1VQKN

The structure of ccda-phe-cap-bio bound to the a site of the ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Ribosome
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal rna
total genus 48
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vqkN00
1N8RO 3CCMN 1M90O 1JJ2M 3CD6N 3CXCM 3CC4N 3CF5L 1VQPN 1YI2N 1M1KO 3G4SN 1Q86O 4WFNL 2ZJQL 1KQSM 1QVFM 1VQ4N 3G6EN 5GAEP 4WFAL 4WCEL 1VQLN 1VQ8N 1ILYA 3PIOL 1YHQN 5HL7L 3CMAN 1YIJN 4IOAL 1OVYA 1VQ6N 1VQ9N 4IO9L 5GAGP 2OTLN 1VQ5N 1K8AO 3CCQN 1YJNN 5GADP 1VQ7N 2ZJRL 1K73O 1W2BM 3CC2N 1VQON 3CCSN 1YJ9N 5JVGL 1YJWN 4WF9L 5DM7L 2QEXN 3CC7N 3PIPL 3CCLN 3OW2M 3CCUN 1K9MO 5DM6L 3J7ZO 1Q7YO 1VQKN 3I56N 3CPWM 1KD1O 2QA4N 2ZJPL 1Q82O 4WFBL 5H1SQ 5MLCQ 1KC8O 3DLLL 1NJIO 3CCRN 3CCEN 3I55N 3CCJN 3CCVN 1VQNN 3G71N 1Q81O 1YITN 4IOCL 4UY8O 4U67L 1QVGM 5GAHP 5JVHL 1S72N 1VQMN 3CMEN 2OTJN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KAZA 3V9XA 1KLMA 1NMDA 2YNFA 5AQLA 1NWKA 5KQDA 3DXMB 1WB9A 1JJ2M 1Q8IA 2B5JA 1U4BA 4OKEA 4CEQA 4DSEA 3OS1A 3QNNA 2DFEA 1Q86O 3AO2A 3I0RA 4B1YB 5AZIB 1C0UA 2EHGA 1TGOA 4CIFA 1Y64A 1VQ4N 3PUFA 3KHYA 5AJ3K 4BVOA 2P9NA 4NYNA 4KI4A 4CGJA 4DU3A 1ZBFA 3ZEUB 4FJMA 4Y1CA 3RR7A 2FF6A 5CR4A 5KTQA 4L8RB 1ZC6A 3FZMA 2YHAA 3A0IX 4KTQA 1GLLO 4LH4A 4JKFA 3VENA 2WC9A 5HP1A 3THWA 3R1XA 3SPYA 1IKYA 2NRVA 2KHOA 3NVMA 3THXA 3O4QA 5HRPA 4UQGA 5I42A 2QK9A 3K59A 3QBWA 2FLOA 2W42A 1GLEG 4KTWA 4OPAA 4DV0K 3BZKA 3E66A 3M8QA 1BCMA 3UE5A 2E2OA 4RWTA 3QDKA 5M1QA 4OGCA 3HL8A 1YJWN 4HHTA 2QEXN 4BRHA 3NE6A 4OVLA 5FPDA 5CYMA 3NGZA 4M63C 4DUYK 4E1JA 1KRPA 4BR0A 1KD1O 4L3QA 1SL0A 3OYHA 1HYSA 4WFBL 1ZBUA 1LWFA 3L0QA 4QAGA 1UOCA 3CCJN 3CJAA 3SQ1A 1DTTA 3M8PA 4M7XA 4A61A 4A5BA 4DV4K 3ZX0A 4CJPA 3C0BA 3QO9A 4ZTJA 4RW9A 3AA3A 1SZ2A 4CGIA 5JLHA 1NJZA 1REVA 5KPZA 4A2AA 1TKDA 2BH1A 1BL3A 3WXMB 4CHQA 3LDSA 1QQOA 4B1VA 3NH2A 3HZ6A 3ZETA 1UWBA 5FRMA 2KKZA 1JL1A 3AY9A 4BC4A 4EAHD 5AQVA 5FDLA 4BE1A 1EKEA 2V51B 4W5QA 1DKGD 3WQTA 3G6EN 3U3GA 3HYFA 4WFAL 4JHDA 4CJSA 3DMJA 4NXMK 3ZT3A 3ZX2A 1VQ8N 2Z1IA 3HSCA 4CJEA 4FOIA 3VGLA 3SMSA 