1VQ8N

The structure of ccda-phe-cap-bio and the antibiotic sparsomycin bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
total genus 47
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vq8N00
3J7ZO 1M1KO 3CCSN 4WCEL 3G4SN 1YITN 1VQ9N 1K8AO 3CC2N 3DLLL 1VQ7N 1VQ8N 5DM6L 1OVYA 1VQNN 3CC4N 3CF5L 1Q82O 1YJNN 1Q7YO 3I55N 3OW2M 3I56N 1YHQN 1W2BM 2ZJRL 1YIJN 5JVHL 1KD1O 4WF9L 5GAGP 1KC8O 4UY8O 3CCRN 1QVFM 4WFNL 2QEXN 2OTJN 3CPWM 2ZJQL 1YJ9N 3CD6N 1VQ6N 3CCMN 1S72N 1KQSM 1VQ4N 1N8RO 1VQKN 5MLCQ 1NJIO 1YJWN 1K9MO 3CCVN 3CCJN 5GAEP 1VQPN 4IOAL 3CXCM 5JVGL 2ZJPL 5HL7L 5DM7L 3CCQN 3CC7N 5GAHP 3CCUN 3G71N 3CCEN 1ILYA 4U67L 3CCLN 4IOCL 3CMEN 4WFAL 3CMAN 2OTLN 1VQ5N 3PIOL 3G6EN 5H1SQ 1VQLN 1JJ2M 1VQMN 1QVGM 1M90O 1YI2N 5GADP 4WFBL 3PIPL 2QA4N 1VQON 1Q81O 1Q86O 1K73O 4IO9L
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4RCHA 2F9WA 2YHBA 2G8WA 3UKUA 4PHTX 2YV0X 4CCHA 3HVTA 2FC0A 2ETJA 2IOCA 3LP3A 3TI0A 1TK5A 4FZYA 5AZIB 1B9DA 3D2EA 4JHDA 1VQ8N 4E0DA 4CHNA 4H5NA 4KBOA 3A0IX 3T1HK 3L2RA 4JD2A 4YDUA 5C0YA 2RHKA 1C1BA 3OYCA 1TV6A 1I3AA 2E5LK 5FDLA 3S3NA 3O08A 3L3VA 2XY5A 2VWKA 4C8MA 4PWDA 3EE8A 3CFPA 4DG1A 3NGYA 4FW2A 4EIAA 5BN9A 4XIUA 4BREA 4H5TA 1ZYQA 3SNNA 3HZ6A 2X74A 3ZX0A 4FM2A 1KAXA 4DFJA 4WFNL 5AQWA 4CFAA 2GTDA 3KKRA 3MMVA 1XUPO 2IVPA 2OPRA 3I8BA 3DOLA 2RPIA 3W3DA 4DLGA 5KPZA 2HOEA 1TKZA 3A5NC 3KIOA 4FW1A 1TL1A 3ZSQA 1BDGA 1TYQB 5FRMA 1OH5A 4B1ZA 1BO5O 4H4MA 4QS9A 4DSFA 4Z0UA 1EP4A 4XH4A 4BE2A 4CJRA 4EP4A 4B8AB 4DS5A 4H0XB 3MAQA 3AVIA 4H0OA 4B3OA 4YOTA 2D0CA 2P5OA 1IBMK 4IG3A 2Q31A 1VK0A 3SJHA 4M3YA 3CERA 2IS3A 4I7FA 2QW9A 3M6GA 2QTDA 4FLTA 4J8FA 3UIQA 2A1SA 4CK1A 2D0BA 1Q81O 4N47A 3CETA 1RBRA 2O8FB 3J7ZO 3BZCA 1QSSA 5C2DA 1HNWK 4MQ3A 1S1XA 1BWFO 4LF8K 5KRSA 5LMNK 3TWHA 3HSCA 3VEYA 4CJ7A 4C8OA 1VHXA 2Q0RA 4IZ9A 2Y1IA 4KRFA 1SS6A 4PKGA 1TL3A 4CJUA 3BEXA 4LSNA 