1VQ8N

The structure of ccda-phe-cap-bio and the antibiotic sparsomycin bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal rna
total genus 47
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vq8N00
3G71N 3CCRN 2ZJPL 1VQKN 5H1SQ 5GAHP 3I56N 1VQLN 3CMEN 3CCMN 1YJWN 3CCUN 5JVGL 1QVGM 1NJIO 3PIPL 3CMAN 3DLLL 4WFAL 3CC2N 4WFBL 1VQ8N 3CCLN 1YITN 1VQ4N 3G6EN 1VQ5N 3CCEN 1VQ6N 2ZJQL 4WF9L 2OTJN 1S72N 1ILYA 4U67L 1K8AO 1Q86O 4IOAL 3CXCM 5HL7L 3CCQN 3CPWM 1KD1O 5DM6L 1VQNN 3CC4N 3CCJN 1VQON 3G4SN 1JJ2M 3I55N 4IOCL 3PIOL 1Q81O 2OTLN 3CCSN 3CD6N 3OW2M 1KQSM 1Q7YO 1YJNN 1VQPN 1YI2N 1QVFM 1VQMN 2QA4N 1KC8O 1OVYA 5JVHL 4UY8O 1YIJN 4IO9L 5GADP 1Q82O 1K73O 5MLCQ 5DM7L 5GAGP 4WCEL 3CC7N 2ZJRL 4WFNL 1K9MO 1YJ9N 1VQ7N 3CF5L 1VQ9N 1N8RO 3J7ZO 1W2BM 5GAEP 1M90O 1M1KO 1YHQN 3CCVN 2QEXN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HHHK 4AHRA 3CCRN 2E1ZA 4FLUA 3VA0A 2BH1A 2IGIA 1VQLN 1DTTA 3HYFA 4H5RA 1JLAA 4DSIA 1YJWN 1VSJA 1TKZA 4CJUA 4FVMA 4E89A 3FR0A 3TABA 1IKXA 5J1EA 3AVCA 3VQ5A 3O3FA 3GL1A 3FZFA 4QS8A 3VETA 1EP4A 2X78A 2O8DB 5LY3A 4FJJA 1C0TA 5KGXA 3H3NO 3NF8A 3BF3A 3ASMA 3V1RA 3DXKA 4O44A 3MEGA 2P9SB 1S72N 1RCHA 1X3MA 1K8AO 3JAMO 2VQFK 1X3NA 3VTHA 5HL7L 3CJBA 1TGOA 1NMNA 3AO5A 2F96A 3CC4N 1G15A 3C6UA 4EAHD 4DV7K 3U9DA 1OH8A 1U6ZA 2X6SA 3WXLA 2P5GA 1RBRA 3TANA 4CJKA 4KREA 4FLVA 4N41A 3O4QA 4CK1A 4DV2K 5HRRA 2BANA 4JKDA 3OW2M 4BDPA 5C15A 2P9IA 4BR5A 4BRKA 4JKEA 4HTLA 3NH1A 3H46O 4JEPA 3OYCA 4RW8A 4J2AA 2GUIA 2ZGYA 3TTDA 4E7LA 2E1YA 2NRHA 3ZSYA 4YOWA 3O8MA 3VQEA 3LP2A 4ID5A 2EX3A 4YHHK 1NKBA 3S3MA 1YVNA 2HBKA 4FK4A 4CHZA 3RMBA 4CJEA 2IOCA 2O8DA 4IBNA 5AQKA 1KAZA 4KBOA 3O4WA 3AGKA 1OH7A 3V9UA 5FLXO 4KTZA 4BVPA 4IFYA 3K57A 3QERA 1NK4A 4FJ7A 2P9SA 1CXUA 2FF6A 4FLZA 4GNIA 2I5JA 3CFPA 4FK0A 3OHRA 4W5OA 4AM6A 5JMVA 3P38A 3AAPA 3C0BA 4EP4A 1UAXA 3DLKA 4RWTA 5M1PA 3K59A 2ZJPL 4IEIA 5BN9A 1WLJA 4JI6K 2A1SA 3KK1A 4FXDA 1RDBA 1WSEA 4DTSA 1W97L 3IMXA 3RRGA 4IG3A 1FXXA 2BTFA 4YOUA 3K9JA 3CFRA 2D0OA 3CC2N 4WFBL 3VTIA 4B9VA 3HJFA 3ZT4A 2ASPA 5CYMA 4Z4FA 