1VSHA

Asv integrase core domain with zn(ii) cofactors
Total Genus 48

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
146
structure length
145
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
EMPTYTVIa1 (71-74)S2 (76-82)S1 (60-67)TI1 (82-85)3H1 (69-71)S3 (88-93)TIV1 (72-75)TI2 (83-86)S4 (117-119)TIV2 (122-126)TIV4 (124-128)AH2 (129-138)TIV3 (123-127)S5 (141-143)AH1 (98-112)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Endonuclease
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
publication title Binding of different divalent cations to the active site of avian sarcoma virus integrase and their effects on enzymatic activity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 48
structure length 145
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vshA00
3L3UA 3NGIA 4I9QA 5HRPA 1HYZA 1KTQA 3V9UA 3DLKA 5J2QA 3VQCA 4CJ3A 4K8ZA 4XIUA 1F21A 1EP4A 3C95A 4E7LA 2E6MA 3PUFA 4FM1A 3K57A 3S3NA 4AH9A 2KZMA 2A1SA 1L3TA 1ZYQA 1IO2A 3TI0A 1W0HA 4CE9A 4CECA 1WSHA 4DTUA 4FJ5A 4LH5A 3LWMA 3HJFA 1YVUA 4LSLA 3SUQA 5I42A 3S3OA 4BE1A 1D5AA 2D0AA 3UIQA 3EYZA 4CK3A 4L8RB 4QAGA 1S6PA 3KKSA 3DOKA 4DSJA 3DLRA 4J2AA 4NYFA 4BDPA 1EETA 1QTMA 1RTHA 1RT5A 4DU3A 1RTJA 2G8UA 2E4LA 4HCBA 4DS5A 3V1QA 2FBXA 3OYFA 4CJQA 1NK0A 1IKWA 4CHYA 4JRQA 1XC9A 1BCMA 1IKVA 1EKEA 2NUBA 1JXEA 3P1GA 4G1QA 1VSKA 3NH0A 4O44A 4EP5A 4BE2A 3D45A 1B92A 1GOBA 3KLFA 3KK1A 2HHUA 4O0IA 2VWJA 4CFBA 2HHVA 1UAXA 4H8KA 4DQRA 3AVMA 3K5LA 3KKRA 4DQSA 1YT3A 1TV6A 3VQEA 1ZBLA 1Z26A 4Z4IA 1HYSA 4IG0A 2HVIA 4Z4GA 1N6QA 2KFZA 1EX4A 3AVBA 4N5SA 1RBVA 3AVKA 5C42A 1BQNA 1CZBA 2ETJA 4CEQA 4CGDA 5K14A 1NK9A 3PX4A 2O4IA 3OYAA 3IS9A 4LSNA 4CHPA 3KK3A 3O3GA 1RBRA 1DTTA 3CYMA 4CEBA 3V9SA 4DF4A 2YNHA 3HP6A 3TAGA 2O4GA 4FVMA 4CK1A 4FJIA 4DLEA 4F3OA 3AA2A 3HSTB 4KTWA 1SL1A 3OYGA 1IKYA 3AVFA 3G0ZA 2A1RA 2WOMA 4LH4A 4FLTA 4DTNA 4KAZA 2HVHA 1TGOA 2GBZA 3QETA 3V6DA 3SUOA 1RBTA 1T03A 1LAVA 1DTQA 3TAQA 2QKBA 1HQUA 2YHAA 3QINA 1LW2A 3QLHA 3DMJA 3B6PA 3K5MA 