1VSFA

Asv integrase core domain with mn(ii) cofactor and hepes ligand, high mg concentration form
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
146
structure length
146
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The catalytic domain of avian sarcoma virus integrase: conformation of the active-site residues in the presence of divalent cations.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Endoribonuclease
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
total genus 51
structure length 146
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1995-11-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vsfA00
3CM5A 3ZSOA 4CJRA 3LWMA 2HHTA 4N41A 1T8EA 2JLEA 3NF8A 1BI4B 1C1AA 1LAWA 4DFPA 1WAJA 1TKTA 5E41A 3CQ8A 1VSMA 4CJLA 1ASVA 2Z1GA 4AHRA 4GW6A 4AHVA 3L2UA 3MXMA 4OJRA 3VQEA 3QEWA 4KTWA 4E19A 1XHZA 1XC9A 1SV5A 4KTQA 2Q3SA 1JLGA 2QK9A 1ZBFA 1UAXA 1D8YA 2P1JA 4RW7A 4CCHA 4IBNA 4N5SA 3DRPA 1SL1A 3RWUA 1NOZA 4Y1CA 1YTAA 1IKWA 1TGOA 2A1SA 4BDZA 4B9LA 2YV0X 4DS4A 4CF2A 2HHVA 5SZTA 3HPOA 2G8KA 2FBXA 1JLFA 3AA5X 3SUOA 1GOAA 4CEEA 4IFYA 1BCMA 4JRPA 3OYHA 1RDCA 3K2PA 3QIOA 3OYGA 1UWBA 4FCYA 2A1RA 3DMJA 1LAVA 1KFDA 4RW8A 4N56A 2G8FA 3VQBA 4EP4A 4BDPA 5HRRA 2D5RA 5DMRA 3TAFA 4DMNA 1SL0A 4NCAA 4C8MA 4DTRA 1D9DA 3V1RA 3HK2A 3DOKA 3KLGA 4BACA 1N5YA 4DTXA 4CHZA 3PX0A 1HPZA 4FJ7A 2EX3A 3FFIA 4CF1A 3KKRA 1NK8A 1KTQA 4DFMA 1HQUA 3PO5A 1LW0A 2Y1IA 3ZT0A 4CJ4A 1WLJA 4MQ3A 3MXIA 3DLHA 4O0IA 3VQQA 3CG7A 4CF9A 2BGGA 4MFBA 4BWJA 1QSSA 4CECA 1C0TA 1HRHA 3O4QA 3OVNA 4CIGA 5C25A 3EY1A 4BE2A 4E7HA 1NK4A 2F8SA 4B8AB 4FJGA 5I42A 1TK8A 4B8CA 4DLGA 2KFZA 4DFKA 2PZSA 4RW4A 1JLCA 1RBUA 4AHSA 4E89A 3QERA 1RCHA 4IG0A 4PY5A 3KLHA 4ID5A 4OKKA 4GMJB 3L2QA 3KLIA 3OYMA 