQK 4LD0A 1U47A 1VHXA 3D2EA 4B3TK 3D7EO 5JMVA 5JS2A 4DHYA 4DSFA 4C1NI 1NGFA 3QNOA 2P5OA 4W5TA 5E41A 1KVAA 3KK7A 4I9LA 2YCHA 3SQ4A 4KO0A 5BPMA 3CETA 5D3GA 4H0PA 2PY5A 1HYSA 1NM1A 4ILGB 4M42A 2I5JA 4GKKK 3AVJA 1VQNN 5C15A 3OYEA 3BDPA 2GWJA 4IOCL 3AAPA 2ZJQL 3SPYA 4PKIA 1U4BA 2E20A 4DR7K 3HT3A 1CXUA 2PZSA 1VQMN 3TARA 2QWLA 3ZEUA 1I3AA 4CJWA 3UE5A 4FOIA 2HHUA 1WN7A 3R1XA 1BGXT 1Q18A 1VSEA 4CIFA 3SK3A 1VQ5N 2E2QA 1GOCA 2P9PB 3KK3A 3TPQA 4JS4A 3CM5A 1C0TA 4O55A 4CZGA 1VQKN 1WOQA 3TWHA 1NMNA 1IV0A 4PL8A 3RTVA 3CJ1A 2XHBA 4AQYK 1N36K 5E26A 3PV8A 4FO0A 3SBGA 4X66K 1TGOA 3MCAB 4HTUA 1OH5A 4B9LA 3MECA 3ZETB 2KZZA 3HP6A 3RVCA 3EZ5A 3OYHA 3FZKA 4Z94A 2A42A 2O8CA 1ITGA 3THWA 2HW3A 2OTLN 4BRIA 1JCEA 5T7BA 4BR7A 3ULDA 1NGHA 2QTDA 4B1UB 1RBRA 3U3YA 3MN7A 3OYCA 4IOAL 5SZTA 4BQLA 1VSFA 4Q0BA 3TAEA 4KHQA 1JXBA 2GUPA 2P9KB 3CFOA 3L0QA 4MDBA 4ISGA 1VQ7N 1KAXA 1VRUA 1GLBG 2E5LK 3OYNA 3BF1A 3NDKA 4TSXA 4JYAK 5BREA 2W6LA 1DLOA 2F7TA 1KD1O 4OLBA 1WAJA 1T44A 3R9PA 4NLCA 1NLVA 4CJQA 1D4XA 5AQYA 4CF9A 1S1XA 4Y1DA 4Y1CA 1EP4A 1HNIA 4Z4IA 4ZTJA 1D9FA 2BANA 5ADXH 1BU6O 4PKHA 5BRHA 3WUHA 1IKYA 1G15A 2GUIA 2VCPA 3TANA 3CCRN 1QHAA 5CR4A 1KCFA 3A5MC 1NK8A 3JS6A 4BRPA 2ZD1A 3HPOA 3NF8A 4N41A 5SWMA 3VEYA 3G10A 4BC5A 4FWKA 3NE6A 1TK8A 3AVLA 3CPWM 4PHTX 2QM1A 4DV5K 1RTHA 4E3SA 4BRCA 1K73O 3QEPA 4BDYA 3CD6N 1RILA 3OJSA 1W9HA 4DV7K 4CHQA 3NGIA 1KC8O 3N4PA 2BUPA 1J5OA 2UXDK 3K59A 2UUBK 1S9EA 4L8RB 4WFAL 1A5WA 4F2SA 1BIUA 4JI5K 3QFPA 4DQSA 3KHYA 2HHSA 3CMAN 1GOAA 3IMXA 2QA4N 1TAQA 4JK9A 1HYZA 4A57A 3CQYA 2YKNA 5JLHA 4CF2A 1Q81O 3M8PA 4ELUA 4AHCA 1YXQA 1XNQK 4NB4A 3CC7N 1C1CA 4FVMA 2NRHA 5HOOA 3DLLL 5AQPA 4F3OA 3WNGA 2HMPA 1N8RO 1ATRA 1X9JA 2VQFK 3S9HA 4CZKA 4FZZA 4FM2A 4H5VA 5JVHL 4IJAA 2HHXA 3AV9A 4CF0A 1GLFO 3ZYYX 2GELA 5B8HA 4H0YB 3MAQA 1RBUA 3T1HK 4FLTA 1HQUA 5AQWA 3RSEB 4X64K 1NK9A 3ID8A 3RRGA 1WSEA 4MFBA 4BGBA 4E89A 1JLAA 2NNWA 3C95A 4B9QA 3VQCA 3V9WA 2EHGA 3LPTA 3ID6A 4FPBA 4FWOA 2JLEA 1SL0A 1DEJA 4DKWA 2YHAA 2E1YA 1RCHA 4DR5K 1QQNA 4CD3A 3ATUA 1Q9XA 4BDPA 2VWKA 3NGYA 3WQUA 4E7LA 1XQSC 5AQGA 4FK2A 4YY3K 4Z0UA 3THXA 3K9KA 3TI0A 1SKRA 