1VSEA

Asv integrase core domain with mg(ii) cofactor and hepes ligand, low mg concentration form
Total Genus 50

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
146
structure length
146
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
2040608010012014014012010080604020
01020304050Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTI4 (124-127)TVIa1 (71-74)TIV1 (72-75)S1 (60-67)AH1 (98-112)3H1 (69-71)S3 (88-93)S2 (76-82)TI1 (82-85)TI2 (83-86)S4 (117-119)TI3 (123-126)AH2 (129-138)TI5 (125-128)O1 (58-60)S5 (141-143)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Endoribonuclease
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
publication title The catalytic domain of avian sarcoma virus integrase: conformation of the active-site residues in the presence of divalent cations.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 50
structure length 146
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1995-11-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vseA00
2VG5A 4DTUA 4EZ9A 3NGZA 2HHWA 3QO9A 1U47A 4DQIA 3MEGA 4OKJA 4PA1A 4LH4A 3PO4A 1NJWA 2YKNA 1HPZA 5CYQA 4CJFA 3LANA 3ZSOA 3DLKA 1C1AA 3DLGA 4E7HA 4PY5A 3QIPA 4Q0BA 3VA3A 1IKYA 2YNIA 4CEDA 1U04A 2G8FA 2VG6A 4FCYA 4B9MA 4AILC 4O4GA 1EX4A 4DTJA 3TR8A 1ZBLA 4CEEA 2FBVA 2GBZA 2OPRA 3O3FA 3AVFA 1QHTA 4JRPA 1RTIA 1SL0A 4CJWA 1T7PA 4CK2A 1UWBA 3P83D 2KFZA 1LW0A 4DQQA 3K59A 1EXQA 5FRMA 4MFBA 4E7KA 4CF0A 4CERA 2P1JA 2Z1IA 3AVAA 3VN5A 1CZBA 1X9MA 4W5TA 1B92A 1RBTA 3E01A 4DLEA 4AHVA 4IG0A 5CZ2A 2G8HA 4FJ7A 3S3OA 4CEAA 4OKEA 1FXXA 1NKBA 2R7YA 2RN2A 1A5WA 3DLHA 2P5GA 3RR7A 4KHUA 4C8NA 4B9LA 3AVNA 3ZT0A 4CJ3A 5C42A 1S6QA 4E3SA 1BISA 3K58A 3OYMA 3D45A 3MEDA 2HB5A 3QETA 1X1PA 3THVA 4J2BA 2F8TA 2EHGA 5T7BA 3V4IA 2KTQA 3OYEA 5K14A 3SNNA 2ZD1A 1LW2A 2YNGA 1KFDA 