1S9EA 5CZ1A 2R7YA 3LP2A 4DLEA 4FLXA 3SNNA 3S3NA 1U47A 2KQ2A 1RT1A 4CJTA 4K8ZA 1BISA 4AHTA 3CFOA 4BDYA 1NK9A 4KREA 3B6PA 4DTOA 1KVBA 4CHNA 5C24A 3VQDA 1G15A 2YNFA 3SZ2A 4FK0A 4ZTFA 4LH5A 1S1TA 1T03A 4CEQA 3AVBA 3M8QA 4DQPA 4CJEA 4KHWA 3F9KA 3TABA 1EKEA 2ZE2A 4FM0A 1ZBHA 2ZQBA 3SPZA 2OA8A 1VSJA 3ZSXA 3RRGA 3HP6A 1TK5A 1EETA 1RT3A 3PY8A 2IS3A 4W5OA 2QKKA 1RBSA 1BI4A 1KLNA 4KHSA 1WN7A 3TAQA 4OGCA 4DSJA 5JS2A 1RBTA 4KHYA 4KRFA 1JXEA 1WSIA 3MEEA 4FM2A 4IKFA 1JLQA 5T7BA 1CZ9A 1VSHA 2VG7A 2LSNA 5CZ2A 3AA3A 5KTQA 4FJNA 5HBMA 3K5NA 1YT3A 4FW1A 3O3FA 3DRSA 2YNHA 3RMDA 2IOCA 1VSEA 4CEAA 3KK3A 4E7LA 1KVAA 2RKIA 3AO1A 1DTQA 3TI0A 4QOZB 2YKNA 2JGUA 3QINA 5HRPA 3O3HA 1GOCA 4CFAA 1UA1A 3MXJA 3AVJA 1O1WA 4JS5A 5KRTA 1TKZA 3KLFA 1TKDA 4FJ9A 1X9MA 3OYLA 4CJSA 3VA0A 3HPHA 3I0SA 1KSPA 1L3TA 1J9AA 2F96A 2G8VA 4HTUA 4M3UA 1HYSA 2KTQA 3ZSVA 4LD0A 4FJHA 3V1QA 3LALA 4I9LA 1S1UA 4C8KA 2D0BA 2VG5A 1QSLA 2ETJA 3L8BA 4DQIA 2KZZA 4FK2A 4C8LA 4M3YA 2IDOA 3A2FA 4LY7A 4XIUA 3AV9A 3V9XA 1CZBA 1JKHA 1FKPA 1RTJA 3AVCA 3OYFA 3F73A 2FC0A 1J54A 1BIUA 3AA4A 3NGYA 3ZT4A 3LDSA 1VSIA 4I9QA 4Q0BA 4CJVA 3SI6A 3LZIA 3V9SA 3QETA 4DQQA 4E1NA 4J2AA 3OYKA 4CF8A 1QHTA 4DTSA 3NH2A 4O0JA 3SQ4A 3RMCA 1RBRA 3WNFA 1ZYQA 4CEBA 1X1PA 4YFUA 4CJUA 3CFRA 2WOMA 4B9NA 4FJ8A 4DG1A 3C95A 1RDBA 1RDAA 1QSYA 4GVMA 4WE1A 4DS5A 4M42A 5KI6A 4BE0A 1JL1A 4Z4CA 5HP1A 3M8PA 3C6TA 4PA1A 4KB1A 4FLWA 1N6QA 3QEVA 4W5NA 1TL1A 3AO3A 4CJFA 2BDPA 1C0MA 2B4JA 1L3SA 3IAYA 1K6YA 4KFBA 4EP5A 2RN2A 3V9ZA 1ASUA 2VG6A 4KTZA 5FRMA 3L2RA 2XO7A 1LV5A 3ZSQA 4FJXA 1HJRA 2IGIA 1S9GA 3NBPA 3LZJA 2OPRA 3SUQA 4ZTJA 3LWLA 4RW6A 1RTHA 5FROA 1C6VA 4CE9A 2GV9A 4LSNA 1X9SA 3ZSWA 3H08A 4M45A 4FW2A 1JLEA 4B9MA 2FBYA 4W5RA 3OYCA 2BE2A 3QNOA 4F2SA 5J2NA 2B5JA 3ISNC 