1VSDA

Asv integrase core domain with mg(ii) cofactor and hepes ligand, high mg concentration form
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
146
structure length
145
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Endoribonuclease
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
publication title The catalytic domain of avian sarcoma virus integrase: conformation of the active-site residues in the presence of divalent cations.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 52
structure length 145
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1995-11-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vsdA00
2KQ2A 3SPYA 4B9UA 4B3OA 4IBNA 1RILA 3SNNA 4FJJA 2KFZA 1HYZA 3LAMA 4M45A 1NKCA 3NH1A 4O0IA 3CM5A 1SL0A 1QQCA 4DTOA 1DLOA 3A2FA 4C8OA 4I9LA 4RW6A 3K5MA 2YHAA 1JLCA 3V9XA 1S1XA 3V1RA 2WONA 2GUIA 3MAQA 1JLEA 1I39A 4DU4A 4FZXC 2KFNA 1IO2A 3RTVA 5KRSA 4O55A 3MXJA 3HK2A 4CGFA 1VRUA 2XO7A 2F96A 1KVCA 4CFBA 1IKXA 2OPQA 2OPSA 2G8IA 2P51A 3SUQA 1G15A 1R0AA 4B8AB 1RDDA 2XY5A 2DFHA 1ITGA 1WSFA 1TV6A 1BISA 4F8RA 5HRRA 1HYSA 4CJVA 2OZSA 4QCLA 4CF0A 3OS1A 3SCXA 2HHXA 3ZCMA 1O1WA 3L2VA 3U3YA 5HRSA 1RBUA 1LWFA 4CESA 2PYLA 1A5VA 4N41A 4M3ZA 1EX4A 4O5BA 3SQ4A 1QTMA 1UAXA 4KTZA 1D5AA 1UA1A 2HVHA 3NCIA 2EX3A 4CEAA 2RPIA 4IG0A 3KLEA 1VSIA 2Y1IA 4AHTA 4YNQA 3JYTA 4DF8A 5CZ2A 1WSGA 3AVHA 4GVMA 3LWMA 2QKKA 4AH9A 4B8CA 4DSEA 4ZHRA 3HVRA 4I9QA 2YNHA 3MECA 4Y1DA 1UWBA 4O44A 2DFFA 4M41A 3LWLA 3AO1A 1HQEA 3QIOA 3LPUA 4C8NA 4DFPA 3C94A 1ZYQA 4HCCA 1DTQA 3O3FA 3NF8A 4DU1A 4KPYA 3RR7A 4CHNA 3HM9A 1S1UA 5KI6A 3WNFA 1NK6A 4DFKA 4CGJA 2E6LA 3I0RA 4HVJA 1NJWA 4CF1A 4CECA 3QO9A 2F8SA 1QSYA 3TAEA 4IKFA 2VWJA 3DLBA 3AO5A 1D8YA 4B9NA 3AA5X 3HXMA 3ZSOA 3O3HA 