1VQ9N

The structure of cca-phe-cap-bio and the antibiotic sparsomycin bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
total genus 44
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vq9N00
1VQ9N 3CD6N 2OTJN 3G4SN 1VQ7N 1VQNN 4IOAL 3DLLL 3I56N 3CCMN 1Q82O 1W2BM 1S72N 1VQON 3CC4N 1YITN 1YJ9N 1VQMN 3CCJN 1YIJN 1N8RO 4WFAL 1VQKN 3CF5L 3J7ZO 4WCEL 1M1KO 5H1SQ 1K8AO 3I55N 1NJIO 5DM6L 3CCEN 2ZJRL 5JVGL 3CMEN 5GADP 1M90O 1VQ8N 4WF9L 3CCVN 4IOCL 3CPWM 1ILYA 1YI2N 1VQ6N 1KC8O 1YHQN 3OW2M 3G6EN 3CCQN 3CC2N 1VQPN 5MLCQ 4U67L 1Q7YO 3PIOL 2QA4N 3CXCM 1KD1O 1JJ2M 1Q81O 5GAEP 4IO9L 1VQ4N 4WFNL 5GAGP 3CCRN 2QEXN 4UY8O 1OVYA 2ZJQL 1QVGM 3CMAN 3PIPL 5DM7L 3CCLN 5JVHL 5GAHP 1YJNN 3CC7N 3CCSN 1QVFM 2ZJPL 1Q86O 2OTLN 1K73O 3CCUN 1YJWN 1KQSM 1K9MO 4WFBL 5HL7L 3G71N 1VQLN 1VQ5N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CFAA 4H4MA 2BANA 1UA0A 5M1QA 3VQQA 4F4KA 3NE6A 2DY4A 2UUBK 5LL6Z 1IBKK 1T3VA 2WC9A 1RT1A 3SK3A 5BREA 1IG9A 4Y1DA 1QHAA 4WQ5C 4F9OA 4YORA 3AVNA 3DOKA 4BQLA 3LDNA 5CHIA 1VQMN 2HMIA 3AVJA 2O8FA 3AA3A 2VQFK 3B6PA 4R79A 4KH5A 5KPTA 3V9UA 3CI5A 1GLDG 3MX5A 2FBXA 1RDDA 3NFAA 1DTTA 4NO7A 3SYZA 3ZT4A 4HVJA 5AQWA 3VESA 3LDQA 5KGXA 3KK2A 4WF9L 1LCUA 3HL8A 1S1WA 4M3TA 3R9PA 3OA9A 4DQIA 1YI2N 2RE2A 2WONA 4BE2A 4HCCA 3WXLA 5CE3A 3ZSXA 4J8FA 1W0HA 2E5LK 1NJZA 4B9MA 3OYIA 4LF7K 4E7LA 1S6PA 4DQ8A 1C1BA 2F8TA 2NZTA 1XHZA 4JKBA 4DLGA 1Z25A 1NKCA 3RMDA 1GLJO 4KHNA 2XHBA 3JAMO 3EZ5A 2YHXA 1RTJA 4AHCA 3DOLA 4OLAA 4ILJA 1YVNA 1S6QA 3A5NC 3VEWA 4DF8A 4CCHA 4DTJA 2G8IA 4JHDA 3SMPA 2ASOA 4B1UB 3HJFA 3PX6A 1HX1A 2HB5A 2P9PB 2BE2A 3WQTA 4HHTA 1X1PA 4WFBL 1JLGA 2OPQA 4CF1A 3PLAA 4BDZA 4B3TK 3EKSA 3DI6A 4GY2B 1JLBA 1OH8A 4Z0UA 1B9DA 3MN9A 3VF2A 1HRHA 3B6OA 1RBTA 4B1WB 4IXCA 3I8BA 3CQ8A 2YCHA 4BROA 1Q82O 4CJEA 3S3NA 1C1AA 4H0YB 1ZBFA 4Z4CA 2G8WA 4KTZA 3FR0A 4KPYA 