1VQKN

The structure of ccda-phe-cap-bio bound to the a site of the ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal rna
molecule tags Ribosome
total genus 48
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vqkN00
1YHQN 1M90O 5JVHL 1KQSM 5GAHP 3CCMN 3CC7N 3DLLL 3CCQN 4UY8O 1VQ9N 1VQ5N 5GAGP 3CC2N 1KC8O 3CMEN 4WFNL 1QVFM 4WF9L 4IO9L 1YIJN 5JVGL 3CCLN 5HL7L 3G71N 5DM7L 1K73O 1VQON 1VQPN 1VQMN 1VQNN 1OVYA 1Q86O 1K9MO 5MLCQ 2QEXN 1N8RO 2QA4N 4U67L 1VQ4N 3CXCM 1S72N 4WCEL 2ZJRL 2OTLN 1KD1O 1YJNN 3J7ZO 3PIOL 1Q7YO 1VQ8N 1VQLN 1W2BM 4WFAL 2ZJQL 4IOAL 3CCSN 1QVGM 5GADP 3PIPL 1YJ9N 4WFBL 3CCRN 1NJIO 3CCUN 3CD6N 3CCVN 1VQ7N 1Q82O 1K8AO 3I56N 1Q81O 3I55N 2OTJN 3CC4N 3OW2M 1ILYA 2ZJPL 1YJWN 3CCEN 1YI2N 1VQ6N 3CMAN 4IOCL 3CCJN 1YITN 1M1KO 5H1SQ 1JJ2M 1VQKN 3CF5L 3G4SN 3CPWM 5GAEP 3G6EN 5DM6L
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2P9PB 2HF4A 4BR4A 3DLHA 1C0UA 1NG9A 4ILGB 4KHQA 4RTFD 1D9DA 1KQSM 1QSSA 5C15A 1MDUB 1K6YA 5AZIA 1NGJA 1YTAA 5FLXO 1BGXT 1SAZA 1S1VA 1SV5A 3DXKB 5BN8A 3SPYA 1VQ9N 4W5QA 3WXKA 2IDOA 4QAGA 3NVMA 3EYZA 2HHVA 4WQ5A 4IG0A 5AQSA 4O8UA 4FWLA 3CERA 4CF1A 2O4GA 4J2EA 3GOIA 3ALYA 1VQPN 3D2FA 4WE1A 1UA0A 4BQLA 1SKRA 2KFZA 3O4QA 3MCPA 2W6LA 3IKMA 2CGKA 3OYLA 4B3OA 2YNHA 3HXMA 2P5GA 4GY2B 3KLEA 4JAXA 4H8KA 4DLEA 4KH6A 1GLLO 1WLJA 4CJVA 1S1XA 3SV3A 4FLVA 1ASWA 3QEWA 2G8IA 1JL1A 3NBPA 4DFKA 3BDPA 2QWRA 4DR6K 2RHKA 4DTXA 5T7BA 1RCHA 3WQTA 3U3GA 2QM1A 1X9SA 1BCMA 4DSIA 3ZSRA 3SQ2A 4DF8A 1YJ9N 1R59O 1TAQA 3C6TA 4CIFA 1T05A 4E7HA 2YHXA 3EZWA 3CQXA 3QICA 1HR0K 3A2FA 3P4IA 4MDBA 4PQUA 1K8AO 3LPTA 2G8UA 3AGRA 2PYJA 3LP2A 3TARA 5F2RA 4EZ6A 4H0OA 1FK9A 1H1VA 4EHTA 5FROA 1SL1A 2YJFA 4YFUA 4F3TA 4Z4IA 1E4FT 2G8KA 4AHCA 3OS1A 4O0IA 4OPJA 4FJLA 4ISEA 4X65K 4C1NI 3OA9A 4CEEA 3SYZA 5AZJA 2Q0UA 3D2EA 4Z4CA 2V7YA 5GIPA 2NRWA 1WN7A 3ZSYA 2I5JA 5AQOA 3HI0A 4UY8O 3MEDA 4DSLA 2VG7A 4XEIA 3KZBA 4LFBK 1Z26A 1X3MA 3WNFA 4IO9L 1YIJN 4MFBA 2PAVA 5C42A 3MN7A 5CYMA 3QBXA 3HYFA 4FCYA 4KI4A 2E1YA 2UUCK 5ADXH 4CEFA 3TR8A 3DWLA 3FGUA 3ZYYX 3AGKA 3QETA 