3PX6A 1HNIA 3DRPA 4DTMA 4ELVA 4OKEA 3B6OA 4B9UA 2KZZA 3H08A 2G8WA 4B9NA 4OLAA 5HRSA 3MEGA 1LWFA 2HNZA 3DRSA 1C0UA 4RW7A 3RMDA 2G8FA 1LAWA 4MFBA 3HL8A 4IBNA 4DQQA 1NKCA 3DI6A 4CIGA 4DTJA 4HUEA 4FK2A 4E7KA 1A5VA 4E7JA 4J2EA 4M3YA 1S1WA 4RW8A 4DTPA 4B08A 3RRHA 4AHVA 4FLZA 3SNNA 3RMAA 3AO1A 2D5RA 3T19A 2LSNA 4E1MA 2VG7A 2P5GA 1BIZA 2IAJA 1S1VA 4CF2A 4KHYA 4QCLA 1VSIA 4K8XA 3A2FA 3OYIA 2DFFA 4CJEA 5CYQA 1VSJA 4E7IA 4EP4A 2DFHA 1WAFA 1U04A 2KTQA 1RILA 5J2NA 1NK6A 1WLJA 2Q3SA 4GW6A 4Z0UA 1JLAA 1RT3A 4O0JA 1TL3A 2OPRA 2BE2A 4KFBA 5J1EA 3OYHA 3D0PA 3AVAA 1NJZA 3S9HA 4JRPA 4N41A 4M42A 1RBSA 4OLBA 3AO4A 2PZSA 1HNVA 4OKKA 3ZSOA 3NDKA 1T8EA 1SV5A 2FBYA 3DYAA 2XRIA 2I5JA 3T1AA 2HHTA 2HHSA 2PY5A 4W5OA 1QSSA 3DLHA 4KTZA 1ZBFA 1UWBA 3NHGA 3CFPA 3OS0A 1I3AA 4KTQA 2DFEA 2VG6A 1Q9XA 1NOYA 4CEOA 4CEAA 4JS4A 4J2BA 4M3UA 2B4JA 4FJMA 4CCHA 4YFUA 1RCHA 3P83D 4CJLA 4CJUA 4HVJA 3KLIA 3T3FA 1U48A 4FK0A 1NK5A 1JLGA 1TAQA 1KSPA 5JS1A 3PV8A 5D3GA 1K6YA 4KRFA 1CXQA 3BGRA 3K2PA 5FDLA 4CF8A 5FRNA 4W5QA 4FJGA 1HQEA 1I39A 4PUOA 1BIUA 2OPPA 3NGZA 3OS2A 3L2VA 1ASUA 1J54A 3ZT1A 4NYNA 3TABA 4ELTA 3QIPA 3HPHA 1KVAA 3L2RA 4PA1A 4DWIA 3WNFA 3HPOA 3ULDA 2WONA 3CFOA 3VA0A 1LV5A 4FJLA 4M3ZA 1HMVA 3VQ4A 1IH7A 1WSGA 3V9ZA 5CYMA 4W5RA 2G8IA 3KK2A 1U4BA 1KRPA 3BDPA 4I2PA 1LWEA 3K5OA 3VQ9A 1KLNA 3V1RA 1JLCA 1R0AA 3MECA 3SUPA 3P5JA 2R7YA 2Y1JA 3LANA 3NF9A 3OYMA 1CLQA 3ASMA 3TARA 3QEIA 1TKTA 3WNGA 3KJVA 4CERA 4KB1A 1C1CA 1L3VA 1KVBA 3SJJA 1S9GA 3ZT0A 1ITGA 5KRSA 4E89A 4OKJA 1NKBA 3KTQA 1WSEA 5DK5A 4BACA 2EHGA 1BQMA 1HJRA 3OYNA 5HRNA 3TR8A 4TSXA 1BI4A 1SL2A 3NE6A 3AVJA 3MXIA 4ELUA 2HB5A 5JS2A 3AA3A 2X78A 3ZSYA 4CGFA 3DM2A 1QS4A 1VSHA 2XHBA 4CJVA 4PQUA 5C25A 4DSEA 4DU4A 4CHNA 1HRHA 1RTIA 4B8CA 4DQIA 3F9KA 1FKOA 3QEVA 5FRMA 3LPTA 1SKRA 5CY4A 1D9DA 3PO4A 4DTXA 1VSMA 1VRTA 4IDKA 4CESA 2EX3A 1A5XA 2B5JA 3DOLA 3ZSRA 4CEEA 3FFIA 4CEZA 2D0CA 4BDYA 4OPJA 4DS4A 1TAUA 1NK7A 1S6QA 2F96A 4FJKA 4KPYA 2PYJA 1RDAA 2VWKA 2YHBA 1XI1A 3O4QA 4F3TA 2Z1GA 3CFRA 4CHZA 