1VQKN

The structure of ccda-phe-cap-bio bound to the a site of the ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
total genus 48
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vqkN00
5JVGL 4WFAL 3CC2N 3CCQN 1ILYA 1VQ4N 1Q7YO 3CCVN 2ZJRL 4WFNL 3OW2M 1K9MO 1VQ9N 1M90O 5GADP 1Q82O 4IOCL 5DM6L 2QEXN 1Q86O 3CXCM 4IOAL 1KD1O 1M1KO 1W2BM 3PIPL 3CC4N 1N8RO 1KQSM 3CC7N 1VQ5N 5HL7L 5MLCQ 1VQKN 3CCLN 3G4SN 5GAGP 4WFBL 1YI2N 5GAHP 1K73O 5GAEP 3CMEN 1K8AO 3CCEN 1YJ9N 2ZJQL 3I55N 3CCUN 1VQ6N 3CCJN 5H1SQ 1QVFM 1VQMN 1VQ8N 1QVGM 1NJIO 5JVHL 1OVYA 4UY8O 3CCMN 3CF5L 1VQLN 3CCRN 1VQON 3G71N 2OTJN 3PIOL 4IO9L 4WCEL 4U67L 1VQNN 1YJWN 3CPWM 1YJNN 1YHQN 3I56N 3CD6N 1KC8O 1VQPN 4WF9L 1Q81O 2OTLN 2ZJPL 3G6EN 1YITN 3J7ZO 3CMAN 2QA4N 1VQ7N 1JJ2M 1YIJN 3CCSN 3DLLL 5DM7L 1S72N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2O4GA 4CEBA 3ZSOA 4A2AA 3AAQA 3KK3A 1QQOA 1T3VA 4RTFD 3RRHA 3SQ1A 4GV9A 1Q7YO 3M5RA 3DLEA 3HBTA 4HWIA 4ISFA 4L8RB 3R1XA 3M8SA 3O9SA 4IDKA 1GLLO 3D2EA 4H4MA 4BRHA 3AVAA 1NK8A 3CERA 5HOOA 1LOTB 4BRGA 5M1KA 4ILGB 3TTFA 4DFPA 1JLAA 4YNQA 3QLHA 3BF3A 5JMVA 2VQEK 2AA4A 3OHRA 1VSJA 5C0YA 4QOZB 4LH5A 4PHTX 3LPTA 4H5RA 5BR8K 3OS0A 3KIOA 4JK7A 1RBRA 3QFPA 3UE5A 4EZ9A 1NU0A 3AA3A 3NH2A 3NBPA 5LMUK 3UKRA 4DTRA 2X6SA 1IG9A 3ZT0A 2AP1A 3BP8A 2P51A 3AVIA 4UQGA 3SCXA 4HVJA 4FK2A 1QVGM 1T05A 4JKGA 4E7JA 4CGIA 2E20A 2R7YA 4H5VA 2FBVA 3VQAA 1VRUA 3CFPA 1BHLA 3U6FA 2KKZA 3O3FA 3EE8A 3VENA 1RTJA 3FGUA 4JI3K 4CHZA 3KVGA 4FWSA 3D6RA 3HJFA 2P9NA 2P9SB 4YDUA 4LFBK 1VQNN 1J9AA 4CESA 4L3QA 1OH6A 4FL9A 4K42A 5AZJA 4HHTA 5AQMA 4B9LA 4RG8A 3QEXA 2E2PA 1HUXA 2EWSA 2I5JA 2UXCK 1MA9B 1SAZA 3ZSRA 4DG1A 3OYAA 4MLHA 1Z25A 3MK6A 5BPNA 4FWLA 2QXFA 4BR5A 1HPZA 4FOIA 3OYLA 3CJCA 4JKFA 2Q3SA 3KJVA 3LDLA 1EO1A 4JI8K 1T7PA 3KKRA 3OJUA 4ISEA 5FLXO 1XUPO 3OJSA 3K0SA 2QKKA 3WEEA 3KLEA 4K8ZA 4IOCL 5DM6L 1O13A 3AO3A 3BEXA 1IBLK 4FXDA 3VN5A 3PSIA 4E7LA 5I9EB 1RTDA 3SJHA 1TL3A 4EIAA 1LAVA 2Z1HA 3L4IA 3W0LA 3ZCMA 4GVMA 4DR7K 3TR8A 4NB4A 4N5SA 4X62K 4KH4A 1VAZA 4B8AB 3O1WA 4JAXA 4CK1A 