1BDGA 3VQBA 1UOCA 1OH5A 1BCOA 1VSEA 4HUGA 3H6EA 4OKJA 3RMDA 3M8SA 1N8RO 4YHHK 3VQPA 5EX5A 3C6HA 4U67L 3VA3A 3MXIA 4IWVA 1NJZA 1TYQB 3AV9A 2Z1JA 3KVGA 5BRDA 4B9VA 3NF6A 4FOEA 2OCEA 1DLOA 4YDUA 2HMPA 2YJEA 4M7YA 1NK0A 3TAEA 2P51A 1XNRK 3DXMB 5AQGA 1WAJA 4PHTX 2HVIA 1O1WA 4E7KA 3PLAA 1X9JA 4J2DA 3I0SA 3SZ2A 1VSDA 1DEJA 4E1MA 1DTQA 2QXFA 3SUNA 4FVUA 5ADXA 3THVA 2D0BA 4YNQA 2XY7A 1EWQA 3EZ5A 1HKGA 3P5JA 3BEXA 3MX2A 3V6DA 1RFQA 1T3VA 3OYHA 4RWTA 3HO1A 4CF0A 2KHOA 3VGKA 1YXQA 2FBTA 4JEPA 4CBUA 3C0BA 2RPIA 1RT2A 3F5TA 4E7IA 2QWPA 3AVCA 3AO5A 3LDQA 4E0DA 4NXMK 4CHZA 4B8CA 3CC7N 3QDKA 1GLCG 1WSHA 3KTQA 1IG9A 2YNGA 4WFNL 4C8OA 2VGMA 4X66K 5LJVA 5CHIA 3QESA 3AVIA 2JGUA 4JI1K 4HVJA 3SAHA 2O8DA 3EE8A 4EFHA 4BWJA 2NLXA 4YOVA 3THXB 1NGEA 4F8RA 1F21A 2NRRA 1JLEA 5MLCQ 2FBXA 3TAQA 3C6UA 5AQXA 3P38A 1ZBIA 4CJLA 4B1WB 1VK0A 5KI6A 5JLFA 3NCIA 1TUYA 2A5XA 3VQEA 4DG1A 3J80O 3K57A 4G9ZA 3ZT3A 1X3NA 2QTDA 3VETA 4JKGB 3L2WA 4H5NA 4FZXC 1RBRA 3AVGA 4BG9A 3ZSOA 3VQ9A 1ZBHA 4KHYA 4DTPA 5J2PA 2HSTA 4KO0A 3OJUA 5HLFA 1NJWA 5F0XA 1IBMK 1HRHA 2DY4A 4IJAA 2KFNA 3NHGA 3PIPL 1NK5A 1NGAA 4WQ4C 4OLAA 2P9LA 4CECA 1I3AA 4B3RK 3EEQA 3TPQA 2HNYA 4O5BA 3V81A 3HM9A 2YV0X 3CD6N 5TKWA 1HJRA 3ZSVA 3A5LC 4XH5A 3DRSA 5CY4A 3TTCA 1EO1A 4CZMA 1WSFA 4M63C 5DK5A 4CFAA 1VSIA 3LPUA 1WB9A 5FPMA 3VTHA 4FLXA 4BR7A 3SBTA 3SQ0A 4DFMA 1CZBA 2ETJA 2RE2A 4JKDA 2BDPA 1WSEA 4FWRA 4M42A 4ISGA 2HNZA 3SQ1A 1E3MA 1ZC6A 2Q2RA 2QWQA 3ZLJA 2HBJA 4KV8A 4LFAK 2CGLA 3NDKA 2ITMA 4FLZA 4LFCK 1NGHA 5AQRA 3ZT0A 1WUAA 2VGNA 1CLQA 4BGAA 3BZCA 4LF7K 3VQCA 1SKSA 4JKHA 3TTDA 4CJ7A 4A62A 3H08A 4IJNA 5AJ3K 2O8BB 1WNSA 4AHTA 3H3NO 2X6SA 2NRVA 3OBWA 2W40A 3CCLN 3VOVA 3SPZA 1VQON 4PA1A 4JI6K 4N56A 1GLFO 3ID6A 1FXXA 1S3XA 1X1PA 3IMXA 4FW1A 4BRDA 2YHBA 3ZX2A 1CXQA 3AVNA 4BRFA 1K9MO 2VWKA 2IIRA 1J6ZA 3HSCA 2GWJA 3IAYA 3U8XA 2QEXN 1LAWA 1WOQA 3G25A 3HSTB 3BZKA 3VF2A 4DV7K 3SNNA 1S1UA 3LALA 2EHGA 1VAZA 3SK3A 4C8LA 5C12A 4NO7A 1S9GA 3LDLA 3OJSA 4FLWA 1NKEA 2QKBA 3DRRA 4DR4K 3L3UA 3MXJA 4WFAL 1YTUA 1HNWK 3L2QA 4CE9A 3WXLA 2P9SB 5KPRA 3CCRN 