1VQON

The structure of ccpmn bound to the large ribosomal subunit haloarcula marismortui
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal rna
molecule tags Ribosome
total genus 52
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vqoN00
3OW2M 3CXCM 3CCRN 4WCEL 3CCVN 1YI2N 1N8RO 1VQ7N 1Q81O 1YJ9N 4U67L 1KD1O 3CC7N 5DM7L 4WFAL 3CCLN 1M1KO 1VQ5N 3PIPL 3CCJN 5MLCQ 3G4SN 4IOCL 1YIJN 1VQ4N 1YITN 1W2BM 5DM6L 2ZJPL 1Q86O 5GAEP 3J7ZO 3CCUN 2QA4N 1OVYA 3I56N 1VQNN 3I55N 3DLLL 4WFNL 3CMEN 5JVGL 1Q7YO 5H1SQ 1NJIO 1VQ8N 1K8AO 2QEXN 3CMAN 2OTJN 4IOAL 5HL7L 4WF9L 3CPWM 3CCMN 1K73O 2ZJRL 2ZJQL 3G6EN 1VQPN 3CCQN 5GADP 5JVHL 1M90O 3PIOL 1JJ2M 1KC8O 5GAGP 3CD6N 3CCSN 1Q82O 2OTLN 1ILYA 1KQSM 1QVGM 1VQ9N 1QVFM 3CCEN 1YJNN 4WFBL 3CC2N 4IO9L 1VQON 1VQMN 3CC4N 3G71N 4UY8O 1YHQN 1K9MO 1YJWN 5GAHP 1S72N 1VQKN 1VQ6N 3CF5L 1VQLN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4E19A 3MX5A 3SMPA 1U49A 3SBGA 2KFNA 3SQ2A 1F21A 4K41A 4B8CA 4CFBA 3MEDA 1EWQA 3WUHA 3BDPA 4EHTA 2WC9A 4ILJA 1KD1O 4OGEA 4FJ8A 1IO2A 2Q3SA 4JKFA 2W41A 4JI1K 3FZKA 1YTUA 2EWSA 5K14A 1N34K 4I2PA 3DAWA 1SL0A 2A1SA 4N5SA 3CCJN 4WE1A 5BPLA 4FJHA 3VQEA 1N33K 2RF2A 1W2BM 1VSHA 3LDPA 1NJZA 3D0PA 1EO1A 3CJ1A 2VG7A 3HZ6A 1TGOA 3J7ZO 3EKSA 5HOOA 3DXKB 2X78A 2H3GX 3VEYA 4KH5A 1X9WA 1S1TA 1GLFO 3OYJA 3PV8A 1ZBHA 3M8PA 4JD2B 4Y1DA 4JI7K 4K0KK 3P38A 3H3OB 4BRIA 4RW7A 4B9NA 1X3NA 2OCEA 3ENOA 5C25A 5E41A 2F9WA 5M1OA 4O0IA 4CBUA 4DHYA 4M3RA 3HP6A 4CF1A 2KLAA 4MO5A 5C2DA 2YCHA 1VQ8N 2QXFA 2X6NA 3UKRB 4CZFA 2OPPA 3CMAN 5HL7L 2ASMA 4KHYA 3CPWM 5TKYA 4KHPK 3A8YA 1LV5A 1IG9A 4ZHRA 4N56A 4DSFA 4E3SA 3KKSA 2BUPA 3CM6A 3U8XA 1T6DA 4J8FA 4BC5A 4CEFA 4DSJA 3KTQA 2P9LB 1JJ2M 4BQZA 4EAHD 3ZETA 2GELA 3V1OA 3O4NA 3LP3A 4AF1A 1T03A 3RVCA 3PSFA 3HO1A 1S1VA 1BOTO 3HT3A 4KREA 3SI6A 1YT3A 4HTUA 1NJWA 3AVAA 5HRPA 4H0OA 3U6FA 4PKHA 1DEJA 2P9SB 3F9KA 1L3UA 4HHTA 4DR5K 3LM9A 4CFAA 3LP1A 4DQIA 2A3ZA 2GBZA 3CF5L 4FJKA 4F9OA 4JKAA 3R8EA 3KKRA 3L2QA 3TTCA 1YI2N 4DS5A 4M63C 3P83D 4FWNA 1Q81O 4B08A 4JAXA 1ZXOA 3AGKA 2P9NA 2P9KA 4JN4A 4CJRA 