3I0SA 4M41A 3VQQA 1JKHA 4DSLA 3V1OA 5KRTA 5EU7A 3OYDA 3QEXA 2HNDA 1B9DA 4HTUA 4FJXA 4CF0A 4CJ4A 1ZBIA 3JYTA 2QK9A 4KHWA 1MU2A 4ZTFA 3VQ8A 3ZSVA 4CJFA 3AVIA 1L5UA 2XO7A 2P51A 2YKMA 1JLBA 4JLHA 1CXUA 3NGYA 1TK8A 2G8KA 4Q5VA 4CJTA 1RT2A 5KI6A 4DSFA 3SCXA 3MXMA 1RDBA 1JXBA 4CJWA 3LWLA 1HPZA 1QE1A 1RT4A 4FM2A 1U49A 4F2SA 4OPKA 4FJ7A 2ITGA 2X6NA 1JL2A 3M8SA 4FJJA 4IKFA 2IC3A 3SI6A 1WSIA 3VA3A 3SQ2A 1UOCA 3AVCA 4DTSA 4M45A 4DF8A 3TAFA 2HHQA 1TVRA 1FKPA 3L2QA 3NBPA 4MQ3A 3LZJA 4Z4EA 3TAPA 4IG3A 1BL3A 4IFYA 1NOZA 2Z1JA 3L2UA 2KQ2A 3VN5A 3LP0A 1VSEA 3PY8A 3VQPA 4CFCA 3OYKA 3LAMA 2Y1IA 1WNSA 4W5NA 3CM6A 2FBTA 4HHTA 2ZQBA 2BDPA 3SQ1A 4E1NA 3QO9A 1IKXA 1BHLA 4KHSA 4DFMA 3HO1A 1J9AA 4C8MA 3L3VA 1TK5A 5FROA 4CGJA 1KLMA 1S9EA 3K59A 2YNIA 3NF8A 4RW9A 4FLWA 1YTAA 1D8YA 2P5OA 1JLQA 1XHZA 1NJXA 1TL1A 2QKKA 4FJHA 1B9FA 4DFJA 3NH1A 4HUFA 4IFVA 4BWJA 1C0TA 5DMRA 4FLVA 1A5WA 1NK8A 4B9SA 4C8KA 5T7BA 3QERA 3AVLA 4LY7A 4FJ8A 4E7HA 4HCCA 3HK2A 4NCGA 1TK0A 3MXJA 3LP2A 3VQBA 4CK2A 1LW0A 1L3UA 1Z25A 3ZSWA 4CFAA 3SV3A 3O4NA 3RR8A 1WAJA 4FM0A 3AVNA 3ALYA 3E01A 5CZ2A 4H4OA 2GV9A 2XY8A 4F8RA 3RMBA 4N76A 3NAEA 2QXFA 4KV8A 2BANA 2B6AA 2ZD1A 2AJQA 4KI4A 4KO0A 5HP1A 3L8BA 3C6TA 3WNEA 3LALA 4FW2A 4FLUA 3AO3A 3OVNA 2HMIA 3HM9A 1BI4B 1YTUA 3SUNA 3TAMA 3LPUA 3VQ7A 4R5PA 4DFKA 3VQ6A 4KHNA 1REVA 3HVTA 1RDCA 1QSYA 3LP1A 1NJYA 4WE1A 4Y1CA 4DTOA 1VSFA 1O1WA 3IG1A 4DLGA 4DG1A 1G15A 1S1UA 4CJKA 3KLGA 3CQ8A 5I3UA 3TANA 4DFPA 3RR7A 4F2RA 3DLEA 4M3TA 1ASVA 3HYFA 3THVA 4CEFA 3LP3A 2OZSA 4CHOA 3HXMA 4CHQA 4OGCA 1NK4A 1D9FA 1SUQA 1X1PA 3NF6A 3OY9A 1S5JA 3S3MA 3PX0A 1EXQA 4ID1A 4C8NA 4NCAA 3KD5E 4ZTJA 4FLYA 1VK0A 2HHWA 1S1TA 1DLOA 4AHUA 3V9XA 4H4MA 1SKSA 2JGUA 5KGWA 1FK9A 3U3YA 4N56A 1FXXA 4OJRA 1JLEA 4BDZA 4OVLA 2FC0A 4I9LA 3VQ5A 3QNNA 3SPYA 1Q8IA 4AHCA 3TWHA 4JS5A 1N5YA 4B9LA 4CJSA 4DTRA 1QQCA 5KTQA 4FZZA 3U6FA 2F8TA 1S1XA 2YNFA 5KGXA 4QOZB 2IOCA 2P1JA 2D0BA 4OGEA 1C1BA 2IGIA 4KI6A 3AVHA 2OPSA 3U3GA 1RDDA 4DSKA 2JLEA 4CIEA 3OYJA 1UA1A 3C94A 