1VQON

The structure of ccpmn bound to the large ribosomal subunit haloarcula marismortui
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal rna
molecule tags Ribosome
total genus 52
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vqoN00
1M1KO 3CMAN 2QA4N 3G6EN 3CXCM 1K73O 3CCJN 2OTJN 2ZJQL 1ILYA 1KC8O 1VQ5N 2ZJRL 4WFNL 3CCUN 3PIOL 4IOCL 3CC7N 1Q86O 4WFBL 1VQ4N 3G4SN 3CCLN 1NJIO 4U67L 3CF5L 3CCRN 3CMEN 1Q81O 3CCQN 5H1SQ 1VQNN 3CC4N 1VQ8N 5JVGL 3PIPL 1S72N 1KQSM 4IO9L 3DLLL 1K8AO 1VQLN 5GAGP 1QVFM 1YJ9N 1Q7YO 1K9MO 1VQPN 5DM6L 1YHQN 4UY8O 1VQON 4WFAL 2OTLN 1YITN 5GADP 4WCEL 1VQ9N 1VQKN 1M90O 4IOAL 3CC2N 3CCEN 3CCMN 1YIJN 1N8RO 3I56N 1W2BM 3G71N 1QVGM 5GAEP 1VQMN 3CD6N 5JVHL 1OVYA 1VQ7N 4WF9L 3CCSN 1YJWN 5DM7L 3J7ZO 2ZJPL 1VQ6N 3CPWM 3CCVN 3I55N 5GAHP 5MLCQ 5HL7L 1Q82O 3OW2M 1KD1O 2QEXN 1YJNN 1YI2N 1JJ2M
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5F1XA 3SMPA 2HHVA 2ASPA 1FKPA 4BVPA 3VA3A 4AHCA 2OANA 4M3YA 2DFFA 5M1NA 4EAHD 2HHSA 2JLEA 4CJ3A 3CJ1A 3O3HA 1N32K 4K41A 2VG5A 4CZJA 3C0BA 4CE9A 1P8ZA 4WQ4C 1NK6A 1QTMA 3T3FA 4DTNA 4E7IA 1ASWA 1Q86O 5JICA 3HPOA 4H5WA 4IDKA 2HVHA 4YDUA 4JKGB 4E1NA 3R3LA 1RDAA 2GUIA 3SAFA 1S1XA 3RVCA 3OJSA 3JSMA 4O8KA 4CEEA 3BZCA 3PIPL 1TUYA 2CGLA 1GOCA 3V9UA 2VQEK 1W7AA 3E01A 1P90A 1JXBA 4CHOA 2Z1HA 4KHYA 4M3RA 4EHUA 1NMDA 3LM2A 3TI0A 4KB0A 4CGDA 1VSDA 1GLBG 4DU4A 4ZHRA 4CD3A 1NKCA 4DKWA 2KHOA 1WBBA 4J2BA 1U4BA 2I7PA 4I9QA 3ISNC 4N41A 1U47A 4DU1A 4JN4A 2G8WA 2O8DA 2NRTA 4Z4FA 1S3XA 4E19A 2YHWA 1BQNA 1QQMA 4FW1A 1VQ7N 2E88A 2D5RA 2BE2A 5FROA 4FLZA 2AJQA 4J2EA 3WXIA 2Z1JA 4FPAA 2G8VA 3DJCA 4AHRA 3LWLA 3AO5A 4PL7A 3R8EA 2Q2RA 3S3NA 1JJ2M 1EWQA 2QI2A 1EETA 1M1KO 4RW6A 2O8DB 5FPDA 4BGBA 3K58A 3HZ6A 4J2AA 3FZHA 4FO0A 3K0SA 4CIEA 2FBYA 5KI6A 3E9PA 3DMJA 3ZEUA 4DV3K 1WSFA 4JKFA 4C8OA 1TKDA 2EWSA 1VRTA 2DFHA 3KZBA 1U04A 5B8HA 2WC9A 4CJEA 4DQIA 3KTQA 4O55A 3CG7A 1IBMK 4PUOA 3FZKA 2PYLA 3MCPA 4BC3A 2QKKA 4WFBL 1RT6A 4RG8A 4IFEA 3S41A 3LDOA 1YUWA 4JRQA 1NOYA 3P5JA 3AY9A 1EX4A 2W6KA 1FK9A 1RT3A 3CCQN 1YAGA 5H1SQ 3AGKA 3ENHA 