1VQ9N

The structure of cca-phe-cap-bio and the antibiotic sparsomycin bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
total genus 44
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vq9N00
3I56N 1Q86O 1K9MO 1M1KO 1KD1O 4WFAL 2OTJN 1VQ6N 1S72N 5GAGP 1OVYA 3CCRN 1W2BM 3CC7N 1VQLN 4IOAL 1VQ8N 3I55N 1JJ2M 4UY8O 5DM7L 3CCSN 2ZJRL 3CCUN 4WFNL 2ZJPL 3CCQN 1VQ9N 5JVHL 4U67L 4IO9L 3G6EN 1VQKN 5H1SQ 1VQ4N 1K8AO 1QVFM 1VQ7N 4WF9L 2QA4N 3CXCM 1K73O 3CMAN 1YJ9N 1VQNN 3CCVN 5JVGL 3CC4N 1M90O 3CCEN 1Q7YO 1VQMN 3CPWM 1VQPN 1N8RO 1Q82O 3CCLN 1YJWN 1YHQN 3CCJN 1VQON 1KQSM 2ZJQL 3DLLL 1NJIO 3CF5L 3OW2M 3PIOL 3J7ZO 3G4SN 3CCMN 3CMEN 1ILYA 1YIJN 1Q81O 4IOCL 1YITN 1KC8O 5GADP 5GAHP 3G71N 3PIPL 5DM6L 5MLCQ 2QEXN 5GAEP 1YJNN 4WCEL 1QVGM 1YI2N 1VQ5N 3CD6N 5HL7L 2OTLN 4WFBL 3CC2N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZGYA 3AVNA 4W5RA 5AZIA 2ITGA 4K8ZA 2NRXA 2PY5A 3ZSYA 4JRQA 1E3MA 4K0KK 3DLGA 3QIOA 5LJWA 4OKEA 1TKZA 3C6HA 2E1YA 3ID6A 1TK5A 1C6VA 5J2NA 4BREA 4KFBA 4H5NA 2Y1IA 1J6ZA 4M63C 4KB0A 4OLAA 1XUPO 2UYTA 1J9AA 1YVNA 3P39A 1BDGA 2KZZA 1B9FA 1GLDG 4DQPA 4DSLA 3F5TA 1NGJA 4E7KA 3TSPA 3CCQN 3RRHA 4M3YA 3A5NC 4DFKA 3THVA 4CEAA 3MX5A 3BEXA 4CK2A 3DWLA 4J8FA 4DKWA 4JKGB 4BR9A 1JCEA 3TU5A 3L3UA 4LY7A 4CJTA 4Z94A 4JI1K 4AHTA 5C2FA 5EU7A 1N33K 2QI2A 4DB3A 1MU2A 1N5YA 3UKUA 3OS2A 4DV3K 5LJVA 4KRFA 2EHGA 4JS4A 4LSLA 4LF8K 4H4OA 1HX1A 3TAFA 3CFRA 4BWJA 3NF7A 3SUQA 3OYBA 1TVRA 1WLJA 2XY5A 3OYAA 1JL2A 4H0PA 1XNRK 3JYTA 3DRSA 4FLWA 3HZ6A 5AQRA 2HHQA 4M3WA 1W97L 4KO0A 2WUSA 2IGIA 3PY8A 3HVTA 1KAZA 3LAKA 2KKZA 4DR1K 1QZ5A 4FW1A 1YJNN 2VGMA 1S3XA 4Z4EA 4DMNA 3AO2A 4H03B 4FLVA 5EY4A 2HHWA 1ZBUA 3DOKA 1Q86O 1IG9A 4DWIA 3ULDA 4LD0A 2O8CB 1RT7A 2NRWA 5HRPA 2NNWA 1JCGA 3SV4A 1A5WA 3O1BA 3SBGA 1YUWA 5AQTA 4EHUA 3LP2A 1N32K 1LCUA 2HHSA 3QMLA 1JLCA 5C15A 4F4KA 2OPSA 2G8UA 