1VQL | Genus

Total Genus 47

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	47
sequence length	186
structure length	186
Chain Sequence	ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction. pubmed doi rcsb
molecule keywords	23S ribosomal rna
molecule tags	Ribosome
total genus	47
structure length	186
sequence length	186
ec nomenclature
pdb deposition date	2004-12-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
N	PF17144	Ribosomal_L5e	Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.420.100	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Nucleotidyltransferase; domain 5	1vqlN00

5MLCQ 4WFNL 3CCVN 5HL7L 2QA4N 1YIJN 1VQLN 3CCJN 1OVYA 4WFAL 3J7ZO 1M90O 3I55N 1M1KO 1VQ7N 1KQSM 3CCRN 3CCUN 3G6EN 4IOCL 1YI2N 2QEXN 5GAGP 5JVGL 3G71N 1KC8O 3CCLN 3I56N 3CC7N 3CXCM 3PIPL 4IOAL 1ILYA 4IO9L 5GAHP 1YITN 5JVHL 1KD1O 2ZJPL 3CD6N 5DM6L 1S72N 4WCEL 4UY8O 3CCMN 1N8RO 4WFBL 1QVFM 3OW2M 1QVGM 2ZJQL 3CCQN 5GADP 1K9MO 1W2BM 1Q86O 1VQ6N 2ZJRL 3DLLL 5H1SQ 1VQ4N 3CMAN 3G4SN 1K73O 3CC2N 1Q82O 3CPWM 1VQKN 5DM7L 1YJWN 1K8AO 1VQPN 3CCEN 1VQ8N 1NJIO 3CF5L 1VQ9N 1VQNN 1VQMN 1VQ5N 1YJNN 1YHQN 3CCSN 3CC4N 3CMEN 2OTJN 3PIOL 1JJ2M 1VQON 4WF9L 4U67L 5GAEP 1YJ9N 1Q81O 1Q7YO 2OTLN
chains in the Genus database with same CATH superfamily

3THYA 4BRAA 4FWKA 4R79A 1R59O 4HUEA 1YIJN 4JI6K 2AJQA 4CGHA 4OPKA 4KAZA 1IV0A 3GG4A 3HVTA 1BCMA 1VSLA 1IG9A 4JI1K 3LDLA 1Z25A 4IOXA 3K5MA 3OYNA 3QINA 4JD2B 4E7HA 3HOSA 2PFUA 2V7YA 3DJCA 2G8UA 2NRZA 1ASVA 5CR4A 2E1ZA 3DXKB 2G8HA 2FSJA 5AQIA 1RT3A 3F73A 1TK8A 3AVCA 4DLGA 4N56A 4FVMA 2YJEA 5GAHP 1YITN 1N34K 3OYAA 4B1YB 5JVHL 1J53A 3ZX3A 3CI5A 3NF8A 2Y1JA 3SJHA 4NXMK 4H0OA 3CD6N 4CF0A 1XI1A 1A5XA 3SAGA 3U6FA 4DV2K 1S5JA 2IVPA 3ZETB 2YKNA 3NCIA 2DFHA 1QVFM 4JRQA 1U48A 4MFBA 3ULEA 3CIPA 4CERA 1BDGA 3NF6A 3FZFA 4O5FA 4W5TA 1W97L 1NWKA 3OVNA 1TV6A 3WNEA 2YNIA 3AVBA 4Q0BA 1EXQA 2VWJA 3OYMA 1OH5A 5HRRA 3CJ9A 2NRVA 2DFFA 3RSEB 4A5BA 