4BRKA 4DQSA 1XC3A 2P9LA 4A2BA 4CEDA 4BR4A 4CJQA 4F2RA 4Z4CA 3QEPA 3ZEUB 1GLDG 1BU6O 3MN9A 3DOKA 3ZLJA 1QQCA 4JI5K 2HB5A 5K14A 1EKEA 5EXWA 3WNFA 2UYTA 1ZBFA 4NYNA 3TABA 4BR5A 3RRHA 4CZKA 2O4IA 3MEDA 3D0PA 2FSKA 3BEXA 3DM2A 4K25A 5E26A 2HMPA 3IKMA 3AVHA 1KVCA 4LC9B 4DR4K 2KFNA 3I56N 4K42A 1SKRA 3AAQA 4YOWA 2P9LB 3O9QA 3CI5A 1NK4A 2HW3A 3VEVA 3PO4A 1Y97A 1HPZA 4IBNA 3SBGA 4CGIA 1J5EK 1HQUA 3THWA 1C0GA 3C6HA 3ZX0A 3OYGA 3I55N 1N33K 4IO8A 5AQZA 3VESA 4KHSA 4JD2A 4MLEA 4BG8A 1JL2A 1NK7A 1RTIA 4B1XB 1SL2A 1VSMA 2V52B 4JLHA 4HCBA 3AVLA 4E1JA 2QA4N 3L4IA 3ZSRA 2OPQA 3PX6A 2YCHA 3O9TA 4BRGA 4JKDA 3LDLA 4YNQA 4AQYK 1NM1A 4CEFA 5AQHA 3THWB 3GE1A 3OYLA 3TAFA 1GOBA 4OO1J 5AQKA 4HTUA 3PIOL 4C1NI 4RCHA 4PKIA 4CHQA 4ISEA 2OYQA 4JD2B 3WQTA 5AQLA 3GG4A 4FOEA 3W3DA 1HNVA 4DR1K 2QM1A 5EU7A 4BVOA 5J1EA 2I7NA 1HYVA 5BPLA 3SJHA 5M1OA 3QFUA 3GL1A 4K8ZA 3N4PA 3WUHA 4CEAA 4DF8A 2DFEA 3TSPA 2OZSA 1JLQA 3ID8A 3U9DA 4BC2A 1C0MA 1KAZA 1SQKA 4M3WA 4DF4A 1KQSM 4C8MA 4JKHA 2ZQBA 4MO5A 4BREA 1K8AO 3WNHA 3D6RA 3SPZA 1C0TA 3AVJA 3OYIA 3HM9A 1TKZA 1Q7YO 4EHTA 3NVKA 3EE9A 3VQAA 3O1WA 4PL8A 1Z25A 5I42A 1VQON 1IG8A 3WNGA 4Z94A 4DV7K 1YXQA 3SUNA 1M90O 4DG1A 1K6YA 1HQEA 2RE2A 2FC0A 3CQYA 4DFKA 3SAHA 4O4GA 2CGKA 3M8SA 4QS9A 4DQRA 1S9GA 3LPTA 5AQUA 2YJFA 1HLUA 3KWGA 5BRFA 3SUQA 4FWSA 4LY7A 5LL6Z 3OJUA 2R7YA 3CCSN 3NE6A 4KI4A 5AQRA 4FJ7A 2HMIA 4OGEA 4CW7B 3CCVN 3SPYA 1J6ZA 2CGJA 3VEYA 4YOUA 2WBNA 5J2MA 4CJSA 1KD1O 4DTJA 4BRMA 3UB5A 4HTLA 1U45A 3HSCA 2ZGZA 4DSJA 1SZ2A 4WE1A 4FJLA 4FWRA 3NGZA 1S1WA 4CEBA 2Q3SA 1BA0A 2WTUA 3AO2A 1FJGK 5AQMA 5FRNA 4GVEA 2CH5A 1QQNA 3SV4A 2A41A 1Y64A 3VEOA 2NRZA 3IFRA 2NRXA 3ZYYX 4BC5A 4CHPA 4C8NA 1Z6RA 4V19S 4EP5A 1OH8A 4O44A 4JK9A 2EHGA 3LP3A 4KBOA 5F2RA 4OLAA 5BN8A 4M42A 1BIUA 2KLAA 3F9KA 5GINA 4IKFA 4NCBA 3ZT3A 3ZX3A 4IEIA 3F9MA 4IZ9A 4C8LA 1NGCA 2HBLA 3ZT4A 1NGBA 4A5AA 5T7BA 2VCPA 3NGIA 4L3QA 1ZXOA 3VQ4A 3WXMB 4JI6K 3RRGA 1Q9YA 3HVRA 1JXEA 1I94K 5EVZA 3S3MA 4F3OA 2ETJA 4WCEL 2HHXA 3O4QA 1X9JA 1WAFA 3WT0A 3NH1A 3PX4A 4A61A 4EZ6A 2ASOA 3HTVA 1N8RO 2HVIA 4JI0K 3OY9A 