4IG0A 2G8VA 3KLIA 2HNYA 4DQPA 4NCBA 1VK0A 3CHWA 4K42A 1RCHA 4IEEA 2GUIA 3AO4A 3VQ9A 1X3MA 3IMXA 3ID8A 2P1JA 4RTFD 4N41A 1NKCA 1DT9A 4DQRA 4E7KA 3ENBA 2QM1A 4OPHA 3TI0A 5C12A 3KVGA 4CZLA 1RT4A 4QCLA 3ZETB 4J2AA 3L3UA 1B92A 4M7YA 4C8NA 2Q1NA 4E1MA 3ID6A 2P9KB 3NHGA 3F5TA 3K2PA 3OBYA 2FBTA 4JHDB 3U9DA 4QS7A 3I8DA 3I33A 3SZ2A 4FZYA 5ADXA 1DEJA 4FWSA 4DR6K 1KFSA 3C95A 2OZMA 3H08A 5F0XA 4I2PA 4U7BA 1VSHA 1LW0A 1NJYA 4HWIA 3UB5A 3I56N 3AVHA 3Q7BA 1OVQA 1GLBG 4JEPA 4BWMA 3RMBA 4C8OA 3T1HK 4LFCK 2V52B 2XY5A 3EO3A 4BE0A 3JS6A 3ZSZA 1S1TA 3L6QA 4DR5K 2F7TA 4H0PA 5C2DA 4X66K 3AO3A 2IVOA 3G0ZA 3JAMO 4A5AA 2G8KA 3H1QA 5GAHP 1HUXA 2IC3A 1S1UA 4JRPA 1T05A 3QLHA 2B4JA 4CJRA 1D4XA 3THVA 1OH6A 4YOUA 4JI5K 1GLDG 4DTPA 3H46O 3CXCM 1YI2N 2BANA 4FPBA 5JS1A 2ZJQL 5F1XA 4NLBA 4BRQA 2OPQA 3SAHA 4K8XA 4FYDA 4JKBA 4KFBA 4YHHK 4DTJA 1NKBA 1N33K 1IV0A 3NDKA 4CFAA 2Q36A 3HPGA 3MX2A 5AQQA 4AF1A 4FWQA 5HBMA 1JCEA 4MLEA 1T3VA 3KD1E 4PKIA 1S1XA 3LZIA 2XY8A 1JLEA 1VSMA 5GINA 4EP5A 2Q2RA 1JLFA 2OTLN 4BRLA 4DFMA 4NCAA 4IJAA 1ZBLA 1U6ZA 2IAJA 1LW2A 3D2EA 4GMJB 3K58A 3RMAA 3P31A 4DSLA 2RPIA 1C6VA 3BP8A 1VSLA 4W5RA 3DLRA 3VESA 3VERA 4O55A 1WAFA 3AVMA 4F9OA 1Q9YA 4B9VA 4FLUA 1S1VA 4C1NK 2P9SB 2HNZA 2V7ZA 2E2NA 1FKOA 3KIOA 4KREA 2UU9K 3UKUA 3TAEA 5LY3A 4JKHA 5SWMA 3V9WA 5JMVA 3RSEB 3HP9A 4PUOA 2NUBA 4M42A 3ZSQA 2YHXA 2ITMA 1CLQA 2O8EA 3U9ZA 5AQSA 3LDPA 4AILC 3WNHA 1QSYA 3L2VA 4J2DA 2WONA 1JLAA 5C15A 4WQ5C 4DTRA 4G9ZA 4I9LA 3D45A 5LJWA 3SJHA 1UAXA 2HVIA 3HPOA 4GV6A 1HNXK 4FZXC 3TR8A 3WXKA 4DUZK 1HLUA 2E2PA 2FBYA 4B9MA 2ZQBA 4K43A 2NLXA 1N8RO 5KPRA 3O8MA 3ZSOA 2YNHA 3QEXA 4CBUA 4CF2A 4BDYA 2F96A 1BI4B 3DLEA 3H3NO 4CEFA 4KHUA 4YORA 1NG9A 2O8EB 4N76A 3JYTA 3SAFA 3K9JA 4M3XA 2UXBK 2OA8A 5FRNA 5KRTA 1XNRK 3AA2A 1X9SA 4JKAA 4DWIA 4CZJA 3AO5A 4JK7A 4E7IA 4KHNA 1N36K 1OVYA 3HRGA 4FM1A 2YI1A 4IEIA 2QWPA 1K8AO 3O9TA 1XQSC 2Q97A 3F73A 3A5NC 3CPEA 2D0PA 2OPPA 4BACA 1HNWK 4FK4A 3NBPA 4ISFA 4O0JA 4HUEA 3KK7A 5AQNA 3J7YP 1A5XA 1XNQK 4CF8A 3T3FA 1C0FA 2PFUA 3ZLJA 2DTUA 3CCLN 2HHQA 3OYBA 4JNEA 4GVMA 4CECA 4CEDA 3O9QA 