4E1NA 4FOEA 1T03A 4JV5K 2YJFA 3HL8A 4ZTFA 2A6AA 1N33K 4OPKA 4KTWA 1A5VA 4LF5K 2F7TA 4E7KA 4BDYA 2HNZA 4E7IA 4CHPA 4FM2A 1FKPA 1D9FA 4CZMA 5AQSA 4AHSA 4PKGA 1VSIA 4FCYA 4LF6K 3THYB 4WQ4C 4KPYA 3NF8A 1KTQA 2A1RA 4V19S 2OPSA 3ASMA 4FJJA 2IGIA 4JI7K 4CF8A 1WBDA 1CXQA 1OH8A 4KRFA 2NRVA 1GLAG 3JS6A 4YOWA 3SNNA 4DV2K 1KAZA 3PV8A 2FSKA 3HVRA 1FK9A 3T7ZA 3CJ9A 1JCGA 4DV1K 5E84A 1YF5L 5AQNA 2FLOA 4AM6A 2Q31A 4KHUA 4LF8K 3WQUA 4HUEA 5CYMA 3RSEB 1NJYA 4M3XA 3FZLA 2P9SA 1V4TA 3BZKA 4CJEA 1F21A 4C1NI 4CJTA 1TK5A 1WSJA 1K9MO 2HHTA 1U6ZA 2HSTA 4DB3A 4A62A 4CI6A 5AFUH 2IIRA 4YOYA 2O8BB 2A1SA 2FF3B 3AVBA 1EP4A 3VETA 5TKYA 2F8SA 1C0TA 3IG1A 2QTDA 3CC7N 2YHXA 4FZXC 1C6VA 4IG3A 1NGCA 3AARA 1BA1A 3OYMA 1NJXA 3VQ4A 4JKBA 1KLNA 4WFBL 1J54A 4CJSA 3ENBA 3WNFA 2Q0UA 3LDQA 1RT1A 2FBTA 2E88A 4MFBA 1NK9A 3MAQA 3MEGA 4CZIA 4BRCA 5KQDA 3FE1A 3EKUA 3DMJA 2H3GX 3H08A 2G8IA 4MDAA 2NLXA 3CFOA 1OH7A 4DUZK 3CCMN 2P5OA 1GOCA 2HHXA 3DLHA 4R5PA 3AVCA 4Z0UA 1SUQA 1I39A 2D0PA 3O4QA 3OYCA 2NRZA 3L0QA 1CLQA 4DS4A 1UA1A 2FF6A 2B4JA 4CBUA 3KWGA 4KREA 1GLDG 1IBKK 3TTDA 1NGDA 3WNEA 3C6UA 3ZX3A 4W5RA 4CIEA 5FPEA 3LZIA 2Q2RA 2ASOA 3LDOA 2HB5A 3A5MC 4CEAA 3KLIA 5M1QA 4CBWA 3CJBA 3HP9A 3PUFA 5KGWA 1H1VA 1Z6RA 2ZQBA 3THYA 1JJ2M 3CFRA 1X9SA 4LF7K 2E1ZA 2EHGA 3ALYA 4YHHK 3H45C 1GLEG 2W42A 2NUBA 1YVNA 4BRDA 4BG8A 3SAHA 3NH1A 1GLBG 4I6MB 2P9KB 4BRLA 1KCFA 4F4KA 4DUYK 3DRRA 4BRKA 4LY7A 4LFAK 3LAMA 1KFDA 3P4IA 3AO4A 4W5OA 3SAFA 2P1JA 4DTPA 1C0FA 1JXBA 4CGHA 4KH6A 3I33A 3GOIA 5JLFA 2RPIA 1KVBA 1JL1A 1UA0A 3VERA 3NF9A 3U9ZA 3PIPL 4NLCA 3RSEA 3V81A 1N8RO 1Q8IA 4O5FA 4Y1DA 1U48A 2OPRA 1DT9A 4MO5A 4CEZA 1JLFA 3TABA 3DLGA 2KZMA 1BWFO 2FC0A 2W40A 3G4SN 3SAGA 4IDHA 4IFYA 3N4QA 3M8RA 3S9HA 1RDWX 3AO5A 4AHTA 2XY7A 3ZT3A 5J2PA 2QWLA 3ATUA 4JN4A 4DV5K 3QESA 1EWRA 3THWB 2VGNA 2O8BA 3SPZA 4LC9B 3T3FA 1HX1A 3V9ZA 3ISNC 1NMDA 4CJFA 2E6MA 4BACA 3E9OA 3IFRA 4RW9A 4CD1A 3SZ2A 3DXMB 2KZZA 2V51B 3D7EO 3LL3A 1HNWK 4B1VA 2HMIA 3AO1A 5AQRA 2ASMA 4CJKA 4BR9A 4BR2A 1BU6O 2D5RA 2F9WA 2YHYA 2OZMA 4JRPA 4CGJA 2KHOA 4M63C 3A5OC 