1ZBLA 1BG3A 5CY4A 4DUZK 3Q7CA 3S3OA 1J53A 2W6LA 3LM9A 3IAYA 3AVJA 1XWLA 1UA1A 4JI3K 5DM6L 1Z26A 2P9UB 3ATVA 4DFJA 3V1QA 4LH5A 4CHPA 1NGGA 3PV8A 4JK8A 3C6AA 1KSPA 2A42A 2HHXA 3JXUA 1J5OA 3DOKA 2BE2A 3EL2A 3K58A 4NCGA 4M63C 1QZ5A 3VQ4A 2FF3B 4Z0UA 5FROA 2E2NA 4K25A 3QICA 3T1AA 4NYNA 4OGEA 4JK7A 1IG9A 5KRSA 3C95A 3H1QA 1I3AA 4E7KA 4DSLA 4CEZA 1KAYA 2XHBA 3FFKB 3QESA 2A3ZA 4M3TA 4KFBA 3ALYA 3GG4A 3NGIA 3FZMA 1HYVA 3OTOK 4BR4A 3LL3A 2V52B 2NRRA 4B1VA 4JD2A 3NCIA 4K41A 3CC7N 1IBMK 4DU3A 4YOYA 2YJEA 3SYZA 4E1JA 2F9WA 4BR7A 2VWJA 3MN6A 1JL1A 3SAHA 4DS4A 2X6NA 4CERA 1DT9A 2NLXA 4BR2A 4KAZA 4FPBA 4H4MA 1W7AA 2GWKA 4JI8K 4OLBA 5AQHA 3S41A 2P9UA 1VSKA 4G1QA 4JLHA 1LAVA 5CZ1A 4B1XB 1QHAA 5LMNK 4ICLA 2P51A 1K6YA 5EOYA 1CZ9A 3CETA 3H3OB 2F4VK 4CE9A 1VQKN 4NYFA 4O5BA 5GAHP 3I56N 1CLQA 2Q0UA 4B9QA 1QVGM 2VWBA 3PIPL 4PKIA 4JHDA 3SBTA 4DQPA 3HSTB 2B6AA 1S1UA 3AVAA 4KHNA 4BGBA 4AHTA 4Z4CA 3TAGA 3PX0A 3EE9A 3D2FB 4DFKA 4F3OA 3CCEN 3HI0A 5T7BA 5M1OA 4LF4K 4DV4K 5AQGA 4WF9L 1N34K 2IVPA 4JKGB 2OTJN 4DG1A 4BC2A 4BREA 2GX9A 2F8TA 3SI6A 3HVRA 1GOBA 3SPZA 4JYAK 4O4GA 4FO0A 3C6HA 1NGDA 2WTUA 1RILA 3U8XA 2IIRA 3VQ6A 1S9EA 2OTLN 3IG1A 4TSXA 3CD6N 2O8BB 1KQSM 1VQPN 3TWHA 1SL0A 1RDWX 1C1AA 4CF2A 5CYQA 5AFUA 4WQ5A 1T8EA 5F1XA 3ZSVA 4AM7A 1VSMA 4YORA 3LAMA 2IC3A 4AH9A 3THXB 2UXDK 3IS9A 3KJVA 5ADXH 3ISNC 1ASVA 5M1FA 4BRIA 2KZMA 2JWLA 1Q82O 1LAWA 4YNQA 3NHGA 3SPYA 2BGGA 4ISGA 2NNWA 3Q7BA 3TAFA 1IBKK 4PL8A 3ZSZA 1S1WA 3VQQA 3U6FA 1S1TA 2P9NA 3AY9A 3L3VA 5AQLA 4DV0K 2VQEK 4JKGA 5HBMA 2HVIA 3DAWA 3OBWA 1TUYA 4QAGA 4K42A 1YAGA 4FLTA 1X1PA 5JLFA 1JCEA 3ZETB 5SZTA 4PQUA 1F21A 3KWGA 2B5JA 1QTMA 3THWB 5C10A 3CMEN 3CJAA 1S22A 4LF6K 3QFUA 4CK3A 3OJUA 1N36K 4LF5K 3VF4A 1I39A 4FWRA 1NOYA 2ASMA 3THXA 1B9DA 4I9LA 3VGMA 4J2BA 3F73A 4GW6A 5KQDA 1U47A 2HNYA 1VSLA 4JKHA 1YTAA 5ELZA 5AQXA 3OYKA 4NCAA 3A5OC 4DFPA 1OKJA 3M3ZA 3C65A 3ZEUB 3AO1A 3RVCA 3ZSXA 1NGIA 1RDCA 1IKYA 2KQ2A 2CGKA 3J8AA 5M1NA 1OVQA 3DXMA 2YKMA 3TAPA 4C8OA 1LOTB 1HR0K 2A41A 3RWUA 4IOCL 2ETJA 3L8BA 1NM1A 5BRFA 3HVTA 