4FXDA 2HHHK 3RVCA 4RW8A 3ASMA 5KGWA 3VTIA 4JKBA 4O4GA 1KCFA 2D0CA 1SZ2A 3EKUA 1BUPA 3ZEUB 2E2OA 5J2QA 4NLCA 2QXLA 4B1XB 4BVPA 4DS4A 3TABA 2D1KA 3CCEN 2O8CB 3HOTA 2JWKA 5EY4A 2A41A 1L3UA 2WONA 3O80A 3WEEA 1I39A 3IRXA 2D0PA 4BRQA 4N76A 3AO2A 3TANA 5BPMA 4DQRA 1HLUA 1JCFA 4A57A 4NCBA 1KLMA 2QKKA 3G6EN 3AA2A 1ATNA 2W6KA 4XH4A 4FM0A 4HCCA 3FFKB 3LM9A 4JK9A 3IDHA 2IS3A 4DB3A 4IDHA 4IDKA 3CCMN 1BISA 4CZEA 4I9LA 5HRPA 3ZX3A 3NH1A 1U2VA 4H0TB 1KAYA 5AQQA 1LW2A 4JI4K 1Z6RA 2IVPA 3OY9A 3RSEA 1W9HA 1J54A 5HRSA 3KD5E 4IO8A 4FJNA 1GOAA 4ID1A 4BRCA 5LL6Z 4JHDA 1Q86O 4DTSA 2A6AA 2BE2A 3MCAB 4I6MA 3CJAA 4NCGA 5BR8K 4O55A 2RN2A 5J2MA 1HYVA 3O3HA 3O9TA 2ZGZA 5AQMA 4WCEL 2ZJRL 3VPZA 1HNZK 2KTQA 1S1TA 5JMVA 4J2AA 5BPLA 4OO1J 1BWFO 3CFRA 3S3MA 4K0KK 4C8MA 5FRMA 4KRFA 4NYFA 4PKHA 4JI3K 2ZJQL 3R6MA 2FC0A 1TGOA 3DRPA 4H0YB 3VEXA 5IWAK 2GELA 1HJOA 4LC9B 5LMNK 3CFOA 2KQ2A 2D0AA 5C10A 3OBYA 3T1HK 1G99A 4K8XA 5BRHA 4H0PA 4EIAA 4CBWA 3O1BA 3VGLA 3CCVN 4OX9K 2HHXA 3M8RA 1VSHA 1B92A 4OVLA 2CH6A 4PUOA 1HKBA 3ZETA 4DU4A 2HBMA 1HNXK 1YI2N 1TK8A 3AO1A 4BE0A 4H0XB 4HUFA 4A59A 5AQIA 4DUYK 1BI4B 1RDUA 3FZLA 3OYFA 3HP9A 3M3ZA 3TSPA 3RR7A 4DR2K 4CEDA 4LF6K 3NAEA 3AVMA 3HTVA 2B4JA 4Z4FA 4BC2A 2O8EB 5FRNA 4GKJK 4E7LA 2NRHA 1WSJA 3A5OC 2UU9K 3QIOA 1BO5O 2ZQBA 4FO0A 4ZHRA 3UKUA 1IV0A 3THWB 2A42A 5M1NA 4BG8A 3C7NA 3QNNA 4BRKA 4IXCA 5GAGP 4Z4HA 1YVNA 3L4IA 3DYAA 4CJ5A 5SZTA 5DMRA 3UKRA 3TAPA 3G71N 4DMNA 1RTHA 1EQYA 1K73O 3ZT1A 1Q8IA 1CZAN 3KJVA 1QQNA 4TSXA 4CZLA 1LW0A 4O0JA 4DUZK 4JI7K 1OVYA 1EX4A 3VF6A 3SV4A 1NOYA 4B3TK 1KVCA 1TK5A 1NJYA 3ZCMA 4CHOA 4M41A 3AA5X 1J9AA 3V9WA 4FJKA 4XH1A 3CXCM 1L3SA 4LF9K 1RILA 3JYTA 3KLHA 2E2PA 5AQKA 4BREA 2R7YA 1IKXA 1FJGK 4X64K 4H4OA 3K5LA 3AA4A 4CGHA 4Z4GA 3VGMA 1K8KA 4OLBA 4CHPA 4JYAK 2FF6A 3DLKA 1WBBA 3NGYA 3MWPA 2QK9A 2FF3B 2NUBA 3MN9A 3TAGA 1N5YA 4Z4EA 3NVKA 1BIUA 1Q18A 4FJ7A 2A3ZA 3H1VX 3AO3A 2E5LK 2HHTA 4DTNA 4H5TA 1EWRA 1U48A 1HX1A 2IGIA 3AY9A 4KHUA 2E2NA 1IKWA 1WSGA 2V7ZA 3JAMO 3K9KA 4KFBA 4FJ5A 1SUQA 1JXEA 1KVBA 2P9NA 4NXNK 4ID5A 1VQ6N 3QO9A 4JRPA 