1VQMN

The structure of the transition state analogue "dan" bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal rna
molecule tags Ribosome
total genus 45
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vqmN00
2QEXN 3CMEN 3CCJN 4WFAL 4WFBL 3CC4N 3CXCM 3CCRN 1YIJN 3I55N 2ZJRL 3CCSN 4IOAL 1YJWN 1VQ7N 1VQLN 5H1SQ 5GAGP 1VQKN 1K8AO 1YJNN 2ZJQL 1VQ5N 3CCUN 3PIPL 5GAHP 3CCLN 3I56N 3CF5L 5HL7L 1KD1O 1VQNN 4U67L 5GAEP 5MLCQ 5GADP 1VQON 1VQ4N 1ILYA 1K9MO 3J7ZO 2OTJN 4WFNL 1VQ9N 5JVHL 3G6EN 2ZJPL 5DM6L 1JJ2M 1QVFM 1VQPN 4IO9L 1Q86O 3CCMN 1YJ9N 1K73O 4UY8O 3CCQN 3CCVN 1N8RO 3CPWM 3G71N 1OVYA 1Q81O 1QVGM 3CMAN 4WF9L 5JVGL 1YI2N 1M1KO 2QA4N 4IOCL 3CCEN 1Q7YO 1KC8O 3PIOL 3CC2N 3OW2M 1VQ6N 1M90O 1YITN 1W2BM 1KQSM 4WCEL 1YHQN 3CD6N 1S72N 1VQMN 2OTLN 5DM7L 1NJIO 3CC7N 3DLLL 1Q82O 3G4SN 1VQ8N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OYMA 4JK8A 3T3FA 4LF7K 2W6LA 2O4IA 3CCJN 2UUAK 1U6ZA 4W5NA 1ZBFA 1LAVA 3RMBA 1VSIA 3CC4N 3IUCA 4Z4FA 3LDNA 3ZCMA 4F3OA 2P9IB 3K5MA 1WBDA 4DSKA 1GLEG 4EZ6A 3O5BA 1IH7A 4M3WA 3QEPA 3RRHA 3BGRA 4RCHA 1KVBA 2V7YA 5M1FA 4KO0A 2OPSA 2H3GX 3PX0A 1TUYA 2BE2A 4F3TA 3MDQA 3T7ZA 3CCUN 3P1GA 2G8IA 2Q3SA 1G99A 1DT9A 4KHQA 2E6LA 2UU9K 5HROA 3U8XA 5GIPA 2IS3A 2QXLA 3VEZA 4I2PA 3D2FB 4EFHA 5HRPA 4FWKA 2V7ZA 1KCFA 1MWMA 1E3MA 1VHXA 3OBWA 4DQ8A 5BRFA 1NKCA 4CZHA 4JS5A 1LWFA 2HNDA 2P9KA 3VGMA 4JI5K 4IO9L 2AJQA 2VG6A 1ZYQA 5KTQA 1NGHA 3FGUA 2YJEA 2HMPA 4CBUA 1SKWA 4B3SK 3F9MA 3VQ9A 1HMVA 1BU6O 1ATRA 5JS2A 3U9DA 1LW2A 3ZT1A 3EY1A 2GWKA 4CZIA 1HLUA 4NO7A 4PHTX 4DCHA 4DV0K 1KSPA 3N4PA 2E1ZA 3FFKB 3I8DA 4DR6K 2QWMA 2UUBK 4CHZA 1IKWA 1NGAA 4OPHA 3L6QA 1T03A 3PIOL 3JXUA 3UKUA 4EP5A 2A1RA 3F9KA 4K41A 4CJRA 3KD1E 3TSQA 5AQZA 5FLXO 4CJQA 4YOWA 3LP3A 5AQXA 2FSKA 4FK2A 1JL2A 1UWBA 3ULEA 2O4GA 4ID1A 3TAMA 4ZTFA 2HOEA 3OYAA 5CHIA 4O44A 1ESVA 4KKOA 4Z4HA 5LL6Z 2UXCK 5CY4A 4LH5A 3VEWA 2XY6A 1DKGD 3KZBA 1A5WA 2NRXA 1GLFO 3QLHA 4PY5A 3I33A 2OPPA 1R0AA 2HNYA 3TPQA 4A62A 1BI4A 4J8FA 3OS2A 2A5XA 3VQBA 1DLOA 4CZLA 3OYIA 4LY7A 3NF8A 5C42A 4N56A 4BC5A 4I6MB 