3LAMA 4QS8A 2XY6A 3PX6A 2Z1GA 4W5TA 4B9UA 3MMVA 3C95A 4CCHA 4C8KA 4O8UA 2HHUA 4FJJA 4CEEA 4BDZA 4CZMA 4QS7A 3QNOA 4IBNA 1I39A 3V1QA 1KXPA 3LDLA 2A1SA 2ZM6K 4BVPA 1TK8A 3G6EN 4XIUA 4CEDA 4GVEA 3V9XA 4BDPA 3HOSA 4PY5A 4JK8A 4HVJA 4A57A 4PL7A 4HUEA 1RDUA 1YJ9N 4ELTA 4CJQA 3C7NA 1QS4A 2BH1A 4DR5K 3D7EO 3PO5A 3CC4N 4PHTX 4H0TB 3OA9A 1C0UA 1NGBA 2CGJA 3LDOA 2HHVA 4KREA 4DSEA 4MLHA 3KKSA 3VQ9A 2ASMA 4Y0WA 1YJWN 2ZF5O 4FWOA 3VOVA 3AVGA 4GV9A 4YDUA 3CJAA 1RGIA 3SPYA 1RILA 1HPZA 3SV3A 1P8ZA 2UUAK 3BF3A 1I3AA 5AFUH 4FJHA 3QFUA 4CJLA 3M5RA 1IH7A 4AM7A 4QCLA 1WSHA 1CXUA 1EX4A 3EN9A 4IFYA 1DGKN 1BCMA 4DQQA 1ATSA 3ZETB 3PLAA 4CJRA 2D0CA 5TKWA 5MLCQ 4FWNA 2HNDA 3CM6A 1C1CA 3SAFA 3QEPA 1VQ5N 1EP4A 1HYZA 4K25A 1N34K 5M1KA 3AVCA 3D2FB 3VENA 3CC2N 1EWQA 3VF2A 5JS2A 1QHAA 1GOBA 4FWSA 4DSIA 1M1KO 4H8KA 4CBWA 4IO8A 5ELZA 3NFAA 5ADXA 2PFUA 1HKBA 3M8RA 2GUPA 4B9NA 1QQOA 4B9TA 2YJFA 4WQ4A 1IBKK 4DTRA 4O44A 3NH1A 2HMIA 2E2PA 5SWMA 3SK3A 3V1RA 5AQMA 3VQ7A 3ID8A 4E7JA 2ZQBA 4M42A 3E01A 1EETA 3ENOA 3MXMA 4CZFA 1D9FA 3OS0A 1J5EK 3RSEB 3LP3A 1VQ9N 3DXKB 2X74A 3U3YA 4BE1A 2UXBK 4K41A 1ZXOA 2YNIA 2G8WA 1NK6A 1WSEA 3CFOA 5CHIA 1VHXA 2E20A 3DXMA 3NCIA 4L3QA 2QKKA 1N6QA 3MN7A 3U9ZA 1OKJA 3V1OA 2W40A 1BQNA 4JKHA 3CJBA 3CYMA 3HBTA 4CBXA 4QOZB 5EX5A 4X64K 4PUOA 1HJOA 5FDLA 4LSNA 1WBBA 3A0IX 1VQPN 4W5QA 4DV4K 2CGKA 1Q82O 5AQGA 3CJ9A 4IG0A 1HYVA 4E19A 4B8CA 1YHQN 1KQSM 1MDUB 1T05A 1XHZA 5C2DA 5FPMA 4DV7K 1NJYA 3AY9A 4KAZA 1NBWA 1RT3A 5FPEA 1LAVA 2BANA 5HRRA 4CGIA 3AO5A 3V9SA 1ILYA 2WTUA 4XH1A 3HSTB 3U8XA 4OKKA 1SAZA 1WBDA 3GBTA 4RW9A 3FZFA 4CGHA 3CQYA 5KRTA 1RT1A 4BY9C 4FLUA 2IDOA 4KKOA 5AQLA 3HP6A 3SI6A 4DQIA 5AQQA 4N41A 3P5JA 3RWUA 3AVBA 3K5OA 3CJCA 3O4WA 4JK7A 4PL8A 4RG8A 3OYHA 4CEFA 3DAWA 4EP4A 2VCPA 3V4IA 5SZTA 1J54A 3H45C 1LWEA 3BUZB 4AH9A 5AQYA 3H1QA 3KLGA 4NXNK 4IOAL 4XH4A 2P9UA 