1VSDA

Asv integrase core domain with mg(ii) cofactor and hepes ligand, high mg concentration form
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
146
structure length
145
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Endoribonuclease
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
publication title The catalytic domain of avian sarcoma virus integrase: conformation of the active-site residues in the presence of divalent cations.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 52
structure length 145
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1995-11-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vsdA00
5KRTA 1HPZA 1IKXA 4RW8A 4DTOA 4JRPA 1HNIA 5FDLA 3L2RA 3CFPA 4BDZA 4DS5A 1NK8A 1L3SA 1U4BA 1LW2A 3EY1A 1RDCA 4FJKA 4B9UA 3QNOA 4Y1DA 4FK0A 1NK4A 1YVUA 1RT6A 1EKEA 3AVIA 4DSJA 1QSYA 1WSHA 2B6AA 3AVLA 1BCMA 1RT1A 1S9EA 4B8CA 4LD0A 1N5YA 4DTRA 1ITGA 1S5JA 1J53A 2E6LA 2ATQA 5T7BA 3NFAA 2XY8A 2D0BA 1TK8A 3AO3A 1S6PA 2OYQA 4DSIA 3SUPA 4CE9A 4CIEA 4JS4A 3KLEA 4FM2A 4OGEA 1BI4A 2NUBA 2G8WA 2YHAA 2VG5A 3K58A 3PX0A 3HO1A 1TK5A 4NCAA 3HPOA 1LWEA 2EX3A 5J2NA 3D45A 4ICLA 3U3GA 3QIPA 2P51A 3OYHA 3K57A 5J2PA 3KLFA 4E0DA 1C0UA 1JLEA 1VSDA 1WNSA 2RPIA 4CEOA 2VWJA 3RMBA 3M8QA 3T19A 4DQQA 1D9DA 3AVAA 2O4IA 1VSLA 3VQQA 1NK9A 1RT2A 4RW9A 3AV9A 4OKJA 1WSIA 4CGHA 2FBXA 1RNHA 1QS4A 2VG7A 3LP0A 3NGIA 1SL1A 1T05A 2IGIA 1D8YA 4FLTA 1JLBA 1KSPA 1NJWA 1HYZA 3T1AA 1W0HA 3BGRA 3C6TA 3KIOA 4M45A 3TAFA 1JLAA 2G8HA 1MU2A 1VRTA 3PV8A 2QXFA 2XY6A 2F8SA 4DFPA 1C6VA 3P5JA 4DFKA 4PWDA 1HYSA 3V9WA 1QE1A 2X6SA 3AA4A 5CZ2A 1KVAA 1YT3A 4FJ5A 1ZBFA 4KHSA 3QIOA 1ZYQA 1RDDA 4ID1A 4KB0A 2HHTA 1X9WA 2OA8A 4I9QA 3AO2A 2ITGA 4C8LA 3NE6A 1XHZA 1HQEA 3WNGA 1KVBA 1DTQA 