3DXKA 3V1RA 2IVNA 3AAPA 4FJ8A 3MMVA 2QXLA 4CD1A 1EQYA 2EX3A 1GOBA 3QMLA 4BRGA 3LP2A 3HP6A 5FLXO 3HTVA 1QQMA 1QHAA 4RW6A 4CCHA 3GOIA 3T69A 2F4VK 2O8DA 4CF9A 4KI6A 3LDQA 5HLFA 2P9LB 3J8AA 3NAEA 2GUPA 1NGFA 2D5RA 1JKHA 2YNGA 4CGGA 3ZSYA 3NGIA 4BG8A 3HSTB 3VQQA 4BQLA 1XMOK 4RW4A 3CIPA 2CH6A 3V9SA 4DV7K 3BEXA 3F9MA 4HUGA 1KSPA 2A41A 3G4SN 1U49A 3LAMA 3AA5X 5HRNA 3OHRA 3DXKB 3ZSXA 4E7HA 5EX5A 4B3OA 5AQTA 2D0OA 2O8FA 5TKYA 3VGMA 3SI6A 1ILYA 3EE8A 4H0TB 5J2MA 4ZTFA 5T7BA 2O8DB 3CI5A 3QEIA 4A62A 1ZYQA 2O8BB 3EN9A 1NK5A 5AQIA 4AM6A 2ZGZA 2KFZA 4FJ7A 1GOCA 3OS2A 5GIPA 3BUZB 1O1WA 3IG1A 5FPMA 3V81A 1RT6A 4BDZA 4FJIA 1HNZK 4LY7A 4FVMA 1YTUA 2O8FB 4H0XB 3AVLA 1U2VA 4AHRA 3CJ1A 1RDWX 3SV4A 3S3OA 3RTVA 5DM6L 3QNOA 4CEZA 5M1OA 3VA3A 2NRRA 4FWLA 4H0OA 2QA4N 3NF8A 3RRHA 5H1SQ 2WTUA 3GE1A 5I3UA 3U6FA 2AJQA 1HPMA 1TKTA 4JKGA 3QB0A 1RBUA 3TAFA 1RBRA 3TAPA 1NGHA 3SJJA 4OGEA 3DXMA 4CZFA 5E84A 3PX6A 4IDHA 4JS4A 1TKZA 4OJRA 4N47A 1XC3A 2UUBK 4IJNA 3DI6A 2F9TA 1CXUA 3DYAA 5C24A 2IOCA 1TUYA 3O1WA 3ATUA 3PSFA 3AVAA 3ZEUA 2OPRA 5DMRA 1VSFA 3RVCA 1J54A 3OYNA 2QWQA 4DTMA 1ATNA 3FE1A 4GNIA 4WCEL 3OYJA 4F8RA 1X9MA 4BRNA 5E26A 5KPTA 3OYFA 4H0VB 4FPAA 1NK0A 1NNEA 4ID5A 3V9ZA 3THYB 3CMAN 4IOAL 2WUSA 3HI0A 4E3SA 2XO7A 4DV5K 1TKXA 1BGXT 2ETJA 4Y1DA 1W7AA 5D3GA 1EP4A 2ASPA 2NRHA 3R3LA 1I94K 3NCIA 1LAVA 3M3ZA 3CJ9A 3ZCMA 4C8LA 3LM2A 4DG1A 1XHZA 1ZXOA 5BRHA 2PY5A 1HQUA 1HQEA 4BR5A 2FF3B 5M1KA 4DTNA 3VQ6A 3S3MA 4PKGA 5HROA 4BGBA 4JI1K 3O9RA 4H0YB 2JWKA 3ZYYX 4I6MA 4JKCA 4DSKA 3J7ZO 2HHVA 5BREA 3HXMA 3WEEB 4DS5A 3AGRA 3SBGA 3V6DA 1RT3A 2NRTA 4TSXA 3VGKA 3TWHA 2R7YA 3VQEA 1U45A 3DJCA 5IWAK 1WSFA 4OX9K 5MLCQ 2ASMA 1VSDA 1HX1A 4R5PA 3QICA 3MEGA 4KO0A 5BPNA 4AHTA 2QWNA 4IWVA 3NVKA 2KQ2A 4BRKA 1XI1A 3QEVA 4CEOA 4ISEA 3MCPA 1X3NA 3A2FA 5KQ8A 4FJ9A 3B8AX 4FL9A 4OKKA 3V1OA 1RILA 2XHBA 1VQMN 3VQCA 3KD5E 1A5VA 1GLCG 3LL3A 4B8AB 3VQAA 3CCMN 3PV8A 4I6MB 4XH5A 4XIUA 3GL1A 5A2QO 5AQGA 3CC4N 2DFHA 3C6AA 4J2EA 2ASOA 3MCAB 3KLGA 4FSVA 4FO0A 3WXIA 1OH5A 1E4FT 4LC9B 4WQ4A 2QTDA 3Q7CA 4CK2A 4KPYA 1BIUA 3AVGA 4YDUA 4AHVA 