1VSEA

Asv integrase core domain with mg(ii) cofactor and hepes ligand, low mg concentration form
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
146
structure length
146
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Endoribonuclease
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
publication title The catalytic domain of avian sarcoma virus integrase: conformation of the active-site residues in the presence of divalent cations.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 50
structure length 146
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1995-11-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vseA00
1HNIA 1SL0A 1U45A 4Y1DA 3OY9A 4B3OA 3QEPA 3OYHA 3JSMA 4W5NA 1VK0A 5KGXA 1U49A 1EKEA 4CHQA 3K58A 3K59A 3C6TA 1WN7A 5DMRA 1CXUA 1HQEA 4MFBA 5J2NA 1YTUA 2PY5A 1NK7A 3V81A 2YNGA 4ID1A 2HMIA 1HYSA 1FKOA 1QE1A 1Y97A 3DRSA 2B6AA 4CCHA 3ASMA 4CEEA 4CGJA 4GW6A 4KHNA 3HPOA 1QSSA 2G8UA 4MQ3A 1ZBLA 1SKRA 4B8AB 4W5OA 4OLBA 4CHOA 1DLOA 2YKNA 2B5JA 1A5WA 1BQMA 3QIOA 3JYTA 4DQPA 3KLEA 4B9SA 4M3UA 4KHQA 4OPKA 4CJRA 4BDPA 2RKIA 2YHAA 1RTIA 3LP2A 1BCMA 1D5AA 1RBVA 3LP0A 4B9MA 1ZBHA 5K14A 1WAFA 2GBZA 2HHVA 1A5XA 1C0MA 4F2RA 1NK6A 3B6OA 3WNHA 1JLQA 1RT3A 4F4KA 3LAMA 2HVIA 1S1TA 1VSEA 1KCFA 2Z1HA 4WE1A 4CJLA 2KQ2A 4CK1A 4KTQA 4AHUA 1HYZA 3CG7A 1ZBFA 3L2UA 5KRSA 4KHUA 2KTQA 3P1GA 3IS9A 4H4MA 4CE9A 3HJFA 4FLUA 1WLJA 3RTVA 4CGIA 2DTUA 2BGGA 4ELUA 4RW4A 2X78A 1T05A 1B9FA 2HVHA 3HVRA 4CESA 1C0TA 3SUPA 3V9UA 3VQ7A 4CF8A 4DTNA 4DS5A 3NH1A 2D5RA 4N76A 1NK5A 3DLRA 3NF7A 3NE6A 4AHVA 3QNOA 1L3VA 4Z4FA 1NJZA 1U04A 3DI6A 4M3YA 2BANA 3V1RA 5I3UA 3DM2A 2FBTA 2FBVA 3FFIA 1TVRA 3K5NA 3NGIA 4IBNA 2OA8A 1IKYA 3CM5A 1ITGA 4HVJA 5C25A 1U48A 4K8XA 4CEQA 3DLGA 1B9DA 