3H08A 1RTHA 3OS2A 3SV3A 1X9SA 4M3YA 1KFSA 3QETA 4Z4GA 4F3TA 2KFZA 4OKEA 3DOLA 4E7JA 1WSEA 3VQCA 4NYNA 4FZYA 3L3VA 2LSNA 4CJKA 4C8MA 4E3SA 1LWFA 4M3ZA 3ZSOA 4KI6A 3KKSA 1U04A 3IRXA 3AA5X 1D5AA 1EP4A 4FJNA 1ASVA 2HHXA 2AJQA 1ZBIA 1VSEA 2A1SA 4IBNA 4PY5A 3O3HA 3KLHA 4OPKA 3QEIA 3DYAA 3K5MA 2IDOA 3S3OA 3IAYA 2ZQBA 4WE1A 3SUNA 1BHLA 1WAFA 4DTMA 3MECA 1ZBLA 3PX6A 3QESA 2YNHA 4J2DA 2X6NA 2Z1IA 4KTZA 5K14A 4CJVA 4M42A 2KQ2A 4CESA 5KGWA 3MXIA 2HHSA 4KHUA 3CYMA 1RT4A 4H4MA 4ZTFA 4C8NA 4E7HA 5KI6A 5HP1A 1K6YA 1HMVA 4M3TA 1RT7A 1NK6A 4FJGA 4ZTJA 2YNIA 3OYNA 4DSFA 1SL0A 1TAQA 1IO2A 4J2EA 5CY4A 4CEBA 3EZ5A 4DMNA 3AVMA 4RW7A 4CHYA 4DS4A 4ELTA 1SV5A 4KPYA 3KD5E 4PUOA 1FKPA 4FJJA 3TR8A 3PY8A 4HCBA 2QK9A 2OPQA 1Z26A 2OPPA 4DU4A 3I8DA 3V4IA 1RBVA 2DY4A 2HB5A 3IG1A 4MQ3A 4E7KA 1NK0A 1HJRA 4CJ4A 1WSFA 1RBRA 4FJ8A 3SYZA 3S3MA 1I3AA 4CEEA 4F4KA 2RN2A 2HHVA 3KTQA 2YNGA 5FROA 1RBSA 2D5RA 4OLAA 4DU1A 3ZSWA 4FLUA 4KRFA 1UA1A 4KHWA 3NF8A 4GVMA 1NJZA 1LW0A 2B5JA 4QAGA 3AVFA 4Q0BA 3CG7A 3MAQA 4OVLA 3NGZA 4CJSA 1Y97A 1A5XA 2XHBA 2G8IA 1HYVA 2O4GA 1F21A 2ZD1A 3TAMA 1Q9YA 1JL2A 3VQ6A 4DSLA 2F8TA 3ASMA 3G0ZA 3LANA 3NGYA 4W5NA 3ISNC 1VK0A 1VRUA 1NOZA 3LWLA 2QKKA 1HQUA 3KK2A 4M3WA 2KZMA 4DU3A 3OYEA 3TABA 1NKCA 3CFOA 4EP5A 4RG8A 3A2FA 1L3VA 3QEPA 4RW4A 4B9MA 3OYKA 4W5QA 4UQGA 3QLHA 4PQUA 4M3UA 4N5SA 1VSIA 4IFYA 4C8OA 2DFFA 3OVNA 4M41A 5HBMA 4B9VA 4EZ6A 3QINA 2IOCA 2Y1JA 3CM5A 3OYDA 3NCIA 3B6PA 4GMJB 4FJ9A 3SPZA 3L2UA 3HP9A 1J5OA 2JGUA 4FJMA 1T7PA 4LSNA 3DLRA 3NH0A 3NH1A 4DF4A 3TAQA 1VSJA 3VQBA 2YNFA 4AILC 1O1WA 4DTJA 3O3FA 4FVMA 3ZSRA 4O4GA 4FLWA 3HSTB 2XY7A 3VQAA 3SQ0A 1EETA 1WN7A 1L3TA 3VQ9A 2HW3A 1C0TA 1HNVA 4LSLA 4F8RA 4Z4EA 3NH2A 3I0RA 2XO7A 2HHWA 3B6OA 3C94A 3V81A 3G10A 4AHVA 3PUFA 4E1NA 