3S3MA 3ZEUA 2DFHA 5SZTA 1XMQK 1NGIA 4AILC 1LW0A 5CZ2A 3ZSOA 3HZ6A 1VAZA 1HQUA 4FWSA 4C8LA 5FPMA 4IOCL 4B9SA 3O3HA 5M1KA 1TVRA 2HNZA 1ILYA 4FW2A 4H4OA 4NYFA 4HUGA 4QS7A 3LDLA 4XH5A 1VQ6N 5EVZA 4YNQA 2O4IA 1WSGA 2FLOA 2E88A 1EWRA 2NRTA 4FLWA 1BIZA 4FXDA 5GIOA 3SNNA 1J5OA 5BPNA 3L2QA 3MDQA 1JCFA 3TI0A 1JJ2M 4CGGA 2OCEA 5AQFA 1BI4B 1KXPA 4DQPA 3ZSZA 3IMXA 4CIGA 4DKWA 3RR7A 2E1YA 3SUOA 5LJWA 3TR8A 4DV4K 1TAUA 4M3YA 4IBNA 2A1RA 1GOBA 3AO3A 1HNXK 3GOIA 4K8ZA 4FVUA 2GUIA 3K57A 4W5OA 3E66A 3ZT0A 5HP1A 2FSJA 4OPKA 1N36K 4FWLA 1EQYA 4MFBA 1TL3A 2A40A 1ZXOA 4FZZA 3TTDA 4LC9B 1RDCA 4CZGA 4JI8K 1EKEA 1ESVA 3ZSWA 5AQKA 3ENOA 3D0PA 4KB0A 2Q0RA 4JI4K 4EZ6A 4B1YB 1VQ9N 1X9JA 5KRSA 3ULDA 4B3OA 1SQKA 1Y97A 4CJVA 2WTUA 4FJNA 3HYFA 4ISEA 1VSFA 3EO3A 4DLEA 1VSMA 5J2PA 3AVHA 3NF6A 4CJ3A 4ILGB 4CEFA 2OZSA 3KLEA 1YF5L 3OS1A 3OYJA 4X66K 4KO0A 3K5OA 4BGBA 4AHVA 2QM1A 3BDPA 4CEDA 4CK2A 4BR0A 4JD2B 3NAEA 3FE1A 4JI1K 1JCGA 4B9NA 1XUPO 4BG8A 3QLHA 4CERA 3CMEN 2GEMA 5HRSA 3VQ6A 3P31A 4IEIA 1O13A 3QNNA 2PZSA 3ID6A 1IV0A 3SPZA 4PA1A 4W5QA 5F1XA 2EX3A 1BOTO 3C7NA 3DWLA 1P90A 4DSLA 1J9AA 1X3MA 3AVKA 1NK5A 3MXMA 3C94A 3WNFA 4EIAA 4DTMA 2X6SA 3QBXA 3AV9A 4DR4K 3SJJA 5KQDA 1I94K 3CIPA 2RKIA 2ZWHA 4BRNA 1RBVA 1NNEA 4OGEA 1BA0A 1NGCA 1BQMA 1RT2A 5HROA 3FLCO 1YTAA 1NK9A 5HRPA 3C6UA 1RT6A 3P38A 3J80O 3KK1A 1YJNN 2CH5A 5F0XA 1FKPA 3OYCA 2D1KA 4WE1A 4BR7A 4EP4A 5J2NA 3CCUN 3QMLA 3CPEA 1KLNA 2F8SA 1CZAN 1S1VA 1K9MO 3A8YA 3ZX2A 2QXFA 5BRDA 4DQSA 4WYBA 2B6AA 3VQAA 3G25A 4LF8K 4H5WA 3VMFB 3G4SN 2XY5A 3PX4A 3M8PA 4AH9A 4CZJA 3LDPA 2HNYA 3NGYA 3G10A 2XY8A 4KHYA 2VG7A 2ZM6K 3VF4A 4B9VA 3AVLA 3O08A 1WSEA 2QWOA 2PAVA 5ADXA 3DLGA 5IWAK 1YJ9N 3D2EB 1YIJN 1RTHA 2HMPA 1REVA 2NRWA 3AARA 2O8DA 3J8AA 4DFKA 4CEEA 2P9LB 4Z4GA 1VK0A 3HBTA 2O8BB 4OKEA 4BGAA 5AQRA 3WQUA 4KAZA 4DR1K 4B1XB 1VSJA 4OGCA 3SUPA 