3ENHA 3KLIA 2W6LA 2QM1A 1XHXA 3CHWA 4A5AA 1SAZA 1JXEA 4CZHA 3ZSOA 2P9NB 4L8RB 2YHBA 3JS6A 1NK6A 1SS6A 2HHVA 1H1VA 4JI0K 2RKIA 4DV4K 4U67L 3DAWA 5GAEP 3S3MA 4DR7K 3JSMA 3VGMA 4I9QA 4DG1A 1ZBLA 4YOYA 2O8EB 3WNGA 3SQ4A 3AO3A 3WEEB 2HMPA 2HHTA 4DV0K 2P9LA 2HMIA 3MEDA 3LDSA 3J7ZO 2IDOA 1VQ7N 3CCRN 3CCUN 2HNZA 3M8QA 4PUOA 1C6VA 1ZBUA 1SL2A 1C1CA 3ZSVA 5GIOA 4Z4FA 3LDNA 3KD1E 1LCUA 1TL3A 3IS9A 3G71N 2RE2A 2NRXA 3MN9A 1YT3A 5I3UA 1XUPO 4M3UA 3CJ7A 3TSPA 3EY1A 4FCYA 4BRIA 4A2AA 3KVGA 3CJ1A 3MMVA 1R0AA 4BGBA 3I33A 1A5VA 3SJJA 3DYAA 3OBYA 3SBGA 5BN9A 4TSXA 3SQ0A 1HQUA 5IWAK 3B6OA 1QQMA 1EQYA 3K5LA 3R3LA 4ISFA 1VAZA 4BE0A 3QEIA 4EIAA 1GLAG 3AA4A 1NJYA 3SYZA 4CHOA 3VQQA 4JD2A 3CCMN 4JNEA 1DTQA 3VQ7A 1S1VA 3ZT3A 2P1JA 3VEVA 4OPAA 4DQQA 3DXKA 1T8EA 2O8BA 1D9DA 5AQWA 3U9ZA 2FBXA 1UWBA 4IEEA 4LFBK 3JAMO 4B9SA 4FWRA 3DMJA 4MLEA 2KFNA 1ZBIA 3H1QA 1KLNA 3GL1A 3CCEN 3ZETA 1WN7A 3V1RA 1VQNN 4DCHA 5E26A 1WSJA 3KK3A 4Y0WA 3R6MA 3ZCMA 3CC4N 2RN2A 3LWLA 2P9PB 2ASOA 4JI3K 3QBXA 3VEOA 2P5GA 3M5RA 3MX5A 3PX0A 5M1QA 4X65K 3EE8A 3O4WA 1FW6A 4LFCK 4JK9A 4DFMA 3A5OC 1Q7YO 2PYJA 1NNEA 3W3DA 2YHWA 1V4TA 4FWLA 2CGJA 3RSEA 1S6QA 3LWMA 4A61A 2DPNA 1XQSC 5HOOA 3O5BA 4ZTFA 1NK8A 2QKKA 5JS1A 4CIGA 5J2NA 4BROA 2ASMA 3O4NA 4WFAL 4DTJA 1KQSM 5M1KA 2FBVA 3QO9A 3ZT2A 3L6QA 3ZSQA 2P9NA 3EN9A 2HVIA 4OJRA 1LOTB 3CM6A 2P9IB 5AZIB 2ETJA 3FFIA 4CEBA 3U9DA 3VOVA 1A5WA 3O8MA 1TAQA 4CK1A 4CJ7A 3H45C 2VQFK 4DUZK 1KRPA 1WNSA 1VSJA 1JLQA 4N47A 4B3TK 2ZGZA 3T19A 4G1QA 4FJHA 3TSUA 2P9UB 1S22A 1S9EA 4ISEA 1LW0A 3HVRA 3AARA 3WXIA 4CF1A 1BA0A 4DV7K 1N8RO 1CZBA 5HP1A 3H46O 2X78A 1L3SA 2XY5A 5JLFA 2D0CA 1TUUA 3O08A 2VYPA 4DV3K 4CK3A 4KKOA 1BOTO 2P51A 4B9LA 3QETA 2VGNA 3CMAN 5FLXO 3O4QA 2HNYA 4H0VB 3QMLA 3ZT4A 1X3NA 2HSTA 2D4WA 3KHYA 2QWPA 1RFQA 3DLEA 1ZBSA 1KSPA 4KTWA 3WNHA 3AVMA 4CBUA 4HCCA 1GOCA 4EP4A 4FJXA 5AQJA 2BANA 5C24A 1FKOA 4FZZA 4YOTA 2I7PA 4XH4A 3VPZA 4NLCA 2GUPA 1L3UA 4CZIA 3AVGA 1LV5A 2GV9A 