3OYFA 3P83D 4CHOA 4NYFA 4W5RA 4CF0A 3DI6A 5KGXA 4CFDA 3AVKA 3K5LA 3AVNA 3NBPA 3O4NA 4O55A 4I2PA 1RILA 1CXUA 3OJUA 2HMIA 4NCBA 3OYLA 4L8RB 3CFRA 1RT5A 2G8KA 3CQ8A 3SI6A 1A5VA 1WSGA 4AHUA 3HP6A 2W42A 4Z4IA 4FZXC 3JYTA 2F96A 1IKVA 5SZTA 1BCOA 4B08A 2DFEA 3ULDA 1RTIA 2P5GA 1B92A 1B9FA 1REVA 5E41A 3MXMA 4DF8A 2KTQA 3LWMA 3QO9A 3HPGA 4BDYA 4KKOA 4CF1A 4KO0A 4CF8A 4FM1A 1U49A 3ZSXA 2PY5A 2G8UA 2KFNA 3SQ4A 2XRIA 4B9LA 3UIQA 3TAGA 3PO5A 1SUQA 3K5NA 3QEVA 2OZMA 5HRSA 4CJRA 1BIUA 3OYMA 3SPYA 3AA2A 3F73A 4ELVA 4FXDA 4F2RA 4N56A 4JLHA 1YTUA 4KV8A 4K8ZA 1JLGA 5KTQA 4DG1A 5HLFA 4FLZA 1IKYA 1N6QA 1EXQA 1ASUA 1GOBA 3F9KA 1CLQA 2HVHA 4I7FA 3HK2A 4O44A 1QSLA 2FC0A 3DRPA 2A1RA 3VQ7A 1C0MA 4CJEA 3U3YA 1C1AA 4J2BA 4BE1A 4KHNA 5CYMA 1R0AA 1IH7A 1LV5A 2RF2A 1NJXA 3C95A 1I39A 4CHZA 1SKRA 3RTVA 3LZIA 4N47A 3VA0A 1KVCA 4BE2A 5J2MA 3PX4A 3BDPA 3HPHA 3SZ2A 2GBZA 1RTDA 1EX4A 1FKOA 1IKWA 3OYCA 2FBVA 4KI4A 4CHQA 3QERA 4DLGA 1KCFA 3TAEA 4OKKA 1C1BA 4B8AB 4DQRA 3AVGA 3V9XA 3PO4A 2Z1GA 1ASWA 3KJVA 1KFDA 1KLMA 3SQ2A 4KHQA 3LZJA 3TANA 1SKSA 1VSMA 2E6MA 3AA3A 4CFBA 1TV6A 1J54A 3RRGA 4OGCA 2BGGA 1JLQA 1CZBA 3MEEA 4I2QA 3QEXA 3ZCMA 5SWMA 3QNNA 3FFIA 3KKRA 1YTAA 4CJLA 4E1MA 1S1VA 4AHRA 1L3UA 4QCLA 3M8RA 4CFAA 3LDSA 1QTMA 4KB1A 1VSFA 3LPTA 3NAEA 4FK4A 4Q5VA 1B9DA 3M8PA 1JXEA 3SCXA 4Z4FA 1J9AA 4I9LA 3RMDA 3E01A 1VSHA 3DLGA 4CJ5A 4E89A 4B3OA 4NCGA 3OYIA 5JS2A 1XWLA 2I5JA 3HVTA 4YNQA 3ITHA 4HUEA 4KREA 3TI0A 3LP1A 1RT3A 3NF6A 1RBUA 4Y1CA 5C42A 4R5PA 2HNZA 3WNHA 3L2WA 1S6QA 4F2SA 1TAUA 4B9NA 3OYBA 1X9MA 3KLGA 1S1TA 3O4QA 4DFJA 3KK1A 3S9HA 1U45A 3LAKA 1UWBA 2HNDA 4OPJA 4FYDA 1UOCA 4O0IA 1TKTA 4AH9A 2D0AA 1Z25A 2BDPA 4BWJA 1BQMA 3K2PA 3AVCA 3OYGA 3NF7A 4IKFA 1TKZA 1TL3A 3L2QA 1RBTA 4LH5A 1NK5A 4BACA 2HVIA 