4WQ4A 2HW3A 5HRPA 2D1KA 2FSJA 4NCAA 1S1VA 3OY9A 3U4LA 4FPAA 3KLFA 1S5JA 5HBMA 4FWRA 4KTZA 3HO1A 1RT6A 3R8EA 4DV0K 4DR4K 3HOTA 1CXUA 4IOXA 3ZEUB 3V9SA 1JLBA 3SMPA 4F3OA 1RILA 2QA4N 4DTJA 1LWCA 3CCSN 4PA1A 3HZ6A 3VQ8A 1YVUA 4M3YA 5KRTA 3TAEA 3HP6A 1RCHA 4DF8A 1D8YA 3JAMO 4CF0A 5FRNA 1TKTA 5C15A 4FVUA 5EY4A 1GLCG 1L3UA 4GV3A 3CIPA 1VSMA 1HQUA 4ISGA 1WLJA 3E9LA 3HYFA 1GOAA 4DTUA 4Z4EA 4IOAL 1JLEA 3C94A 4CW7B 1WAJA 1U2VB 4XEIA 3EYZA 4CZKA 1OVQA 5CR4A 4LFCK 5BR9A 3S3MA 3AVMA 4JS5A 3KHYA 3VGMA 3OYEA 1C1CA 2P9KA 2W6KA 1ZXOA 1XQSC 3F9MA 4DQRA 1BI4B 3L2QA 4B9MA 3CMEN 3MN6A 1K8AO 3M1FA 2Z1JA 1MDUB 5FPDA 3A5NC 3WXKA 3CCUN 1BCMA 4DTSA 4CEEA 4OX9K 5I42A 2B5JA 3CG7A 1FKOA 2GUIA 1HKGA 3QEIA 4BWJA 4OPHA 3WXLA 2VWBA 5AQQA 3MMVA 4PUOA 5C2FA 1N36K 3G0ZA 3V1RA 1RTIA 3QFUA 4CJRA 3VMFB 1WUAA 1BUPA 2VYPA 1BCOA 1HYVA 5LJVA 4ZHRA 5BN9A 1RT7A 3UKUB 1ATRA 4WQ5C 3THWA 3E01A 3FFIA 3VQDA 4CJ4A 1NNEA 2HMPA 4KB1A 3H1VX 3PO4A 4B9VA 2HHSA 4FLTA 1KVCA 4HTLA 4YORA 3DXMA 3OYJA 3C95A 2QXLA 3HPHA 3O08A 1XMQK 3IRXA 4BRIA 2D4WA 3OYGA 4F2RA 2YNHA 2E6LA 5HLFA 1WB9A 2QWMA 4DQPA 3O1BA 4XH1A 2YV0X 2F8TA 1S1WA 5BPMA 3ZYYX 1TL1A 2CGLA 3R3LA 5BPLA 1Y97A 2WOMA 1C0GA 2J4RA 2LSNA 5C12A 5J2MA 4DKWA 2ZJRL 4IXCA 4DSJA 1SKWA 2EX3A 3H6EA 5EX5A 3ZX0A 5JICA 4HUGA 2WFBA 4E1MA 1BIUA 1Q82O 3CHWA 2XHBA 3ZX2A 1NJZA 3ZEUA 3QIPA 4EZ6A 4B3MK 3RTVA 2GEMA 3DWLA 2G8UA 2YJEA 4CFBA 4KHQA 1WOQA 4GKJK 2IVOA 4Z94A 4F2SA 2A3ZA 3CQ8A 4IO8A 1BQNA 4FK0A 2IAJA 4GVEA 4HUFA 4LF4K 5JLHA 1Q9XA 4RW6A 4KTQA 3MECA 2PAVA 2QWRA 5F1XA 3V9WA 1CZ9A 2ZJQL 1VSKA 1QSLA 1D5AA 3U8XA 3VF6A 5ADXH 3K2PA 2VG5A 1U2VA 3K59A 3B6OA 1GLFO 5HRRA 5J1EA 4CZGA 4BR7A 1TKXA 4NYNA 4M3UA 3VEYA 3QNNA 4A61A 3I0RA 4JI2K 3PY8A 4H0PA 1BI4A 4OVLA 3T1AA 2OTJN 3P38A 4MDBA 3M6GA 1HYSA 1ZC6A 3OBWA 4BRAA 4FWPA 1YUWA 3M3ZA 3PIOL 4BQLA 2I7NA 5SWMA 4GMJB 3QNOA 3VA3A 1HRHA 4JKDA 5I3UA 1XC3A 3L2WA 4XH5A 4CD3A 1IKYA 3ZT2A 3WXIA 3GDQA 3E66A 4KI6A 4CIGA 1VSEA 4ICLA 3L2VA 4FLUA 1NK5A 1X9JA 4A5AA 1FXXA 1DEJA 5AQTA 3MXJA 4FZYA 3VEOA 4H0OA 3LDNA 2BTFA 3UKUA 4AILC 4AHRA 3MXIA 