1VSEA

Asv integrase core domain with mg(ii) cofactor and hepes ligand, low mg concentration form
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
146
structure length
146
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The catalytic domain of avian sarcoma virus integrase: conformation of the active-site residues in the presence of divalent cations.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Endoribonuclease
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
total genus 50
structure length 146
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1995-11-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vseA00
4DF8A 3KD5E 1SKRA 3VQAA 3NGZA 4H4MA 4FJJA 1JLFA 3RR7A 4F3TA 1D9FA 4NYFA 2YNFA 4FM1A 3V9SA 2PZSA 4CJ5A 1HRHA 4FZYA 2VWJA 1JLQA 3WNGA 2XHBA 4B3OA 3AO2A 1WAJA 3VQDA 4UQGA 4ID1A 4AHTA 3SZ2A 3V1OA 3QEXA 4NCAA 2D5RA 4PY5A 1SUQA 4F8RA 4DFKA 1TL1A 4E89A 2OPRA 1VSDA 2X6SA 3DYAA 4JS5A 5HROA 3V1QA 2OPPA 2FBTA 3OVNA 3BGRA 1FKOA 4Z4EA 3P1GA 3PUFA 5SZTA 3MECA 4KKOA 2G8VA 3ULDA 4CJKA 4LD0A 1RDAA 1SKSA 3NH2A 1RT7A 2P51A 2XRIA 3K59A 5J2NA 5JS2A 1FKPA 3DI6A 3OS2A 3LZJA 2F8SA 1QE1A 2BANA 4CF0A 3U3GA 3TAMA 1C6VA 2WONA 3NCIA 1LAWA 1JXEA 4M3WA 4M3ZA 1VRTA 1RBRA 3MEGA 1LWFA 4C8KA 3D45A 1T7PA 2YNIA 4FJMA 3KKSA 2OYQA 5CY4A 4F4KA 5KGWA 3EY1A 4J2DA 1GOAA 3OYMA 1CLQA 3HM9A 3DLEA 1ZYQA 4TSXA 1RBSA 4CIFA 2OPSA 2JGUA 4H8KA 4E19A 3TAEA 2NUBA 1T05A 4KFBA 4LH5A 4K8XA 3QIOA 3VQQA 1VSEA 4Y1DA 3VQ7A 4AHSA 1QTMA 2BDPA 3DRPA 4M3UA 2OZMA 3NF6A 3ALYA 4J2BA 1TK8A 2GV9A 4E7LA 3VQEA 4FJIA 4OJRA 1JKHA 3WNEA 2OZSA 4PUOA 3P83D 3QERA 3AA2A 1RT4A 3LP1A 3AA3A 3AVKA 3K5OA 4CFAA 3QLHA 3V4IA 3V6DA 3HPGA 3ZSZA 4CFDA 1U48A 2OA8A 4IDKA 2FBYA 4DSJA 1EXQA 3RRHA 3HO1A 3G0ZA 3KLIA 