4DUZK 4F3TA 3ZX3A 2P9NB 1EWQA 2O8CA 4FO0A 3OBYA 4A61A 4IEEA 4KKOA 5HOOA 4YOUA 1C0GA 2CH6A 4FJLA 1EETA 1GOAA 3CCQN 2HHTA 1NGDA 3M8SA 4BRKA 4CGHA 1QQCA 4GW6A 4B08A 4CF2A 3TAQA 3ALYA 3DAWA 2HVHA 1KTQA 3C6AA 2PY5A 4CBUA 3H3NO 1NM1A 1EP4A 2Z1HA 3OY9A 1ITGA 4WFNL 2NRVA 4CGFA 4LH4A 1YT3A 3SUQA 4AM7A 1K8KB 4KH6A 5M1OA 2V7ZA 4AHSA 2KLAA 2CGJA 4CZHA 3PIPL 1NOZA 1C6VA 2FSNA 3OYNA 3CJAA 4J2DA 1MA9B 1NJWA 1C1CA 4B3MK 4DUYK 2UU9K 1KVBA 2AJQA 4BWJA 2VG6A 3WXKA 2NRZA 2IVOA 3O9QA 2O4GA 4I6MA 3N4QA 3HT3A 1W97L 3HM9A 1Y64A 3I0SA 1VHXA 3KD1E 1VQ7N 1LWFA 4BR4A 3O9RA 3E01A 4DQQA 2YNGA 5BPLA 2GUPA 1MU2A 4DV1K 3O4NA 3I56N 3O9UA 1NKBA 4QS9A 3PY8A 2I5JA 1VSHA 1V4TA 1JL1A 4E0DA 1ATRA 3DXKA 4MDAA 4ISFA 4XIUA 4LF5K 3AA4A 3SAGA 4CJQA 3KLGA 5H1SQ 5AQJA 5FROA 4JI5K 2YNFA 3SAFA 1JLFA 2GELA 5GADP 2UXBK 3A5MC 3CJ9A 4R5PA 2OPRA 4IFEA 2P51A 1G99A 3DRPA 4ISGA 1HQEA 4PL8A 2HHVA 4H5RA 3OYFA 4Y0WA 4YY3K 1IH7A 3NF8A 3VEYA 1R59O 3CPWM 3LALA 3THWA 3D2FA 3THVA 1YHQN 1C0TA 1RBUA 3FZHA 2ITMA 4JKGA 4BRPA 2I7PA 4N56A 4YOXA 1QE1A 2P9SA 3RVCA 3V9ZA 2GWKA 5AQLA 4GKKK 2FBYA 3ATVA 5JMVA 1XHXA 5E41A 3PIOL 4BR2A 5SWMA 3PSFA 4BVPA 2XY6A 1NMNA 3OYEA 4DSIA 4FSVA 4RW9A 4JI2K 3OS0A 1JLQA 3TAFA 3CM5A 4Z4IA 3AA2A 4BY9C 4L8RB 3MAQA 3VEXA 1VRUA 3TWHA 3UE5A 1WSHA 4IG3A 2D0OA 1X9WA 2UYTA 3THXB 3E9OA 2V51B 1RBRA 2O8EB 1WSJA 4KH4A 3S3OA 1VSLA 4FWQA 2BTFA 3R8EA 4BG9A 3ULEA 1B92A 1Z6RA 5AQUA 4LFCK 1KAXA 1O1WA 1QSYA 4B9UA 3PV8A 2YKMA 4GVEA 5ELZA 4UQGA 1OH5A 4DS4A 3OVNA 4BRQA 1T6DA 4EP5A 2ZQBA 3BY5A 1NG9A 3CQYA 1S3XA 4IOAL 3HVTA 1NBWA 1TKTA 5LMUK 4JKAA 4ZTFA 1WB9A 2EHGA 4CEQA 2DPNA 3L2WA 3MN6A 2QWPA 3D45A 3AVAA 1XWLA 3CJCA 1TKXA 1NK7A 3NBPA 3CF5L 4BRLA 2KTQA 4YOWA 4WCEL 4LSNA 1XMOK 2YV0X 2ZGZA 1RT3A 2YKNA 1HMVA 4FVMA 3Q7CA 2ZJRL 4JS5A 4FPAA 4FOEA 2KFNA 2VYPA 3JS6A 5D3GA 3O1BA 4E7HA 1T03A 3P4IA 3UB5A 1SKWA 3HRGA 3AVCA 