3E9PA 3HP6A 1VSFA 5TKYA 1Q8IA 3CFOA 3HTVA 1EWQA 4CEEA 1BHLA 3A0IX 3R8EA 3ENBA 1QVFM 1MWKA 4DTPA 2FC0A 4B9UA 4OLAA 3ZETA 2YV0X 1SL2A 1K8KA 1A5WA 3MWTA 1MWMA 4H0YB 3QFPA 4H8KA 3THWA 1L5UA 4W5QA 3MXIA 1ASWA 4WCEL 4IG0A 4H0VB 3QEWA 4FW2A 4IFVA 4A57A 3DLEA 2WFBA 3QO9A 1VRTA 2OPSA 4I7FA 4CZLA 5KQ8A 1V4SA 2IVNA 4OX9K 3T1HK 2Y1IA 3NH0A 5FDLA 1WAJA 4JN4A 2D0AA 4CGJA 1GLEG 4NB4A 4G9ZA 2HVHA 2PBDA 5GAEP 2YNGA 2QM1A 3IKMA 4H0TB 2Q31A 4RW6A 4MDBA 2V7YA 4ZTFA 4HUGA 3OS1A 4BC5A 3RSEB 3ENOA 5BRHA 2O8CA 4BRHA 1NGCA 2ZD1A 4DHYA 1WBDA 4DKWA 4IDKA 1X9WA 2D0PA 1C1CA 4WYBA 3CHWA 4KH6A 3G6EN 1HYZA 3VQCA 1VQ6N 4FJ5A 1YUWA 5M1QA 3RMDA 2G8IA 3WNHA 1ILYA 4Q5VA 2WOMA 1R0AA 4F2RA 2QWLA 3F2KA 4CESA 4PY5A 3RTVA 4L8RB 3TTCA 3QEPA 5E26A 1HMVA 3VQ8A 5AQUA 3BY5A 3K5LA 4J2DA 4MLEA 3T3FA 4K8XA 3O9QA 3SK3A 3VEOA 2YNFA 5TKWA 2Q97A 1Y64A 2OA8A 2RF2A 2Z1IA 1DEJA 2QTDA 1BDGA 4BROA 3PO5A 1Q7YO 2F7TA 4EFHA 4CF8A 1X9JA 1XNQK 3KVGA 1BISA 2P9KB 3LDSA 4LSLA 4M45A 2HBMA 2VYPA 2G8FA 3ZT1A 2V51B 1ZBSA 3MEDA 1D4XA 1T44A 3K2PA 3RSEA 3DRPA 2G8HA 4BRGA 4C8LA 3MCAB 1S9GA 2E88A 3KLEA 3A5MC 5AQSA 4ELVA 1SZ2A 3BP8A 4HUFA 4E1NA 2XY7A 1FW6A 3SQ0A 3O9UA 2HMPA 3QBWA 5F0XA 5F2RA 3WXMB 4BE1A 3ZT0A 1JXBA 2O4IA 1HNXK 3DXKB 3BEXA 3EY1A 4JKCA 3S3NA 4CZMA 5KGWA 2HBJA 3G71N 3OYIA 1WB9A 3RMCA 3OYNA 4M41A 2QKKA 5AQFA 1XNRK 3N4QA 3RMAA 3DI6A 4H5VA 4CFAA 3CG7A 3QLHA 4BVOA 1NGJA 1X9MA 3CMAN 3OJSA 3KHYA 2XY6A 1BL3A 3LPTA 4DTJA 3VQAA 4KI4A 1NKCA 2E2QA 4BWJA 3ZCMA 1WBBA 1EQYA 4DR7K 3V4IA 2RPIA 3EO3A 3V9ZA 3SCXA 1U45A 5GIPA 5HP1A 1KRPA 3RRHA 1TKDA 5HRPA 1VSIA 2HHWA 1BWFO 2GUPA 5DK5A 4XIUA 3BUZB 4JV5K 1MDUB 4BC4A 1RT5A 4CZKA 1JLEA 1C6VA 4JNEA 3L0QA 2DTUA 4OKEA 3O08A 1NK5A 1GLBG 4U7BA 4DR4K 1HUXA 2I7PA 2ZF5O 3AO4A 5AQMA 2A40A 3TU5A 4XEIA 1IBLK 4FJGA 4PL7A 3E9OA 1P90A 3SQ1A 4F9OA 5KPTA 2RN2A 3F9MA 3LAKA 2P9PA 1ATSA 4H5NA 3A5LC 4EZ6A 3THVA 3ULEB 1U4BA 3CJCA 4WQ5C 4CECA 1KLMA 4JKBA 3L4QA 2W6KA 1YTUA 1WSJA 3NF7A 3LPUA 2FBXA 4W5RA 1HJOA 3D7EO 4HCCA 2HB5A 5CR4A 5AQTA 3O3GA 4FJMA 3TSPA 2CH6A 3EZWA 3T69A 3GE1A 4Z4EA 4CJVA 