4I2PA 2UXDK 1VSDA 2KHOA 5C25A 3HYFA 3O9RA 1IBKK 1T05A 4DV1K 1MA9B 2Q97A 3SMPA 1VSEA 2A6AA 3VF2A 2YV0X 4C1NK 1E4FT 4C1NI 4CHYA 2O8FB 4B1XB 3ZEUB 3H6EA 4FJNA 4CHPA 5SWMA 3U4LA 4V19S 1KAXA 3NVKA 4FW2A 2P9PA 3ATVA 3VEYA 4CHNA 5JVGL 4PKGA 1BWFO 1ASUA 4BWMA 5D3GA 4AHTA 3AAPA 3ZX0A 1JLGA 1FK9A 2Z1GA 4CJLA 3VQ8A 1T6DA 4YDUC 3QEVA 1UAXA 2FLOA 2UUCK 4O44A 4CJ3A 3QESA 3OYFA 2ZF5O 2ZWHA 3DLGA 1BU6O 3J7YP 1QQOA 3HPHA 4KV8A 3O3FA 3RMDA 2PBDA 4B9MA 4U7BA 4MQ3A 4HUGA 2BUPA 3A5MC 4CFAA 2O4GA 2D0OA 2A41A 4CJWA 3V9ZA 4EZ9A 4RW9A 1IO2A 4Y1CA 2P9IA 5AZIA 5HBMA 3OYEA 4CJTA 4M7YA 1U47A 1OH6A 1CZAN 3NAEA 5AQLA 3K58A 1EX4A 4QOZB 3DRPA 4DF4A 3MCPA 4BDPA 2ZJRL 1BO5O 2BDPA 4PL7A 2P9UA 1VQKN 2Z1IA 4BQZA 1TK0A 3SPYA 5FPNA 2PAVA 4K41A 1JLEA 2OYQA 4W5RA 3ZT0A 2VGMA 1G15A 3HOTA 3OYKA 3EKSA 4HTUA 4IG0A 4O5BA 3ID6A 3PIOL 1EKEA 2GX9A 3WT0A 2ZD1A 4XH5A 2BH1A 5EOYA 3VEWA 3HL8A 3IG1A 4JI8K 2ZGYA 3VF4A 2YNFA 4B9NA 3RR7A 1D8YA 1S1TA 3D2EA 4FWPA 1W7AA 1D4XA 3HT3A 3HP9A 2WTUA 5B8HA 4CJEA 4PQUA 4GW6A 4CZEA 1U6ZA 2B5JA 1TUYA 1F21A 4FW1A 4LSNA 3I55N 3E66A 1NJWA 3RMCA 4FJ8A 4JN4A 2AA4A 3VESA 4N41A 2WFBA 4Z94A 4DQRA 4FWOA 3PLAA 4CEFA 5HLFA 3CCLN 2IGIA 3RWUA 3ENBA 2E2QA 3BUZB 4GVMA 2UU9K 4HWIA 4EP5A 3OTOK 3KLEA 2E6MA 3HBTA 1TKZA 4M3RA 2IVOA 4DFPA 3PY8A 4IG3A 4F2SA 2V7ZA 4DMNA 2O8FA 4CGDA 4YNQA 3ZEUA 1NBWA 3OYDA 4WYBA 5J2PA 3PO5A 2VG5A 4DV5K 1SZ2A 4E19A 3SNNA 4WFBL 3NGYA 5AQFA 4LFAK 3UE5A 4DLEA 3OW2M 3E9LA 1J54A 4AM7A 3ITHA 4KHPK 3F2KA 1K9MO 3EKUA 1P90A 5M1PA 1VSKA 1DKGD 1W2BM 4JI7K 4BGAA 5LMUK 1J5EK 2X74A 2H3GX 1IKXA 4DKWA 3CC2N 3F9MA 5AR0A 1K8KB 2QWQA 3MK6A 4FLXA 1JCFA 4J2EA 2WONA 4FOIA 4W5NA 1FJGK 3MN5A 3VERA 1ESVA 1C0GA 2V52B 4RTFD 5C2FA 3NHGA 2F8TA 4DQIA 3VA3A 3ENOA 3GBTA 2EWSA 5CHIA 4FJIA 1X9JA 2HBJA 3VEZA 4CJKA 5HRPA 3BEXA 4OPJA 4IXCA 1REVA 1LWCA 4AHSA 3CCVN 2D0PA 3CFPA 5IT9O 2VWBA 4BE2A 1VQLN 5AFUA 1NMDA 1T3VA 4JI4K 4FWMA 3VTHA 1UOCA 3LPUA 4H5TA 1NG9A 3U3YA 1IH7A 3SUOA 2KZZA 2WUSA 