3MX2A 4FLZA 1FKOA 5M1OA 1GLLO 2DFHA 3R8EA 3ZYYX 3SUPA 3CHWA 5DM7L 3THYB 3V81A 4FXDA 4FJGA 4DLEA 5LL6Z 2UXCK 2HNYA 4B9LA 4DCHA 4MDAA 4FJNA 2HF4A 1KFSA 3VERA 4PKGA 3KLFA 2IAJA 5JVHL 3K57A 4IO9L 2O4GA 3OYGA 4M3UA 5AQNA 1QQNA 3THWB 1QVFM 4CHZA 5EOYA 1RCHA 1NGFA 4JD2A 3DRPA 1BISA 3CPEA 1FKPA 4W5NA 5JVGL 5F0XA 4AHRA 4GY2B 4FVUA 4C1NK 1YF5L 4OGCA 1QSYA 1B92A 3A8YA 1NGCA 3MWTA 4ILGB 2V52B 3HRGA 2QXFA 2O8DA 3ZSVA 3CCLN 5M1FA 4GMJB 4KBOA 1JXBA 3HYFA 3ALYA 2NRVA 3L6QA 3L4IA 2BGGA 4CIFA 3K0SA 3C65A 1GLBG 4JK9A 1HQEA 1BI4A 3C6AA 5JICA 1RTJA 3SMSA 3DRRA 3VEYA 4A62A 1RT4A 2P9SB 1CZ9A 1T44A 2IVNA 4BR2A 2P1JA 3DJCA 2XY8A 3T7ZA 3LDNA 5ADXH 1VSJA 4YFUA 4IKFA 4DS4A 1UA0A 2X78A 4L8RB 2GWJA 2P9IA 1K9MO 3DI6A 3KZBA 3NMUA 3J8AA 4FJXA 3RMCA 4NLBA 1OH8A 4NB4A 3QERA 2O4IA 2QK9A 1ZC6A 4DTXA 1S5JA 3WUHA 3LDQA 5BR8K 3J80O 4DF8A 2QKBA 3IUCA 3WXJA 1Y97A 2O8BB 5AJ3K 4CJ5A 5JS1A 3R6MA 3HM9A 2D0PA 3ASMA 1RFQA 4JRPA 3F73A 3OS1A 5KRSA 1U48A 3PX4A 5AQSA 1ZBFA 1QSLA 5IT9O 5J1EA 4AHCA 3JS6A 2OPPA 3L3VA 2A5XA 3KTQA 1LWFA 3UKRA 1IJJA 3HXMA 1BA0A 2KW4A 2VQEK 5KTQA 2XO7A 1BA1A 1HNWK 2HB5A 2A1RA 4PKIA 1RTIA 5AQIA 4CJWA 3S3OA 5AQJA 4C1NI 2QWMA 4CGGA 3PX0A 3LM2A 4FJMA 1V4TA 4CZGA 2XHBA 2O8FB 2E4LA 4CF9A 4LF9K 5AQHA 4DV0K 2NLXA 4YOTA 1VQMN 4LH5A 3VESA 1N8RO 4JHDA 3VQDA 1BQMA 3I8DA 2P9PB 4B1ZA 4Z4IA 3U3GA 1TL1A 1JXEA 3O4QA 2P5GA 3AO4A 4AQYK 2GEMA 1D9DA 4CHPA 5J2MA 1WAFA 1N36K 2YHWA 3J81O 4IZ9A 3VQ6A 3FE1A 1HJRA 4KV8A 3NH0A 5DMRA 3CMEN 2AA4A 3AO1A 2HBKA 1A5VA 3QINA 2DFFA 5FPDA 4BRKA 1U04A 3G71N 3PIPL 4MO4A 2BTFA 3K9JA 4CEBA 4OPJA 3LZJA 1Y64A 4KH6A 2G8KA 4MQ3A 2A3ZA 3QBWA 4BVOA 1QVGM 2G8IA 4CK3A 4WFBL 4LF5K 3AGKA 1T6DA 1W0HA 1RTDA 2VG7A 4RWTA 2X6NA 1FK9A 4ELVA 2IS3A 3LALA 4FJLA 4J2BA 1ESVA 2VQFK 3OHRA 3S9HA 4WQ4C 4DU1A 3S3MA 1SUQA 3CG7A 4IJAA 1S1VA 3ITHA 2F8TA 4JI0K 4IDHA 2Q31A 4JLHA 1T7PA 2ZWHA 4F3TA 