4DMNA 3LDSA 2IDOA 2FBVA 1C1AA 4O5BA 4DQPA 1T05A 1Q9YA 2DY4A 1X9MA 5SZTA 3ZT3A 4ICLA 3C6UA 1VSDA 3DRRA 4CF1A 3RMCA 4FZXC 2BGGA 1X9WA 2KFNA 2XY6A 4CJPA 4DSIA 3KLEA 1JLFA 3VQAA 2YNGA 3DLGA 4FLXA 4UQGA 3OYCA 4B9VA 3LAKA 3CM5A 1QSLA 1TKXA 2X74A 3NH2A 4EZ9A 1JL1A 3EY1A 1RBUA 3G10A 4KB0A 2YV0X 3EZ5A 3OJSA 4J2DA 3MEDA 4CJRA 4FXDA 3NF7A 3KLHA 1RT1A 4FYDA 4C8OA 2XY7A 3M8RA 1LWCA 3ISNC 3SQ0A 3OS1A 3ITHA 5HROA 3QEPA 1BCOA 3AA4A 4AHTA 3I0RA 2F8SA 1RT6A 5E41A 1ZBUA 4KHUA 2RKIA 4BWMA 4FJ9A 4EZ6A 5HLFA 3HP9A 1XWLA 4BE0A 2YKNA 2ZE2A 1CZ9A 3SQ4A 2PYLA 4Z4FA 3IAYA 4RG8A 3ZSZA 3V81A 4Y1DA 4FK4A 4GVMA 4CGIA 1ZBHA 4B3OA 4O55A 2VG5A 1Y97A 4I2QA 2RF2A 3KIOA 5HRRA 4M3RA 3NCIA 3LZIA 4ID5A 3ZCMA 3OYEA 4KREA 4AHSA 3ZSQA 2OZMA 2HHXA 3MEEA 2OA8A 1VSLA 4F4KA 1RT7A 4E0DA 1TKDA 1BISA 1XHXA 2OYQA 3ZT2A 1U45A 1J5OA 4E19A 5SWMA 1GOAA 2G8VA 3QNOA 2HW3A 2HNYA 1SKWA 3DLBA 4CF9A 4LD0A 4ZHRA 2RPIA 1C6VA 2Z1IA 4CIFA 1T7PA 4KKOA 3RWUA 3HT3A 4YNQA 1BGXT 1SL0A 4FJNA 2Z1HA 3OYLA 4RW4A 4O4GA 3AV9A 4C8LA 3TAEA 3AA5X 3M8PA 1KFSA 3I8DA 2X6SA 3QESA 1GOCA 1UA0A 3IRXA 4B9MA 4KHQA 4I7FA 4M3WA 3AO2A 3SZ2A 3OYBA 3HPGA 3KD1E 4B8AB 4NCBA 4AILC 1VRUA 1QHTA 4W5TA 4FCYA 5J2PA 4PWDA 4FW1A 4Z4CA 3RTVA 3RRGA 3K58A 1WSFA 2OPQA 1KFDA 2KW4A 3AVGA 5HBMA 3HVRA 4HUGA 2W42A 3F73A 1U47A 3M8QA 1C0MA 3NFAA 1KCFA 1KVCA 3CG7A 2G8HA 3SYZA 4Q0BA 4DU1A 3QEWA 3V4IA 3PO5A 2DTUA 1J53A 3MAQA 3SV4A 3OJUA 2ATQA 4CJ5A 3ZSXA 1HYVA 4CGGA 1W9HA 3O3FA 4B9TA 1WSJA 3SPZA 3AO5A 4GMJB 1TKZA 3VQDA 1WN7A 3L2WA 1L3SA 2GUIA 3QIOA 4CFDA 4RW6A 5CZ1A 5J2MA 1NJWA 4PY5A 1ASWA 4M3XA 3ZT4A 1IG9A 4N47A 4CGHA 2RN2A 3JSMA 2XY5A 4FZYA 3K5NA 3V9WA 3O3HA 4CEDA 3WNHA 4Z4HA 1X9SA 1NKEA 2E6LA 1RNHA 4AHRA 1RTDA 5C24A 2IS3A 4E3SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I9QA 5HRPA 1Q82O 2IVPA 3A5OC 2P9PB 1KQSM 1RDUA 3FE1A 2IVOA 4DB3A 1L3TA 1NU0A 4NB4A 1W2BM 5AZIB 3SUQA 5I42A 2D0AA 3UIQA 4CK3A 4I6MB 5B8HA 4QS8A 3KKSA 1EETA 4DU3A 2FBXA 4NXMK 1X3NA 1HKCA 1NK0A 4QS7A 2GTDA 1BCMA 2NUBA 1V4TA 3P1GA 4G1QA 