1HPMA 1GLDG 4BRCA 4CZJA 2HF3A 4YFUA 3FGUA 4QCLA 2I7NA 3EZ5A 3HO1A 4KHWA 1QS4A 4JKDA 4H4MA 4YDUA 4BRLA 2D5RA 3BGRA 3LP2A 1BCOA 3G25A 4QAGA 4AQYK 1XWLA 1MDUB 2XO7A 2G8VA 2QK9A 1C0TA 5C2DA 5J1EA 3KKRA 1HNXK 3G10A 3FLCO 3SBTA 4JI2K 5AQRA 1YAGA 1WSGA 4YOVA 1S9GA 5AQZA 4KHSA 3U3GA 3L4QA 4ILGB 4BC3A 2ITGA 5LL6Z 4E89A 4MO4A 4H0TB 1XC9A 1S1XA 3HP6A 1NK9A 3SLCA 3J80O 1HYSA 4JK7A 4CJ5A 3N4QA 2Q0UA 5AQUA 5A2QO 5AQMA 5BPNA 3IUCA 3SUPA 1VSMA 4BRDA 1Q18A 4BWJA 4FK4A 4GNIA 2OPQA 2YCHA 4BC5A 1K8AO 5CE3A 4EHTA 2ZE2A 3E1YA 5FROA 4BVPA 4F4KA 1TAUA 4KRFA 4B9VA 2WBNA 1G99A 4Z4CA 3S3OA 3SZ2A 2OZSA 1YJNN 3I0RA 4H5VA 1I3AA 3TAMA 4M42A 4BVOA 4CHZA 3QEXA 1O13A 1EETA 3AVFA 3R1XA 4M41A 4KI4A 4IDHA 5JLHA 3DXMB 4JK8A 5BRHA 4DUYK 2UXCK 1YJ9N 1NGBA 3W0LA 5BRDA 4CK2A 3N4PA 1UA0A 1K8KA 4DTUA 4FLUA 4B3MK 3K59A 4IKFA 1BI4B 2D0AA 1GLBG 4CF9A 4OO1J 5BR8K 5JICA 3K57A 3J7AP 4CIFA 2HOEA 3O9TA 5FRNA 4CBWA 1U04A 1CLQA 4E3SA 4KTZA 3OJUA 3TAFA 4CD1A 5CZ1A 4N5SA 3KLGA 2G8FA 3LP1A 3A5LC 3QFPA 4DR5K 4K42A 1ILYA 4BY9C 4B9TA 5AQKA 3RMAA 4BREA 1HJOA 4DSIA 1NU0A 3QFUA 1IBMK 1RDDA 5KGWA 5KPZA 1N33K 3A0IX 1RDUA 5EY4A 1S72N 4MDBA 2KTQA 2Q0RA 5AFUH 4DQPA 4MO5A 4JS4A 4BDYA 3BF3A 3UIQA 3VETA 1BL3A 2HBLA 4AM6A 5I42A 3KWIA 1E4GT 4CF2A 5EXWA 4OKKA 4NYFA 1RBSA 3FFKB 5GADP 4M3ZA 3T69A 2E2NA 3MWPA 2A42A 3K9JA 2G8KA 3O1WA 4BC2A 4CI6A 4RW4A 4FJ7A 4EHUA 3C6UA 3THVA 1GLEG 1N32K 3H08A 3SK3A 2E1YA 4H5WA 2HHHK 2G8IA 3QEWA 3FR0A 3PSFA 3HJFA 5AQHA 3WXKA 1HKCA 3L2QA 5BRFA 4M63C 4PL8A 3DOKA 3DOLA 3NE6A 4GV6A 5C12A 3WUHA 3M1FA 3WNFA 1Q81O 2Q2RA 2IS3A 2OPRA 1SL0A 2YHXA 3Q7BA 4DU1A 1HUXA 1NGEA 2XY7A 5HL7L 1WUAA 1XNQK 3OYJA 2OANA 4FLTA 4JKCA 4LY7A 1JLAA 4O4GA 2P9KB 3QDKA 4HHTA 4FOEA 2QWLA 1UA1A 4K25A 1RT1A 4DWIA 4CEQA 2NRRA 4K0KK 4NB4A 3UKRB 3TAEA 4M3YA 1B9FA 3DXMA 2O8DB 2A3ZA 1O1WA 2XY8A 4CVNE 4NYNA 5K14A 3ATUA 3PIPL 3P4IA 3GE1A 4E7JA 4CJVA 1WBBA 4B8CA 4CJ4A 1KTQA 1I94K 3TTCA 1WLJA 3RTVA 4F3OA 4FLZA 4OVLA 3OJSA 5DM6L 4WE1A 