3LM2A 3MXMA 1JLGA 4DS5A 1C0UA 2Q0RA 3QBXA 2Y1JA 1NGAA 5KRTA 3HOSA 4HUEA 3WQUA 2J4RA 4BRQA 5AR0A 3JSMA 2ZE2A 2QWMA 3SAGA 3TR8A 4CHYA 1NJYA 1YHQN 1ZBFA 2YCHA 1NOZA 3DRRA 4LFBK 1ESVA 4FZZA 2P1JA 2R7YA 4FLYA 2JWKA 2XO7A 4FJKA 1RDUA 1JLFA 5GIOA 5JVGL 1TKXA 1R59O 1NWKA 3H6EA 5JICA 1FK9A 3KLFA 3EEQA 4BDZA 4E7JA 4CGFA 2NRTA 2OZMA 3VGKA 4CEQA 1D9FA 4I2PA 3SZ2A 4C1NI 5HRNA 2D1KA 1RT4A 1EX4A 5CHIA 2E4LA 2UXCK 1NK0A 3ULEA 1Q86O 3D2EB 3LALA 2YHAA 1ATNA 4CJQA 3ZSQA 1NBWA 3OBYA 3KKSA 3V1OA 3AA2A 3J7YP 3CQYA 4JD2B 3UKRA 4AHUA 4CEFA 3OS0A 4DUYK 4A59A 3HXMA 4X64K 5KPZA 3G10A 3AO3A 3CCSN 3OYGA 3FZHA 1FKOA 4CJ4A 4GVMA 4X62K 1SKWA 5C12A 3PSFA 3PO4A 5AQOA 5AQRA 5C2DA 3AA4A 1BO5O 1J54A 3A5NC 4CGIA 4UY8O 5A2QO 3LANA 3VMFB 3ZSRA 1NJZA 3U3GA 1K73O 5MLCQ 4C8KA 2YHYA 1EO1A 1NLVA 4K8ZA 4FLXA 3QNNA 4KH5A 3V9SA 1RTJA 4B3SK 4A61A 4JHDB 1XQSC 1BA0A 2A6AA 1I94K 3CM6A 1RBTA 1IO2A 2DFFA 4B9MA 3D2EA 4BGAA 1HPMA 1FJGK 2KFNA 2RHKA 5ADXA 3ZX0A 3NAEA 4CJ5A 3OYFA 2A1RA 4M3YA 4O8UA 4MLHA 2VGMA 3J81O 4B3OA 1N33K 4UQGA 1CXQA 2IS3A 5LJVA 2I7NA 2UUAK 2NUBA 2HHTA 4B3TK 3W3DA 1JLQA 3A2FA 3SBGA 5AQZA 3VENA 4FWOA 4JKAA 2E6MA 2KW4A 3CJ9A 3WXJA 4AHCA 4FVUA 2Q36A 4JI5K 4CIGA 2HSTA 2QXFA 3AA5X 3PY8A 4LH4A 4IEEA 4BE0A 4NCBA 1IH7A 4PWDA 2WC9A 1CZAN 4A5AA 4CEDA 3AVFA 5EY4A 1JJ2M 1T6CA 3TSQA 4HVJA 3I55N 3I33A 3NVKA 1NG9A 3K9KA 3I0SA 3MN5A 2CGLA 1Z6RA 2FBYA 1XI1A 4XH4A 3F9KA 2P9NB 1HLUA 4LD0A 5GINA 3E9LA 4CHNA 3LZJA 2GTDA 2QA4N 4BRCA 3K5MA 2YHWA 4LC9B 3WXKA 4DQ8A 1C0GA 3L3UA 2Z1HA 3KK7A 1Q9XA 5JS2A 3M8RA 4PKGA 1D5AA 3L4IA 3ENHA 3H1VX 1YXQA 3QB0A 1WAFA 5JLHA 3LP0A 4WFNL 3OY9A 2KHOA 2AA4A 3H08A 3IRXA 2Q2RA 3RR7A 3P1GA 1JLCA 3L2WA 3L2RA 1XC9A 4BQLA 3MCPA 1YJ9N 3HL8A 1VQ7N 4CZFA 3WXIA 2QI2A 3CF5L 2Z1GA 4CBUA 1JCFA 1FKPA 1N8RO 3J7ZO 3SV3A 1WUAA 4BRDA 4IKFA 1QZ6A 3I8BA 3FFIA 3ULDA 5JS1A 4CBXA 3NE6A 3P39A 2ZM6K 3DXMB 3QIOA 2G8KA 3IUCA 5J2NA 1U49A 4E1MA 3TARA 1HPZA 3ATUA 5FPNA 4LFCK 2HF3A 4HCBA 4FM2A 3MECA 4CW7B 4OJRA 4CJSA 2D5RA 5AQVA 3TAEA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4CJL A;  