5M1KA 4B9LA 2GV9A 5HRPA 3A5MC 3QINA 4CGHA 1YTUA 1QZ6A 1TKXA 2HHHK 3V6DA 4OKEA 4DSIA 4E7LA 1VSJA 3O9UA 3K5MA 3OW2M 1NG9A 3IUCA 4XH5A 3EKUA 5HRNA 1R0AA 2O8EA 1BISA 3AVFA 5BR8K 2GX9A 4ELUA 3O9SA 2FF3B 3AVKA 3OA9A 3LALA 1VRUA 2FXUA 3UKRA 4AHSA 1WLJA 4OGCA 4CZGA 3FLCO 5HRRA 2UU9K 3CERA 1JLGA 1TVRA 2X6SA 2P9UA 3THXB 4LH5A 2YKNA 1D4XA 3QMLA 3O8MA 2NRHA 2PAVA 4DTXA 3I33A 4JKBA 3MXIA 4JI1K 1Q9XA 1BDGA 3ZETA 3CJ7A 3M1FA 1W97L 1KAXA 2IVOA 3IMXA 3ZSVA 4CGGA 3HJFA 4ISGA 3UKRB 2HNYA 1C0FA 2IIRA 2IOCA 4AH9A 2HHUA 2IS3A 4O8UA 2F8SA 3GDQA 3KLIA 3HYFA 3IS9A 1IBKK 3L2VA 1D9DA 3FFIA 4KHQA 1ZBLA 1NK0A 2P9UB 5SWMA 3OYDA 4LF5K 1HRHA 1GOAA 1DGKN 5AQIA 2P51A 2QXFA 4JI4K 1QVFM 2QWPA 1G15A 1YF5L 2QK9A 1DLOA 3ZETB 3O6WA 3TAEA 2ZE2A 4O0IA 3QERA 4IG3A 1VQKN 4H0YB 4KFBA 3NDKA 2X78A 3VEXA 3MECA 1NK9A 4KTQA 1T44A 1NLVA 3PSIA 4CF8A 2P5OA 4W5TA 3VOVA 3BP8A 1BL3A 2W41A 4IWVA 1KCFA 2UUCK 3DLEA 3EL2A 3I0RA 1TYQA 2ZF5O 3TAPA 2F7TA 1NGHA 5LMNK 1BOTO 4MFBA 4OPHA 3KVGA 3K5LA 1YVNA 1Z26A 1HPMA 3T1AA 3M5RA 1Q82O 5BN9A 1L3SA 2OPPA 3OYBA 3B6PA 3OYJA 3UIQA 3OYMA 1QSSA 1KVAA 4QS8A 4BGAA 3G6EN 3V9XA 3ASMA 4FOIA 4CJ4A 1TYQB 2IVPA 1RBSA 4BDYA 3LP1A 1RTDA 3N4QA 4DWIA 5KQDA 1TL3A 2DPNA 3TAMA 1J5OA 2YX6A 2O8BA 4OVLA 3A0IX 4H5NA 3WXJA 1K8KA 2B6AA 3AVAA 4LF6K 1MU2A 3DWLA 4B1YB 4B1WB 5C25A 2XO7A 3OS1A 1T7PA 2Z1GA 5C0YA 2FF6A 1CXQA 2FBVA 5M1QA 1NGEA 5AFUA 4OPKA 4FK2A 4B3MK 1S9EA 5AQQA 5ELZA 4NCGA 1VK0A 5CY4A 1LAVA 4DTUA 3MXMA 3HPGA 1DKGD 1OH7A 3I8DA 1KRPA 3RMAA 1SKSA 4DUZK 5JS2A 2NRWA 4CZIA 3THVA 4K0KK 4CFCA 2O8BB 3NF7A 1E3MA 1K8KB 1TKTA 4BDZA 4ILJA 5DM6L 4FJIA 3HPHA 4KH4A 4RW8A 2OPSA 2WOMA 4I2QA 1XI1A 1D5AA 4M63C 4CZFA 1VQ9N 4CF1A 3CCEN 1QSYA 1W9HA 3CYMA 4ILGB 1LWFA 4B1UB 2FSJA 1NMNA 3VQ7A 1UAXA 3CIPA 1XMOK 1XHZA 1HUXA 4CD1A 4DR7K 3I0SA 1N5YA 4KRFA 3J8AA 2KKZA 2LSNA 4OJRA 5BRHA 3K5NA 1DTQA 1LW2A 1W0HA 4CEQA 1XHXA 4CEOA 1RT5A 2GTDA 2VG7A 5JMVA 1U6ZA 1SV5A 1XMQK 1RILA 3KIOA 1TK5A 2E1YA 1GLJO 3QIOA 4CK1A 3LAMA 3H6EA 2Q97A 1S1TA 3SK3A 3ULEA 3BUZB 5C15A 1NGFA 1C1CA 4CHZA 3PLAA 3GBTA 2GUPA 3AV9A 4EP4A 3JS6A 4BRFA 