3L2WA 1UOCA 4BDZA 3ISNC 2OPPA 1IKWA 1ASUA 4CF2A 4EP4A 4C8KA 5KRTA 3L2QA 3EY1A 5CZ1A 2PYJA 4AHSA 4HCCA 4E3SA 1GOBA 1VSIA 2JLEA 3HP9A 4E7LA 5KTQA 1JKHA 2YV0X 3AO4A 1TKTA 4PUOA 1RT5A 3TANA 1KLNA 2HW3A 4I9LA 1SKSA 5HLFA 1NJWA 4DFMA 1ZBIA 3IG1A 2OYQA 3SZ2A 1TV6A 3SI6A 1LAWA 1J5OA 3IRXA 1VRTA 4KTWA 4DFPA 5FRMA 4C8OA 1JLEA 4OGEA 3DRRA 4LSNA 4DQSA 3AO2A 1FK9A 4EP5A 4FW1A 3S3NA 3AVBA 1RT4A 3OYEA 3NF8A 4DLGA 1NK9A 4FJGA 3CFPA 3LP3A 4DTRA 2YNIA 1JLFA 1EETA 1LWEA 1S6QA 4FJKA 5CYMA 2Z1JA 2P5GA 4KAZA 1KLMA 3NF6A 4DU1A 1NKBA 1IG9A 1F21A 1RDAA 4CGDA 1ASWA 1HNVA 1JLGA 3MXIA 4DQIA 4CJEA 2DFEA 3OYFA 4DF8A 1FKPA 2I5JA 3RMBA 1S1XA 5HBMA 3KK2A 3QERA 1S6PA 4FM1A 5HRPA 2F8SA 2PZSA 3LAKA 4RW6A 4Z4HA 2P5OA 1C1CA 1RBRA 3C95A 4NCAA 3S9HA 2GV9A 4DSEA 4H4OA 2VWJA 4ZTJA 1EX4A 2JGUA 3CFOA 3DLHA 3QESA 1NOYA 4NCGA 4ZHRA 3SYZA 3WNFA 3TAEA 4M3TA 3MECA 2IAJA 2FBYA 3H08A 3V4IA 1RT2A 4CF1A 4N56A 4OVLA 1G15A 1KVCA 1TKZA 3KKSA 3RRHA 4FK4A 1RBUA 3EZ5A 4CEOA 1BIUA 3NHGA 4L8RB 1RILA 1VSJA 2G8FA 1WSFA 2X6NA 4FJ8A 3M8PA 1QS4A 3OYMA 2G8HA 3K5LA 2BDPA 3OYAA 3SJJA 5FRNA 4FM0A 3KIOA 4IKFA 3I0SA 3DMJA 4ZTFA 1LWCA 1S5JA 4C8LA 2QK9A 3OS1A 1TAUA 3TABA 3NAEA 4JLHA 4DFJA 5C42A 2VG7A 1S9GA 3ITHA 5CY4A 3EYZA 1XWLA 5HRNA 4NYNA 1RTJA 3PX0A 4KHSA 3QNNA 4LD0A 4I9QA 4CGGA 2HHWA 1ASVA 3NBPA 4DTXA 3L2VA 4F2SA 4OJRA 3I8DA 3OYJA 3U6FA 3OYBA 4H8KA 4HCBA 4OLAA 1LAVA 4M3WA 4BWMA 5SZTA 1I39A 1TK0A 1SV5A 4CJVA 2IS3A 2Z1GA 4Q5VA 5J2PA 1QTMA 3QEIA 3ZSQA 4AHCA 1BISA 1TAQA 1SKWA 3CFRA 4FJ9A 2AJQA 1IKXA 4DMNA 4BACA 1KVBA 1T8EA 4KHWA 4RW9A 4AHTA 3RWUA 1DTTA 1GOAA 1HMVA 1XHZA 3RMDA 3RRGA 2PYLA 1TKXA 1BI4B 3TAMA 4JS4A 4F8RA 4KB0A 4KPYA 4FXDA 3M8RA 4FVMA 1RDCA 1S9EA 3PX6A 3AA2A 3DOKA 3G10A 4F3TA 2HHUA 1UA1A 1L3TA 3M8SA 1C1AA 3WNEA 