3VA3A 4FW1A 1LAWA 1VSKA 4RW9A 3TABA 1Q9YA 3DLEA 1JXBA 1CXQA 2QKBA 1GOAA 1HMVA 4IFVA 3VQ6A 4FM0A 4E7KA 4B9LA 1BQMA 2D0AA 1NJYA 1WSJA 1WAJA 3KLFA 5J1EA 1BHLA 4CCHA 4CHPA 1ZBIA 3V4IA 1YVUA 4ELVA 2HHVA 3AVCA 3C6TA 3T3FA 1HYVA 1KLNA 3SI6A 2YKNA 3TR8A 4NCAA 2IOCA 3AVLA 3QEXA 3P5JA 4M3XA 2OZMA 4E7IA 2RKIA 1SUQA 4QOZB 1FK9A 2HHSA 2G8KA 4OVLA 2HMIA 3B6OA 2JGUA 4KB1A 3OYHA 3G10A 4PUOA 3VN5A 3AO3A 3M8PA 3IRXA 1BI4B 4LSNA 5CYMA 3WNEA 3OYIA 3L8BA 4M3RA 4B9VA 4YFUA 4XIUA 4FLYA 4FZYA 1HNIA 1EP4A 2HHQA 4ELUA 3QNOA 1T8EA 1VSEA 4ZTJA 3RMBA 1W9HA 3V9UA 1L3UA 3QESA 4B9TA 4CEBA 3D0PA 1RT3A 4Z4IA 4W5NA 3CYMA 1X9SA 4DMNA 4OPKA 2BANA 5HROA 2X74A 1VSLA 2B4JA 3K5LA 1BI4A 1L3SA 3KLIA 4CIEA 4M3YA 3DLGA 2X6SA 3OS0A 4DFMA 3LP0A 5J2NA 4KHNA 3SV4A 3L2WA 1RT6A 1TKDA 3LZJA 4F2RA 1JXEA 2Q3SA 3ISNC 4CJRA 2Z1GA 3QIPA 3C95A 2RN2A 2YHBA 4BWMA 4JRQA 3OS2A 3KJVA 4KB0A 5J2MA 3SUPA 4F2SA 3AVBA 4E7HA 4CFCA 3TAGA 3SUOA 1CZBA 3JSMA 1QSLA 4F3TA 3OYBA 1QHTA 1TAQA 5DK5A 4CJQA 4AHSA 4Q0BA 3VQCA 4CK3A 1TKZA 4KHWA 1B92A 1WSIA 3S3MA 2FBTA 4DS4A 3ITHA 1RTIA 1JLGA 3PUFA 2P5OA 2FBXA 3H08A 5E41A 1L3TA 3IS9A 5KRTA 4HHTA 3TAMA 3TAPA 2PYJA 1RDCA 4ID1A 1U4BA 2BE2A 4I7FA 2AJQA 4CJFA 2QK9A 4FLVA 1SL1A 2HHUA 3MEDA 3MEGA 1RT1A 1ASWA 4AHRA 3QINA 2P5GA 4C8MA 3CFOA 1FKOA 1JLFA 4KFBA 3QEWA 1U47A 3AVJA 2FC0A 2OA8A 1K6YA 4N47A 1J53A 3QNNA 3VQQA 4CEQA 1VSJA 1T03A 3AA3A 1YT3A 5EU7A 4CGGA 4CJ4A 4CHYA 1KRPA 4JLHA 2X78A 5SZTA 4FCYA 4KI4A 4E1MA 3NAEA 1N6QA 4DWIA 4J2BA 1FKPA 2IS3A 4C8LA 3TANA 4OGEA 4QAGA 2ITGA 4GMJB 3OJSA 3BDPA 4FJHA 3VQPA 3OYEA 3NGZA 1KVAA 4Y1CA 1WSHA 4DLEA 4B9SA 2YKMA 1MU2A 1VSHA 4UQGA 2XY6A 4DSKA 3KK2A 4FJKA 1BQNA 1KVBA 4KV8A 4CJUA 3KK3A 1QS4A 3LDSA 3RMDA 2HNZA 2YNFA 3IAYA 4ELTA 4CJ5A 2NUBA 4LSLA 4EP5A 3SQ0A 4CHZA 