1L3VA 2FBVA 3AVFA 2GBZA 4W5RA 2HNYA 4KO0A 2IC3A 3DLRA 3FFIA 3L2WA 2E6MA 4PQUA 2XY7A 3KD1E 1U49A 1KVBA 5KI6A 3QEVA 1W0HA 4DTPA 3AVHA 4CK1A 4FLUA 5FRMA 3ZSYA 3S9HA 1NJXA 1C1CA 4MQ3A 3HYFA 4FLTA 4DQRA 4KHQA 1WSEA 2DFHA 4CESA 4HVJA 5CYMA 1QSLA 4DQQA 4ZTJA 2PY5A 4AHCA 5HBMA 2Z1IA 1S1UA 4H4OA 3T3FA 1RTHA 1SKWA 1RT5A 1KTQA 1DLOA 1Q8IA 3RMDA 3KIOA 5SWMA 1HQEA 3L3VA 1VSMA 2YKNA 3LPTA 1Z25A 1J5OA 1QQCA 5EU7A 3OJSA 4NCBA 4QCLA 5JS1A 4Q0BA 2G8FA 4O0JA 4LH4A 4CGFA 3SQ2A 5I42A 4CF8A 1IO2A 1O1WA 1ZBFA 2YNGA 1EP4A 4KI6A 1ZBUA 1C1AA 1TL3A 3T19A 3T1AA 4N56A 2DFEA 1HPZA 3AO5A 2B5JA 2Z1JA 3KLEA 1LWEA 1RDCA 1RILA 3DOKA 3M8RA 1X9WA 4I9LA 4FJ8A 5KRSA 2VG7A 1KLNA 2XY8A 4C8NA 4E3SA 4O55A 1BI4B 1XC9A 3HPHA 3K5NA 1VSIA 2HB5A 1NJWA 4I2QA 3G10A 2ETJA 1RNHA 3SPYA 3LALA 3L8BA 3V1RA 2X78A 4B9LA 1TAUA 2HVIA 5KRTA 2D0BA 3HPOA 4EZ9A 2HHXA 3KK2A 5HP1A 4Z0UA 1NOZA 3KK3A 4J2EA 4DTNA 1FK9A 1WSFA 4MFBA 4FJ7A 5KTQA 3NE6A 3ZT4A 4NYNA 4BE0A 4DS4A 3QEPA 4KTQA 3AVIA 4FW2A 3OS0A 4C8MA 4OPJA 3OJUA 1HYZA 4B9SA 1RDDA 1X1PA 2F96A 4W5OA 3AVNA 4Y1CA 1S6PA 3VQ4A 1A5XA 1HYVA 3VA0A 1Q9YA 3DLBA 4EZ6A 4DU4A 3L2QA 1TKZA 5HRSA 4FLVA 1TK0A 4ID5A 4BWJA 4FZZA 3MEDA 4CK2A 1C0TA 5C24A 3JYTA 2ZQBA 2JLEA 3IAYA 3PX6A 4LSNA 1XWLA 3WNFA 3O3HA 1NK4A 4FVMA 2PYLA 4B9NA 2PYJA 3QNNA 4KHNA 2QK9A 3AVJA 4M3YA 2VG5A 4B9MA 3WNHA 4ZTFA 2QKBA 1GOCA 4O5BA 1BCOA 5HRPA 3RWUA 1UAXA 4AH9A 1HNIA 2O4GA 4E7IA 4KTZA 3VQBA 1EETA 4DG1A 1KLMA 1Q9XA 2DY4A 2IDOA 4FW1A 3AO3A 1XHZA 3LAMA 3F73A 1TKXA 4CFCA 4RW7A 3ASMA 3K5LA 3QEIA 3LAKA 3LP0A 4RG8A 4DQPA 3KTQA 4CJTA 2G8HA 1ZBHA 1X9MA 4I2PA 1C0MA 1K6YA 2D0CA 4E7JA 1KRPA 1CZBA 3OYEA 1S9EA 4B8AB 4DSFA 4DSLA 4RW6A 4FZXC 1IKWA 3PV8A 2G8WA 1QS4A 1ITGA 1ASWA 1WSJA 2YV0X 1TGOA 2ZE2A 4CF9A 2D0AA 1ZBLA 4FJXA 1L3UA 