4KTQA 2DY4A 4K8ZA 3AVHA 1WSFA 1UOCA 5KPRA 1S9EA 3NBPA 3TTFA 3LDQA 1NK8A 1LAVA 1KLNA 3V9UA 3VEZA 1WSGA 5IT9O 4OX9K 2IDOA 1LCUA 3WQUA 1RGIA 3SI6A 4IEEA 3LDPA 3V9ZA 3CI5A 3QBXA 3ID8A 2OA8A 5JVHL 5BPLA 3U3GA 3AVKA 5KGXA 3MXIA 2XRIA 2Q36A 3SZ2A 4IDHA 4NO7A 3ZX2A 4YOWA 3F9KA 1NGEA 2KKZA 3N4QA 4DTNA 1C1CA 4BR9A 1YXQA 1S72N 3S41A 2KZMA 3AGRA 4FJHA 1I39A 2O8CA 4GY2B 3RR8A 2BTFA 3O80A 5HRRA 4CBXA 3MN5A 4BDZA 3VETA 4PUOA 5HL7L 2HMPA 1QSYA 2QWLA 2E1ZA 4HTLA 5JLHA 2EHGA 4GW6A 3F2KA 4F2SA 3MECA 3AGKA 3TTCA 3RMAA 4CBUA 1S6PA 4IO8A 2P9KB 1SKWA 2WBNA 3KVGA 4DTJA 3BZKA 4CFBA 2KHOA 1RT6A 1Y97A 4YOUA 1VSEA 3LDSA 3O9SA 1WAFA 4HWIA 3VPZA 4CFDA 4KHPK 1CXUA 1GLAG 3E9PA 3LWLA 3V81A 1BQMA 3K5NA 4E1NA 3P83D 4JRPA 4RW8A 3V4IA 2GELA 2YCHA 4CJWA 4B9NA 3H3NO 4IFEA 2P9PB 1U2VB 3O3FA 3EN9A 3K59A 1IKVA 3CJ1A 3K9JA 3RRHA 4AH9A 4JN4A 3EZWA 1WN7A 2V52B 4B1YB 3QEXA 1QS4A 4JI0K 5FPNA 5I3UA 1T6DA 1Q7YO 3PLAA 3OBWA 3SPYA 5HOOA 3NDKA 4HUGA 3QNNA 4BRCA 4BR2A 1YIJN 4FOIA 2PBDA 3WNHA 4GMJB 4KTZA 2P9UB 1YTUA 4JV5K 4CW7B 4H0TB 4KHWA 2KQ2A 3NHGA 4JKEA 2HMIA 1XC9A 3PO4A 3MWTA 1ATRA 2A1RA 1HMVA 4DQ8A 4DR7K 3PX6A 4CZJA 4DCHA 1N8RO 4CJFA 2DPNA 2QWRA 1CLQA 3FZMA 3VGMA 2YKMA 5MLCQ 3EE9A 2D1KA 2P9IB 1VSIA 3T3FA 3BDPA 3A5OC 4CERA 2FBXA 4F3TA 3ZEUA 1T03A 3OYEA 1E4GT 2KW4A 3HK2A 3KJVA 3CC7N 4JI2K 5HP1A 1Z25A 3TAQA 2RN2A 1QE1A 1RCHA 4GV9A 4FZXC 1X3NA 2XHBA 2CGJA 5M1FA 1A5VA 3CPEA 3ID6A 4RW4A 3NCIA 4B9SA 1J54A 1JLBA 3QEWA 3LALA 4FOEA 1WBBA 5H1SQ 3O3HA 3T1YK 3SJJA 3OYAA 4FJ5A 1ASVA 4MLEA 4JLHA 4GKJK 1DTQA 1FXXA 4FLXA 4ILJA 3CFOA 2O8DB 3ULEA 1P8ZA 3VGKA 3LDLA 3DRRA 4E7LA 1KVAA 3DM2A 3ZCMA 4CIEA 1NMDA 4CEDA 1GLBG 2OANA 1MA9B 4H0VB 4JI1K 3D0PA 3HP9A 3O6WA 4QOZB 3ZSRA 3ZSWA 3NAEA 4E89A 4JNEA 3J80O 3C6TA 4M7XA 2Q1NA 3G25A 1TKXA 3LAKA 2P9SA 2QWNA 3CF5L 5D3GA 4FJ7A 1S1WA 4KKOA 4BDYA 3J81O 3VQPA 4BC3A 2E2QA 3I8DA 4H0PA 3IKMA 4CVNE 