1VQNN

The structure of cc-hpmn and cca-phe-cap-bio bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title An induced-fit mechanism to promote peptide bond formation and exclude hydrolysis of peptidyl-tRNA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal rna
molecule tags Ribosome
total genus 47
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vqnN00
3G6EN 1Q81O 3J7ZO 1K73O 1KD1O 3CCRN 5JVHL 2ZJQL 1VQMN 3CXCM 1YIJN 4WFNL 3CMAN 3CC4N 1Q86O 1VQKN 1VQ6N 1VQNN 3CCVN 1VQ8N 1VQPN 4IO9L 3PIPL 5H1SQ 5JVGL 3CCLN 5GADP 5GAGP 3CCJN 2QA4N 1NJIO 3CD6N 3CCQN 5DM7L 2QEXN 1VQ5N 1M1KO 2OTJN 3I55N 3CMEN 3CC2N 1VQ7N 3CC7N 3CCUN 1Q82O 1S72N 3CCSN 4UY8O 1VQON 1QVGM 3CCEN 2ZJRL 1K8AO 1VQ4N 2ZJPL 4WF9L 1QVFM 1YITN 1N8RO 4WFAL 1YI2N 1YHQN 1W2BM 3OW2M 1OVYA 3G4SN 1VQLN 1YJ9N 1VQ9N 1Q7YO 3CPWM 5MLCQ 5HL7L 1ILYA 4WFBL 1YJNN 1KQSM 4WCEL 4U67L 1K9MO 5GAHP 3G71N 2OTLN 5GAEP 5DM6L 4IOAL 4IOCL 3CCMN 3PIOL 1JJ2M 1YJWN 3CF5L 1M90O 1KC8O 3DLLL 3I56N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C0UA 2NRZA 2D4WA 4CIGA 1Q81O 1D4XA 1RTIA 4KKOA 4O0JA 3KLFA 3J8AA 1K73O 4DS5A 3NVMA 4CK3A 3SQ1A 2OZMA 4FLUA 3QESA 4K8ZA 1NGGA 2ASPA 4BE2A 3M3ZA 4B08A 1HJRA 1ZYQA 3WXIA 5AQXA 4DR1K 5JS1A 3B6OA 4CJSA 3ZX3A 1FXXA 2P9LB 3G25A 2Q31A 3K59A 4IZ9A 4GKKK 4FK2A 1EP4A 1ZXOA 4Q5VA 4CHQA 3L8BA 3HVTA 4DTUA 2QWOA 2W40A 4IEEA 3HPOA 4DR2K 3QEVA 2FLOA 4AHRA 1VSDA 3AVJA 4AHTA 1TL3A 4H0YB 4H0XB 3M8PA 1TAUA 4BRGA 3OYFA 4BC4A 4Z4GA 3ZETB 1R0AA 2IOCA 2HMIA 1BU6O 4DSLA 4FM2A 4M3ZA 1XQSC 1ZBFA 4M3YA 3KLEA 4HTUA 1WSHA 2E2NA 5EOYA 2O4GA 4CEBA 4FJLA 2PZSA 2F96A 4A2AA 3DOKA 4K41A 4OKKA 4KB1A 1NGEA 4BGAA 3EE9A 2DFFA 3O9TA 1BQMA 1RNHA 3AO5A 3EZ5A 3H3NO 4QS8A 1C1AA 4OPJA 2F9WA 3OBWA 4RW8A 4FPBA 4FJGA 4R79A 4FLWA 3HVRA 1NJZA 3U9DA 3V9UA 5GIPA 1VHXA 3DOLA 2OTLN 3VQ5A 1ATNA 2Z1HA 5ADXH 3HI0A 2YX6A 2F4VK 1RBTA 2HNDA 4H0VB 2RKIA 