3CQXA 4FJKA 4H03B 3TSUA 3E9OA 4ZTJA 4JHDA 3AVIA 4RWTA 4C8KA 1JCEA 2WONA 3LDQA 1A5VA 2QTDA 4DS5A 3HP9A 3ATUA 5F0XA 2X6NA 3C6TA 1VQ4N 3ZCMA 2O8CA 4BRCA 3EZWA 1QS4A 4K43A 3T7ZA 4HVJA 2AA4A 1E4GT 3ULEB 2UUAK 3C95A 5LY3A 3CMEN 4TSXA 4B9TA 4FJ9A 1VQNN 4A59A 2Y1JA 3DLRA 1NOZA 4B1ZA 3KKRA 4LFAK 3C6AA 4JHDB 2B5JA 3OYKA 2PYJA 4IO9L 3TTFA 3VA0A 5KGXA 3SCXA 1IG9A 1JLEA 2BH1A 3VEZA 4FJXA 3F5TA 1Q18A 3HVTA 3PSFA 4CF0A 1YJ9N 4WQ4A 4OKKA 1SL0A 4AM7A 3DLBA 2O8FA 4UY8O 2O8CB 3K2PA 4WFAL 1ZYQA 3CM6A 2HHWA 2B4JA 4JK7A 1XNQK 4BWJA 1X1PA 2VWBA 2YHAA 3CC2N 1ESVA 1W2BM 3VETA 3WXKA 1QVGM 1QHTA 4E3SA 1CXUA 1G99A 1RBUA 5AR0A 1D9FA 4WF9L 4JYAK 2PBDA 2ZJPL 1T6DA 2YI1A 5BR9A 5GAHP 4DV0K 4FWKA 3VF2A 3T1HK 2O8FB 1MWKA 1XNRK 3DXKA 4B3OA 4C23A 3QEVA 1RT2A 3SUOA 2VYPA 3NF6A 1S5JA 1UA1A 1S22A 2ZD1A 2VWJA 1BQMA 3HOSA 4MDBA 3DLHA 1JLBA 2KZZA 4CJWA 1NJZA 2V7ZA 3JAMO 1JKHA 3ZT1A 4OKJA 3AA4A 1C6VA 1IKYA 4H4MA 2D0PA 4M41A 4M7YA 2HNZA 5BPNA 3OYNA 4HHTA 1XQSC 3G0ZA 3DXKB 4GV3A 2P9IA 4B9VA 3DYAA 4OX9K 3O3FA 3OYHA 4I9LA 3CF5L 4LH4A 3CCRN 3EO3A 3J7YP 2YV0X 1N36K 3K57A 3F2KA 1A5XA 4FWQA 3L3VA 1IV0A 3AO3A 3MDQA 4RW4A 1ZC6A 3CFRA 1LOTB 4HWIA 1RGIA 5KPZA 3MWPA 3KHYA 4FLUA 2NNWA 3HI0A 4QAGA 4DSKA 2RF2A 3WQUA 4BE0A 1NJYA 3ZSZA 4BRDA 3DLLL 2XY8A 3NH2A 4BY9C 4PA1A 2QW9A 3MAQA 2UUBK 4E7HA 2P9IB 1LW0A 2OTLN 4AILC 2XY5A 5CR4A 3NBPA 1HKCA 1KVBA 2ATQA 3KJVA 1NGIA 1YVUA 3P31A 4IJAA 3SMSA 4CBXA 3KK7A 3D2FA 1CLQA 3RTVA 1TV6A 2XHBA 4G1QA 4GKJK 1NK5A 3CD6N 1DTTA 2YNIA 1OVYA 5IWAK 2CH6A 3C65A 2A6AA 1X3NA 5DM7L 4DTPA 3KLGA 1TAQA 4DV5K 1UWBA 3VGLA 1OVQA 2A42A 4M7XA 1TK8A 2A1SA 4FLXA 5HRSA 3A5NC 3QEXA 1JCFA 3RMDA 4CZMA 1VSKA 3RMCA 2NUBA 2E2OA 3H3OB 4ELTA 3LL3A 4KHNA 4CIGA 3LPUA 4CJKA 3D2FB 3VQ5A 3QNOA 3G10A 4BR9A 1I39A 4R5PA 3ZSXA 4YOYA 1VSHA 3WEEA 4Z4HA 2BTFA 2VGMA 4BE2A 3SZ2A 5E84A 2HNDA 4BRHA 4CJUA 3ID6A 1BI4A 2HSTA 3AAPA 3QB0A 5TKWA 1NBWA 1O13A 5AQNA 4FJGA 1GLAG 3LZJA 5CE3A 3FFKB 3CFPA 1V4SA 4A62A 1IJJA 3L2RA 2RHKA 3D2EB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1M1K O;  3CMA N;  2QA4 N;  3G6E N;  3CXC