3OY9A 2QXFA 4K8ZA 3TABA 2P5OA 4DSKA 4IG0A 4O44A 4KB0A 1JXBA 3AV9A 2RF2A 5DK5A 1I3AA 4JS4A 3C6TA 4E1NA 2VG6A 4HCBA 4BACA 3RR8A 3OYKA 3JSMA 3NFAA 4M45A 4CHNA 1NK7A 1TK5A 2HHSA 5FROA 3S3NA 4C8OA 2QKKA 1KVAA 4KB1A 5KGXA 2X6NA 1UA1A 2AJQA 3HP6A 3QEWA 3SUPA 4Z4FA 5DMRA 2O4IA 3VQ5A 1A5WA 4LSLA 1BHLA 1RBUA 2IS3A 2IGIA 3AVBA 3H08A 3LANA 1IKYA 3S3MA 1NJZA 4OLBA 4CIEA 3NGIA 4L8RB 3SJJA 3DLGA 3RTVA 1NOYA 1JLGA 1NKEA 3BDPA 1VK0A 4FXDA 3F9KA 2G8IA 1RBVA 1VSLA 1BQNA 3M8SA 4CEEA 3P5JA 4R5PA 3SNNA 2HMIA 3KLFA 2B6AA 3SYZA 2X74A 4KHWA 5HRNA 3L2UA 1X9SA 3D0PA 3K2PA 4RW8A 4DTSA 3I0RA 4KRFA 3NBPA 3HXMA 3VQ6A 1YT3A 4DSEA 4CE9A 3KLHA 3KK1A 2WOMA 3DM2A 1BCMA 4E0DA 3U6FA 4W5NA 4IG3A 4DTJA 1R0AA 1NKCA 1W9HA 3SUQA 3C6UA 4OKJA 1IH7A 3RMAA 3NF9A 1IKVA 1VRUA 1WN7A 3TAPA 1RCHA 4W5QA 4NCGA 1VSJA 3OYAA 4FJGA 4B9UA 4YFUA 1B92A 1EX4A 4PA1A 4DWIA 1IKXA 4DS5A 3OS1A 1KCFA 3V9XA 3SI6A 1L3TA 4M3XA 4ELUA 1GOBA 4CEOA 2HHUA 3HVRA 3AVCA 4CJFA 3K58A 2HHTA 3ITHA 4IFYA 5FDLA 1HYSA 4FJNA 1LAVA 4CFBA 4HTUA 3NAEA 4AHRA 1SL0A 4N41A 4BDYA 4FLXA 4BWMA 3AO4A 2HHWA 4JRQA 5E41A 4YNQA 3KKRA 3TARA 4CGJA 4DSIA 4JLHA 3CFRA 1KFSA 1G15A 1RT2A 2EX3A 4B9VA 4I7FA 4CHOA 3VA3A 4I9QA 1BISA 4CEBA 4CJEA 1N6QA 1D9DA 3ZSVA 3HL8A 4BE1A 4DLGA 2Y1IA 1QSSA 4M3RA 4DLEA 4C8LA 4CHQA 3QNOA 3DLHA 4LY7A 5D3GA 4KAZA 3C95A 5K14A 4FLYA 4W5TA 1RBTA 2KTQA 4CK3A 4F3OA 3KJVA 3V9UA 5J2PA 4IKFA 4CEFA 4FJ9A 3VQ9A 4FK4A 1ASVA 4CHPA 4FM2A 4DQIA 3NDKA 4CERA 3L2VA 4FLZA 3PO4A 3LPUA 4AILC 1KVCA 3SQ1A 4KHUA 3OYLA 1N5YA 2E4LA 3M8PA 4OKKA 4E1MA 3O3FA 4B8CA 4DFPA 3I0SA 1XHXA 4OVLA 4OGCA 3RMCA 3LP2A 1NK0A 4N5SA 2ITGA 4KREA 2IOCA 3OYHA 3AVMA 3B6OA 1VSHA 1CZ9A 4GW6A 4CJLA 5T7BA 1XI1A 4HUGA 2RN2A 1J53A 1S1WA 4Z4CA 1U47A 1LW2A 4CHZA 4HUFA 3QESA 3OYJA 4ZHRA 1YTAA 