2O8BA 1IG8A 5E26A 1BQNA 3OYCA 1HPZA 2YHWA 4LFBK 3FZKA 4LF6K 3PO4A 3KKRA 2HHVA 1NJYA 3K5LA 3MXMA 1L3TA 1A5VA 1JL1A 2VG5A 1K6YA 1SKSA 4FK4A 3F2KA 1RTDA 4WFNL 2OTJN 4KTQA 4BG9A 2ZM6K 3V81A 3PUFA 5BPMA 2F7TA 1S1VA 4CZJA 2OZMA 1S9GA 4M45A 3KWIA 4CEBA 4PUOA 3KWGA 4K0KK 1D5AA 3TTDA 3AA2A 1B92A 4IJAA 4UY8O 3WQTA 4DV7K 3HPGA 5AQYA 4I9QA 2O8DA 3O3GA 4DV5K 3VETA 3M5RA 1REVA 3KLIA 3D7EO 2RHKA 3L2QA 3U3GA 1ZBHA 4YDUC 2BUPA 3LDOA 4C8MA 4JKAA 5LJVA 3V9UA 3LDSA 1KC8O 2HHTA 4RW9A 1KXPA 3C6AA 3HXMA 5SWMA 3LZJA 4PKHA 1QHTA 3ATVA 3OY9A 5EU7A 2ASPA 3O4QA 3CIPA 4GNIA 2E5LK 4C1NK 5AQVA 1N36K 5AQNA 3CMEN 4R79A 4OLBA 3G0ZA 4DV2K 5EX5A 4B1VA 3O9RA 4BR4A 4DQQA 1C1BA 4QAGA 3AVGA 3VEVA 3TTFA 5BPNA 3KIOA 3J81O 3H46O 1JLEA 2QKKA 2ZJQL 3A5NC 4JEPA 4JKEA 2PBDA 4OGCA 3ID6A 1SQKA 1MU2A 3P83D 3E9PA 1GLCG 2OA8A 4O5BA 3WXLA 4HCCA 1HR0K 2CGJA 3ENOA 4Y0WA 5M1QA 4ISGA 5C12A 5M1OA 1XMQK 3LM9A 3MEGA 4FWNA 2O8FA 4O0IA 3OHRA 5GINA 1NKBA 3EEQA 1FKPA 1NNEA 1OH6A 5BN8A 1TVRA 2G8HA 2X6NA 4BR9A 4CJTA 4M3XA 4B3RK 4BR7A 5FPEA 4BACA 2QTDA 4OPJA 2HF3A 4H5WA 4FM0A 3J7AP 3DRRA 4E0DA 4BRPA 2A6AA 4MLEA 4HCBA 2P9IA 3ENHA 4JI1K 4E7IA 3ZT0A 1JLGA 1NMDA 2QA4N 1KAZA 3KLFA 4DTJA 5J2MA 1TKTA 2ITGA 5I3UA 3CC2N 1WSEA 1VSLA 2HHQA 1HNVA 5K14A 1VRTA 3F73A 4H5TA 5D3GA 4PKGA 4O8UA 4BRAA 3NAEA 3J8AA 4BR5A 1WSHA 4JK7A 1ATSA 1DGKN 3D2FA 5HRSA 4CJVA 3GDQA 3CG7A 4DMNA 5M1NA 3V9SA 3S9HA 1QQCA 4DR2K 2BTFA 2D0PA 4HUGA 4IXCA 2YX6A 4V19S 2IAJA 3CXCM 5E84A 3VQAA 1C6VA 2IGIA 3FFIA 4RTFD 1VK0A 2O8EB 4KHSA 3H45C 4GKJK 5ADXA 4K25A 1V4SA 3K9KA 4ZHRA 4B1ZA 1OH5A 4FZYA 1RFQA 1QZ5A 4FWPA 2HHXA 4WQ4A 4CVNE 4DTXA 1ZXOA 4A57A 4M7XA 5HL7L 5GAEP 4JN4A 1L5UA 4AF1A 1VSDA 4FJGA 3AAQA 3KLEA 3PX4A 4A2BA 1HUXA 1KVAA 4J2EA 2KQ2A 1KTQA 5KGWA 3QIOA 4FWRA 4KHUA 4DFPA 1VQPN 3VQQA 4E1MA 1NGDA 5AQIA 1K73O 2X78A 1Q8IA 2GV9A 4O5FA 1N8RO 4BRQA 1YF5L 1SKRA 4J2AA 1NM1A 2ASMA 1SZ2A 2P9NB 1Q81O 5FROA 4IFYA 3VQDA 2GUIA 3M6GA 1HQUA 3O9QA 3IAYA 1NGCA 4LH4A 4H0TB 4E89A 2G8UA 3ZSXA 4BWJA 4PQUA 3OYDA 3NFAA 1Z05A 3HTVA 3SUPA 2FSJA 3QMLA 2QM1A 2A42A 3OS0A 1JCGA 4IOCL 