3CETA 4JI5K 2YKNA 1C0MA 5KRTA 1HX1A 5CZ2A 3TABA 4FJ5A 3DOKA 4LF8K 2JWLA 4JI0K 4GVEA 3OTOK 4C8LA 4BC3A 3IAYA 3SK3A 4DFKA 4G1QA 5FPDA 4FWQA 3KWIA 5M1PA 3NDKA 1VSMA 3Q7BA 3TAPA 3I0RA 3K57A 5AFUA 4F4KA 1RBTA 4IJNA 4CJQA 1JCGA 3DI6A 3CMEN 2FC0A 3QINA 5AQPA 3M8SA 4OPHA 5I42A 4H0YB 5KI6A 3VEWA 1WLJA 3W3DA 2UXDK 2VQEK 2GV9A 4ELUA 3HM8A 3O4QA 3SV3A 3MWPA 4DR4K 5KPZA 2PYJA 1BA1A 3OYFA 5KGWA 1VRUA 1KVCA 3AA3A 3VERA 4Z4EA 4KRFA 1RBVA 2FBXA 4F3OA 5JVHL 3GOIA 3R9PA 4FPBA 1ZC6A 3ZT2A 3S3OA 3NVMA 2A40A 2PY5A 5JLHA 2E20A 1N36K 3MCPA 3VEOA 1BL3A 3CCEN 4DFMA 2O8DB 3KVGA 1NK8A 3CC2N 3ISNC 4I6MB 4KTQA 2B6AA 3Q7CA 4LSNA 3JS6A 4K42A 4NYFA 3QBXA 1XHZA 2HOEA 4DTNA 1S1UA 3OYLA 2OYQA 2HBMA 4MO4A 2HVIA 1JKHA 1Q8IA 4K25A 3RSEB 1L3VA 3WNEA 1RCHA 1LWFA 1BIUA 1D4XA 1XUPO 1HR0K 2YJEA 3R6MA 4H8KA 2VYPA 4DLEA 1LWCA 3OYEA 4FLYA 3V1RA 4AHCA 3HOTA 5FDLA 3EL2A 5C0YA 1CXUA 4RW8A 3NH2A 3OJUA 3AAPA 4U7BA 2BDPA 2VGMA 3H08A 1WSEA 3A5NC 2YHYA 4BR2A 1JLFA 4MDAA 5AQVA 4H4MA 3AVCA 2Y1JA 1TKZA 4UQGA 1VSFA 1A5VA 4FW1A 4A59A 4B1UB 3SAHA 2HBLA 2XY8A 4FWOA 5SZTA 3O1BA 1IH7A 4MFBA 3V9WA 3ZT4A 1JL1A 3HVRA 1DLOA 3A5LC 4FLZA 1U47A 5EXWA 1S3XA 2HBJA 2W6KA 3CERA 2YHBA 4FO0A 2XY6A 4H4OA 4CW7B 2YV0X 4FJ9A 1XI1A 3PO4A 4KHSA 3THWA 2Y1IA 2PAVA 2E6MA 2PZSA 3EE8A 2QWMA 4DR2K 5J2MA 2D4WA 4JEPA 5KPRA 4JKCA 2JLEA 4CZGA 3LDSA 3OBWA 2Z1JA 1E4FT 4TSXA 3EZWA 5AQWA 3S3NA 2O8CB 3HL8A 4R79A 2PFUA 2PBDA 5JLFA 1NGCA 3AO3A 3B6OA 1HNXK 1C1BA 4FYDA 4BVPA 3C7NB 4ICLA 5DK5A 2FF6A 4AM6A 3QESA 3CJBA 2IGIA 5ELZA 1QS4A 2P9IB 4KHUA 4E7LA 3O3FA 1JCFA 4C8KA 5BRHA 3IG1A 3ID8A 4O8UA 4KB1A 4B1WB 3O6WA 2FBTA 5LL6Z 1NK4A 2NRHA 1C0UA 3FR0A 4WFAL 4PL8A 1JLBA 2UUAK 3ZSWA 3ZSZA 3L3UA 4FWSA 2V7YA 4PKGA 1YIJN 4BR4A 3CFOA 2NRWA 3ZSXA 1LW0A 5D3GA 2IVOA 4H03B 4BROA 4CFCA 3O9SA 3ZCMA 2YNIA 1NGAA 4NO7A 3PUFA 3KLFA 2OPSA 4ELVA 2B4JA 3HK2A 2E1ZA 3NBPA 3M8RA 1GOAA 1T3VA 3ZT0A 3L4QA 2IVPA 1L5UA 1TUUA 4FJ7A 1WAJA 3MN7A 4IOXA 1UAXA 5CYMA 4KBOA 3RMAA 3K9KA 4CGFA 4JI6K 3THXA 1EQYA 1ITGA 4CZKA 1I3AA 3HRGA 4YOXA 3QNOA 1WBBA 2GEMA 3HOSA 3U9DA 4BRAA 4FM0A 3LZJA 1TL1A 