1S1WA 1VSFA 2G8HA 4ID5A 4CHOA 1LW2A 4MQ3A 3SUNA 2PZSA 3AVNA 3AVAA 1KSPA 3V9ZA 1LWCA 3T19A 1ASVA 2D0CA 2DTUA 3HO1A 2IGIA 4FXDA 3KKRA 1C1BA 1C6VA 4EZ6A 1JL1A 4FLXA 4K8XA 2DFEA 3QEIA 1SV5A 4KHQA 3G0ZA 4KTWA 1RBVA 5CYQA 4HUEA 4Z4HA 4CE9A 4CFDA 4KI6A 3NGIA 4KTQA 2HB5A 3ZSYA 2I5JA 2OPRA 5KTQA 2XY7A 4LH5A 1RT2A 4E19A 5HP1A 4NYNA 1SL2A 2B5JA 5C24A 1NK0A 1TL1A 4CERA 1T05A 1X9WA 3LZIA 3PX4A 4M3UA 4O0JA 2KW4A 1NK4A 1S5JA 1RT5A 4DFJA 2GBZA 2D5RA 1WSEA 4CFAA 1RT7A 2ATQA 4Z0UA 3KD1E 4HCBA 3NF9A 3ZSRA 3WNHA 1C1AA 1S9EA 4JRPA 1BCOA 4CGDA 2W42A 4FLWA 1J9AA 4CF9A 1N5YA 1ZBFA 4ICLA 3V9WA 1NKBA 4CJKA 1FXXA 4LY7A 3ULDA 4FJ8A 1IKVA 4Z4CA 1LAVA 2R7YA 4DG1A 3CM6A 4FK0A 1IKWA 4F3OA 1S1VA 4GW6A 4CF2A 3HPHA 4J2DA 3LAKA 3O4QA 4IDKA 3AVMA 1Q8IA 4CJSA 5FROA 1S6PA 4CEOA 3OYAA 3DLRA 1RNHA 3ZT2A 4DSLA 4PY5A 3HJFA 4DTRA 3DMJA 4AHCA 4NCBA 4DTJA 2EHGA 3OVNA 3AVIA 4DTXA 3RMAA 2E6MA 1NOYA 1HNVA 3FFIA 4OJRA 2FBYA 3TAQA 1JLAA 3ZT0A 4DLGA 3PO5A 4FJNA 1XHZA 2BDPA 4FJ9A 4FLZA 3F73A 3OYJA 1U48A 4CJWA 3SQ2A 3NFAA 5J2PA 3PX6A 2IDOA 4KKOA 4DSJA 2HHTA 1EXQA 3V81A 3AVFA 4DTMA 4J2EA 2Z1HA 1RTJA 3KK1A 3THVA 4CEFA 4I2QA 3T1AA 4BDYA 3K2PA 2G8VA 4W5OA 2G8FA 3QLHA 1VK0A 1Q9XA 3SQ1A 2OYQA 4KRFA 3VQ8A 1IKYA 4DQIA 1RT4A 2QXFA 1DTTA 3TAFA 2GV9A 3DOLA 3L3VA 3DLHA 2FBVA 3NE6A 2F8TA 2IC3A 3ZT4A 1TK0A 4BE2A 3DOKA 3B6PA 3MEEA 1NJZA 1TK8A 4E7JA 1TK5A 2HVIA 4I2PA 4Q5VA 3VQBA 3P1GA 3HVTA 3QEPA 1L3VA 4FJIA 1BCMA 4W5RA 2DY4A 4EP4A 3AV9A 1NOZA 4FZZA 4PQUA 1RTDA 3EZ5A 1S6QA 4N56A 1KFDA 1BL3A 1C0TA 1GOBA 4G1QA 3KKSA 4AHUA 3VQAA 4M3TA 4CHQA 3HT3A 1C0UA 1ZBLA 4IG3A 2Z1IA 3L2QA 2Y1JA 4CEEA 5I42A 1NK5A 2P1JA 4W5QA 2LSNA 3DRPA 1VRTA 1RBRA 3KIOA 1C0MA 4FLUA 3VA0A 1B9DA 1HRHA 1RBSA 2YNGA 5C25A 3OYNA 4E7LA 3LP1A 4CIGA 1EETA 3DLKA 4FVMA 