3OYIA 1HR0K 4C8NA 1ZYQA 4FZZA 2KQ2A 3CCSN 2ZJRL 1ZBLA 4DQRA 4FM0A 5LY3A 1JL1A 2JWLA 3TAMA 4U67L 3S41A 3MN6A 4KHPK 2OZMA 4GKJK 1KLNA 3B8AX 1S9EA 1XHXA 3E1YA 1K8AO 4LFBK 4BR7A 4JKDA 3CXCM 3P4IA 2HHHK 3WNFA 1SKSA 4NO7A 3IRXA 1S1TA 1YTUA 1MA9B 3G0ZA 3P1GA 4I9LA 1C0FA 1U45A 3AA2A 4CW7B 1VSIA 1OH5A 3OJUA 4Z4HA 3T3FA 3D0PA 1TYQA 2OA8A 4BRNA 4M7YA 5C0YA 3VGMA 4CJPA 4FWQA 5BRHA 1U4BA 4KB1A 1NGHA 4GV6A 4CJ3A 3E9PA 5HLFA 1J5OA 3VEOA 2BUPA 1RBSA 3THXB 4C8LA 3PIOL 2WFBA 4O5FA 1KVCA 3KD1E 3D2EA 3HM8A 5JLFA 3DLRA 3O3GA 1KTQA 1YITN 4FJ8A 5GADP 5GAHP 4GV3A 1O13A 1K8KB 4DR7K 4LF6K 3O1WA 4R79A 1NJXA 2OTLN 4RW4A 1IKVA 1TV6A 2O8EA 4AHUA 3U4LA 5CYQA 5FLXO 2KZMA 3OY9A 4KHQA 3G25A 2YV0X 3PSIA 5M1QA 3CCRN 3BP8A 5CYMA 1Q9XA 1NKEA 3E9LA 3OYNA 5C24A 2JLEA 2D1KA 3PV8A 3I55N 4FJKA 2YHYA 3I0SA 4GW6A 1X3MA 3T1YK 1QTMA 3KD5E 1RBRA 4I2QA 4BE2A 4F2RA 2E2NA 1QQCA 3C6TA 4KPYA 5AQFA 4FJ5A 3NGZA 1QHTA 2ATQA 1TKDA 3I8BA 2HBJA 2Q3SA 4DUYK 4KI4A 3WNGA 2P51A 2VYPA 5AR0A 1T03A 5BR9A 1IKXA 2WONA 2FXUA 4X66K 3M6GA 4ISEA 4BGAA 1K73O 3PSFA 4NLCA 2AJQA 2OANA 1I94K 2WBNA 4E89A 1D4XA 2V51B 3HSCA 4K42A 2VG6A 2P9NB 3ZEUA 2R7YA 3OVNA 4RW7A 3EEQA 3M8QA 5J2QA 3LWLA 1WB9A 4F3OA 2P9LA 3CM5A 4M7XA 1Z6RA 4C8MA 2ASPA 1Z26A 3AO3A 4ZTJA 2YHAA 1NJIO 3SYZA 1BWFO 3V9UA 1F21A 5HRNA 3F2KA 4MDBA 1OH7A 3O8MA 3DLHA 1C0TA 1WSFA 3RMDA 3M1FA 4CF0A 1YT3A 1B9DA 3NAEA 1BG3A 3OJSA 2DY4A 2ZD1A 3VEZA 2XY7A 3LP1A 4JKEA 4TSXA 1TAQA 4W5OA 2FLOA 4WQ5A 5DM6L 4IEIA 3O4NA 4CK1A 3WT0A 1KSPA 2E5LK 3OYFA 5E84A 2PYLA 5F2RA 2E6MA 3I56N 4E7IA 4B9SA 3AVAA 4I9QA 1S22A 2EWSA 4O55A 2Q97A 5DK5A 4DG1A 1ITGA 1VSHA 4I6MB 1CLQA 4Y1DA 4CFCA 4V19S 4M3ZA 1J53A 4CZHA 4FCYA 3N4QA 1CXQA 1R59O 5CY4A 4CJ4A 4YOWA 1GLEG 3TAEA 5FROA 3Q7BA 2G8HA 3O6WA 1VQ8N 1NGEA 3OBYA 5AQVA 4DQ8A 4F8RA 3D6RA 3FFIA 2IOCA 3VQ8A 2CGLA 3K5LA 1P90A 1SS6A 4BWMA 5AZJA 4YOUA 3K2PA 3PUFA 