3VF2A 4BR0A 3KLEA 2ZJQL 4CJPA 1QQMA 4CZLA 3VA3A 4H5RA 4IJAA 5BRDA 4KH6A 3D2EA 2F8SA 1J54A 3O9QA 4K43A 4CJKA 3OS1A 4MLEA 3QB0A 2G8VA 1G15A 2ZE2A 3V4IA 2KW4A 3CCSN 4DUZK 4X65K 3F73A 4HTLA 3WXKA 3BEXA 4FLUA 4BE2A 5HROA 3VQQA 1VSKA 5LY3A 1YJNN 1LWEA 4CJ5A 1A5XA 3J8AA 2GTDA 4CGHA 2Q31A 4O5BA 1XMQK 1T7PA 3DLKA 1O13A 1OH7A 1RT5A 2HF4A 4WCEL 3CCVN 3UKUB 4CHPA 3CC7N 4PA1A 2Z1HA 3H45C 4A2BA 1BDGA 2A41A 3K58A 2HSTA 3QFUA 4CD1A 1TK8A 1Q9XA 4CEDA 3MK6A 1LOTB 1KCFA 5JICA 5IWAK 4RG8A 2O4IA 2VGNA 4GV9A 5FPEA 4M3WA 3OYGA 2BTFA 4CIFA 4L8RB 3DRSA 1NK5A 3HBTA 4R5PA 1HJOA 4W5NA 1TKXA 1V4SA 2ZGYA 3VQAA 3THVA 1FK9A 4JHDA 4W5QA 4CGIA 4MLHA 3PO5A 1SZ2A 4Z4GA 4FK2A 3C65A 1BO5O 1QSYA 3ZX2A 1NGFA 3PX4A 3EEQA 2GWKA 3M1FA 3DMJA 3ZEUB 5AQYA 1QQCA 5AZJA 2YX6A 3M3ZA 4DMNA 1T05A 4JKDA 4EIAA 1YVUA 1WNSA 4HVJA 3KJVA 3JSMA 4DV0K 4DQRA 3E01A 4BREA 4OX9K 5AQSA 2IVNA 1SUQA 3CCQN 5GADP 2E2PA 3KD5E 3L4IA 4CEAA 2HMPA 3MN5A 3OA9A 1YTAA 2HNDA 3HJFA 2OA8A 4QOZB 1J6ZA 1IBMK 5BR8K 4PY5A 3TI0A 4H0VB 4UY8O 1K6YA 1RTIA 4OPJA 1NJYA 4BRDA 3C0BA 2HHHK 2Q36A 1KAXA 3LALA 5KGXA 4N47A 4CJUA 5C12A 1HMVA 3GL1A 3LPUA 4NCGA 5AQQA 1ZBSA 1NOYA 5CHIA 3DYAA 4BE1A 1HQEA 3ZYYX 1RTJA 4HCCA 4WQ5C 3M8QA 3AVBA 4Z4CA 1NK0A 3KWGA 4BC2A 3IKMA 4EP5A 1HPZA 2AA4A 5GIPA 2HB5A 1L3TA 1BCOA 4KPYA 2HHUA 2YNGA 3TWHA 4BG9A 1YITN 4L3QA 2QWNA 1ATRA 2IS3A 4FWPA 4BRPA 1D9DA 1VSLA 1IKXA 3BZCA 4JK8A 3DLEA 4CHQA 1NGDA 4WQ4C 4BRKA 1WN7A 4CESA 3VQ8A 4B9MA 1P90A 4J2BA 4BRCA 3D2FA 5M1NA 2CGKA 4FVMA 3VGKA 4M42A 4KH4A 4BR5A 5BRFA 2D0BA 1T44A 3SLCA 4YNQA 3E66A 4M3UA 5E84A 3AV9A 4KHWA 1QTMA 2NLXA 1KAZA 1KFSA 4LFBK 3BF3A 1JLGA 3CPEA 4OKKA 3TU5A 4DTUA 1ASWA 4IG0A 2DY4A 4LF7K 1UOCA 4ILHA 3QIOA 3WNGA 3H46O 1VQPN 4DTSA 4BY9C 2O8FB 3OYCA 2W40A 5HRSA 1Z6RA 3EN9A 4KTWA 2ZWHA 4CJFA 3CHWA 4C1NK 3S3MA 2YNFA 1M90O 1NJXA 5C24A 1KSPA 2O4GA 3NF7A 3AVKA 2QTDA 3DXMA 4B8AB 5AQKA 3RWUA 5HP1A 4CIEA 1C1AA 4M3YA 5AQNA 4M45A 4B9QA 3MCAB 4FZXC 3AVIA 4ISGA 1N32K 5C2FA 4E7HA 4MQ3A 5KQDA 5GIOA 4HWIA 4DR3K 1VQKN 3SUNA 1U6ZA 1XNQK 3OY9A 2W6LA 4FWRA 4KAZA 3PX0A 4YOTA 2IC3A 