4H4OA 2YNIA 5HLFA 1SKSA 1NJXA 2G8WA 3M8QA 1BGXT 5HRPA 3K59A 3QEVA 1RBTA 4CF8A 2XHBA 5D3GA 5JS2A 3V1QA 4MFBA 1TKXA 3LP3A 3PV8A 4FK2A 1TL3A 2VWKA 2B6AA 3ASMA 3ZSVA 3KD5E 3SZ2A 4FJLA 1S9GA 4CJLA 1X1PA 4E0DA 3TARA 3NF7A 2D0BA 3VQEA 1D9FA 3I0SA 3LP2A 1T7PA 3DYAA 2O4GA 3HL8A 3K58A 1TGOA 3TWHA 2JLEA 4BDPA 1TAUA 1BIZA 4FJ7A 1VSDA 1Z25A 1JLQA 1L5UA 4FJXA 1TVRA 3WNGA 1X9MA 1A5WA 4TSXA 1XWLA 3O3GA 5CY4A 3V1OA 2XRIA 5I3UA 1KFSA 3NH2A 4LH4A 5HBMA 2ETJA 3O4NA 4M42A 3ZSZA 2PY5A 1XC9A 1EKEA 4H4MA 3M8SA 4FYDA 3NH0A 3NHGA 3OYKA 4AHVA 5HRNA 1BIUA 4DQQA 5J2QA 4DSFA 1YTUA 2KZZA 4DQRA 2HNDA 1RDBA 3OYFA 4PA1A 1UA0A 4AILC 4E3SA 4JS5A 1F21A 3ZSWA 1WN7A 1UOCA 4K8ZA 4LD0A 4DTUA 2IAJA 3OYCA 3ALYA 4DSIA 1KCFA 3ZT1A 1U49A 3LANA 3QERA 3PX0A 1SKRA 5CZ1A 1GOCA 3CQ8A 3OYLA 4HUFA 1ZBHA 3KLHA 4R5PA 1KLMA 3MXMA 3OY9A 4JS4A 4HTUA 1HQUA 3RR8A 2XY8A 4OKJA 3OJUA 4BDZA 1ASUA 4CGHA 3AO2A 4BACA 1W0HA 3RRHA 3AA4A 2A1SA 3AVKA 1NK8A 1REVA 1CXUA 3L3UA 4FJMA 4OLAA 4KREA 4WE1A 3M8RA 3VQ4A 4FJ5A 2ZD1A 1C1CA 4CGIA 3E01A 4PWDA 3U3GA 3HSTB 1CLQA 1SKWA 3HYFA 4OKKA 4E1NA 3QETA 3P83D 4CJPA 4OPJA 3AA2A 1JL2A 2ZE2A 4OLBA 4CEDA 1HJRA 4Z4GA 5JS1A 3LALA 1RTHA 3MXIA 1YTAA 3F9KA 4FM2A 3ZT3A 3SJJA 4M3WA 4F4KA 4B08A 1QSSA 4KHSA 4RW4A 3RRGA 1WAFA 4FJGA 4RW8A 4CJ3A 3C6UA 3L2UA 3KTQA 4DQPA 3V6DA 4EZ9A 3NBPA 4BWJA 1TKTA 1U04A 3RMCA 3V9SA 3S3NA 3OYGA 4C8KA 4FW2A 4W5TA 3HP6A 3DRSA 1I3AA 3AO4A 4DTSA 1RDAA 5KGXA 1NK9A 3CG7A 2KTQA 1CZ9A 5C42A 1LWEA 4O4GA 3AVGA 2X6NA 3S9HA 3EYZA 4DS5A 4FK4A 4RG8A 4FLTA 2HHWA 1S1TA 1NKEA 3DRRA 1VSMA 2HW3A 3CFPA 4J2AA 2O4IA 4KO0A 3PY8A 3L2RA 4DQSA 1J54A 3VQ9A 3VQDA 2OPPA 2A1RA 4CK2A 2YV0X 3SV3A 4DU3A 1JLBA 2HNYA 2KZMA 2Z1JA 1RCHA 3DM2A 4Z4FA 4OKEA 1XHXA 3HPGA 3NF6A 2ZQBA 3BGRA 3NGYA 1D9DA 3PO4A 3ZSQA 