4CHQA 1L3VA 4DSJA 2KFZA 2EX3A 1JCFA 4KH5A 2FBXA 5AZIB 3FZLA 3H08A 3CETA 5AQWA 2YNHA 3IS9A 3SQ0A 3LPTA 4G9ZA 1VQKN 4BQZA 2HNZA 4CE9A 2J4RA 4B3RK 3ZSXA 2QA4N 4H0YB 4E7HA 3CMAN 2V7YA 3LPUA 2ZGZA 1ASWA 4CECA 4PA1A 5BPLA 3TTFA 4DU4A 5CZ1A 3AVIA 4FK2A 3C0BA 3ZT0A 3VQ5A 3KLIA 1VSFA 3CPWM 2P9KA 1R0AA 5C42A 1NM1A 2HBMA 5K14A 3CCJN 2PBDA 3SMPA 3J7YP 3CI5A 3LZIA 1RBUA 3ZSWA 4H5TA 3VGLA 3A5LC 3DLLL 3GDQA 3WEEA 3D45A 2BDPA 3SJJA 3U9DA 4RCHA 3HPHA 3NDKA 5BPMA 1HRHA 1WSIA 4CJVA 3GL1A 3V9WA 3NF6A 1K6YA 2QWLA 4CD3A 2Y1JA 3HPOA 3QNNA 4CJUA 3DLBA 3UKUB 4WCEL 3ZT2A 4CJKA 3AVLA 2OPRA 4F2SA 1RT6A 4DUZK 4F9OA 1BO5O 2RHKA 3QDKA 2WC9A 3VGKA 1RDAA 4CFBA 1IV0A 3N4PA 4HTLA 5F1XA 3ULEA 3IAYA 3WXIA 1VQ6N 2FBYA 2FBTA 3EKSA 4B3SK 5BN9A 5AQUA 1T6CA 4EHTA 4IFVA 1HNVA 4NXMK 3CC7N 1XMOK 4FWPA 4UQGA 5KPRA 3CIPA 3QETA 4FK4A 4RW8A 2KFNA 3O3FA 1JJ2M 4KTQA 4BR4A 3VQEA 2QM1A 4MO5A 1RNHA 4OX9K 4YOVA 1QE1A 4HUGA 4X62K 2RF2A 4KHYA 1KFDA 1X9WA 4G1QA 3NH2A 1A5XA 1YTAA 3LDPA 1SL1A 3QFPA 2CH5A 4BRGA 3ZSOA 2ASOA 1VQ7N 4CHOA 3ATUA 1KVBA 3P38A 4DSKA 3HPGA 4BG8A 4O5BA 3NHGA 3NGIA 2A42A 2YKMA 3QBXA 3IMXA 5B8HA 4OVLA 3F9MA 4Q0BA 1HYSA 1XMQK 1DEJA 3BY5A 3HVRA 4M41A 5KGXA 4B8AB 1NJWA 4JNEA 2QTDA 1NLVA 1IBMK 3AAPA 3WXMB 4BDYA 2DFEA 1TL3A 3EZWA 4CERA 4CF2A 3L2UA 4B1VA 4KHUA 2W6KA 2KHOA 2YI1A 2F4VK 2KTQA 3EE9A 4NCBA 4FO0A 3O3HA 4OPHA 4A2BA 1NK9A 1BIZA 3EL2A 3I0RA 1MWMA 4N5SA 1NK8A 3KKRA 2QWPA 4HCBA 3C7NB 4JI3K 4GKKK 3MAQA 4E1NA 1Z05A 4BC3A 3VQAA 2I7NA 3HP9A 2F9WA 1KRPA 4C8OA 5HBMA 3ZCMA 4IJNA 1GOCA 2F96A 2AP1A 1SKRA 5CR4A 5JMVA 5C12A 3TWHA 4Z4FA 4BACA 2HOEA 1RDWX 3SUOA 5M1PA 4JKGA 4AHVA 3TPQA 5GAGP 5LMUK 2OPQA 5BRFA 1Q8IA 4B9MA 1S1WA 3VQCA 3TSQA 3NVKA 3M3ZA 2Z1IA 1ASVA 2IIRA 2VWKA 3IG1A 1WUAA 5AQKA 4M3RA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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