3KTQA 4F4KA 1JLBA 1XHXA 3B6OA 3MEGA 3THVA 1WAFA 3TAMA 3AVFA 1Q8IA 3NFAA 3NE6A 3KLEA 3S3MA 1ZBLA 4CEFA 1W9HA 4E7JA 1KCFA 4DTNA 3LAKA 2HMIA 3HXMA 3LPTA 4FJ5A 4O55A 1B9DA 4AHCA 2HVHA 4CHYA 4M41A 4KAZA 4DSFA 1C1BA 2X6SA 3QLHA 4O4GA 4Z4HA 4FXDA 1BL3A 2X78A 3HM9A 4FK4A 1NJXA 4E7KA 3DRRA 4DSKA 4J2BA 1NKEA 4KPYA 3O4NA 2KW4A 1JXBA 2YHAA 4FLTA 3V4IA 1WSEA 4KB0A 1BQMA 2Z1IA 3QIPA 2YKMA 1QS4A 4CGFA 3VQAA 2E6MA 3TAGA 1T7PA 1S5JA 5HRNA 4B9UA 4E0DA 4PWDA 4R5PA 4HHTA 4DF8A 3AO5A 2YNIA 3HSTB 2XY8A 1RTDA 4CGJA 3L2VA 1XWLA 4JRQA 1XI1A 3JSMA 1QE1A 4KI4A 3ITHA 2ATQA 3VQPA 3VN5A 4C8NA 1RNHA 1S1WA 1Q9YA 2AJQA 4Z4GA 3QEXA 1S6QA 1UA0A 3DM2A 3KIOA 1RT7A 1RT6A 5CYQA 3HT3A 5J2MA 1I39A 1W0HA 4F8RA 3SQ0A 4FM1A 2P5OA 4KKOA 2HVIA 1VRTA 2XY5A 4E1MA 3HJFA 4CJPA 4IFVA 1J53A 1U4BA 2F8TA 4FJLA 3ALYA 2KFNA 3OS2A 3QEIA 4UQGA 1KLMA 5HRSA 3NHGA 3T3FA 2VWJA 3AVHA 1NKCA 1DLOA 2D0CA 3NF7A 4ID1A 3VQ5A 5J2QA 5HLFA 2O4IA 4OKJA 3L3VA 2ZD1A 1EXQA 2E6LA 4CGDA 3RR7A 1X9WA 3TR8A 2XHBA 4O44A 1NJZA 5KGXA 3DLEA 3U3GA 4KV8A 3PX4A 3KK1A 5EU7A 5D3GA 2EHGA 1WSFA 5KRSA 3BGRA 3SV3A 4DWIA 3NH0A 4N76A 3P5JA 5KGWA 4FLZA 2G8IA 3V9UA 3CYMA 3ZSYA 1RT5A 4J2DA 4DTJA 1Z25A 3NH1A 2GBZA 1JLAA 4TSXA 4DF4A 1EX4A 3NF9A 4FLYA 1IKVA 2OYQA 3KK2A 2VWKA 3OS0A 1QTMA 3PUFA 3SCXA 4LSLA 3ZCMA 4ZHRA 3M8RA 2X6NA 2P5GA 5I3UA 1RBVA 4F3OA 1VRUA 4QAGA 1J5OA 1VK0A 4FJKA 1A5WA 3KD1E 2BANA 2DFHA 3LAMA 4DFJA 1LW2A 3I8DA 4C8OA 3AVLA 4CK1A 3NDKA 4AHUA 3CFPA 4B9TA 3DOLA 4OPJA 3C94A 4B08A 3SQ2A 4JS4A 1KFSA 1F21A 1R0AA 1RT4A 2OZMA 4OLBA 4CJQA 3K57A 3MECA 4HUEA 2HNZA 3HVTA 3VA3A 3D0PA 2DFEA 2HHWA 1S1XA 4FZYA 1SL2A 3ULDA 4FJIA 2DTUA 1IH7A 5K14A 3SV4A 1TKXA 2Z1JA 2DY4A 2OPSA 3AA2A 4OGEA 5DK5A 4DSEA 2PYJA 3HPGA 3NGIA 5CY4A 4HUGA 2G8WA 2HHUA 3RMAA 2HHXA 4CEZA 