3CJ1A 4CHNA 5K14A 5H1SQ 4BDYA 2V51B 3B6OA 2FLOA 2P9KB 4DQPA 2E2QA 4KHWA 2O8FB 4IKFA 4BY9C 4B9NA 4C23A 3SMPA 1GOCA 1TL1A 1N36K 5E41A 3WNGA 1BA0A 1MA9B 1T6DA 3FFIA 2Q97A 2Q36A 4CEQA 3EL2A 1IH7A 3VESA 3U6FA 2DTUA 1HPMA 3IFRA 2HVHA 3S9HA 1QZ6A 2NRZA 5FDLA 1W0HA 4JK8A 3NGIA 4PKGA 2G8WA 4FWNA 2BUPA 3WUHA 3PSFA 4GVMA 5BN9A 3SUPA 5AZIB 4BE2A 4DV5K 4JKFA 1IJJA 3O9QA 5GIOA 1S72N 3VQ8A 2ZWHA 2VG6A 4M3RA 3L2RA 4CJRA 5AQZA 2D5RA 1KSPA 5AQFA 4KHNA 2A1SA 3CQ8A 1X9MA 4LF8K 4JI2K 2FSJA 1W2BM 1IBLK 1TKTA 3VERA 4F9OA 1KVAA 3QB0A 3D2FB 4BGBA 4QCLA 1U04A 4AM7A 1JLGA 2E6LA 1UWBA 4O5FA 3CCSN 1NLVA 1TVRA 4ZTFA 3QEPA 1BIZA 3UIQA 1HYSA 2HHQA 3R9PA 3ZX0A 3VQQA 4PY5A 3U4LA 2BANA 2VQEK 3C95A 1GLEG 3ZT4A 2YX6A 3VEZA 5AQUA 1XHXA 3D7EO 3ULEA 5TKYA 4NB4A 1KFSA 5EVZA 3UB5A 5HROA 3H45C 3G10A 4GW6A 1ESVA 3E66A 3B6PA 1JJ2M 3M6GA 4LY7A 4GV6A 1LWFA 1NMDA 2OPPA 5HBMA 3FLCO 3U9DA 5KQ8A 4ILHA 3V9UA 3MN5A 3VEOA 2E8AA 1KTQA 2YCHA 2JWLA 4B3MK 4KKOA 2IVNA 4KPYA 1LCUA 4JK7A 1KFDA 2WUSA 3FZKA 4JD2A 2FBYA 4KH4A 1QSYA 1QSLA 3LZJA 3PO5A 4CERA 2ASOA 3A8YA 4KB0A 1P90A 1GLBG 3L4QA 3T1YK 1P8ZA 4ZTJA 5FPNA 5DM7L 1TUUA 4RW9A 4BACA 3WXJA 4CW7B 5AZJB 5J1EA 4OPAA 3D2EB 3TAMA 2KKZA 1OH7A 5KPTA 2Q31A 4CESA 1HPZA 2HBLA 3THYA 1XC9A 3OTOK 4MDAA 3T19A 3L3VA 4KBOA 4DSFA 1Z25A 4RG8A 3TAFA 4FJGA 4DTJA 1W97L 4DTUA 2YHAA 3P83D 2F9WA 2HHUA 5CZ1A 3MEEA 1S22A 4BC4A 5JLHA 2HW3A 3QIPA 3LP0A 4WQ4A 4LD0A 2YHYA 1WAFA 5AQTA 4Y1CA 4F4KA 4CGDA 2PY5A 3ATUA 4H5WA 2XO7A 3DAWA 4CZIA 3NF8A 4I2QA 5I42A 5D3GA 3QERA 3CYMA 4R79A 3AAQA 3AVFA 3CFPA 3GL1A 4BROA 2F4VK 1J5OA 3VQ5A 2X74A 4CK2A 1FKPA 4FPAA 4AF1A 5KTQA 2P1JA 5JS1A 4LSLA 3HP6A 4B9UA 3E01A 1YVUA 3QLHA 3AVJA 3G4SN 5GAEP 5AQVA 4MQ3A 3KLFA 1EKEA 2BH1A 2P9IA 4K8ZA 2PZSA 2YNFA 3L8BA 2Z1IA 3DOLA 1SKWA 3KD1E 1JLCA 5C25A 4LH5A 1JLAA 2ZGYA 3K9JA 2XY8A 3DM2A 1KC8O 3PO4A 2IC3A 3GBTA 3VF4A 1NKBA 3ZSWA 4JV5K 3F9KA 1CZ9A 2KLAA 4E7JA 4EP4A 4FWPA 5C2FA 1RDAA 4LH4A 4CFDA 3QNOA 3V1OA 2XRIA 1VSKA 4Q0BA 1TL3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YHQ N;  1M90 O;  5JVH L;  1KQS M;  5GAH