3AA2A 4OLAA 4PUOA 1NM1A 3OYBA 3CCRN 3VEXA 2G8KA 3D45A 4U67L 1RGIA 2GUIA 3IDHA 4BE0A 1K8KB 5CE3A 3G10A 5AZIA 3HSTB 1I39A 4FVUA 2CGJA 1RDWX 4KFBA 1ZBFA 4CEZA 1RBUA 4Z4FA 3M6GA 3ULEA 1HNZK 1D5AA 4Y0WA 2F7TA 3V1QA 4I2QA 4F8RA 2V51B 3L2VA 3DLBA 4K8XA 4GVMA 2A5XA 3QDKA 2OANA 1VQNN 4ELTA 3NCIA 4CJLA 4RWTA 2D5RA 4WQ4A 4E7JA 3IFRA 2KTQA 2QK9A 4YFUA 4ISFA 4FCYA 2WONA 4FWMA 2RHKA 2P51A 1OVQA 1RTHA 2WUSA 1QQOA 1IBLK 3VESA 4RW6A 4BR9A 2CH6A 3TR8A 4DTJA 4IFEA 1TL3A 2NRRA 3T19A 3SPZA 4J2AA 1RT7A 4AM7A 4NXNK 2ZJRL 1TYQA 1BI4A 2HHTA 4OPAA 2NRXA 1N5YA 4BWMA 4O55A 5FROA 3QEIA 1L3SA 5AQFA 5AQIA 3HVTA 3QBWA 1BHLA 1BQMA 4BVOA 4PQUA 2OPQA 3CFPA 2ZD1A 2IOCA 1FW6A 3TAFA 5CYQA 2Z1IA 4LFCK 2UXCK 1GOCA 2HF3A 4IO9L 5B8HA 4IZ9A 1S9EA 3B8AX 4FLWA 4B3MK 5FPNA 2P9PB 3S9HA 1YJWN 1NNEA 1HNIA 2KZZA 1Z26A 3THXB 3ZT3A 1SKSA 1KLNA 4YOWA 3O8MA 3KIOA 5DMRA 1SV5A 2ASPA 1JXBA 2XO7A 1RT4A 3RRGA 4FXDA 3LDOA 1UA0A 2HHVA 1NBWA 1FKPA 4YHHK 2V7ZA 3BUZB 3AVFA 1A5WA 3O1WA 4B3SK 5HLFA 5MLCQ 4BACA 2QWLA 4GKJK 4OO1J 3FLCO 4OJRA 3KK2A 4JI4K 2QWOA 3CIPA 4I9LA 5J2NA 3N4PA 4BDYA 3AO5A 1WB9A 3DOLA 3FE1A 3P1GA 1WUAA 3OS2A 1HKGA 5J2PA 1SL2A 3IMXA 5FRMA 1QSSA 4NYNA 3U4LA 3VTIA 4AHUA 1BUPA 1JLCA 3HI0A 2Q1NA 2UUCK 2KQ2A 2OZSA 2F9TA 1LAWA 1S6PA 4PWDA 3VF6A 3K59A 1J53A 3SZ2A 4KB0A 3OYMA 3EKUA 1B9FA 2ZGZA 4H0XB 4BDZA 1RFQA 3DXKA 4CF9A 3TSUA 4I9QA 3P31A 3L8BA 5ADXA 5KQ8A 3RTVA 3ENHA 3SYZA 2D1KA 4LD0A 2QEXN 4JKGB 4JD2A 1C1CA 4W5TA 3QEPA 1RDUA 5JS2A 4IDKA 1KVBA 1NKBA 1D9FA 1NWKA 1BQNA 2VG6A 5LMNK 1KQSM 1QVGM 1U4BA 1VQ9N 4CBWA 1HNVA 2YNHA 3VN5A 3RMCA 3IRXA 3R3LA 4AQYK 3UKRA 1TK5A 5AQRA 5BN9A 1BCMA 1QHAA 4JHDB 4JRQA 1VQON 4E89A 4EFHA 4QCLA 3AAQA 3VQ9A 2XY7A 1XWLA 2CGLA 4CJVA 2QW9A 4YY3K 1VQ6N 3CJCA 3EYZA 2NRTA 4CZEA 1W97L 2P9LA 1WSJA 5EOYA 1SQKA 3VMFB 3H6EA 3B6PA 2P9UB 5EY4A 2RKIA 1HUXA 3O3HA 1NMDA 2UYTA 3CCLN 3R1XA 4OGCA 1EETA 3LP2A 1R0AA 1CZBA 3O4WA 4CEQA 3OJSA 3AA5X 2ASOA 4BQLA 1M1KO 2F8TA 3CJAA 3VQ7A 3UIQA 3PIPL 5BN8A 4F2RA 1DKGD 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OW2 M;  3CXC M;  3CCR N;  4WCE L;  3CCV