4B8CA 1DLOA 2BTFA 3P1GA 1EETA 3NMUA 1C6VA 1NBWA 4ID1A 4CGFA 3HPHA 3CCRN 1NGAA 2ZJQL 1G99A 3FZMA 3VF4A 4QS9A 1IV0A 3SUQA 3CC4N 4BREA 4O44A 1JL1A 1SL2A 5CYMA 3WEEA 3VEZA 4BG8A 3GL1A 4JS4A 2P5OA 4JKGA 3OYMA 4FJ5A 4KRFA 1HNXK 1YT3A 2HBLA 2WBNA 3TSPA 4GV9A 1V4SA 3LWMA 1RT7A 2V7ZA 3AVBA 1KVCA 1QHTA 3RMBA 1WLJA 3U6FA 4FZXC 2E1YA 3A5NC 1ASVA 3WNEA 1B9FA 2QWRA 1C1CA 1XI1A 3BZCA 2ATQA 1HYZA 1I39A 1VQON 4NCAA 2P1JA 3T69A 3NH2A 4W5NA 1TK0A 3RR7A 2HHSA 1BISA 3DM2A 3A5OC 2WOMA 4DV5K 4KB0A 3G4SN 3ZSRA 3R3LA 1HLUA 4FJXA 1S1VA 3HK2A 4CEEA 3QEPA 1BIZA 1HPZA 2D1KA 5MLCQ 3LPTA 4YDUA 3KD1E 4NLCA 3G10A 4DTMA 3CJBA 4IOXA 2X74A 5C2FA 3G71N 4RW4A 2VCPA 4BRIA 4O4GA 3V4IA 4IFEA 5AQTA 4CK1A 4PL7A 2PAVA 3ZLJA 5A2QO 4GY2B 4LC9B 4I6MA 3G6EN 1C0GA 3MN9A 3LZIA 2KFZA 3VN5A 4FM1A 1IH7A 5M1KA 1NKEA 3A5LC 4IDHA 2HHHK 3V1QA 3MCAB 2E2QA 4E1NA 1UA1A 4CFBA 3OS1A 3M8QA 4CJ4A 5H1SQ 4FJNA 2B5JA 4A5AA 3AVHA 4NYFA 2ASOA 1VSLA 1HQUA 1RDUA 4CZJA 5AQSA 4FCYA 4E1MA 4DF4A 4CEQA 1W7AA 3ALYA 2XY8A 4H03B 3W3DA 1TUYA 1UAXA 2ZJPL 3RRGA 2VQFK 3LDNA 1EQYA 4KAZA 4JI1K 4NO7A 3QEWA 2HNZA 2KLAA 4E7JA 1WSFA 4AHVA 3BEXA 1RBVA 1NGJA 1TAQA 3V9ZA 3I0SA 1DT9A 3TSUA 1OVYA 4E7IA 2JGUA 2NRXA 3K57A 4PWDA 3C6HA 3LP1A 2VG5A 3EE8A 1ZBHA 3ID8A 4K43A 3TWHA 1Q7YO 4CIFA 4WFBL 3LP0A 4JEPA 4JK7A 4J2BA 1KSPA 3QIOA 2D0CA 5E84A 1HJOA 1NG9A 3QO9A 1KAZA 1BIUA 2FBXA 3ENHA 4MO5A 3CIPA 3SAGA 4B9MA 3EZWA 1Z25A 5AFUH 3LP2A 4FLVA 2V51B 3HP6A 2IGIA 3PIOL 5I9EB 4KPYA 1VSIA 3WXKA 4W5QA 1NK5A 4IXCA 3QIPA 4WQ5A 3CF5L 3O80A 4WQ4C 1NK6A 3AVIA 3QETA 3PV8A 2D5RA 5C2DA 4OJRA 3K5OA 4B1XB 3L4IA 5AZJB 3J7ZO 3KKRA 1X9MA 1A5VA 2NRRA 1MA9B 5LMNK 3O1WA 4KV8A 3L4QA 1VQMN 5EX5A 2PYLA 1NGHA 2P9PB 3H46O 4Q0BA 3CJ9A 3L2VA 2O8EA 3KHYA 5M1NA 3J7AP 1VQ6N 1VQKN 3SMPA 3TR8A 4JRPA 2ITGA 4CJTA 3I8DA 1NJXA 2D0PA 1VRUA 1QQMA 3CHWA 4HUEA 2VG6A 4B1ZA 4BVOA 2FBYA 3KK3A 3H1QA 3JSMA 4CF2A 