5C10A 1JXBA 3HP6A 1WAFA 1ASWA 1W9HA 2P9UB 4FJGA 2DTUA 3UKUB 3ZYYX 1HUXA 3TAMA 4IWVA 4RWTA 5LY3A 4DR7K 4RW6A 1C0UA 1NK0A 4RG8A 5FPNA 4LF6K 4O5FA 4CZKA 4M3WA 4FLVA 3QESA 3LP3A 3V81A 1NGJA 1KVAA 3U6FA 4DS5A 1L3SA 5AQPA 4IO9L 2HHQA 1QQOA 4EHUA 3O4QA 1H1VA 2HBMA 3F9KA 3VGKA 1NK8A 1N34K 3CMAN 3OHRA 5C2FA 3DYAA 4CFDA 4KI6A 1L3VA 3MEGA 1DT9A 4N41A 2ASPA 4KTQA 2GX9A 2P5GA 1NLVA 5AQZA 3KK7A 3VQ4A 4IFVA 4B1ZA 3ZETA 5AJ3K 5J2QA 1YJWN 1KQSM 1T8EA 3FZKA 4Z94A 1BG3A 1BISA 2OPSA 1L3TA 4JEPA 1CXUA 5J1EA 3M1FA 2P9KB 2E20A 5BN8A 1VQLN 5C25A 1J54A 3O9SA 3DRRA 4Z4HA 4DFMA 1RGIA 4CI6A 4F8RA 1N33K 4FJKA 4I2PA 2PYJA 3HK2A 3TTFA 1SL0A 3OJSA 1TK5A 1FW6A 2DFFA 3NVMA 4ELVA 4NCBA 4RW4A 1VSKA 1VSIA 4GNIA 1RBSA 2VWKA 1G15A 4CGJA 4GKJK 1VQON 1TL1A 3K9KA 3VA3A 4GV3A 2X6NA 4X62K 2P1JA 3KHYA 5C2DA 4BRMA 4O8UA 3CJ1A 1HKBA 1QZ6A 3VGMA 3V9XA 4PQUA 3WUHA 5FRNA 3OBWA 3F2KA 1E3MA 1WNSA 3RMAA 4KHQA 1BWFO 2NUBA 3DXMB 3KVGA 1SL2A 4B9QA 3LP0A 1XNRK 2KW4A 1HNZK 4CHZA 4CHOA 3PX0A 4FJ5A 4FW1A 3UKRB 3AO2A 4HTLA 3W3DA 4DHYA 4FJ7A 3SZ2A 1NU0A 3VQ5A 1A5VA 4M3RA 3PO5A 3HOSA 4JN4A 4BR5A 1IBMK 4FCYA 1KFSA 1HYSA 4CHPA 3J81O 4KHWA 3V9WA 3LZIA 1Q81O 4NCGA 1ZC6A 5HBMA 5GAEP 4FWOA 3WEEB 3EL2A 2B4JA 1RT5A 2VG5A 4BDYA 4BRIA 4CJWA 2Q0UA 4KV8A 3OYMA 3OS2A 4CEZA 5DM7L 3VERA 5AFUA 4M63C 3BF3A 3QBWA 4I9LA 4DG1A 3U3YA 5TKWA 2IVPA 1U48A 2J4RA 3JXUA 1Q86O 1DTQA 3O6WA 5M1NA 1BA1A 4H8KA 4W5TA 2VCPA 4WQ4A 5KPRA 4Q5VA 4CJPA 2A42A 3EZWA 3G0ZA 5HL7L 5CR4A 3CG7A 5KQ8A 1ATNA 2ZGYA 4JRPA 2F7TA 5HRNA 1RT4A 3HTVA 5DMRA 2P9IB 4J2EA 3RSEB 4X64K 2Y1IA 3Q7BA 4BQZA 1GLBG 3EKUA 5CY4A 2FF6A 4DTXA 4FWMA 1W2BM 4O5BA 1T6CA 4KRFA 3P39A 3O80A 4CD3A 4K41A 4C23A 2P9PA 2OPPA 4RTFD 3F73A 1NJIO 4KTWA 1NJYA 1ZBSA 2QKBA 3SV4A 3CETA 3QDKA 3LDSA 3CM6A 1GLFO 2X78A 4FWRA 4CHYA 3OYAA 2IS3A 4HWIA 2KZZA 4H0XB 3W0LA 2W42A 4JKCA 5HRRA 3EY1A 3QEVA 3THYB 