1W0HA 3THWB 3VQAA 3R1XA 5CR4A 3WEEB 4B9QA 3KLFA 1RT1A 1NLVA 2UXBK 4A2BA 4LFBK 3OYLA 4FO0A 4FVUA 4JKCA 2G8VA 3LDOA 3DLBA 1EWQA 3THXB 3CCRN 2Q97A 4ZTFA 4FWKA 1KXPA 3DYAA 1HNIA 4FJMA 2W41A 4FLZA 1VQ6N 2HF4A 1FKOA 4WQ5A 1VQ4N 4YNQA 4IXCA 4JKBA 4FJXA 1SL2A 1NOZA 4FXDA 4B1UB 2HSTA 1L3VA 2GUPA 5KQDA 3DOKA 5AZJB 4E19A 3UKRA 2E2OA 5JVGL 4ISEA 4BQLA 3E9OA 4CEEA 4DQPA 4C8NA 5AQPA 3V1RA 3HT3A 4DV3K 4H03B 5JLFA 3F73A 2P9LB 1XNQK 3WNFA 2P9NA 4DR6K 3OA9A 3ASMA 1HNVA 3C7NB 1EWRA 3WT0A 1TKDA 4B1XB 3ZSVA 1Z6RA 3QICA 2E6MA 2EWSA 2OTLN 4W5QA 4H5WA 3HXMA 3ATUA 3PSFA 4A2AA 4JI7K 1Q8IA 2Z1HA 1L3UA 3SAFA 4DR4K 3DLHA 1E3MA 1TKTA 1K73O 1NK0A 1C0TA 3TAMA 3VF2A 1RT3A 2HBJA 4FZZA 2QKBA 3K5LA 3EKSA 1DTTA 4BDPA 3G4SN 3J7YP 4BWMA 1RDUA 1GLFO 1GOAA 3H08A 3ZETA 4B1VA 3RWUA 4AF1A 4ELVA 1RT5A 1J53A 1K6YA 4F9OA 2GV9A 2E88A 2GBZA 1ESVA 3BF1A 4FJGA 3QFUA 1MU2A 5LL6Z 3THVA 1OH8A 4DTSA 3NGIA 1LWFA 3DWLA 2BDPA 3ZSZA 3VQ4A 2HHUA 4BQZA 1HYZA 1YJNN 1Y64A 3SBTA 3OW2M 1NKEA 1NU0A 2UUCK 3FGUA 1RDCA 1QQOA 3GG4A 3P5JA 4R79A 3HP6A 3TAPA 4FLWA 3V9WA 4CJVA 4CZIA 1NK4A 4FLVA 3OJUA 4DTXA 4CJTA 3OYNA 2D5RA 3HO1A 4B3RK 3A2FA 4M3RA 5AQSA 3L2UA 2UU9K 4CEBA 2ZGYA 4E7KA 2KLAA 4FJKA 2HHWA 4CK3A 3RSEA 1SZ2A 1JCGA 3HL8A 5HBMA 1X3MA 1BL3A 1V4TA 2BE2A 4OGEA 1HJRA 4BR0A 1W97L 2E8AA 5AQNA 4FCYA 4CJ4A 5C24A 1X9WA 3KKSA 5LY3A 3SMSA 4WE1A 4JS5A 2GWKA 3QLHA 2E1YA 4Y1DA 4YY3K 5GINA 4EZ6A 1HUXA 4ISFA 3PX4A 3CMEN 2FXUA 4CZFA 4LF5K 4BRNA 1MWKA 4Q5VA 4DQQA 2GUIA 3LM2A 3Q7BA 4CGIA 3HOTA 1BGXT 4E1JA 4E3SA 3L0QA 4NXMK 2NRZA 4CE9A 3D6RA 1NJYA 1R59O 3ATVA 4H5VA 2V7YA 1WSIA 4FSVA 1O13A 3ZSYA 1VAZA 2PAVA 1JLQA 3VN5A 3RRGA 3FR0A 1FK9A 2IGIA 3SUPA 1U48A 3E66A 3VTHA 3M8PA 1S1UA 4BWJA 2FSJA 1REVA 1S1TA 3HBTA 1HPZA 1B92A 1GLLO 1K8AO 1IG9A 2YNIA 4BC2A 1YTAA 1JLEA 4EAHD 3KK3A 3CC4N 4Z4FA 3DLGA 2IIRA 1J5EK 5ADXA 1HNZK 1S1VA 3D2FA 3OYMA 3HPOA 4Y1CA 1QQCA 