P;  3CCM N;  3CC7 N;  3DLL L;  3CCQ N;  4UY8 O;  1VQ9 N;  1VQ5 N;  5GAG P;  3CC2 N;  1KC8 O;  3CME N;  4WFN L;  1QVF M;  4WF9 L;  4IO9 L;  1YIJ N;  5JVG L;  3CCL N;  5HL7 L;  3G71 N;  5DM7 L;  1K73 O;  1VQO N;  1VQP N;  1VQM N;  1VQN N;  1OVY A;  1Q86 O;  1K9M O;  5MLC Q;  2QEX N;  1N8R O;  2QA4 N;  4U67 L;  1VQ4 N;  3CXC M;  1S72 N;  4WCE L;  2ZJR L;  2OTL N;  1KD1 O;  1YJN N;  3J7Z O;  3PIO L;  1Q7Y O;  1VQ8 N;  1VQL N;  1W2B M;  4WFA L;  2ZJQ L;  4IOA L;  3CCS N;  1QVG M;  5GAD P;  3PIP L;  1YJ9 N;  4WFB L;  3CCR N;  1NJI O;  3CCU N;  3CD6 N;  3CCV N;  1VQ7 N;  1Q82 O;  1K8A O;  3I56 N;  1Q81 O;  3I55 N;  2OTJ N;  3CC4 N;  3OW2 M;  1ILY A;  2ZJP L;  1YJW N;  3CCE N;  1YI2 N;  1VQ6 N;  3CMA N;  4IOC L;  3CCJ N;  1YIT N;  1M1K O;  5H1S Q;  1JJ2 M;  1VQK N;  3CF5 L;  3G4S N;  3CPW M;  5GAE P;  3G6E N;  5DM6 L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2P9P B;  2HF4 A;  4BR4 A;  3DLH A;  1C0U A;  1NG9 A;  4ILG B;  4KHQ A;  4RTF D;  1D9D A;  1KQS M;  1QSS A;  5C15 A;  1MDU B;  1K6Y A;  5AZI A;  1NGJ A;  1YTA A;  5FLX O;  1BGX T;  1SAZ A;  1S1V A;  1SV5 A;  3DXK B;  5BN8 A;  3SPY A;  1VQ9 N;  4W5Q A;  3WXK A;  2IDO A;  4QAG A;  3NVM A;  3EYZ A;  2HHV A;  4WQ5 A;  4IG0 A;  5AQS A;  4O8U A;  4FWL A;  3CER A;  4CF1 A;  2O4G A;  4J2E A;  3GOI A;  3ALY A;  1VQP N;  3D2F A;  4WE1 A;  1UA0 A;  4BQL A;  1SKR A;  2KFZ A;  3O4Q A;  3MCP A;  2W6L A;  3IKM A;  2CGK A;  3OYL A;  4B3O A;  2YNH A;  3HXM A;  2P5G A;  4GY2 B;  3KLE A;  4JAX A;  4H8K A;  4DLE A;  4KH6 A;  1GLL O;  1WLJ A;  4CJV A;  1S1X A;  3SV3 A;  4FLV A;  1ASW A;  3QEW A;  2G8I A;  1JL1 A;  3NBP A;  4DFK A;  3BDP A;  2QWR A;  4DR6 K;  2RHK A;  4DTX A;  5T7B A;  1RCH A;  3WQT A;  3U3G A;  2QM1 A;  1X9S A;  1BCM A;  4DSI A;  3ZSR A;  3SQ2 A;  4DF8 A;  1YJ9 N;  1R59 O;  1TAQ A;  3C6T A;  4CIF A;  1T05 A;  4E7H A;  2YHX A;  3EZW A;  3CQX A;  3QIC A;  1HR0 K;  3A2F A;  3P4I A;  4MDB A;  4PQU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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