4CIFA 5CZ1A 3V9UA 4K8XA 2YKNA 2OPSA 2KW4A 1BQNA 4FW1A 2OPRA 3VQEA 4AHCA 3S3NA 1NOYA 3TAPA 3WNFA 4KTWA 3NDKA 3RR8A 3DLEA 3ZT4A 1T03A 3AVBA 3ZT0A 1LAWA 2BANA 3DM2A 3HXMA 3EYZA 3ZT1A 2EHGA 2X78A 3AVJA 3DOKA 4CEQA 4CGFA 3OY9A 3L3UA 3VN5A 1S1WA 2Q3SA 3ZT3A 3O3GA 1L5UA 5FRNA 3SJJA 1RDAA 3NHGA 3M8SA 3VQ5A 2GUIA 1T8EA 4N41A 4FLVA 3DRRA 3VQPA 4FLYA 3SUOA 4G1QA 4DSKA 5I42A 1IG9A 4O5BA 5J1EA 3IS9A 1NKBA 1TKXA 5HRPA 4CJ3A 2E4LA 4DTUA 2ZE2A 1CXQA 4IFVA 4H8KA 2HNYA 4W5OA 3L2VA 2P1JA 4FJ7A 2G8FA 4DQIA 1QQCA 3AO5A 1Q8IA 2PYJA 4CK1A 4E7IA 3RWUA 2VG6A 2HHUA 3V6DA 4CJUA 1FXXA 4PA1A 3OS1A 4EP4A 4HTUA 2PYLA 4FK2A 1TVRA 5EU7A 4AHSA 4DLEA 4KHYA 1RCHA 1LAVA 3HYFA 1QHTA 3ZSVA 1W9HA 3KD1E 3HJFA 5JS1A 3VQ4A 4LH4A 4CECA 4CEZA 4CHNA 4B9TA 3OYJA 3DRSA 3ZT2A 4HHTA 4ID5A 4YFUA 2ETJA 1GOAA 4CEFA 1BISA 4JS5A 1DLOA 3ZSYA 1JLCA 2WONA 4CGIA 1TK0A 2KZZA 4EZ9A 4FJHA 1D9FA 3C6UA 4DTXA 2VWKA 5HRNA 5J2QA 4CGDA 4DQPA 1XC9A 4MFBA 2BE2A 1GOCA 4CJPA 3AO4A 3THVA 3V9SA 4DWIA 3DMJA 4CJWA 2DFHA 1VSKA 1FK9A 2YHBA 1C1CA 2WOMA 2Z1HA 5I3UA 4N76A 4CFCA 5D3GA 3K59A 2IS3A 4BDPA 3MEDA 3NF9A 4CEDA 4CIGA 3OS0A 1XI1A 4FJIA 2GV9A 3KLIA 3MXJA 3VQ8A 3HM9A 4DSEA 2HHQA 3I0SA 4Z0UA 3P1GA 1TGOA 1NK7A 1U48A 4FW2A 1UA0A 4HUGA 5CYQA 4XIUA 4FM0A 3HL8A 3RRHA 1JL1A 1X1PA 1BL3A 4W5TA 3KK3A 4CEAA 3U6FA 4H4OA 4KAZA 1KRPA 2R7YA 3D0PA 4KTQA 3DLBA 4Z4CA 2IAJA 3LPUA 4JRQA 1G15A 1S9GA 1ZBUA 1QSSA 4B9SA 4M3RA 4DFMA 4CCHA 2YV0X 4ZHRA 1CZ9A 2Z1JA 3DLHA 3DLKA 1BI4B 4IDKA 2YKMA 4OJRA 2DTUA 4CERA 4CGGA 1SKWA 1U47A 3LP2A 4M3XA 4QOZB 3CM6A 3V1QA 4HCCA 4CK2A 1BGXT 5HRRA 2B4JA 4OLBA 1RDBA 1WSJA 4IG3A 1XHXA 2FBTA 4AHTA 3QEWA 3LALA 1KTQA 4BWMA 4CJTA 4E7LA 3ALYA 4DQSA 1LWCA 3VQDA 1NJYA 1Q9XA 3VA3A 3RMCA 1JLFA 2FBYA 3LAMA 4C8KA 1UAXA 4CHPA 1A5WA 4J2AA 