3NF7A 3N4PA 4FWLA 3KZBA 4BRDA 4CJ5A 1NJYA 2E8AA 3OYAA 3CCUN 3SUOA 3SV4A 3THYB 3LAMA 3Q7BA 2IS3A 1OH8A 1TV6A 2V52B 3SZ2A 4DR3K 5TKYA 3V9SA 2DTUA 3JS6A 4CFDA 2YNHA 1T7PA 4RWTA 3AVLA 4BDPA 3ZT1A 4KH6A 4BACA 2P9SB 1S1TA 2NRVA 2WC9A 3HYFA 4PKIA 4CZKA 5AQOA 4X62K 1XUPO 4X65K 2HF3A 2F8TA 4B3SK 3MEGA 2D0AA 3VOVA 3O3GA 2ZE2A 1NGBA 3M5RA 2KW4A 4JHDA 5GAEP 3VEYA 2QTDA 5C42A 4BWJA 4PHTX 1TGOA 5AZIA 3PY8A 1RT4A 4O8UA 3O1BA 3VQAA 3CFPA 4C1NK 1M90O 2VQEK 3DMJA 4FWQA 3I56N 1N36K 1U04A 1OH5A 4CCHA 4JKFA 5AJ3K 1B92A 1HMVA 3ITHA 1S6PA 4IJNA 4LF5K 4CI6A 3OYCA 3U4LA 1NK4A 1KAYA 1JKHA 4BDZA 3FZKA 1U2VA 4L3QA 1CXUA 1TK5A 4B9NA 2ZWHA 4CK2A 1BG3A 1LAWA 4XH1A 3DRPA 4RW9A 3UIQA 1BI4A 4CF0A 2I7PA 3ZSQA 3CCLN 5GADP 4G1QA 1NK7A 3WQUA 3MEEA 1NU0A 3AARA 3O9UA 4YORA 3CCQN 3MMVA 1JLFA 3VF6A 1QS4A 5HROA 4HTLA 2IC3A 4ZTJA 3UKRB 3THYA 2HNYA 3I8BA 4BDYA 1NK8A 2E6LA 2FXUA 2O8BA 2DPNA 1SKWA 1LWCA 4KHNA 1OVQA 4JV5K 1QTMA 1IBKK 1JXBA 3CC2N 2JLEA 3T7ZA 3LAKA 3OBYA 4FLTA 3WUHA 3NCIA 4FOEA 1S72N 3CCSN 2KHOA 1VSKA 3LDQA 2X6NA 1E4GT 1YUWA 3AVKA 3HBTA 4EFHA 3ZSVA 3EY1A 2P9UA 4H5VA 4FVMA 1TKZA 2HHXA 3O4NA 4AQYK 1NK0A 4KTZA 3IFRA 4YOUA 4BGBA 1T6CA 3SQ2A 3O6WA 5J2QA 2E6MA 1BA1A 3ZT3A 2EWSA 2Q0RA 2RPIA 3HM8A 4IFVA 2Y1JA 2FBTA 1FK9A 3L2UA 4DV4K 3PO4A 3QNNA 2AA4A 1W0HA 3A2FA 3MEDA 1H1VA 1ZBUA 2WUSA 3D0PA 1ILYA 3SPYA 4FVUA 4U67L 4BRMA 2QK9A 3TTCA 3VGLA 2FSKA 1SL0A 3VQDA 1NOZA 2LSNA 4JI6K 4PUOA 1HNVA 4ISEA 4JKAA 3AO1A 3DYAA 3CCMN 4AM6A 4BRPA 4W5RA 5HRNA 4KHYA 3NVKA 3MXIA 3DLLL 2HBMA 3AAPA 1O13A 3H08A 3KD5E 1RDBA 4AILC 3OA9A 2O8CA 2XRIA 4FJ7A 4OKJA 5C0YA 3S3NA 3AGKA 3VF2A 4C8MA 3HXMA 4W5TA 3KK1A 4BWMA 3SAFA 2H3GX 2P9IA 4BRAA 4CZHA 3UKRA 5BR8K 4DV3K 2P9KA 4JAXA 3ASMA 3IDHA 4XIUA 1ZC6A 4DG1A 2HOEA 4BROA 4M3TA 1JCGA 3DJCA 4I2PA 4CZLA 4Z0UA 1NGIA 4M7XA 4FWSA 2A1RA 1VQ7N 3BF1A 3A0IX 1Q82O 3WT0A 3DRSA 5IWAK 3THWA 3AAQA 4UY8O 2A41A 