M;  1K73 O;  3CCJ N;  2OTJ N;  2ZJQ L;  1ILY A;  1KC8 O;  1VQ5 N;  2ZJR L;  4WFN L;  3CCU N;  3PIO L;  4IOC L;  3CC7 N;  1Q86 O;  4WFB L;  1VQ4 N;  3G4S N;  3CCL N;  1NJI O;  4U67 L;  3CF5 L;  3CCR N;  3CME N;  1Q81 O;  3CCQ N;  5H1S Q;  1VQN N;  3CC4 N;  1VQ8 N;  5JVG L;  3PIP L;  1S72 N;  1KQS M;  4IO9 L;  3DLL L;  1K8A O;  1VQL N;  5GAG P;  1QVF M;  1YJ9 N;  1Q7Y O;  1K9M O;  1VQP N;  5DM6 L;  1YHQ N;  4UY8 O;  1VQO N;  4WFA L;  2OTL N;  1YIT N;  5GAD P;  4WCE L;  1VQ9 N;  1VQK N;  1M90 O;  4IOA L;  3CC2 N;  3CCE N;  3CCM N;  1YIJ N;  1N8R O;  3I56 N;  1W2B M;  3G71 N;  1QVG M;  5GAE P;  1VQM N;  3CD6 N;  5JVH L;  1OVY A;  1VQ7 N;  4WF9 L;  3CCS N;  1YJW N;  5DM7 L;  3J7Z O;  2ZJP L;  1VQ6 N;  3CPW M;  3CCV N;  3I55 N;  5GAH P;  5MLC Q;  5HL7 L;  1Q82 O;  3OW2 M;  1KD1 O;  2QEX N;  1YJN N;  1YI2 N;  1JJ2 M; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 5F1X A;  3SMP A;  2HHV A;  2ASP A;  1FKP A;  4BVP A;  3VA3 A;  4AHC A;  2OAN A;  4M3Y A;  2DFF A;  5M1N A;  4EAH D;  2HHS A;  2JLE A;  4CJ3 A;  3CJ1 A;  3O3H A;  1N32 K;  4K41 A;  2VG5 A;  4CZJ A;  3C0B A;  4CE9 A;  1P8Z A;  4WQ4 C;  1NK6 A;  1QTM A;  3T3F A;  4DTN A;  4E7I A;  1ASW A;  1Q86 O;  5JIC A;  3HPO A;  4H5W A;  4IDK A;  2HVH A;  4YDU A;  4JKG B;  4E1N A;  3R3L A;  1RDA A;  2GUI A;  3SAF A;  1S1X A;  3RVC A;  3OJS A;  3JSM A;  4O8K A;  4CEE A;  3BZC A;  3PIP L;  1TUY A;  2CGL A;  1GOC A;  3V9U A;  2VQE K;  1W7A A;  3E01 A;  1P90 A;  1JXB A;  4CHO A;  2Z1H A;  4KHY A;  4M3R A;  4EHU A;  1NMD A;  3LM2 A;  3TI0 A;  4KB0 A;  4CGD A;  1VSD A;  1GLB G;  4DU4 A;  4ZHR A;  4CD3 A;  1NKC A;  4DKW A;  2KHO A;  1WBB A;  4J2B A;  1U4B A;  2I7P A;  4I9Q A;  3ISN C;  4N41 A;  1U47 A;  4DU1 A;  4JN4 A;  2G8W A;  2O8D A;  2NRT A;  4Z4F A;  1S3X A;  4E19 A;  2YHW A;  1BQN A;  1QQM A;  4FW1 A;  1VQ7 N;  2E88 A;  2D5R A;  2BE2 A;  5FRO A;  4FLZ A;  2AJQ A;  4J2E A;  3WXI A;  2Z1J A;  4FPA A;  2G8V A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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