5HL7L 3FGUA 5CZ2A 3WNGA 1BISA 1KTQA 1RTIA 4B1ZA 5M1PA 1RTHA 5CY4A 1RTDA 3FR0A 4A59A 2HW3A 2HHSA 5EOYA 3L4QA 4OLAA 3AVNA 2FSKA 5IT9O 5AQYA 1QE1A 4KHSA 3TSQA 4FJGA 4KHPK 2P9KA 1S6PA 2YJFA 3P1GA 2A3ZA 2P5GA 1SV5A 3LP0A 4FWPA 4CZIA 3CJ7A 3AARA 3UIQA 4DF8A 3LANA 1IO2A 2YCHA 4BRFA 2X6NA 3AVKA 3KKRA 4O5BA 3L4IA 4XH1A 2G8HA 3E1YA 1HRHA 2BUPA 2X74A 1W2BM 3CCSN 3C7NA 3SYZA 4M41A 3HOTA 1HKGA 4JKEA 3ZX3A 1ZBIA 4DU1A 2HNDA 1NOYA 4XEIA 2HBJA 3KK2A 3RRGA 2QKBA 1GLAG 1WN7A 1VAZA 1S1WA 3MWTA 2LSNA 1NGAA 4OPJA 1YITN 2P5OA 1QQCA 1IG9A 3DRSA 3QINA 1LWCA 3AVBA 5AQFA 3VQDA 2VGNA 3OVNA 3DLBA 3QIOA 3VQ4A 1ATRA 4MO4A 4CJ4A 4CF1A 3OYMA 3RMCA 2E1ZA 3M1FA 3C7NB 2IS3A 4NYFA 5BPLA 4DR2K 2OZSA 4YOYA 5BN9A 5C0YA 2PBDA 4Q0BA 3VEWA 4CJLA 1FK9A 4PWDA 4B9LA 4BRCA 2HF4A 3HM9A 1J6ZA 1QVFM 3AVJA 3L2RA 4FK2A 4YOVA 5AQHA 3NH1A 4FJHA 1GLJO 3EYZA 4DQ8A 2Q0RA 4DR7K 3GG4A 2HHUA 3W3DA 3N4QA 3SLCA 5HOOA 1Q18A 4JV5K 4JI2K 4X65K 1SKWA 2IDOA 1RT2A 4Z4CA 3ULEA 1RFQA 5AQPA 1TYQA 4DKWA 4CK1A 2P9SA 4FLXA 3PY8A 4CHOA 1Z25A 1HKCA 3OYCA 4CJFA 1ASUA 4CIGA 4CHZA 5DK5A 3HPHA 4CJQA 3ZT4A 3WNEA 1HMVA 1KVBA 3HK2A 3RSEA 1VQON 2PYLA 3B6PA 3I8BA 1NGJA 3EL2A 1KLNA 2ZD1A 4JS5A 3CPWM 1J5OA 4O8KA 2E20A 1VSKA 1L3TA 4FWOA 3ULEB 5JLFA 4F3TA 4NB4A 1TYQB 3NFAA 3CCRN 4DR1K 3ULDA 5AQKA 2IIRA 3CCVN 3LPTA 4O0IA 4BRMA 1D9FA 5BRDA 4B9NA 4FM2A 2E6LA 1D8YA 3O5BA 1BOTO 1Y97A 3O9SA 3L2WA 1QVGM 2UYTA 3C6HA 4QS8A 4FVUA 1LWEA 2YV0X 2OTJN 1BI4A 5JICA 3PLAA 3QERA 1RBVA 3C6UA 2J4RA 1P8ZA 4CJKA 3CD6N 3BF1A 1NLVA 4ZHRA 2D0CA 1NGIA 4CHNA 3G25A 3OTOK 1YUWA 1RT1A 3HOSA 4FJLA 1G99A 3IRXA 3WUHA 3MWPA 3O80A 4B3MK 5AQMA 5EVZA 4CFBA 3ASMA 4JK8A 2NRXA 2ZWHA 4JKDA 4M3WA 2G8IA 3U3YA 4H4MA 1EWRA 4CF0A 3KK3A 3EEQA 4Z4HA 5LMUK 3CM5A 1NBWA 4OLBA 3P39A 1MWMA 3O4NA 3VN5A 4CHYA 4KB1A 2A5XA 2X78A 2VCPA 3AVFA 4FWMA 4JN4A 4B9UA 3RWUA 5M1NA 4BRDA 3NF7A 3CG7A 4PHTX 1NK6A 3VMFB 1L3VA 3AV9A 4FLWA 3E01A 4E19A 4RCHA 1NK4A 4FJNA 4GKKK 2VG6A 1EWQA 1YJ9N 2GEMA 5AFUH 3DWLA 3PX4A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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