4FM1A 3QIPA 4B9VA 4I6MA 1N6QA 2QI2A 5LMNK 1HKGA 1V4TA 3C6UA 3MWTA 2GWJA 2QWLA 3R8EA 2DFHA 1QQNA 1NK8A 2KHOA 3J80O 3ZX2A 3KK2A 3CD6N 1SL0A 5LY3A 2A40A 3M8QA 1RTJA 4TSXA 4JI6K 3BZKA 4DTUA 1Q82O 3HYFA 4ELUA 5KGXA 2Y1IA 1WLJA 3PSFA 3C6HA 1TL3A 4B3OA 1XC3A 1P90A 3OYJA 1ASUA 3L0QA 2X74A 1C0GA 1ZBSA 1IKVA 3BY5A 2NRWA 3AO3A 1Y97A 3IG1A 4FCYA 3CERA 3BZCA 1TYQB 4C8LA 4IDKA 3CETA 5GAGP 1JLFA 1K8AO 1SL1A 3DXMB 3AA5X 3LDPA 4DF4A 3QEWA 2PFUA 1JXBA 1T8EA 2I7PA 4CGDA 1VSKA 4MQ3A 5B8HA 1SV5A 2VQEK 1K9MO 2KTQA 4F2SA 3AA4A 4MLHA 2FLOA 4KPYA 4FJXA 4CF9A 1VSHA 3IS9A 3NH1A 4RG8A 1QVFM 1KRPA 4LF4K 1T6DA 4KAZA 2YNFA 3QESA 2E6MA 4E1NA 5AQJA 5C2DA 1YT3A 4M3TA 1QSSA 2VWJA 1RDWX 3S3NA 1NGIA 3CPWM 1DEJA 5E41A 4BVPA 4HUEA 3J7YP 3QBXA 3R1XA 1J5OA 2P5OA 3THXB 5JVGL 1YI2N 5FRMA 3SUQA 4H03B 1K8KB 1BWFO 3M1FA 1U4BA 1L3SA 2VWBA 4B9MA 1XHXA 3AVNA 4CGHA 4BR0A 3M8PA 2NRZA 1X9MA 3KKSA 4DR1K 3AV9A 1S72N 3RSEB 3L2UA 1TK8A 3HBTA 1BA1A 2OTLN 4IFEA 1OVQA 4CJ3A 4WQ5A 4CGJA 3DLLL 4OKJA 1QS4A 2OPQA 3BF3A 4H8KA 4I9LA 2G8FA 4DTSA 2NLXA 4BRHA 4CGIA 5CR4A 5AQUA 2BGGA 5HRRA 1XNQK 1IO2A 3AVLA 3SUOA 3MMVA 4KV8A 2W42A 2Z1HA 4H5RA 4DHYA 2BANA 3T69A 3DJCA 4B8CA 3TANA 1GLJO 1RT1A 5KQDA 3VF2A 4FJLA 2W40A 1DTTA 1TKZA 2HF4A 2Q1NA 4DFKA 3SQ1A 1NU0A 4XH1A 3VF6A 4DV4K 1YJNN 2F9WA 2G8VA 4B3MK 3RVCA 5JS1A 4FPAA 5GAHP 4DR4K 3CFPA 2QWOA 3QO9A 3E66A 4H5NA 3SAFA 3CHWA 4BDPA 3BUZB 3EZWA 4FPBA 3SJJA 1Q9XA 4DU1A 5BN9A 1QSLA 4H0VB 4MO5A 3O08A 1Q86O 3VA3A 1IBLK 1IJJA 2WTUA 4X64K 2E8AA 4CHYA 4Z0UA 3AVHA 3ZT3A 1BGXT 2PY5A 4CGFA 4A2AA 4Q5VA 3QFPA 3DMJA 3WEEB 4PKIA 4ICLA 2QXFA 5F1XA 3WXMB 4JNEA 4WF9L 1U48A 2WOMA 4X65K 4M63C 4M7YA 2O8EA 1X3MA 4LF9K 1WBBA 3CYMA 3SLCA 3DLRA 4FJHA 2PYJA 4DR7K 1T44A 4CFBA 1BO5O 1M90O 3K57A 3D6RA 3S41A 4WCEL 5JLFA 3LP2A 1ASWA 1NWKA 2CGKA 2KZZA 3MEEA 4GY2B 3OVNA 1NOYA 2HBKA 4FLUA 2ZD1A 3ZSVA 5AQHA 3NH2A 3E1YA 4DB3A 4O55A 3W3DA 2G8KA 4Z4IA 3SYZA 1T6CA 3Q7BA 2ZF5O 4KHNA 1E4GT 3GL1A 3V9XA 5EOYA 3C6TA 3OTOK 2FSNA 3DOLA 3O8MA 1S5JA 3IKMA 3V6DA 1LV5A 4ELVA 3CFRA 5HP1A 4W5TA 3NE6A 2WUSA 1HRHA 3LAKA 