4FZZA 1NKEA 4E19A 4GW6A 1TKDA 2JLEA 4Z4HA 3AVHA 3MEGA 3ZSZA 3L8BA 1JKHA 4CJQA 4BE0A 3HT3A 3OYAA 3WNEA 4FJLA 5DK5A 4LY7A 4DTSA 4CJFA 2P5OA 3SUQA 4KFBA 1HRHA 1TL1A 3V1RA 2D0CA 4TSXA 5C25A 3TWHA 1RTJA 1WAJA 4RW6A 4HVJA 1JXBA 3V9ZA 1DTTA 3K5OA 2X74A 4FLXA 2G8VA 4CGJA 4HUFA 4DTNA 3TARA 3RR7A 5KRSA 2IC3A 3AO1A 2QKBA 2XY5A 4O0JA 3SNNA 5HROA 3RMAA 3JSMA 1ZBHA 3OJSA 1S1XA 3LP3A 5DMRA 3SQ1A 3T3FA 2PZSA 3HVRA 4F3OA 1WLJA 5C24A 4FJXA 5FRMA 4CK3A 1KLNA 4DTPA 4ELUA 4CF9A 1S1UA 3SV4A 2RKIA 2Y1IA 4FCYA 4IG0A 4CF2A 1BIZA 1SL2A 3ZSQA 2OZSA 3V1OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KRTA 1HPZA 4NXMK 1IKXA 4RW8A 3AGKA 1U4BA 4FJKA 4B9UA 3QNOA 1NK4A 3CJ1A 1QSYA 2B6AA 3AVLA 4LD0A 1N5YA 1ITGA 4BRMA 3RVCA 2E6LA 5T7BA 4IZ9A 3CCVN 1TK8A 4YDUA 5LJWA 4DSIA 1K8KA 4FM2A 5AQRA 4DB3A 3I8BA 3FZHA 3A5LC 4CZFA 1TK5A 1LWEA 4ICLA 5GADP 3TSUA 5IT9O 3P39A 4DQQA 1E4FT 3AVAA 3CC4N 3VQQA 3MN6A 1RNHA 3LP0A 3NGIA 1T05A 2IGIA 1BDGA 2IVPA 1W0HA 3KIOA 5KPZA 4YOVA 2P9UA 1VRTA 3SMSA 4CJ7A 4DFKA 3PSFA 2X6SA 3CCUN 2E2QA 4JD2A 4Z94A 3MCPA 2OA8A 5C2DA 1RDWX 3NE6A 5AZIA 1HQEA 1OH5A 1XMQK 3KVGA 4IOAL 1X9SA 4Z4GA 3QETA 3T69A 4OKEA 4E7JA 4FZYA 4MDBA 2LSNA 4E3SA 4C8MA 4WCEL 4KI6A 1U04A 3AA5X 5GIOA 3M3ZA 4CW7B 3O3HA 3KLHA 1W7AA 2HSTA 3K5MA 3IAYA 4WE1A 1BHLA 3SAHA 3MECA 3PX6A 4J2DA 2Z1IA 5GINA 4CESA 3BF1A 5KGWA 4KHUA 1HKCA 1RT4A 5HP1A 2Q97A 4K41A 4CVNE 1TAQA 4J2EA 4O8KA 2E20A 5CY4A 3EZ5A 3MX2A 1X9JA 1SV5A 3D7EO 4A59A 2YI1A 4HCBA 5JLHA 3O6WA 1J6ZA 1RBVA 1NK0A 4K42A 3DLLL 1WSFA 2PAVA 1I3AA 4F4KA 3KTQA 5FROA 3VPZA 1RBSA 2D5RA 3THXA 4DU1A 4JKEA 1UA1A 1NJZA 1LW0A 2PFUA 3VGMA 1T6DA 4OVLA 4BRLA 4OPAA 1FW6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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