4MLHA 3UB5A 4DUYK 4CZKA 4DKWA 1L3SA 4JYAK 3IMXA 1K8KA 3VQBA 3I33A 3P39A 3P4IA 1X9JA 2HHVA 1RBVA 4BVPA 1NWKA 1C0UA 5BRHA 4PA1A 1RDWX 5IWAK 3C0BA 2VG6A 3AVCA 5JICA 2E20A 4DFKA 4CZLA 3CG7A 2ZJQL 3OBYA 4FPBA 4YOYA 2R7YA 2NRVA 5KI6A 3QBWA 4ID5A 4KFBA 2WFBA 1JCEA 5C12A 1KSPA 1KVBA 1BI4A 1J9AA 3OHRA 4CF1A 3IG1A 4OVLA 3CCVN 2YNHA 4NYFA 4RW6A 1VQPN 4YORA 3K58A 3PY8A 1W9HA 2O8BB 4FPAA 4PQUA 3AO2A 4IFVA 4DTOA 4CJ3A 2QWQA 1LW2A 5BR8K 3H1VX 4BRHA 4DTPA 3QEPA 5AQFA 4K42A 4FJLA 4DU4A 3HPHA 2NRTA 2HNDA 3AA2A 3K0SA 2J4RA 1VQLN 4DMNA 3DRSA 4Z4IA 4OKJA 1NGJA 4BGAA 3DAWA 2VWJA 4F4KA 3L6QA 3JAMO 4M3TA 4RG8A 4FJJA 2YJFA 2YHYA 1WNSA 1VRTA 4IO9L 1EETA 3VQEA 2HVHA 3VEWA 3O1BA 1D4XA 2A3ZA 1N36K 2Z1GA 3WQTA 4CHYA 3D7EO 3C65A 5AQTA 4KH6A 3U9ZA 3TAGA 2ASMA 5J1EA 5DM6L 1YVUA 3WXIA 5AQIA 4DSIA 4CHOA 4JAXA 1R0AA 1SL0A 3VQQA 4WQ4C 3FE1A 4N76A 3QNOA 3W0LA 5AQQA 1Q82O 2G8HA 1HNXK 3TSPA 4R5PA 5LJWA 2QWPA 4H5RA 5C2FA 5ADXH 3TANA 4K25A 3K5OA 4OPHA 3AVNA 1YHQN 1FW6A 4E7HA 2JLEA 3FZLA 3QERA 2ITMA 1IBKK 4F8RA 2YJEA 4O8UA 4AHCA 4M41A 3SV3A 2OZMA 3NF8A 3KWIA 1G15A 3MN6A 1BIZA 3VEVA 1X9SA 4LF9K 3EY1A 4BRLA 3LM9A 3MX2A 1QQMA 3G10A 3MDQA 3H46O 3DI6A 4K41A 1NJIO 4JI5K 1N33K 4ZHRA 4IJAA 4K0KK 5FPDA 3CCJN 2KFNA 3O4QA 4CJKA 3OYDA 4BC5A 3EYZA 3BY5A 3O9UA 3C94A 3J8AA 3M3ZA 3OY9A 3SLCA 1BOTO 3HOSA 1KTQA 4HVJA 3LP2A 3H3OB 4CJSA 1DT9A 3I0SA 3VEOA 4B9MA 3DLRA 2P1JA 4E7IA 4BVOA 2Q2RA 5LMUK 3SK3A 3H6EA 2BH1A 4J2AA 3ZSXA 1CZAN 3AAQA 3L4QA 4CJQA 3VGLA 1ZBIA 3SCXA 4PKIA 4I6MB 1Z26A 3IRXA 4H0YB 5LJVA 2QK9A 4CJ5A 3AAPA 1ZXOA 1NGAA 3THYA 3EEQA 2IC3A 5FROA 3VQ6A 3PUFA 3RTVA 4C8LA 4MO5A 1EXQA 3MEDA 3SMPA 3CJ7A 3BP8A 3HI0A 3ISNC 3SUOA 1IBLK 4DSLA 1NGDA 4DQSA 3V1OA 1NGFA 5GIPA 4FJNA 4LFAK 1RDDA 4JKGA 4O5BA 2XY7A 4OLBA 1VSLA 3AVGA 4B3MK 2CGKA 3QINA 3A8YA 3GE1A 4B3SK 4B3TK 2W40A 3OYHA 3V6DA 4H4OA 1ZBSA 2YHAA 3TARA 3MEGA 4EFHA 4DWIA 