1C0UA 1SL2A 1GLLO 2P9NA 2ZE2A 4DSFA 3QETA 4CJSA 3CF5L 1KAYA 3C65A 1J6ZA 4EZ9A 4YOXA 1C0TA 1WAFA 3C7NB 3U4LA 3I0RA 3J7ZO 3QFUA 1NK5A 1ZBUA 1Q18A 2F9TA 3DLEA 1RBUA 2AP1A 4PA1A 3LDLA 3SZ2A 4NLCA 3P38A 3QERA 5BR8K 3K59A 4E7HA 1W0HA 1IKXA 4BY9C 1NGEA 2UXBK 3SQ4A 3UE5A 1LW0A 3CPEA 4MDBA 5J2NA 4JAXA 4JYAK 4DQRA 4KH5A 4KH4A 4K8XA 1GLDG 4EP4A 4GW6A 3I0SA 4AM6A 3KVGA 1OVYA 3CM6A 4FO0A 3ULDA 2FBVA 1JCFA 4AHUA 4CE9A 3THWB 1NK9A 3V1QA 3D0PA 4ILHA 3ITHA 3CI5A 3OYGA 2O8CB 2YJFA 1MA9B 4CF2A 2HB5A 2NRRA 2HVHA 1TYQA 1NKEA 4LD0A 4CESA 2A3ZA 3O1BA 3MN5A 3DXMA 4IO8A 3SK3A 4LF8K 4IEEA 5AQRA 4CCHA 4DF8A 4FWOA 1VQMN 4CK1A 4FW1A 4YNQA 3ZEUB 3VENA 3ZSQA 1NJIO 3OYFA 3B6OA 2VG7A 3R9PA 2E2PA 3VTIA 4QCLA 4PWDA 1WSIA 3HVRA 2E2NA 2EWSA 4CD3A 4F8RA 2AA4A 4CF1A 4U7BA 4CEDA 3ISNC 3O6WA 4YOTA 3M8SA 3SJHA 3IRXA 3MEDA 3S3OA 3F5TA 3G10A 5BRHA 4FLWA 4O4GA 3THXA 3NF9A 3I8BA 1VQNN 3PX6A 4DUZK 3AVFA 1VQ4N 4IG0A 2JWKA 3ZETB 1K8KA 3SMPA 4C1NI 2F96A 4AHTA 1L3UA 1RNHA 2BH1A 5JVHL 2ZWHA 1BISA 4Y1CA 4FW2A 4KFBA 3FR0A 4OJRA 4F9OA 2G8WA 1RBTA 3L2WA 2NRVA 3TAFA 4FJJA 4YY3K 1BOTO 4DWIA 1TUUA 1SAZA 4BC2A 4CF8A 1JKHA 5J1EA 4OX9K 1RCHA 1GOBA 3OYLA 1QVGM 4CJPA 4DTOA 3LZIA 4HHTA 1SUQA 5HOOA 1M1KO 4DUYK 3KHYA 3VQ5A 2FXUA 3KK1A 1EWQA 1BIZA 2F4VK 3N4QA 4FSVA 1S6PA 3O3HA 2HBLA 2R7YA 3CCEN 1NK4A 1TAUA 4JKHA 1S1TA 4LF5K 1HX1A 4E7JA 1FXXA 2Q2RA 4DFMA 4KB0A 3DXKB 1NJXA 4KTWA 3E01A 4CHOA 4FVMA 2VGNA 4H5VA 2ETJA 3HOSA 1NLVA 5AQKA 4I7FA 4GVMA 4GV9A 2KFZA 3AO5A 4BRMA 3CJ1A 3O9UA 2XRIA 4LC9B 3QEXA 4OGEA 1C1AA 3BEXA 1WN7A 3VTHA 1N5YA 4HTLA 2Z1IA 4ILGB 4B1XB 3HVTA 4Z4CA 3DLGA 3I55N 3NF6A 3P39A 1MWKA 3V9WA 1TV6A 3IFRA 4JKGB 4M3UA 4JS4A 3ZSRA 4CHNA 5KPZA 2P1JA 4MFBA 3L2RA 4KHYA 3CQYA 5DMRA 3VESA 4N47A 3WEEA 4BR2A 1IKYA 2J4RA 4GVEA 3K5NA 4BRDA 3G25A 4IKFA 1NK0A 4KB1A 1JCEA 1N33K 1XQSC 2GEMA 4E19A 4FLYA 4ISFA 1KVCA 3C95A 3ZYYX 4E7LA 4DV3K 2EHGA 2IIRA 2HSTA 3HSCA 4N41A 4FLVA 3EE9A 3L3UA 4M3ZA 4FXDA 4Z94A 4CFAA 1P8ZA 5JMVA 1XMOK 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QEX N;  3CME N;  3CCJ N;  4WFA L;  4WFB L;  