3SUOA 2Z1IA 5CZ1A 5BRFA 4GW6A 3OBYA 4CIFA 3SMSA 1S6QA 4E19A 4RW8A 3WNGA 1EX4A 1HR0K 1VQ9N 2DTUA 3MX5A 5CYQA 3L2UA 4CFCA 1L3VA 2CH6A 3VEWA 1R0AA 1NK4A 3LWMA 1ZBHA 4QS9A 2IDOA 3VQBA 5D3GA 4K43A 3VQPA 3NGZA 4N41A 1QZ5A 3BZCA 2X74A 3AVJA 3DLRA 3Q7BA 4CGDA 2BGGA 1NGAA 3VQ5A 3B8AX 2Z1GA 4AQYK 4PY5A 1VRTA 1DGKN 4HCBA 1TAUA 2VWJA 3KK2A 4LD0A 2HBJA 4MO4A 1DTQA 3TANA 2JWKA 4CBXA 1YJ9N 1YT3A 3F5TA 2A5XA 3P1GA 4DCHA 3HXMA 4B1YB 4DV4K 4BROA 1YXQA 1T44A 3V4IA 3ENOA 4CGFA 4FJKA 1Y64A 3KTQA 3S3OA 1UAXA 2KFZA 4QCLA 3JYTA 4AHCA 4JI0K 1VQLN 4C8LA 3HT3A 1T6CA 3QERA 3ZSWA 4JRQA 4DMNA 1UOCA 4J2BA 4DS5A 1HNIA 5LJWA 3CJAA 2IVNA 3NF7A 2OPQA 4U67L 3RMAA 2V52B 4K41A 4FM1A 4WQ5A 4CJWA 3RWUA 2GV9A 1MWKA 1K6YA 1QE1A 4JKAA 1VQPN 4O0IA 5LMNK 1VSHA 4U7BA 4CF1A 3ZSXA 4BVOA 2ZE2A 4B1ZA 4OO1J 2PFUA 4E1JA 3I8DA 3DLLL 4DFMA 1U4BA 2A40A 3R9PA 1C1BA 3AAPA 1RT5A 3KK7A 3U3GA 3WUHA 3ULEB 3S3NA 3HI0A 4C8NA 3MEEA 4FLZA 2OANA 3VESA 4BRMA 1LV5A 4W5NA 1LCUA 3ZSQA 5GADP 2CGJA 4DTMA 3IKMA 1X9WA 4EHTA 2GWJA 1BQMA 1REVA 3QMLA 4BC4A 3FZFA 2PZSA 2HHUA 4CEQA 4DHYA 1HKBA 4CJUA 3NHGA 4PL7A 4I9QA 2HBKA 5AQPA 1SV5A 1LAWA 4M41A 4BREA 4WYBA 5AQXA 2P9PB 1XWLA 4DWIA 3ZT4A 1RDDA 2X6NA 1GLJO 4IWVA 2WC9A 3F9KA 2UUBK 3KK1A 3VPZA 1EXQA 2ATQA 3C6TA 3IAYA 3OTOK 1NGGA 3FZHA 2QI2A 2OZSA 1NJIO 3IUCA 1W9HA 4UY8O 3HM8A 5KRSA 1VSFA 2BANA 4N76A 4CF2A 2YHBA 4OJRA 4BRNA 3D0PA 1WSFA 3HSCA 3EZWA 4AHVA 5M1OA 3JXUA 3ZLJA 4IJNA 2GTDA 3LZJA 3V1OA 4M3TA 3ULDA 1IV0A 1BOTO 4DSFA 3V6DA 3WNHA 1B9DA 1E4GT 4OLBA 2P9UB 4JEPA 1N5YA 4FJHA 1EKEA 1NBWA 2BUPA 2XO7A 2GUPA 4OKJA 1RBTA 1YTUA 2Q1NA 4W5QA 4DR5K 3OS1A 3G6EN 2O8FB 1RFQA 3K9KA 4RWTA 3J7ZO 4B8CA 1P8ZA 4ILJA 3H1QA 5T7BA 1YIJN 3VEVA 3KLGA 5DM7L 4PKHA 2WUSA 3VA0A 4DFKA 2IOCA 3OA9A 5JVGL 1ZBFA 1JKHA 3RR8A 3QBXA 1NKEA 3M8PA 3LANA 5AZIB 1RTHA 4JKEA 1N6QA 2IC3A 3VQ9A 1S9EA 1QQMA 1QHTA 1J6ZA 4B9QA 2FBYA 1WN7A 4JHDB 4Z4HA 4YOUA 2F96A 3TWHA 4Y0WA 5AQKA 1NM1A 1ATNA 1M1KO 3O9TA 3OS2A 4BE2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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