2HVIA 3AVMA 2D5RA 1ZYQA 5AZIB 4FM1A 3IAYA 3NVKA 4PKHA 2E4LA 4JKDA 1DKGD 4XH4A 3R1XA 4FLXA 3MX2A 4YOTA 4M42A 4JK7A 1U4BA 4MO5A 4BRCA 2G8KA 1BDGA 2QA4N 1SL1A 4M3XA 2RF2A 4BVOA 1QQNA 3TTCA 2P5OA 4K42A 4CF9A 1OVYA 3C6HA 1SAZA 3V1OA 3H08A 4LF9K 1RDBA 3FZMA 3NGZA 4CJSA 3FFIA 4C8OA 2E6MA 2W6KA 4CF8A 1ZBIA 4L3QA 3HPHA 3ZT1A 1Q18A 3EYZA 5IT9O 1K73O 3JYTA 1UWBA 3DRSA 4DV7K 4U7BA 1WN7A 3IFRA 3MEDA 5B8HA 1BI4A 3LDOA 1QQMA 2GBZA 1TV6A 1U2VB 4CEOA 1VSDA 3MK6A 3KLHA 3DLBA 4BRGA 1MWKA 1VRTA 4FM0A 1Z05A 3I8DA 3V1QA 1KAZA 3ZSYA 4H03B 4QAGA 5FLXO 2QWQA 3BF1A 3BGRA 4CGDA 3MWTA 1SV5A 2JLEA 3KTQA 2OZMA 3ENHA 3SLCA 4DV2K 5EXWA 3E1YA 4BWMA 4FK4A 4IJNA 3CCEN 5EOYA 3GL1A 4ILHA 2GV9A 2EWSA 3QEIA 2ITGA 3MECA 4IZ9A 4OKJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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 1VQ9 N;  3CD6 N;  2OTJ N;  3G4S N;  1VQ7 N;  1VQN N;  4IOA L;  3DLL L;  3I56 N;  3CCM N;  1Q82 O;  1W2B M;  1S72 N;  1VQO N;  3CC4 N;  1YIT N;  1YJ9 N;  1VQM N;  3CCJ N;  1YIJ N;  1N8R O;  4WFA L;  1VQK N;  3CF5 L;  3J7Z O;  4WCE L;  1M1K O;  5H1S Q;  1K8A O;  3I55 N;  1NJI O;  5DM6 L;  3CCE N;  2ZJR L;  5JVG L;  3CME N;  5GAD P;  1M90 O;  1VQ8 N;  4WF9 L;  3CCV N;  4IOC L;  3CPW M;  1ILY A;  1YI2 N;  1VQ6 N;  1KC8 O;  1YHQ N;  3OW2 M;  3G6E N;  3CCQ N;  3CC2 N;  1VQP N;  5MLC Q;  4U67 L;  1Q7Y O;  3PIO L;  2QA4 N;  3CXC M;  1KD1 O;  1JJ2 M;  1Q81 O;  5GAE P;  4IO9 L;  1VQ4 N;  4WFN L;  5GAG P;  3CCR N;  2QEX N;  4UY8 O;  1OVY A;  2ZJQ L;  1QVG M;  3CMA N;  3PIP L;  5DM7 L;  3CCL N;  5JVH L;  5GAH P;  1YJN N;  3CC7 N;  3CCS N;  1QVF M;  2ZJP L;  1Q86 O;  2OTL N;  1K73 O;  3CCU N;  1YJW N;  1KQS M;  1K9M O;  4WFB L;  5HL7 L;  3G71 N;  1VQL N;  1VQ5 N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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