1TL3A 4CJUA 4RW7A 4JRQA 3ULDA 5I42A 1X9WA 4FJLA 3PV8A 4O4GA 1CZBA 4IFYA 3V9SA 4B9VA 4E1MA 3OYGA 1C1BA 2HNDA 3D0PA 3QEWA 4FZXC 2EHGA 3VQDA 2G8VA 3KLHA 1TGOA 1Z25A 2HB5A 3L8BA 3U3YA 4N41A 4CERA 5JS2A 3C6UA 4DTPA 4IG3A 1XI1A 3TR8A 3KTQA 4DTSA 1IO2A 5HRRA 3KKRA 4E89A 3NH0A 2XHBA 1SUQA 4R5PA 3OS0A 1O1WA 4AH9A 1VSMA 4QAGA 5SWMA 4CJFA 2ZE2A 4PA1A 4ICLA 4O44A 3VQ9A 1W9HA 4FK0A 4KV8A 2D0AA 1T03A 4FJMA 4FJXA 2QKBA 1BI4A 4KO0A 4CFBA 4DTMA 2HHQA 1BGXT 3SUQA 3PO5A 1RTHA 4Z4IA 4CF9A 4Z4CA 2P51A 4O0IA 3F73A 3THVA 2QKKA 5CZ2A 4OPJA 1T7PA 3AO3A 1BIZA 1N6QA 3PUFA 2E6LA 2A1RA 4KTZA 4I2QA 3T3FA 3AVNA 2YNHA 3NF9A 3V9WA 2XRIA 1A5VA 3VN5A 3E01A 3VQCA 1LW2A 3LALA 4FW2A 5FROA 4YFUA 3OS2A 1NJXA 4IG0A 2YHBA 3AA5X 4CJQA 4PWDA 3ZT3A 3P83D 3O3HA 1JL2A 2F96A 4QCLA 3DOLA 3M8QA 4GMJB 1WSJA 1MU2A 3ZSXA 4DSIA 1JLAA 3AVFA 2LSNA 1L3UA 4I2PA 3TAQA 3QO9A 4DU3A 2E6MA 4CJTA 3RMAA 4DQRA 4HUEA 2G8IA 3ALYA 3AVAA 3HSTB 3OVNA 4OKJA 3ZSWA 2HHTA 1RTDA 1QQCA 2QXFA 3V1QA 4M41A 4UQGA 3QINA 2D0CA 4ID5A 1KFSA 1NOZA 3MAQA 4F3OA 4PQUA 3KJVA 2HHSA 1JXEA 3SPZA 4NCBA 4Y1CA 3HYFA 2YKMA 4B9LA 4LH5A 4CHPA 3ZSOA 1C0UA 1U47A 4FLVA 4DSFA 1REVA 2HNZA 4DFKA 1S1VA 4CEBA 1JLCA 1BHLA 4N47A 3VQBA 4DU4A 2YNFA 3TAGA 1HYVA 4FJ7A 1WNSA 1ZYQA 4J2EA 3VQQA 1RCHA 2B4JA 3ZSYA 4CF0A 2W42A 3K57A 3P5JA 4ELTA 1D9DA 3SCXA 5E41A 3VQ5A 3CYMA 2XO7A 4IDKA 3SUNA 1NKCA 2WOMA 3MEEA 5DK5A 2IGIA 4LH4A 3KK1A 3HL8A 3LZJA 4LSLA 3AO5A 3K5MA 4J2AA 3AVLA 4W5QA 1S1UA 1WSGA 1RBSA 4E7HA 3V1OA 2ZD1A 4W5RA 2Y1IA 1D8YA 4M3RA 3SNNA 1WAJA 3AVJA 3A2FA 1LV5A 3RR8A 2RPIA 4FJHA 5J2MA 4QOZB 3AV9A 3CQ8A 3VQPA 1EXQA 3AVHA 3OYLA 2VG6A 4W5TA 3OJSA 4FLXA 3TARA 4C8MA 3VQ6A 3PY8A 4FZYA 3U3GA 2HHXA 3DLBA 3UIQA 4KKOA 2DFFA 4EZ6A 4M3ZA 3OYKA 3VA3A 4DG1A 3G0ZA 4BWJA 3VQEA 3LDSA 