1J53A 2RN2A 4JI3K 4WQ4A 4LF6K 1HRHA 3WEEB 1QVFM 1LWEA 1T3VA 3RMCA 2I5JA 1D8YA 2ZD1A 4HUGA 4JKGB 1GOAA 5DK5A 3JYTA 2ITMA 3AO4A 4CJEA 1KVAA 3LM9A 3KLIA 1W2BM 4DV2K 4BR4A 1BL3A 3MXMA 2BUPA 3NBPA 1UA0A 3AVMA 2W41A 4YY3K 4EZ9A 4HCCA 2AJQA 1SL1A 3ZCMA 2OZSA 4IG0A 4B9LA 4FZYA 3HOSA 5BRFA 1S1UA 3E9LA 5LJVA 4AM7A 4RW7A 1SV5A 4WCEL 2WFBA 2XY7A 1JL2A 5DMRA 1N32K 3VQ9A 1RT5A 1VSMA 3OYLA 5JS2A 4FL9A 4CJLA 3VQ4A 1R59O 4F8RA 4JI0K 1ESVA 4JLHA 4TSXA 4DSFA 2W6LA 5AQQA 5E26A 2Z1GA 1NGFA 2HBJA 3A5MC 3M8RA 3K5NA 1YJWN 3TANA 1OKJA 1ATSA 4GKJK 4BC2A 2OPPA 1L3VA 4KH5A 2KTQA 2OPSA 3OYEA 4CHPA 4FLZA 5J2MA 4E89A 1QSSA 1GOBA 3LM2A 1S22A 1NOYA 4BRQA 4FOIA 4NXMK 2Y1IA 3QBXA 1TKDA 1S3XA 2HHTA 4F4KA 4CBUA 1YAGA 4M3RA 3AA2A 4DTOA 4CEOA 1LV5A 3C6AA 3VEWA 4CHNA 4OLAA 4ILJA 3HSCA 1XNQK 1S6QA 3BP8A 1VQ8N 2YCHA 4MQ3A 5HRSA 4BG9A 4IO9L 2NNWA 2CH6A 4QCLA 1JLEA 1S5JA 2E2PA 5C24A 3CCJN 2QA4N 3CD6N 5M1PA 4LF8K 3AGRA 3LZJA 2RF2A 3SUNA 1HUXA 2A42A 3ZSZA 4KH4A 3SK3A 4I6MB 3I55N 3IRXA 4EP5A 4JKHA 2QWPA 4XH5A 1Z05A 3PO5A 4CBWA 3AA5X 4AHUA 1HYSA 2HMPA 4FWOA 1K8AO 4FWRA 3K58A 4M45A 3IAYA 4OPKA 3H1VX 4A2BA 5AQMA 4DHYA 4EAHD 3AY9A 3OW2M 3VPZA 3VQEA 4Z4CA 1WBBA 3AV9A 4CZEA 1HX1A 5T7BA 4AH9A 1JLQA 2YNGA 2OYQA 4FYDA 3K9KA 4FSVA 4B3RK 2KFNA 3V9XA 4M3WA 2A5XA 3TAQA 5LL6Z 1K9MO 1LAVA 1O1WA 3CJ7A 5CZ1A 2VGMA 2PYJA 4JI4K 1Q9XA 3TAMA 3ZSYA 4HUFA 4FLXA 4QAGA 1ASUA 1RGIA 3FLCO 3IUCA 3C95A 1GLDG 3IG1A 5CYQA 1ZBIA 1BCMA 1B9DA 3LWLA 1X9JA 1LOTB 4H5WA 3NGYA 3VERA 3P39A 3CQ8A 4N47A 4GV3A 4NCBA 5F0XA 1MWMA 3ZYYX 4CFAA 4QS7A 4JKCA 2E1ZA 4ILGB 3WNGA 4BRCA 4L8RB 1VQNN 1RDCA 3SQ0A 1KCFA 3C6TA 4BRNA 4CEAA 3MWPA 1WOQA 3T1AA 4DQIA 3OYBA 1X9SA 4CF8A 1S1WA 1VSHA 3H45C 1RBUA 1XHXA 3LDOA 4ISFA 2G8VA 3OY9A 4GVMA 4B3OA 4FWPA 2GV9A 1Z26A 4GNIA 4FW2A 5B8HA 1QQNA 2D0OA 3EKSA 5F2RA 4G9ZA 4FJ8A 3ULDA 2W42A 3CJ1A 2QWMA 1KXPA 3FZLA 3HSTB 2OTJN 2ASMA 