2HHQA 4JI1K 4KHYA 3ZT1A 3DLKA 3KVGA 4CF1A 4CIEA 3L2WA 1U2VB 1BQMA 4LFBK 1S3XA 1V4SA 1JJ2M 2O4GA 4HUGA 3QEWA 1BDGA 1B9FA 4H5TA 1OH7A 1WLJA 1E4GT 3EL2A 2NRRA 4YOXA 2W6KA 3EE9A 4CESA 3EN9A 4JKCA 3QDKA 3L6QA 1KLMA 4IZ9A 3DYAA 3VF6A 1HPMA 4CEFA 3F5TA 4CEDA 3DLHA 4M3RA 4O0IA 1W97L 3ZT0A 4J2DA 2XY5A 2F4VK 3NBPA 4RCHA 2G8KA 3VGKA 4CZHA 4OKJA 4YOYA 3K0SA 1NBWA 2XRIA 4FJIA 4DV4K 4FJJA 3UKUB 5KPTA 4CGHA 3KJVA 3O9UA 4XIUA 1Q86O 5BPNA 1QVFM 2VGMA 3O6WA 3SJHA 3QBXA 4JKGB 1NKEA 3J8AA 2O8FB 4PWDA 1WSIA 2RE2A 3IKMA 1JKHA 3THVA 2P9NB 4WE1A 4A62A 4DTMA 1UWBA 1QQMA 3VQBA 1HX1A 5AQUA 3UB5A 2F9TA 4HTLA 4OKKA 3ZSXA 1I94K 4B8AB 2HBJA 1QQCA 1N34K 2F8TA 3AGKA 3BP8A 3CERA 3CIPA 3VENA 3CQXA 4FJKA 3SJJA 4QCLA 4BRMA 3KLGA 4IDKA 2QK9A 4IG0A 2IC3A 1YUWA 5J2MA 2O4IA 4FWLA 2VQEK 3LPUA 3RMAA 4DWIA 1TV6A 1SKSA 5HL7L 2FBXA 1SUQA 3I8DA 3KD1E 3GDQA 4C8NA 5C0YA 3NVMA 1NJZA 2A6AA 1RBVA 3I8BA 3F9KA 3T7ZA 3V1QA 1L3SA 1L3TA 4CJRA 4RW4A 2VG7A 1RBTA 2Z1HA 3DOLA 3FR0A 1JCFA 1I39A 4DQPA 4DQ8A 2Q2RA 1YAGA 2D4WA 3P31A 4DTJA 3OYMA 1ZBHA 4CHOA 1IBKK 5FDLA 4IBNA 4ISEA 3ZSQA 2VYPA 4BG9A 3SNNA 4DQIA 4LF8K 3H08A 1C1AA 1LOTB 3IFRA 3DXKB 3O4QA 4FLWA 3S3MA 2G8HA 2FF3B 3TTFA 2ZJRL 5M1KA 4DF4A 2D0PA 1S6QA 3EEQA 1VSHA 4HCCA 4FJGA 1NKBA 4BC3A 1KVCA 3MK6A 4CD1A 3M5RA 3ZCMA 4YDUA 3LDNA 3I0SA 3OS0A 3A2FA 1IG8A 4JN4A 3QFUA 1IO2A 2W41A 3L2QA 2CGLA 3J81O 4JRQA 3C6HA 3BF3A 4HVJA 4CGJA 3D6RA 2A3ZA 1ZBUA 4AHVA 3VESA 3V9SA 4I7FA 2V7ZA 1BISA 1NK6A 5EOYA 1W7AA 2PYJA 4G1QA 4YHHK 3O3GA 4CEBA 5CE3A 4H4OA 3MX5A 2HNZA 3U9ZA 1XHZA 1NJYA 5AQQA 3S3NA 3V4IA 2IDOA 4BRGA 2A41A 4IO8A 5EVZA 1W2BM 5KGWA 3E66A 5AQXA 3CFPA 3SQ2A 4C8MA 3J80O 3V1RA 4R5PA 1C6VA 1B9DA 2HVIA 3NGZA 3LP3A 3T19A 1YJNN 3LANA 1WAFA 4NYNA 3IAYA 2HF3A 2D0CA 4OPHA 1MDUB 3AO2A 5A2QO 3MXIA 2D0OA 4NYFA 1HNZK 4BR0A 3K2PA 1VSKA 3WNFA 4FLUA 3O9RA 2AJQA 4IWVA 2D1KA 4DTUA 4B1WB 4CBXA 1YTUA 3SUOA 1KFSA 3UKRB 3VETA 4EHTA 1BIZA 4CJ4A 2YHWA 3DJCA 3OYFA 2GEMA 4EIAA 4LF7K 4BY9C 3DXMB 4DG1A 4H0OA 3NFAA 1IKXA 2X6NA 1VSLA 3OS1A 4BGAA 1NGCA 3CJ9A 3HZ6A 5JLFA 3FGUA 1EXQA 3LDOA 1NGEA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ZJQ L;  3CC4 N;  1JJ2 M;  3G6E N;  4WCE L;  3CPW M;  3CCV N;  2OTJ N;  5JVG L;  3CC2 N;  1K73 O;  1VQM N;  1KQS M;  2QEX N;  3J7Z O;  3CD6 N;  4IO9 L;  4U67 L;  1VQP N;  5MLC Q;  1KC8 O;  1VQ5 N;  2ZJR L;  3I55 N;  1YIT N;  1Q7Y O;  3I56 N;  3CCQ N;  4WFA L;  1VQK N;  3CME N;  5H1S Q;  3PIP L;  3CMA N;  5GAD P;  1M90 O;  5GAE P;  2ZJP L;  2QA4 N;  3CCM N;  1Q86 O;  3CCE N;  1ILY A;  1YI2 N;  1QVF M;  1M1K O;  1VQ9 N;  1Q81 O;  3CCS N;  2OTL N;  3CC7 N;  5DM6 L;  3CCL N;  1K8A O;  5GAH P;  4IOA L;  3DLL L;  1K9M O;  3CF5 L;  1N8R O;  4WFN L;  4UY8 O;  5JVH L;  1S72 N;  3CCU N;  1NJI O;  1VQO N;  1QVG M;  3G71 N;  1W2B M;  1VQ4 N;  1VQ7 N;  1YJN N;  3CCJ N;  1YIJ N;  1YJW N;  4WFB L;  1KD1 O;  5HL7 L;  1YJ9 N;  3OW2 M;  4WF9 L;  1YHQ N;  3PIO L;  1Q82 O;  3G4S N;  1VQ8 N;  1OVY A;  1VQL N;  5GAG P;  1VQN N;  1VQ6 N;  3CXC M;  5DM7 L;  4IOC L;  3CCR N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3ULE B;  5CZ2 A;  4NCA A;  2O8B B;  4CEE A;  3G6E N;  3HO1 A;  3O1W A;  1HYV A;  3RWU A;  2YHB A;  3TAQ A;  3UKR A;  1Q8I A;  3AVH A;  3A8Y A;  1XWL A;  3PO4 A;  1KQS M;  1HMV A;  3C6A A;  5KI6 A;  3DXM A;  1BA1 A;  5AQN A;  1EWQ A;  5IT9 O;  1IBL K;  4IFY A;  3QET A;  4XEI A;  4FJ8 A;  3OJU A;  4KHU A;  5EY4 A;  3QER A;  2O8E B;  4AHS A;  3SUN A;  3HP9 A;  4A59 A;  1BCO A;  2F96 A;  3HK2 A;  4H0X B;  3H6E A;  1T8E A;  3K5O A;  3DLG A;  3EO3 A;  1QQO A;  3OYJ A;  5J2Q A;  3SQ0 A;  3KTQ A;  1ZYQ A;  3KWI A;  3K5M A;  1NKC A;  3ZX0 A;  3VQD A;  2HBM A;  3C0B A;  4ID1 A;  3HPG A;  3VQP A;  1TK0 A;  4I6M B;  3VQ4 A;  2YKM A;  3FZL A;  3O9Q A;  3KKS A;  1BCM A;  4XH1 A;  3OBY A;  3GOI A;  4WQ5 C;  3VQE A;  3AA2 A;  3VPZ A;  2OPR A;  1KSP A;  4CGG A;  1MWK A;  3I0R A;  4E1M A;  4DR2 K;  3ZT3 A;  3G71 N;  4M45 A;  4CK1 A;  2P9U A;  3LZJ A;  2P9S A;  3AO3 A;  4KAZ A;  4W5O A;  2QI2 A;  5AZI B;  1XNR K;  3HL8 A;  4WFB L;  4CHY A;  3L2U A;  1GOB A;  4DSL A;  3OHR A;  3MN6 A;  3IS9 A;  3T3F A;  1JLF A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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