4DSKA 4OGCA 5JS1A 4KI6A 2RN2A 4E1NA 4CEAA 3CM6A 1RNHA 2ETJA 4RG8A 4DS4A 2XY5A 4BE0A 3HK2A 3ZT4A 4FM2A 3MEDA 1Q8IA 4EZ9A 4FJNA 4DWIA 2IDOA 3BDPA 1K6YA 5T7BA 4FJJA 4M42A 1LW0A 3MEGA 2FC0A 2XY8A 4HHTA 3RMCA 3SQ2A 3LZIA 1RT7A 5KGWA 3VA0A 1D9FA 3SQ1A 5FDLA 3V9XA 1JL1A 4CJKA 2DFHA 3QETA 4XIUA 4KFBA 2D0BA 3DLEA 1KVAA 2R7YA 4CJWA 2OPSA 4CEDA 1HJRA 4CJPA 1C6VA 2X74A 1RT6A 2VG5A 2E4LA 1CZ9A 1JXBA 1VRUA 4RW8A 1B92A 4B9NA 3ZT1A 1J9AA 1VSLA 5KI6A 2GUIA 4CJ4A 1L3SA 2O4IA 3LPUA 4GVMA 4E7JA 5J1EA 1NJYA 2G8WA 1FXXA 4E0DA 4FJ5A 3SQ4A 4DTJA 1KTQA 4DTOA 3SV3A 3TWHA 3AVMA 3DRPA 1U4BA 3AVKA 2KW4A 4HTUA 4E7KA 3O4QA 3DLKA 4O5BA 1Q9XA 5EU7A 2O4GA 3ZSRA 1VSDA 1VSHA 2RF2A 3NH2A 4CIEA 3TAPA 3VQ8A 1CLQA 1EP4A 5J2QA 4DSLA 3B6PA 4CHYA 4HUFA 3S3OA 2Y1JA 3LPTA 4FJIA 3F9KA 3VQ4A 1I3AA 1WSHA 3RR7A 2A1SA 3HVTA 3MXJA 1DTQA 5HROA 3IAYA 1HQUA 4B9UA 3AVCA 4KREA 1ZBUA 3K2PA 4FYDA 1RT1A 4CFDA 1UA0A 2G8KA 1CXQA 2OPQA 2OZSA 3AA3A 3O3GA 4BDYA 2NUBA 1J54A 4KHYA 3KLIA 3NCIA 3QEVA 3HM9A 3ZSZA 1RDDA 4CJ3A 4FLTA 3TAFA 3WNGA 3ZCMA 1RBTA 4JRPA 4CIGA 3L2RA 4FLZA 3VQAA 1WSIA 4CGFA 3HO1A 1WSEA 1R0AA 2Z1IA 2ZQBA 4YNQA 1NK8A 4HUGA 4B08A 1NK0A 3BGRA 1UWBA 3KK3A 4DTUA 1NKEA 3D45A 2KZZA 4CHNA 1UAXA 4B9TA 1YTAA 1RDBA 4Z4GA 1TK8A 1X1PA 3V6DA 1TL1A 1X9SA 4FCYA 4C8NA 4FZZA 1W0HA 4I7FA 1XC9A 3ZSVA 1SL1A 3NGZA 4FK2A 1QSLA 3T19A 3KD1E 3NGYA 3TI0A 3OYNA 4E19A 3SQ0A 4BE1A 3O4NA 2KFZA 4LY7A 5HP1A 1YVUA 1YT3A 3PO4A 2P1JA 4TSXA 3QIPA 3OYCA 4K8ZA 1NK4A 1Q9YA 4CEFA 4Q0BA 3HP6A 2KZMA 3LP1A 2HNYA 1VSFA 1BL3A 4G1QA 4CFAA 4CK3A 4JS5A 2OPRA 4J2BA 3QLHA 1Z26A 1GOCA 4O55A 4CFCA 3O3FA 4AILC 1KRPA 2OZMA 4OKEA 2XY6A 3C94A 4N5SA 1QHTA 3PX4A 3MXMA 2F8TA 3AVGA 2VWKA 4IFVA 4CJSA 4CIFA 4CEZA 3S3MA 4KB1A 4KI4A 2BE2A 3AA4A 3LWMA 3HXMA 3L3UA 1TKDA 