2Y1JA 5CZ2A 4FYDA 3EYZA 5HLFA 4Z4GA 3DRRA 3THVA 3VN5A 1SL1A 2YHAA 3QIPA 3LWLA 2YNHA 5C25A 4EP4A 4AHVA 3OYDA 3S3OA 1SV5A 3OYFA 5C42A 2FC0A 1L5UA 4KPYA 4CEZA 2IAJA 3DRSA 1BQMA 4CGGA 4CCHA 1LV5A 1TAQA 4DTRA 2RPIA 3ZT3A 4CECA 2Q3SA 4WE1A 1VSKA 1WNSA 3OYGA 3IRXA 2KQ2A 2VWKA 1BIZA 3I8DA 4CJ4A 4FLWA 1RTDA 3NF7A 3CFPA 4FM0A 5CZ1A 3V9WA 3HSTB 1F21A 3VQ8A 3K5MA 2KZMA 1BIUA 4OPKA 3ZSQA 3CQ8A 4DFJA 3DOLA 3QINA 1RT6A 2R7YA 4B9TA 1J9AA 1S5JA 3IG1A 3AA5X 3OYNA 4CJRA 4IBNA 3EZ5A 2YKMA 1HNVA 4DTOA 3NHGA 3U3YA 1CXQA 3OYBA 3O3GA 3AVLA 1HJRA 4FK2A 5CYQA 1C0UA 2G8UA 4CJVA 3SQ4A 4OGEA 4ELVA 4DQSA 1RDBA 3ZT0A 1S1TA 1JLCA 4HHTA 4EP5A 1D8YA 4CGHA 4DTUA 3V81A 1TKDA 1YVUA 4AHUA 4CEQA 1WLJA 3AO1A 4DU1A 3L3UA 4OKEA 3TANA 2Z1GA 1JLAA 2RKIA 1DTQA 3C94A 3AVGA 3VQPA 3SCXA 1RTIA 2YHBA 1T03A 4DTXA 3PO5A 2KFNA 1D5AA 1RT3A 1TV6A 4DFMA 3OYIA 3O4NA 2F8TA 2EHGA 4F2RA 3DLKA 4JRPA 1B9FA 1JL1A 5FRNA 3ISNC 2XO7A 1HMVA 1VSFA 5J1EA 4BE2A 1Y97A 3PX4A 2P5GA 4FJKA 4E7KA 2XY5A 3RRGA 2KFZA 3SPZA 3DMJA 1S1XA 1U04A 1UA0A 1REVA 1NKBA 3CM5A 4DMNA 3KLGA 2BE2A 3L2RA 1ASUA 1KFDA 4KHSA 1WSIA 2HNDA 4RW9A 4ELTA 3MXJA 3MAQA 2E6LA 3LDSA 4BDZA 3NF8A 2Z1HA 3TI0A 4FCYA 1JLBA 3CFOA 1RTJA 1UOCA 3K57A 3CYMA 3MEEA 5J2MA 4BDPA 1EKEA 2ZD1A 2B4JA 4Z4HA 2I5JA 4QAGA 1IG9A 1WSHA 4B08A 1S6QA 3SUNA 4CJ3A 4M3TA 4CJPA 4CF2A 4M42A 3E01A 3NGYA 4FJLA 2BGGA 1LW0A 1WAFA 3HVTA 3ZSXA 4Q5VA 2ATQA 3ZSWA 2HVHA 3NH1A 4GMJB 4CEAA 2G8KA 3HT3A 1BGXT 4J2AA 4CGDA 3PX0A 1NK5A 1ZBIA 2OPQA 4F2SA 1L3SA 4N47A 3CM6A 4CHYA 3ZT2A 4KHYA 4FK0A 2DFFA 3ZCMA 3LP3A 2P1JA 3QETA 2W42A 4FJ5A 2A1RA 3AA4A 4CJQA 1CXUA 1QHTA 2DTUA 3QO9A 3TWHA 4G1QA 4QOZB 4CJSA 2HHQA 1NK8A 1BL3A 1S1VA 4ICLA 4CJUA 4XIUA 1NJYA 3HK2A 1T8EA 1QSYA 3HJFA 2A1SA 1S9GA 1Z26A 4HUEA 2HNZA 2GUIA 