3CC4 N;  3CXC M;  3CCR N;  1YIJ N;  3I55 N;  2ZJR L;  3CCS N;  4IOA L;  1YJW N;  1VQ7 N;  1VQL N;  5H1S Q;  5GAG P;  1VQK N;  1K8A O;  1YJN N;  2ZJQ L;  1VQ5 N;  3CCU N;  3PIP L;  5GAH P;  3CCL N;  3I56 N;  3CF5 L;  5HL7 L;  1KD1 O;  1VQN N;  4U67 L;  5GAE P;  5MLC Q;  5GAD P;  1VQO N;  1VQ4 N;  1ILY A;  1K9M O;  3J7Z O;  2OTJ N;  4WFN L;  1VQ9 N;  5JVH L;  3G6E N;  2ZJP L;  5DM6 L;  1JJ2 M;  1QVF M;  1VQP N;  4IO9 L;  1Q86 O;  3CCM N;  1YJ9 N;  1K73 O;  4UY8 O;  3CCQ N;  3CCV N;  1N8R O;  3CPW M;  3G71 N;  1OVY A;  1Q81 O;  1QVG M;  3CMA N;  4WF9 L;  5JVG L;  1YI2 N;  1M1K O;  2QA4 N;  4IOC L;  3CCE N;  1Q7Y O;  1KC8 O;  3PIO L;  3CC2 N;  3OW2 M;  1VQ6 N;  1M90 O;  1YIT N;  1W2B M;  1KQS M;  4WCE L;  1YHQ N;  3CD6 N;  1S72 N;  1VQM N;  2OTL N;  5DM7 L;  1NJI O;  3CC7 N;  3DLL L;  1Q82 O;  3G4S N;  1VQ8 N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3OYM A;  4JK8 A;  3T3F A;  4LF7 K;  2W6L A;  2O4I A;  3CCJ N;  2UUA K;  1U6Z A;  4W5N A;  1ZBF A;  1LAV A;  3RMB A;  1VSI A;  3CC4 N;  3IUC A;  4Z4F A;  3LDN A;  3ZCM A;  4F3O A;  2P9I B;  3K5M A;  1WBD A;  4DSK A;  1GLE G;  4EZ6 A;  3O5B A;  1IH7 A;  4M3W A;  3QEP A;  3RRH A;  3BGR A;  4RCH A;  1KVB A;  2V7Y A;  5M1F A;  4KO0 A;  2OPS A;  2H3G X;  3PX0 A;  1TUY A;  2BE2 A;  4F3T A;  3MDQ A;  3T7Z A;  3CCU N;  3P1G A;  2G8I A;  2Q3S A;  1G99 A;  1DT9 A;  4KHQ A;  2E6L A;  2UU9 K;  5HRO A;  3U8X A;  5GIP A;  2IS3 A;  2QXL A;  3VEZ A;  4I2P A;  3D2F B;  4EFH A;  5HRP A;  4FWK A;  2V7Z A;  1KCF A;  1MWM A;  1E3M A;  1VHX A;  3OBW A;  4DQ8 A;  5BRF A;  1NKC A;  4CZH A;  4JS5 A;  1LWF A;  2HND A;  2P9K A;  3VGM A;  4JI5 K;  4IO9 L;  2AJQ A;  2VG6 A;  1ZYQ A;  5KTQ A;  1NGH A;  3FGU A;  2YJE A;  2HMP A;  4CBU A;  1SKW A;  4B3S K;  3F9M A;  3VQ9 A;  1HMV A;  1BU6 O;  1ATR A;  5JS2 A;  3U9D A;  1LW2 A;  3ZT1 A;  3EY1 A;  2GWK A;  4CZI A;  1HLU A;  4NO7 A;  4PHT X;  4DCH A;  4DV0 K;  1KSP A;  3N4P A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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