1KCFA 2BTFA 3JYTA 1QVGM 4BACA 5AQTA 1E3MA 2O8EA 4B1ZA 3WEEA 1J6ZA 1X3MA 3MXMA 4YOXA 3L2WA 1T44A 3OS2A 4DR1K 3AA3A 3HTVA 1JLBA 1QHAA 1Y97A 1MWMA 3HPGA 3CG7A 4K8ZA 2X6SA 4RCHA 3EYZA 4H0XB 3AV9A 3VQPA 3VMFB 4DHYA 4DR2K 3AGRA 2Q31A 2ATQA 1SKSA 5F2RA 1TKXA 3M8RA 4KBOA 3J8AA 3BDPA 4B1VA 3MECA 5FPDA 4YHHK 3P39A 2BE2A 5AQGA 3VGKA 3RMBA 2QXFA 2OTLN 2I5JA 1QSSA 2E4LA 4H5NA 2QA4N 2HVHA 1L3TA 3CCJN 2QXLA 3KK2A 5E41A 1M90O 2P9SB 4FWNA 4OGCA 4W5OA 4BR2A 4E7KA 3S9HA 4BR7A 3IDHA 5TKYA 4JI5K 2UXBK 4ICLA 1ZBFA 4M3WA 2GWKA 4C23A 3CC7N 3PV8A 1BIZA 4DQSA 2E20A 2VG6A 3O3HA 1VSHA 2IC3A 4KHUA 3VTIA 4A59A 3ZSRA 4WQ4C 3LZIA 3QICA 4DR3K 4J8FA 4E1MA 1HNWK 1RBRA 2P9KA 4KB1A 4ELTA 3KKSA 4ILHA 4IFEA 3FE1A 1WSEA 3OHRA 4EZ6A 1TKTA 1W0HA 3TAGA 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1LAVA 3EEQA 1JL2A 1V4SA 1K73O 3CQYA 1Q82O 5AQVA 3THWB 1Q9YA 1JLFA 4KFBA 1YJWN 2KW4A 3C6HA 4DSFA 1NJXA 2JLEA 3NF7A 1C1AA 4CFBA 4GKJK 3PX4A 4OGEA 2A40A 2EX3A 4IFYA 4CZMA 1WBDA 3KK1A 3P1GA 3CCSN 4B3RK 2IIRA 3T3FA 2OTJN 1OKJA 2XRIA 1QTMA 2A5XA 3VENA 2OZMA 4CGIA 3KK7A 2F96A 4EFHA 3WQTA 1XMOK 4BQLA 4BRGA 1RT4A 1C1BA 1HYZA 1NKCA 4B8AB 5C15A 4BRMA 1QSYA 3K5NA 1RNHA 2YI1A 3LP3A 4DSJA 5JS2A 1BQMA 1RDCA 3AO2A 1RTHA 4C8KA 4LF7K 5CYQA 3QERA 4Z4IA 3WQUA 4I7FA 3O3GA 1W9HA 1HNIA 1ITGA 2E8AA 1RBVA 4IEIA 3V81A 2HHQA 4NCAA 1SUQA 1KVCA 5C0YA 3BZKA 5CY4A 3O9SA 4BRQA 4CF8A 3SAFA 1NK5A 2B4JA 5EVZA 1YF5L 4WQ5A 4CZFA 2V51B 5AZJA 5HROA 2VQEK 4CJFA 2B6AA 1SV5A 2F7TA 1T7PA 1QQCA 2VCPA 2DY4A 2YNGA 3C7NA 1C0UA 4YOUA 3GDQA 1YTUA 2O8CB 3UKUB 5AQNA 4WQ4A 3K5OA 1S6PA 3QBWA 3LDPA 4K43A 4CEDA 1GLJO 4Z4EA 4IO8A 4NCGA 4L3QA 4AHVA 4FZYA 2E6LA 1NK7A 5FDLA 4O0JA 4H4OA 3CYMA 5KQDA 3OYBA 3AO1A 3VQ6A 3JXUA 4BR0A 3ISNC 1NGDA 1N36K 3K9KA 3VN5A 3AO5A 2IVNA 2P9LB 3IRXA 5AQXA 2FSNA 3OS0A 3C6TA 3NFAA 2CGKA 4I9LA 3MWTA 4M3TA 1EO1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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