2G8KA 4I9LA 2HF4A 3CFOA 1UOCA 2E5LK 2W6KA 3JXUA 3P83D 1QE1A 3KJVA 4YOVA 2O8EB 2PFUA 2ZJRL 5ELZA 1VQ4N 4DCHA 3CJAA 5AQUA 5HRPA 3OS0A 4H0PA 3FE1A 3ZEUB 1BGXT 4IO8A 4EP4A 4BQLA 1N8RO 1WSJA 3N4QA 2HBKA 4FZZA 2UU9K 2DFHA 4JI7K 3DXKB 3WNFA 2OCEA 3SI6A 2DY4A 2FF6A 3EO3A 4CD1A 4M63C 3O4QA 1RFQA 3DRRA 2G8UA 2RHKA 1Q18A 3SPZA 3VEOA 1GLJO 2YHBA 4C23A 1J5EK 1HNZK 3LL3A 5J1EA 3MDQA 4JI5K 3PX0A 3SLCA 3DLBA 3V1RA 2YNFA 1MWKA 4JN4A 1XMOK 3W0LA 1D5AA 2HHVA 1Y97A 4DV6K 4CZIA 1FJGK 2O8DA 4DU4A 3ENBA 2BDPA 3PUFA 1X1PA 5KGWA 3PSFA 3O08A 4C8KA 3T3FA 4DWIA 2HHWA 3THXA 3VENA 4CE9A 4DLGA 2FSJA 3PLAA 4BE0A 1DEJA 1N33K 2BE2A 4WYBA 2NRHA 1E4FT 3K5MA 2UUCK 3L2RA 1X9WA 3GDQA 4C8LA 3ULEA 1IKYA 1SAZA 1Q9YA 2Z1JA 3AA3A 4CERA 4JHDB 3Q7CA 3CQXA 3GE1A 4V19S 3J81O 4DR7K 1CZ9A 5AZIB 4KHPK 4E3SA 4MFBA 1BWFO 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3G6E N;  1Q81 O;  3J7Z O;  1K73 O;  1KD1 O;  3CCR N;  5JVH L;  2ZJQ L;  1VQM N;  3CXC M;  1YIJ N;  4WFN L;  3CMA N;  3CC4 N;  1Q86 O;  1VQK N;  1VQ6 N;  1VQN N;  3CCV N;  1VQ8 N;  1VQP N;  4IO9 L;  3PIP L;  5H1S Q;  5JVG L;  3CCL N;  5GAD P;  5GAG P;  3CCJ N;  2QA4 N;  1NJI O;  3CD6 N;  3CCQ N;  5DM7 L;  2QEX N;  1VQ5 N;  1M1K O;  2OTJ N;  3I55 N;  3CME N;  3CC2 N;  1VQ7 N;  3CC7 N;  3CCU N;  1Q82 O;  1S72 N;  3CCS N;  4UY8 O;  1VQO N;  1QVG M;  3CCE N;  2ZJR L;  1K8A O;  1VQ4 N;  2ZJP L;  4WF9 L;  1QVF M;  1YIT N;  1N8R O;  4WFA L;  1YI2 N;  1YHQ N;  1W2B M;  3OW2 M;  1OVY A;  3G4S N;  1VQL N;  1YJ9 N;  1VQ9 N;  1Q7Y O;  3CPW M;  5MLC Q;  5HL7 L;  1ILY A;  4WFB L;  1YJN N;  1KQS M;  4WCE L;  4U67 L;  1K9M O;  5GAH P;  3G71 N;  2OTL N;  5GAE P;  5DM6 L;  4IOA L;  4IOC L;  3CCM N;  3PIO L;  1JJ2 M;  1YJW N;  3CF5 L;  1M90 O;  1KC8 O;  3DLL L;  3I56 N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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