3AA5X 4PUOA 4NCAA 3V9UA 1R0AA 4DFKA 3EY1A 4FJXA 1S1XA 4GW6A 4CGFA 2X74A 4CJQA 1KLMA 4NCBA 4CHZA 4E1NA 4DSFA 3DRPA 1VRTA 5HROA 3QERA 4CJ5A 3RWUA 4CHNA 3DOKA 4IG3A 2G8VA 3P5JA 5EU7A 3SPZA 2FC0A 4KO0A 4OPKA 4BDZA 2IAJA 4CGIA 4CF8A 3EYZA 1QTMA 3IS9A 1DTQA 4M3RA 1IG9A 3LWMA 4FJLA 2WONA 2XO7A 3V9XA 5D3GA 2HNDA 3PX0A 4DQRA 2E4LA 4DTXA 4CF2A 1JLBA 4DTPA 3SUNA 1JL2A 1JXBA 3SPYA 2HMIA 1XWLA 3KLGA 3ALYA 1KLNA 5FDLA 4CHPA 1J54A 1C6VA 3LWLA 4E7JA 1A5XA 1TL1A 3BGRA 2ETJA 5HBMA 3VQCA 4KHQA 4FK4A 3SYZA 2ATQA 1RDCA 4CFCA 3HVRA 5JS2A 4OGCA 2Z1JA 3NDKA 1I39A 4DS5A 3VA0A 2XY7A 1SKRA 1HYSA 1J9AA 2GV9A 4AHCA 1X9SA 4QAGA 4KFBA 1CXUA 3AVCA 3RRHA 3O4NA 5HRPA 1LAWA 4O0IA 1SV5A 2IGIA 3LZIA 4FVMA 4LH5A 4LY7A 4CJKA 3B6OA 3HXMA 1ZBHA 3KKRA 3NF6A 4M3WA 3ZT3A 3AVMA 3CFRA 4O55A 4J2EA 3S3NA 1C0UA 3C95A 2IC3A 3VQAA 4FLZA 4FM2A 3QEVA 3ZSXA 2HVIA 1F21A 2G8WA 1O1WA 4PQUA 1S1TA 3T19A 4FLVA 1NK9A 3K57A 4I2QA 1JKHA 4HUGA 1RT2A 1N6QA 1T03A 4OLBA 4GMJB 1D5AA 4RW4A 4J2DA 3AVGA 1QSYA 3VQEA 4Z4FA 4CJPA 2DTUA 1S9EA 4FJIA 2G8KA 1XHZA 2E6MA 4DU4A 3QEPA 1L3TA 1KVCA 3CFPA 1VSJA 3OYBA 4B9SA 4IDKA 1QSSA 3IAYA 1NK8A 4W5QA 3AO4A 1VSHA 2FBYA 4XIUA 3QIOA 1L5UA 3UIQA 2I5JA 3VQ7A 2OPSA 2XRIA 2B5JA 3VQPA 3KK3A 3MEEA 3V81A 4B08A 4FJGA 5J2NA 3QEXA 3DLBA 1JLEA 5CYMA 4M3UA 3HL8A 3L2RA 4M3XA 4E7LA 4CECA 2W42A 1D8YA 4BDPA 3P1GA 5HRRA 1Q9YA 1FK9A 2D0CA 5KI6A 1NOYA 1HYVA 5HRNA 3TAPA 4KHWA 4GVMA 1S1VA 1LWFA 3HPGA 1NK5A 1A5VA 5FROA 3CM5A 4AH9A 2ITGA 3LAKA 4DU3A 4C8OA 1RDBA 3I0RA 3DI6A 1TKXA 3DLRA 4CESA 3LP3A 4HUFA 2OZMA 4KB0A 1WSEA 5HP1A 3V6DA 4DWIA 2O4IA 3WNEA 3KJVA 2VWKA 3SQ1A 2A1SA 3I0SA 3SQ4A 3L2UA 4DG1A 4NYNA 4I9QA 2LSNA 1KRPA 3WNHA 3HVTA 4DTRA 4K8ZA 2HHSA 1BGXT 4CF9A 3IRXA 3PUFA 3ZT4A 2VWJA 1NJYA 1GOCA 4CGHA 5KGXA 3AVJA 1LAVA 1S9GA 2ZE2A 4LD0A 4CJLA 1BI4B 2XY5A 1RTDA 4FJMA 4CEZA 4DLGA 4KI4A 