4CIFA 3LPTA 1Y97A 4E89A 3CFRA 2E4LA 4NYFA 4DTPA 4DTNA 4ZTFA 4N76A 5K14A 4FM1A 4BE0A 3D45A 2BGGA 4L8RB 3U6FA 1KTQA 3HP9A 3RWUA 3VQ5A 2G8UA 4CEZA 3S3OA 2VG5A 3ZSXA 4HUGA 2RF2A 1HPZA 2VG7A 3SYZA 3UIQA 3I8DA 4KHUA 1B9FA 1WLJA 4CJTA 4H8KA 1IG9A 4KHYA 1A5XA 1JKHA 4B9MA 4Z4EA 3EY1A 1QE1A 3IG1A 3HPOA 1ZBUA 1WNSA 4CJEA 5T7BA 3VQ7A 1J5OA 5FRNA 3DI6A 3K5OA 4OGCA 4DF4A 5FRMA 3K57A 1LW0A 5SWMA 5FDLA 4N5SA 3KLGA 3NDKA 1LV5A 3OYDA 4IFYA 4RW7A 4NCGA 1XI1A 1NK7A 1Z26A 2WOMA 4KAZA 3SPZA 3OYMA 2VG6A 5DMRA 3K5NA 3TI0A 1U45A 1IH7A 4CK1A 4BE1A 5KGWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4B9UA 4K25A 1JCFA 1BUPA 3SNNA 5AQPA 4O0IA 3HBTA 3EKUA 4I9LA 3K5MA 2Q2RA 3F5TA 2P9UB 4BC3A 1JLEA 1I39A 1IO2A 4BY9C 3BUZB 3HK2A 1VRUA 2F96A 2G8IA 1N33K 2P51A 1VQPN 2E8AA 1HKBA 3AGKA 1R0AA 1RDDA 3ZEUA 1XMQK 1TV6A 4QCLA 4CI6A 3SMSA 4BR9A 4CF0A 2E1ZA 3W0LA 2D0OA 3N4PA 4CESA 1A5VA 4N41A 4M7XA 4FWPA 2ASOA 1QTMA 4KTZA 3PIOL 3NCIA 2RPIA 2Y1IA 1FJGK 4AH9A 4B8CA 2ZGYA 4ZHRA 4I9QA 3OBWA 3LWLA 4BRPA 3LPUA 4DFPA 5F1XA 4DU1A 1U6ZA 3I0RA 4JK7A 2F8SA 1QSYA 2NRXA 2CGJA 3H1QA 3TABA 5DM6L 1JXBA 1CXQA 2QKBA 1HMVA 1HKCA 4K43A 1BQMA 2D0AA 3KLFA 2IIRA 1VQ8N 3Q7CA 3C6HA 4IOXA 1KLNA 2E88A 4OX9K 3AVLA 4M3XA 2RKIA 2VQFK 4OVLA 4KB1A 3OYHA 3G10A 3OYIA 1YXQA 3WNEA 4YOTA 2HHQA 2Q36A 3U9DA 4CBUA 1DGKN 1RT3A 1YJWN 1X9SA 4OPKA 2X74A 1L3SA 4M3YA 3UKRA 3H3NO 3LZJA 5KGWA 5C2DA 3AGRA 4JRQA 4BWMA 1C0FA 4BQZA 3KJVA 4KB0A 3CQXA 3DXMA 3AVBA 1NGFA 1XMOK 3JSMA 4A5AA 1QHTA 1TAQA 1Z05A 4AHSA 2D4WA 4B1ZA 2QWQA 3EEQA 5BN9A 4CD3A 4H5NA 3S3MA 4DS4A 1J5EK 1YI2N 5AQGA 5KRTA 2WUSA 4RWTA 2PYJA 1QQOA 1U4BA 3O9QA 4FLVA 3P38A 4CW7B 3N4QA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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