5CE3 A;  3CCQ N;  1KD1 O;  1GLJ O;  1ZXO A;  4QS9 A;  4OKJ A;  3AVN A;  3DLB A;  2NRZ A;  1NJW A;  3VEY A;  3FE1 A;  1LWF A;  2FBV A;  3B6P A;  4IZ9 A;  4KV8 A;  4ELT A;  4EIA A;  5KPR A;  3NGY A;  2GBZ A;  4IWV A;  5BR9 A;  3H45 C;  3MK6 A;  4YOX A;  4GV6 A;  1U2V A;  4ISF A;  3VA3 A;  1TYQ A;  1VAZ A;  2KKZ A;  4OO1 J;  1WSF A;  1OVY A;  3NBP A;  3ZEU A;  5JVH L;  3V6D A;  1RT1 A;  1B92 A;  2QXL A;  2YHB A;  3EE8 A;  4KRF A;  3LDQ A;  1YVU A;  4DTO A;  5AQP A;  4H0O A;  4RW7 A;  3HPO A;  1Y97 A;  4DR5 K;  1BIU A;  4FYD A;  4FK2 A;  3D45 A;  3VES A;  1TK5 A;  4DU1 A;  1WNS A;  1LWE A;  3IDH A;  3CPE A;  4IO8 A;  4KHQ A;  3EKU A;  3HRG A;  4KHP K;  1QQM A;  1RBS A;  4W5N A;  1S1V A;  3ITH A;  1SAZ A;  3AAQ A;  2A5X A;  4OVL A;  1RTH A;  2LSN A;  4CFD A;  4Z4I A;  2NZT A;  5FRN A;  4WQ4 C;  3MWP A;  4JRP A;  3HM8 A;  1TK8 A;  2D4W A;  2OYQ A;  2NRV A;  2XRI A;  3PLA A;  4DR2 K;  3E01 A;  3O9R A;  3O6W A;  2WON A;  3SMP A;  1RDA A;  3AVI A;  1NK8 A;  2W41 A;  4YOT A;  4X65 K;  3SJH A;  5AQN A;  4JS4 A;  4X66 K;  1H1V A;  2DY4 A;  4ILG B;  5J2P A;  4ILJ A;  4B9L A;  4MO5 A;  4DQS A;  5KTQ A;  2E20 A;  3HOT A;  2CH5 A;  4FOE A;  4H0P A;  3SLC A;  2HMI A;  2KTQ A;  3NF6 A;  1ZC6 A;  2E2O A;  3ID6 A;  4CCH A;  4CZI A;  3KD1 E;  1N32 K;  3DYA A;  4DR1 K;  2ZQB A;  2B4J A;  1QSY A;  3QNO A;  4B1Y B;  3AVK A;  2E6L A;  4F2S A;  5BR8 K;  2QWO A;  4E0D A;  1BI4 B;  4O0I A;  5C0Y A;  4B8A B;  4KHY A;  2PZS A;  4IDH A;  3OYL A;  5EX5 A;  3CI5 A;  2Q3S A;  2ZGZ A;  3R3L A;  2O8E B;  3KLG A;  4O5F A;  5AQJ A;  1JLB A;  4DF8 A;  3DOL A;  4E7H A;  2NRW A;  4FJX A;  1X9S A;  2D0B A;  3OYJ A;  3NFA A;  4CGH A;  2E2P A;  1OH5 A;  1P8Z A;  1RT7 A;  3L6Q A;  4BRL A;  2P9K A;  4H5T A;  3NVM A;  1Z25 A;  1L3T A;  3VF2 A;  4BDY A;  1NK9 A;  2P9I B;  1HNZ K;  5BN8 A;  5AZI B;  4E19 A;  1VRU A;  3K5O A;  2F9T A;  4FPA A;  3ZX3 A;  1M90 O;  3D0P A;  2HBL A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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