4L8RB 4KTQA 4CHQA 1WSGA 4W5NA 1ZBUA 4Z4CA 3K5OA 4R5PA 1RTHA 1JLCA 1YTUA 3OYNA 3DYAA 1WAJA 5KRSA 1U48A 3D0PA 4FZYA 3ULDA 3LZJA 1NK7A 3C6TA 3VQQA 3SI6A 4M3ZA 1D9FA 3QEWA 4UQGA 5SZTA 1VSIA 1VSDA 4C8KA 3L2VA 3K5LA 4DSIA 4FJHA 4TSXA 3TAQA 1UA1A 3NH1A 1EP4A 4OJRA 3CM6A 1G15A 3KD5E 3QEIA 4RW8A 4AHUA 4CIEA 3OYFA 1RDAA 1KSPA 3AVLA 1UOCA 4BE0A 3SCXA 4HCBA 1YT3A 2BGGA 1VSFA 4DTOA 4BE1A 3U3GA 1EETA 5J1EA 3NH0A 4FW1A 3KTQA 1B9FA 1DLOA 1RBSA 4WE1A 4CJVA 3C6UA 3M8RA 4FLWA 1D9DA 1ZBIA 3SZ2A 2YNFA 4ELVA 3PV8A 1TVRA 3VQ6A 4FXDA 2P5OA 4PWDA 3OVNA 4CJ4A 3DLEA 1ASUA 3K2PA 1WSFA 4OGEA 1HMVA 4CFAA 3NH2A 3V9ZA 4DU1A 4FM1A 2IDOA 4CEBA 1VK0A 4FZXC 2BANA 4JS5A 3LDSA 1B9DA 5KGWA 4CGJA 3NF9A 5KRTA 4RG8A 5CY4A 4CGGA 3NF7A 4LSLA 3OYHA 4DSEA 3L2WA 3SUQA 3DOLA 4B9VA 4ELTA 3PY8A 4FLYA 1VRUA 4ID1A 1RBVA 1IKVA 4E7IA 2X6NA 4CFDA 3TAFA 4ZTFA 3S9HA 1J53A 1JXEA 1S1UA 3OY9A 1T8EA 1VSLA 2OZSA 2X6SA 3AV9A 1TK8A 2AJQA 3B6PA 2IOCA 4IFVA 4YNQA 4DSLA 1HYZA 2YHAA 3OYKA 1TAQA 1S1WA 4CJUA 1X9WA 3OS0A 2KQ2A 2OPQA 3OS1A 4E89A 2PZSA 3NAEA 2B4JA 4CHOA 4RW7A 2KW4A 2RPIA 4DFPA 1SKSA 4FJ8A 1LWEA 3AVHA 3C94A 2YNHA 4OKKA 4C8LA 4CF1A 3LAMA 3M8SA 4HCCA 3AA4A 3SUOA 2WOMA 1RILA 5I42A 2ZQBA 2FBXA 2Y1JA 4DQPA 2PYJA 3PO5A 4KI6A 4IFYA 4OPJA 3L8BA 3HP9A 1MU2A 1HNIA 3DM2A 1ITGA 1FKPA 4Z0UA 4B8AB 4E19A 4CCHA 3I8DA 4I2PA 3EZ5A 3VQBA 5J2PA 1RT4A 4AHTA 4O44A 5DK5A 1BCMA 1NK4A 3F9KA 1N5YA 3K5MA 3SQ2A 1C1CA 4CE9A 4ZHRA 2PYLA 2OYQA 4DSJA 3TANA 1BCOA 3HK2A 1NJZA 3DRSA 3PX4A 1C0MA 1NKEA 3TAGA 3HO1A 4CIFA 3KKSA 4KV8A 2DFFA 1JLFA 5SWMA 3U3YA 4FK0A 1SUQA 1JLQA 2HHQA 3RTVA 2HNYA 4EP5A 3TI0A 3S3MA 1KFSA 2DFHA 1TK5A 4AHRA 1REVA 3QNNA 4FLTA 4FJJA 4KKOA 3TABA 2PY5A 1Z25A 4B9TA 1C1BA 3CYMA 2EX3A 5J2QA 1TV6A 3MXIA 2JLEA 3OYJA 5JS1A 3LPTA 1U4BA 4I9LA 3KK2A 1TKZA 4CGDA 4H4MA 2QXFA 1XI1A 3NBPA 1HQEA 3FFIA 3NGIA 