2D0AA 3SYZA 4DTUA 3S3OA 4FJMA 4W5TA 1C1CA 1Y97A 2GUIA 4CFBA 3RTVA 4DQRA 3VQ9A 1SKRA 3HVRA 2O4GA 3SQ1A 1U04A 4H4OA 1L3UA 2Z1HA 3SUPA 1ZBUA 1TAQA 4DSIA 3OYIA 1RILA 4ELTA 4M3TA 3OYDA 4CJWA 4DSLA 3LPUA 4RG8A 3KD5E 2HHQA 4CJ5A 1KRPA 3TANA 3P83D 4M3RA 1HNVA 2OZSA 4CESA 3HYFA 4CJ3A 3NGZA 4F3TA 5FRNA 4I2QA 4FVMA 3DLKA 4CIFA 1HYZA 3NAEA 3G0ZA 3KJVA 2NUBA 3C6UA 1VSLA 3V81A 2E4LA 3AVIA 1SKSA 4Z4EA 4OPKA 4G1QA 4CEOA 3VQ8A 1TL3A 1NJWA 4CFCA 1NKBA 4QCLA 4ICLA 4IDKA 4BWMA 3TAEA 2KZMA 3G10A 2YHBA 4HCBA 2DFFA 4OLAA 3S9HA 4KHQA 3AO2A 4DU4A 4J2EA 1DTTA 1ZBIA 1S6PA 5CYMA 1LWEA 3K5MA 1BQNA 3P1GA 3KKSA 3HO1A 4M3XA 4HVJA 1TAUA 1LWCA 3QESA 3I0RA 4CJKA 1BCOA 3T1AA 3VQ4A 3ZT3A 4CHPA 1A5VA 1C0UA 2XY6A 5HROA 3NF6A 3ASMA 3OS1A 4Z0UA 4EZ9A 4FZZA 4IG3A 3AVAA 3AO4A 3D45A 3MAQA 4FZXC 3UIQA 2HNYA 4CEDA 2HW3A 3U3YA 3OY9A 4CK3A 2HNDA 3M8SA 3AVNA 4FLUA 2B6AA 3DLRA 4NYNA 4AH9A 4N47A 4ELVA 4PQUA 4B9VA 2FBTA 3DLBA 1L5UA 3OYNA 3OJUA 4AILC 3U6FA 1T05A 3L2WA 1NK0A 1QQCA 4ELUA 2G8UA 4M3WA 1U48A 3QEPA 3SJJA 1U49A 2RPIA 4L8RB 3VQ7A 3O3GA 3DI6A 4LH4A 3DLGA 1NK6A 3PX6A 3PO4A 1L3VA 1B9FA 1WSJA 4EZ6A 3MEDA 4K8XA 4CIEA 4M3ZA 2QKBA 5JS1A 3AVGA 3LP0A 2PYLA 1JL2A 1S1VA 1SKWA 3SUNA 4FLVA 4HUFA 1D5AA 3AVKA 4CGHA 4DTPA 3HP9A 3RRHA 3OYJA 1VSKA 3JYTA 4I7FA 4W5QA 5C42A 1YTUA 1HNIA 1REVA 4CF0A 3AVMA 4CERA 3DYAA 1KVCA 1TV6A 2P51A 3TARA 2FBVA 1IKXA 1VSFA 2I5JA 4JLHA 4Y1DA 1Z26A 4O5BA 4H8KA 1HYVA 2HHSA 1RTIA 1MU2A 1RDDA 3BDPA 1FK9A 2PY5A 1CLQA 2XRIA 1ITGA 2X74A 3CM6A 3E01A 1BHLA 3ZT1A 4Q5VA 3OYBA 3OYEA 4DTMA 4Z4FA 2IC3A 2QXFA 3K5LA 2G8HA 4PUOA 1LWFA 1RT2A 1EP4A 1NJYA 4CGGA 4CHQA 1A5XA 4OVLA 5SWMA 3T19A 2RF2A 4RW9A 5J1EA 2HB5A 5FDLA 5J2PA 3IRXA 3K5OA 3WNGA 3ZSRA 3TAPA 2W42A 1GOBA 3VQCA 4FJJA 1B92A 4KO0A 1TK0A 3OYAA 