4CHZA 1IKVA 1JLBA 3I0RA 5HRSA 3HT3A 1TK5A 4Z4EA 4NYFA 3HPGA 4CJ5A 4PY5A 4DLEA 2Q3SA 4B8CA 3OYDA 4J2DA 2ATQA 2KFNA 3SUOA 2FBXA 2ITGA 3KLFA 1KSPA 3HPHA 3ZT0A 4Z0UA 4ELVA 3T1AA 3L3VA 3QEXA 4KRFA 4M3XA 3V9ZA 4AHRA 2DY4A 5CYQA 2X6SA 4CK2A 1QSYA 1BCOA 3NFAA 1LWFA 1BQNA 3LWLA 3NDKA 5D3GA 3K5OA 3OJUA 1X9MA 3OYIA 4E7IA 1HPZA 5C24A 3ZT2A 4CECA 1IH7A 4O0JA 1J53A 2XY7A 3KLGA 2EX3A 4DF4A 3DYAA 2IC3A 4FLYA 3SPYA 3SV4A 4BE2A 2IOCA 1L5UA 1XHXA 4CGHA 4DQQA 1KFDA 4M45A 4FLWA 1S1WA 3LANA 1SL2A 1N5YA 3AVIA 3AO1A 4OKKA 1VSKA 4DSJA 3KD5E 1HRHA 2WONA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3D7EO 1HNIA 2VQEK 4Y1DA 4B3OA 1EWQA 5M1OA 3R1XA 1VK0A 5KGXA 1N8RO 3K59A 2GELA 3C6TA 4XH4A 3QB0A 5J2NA 3C7NA 1NK7A 2YNGA 1FKOA 1ZXOA 5KPRA 3A8YA 4W5OA 1TYQA 4DQPA 3TU5A 2P9KB 4JKBA 4OPKA 3L0QA 2RKIA 4JI8K 1ZBHA 3ENBA 1A5XA 4RWTA 1JLQA 3RVCA 1VQ8N 4WE1A 3VTIA 3L2UA 2GWKA 4KHUA 2KTQA 1GLAG 4FLUA 1WLJA 2DTUA 1GLJO 4ELUA 4MO5A 4K43A 2X78A 4CF8A 4DS5A 4GV9A 3NE6A 4IZ9A 1BA1A 4Z4FA 2UXCK 3JS6A 1NJZA 2YJEA 3SAHA 3DI6A 5AZJB 3ZLJA 2BANA 5B8HA 3DM2A 5I3UA 2FBTA 1TVRA 4ILHA 4JI5K 1RFQA 1B9DA 1IKWA 4EP4A 2VCPA 5KRTA 4H5WA 3THXB 4HCCA 3VETA 2E1YA 4PUOA 1RT5A 2E2PA 1T44A 2OYQA 1N36K 3IRXA 4KTWA 3BEXA 4WCEL 4C8OA 4DQSA 3O5BA 3AO2A 4EP5A 3AVBA 4DV2K 3THYA 1NGJA 4DV0K 3CFPA 4FWMA 5AQHA 2P5GA 5JMVA 1KLMA 1NKBA 2J4RA 5C2FA 4J2EA 1ASWA 3UKRB 4CZKA 4KH4A 2DFEA 4DF8A 1RDUA 3LDLA 3KK2A 4FM1A 5HRPA 2F8SA 2PZSA 3LAKA 5FPDA 3S9HA 1EX4A 2RE2A 2YHWA 4DV6K 2W6LA 3TAEA 1G99A 1O13A 3THWB 3H08A 3RSEB 4CF1A 4N56A 1G15A 4M7YA 1VQ5N 1TKZA 3KKSA 4B1YB 4XH1A 4CZHA 3CQXA 5FLXO 3NHGA 1RILA 1WSFA 1NGGA 2BDPA 4H5NA 4R79A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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