1TK0A 3L2VA 1V4SA 3LP1A 1KQSM 4M3XA 4DQRA 2ATQA 3OJSA 1I94K 4LF6K 1NGBA 4NLCA 1Q9YA 1ZBFA 1JL2A 4FJIA 1GLJO 4DTRA 3VQ7A 5AZIA 4DV2K 1LV5A 3AO3A 3CJCA 3IDHA 5BR9A 5GAHP 4C1NK 4FLUA 2HBKA 3CCEN 4BR7A 4DHYA 1NNEA 3ZT3A 3ZLJA 1QSLA 1T8EA 4IOCL 3ZT0A 4HCCA 3ALYA 4O4GA 1DKGD 2PFUA 3RMDA 1D8YA 3HVRA 4E1MA 4IFYA 2HB5A 3DXKB 1QVGM 3R6MA 4FWRA 4M63C 4O8KA 1RTJA 3ZT4A 3HPGA 4XH5A 2O8EB 3A5LC 3QDKA 2Q3SA 2FBYA 3TABA 4G9ZA 3V1QA 1SL1A 1IH7A 4DLEA 1CZBA 1JXEA 1VSHA 3DLLL 1TYQA 3WXLA 2BGGA 1SQKA 1JL1A 2HBLA 3PO5A 3HRGA 1XWLA 5E84A 4FM0A 3H45C 2X78A 3CQYA 2I7NA 5AJ3K 5AQKA 5JS2A 1B9FA 2ZQBA 1KCFA 1Z05A 4F3OA 1MWMA 3LPUA 3OS2A 2B4JA 2FSNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4RCH A;  2F9W A;  2YHB A;  2G8W A;  3UKU A;  4PHT X;  2YV0 X;  4CCH A;  3HVT A;  2FC0 A;  2ETJ A;  2IOC A;  3LP3 A;  3TI0 A;  1TK5 A;  4FZY A;  5AZI B;  1B9D A;  3D2E A;  4JHD A;  1VQ8 N;  4E0D A;  4CHN A;  4H5N A;  4KBO A;  3A0I X;  3T1H K;  3L2R A;  4JD2 A;  4YDU A;  5C0Y A;  2RHK A;  1C1B A;  3OYC A;  1TV6 A;  1I3A A;  2E5L K;  5FDL A;  3S3N A;  3O08 A;  3L3V A;  2XY5 A;  2VWK A;  4C8M A;  4PWD A;  3EE8 A;  3CFP A;  4DG1 A;  3NGY A;  4FW2 A;  4EIA A;  5BN9 A;  4XIU A;  4BRE A;  4H5T A;  1ZYQ A;  3SNN A;  3HZ6 A;  2X74 A;  3ZX0 A;  4FM2 A;  1KAX A;  4DFJ A;  4WFN L;  5AQW A;  4CFA A;  2GTD A;  3KKR A;  3MMV A;  1XUP O;  2IVP A;  2OPR A;  3I8B A;  3DOL A;  2RPI A;  3W3D A;  4DLG A;  5KPZ A;  2HOE A;  1TKZ A;  3A5N C;  3KIO A;  4FW1 A;  1TL1 A;  3ZSQ A;  1BDG A;  1TYQ B;  5FRM A;  1OH5 A;  4B1Z A;  1BO5 O;  4H4M A;  4QS9 A;  4DSF A;  4Z0U A;  1EP4 A;  4XH4 A;  4BE2 A;  4CJR A;  4EP4 A;  4B8A B;  4DS5 A;  4H0X B;  3MAQ A;  3AVI A;  4H0O A;  4B3O A;  4YOT A;  2D0C A;  2P5O A;  1IBM K;  4IG3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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