2QKBA 2Z1GA 1RT3A 3O4QA 5DMRA 1WSIA 3O3GA 2KFNA 2P51A 1JLAA 3LPUA 3L3UA 2D5RA 3BDPA 2YKMA 1QQCA 4H8KA 4IKFA 1GOBA 4HVJA 1HNVA 1JL1A 3NGYA 2Y1IA 2O4GA 1NKCA 3HSTB 1VSMA 1WSJA 4G1QA 2XY6A 3SQ0A 1BHLA 3DMJA 3ZSQA 4N56A 4K8XA 1T05A 4F3OA 5C25A 2Z1HA 4RW6A 1W9HA 1XHXA 3T1AA 4DTNA 1U49A 4EP4A 4Z4EA 1RBUA 1TGOA 4CIGA 1WSHA 1Y97A 1TAUA 1RBRA 1WN7A 3MECA 1LWCA 1RT1A 3CG7A 1RT7A 4BWMA 2BE2A 1S5JA 3WNFA 4CFBA 4DMNA 4W5RA 3RMDA 4FK2A 4OVLA 3LALA 4Z4HA 4FJKA 3TAMA 3SUPA 1KVAA 1RDDA 3AO5A 2G8IA 2KZMA 3V1OA 1KVBA 3A2FA 2HHUA 1QE1A 4Z4IA 4KREA 4DF4A 4H4OA 1CZ9A 4ICLA 3VQ5A 1LV5A 4DTMA 4F3TA 3M8QA 4BE2A 3V9SA 4BWJA 4KB1A 4JLHA 4CEFA 4CJRA 1RNHA 4RW9A 3RMCA 3RRGA 3ZCMA 4KHYA 4DSKA 3AA2A 4DS4A 4Y1DA 4ZTJA 2E6LA 1C0TA 4JS4A 4HTUA 3QESA 4F4KA 2QK9A 4LSNA 3L3VA 1NOZA 3KLEA 1CXQA 4N41A 1RT6A 1TKTA 1EKEA 1Q9XA 4Z4GA 4KRFA 3NCIA 1VSEA 1DTTA 3AA3A 5E41A 4HHTA 2HVHA 4M3TA 4W5OA 3ZSWA 3ZSRA 3VQ9A 1FKOA 4OLAA 5HRSA 3RMBA 2X78A 4HUEA 5FRNA 3OYCA 2F96A 4KPYA 3ITHA 1TL3A 1BQNA 3AO3A 3CQ8A 4FJ5A 3KIOA 2G8UA 1RCHA 4O5BA 2IS3A 3RR8A 3LP1A 3KLFA 1HRHA 3WNGA 1GOAA 3ZSYA 4I7FA 4CEOA 4CJEA 3OYDA 3SV4A 2DFEA 4M41A 3ZT1A 4FJNA 1IKXA 5HLFA 2YV0X 3MAQA 4FLXA 3HJFA 1IKWA 1SL1A 2XY8A 4B9NA 1JLGA 3SV3A 2JGUA 4MQ3A 1NK0A 3V1RA 2D0AA 3TARA 1SL2A 4E0DA 1WLJA 3T3FA 4JRQA 3G0ZA 4Y1CA 4B3OA 4E1MA 3OJSA 4DTSA 3AO1A 3LP0A 2YHBA 3L2QA 3OS2A 3TWHA 4FJ9A 3KLIA 5I3UA 3MXJA 4FZZA 3K5NA 3AVKA 2OA8A 3HM9A 3ZSVA 3NFAA 3HP6A 2OPPA 1QS4A 1UAXA 3ISNC 1KTQA 3ASMA 2A1RA 3QNOA 4DF8A 4DQSA 2FBTA 4DFJA 3HPOA 3V1QA 1L3UA 1HJRA 4M42A 1KCFA 2QKKA 1ZBFA 4Q5VA 4KAZA 1YTAA 1L3VA 2NUBA 1SKWA 3OYGA 4CJSA 4EZ6A 1IO2A 3PX6A 3AVIA 3OYIA 1UA0A 4ELUA 3KK1A 1BIZA 3KLHA 2BDPA 1IH7A 3VQ4A 1J5OA 2RKIA 1Z26A 1Q8IA 1RTJA 4NCGA 3U6FA 4B9UA 1NJXA 3NF8A 4QOZB 2HHXA 2B6AA 4F8RA 3OYAA 1ASWA 3TAEA 3JYTA 2DY4A 2HHVA 3H08A 