N;  1YI2 N;  1N8R O;  1VQ7 N;  1Q81 O;  1YJ9 N;  4U67 L;  1KD1 O;  3CC7 N;  5DM7 L;  4WFA L;  3CCL N;  1M1K O;  1VQ5 N;  3PIP L;  3CCJ N;  5MLC Q;  3G4S N;  4IOC L;  1YIJ N;  1VQ4 N;  1YIT N;  1W2B M;  5DM6 L;  2ZJP L;  1Q86 O;  5GAE P;  3J7Z O;  3CCU N;  2QA4 N;  1OVY A;  3I56 N;  1VQN N;  3I55 N;  3DLL L;  4WFN L;  3CME N;  5JVG L;  1Q7Y O;  5H1S Q;  1NJI O;  1VQ8 N;  1K8A O;  2QEX N;  3CMA N;  2OTJ N;  4IOA L;  5HL7 L;  4WF9 L;  3CPW M;  3CCM N;  1K73 O;  2ZJR L;  2ZJQ L;  3G6E N;  1VQP N;  3CCQ N;  5GAD P;  5JVH L;  1M90 O;  3PIO L;  1JJ2 M;  1KC8 O;  5GAG P;  3CD6 N;  3CCS N;  1Q82 O;  2OTL N;  1ILY A;  1KQS M;  1QVG M;  1VQ9 N;  1QVF M;  3CCE N;  1YJN N;  4WFB L;  3CC2 N;  4IO9 L;  1VQO N;  1VQM N;  3CC4 N;  3G71 N;  4UY8 O;  1YHQ N;  1K9M O;  1YJW N;  5GAH P;  1S72 N;  1VQK N;  1VQ6 N;  3CF5 L;  1VQL N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4E19 A;  3MX5 A;  3SMP A;  1U49 A;  3SBG A;  2KFN A;  3SQ2 A;  1F21 A;  4K41 A;  4B8C A;  4CFB A;  3MED A;  1EWQ A;  3WUH A;  3BDP A;  4EHT A;  2WC9 A;  4ILJ A;  1KD1 O;  4OGE A;  4FJ8 A;  1IO2 A;  2Q3S A;  4JKF A;  2W41 A;  4JI1 K;  3FZK A;  1YTU A;  2EWS A;  5K14 A;  1N34 K;  4I2P A;  3DAW A;  1SL0 A;  2A1S A;  4N5S A;  3CCJ N;  4WE1 A;  5BPL A;  4FJH A;  3VQE A;  1N33 K;  2RF2 A;  1W2B M;  1VSH A;  3LDP A;  1NJZ A;  3D0P A;  1EO1 A;  3CJ1 A;  2VG7 A;  3HZ6 A;  1TGO A;  3J7Z O;  3EKS A;  5HOO A;  3DXK B;  2X78 A;  2H3G X;  3VEY A;  4KH5 A;  1X9W A;  1S1T A;  1GLF O;  3OYJ A;  3PV8 A;  1ZBH A;  3M8P A;  4JD2 B;  4Y1D A;  4JI7 K;  4K0K K;  3P38 A;  3H3O B;  4BRI A;  4RW7 A;  4B9N A;  1X3N A;  2OCE A;  3ENO A;  5C25 A;  5E41 A;  2F9W A;  5M1O A;  4O0I A;  4CBU A;  4DHY A;  4M3R A;  3HP6 A;  4CF1 A;  2KLA A;  4MO5 A;  5C2D A;  2YCH A;  1VQ8 N;  2QXF A;  2X6N A;  3UKR B;  4CZF A;  2OPP A;  3CMA N;  5HL7 L;  2ASM A;  4KHY A;  3CPW M;  5TKY A;  4KHP K;  3A8Y A;  1LV5 A;  1IG9 A;  4ZHR A;  4N56 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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