1A5VA 1LWCA 3HP9A 5HRRA 4M41A 1B9DA 3TAQA 3RMBA 3UIQA 2XY6A 4KI4A 2KZZA 3IS9A 3SV4A 2FBXA 2KW4A 4RW4A 3ZT1A 4CGIA 4DTMA 5J2QA 4OLAA 4O4GA 3V9ZA 3LZIA 1I39A 4KTWA 3SQ0A 3ZSRA 3CG7A 3PY8A 1C1BA 4DF4A 1SL2A 3ZSOA 3TAGA 1NK9A 3SV3A 1WSGA 4IFVA 3A2FA 3LWMA 3NH0A 1RT1A 4E7HA 1J54A 3OYCA 4DU3A 3SUOA 1TVRA 1U45A 3VQCA 1U4BA 1KSPA 4CEDA 2LSNA 3AVAA 4HCCA 4Z4IA 3B6PA 3O4QA 4GVMA 1BI4A 1NK6A 1DTTA 1TKTA 3TAFA 1YTUA 4KV8A 4CIGA 5I3UA 4FJHA 2HHVA 4N76A 1FXXA 4CF1A 1JLEA 1HQUA 3TR8A 4O0IA 1UWBA 2HW3A 1JL2A 4CJWA 3MXMA 1MU2A 3MXIA 3M8QA 4PWDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VQAA 4BRQA 4H4MA 3WQUA 3RR7A 2QWPA 3DAWA 4FM1A 3CCEN 2WUSA 3WNGA 3AAQA 3AO2A 4UQGA 3V1OA 2D5RA 4GKKK 3UE5A 4PY5A 3HZ6A 4DR1K 4PKGA 4H5VA 4CD1A 4DUZK 4F8RA 3DYAA 5FLXO 1NG9A 4KKOA 4CJKA 3NH2A 3H6EA 3DI6A 3OS2A 2BANA 3ZX2A 4CF0A 3U3GA 1C6VA 1LAWA 1ATNA 4WQ4A 1VQNN 2JWLA 4YDUC 3KKSA 5CY4A 2D0PA 1MDUB 3OYMA 1TYQB 3DLEA 5BPNA 1BG3A 1T44A 4E19A 3TAEA 1T05A 5AQHA 4BREA 3QIOA 5AZJA 4LF7K 3VQ7A 3ZYYX 1QTMA 2OZMA 2VCPA 4J2BA 3ALYA 1NGGA 2UXCK 1JKHA 1NU0A 2UXDK 3P83D 3QERA 3K5OA 2I7PA 3V6DA 3O1BA 4O8KA 2UYTA 3RRHA 4MLHA 3G0ZA 3KLIA 4BQZA 3TU5A 3JS6A 3THWB 2E6MA 2XY7A 4CZFA 3E66A 4X64K 4CZEA 4JNEA 3WEEA 4HVJA 5F1XA 4ZTJA 1QSLA 2PY5A 3RSEB 4AHCA 5BPLA 3EEQA 4H4OA 1RTHA 1RT5A 1DLOA 2F4VK 3LPTA 1QQCA 5EU7A 3OJSA 4FWPA 4NCBA 4O0JA 4LH4A 3P39A 3SQ2A 4CF8A 2HMPA 4KI6A 2YNGA 1TL3A 2QWOA 3T19A 3T1AA 1HPZA 4WF9L 2A41A 1RDCA 3DOKA 3H1QA 2XY8A 4C8NA 5I9EB 3PSFA 1XC9A 3MWTA 3K5NA 4I2QA 3G10A 3L8BA 3V1RA 1TAUA 2D0BA 3KK2A 3E9OA 3MWPA 3KK3A 2E1YA 5FPMA 1FK9A 4NYNA 4KTQA 3OS0A 4FW2A 4C8MA 4OPJA 4B9SA 1RDDA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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