4BACA 3QLHA 3KD1E 1BL3A 1BI4A 5C24A 3ZT2A 3JSMA 5J2MA 4N5SA 1XC9A 3F73A 3QINA 3M8PA 3MXMA 3HPHA 1I3AA 1WAFA 1HQUA 2XHBA 3AO2A 4C8MA 3CFOA 4KTZA 4ID5A 1NK6A 4CHYA 4DFMA 4KHSA 5KTQA 3V9WA 1L3SA 4KHNA 1BIUA 1RT5A 1TK0A 4F2SA 4M45A 3O3HA 3LP2A 4CEQA 4FLUA 3ZSZA 2VG7A 5CZ1A 4FM0A 3OYLA 1WNSA 2RF2A 3NE6A 1CLQA 3NHGA 4CK1A 2KZZA 4O0JA 4AHSA 4M3YA 2D0BA 4QCLA 1K6YA 4CK3A 3VQ8A 4FW2A 4YFUA 4N76A 1ZYQA 2F8SA 1TKDA 1QSLA 2HNZA 4CJTA 1W0HA 4FYDA 3AVBA 3DRRA 1VSKA 3RMAA 4IBNA 4KTWA 2Q3SA 1S6PA 3HT3A 4B8CA 3SJJA 1ASVA 2HHTA 4BDYA 3G10A 4F2RA 3VQDA 4J2AA 2GUIA 4NYFA 1BQMA 3OJUA 3HYFA 1YVUA 1U45A 4N47A 3IG1A 2HW3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CZLA 5AZJB 1U6ZA 2HHWA 1U47A 4LF4K 3PO4A 1NJWA 1HPZA 3KWGA 5CYQA 3ZSOA 1MWMA 3OBYA 1C1AA 3DLGA 3DXKA 3G6EN 1HNZK 1IKYA 2YNIA 3LDPA 1U04A 4YOWA 2UXBK 3VPZA 1ZBLA 3CCLN 2PFUA 4CEEA 3TSPA 2GBZA 3O3FA 3AVFA 1SAZA 5CR4A 1T7PA 2P9KB 1UWBA 3WEEA 2KFZA 1LW0A 2VQFK 4MFBA 4DV0K 3RSEA 3VN5A 1GLLO 2CH5A 4W5TA 5AQMA 3E01A 3CJBA 2V52B 2G8HA 4FJ7A 3S3OA 4OKEA 1VQ4N 2ZM6K 3ZT0A 5C42A 1BISA 3OYMA 3UE5A 3D45A 3EEQA 3UKRA 4GV3A 5DM7L 2UUAK 2YNGA 3AA5X 1NGBA 5B8HA 4NCAA 3V9UA 4DFKA 3FLCO 2ZGYA 4CJQA 3O9RA 3TTDA 4DV2K 3DRPA 5HROA 4DHYA 4BDZA 1QTMA 3ID6A 2P9NB 4DQRA 1NNEA 4CF2A 2IVPA 3SUNA 1YAGA 3CHWA 1DGKN 2QWQA 1CZAN 1TL1A 5HBMA 5AQQA 2ATQA 4OPAA 5JS2A 5BPNA 4DS5A 3VA0A 1X9SA 2ASMA 3CJ7A 3J8AA 2D4WA 5JMVA 3EE8A 1N34K 5HRPA 3O80A 3K0SA 4LY7A 3B6OA 3HXMA 1ZBHA 3KKRA 3ZT3A 4BR5A 3O1WA 3D2EB 4JKCA 2NRHA 3FZMA 4B3SK 2G8WA 1O1WA 4CZKA 2NZTA 4I2QA 1N6QA 4WQ5A 3SAFA 5BRHA 3CCRN 3AVGA 1QSYA 3VQEA 2DTUA 1S9EA 1NGGA 3QEPA 1L3TA 2GELA 3OYBA 4B9SA 4IDKA 1QSSA 4W5QA 4LF7K 1VSHA 2FBYA 4XIUA 2P9SA 3CPEA 2OPSA 3TPQA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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