4KI6A 4B3OA 3SPYA 4FYDA 3IG1A 3LP3A 4DQSA 4NCBA 3V1OA 3EZ5A 2YNGA 4CHOA 3VQ6A 1CXUA 1NK5A 2OPQA 1WSGA 2WONA 3RR8A 4YNQA 1HMVA 3V6DA 3PV8A 3OJSA 1IKYA 1CXQA 1WNSA 3WNHA 4DU1A 2XY7A 2Y1JA 3NCIA 3QNNA 3K59A 3IS9A 4H4MA 2ITGA 1NK7A 1HQEA 3TWHA 1YVUA 1IG9A 4NYFA 4KHUA 3ZT2A 3V9WA 1NOYA 1IO2A 1FKOA 3HL8A 4CFDA 4F2RA 4I2PA 4BE1A 3K58A 1SUQA 3EYZA 1FXXA 4NCGA 1TVRA 1U45A 1D9FA 4KHNA 3WNEA 4E7IA 1VSDA 4DU3A 4CK2A 2OPPA 3ZSZA 3LANA 4E3SA 3RMBA 1ASWA 1UOCA 1BGXT 3LP1A 3QO9A 4HCCA 4B9SA 1WSHA 3L3UA 2IAJA 4Z4IA 4OKEA 4CGIA 1Q9XA 1I3AA 1BIZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CJRA 3LWMA 4YY3K 1T8EA 2HSTA 4DFPA 1TKTA 1VSMA 2Z1GA 4AHVA 3VQEA 5KQ8A 1ZBSA 2Q3SA 2QK9A 1ZBFA 1UAXA 1D8YA 3CIPA 1NOZA 2VQFK 4B9LA 3VEXA 5E26A 2G8KA 2KHOA 3CCJN 1GOAA 3CETA 1RDUA 3UKRB 5C2FA 3MN7A 3FZLA 4A59A 2O8EA 4BDPA 5HRRA 4E1JA 3WT0A 4DTRA 1QQOA 3O8MA 3HK2A 1MWKA 4DTXA 4CHZA 4BC5A 2DPNA 4FWNA 4JI7K 4DV0K 1NMNA 5KPZA 4CF1A 5M1FA 3KKRA 1K73O 5DM6L 1LW0A 1WOQA 3ZT0A 1HUXA 4O0IA 5FLXO 3OVNA 3EY1A 4EHUA 3VEWA 4IZ9A 4DFKA 1JLCA 4CBUA 4IG0A 3KLHA 3KLIA 2ZJRL 1D9FA 3LP2A 1ATNA 1U2VB 1RT1A 4RTFD 3IKMA 4AHTA 1W2BM 1BG3A 4KREA 1KVBA 4RWTA 1G15A 2RHKA 2YNFA 4QS8A 4H0OA 3AAPA 1S1TA 2P9PA 1ZBHA 3SPZA 3ZX0A 5BRFA 1D4XA 1EETA 3PY8A 2W40A 4W5OA 1YHQN 1J5EK 2QKKA 3TAQA 2PFUA 4KRFA 4FM2A 4WCEL 1CZ9A 1NGFA 2LSNA 4BROA 1YT3A 2IOCA 4MDBA 4CEAA 4E7LA 3VPZA 3AO1A 1MWMA 2FF3B 4CJ7A 3UKUB 4JS5A 3KLFA 1TKZA 3D2EB 4FJ9A 1X9MA 2D1KA 3R8EA 3VA0A 3QBWA 1OVYA 2F96A 2G8VA 4M3UA 3V1QA 1SAZA 2Q0RA 2D0BA 2VG5A 3CF5L 1G99A 1QSLA 4FK2A 1P90A 2IDOA 3CCEN 4XIUA 1JKHA 3OYFA 4DQ8A 3EKUA 1Q82O 4BGBA 4Q0BA 4CJVA 4X65K 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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