4IFEA 3ZYYX 3NH0A 5BRHA 4BE2A 2CGJA 1N36K 3O9TA 3D45A 4WFAL 5AQTA 1XNQK 2FSNA 3EEQA 2HHUA 4O0IA 4CFBA 2VGNA 1QVFM 1YT3A 1TV6A 4B1WB 1ZBLA 1Z26A 4Z4GA 3CJ1A 1EX4A 3VEYA 4PKGA 1BQNA 2ETJA 2JWKA 3SK3A 3CCEN 1QQMA 4DF4A 3V9SA 1RBRA 3TAGA 5F2RA 2YNHA 3HP6A 2QWRA 4CK1A 2QWPA 3AVFA 2NRVA 1TGOA 2BUPA 4LF6K 3TAQA 1DTQA 3SBGA 3J80O 3E66A 1HQUA 3D6RA 2WFBA 2V51B 3QLHA 3K5MA 3TSUA 2KZZA 3DRPA 4DTMA 1VQ7N 4OKEA 4B9UA 1E4FT 3WXLA 3QB0A 5AQWA 1HNXK 4IBNA 4E7KA 2D0PA 3VETA 1S1WA 3RRHA 4AHVA 3QFUA 2A5XA 4K43A 2VG7A 1BIZA 2IAJA 2F9TA 2Q2RA 2HF3A 4CJEA 3VGKA 1YITN 4E7IA 4EIAA 2DFHA 4EP4A 1OH6A 4U67L 5J2NA 2Q3SA 4GW6A 3UKUA 4X62K 3OYHA 3D0PA 3AVAA 1NJZA 3S9HA 1YF5L 4YOTA 4OLBA 3JS6A 2PZSA 1HNVA 4FSVA 4IEEA 2FBYA 1QSSA 1VQON 2UYTA 3OS0A 2DFEA 1MWKA 4JD2B 1RCHA 5KPRA 3LDPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4I9Q A;  5HRP A;  1Q82 O;  2IVP A;  3A5O C;  2P9P B;  1KQS M;  1RDU A;  3FE1 A;  2IVO A;  4DB3 A;  1L3T A;  1NU0 A;  4NB4 A;  1W2B M;  5AZI B;  3SUQ A;  5I42 A;  2D0A A;  3UIQ A;  4CK3 A;  4I6M B;  5B8H A;  4QS8 A;  3KKS A;  1EET A;  4DU3 A;  2FBX A;  4NXM K;  1X3N A;  1HKC A;  1NK0 A;  4QS7 A;  2GTD A;  1BCM A;  2NUB A;  1V4T A;  3P1G A;  4G1Q A;  4IFE A;  3ZYY X;  3NH0 A;  5BRH A;  4BE2 A;  2CGJ A;  1N36 K;  3O9T A;  3D45 A;  4WFA L;  5AQT A;  1XNQ K;  2FSN A;  3EEQ A;  2HHU A;  4O0I A;  4CFB A;  2VGN A;  1QVF M;  1YT3 A;  1TV6 A;  4B1W B;  1ZBL A;  1Z26 A;  4Z4G A;  3CJ1 A;  1EX4 A;  3VEY A;  4PKG A;  1BQN A;  2ETJ A;  2JWK A;  3SK3 A;  3CCE N;  1QQM A;  4DF4 A;  3V9S A;  1RBR A;  3TAG A;  5F2R A;  2YNH A;  3HP6 A;  2QWR A;  4CK1 A;  2QWP A;  3AVF A;  2NRV A;  1TGO A;  2BUP A;  4LF6 K;  3TAQ A;  1DTQ A;  3SBG A;  3J80 O;  3E66 A;  1HQU A;  3D6R A;  2WFB A;  2V51 B;  3QLH A;  3K5M A;  3TSU A;  2KZZ A;  3DRP A;  4DTM A;  1VQ7 N;  4OKE A;  4B9U A;  1E4F T;  3WXL A;  3QB0 A;  5AQW A;  1HNX K; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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